lowQualScore : 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .
lowQualScore : 4 4 4 4
consensus : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
Reference ( gi|22 ) : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|16 : GGTTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|24 : atGATTTTTAG-CCGG-GTAC-TA-AGC-GTAAGCTATG
gi|23 : tGATCTTTAG-CCGG-GTAC-CAGAGC-GTAAACTATG
gi|15 : GATTTTTAG-CTGG-GTACGCATAGC-GTAGGCTAT
gi|7 : tGATTTTTAG-CCGTTGTAC-CATAGC-GTAAGCTGTGc
gi|20 : aacATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|13 : tATTTCTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|27 : atcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|9 : ATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ACAAGCTATG
gi|25 : agtaATTTTTAG-CCGG-TTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|18 : cACTTTTAT-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|21 : ttACTTTTAG-CCGA-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|26 : ttATTCTTAG-CCGG-GTAC-TATAGC-GTAAGCTA
gi|5 : tcATTATTAG-CCGG-GTTC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|8 : aattataagatATATTTAG-CCGG-GTGC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|28 : caatcTTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|12 : tTTTTTAG-CCAG-GTAC-CATAGC-GTGAGCTATG
gi|14 : ccagTTATTAG-CCAG-GTAC-CACAGC-GTAAGCTATG
gi|19 : cgTTTTTAGGCCTG-ATAC-CATAGC-GTAAACTATGgc
gi|11 : TTGTTAG-CCGT-GTAC-TATAGCGGTAAGCTgc
gi|30 : atttgTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAtg
gi|10 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTA
gi|17 : tgcagtcaTTTTAA-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|29 : gatcaaTTTCAG-TCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|4 : TTAG-CCGG-GTAC-CGTAGC-GTAAGCTATGg
gi|6 : aatttaaggctaatgTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATGa
gi|1 : ttgctctggTAG-CCGG-GTAC-CATATC-ATAAGCTATGg
gi|3 : -CCAG-GTAC-CATATC-GTAAGCTATGgcctggctataggcatggcct
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTTTAGTAATTGTTTAGCCCGGGTACCAAATAGCCACAAGCTTATG
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .
lowQualScore : 4 4 4 4
consensus : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
Reference ( family-8743 ) : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|1 : TAG-CCGG-GTAC-CATATC-ATAAGCTATG
gi|10 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAgcctggctataggcatggcct
gi|11 : tgcagtcaTTGTTAG-CCGT-GTAC-TATAGCGGTAAGCT
gi|12 : atttgTTTTTAG-CCAG-GTAC-CATAGC-GTGAGCTATGtg
gi|13 : ccagATTTCTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|14 : atcTTATTAG-CCAG-GTAC-CACAGC-GTAAGCTATG
gi|15 : cgGATTTTTAG-CTGG-GTACGCATAGC-GTAGGCTATgc
gi|16 : tGGTTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGc
gi|17 : atTTTTAA-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|18 : gatcaaACTTTTAT-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|19 : ttTTTTTAGGCCTG-ATAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|20 : ATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGgc
gi|21 : tACTTTTAG-CCGA-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|22 : ttGATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|23 : GATCTTTAG-CCGG-GTAC-CAGAGC-GTAAACTATG
gi|24 : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-TA-AGC-GTAAGCTATG
gi|25 : tATTTTTAG-CCGG-TTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|26 : cATTCTTAG-CCGG-GTAC-TATAGC-GTAAGCTA
gi|27 : tcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|28 : TTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|29 : tTTTCAG-TCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|3 : -CCAG-GTAC-CATATC-GTAAGCTATGg
gi|30 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAggccggctttagggatggtctg
gi|4 : TTAG-CCGG-GTAC-CGTAGC-GTAAGCTATG
gi|5 : aatttaaggctaatgATTATTAG-CCGG-GTTC-CATAGC-GTAAGCTATGa
gi|6 : aattataagatTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|7 : ttgctctggGATTTTTAG-CCGTTGTAC-CATAGC-GTAAGCTGTGg
gi|8 : aacATATTTAG-CCGG-GTGC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|9 : caatcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ACAAGCTATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTTTAGTAATTGTTTAGCCCGGGTACCAAATAGCCACAAGCTTATG
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .
lowQualScore : 4 4 4 4
consensus : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
Reference ( family-8743 ) : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|1 : TAG-CCGG-GTAC-CATATC-ATAAGCTATG
gi|10 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAgcctggctataggcatggcct
gi|11 : tgcagtcaTTGTTAG-CCGT-GTAC-TATAGCGGTAAGCT
gi|12 : atttgTTTTTAG-CCAG-GTAC-CATAGC-GTGAGCTATGtg
gi|13 : ccagATTTCTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|14 : atcTTATTAG-CCAG-GTAC-CACAGC-GTAAGCTATG
gi|15 : cgGATTTTTAG-CTGG-GTACGCATAGC-GTAGGCTATgc
gi|16 : tGGTTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGc
gi|17 : atTTTTAA-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|18 : gatcaaACTTTTAT-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|19 : ttTTTTTAGGCCTG-ATAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|20 : ATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGgc
gi|21 : tACTTTTAG-CCGA-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|22 : ttGATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|23 : GATCTTTAG-CCGG-GTAC-CAGAGC-GTAAACTATG
gi|24 : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-TA-AGC-GTAAGCTATG
gi|25 : tATTTTTAG-CCGG-TTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|26 : cATTCTTAG-CCGG-GTAC-TATAGC-GTAAGCTA
gi|27 : tcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|28 : TTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|29 : tTTTCAG-TCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|3 : -CCAG-GTAC-CATATC-GTAAGCTATGg
gi|30 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAggccggctttagggatggtctg
gi|4 : TTAG-CCGG-GTAC-CGTAGC-GTAAGCTATG
gi|5 : aatttaaggctaatgATTATTAG-CCGG-GTTC-CATAGC-GTAAGCTATGa
gi|6 : aattataagatTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|7 : ttgctctggGATTTTTAG-CCGTTGTAC-CATAGC-GTAAGCTGTGg
gi|8 : aacATATTTAG-CCGG-GTGC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|9 : caatcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ACAAGCTATG
blockSeqs : G T G G
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
finalCons : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTTTAGTAATTGTTTAGCCCGGGTACCAAATAGCCACAAGCTTATG
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .
lowQualScore : 4 4 4 4
consensus : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
Reference ( family-8743 ) : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|1 : TAG-CCGG-GTAC-CATATC-ATAAGCTATG
gi|10 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAgcctggctataggcatggcct
gi|11 : tgcagtcaTTGTTAG-CCGT-GTAC-TATAGCGGTAAGCT
gi|12 : atttgTTTTTAG-CCAG-GTAC-CATAGC-GTGAGCTATGtg
gi|13 : ccagATTTCTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|14 : atcTTATTAG-CCAG-GTAC-CACAGC-GTAAGCTATG
gi|15 : cgGATTTTTAG-CTGG-GTACGCATAGC-GTAGGCTATgc
gi|16 : tGGTTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGc
gi|17 : atTTTTAA-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|18 : gatcaaACTTTTAT-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|19 : ttTTTTTAGGCCTG-ATAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|20 : ATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATGgc
gi|21 : tACTTTTAG-CCGA-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|22 : ttGATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|23 : GATCTTTAG-CCGG-GTAC-CAGAGC-GTAAACTATG
gi|24 : GATTTTTAG-CCGG-GTAC-TA-AGC-GTAAGCTATG
gi|25 : tATTTTTAG-CCGG-TTAC-CATAGC-GTAAGCTAT
gi|26 : cATTCTTAG-CCGG-GTAC-TATAGC-GTAAGCTA
gi|27 : tcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|28 : TTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|29 : tTTTCAG-TCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTATG
gi|3 : -CCAG-GTAC-CATATC-GTAAGCTATGg
gi|30 : TTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAGCTAggccggctttagggatggtctg
gi|4 : TTAG-CCGG-GTAC-CGTAGC-GTAAGCTATG
gi|5 : aatttaaggctaatgATTATTAG-CCGG-GTTC-CATAGC-GTAAGCTATGa
gi|6 : aattataagatTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-GTAAACTATG
gi|7 : ttgctctggGATTTTTAG-CCGTTGTAC-CATAGC-GTAAGCTGTGg
gi|8 : aacATATTTAG-CCGG-GTGC-CATAGC-ATAAGCTAT
gi|9 : caatcATTTTTAG-CCGG-GTAC-CATAGC-ACAAGCTATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTTTAGTAATTGTTTAGCCCGGGTACCAAATAGCCACAAGCTTATG