lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222 11111 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 3333333333333333333333333333 333333333333333333333 333333333333333333333 1111111111111111111111 555555555555555555555555555 1111 111111 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666666 1 33 5555555555555555555555 1 33 3333 4 4
lowQualScore : 5 5 9 77777 33 33333333333333333 777777 3333 22 1 00000 1 666 55555555555 1 000000 3 1 444 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 1 6666 1 33 222222 5555555555555555555555555555 4444 2 333 222222222222222222222 00 444 7777 2 33 2 999999999999999999999 99999999 3333 999999 1 8888888888888888888888 8 44 666666 555555555555555555555555555 33 777777 777777 33 5555 444 8888 4 555 111111 4 66 4444444 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 999999999 5 22 2 3 5555555555555555555555 4 5 00 2222 2 0 0
lowQualScore : . . . ..... .. ................. ...... .... .. . ..... . ... ........... . ...... . . ... .. .................................................... .. . .... . .. ...... ............................ .... . ... ..................... .. ... .... . .. . ..................... ........ .... ...... . ...................... . .. ...... ........................... .. ...... ...... .. .... ... .... . ... ...... . .. ....... . ............................................................... . ......... . .. . . ...................... . . .. .... . . .
lowQualScore : 7 7 5 11111 99 77777777777777777 444444 9999 55 8 00000 7 111 66666666666 7 000000 5 7 888 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 7 8888 9 33 222222 1111111111111111111111111111 2222 1 777 111111111111111111111 99 777 8888 5 22 8 000000000000000000000 99999999 7777 666666 9 5555555555555555555555 5 88 111111 333333333333333333333333333 44 222222 222222 44 7777 777 2222 0 444 555555 7 11 1111111 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 000000000 0 00 5 0 0000000000000000000000 0 5 00 5555 5 0 0
consensus : GCTAATGTAACAATTAC-G-CTTTAATGTA-----ACA--A---AC----T---A---C------AT----T--AA-GNG--GT-G---CA-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATG---------T---AA-----CA--------A----------------A----T--T-GTA---ACA-TTAA-CGGT-----TTGCA-------------------G-TAN----AAACCGTTAA----TGTA-A---CA--ATC---------CCGCCT-AATGATAC---AA----TTGTATC-AT--TAAGCGGTTCA--TTT--GCAATGA-TGTTGCAA------CGCTTAAT----G----C-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-C-----------AGGTN---AT-T--ATC--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---TCA-A-CGCTTAATGTA---A------CAAATCTGCAA--TGT-TTA-TCTAAACT-TTTCCATA-T-T-A--TATC---GC-ATTTTT--A-TTGC--TAT--AATTT----TTAGCAAAATGCTTNAGTNAAAATTT-CTCTTTATGTTTGAAAGTCCAAAATGTTACTTNNTTAGCTCACCTGANCNGAGAG-TTCCGACCANNTATACACCTGGANACTTTGGTGCCGCTGGGCCAGATTTTAACNA-AACGTAGCACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTT
Reference ( gi|1 ) : GCTAATGTAACAATTAC-G-CTTTAATGTA-----ACA--A---AC----T---A---C------AT----T--AA-GAG--GT-G---CA-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATG---------T---AA-----CA--------A----------------A----T--T-GTA---ACA-TTAA-CGGT-----CTGCA-------------------G-TAG----AAACCGTTAA----TGTA-A---CA--ATC---------CCCCCT-AATGATAC---AA----TTGTATC-AT--TAAGTGGTTCA--TTC--GCAATGA-TGTTGCAA------CACTTAAT----G----C-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATCTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-T-----------AGGTA---AT-T--ATC--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---TCT-A-CGCTTAATGTA---A------CAAATCTGCAA--TGTATTA-ATTAAACT-TTTCCATA-T-T-A--TATTCA-AC-ATTCTT--A-TTGC--TA---AATCT----TTA--------CTTCAATCAAAATTTTCTCCTC--GTTTCAAAGTCCAACTTGTTACTTAGTTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTTCTGATCACTTATACAT-TGGATACTTTGATGCCGCTGGGCAAAATTTTAACCACAACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|3 : GCTAATGCAACATTTAT-G-CTT-AATGTA-----ACA--A---AC----T---A---CCTGTACAT----T--AA-GAG--GC-G---CA-----G-----TTGC-AA------C-A-CT---TA--ATG---------C---GA-----CA--------A----------------A----T--T-GTA---ACA-TTAA-CGGT-----CTACA-------------------A-TAT----AAACCGTTAA----TGTT-A---CA--ATC---------GGCCCA-AATGACAC---AA----CCGTATC-AT--GAAGCGGTTAA--TTT--GCAATGA-TGTTGCTA------CGCTTAAT----G----C-TACA-A-------A-----GCC--CA--ATTTGCAG-TCCAAACCGCTAATATACATGTAACAC-C-----------AGGT-----TCT--ATC--ATTAATTG------TTGGAACCTCAACAC----T---TCTCA-CACTTAATGTA---A------CTAATCTTCAA--TGT-TTA-TCTAAACC-TTTCCATG-T-T----TGTC---AC-ATTTTC--A-TT
gi|5 : aaccGCAAATGTGACAATTACTG-CTTATATGTA-----CCA--A---AC----T---A---C------ATGCATT--AA-GAGAGGT-G---CA-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATG---------TTACAA-----AA--------A----------------A----T--T-GTA---A-A-TTAA-AGGT-----CTACA-------------------G-TAA----TAACCGTTAA----TGTA-AACCCA--CCC---------CCCCCTCAATGATGC---AA-----TGTCTC-AT--TAAGCAATTCA--TTT--GCAATAA-TGTTGTAA------CGCCT-CT----A----C-TAGACA-------C-----GCC--AA--ATTTACAG-TCCAatttcgaagtccaaaatgcaactt
gi|2 : aaccTAATGCAACAATTAC-G-CTT-AATGTA-----ACA--A---AC----T---A---C------AT----T--AA-GAG--GT-G---AA-----G-----TTGT-AA------C-G-CT---TA--ATG---------T---AC-----CA--------A----------------A----T--T-GTA---ATA-TTAA-CGGT-----CTGCA-------------------G-TAG----AAACCGTTAA----TGTA-A---CA--ATC---------ACAC-T-AATGATAC---AA----TCGTATC-AT--TAAGCGGTTCA--TTC--GCAATGA-TGTTGCAA------CGCTTAAT----G----C-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAG-TCCGAACCGATA------ATGTAACAA-T-----------AGGTT---AT----ATT--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---TCA-A-CGCTTAATGTA---A------CAAATCTGCAA--TCT-TTA-TCTAAACT-TTTCCATA-C-TGA--TATC---AC-ACTTTT--A-TTGT--TAT--AATTTGTATTTAGCAAAATGCTTGAATCAAAATTT-CTCTTTATGTTTGAAAGTCCAAAATGTTACTTcctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|20 : TAATGTAACAATTAC-G-C-TTAATGTA------------------------A---C------AT----T--AA-GAA--GT-G---CA-----G-----TTtttgg
gi|6 : AATGTAATAATTAC-G-CTT-AATGTA-----ACA--A---AC----T---A---C------AT----T--AA-GAG--GT-G---CA-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATG---------T---TA-----CA--------A----------------A----T--T-GTA---ACA-TTAA-CGGT-----CTACA-------------------G-TAT----AAACCTTTAA----TGCA-A---CA--ATT---------CCCCCT-AATGATAC---AA----TTGTATC-AT--TAAGCGGTTCA--TTT--GCAACAA-TGTTGTAA------CGCTTAAT----G----C-GACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAG-TCCAAACAGCTA------ATGTAACAA-C-----------AGGT
gi|8 : cATTTAACAAT-AC-AACTTTCATAGACACATGCA--A---AC--------A---CT-----AT----TTAAA-AAG--GT-GACATA-----T-----TTATTAA------CCG-CT----A--ATG---------A---AA-----TA--------A---------------------T--T-------ACACTTGA-TG-------TTACA-------------------G-CGT----CAACCGTTAA----T-TATA---CA--ATT---------TCCCCT-AATGATAC---AA----TTGAATC-AG--TAAGTATTCCA--CTTAAGTAGTTC-TTTTGCAA------CGATTAAT----taa
gi|14 : -G-CTT--ATGTA-----ACA--ACAGGT----T---ATATC------AT----T--AA-GCG--GT-G---CA-----A-----CTTC-AA------C-G-CT---TA--ATG---------T---AA-----CA--------A----------------A----T--ca
gi|6 : tgttacattagcagtttctacaatgctacaacaccaaatttgcaatccaaactTTAATGTT-----ACA--A---TT----TGTAA---C------AT----T--AA-GCG--TT-G---CA-----A-----CTGC-AC------C-T-CT---TA--ATG---------T---AG-----T-------------------------------T--T-GTT---ACA-TTAA-
gi|3 : caatgtaataattacgcTTAATGTT-----ACA--A---TT----T---GTCGC------AT----T--AA-GTG--TT-G---CA-----A-----CTGC-GC------C-T-CT---TA--ATG---------T----A-----CA--------G----------------GTAGTT--T-GTT---ACA-TTAA-cggtctacagtataaacctttaatgcaacaattccccctaatgatacaattgtatcattaagcggttcatttgcaacaatgttgtaacgcttaatgcgacaacgccaaatttgcagtccaaacagctaatgtaacaacaggttaa
gi|9 : aaccgctaatgcaacatttatgcTTAATGTA-----ACA--A-----------------C------A-------------G--GTTG---CA-----A-----CTTT-AA------C-A-CC---TA--ATG---------T---AA-----GA--------A----------------A----TA-T-GCA---Acggtctacaatataaaccgttaatgttacaatcggcccaaatgacacaaccgtatcatgaagcggttaatttgcaatgatgttgctacgcttaatgctacaaagcccaatttgcagtccaaaccgctaatatacatgtaacaccaggttctatcattaattgttggaacctcaacacttctcacacttaatgtaactaatcttcaatgtttatctaaacctttccatgtttgtcacattttcattatttcgaagtccaaaatgcaactt
gi|12 : taagcggtacatttgcaatgatgttgtaacgtttaatgctacaacgccaaatttacagtccaaaccgTAGTGTA-----ACA--A---TCGGGTT---A---T------AT----C--AT-GAA--GC-GTGGCA-----A-----CTTC-AA------C-G-CT---TA--ATT---------T---AA-----CA--------A----------------agtgtatctaaaatttcccatacttatatcatgctattcttgaattgctatacaattttt
gi|10 : gcttaatgctactacgccaaatttgcagcccaaaccgcTAATGTA-----ACACCAT--GT----T---ATATC------AT----T--AA-G-----------C------G-----TTGC-AA------C-TTCT---TA--ATG---------T---AA-----CA--------A----------------G----T--C-Gggctgcaatgtttatctaagcttttccatacggata
gi|14 : atgctacaacgccaaatttgcagtccaaactgcAATGCT-----ACA--AC--AC----C---A---A------AT----T-----------T-G---CA-----A-----TCCA-AA------CTG-CT---TA---TG---------T---AA-----CA--------ACAG-------------G----T--T-ATA---TCA-TTAAGCGGT-------GCA-------------------A-CTT----CAACGCTTAA----TGTA-A---CA--Agcaatgtttatctaaactatatcatatttgtactgctataaattctatttaggtaaaaaaaagtttgtttcatttttaaaa
gi|4 : tgttacattagcagtttctacTGAA-----GCA--A---AC----T---T---C------AG----A--AAAGGG--GT-G---CA-----G-----TCGC-AA------C-G-CT---TA--AT----------T---AATGATCCA--------A----------------A----T--C-ATC---GCT-TTAA-CGGT-----CCACA-------------------G-TAT----AAACTG---A----T-------------------------------AATGATAC---AA----ATGTATCAATTATAAGCGTTCCA--TCT--GC--TG-----TGC---------------T----G----A-TACA-A-------C-----TAC--GA--AT-TGCAG-TCCAAACCACTG------ATGat
gi|2 : ggttgtgctcaaaagctg----T---A---C------AT----T--AA-GCG--TT-G---AA-----G-----TTGC-AA------C-G-CTTAATA--ATA---------T---AA-----CC--------T----------------A----T--T-GTT---ACA-TTAT-CGGTTCGGACTGCAAATTTGGCGTT--------G-TAG--------CATTAAGCGTTGCA-A---CATCATTGCGAATGAACCGCTT-AATGATAC---GA----TTGTATC-AT--T-AGTG----------------TGATTGTTACA----------TTAAC----GGTTTC-TA----------------------------CTGCAG------ACCGTTA------ATATTACAATT-----------TGGTA-----------C--ATTAAGCG------TTA------CA--AC----T---TCA-C-CTCTTAATGTA---atccaacgagttattacaaatctgcagtgtttgcttgaatttttcaagacataaataacttttatctagctgtttccccggtaatttgtgcttcagatcaggcagatcggtgttcgaatgaaaattgctctttatactgatatttcaaaatccgaaacgtaaggtttcg
gi|10 : taatgcaacaattacgcttaatgtaacaaac----T---A---C------AT----T--AA-GA-----------A-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATGATA------T---AA-----CA--------T----------------G----G--T-GTT---ACA-TTAG-CAGT-----TTGacaaatctgcaatctttatctaaacttttccatactgatatcacacttttattgttataatttgtatttagcaaaatgcttgaatcaaaatttctctttatgtttgaaagtccaaaatgttactttttgg
gi|14 : atgctacaacgccaaatttgcagtc----T---A---C------AT----T--AA-GCG--TT-G---AA-----G-----TTGC-AC------C-G-CT---TA--ATGATA------T---AA-----CC--------T----------------G----T--T-GTT---ACA-TAAG-CAGTTTGGATTGCAAATTTGGTGTTGTAGCATTG-TAG----AAACTGCTAA----TGTA-A---CA--acaagtcggcaatgtttatctaaactatatcatatttgtactgctataaattctatttaggtaaaaaaaagtttgtttcatttttaaaa
gi|14 : ----T---A---C------AT----T--A----------G---CA-----G-----TTTC-TA------C---------A--ATG---------C---TA-----CA--------A---------------------------------CA-CCAA---AT-----TTGCA-------------------A-TCC----AAACTGCTTA----TGTA-A---CA--A-------------------------C---AGG---TTATATC-AT--TAAGCGGT----------GCAAC-----TT-CAA------CGCTTAAT----G----T-AACA-A-------acaaat
gi|6 : tgt---C------AT----T--AA-GCG--TT-A---CAACATTG-----TTGC-AAATGAACC-G-CT---TA--ATGATACAATTGT---AT-----CATTAGGGGGA----------------A----T--T-GTT---GCA-TTAA-AGGT-----TTATACT-----------------G-TAG----A--CCGTTAA----TGTT-A---CA--AT----------------------------------TTGTAAC-AT--TAAGCG--------TT--GCAA------CTGCAC------CTCTTAAT----G----at
gi|11 : caatgtaataattacgcttaatgtaacaaacta---C------AT----T--AA-GTG--TT-G---CA-----ACATCATTGC-AAATGAACC-A-CT---TA--ATG---------A---TA-----CA--------ATTAGGGAGGGGGGGGGG----T--T-ATA---ACA-TTGA-CGGT-----TTATA-------------------C-TAGCTGTAGACCGTTAA----TGTT-A---CA--ATcgacaacgccaaatttgcagtccaaacagctaatgtaacaacaggttaa
gi|7 : a------AT----T--AA-GGT--TT-A---AA-----G-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--GTGA--------T---AA-----TA--------ACT--------------G----T--T-GT----AC--TTAG-CGGT-----TTGatacaacgccaaatttgcaatccaaatcaagttatattattaagcgttgcaactt
gi|9 : tgcaattaatgcctacaacgccatgcaaatc----T--AA-GCG--GT-A---CA-----T-----TTGC-AA------T-G-ATG--T----TG---------T---AA-----CGTTT-----A----------------A----TGCT-ACA---ACG-CCAA---AT-----TTACA-------------------G-TCC----AAACCGTTAA----TGTA-A---CA--Atgaacaaatttgcatgtttatcaaaactctttccatacataactatcacatttacctgctataaattttattagtaaaaattattgtataaaaatcttctctct
gi|4 : -G---CA-----G-----ATGG-AA------C-G-CT---TATAAT----------T---GA-----TA--------C----------------A----T--TTGTA---TCA-TTAT-CAGT-----TTATACT-----------------G-TGG----A--CCGTTAA----caggttgcaactttaacacctaatgtaagaaatatgcaaagtgtatctaaaatttcccatacttatatcatgctattcttgaattgctatacaattttt
gi|19 : ggttgtgctcaaaagctgtgaagcaaacttcagaaaaggggtgcagtcgcaacgcttaattaatgatccaaatcatcgct-----TTGC-AA------C-G-CT---TA--ATGATA------T---AA-----CA---------------------------------T-GTAGCTACA-TTAG-CGGC-----TTGtgtgctgatacaactacgaattgcagtccaaaccactgatgatccaacgagttattacaaatctgcagtgtttgcttgaatttttcaagacataaataacttttatctagctgtttccccggtaatttgtgcttcagatcaggcagatcggtgttcgaatgaaaattgctctttatactgatatttcaaaatccgaaacgtaaggtttcg
gi|11 : cagtc--------A----------------A----T--T-GTA---ACA-TTAA-CGGT-----CTACA-------------------GCTAGTAT-AAACCGTCAA----TGTT-A---TA--ACC---------CCCCCC-CCT----CCCTAA----TTGTATC-AT--TAAGTGGTTCA--TTT--GCAATGA-TGTTGCAA------CACTTAAT----G----A-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAA-TCCAAATCA-------------------------------AGTTA------T--ATT--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---T
gi|3 : ----T--T-GTA---GCA-TTAA------------GC--------------------G-TAG----CAAC-ATCAT----TGCA-A-------ATTAA-------CCGCTT-CATGATAC---GG----TTGTGTC-AT--T---TGG-----------GC--CGA-T--TGTAA------CA-TTAAC----G----G-T-------------------TT--AT--AT-TGTAG------ACCGTTA------ATGTTACAA-T--------------------T-T--GTCGCATTAAGTG------TTG------CA--AC----T---GCG-C-CTCTTAATGT----A------CAG----GTAG--TTTGTTACATTAAGC
gi|12 : aaccgctaatgcaacatttatT-----TTGCA-------------------G-CCC----AAACCGCTAG----TGTA-A---CA--ATC---------agcccaatttgcagtccaaaccgctaatatacatgtaacaccaggttctatcattaattgttggaacctcaacacttctcacacttaatgtaactaatcttcaatgtttatctaaacctttccatgtttgtcacattttcattatttcgaagtccaaaatgcaactt
gi|10 : gcttaatgctactacgccaaaT-----TTGCA-------------------G-TCC----AAACTGCTAA----TGTA-A---CA----C---------C-------ATG-------------TTATATC-AT--TAAGCGTTGCAACTTC--TTAATGgggttatatcatgaagcgtggcaacttcaacgcttaatttaacaaggctgcaatgtttatctaagcttttccatacggata
gi|14 : atgctacaacgccaaaAAGCGTTGA----AGTT-G---CA--------------CCGCTT-AATGATAT---AACCTGTTGTTAC-A---TAAGCAGTT-------------TGG--ATTGCAA-------ATTTGGT----G----T-TGTA-G-------C--------------AT-TGTAG----AAACTGCTA------ATGTAACAtaacaagtcggcaatgtttatctaaactatatcatatttgtactgctataaattctatttaggtaaaaaaaagtttgtttcatttttaaaa
gi|6 : AA----TGTA-A---TA--ATT---------ACGCTT-AATGTAAC---AA----AC-TA-C-AT--TAAGAGGT----------GCA------GTTGCAA------CGCTTAAT----G----T-TACA-AATTGTAAC-----ATT--AACGGTCTACAG-TATAAACCTTTA------ATGCAACAA-TTCCCCCTAATGATACA---AT-TGTATC--ATTAAGCGGTTCATTTG------CA--ACAATGT---TGT-AACGCTTAATGCG---ACAACGCCAAATTTGCAG--Taatgtaacaaat
gi|6 : c---------CCGCTT-AATGATAC---AA----TTGTATC-AT--TAGGGGG-------------AAT---TGTTGCA----------TTAAA----GGT--T-TATA--------------------------CTGTAG------ACCGTTA------ATGTTACAA-T-----------TTGTA---A-------C--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---GCA-C-CTCTTAATGTA---ccaaacagctaatgtaacaacaggttaa
gi|11 : caatgtaataattacgcttaatgtaacaaac----TTGTATC-AT--TAAGTG--------TT--GCAACAT-CATTGCAAATGAACCACTTAAT----G----A-TACA-A-------ttcatttgcaacaatgttgtaacgcttaatgcgacaacgccaaatttgcagtccaaacagctaatgtaacaacaggttaa
gi|9 : aattgtaacattaacggtctacagctagtataaaccgtcaatgttataacccccccccctccctaa--TAAGCGGTACA--TTT--GCAATGA-TGTTGTAA------CGTTTAAT----G----C-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTACAG-TCCAAACCGTTA------ATGTAACAA-C-----------AG------------------------G------TTG------CA--AC----T---TTA-A-CACCTAATGTA---A------GAAATATGCAAAGTGTAT----CTAAAAT-TTCCCATACT-T-A--TA-TCATGCTATTCTTGAA-TTGC--TATACAATTT----TTcgccaaatttgcaatccaaatcaagttatattattaagcgttgcaactt
gi|10 : GA-AGTTGCAA------CGCTTAAT----G----A-TATA-A-------CATGGTGTT--AC--ATTAGCAG-TTTGGACTGCAA------AT
gi|11 : atgctacaacgccaaGTTGCAA------CGCTTAAT----A----A-TATA-A-------C-----TT----G--ATTTG--------GATTGCAA------ATTTGGCGT-T-----------G----------T--ATC--ATTAAGTG------TTG------CA--AC----A---TCttaatgtaacaagtcggcaatgtttatctaaactatatcatatttgtactgctataaattctatttaggtaaaaaaaagtttgtttcatttttaaaa
gi|4 : aattgtaacattaacggtctacagctagtataaaccgtcaatgttataacccccccccctccctaattgtatcattaagtggttcatttgcaatGTCGCAA------CGCTTAATTAATG----A-TCCA-AATCAT--C-----GCTTTAACGGTCCACAG-TATAAACTGATA------ATGATACAA-------------ATGTATCAAT-T--AT------AAGCG------TTC------CA--TC----T---GCT-G-TGC-TGATACAACTA------CGAAT-TGCAG--Ttt
gi|7 : ggttgtgctcaaaagctgtgaagcaaacttcagaaaaggggtgcaTGCAA---------TTAAT----G----CCTACA-A-------C-----GCC--A------TGCAAATCCAAACCGCTA------A-GTA-CAA-C-----------AGTTA----T-T--ATC--ACTAAGCG------TTG------CA--AC----T---TTA-A-ACCTTAATTGA---A------CAAATTTGC-A--TGT-TTA-TCAAAACTCTTTCCATA-CAT-AACTATC---AC-AT--TT--ACCTGCTATA---AAT-T----TTA----------TTAGTAAAAATTccaaaccactgatgatccaacgagttattacaaatctgcagtgtttgcttgaatttttcaagacataaataacttttatctagctgtttccccggtaatttgtgcttcagatcaggcagatcggtgttcgaatgaaaattgctctttatactgatatttcaaaatccgaaacgtaaggtttcg
gi|12 : CTTAAT----G----C-TACT-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAG-CCCAAACCGCTA------GTGTAACAA-TC----------GGGTT---A--T--ATC--ATGAAGCG------TGG------CA--AC----T---TCA-A-CGCTTAATTTA---A------CAAGGCTGCAA--TGT-TTA-TCTAAGCT-TTTCCATA-attgtataaaaatcttctctct
gi|14 : gAAT----G----C-TACA-A-------C-----ACC--AA--ATTTGCAA-TCCAAACTGCTT------ATGTAACAA-C-----------AGGTT---A--T--ATC--ATTAAGCG------GTG------CA--AC----T---TCA-A-CGCTTAATGTA---A------CAAATcggata
gi|10 : tgttacattagcagtttctacAT----G----C-TACA-A-------C-----GCC--AA--ATTTGCAG-TCCAAACTGCTA------ATGTAACAC-C-----------ATGTT---A--T--ATC--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----T---T-------CTTAATGTA---A------CAAGTCGGCAA--TGT-TTA-TCTAAACT------ATA-T-C-A--TATT
gi|19 : CAG-TCCAAGCCGCTA------ATGTAGCTA-C-----------ATGTT---A--T--ATC--ATTAAGCG------TTG------CA--Atgtactgctataaattctatttaggtaaaaaaaagtttgtttcatttttaaaa
gi|5 : -T--AAC--ATTAAGCG------TTG------CA--AC----TGCACCT---CTCTTAATGCA---
gi|13 : aaccgcaaatgtgacaattactgcttatatgtaccaaactacaTTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCTGACCACTTATACATCTGGATACTTTGGTG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGTACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTTcaaaaaattgtaaattaaaggtctacagtaataaccgttaatgtaaacccacccccccctcaatgatgcaatgtctcattaagcaattcatttgcaataatgttgtaacgcctctactagacacgccaaatttacagtccacctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|17 : taTTAGCTCATCTGATCGGAG------CGATCAAGT-----C-TGGAAACTT-GATGC-GCTGGACCAG-TTTTAACAA-AACGTAGC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGTTATCTAATCTTTTCCATACTTATTGTTAACTGTTTTTTACAAAAATGCTTGAATCAAAAATTTCTTTCTTATGTTTTTGAAGTTCAAAATGTTACTTTTGGCTATTG
Unaligned ( gi|16 ): TATTGTGTATCAGTTTTTTACAAAATGCTTGAATATCAAAAGTTTCCATTATGTTTGAAGTCCAAAATGTAACTTTTGGC
Unaligned ( gi|18 ): AATGAGATAAACTCTTATGTACTACATAACGTTAACTGTATAACTGTAAATTCTTTGAGCTA
Alignments
lowQualScore : 1 111111 1111 1111111111 1111 1 1 2 111111 111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111 1111111 22 1111 222222 2 1 1 2
lowQualScore : 6 9 3 666666 2222 5 1 77 5555555555 5 4 2 0000 1 55 888 3 0 0 888 0 5 66 66 3 3 3 999999 0 3 2 1 000000 1 777777777 1 1 4 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 66666 7777 5 5 6666666 99 1 88 1 1 9999 0 0 22 333333 1 7 0 3 5 88 1 3 0
lowQualScore : . . . ...... .... . . .. .......... . . . .... . .. ... . . . ... . . .. .. . . . ...... . . . . ...... . ......... . . . . ............................................................... . . ..... .... . . ....... .. . .. . . .... . . .. ...... . . . . . .. . . .
lowQualScore : 7 8 6 444444 1111 7 0 99 6666666666 0 1 0 6666 0 55 888 4 8 0 888 9 0 11 11 3 3 1 666666 3 3 2 3 555555 9 888888888 9 4 4 9 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 77777 9999 7 7 6666666 22 0 55 0 0 7777 7 7 00 000000 0 3 7 3 0 00 0 3 0
consensus : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-AATGTAACAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTGCAGTTGCAACGCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-TATCATTAAGCGTTGCA------ACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATA-C-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTAG---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA----T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATGC-GCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
Reference ( family-862 ) : GCTAATGTAACAATTAC-GCTTTAATGTAACAAACTAC------AT----TAA-GNG--GTGCAGTTGCAACGCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTTTGCAG----TANAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCGCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTNATTATCATTAAGCGTTGCA------ACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATA-T-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTAG---C-AAA---ATGCTTNAGT-N---AAAA----T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTTNNTTAGCTCACCTGANCNGAGAG-TTCCGACCANNTATACACCTGGANACTTTGGTGCCGCTGGGCCAGATTTTAACNA-AACGTAGCACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|1 : GCTAATGTAACAATTAC-GCTTTAATGTAACAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTGCAGTTGCAACGCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGC-TACA-ACGCCAAATCTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-TAGGTAATTATCATTAAGCGTTGCA------ACTTCT---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGTATTAATTAAACT-TTTCCATA-T-T-A--TATTCAAC-ATTCTT--A-TTGC-TA---AATC----T--TTA---------------CTTCAAT-C---AAAAT---T-TTCTCC-T--------CG--TTTCAAAGTCCAACTTGTTACTTAGTTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTTCTGATCACTTATACA-TTGGATACTTTGATGCCGCTGGGCAAAATTTTAACCACAACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|10 : ATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACTGCTA------ATGTAACAC-CATGTTA-TATCATTAAGCGTTGCA------ACTT--------------CTTAATGTAACAAGTCGGCAATGT-TTATCTAAAC-------------T-A--TATC--AT-ATTTGT--A-CTGC-TAT--AAAT----T--CTA---------------TTTAGGT-A---AAAAAAAGT-TTGT-T-TC------ATT--TTTAAAA
gi|11 : AATTGTAACA-TTAACGGTCTACAGCTAGTATAAACCGTCAATGTT-A---TAACCCCCCCC-CCT----CCCTAATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGA-TACA-ACGCCAAATTTGCAA-TCCAAAT---------------------CAAGTTA-TATTATTAAGCGTTGCA------ACTT
gi|12 : GCTTAATGC-TACT-ACGCCAAATTTGCAG-CCCAAACCGCTA------GTGTAACAATCGGGTTA-TATCATGAAGCGTGGCA------ACTTCA---------ACGCTTAATTTAACAAGGCTGCAATGT-TTATCTAAGCT-TTTCCATA-
gi|13 : TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCTGACCACTTATACATCTGGATACTTTGGTGC-GCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGTACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTTcggata
gi|14 : taAATGC-TACA-ACACCAAATTTGCAA-TCCAAACTGCTT------ATGTAACAA-CAGGTTA-TATCATTAAGCGGTGCA------ACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAAT
gi|15 : tgttacattagcagtttctac-TTATCTAATCT-TTTCCATA-C-T----TATT--G------TT--A---AC-TGT----TT----T--TTAC---A-AAA---ATGCTTGAATCA---AAAA----T-TTCTTTCTT------ATGTTTTTG-AAGTTCAAAATGTTACTT--TTGGCT
gi|16 : ctgT--A-TTGTGTATC-AGTT----T--TTTA---C-AAA---ATGCTTGAAT-ATCAAAAG----T-TTC-CA-TT------ATG--TTTGAA-GTCCAAAATGTAACTT--TTGGCattg
gi|17 : TTAGCTCATCTGATCGGAG------CGATCAAGT------CTGGAAACTT-GATGC-GCTGGACCAG-TTTTAACAA-AACGTAGC
gi|19 : CAG-TCCAAGCCGCTA------ATGTAGCTA-CATGTTA-TATCATTAAGCGTTGCA------A
gi|2 : TAATGCAACAATTAC-GCTT-AATGTAACAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTGAAGTTGTAACGCTTAATGT---AC-----CAAATTGTAATA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCACAC-T-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCGAACCGATA------ATGTAACAA-TAGGTTA-TATTATTAAGCGTTGCA------ACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATCT-TTATCTAAACT-TTTCCATA-C-TGA--TATC--AC-ACTTTT--A-TTGT-TAT--AATTTGTAT--TTAG---C-AAA---ATGCTTGAAT-C---AAAA----T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTTTTT
gi|20 : TAATGTAACAATTAC-GC-TTAATGTA-------AC------AT----TAA-GAA--GTGCAGTTgg
gi|3 : GCTAATGCAACATTTAT-GCTT-AATGTAACAAACTACCTGTACAT----TAA-GAG--GCGCAGTTGCAACACTTAATGC---GA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAA----TATAAACCGTTAATGTT-A---CAAT-CGGCCCAAATGACAC---AACCGTATC-AT--GAAGCGGTTAATTT--GCAATGATGTTGCTACGCTTAATGC-TACA-AAGCCCAATTTGCAG-TCCAAACCGCTAATATACATGTAACAC-CAGGTT-CTATCATTAATTGTTGGA------ACCTCAACACTTCTCACACTTAATGTAACTAATCTTCAATGT-TTATCTAAACC-TTTCCATG-T-T----TGTC--AC-ATTTTC--A-TT---------ATT----T--CGAAGTCC-AAA---ATGC
gi|4 : aaccTGAAGCAAACTTC------AG----AAAAGGG--GTGCAGTCGCAACGCTTAAT-T---AATGATCCAAATCATCGCT-TTAACGGTCCACAG----TATAAACTG--A--------------------T-AATGATAC---AAATGTATCAATTATAAGCGTTCCATCT--GC--TG----TGC---------TGA-TACA-ACTACGAA-TTGCAG-TCCAAACCACTG------ATGATCCAA-CGAGTTATTA-CA--AATC--TGCAGTGTTTGCTTGA---------ATTTTTCAAGACATAAAT----AACTT-TTATCT-AGCTGTTTCCCCG-G-T-A-----------ATTT------GTGC-T-T--CAGA----T--CAGG---C-AGATCGGTGTTCGAAT-G---AAAA----T-TGCTCT-TTATACTGATA--TTTCAAAATCCGAAACGTaactt
gi|5 : ggttgtgctcaaaagctgGCAAATGTGACAATTACTGCTTATATGTACCAAACTAC------ATGCATTAA-GAGAGGTGCAGTTGCAACGCTTAATGTTACAA-----AAAATTGTAA-A-TTAAAGGTCTACAG----TAATAACCGTTAATGTA-AACCCACCCCCCCCTCAATGATGC---AAT-GTCTC-AT--TAAGCAATTCATTT--GCAATAATGTTGTAACGCCT-CTAC-TAGACACGCCAAATTTACAG-TCCAaaggtttcg
gi|6 : aaccAATGTAATAATTAC-GCTT-AATGTAACAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTGCAGTTGCAACGCTTAATGT---TA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCTTTAATGCA-A---CAATTCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAACAATGTTGTAACGCTTAATGC-GACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACAGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTAcctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|7 : cTGCAA---TTAATGCCTACA-ACGCCA----TGCAAATCCAAACCGCTA------A-GTA-CAA-CAG-TTATTATCACTAAGCGTTGCA------ACTTTA---------AACCTTAATTGAACAAATTTGC-ATGT-TTATCAAAACTCTTTCCATA-CAT-AACTATC--AC-A--TTT--ACCTGC-TATA-AATT----TTATTAG---TAAAA---ATTATTGTAT-A---AAAA----TCTTCTCT-CT------a
gi|8 : CGCT-AATGA---AA-----TAA-TT---ACACTTGATG--TTACAG----CGTCAACCGTTAAT-TATA---CAATTTCCCCT-AATGATAC---AATTGAATC-AG--TAAGTATTCCACTTAAGTAGTTCTTTTGCAACGATTAAT
gi|9 : atttaacaatacaactttcatagacacatgcaaacactatttaaaaaggtgacatatttattaac--TAAGCGGTACATTT--GCAATGATGTTGTAACGTTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTACAG-TCCAAACCGTTA------ATGTAACAA-CAG----------------GTTGCA------ACTTTA---------ACACCTAATGTAAGAAATATGCAAAGT-GTATCTAAAAT-TTCCCATACT-T-A--TATCATGCTATTCTTGAA-TTGC-TATACAATT----T--TTca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATGAGATAAACTCTTATGTACTACATAACGTTAACTGTATAACTGTAAATTCTTTGAGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 1111 1111111111 1111 11111 111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 111 111111 1 1 1 1
lowQualScore : 5 5 5 0000 777 444444 0000 5 66 888 5 5 5555555555 5 0000 0 55 888 1 5 888 6 5 66 66 3 3 3 999999 0 3 3 22222 3 1 777777777 1 1 4 2 8 8 5555 1111111111111111111111111111111111111111111111 888 0 55555 5 5 5 6666666 99 1 99 999 0 666666 7 3 3 3 5
lowQualScore : . . . .... ... ...... .... . .. ... . . .......... . .... . .. ... . . ... . . .. .. . . . ...... . . . ..... . . ......... . . . . . . .... .............................................. ... . ..... . . . ....... .. . .. ... . ...... . . . . .
lowQualScore : 7 7 0 6666 000 444444 6666 0 99 888 7 7 6666666666 0 6666 2 55 888 4 0 888 2 0 11 11 3 3 1 666666 3 3 3 77777 6 9 888888888 9 4 4 7 9 9 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 888 1 77777 7 7 7 6666666 22 0 22 000 7 000000 3 3 3 3 0
consensus : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
Reference ( family-862 ) : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|1 : GCTAATGTAACAATTAC-GCTTTA-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGC-TACA-ACGCCAAATCTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-TAGGTAATT-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCT---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGTATTAATTAAACT-TTTCCATAT-T-A--TATTCAAC-ATTCTT--A-TTGC-TA---AATC----T--TTA----------------CTTCAAT-C---AAAATT-TTCTCC-T--------CG--TTTCAAAGTCCAACTTGTTACTTAGTTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTTCTGATCACTTATACA-TTGGATACTTTGATGCCGCTGGGCAAAATTTTAACCACAACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|10 : ATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACTGCTA------ATGTAACAC-CATGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTT--------------CTTAATGTAACAAGTCGGCAATGT-TTATCTAA-----------AC-T-A--TATC--AT-ATTTGT--A-CTGC-TATA-AATTCTA-T--TTAGG---T-AAA---A----------A---AAAG-T-TTGT-T-TC------ATT--TTTAAAA
gi|11 : AATTGTAACA-TTAACGGTCTACAGCTAGTATAAACCGTCAATGTT-A---TAACCCCCCCC-CCT----CCCTAATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGA-TACA-ACGCCAAATTTGCAA-TCCAAAT---------------------CAAGTTA-T-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTT
gi|12 : GCTTAATGC-TACT-ACGCCAAATTTGCAG-CCCAAACCGCTA------GTGTAACAATCGGGTTA-T-----ATCATGAAGCG-TGGCAACTTCA---------ACGCTTAATTTAACAAGGCTGCAATGT-TTATCTAAGCT-TTTCCATAC-
gi|13 : --TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCTGACCACTTATACATCTGGATACTTTGGTG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGTACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTTggata
gi|14 : taAATGC-TACA-ACACCAAATTTGCAA-TCCAAACTGCTT------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-GTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAAT
gi|15 : tgttacattagcagtttctac-TTATCTAATCT-TTTCCATAC-T----TATT--G------TT--A---AC-TGT----TT----T--TTA-C---A-AAA---ATGCTTGAATCA---AAAA-T-TTCTTTCTT------ATGTTTTTG-AAGTTCAAAATGTTACTT--TTGGCT
gi|16 : ctgT--A-TTGTGTATC-AGTT----T--TTT-A---C-AAA---ATGCTTGAAT-ATCAAAAG-T-TTC-CA-TT------ATG--TTTGAA-GTCCAAAATGTAACTT--TTGGCattg
gi|17 : --TTAGCTCATCTGATCGGAG------CGATCAAGT------CTGGAAACTT-GATG-CGCTGGAC-CAGTTTTAACAA-AACGTAGC
gi|19 : CAG-TCCAAGCCGCTA------ATGTAGCTA-CATGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAA
gi|2 : TAATGCAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---AAGTTGT-AAC-GCTTAATGT---AC-----CAAATTGTAATA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCACAC-T-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCGAACCGATA------ATGTAACAA-TAGGTTA-T-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATCT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-TGA--TATC--AC-ACTTTT--A-TTGT-TAT--AATTTGTAT--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-C---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TT
gi|20 : TAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTA---------AC------AT----TAA-GAA--GTG---CAGTTtgg
gi|3 : GCTAATGCAACATTTAT-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTACCTGTACAT----TAA-GAG--GCG---CAGTTGC-AAC-ACTTAATGC---GA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAA----TATAAACCGTTAATGTT-A---CAATCGGCCCA-AATGACAC---AACCGTATC-AT--GAAGCGGTTAATTT--GCAATGATGTTGCTACGCTTAATGC-TACA-AAGCCCAATTTGCAG-TCCAAACCGCTAATATACATGTAACAC-CAGGTTC-T-----ATCATTAATTG-TTGGAACCTCAACACTTCTCACACTTAATGTAACTAATCTTCAATGT-TTATCTAAACC-TTTCCATGT-T----TGTC--AC-ATTTTC--A-TT---------ATT----T--CGA-AGTCC-AAA---ATGC
gi|4 : aaccTTGT-GCTC-A-AAAGCTGTGAAGCAAACTTC------AG----AAAAGGG--GTG---CAGTCGC-AAC-GCTTAAT-T---AATGATCCAAATCATCGCT-TTAACGGTCCACAG----TATAAACTG--A--------------------T-AATGATAC---AAATGTATCAATTATAAGCGTTCCATCT--GC--TG----TGC---------TGA-TACA-ACTACGAA-TTGCAG-TCCAAACCACTG------ATGATCCAA-CGAGTTA-TTACAAATC-TGCAGTGTTTG---CTTGA---------ATTTTTCAAGACATAAAT----AACTT-TTATCT-AGCTGTTTCCCCGG-T-A-----------ATTT------GTGC-T-T--CAGA----T--CAG-G---C-AGATCGGTGTTCGAAT-G---AAAA-T-TGCTCT-TTATACTGATA--TTTCAAAATCCGAAACGTaactt
gi|5 : ggGCAAATGTGACAATTACTGCTT-ATA----TGTAC--CAAACTAC------ATGCATTAA-GAGAGGTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGTTACAA-----AAAATTGTAA-A-TTAAAGGTCTACAG----TAATAACCGTTAATGTA-AACCCACCCCCCCCTCAATGATGC---AAT-GTCTC-AT--TAAGCAATTCATTT--GCAATAATGTTGTAACGCCT-CTAC-TAGACACGCCAAATTTACAG-TCCAaaggtttcg
gi|6 : aaccAATGTAATAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---TA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCTTTAATGCA-A---CAATTCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAACAATGTTGTAACGCTTAATGC-GACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACAGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-cctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|7 : cTGCAA---TTAATGCCTACA-ACGCCA----TGCAAATCCAAACCGCTA------A-GTA-CAA-CAG-TTA-TT----ATCACTAAGCG-TTGCAACTTTA---------AACCTTAATTGAACAAATTTGC-ATGT-TTATCAAAACTCTTTCCATACAT-AACTATC--AC-A--TTT--ACCTGC-TATA-AATT----TTATTA-G---TAAAA---ATTATTGTAT-A---AAAA-TCTTCTCT-CT------a
gi|8 : -A----TGCAA---ACACTAT------TT----AAA-AAG--GTGACATATTTATTAACCGCT-AATGA---AA-----TAA-TT---ACACTTGATG--TTACAG----CGTCAACCGTTAAT-TATA---CAATTTCCCCT-AATGATAC---AATTGAATC-AG--TAAGTATTCCACTTAAGTAGTTCTTTTGCAACGATTAAT
gi|9 : atttaacaatacaactttcatagacac--TAAGCGGTACATTT--GCAATGATGTTGTAACGTTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTACAG-TCCAAACCGTTA------ATGTAACAA-CAG---------------------G-TTGCAACTTTA---------ACACCTAATGTAAGAAATATGCAAAGT-GTATCTAAAAT-TTCCCATACTT-A--TATCATGCTATTCTTGAA-TTGC-TATACAATT----T--TTca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATGAGATAAACTCTTATGTACTACATAACGTTAACTGTATAACTGTAAATTCTTTGAGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 1111 1111111111 1111 11111 111111111 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111111 111 111111 1 1 1 1
lowQualScore : 5 5 5 0000 777 444444 0000 5 66 888 5 5 5555555555 5 0000 0 55 888 1 5 888 6 5 66 66 3 3 3 999999 0 3 3 22222 3 1 777777777 1 1 4 2 8 8 5555 1111111111111111111111111111111111111111111111 888 0 55555 5 5 5 6666666 99 1 99 999 0 666666 7 3 3 3 5
lowQualScore : . . . .... ... ...... .... . .. ... . . .......... . .... . .. ... . . ... . . .. .. . . . ...... . . . ..... . . ......... . . . . . . .... .............................................. ... . ..... . . . ....... .. . .. ... . ...... . . . . .
lowQualScore : 7 7 0 6666 000 444444 6666 0 99 888 7 7 6666666666 0 6666 2 55 888 4 0 888 2 0 11 11 3 3 1 666666 3 3 3 77777 6 9 888888888 9 4 4 7 9 9 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000 888 1 77777 7 7 7 6666666 22 0 22 000 7 000000 3 3 3 3 0
consensus : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
Reference ( family-862 ) : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|1 : GCTAATGTAACAATTAC-GCTTTA-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGC-TACA-ACGCCAAATCTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-TAGGTAATT-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCT---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGTATTAATTAAACT-TTTCCATAT-T-A--TATTCAAC-ATTCTT--A-TTGC-TA---AATC----T--TTA----------------CTTCAAT-C---AAAATT-TTCTCC-T--------CG--TTTCAAAGTCCAACTTGTTACTTAGTTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTTCTGATCACTTATACA-TTGGATACTTTGATGCCGCTGGGCAAAATTTTAACCACAACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|10 : ATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACTGCTA------ATGTAACAC-CATGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTT--------------CTTAATGTAACAAGTCGGCAATGT-TTATCTAA-----------AC-T-A--TATC--AT-ATTTGT--A-CTGC-TATA-AATTCTA-T--TTAGG---T-AAA---A----------A---AAAG-T-TTGT-T-TC------ATT--TTTAAAA
gi|11 : AATTGTAACA-TTAACGGTCTACAGCTAGTATAAACCGTCAATGTT-A---TAACCCCCCCC-CCT----CCCTAATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGA-TACA-ACGCCAAATTTGCAA-TCCAAAT---------------------CAAGTTA-T-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTT
gi|12 : GCTTAATGC-TACT-ACGCCAAATTTGCAG-CCCAAACCGCTA------GTGTAACAATCGGGTTA-T-----ATCATGAAGCG-TGGCAACTTCA---------ACGCTTAATTTAACAAGGCTGCAATGT-TTATCTAAGCT-TTTCCATAC-
gi|13 : --TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCTGACCACTTATACATCTGGATACTTTGGTG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGTACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTTggata
gi|14 : taAATGC-TACA-ACACCAAATTTGCAA-TCCAAACTGCTT------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-GTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAAT
gi|15 : tgttacattagcagtttctac-TTATCTAATCT-TTTCCATAC-T----TATT--G------TT--A---AC-TGT----TT----T--TTA-C---A-AAA---ATGCTTGAATCA---AAAA-T-TTCTTTCTT------ATGTTTTTG-AAGTTCAAAATGTTACTT--TTGGCT
gi|16 : ctgT--A-TTGTGTATC-AGTT----T--TTT-A---C-AAA---ATGCTTGAAT-ATCAAAAG-T-TTC-CA-TT------ATG--TTTGAA-GTCCAAAATGTAACTT--TTGGCattg
gi|17 : --TTAGCTCATCTGATCGGAG------CGATCAAGT------CTGGAAACTT-GATG-CGCTGGAC-CAGTTTTAACAA-AACGTAGC
gi|19 : CAG-TCCAAGCCGCTA------ATGTAGCTA-CATGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAA
gi|2 : TAATGCAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---AAGTTGT-AAC-GCTTAATGT---AC-----CAAATTGTAATA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCACAC-T-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCGAACCGATA------ATGTAACAA-TAGGTTA-T-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATCT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-TGA--TATC--AC-ACTTTT--A-TTGT-TAT--AATTTGTAT--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-C---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TT
gi|20 : TAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTA---------AC------AT----TAA-GAA--GTG---CAGTTtgg
gi|3 : GCTAATGCAACATTTAT-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTACCTGTACAT----TAA-GAG--GCG---CAGTTGC-AAC-ACTTAATGC---GA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAA----TATAAACCGTTAATGTT-A---CAATCGGCCCA-AATGACAC---AACCGTATC-AT--GAAGCGGTTAATTT--GCAATGATGTTGCTACGCTTAATGC-TACA-AAGCCCAATTTGCAG-TCCAAACCGCTAATATACATGTAACAC-CAGGTTC-T-----ATCATTAATTG-TTGGAACCTCAACACTTCTCACACTTAATGTAACTAATCTTCAATGT-TTATCTAAACC-TTTCCATGT-T----TGTC--AC-ATTTTC--A-TT---------ATT----T--CGA-AGTCC-AAA---ATGC
gi|4 : aaccTTGT-GCTC-A-AAAGCTGTGAAGCAAACTTC------AG----AAAAGGG--GTG---CAGTCGC-AAC-GCTTAAT-T---AATGATCCAAATCATCGCT-TTAACGGTCCACAG----TATAAACTG--A--------------------T-AATGATAC---AAATGTATCAATTATAAGCGTTCCATCT--GC--TG----TGC---------TGA-TACA-ACTACGAA-TTGCAG-TCCAAACCACTG------ATGATCCAA-CGAGTTA-TTACAAATC-TGCAGTGTTTG---CTTGA---------ATTTTTCAAGACATAAAT----AACTT-TTATCT-AGCTGTTTCCCCGG-T-A-----------ATTT------GTGC-T-T--CAGA----T--CAG-G---C-AGATCGGTGTTCGAAT-G---AAAA-T-TGCTCT-TTATACTGATA--TTTCAAAATCCGAAACGTaactt
gi|5 : ggGCAAATGTGACAATTACTGCTT-ATA----TGTAC--CAAACTAC------ATGCATTAA-GAGAGGTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGTTACAA-----AAAATTGTAA-A-TTAAAGGTCTACAG----TAATAACCGTTAATGTA-AACCCACCCCCCCCTCAATGATGC---AAT-GTCTC-AT--TAAGCAATTCATTT--GCAATAATGTTGTAACGCCT-CTAC-TAGACACGCCAAATTTACAG-TCCAaaggtttcg
gi|6 : aaccAATGTAATAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---TA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCTTTAATGCA-A---CAATTCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAACAATGTTGTAACGCTTAATGC-GACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACAGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-cctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|7 : cTGCAA---TTAATGCCTACA-ACGCCA----TGCAAATCCAAACCGCTA------A-GTA-CAA-CAG-TTA-TT----ATCACTAAGCG-TTGCAACTTTA---------AACCTTAATTGAACAAATTTGC-ATGT-TTATCAAAACTCTTTCCATACAT-AACTATC--AC-A--TTT--ACCTGC-TATA-AATT----TTATTA-G---TAAAA---ATTATTGTAT-A---AAAA-TCTTCTCT-CT------a
gi|8 : -A----TGCAA---ACACTAT------TT----AAA-AAG--GTGACATATTTATTAACCGCT-AATGA---AA-----TAA-TT---ACACTTGATG--TTACAG----CGTCAACCGTTAAT-TATA---CAATTTCCCCT-AATGATAC---AATTGAATC-AG--TAAGTATTCCACTTAAGTAGTTCTTTTGCAACGATTAAT
gi|9 : atttaacaatacaactttcatagacac--TAAGCGGTACATTT--GCAATGATGTTGTAACGTTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTACAG-TCCAAACCGTTA------ATGTAACAA-CAG---------------------G-TTGCAACTTTA---------ACACCTAATGTAAGAAATATGCAAAGT-GTATCTAAAAT-TTCCCATACTT-A--TATCATGCTATTCTTGAA-TTGC-TATACAATT----T--TTca
blockSeqs : T . T AAGC AAG CTGTAC GCAT A AG ACA T C AATGATC C CTAG AT ACC C C CCT T A TA AA C C A ATATAC T . TACAA T C ACACTTCTC G C . G G A AAC ATATTTGTACTGCTATAAATTCTATTTAGGT TCG ATCA . C C TATACTG TT A . AG ATACAT T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . TACAA . . T . A . . C . . . . . . . . . T . C . G C . T C T GA ACACTTTTATTGTTATAATTTGTATTTAGC . CA . . . C . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AC . . A . G . . C . . . . . . . . . . . C . G C . A . . A ACATTTACCTGCTATAAATTTTATTAGTA . A . . . T . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . GA . . T . C . . T . . . . . . . . . . . C . A C . A . . A ACATTTTCATTATTTCGAAGTCC . C . . . T . G .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . TA . . A . C . . T . . . . . . . . . . . G . T T . G . . A ATTTGTGCTTCAGATCAGGC . G . . . T . C .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . AA . . A . T . . T . . . . . . . . . . . T . C A . A . . . GTTAACTGTTTTTTACA . A . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ACATTTNCACTGTTATAAATTTTATTAGC***************** T****** **
originalCons : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--GC-ATTTTT--A-TTGC-TAT--AATT----T--TTA-G---C-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
finalCons : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTA-T-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATCACATTTNCACTGTTATAAATTTTATTAGC-----------------AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAA-T-TTCTCT-TT------ATG--TTTGAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAG-TTCCGATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATG-CGCTGGGC-AAATTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATGAGATAAACTCTTATGTACTACATAACGTTAACTGTATAACTGTAAATTCTTTGAGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 1111 1111111111 1111 11111 111111111 111111111111111 4444444444 11111 111111 111 1111111 111111 1 1 1 1
lowQualScore : 5 5 5 0000 777 444444 0000 5 66 888 5 5 5555555555 5 0000 0 55 888 1 5 888 6 5 66 66 3 3 3 999999 0 3 66666 3 1 777777777 1 1 4 2 8 8 666666666666666 66 55 4 888 0 4444444444 888 55555 5 5 5 666666 000 7 99 6666666 666666 7 3 3 3 5
lowQualScore : . . . .... ... ...... .... . .. ... . . .......... . .... . .. ... . . ... . . .. .. . . . ...... . . ..... . . ......... . . . . . . ............... .. .. . ... . .......... ... ..... . . . ...... ... . .. ....... ...... . . . . .
lowQualScore : 7 7 0 6666 000 444444 6666 0 99 888 7 7 6666666666 0 6666 2 55 888 4 0 888 2 0 11 11 3 3 1 666666 3 3 44444 6 9 888888888 9 4 4 7 9 9 444444444444444 99 22 4 666 9 0000000000 888 77777 7 7 7 444444 222 3 22 0000000 000000 3 3 3 3 0
consensus : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTAT-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--A---CAT--TTNTACTGC-TATA-AATTTTA-TT--AGC-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAAT-TT-CTCT-TT------ATGTTT--GAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTCC-GATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATGC-GCTGGGCAAA-TTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
Reference ( family-862 ) : GCTAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTAT-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-T-A--TATC--A---CAT--TTNCACTGT-TATA-AATTTTA-TT--AGC-AAA---ATGCTTGAAT-A---AAAAT-TT-CTCT-TT------ATGTTT--GAAAGTCCAAAATGTTACTT--TTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTCC-GATCACTTATACA-CTGGATACTTTGATGC-GCTGGGCAAA-TTTTAACCA-AACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|1 : GCTAATGTAACAATTAC-GCTTTA-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---AA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGC-TACA-ACGCCAAATCTGCAG-TCCAAACCGCTA------ATGTAACAA-TAGGTAATT----ATCATTAAGCG-TTGCAACTTCT---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATGTATTAATTAAACT-TTTCCATAT-T-A--TATTCAA---CAT--TCTTATTGC-TA---AATCTT-----------------TACTTCAAT-C---AAAAT-TTTCTCC-TC--------GTTT--CAAAGTCCAACTTGTTACTTAGTTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTTCTGATCACTTATACA-TTGGATACTTTGATGCCGCTGGGCAAAATTTTAACCACAACGTAGCACACATCCTACTCTGGGGATTCAACTTTGTTT
gi|10 : ATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACTGCTA------ATGTAACAC-CATGTTAT-----ATCATTAAGCG-TTGCAACTT--------------CTTAATGTAACAAGTCGGCAATGT-TTATCTAA-----------AC-T-A--TATC--A---TAT--TTGTACTGC-TATA-AATTCTA-TTTAGGT-AAA---A----------A---AAAGT-TT-GT-T-TC------ATTTTT--AAAA
gi|11 : AATTGTAACA-TTAACGGTCTACAGCTAGTATAAACCGTCAATGTT-A---TAACCCCCCCC-CCT----CCCTAATTGTATC-AT--TAAGTGGTTCATTT--GCAATGATGTTGCAACACTTAATGA-TACA-ACGCCAAATTTGCAA-TCCAAAT---------------------CAAGTTAT-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTT
gi|12 : GCTTAATGC-TACT-ACGCCAAATTTGCAG-CCCAAACCGCTA------GTGTAACAATCGGGTTAT-----ATCATGAAGCG-TGGCAACTTCA---------ACGCTTAATTTAACAAGGCTGCAATGT-TTATCTAAGCT-TTTCCATAC-
gi|13 : --TTAGCTCACCTGAGCTGAAAGTTCT-GACCACTTATACATCTGGATACTTTGGTGC-GCTGGGCAAA-TTTTAACCA-AACGTAGTACACATCCTACT-TGGGGATTCAACTTTGTTTggata
gi|14 : taAATGC-TACA-ACACCAAATTTGCAA-TCCAAACTGCTT------ATGTAACAA-CAGGTTAT-----ATCATTAAGCG-GTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAAT
gi|15 : tgttacattagcagtttctac-TTATCTAATCT-TTTCCATAC-T----TAT---------T--GTTAACTGT-T------TTTTA-C---A---AAA---ATGCTTGAATCA---AAAAT-TT-CTTTCTT------ATGTTTTTGAA-GTTCAAAATGTTACTT--TTGGCT
gi|16 : ctgATTGTGTATC-AGTTTT--TT--A-C-AAA---ATGCTTGAAT-ATCAAAAGT-TT-C-CA-TT------ATGTTT--GAA-GTCCAAAATGTAACTT--TTGGCattg
gi|17 : t--TTAGCTCATCTGATCGGAG-----C-GATCAAGT------CTGGAAACTT-GATGC-GCTGGACCAG-TTTTAACAA-AACGTAGC
gi|19 : CAG-TCCAAGCCGCTA------ATGTAGCTA-CATGTTAT-----ATCATTAAGCG-TTGCAA
gi|2 : TAATGCAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---AAGTTGT-AAC-GCTTAATGT---AC-----CAAATTGTAATA-TTAACGGTCTGCAG----TAGAAACCGTTAATGTA-A---CAATCACAC-T-AATGATAC---AATCGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTC--GCAATGATGTTGCAACGCTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCGAACCGATA------ATGTAACAA-TAGGTTAT-----ATTATTAAGCG-TTGCAACTTCA---------ACGCTTAATGTAACAAATCTGCAATCT-TTATCTAAACT-TTTCCATAC-TGA--TATC--A---CAC--TTTTATTGT-TATA-ATTTGTATTT--AGC-AAA---ATGCTTGAAT-C---AAAAT-TT-CTCT-TT------ATGTTT--GAAAGTCCAAAATGTTACTT--TT
gi|20 : TAATGTAACAATTAC-GCTT-A-A----TGTA---------AC------AT----TAA-GAA--GTG---CAGTTtgg
gi|3 : GCTAATGCAACATTTAT-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTACCTGTACAT----TAA-GAG--GCG---CAGTTGC-AAC-ACTTAATGC---GA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAA----TATAAACCGTTAATGTT-A---CAATCGGCCCA-AATGACAC---AACCGTATC-AT--GAAGCGGTTAATTT--GCAATGATGTTGCTACGCTTAATGC-TACA-AAGCCCAATTTGCAG-TCCAAACCGCTAATATACATGTAACAC-CAGGTTCT-----ATCATTAATTG-TTGGAACCTCAACACTTCTCACACTTAATGTAACTAATCTTCAATGT-TTATCTAAACC-TTTCCATGT-T----TGTC--A---CAT--TTTCATTAT-TTCG-AAGTC---------C-AAA---ATGC
gi|4 : aaccTTGT-GCTC-A-AAAGCTGTGAAGCAAACTTC------AG----AAAAGGG--GTG---CAGTCGC-AAC-GCTTAAT-T---AATGATCCAAATCATCGCT-TTAACGGTCCACAG----TATAAACTG--A--------------------T-AATGATAC---AAATGTATCAATTATAAGCGTTCCATCT--GC--TG----TGC---------TGA-TACA-ACTACGAA-TTGCAG-TCCAAACCACTG------ATGATCCAA-CGAGTTATTACAAATC-TGCAGTGTTTG---CTTGA---------ATTTTTCAAGACATAAAT----AACTT-TTATCT-AGCTGTTTCCCCGG-T-A-------------AT--TTGTGCT-T-CAGA-----TCA-----GGC-AGATCGGTGTTCGAAT-G---AAAAT-TG-CTCT-TTATACTGATATTT--CAAAATCCGAAACGTaactt
gi|5 : ggGCAAATGTGACAATTACTGCTT-ATA----TGTAC--CAAACTAC------ATGCATTAA-GAGAGGTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGTTACAA-----AAAATTGTAA-A-TTAAAGGTCTACAG----TAATAACCGTTAATGTA-AACCCACCCCCCCCTCAATGATGC---AAT-GTCTC-AT--TAAGCAATTCATTT--GCAATAATGTTGTAACGCCT-CTAC-TAGACACGCCAAATTTACAG-TCCAaaggtttcg
gi|6 : aaccAATGTAATAATTAC-GCTT-A-A----TGTAA--CAAACTAC------AT----TAA-GAG--GTG---CAGTTGC-AAC-GCTTAATGT---TA-----CAAATTGTAACA-TTAACGGTCTACAG----TATAAACCTTTAATGCA-A---CAATTCCCCCT-AATGATAC---AATTGTATC-AT--TAAGCGGTTCATTT--GCAACAATGTTGTAACGCTTAATGC-GACA-ACGCCAAATTTGCAG-TCCAAACAGCTA------ATGTAACAA-CAGGTTAcctgtatgcatattttactgctataataattttatttagtaaaatggctg
gi|7 : cTGCAA---TTAATGCCTACA-ACGCCA----TGCAAATCCAAACCGCTA------A-GTA-CAA-CAG-TTATT----ATCACTAAGCG-TTGCAACTTTA---------AACCTTAATTGAACAAATTTGC-ATGT-TTATCAAAACTCTTTCCATACAT-AACTATC--A---CAT--TTAC-CTGC-TATA-AATTTTA-TT--AGTAAAA---ATTATTGTAT-A---AAAATCTT-CTCT-CT------a
gi|8 : -A----TGCAA---ACACTAT------TT----AAA-AAG--GTGACATATTTATTAACCGCT-AATGA---AA-----TAA-TT---ACACTTGATG--TTACAG----CGTCAACCGTTAAT-TATA---CAATTTCCCCT-AATGATAC---AATTGAATC-AG--TAAGTATTCCACTTAAGTAGTTCTTTTGCAACGATTAAT
gi|9 : atttaacaatacaactttcatagacac--TAAGCGGTACATTT--GCAATGATGTTGTAACGTTTAATGC-TACA-ACGCCAAATTTACAG-TCCAAACCGTTA------ATGTAACAA-CAG--------------------G-TTGCAACTTTA---------ACACCTAATGTAAGAAATATGCAAAGT-GTATCTAAAAT-TTCCCATACTT-A--TATC--ATGCTATTCTTGAATTGC-TATACAATTTTca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATGAGATAAACTCTTATGTACTACATAACGTTAACTGTATAACTGTAAATTCTTTGAGCTA