lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 2222222 33333333333333333333333333333333 1111111111 1111 2222222222222222222222 11 111 333 1111 1 1
lowQualScore : 0000 11 8 111 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 4444444 1111111 8 7 4 66 44444444444444444444444444444444 2 55 6666666666 3333 4 777 1 2222222222222222222222 4 88 4 55 5 333 5 5 333 5 0 4 4 99 6 5 0000 5 5 77 6 5 5
lowQualScore : .... .. . ... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. ....... ....... . . . .. ................................ . .. .......... .... . ... . ...................... . .. . .. . ... . . ... . . . . .. . . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8888 66 0 000 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 4444444 4444444 9 2 4 33 00000000000000000000000000000000 9 55 2222222222 9999 4 888 1 1111111111111111111111 4 88 0 55 0 888 0 0 222 0 1 0 0 55 0 0 6666 7 7 99 7 0 0
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGTATA-C-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GG--NA-T-C---A--TGATATA-GATATAAAA--GAGC-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG--TAG-CG-TAAATT-ACGTG-------TAA-T-----A---AC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT--AGCCACATTNTGA-TCAT-GGCATGAACAAAT--------GTTTT---TC------GA-A-------CTTTC---AAA-AAA-ATAAA-----A-ATA-----TGC---------NTGAA--G-GAA--A--------------T-AT-CC--ATT----AA-TGTA--AACGAATCATGTC----AAAAT--AT---CACCC-A----ACC------C--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CA--TTA-------GAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT-A---TAT--------------CNTT--ATA----TNT---GTC----AA-CAGGCTGCG---TGCATGAT------AACG----TC-GT-TTTTTC-C--CCT-A---TGAC-C-TTTGA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AGTGTGCAAA
Reference ( gi|4 ) : CGGTTTTTTTTTATTT---AGTATA-C-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GG--TA-T-C---A--TGATATAAGATATAAAA-GGAGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG--TAG-CG-TAAAGT-ACGT--------TAA-T-----A---AC----------TA------TA---------TTTGGAA--ATTT--CGCCATATTTTGA-TCATTGGCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---AAA-AAA-ATAAA-----A-ATA-----TGC---------CTGTA--G-GAA--A--------------T-AT-CT--ATT----AA-TGTA--AACGAATCAT-TC----AAAAT--AT---CACCC-ACC-CACC------C--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CA--TTA-------GAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT-A---GAT--------------CCTT--ATA----TGT---ATC----AA-CAGGCTGCG---TGCTTGAT------AACG----TT-AT-TTGTTC-C--CCT-A---TGAC-C-TTTGA-CCACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AGTGGGCCAA
gi|5 : TTTTTTTCTTTTT---GGTA---C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT--------------AAT-GAAAT--GG--CAAT-C---A--T-ATATA-GATATAAA---GAGTTAAACAT---------A----G----G--GC--AGGTTAG-CG-TAA-------T--------T-------------------------CA------CA---------CTTAGAC--AT--------GTACATTAA-CTATT----TGAGCACAT----------TTT---TT------GA-A-------CTTTTTAAAAA-AAA-ATAAA-----ATATT-----TGC----------TAAA--G-GAA--A--------------T-AA-TT--CTT----AT-GGTA--AACGAATCATGTC----AAAAT--AT---CATCC--------C------C--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CA--TTA-------GAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT-A---TAT--------------CGTT--AAT----TTT---ATC----AA-CCAGCTTCA---TGCATGAT------AACG----TTCGT-TTTTTC-C--CCT-A---TGA--C-TTTGAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAGTGTGCAAA
gi|1 : tTTTTTTTTTATA----ATTATA-C-G-AATCGGAA------------------TTTGCAATTAGGTTTAAT-GAAAT--GG--GA-T-CTTCA--TAATATA-GATATAAAA---AGC-AACTGT---------A----G----T--CTT---------CG-T---GT-A------------AA-T-----------------------------TA---------TTTG-AA--ATTT--AGC-ACATGATGA-TCAT-GGCATGA-CAAATAGTAATATGTTCC---TC------AA-AGAAGAGACTTTT---AAA-AAA-ACAAA-----A-ACAAAATGTAC---------CTAAA--G-GAA--ACGTTTAATCTTCTAT-AT-CC--ATT----A--TGTA--AACTAATCATGTC----ATAAT--AT---CGCAC-A-----------------A--AA-A----------AT---------CA--TTA-------GAA--A----GT-CTGAA-AGAAA--GC---TAT-A---TAT--------------CCTT--ATACA--TGT---ATCTATCAA-CTGGCTGCG---TCC----------------------AT-TT-TTC-T--CTT-A---TGAC-C-TTTGA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGcatcta
gi|3 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTTTTTATTTTTGAGTATA-CTG-AATCA--A------------------G--------------AAT-GTGTT--GG--GG-T-T---AATTCAGATTAG-TATGATA-AGAGA-ACCCAT---------ATTGTG----GCAGCT-TG--TAG-CG-TTAATT-ACGTG-------TAAAT-----G---ACGTAAGATTCTTA------TAAGCCTATTCTTTGGAA---TTT--AGCTGTAATTTGAATCATATGC-TGA-CAAAT--------GTCTTGGGTT------GA-A-------CTT-C---AAA-AAATATAA---------TA-----TGC----------TGAAACG-GAA--A--------------T-AT-CCTAATC----TA-TGTA----CGAATCAT-GT----AAA-----T---CACCC-ACC-AACC------CTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CA--TTA-------GAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT-A---TAT--------------CCTTTAATA----TTTT--ATCG---AA-CAGGCTGCG---TGCT-GAT------AACG----TT-AT-TTTATC-C--CCT-AT--TGAC-C-TTTGA---A-GC--TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCt
gi|10 : ttcgTTTTTTATTT---AGT-TATC-GCAATCAGAA------------------T--------------AAT-GAATT--GG--C-----------TGGC----GAAATAAA---GAGT-AACCATATTTTTGGCA----G----A--GCTCAG--TAGACGCTAAATT-ACGTGTA-----TAA-CAGTAAA---AC----------TATATGCCTA---------TTTG--A--ATTTAGCGTCA---TTTGA-TCA-TGGCACTGACAAAT--------GTTTT---TT------GACA-------CTTTC---AAACAAACATAAA-----A-CTA-----TGCT--------TTGAA--GCGAAGCA--------------T-AT-CT--AT
gi|12 : gtcgTATA-C-G-AATCAGAA------------------TTGC-----------AATTGCAACTAGG--TT-T-A---A--TGAAGT--GATATAGAATAGGGC-A------------------------G--GCT-AG--TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTAA-T-----A---AC----------TA------T-----------TTG-AA--ATTT--AGT-ACATTT-AA-TCAT-GGCATGAG-AAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---AAA-AAA-
gi|2 : GAT------------------T--------------ATT-GAAGT--GG--GA-T-CTTTA--TGATATAGG-TATAAAA---AGC-AAGTAT--------------G----G--GCT-----TAG-TG-CAAATT-AC----------TAG-T-----ATTGA-----------TA------TA---------CATGTAA-----------CAT-----GA-CCAT-GGCGT--ACAAAC--------ATGCC---T----------A-------CTTTC---ACA-AAG-A-AGG-----A-A---------C---------GTTTA-----AA--A--------------TTATGCT--ATT----AAATGAA--AACG-----T-TT----GTAATCTAT---CGCC-------ACCATGTAAC--CA--AA----T-T-GT--GT---------CAAAGTAAAAGAAAGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT-A---CAT--------------CGTT--ATG----TAT---GCC----AA-CAGGCTGCG---TCCATAAA------AACG----TC-GT-TTTGTC-C--CC
gi|9 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttT-GAAAT--GGAGTA-TTC---A--TAATACA-GATATAAA---GAGT-AACCAT---------A----G----G--G-T-AG----G-CT-TA---T--CGT--------AAA-T-----------------------------TA---------TTTG-AA--ATTT--AGC-ACATGATGA-TCAT-GGCATGA-CAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---AAA-AAA-AAAAAAATAGA-ATA-----TGC---------AAAAG--G-AAA--A--------------T-AT-CC--ATT-----A-TTTA--AACGAATCATGTCCAAAAAAAA--AA---CACCC-A-----------------A--AA-A------AA--AT---------CA--TTA-------GAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC---TAT------AT--------------CCTT--A
gi|14 : -C---A--TGATATA-GATATAAA---GAGT-AACCAT---------A----GAGCAG--GCT--G--TCG-CG-TAAATTCACATG-------TGA-C-----A---TG----------TA------CA---------TT---AAGTATTT--GAGCACATTATGA-TCA
gi|8 : GGACAAATA-------GTTTC---TCTAATAGGA-A-------CTTTC---AAA-AAG-GTGAACAA--A-ATC-----TGCTCAAGCCCTCTGTG---------------------------T-TC--ATTGTACAG-TGTATGAACAAACTGTGTC----AAAAT--AA---AAAAC-AAA-CAAA------C--AA--AC-AAATGC-AC--AT----------A--TTA--------AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT-ACATGAT--------------GTAT--ATACATGTGT---GTC----AA-TAGGCTGCA---TCCATG-----------G----TT-ATATCGTTTTC--CCT-A---TGAC-C-TTTGA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--gatgtttttt
gi|13 : aTCATGTA----AAAAT--GT---CACTC-------CC------C--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CA--TTA-------GAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC-A---TAT--------------CGAT--AGA----TTT---ATC----AA-CAAGCTGCG---TGCATGAT------AACG----TC-GT-TTTTTC-C--CCaatattt
gi|7 : -TC----AAAAT--ATATTCACCCCACTTCACC------C--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCA--TTA-------GAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTA---GGTGCCTTATATTTATTCCTT--ATA----TTTTTTATC----AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCGTATATT-AT-TT-TTC-CAGCCTAA---TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGT
gi|11 : --AT---------CA--TTA-------AAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------T--------------CGTT--ATA----TAT---GTC----AAACAGTCTGCG---TCCATGAT------AACG----TTCGT-TTA--C-C--CCT-ATTTTGACAT-TTTGA-Ctgtggcaaagac
gi|15 : tagtttctcaaaaagggattttttttaaaaatatgctaattttaaaaggaaacgtttgatcctctttttatgtaaacaaattcgtgtcaaacatattggaggggaaaT--ACA----TAT---GTC----AA-CAAGGTG------GCATTAT------TAGA----TC-GT-TTCTTC-C----T-A---TGAC-C-TTTGA-G-ACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TGTGac
gi|16 : c-C--CCA-A---TTGC-C-TTTGA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCAtaca
gi|17 : aaaaggcacattccatggttagaccgtttatA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AGTGTGCAAA
gi|19 : AT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AGTGTGCAAAacatctataatgcag
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TGTGTGCAAAacatcta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CAACTCCATAACATACTGTAACAGGTCCAGTAGTTGGTAGAGGAGTACTGTCAAAGTTTAACATTTTTTTACGATTCAGAGTATACAATTAGACTGTAAATTACGGTTTAAATGAAATGGGATCTTGATAACATAGGTGTGAAAGCAAATAAATTAAATAACATAAGAAACAATTTTTTTAAAAACAAAAATCTGCTGAAGTAAACAATGATCCTCTGTATCCATGATATAAACAAATTGTGTCAAAATATAAAAAAGAATAAATCACAAGA
Unaligned ( gi|20 ): CGACGCCGAGTGTGCAAAACATCTATTGATCG
Unaligned ( gi|21 ): GCGACGCCGAGTGTGCAAAACATCTATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 8888888888888888888888 2222222222222 11111 4444444444444444444444444444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 11111111 2222222222222222 111111111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000 1111111 1111111111111111 11111 2222222222 111111 111 11
lowQualScore : 0 0 444 6 777 0000000000000000000000 5 66 5555555555555 66 66 3 4 3 4 33333 66 0000000000000000000000000000000 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 66 999 33 4 555 2 77 66666666 4 777 6666666666666666 777 4 4 888888888888888888888888 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 4 7777 3 6666 33 44444444444444444444444444444444444444444 8888888 8 4 88 77 8888888888888888 00000 1 666 55 8888 1 0000000000 4 4 000000 55 0 3 7 3 55 55 666 4 4 00 4 3 3 88 4 8888 5 4 55 4 4 4
lowQualScore : . . ... . ... ...................... . .. ............. .. .. . . . . ..... .. ............................... . . . ...................................................... . . .. ... .. . ... . .. ........ . ... ................ ... . . ........................ . ................................................................................ .. . .... . .... .. ......................................... ....... . . .. .. ................ ..... . ... .. .... . .......... . . ...... .. . . . . .. .. ... . . .. . . . .. . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8 8 000 7 555 1111111111111111111111 0 99 8888888888888 11 11 6 4 6 4 66666 11 9999999999999999999999999999999 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 4 11 888 00 4 111 0 77 11111111 4 888 1111111111111111 888 4 0 222222222222222222222222 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 0 7777 6 5555 22 55555555555555555555555555555555555555555 4444444 0 0 77 22 7777777777777777 00000 0 444 00 5555 0 5555555555 0 0 555555 00 3 6 3 6 00 00 777 4 4 66 4 6 6 66 0 5555 0 0 55 4 4 4
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGTATA-C-G-AATCAGAA------------------T---AA-TGAAAT--GGNA---T---C---A--T--GATATA-GATATAA-A--AG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTG-------TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTTAGCCACATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAA--------AT-GTTTT---TT------GA-------ACTTTC---A-AA-AAA-A--------TA-----AA-----A-ATATGC-------TGAA--G------GAA--------------A-------------T-----A-TCC--A---TT----N-----ATGTA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---G------TC-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Reference ( family-843 ) : NNNTTTTTTTTTATTT---AGTATA-C-G-AATCAGAA------------------T---AA-TGAAAT--GGNA---T---C---A--T--GATATA-GATATAA-A--AG-AGC-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTG-------TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTTAGCCACATTNTGA-TCAT-G-GCATGAACAA--------AT-GTTTT---TC------GA-------ACTTTC---A-AA-AAA-A--------TA-----AA-----A-ATATGC-N-----TGAA--G------GAA--------------A-------------T-----A-TCC--A---TT----A-----ATGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---G------TC-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|1 : TTTTTTTTTA-TA---ATTATA-C-G-AATCGGAATTTGCAATTAGGTT----T---AA-TGAAAT--GGGATCTT---C---A--T--AATATA-GATATAA-A--A--AGC-AACTGT---------A---------G--TCT------TCG-TG-TAAAT-----------------------------------------------TA---------TTTG-AA--ATTTAG-CACATGATGA-TCAT-G-GCATG-ACAAATAGTAATAT-GTTCC---TC------AAAGAAGAGACTTTT---A-AA-AAA-A--------CAAAAACAA-----A-ATGTAC-C-----TAAA--G------GAAACGTTTAATCTTCTA-------------T-----A-TCC--A---TT----------ATGTA--AACTAAT-CATGTC----ATA-ATAT---CGCAC-A----A------A--AA------------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AG-AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---T--ATA----CAT---GTATCTATC-AA-CTGGCTGCGTCC------A-----------------T--TTTTCT--CTTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGT
gi|10 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTT----TATTT---AGT-TATC-GCAATCAGAA------------------T---AA-TGAATT--GGC---------------T--GGC----GAAAT-A-A--AG-AGT-AACCATATTTTTGGCA----G----A--GCTCAG---TAGACGCTAAATT-ACGTG-------TATAACAGTA-AAAC----------TATATGCCTA---------TTTG--A--ATTTAGCGTCATT-TGA-TCAT-G-GCACTGACAA--------AT-GTTTT---TT------GAC------ACTTTC---A-AACAAACA--------TA-----AA-----A-CTATGCTT-----TGAA--GC-----GAAGC------------A-------------T-----A-TCT--A---T
gi|11 : gtcgt--------TA-----AA-----A-ATATGC-TAATTTTAAAA-G------GAA--------------A-------------CGTTTGA-TCC--TCTTTT----T-----ATGTA--AACAAATTCGTGTC----AAACATAT---TG----G----AGGG--GA--AA-AT--------------------CATTAAAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------------T-----CGT---T--ATA----TAT---G------TC-AAACAGTCTGCGTCC------AT--GATAA-CGTT-CG----TTTACC--CCTATTTTGACATTTT-GA--CAC
gi|12 : tagtttctcaaaaagggatttttttTATA-C-G-AATCAGAA------------------TTGCAATTGCAACTAGGTT---T---A---A--T--GAAGT--GATATAG-AATAG-GGC-A------------------------G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTA-------A-TAAC------------------TA---------TTTG-AA--ATTTAG-TACATT-TAA-TCAT-G-GCATGAG-AA--------AT-GTTTT---TT------GA-------ACTTTC---A-AA-AAA-
gi|13 : T-CATGTA----AAA-ATGT---CACTC-------CCC--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CATTAGAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC----------ATAT-----CGA---T--AGA----TTT---A------TC-AA-CAAGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CC
gi|14 : ---C---A--T--GATATA-GATAT-A-A--AG-AGT-AACCAT---------A----GAGCAG--GCT--G---TCG-CG-TAAATTCACATG-------TG-------A-CATG----------TA------CA---------TT---AAGTATTTGAGCACATTATGA-TCA
gi|15 : ---T--ACA----TAT---G------TC-AA-CAAGGTG---GC------AT--TATTA-GA-T-CGTT--TCTTCC----TA---TGAC-CTTT-GA--GACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TG-TGT-ACAgatgtttttt
gi|16 : cC------AT--GGTTA-GA-C-CGTT--TAT--C--CCAA---TTGC-CTTT-GA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCA
gi|17 : aaaaggcacattcA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TG-TGT-GCAAAacatctataatgcag
gi|19 : cAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAtcatcgaca
gi|2 : GAT------------------T---AT-TGAAGT--GGGA---T---CTTTA--T--GATATA-GGTATAA-A--A--AGC-AAGTAT--------------G----G--GCT------TAG-TG-CAAATT-AC----------TA-------G-TATT----------GA------TA---------T----AC--ATGTA---ACAT---GA-CCAT-G-GCGT--ACAA--------AC-ATGCC---T----------------ACTTTC---ACAA-AGA-AGGAACGTTTA-----AA-----A-TTATGC-TAT---TAAA--T------GAA--------------AACGTTTG------T-----AATCT--A---TC----GCCACCATGTA--ACCAAAT-TGTGTC----AAA-GTA----------A----A------A--GA-A-------------------------AGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT----------ACAT-----CGT---T--ATG----TAT---G------CC-AA-CAGGCTGCGTCC------AT--AAAAA-CG-T-CGTT--TTGTCC--CCacatcta
gi|20 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|21 : GCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAacatctattgatcg
gi|3 : TTTTTTTATTTTTGAGTATA-CTG-AATCA--A------------------G---AA-TGTGTT--GGGG---T---T---AATTCAGAT-TA-G-TATGATA--AG-AGA-ACCCAT---------ATTGTG----GCAGCT-TG---TAG-CG-TTAATT-ACGTG-------TA-------AATGACGTAAGATTCTTA------TAAGCCTATTCTTTG-GA--ATTTAGCTGTAATTTGAATCAT-ATGC-TGA-CAA--------AT-GTCTTGGGTT------GA-------ACTT-C---A-AA-AAATA--------TA-----A---------TATGC-------TGAAACG------GAA--------------A-------------T-----A-TCCTAA---TC----T-----ATGTA----CGAAT-CATGT-------A-A-AT---CACCC-ACCA-ACCCTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CATTAGAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---TTAATA----TTTT--A------TCGAA-CAGGCTGCGTGC-------T--GATAA-CG-T-TATT--TTATCC--CCTAT--TGAC-CTTT-GA--AGC----TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCacatctata
gi|4 : ttcgTTTTTTTTTATTT---AGTATA-C-G-AATCAGAA------------------T---AA-TGAAAT--GGTA---T---C---A--T--GATATAAGATATAA-A--AGGAGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAAGT-ACGT--------TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTGGAA--ATTTCGCCATATTTTGA-TCATTG-GCATGAACAA--------AT-GTTTT---TT------GA-------ACTTTC---A-AA-AAA-A--------TA-----AA-----A-ATATGC-C-----TGTA--G------GAA--------------A-------------T-----A-TCT--A---TT----A-----ATGTA--AACGAAT-CAT-TC----AAA-ATAT---CACCC-ACCC-ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT----------AGAT-----CCT---T--ATA----TGT---A------TC-AA-CAGGCTGCGTGC------TT--GATAA-CG-T-TATT--TGTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GAC-CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGG-GCCAA
gi|5 : cggTTTTTTTCTTTTT---GGTA---C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT---AA-TGAAAT--GGCAA--T---C---A--T---ATATA-GATATAA-A---G-AGTTAAACAT---------A----G----G--GC--AGGT-TAG-CG-TAATTC-AC-----------------------AC----------T-------TA------------G-AC--ATGTA----CATTA--A-CTAT-T----TGAGCAC--------AT---TTT---TT------GA-------ACTTTTTAAA-AA-AAA-A--------TA-----AA-----ATATTTGC-------TAAA--G------GAA--------------A-------------T-----AATTC------TT----A-----TGGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CATCC--------CC--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CATTAGAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT----------ATAT-----CGT---T--AAT----TTT---A------TC-AA-CCAGCTTCATGC------AT--GATAA-CGTT-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGA--CTTT-GAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAG-TGT-GCAAA
gi|6 : tA-AAA-A--------CA-----AA-----A-ATCTGC-------TGAA--G------TAA--------------ACAATGATCCTCTGT-----A-TCC--A---T-----G-----ATATA--AACAAAT-TGTGTC----AAA-ATAT---catcta
gi|7 : caactccataacatactgtaacaggtccagtagttggtagaggagtactgtcaaagtttaacatttttttacgattcagagtatacaattagactgtaaattacggtttaaatgaaatgggatcttgataacataggtgtgaaagcaaataaattaaataacataagaaacaatttttttTC----AAA-ATATATTCACCCCACTTCACCC--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCATTAGAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTAGGTGCCTTATATTTATTCCT---T--ATA----TTTTTTA------TC-AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCG-TATATTATTTTTCCAGCCTAA--TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGTTGTGGCAAAaaaaaagaataaatcacaaga
gi|8 : GGACAA--------ATAGTTTC---TCTAATAGGA-------ACTTTC---A-AA-AAG-G--------TG-----AACAA--A-ATCTGC-------TCAA--GCCCTCTG------------------------------T-----G-TTC--A---TTGTACA-----GTGTATGAACAAAC-TGTGTC----AAA-ATAA---AAAAC-A----AACAAACA--AACAAATGC-AC--AT----------ATTA-AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT----------ACAT-----GATGTAT--ATACATGTGT---G------TC-AA-TAGGCTGCATCC------AT--GGTTA-TA-T-CGTT--TT---C--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--AATA-T----TTgac
gi|9 : a-TGAAAT--GGAG---TATTC---A--T--AATACA-GATATAA-A---G-AGT-AACCAT---------A----G----G--G-T-AGGCTTAT-CG-TAAATT-A-------------------------------------------------------TTTG-AA--ATTTAGC-ACATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAA--------AT-GTTTT---TT------GA-------ACTTTC---A-AA-AAA-A--------AA-----AAAATAGA-ATATGC-A-----AAAG--G------AAA--------------A-------------T-----A-TCC--A---TT----------ATTTA--AACGAAT-CATGTCCAAAAAA-AAAA---CACCC-A----A------A--AA-A-A--------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC-----T----------ATAT-----CCT---T--A
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888 22222222222 111 44444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1 11111111 111111 1111111 1111111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000 1111111 11111111111111111111 11111 11111111111 111111 111 11
lowQualScore : 4444 6 3 777 000000000000000000000000000000000 5 66 44444444444 66 66 3 4 4 555 4 11111111111111111111111111 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 00 7 4 666 3 1 88888888 777 111111 4 4444444 777 4 4 5555555555 77777 4 777 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 7777 3 6666 33 44444444444444444444444444444444444444444 8888888 8 4 33 99999999999999999999 00000 1 666 55 8888 1 33333333333 4 4 000000 55 0 3 7 3 55 55 666 4 4 00 4 3 3 88 4 8888 5 4 55 4 4 4
lowQualScore : .... . . ... ................................. . .. ........... .. .. . . . ... . .......................... . . . ................................................... . .. .. . . ... . . ........ ... ...... . ....... ... . . .......... ..... . ... ... ....................................................................... . .. . .... . .... .. ......................................... ....... . . .. .................... ..... . ... .. .... . ........... . . ...... .. . . . . .. .. ... . . .. . . . .. . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8888 7 2 555 111111111111111111111111111111111 0 99 88888888888 11 11 6 4 4 777 4 88888888888888888888888888 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 11 44 7 4 222 4 1 55555555 000 555555 4 4444444 888 4 0 2222222222 00000 0 000 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 11 0 7777 6 5555 22 55555555555555555555555555555555555555555 4444444 0 0 88 99999999999999999999 00000 0 444 00 5555 0 00000000000 0 0 555555 00 3 6 3 6 00 00 777 4 4 66 4 6 6 66 0 5555 0 0 55 4 4 4
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCATA---------G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TATA---------T------TTG-AA--ATTTAGC-ACATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Reference ( family-843 ) : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCATA---------G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TATA---------T------TTG-AA--ATTTAGCCACATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|1 : TTTTTTTTTATA----ATT-ATAC-G-AATCGGAA------------------TTTGCAATTAGGTTTAAT-GAAAT--GGGA-T---CTTCA--T--AATATA-GATATAA-AA--AGC-AACTGTA---------G----T---CT------TCG-TG-TAAATT-A------------------------------------------T------TTG-AA--ATTTAGC-ACATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAAATAGTAATATGTTCC---TC------AA-AGAAGAGACTTTT---A-AA-AAA-A--------CAAA-----A-ACAAAATGTACC--TA---A-------A--G------G-AA--ACGTTTAATCTTCTAT-----A-TCC--A---TT------ATG-TA--AACTAAT-CATGTC----ATA-ATAT---CGCAC-A----A---------AA-A----------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAA--GC---TAT----------ATAT-----CCT---T--ATA----CAT---GTATCTATC-AA-CTGGCTGCGTCC------AT-------------------TTTTCT--CTTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGT
gi|10 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTTTTATTT---AGTTAT-C-GCAATCAGAA------------------T--------------AAT-GAATT--GGC-------------T--GGC----GAAATAA-A-G-AGT-AACCATATTTTTGGCAG----A--GCTCAG---TAGACGCTAAATT-ACGTGTATAACAGTA-AAAC----------TATA---------TGCCTATTTG-AA---TTTAGCGTCATT-TGA-TCAT-G-GCACTGACAAAT--------GTTTT---TT------GACA-------CTTTC---A-AACAAACA--------TAAA-----A-CTA---TG---CTTTG---A-------A--GC-----G-AAGCA--------------T-----A-TCT--A---T
gi|11 : gtcg--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TA---ATTTTAAAA--G------G-AA--A--------------CGTTTGA-TCC--TCTTTTT-----ATG-TA--AACAAATTCGTGTC----AAACATAT---TG----G----AGGG--GA--AA-AT--------------------CATTAAAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------------T-----CGT---T--ATA----TAT---GT------C-AAACAGTCTGCGTCC------AT--GATAA-CGTT-CG----TTTACC--CCTATTTTGACATTTT-GA--CAC
gi|12 : tagtttctcaaaaagggatttttttT-ATAC-G-AATCAGAA------------------TTGC-----------AATTGCAACTAGGTT-T---A---A--T--GAAGT--GATATAG-AAT-AGG-G--CA----------------G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTAA-TAAC----------TAT-----------------TTG-AA--ATTTAGT-ACATT-TAA-TCAT-G-GCATGAG-AAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-
gi|13 : T-CATGTA----AAA-ATGT---CACTC-------CCC--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CATTAGAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC----------ATAT-----CGA---T--AGA----TTT---AT------C-AA-CAAGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CC
gi|14 : ---C---A--T--GATATA-GATAT-A-AAG-AGT-AACCATA---------GAGCAG--GCT--G---TCG-CG-TAAATTCACATGTG-------A-CATG----------TACA---------T------T---AAGTATTTGAGCACATTATGA-T-------------CAGAT--------GTTTT---TT------
gi|15 : ---T--ACA----TAT---GT------C-AA-CAAGGTG---GC------AT--TATTA-GA-T-CGTT--TCTTCC----TA---TGAC-CTTT-GA--GACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TG-TGT-ACA
gi|16 : cC------AT--GGTTA-GA-C-CGTT--TAT--C--CCAA---TTGC-CTTT-GA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCA
gi|17 : aaaaggcacattcA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TG-TGT-GCAAAacatctataatgcag
gi|19 : cAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAtcatcgaca
gi|2 : GAT------------------T--------------ATT-GAAGT--GGGA-T---CTTTA--T--GATATA-GGTATAA-AA--AGC-AAGTAT----------G----G--GCT------TAG-TG-CAAATT-AC---TA-------G-TATT----------GATA---------T----------AC--ATGTAAC------ATGA-CCAT-G-GCGT--ACAAAC--------ATGCC---T----------A-------CTTTC---ACAA-AGA-AGGAACGTTTAAA-----A-TTA---TG---C--TATTAA-------A--T------G-AA--AACGTTTG-------T-----AATCT--A---TCGCCACCATG-TA--ACCAAAT-TGTGTC----AAA-GTA----------A----A------A--GA-A-------------------------AGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT----------ACAT-----CGT---T--ATG----TAT---GC------C-AA-CAGGCTGCGTCC------AT--AAAAA-CG-T-CGTT--TTGTCC--CCacatcta
gi|20 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|21 : GCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAacatctattgatcg
gi|3 : TTTTTTTATTTTTGAGT-ATACTG-AATCA--A------------------G--------------AAT-GTGTT--GGGG-T---T---AATTCAGAT-TA-G-TATGATAAG-AGA-ACCCATATTGT-----G----GCAGCT-TG---TAG-CG-TTAATT-ACGTGTA-------AATGACGTAAGATTCTTATAAGCCTATTCT------TTG-GA--ATTTAGCTGTAATTTGAATCAT-ATGC-TGA-CAAAT--------GTCTTGGGTT------GA-A-------CTT-C---A-AA-AAATA--------TAA---------TA---TG---C--TG---A-------AACG------G-AA--A--------------T-----A-TCCTAA---TCT-----ATG-TA----CGAAT-CATGT-------A-A-AT---CACCC-ACCA-ACCCTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CATTAGAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---TTAATA----TTTT--AT------CGAA-CAGGCTGCGTGC-------T--GATAA-CG-T-TATT--TTATCC--CCTAT--TGAC-CTTT-GA--AGC----TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCacatctata
gi|4 : ttcgTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGTA-T---C---A--T--GATATAAGATATAA-AAGGAGT-AACCATA---------G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAAGT-ACGT-TA-------A-TAAC----------TATA---------T------TTGGAA--ATTTCGCCATATTTTGA-TCATTG-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---CC-TG---T-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCT--A---TTA-----ATG-TA--AACGAAT-CAT-TC----AAA-ATAT---CACCC-ACCC-ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT----------AGAT-----CCT---T--ATA----TGT---AT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------TT--GATAA-CG-T-TATT--TGTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GAC-CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGG-GCCAA
gi|5 : cggTTTTTTTCTTTTT---GGT-A--C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT--------------AAT-GAAAT--GGCAAT---C---A--T---ATATA-GATATAA-A-G-AGTTAAACATA---------G----G--GC--AGGT-TAG-CG-TAATTC-AC----------------AC----------T-TA------------------G-AC--ATGTA----CATTA--A-CTAT-T----TGAGCACAT----------TTT---TT------GA-A-------CTTTTTAAA-AA-AAA-A--------TAAA-----ATATT---TG---C--TA---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----AATTC-------TT-----ATGGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CATCC--------CC--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CATTAGAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT----------ATAT-----CGT---T--AAT----TTT---AT------C-AA-CCAGCTTCATGC------AT--GATAA-CGTT-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGA--CTTT-GAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAG-TGT-GCAAA
gi|6 : tA-AAA-A--------CAAA-----A-ATC---TG---C--TG---A-------A--G------T-AA--ACAATGATCCTCTG-T-----A-TCC--A----TG-----ATA-TA--AACAAAT-TGTGTC----AAA-ATAT---catcta
gi|7 : caactccataacatactgtaacaggtccagtagttggtagaggagtactgtcaaagtttaacatttttttacgattcagagtatacaattagactgtaaattacggtttaaatgaaatgggatcttgataacataggtgtgaaagcaaataaattaaataacataagaaacaatttttttTC----AAA-ATATATTCACCCCACTTCACCC--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCATTAGAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTAGGTGCCTTATATTTATTCCT---T--ATA----TTTTTTAT------C-AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCG-TATATTATTTTTCCAGCCTAA--TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGTTGTGGCAAAaaaaaagaataaatcacaaga
gi|8 : GGACAAATA-------GTTTC---TCTAATAGGA-A-------CTTTC---A-AA-AAG-G--------TGAACAA--A-ATC---TG---C--TC---A-------A--GCCCTCTG--------------------T-----G-TTC--A---TTGTACA-GTG-TATGAACAAAC-TGTGTC----AAA-ATAA---AAAAC-A----AACAAACA--AACAAATGC-AC--AT----------ATTA-AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT----------ACAT-----GATGTAT--ATACATGTGT---GT------C-AA-TAGGCTGCATCC------AT--GGTTA-TA-T-CGTT--TT---C--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--AATA-T----TTgac
gi|9 : aT-GAAAT--GGAG-TATTC---A--T--AATACA-GATATAA-A-G-AGT-AACCATA---------G----G--G-T-AGGCTTAT-CG-TAAATT-A------------------------------------------T------TTG-AA--ATTTAGC-ACATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------AAAAAATAGA-ATA---TG---C--AA---A-------A--G------GAAA--A--------------T-----A-TCC--A---TT------ATT-TA--AACGAAT-CATGTCCAAAAAA-AAAA---CACCC-A----A------A--AA-A-A--------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC-----T----------ATAT-----CCT---T--A
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888 22222222222 111 4444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 11111111 111111 1111111 1111111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000 1111111 11111111111111111111 11111 11111111111 111111 111 11
lowQualScore : 4444 6 3 777 000000000000000000000000000000000 5 66 44444444444 66 66 3 4 3 4 000 4 0000000000000000000000000000000 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 222 77 2 4 666 3 99 88888888 777 111111 4 4444444 777 4 4 5555555555 77777 4 777 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 7777 3 6666 33 44444444444444444444444444444444444444444 8888888 8 4 33 99999999999999999999 00000 1 666 55 8888 1 33333333333 4 4 000000 55 0 3 7 3 55 55 666 4 4 00 4 3 3 88 4 8888 5 4 55 4 4 4
lowQualScore : .... . . ... ................................. . .. ........... .. .. . . . . ... . ............................... . . . ......................................................... . ... .. . . ... . .. ........ ... ...... . ....... ... . . .......... ..... . ... ... ....................................................................... . .. . .... . .... .. ......................................... ....... . . .. .................... ..... . ... .. .... . ........... . . ...... .. . . . . .. .. ... . . .. . . . .. . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8888 7 2 555 111111111111111111111111111111111 0 99 88888888888 11 11 6 4 6 4 222 4 9999999999999999999999999999999 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222 33 9 4 222 4 99 55555555 000 555555 4 4444444 888 4 0 2222222222 00000 0 000 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 11 0 7777 6 5555 22 55555555555555555555555555555555555555555 4444444 0 0 88 99999999999999999999 00000 0 444 00 5555 0 00000000000 0 0 555555 00 3 6 3 6 00 00 777 4 4 66 4 6 6 66 0 5555 0 0 55 4 4 4
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Reference ( family-843 ) : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|1 : TTTTTTTTTATA----ATT-ATAC-G-AATCGGAA------------------TTTGCAATTAGGTTTAAT-GAAAT--GGGA-T---CTTCA--T--AATATA-GATATAA-AA--AGC-AACTGT---------A----G----T---CT------TCG-TG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAAATAGTAATATGTTCC---TC------AA-AGAAGAGACTTTT---A-AA-AAA-A--------CAAA-----A-ACAAAATGTACC--TA---A-------A--G------G-AA--ACGTTTAATCTTCTAT-----A-TCC--A---TT------ATG-TA--AACTAAT-CATGTC----ATA-ATAT---CGCAC-A----A---------AA-A----------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAA--GC---TAT----------ATAT-----CCT---T--ATA----CAT---GTATCTATC-AA-CTGGCTGCGTCC------AT-------------------TTTTCT--CTTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGT
gi|10 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTTTTATTT---AGTTAT-C-GCAATCAGAA------------------T--------------AAT-GAATT--GGC-------------T--GGC----GAAAT-A-AAG-AGT-AACCATATTTTTGGCA----G----A--GCTCAG---TAGACGCTAAATT-ACGTGTATAACAGTA-AAAC----------TATATGCCTA---------TTTG--A--ATTT-AGC---GTCATT-TGA-TCAT-G-GCACTGACAAAT--------GTTTT---TT------GACA-------CTTTC---A-AACAAACA--------TAAA-----A-CTA---TG---CTTTG---A-------A--GC-----G-AAGCA--------------T-----A-TCT--A---T
gi|11 : gtcg--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TA---ATTTTAAAA--G------G-AA--A--------------CGTTTGA-TCC--TCTTTTT-----ATG-TA--AACAAATTCGTGTC----AAACATAT---TG----G----AGGG--GA--AA-AT--------------------CATTAAAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------------T-----CGT---T--ATA----TAT---GT------C-AAACAGTCTGCGTCC------AT--GATAA-CGTT-CG----TTTACC--CCTATTTTGACATTTT-GA--CAC
gi|12 : tagtttctcaaaaagggatttttttT-ATAC-G-AATCAGAA------------------TTGC-----------AATTGCAACTAGGTT-T---A---A--T--GAAGT--GATATAG-AAT-AGG-G--CA--------------------G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTAA-TAAC----------TA------T-----------TTG-AA--ATTT-AGT---A-CATT-TAA-TCAT-G-GCATGAG-AAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-
gi|13 : T-CATGTA----AAA-ATGT---CACTC-------CCC--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CATTAGAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC----------ATAT-----CGA---T--AGA----TTT---AT------C-AA-CAAGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CC
gi|14 : ---C---A--T--GATATA-GATAT-A-AAG-AGT-AACCAT---------A----GAGCAG--GCT--G---TCG-CG-TAAATTCACATGTG-------A-CATG----------TA------CA---------TT---AAGTATTTGAGC---A-CATTATGA-T-------------CAGAT--------GTTTT---TT------
gi|15 : ---T--ACA----TAT---GT------C-AA-CAAGGTG---GC------AT--TATTA-GA-T-CGTT--TCTTCC----TA---TGAC-CTTT-GA--GACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TG-TGT-ACA
gi|16 : cC------AT--GGTTA-GA-C-CGTT--TAT--C--CCAA---TTGC-CTTT-GA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCA
gi|17 : aaaaggcacattcA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TG-TGT-GCAAAacatctataatgcag
gi|19 : cAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAtcatcgaca
gi|2 : GAT------------------T--------------ATT-GAAGT--GGGA-T---CTTTA--T--GATATA-GGTATAA-AA--AGC-AAGTAT--------------G----G--GCT------TAG-TG-CAAATT-AC---TA-------G-TATT----------GA------TA---------T----AC--ATGT-AAC---A------TGA-CCAT-G-GCGT--ACAAAC--------ATGCC---T----------A-------CTTTC---ACAA-AGA-AGGAACGTTTAAA-----A-TTA---TG---C--TATTAA-------A--T------G-AA--AACGTTTG-------T-----AATCT--A---TCGCCACCATG-TA--ACCAAAT-TGTGTC----AAA-GTA----------A----A------A--GA-A-------------------------AGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT----------ACAT-----CGT---T--ATG----TAT---GC------C-AA-CAGGCTGCGTCC------AT--AAAAA-CG-T-CGTT--TTGTCC--CCacatcta
gi|20 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|21 : GCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAacatctattgatcg
gi|3 : TTTTTTTATTTTTGAGT-ATACTG-AATCA--A------------------G--------------AAT-GTGTT--GGGG-T---T---AATTCAGAT-TA-G-TATGATAAG-AGA-ACCCAT---------ATTGTG----GCAGCT-TG---TAG-CG-TTAATT-ACGTGTA-------AATGACGTAAGATTCTTA------TAAGCCTATTCTTTG-GA--ATTT-AGCTGTA--ATT-TGAATCAT-ATGC-TGA-CAAAT--------GTCTTGGGTT------GA-A-------CTT-C---A-AA-AAATA--------TAA---------TA---TG---C--TG---A-------AACG------G-AA--A--------------T-----A-TCCTAA---TCT-----ATG-TA----CGAAT-CATGT-------A-A-AT---CACCC-ACCA-ACCCTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CATTAGAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---TTAATA----TTTT--AT------CGAA-CAGGCTGCGTGC-------T--GATAA-CG-T-TATT--TTATCC--CCTAT--TGAC-CTTT-GA--AGC----TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCacatctata
gi|4 : ttcgTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGTA-T---C---A--T--GATATAAGATATAA-AAGGAGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAAGT-ACGT-TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTGGAA--ATTT-CGCC--A-TATTTTGA-TCATTG-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---CC-TG---T-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCT--A---TTA-----ATG-TA--AACGAAT-CAT-TC----AAA-ATAT---CACCC-ACCC-ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT----------AGAT-----CCT---T--ATA----TGT---AT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------TT--GATAA-CG-T-TATT--TGTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GAC-CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGG-GCCAA
gi|5 : cggTTTTTTTCTTTTT---GGT-A--C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT--------------AAT-GAAAT--GGCAAT---C---A--T---ATATA-GATATAA-A-G-AGTTAAACAT---------A----G----G--GC--AGGT-TAG-CG-TAATTC-AC----------------AC----------T-------TA------------G-AC--AT----GT---A-CATTA--A-CTAT-T----TGAGCACAT----------TTT---TT------GA-A-------CTTTTTAAA-AA-AAA-A--------TAAA-----ATATT---TG---C--TA---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----AATTC-------TT-----ATGGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CATCC--------CC--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CATTAGAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT----------ATAT-----CGT---T--AAT----TTT---AT------C-AA-CCAGCTTCATGC------AT--GATAA-CGTT-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGA--CTTT-GAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAG-TGT-GCAAA
gi|6 : tA-AAA-A--------CAAA-----A-ATC---TG---C--TG---A-------A--G------T-AA--ACAATGATCCTCTG-T-----A-TCC--A----TG-----ATA-TA--AACAAAT-TGTGTC----AAA-ATAT---catcta
gi|7 : caactccataacatactgtaacaggtccagtagttggtagaggagtactgtcaaagtttaacatttttttacgattcagagtatacaattagactgtaaattacggtttaaatgaaatgggatcttgataacataggtgtgaaagcaaataaattaaataacataagaaacaatttttttTC----AAA-ATATATTCACCCCACTTCACCC--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCATTAGAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTAGGTGCCTTATATTTATTCCT---T--ATA----TTTTTTAT------C-AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCG-TATATTATTTTTCCAGCCTAA--TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGTTGTGGCAAAaaaaaagaataaatcacaaga
gi|8 : GGACAAATA-------GTTTC---TCTAATAGGA-A-------CTTTC---A-AA-AAG-G--------TGAACAA--A-ATC---TG---C--TC---A-------A--GCCCTCTG--------------------T-----G-TTC--A---TTGTACA-GTG-TATGAACAAAC-TGTGTC----AAA-ATAA---AAAAC-A----AACAAACA--AACAAATGC-AC--AT----------ATTA-AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT----------ACAT-----GATGTAT--ATACATGTGT---GT------C-AA-TAGGCTGCATCC------AT--GGTTA-TA-T-CGTT--TT---C--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--AATA-T----TTgac
gi|9 : aT-GAAAT--GGAG-TATTC---A--T--AATACA-GATATAA-A-G-AGT-AACCAT---------A----G----G--G-T-AGGCTTAT-CG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATG-ACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------AAAAAATAGA-ATA---TG---C--AA---A-------A--G------GAAA--A--------------T-----A-TCC--A---TT------ATT-TA--AACGAAT-CATGTCCAAAAAA-AAAA---CACCC-A----A------A--AA-A-A--------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC-----T----------ATAT-----CCT---T--A
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888 22222222222 111 4444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 11111111 111111 1111111 1111111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000 1111111 11111111111111111111 11111 11111111111 111111 111 11
lowQualScore : 4444 6 3 777 000000000000000000000000000000000 5 66 44444444444 66 66 3 4 3 4 000 4 0000000000000000000000000000000 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 222 77 2 4 666 3 99 88888888 777 111111 4 4444444 777 4 4 5555555555 77777 4 777 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 7777 3 6666 33 44444444444444444444444444444444444444444 8888888 8 4 33 99999999999999999999 00000 1 666 55 8888 1 33333333333 4 4 000000 55 0 3 7 3 55 55 666 4 4 00 4 3 3 88 4 8888 5 4 55 4 4 4
lowQualScore : .... . . ... ................................. . .. ........... .. .. . . . . ... . ............................... . . . ......................................................... . ... .. . . ... . .. ........ ... ...... . ....... ... . . .......... ..... . ... ... ....................................................................... . .. . .... . .... .. ......................................... ....... . . .. .................... ..... . ... .. .... . ........... . . ...... .. . . . . .. .. ... . . .. . . . .. . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8888 7 2 555 111111111111111111111111111111111 0 99 88888888888 11 11 6 4 6 4 222 4 9999999999999999999999999999999 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222 33 9 4 222 4 99 55555555 000 555555 4 4444444 888 4 0 2222222222 00000 0 000 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 11 0 7777 6 5555 22 55555555555555555555555555555555555555555 4444444 0 0 88 99999999999999999999 00000 0 444 00 5555 0 00000000000 0 0 555555 00 3 6 3 6 00 00 777 4 4 66 4 6 6 66 0 5555 0 0 55 4 4 4
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Reference ( family-843 ) : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|1 : TTTTTTTTTATA----ATT-ATAC-G-AATCGGAA------------------TTTGCAATTAGGTTTAAT-GAAAT--GGGA-T---CTTCA--T--AATATA-GATATAA-AA--AGC-AACTGT---------A----G----T---CT------TCG-TG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAAATAGTAATATGTTCC---TC------AA-AGAAGAGACTTTT---A-AA-AAA-A--------CAAA-----A-ACAAAATGTACC--TA---A-------A--G------G-AA--ACGTTTAATCTTCTAT-----A-TCC--A---TT------ATG-TA--AACTAAT-CATGTC----ATA-ATAT---CGCAC-A----A---------AA-A----------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAA--GC---TAT----------ATAT-----CCT---T--ATA----CAT---GTATCTATC-AA-CTGGCTGCGTCC------AT-------------------TTTTCT--CTTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGT
gi|10 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTTTTATTT---AGTTAT-C-GCAATCAGAA------------------T--------------AAT-GAATT--GGC-------------T--GGC----GAAAT-A-AAG-AGT-AACCATATTTTTGGCA----G----A--GCTCAG---TAGACGCTAAATT-ACGTGTATAACAGTA-AAAC----------TATATGCCTA---------TTTG--A--ATTT-AGC---GTCATT-TGA-TCAT-G-GCACTGACAAAT--------GTTTT---TT------GACA-------CTTTC---A-AACAAACA--------TAAA-----A-CTA---TG---CTTTG---A-------A--GC-----G-AAGCA--------------T-----A-TCT--A---T
gi|11 : gtcg--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TA---ATTTTAAAA--G------G-AA--A--------------CGTTTGA-TCC--TCTTTTT-----ATG-TA--AACAAATTCGTGTC----AAACATAT---TG----G----AGGG--GA--AA-AT--------------------CATTAAAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------------T-----CGT---T--ATA----TAT---GT------C-AAACAGTCTGCGTCC------AT--GATAA-CGTT-CG----TTTACC--CCTATTTTGACATTTT-GA--CAC
gi|12 : tagtttctcaaaaagggatttttttT-ATAC-G-AATCAGAA------------------TTGC-----------AATTGCAACTAGGTT-T---A---A--T--GAAGT--GATATAG-AAT-AGG-G--CA--------------------G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTAA-TAAC----------TA------T-----------TTG-AA--ATTT-AGT---A-CATT-TAA-TCAT-G-GCATGAG-AAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-
gi|13 : T-CATGTA----AAA-ATGT---CACTC-------CCC--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CATTAGAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC----------ATAT-----CGA---T--AGA----TTT---AT------C-AA-CAAGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CC
gi|14 : ---C---A--T--GATATA-GATAT-A-AAG-AGT-AACCAT---------A----GAGCAG--GCT--G---TCG-CG-TAAATTCACATGTG-------A-CATG----------TA------CA---------TT---AAGTATTTGAGC---A-CATTATGA-T-------------CAGAT--------GTTTT---TT------
gi|15 : ---T--ACA----TAT---GT------C-AA-CAAGGTG---GC------AT--TATTA-GA-T-CGTT--TCTTCC----TA---TGAC-CTTT-GA--GACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TG-TGT-ACA
gi|16 : cC------AT--GGTTA-GA-C-CGTT--TAT--C--CCAA---TTGC-CTTT-GA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCA
gi|17 : aaaaggcacattcA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TG-TGT-GCAAAacatctataatgcag
gi|19 : cAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAtcatcgaca
gi|2 : GAT------------------T--------------ATT-GAAGT--GGGA-T---CTTTA--T--GATATA-GGTATAA-AA--AGC-AAGTAT--------------G----G--GCT------TAG-TG-CAAATT-AC---TA-------G-TATT----------GA------TA---------T----AC--ATGT-AAC---A------TGA-CCAT-G-GCGT--ACAAAC--------ATGCC---T----------A-------CTTTC---ACAA-AGA-AGGAACGTTTAAA-----A-TTA---TG---C--TATTAA-------A--T------G-AA--AACGTTTG-------T-----AATCT--A---TCGCCACCATG-TA--ACCAAAT-TGTGTC----AAA-GTA----------A----A------A--GA-A-------------------------AGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT----------ACAT-----CGT---T--ATG----TAT---GC------C-AA-CAGGCTGCGTCC------AT--AAAAA-CG-T-CGTT--TTGTCC--CCacatcta
gi|20 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|21 : GCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAacatctattgatcg
gi|3 : TTTTTTTATTTTTGAGT-ATACTG-AATCA--A------------------G--------------AAT-GTGTT--GGGG-T---T---AATTCAGAT-TA-G-TATGATAAG-AGA-ACCCAT---------ATTGTG----GCAGCT-TG---TAG-CG-TTAATT-ACGTGTA-------AATGACGTAAGATTCTTA------TAAGCCTATTCTTTG-GA--ATTT-AGCTGTA--ATT-TGAATCAT-ATGC-TGA-CAAAT--------GTCTTGGGTT------GA-A-------CTT-C---A-AA-AAATA--------TAA---------TA---TG---C--TG---A-------AACG------G-AA--A--------------T-----A-TCCTAA---TCT-----ATG-TA----CGAAT-CATGT-------A-A-AT---CACCC-ACCA-ACCCTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CATTAGAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---TTAATA----TTTT--AT------CGAA-CAGGCTGCGTGC-------T--GATAA-CG-T-TATT--TTATCC--CCTAT--TGAC-CTTT-GA--AGC----TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCacatctata
gi|4 : ttcgTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGTA-T---C---A--T--GATATAAGATATAA-AAGGAGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAAGT-ACGT-TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTGGAA--ATTT-CGCC--A-TATTTTGA-TCATTG-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---CC-TG---T-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCT--A---TTA-----ATG-TA--AACGAAT-CAT-TC----AAA-ATAT---CACCC-ACCC-ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT----------AGAT-----CCT---T--ATA----TGT---AT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------TT--GATAA-CG-T-TATT--TGTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GAC-CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGG-GCCAA
gi|5 : cggTTTTTTTCTTTTT---GGT-A--C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT--------------AAT-GAAAT--GGCAAT---C---A--T---ATATA-GATATAA-A-G-AGTTAAACAT---------A----G----G--GC--AGGT-TAG-CG-TAATTC-AC----------------AC----------T-------TA------------G-AC--AT----GT---A-CATTA--A-CTAT-T----TGAGCACAT----------TTT---TT------GA-A-------CTTTTTAAA-AA-AAA-A--------TAAA-----ATATT---TG---C--TA---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----AATTC-------TT-----ATGGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CATCC--------CC--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CATTAGAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT----------ATAT-----CGT---T--AAT----TTT---AT------C-AA-CCAGCTTCATGC------AT--GATAA-CGTT-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGA--CTTT-GAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAG-TGT-GCAAA
gi|6 : tA-AAA-A--------CAAA-----A-ATC---TG---C--TG---A-------A--G------T-AA--ACAATGATCCTCTG-T-----A-TCC--A----TG-----ATA-TA--AACAAAT-TGTGTC----AAA-ATAT---catcta
gi|7 : caactccataacatactgtaacaggtccagtagttggtagaggagtactgtcaaagtttaacatttttttacgattcagagtatacaattagactgtaaattacggtttaaatgaaatgggatcttgataacataggtgtgaaagcaaataaattaaataacataagaaacaatttttttTC----AAA-ATATATTCACCCCACTTCACCC--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCATTAGAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTAGGTGCCTTATATTTATTCCT---T--ATA----TTTTTTAT------C-AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCG-TATATTATTTTTCCAGCCTAA--TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGTTGTGGCAAAaaaaaagaataaatcacaaga
gi|8 : GGACAAATA-------GTTTC---TCTAATAGGA-A-------CTTTC---A-AA-AAG-G--------TGAACAA--A-ATC---TG---C--TC---A-------A--GCCCTCTG--------------------T-----G-TTC--A---TTGTACA-GTG-TATGAACAAAC-TGTGTC----AAA-ATAA---AAAAC-A----AACAAACA--AACAAATGC-AC--AT----------ATTA-AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT----------ACAT-----GATGTAT--ATACATGTGT---GT------C-AA-TAGGCTGCATCC------AT--GGTTA-TA-T-CGTT--TT---C--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--AATA-T----TTgac
gi|9 : aT-GAAAT--GGAG-TATTC---A--T--AATACA-GATATAA-A-G-AGT-AACCAT---------A----G----G--G-T-AGGCTTAT-CG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATG-ACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------AAAAAATAGA-ATA---TG---C--AA---A-------A--G------GAAA--A--------------T-----A-TCC--A---TT------ATT-TA--AACGAAT-CATGTCCAAAAAA-AAAA---CACCC-A----A------A--AA-A-A--------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC-----T----------ATAT-----CCT---T--A
blockSeqs : TTTG T A GC ATATGCCAATTTTAGGGTT T TA GATCTTT AT CA G A A T AGG T ATTTTTGGCAGAGCTCAG A C C CGTGTAAATGACGTAAGATTCTTATAAGCCTATTCTTTGGA G TGT TC A A AT A GA A GGG TAATAG C . TAA C C AGGAACGTT AATAG T . . TATTAAATGAAAACGTTTGTAATCTATCGCCACC G TG T CAAA C TATT CT CACTTCACCCCATTAACATATTTATACTCACTATCC ATTTA T T GA CCGCTATTAGGTGCCTT TTATT G GTA TA CATG A TTTAT G A TGCTTG TC G T A AT AG TTT A T GG T A C TG C TTTT T T GT A T G
blockSeqs : T . A TG TTGC . . AGTATTC . . A . A . AG . ATTGTGGCAGCTTG . . . CGTGTATAACAGTAAAACTATATGCCTATTTGA . C C T . TG A AG . . . . . . . . CA CAA . . . TAATTTTAAAAGGAAACGTTTGATCCTCTTTTT . . . . . T CC ACCAACCCTTCAATTATATATTAT ACAG T . GA ATTATATAT . G . . . T TAT . . . . . T . . . T . . C . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . A G T . . CAATC . . A . G . AT . AGAGCAGGCTG . . . CATGTATAGCCTAATAACTATTTGAA . . C A . G G AA . . . . . . . . TA . . . . TGAAGTAAACAATGATCCTCTGTATCCATG . . . . . T CC AAACAAACAAACAAATGCACAT TAA . . GA AGCTAT . G . . . A GT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . G T . . TTTA . . A . A . AG . AGGGTAGGCT . . . CATGTGACATGTACATTAAGT . . T A . G A AG . . . . . . . . A . . . . TCAAGCCCTCTGTGTTCATTGTACA . . . . . T TC ACCCACCCCAAAATATTATAT A . . GA AGCTAT . C . . . A AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T G . . GGTT . . A . A . AG . AGGGCAGGT . . . CGTTAATAACTATATTTGGAA . . C . . G A GA . . . . . . . . A . . . . TGAAACGGAAATATCCTAATCT . . . . . T CC CCCTAAATATATATATCTAT A . . GA AGCTAT . C . . . T GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . TATC . . A . A . A . AGGGCTAG . . . CTAGTATTGATATAC . . C . . T . A . . . . . . . . A . . . . CTGTAGGAAATATCTATTA . . . . . T AA CCTAAAATATTATATTTTAT A . . AG AGCAAT . G . . . G GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . G . GGCTAG . . . CACTTAGAC . . . . . G . A . . . . . . . . G . . . . AAAAGGAAAATATCCATT . . . . . T CC GAGGGGAAAAT G . . G GCAAC . C . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . GGGCT . . . TTTGAA . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . . TAAAGGAAATAATTCTT . . . . . A . AAAAAAAAT A . . . AGCT . A . . . T AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . AAAGAA . . . . . . C . . . G GT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*** T******************************** NATC******* AG* AGGGCTAG*********************** AA ******** ******* *** *** AACCCCAAAATATTATAT*********************** AGCTAT************** GT*********
originalCons : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
finalCons : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAAT--------------------------------AAT-GAAAT--GGNATC-------A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCATAGGGCTAG-----------------------TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCCAACCCCAAAATATTATAT-----------------------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAAGCTAT--------------ATAT-----CNT---T--ATA----TNTGT---------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 888888888888888888888888888888888 22222222222 111 4444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 1 11111111 111111 1111111 1111111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000 1111111 11111111111111111111 11111 11111111111 111111 111 11
lowQualScore : 4444 6 3 777 000000000000000000000000000000000 5 66 44444444444 66 66 3 4 3 4 000 4 0000000000000000000000000000000 4 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 222 77 2 4 666 3 99 88888888 777 111111 4 4444444 777 4 4 5555555555 77777 4 777 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 7777 3 6666 33 44444444444444444444444444444444444444444 8888888 8 4 33 99999999999999999999 00000 1 666 55 8888 1 33333333333 4 4 000000 55 0 3 7 3 55 55 666 4 4 00 4 3 3 88 4 8888 5 4 55 4 4 4
lowQualScore : .... . . ... ................................. . .. ........... .. .. . . . . ... . ............................... . . . ......................................................... . ... .. . . ... . .. ........ ... ...... . ....... ... . . .......... ..... . ... ... ....................................................................... . .. . .... . .... .. ......................................... ....... . . .. .................... ..... . ... .. .... . ........... . . ...... .. . . . . .. .. ... . . .. . . . .. . .... . . .. . . .
lowQualScore : 8888 7 2 555 111111111111111111111111111111111 0 99 88888888888 11 11 6 4 6 4 222 4 9999999999999999999999999999999 4 4 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222 33 9 4 222 4 99 55555555 000 555555 4 4444444 888 4 0 2222222222 00000 0 000 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 11 0 7777 6 5555 22 55555555555555555555555555555555555555555 4444444 0 0 88 99999999999999999999 00000 0 444 00 5555 0 00000000000 0 0 555555 00 3 6 3 6 00 00 777 4 4 66 4 6 6 66 0 5555 0 0 55 4 4 4
consensus : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
Reference ( family-843 ) : NNNTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGNA-T---C---A--T--GATATA-GATATAA-AAG-AGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACGTGTA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATTATGA-TCAT-G-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TG---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCC--A---TTN-----ATG-TA--AACGAAT-CGTGTC----AAA-ATAT---CACCC-A----ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAAA-GC---TAT----------ATAT-----CNT---T--ATA----TNT---GT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|1 : TTTTTTTTTATA----ATT-ATAC-G-AATCGGAA------------------TTTGCAATTAGGTTTAAT-GAAAT--GGGA-T---CTTCA--T--AATATA-GATATAA-AA--AGC-AACTGT---------A----G----T---CT------TCG-TG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATGA-CAAATAGTAATATGTTCC---TC------AA-AGAAGAGACTTTT---A-AA-AAA-A--------CAAA-----A-ACAAAATGTACC--TA---A-------A--G------G-AA--ACGTTTAATCTTCTAT-----A-TCC--A---TT------ATG-TA--AACTAAT-CATGTC----ATA-ATAT---CGCAC-A----A---------AA-A----------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGAA-AGAAA--GC---TAT----------ATAT-----CCT---T--ATA----CAT---GTATCTATC-AA-CTGGCTGCGTCC------AT-------------------TTTTCT--CTTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-TAT-TA--GGT
gi|10 : agattatatgacgtttctatttaatttatcataatccctaagttgaaatgattaagtaagtatgtttgtatatcaccacccccattaatatactgtagggattcagtagtcagtagaggggcgtcatTTTTTTATTT---AGTTAT-C-GCAATCAGAA------------------T--------------AAT-GAATT--GGC-------------T--GGC----GAAAT-A-AAG-AGT-AACCATATTTTTGGCA----G----A--GCTCAG---TAGACGCTAAATT-ACGTGTATAACAGTA-AAAC----------TATATGCCTA---------TTTG--A--ATTT-AGC---GTCATT-TGA-TCAT-G-GCACTGACAAAT--------GTTTT---TT------GACA-------CTTTC---A-AACAAACA--------TAAA-----A-CTA---TG---CTTTG---A-------A--GC-----G-AAGCA--------------T-----A-TCT--A---T
gi|11 : gtcg--------TAAA-----A-ATA---TG---C--TA---ATTTTAAAA--G------G-AA--A--------------CGTTTGA-TCC--TCTTTTT-----ATG-TA--AACAAATTCGTGTC----AAACATAT---TG----G----AGGG--GA--AA-AT--------------------CATTAAAA--A----GTTCTGAA-AGAAA-----------------------T-----CGT---T--ATA----TAT---GT------C-AAACAGTCTGCGTCC------AT--GATAA-CGTT-CG----TTTACC--CCTATTTTGACATTTT-GA--CAC
gi|12 : tagtttctcaaaaagggatttttttT-ATAC-G-AATCAGAA------------------TTGC-----------AATTGCAACTAGGTT-T---A---A--T--GAAGT--GATATAG-AAT-AGG-G--CA--------------------G--GCT-AG---TAG-CG-TAAATT-ACATGTATAGCCTAA-TAAC----------TA------T-----------TTG-AA--ATTT-AGT---A-CATT-TAA-TCAT-G-GCATGAG-AAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-
gi|13 : T-CATGTA----AAA-ATGT---CACTC-------CCC--TA--AATATATAT-ATCTAT---------CATTAGAA--A----GC-CTGAA-AGAAA--GC---AAC----------ATAT-----CGA---T--AGA----TTT---AT------C-AA-CAAGCTGCGTGC------AT--GATAA-CG-T-CGTT--TTTTCC--CC
gi|14 : ---C---A--T--GATATA-GATAT-A-AAG-AGT-AACCAT---------A----GAGCAG--GCT--G---TCG-CG-TAAATTCACATGTG-------A-CATG----------TA------CA---------TT---AAGTATTTGAGC---A-CATTATGA-T-------------CAGAT--------GTTTT---TT------
gi|15 : ---T--ACA----TAT---GT------C-AA-CAAGGTG---GC------AT--TATTA-GA-T-CGTT--TCTTCC----TA---TGAC-CTTT-GA--GACGTA-TAGAT-AAT-AA--GTTA-A----GTCAA-TATGGCAA-T--GACA-TG-TGT-ACA
gi|16 : cC------AT--GGTTA-GA-C-CGTT--TAT--C--CCAA---TTGC-CTTT-GA--CACCCA-CATAT-GGT-TA--GGTA-A----TTCA
gi|17 : aaaaggcacattcA-TATAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATGGCAA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|18 : AT-AAT-TA--GGTC-A----TTTAA-TATGGCGA-C--GCTG-TG-TGT-GCAAAacatctataatgcag
gi|19 : cAT-AAT-TA--GGTA-A----TTCAA-TATTCCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAtcatcgaca
gi|2 : GAT------------------T--------------ATT-GAAGT--GGGA-T---CTTTA--T--GATATA-GGTATAA-AA--AGC-AAGTAT--------------G----G--GCT------TAG-TG-CAAATT-AC---TA-------G-TATT----------GA------TA---------T----AC--ATGT-AAC---A------TGA-CCAT-G-GCGT--ACAAAC--------ATGCC---T----------A-------CTTTC---ACAA-AGA-AGGAACGTTTAAA-----A-TTA---TG---C--TATTAA-------A--T------G-AA--AACGTTTG-------T-----AATCT--A---TCGCCACCATG-TA--ACCAAAT-TGTGTC----AAA-GTA----------A----A------A--GA-A-------------------------AGAA--ACAG-GT-CTGAATAGAAAA-TTATATAT----------ACAT-----CGT---T--ATG----TAT---GC------C-AA-CAGGCTGCGTCC------AT--AAAAA-CG-T-CGTT--TTGTCC--CCacatcta
gi|20 : tttaatgtatcataatttatttaagtaccggtatataatacaccccctaaatacttagtgctgtgcataatgggtccagtggccagtataggggtatcaagaaaattgtatatattttgtaagattcataatttataatcagacagtaaatggttCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAA
gi|21 : GCGA-C--GCCG-AG-TGT-GCAAAacatctattgatcg
gi|3 : TTTTTTTATTTTTGAGT-ATACTG-AATCA--A------------------G--------------AAT-GTGTT--GGGG-T---T---AATTCAGAT-TA-G-TATGATAAG-AGA-ACCCAT---------ATTGTG----GCAGCT-TG---TAG-CG-TTAATT-ACGTGTA-------AATGACGTAAGATTCTTA------TAAGCCTATTCTTTG-GA--ATTT-AGCTGTA--ATT-TGAATCAT-ATGC-TGA-CAAAT--------GTCTTGGGTT------GA-A-------CTT-C---A-AA-AAATA--------TAA---------TA---TG---C--TG---A-------AACG------G-AA--A--------------T-----A-TCCTAA---TCT-----ATG-TA----CGAAT-CATGT-------A-A-AT---CACCC-ACCA-ACCCTTCA--ATTATAT-A-TT--AT---------CATTAGAATAA----GT-CTGAA-G--AAA-GC---TAT----------ATAT-----CCT---TTAATA----TTTT--AT------CGAA-CAGGCTGCGTGC-------T--GATAA-CG-T-TATT--TTATCC--CCTAT--TGAC-CTTT-GA--AGC----TG-AT-AATCTA--GGTACA----TTCAT-TATGGCGATC--GCacatctata
gi|4 : ttcgTTTTTTTTTATTT---AGT-ATAC-G-AATCAGAA------------------T--------------AAT-GAAAT--GGTA-T---C---A--T--GATATAAGATATAA-AAGGAGT-AACCAT---------A----G----G--GCT-AG---TAG-CG-TAAAGT-ACGT-TA-------A-TAAC----------TA------TA---------TTTGGAA--ATTT-CGCC--A-TATTTTGA-TCATTG-GCATGAACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------TAAA-----A-ATA---TG---CC-TG---T-------A--G------G-AA--A--------------T-----A-TCT--A---TTA-----ATG-TA--AACGAAT-CAT-TC----AAA-ATAT---CACCC-ACCC-ACCC--CA--AA-ATAT-T-AT--AT---------CATTAGAA--A----GT-CTAAA-AGAAAA-GC---TAT----------AGAT-----CCT---T--ATA----TGT---AT------C-AA-CAGGCTGCGTGC------TT--GATAA-CG-T-TATT--TGTTCC--CCTA---TGAC-CTTT-GAC-CACGCA-TATAT-AAT-TA--GGCA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCG-AG-TGG-GCCAA
gi|5 : cggTTTTTTTCTTTTT---GGT-A--C-T-AATCAAAAATATGCCAATTTTAGGGTT--------------AAT-GAAAT--GGCAAT---C---A--T---ATATA-GATATAA-A-G-AGTTAAACAT---------A----G----G--GC--AGGT-TAG-CG-TAATTC-AC----------------AC----------T-------TA------------G-AC--AT----GT---A-CATTA--A-CTAT-T----TGAGCACAT----------TTT---TT------GA-A-------CTTTTTAAA-AA-AAA-A--------TAAA-----ATATT---TG---C--TA---A-------A--G------G-AA--A--------------T-----AATTC-------TT-----ATGGTA--AACGAAT-CATGTC----AAA-ATAT---CATCC--------CC--TA--AA-ATAT-T-AT--ATTTTAT----CATTAGAA-------GT-CTGAA-A---AA-GC---TAT----------ATAT-----CGT---T--AAT----TTT---AT------C-AA-CCAGCTTCATGC------AT--GATAA-CGTT-CGTT--TTTTCC--CCTA---TGA--CTTT-GAGGCACGCATTATAT-AAT-TATGGGTA-A----TTCAA-TATGGCGA-C--GCCGAAG-TGT-GCAAA
gi|6 : tA-AAA-A--------CAAA-----A-ATC---TG---C--TG---A-------A--G------T-AA--ACAATGATCCTCTG-T-----A-TCC--A----TG-----ATA-TA--AACAAAT-TGTGTC----AAA-ATAT---catcta
gi|7 : caactccataacatactgtaacaggtccagtagttggtagaggagtactgtcaaagtttaacatttttttacgattcagagtatacaattagactgtaaattacggtttaaatgaaatgggatcttgataacataggtgtgaaagcaaataaattaaataacataagaaacaatttttttTC----AAA-ATATATTCACCCCACTTCACCC--CATTAACATAT-TTAT--ACTCACTATCCCATTAGAA--ATTTAGTTCTTAA-AGAACCCGC---TATTAGGTGCCTTATATTTATTCCT---T--ATA----TTTTTTAT------C-AA-CAGGCTGCATGCTGCTTGATTCGGTAAGCG-TATATTATTTTTCCAGCCTAA--TGAC-CTTTTGA--CACGCA-AATATAAAT-TAG-GGTA-ATTTTTTCAATTATGGCGA-CGTGCCG-AGTTGTGGCAAAaaaaaagaataaatcacaaga
gi|8 : GGACAAATA-------GTTTC---TCTAATAGGA-A-------CTTTC---A-AA-AAG-G--------TGAACAA--A-ATC---TG---C--TC---A-------A--GCCCTCTG--------------------T-----G-TTC--A---TTGTACA-GTG-TATGAACAAAC-TGTGTC----AAA-ATAA---AAAAC-A----AACAAACA--AACAAATGC-AC--AT----------ATTA-AA--G----GC-CTGAA-AAGAAA-GC---AAT----------ACAT-----GATGTAT--ATACATGTGT---GT------C-AA-TAGGCTGCATCC------AT--GGTTA-TA-T-CGTT--TT---C--CCTA---TGAC-CTTT-GA--CACGCA-TATAT-AAT-TA--AATA-T----TTgac
gi|9 : aT-GAAAT--GGAG-TATTC---A--T--AATACA-GATATAA-A-G-AGT-AACCAT---------A----G----G--G-T-AGGCTTAT-CG-TAAATT-A------------------------------------------------TTTG-AA--ATTT-AGC---A-CATGATGA-TCAT-G-GCATG-ACAAAT--------GTTTT---TT------GA-A-------CTTTC---A-AA-AAA-A--------AAAAAATAGA-ATA---TG---C--AA---A-------A--G------GAAA--A--------------T-----A-TCC--A---TT------ATT-TA--AACGAAT-CATGTCCAAAAAA-AAAA---CACCC-A----A------A--AA-A-A--------AT---------CATTAGAA--A----GT-CTGGA-AG-AAA-GC-----T----------ATAT-----CCT---T--A