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Reference ( gi|6 ) : CGCAAAATT-CGGT-CGTA--AGAT-CTA-GA--CA-CCCGG--GGG-ACG---CCTA---AGTCC-------C---A-G---T-TT-TGT-CGT-TAGT--T---T---AAAAAAATC-TTT-GTT-TACC-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGATA-TC-ACAA-ATCAAT-CTCATGATAA-------AGAT----GTGAG-AACACACAA-----CG-----TT-G---------CGAG-TGTTT--CA--------------------C------------GAT----AG--T-CCA-T-----------------AGCC--TAG--TCAAGG-GGA-TT----GGTATT-----CT--ACG-----ACCT----------AATTTT---AA-CAGA-TTTAG--TGCG-GAGAGA--TGT-------TAGA--TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATT---T----TAA--------------G-------TCATTC-AAA-GT-AC---TA--CC-A-TGAT--TTATTATTATAT-TGTCTG-CA-ATGT---ACA-ATC-----TAA-CCACCTT-----TGTTT-ACT-A--TG-TACAA-TGCGTCA-C-T---TCCTC---------T-GATAA-T-TTCGT-C-ACA----AAAA-ATGTGGTCTACGTACACAACCGTACACATATTTCCGTCA-GTG-C-GCGGA--TC---ATACA---AAG-TG-ACA----G-G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-CAAA----A-CA-T--ATTTTG--TTAAAT--G---TTGAC----AAGTTGGC-AT-TGCAAG-ACTGT-------TAATT-G-TAAGAA--ATAATGCAC
gi|5 : CGCAAAATT-CGGT-CGTA--AGAT-CTA-GA--CA-CCCGG--GGG-ACG---CCTA---AGTCC-------C---A-G---T-TT-TGT-CGT-TAGT--T---T---AAAAAAATC-TTT-GTT-TACC-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGATA-TC-ACAA-ATCAAT-CTCATGATAA-------AGAT----GTGAG-AACACACAA-----CG-----TT-G---------CGAG-TGTTT--CA--------------------C------------GAT----AG--T-CCA-T-----------------AGCC--TAG--TCAAGG-GGA-TT----GGTATT-----CT--ACG-----ACCT----------AATTTT---AA-CAGA-TTTAG--TGCG-GAGAGA--TGT-------TAGA--TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATT---T----TAA--------------G-------TCATTC-AAA-GT-AC---TA--CC-A-TGAT--TTATTATTATAT-TGTCTG-CA-ATGT---ACA-ATC-----TAA-CCACCTT-----TGTTT-ACT-A--TG-TACAA-TGCGTCA-C-T---TCCTC---------T-GATAA-T-TTCGT-C-ACA----AAAA-ATGTGGTCTACGTACACAACCGTACACATATTTCCGTCA-GTG-C-GCGGA--TC---ATACA---AAG-TG-ACA----G-G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-CAAA----A-CA-T--ATTTTG--TTAAAT--G---TTGAC----AAGTTGGC-AT-TGCAAG-ACTGT-------TAATT-G-TAAGAA--ATAATGCAC
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gi|20 : -CCCGG--GGG--CGAC-CCTA---AGTCC-------CA--A-G---T-TT-TGT-CGT-AAGTG-T---T---AAAAAAATC-TTA-A---TACC-AA-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---T--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGtatt
gi|22 : g-CCCGG--GGG--CGAC-CCTACAGAGTCC-------T---AAG---T-TT-TGT-CGT-AAGTG-T---T---AAAAAAATC-GTC-G-T-TACT-AT-GG-T-AATTGC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTA
gi|12 : g---CTTA---AGTCC-------TTAAA-G---T-TTCTTT-CGTATAGT--G---T---AAAA-AATC-TTT-GTC-TACT-ATCGG-TAAATTAC-AA----------------CATTCCAAGA-T---G--GAC-T-G-CCATAATATTTCTAAT
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gi|27 : atgca-ATAT---ATA-TTC-----TAA-CCACCTT-----TGTTT-ACT-G--TG-aa
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gi|31 : AG-TG-ACA----G-G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-CAA
gi|16 : TA-----------TTCTC-GCA-CAAACCATA-TA-T--ATTTTG--TTAAAT--GATGTTGAC------TTTTGC-AT-TGCAAG-AATTT-------TAATT-T-TAAAAA--A
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): CAATATTTTGGTAGAATGTGTAACCAAACATTAGTATTCATGAGGGAGGAGACGGTGTTTGCTTTTCTTTCTTTGTTTCAATAAATTGAACAACGGGAACTGCACATGGTTTGCCCCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCCTTTCCCACCGTAATGTTCGAC
Unaligned ( gi|18 ): CTAAACTTAAATTATTAATGAGATAAATATCTGTTTTGTTAAGCTTCTTTTAAAGTTTTGTTAAAAATTCAGTATAACTTTACAACAGCTTAGAGGGTATCCTCAGTTAAAATGTATTTTCAAAGTTGTTTTCTTTCGTATGAATAAAATGGTTGCTCT
Unaligned ( gi|23 ): TTTACTAAACTTCTTATTTCATCATAAACCGAACTTAACGATAAATATTCGTCTTATTAAACCTCTAACTTATGTCACGTTAGAAAATCATCGTAACTT
Unaligned ( gi|26 ): TGAACAACGGGAACCTGCACATGGTTTCCCCACCCCCTTCCTTTCCCTTTCCCGTAAGGTTACGGC
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gi|29 : G-CGA-CCCTA---TGTC-C------T--AAGT-TT-TGT-CGTA-AAT--GT-T-AA
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gi|31 : ncAG-TG-ACA----G--G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-C-AAta
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gi|6 : CGCAAAATTCGGT-CGTA--AGAT--CTA-GA--C--ACCCGGGGGACG---CCTA---AGTC-C------C--A-GT-TT-TGT-CGTT-AGT---T-T-AAAAAAA-TC-T-TT-GTTTACC-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGATA-TC-ACAA-ATCAAT-CTCATGATAAAG-AT-------GTGAG----AAC-ACACA---A-----CG-----TT-G---------CGAG-T-GT----TT--CA--------------------C------------GA-T----AG--T-CCA-T-----------------AGCC--TAG--TCAAGG-GGA-TT----GGTATT-----CT--ACG-------------ACCTA--A--TTTT--AACAGA-TTTAGTGCG-GAGAGA--TGT-------TAGA--TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATTTTAA------------------------------GTCATTC--AAA-GT-A-C----T--ACC-A-TGAT--TT-----ATTATTATAT-TGT-CTG-C--A-ATGT---ACAAT--C-----TAA----CCACCTT-----T------GT----TT-------ACTA--TG----TACA------A----------TGCGTCAC-T---TCCT------C---------T-G-AT-AA-T-TTCGT-C----ACAAAAA-AT--GTGG-TC-TACGTACACAACCGTACAC-ATA--TTTCCG-TCA-G--TG-C-GCG---GATC---A-TACAAAG-TG-ACA----G--G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-C-AAAACA-T--AT----TTTG--TTAA---AT--G---TTGACAA----GTTGGCAT-TGCAAG-ACTGT-------TAATT-G-TAAGAAATA-ATGCAC
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Reference ( family-840 ) : CGCGAAATTCGGT-CGTA--AG-T--CTA-GA--C--GCCCGGGGG-CGA-CCCTA---AGTC-C------C--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-T-AAAAAAA-TC-T-TT-GTTTACC-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGATA-TC-ACAA-ATC-A--TCTCATAATAAAG-AC-------GTGCG----AAC-ACACA---A-----CG-----TT-G---------CGAG-T-GT----TT--CA--------------------C------------GA-T----AG--T-CCA-T-----------------AGCC--TAG--TCAA---------GG-GG----A-TT---------GGTATTCT--ACGAG-CTA--A--TTTTA-AACAGA-TTTAGTGCG-GAGAGA--TGT-------TAGA--TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATTTTAAT---G---C----------T---------CGTCATTC--AAA-GT-A-C-A--T--ACC-A-TGATTT--AT-----TATTATAT-TGTC-TG-C--A-ATAT---ATCAT--C-----TAA----CCACCTT-----T------GT--------TT---ACTG--TG----TACA------A-T----------GCGTCAC-TT---CCT------C---------T-G-ATAA-T-TT-CGT-C----ACACAAA-AT--GTGGTC-TAC-GTA-A-------ACACATA--TTTCCG-TCA-G--TG-C-GCG---GATCA-A---ACAAAG-TG-ACA----G--G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-C-AAACCA-T--AT----TTTG--TTAA---AT--G---TTGAC------TTTTGCAT-TGCAAG-ACTGT-------TAATT-G-TAAGAAATA-ATGCAC
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gi|11 : gttttactaaacttgccgaagttttaaagatttcttcgtaaccttaacttagattaatattttgtttaaactgttttactaaactttctgtaacttaaagttacgttaaaaaatca-TG-C--A--TAT---ATCAT--C-----T-G----TCACTTC-----TCTAATAAT--------TT-----TG--TA----TGCATATATCA-T----------CTGTCAC-TT----CT------C---------T-G-ATAA-T-TT-TGT-C----ACACAAA-AG--GTGGTA-TAC-AT----------ACAAACA--TTTCCA-TTG-G--TG-T-CAG---GATCA-A---ACAAAG-TG-ACAGAAGG--A-TGTACT--TGTGCACTTTGTATATTCTC-CCA-C-AAATCA-C--A-----TTTG--TTAAATGAT--G---TTGAC------T-----AT-TGCAAG-AATCC-------TAATT-T-GAAAAAA
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gi|16 : gctcgttttacaattacaaaaggtcataaatcctagaattaccggtagttataggacataagttaacttacgatgtgcagccattttacaatttaggattaattttgcaggttatgaTA-----------TTCTC-GCA-C-AAACCA-T--ATATATTTTG--TTAA---AT--GATGTTGAC------TTTTGCAT-TGCAAG-AATTT-------TAATT-T-TAAAAAAa
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gi|21 : TA--A--TTTTA-AACAGA-TT-AGTGCG-GAGAGA--TTT-------TAGA--TCAA-TTCCACCGA-T---------ACAATTTTAAT---G---CGTTACCAG--C---------CGTCATTT--CAA-GT-A-C-ATTT--ACC-GCTGATTT--
gi|22 : g--GCCCGGGGG-CGA-CCCTACAGAGTC-C------T--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-T-AAAAAAA-TC-G-TC-GTT-ACT-AT-GG-T-AATTGC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTA
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gi|25 : gacttacgggttacga-T----------GTGTTAC-TT---CGT------A---------T-G-ATAA-C-TT-CGT-C----ACACAAA-AG--GTGG-C-TAT-ACG-A-------ACTCATATTTTTCCG-ACA-A--T----GCG---GTTCA-AAATATAAAA-TG-GCta
gi|27 : ---------CGTCATTT--AAAAGT-A-C-A--T--ACC-A-T------------------------------------ATAT---AT--T--C-----TAA----CCACCTT-----T------GT--------TT---ACTG--TG----
gi|28 : taccagcAAG-AT-------ATGCG----AAC-ACACA---A-----CG-----TT-G---------CGAG-T-GT----TT--CA--------------------C------------G
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gi|9 : -C-T-G-C------ATTTTTAATGTTAGATG-------------------CATAATAAAG-AC-------GTTCG-----------------------------TTCG---------CGGGCT-GT----TC--CA--------------------C------------GA-T----GG--T-CCA-T-----------------GA----TAA--TCAATGGGGCCAGGG-GGTATCA-TTACCTACGCGGGTAT-CT--GTGAGGCTACAA--TTTAA-AACGGA-ACTAGTGCG-GAGAGA--TGTACATGTGTAGA--TC-A-TCCTACGAAAT-----ACAAACAATTTTAAG---GAAGC--------------------CATCATTC------GT-A-C-A--T--ACC-A-TAATTT---------TATTAG---TGTC-TG-C--A--TAT---CTCATACT-----TAA----CCACCTT-----T------GT--------T----ACTG--TGC---TACA------AAT----------GTGTCAC-TT---CCG------C---------T-G-ATAA-T-TT-CGT-C----ACA-AAA-AT--GTG---------------------CACATA--TTT-CG-TCA-G--TGCC-GCG---G
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Reference ( family-840 ) : CGCGAAATTCGGT-CGTA--AG-T--CTA-GA--C--GCCCGGGGG-CGA-CCCTA---AGTC-C------C--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-T-AAAAAAA-TC-T-TT-GTTTACC-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGATA-TC-ACAA-ATC-A--TCTCATAATAAAG-AC-------GTGCG----AAC-ACACA---A-----CG-----TT-G---------CGAG-T-GT----TT--CA--------------------C------------GA-T----AG--T-CCA-T-----------------AGCC--TAG--TCAA---------GG-GG----A-TT---------GGTATTCT--ACGAG-CTA--A--TTTTA-AACAGA-TTTAGTGCG-GAGAGA--TGT-------TAGA--TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATTTTAAT---G---C----------T---------CGTCATTC--AAA-GT-A-C-A--T--ACC-A-TGATTT--AT-----TATTATAT-TGTC-TG-C--A-ATAT---ATCAT--C-----TAA----CCACCTT-----T------GT--------TT---ACTG--TG----TACA------A-T----------GCGTCAC-TT---CCT------C---------T-G-ATAA-T-TT-CGT-C----ACACAAA-AT--GTGGTC-TAC-GTA-A-------ACACATA--TTTCCG-TCA-G--TG-C-GCG---GATCA-A---ACAAAG-TG-ACA----G--G-TGTACT--TGTG-----------TTCTC-GCA-C-AAACCA-T--AT----TTTG--TTAA---AT--G---TTGAC------TTTTGCAT-TGCAAG-ACTGT-------TAATT-G-TAAGAAATA-ATGCAC
gi|1 : CGAAATTCGCTTCGTA--AG-TTTCTA-CAACC--GCCCGGGGG-CGA-CCCTA---AGTC-C------C--AAGTATTATGTTCGTACAGT--GTGT-AAAAAAAATA-T-TTCGTTTACC-AT-GG-T-AACTACGAAT---------------CATT-TAACAAT---G--G-TAT-G-T------AT-----ATTTTCGATAATC-ACAAGATC-AA-TCTCATAGTAATG-ACAATGGATGTGCG----CAC-ACACA---A-----T------TT-G-----------AG-T-GT----TT--CA--------------------C------------GA-T----AG--TTCCAGT-----------------AGCC--TAGGATCAA---------AGAGG----T-TT---------TGTATTCTTTAAGAG-ATA--A--TTT-A-AACAGACTTTAGTGCGAGAGAGAGTCGT-------TCGA--TC-ACTCCTACGAA-A-----T---ACAATTG-AAT---G---CAATGTACCAGC---------CGTCATTC--AA--GT-A-CTA--T--ACC-A-TGATTT-----------TTA-AT-TGTC-TGGC--A-ATATTTCATCGT--C-----TAAA---CCACCTCGCCCGT------GT--------TTT--ACTGA-TG----TACA------A-T----------GCGTCAC-TT---C-T------C---------T-G-ATAAAT-TT-CGTAC----ACACAAATAT--GTGGTC-TAC-GTA-C-------ACA-ATA--TTTCCG-TCATG--TG-C-GCG---AATCA-A---ACAAAGCTG-ACA----G--GTTGTACT--TGTG------------TCTC-GCA-CAAAACCA-TC-AT----TTTGTATTAA---A-------ATGAC-------TTTGCATATGCCAA-AGTGT-------T-ATT-G-TAAGGACCATATGCAC
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gi|11 : gttttactaaacttgccgaagttttaaagatttcttcgtaaccttaacttagattaatattttgtttaaactgttttactaaactttctgtaacttaaagttacgttaaaaaatca-TG-C--A--TAT---ATCAT--C-----T-G----TCACTTC-----TCTAATAAT--------TT-----TG--TA----TGCATATATCA-T----------CTGTCAC-TT----CT------C---------T-G-ATAA-T-TT-TGT-C----ACACAAA-AG--GTGGTA-TAC-AT----------ACAAACA--TTTCCA-TTG-G--TG-T-CAG---GATCA-A---ACAAAG-TG-ACAGAAGG--A-TGTACT--TGTGCACTTTGTATATTCTC-CCA-C-AAATCA-C--A-----TTTG--TTAAATGAT--G---TTGAC------T-----AT-TGCAAG-AATCC-------TAATT-T-GAAAAAA
gi|12 : a-CCTTA---AGTC-C------TTAAAGT-TTCTTT-CGTATAGT--GT----AAAAAA-TC-T-TT-GTCTACT-ATCGG-TAAATTAC-AA----------------CATTCCAAGA-T---G--GAC-T-G-CCATAATATTTCTAATA---------------------------ATAATAAAGAAC-------GTCCGCCGTAACGACACGCTTG-----CA-----TT-G---------CGAG-CAGTAGTATT--CA--------------------CT-----------GATT----AG--C-CCA-aa
gi|13 : TAGTGCGAGAGAGA--TGTACGATG-TAAACATC-A-TCCTATGAA-TTAGCAA---ACAATTT-AAG---G---CAAAG------C---------CGTCATTC------GT-AAC-A--T--ACC-A-TAGCTA--AT-----T--TATTG-TGTC-TG-C--A--TAT---CTCAT--C-----TA-----CCACCTT-----T------GT--------TT---ACTG--T-----TACA------A-T----------GCGTCAC-TT---TCT------C---------T-G-ATAA-T-TT-CGT-C-----CAAAAA-AT--GT-GT-------------------CACATA--TTTCTG-TCA-G--TG-C-ccggatagctcgatagcctccattattgatagtgattggaga
gi|14 : cggaac--C--GCCCGGGGG-CGA-CCCTA---AGTC-C------T--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-C-AAAAAAA-TC-T-TT-G-TTACT-AT-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAAGA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTAATA---------------------------ATAATAAAG-AC-------GTGCG----AAC-ACACA---A-----CGTTGCATT-G---------CGAG-T-GT----TTAACA--------------------C------------GA-T----AG--T-CCA-T-----------------A
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gi|16 : gctcgttttacaattacaaaaggtcataaatcctagaattaccggtagttataggacataagttaacttacgatgtgcagccattttacaatttaggattaattttgcaggttatgaTA-----------TTCTC-GCA-C-AAACCA-T--ATATATTTTG--TTAA---AT--GATGTTGAC------TTTTGCAT-TGCAAG-AATTT-------TAATT-T-TAAAAAAa
gi|19 : -A-TGATTT--AT-----TGTTGCAT--------------ATAT---CTCGT--C-----TAA----CCACC-T-----T------GT---------------TG--TG----TACA------A-T----------GCGTCACTTT---CCT------C---------T-G-ATAACT-TT-CGT-------CACAAT-AT--GTGTTC-TAC-GT-----------TACATA---TTCCG-TCA-G--TG-C-GCA---Gagcactggacccttatttcgacaccccttcacacgttccactacgacttacgacaagacaacgattatgatgggttttgtaaaacagtcctgcactatgtcgcaagtt
gi|2 : CGAATTGCTGT-TGTAGTAGCT--CTACGA--CCGGCC--GGGG-CGA-CC-TA---TGTCAC------T--AAGT-TT-GGT-CGTA-AGTTGGT-C-AAAAAAA-TC-TGTT-GT--GCT-AT-GGCT-AATTAC-AA-----------------ATT-CAGAG-T---GAGG-C-T-G-C---------------------CA-TCTACAA-AT-----------AA-AAAG-AC-------GTGCG----AAC-ACACA---AA----CG-----TT-GTACATGCTGCGAG-T-GT----TT--CA--------------------CGATAGTCCCCCGGA-T----AGAGT-CCA-TTATTTATCGTGATTTGAAGTTAGTAG--TCAA---------GG-GA----A-TTTG-------GGGATCCT--ACGAG-CCA--A--TTTTA-AACAGA-TATAGTGCG-GAAA----TGT-------TAG---TC-A-TCCTACGAA-T-----A---ACAATTTTAATCTGA---CCAG-------T---------CGTCATTT--AAAAGT-AAC-AA-T--ACCGA-TGATTCTCAT-----T-TTACAT-TGTC-TG-C--A-A-AT---ATCAT--C-----TAA----CCACCTT------------GT--------TT---ACTGCTTG----TACA------A-T----------GCGTCAC-CTTGTCCT------C---------TAG-ATAA-T-TTTCGT-C----ACACAAA-AT--GTGGTC-TACTTTA-A-------ACAC-TA--TTTCCG-TCA-T--TG-C-GCG---GATCA-A---AC-AAG-TGCACA----GC-G-TGTACT--TGTG-----------CTCTCTGCACC-AAACCA-TTAAT----TTTC--TTAA---ATGAG---TTGAC------TTTTCCAT-TTTAAGAACTGT-------TAATTAA-AAAGAATTA-ATtttc
gi|20 : ggggcccgtttacaaaaggtcgtaagtcctaacttaagtcgtacgaccataatacgatcatacgaccttttacaaagattgggaaacttacgagttactga--GCCCGGGGG-CGA-CCCTA---AGTC-C------C--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-T-AAAAAAA-TC-T-TA-A--TACC-AA-GG-T-AATTAC-AAT---------------CATT-CAACA-T---T--G-C-T-G-C------ATTTCTAATGTTCGaatcacagacccttatttcgacaccccttcacacgtactctcatgacacaagccatacaacatctccagtgacatgtaacatgtcaaataggccgcataaatttatatcca
gi|21 : TA--A--TTTTA-AACAGA-TT-AGTGCG-GAGAGA--TTT-------TAGA--TCAA-TTCCACCGA-T---------ACAATTTTAAT---G---CGTTACCAG--C---------CGTCATTT--CAA-GT-A-C-ATTT--ACC-GCTGATTT--
gi|22 : g--GCCCGGGGG-CGA-CCCTACAGAGTC-C------T--AAGT-TT-TGT-CGTA-AGT--GT-T-AAAAAAA-TC-G-TC-GTT-ACT-AT-GG-T-AATTGC-AAT---------------CATT-CAACA-T---G--G-C-T-G-C------ATTTCTA
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blockSeqs : . A . . C . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . AT G . . . A . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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