lowQualScore                  :                                                      1    
lowQualScore                  :                        00   1111 777777  3     2     3    
lowQualScore                  :                        ..   .... ......  .     .     .    
lowQualScore                  :                        99   3333 888888  9     0     3    
consensus                     :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTG-GATT
Reference ( gi|16 )           :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTG-AATT
gi|33                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-GATCA
gi|21                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----ATATT--GG-AGTCATTacca
gi|30                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-Agca
gi|5                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Ggctgtcaact
gi|29                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--CA-AGTAATcacctgcagagctttgagccaatagat
gi|32                         :   gCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-atca
gi|61                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--gccaataata
gi|60                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--tat
gi|7                          :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--cac
gi|43                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---TTCAA-AATCAtgcatggggtagaaaccaatagatc
gi|20                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GA-AAACATAACTGTAAT
gi|25                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-A
gi|22                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A------------CAGTACTG-GATTtttacaatac
gi|12                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GG-AAgca
gi|44                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----AG--T--GG-AAcagtcagagcaaac
gi|47                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T------ATCA--ATTG-ctgc
gi|6                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GATTACCGTTAT
gi|11                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AAggcgctagcattgca
gi|57                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---acgggctgtactcc
gi|50                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---accgac
gi|38                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gtactggta
gi|27                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ccactcatct
gi|17                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctactttattccaa
gi|15                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---agcagcaaataagatgt
gi|9                          :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cactagcagggcacaaa
gi|4                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gcaagtagccgatgaatatcact
gi|58                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--cccaaagaaacttcagcagacgatcgatattt
gi|42                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--tgg
gi|37                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--agttcact
gi|19                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAATATCA---T--AA-AAATATTactgtatcat
gi|48                         :   gCCTTCGGTTTAGGTGAGCTA--AAA----A---T--AA-GATTAca
gi|41                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--TA-ATTCA
gi|39                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GA-gc
gi|8                          :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-ggacagt
gi|24                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-TATgggggtgtaatcagacagga
gi|65                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---atctataat
gi|64                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---g
gi|59                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---g
gi|56                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gttg
gi|54                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacac
gi|53                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gccacaa
gi|51                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gttcta
gi|46                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AC-ATTCATcattaga
gi|40                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|36                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---aggactgtg
gi|31                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---catctaaattc
gi|34                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-GAACAatcagtcaacaag
gi|28                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGGTA--AAA----A---A--AATAATCAATATTgct
gi|14                         :    CCTTCGGCTAAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|13                         : gagCCTTCAGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GG-AAGCActacaaagatattgac
gi|35                         :  aaCCTTCGGTTCAGATGAGCTA--ACA----A-------A-AGTCaatcaaatg
gi|18                         :   aaCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AATctgt
gi|63                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gagccgactgatat
gi|55                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gttg
gi|1                          :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gtatcaa
gi|49                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tatactacatgtagcatattgataaaagtaatcaatgtggtga
gi|3                          :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---caccaacaat
gi|45                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-gtatcgacatagcataatgttgtaaccacattttgtaaa
gi|23                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GATAATCAttcagtc
gi|10                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----ACC-C--AA-AATCAatcaagca
gi|52                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---acaggatcat
gi|26                         :      TTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GG-AATaccaacagt
gi|62                         :      TTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gactgatatct
gi|2                          :      TTCGGCTCAGGTGAGCTAATAAA----A---T--GT-AAaacaaca





Alignments
lowQualScore                  :                        00   1111 777777  3     1         
lowQualScore                  :                        ..   .... ......  .     .         
lowQualScore                  :                        88   3333 444444  8     4         
consensus                     :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
Reference ( family-835 )      :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
gi|1                          :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--G
gi|10                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----ACC-C--AA-AATCAtatactacatgtagcatattgataaaagtaatcaatgtggtga
gi|11                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AAacaggatcat
gi|12                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GG-AAacgggctgtactcc
gi|13                         :    CCTTCAGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GG-AAGCAcagtcagagcaaac
gi|14                         :  aaCCTTCGGCTAAGGTGAGCTA--AAA----A---aatcaaatg
gi|15                         : gagCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctacaaagatattgac
gi|16                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGAATTcactagcagggcacaaa
gi|17                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|18                         :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AATagcagcaaataagatgt
gi|19                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAATATCA---T--AA-AAATATagccgactgatat
gi|2                          :     gTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAAA----A---T--GT-AA-CACAGTTGGca
gi|20                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GA-AAACATAACTGcaatacttacatgtagcacgatgacaaaa
gi|21                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----ATATT--GG-AGTCATtaat
gi|22                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A------------CAGTACTGGATTgca
gi|23                         :    gCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GATAATCAgca
gi|24                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-TATatcaagca
gi|25                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-Aatctataat
gi|26                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GG-AATtttacaatac
gi|27                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gactgatatct
gi|28                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGGTA--AAA----A---A--AATAATCAATATTctactttattccaa
gi|29                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--CA-AGTAAT
gi|3                          :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---atca
gi|30                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-Agtatcgacatagcataatgttgtaaccacattttgtaaa
gi|31                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gctgtcaact
gi|32                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-atcagtcaacaag
gi|33                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-GATCAgccaataata
gi|34                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-GAACAacca
gi|35                         :    CCTTCGGTTCAGATGAGCTA--ACA----A-------A-AGTCgct
gi|36                         :  aaCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctgt
gi|37                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--catctaaattc
gi|38                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---actgtatcat
gi|39                         :   gCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GA-ccactcatct
gi|4                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ggacagt
gi|40                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cccaaagaaacttcagcagacgatcgatattt
gi|41                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--TA-ATTCAaggactgtg
gi|42                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--gc
gi|43                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---TTCAA-AATCAagttcact
gi|44                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----AG--T--GG-AA
gi|45                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-ctgc
gi|46                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AC-ATTCATttcagtc
gi|47                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T------ATCA--ATTG
gi|48                         :    CCTTCGGTTTAGGTGAGCTA--AAA----A---T--AA-GATTA
gi|49                         :    aCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|5                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gcaccaacaat
gi|50                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacctgcagagctttgagccaatagat
gi|51                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gtactggta
gi|52                         :    aCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cattaga
gi|53                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---accaacagt
gi|54                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gttcta
gi|55                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Ggccacaa
gi|56                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tatcaa
gi|57                         :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacac
gi|58                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--accgac
gi|59                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tgg
gi|6                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GATTACCGTTATgttg
gi|60                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--ggcgctagcattgca
gi|61                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--cac
gi|62                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tat
gi|63                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gaacaaca
gi|64                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ttg
gi|65                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---g
gi|7                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--g
gi|8                          :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-tgcatggggtagaaaccaatagatc
gi|9                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gggggtgtaatcagacagga





Alignments
lowQualScore                  :                        00   1111 777777  3     1         
lowQualScore                  :                        ..   .... ......  .     .         
lowQualScore                  :                        88   3333 444444  8     4         
consensus                     :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
Reference ( family-835 )      :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
gi|1                          :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--G
gi|10                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----ACC-C--AA-AATCAtatactacatgtagcatattgataaaagtaatcaatgtggtga
gi|11                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AAacaggatcat
gi|12                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GG-AAacgggctgtactcc
gi|13                         :    CCTTCAGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GG-AAGCAcagtcagagcaaac
gi|14                         :  aaCCTTCGGCTAAGGTGAGCTA--AAA----A---aatcaaatg
gi|15                         : gagCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctacaaagatattgac
gi|16                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGAATTcactagcagggcacaaa
gi|17                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|18                         :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AATagcagcaaataagatgt
gi|19                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAATATCA---T--AA-AAATATagccgactgatat
gi|2                          :     gTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAAA----A---T--GT-AA-CACAGTTGGca
gi|20                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GA-AAACATAACTGcaatacttacatgtagcacgatgacaaaa
gi|21                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----ATATT--GG-AGTCATtaat
gi|22                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A------------CAGTACTGGATTgca
gi|23                         :    gCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GATAATCAgca
gi|24                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-TATatcaagca
gi|25                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-Aatctataat
gi|26                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GG-AATtttacaatac
gi|27                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gactgatatct
gi|28                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGGTA--AAA----A---A--AATAATCAATATTctactttattccaa
gi|29                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--CA-AGTAAT
gi|3                          :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---atca
gi|30                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-Agtatcgacatagcataatgttgtaaccacattttgtaaa
gi|31                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gctgtcaact
gi|32                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-atcagtcaacaag
gi|33                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-GATCAgccaataata
gi|34                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-GAACAacca
gi|35                         :    CCTTCGGTTCAGATGAGCTA--ACA----A-------A-AGTCgct
gi|36                         :  aaCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctgt
gi|37                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--catctaaattc
gi|38                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---actgtatcat
gi|39                         :   gCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GA-ccactcatct
gi|4                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ggacagt
gi|40                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cccaaagaaacttcagcagacgatcgatattt
gi|41                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--TA-ATTCAaggactgtg
gi|42                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--gc
gi|43                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---TTCAA-AATCAagttcact
gi|44                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----AG--T--GG-AA
gi|45                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-ctgc
gi|46                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AC-ATTCATttcagtc
gi|47                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T------ATCA--ATTG
gi|48                         :    CCTTCGGTTTAGGTGAGCTA--AAA----A---T--AA-GATTA
gi|49                         :    aCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|5                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gcaccaacaat
gi|50                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacctgcagagctttgagccaatagat
gi|51                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gtactggta
gi|52                         :    aCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cattaga
gi|53                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---accaacagt
gi|54                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gttcta
gi|55                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Ggccacaa
gi|56                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tatcaa
gi|57                         :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacac
gi|58                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--accgac
gi|59                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tgg
gi|6                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GATTACCGTTATgttg
gi|60                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--ggcgctagcattgca
gi|61                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--cac
gi|62                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tat
gi|63                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gaacaaca
gi|64                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ttg
gi|65                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---g
gi|7                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--g
gi|8                          :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-tgcatggggtagaaaccaatagatc
gi|9                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gggggtgtaatcagacagga


blockSeqs                     :                             TATC TATT    T     T
blockSeqs                     :                             .    CCC     T     C
blockSeqs                     :                             .    TTC     T     T
blockSeqs                     :                             .    GT      .     T
blockSeqs                     :                             .    A       .     G
blockSeqs                     :                             .    G       .     A
blockSeqs                     :                             .    A       .     T
blockSeqs                     :                             .    T       .     T
blockSeqs                     :                             .    A       .     T
blockSeqs                     :                             .    T       .     .
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    A       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    A       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    G       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    C       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    T       .      
blockSeqs                     :                             .    G              
blockSeqs                     :                             .    T              
blockSeqs                     :                             .    T              
blockSeqs                     :                             .    T              
blockSeqs                     :                             .    T              
blockSeqs                     :                             .    A              
blockSeqs                     :                             .    .              
blockSeqs                     :                             .    .              
blockSeqs                     :                             .    .              
blockSeqs                     :                             .    .              
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   
blockSeqs                     :                             .                   


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
finalCons                     :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT





Alignments
lowQualScore                  :                        00   1111 777777  3     1         
lowQualScore                  :                        ..   .... ......  .     .         
lowQualScore                  :                        88   3333 444444  8     4         
consensus                     :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
Reference ( family-835 )      :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGGATT
gi|1                          :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--G
gi|10                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----ACC-C--AA-AATCAtatactacatgtagcatattgataaaagtaatcaatgtggtga
gi|11                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AAacaggatcat
gi|12                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GG-AAacgggctgtactcc
gi|13                         :    CCTTCAGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GG-AAGCAcagtcagagcaaac
gi|14                         :  aaCCTTCGGCTAAGGTGAGCTA--AAA----A---aatcaaatg
gi|15                         : gagCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctacaaagatattgac
gi|16                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-AATCATTATTGAATTcactagcagggcacaaa
gi|17                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|18                         :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-AATagcagcaaataagatgt
gi|19                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAATATCA---T--AA-AAATATagccgactgatat
gi|2                          :     gTTCGGCTCAGGTGAGCTAATAAA----A---T--GT-AA-CACAGTTGGca
gi|20                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GA-AAACATAACTGcaatacttacatgtagcacgatgacaaaa
gi|21                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----ATATT--GG-AGTCATtaat
gi|22                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A------------CAGTACTGGATTgca
gi|23                         :    gCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A------GATAATCAgca
gi|24                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-TATatcaagca
gi|25                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-Aatctataat
gi|26                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GG-AATtttacaatac
gi|27                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gactgatatct
gi|28                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGGTA--AAA----A---A--AATAATCAATATTctactttattccaa
gi|29                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--CA-AGTAAT
gi|3                          :    gCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---atca
gi|30                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-Agtatcgacatagcataatgttgtaaccacattttgtaaa
gi|31                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gctgtcaact
gi|32                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-atcagtcaacaag
gi|33                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--GA-GATCAgccaataata
gi|34                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AA-GAACAacca
gi|35                         :    CCTTCGGTTCAGATGAGCTA--ACA----A-------A-AGTCgct
gi|36                         :  aaCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ctgt
gi|37                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--catctaaattc
gi|38                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---actgtatcat
gi|39                         :   gCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GA-ccactcatct
gi|4                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ggacagt
gi|40                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cccaaagaaacttcagcagacgatcgatattt
gi|41                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--TA-ATTCAaggactgtg
gi|42                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--gc
gi|43                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---TTCAA-AATCAagttcact
gi|44                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----AG--T--GG-AA
gi|45                         :     CTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--GA-ctgc
gi|46                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---C--AC-ATTCATttcagtc
gi|47                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T------ATCA--ATTG
gi|48                         :    CCTTCGGTTTAGGTGAGCTA--AAA----A---T--AA-GATTA
gi|49                         :    aCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---
gi|5                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gcaccaacaat
gi|50                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacctgcagagctttgagccaatagat
gi|51                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gtactggta
gi|52                         :    aCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cattaga
gi|53                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---accaacagt
gi|54                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gttcta
gi|55                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Ggccacaa
gi|56                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tatcaa
gi|57                         :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---cacac
gi|58                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--accgac
gi|59                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tgg
gi|6                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---G--GATTACCGTTATgttg
gi|60                         :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--ggcgctagcattgca
gi|61                         :   gCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--cac
gi|62                         :     gTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---tat
gi|63                         :     CTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--Gaacaaca
gi|64                         :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---ttg
gi|65                         :   aCCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---g
gi|7                          :   aCCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---T--g
gi|8                          :    CCTTCGGTTCAGGTGAGCTA--AAA----A---A--GA-tgcatggggtagaaaccaatagatc
gi|9                          :    CCTTCGGCTCAGGTGAGCTA--AAA----A---gggggtgtaatcagacagga