lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 111111 5555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555 1 22222222222222222222222222222222222 5555555555555555 111 333333333333333 1111 3 4444444444444444444444444444444444 11 1111111111 1111111111111 11 2222 1111 222222 2222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 111 111 111111111 7777777777777777777777777777777777777777 11 22222222222222222 111 11 11111111111 222222222 333 222 333 111 1 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 22 1 222222 3333 1 2 666666666 1
lowQualScore : 9999 4 222222 6666666666666666666666666666 4 0000000000000000000000000000000000000 5 0 2 888 00000000000000000000000000000000000 4 8 99 1111111111111111 55 111 444444444444444 4 8888 0 2222 6 4 4444444444444444444444444444444444 44 99 6 9999999999 3 3 99 7777777777777 2 2 88 3 8888 3333 3 000000 555 6 3 44 9999 3 3 44 3 6 6666666666 3 3 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 4 55 6 4 4 888 55 99 666 444444444 4 5555555555555555555555555555555555555555 7 3 00 66666666666666666 3 3 777 3 3 3 3 6 6 22 555 3 3 66666666666 555 3 111111111 333 6666 99 999 222 55 333 3 7 3 222 0 3 7777 3 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 22222 44 55 44 3 000000 44 99 2 77 8888 3 5 777 3 999 88 4 333333333 0
lowQualScore : .... . ...... ............................ . ..................................... . . . ... ................................... . . .. ................ .. ... ............... . .... . .... . . .................................. .. .. . .......... . . .. ............. . . .. . .... .... . ...... ... . . .. .... . . .. . . .......... . . . ...................................................................................................................... . . .. . . . ... .. .. ... ......... . ........................................ . . .. ................. . . ... . . . . . . .. ... . . ........... ... . ......... ... .... .. ... ... .. ... . . . ... . . .... . . ............................................................................. .. ..... .. .. .. . ...... .. .. . .. .... . . ... . ... .. . ......... .
lowQualScore : 4444 4 777777 9999999999999999999999999999 4 3333333333333333333333333333333333333 0 4 4 888 99999999999999999999999999999999999 0 0 55 3333333333333333 55 222 999999999999999 0 5555 8 5555 6 0 2222222222222222222222222222222222 66 22 7 2222222222 3 3 22 1111111111111 9 9 33 1 8888 1111 1 555555 444 2 1 22 6666 1 1 22 1 2 9999999999 1 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0 55 0 0 0 000 55 55 555 333333333 7 4444444444444444444444444444444444444444 3 6 00 55555555555555555 6 6 333 6 3 3 3 7 7 55 888 3 3 22222222222 888 3 777777777 111 5555 22 222 111 00 555 6 3 6 777 9 6 7777 6 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 22222 66 44 66 3 888888 66 22 8 99 3333 3 4 555 3 222 88 0 444444444 0
consensus : GCATCAATCAAATANAA-TGT-AGCA---A--TAAT--A--CT-GT-TAN-TTTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TT--------NT---------GAATG-T--T-TGATATTTTTAC---CGCATC--------ATCCTGAA-A-GA-CT-CGT-TGA-CTCAGCGA-G-T--GCACT-----T--G----TTT--TTT--AAAT--T--TCA-TAACCCT-TTAA----CAA----AACTG-T-TTGGATA-----G--T-TGG--TT----GTT-TT-G----TTTT--TTTT--AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CA-TCAAATNGA-GAATC--GATC----GT-CATTACTCT---T-AGC-CA--TT----G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGT----GG-----------------A--------C--C------G-----TTTTT--T---------G----TGTTT----------------T------TAT----------------TCA-GC-T--TCT-GG-CAG-C---GACT--T--TC---TTT----T---NAATGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAA--CCT--CG-A-T-A-CCG-GGA-T---ATA-CAT-TAAAA-C-TTCA--CGT----AGA--AA---CCA--AA--AATTG--AAATTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-CGA-TAA---GGA--AAA----AAA-----------------A---------A-AT-C------------AC-----GG--TT-AAT--AAT-N---TT--C--AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCGA--ATAAG---ATAA-ACAAACTTTTGAAAA---GT-AA-TAC--ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( gi|6 ) : GTATCAATCAAATAAAA-TGT-AGCA---A--TAAC--A--CT-GT-TAT-TTTTATACT--ACCA-TTCAG-------TT--------GT---------GAAT-----T-TGATATTTTTAC---CGCATT--------ATC------A-GA-CTGCGT-TGAATTCAGCGA-G-T--GCA-------T--G----TTT--TTT--AAAT--T--TCAGTAACCCT-TTAA----CAA----AACTGAT-TTGGAT------G--T-TGG--TC----GTT-TT-G----TTTT--TTTT--AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CA-TCAAATTGA-GAATC--GATC----GT-CATTACTCT---T-AGC-CA--TT----G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-----GG-----------------A--------C--C------A-----TTTTT--T---------G----TGTTT----------------T------TA-----------------TCA-AC-T--TCT-GG-CAG-C---AACT--T--TC---TTT----T---AAATGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAA--CCT--TG-A-T-A-CCG-GAA-T---ATA-CAT-TAAAA-C-TTC---CGT----AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAAAATTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-CGA-TAA---CGA--AAA----CAA-----------------C---------A-AT-C------------AC-----GG--TG-AAT--AAT-A---TT--CT-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTGA--ATAAG-C-ATAA-ACAAACCTTTG-AAA---GT-AA-TACA-ATTAAA-TATTTTATGTTT
gi|8 : GTATCAATCAAATAA---TGTTAGCA---A--TA-C--A--CTTGT-TAT-TTGTA-AC---ACCA-TTCAGG------TC--------TT---------GAAT-----T-TGATATTTT-AC---CGCAT---------ATCCTGA--A-GA-CTGTG-----ATCCAGCGA-G-T--GCC-------TT-G----TTT--TT----AAT--T--TCA-TAACC-T-GTAA----CAA----AACTG-T-TTGGAT------AGTT-TGG--TCC---GTT-TTTG----TGTG--GGTT--AG-TGG----------A-C-A--AAATAT--T--------GTG-CA-TCAAA-TGA-GAATCA-GTTC----GT-CATTACTTT---T-AGC-CA--TTC---G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGTT---GG-----------------A--------C--C-------------TTTT--T---------G----T-TGT----------------T------AA-----------------TCACAC-T--TCTGGG-CAG-C---AACT--T--TT---CTT----T----AATGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCC-GC-G-C-C-AAAAGCCT--TG-A-A-A-CCG-CGA-T---ATA-C----AAAA-CATTCA--CGT----AGAAGAA---CC---AA--AATTG--GAATTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T---G-TA-----GA--AAA----------------------------------A-AT-C------------ACCTA--GT--TG-AGT--AAT-G---AT--C--AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTGA--ATAAG---ATAA-AC-AACTTTTG-AAG---GT-AACTAC--ATTAAT-TATTTTA
gi|5 : tgGTATCAATCAAATAAAC-AGT-AGCA---A--TA-------CT-GTCTAA-TTTC-TAC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT-----T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCCTGAAGG-GA-CT-CAG-TGACCTCAGCGA-GCT--GCACT-----T--G-----TT--TTT--AAATGAT--TCA-----CCT-TTAA----C-A----AACTG-T-TTGGAA------A--C-TAG--TT----GGT-TC-GCGCTTTTT--TTTT--AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CA-TCAAATAAG-AAATC---ATC----GG-CAT---TCT---T-AGA-CA---T----G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTGT----GG-----------------A--------C---------------TTTTT--T---------GT---TGTAG----------------T------TAT----------------TCAGAC-T--TCTAGG-CAG-CGCAGACT--T--CT---TTT----T---AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCT-GC-G-CTC-AAA--T-------A-TAA-ACG---A-T---ATA-CATATGA-----TTCA--CGT----GTA--AA---CC---AA--CATTGACTAATTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-CGA-TAA----GATTAAA-----AA---------------------------A-AT-CAT----------AC-----TG--TG-AAT--AAT-A---TT--C--AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTGA--ATAAA-CAATAA-ACAA--TTTTGAAAA---GTGAA-TAC--ATTAACTTATTTTATa
gi|4 : catGTATCAATCAAATAAAC-AGT-AGCA---A--TA-------CT-GTCTAA-TTTC-TAC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT-----T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCCTGAAGG-GA-CT-CAG-TGACCTCAGCGA-GCT--GCACT-----T--G-----TT--TTT--AAATGAT--TCA-----CCT-TTAA----C-A----AACTG-T-TTGGAA------A--C-TAG--TT----GGT-TC-GCGCTTTTT--TTTT--AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CA-TCAAATAAG-AAATC---ATC----GG-CAT---TCT---T-AGA-CA---T----G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTGT----GG-----------------A--------C---------------TTTTT--T---------GT---TGTAG----------------T------TAT----------------TCAGAC-T--TCTAGG-CAG-CGCAGACT--T--CT---TTT----T---AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCT-GC-G-CTC-AAA--T-------A-TAA-ACG---A-T---ATA-CATATGA-----TTCA--CGT----GTA--AA---CC---AA--CATTGACTAATTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-CGA-TAA----GATTAAA-----AA---------------------------A-AT-CAT----------AC-----TG--TG-AAT--AAT-A---TT--C--AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTGA--ATAAA-CAATAA-ACAA--TTTTGAAAA---GTGAA-TAC--ATTAACTTATTTTATtc
gi|2 : catGCATCAATGCAAT-----TGT-AGCA---AGTTAAT--ATACT-GT-TAG-GTCTA-AC---ACCA-TTCAG-------TT--------GTCATTTAAGTGAATGATGTTGTGATAATCTGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-GA-CT-CGT--GA--TCAGCGA-G-TTGGCACTAGGATT--G----TTTGGTTT--AATT--A--TCCACAACCGTGTTAA----CAA----ACGTG---TTGGATA-----G--T-TGGGTTC----GAT-TT-------TTC--TTTG--AG-TTG----------AAC-A--AAAT-T-----------GTG-CA-TGGCAC--A-AAACC--ATTC----GTTCAATACT-T---T-AGC-CA--TT----G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTGA----GG-----------------ATTAAGCTTC--CTA----A-----CTTTT--T---------GTTCTTGTTTTTGTGTGTG-------T------TA-----------------TTA-GC-CTGTCC-GG-CAG-CT--GACT--TTGTC---TTT----CCTAAAATGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCC-GC-G-C-C--AA--CCT--TG-A-T-AGCTC-GAA-T---ATATCA--TAAAG-CATTCA--CG-----AGA--AAACGCTA--AT--AATTGAAA---TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-CAACCAA---GAA--AAA----TAAAT---------------A---------A-ATCC------------ACATTA-GGCATT-AAA--AAT-AAATTT--TC-AT--AC-TTTTCCA-------A--TTAA--A-------ATAACACAACTTTTTGAAAA---GT-AA-TAC--AT-----TATTTTATTTTTtc
gi|12 : atGCATCAATGAAATACAA-TGT-AGCA---A--TAA---A--CT-GT-TAT-CTT---AAC--ACCA-TTCAG-------TTTCAATTTCAT---------GAATGGTATT-TGATATTCT-AC---CGCATCCTGGTGGAGTCTTGA--A-GA-CT-CGT--GA--TCAACAA-G-T--GCACT-----T--G----TTT--TG---AAAT--A--TCA-TAACC-T-TGAA----TAA----AACTG-T-TTGGATA-----G--T-TGG--TTCA--GTT-TT--------TC--TTTG--AG-CCG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CA-Tt
gi|15 : acatGCATCAATCAAATACAATTGT-AGCAAGTA--TAATAAA--CT-GT-TAT-CCTTA-AC---ACCA-TTCAGTTCAATTTT--------GT---------GAATGATA-T-TGATA-TGCTAC---CGCATC---------TG------A-GAGCTACG--TGA--TCAGCGA-G-T--GCA-------ggcacacaaaacgtca
gi|1 : tcaatatTATCAATCAACTAAA--TGT-AGCA---G--TTAC-----------TATATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-------TT--------TT---------CAAT-----T-TTGTATCTA-AC---CGC--T--------ATCCTGGA-ATGA-CT-CATGTGA--TC-GCGA-G-TT-GCA-------T--GCTTGTTT--TTT--AAAT--T--ACCATACCTCT-TTAA----CAA----AA-TG-T-TTGGATAGTTTGG--T-TTG--TT----GTT-TT-A----TTTT--TTTTG-AG-GTG----------A-C----AAAT-T--T--------GTG-CATTCAA--TGA-GAATC--G-TC----GT-CA-----CT---T-AGC-CATGTT----G-TGCT--GT-TT-T----------AGATGC-TAGCTGTGGTTAG-----------------A--------CTTC------GTAAGCTTTTT--T---------G----TTTTC----------------T------TGTAATTTTTTTTTGTTGTTTA-GC-C--TCTGGG-CAGCC---AACT--T--TCTT-TTT----T---TAATGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCG-GC-G-C-CAAAA--CCT--CG-CTT-A-ACGTGGA-T---ATA-GAT-GAAAG-C-TTC---AGCTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--AAATTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGCGATTAAAATTGA--AAAAGATCAG-----------------C---------A-TT-C--------------------------AAT--AAT-T---TTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TATGTTCA--ATAAGAT-ATAA-GGCAACTTTTG-AAATAGGT-AA-TGTACATTA----ATTTTATTTTTctcctcatgttctagttt
gi|3 : catgtTCAA-CAAATACAACTGT-AGCA---A--TAA---A--CT-GT-TCA-TTTTA-ACA--ACC----CAG-------TT--------TC---------CAAT-----T-TTGTATTTCTAC---CGCATC--------CTG------AAGA-CT-CTC-TGAGT-CAGCGAAG-T--GCACT-----T--G----TTT--TT---AAAT--T--ACCATAACC-T-TTAA----CAA----AACTG-T-TTGGATA-----G--TCTGG--TTCAATGAT-TT-------TTT--TTTG--AG-TTG----------A-C-A--AAAT-TTCT--------GTG-CA-TCAAA-TGA-GAATT--GGTG----AT-CAATACT-T---T-AGC-CA--TT----G-T-CCTGGT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-----GGGACTTAAACTTCCTA--A--------C--CTTGCTTG-----TTCTT--TTATTTCTGTG----TGTTT----------------T------AA-----------------TCA-GC-C--TCT--G-C-G-C---AACT--TC-TCTCTTTT----T---AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-A-C-C--AA--CCT--TGAA-T-A-C---GGA-T---ATA-CAA-TAAAATC-TTA---CGT----AGA--AA---CC---AA--AATTG---AATTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-CGACTAA---GAA--AAA----AAA-----------------A---------A-AT-C------------AC-----GA--TT-AAT--AAT-T---TT--C--AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCAA--ATAG----ATAA-ACAAACTTTTG-AAA---tt
gi|11 : gTCAAATACAA-TGT-AGCA---AGTTAATAAA--CT-GT-TAT-CT---TAAC--ACCA-TTCAG-------TT--------
gi|11 : tatgcatcaaacaattTCAGCGA-G-T--GCA-------CTAA----TGT--TTT--AAAT--TA-TCA-CAACC-T-TTAA----CAATTAAAACTG-T-TTGGAT------G--T-TGG--T------TT-CG-G----TTTT--TCTTTGAG-TTG----------A-CAA--AAAT-T--T--------GTG-CA-TAGCAC--A-AAATC---ATC----GT-CA-TACT-T---T-AGC-CA--TT----G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-----AG-----------------tcaactcgtgtcagcgagtgcactaatgttttaaattatcacaacctttaacaattaaaactgtttggatgttggtttcggtttttctttgagttgacaaaaatttgtgcatagcacaaaatcatcgtcatactttagccattgcttgttttaatccactgaggattaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|7 : tatgcatcaaacaatttcaaatacaatgtagcaagttaataaactgttatcttaacaccattcagtttcaactcgtgA-G-T--GCACTAAT--T--G----TTT--TTTTTAAAT--TATTCACAAACTTT-GCAT----CAAG---AACTTGTGTTGGATTA----G--T-TGT--TTTCGGGTT-TT-G----CTTTGCTTTG--AG-GTGGG--------A-C-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CA-TTCAATTAACGCATC--TGTT----TT-CATTTATCTGGTT-ACCGCA--TT----GCT-TT--GT-CT-T----------TAAT-CGCA-TCG-----TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--C------G-----GTTTT--T---------G----TGTCTGGGGTTCTTGGGTGTGT------TAT----------------TTA-GCGT--TCC-GGTCAG-T---GACTTGT--TCG--TTTACTAT---AAGTGAC---TGCTA----------A----------G----------GCA-TT-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAA-CCG-GAG-TATGATA-CAT-TAAAC-G-TTCATTCGT----AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG-GAAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-TAA-CAA---GAA--AAA----AAA-----------------TAAATAAATAA-AT-CCACATTAGGCATAC-----GG--T--AAT--AAT-T---TT--C--AT--AC-TTT--------------TCAA--ATAAA---ATAA-AC-AACTTTTGAAAA---GT-AA-TAC--AT-----TATTTTATTTTTgattaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|16 : --TTT--AA----T--TTAG----CCA-TTAATTGTCAA----AACTG-T-TTGGACA-----G--T-TGG--T-------T-TG-G----TTTT--TCTTTGAG-TTGTGAATGACACA-C-A--AAAT-------------GT--CA-T---AT-GA-GTATC---ATC----GT-CATAGCT-----T-AGC-CA--TTAATTG-T-CT--TT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-----t
gi|10 : T------G--T-T----TT----GTTGTT-G----TTTT--TTTTT-AG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTG-TA-TCAAAT-GA-GAATC---ATC----GT-CAT-ACTTT---T-AGC-CA--TT----G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTGT----GG-----------------A--------T--T------A-----TTTTTGTT---------A----TTTTT----------------TGAGTGTTA-----------------TCA-AC-T--TCT-GG-CAG-C---AACT--T--TC---TTT----T---TAATGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAACTCCT--CG-A-T-ACCCG-GAATT---ATA-CAT---AAA-C-TTCA--CGT----AGA--AA---CC---AA--AATTG---AATTTC-CTAGTA-A---TTTG-T-T----T-CGA-TAA----GA--AAA-----AA-----------------A---------A-AT-C-------------C------A--TT-AAT--AGT-A---TT--C--AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCAAG-ATAG----ATAA-AC-AACTTTTGAAAA---GT--A-TAC--ATT--A-TATTTTAGGTTtg
gi|9 : T------G--T-T----TT----GTTGTT-G----TTTT--TTTTT-AG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTGGTA-TCAAATGAA-GAATC---ATC----GT-CAT-ACT-T---T-AGC-CA--TT----G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTGT----GG-----------------A--------T---------A-----TTTTTGTT---------A----TTTTT----------------TGAGTGTTA-----------------TCA-AC-T--TCT-GG-CAG-C---AACT--T--TC---TTT----T---TAATGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCC-GCTGCC-C-AAAC-CCT--CG-A-T-ACCCG-GAATT---ATA-CAT---AAA-C-TTCA--CGT----AGA--AA---CC---AA--AATTG--AAATTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-CGA-TAA----GA--AAA----AAA-----------------A---------A-AT-C------------AC-----CA--TT-AAT--AGT-A----T--CT-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCAAAGATAAG---ATAA-AC-AACTTTTGAAAA---GT--A-TAC--ATT-AC-TATTTT
gi|20 : --T--------GGG-CA-TCAAATGGA-GAATCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-CA--TT----G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-----tag
gi|19 : --T--------GGG-CA-TCAAATGGA-GAATCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-CA--TT----G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-----tgg
gi|18 : C-T--TTC-GG-AAG-C---GACT--T--TC---TTT----T---TAATGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCC-GC-A-C-C-AAA--CCT--TG-A-T-A-CCG-G-T-T---ATA-CAT---AAA-C-TTCA--CGT----AGA--AA---CCA--Atgg
gi|13 : tgttaatactggCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-CAAAA--CCT--CG-A-T-A-C---GGA-T---ATA-CAT-AAATG-C-TTCA--CAT----AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--AAATTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-CGA-TAA---GAA--AAA----AAA-----------------A---------A-AT-C------------AC------C--TT-AATCAAAT-T---TT--C--AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCAA--ATAAG---ATAA-AC-AACATTTG-AAA---G
gi|22 : CC-AC-G-C-C-AAA--CCT--CG-A-T-A-CCG-G-A-T---ATA-CAT-C--AA-C-TTCA--TGT----AGacattctttttaattgttttg
gi|14 : -TTC---CGT----AAA--AA---CCA--AA--A-TTGAAA--TTTC-C-AGTA-T---TTTGTT-T----T-CAA-TAA----GA--AAA----AAAAAAAAAATAAATAAATCC---------ACAT-T------------ACATGTAGG--CATAAT--AAT-T---TT--TC-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---TAA--A-------ATAA-ACCAACTTTTGAAAA---GT-AA-TAC--AT-----TATTTTATTTTT
gi|21 : AT--AATTA---TT--TTCAT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCAA--ATAAA---AGAA-ACAA-CTTTTG-AAAA--GT-AA-TAC--ATTAtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGGAGTAGCCAGTATATGTTGTTTCCAGAATAAAGAGAGAAAAAAAAAATTCCATATAAATTTATTCATACTTTTCATGTTACAAATAAGATATAGCACACTTTGAAAAGTAAACTTAATATTGTCAGGTTTGGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 3333333333 111 55555555555555555555555555555555555555 1 2222222222 11 33333333333 11111 222 22222 111 3333333333333333 11 2222222222 11111111 1 2222 1111 111111 2222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 111 11 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 3333333333 4 8 8 4 111 4 44444444444444444444444444444444444444 4 1 0 777 5555555555 4 55 8 33333333333 3 7 88 55 55555 55 111 66666 99 2 9 4 4 7777 3 2 3 3 3 222 3 3 3 3 6666 5555555555555555 44 11 6 0000000000 3 88 3 33 55555555 2 1 7 2 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 3 7 3 55 4 3 3 3 666 00 88 7777 7777 3 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 6 555 3 3 3 6 9 88 3 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . .......... . . . . ... . ...................................... . . . ... .......... . .. . ........... . . .. .. ..... .. ... ..... .. . . . . .... . . . . . ... . . . . .... ................ .. .. . .......... . .. . .. ........ . . . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . .......................................................................................................................... .. . . . .. . . . . ... .. .. .... .... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . ... . . . . . .. . ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 2 222 0 9999999999 0 0 8 0 000 0 77777777777777777777777777777777777777 4 9 0 888 1111111111 4 11 0 22222222222 6 3 66 00 55555 55 000 11111 33 5 1 0 0 7777 6 1 6 6 6 777 6 1 1 1 5555 9999999999999999 22 55 2 8888888888 1 55 1 77 00000000 7 2 7 9 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 66 7777 4444 6 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 7 888 3 1 1 2 2 55 1 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA---TAATA--CT-GT-TANTTTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTT--------T---------GAAT----T-T-TGATATTTTTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA---TCAGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAAT--TA-TCA-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-G----GT----TC---GTTTT-GTTTT--TTTT--AG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CATCAAAT-GA-GAATC--GATC----G-TCATTACTCT---T-AGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTT----T---TAA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-GC-C-AAA--CC-TC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATANAA-T-GT-AGCAA---TAATA--CT-GT-TANTTTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTN--------T---------GAATG---T-T-TGATATTTTTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA-C-TCAGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAAT--T--TCA-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-G----GT----T----GTTTT-GTTTT--TTTT--AG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CATCAAATNGA-GAATC--GATC----G-TCATTACTCT---T-AGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTT----T---NAA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-GC-C-AAA--CC-TC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG---T--TA--CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-------TTT--------T---------CAAT----T-T-TG-TATCTA-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA---TC-GCGA-G-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAAT--TA-CCA-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-T-GGTTTGT----T----GTTTT-ATTTT--TTTTG-AG-GTG----------AC----AAAT-T--T--------GTG-CATTCAAT-GA-GAATC--G-TC----G-TCA-----CT---T-AGC-C----ATGTT-G-TGCT--GT-TT-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTT----T---TAA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTAC-T---TGGCGG-C-GC-CAAAA--CC-TC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-T-T-T----GT----T----GTTGT--TTTT--TTTT--AG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTG-TATCAAAT-GA-GAATC---ATC----G-TCAT-ACTTT---T-AGC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTT----T---TAA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-GC-C-AAACTCC-TC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : tgtGCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAAGT-TAATAAACT-GT-TA-TCTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTggtt
gi|11 : tat-ACT-CGT--G----TCAGCGA-G-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAAT--TA-TCA-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-T-G----GT----------TTCG-GTTTT--TCTTTGAG-TTG----------ACAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT--AGCACA-AAATC---ATC----G-TCA-TACT-T---T-AGC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------tcaactcgtgtcagcgagtgcactaatgttttaaattatcacaacctttaacaattaaaactgtttggatgttggtttcggtttttctttgagttgacaaaaatttgtgcatagcacaaaatcatcgtcatactttagccattgcttgttttaatccactgaggattaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|12 : tatgcatcaaacaatttcaaatacaatgtagcaagttaataaactgttatcttaacaccattcagtttcaGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA---TAA-A--CT-GT-TA-TCTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTTCAATTTCAT---------GAATGGTAT-T-TGATATTCT-AC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TGAA--G-ACT-CGT--GA---TCAACAA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TG---AAAT--A--TCA-TAACC-T-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-G----GT----TCA--GTT----TTTC--TTTG--AG-CCG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CATttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-GC-CAAAA--CC-TC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAAACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAGTTCAATTTTG--------T---------GAATGA--TAT-TGATA-TGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA---TCAGCGA-G-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-T-G----GT----TTG--GTT----TTTC--TTTG--AG-TTGTGAATGACACAC-A--AAA-----T--------GT--CAT---AT-GA-GTATC---ATC----G-TCATAG--CT---T-AGC-CATTAA--TT-G-T-CT--TT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTT----T---TAA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTAC-T---T-GCCG-C-AC-C-AAA--CC-TT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CATCAAATGGA-GAATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT-TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTG--------TCATTTAAGTGAATGATGT-TGTGATAATCTGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA---TCAGCGA-G-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AATTA-T--CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-T-G----G----------GTTCG-ATTTT--TCTTTGAG-TTGA---------AC-A--AAA--T--T--------GTG-CATGGCAC--A-AAACC--ATTC----GTTCAATACT-T---T-AGC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTTTGTC--TTT----CCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTAC-CTGAC-GCCG-C-GC-C--AA--CC-TT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CATCAAATGGA-GAATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-GC-C-AAA--CC-TC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA---TAA-A--CT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-------TTT--------C---------CAAT----T-T-TG-TATTTCTAC---CGCATC-----------C-TGAA--G-ACT-CTC-TGA-G-TCAGCGAAG-T--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAAT--TA-CCA-TAACC-T-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCT-G----GTTCAAT----GATT---TTTT--TTTG--AG-TTG----------AC-A--AAAT-TTCT--------GTG-CATCAAAT-GA-GAATT--GGTG----A-TCAATACT-T---T-AGC-C----A--TT-G-T-CCTGGT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTT----T---TAACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-AC-C--AA--CC-TT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA---TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT------T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGA-CCTCAGCGA-GCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGAT--TCA-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-G----GT----TCGC-GCTTT----TT--TTTT--AGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CATCAAATAAG-AAATC---ATC----G-GCATT---CT---T-AGA-C----A--T--G-T-CT--AT-CT-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTT----T---TAA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTAC-TA--T-GCTG-C-GCTC-AAA--TA-T-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA---TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT------T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGA-CCTCAGCGA-GCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGAT--TCA-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-G----GT----TCGC-GCTTT----TT--TTTT--AGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CATCAAATAAG-AAATC---ATC----G-GCATT---CT---T-AGA-C----A--T--G-T-CT--AT-CT-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTT----T---TAA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTAC-TA--T-GCTG-C-GCTC-AAA--TA-T-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA---TAACA--CT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-------TTG--------T---------GAAT------T-TGATATTTTTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAAT-TCAGCGA-G-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAAT--T--TCAGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-T-G----GT----C----GTTTT-GTTTT--TTTT--AG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CATCAAATTGA-GAATC--GATC----G-TCATTACTCT---T-AGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TA---------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTT----T---AAA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTAC-T---C-GCCG-C-GC-C-AAA--CC-TT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : A-G-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAAT--TATTCA-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-T-G----TT----TTCGGGTTTT-GCTTTGCTTTG--AG-GTGGG--------AC-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATTAACGCATC--TGTT----T-TCATTTATCTGGTT-ACCGC----A--TT-GCT-TT--GT-CT-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTCG-TTTACTAT---AAG-TGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTACAT---C-GCCGGT-GC-A-AAG--CC-TTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA---TA-CA--CTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGG------TCT--------T---------GAAT------T-TGATATTTT-AC---CGCAT---------ATCC-TGAA--G-ACT--GT--GA-T-CCAGCGA-G-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AAT--T--TCA-TAACC-T-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TTG----GT----CC---GTTTTTGTGTG--GGTT--AG-TGG----------AC-A--AAATAT--T--------GTG-CATCAAAT-GA-GAATCA-GTTC----G-TCATTACTTT---T-AGC-C----A--TTCG-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCT----T---TAA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTAC-TG--C-GCCG-C-GC-C-AAAAGCC-TT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-T-T-T----GT----T----GTTGT--TTTT--TTTT--AG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTGGTATCAAATGAA-GAATC---ATC----G-TCAT-ACT-T---T-AGC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTT----T---TAA-TGAC---TTT-AACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACCT---C-GCCG-CTGC-CCAAA--CCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 3333333333 111 444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 2222222222 11111 111 1 11111 111 22222 11 1111111111 11111111 2222 1111 111111 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 11 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 7777777777 4 8 4 4 111 4 4 111111111111111111111111111111111 0 999999 3 777 4444444444444444444444 2222222222 4 3 7 88 55 55555 55 888 0 2 4 00000 4 4 4 7777 3 2 3 3 3 222 3 7 3 6 555 888 44 00000 44 11 6 7777777777 3 3 88 3 33 55555555 2 2 666 5 5 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 7 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 6 11 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . .......... . . . . ... . . ................................. . ...... . ... ...................... .......... . . . .. .. ..... .. ... . . . ..... . . . .... . . . . . ... . . . . ... ... .. ..... .. .. . .......... . . .. . .. ........ . . ... . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ............................................................................................................................. . . . .. . . . . ... .. .. .......... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 0 222 0 4444444444 0 0 9 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999 8 111111 2 000 5555555555555555555555 6666666666 0 6 3 66 00 55555 55 555 8 0 0 88888 1 0 0 7777 6 1 6 6 6 777 6 3 1 2 444 555 11 22222 22 33 2 7777777777 1 1 55 1 77 00000000 7 7 777 7 7 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 2 55 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA---TAA-A--CT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCA-GTT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--T-CAGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---G-TT--TTGTTTT--TTTN-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA---TAATA--CT-GT-TANTTTTA-AC---ACCA-TTCA-GTT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--T-CAGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---G-TT--TTGTTTT--TTTT-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG---T--TA--CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC--GTT------T--------TCAAT----TT------TG-TATC--T---A-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA--T-C-GCGA-G-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-TTTGTT---G-TT--TTATTTT--TTTTGAG-GTG----------A-C----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-GAA-TC--G-TC----GT-CA-----CT---TA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GT-TT-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCGG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-TGT-T---TT---G-TTG-TTGTTTT--TTTTTAG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-GAA-TC---ATC----GT-CAT-ACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAACTCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : GCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA-------------GT-TAAT---A-A----ACTG-TT------------------------AT----CT------TAACACC--A---TT-C---AGTTTC--------A------------ACT-CGT---G--T-CAGCGA-G-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-TGGTT---TC---G-GT--T--TTTC--TTTG-AG-TTG----------A-CAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-AAA-TC---ATC----GT-CA-TACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA---TAA-A--CT-GT-TA-TCTTA-AC---ACCA-TTCA-GTT------TCAATTTCATGAATGGTATT------TGATATT--C---T-AC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TGAA--G-ACT-CGT--GA--T-CAACAA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--T----GAAATAT-C-A-TAACC-T-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TCA--G-TT-----TTTC--TTTG-AG-CCG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAAACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCA-GTT------C----------AAT----TTTGTGAATGATATTGATATGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA--T-CAGCGA-G-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-TGG-T---TT---G-GT--T--TTTC--TTTG-AG-TTGTGAATGACACA-C-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-GTA-TC---ATC----GT-CATAG--CT---TA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCCG-C-A-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT-TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCA-GTTGTCATTTAAG-----TGAATGATGTTG-----TGATAAT--C---TGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA--T-CAGCGA-G-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGGT---TC---G-AT--TT--TTC--TTTG-AG-TTG----------AAC-A--AAAT-T-----------GTG-CAT-GGCAC-A-A--AA-CC--ATTC----GTTCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCCG-C-G-C-C--AA--CCTT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA---TAA-A--CT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCA-GTT------T--------CCAAT----TT------TG-TATT--T---CTAC---CGCATC-----------C-TGAA--G-ACT-CTC-TGAG-T-CAGCGAAG-T--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATTAC-C-A-TAACC-T-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCTGG-T---TC---A-ATGATT-TTTT--TTTG-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TT--GGTG----AT-CAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-A-C-C--AA--CCTT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA---TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCA-GTT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCT-CAGCGA-GCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---G-CG--CT-TTTT--TTTT-AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--AT-CT-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA---TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCA-GTT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCT-CAGCGA-GCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---G-CG--CT-TTTT--TTTT-AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--AT-CT-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA---TAACA--CT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCA-GTT------G--------TGAAT----TT-------GATATT--T---TTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAATT-CAGCGA-G-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-TGG-T----C---G-TT--TTGTTTT--TTTT-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : A-G-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-TGT-T---TTCGGG-TT--TTGCTTTGCTTTG-AG-GTGGG--------A-C-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACGCA-TC--TGTT----TT-CATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GT-CT-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGTGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA---TA-CA--CTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGGTC------T--------TGAA-----TT------TGATA-T--T---TTAC---CGCAT---------ATCC-TG-AA-G-ACT--G--TGA--TCCAGCGA-G-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAA-CCT-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-T---CC---GTTT--TTGTGTG--GGTT-AG-TGG----------A-C-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TCA-GTTC----GT-CATTACTTT---TA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCCG-C-G-C-C-AAAAGCCTT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-TGT-T---TT---G-TTG-TTGTTTT--TTTTTAG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAGAA-TC---ATC----GT-CAT-ACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCCG-CTGCC-C-AAAC-CCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 2222222222222 111 444444444444444444444444444444444 22222222222 111111 2222222222 11111 111 1 11111 111 222222 1111111111 11111111 2222 1111 111111 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 11 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 8888888888888 4 8 11 4 111 4 4 111111111111111111111111111111111 0 88888888 777 11111111111 4 111111 2222222222 4 3 7 88 55 55555 0 55 111 0 2 4 55555 4 4 7777 3 2 3 3 3 222 3 7 3 6 555 888 44 333333 44 77 6 7777777777 3 3 88 3 33 55555555 2 2 666 5 5 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 7 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 6 11 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . ............. . . .. . ... . . ................................. . ........ ... ........... . ...... .......... . . . .. .. ..... . .. ... . . . ..... . . .... . . . . . ... . . . . ... ... .. ...... .. .. . .......... . . .. . .. ........ . . ... . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ............................................................................................................................. . . . .. . . . . ... .. .. .......... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 0 222 0 6666666666666 0 0 00 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999 8 99999999 000 55555555555 0 777777 6666666666 0 6 3 66 00 55555 8 55 222 8 0 0 88888 0 0 7777 6 1 6 6 6 777 6 3 1 2 444 555 11 333333 22 22 2 7777777777 1 1 55 1 77 00000000 7 7 777 7 7 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 2 55 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---G-TT--TTG-TTTT--TTTG-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---G-TT--TTG-TTTT--TTTN-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG------TTA----CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-TT------T--------TCAAT----TT------TG-TATC--T---A-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA--TC--GCG-AG-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-TTTGTT---G-TT--TTATTTTT--TTTG-AG-GTG----------A-C----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-GAA-TC--G-TC----GT-CA-----CT---TA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GTT-T-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCGG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-TGT-T---TT---G-TTG-TTG-TTTT--TTTTTAG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-GAA-TC---ATC----GT-CAT-ACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAACTCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : GCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA----------------GT-TAAT---A-A----ACTG-TT------------------------AT----CT------TAACACC--A---TT-C---AGTTTC--------A------------ACT-CGT---G--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-TGGTT---TC---G-GT--T---TTTC--TTTG-AG-TTG----------A-CAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-AAA-TC---ATC----GT-CA-TACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-T-ATCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------TCAATTTCATGAATGGTATT------TGATA-T--T---CTAC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TG-AA-G-ACT-CG--TGA--TC-AACA-AG-T--GCA--CT-----TG--T--TTT--GAAATAT-C-A-TAA-CCT-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TCA--G-TT------TTTC--TTTG-AG-CCG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAA---ACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------C----------AAT----TTTGTGAATGATATTGATATGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-TGG-T---TT---G-GT--T---TTTC--TTTG-AG-TTGTGAATGACACA-C-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-GTA-TC---ATC----GT-CATAG--CT---TA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCCG-C-A-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT----TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-TTGTCATTTAAG-----TGAATGATGTTG-----TGATAAT--C---TGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA--TC-AGCG-AG-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGGT---TC---G-AT--TT---TTC--TTTG-AG-TTG----------AAC-A--AAAT-T-----------GTG-CAT-GGCAC-A-A--AA-CC--ATTC----GTTCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCCG-C-G-C-C--AA--CCTT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-TT------T--------CCAAT----TT------TG-TATT--T---CTAC---CG---C--------ATCC-TG-AA-G-ACT-CTC-TGAG-TC-AGCGAAG-T--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATTAC-C-A-TAA-CCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCTGG-T---TC---A-ATGATT--TTTT--TTTG-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TT--GGTG----AT-CAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-A-C-C--AA--CCTT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---G-CG--CT--TTTT--TTTT-AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--ATC-T-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---G-CG--CT--TTTT--TTTT-AGCTTG----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--ATC-T-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA------TAAC--ACT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-TT------G--------TGAAT----TT-------GATATT--T---TTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAATTC-AGCG-AG-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-TGG-T----C---G-TT--TTG-TTTT--TTTT-AG-TTG----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : -AG-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-TGT-T---TTCGGG-TT--TTG-CTTTGCTTTG-AG-GTGGG--------A-C-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACGCA-TC--TGTT----TT-CATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GTC-T-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGTGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA------TAC---ACTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGGTC------T--------TGAAT----TT-------GATATT--T---T-AC---CGCAT---------ATCC-TGAA--G-ACT--GT--GA--TCCAGCG-AG-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAACC-T-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-T---CC---GTTT--TTG-TGTG--GGTT-AG-TGG----------A-C-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TCA-GTTC----GT-CATTACTTT---TA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCCG-C-G-C-C-AAAAGCCTT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-TGT-T---TT---G-TTG-TTG-TTTT--TTTTTAG-TTG----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAGAA-TC---ATC----GT-CAT-ACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCCG-CTGCC-C-AAAC-CCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 2222222222222 111 444444444444444444444444444444444 22222222222 111111 2222222222 11111 111 1 11111 111 222222 1111111111 11111111 2222 1111 111111 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 11 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 8888888888888 4 8 11 4 111 4 4 111111111111111111111111111111111 0 88888888 777 11111111111 4 111111 2222222222 4 3 7 88 55 55555 0 55 111 0 2 4 55555 4 4 7777 3 2 3 3 3 222 3 7 3 6 555 888 1 777777 44 6 6666 7777777777 3 3 88 3 33 55555555 2 2 666 5 5 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 7 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 6 11 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . ............. . . .. . ... . . ................................. . ........ ... ........... . ...... .......... . . . .. .. ..... . .. ... . . . ..... . . .... . . . . . ... . . . . ... ... . ...... .. . .... .......... . . .. . .. ........ . . ... . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ............................................................................................................................. . . . .. . . . . ... .. .. .......... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 0 222 0 6666666666666 0 0 00 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999 8 99999999 000 55555555555 0 777777 6666666666 0 6 3 66 00 55555 8 55 222 8 0 0 88888 0 0 7777 6 1 6 6 6 777 6 3 1 2 444 555 0 000000 22 2 5555 7777777777 1 1 55 1 77 00000000 7 7 777 7 7 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 2 55 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---GTT--TT--TTTT--TTTG-AGTT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TC---GTT--TTG-TTTT--TTTG-AGTT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG------TTA----CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-TT------T--------TCAAT----TT------TG-TATC--T---A-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA--TC--GCG-AG-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-TTTGTT---GTT--TTATTTTT--TTTG-AGGT----G----------A-C----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-GAA-TC--G-TC----GT-CA-----CT---TA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GTT-T-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCGG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-TGT-T---TT---GTTG-TTG-TTTT--TTTTTAGTT----G----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-GAA-TC---ATC----GT-CAT-ACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAACTCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : GCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA----------------GT-TAAT---A-A----ACTG-TT------------------------AT----CT------TAACACC--A---TT-C---AGTTTC--------A------------ACT-CGT---G--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-TGGTT---TC---GGT--T---TTTC--TTTG-AGTT----G----------A-CAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-AAA-TC---ATC----GT-CA-TACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-T-ATCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------TCAATTTCATGAATGGTATT------TGATA-T--T---CTAC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TG-AA-G-ACT-CG--TGA--TC-AACA-AG-T--GCA--CT-----TG--T--TTT--GAAATAT-C-A-TAA-CCT-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-T---TCA--GTT------TTTC--TTTG-AGCC----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAA---ACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------C----------AAT----TTTGTGAATGATATTGATATGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-TGG-T---TT---GGT--T---TTTC--TTTG-AGTT----GTGAATGACACA-C-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-GTA-TC---ATC----GT-CATAG--CT---TA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCCG-C-A-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT----TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-TTGTCATTTAAG-----TGAATGATGTTG-----TGATAAT--C---TGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA--TC-AGCG-AG-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGGT---TC---GAT--TT---TTC--TTTG-AGTT----G----------AAC-A--AAAT-T-----------GTG-CAT-GGCAC-A-A--AA-CC--ATTC----GTTCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCCG-C-G-C-C--AA--CCTT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-GAA-TCAAGATCACGTGC-GATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-TT------T--------CCAAT----TT------TG-TATT--T---CTAC---CG---C--------ATCC-TG-AA-G-ACT-CTC-TGAG-TC-AGCGAAG-T--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATTAC-C-A-TAA-CCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCTGG-T---TC---AATGATT--TTTT--TTTG-AGTT----G----------A-C-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TT--GGTG----AT-CAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-A-C-C--AA--CCTT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---GCG--CTT-TTTT--TTTA-GCTT----G----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--ATC-T-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC----AA-A-CT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-T---TC---GCG--CTT-TTTT--TTTA-GCTT----G----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CATT---CT---TA-GA-C----A--T--G-T-CT--ATC-T-T----------TA-T-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA------TAAC--ACT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-TT------G--------TGAAT----TT-------GATATT--T---TTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAATTC-AGCG-AG-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-TGG-T----C---GTT--TTG-TTTT--TTTT-AGTT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-GAA-TC--GATC----GT-CATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : -AG-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-TGT-T---TTCGGGTT--TTG-CTTTGCTTTG-AGGT----GGG--------A-C-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACGCA-TC--TGTT----TT-CATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GTC-T-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGTGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA------TAC---ACTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGGTC------T--------TGAAT----TT-------GATATT--T---T-AC---CGCAT---------ATCC-TGAA--G-ACT--GT--GA--TCCAGCG-AG-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAACC-T-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-T---CC---GTT------TTTG--TGTG-GGTTAGTGG----------A-C-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-GAA-TCA-GTTC----GT-CATTACTTT---TA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCCG-C-G-C-C-AAAAGCCTT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-TGT-T---TT---GTTG-TTG-TTTT--TTTTTAGTT----G----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAGAA-TC---ATC----GT-CAT-ACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCCG-CTGCC-C-AAAC-CCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 2222222222222 111 444444444444444444444444444444444 22222222222 111111 2222222222 11111 111 1 11111 111 22222222222222 2222222222 11111111 2222 1111 111111 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 11 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 8888888888888 4 8 11 4 111 4 4 111111111111111111111111111111111 0 88888888 777 11111111111 4 111111 2222222222 4 3 7 88 55 55555 0 55 111 0 2 4 55555 4 4 7777 3 3 3 3 222 3 6 3 3 3 44444444444444 77 3 555 3 6 0000000000 3 88 3 33 55555555 2 2 999 5 5 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 7 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 6 11 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . ............. . . .. . ... . . ................................. . ........ ... ........... . ...... .......... . . . .. .. ..... . .. ... . . . ..... . . .... . . . . ... . . . . . .............. .. . ... . . .......... . .. . .. ........ . . ... . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ............................................................................................................................. . . . .. . . . . ... .. .. .......... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 0 222 0 6666666666666 0 0 00 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999 8 99999999 000 55555555555 0 777777 6666666666 0 6 3 66 00 55555 8 55 222 8 0 0 88888 0 0 7777 6 6 6 6 777 6 2 1 1 1 55555555555555 33 1 444 5 2 8888888888 1 55 1 77 00000000 7 7 111 7 7 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 2 55 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTC---GTT--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTC---GTT--T----T--TTT-TT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG------TTA----CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-TT------T--------TCAAT----TT------TG-TATC--T---A-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA--TC--GCG-AG-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-T-GG-TTT---GTTG-TTTTAT--TTT-TT---TTGAG-GTG----------AC----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-G-AATC--G-TC----G-TCA-----CT---TA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GT-TT-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCGG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-T-T-TG-TT----GTT--G----T--TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-G-AATC---ATC----G-TCAT-ACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAACTCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : tgtGCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA----------------GT-TAAT---A-A----ACTG-TT------------------------AT----CT------TAACACC--A---TT-C---AGTTTC--------A------------ACT-CGT---G--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-T-GGTTTC---G-G--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------ACAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-A-AATC---ATC----G-TCA-TACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-T-ATCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------TCAATTTCATGAATGGTATT------TGATA-T--T---CTAC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TG-AA-G-ACT-CG--TGA--TC-AACA-AG-T--GCA--CT-----TG--T--TTT--GAAATAT-C-A-TAA-CCT-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTCA--G----T----T--TTT-CT---TTGAG-CCG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAA---ACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------C----------AAT----TTTGTGAATGATATTGATATGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-T-GG-TTT---G-G--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTGTGAATGACACAC-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-G-TATC---ATC----G-TCATAG--CT---TA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCCG-C-A-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT----TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-TTGTCATTTAAG-----TGAATGATGTTG-----TGATAAT--C---TGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA--TC-AGCG-AG-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGG-TTC---G-A--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTGA---------AC-A--AAA--T--T--------GTG-CAT-GGCAC---A-A-AACC--ATTC----GTTCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCCG-C-G-C-C--AA--CCTT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-TT------T--------CCAAT----TT------TG-TATT--T---CTAC---CG---C--------ATCC-TG-AA-G-ACT-CTC-TGAG-TC-AGCGAAG-T--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATTAC-C-A-TAA-CCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCT-GG-TTC---AATGAT----T--TTT-TT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATT--GGTG----A-TCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-A-C-C--AA--CCTT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-GG-TTC---GCG--C----T--TTT-TT---TTTAGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----G-GCAT---TCT---TA-GA-C----A---T-G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-GG-TTC---GCG--C----T--TTT-TT---TTTAGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----G-GCAT---TCT---TA-GA-C----A---T-G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA------TAAC--ACT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-TT------G--------TGAAT----TT-------GATATT--T---TTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAATTC-AGCG-AG-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-T-GG-T-C---GTT--T----TG-TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : -AG-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-T-GT-TTTCGGGTT--T----TGCTTTGCT---TTGAG-GTGGG--------AC-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACG-CATC--TGTT----T-TCATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GT-CT-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGTGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA------TAC---ACTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGGTC------T--------TGAAT----TT-------GATATT--T---T-AC---CGCAT---------ATCC-TGAA--G-ACT--GT--GA--TCCAGCG-AG-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAACC-T-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AGTT-T-GG-TCC---GTT--T----T--TGT-GTGGGTT-AG-TGG----------AC-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATCA-GTTC----G-TCATTACTTT---TA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCCG-C-G-C-C-AAAAGCCTT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-T-T-TG-TT----GTT--G----T--TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAG-AATC---ATC----G-TCAT-ACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCCG-CTGCC-C-AAAC-CCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 2222222222222 111 444444444444444444444444444444444 22222222222 111111 2222222222 11111 111 1 11111 111 22222222222222 2222222222 11111111 2222 1111 111111 2222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666 222 1111 111 11 111 111 111 11111 111 1111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111 1 22222
lowQualScore : 111111 0 444 4 8888888888888 4 8 11 4 111 4 4 111111111111111111111111111111111 0 88888888 777 11111111111 4 111111 2222222222 4 3 7 88 55 55555 0 55 111 0 2 4 55555 4 4 7777 3 3 3 3 222 3 6 3 3 3 44444444444444 77 33 555 3 6 0000000000 3 88 3 33 55555555 2 2 999 5 5 5555 2222 2 666666 555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 7 0000000000000000000000000000000000000000 6 3 99 111 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 6 11 999 3 3 6 777 88 555 3 777 0 5 66 33 88 888 999 44 11111 3 333 3 000 6 3 6666 66666 6 5555555 555 3 555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 555 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 66 77 3 88888
lowQualScore : ...... . ... . ............. . . .. . ... . . ................................. . ........ ... ........... . ...... .......... . . . .. .. ..... . .. ... . . . ..... . . .... . . . . ... . . . . . .............. .. .. ... . . .......... . .. . .. ........ . . ... . . .... .... . ...... ... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ............................................................................................................................. . . . .. . . . . ... .. .. .......... . ........................................ . . .. ... . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . . . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. ..... . ... . ... . . .... ..... . ....... ... . ......... ................................................... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. .. .. . .....
lowQualScore : 555555 0 222 0 6666666666666 0 0 00 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999 8 99999999 000 55555555555 0 777777 6666666666 0 6 3 66 00 55555 8 55 222 8 0 0 88888 0 0 7777 6 6 6 6 777 6 2 1 1 1 55555555555555 33 66 444 5 2 8888888888 1 55 1 77 00000000 7 7 111 7 7 4444 1111 9 888888 000 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 3 0000000000000000000000000000000000000000 7 3 22 222 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 2 55 333 1 1 2 000 55 444 1 999 5 7 88 99 55 555 777 66 33333 3 555 1 888 2 1 5555 66666 2 5555555 444 1 444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 000 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 55 33 1 22222
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTC---GTT--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTC---GTT--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG------TTA----CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-TT------T--------TCAAT----TT------TG-TATC--T---A-AC---CGC--T--------ATCC-TGGAATG-ACT-CATGTGA--TC--GCG-AG-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTCT-T-TAAC----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-T-GG-TTT---GTTG-TTTTAT--TTT-TT---TTGAG-GTG----------AC----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-G-AATC--G-TC----G-TCA-----CT---TA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GT-TT-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT--T-------TG----TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-C--TCTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACTTTGACC-------A----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--TGGCAGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCGG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-CTTA-ACGTGGA--TAT---A-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATTG--A--AA-TTTCGT-GGTA-T---TTTG-T-T----TGC---GA-TTA--A----AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C---AAT--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--A-TAA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATTA----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgtt-T-T-TG-TT----GTT--G----T--TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-G-AATC---ATC----G-TCAT-ACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTTTGT-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGTTA------T--CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-T--T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAACTCCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AT-TTCC-T-AGTA-A---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAG------AA---A-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T---AAT--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-A-T-A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATTA---TATTTTAtt
gi|11 : tgtGCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA----------------GT-TAAT---A-A----ACTG-TT------------------------AT----CT------TAACACC--A---TT-C---AGTTTC--------A------------ACT-CGT---G--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAA-CCT-T-TAACAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-T-GGTTTC---G-G--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------ACAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-A-AATC---ATC----G-TCA-TACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-T-ATCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------TCAATTTCATGAATGGTATT------TGATA-T--T---CTAC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TG-AA-G-ACT-CG--TGA--TC-AACA-AG-T--GCA--CT-----TG--T--TTT--GAAATAT-C-A-TAA-CCT-T-GAAT----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTCA--G----T----T--TTT-CT---TTGAG-CCG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--TGGCC-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-CAAAA--CCTC--G-A-TA-C---GGA--TAT---A-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATTG--A--AA-TTTC-CAGGCATT---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T---AATCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--AG--------AC-ATT--C-TTTTTAATTGTTggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TTG--A--AA-TTTC-C-AGTA-T---TTTG-T-T----TTC---AA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT---AAT--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTTttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAA---ACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------C----------AAT----TTTGTGAATGATATTGATATGCTAC---CGCAT------------C-TGAGA-G--CTACG--TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatatC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-T-GG-TTT---G-G--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTGTGAATGACACAC-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-G-TATC---ATC----G-TCATAG--CT---TA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : tttaatttagccattaattgtTA-T---GTTG-T-T----T-CCAGAA-TAAAGAGAGAAA---A-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T---------------------AT--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--A-TAA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TTAA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-T--TTC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---T---GACC-------ATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCCG-C-A-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GT---TAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT----TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-TTGTCATTTAAG-----TGAATGATGTTG-----TGATAAT--C---TGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA-G-ACT-CGT--GA--TC-AGCG-AG-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAACCGTGT-TAAC----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGG-TTC---G-A--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTGA---------AC-A--AAA--T--T--------GTG-CAT-GGCAC---A-A-AACC--ATTC----GTTCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT--T-------TGTTCTT---------GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-TGAC---TTC--GCT-------A---------------------ACATTT-T--TGGC--ACAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCCG-C-G-C-C--AA--CCTT--G-A-TAGCTC-GAA--TAT---ATCA--TAAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATTG--A--AA--TTA-C-GGTA-T---TTTG-T-T----C-C---AACCAAGAA----AA---ATAAAT--------AAA------------TC-C------------A-CATTA------GGCAT-TAAAAATA-AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTG-CGATGACTTT---TAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CTGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T---AAT--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--A-TAA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTA
gi|22 : taggcaCCA-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CC--GGA--TAT---A-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-TT------T--------CCAAT----TT------TG-TATT--T---CTAC---CG---C--------ATCC-TG-AA-G-ACT-CTC-TGAG-TC-AGCGAAG-T--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATTAC-C-A-TAA-CCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCT-GG-TTC---AATGAT----T--TTT-TT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATT--GGTG----A-TCAATACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT--TTTATTTCTG----T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-C--TCT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACTGAC---TCTTG-CCTTTTTTTATTGGC-----C----------ACA-TC-T--TGGC--ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-A-C-C--AA--CCTT--GAA-TA-C---GGA--TAT---A-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG-----AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-TCT----T-C---GACTAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--A-T-A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-GG-TTC---GCG--C----T--TTT-TT---TTTAGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----G-GCAT---TCT---TA-GA-C----A---T-G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-TT------T---------GAAT----TT-------GAGATC--T---TTAC---CGCATT--------ATCC-TGAAG-GGACT-CAG-TGACCTC-AGCG-AGCT--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATGATTC-A-----CCT-T-TAAC-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-T-GG-TTC---GCG--C----T--TTT-TT---TTTAGCTTG----------AC-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----G-GCAT---TCT---TA-GA-C----A---T-G-T-CT--AT-CT-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT--T-------TGT---T---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-T--TCTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA--GAC---TTGT--CC-------AC---------C----------ACA-TC-TTATGGCA---T-T-----G----TTTA-C-TA--T-GCTG-C-G-CTC-AAA--TAT-----A-AA-C----GA--TAT---A-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATTG--ACTAA-TTTC-G-TGGA-T---TTTGTT-T----T-C---GA-TAA-GA----TT---A-AAA---------AAA------------T--CAT----------A-C----------TG--T-G---AAT--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--A-TAAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATTAACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA------TAAC--ACT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-TT------G--------TGAAT----TT-------GATATT--T---TTAC---CGCATT--------ATC------A-G-ACTGCGT-TGAATTC-AGCG-AG-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-T-GG-T-C---GTT--T----TG-TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTT--G-A-TA-CCG-GAA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTGAAA--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAACGA----AA---A-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G---AAT--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--A-TAA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA-TATTTTATGTTTc
gi|7 : -AG-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAACTT-TGCATC----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-T-GT-TTTCGGGTT--T----TGCTTTGCT---TTGAG-GTGGG--------AC-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACG-CATC--TGTT----T-TCATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GT-CT-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT--T-------TG----T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGT--TCC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGTGAC---TGCTAAG------------------------------GCA-TT-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAACCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTG--G--AAGTTTT-C-GGTA-TTGGTTTG-T-TATTCT-T---AA-CAAGAA----AA---A-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T---AAT--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--A-TAA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT-----TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA------TAC---ACTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGGTC------T--------TGAAT----TT-------GATATT--T---T-AC---CGCAT---------ATCC-TGAA--G-ACT--GT--GA--TCCAGCG-AG-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAACC-T-G-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AGTT-T-GG-TCC---GTT--T----T--TGT-GTGGGTT-AG-TGG----------AC-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATCA-GTTC----G-TCATTACTTT---TA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT----------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-T--TCTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-TGAC-----TGGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGCTC-ACACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCCG-C-G-C-C-AAAAGCCTT--G-A-AA-CCG-CGA--TAT---A-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATTG--G--AA-TTTT-C-CGTA-T---TTTG-T-T----T------G-T----------A---G-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TG--AGT--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATTAAT-TATTTTAt
gi|9 : tg-T-T-TG-TT----GTT--G----T--TTT-TT---TTTAG-TTG----------AC-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAG-AATC---ATC----G-TCAT-ACT-T---TA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTG-T-------TA----T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-T--TCT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC----TTTAACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-CCA-T-----G----TTTACC-T---C-GCCG-CTGCC-C-AAAC-CCTC--G-A-TA-CCC-GGAATTAT---A-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-TTTATTTG-T-T----T-C---GA-TAA-GA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T---AAT--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGA-TAA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC-TATTTTa
blockSeqs : ACAATT C TT T GTATAATAAA T C AA T T . G GTCATTTAAGTGAATGATGTTGT GATATGCT GGA ATCCTGGTGGA G AAGGG GCGTTGAAT C A C TG . AGGAT GG TTT T C GTAAC G G AATT G T A G AAC T T C G T TCGGGTTT GC GC GGG T C TGAATGACAC A TG A TC TGTGTCAT G T GG C A AAGA ACGT T TGACTT GGT A G ATTA . C C . TG C G TGTTTAAAAA . G . T TAGATTAAACTTCCTAAACCGGTTTTTGTGTCTGGGGTTCTTGGGTGTGTTATT C A G TG A C T . GCA GT . TCCTAA C TCTTGCCTTTTTTTATTGGCC T . TA CA G . GTTT C A TGA . G T C T A CT TCT A . G CC AT GAT T ATG A TT . GG ACG ATT GG ACT G CA T TGG T C ATTC CCAG C AGAGAGA . T TAAATAAAT AAATAAATAAATCCACATTACATGTAGGCAT CA ATT A T T . G TCT G AA TT CA AG T AC C T C . C A . GA C A TAACT
blockSeqs : . C CT . GTTAATATA . C AT . . . . TCAATTTCATGAATGGTATTT ATT . TTC . AAGGG CAGTGACC . . C . . AAT . T T . CAAC . . . . . . . AAC . . . . . CAATGAT G T . G C GG . TG . . A . . GG A A AAGA ACGT . TGACTT . A . . . . . . . . G TGTTTAAAAA . . . . GACTTAAACTTCCTAACCTTGCTTGTTCTTTTATTTCTGTGTGTTTTAAT . A . . A . . . GCA . . ACTAT G TGACCATTTAATTGGTC . . TA AA C . TTT . . A . . . . T . AG C . . A CG AT . . ATG A . . AG G A . ACT . T . TTA T . . TC C GAA . . T TCCACATTAGGCATACGGT A . T . . . T TAC G . . CA G . AC . . . . A A . GA . . TAACT
blockSeqs : . C T . TAACA . . AG . . . . CAATTTTGTGAAT TCT . GGC . AGAG CAGTGACC . . . . . . . T T . CAAA . . . . . . . . . . . . . CGCGC . C . G . A . . . . A . . TG . . AGT . . TTACTC . . . . . . . . . . . . . . . . GATTAAGCTTCCTAACTTTTTGTTCTTGTTTTTGTGTGTGTTAT . . . . G . . . T . . T . TTTTGACCAC . . . CA . . . . . A . . . . . . C C . . . TC . . . AA . . . . . A . AAA . C . . . . . C . GAA . . . TCCACATTAGGCATTAAA . . T . . . T TC G . . CA . . . . . . . A A . A . . TAAA
blockSeqs : . C T . TAAA . . CA . . . . TCCAATTTT CTG . ATT . GAAG CTCTGAG . . . . . . . T . . TAAC . . . . . . . . . . . . . CGCGC . C . G . . . . . . . . . G . . AT . . TTTATC . . . . . . . . . . . . . . . . GATTATTTTTGTTATTTTTTGAGTGTTAT . . . . . . . . . . . T . TTTAACCAC . . . AC . . . . . G . . . . . . . T . . . CG . . . TA . . . . . A . A . C . . . . . C . GAA . . . TCACCTAGTTG . . A . . . T TC . . . CC . . . . . . . A A . A . . TAAT
blockSeqs : . A T . TAAA . . AA . . . . GTGAATTT TCT . ATT . AAG ACGTGA . . . . . . . T . . CAA . . . . . . . . . . . . . CGTTT . C . G . . . . . . . . . G . . GG . . TTACTT . . . . . . . . . . . . . . . . GATATTTTTGTTATTTTTTGAGTGTTAT . . . . . . . . . . . T . TTGTCCACC . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . CG . . . TA . . . . . A . A . C . . . . . C . GAA . . . TCATACTGTG . . T . . . . AC . . . CA . . . . . . . A C . A . . TAA
blockSeqs : . A A . TACA . . AA . . . . TTGAATTT TTT . ATT . AAG CGTGA . . . . . . . T . . TAA . . . . . . . . . . . . . CGTTT . C . G . . . . . . . . . G . . GA . . TACTT . . . . . . . . . . . . . . . . GACTTTTTTGTTGTAGTTATT . . . . . . . . . . . T . TTGTCCACC . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . CG . . . TA . . . . . A . A . G . . . . . C . CGA . . . TCATACTGTG . . T . . . . C . . . CA . . . . . . . A A . A . . TAC
blockSeqs : . A A . TA . . AT . . . . TGAATTT TTT . AT . AAG CGTGA . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . GTTG . T . T . . . . . . . . . A . . TG . . ATACT . . . . . . . . . . . . . . . . GACTTTTTTGTTGTAGTTATT . . . . . . . . . . . T . TTTAACCAC . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . CC . . . TA . . . . . . . A . G . . . . . C . GAA . . . TCACGATT . . T . . . . C . . . TG . . . . . . . A A . A . . TA
blockSeqs : . . T . TA . . AT . . . . TGAATTT TTT . AT . AG CGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGGT . T . T . . . . . . . . . A . . A . . ATACT . . . . . . . . . . . . . . . . GACCATTTTTTGTGTTTTTAT . . . . . . . . . . . A . TGGACCAC . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . C . . . . . . . G . C . . . . . C . GA . . . TCACGGTG . . A . . . . T . . . TG . . . . . . . A A . A . . TC
blockSeqs : . . T . . . . A . . . . ATCTT TT . C . . GTGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAGT . T . T . . . . . . . . . A . . A . . TACT . . . . . . . . . . . . . . . . GACCTTTTTGTTGTTAAT . . . . . . . . . . . T . TTCGCTA . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . G . C . . . . . C . GA . . . TCACCATT . . A . . . . T . . . TG . . . . . . . . A . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGGT . T . G . . . . . . . . . G . . A . . TAGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TGCTAAG . . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . T . GA . . . TCACCTT . . A . . . . C . . . CA . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . CGAT . G . T . . . . . . . . . G . . A . . TACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C . G . . . TCCATT . . T . . . . C . . . TG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTTG . T . . . . . . . . . . . . . . A . . TTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTCCAT . . G . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . TTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TAAA********* AN *** NTGAATTT************************* TTT***** ATT******** AAG*** CGTGA***** ** ** CAA** CGGT********** TTACTT ** ** TTTGACCAC******************************* A** ***** CG* ** ** C** C**** GAA**** *** *** ** CG*** ** ** ** TAA**
originalCons : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TT------T--------TGAAT----TT------TGATATT--T---TTAC---CGCATC--------ATCC-TGAAA-G-ACT-CGT-TGA--TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-TAACCCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTC---GTT--T----T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTCT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGAC---TTTTGACC-------A----------C----------ACA-TC-T--TGGCA-ACA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTC-C-GGTA-T---TTTG-T-T----T-C---GA-TAAGGA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAAC-TATTTTATTTTT
finalCons : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAATAAA---------CT-GT-TANTTTTA-AC---ACCA-TTCAG-TTNTGAATTT-------------------------GATATTTTT-----AC---CGCATT--------ATCC-TGAAG---ACTCGTGA-----TC-AGCG-AG-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-ACAA--CCT-T-TAAC----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-T-GG-TTCGGT----------T--TTT-CT---TTGAG-TTG----------AC-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----G-TCATTACTTT---TA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GT-CT-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT--T-------TG----T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-T--TCT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-TGACTTTGACCAC-------------------------------ACA-TC-T--TGGCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCCG-C-G-C-C-AAA--CCTC--G-A-TA-CCG-GGA--TAT---A-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATTG--A--AA-TTTCC--GGTA-T---TTTG-T-T----TC----GA-TAAGAA----AA---A-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T---AAT--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--A-TAA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATTAA--TATTTTATTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1 2222222222222 111 4444444444444444444444444444444444444 222222222 11 1111 22 11111 11111 111 11111111 1111111111 11111111 2222 1111 111 2222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 1111111111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11 1111 111 11 111 222 111 11111 111 1111111 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 111 1 222222
lowQualScore : 111111 0 444 4 8888888888888 4 8 4 4 111 4 0000000000000000000000000000000000000 4 8 777 333333333 55 4 66 6666 4 4 00 4 3 7 88 55 55555 0 55 777 3 11111 3 7 3 55 7777 7777 3 3 3 3 222 3 3 3 6 66666666 6666 44 9999999 3 6 6666 7777777777 3 3 88 3 33 55555555 2 2 666 666 5555 2222 2 666 5555 5 2 6666 33 2 2 2 33 2 5 5555555555 2 2 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 3 55 4 3 3 3 666 55 55 0000000000 444444 55555555555555555555555555555555555555555555 3 3 99 3 3 3 11 6 88888 2222 3 3 555 3 3 3 3 6 3 44 999 3 333 3 777 88 555 3 111 0 5 66 33 88 888 999 44 3 00000 333 000 3 6 3 6666 66666 3 3 6666666 44 3 555555555 7777777777777777777777777777777777777777777777777 555 33 777 1 777 2 33 1 777 8 33 33 88888 66 2 77 2 5 2 33 3 3 33 6 77 3 555555
lowQualScore : ...... . ... . ............. . . . . ... . ..................................... . . ... ......... .. . .. .... . . .. . . . .. .. ..... . .. ... . ..... . . . .. .... .... . . . . ... . . . . ........ .... .. ....... . . .... .......... . . .. . .. ........ . . ... ... .... .... . ... .... . . .... .. . . . .. . . .......... . . . . ......................................................................................................................... . . . .. . . . . ... .. .. .......... ...... ............................................ . . .. . . . .. . ..... .... . . ... . . . . . . .. ... . ... . ... .. ... . ... . . .. .. .. ... ... .. . ..... ... ... . . . .... ..... . . ....... .. . ......... ................................................. ... .. ... . ... . .. . ... . .. .. ..... .. . .. . . . .. . . .. . .. . ......
lowQualScore : 555555 0 222 0 6666666666666 0 0 9 0 000 0 1111111111111111111111111111111111111 0 1 000 222222222 66 0 55 5555 0 0 55 0 6 3 66 00 55555 8 00 111 6 00000 6 3 6 00 7777 7777 6 6 6 6 777 6 1 1 2 00000000 5555 22 4444444 5 2 5555 7777777777 1 1 55 1 77 00000000 7 7 777 111 4444 1111 9 666 2222 7 9 1111 99 9 9 9 99 9 7 0000000000 9 9 9 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 6 00 5 6 6 6 444 00 00 2222222222 999999 11111111111111111111111111111111111111111111 3 3 22 3 3 3 22 7 33333 9999 3 3 888 3 1 1 1 2 1 66 333 1 222 1 000 55 444 1 777 5 7 88 99 55 555 777 66 3 11111 555 888 1 2 1 5555 66666 1 1 2222222 22 1 444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999 000 99 999 0 999 9 99 4 000 6 99 99 33333 88 9 99 9 7 9 99 7 2 99 7 99 3 555555
consensus : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TAATTTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTN--------T---------GAAT-----T-TGATATTTTTAC---CGCATT--------ATCC-TG-AA--GACT-C--G-T-GA--TC-AGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-CAAC-C-T-TT--AA----C----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-TT-C---G--GT----TT--TT------CTTTGAG-TT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----GT-CATT-ACTT--TTA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT-T-------TG-T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-TT--CT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-T----GACT--------------TT-GACCA----------C----------ACA-TC-T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAA--CCT--CG-A-T-A-CCG-GGA--T---ATA-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATT-G--A--AATTTC-C-GGTAT---TTT-G-T-T----T-C---GA-T-AA---GA--AA--AA-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T-AA---T--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--AT-AA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATT-AA--TATTTTATTTTT
Reference ( family-8318 ) : GCATCAA------TCAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TANTTTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTN--------T---------GAAT-----T-TGATATTTTTAC---CGCATT--------ATCC-TG-AA--GACT-C--G-T-GA--TC-AGCGA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--TTT--AAATTAT-C-A-CAAC-C-T-TT--AA----C----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-TT-C---G--GT----TT--TT------CTTTGAG-TT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATC--GATC----GT-CATT-ACTT--TTA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C--------------------C--G-----TTTT-T-------TG-T---------GT-TT----------------T---TAT--------T--CA-G-C-TT--CT-G-G-CAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-T----GACT--------------TT-GACCA----------C----------ACA-TC-T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAA--CCT--CG-A-T-A-CCG-GGA--T---ATA-CAT-TAAAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATT-G--A--AATTTC-C-GGTAT---TTT-G-T-T----T-C---GA-T-AA---GA--AA--AA-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GG--T-T-AA---T--AA---TNTT---C-AT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TCG---A--AT-AA--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATT-AA--TATTTTATTTTT
gi|1 : ATCAA------TCAACTA-AA-T-GT-AGCAG------TTA----CT-AT---ATTTTA-ACTGAACCAATTC-G-------TTT--------T---------CAAT-----T-TTGTATCTA-AC---CGC--T--------ATCC-TG-GAATGACT-CATG-T-GA--TC--GCGA-G-TT-GCATGCT-----TGTTT--TTT--AAATTAC-C-A-TACCTC-T-TT--AA----C----AA-AA-T-G-T-TTGGA---T-AGTT-TGG-TT-T---GTTGTTTTATT--TT------TTTTGAG-GT----G----------A-C----AAAT-T--T--------GTG-CAT-TCAAT-G-A-G-AATC--G-TC----GT-CA------C--TTA-GC-C----ATGTT-G-TGCT--GTT-T-T----------AGATGC-TAGCTG-TGGTTA------------GA--------CTT------------------C--GTAAGCTTTT-T-------TG-TTTTCTTGTAAT-TTTTTTTTG---------T---TGT--------T--TA-G-C-CT--CTGG-G-CAGCC---AACTT--TCTTTTTT----T-----AA-TGATCGACT--------------TT-GACCA----------TTTTTATTGGAACAGTCTT--T-G-GC-AGGCA-TGTTTAG----TTTA-C-T---TGGCG-GC-G-C-CAAAA--CCT--CG-CTT-A-ACGTGGA--T---ATA-GAT-GAAAGC-TTCAG-CTTCAAAA--AA---C----GA--AATT-G--A--AATTTCGT-GGTAT---TTT-G-T-T----TGC---GA-T-TA----A--AATTGA-AAA---------AGA------------T--C------------AGC----------AT--T-C-AA---T--AA---TTTTGGCT-ATGCGC-TTT--CAT-GT--TA--T-GTTCA--AT-AA--G-ATATA-AGGC-AACTTTTGAAATAGGT-AATGTAC-ATT-A----ATTTTATTTTT
gi|10 : catgttG-T-TG--TT--------GT----TT--TT------TTTT-AG-TT----G----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTG-TAT-CAAAT-G-A-G-AATC---ATC----GT-CAT--ACTT--TTA-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------T--A-----TTTT-TGT-----TA-T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-TT--CT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-T----GACT--------------TT-AACCA----------C----------ACA-T--T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAACTCCT--CG-A-T-A-CCC-GGAATT---ATA-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATT-G--A--ATTTCC-T-AGTAA---TTT-G-T-T----T-C---GA-T-AA---G----A--AA-AAA---------AAA------------T--C--------------C-----------A--T-T-AA---T--AG---TATT---C-AT--AC-TTTTCTAT-GT--TA--TCA---AG-AT--A--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT--A--TATTTTAtt
gi|11 : tgttttGCATCAAACAATTTCAAATACAA-T-GT-AGCAA----------------GT-TAAT---A-A----ACT------G-------TTA--------T------------C-----T-TAACACCATT-------CAGT--------TTC---------AACT-C--G-T-G---TC-AGCGA-G-T--GCA--CT-----AATGT--TTT--AAATTAT-C-A-CAAC-C-T-TT--AA----CAATTAA-AACT-G-T-TTGGA---T--G-T-TGGTTT-C---G--GT----TT--TT------CTTTGAG-TT----G----------A-CAA--AAAT-T--T--------GTG-CAT-AGCAC---A-A-AATC---ATC----GT-CA-T-AC-T--TTA-GC-C----A--TT-G-C-TT--GT--T-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GA--------ggtt
gi|12 : tatGCATCAA------TGAAATACAA-T-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TA-TCTTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTTCAATTTCAT---------GAATGGTATT-TGATATTCT-AC---CGCATCCTGGTGGAGTCT-TG-AA--GACT-C--G-T-GA--TC-AACAA-G-T--GCA--CT-----TGTTT--T----GAAATAT-C-A-TAAC-C-T-TG--AA----T----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TGG-TT-C---A--GT----TT--TT------CTTTGAG-CC----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-ttaaactttcctaacctttttgttcttttttt
gi|13 : acatCA-TC-T--T-G-GCCA--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAAA-CCT--CG-A-T-A-C---GGA--T---ATA-CAT-AAATGC-TTCA--CAT--AGA--AAG--CCA--AG--AATT-G--A--AATTTC-CAGGCAT---TTTTG-T-T----T-C---GA-T-AA---GA--AA--AA-AAA---------AAA------------T--C------------A-C-----------C--T-T-AA---TCAAA---TTTT---C-AT--ACGTTT--CAT-GT--TA--TCA---A--AT-AA--G-ATA-A-A--C-AACATTTGAA--Aggcacacaaaacgtca
gi|14 : -TTC---CGT--AAA--AA---CCA--AA--A-TT-G--A--AATTTC-C-AGTAT---TTT-G-T-T----TTC---AA-T-AA---GA--AA--AA-AAA---------AAAAAATAAATAAATC--C------------A-CATTACATGTAGG--CAT-AA---T--AA---TTTTT--C-AT--AC-TTTT-CAT-GT--TA--T-----------AA--A-ATA-A-A--CCAACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT------TATTTTATTTTTgacattctttttaattgttttg
gi|15 : GCATCAA------TCAAATACAA-TTGT-AGCAAGTATAATAA---ACT-GT-TATCCTTA-AC---ACCA-TTCAGTTCAATTTTG--------T---------GAATGATA-T-TGATA-TGCTAC---CGCAT------------C-TG-AG--AGCTAC--G-T-GA--TC-AGCGA-G-T--GCA--CT-----tt
gi|16 : tcaatat--TTT--AATTTA--------GC-C-A-TT--AATTGTC----AA-AACT-G-T-TTGGA---C-AG-T-TGG-TT-T---G--GT----TT--TT------CTTTGAG-TT----GTGAATGACACA-C-A--AAA-----T--------GT--CAT----AT-G-A-G-TATC---ATC----GT-CATA-GC----TTA-GC-CATTAA--TT-G-T-CT--TTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-TG----------------cctcatgttctagttt
gi|17 : TAT---GTT-G-T-T----T-CCAGAA-T-AAAGAGAG-AA--AA-AAA---------AAA------------TTCC------------A-T-------------------A---T--AAATTTATT---C-AT--ACTTTT--CAT-GT--TA---CA---A--AT-AA--G-ATATA-G--CACAC-TTTGAA--AAGT-AA---AC--TT-AA--TATT
gi|18 : ttggagtagccagta-G-C-TT--TC-G-G-AAG-C---GACTT--TC--TTTT----T-----AA-T----GACT-----------------GACCATTTAATTGGTC----------ACA-TT-T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-C-T---T-GCC-GC-A-C-C-AAA--CCT--TG-A-T-A-CCG-GT---T---ATA-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CCA--Agtcaggtttggta
gi|19 : tgttaatactg--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTGC-GATG-ACTT--TTAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------G
gi|2 : GCATCAA------TGCAAT-----T-GT-AGCAAGT----TAATATACT-GT-TAGGTCTA-AC---ACCA-TTCAG-------TTG--------TCATTTAAGTGAATGATGTTGTGATAATCTGACGGACGGGGC--------ATCCGTGGAA--GACT-C--G-T-GA--TC-AGCGA-G-TTGGCA--CTAGGATTGTTTGGTTT--AA-TTAT-CCA-CAAC-CGTGTT--AA----C----AA-ACGT-G-T-T-GGA---T-AG-T-TGGGTT-C---G--AT----TT--TT------CTTTGAG-TT----G----------AAC-A--AAAT-T-----------GTG-CAT-GGCAC-A-A---AACC--ATTC----GTTCAAT-ACTT--T-A-GC-C----A--TT-G-T-TT--GTCCT-T----------TAAT-C-CA-CTG-AG----------------GATTAAGCTTC--------------------CTAA-----CTTT-T-------TG-TTCTT-----GT-TT----------------T---TGTGTGTGTTAT--TA-G-C-CTGTCC-G-G-CAG-CT--GACTT--TG--TCTT----TCCTAAAA-T----GACT--------------TC-G-CTA---------------------ACA-TT-T--TTG-GC-A--CAGT-----GGTTTTTTA-C-CTGAC-GCC-GC-G-C-C-AA---CCT--TG-A-T-AGCTC-GAA--T---ATATCAT--AAAGCATTCA--CG---AGA--AAACGCTA--AT--AATT-G--A--AATT-A-C-GGTAT---TTT-G-T-T----C-C---AA-CCAA---GA--AA--AATAAAT--------AAA------------T--CC-----------A-CATTA------GGCAT-T-AAAAAT--AAA--TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCC---A--ATTAA--A-ATA-ACA--CAACTTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT------TATTTTATTTTT
gi|20 : at--T--------GGG-CAT-CAAAT-GGA-G-AATCAAGATCACGTGC-GATG-ACTT--TTAAGC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-TGTTGTTTAAAAATAAT-C-CA-CTG-TG----------------Gt
gi|21 : -T-AA---T--TA---TTTT---C-AT--AC-TTTT-CAT-GTAATA--TCA---A--AT-AA--A-AGA-A-A--CAA-CTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-ATT-A
gi|22 : taggcaCC-AC-G-C-C-AAA--CCT--CG-A-T-A-CC--GGA--T---ATA-CAT-C--AAC-TTCA--TGT--AGttt
gi|3 : TCAA-------CAAATACAACT-GT-AGCAA------TAA---ACT-GT-TCATTTTA-AC---A--A-CCCAG-------TTT--------C---------CAAT-----T-TTGTATTTCTAC---CGCAT-----------CC-TG-AA--GACT-C--TCT-GAG-TC-AGCGAAG-T--GCA--CT-----TGTTT--TT---AAATTAC-C-A-TAAC-C-T-TT--AA----C----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-TCTGG-TT-CAATG--AT----TT--TT------TTTTGAG-TT----G----------A-C-A--AAAT-TTCT--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATT--GGTG----AT-CAAT-AC-T--TTA-GC-C----A--TT-G-T-CCTGGTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG-GG----------------GA--------CTTAAACTTCCTAACCTTGCTT--G-----TTCT-TTTATTTCTG-T---------GTGTT----------------T---TAA--------T--CA-G-C-CT--CT-GCG-CAA-C---TTCTC--TC--TTTT----T-----AACT----GACTCTTGCCTTTTTTTATT-GGC------------C----------ACA-TC-T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-A-C-C--AA--CCT--TGAA-T-A-C---GGA--T---ATA-CAA-TAAAAT-CTTA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATT-G-----AATTTC-C-GGTAT---TTT-G-TCT----T-C---GACT-AA---GA--AA--AA-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------GA--T-T-AA---T--AA---TTTT---C-AT--AC-TTTA-CTT-GT--TA--TCA---A--AT--A--G-ATA-A-A--CAAACTTTTGAA--A
gi|4 : gGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT-----T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCC-TG-AAGGGACT-CA-G-T-GACCTC-AGCGA-GCT--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATGAT-T---C-AC-C-T-TT--AA----C-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-TT-C---GC-GC----TT--TT------TTTTTAGCTT----G----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CAT----TC--TTA-GA-C----A---T-G-T-CT--ATC-T-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT-T-------TGTT---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-TT--CTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA------GAC---------------TT-GTCCAC---------C----------ACA-TC-TTAT-G-GC-A--T--T-----G----TTTA-C-TA--T-GCT-GC-G-CTC-AAA--TAT-----A-A-A-C----GA--T---ATA-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATT-G--ACTAATTTC-G-TGGAT---TTT-GTT-T----T-C---GA-T-AA---GATTAA--AA-AAA---------TCA------------T---------------A-C----------TG--T-G-AA---T--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--AT-AAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATT-AACTTATTTTATT
gi|5 : catGTATCAA------TCAAATAAAC-A-GT-AGCAA------TA-----CT-GTCTAATTTCT-AC---ACCA-TTCAG-------TT---------T---------GAAT-----T-TGAGATCTTTAC---CGCATT--------ATCC-TG-AAGGGACT-CA-G-T-GACCTC-AGCGA-GCT--GCA--CT-----TG-TT--TTT--AAATGAT-T---C-AC-C-T-TT--AA----C-----A-AACT-G-T-TTGGAAACT-AG-T-TGG-TT-C---GC-GC----TT--TT------TTTTTAGCTT----G----------A-C-ATGAAAT-C--TA-------GTG-CAT-CAAAT-A-A-GAAATC---ATC----GG-CAT----TC--TTA-GA-C----A---T-G-T-CT--ATC-T-T----------T-AT-C-CA-CTG-TG----------------GA--------C-----------------------------TTTT-T-------TGTT---------GT-AG----------------T---TAT--------T--CA-GAC-TT--CTAG-G-CAG-CGCAGAC-T--TC--TTTT----T-----AA------GAC---------------TT-GTCCAC---------C----------ACA-TC-TTAT-G-GC-A--T--T-----G----TTTA-C-TA--T-GCT-GC-G-CTC-AAA--TAT-----A-A-A-C----GA--T---ATA-CATATGA----TTCA--CGT--GTA--AA---CC---AA--CATT-G--ACTAATTTC-G-TGGAT---TTT-GTT-T----T-C---GA-T-AA---GATTAA--AA-AAA---------TCA------------T---------------A-C----------TG--T-G-AA---T--AA---TATT---C-AT--ACTTTT--TATGGT--TA--TTG---A--AT-AAACA-ATA-A-A--CAA--TTTTGAA--AAGTGAA--TAC-ATT-AACTTATTTTATTc
gi|6 : catGTATCAA------TCAAATAAAA-T-GT-AGCAA------TAAC--ACT-GT-TATTTTTATACT--ACCA-TTCAG-------TTG--------T---------GAAT-----T-TGATATTTTTAC---CGCATT--------ATC------A--GACTGC--G-TTGAATTC-AGCGA-G-T--GCA---------TGTTT--TTT--AAATT-T-C-AGTAAC-CCT-TT--AA----C----AA-AACT-GAT-TTGGA---T--G-T-TGG-T--C---G--TT----TTGTTT------TTTTTAG-TT----G----------A-C-A--AAAT-T--T--------GTG-CAT-CAAATTG-A-G-AATC--GATC----GT-CATT-ACTC--TTA-GC-C----A--TT-G-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTG--G----------------GA--------C--------------------C--A-----TTTT-T-------TG-T---------GT-TT----------------T---TAT-----------CA-A-C-TT--CT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----A-----AA-T----GACT--------------TTTGACCA----------C----------ACA-TC-T--T-G-GC-AA-CA-T-----G----TTTA-C-T---C-GCC-GC-G-C-C-AAA--CCT--TG-A-T-A-CCG-GAA--T---ATA-CAT-TAAAAC-TTC---CGT--AGA--AA---CCA--AA--AATT-GAAA--AATTTC-C-GGTAT---TTT-G-T-T----T-C---GA-T-AA---CG--AA--AA-CAA---------CAA------------T--C------------A-C----------GG--T-G-AA---T--AA---TATT---CTAT--AC-TTT--CAT-GT--TA--TTG---A--AT-AA--GCATA-A-A--CAAACCTTTG-A--AAGT-AA--TACAATTAAA--TATTTTATGTTTc
gi|7 : A-G-T--GCA--CTAAT--TGTTT--TTTTTAAATTATTC-A-CAAA-C-T-TTGCAT----C----AAGAACTTG-TGTTGGA---TTAG-T-TGT-TTTC---G--GG----TT--TTGCTTTGCTTTGAG-GT----GGG--------A-C-A--AAAT-T--TTGTGTCATGTG-CATTCAATT-A-ACG-CATC--TGTT----TT-CATTTATCTGGTTA-CCGC----A--TT-GCT-TT--GTC-T-T----------TAAT-CGCA-TCG-TGTAGATTAAACTTCCTAAA--------C--------------------C--G-----GTTT-T-------TG-T---------GT-CTGGGGTTCTTGGGTGTGT---TAT--------T--TA-G-CGTT--CC-G-GTCAG-T---GACTTGTTC--GTTTACTAT-----AAGT----GACT-----------------GCTAA----------G----------GCA-TT-T--T-G-GC-A--CA-T-----G----TTTA-CAT---C-GCCGGT-G-C-A-AAG--CCTTCTG-A-TAA-CCG-GAG--TATGATA-CAT-TAAACG-TTCATTCGT--AGAGGAA---CCATTAAGGAATTGG--A--AGTTTT-C-GGTATTGGTTT-G-T-TATTCT-T---AA-C-AA---GA--AA--AA-AAATAAATAAATAAA------------T--CCACATTAGGCATA-C----------GG----T-AA---T--AA---TTTT---C-AT--AC-TTT--------------TCA---A--AT-AA--A-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT-AA--TAC-AT------TATTTTATTTTT
gi|8 : GTATCAA------TCAAATA--A-T-GTTAGCAA------TAC---ACTTGT-TATTTGTA-AC---ACCA-TTCAGG------TCT--------T---------GAAT-----T-TGATATTTT-AC---CGCAT---------ATCC-TG-AA--GACT----G-T-GA--TCCAGCGA-G-T--GC---CT-----TGTTT--TT----AATT-T-C-A-TAAC-C-T-GT--AA----C----AA-AACT-G-T-TTGGA---T-AG-T-TTG-GT-C---C--GT----TT--TT------GTGTGGG-TTAGTGG----------A-C-A--AAATAT--T--------GTG-CAT-CAAAT-G-A-G-AATCA-GTTC----GT-CATT-ACTT--TTA-GC-C----A--TTCG-T-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-CA-CTGTTG----------------GA--------C--------------------C--------TTTT------------T---------GT-TG----------------T---TAA--------T--CACA-C-TT--CTGG-G-CAG-C---AACTT--T---TCTT----T-----AA-T----GAC---------------TG-GACCA----------C----------ACA-TC-T--T-GCTC-A--CACT-----GTTT-TTTA-C-TG--C-GCC-GC-G-C-C-AAAAGCCT--TG-A-A-A-CCG-CGA--T---ATA-C----AAAACATTCA--CGT--AGAAGAA---CC---AA--AATT-G--G--AATTTT-C-CGTAT---TTT-G-T-T----T------G-T--------------AG-AAA---------AAA------------T--C------------A-CCT--------AG--T-TGAG---T--AA---TGAT---C-AT---C-TTT--CATGGT--TATTTTG---A--AT-AA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTG-A--AGGT-AAC-TAC-ATT-AAT-TATTTTAt
gi|9 : tgG-T-TG--TT--------GT----TT--TT------TTTT-AG-TT----G----------A-C-A--AA-T-T--T--------GTGGTAT-CAAAT-G-AAG-AATC---ATC----GT-CAT--ACTT--T-A-GC-C----A--TT-G-C-CT--GTC-T-T----------TAAT-C-TA-CTG-TG----------------GA--------T--------------------A--T-----TTTTGT-------TA-T---------TT-TT----------------TGAGTGT--------TATCA-A-C-TT--CT-G-G-CAG-C---AACTT--TC--TTTT----T-----AA-T----GACT--------------TT-AACCA----------C----------ACA-TC-T--T-G-GC-AC-CA-T-----G----TTTACC-T---C-GCC-GCTGCC-C-AAAC-CCT--CG-A-T-A-CCC-GGAATT---ATA-CAT---AAAC-TTCA--CGT--AGA--AA---CC---AA--AATT-G--A--AATTTC-C-GGTATTTATTT-G-T-T----T-C---GA-T-AA---G---AA--AA-AAA---------AAA------------T--C------------A-C----------CA--T-T-AA---T--AG---TATC---T-A---AC-TTTTACAT-GT--TA--TCA---AAGAT-AA--G-ATA-A-A--C-AACTTTTGAA--AAGT--A--TAC-ATT-AC--TATTTTa