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Reference ( gi|13 ) : TGTAT-AT-A-C-GC-----C-C-ACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------C-A--A-----------A-ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GA-C--AC----T-A--T-T-AAA-C-CTGA----C-----ACCGCA--GAAA----AA-A-TT--G-T--T--ATT--T---CA-AG--T--CG--G-T-GAC-T---G---AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AGTGCATTAC-A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--ATA---T-A-----T-T-----G-C-A-C-------C-A-C-A-ATG-G-A------A----------------------TC-AA-A-T-CTGG-AC-TATAA-----CTT---GC-----------A--CTC-----AT---T--AA-G-GTAT------------C-T--------AG---------------------AA------------------------TCCA-TG-C---CCC---A-T-AACTT-T---GCA-A-TCA--C-AT--G------TACAA--TT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
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gi|4 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaacaGTAT-G--A-C-CC-----C-C-AC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------C-A--A-----------A--CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-GA-C--AA----T-AA-T-T-AA----CTGA----C-----AC---A--GAAA----AA-G-TT--G-T--T--ATT--T---CA-AG--T--CG--G-T-G-C-T---G---AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AGTGAA-TA--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--ATA---TCA-----TCT-----G-C-A-C-------C---C-A-ATG-GAA------A----------------------TC-AA-A-T-CTGG-A--TATA-------CT---GC-----------A--CTC-----AT---T--AT-G-GTAT------------T-----------G---------------------AA------------------------TCCA-TG-C---CCC---A-TAAACTT-T---GC--A-TCA--C-CT--G------GACAAG-TT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGAtgt
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gi|2 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagt--GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------C-G--AGGAATAACACCA-ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-GA-CC-AC----T-A--------A-C-CTCA----C-----ATC-CA--GAAA----AA-G-TT--GATG-T--ATT--T---CA-AG--T--CC--A-T-GAC-T---G---AA--GAAACCT--A-----TC---T-CATGAA-TAA-A---GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--ATAT--T-AT----T-T-----G-C-A-C-------C-A-C-A-ATG-A-A--------------------------------AA-A-T-------------A-----CTT---GC-----------A--CTC-----AT---T--CT-A-GTAT------------C-TTG------AGGTTTGGCACAAACTCGTATC-AA------------------------TCCA-TGCC---CCC---C-T-AACCT-T---Ggaagccagagcttag
gi|7 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt--A-----------A-ACT--AA-TG--------------G-CAGA----------------GGG--------AG-CA-C--ACGGCAC-A--G-C-TAA-C-CTCA----C-----ACC-C---GAAA----AA-G-TT--T-TAGT--AAT--T---CA-AG--TA-TG--GCT-GAT-T---G---AA--GAAGCCT--AAA---TTA-AC-A---CAC-AA-A---GT--TTA--GTGCG----------G-CCT--ATA---T-A-----T-TTATTTG-CCA-C-------C-A-C-A-ATA-G-A------ACAAATAATAAAACCGAATAACATA-AA-A-T-CCGG-AA-TAT-------CTT---GC-----------A--CCT-----GT---TTTAA-T-ATATTGAGTTTTGGCAC-T--------AACTCAAATA-------------AA------------------------TTCA-TG-C---CCCC--A-T-AAGTT-T---GCC-A-CCA--T-AT--G------GACt
gi|19 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgtttgtaatacgcaccccaccccttgaagctatgagcttaatgccctccccgttaatttgccttgcgttctgtttaagcgtgaatacatcgccgtaaataccgacggatagtcagagc-----------A-ACT--A--CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GA-CC-AC----T-G--------A-C-CT------C-----ATCCCA--GAAA----AG-G-TT-------------------CG-AG--TATCG--G-T-GAA-T---G---AA--GAAGCCT--A-------A-GT-AATGAAT-AC-A---GA--TTG--GCGTG----------G-CCT--ATA---TTA-----T-TT----A-C-A-C-------C-C-C-A-ATG-A-ACA----A----------------------TC-AA-A-T-C-GG-AA-TATA------CTT---GC-----------A--CTA-----AT---T--CT-G-ATAT------------C-TTAAGTTTTAGCACA-----------------AA------------------------CTCA-TG-CA--CCC---A-T-AACCT-T---GCC-A-TCA--C-AT--G------GACgtgtt
gi|6 : cacc-ACT--AA--G-----------TAAG-AGGA---------------AGAG-----------GA-C--AC----T-A--A---AAA-CTCTGA----CTCATAACAGCCCTGAAATTAGGA-A-TT--G-A-----ATT--TGAGCA-GG--T--CTACG-T-GAC-TCTCG---AAAGG---CCT--GAAATCTTA-AT-A-TGAATTAC-ACCTGG--CTGCTGTGCGATAGCACCATG-CCT---TAACTT-A-----C-T-----G-C-A-CTGCAACCC-A-C-A-ATG-G-A------A----------------------TA-AA-A-T-CTGG-AC--ATAA-----CT
gi|17 : ccctcgaagaatgatgccagttataaatatgggtttggcttcagaaaactgtgtggtgtttgaaacatgttgtaataatcaccatttccaccaaacattctattgaaagactatgcagcacctcaatattccccgcgcctgtattaatttggtctctgaagtatcttacaacttaaactccatcaaactatctggcggcacaacactgaaagtggC----T-A--T---GAA-C-CTAATGCCC-----TCCGCG--CGAT----AA-T-TT--G-T--T--ATT--T---CA-AG--T--CG--G---AAC-T---A---AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AGTGAAT-AC-A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--ATA---TCA-----T-T-----G-C-A-C-------CTA-C-AGATG-G-A------A----------------------TC-AA-A-T-CTGGAAC-TAT-A-----CTT---GC-----------A--CTC-----ATC--T--AT-G-GTAT------------C-T--------AGAATTGGGGCACAAACTCCTTAAA------------------------TCCA-TG-C---CCCCATA-C-AACTT-TGGCGCA-A-TCA--CAAT--G------GACAAG-TT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAatacttgcttc
gi|20 : aagA----C-----AACG-G--GAAA----AA-G-TTTCG-T--C--ATT--T---CG-AG--TA-CG--GCT-GAC-T---GTAGAA--G---CCT--A-------A-CT-AACACA-TAC-A---A----TA--ATACT----------A-TCCGAATA---T-C-----T-T-----G-C-A-C----------------TT-G-T------T----------------------TT-AGTA-T-CT--------TAA-----GTTTTGGC-----------A--C-C-----A--------------AC------------T-C--------AA---------------------AA------------------------TTCA-TA-C---CCCT--A-T-AACCT-T---GCC-A-TCA--t
gi|22 : CA--GAAA----AG----T----T--T--ATT--T---CA-AA--T--CG--G-T-GAC-TGAAG---AA--G---CCT--A-------A-CC-AATGAA-TAC-A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--ATAT--T-AT----T-T-----G-C-A-C-------C-A-CAA-ATGAA-A------A----------------------TCAAA-A-T-CTGG-AA-TAT-A-----CTT---GC-----------A--CTC-----AT---T--tttggacgtgtttgttacatcaaggt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAGATAGGGAGTGGCCCAATTTACCAGTGGTTTGACGGCAGGCAGAAATACTCCACACATGTCCAACCATTTGGGTCACCGCTAACCAGGAATCACCGCAGAGTTGTAATGAATTAATTCCATTACACCTGCATACCTATAA
Unaligned ( gi|25 ): ATTCTGGCATCTTGAGCTTTGGCACAAACAAAATTGCCCATACCCCATTAACTTGCC
Alignments
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lowQualScore : . . . ... .... . .. . . . ...... .... . .. ..... . .. ...... ... . .. ... .. .. .... .... .... . . . . ....... .................. .. . ............ . ............... ........ ..... .... . ......... . . ........ . . . .... . . ....... . .. ... . .. .. ... . ... . .. ... .. ......... . .. . .. .. ... .. .. .......... . .. ... . . . . . ....... . . . . ... ........... . ....................... . . .. ....... ........... .. ..... . .. . ............................................................................................ . . . ... ... . . . ... . . .. . .. .... . . . . . . . .
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consensus : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T--TG---GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------CA--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GA-CC-ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG-T-GAC-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GAA-TAC--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--TA---TCA-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTAT--------------C---------T--------A--------G--------------C-----AC-------------A---------A---A-TCCA-TGCC---CCC---A-T-AACTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T--TG---GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------CA--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GA-C--ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG-T-GAC-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GAATTAC--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--TA---TCA-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTAT--------------C---------T--------A--------G--------------C-----A--------------A---------A---A-TCCA-TG-C---CCC---A-T-AACTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAA-TG--C-----CGCT--CC---CC-GATA---A-T--TG---GCGCT--CGGGC-A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------CACTA-----------T---ACT--AA-CAA----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AAA----GA-CC-ACT-A--TGTAAAAC-CTGAC--------A-CC-C-AGAAA----AA-GGTT--G-T--T-ATT--T---CAGAGT--C--GG-T-GAC-T---G-GA--G---CCT--A-----TTA-GT-AGTT-GAA-TAC--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--AA---TCA-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-AC-TAGAACCCCCCTTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTAT--------------C---------T--------A--------G--------------------A--------------A-----------------CA-TG-C---CCC---A-T-AACTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|10 : aacccggatcgcccgccagagtaagtaagaaaagaatccactacaactactacctaataaaaacttaagtactcctggtaaattaatcatggatatcattcccaggctgtatgacatgcacacccctagaaaatgaatgcaagttaaaagggtctatagcttcaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-ATTA-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------T-AA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCT--T--GATA---A-T--TG---GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-C-G-------CA--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GACC--ACT-A--T-T-AA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAA----GG-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG-T-GACTT---G-AAG-G---CCT--A-----T--------------------A---AG--TTG--GTGCG----------GCCCTA--TA---TCA-T-T-G-CA-------CC-ACC-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAC-----TTTGC--------------CTC-----AT-T-ATG-GTAT--------------A---------T--------AGAATTG--G--------------C-----ACAAACTCCTAT---A---------A---A-TCCA-TG-C---CCC---A-A-AACTT-T---GC-CA-ACA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGt
gi|11 : tttcaaaacttggtgttgaaacaTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--T-----C-CT--CC---CT-GATA---A-TCATT---GC--C--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTG-------CG--AGAAATAATACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GACC--ACT-AACT-T-CA-C-AT-AC--------A-CC-C-AGAAA----AA-G-TTTAT-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--AG-T-GAC-TGAAG-AA--G---CCT--A-------A-CT-AA-T-GAA-TAC--A---GA--TTG--G-GCA----------A-CCTA--TA---TTATT-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTTC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATAT--------------CTTGAGTTT-T--------G--------G--------------C-----ACAAACTCATAT---A---------A---G-TCCA-TGCC---CCC---A-T-AACCT-T---GC-C
gi|12 : caaagtgtgagtgtttcaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT--T--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-TC--CC---C--GATA---A-T--TG---GC--CTCCGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------CA--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GACC--ACT-A--T-TAAA---CTGAC--------A-CC-C-AGAAA----AA-A-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGTG-C--GG---GAC-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GCA-TAC--A---GG--TTG--GTGC-----------G-CCTA--TA---TCA-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-A------GAATCTC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTAT--------------C---------T--------A--------G---------------------------------------------A---A-TCCATTG-C---CCC---A-T-AACTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GTA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|13 : acaaTGTAT-AT-A-C---GC----CC-ACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T--TG---GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------CA--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GA-C--ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CCGC-AGAAA----AA-A-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG-T-GAC-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GCATTAC--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--TA---T-A-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTAT--------------C---------T--------A--------G---------------------------------------------A---A-TCCA-TG-C---CCC---A-T-AACTT-T---GC-AA-TCA--C-AT--GTA----CA-A--TT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtt
gi|14 : AT-AC-A-CAGTGT----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------CAAA-------A-TG--TATGAAC-CT--AC---C--GGTA---A-T--TTCTTGC--T--CGGG----CGCCCTC--C----A-T-CGCCTTTAC-TTG-------CG--A-----------GG--AAT--AA-CGCCAATTAAACTTAAG-TAGA---------------AGGG--------AA-----GACC--AC--A--C-TACC-T-CTCAC--------A-CC-C-AAGAC----AA-G-TTTAG-T--T-ATT--T---CA-AGT-----------AT-C---G----------------------------G-T-GAA-TAC--A---GA--TTG--GTGCG----------G-TCTA--TA---TTATT-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-G-A------C----TT--GT-----------------------T-CTGG----TAT-------CTTG------------------------------A-GT-T--------------T---------T--------G--------G--------------C-----A--------------C---------A---A-TCCA-TG-C---TCC---AGT-AACCT-T---
gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T--T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CC-GATA---A-T--TG---GC--T--CGG---A-TGCTC-A--C----A---C-CCTCAACACTG-------CG--AC----------A---ACT--AA-CA-----------TAAG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GA-CC-ACTTA--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC---AGAAA----CA-G-T---G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--G--T-GAC-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GAATGAC--A---GG--TT---GTGCT----------G--CTA--TA----CA-T-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAATA-----CTTGC-----------A--CTC-----A---------TAT--------------C---------T--------A--------G--------------CGTTCTA--------------G---------A---A---CA-TGCC---CCC---A-TAAACTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T--T
gi|17 : ----AA-T-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG---AAC-T---A-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GAA-TAC--A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCTA--TA---TCA-T-T-G-CA-------CCTA-C-AGATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGAAC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTAT--------------C---------T--------AGAATTGGGG--------------C-----ACAAACTCCTT----A---------A---A-TCCA-TG-C---CCCCATA-C-AACTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---A-T--TATT-GC--A--CATG----TGCTCTG--T----A-T-C-CCT-------------------------------------T--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGT--------AA-----GA-CC-ACT-A-------A-C-CTCCC--------A-CC-C-AGAAA----A--G-TT-------T-ATT-----------------------AT-T---C-AA--G-----------------------------TTAC--A---GA--TTG--GTTAG----------G-CC-A--TA---TCA-T-TTG-CA-------CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTAC--------------C---------t
gi|19 : -----------A---ACT--A--CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-----GA-CC-ACT-G-------A-C-CT--C--------ATCC-C-AGAAA----AG-G-TT------------------CG-AGTATC--GG-T-GAA-T---G-AA--GAAGCCT--A-------A-GT-AA-T-GAAT-AC--A---GA--TTG--GCGTG----------G-CCTA--TA---TTA-T-TTA-CA-------CC-C-C-A-ATG-A-ACA----A----TC-AAA-----------------------T-C-GG-AA-TATA------CTTGC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATAT--------------C---------TTAAGTTTTA--------G--------------C-----AC-------------A---------A---A-CTCA-TG-CA--CCC---A-T-AACCT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----Cgtatcttgagttttggcacaaactcacaaactcatataaattcatgcccccat
gi|2 : cacc---GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------CG--AGGAATAACACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-----GA-CC-ACT-A-------A-C-CTCAC--------A-TC-C-AGAAA----AA-G-TT--GATG-T-ATT--T---CA-AGT--C--CA-T-GAC-T---G-AA--GAAACCT--A-----TC---T-CA-T-GAA-TAA--A---GA--TTG--GTGCG----------G-CATA--TA---TTATT-T-G-CA-------CC-A-C-A-ATG-A-A--------------AAA-----------------------T-------------A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTAT--------------C---------TTG------A--------GGTTTGGCA------C-----A--------------AACTCGTATCA---A-TCCA-TGCC---CCC---C-T-AACCT-T---G
gi|20 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC--------A-AC-G-GGAAA----AA-G-TTTCG-T--C-ATT--T---CG-AGTA-C--GG-----C-T---G-A--------CT------------GT-AG----AA----------------------------------G-CCTAACTA---ACA-------CA-------T--A-C-A-AT----A------A----TA-CTA-----------------------T-CCGA-A--TAT-------CTTGC-----------A--CTT-----GT-T-TTA-GTAT--------------C---------TTA------A--------GTTTTGGCACCAACTC-----A--------------A---------A---A-TTCA-TA-C---CCCT--A-T-AACCT-T---GC-CA-TCA--T-TT--GGA----CG-T-GTT-Tt
gi|22 : C-C-AGAAA----A--G-TT-------T-ATT--T---CA-AAT--C--GG-T-GAC-TGAAG-AA--G---CCT--A-------A-CC-AA-T-GAA-TAC--A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCTA--TA---TTATT-T-G-CA-------CC-A-CAA-ATGAA-A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
gi|23 : TGTAT-AT-A-C---GC----CGCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---ATT--TT---GT--T--CGGG--A-TGCTC-A--G----A-C-A-CCTCAAC-CTG-------CA--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGc
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gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA----CTAATTGACC-----C-TT--CC---C--AATA---
gi|3 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacatta---GC--T--CGGGG-A-TGCTA-A--C----A-T-C-CCT--AC--TG-------CC--AC----------A---ACT--AA-AG-----------TAGGTCAGA---------------AGAGGAAGGGAAAA-----GA-C--ACT-A--A-TAAA-C--TGAC--------A-CC-C-AGAAA----AATG-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGTT-C--AG-T-GAC-T---G-AA--G---C-T--AAA---TTATGT-AG-T-GAATAAC--A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--TA---TTA-T-T-G-CA-------CCAA-C-A-ATG-G-A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-ACATATA--------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTAT--------------CTTAGACATTT--------G--------G--------------C-----ACAAATCCGAT----A---------A---A-TCCA-TGCC---CCC---A-T-AACTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-Gtctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtgctcggggatgctaacatccctactgccacaactaaagtaggtcagaagaggaagggaaaagacactaataaactgacacccagaaaaatgttgttatttcaagttcagtgactgaagctaaattatgtagtgaataacaggttggtgcggcctatattattgcaccaacaatggaacattcaaagtctggacatatatatacttgttatggtatcttagacatttggcacaaatccgataaatccatgcccccataacttgtgccattcacatggaagccagagcttag
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T--TG---GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------CA--A-----------A----CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-----GA-C--AAT-AA-T-TAA----CTGAC--------A-C----AGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--C--GG-T-G-C-T---G-AA--G---CCT--A-----TTA-GT-AG-T-GAAT-A---A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCTA--TA---TCA-TCT-G-CA-------CC---C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-A--TATA-------CTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTAT--------------T---------------------------------------------------------------G---------A---A-TCCA-TG-C---CCC---A-TAAACTT-T---G--CA-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AG--T-CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G--A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC---------T--------A--------GC-----AC-------------A----------AA----------TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAA-TG--C-----CGCT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GCGCT--CGGGC-A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-ACTA-----------T---ACT--AA-CAA----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AAAGAC----C-ACT-A--TGT-AAAAC-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-GGT-T--G-T--TATT--T---CAGAG--T-CG--G-T-GAC-T---GGA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTTGAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--AA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G--AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-AC-TAGAACCCCCCTTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTA--------TC---------T--------A--------G---------------------A----------A-------------CA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
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gi|14 : AT-AC-A-CAGTGT----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------CAA-------AA-TG--TATGAAC-CT--AC---C--GGTA---A-TTTCTT--GC--T--CGGG----CGCCCTC--C----A-T-CGCCTTTAC-TTG-------CGA--G-----------G---AAT--AA-CGCCAATTAAACTTAAG-TAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-AC--A--C-T-ACC-T-CTCAC--------A-CC-C-AA-GAC----AA-G-T-TTAG-T--TATT--T---CA-AG--T----------AT-C---G-------------------------GT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GTGCG----------G-TCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G--A------C----TT--GT-----------------------T-CTGG----TAT-------CTTG------------------------------A-GT---------TT---------T--------G--------GC-----AC------------------------AA----------TCCA-TGCT--CCAGT--AA-CCT-T---
gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GC--T--CGG---A-TGCTC-A--C----A---C-CCTCAACACTG-------C-G--AC----------A---ACT--AA-CA-----------TAAG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----CA-G-T----G-T--TATT--T---CA-AG--T-CG----T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-TGA-C----A---GG--TTG---TGCT----------G-C-T--A--TA------CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G--A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAATA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT---------A--------TC---------T--------A--------GCGTTCTAG-------------A----------A-------------CA-TGCC--CCCATA-AA-CTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|17 : ----AA-T-T-T--G-T--TATT--T---CA-AG--T-CG--G---AAC-T---AAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CCTA-C-AGATG-G--A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGAAC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTA--------TC---------T--------AGAATTGGGGC-----ACAAACTCCTT----A----------AA----------TCCA-TGCC--CCCATACAA-CTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---A-T---TATTGC--A--CATG----TGCTCTG--T----A-T-C-CCT--------------------------------------T--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGT--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCCC--------A-CC-C-AG-AAA----AG-T-T-T--A-T--TAT---T---CA------------------------------------------------AGT-----T-A-C----A---GA--TTG--GTTAG----------G-CC---A--TA---T--CA-T-TTG-CA--CC-A-C-A-ATGAA--A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTA--------CC---------t
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gi|2 : cacc--GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------C-G--AGGAATAACACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCAC--------A-TC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--GATG-TATT--T---CA-AG--T-CC--A-T-GAC-T---GAA--GAAACCTA-----TC---T-CAT-GAA-T-A-A----A---GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-A--A--------------AAA-----------------------T-------------A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTA--------TCTTGAGGTT-T--------G--------GC-----AC-------------AAACTCGTATCAA----------TCCA-TGCC--CCCCT--AA-CCT-T---G
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gi|22 : C-C-AG-AAA----A--G-T-T-------TATT--T---CA-AA--T-CG--G-T-GAC-T---GAA--GAAGCCTA-------A-CC-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-CAA-ATGAA--A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
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gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA----CTAATTGACC-----C-TT--CC---C--AATA---
gi|3 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacatta--GC--T--CGGGG-A-TGCTA-A--C----A-T-C-CCT--AC--TG-------C-C--AC----------A---ACT--AA-AG-----------TAGGTCAGA---------------AGAGGAAGGGAAAA-GAC------ACT-A--A-T-AAA-C--TGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AATG-T-T--G-T--TATT--T---CA-AG--TTCA--G-T-GAC-T---GAA--G---C-TAAA---TTATGT-AGT-GAA-T-AAC----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G--A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-ACATATA--------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTA--------TCTTAGACATTT--------G--------GC-----ACAAATCCGAT----A----------AA----------TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-Gtctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtgctcggggatgctaacatccctactgccacaactaaagtaggtcagaagaggaagggaaaagacactaataaactgacacccagaaaaatgttgttatttcaagttcagtgactgaagctaaattatgtagtgaataacaggttggtgcggcctatattattgcaccaacaatggaacattcaaagtctggacatatatatacttgttatggtatcttagacatttggcacaaatccgataaatccatgcccccataacttgtgccattcacatggaagccagagcttag
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------C-A--A-----------A----CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-GAC----A-ATA-A--T-T-AA----CTGAC--------A-C----AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AG--T-CG--G-T-G-C-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A------A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-TCT-G-CA--CC---C-A-ATG-G--A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-A--TATA-------CTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TT-------------------------------------------------G----------AA----------TCCA-TGCC--CC-AT--AAACTT-T---GC--A-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
gi|5 : gatgccgcacgagtgtaggaatccatttcactgctactataaacttaattactcctggtaaattattcggtaaatcattccaggctgtgcaaatgccctagaaatgatacgttaaatggtttggctttcaactgtgggtgtttgaacaatcgtatgacTATAT-AT-A-CC--GC----CCCACTA-C-------AAGCT-ACATGTATGAA-----TAA-TG--T-----C-CT--CC---CTGGATA---A-T---TTTTGC--T--CGG-----TGCTC-A--C----AAT-C-CTTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---TCT--AAACT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAA----C-ACT-A----------C-CTGAC--------A-TC-CTAG-AAA----CA-G-T-T--------ATT--T---CA-AG--T-CG--G-T-GAC-T---GAAA-G---CCTA-----TCA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG---TG--GTGCG----------G-CTT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G--A------A-----A-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAA-----CTTGC-----------AACTTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC---------T--------AGAATTG--GC-----ACTAACTCCATTTATA----------AAT---------TTCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GCGCA-TCAGTC-AT--GGA----CA-AGGTT-TA-GCCA-GTT-T-GTCT-ACACGGAaaa
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gi|8 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgttTGTATCAT-A-C---GC----CCCACAT-CT--TTG-AAGCTCA------TGAAA-CGCTAA-TG--C-----CGCT--CCA--T--GATA---A-T---TC--GC--T--CGGG--A-TGCTC-AT-C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-AC-A-----------C---ACT--AA--G-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAAA----AA-G-TCT--T-T--CATTGGT---CA-AG--T-CG--G-T-GACTT---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTCGAA-T-A-CT---A---GG--TTG--GTGCG----------G--CT--A--TA---T--CA-T-G-A-TG--CC-A-C---ATG-GA-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAC-----GTTG------------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC---------T--------AGAATTG--GC-----ACAAAACTGATT---A----------AA----------TCCATTGCCCTCCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCAAGC-AT--GGAAGACTA-A-GTTGTA-GCCATGTT-TGGCAT-ACACGGA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------G------CA--C-------A---------------A-------C---------A----AATC-CA-TGCC--CCCAT--AACTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAA-TG--C-----CGCT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GCGCT--CGGGC-A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-ACTA-----------T---ACT--AA-CAA----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AAAGAC----C-ACT-A--TGT-AAAAC-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-GGT-T--G-T--TATT--T---CAGAGT--CG--G-T-GAC-T---GGA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTTGAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--AA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-AC-TAGAACCCCCCTTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------G------------------A---------------A---------------------------CA-TG-C--CCCAT--AACTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|10 : aacccggatcgcccgccagagtaagtaagaaaagaatccactacaactactacctaataaaaacttaagtactcctggtaaattaatcatggatatcattcccaggctgtatgacatgcacacccctagaaaatgaatgcaagttaaaagggtctatagcttcaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-ATTA-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------T-AA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCT--T--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-C-G-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T--AA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----GG-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAAG-G---CCTA-----T-----------------------A---AG--TTG--GTGCG----------GCCCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-ACC-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAC-----TTTGC--------------CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TA-------------T--------AGAATTG--G------CA--C-------AAACTCCT--------A-------T---------A----AATC-CA-TGCC--CCAA---AACTT-T---GC-CA-ACA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGt
gi|11 : tttcaaaacttggtgttgaaacaTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--T-----C-CT--CC---CT-GATA---A-TCA-TT--GC--C--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTG-------C-G--AGAAATAATACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-AACT-T--CA-C-AT-AC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-TTAT-T--TATT--T---CA-AGT--CA--G-T-GAC-TGAAGAA--G---CCTA-------A-CT-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--G-GCA----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTTC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TCTTGAGTTT-----T--------G--------G------CA--C-------AAACTCAT--------A-------T---------A----AGTC-CA-TGCC--CCCAT--AACCT-T---GC-C
gi|12 : caaagtgtgagtgtttcaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT--T--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-TC--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--CTCCGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA---CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-A-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGTG-CG--G---GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGC-----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------GAATCTC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G---------------------------------------------------------AATC-CA-TTGC--CCCAT--AACTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GTA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|13 : acaaTGTAT-AT-A-C---GC----CC-ACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GA-----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CCGC-AG-AAA----AA-A-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCATT-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G---------------------------------------------------------AATC-CA-TG-C--CCCAT--AACTT-T---GC-AA-TCA--C-AT--GTA----CA-A--TT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtt
gi|14 : AT-AC-A-CAGTGT----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------CAA-------AA-TG--TATGAAC-CT--AC---C--GGTA---A-TTTCTT--GC--T--CGGG----CGCCCTC--C----A-T-CGCCTTTAC-TTG-------CGA--G-----------G---AAT--AA-CGCCAATTAAACTTAAG-TAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-AC--A--C-T-ACC-T-CTCAC--------A-CC-C-AA-GAC----AA-G-T-TTAG-T--TATT--T---CA-AGT-----------AT-C---G-------------------------GT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GTGCG----------G-TCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------C----TT--GT-----------------------T-CTGG----TAT-------CTTG------------------------------A-GT---------TT-------------T--------G--------G------CA--C----------------------------------------------AATC-CA-TGCT--CCAGT--AACCT-T---
gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GC--T--CGG---A-TGCTC-A--C----A---C-CCTCAACACTG-------C-G--AC----------A---ACT--AA-CA-----------TAAG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----CA-G-T----G-T--TATT--T---CA-AGT--CG----T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-TGA-C----A---GG--TTG---TGCT----------G-C-T--A--TA------CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAATA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT---------A--------TC-------------T--------A--------G------CGTTC-------T---------------A-------G---------A----A----CA-TGCC--CCCATA-AACTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|17 : ----AA-T-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G---AAC-T---AAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CCTA-C-AGATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGAAC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTGGGG------CA--C-------A---------------AACTCCT-T---------A----AATC-CA-TGCC--CCCATACAACTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---A-T---TATTGC--A--CATG----TGCTCTG--T----A-T-C-CCT--------------------------------------T--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGT--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCCC--------A-CC-C-AG-AAA----AG-T-T-T--A-T--TAT---T---CA-----------------------------------------------AGT-----T-A-C----A---GA--TTG--GTTAG----------G-CC---A--TA---T--CA-T-TTG-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTA--------CCGTATCTTGAGTTTT--------G--------G------CA--C-------AAACTCACAAACTCATA-------T---------A----AATT-CA-TGCC--CCCAT--t
gi|19 : -----------A---ACT--A--CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-G--------A-C-CT--C--------ATCC-C-AG-AAA----AG-G-T-T-----------------CG-AGTATCG--G-T-GAA-T---GAA--GAAGCCTA-------A-GT-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGTG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-TTA-CA--CC-C-C-A-ATG-A-ACA----A----TC-AAA-----------------------T-C-GG-AA-TATA------CTTGC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TC-------------TTAAGTTTTA--------G------CA--C-------A---------------A-----------------------ACT-CA-TGCA--CCCAT--AACCT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----C
gi|2 : cacc--GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------C-G--AGGAATAACACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCAC--------A-TC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--GATG-TATT--T---CA-AGT--CC--A-T-GAC-T---GAA--GAAACCTA-----TC---T-CAT-GAA-T-A-A----A---GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-A-A--------------AAA-----------------------T-------------A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTA--------TCTTGAGGTT-----T--------G--------G------CA--C-------A---------------AACT----C---------GTATCAATC-CA-TGCC--CCCCT--AACCT-T---G
gi|20 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC--------A-AC-G-GG-AAA----AA-G-T-TTCG-T--CATT--T---CG-AGTA-CG--G-----C-T---GA--------CT----------GT-AG---AA--------------------------------------G-CCT--AACTA---A--CA-------CA--T--A-C-A-AT----A------A----TA-CTA-----------------------T-CCGA-A--TAT-------CTTGC-----------A--CTT-----GT-T-TTA-GTA--------TC-------------TTAAGTTTTG--------G------CA--CC------A---------------A-------CTCA------A----AATT-CA-TACC--CCTAT--AACCT-T---GC-CA-TCA--T-TT--GGA----CG-T-GTT-Tt
gi|22 : C-C-AG-AAA----A--G-T-T-------TATT--T---CA-AAT--CG--G-T-GAC-T---GAA--GAAGCCTA-------A-CC-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-CAA-ATGAA-A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
gi|23 : TGTAT-AT-A-C---GC----CGCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---ATT---TT--GT--T--CGGG--A-TGCTC-A--G----A-C-A-CCTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGc
gi|24 : acaA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATACGTA-T---TG---C--T--CGG---A-CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTGATAGGAAT-A--ACACC-------A---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------A
gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA----CTAATTGACC-----C-TT--CC---C--AATA---
gi|3 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacatta--GC--T--CGGGG-A-TGCTA-A--C----A-T-C-CCT--AC--TG-------C-C--AC----------A---ACT--AA-AG-----------TAGGTCAGA---------------AGAGGAAGGGAAAA-GAC------ACT-A--A-T-AAA-C--TGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AATG-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGTT-CA--G-T-GAC-T---GAA--G---C-TAAA---TTATGT-AGT-GAA-T-AAC----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-ACATATA--------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTA--------TCTTAGACATT----T--------G--------G------CA--C-------AAATCCG---------A-------T---------A----AATC-CA-TGCC--CCCAT--AACTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-Gtctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtgctcggggatgctaacatccctactgccacaactaaagtaggtcagaagaggaagggaaaagacactaataaactgacacccagaaaaatgttgttatttcaagttcagtgactgaagctaaattatgtagtgaataacaggttggtgcggcctatattattgcaccaacaatggaacattcaaagtctggacatatatatacttgttatggtatcttagacatttggcacaaatccgataaatccatgcccccataacttgtgccattcacatggaagccagagcttag
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------C-A--A-----------A----CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-GAC----A-ATA-A--T-T-AA----CTGAC--------A-C----AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-G-C-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A------A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-TCT-G-CA--CC---C-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-A--TATA-------CTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------T---------------------------------------------------------------------------T---------G----AATC-CA-TG-C--CCCATA-AACTT-T---G--CA-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
gi|5 : gatgccgcacgagtgtaggaatccatttcactgctactataaacttaattactcctggtaaattattcggtaaatcattccaggctgtgcaaatgccctagaaatgatacgttaaatggtttggctttcaactgtgggtgtttgaacaatcgtatgacTATAT-AT-A-CC--GC----CCCACTA-C-------AAGCT-ACATGTATGAA-----TAA-TG--T-----C-CT--CC---CTGGATA---A-T---TTTTGC--T--CGG-----TGCTC-A--C----AAT-C-CTTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---TCT--AAACT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAA----C-ACT-A----------C-CTGAC--------A-TC-CTAG-AAA----CA-G-T-T--------ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAAA-G---CCTA-----TCA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--T-G--GTGCG----------G-CTT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CC-AAC-A-ATG-G-A------A-----A-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAA-----CTTGC-----------AACTTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GAATTGGCA--CT------A---------------A-------CTCCATTTATA----AATTTCA-TGCC--CCCAT--AACTT-T---GCGCA-TCAGTC-AT--GGA----CA-AGGTT-TA-GCCA-GTT-T-GTCT-ACACGGAaaa
gi|6 : ctgtgcacgtgacaatagcacacccctagaatgattgcagtaaatgggttttgggccttcaaaactgtgggtgtttgagaacaCAACACTG-------A-A--A-----------GTGGACT--AA--G-----------TAAG-AGGA---------------AGAG--------GA--------C-ACT-A--A---AAA-CTCTGACTCATAACAG-CC-C-TG-AAATTAGGA-A-T-T--G-A---ATT--TGAGCA-GGT--CTACG-T-GAC-TCTCGAAAGG---CCTGAAATCTTA-AT-A-T-GAA-TTA-C----ACCTGG--CTGCTGTGCGATAGCACCATG-CCTTAACTTA---CTGCA-C-T-G-CAACCC-A-C-A-ATG-G-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AC--ATAA-----CT
gi|7 : ccctcgaagaatgatgccagttataaatatgggtttggcttcagaaaactgtgtggtgtttgaaacatgttgtaataatcaccatttccaccaaacattctattgaaagactatgcagcacctcaatattccccgcgcctgtattaatttggtctctgaagtatcttacaacttaaactccatcaaactatctggcggcaTGTA--AT-A-C---GCAC--CCCACCC-CT--T-G-AAGCT-A------TGAG--C-TTAA-TG--C-----C-CTC-CC---C--GTTA---ATT---TG--CC--T--TGCGTTC-TGTTT-AAGCGTGAA-T-A-CATCG---CCG-------T-A--A-----------AT--ACC--GA-CGGA---------TAGT-CAGAGCAAACTAATGGCAGAGGG--------AG-CACACGGC-ACA-G--C-T-A-A-C-CTCAC--------A-CC-C--G-AAA----AA-G-T-T--T-TAGTAAT--T---CA-AGTA-TG--GCT-GAT-TGAAGAA--G---CCTA------------AAT-TAA-C-A-CACAAA---GT--TTA--GTGCG----------G-CCT--A--TATATT--TATT-T-GCCA--CC-A-C-A-ATA-G-A------A-----C-AAATAATAAAACCGAATAACATAAAAT-CCGG-AA-TAT-------CTTGC-----------A--CCT-----GT-T-TTA-ATATATTGAGTTT-------------T--------G--------G------CA--CTAACTCAA---------------A-------T---------A----AATT-CA-TGCC--CCCAT--AAGTT-T---GC-CA-CCA--T-AT--GGA----CG-T-GTT-atacttgcttc
gi|8 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgttTGTATCAT-A-C---GC----CCCACAT-CT--TTG-AAGCTCA------TGAAA-CGCTAA-TG--C-----CGCT--CCA--T--GATA---A-T---TC--GC--T--CGGG--A-TGCTC-AT-C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-AC-A-----------C---ACT--AA--G-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAAA----AA-G-TCT--T-T--CATTGGT---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTCGAA-T-A-CT---A---GG--TTG--GTGCG----------G--CT--A--TA---T--CA-T-G-A-TG--CC-A-C---ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAC-----GTTG------------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--G------CA--C-------A---------------AAACTGATT---------A----AATC-CATTGCCCTCCCAT--AACTT-T---GC-CA-TCAAGC-AT--GGAAGACTA-A-GTTGTA-GCCATGTT-TGGCAT-ACACGGA
gi|9 : ttcaaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-GGAAGCT-A------TGAA--C-C--A-TG--C-----C-CTTCCC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--AATGCTC-A--C----A-TTC-CCTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---ACTTAAA-CA-----------TAGA--AGA---------------AGG---------AA-GAC----CCACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----AA-G-T----G-T--TATT------CA---T--CG--G-TTGAC-TT--GAA--GG--CCTA-----TTA-GTTAGT-GA--T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TAAT-T--CA-T-T-G-CAT-CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-TAATGCGTA--------TC-------------T--------A--------G------------------A---------------A-------------------------C-CA-TGTT--CTCAT--AACTT-T---GC-CA-TCA--C-A---GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTTATGGCAT-ACACGGAtt
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Unaligned ( gi|25 ): ATTCTGGCATCTTGAGCTTTGGCACAAACAAAATTGCCCATACCCCATTAACTTGCC
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Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAA-TG--C-----CGCT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GCGCT--CGGGC-A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-ACTA-----------T---ACT--AA-CAA----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AAAGAC----C-ACT-A--TGT-AAAAC-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-GGT-T--G-T--TATT--T---CAGAGT--CG--G-T-GAC-T---GGA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTTGAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--AA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-AC-TAGAACCCCCCTTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------G----------A---------------A-------------------CA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|10 : aacccggatcgcccgccagagtaagtaagaaaagaatccactacaactactacctaataaaaacttaagtactcctggtaaattaatcatggatatcattcccaggctgtatgacatgcacacccctagaaaatgaatgcaagttaaaagggtctatagcttcaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-ATTA-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------T-AA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCT--T--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-C-G-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T--AA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----GG-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAAG-G---CCTA-----T-----------------------A---AG--TTG--GTGCG----------GCCCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-ACC-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAC-----TTTGC--------------CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TA-------------T--------AGAATTG--GCAC-------AAACTCCT--------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCAA---AA-CTT-T---GC-CA-ACA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGt
gi|11 : tttcaaaacttggtgttgaaacaTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--T-----C-CT--CC---CT-GATA---A-TCA-TT--GC--C--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTG-------C-G--AGAAATAATACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-AACT-T--CA-C-AT-AC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-TTAT-T--TATT--T---CA-AGT--CA--G-T-GAC-TGAAGAA--G---CCTA-------A-CT-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--G-GCA----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTTC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TCTTGAGTTT-----T--------G--------GCAC-------AAACTCAT--------A-------T---A--AG-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CCT-T---GC-C
gi|12 : caaagtgtgagtgtttcaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT--T--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-TC--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--CTCCGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA---CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-A-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGTG-CG--G---GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGC-----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------GAATCTC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G-----------------------------------------AA-TCCA-TTGC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GTA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|13 : acaaTGTAT-AT-A-C---GC----CC-ACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCGAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GA-----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CCGC-AG-AAA----AA-A-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCATT-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G-----------------------------------------AA-TCCA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-T---GC-AA-TCA--C-AT--GTA----CA-A--TT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtt
gi|14 : AT-AC-A-CAGTGT----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------CAA-------AA-TG--TATGAAC-CT--AC---C--GGTA---A-TTTCTT--GC--T--CGGG----CGCCCTC--C----A-T-CGCCTTTAC-TTG-------CGA--G-----------G---AAT--AA-CGCCAATTAAACTTAAG-TAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-AC--A--C-T-ACC-T-CTCAC--------A-CC-C-AA-GAC----AA-G-T-TTAG-T--TATT--T---CA-AGT-----------AT-C---G-------------------------GT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GTGCG----------G-TCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------C----TT--GT-----------------------T-CTGG----TAT-------CTTG------------------------------A-GT---------TT-------------T--------G--------GCAC--------------------------------------AA-TCCA-TGCT--CCAGT--AA-CCT-T---
gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GC--T--CGG---A-TGCTC-A--C----A---C-CCTCAACACTG-------C-G--AC----------A---ACT--AA-CA-----------TAAG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----CA-G-T----G-T--TATT--T---CA-AGT--CG----T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-TGA-C----A---GG--TTG---TGCT----------G-C-T--A--TA------CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAATA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT---------A--------TC-------------T--------A--------GCGT-------T---------------C-------T---A--GA--ACA-TGCC--CCCATA-AA-CTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|17 : ----AA-T-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G---AAC-T---AAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CCTA-C-AGATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGAAC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTGGGGCAC-------A---------------AACTCCT-T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCATACAA-CTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---A-T---TATTGC--A--CATG----TGCTCTG--T----A-T-C-CCT--------------------------------------T--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGT--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCCC--------A-CC-C-AG-AAA----AG-T-T-T--A-T--TAT---T---CA-----------------------------------------------AGT-----T-A-C----A---GA--TTG--GTTAG----------G-CC---A--TA---T--CA-T-TTG-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTA--------CCGTATCTTGAGTTTT--------G--------GCAC-------AAACTCACAAACTCATA-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--t
gi|19 : -----------A---ACT--A--CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-G--------A-C-CT--C--------ATCC-C-AG-AAA----AG-G-T-T-----------------CG-AGTATCG--G-T-GAA-T---GAA--GAAGCCTA-------A-GT-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGTG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-TTA-CA--CC-C-C-A-ATG-A-ACA----A----TC-AAA-----------------------T-C-GG-AA-TATA------CTTGC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TC-------------TTAAGTTTTA--------GCAC-------A---------------A---------------A-CTCA-TGCA--CCCAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----C
gi|2 : cacc--GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------C-G--AGGAATAACACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCAC--------A-TC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--GATG-TATT--T---CA-AGT--CC--A-T-GAC-T---GAA--GAAACCTA-----TC---T-CAT-GAA-T-A-A----A---GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-A-A--------------AAA-----------------------T-------------A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTA--------TCTTGAGGTT-----T--------G--------GCAC-------A---------------AACTCG--T---ATCAA-TCCA-TGCC--CCCCT--AA-CCT-T---G
gi|20 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC--------A-AC-G-GG-AAA----AA-G-T-TTCG-T--CATT--T---CG-AGTA-CG--G-----C-T---GA--------CT----------GT-AG---AA--------------------------------------G-CCT--AACTA---A--CA-------CA--T--A-C-A-AT----A------A----TA-CTA-----------------------T-CCGA-A--TAT-------CTTGC-----------A--CTT-----GT-T-TTA-GTA--------TC-------------TTAAGTTTTG--------GCACC------A---------------A-------CTCAA--AA-TTCA-TACC--CCTAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--T-TT--GGA----CG-T-GTT-Tt
gi|22 : C-C-AG-AAA----A--G-T-T-------TATT--T---CA-AAT--CG--G-T-GAC-T---GAA--GAAGCCTA-------A-CC-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-CAA-ATGAA-A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
gi|23 : TGTAT-AT-A-C---GC----CGCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---ATT---TT--GT--T--CGGG--A-TGCTC-A--G----A-C-A-CCTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGc
gi|24 : acaA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATACGTA-T---TG---C--T--CGG---A-CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTGATAGGAAT-A--ACACC-------A---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------A
gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA----CTAATTGACC-----C-TT--CC---C--AATA---
gi|3 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacatta--GC--T--CGGGG-A-TGCTA-A--C----A-T-C-CCT--AC--TG-------C-C--AC----------A---ACT--AA-AG-----------TAGGTCAGA---------------AGAGGAAGGGAAAA-GAC------ACT-A--A-T-AAA-C--TGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AATG-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGTT-CA--G-T-GAC-T---GAA--G---C-TAAA---TTATGT-AGT-GAA-T-AAC----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-ACATATA--------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTA--------TCTTAGACATT----T--------G--------GCAC-------AAATCCG---------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-Gtctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtgctcggggatgctaacatccctactgccacaactaaagtaggtcagaagaggaagggaaaagacactaataaactgacacccagaaaaatgttgttatttcaagttcagtgactgaagctaaattatgtagtgaataacaggttggtgcggcctatattattgcaccaacaatggaacattcaaagtctggacatatatatacttgttatggtatcttagacatttggcacaaatccgataaatccatgcccccataacttgtgccattcacatggaagccagagcttag
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------C-A--A-----------A----CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-GAC----A-ATA-A--T-T-AA----CTGAC--------A-C----AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-G-C-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A------A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-TCT-G-CA--CC---C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-A--TATA-------CTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------T-------------------------------------------------------------------T---G--AA-TCCA-TGCC--CC-AT--AAACTT-T---GC--A-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
gi|5 : gatgccgcacgagtgtaggaatccatttcactgctactataaacttaattactcctggtaaattattcggtaaatcattccaggctgtgcaaatgccctagaaatgatacgttaaatggtttggctttcaactgtgggtgtttgaacaatcgtatgacTATAT-AT-A-CC--GC----CCCACTA-C-------AAGCT-ACATGTATGAA-----TAA-TG--T-----C-CT--CC---CTGGATA---A-T---TTTTGC--T--CGG-----TGCTC-A--C----AAT-C-CTTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---TCT--AAACT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAA----C-ACT-A----------C-CTGAC--------A-TC-CTAG-AAA----CA-G-T-T--------ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAAA-G---CCTA-----TCA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG---TG--GTGCG----------G-CTT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------A-----A-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAA-----CTTGC-----------AACTTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCACT------AACTCCATTT------A-------T---A--AATTTCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GCGCA-TCAGTC-AT--GGA----CA-AGGTT-TA-GCCA-GTT-T-GTCT-ACACGGAaaa
gi|6 : ctgtgcacgtgacaatagcacacccctagaatgattgcagtaaatgggttttgggccttcaaaactgtgggtgtttgagaacaCAACACTG-------A-A--A-----------GTGGACT--AA--G-----------TAAG-AGGA---------------AGAG--------GA--------C-ACT-A--A---AAA-CTCTGACTCATAACAG-CC-C-TG-AAATTAGGA-A-T-T--G-A---ATT--TGAGCA-GGT--CTACG-T-GAC-TCTCGAAAGG---CCTGAAATCTTA-AT-A-T-GAA-TTA-C----ACCTGG--CTGCTGTGCGATAGCACCATG-CCTTAACTTA---CTGCA-C-T-G-CAACCC-A-C-A-ATG-G-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AC--ATAA-----CT
gi|7 : ccctcgaagaatgatgccagttataaatatgggtttggcttcagaaaactgtgtggtgtttgaaacatgttgtaataatcaccatttccaccaaacattctattgaaagactatgcagcacctcaatattccccgcgcctgtattaatttggtctctgaagtatcttacaacttaaactccatcaaactatctggcggcaTGTA--AT-A-C---GCAC--CCCACCC-CT--T-G-AAGCT-A------TGAG--C-TTAA-TG--C-----C-CTC-CC---C--GTTA---ATT---TG--CC--T--TGCGTTC-TGTTT-AAGCGTGAA-T-A-CATCG---CCG-------T-A--A-----------AT--ACC--GA-CGGA---------TAGT-CAGAGCAAACTAATGGCAGAGGG--------AG-CACACGGC-ACA-G--C-T-A-A-C-CTCAC--------A-CC-C--G-AAA----AA-G-T-T--T-TAGTAAT--T---CA-AGTA-TG--GCT-GAT-TGAAGAA--G---CCTA------------AAT-TAA-C-A-CACAAA---GT--TTA--GTGCG----------G-CCT--A--TATATT--TATT-T-GCCA--CC-A-C-A-ATA-G-A------A-----C-AAATAATAAAACCGAATAACATAAAAT-CCGG-AA-TAT-------CTTGC-----------A--CCT-----GT-T-TTA-ATATATTGAGTTT-------------T--------G--------GCACTAACTCAA---------------A-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--AA-GTT-T---GC-CA-CCA--T-AT--GGA----CG-T-GTT-atacttgcttc
gi|8 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgttTGTATCAT-A-C---GC----CCCACAT-CT--TTG-AAGCTCA------TGAAA-CGCTAA-TG--C-----CGCT--CCA--T--GATA---A-T---TC--GC--T--CGGG--A-TGCTC-AT-C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-AC-A-----------C---ACT--AA--G-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAAA----AA-G-TCT--T-T--CATTGGT---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTCGAA-T-A-CT---A---GG--TTG--GTGCG----------G--CT--A--TA---T--CA-T-G-A-TG--CC-A-C---ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAC-----GTTG------------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCAC-------A---------------AAACTGATT---A--AA-TCCATTGCCCTCCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCAAGC-AT--GGAAGACTA-A-GTTGTA-GCCATGTT-TGGCAT-ACACGGA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAA-TG--C-----CGCT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GCGCT--CGGGC-A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-ACTA-----------T---ACT--AA-CAA----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AAAGAC----C-ACT-A--TGT-AAAAC-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-GGT-T--G-T--TATT--T---CAGAGT--CG--G-T-GAC-T---GGA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTTGAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--AA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-AC-TAGAACCCCCCTTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------G----------A---------------A-------------------CA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|10 : aacccggatcgcccgccagagtaagtaagaaaagaatccactacaactactacctaataaaaacttaagtactcctggtaaattaatcatggatatcattcccaggctgtatgacatgcacacccctagaaaatgaatgcaagttaaaagggtctatagcttcaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-ATTA-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------T-AA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCT--T--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-C-G-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T--AA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----GG-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAAG-G---CCTA-----T-----------------------A---AG--TTG--GTGCG----------GCCCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-ACC-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAC-----TTTGC--------------CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TA-------------T--------AGAATTG--GCAC-------AAACTCCT--------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCAA---AA-CTT-T---GC-CA-ACA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGt
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gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CC-GATA---A-T---TG--GC--T--CGG---A-TGCTC-A--C----A---C-CCTCAACACTG-------C-G--AC----------A---ACT--AA-CA-----------TAAG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----CA-G-T----G-T--TATT--T---CA-AGT--CG----T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-TGA-C----A---GG--TTG---TGCT----------G-C-T--A--TA------CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAATA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT---------A--------TC-------------T--------A--------GCGT-------T---------------C-------T---A--GA--ACA-TGCC--CCCATA-AA-CTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCGCGC--GATA---A-T---T
gi|17 : ----AA-T-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G---AAC-T---AAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CCTA-C-AGATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGAAC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTGGGGCAC-------A---------------AACTCCT-T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCATACAA-CTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---A-T---TATTGC--A--CATG----TGCTCTG--T----A-T-C-CCT--------------------------------------T--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGT--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCCC--------A-CC-C-AG-AAA----AG-T-T-T--A-T--TAT---T---CA-----------------------------------------------AGT-----T-A-C----A---GA--TTG--GTTAG----------G-CC---A--TA---T--CA-T-TTG-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTA--------CCGTATCTTGAGTTTT--------G--------GCAC-------AAACTCACAAACTCATA-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--t
gi|19 : -----------A---ACT--A--CT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-G--------A-C-CT--C--------ATCC-C-AG-AAA----AG-G-T-T-----------------CG-AGTATCG--G-T-GAA-T---GAA--GAAGCCTA-------A-GT-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGTG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-TTA-CA--CC-C-C-A-ATG-A-ACA----A----TC-AAA-----------------------T-C-GG-AA-TATA------CTTGC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TC-------------TTAAGTTTTA--------GCAC-------A---------------A---------------A-CTCA-TGCA--CCCAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----C
gi|2 : cacc--GC--T--CGGG----CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTA-------C-G--AGGAATAACACCA---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGATT-------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--------A-C-CTCAC--------A-TC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--GATG-TATT--T---CA-AGT--CC--A-T-GAC-T---GAA--GAAACCTA-----TC---T-CAT-GAA-T-A-A----A---GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-A-A--------------AAA-----------------------T-------------A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTA--------TCTTGAGGTT-----T--------G--------GCAC-------A---------------AACTCG--T---ATCAA-TCCA-TGCC--CCCCT--AA-CCT-T---G
gi|20 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC--------A-AC-G-GG-AAA----AA-G-T-TTCG-T--CATT--T---CG-AGTA-CG--G-----C-T---GA--------CT----------GT-AG---AA--------------------------------------G-CCT--AACTA---A--CA-------CA--T--A-C-A-AT----A------A----TA-CTA-----------------------T-CCGA-A--TAT-------CTTGC-----------A--CTT-----GT-T-TTA-GTA--------TC-------------TTAAGTTTTG--------GCACC------A---------------A-------CTCAA--AA-TTCA-TACC--CCTAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--T-TT--GGA----CG-T-GTT-Tt
gi|22 : C-C-AG-AAA----A--G-T-T-------TATT--T---CA-AAT--CG--G-T-GAC-T---GAA--GAAGCCTA-------A-CC-AAT-GAA-T-A-C----A---GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-CAA-ATGAA-A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-AA-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
gi|23 : TGTAT-AT-A-C---GC----CGCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATA---ATT---TT--GT--T--CGGG--A-TGCTC-A--G----A-C-A-CCTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGc
gi|24 : acaA-TG--C-----C-CT--CC---CT-GATACGTA-T---TG---C--T--CGG---A-CGCTCTC--C----A-T-C-CCTTAAC-CTGATAGGAAT-A--ACACC-------A---ACT--AA-CT-----------TAGG-CAGA---------------A
gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA----CTAATTGACC-----C-TT--CC---C--AATA---
gi|3 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacatta--GC--T--CGGGG-A-TGCTA-A--C----A-T-C-CCT--AC--TG-------C-C--AC----------A---ACT--AA-AG-----------TAGGTCAGA---------------AGAGGAAGGGAAAA-GAC------ACT-A--A-T-AAA-C--TGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AATG-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGTT-CA--G-T-GAC-T---GAA--G---C-TAAA---TTATGT-AGT-GAA-T-AAC----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-ACATATA--------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTA--------TCTTAGACATT----T--------G--------GCAC-------AAATCCG---------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-Gtctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtgctcggggatgctaacatccctactgccacaactaaagtaggtcagaagaggaagggaaaagacactaataaactgacacccagaaaaatgttgttatttcaagttcagtgactgaagctaaattatgtagtgaataacaggttggtgcggcctatattattgcaccaacaatggaacattcaaagtctggacatatatatacttgttatggtatcttagacatttggcacaaatccgataaatccatgcccccataacttgtgccattcacatggaagccagagcttag
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaatatacgcgcgtcccatcttctggtgaagctatgaactaattgacccttcccaatatctgtctatgtaaaacttgataaaataaaacagtC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAA-TGA-C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T---GGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-C-TCAAC-TCA-------C-A--A-----------A----CT--AA-CA-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------CA-GAC----A-ATA-A--T-T-AA----CTGAC--------A-C----AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-G-C-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A------A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-TCT-G-CA--CC---C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-A--TATA-------CTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------T-------------------------------------------------------------------T---G--AA-TCCA-TGCC--CC-AT--AAACTT-T---GC--A-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
gi|5 : gatgccgcacgagtgtaggaatccatttcactgctactataaacttaattactcctggtaaattattcggtaaatcattccaggctgtgcaaatgccctagaaatgatacgttaaatggtttggctttcaactgtgggtgtttgaacaatcgtatgacTATAT-AT-A-CC--GC----CCCACTA-C-------AAGCT-ACATGTATGAA-----TAA-TG--T-----C-CT--CC---CTGGATA---A-T---TTTTGC--T--CGG-----TGCTC-A--C----AAT-C-CTTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---TCT--AAACT-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAA----C-ACT-A----------C-CTGAC--------A-TC-CTAG-AAA----CA-G-T-T--------ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAAA-G---CCTA-----TCA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG---TG--GTGCG----------G-CTT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------A-----A-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAA-----CTTGC-----------AACTTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCACT------AACTCCATTT------A-------T---A--AATTTCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GCGCA-TCAGTC-AT--GGA----CA-AGGTT-TA-GCCA-GTT-T-GTCT-ACACGGAaaa
gi|6 : ctgtgcacgtgacaatagcacacccctagaatgattgcagtaaatgggttttgggccttcaaaactgtgggtgtttgagaacaCAACACTG-------A-A--A-----------GTGGACT--AA--G-----------TAAG-AGGA---------------AGAG--------GA--------C-ACT-A--A---AAA-CTCTGACTCATAACAG-CC-C-TG-AAATTAGGA-A-T-T--G-A---ATT--TGAGCA-GGT--CTACG-T-GAC-TCTCGAAAGG---CCTGAAATCTTA-AT-A-T-GAA-TTA-C----ACCTGG--CTGCTGTGCGATAGCACCATG-CCTTAACTTA---CTGCA-C-T-G-CAACCC-A-C-A-ATG-G-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-AC--ATAA-----CT
gi|7 : ccctcgaagaatgatgccagttataaatatgggtttggcttcagaaaactgtgtggtgtttgaaacatgttgtaataatcaccatttccaccaaacattctattgaaagactatgcagcacctcaatattccccgcgcctgtattaatttggtctctgaagtatcttacaacttaaactccatcaaactatctggcggcaTGTA--AT-A-C---GCAC--CCCACCC-CT--T-G-AAGCT-A------TGAG--C-TTAA-TG--C-----C-CTC-CC---C--GTTA---ATT---TG--CC--T--TGCGTTC-TGTTT-AAGCGTGAA-T-A-CATCG---CCG-------T-A--A-----------AT--ACC--GA-CGGA---------TAGT-CAGAGCAAACTAATGGCAGAGGG--------AG-CACACGGC-ACA-G--C-T-A-A-C-CTCAC--------A-CC-C--G-AAA----AA-G-T-T--T-TAGTAAT--T---CA-AGTA-TG--GCT-GAT-TGAAGAA--G---CCTA------------AAT-TAA-C-A-CACAAA---GT--TTA--GTGCG----------G-CCT--A--TATATT--TATT-T-GCCA--CC-A-C-A-ATA-G-A------A-----C-AAATAATAAAACCGAATAACATAAAAT-CCGG-AA-TAT-------CTTGC-----------A--CCT-----GT-T-TTA-ATATATTGAGTTT-------------T--------G--------GCACTAACTCAA---------------A-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--AA-GTT-T---GC-CA-CCA--T-AT--GGA----CG-T-GTT-atacttgcttc
gi|8 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgttTGTATCAT-A-C---GC----CCCACAT-CT--TTG-AAGCTCA------TGAAA-CGCTAA-TG--C-----CGCT--CCA--T--GATA---A-T---TC--GC--T--CGGG--A-TGCTC-AT-C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-AC-A-----------C---ACT--AA--G-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AGAAAA----AA-G-TCT--T-T--CATTGGT---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTCGAA-T-A-CT---A---GG--TTG--GTGCG----------G--CT--A--TA---T--CA-T-G-A-TG--CC-A-C---ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AA-TATAC-----GTTG------------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCAC-------A---------------AAACTGATT---A--AA-TCCATTGCCCTCCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCAAGC-AT--GGAAGACTA-A-GTTGTA-GCCATGTT-TGGCAT-ACACGGA
gi|9 : ttcaaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-GGAAGCT-A------TGAA--C-C--A-TG--C-----C-CTTCCC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--AATGCTC-A--C----A-TTC-CCTCAAC-CTG-------C-A--C-----------A---ACTTAAA-CA-----------TAGA--AGA---------------AGG---------AA-GAC----CCACTTA--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC---AG-AAA----AA-G-T----G-T--TATT------CA---T--CG--G-TTGAC-TT--GAA--GG--CCTA-----TTA-GTTAGT-GA--T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TAAT-T--CA-T-T-G-CAT-CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TAT-A-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-TAATGCGTA--------TC-------------T--------A--------G----------A---------------A------------------CCA-TGTT--CTCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-A---GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTTATGGCAT-ACACGGAtt
blockSeqs : C T G AGT GCGT T GG T G T CATGTA A G T AC ATGAA G TC GCGC CGT T TTC TT . TC TTC AAG GTGA A T G A CGAGAAATAATACCA TA A GCCAATTAAACT T GCAAACTAATGGCAG GAAGGGAA . ACGG C T ACTTC . T G TCATAACA T G T A TTAG T . C TATT GG GAG . AT AC CT T GAA GAAG AAATCTTA T C T G A ACAA CCT GT CT ATAGCACCAT C TA AC TAT TGC T C T C AC T C A G A A GAATC A TAATAAAACCGAATAACATAAAA . A CA AC . AC . C AA C TATTGAGT GTATCTTGAGTTTTGGCACAAACTCACAAACTCATATA T T CT AC A G GGC G T GT A . AGAC G G G G T A G A
blockSeqs : . . . C AC . C . . C . . . . A . . C GCGC . T CA TT . . GA TC . . . . A CGAGGAATAACACCA . . GGA . TT . . . . T TTAAA . . G . . . . . . . . . TAGT . . . G . TT T CTC GAAA AATTAT . . . T . T . . . . . . CT AT C T . T . T A . . . A A ACAT . G . . C AA . . . . A . . TAGAATTGGCACTAACTCCATTTATA . . . A . . . . . AG . . AGC . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTG . . . . . . AA TC . . . . . ATAGGAATAACACCA . . G . . . . . . . TTAA . . G . . . . . . . . . GATG . . . A . T . GAA GAAG TTA . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . A . . . A . CAA . . . . A TA . . . . C . . TTGAGTTTTGGCACAAACTCATATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . A TG . . . . . AAAGTGG . . T . . . . . . . TTAA . . C . . . . . . . . . TCGT . . . T . T . T AGG TTA . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . AA . . . . C AA . . . . A . . TTGAGGTTTGGCACAAACTCGTATC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . A TC . . . . . CGAGG . . G . . . . . . . CTAC . . G . . . . . . . . . TTAG . . . A . T . . GG TTA . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . AA . . . . C AA . . . . A . . TTAGACATTTGGCACAAATCCGATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . A TC . . . . . CGACA . . G . . . . . . . TTAA . . C . . . . . . . . . GT . . . . . T . . AG TTA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . C AC . . . . A . . TAGAATTGGGGCACAAACTCCTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . A AT . . . . . CCACA . . A . . . . . . . ATAA . . C . . . . . . . . . GT . . . . . T . . GG TTA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . C A . . . . C . . TAGAATTGGCACAAACTCCTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . A A . . . . . TAAAT . . T . . . . . . . TTAA . . G . . . . . . . . . GT . . . . . T . . G TCA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . C . . TAGAATTGGCACAAAACTGATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . A A . . . . . CACAC . . T . . . . . . . TTAA . . G . . . . . . . . . GT . . . . . T . . G TTA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . A A . . . . C . . TTAAGTTTTGGCACCAACTCAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . A A . . . . . CACA . . T . . . . . . . TTA . . G . . . . . . . . . GT . . . . . T . . G TTA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . T . . TGGCACTAACTCAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A A . . . . . CAAA . . G . . . . . . . AAA . . G . . . . . . . . . AT . . . . . T . . G TC . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . A . . TTAAGTTTTAGCACAA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . CAAA . . T . . . . . . . CTA . . C . . . . . . . . . GT . . . . . T . . G T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . C A . . . . A . . TAGCGTTCTA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . CACA . . G . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . GT . . . . . T . . G A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . A . . TGGCAC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . CAAA . . A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . GA . . . . . T . . G A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . A A . . . . T . . TAGAA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . CACA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . C A . . . . A . . TAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . . CACA . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . TAG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** CT**** ** A*** CACA************************ N*********** TTAA**** A********** A****** *********** ***** **
originalCons : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CC---C--GATA---A-T---TG--GC--T--CGGG--A-TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTG-------C-A--A-----------A---ACT--AA-CG-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AAA-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATAA-----CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
finalCons : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAA-TG--C-----C-CT--CCCT----GATA---A-T---TG--GC--T--CGGGA---TGCTC-A--C----A-T-C-CCTCAAC-CTGCACA------------------------ACT--AA-CN-----------TAGG-CAGA---------------AGGG--------AA-GAC----C-ACT-ATTAA----A-C-CTGAC--------A-CC-C-AG-AAA----AA-G-T-T--G-T--TATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C----A---GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-AA----------TC-AAA-----------------------T-CTGG-AC-TATA------CTTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAGATAGGGAGTGGCCCAATTTACCAGTGGTTTGACGGCAGGCAGAAATACTCCACACATGTCCAACCATTTGGGTCACCGCTAACCAGGAATCACCGCAGAGTTGTAATGAATTAATTCCATTACACCTGCATACCTATAA
Unaligned ( gi|25 ): ATTCTGGCATCTTGAGCTTTGGCACAAACAAAATTGCCCATACCCCATTAACTTGCC
Alignments
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lowQualScore : . . . ... .... . .. . . . ...... .. . .. . ..... . . . ......... ..... ... ... ... ................ .. .. ... ... . . . . . .......................... . .. . .. . .. ........ . .... . ........... . . ........ . . .... . . .... .. . .. ... . .. .. ... . ... . .. ... ......... . . . . . . .... .. .. .......... . .. .. ... ... . . . . .. . . . . . . ........... . ....................... . ........ . ........ . ........... .. ..... . .. . ........ ......................................................................... . . .. .. . . ... . . .. . .. .... . . . . . . . .
lowQualScore : 1 1 1 555 0000 9 33 7 5 7 888888 66 4 11 2 66666 4 2 2 666666666 88888 999 111 999 7777777777777777 22 44 222 999 5 5 5 2 5 44444444444444444444444444 2 00 1 22 1 99 55555555 4 0000 4 11111111111 4 8 11111111 4 1 2222 0 0 8888 88 0 88 555 0 88 88 888 0 000 0 88 000 000000000 0 0 0 0 0 0 8888 88 88 8888888888 0 88 55 222 444 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 22222222222 0 55555555555555555555555 0 99999999 0 11111111 0 55555555555 99 33333 1 00 2 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2 11 33 4 4 111 7 9 99 9 99 1111 1 1 1 6 0 0 0 0
consensus : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-CG-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------C-A-ACT--AA-CG-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC-CAGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
Reference ( family-825 ) : TGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-TG-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------C-A-ACT--AA-CN-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC-CAGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------GCAC-------A---------------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|1 : TGTAT-GA-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAAGC-A------TGAAACC-TTAAT--G-C-----CGC-T-CC------C-CG-----ATA---A---T---TG---------------GCGCT--CGGGCA-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------CTATACT--AA-CAATAGG-CAGA--AGGG--------AAAGAC----C-ACT-A--TGTAAAAC-CTGAC--------A-CC-CAGAAA----AA-GGTT--G-T--T-ATT--T---CAGAGT--CG--G-T-GAC-T---G-GA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTTGAA-T-A-C-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--AA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-AAATCTTA----TC-AAA-----------------------TCCTGG-----AC-TA-G-AACCCCCC-TTGCCCCAAAAAAATA--CTCCCCAAAT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------A--------G----------A---------------A-------------------CA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-G---GC-CA-TTA--C-ATGAGAA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|10 : aacccggatcgcccgccagagtaagtaagaaaagaatccactacaactactacctaataaaaacttaagtactcctggtaaattaatcatggatatcattcccaggctgtatgacatgcacacccctagaaaatgaatgcaagttaaaagggtctatagcttcaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-ATTA-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------T-AA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------T-TG-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCAAC-C-G----------C-A-----------C-A-ACT--AA-CG-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-T-AA-C-CTGAC--------A-CC-CAGAAA----GG-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GACTT---G-AAG-G---CCTA-----T--------------------A----AG--TTG--GTGCG----------GCCCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-ACC-A-ATG-GAA------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-T-A------CTTTGC--------------CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TA-------------T--------AGAATTG--GCAC-------AAACTCCT--------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCAA---AA-CTT-T---GC-CA-ACA--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGt
gi|11 : tttcaaaacttggtgttgaaacaTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-T-----C-C-T-CC------C-TG-----ATA---A---TCA-TT---------------GC--C--CGGG---CGCTCTC-CA-T-C-CCTTAAC-CTG----------C-GAGAAATAATACC-A-ACT--AA-CT-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-AACT-T-CA-C-AT-AC--------A-CC-CAGAAA----AA-G-TTTAT-T--T-ATT--T---CA-AGT--CA--G-T-GAC-TGAAG-AA--G---CCTA-------A-CT-AAT-GAA-T-A-C-A----GA--TTG--G-GCA----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATGAA-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGG-----AA-TA-T-A------C-TTTC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TCTTGAGTTT-----T--------G--------GCAC-------AAACTCAT--------A-------T---A--AG-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CCT-T---GC-C
gi|12 : caaagtgtgagtgtttcaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT--T--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C---T-CC------C-CG-----ATA---A---T---TG---------------GC--CTCCGGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCGAC-CTG----------C-A-----------A-A-ACT--AA-CG-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAA-C--TGAC--------A-CC-CAGAAA----AA-A-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGTG-CG--G---GAC-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCA-T-A-C-A----GG--TTG--GTGC-----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------GAATCTC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G-----------------------------------------AA-TCCA-TTGC--CCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GTA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGA
gi|13 : acaaTGTAT-AT-A-C---GC----CC-ACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C--G-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-CCTCGAC-CTG----------C-A-----------A-A-ACT--AA-CG-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GA-----C-ACT-A--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CCGCAGAAA----AA-A-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GCATT-A-C-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-TAA------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-AAG-GTA--------TC-------------T--------A--------G-----------------------------------------AA-TCCA-TG-C--CCCAT--AA-CTT-T---GC-AA-TCA--C-AT--GTA----CA-A--TT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtt
gi|14 : AT-AC-A-CAGTGT----CCCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------CAA-------AAT--G-TATGAAC-C-T-AC------C--G-----GTA---A---TTTCTT---------------GC--T--CGGG---CGCCCTC-CA-T-CGCCTTTAC-TTG----------C-GAGGAATAACGCC-A-ATTA-AA-CT-TAAG-TAGA--AGGG--------AA-GAC----C-AC--A--C-TACC-T-CTCAC--------A-CC-CAAGAC----AA-G-TTTAG-T--T-ATT--T---CA-AGT-----------AT-C---G--------------------------GT-GAA-T-A-C-A----GA--TTG--GTGCG----------G-TCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------C----TT--GT-----------------------T-CTGG--------TA-T--------C-TTG------------------------------A-GT---------TT-------------T--------G--------GCAC--------------------------------------AA-TCCA-TGCT--CCAGT--AA-CCT-T---
gi|15 : tacatgtatatgggtttggcttcaaactgtgggtgtttgTGTAT-AT-AGC---GC----CCCACCT-TTC-T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CCG-----CGCG-----ATA---A---T---T
gi|16 : gagtgcccaagtacccgggtggtgacggccagcaagtatcctcaaaatggtcaccgctagcccggatcgccacagagtgtaggaatatccgcattacacctgcctacctcataactattaagtactcctggtaattcttcaggataatcatcttcgccaggctgttgacaaatgcacacccctagaatgatcgcagttaaatgggtttggctttaaactgtgggtgtttgaaaca--T-G-AAGCT-A------TGA---C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-CG-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGG--A-TGCTC-A-CA---C-CCTCAACACTG----------CGA-----------C-A-ACT--AA-CA-TAAG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACTTA--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC--AGAAA----CA-G-T---G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG----T-GAC-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-TGA-C-A----GG--TTG---TGCT----------G-C-T--A--TA------CA-T-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TAAT-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT---------A--------TC-------------T--------A--------GCGT-------T---------------C-------T---A--GA--ACA-TGCC--CCCATA-AA-CTT-T---GC-CA-T-A--C-AT--GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTT-T-GCAT-ACACtgt
gi|17 : -AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CCG-----CGCG-----ATA---A---T---T
gi|17 : ----AA-T-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G---AAC-T---A-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A-C-A----GGGTTTG--GTGCT----------G-CCT--A--TA---T--CA-T-T-G-CA--CCTA-C-AGATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGGA----AC-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----ATCT-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTGGGGCAC-------A---------------AACTCCT-T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCATACAA-CTT-TGGCGC-AA-TCA--CAAT--GGA----CA-A-GTT-TAGGCCA-GTT-T-GCAT-ACACGGAtgttatttcaagtcggaactaaagcctattagtagtgaatacagggtttggtgctgcctatatcattgcacctacagatggaatcaaatctggaactatacttgcactcatctatggtatctagaattggggcacaaactccttaaatccatgcccccatacaactttggcgcaatcacaatggacaagtttaggccagtttgcatacacggat
gi|18 : aagctatgaacctaatgccctccgcgcgatT-A------TAAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-TG-----ATA---A---T---TATT-------------GC--A--CATG---TGCTCTG-TA-T-C-CCT--------------------------------------T--AA-CT-TAGG-CAGA--AGGT--------AA-GAC----C-ACT-A-------A-C-CTCCC--------A-CC-CAGAAA----AG-T-TT--A-T--T-AT---T---CA------------------------------------------------AGT-----T-A-C-A----GA--TTG--GTTAG----------G-CC---A--TA---T--CA-T-TTG-CA--CC-A-C-A-ATG-A-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AA-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTG-GTA--------CCGTATCTTGAGTTTT--------G--------GCAC-------AAACTCACAAACTCATA-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--t
gi|19 : -----------C-A-ACT--A--CT-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-G-------A-C-CT--C--------ATCC-CAGAAA----AG-G-TT------------------CG-AGTATCG--G-T-GAA-T---G-AA--GAAGCCTA-------A-GT-AAT-GAA-T-A-C-A----GA--TTG--GCGTG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-TTA-CA--CC-C-C-A-ATG-A-ACA----A----TC-AAA-----------------------T-C-GG-----AA-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTA-----AT-T-CTG-ATA--------TC-------------TTAAGTTTTA--------GCAC-------A---------------A---------------A-CTCA-TGCA--CCCAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--C-AT--GGA----C
gi|2 : cac---------------GC--T--CGGG---CGCTCTC-CA-T-C-CCTTAAC-CTA----------C-GAGGAATAACACC-A-ACT--AA-CT-TAGG-CAGATTAGGG--------AA-GAC----C-ACT--------AA-C-CTCAC--------A-TC-CAGAAA----AA-G-TT--GATG-T-ATT--T---CA-AGT--CC--A-T-GAC-T---G-AA--GAAACCTA-----TC---T-CAT-GAA-T-A-A-A----GA--TTG--GTGCG----------G-CAT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-C-A-ATG-A-A------A-------A----------------------------------------A-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-CTA-GTA--------TCTTGAGGTT-----T--------G--------GCAC-------A---------------AACTCG--T---ATCAA-TCCA-TGCC--CCCCT--AA-CCT-T---G
gi|20 : accaggattgccgcagagtgtaagaacatgtattacacctgccacctatgaagcttactactgctccttgtaaattatacaggaacaaatcattcccaagctgtgacaaatgcacaccctcagaatgatacaattaaatgggtttgggggcttcaaactgtggttgtttggtaattatacgccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC--------A-AC-GGGAAA----AA-G-TTTCG-T--C-ATT--T---CG-AGTA-CG--G-----C-T---G-A--------CT----------GT-AG---AA------------------------------------G-CCT--AACTA---A--CA-------CA--T--A-C-A-AT----A------A----TA-CTA-----------------------T-CCGA-----A--TA-T--------C-TTGC-----------A--CTT-----GT-T-TTA-GTA--------TC-------------TTAAGTTTTG--------GCACC------A---------------A-------CTCAA--AA-TTCA-TACC--CCTAT--AA-CCT-T---GC-CA-TCA--T-TT--GGA----CG-T-GTT-Tt
gi|22 : C-CAGAAA----A--G-TT-------T-ATT--T---CA-AAT--CG--G-T-GAC-T---G-AA--GAAGCCTA-------A-CC-AAT-GAA-T-A-C-A----GA--TTG--GCGCG----------A-CCT--A--TA---T--TATT-T-G-CA--CC-A-CAA-ATGAA-A------A----TCAAAA-----------------------T-CTGG-----AA-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-T-gttacatcaaggt
gi|23 : TGTAT-AT-A-C---GC----CGCACCT-CT--T-G-AAGCT-A------TGAA--C-CTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-TG-----ATA---AT--T---TT---------------GT--T--CGGG-A-TGCTC-A-GA-C-A-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------C-A-ACT--AA-CG-TAGG-CAGA--AGc
gi|24 : acaAT--G-C-----C-C-T-CC------C-TG-----ATACGTA---T---T----------------GC--T--C-GG-A-CGCTCTC-CA-T-C-CCTTAAC-CTGATAGGAATAAC-AC----------C-A-ACT--AA-CT-TAGG-CAGA--A
gi|3 : AT-AT-A-C---GCGCGTCCCATCTTCTGGT-G-AAGCT-A------TGAA--C--TAATTGA-C-----C-CTT-CCCAATATC-TGTCTATGTA---AAACT---TGATAAAATAAAACAGTGC--T--CGGGGA-TGCTA-A-CA-T-C-CCT--AC--TG----------CCA-----------C-A-ACT--AA-AG-TAGGTCAGA--AGAGGAAGGGAAAA-GAC------ACT-A--A-TAAA-C--TGAC--------A-CC-CAGAAA----AATG-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGTT-CA--G-T-GAC-T---G-AA--G---C-TAAA---TTATGT-AGT-GAA-T-AAC-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--TA-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------ACAT-TC-AAAG----------------------T-CTGG-----ACATA-T-A---------TAT-----------A--CTT-----GT-T-ATG-GTA--------TCTTAGACATT----T--------G--------GCAC-------AAATCCG---------A-------T---A--AA-TCCA-TGCC--CCCAT--AA-CTTGT---GC-CATTCA--C-AT--GGAAGC-CAGA-GCT-TA-G
gi|4 : atgctagcgataaatcatgcccagctgtgaaataagatggcacaccttagaattgatgcagttaccatgggttatggcttttcttgggtgttatgaaacattaC----CCCAC-T-CC--T-G-AAGCTTA------TAGA--C-CTAAT--GAC-----C-C-T-CC------C--G-----ATA---A---T---TG---------------GC--T---GGG-A-TGCTC-A-CA-T-C-C-TCAAC-TCA----------C-A-------------A-ACT--AA-CA-TAGG-CAGA--AGGG--------CA-GAC----A-ATA-A--T-TAA----CTGAC--------A-C---AGAAA----AA-G-TT--G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-G-C-T---G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGT-GAA-T-A---A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TA---T--CA-TCT-G-CA--CC---C-A-ATG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-----A--TA-T-A------C-T-GC-----------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------T-------------------------------------------------------------------T---G--AA-TCCA-TGCC--CC-AT--AAACTT-T---GC--A-TCA--C-CT--GGA----CA-A-GTT-TC-GCTA-GTT-T-GCATAACACGGA
gi|5 : gatgccgcacgagtgtaggaatccatttcactgctactataaacttaattactcctggtaaattattcggtaaatcattccaggctgtgcaaatgccctagaaatgatacgttaaatggtttggctttcaactgtgggtgtttgaacaatcgtatgacTATAT-AT-A-CC--GC----CCCACTA-C-------AAGCT-ACATGTATGAA-----TAAT--G-T-----C-C-T-CC------C-TGG----ATA---A---T---TTTT-------------GC--T--CGG----TGCTC-A-CAAT-C-CTTCAAC-CTG----------C-A-----------C-A-TCT--AAACT-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAA----C-ACT---------A-C-CTGAC--------ATCC-TAGAAA----CA-------G-T--T-ATT--T---CA-AGT--CG--G-T-GAC-T---GAAA--G---CCTA-----TCA-GT-AGT-GAA-T-A-C-A----GG---TG--GTGCG----------G-CTT--A--TA---T---A-T-T-G-CA--CCAA-C-A-ATG-G-A------A-----A-AAA-----------------------T-CTGG-----AA-TA-TAA------C-TTGC-----------AACTTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCACT------AACTCCATTT------A-------T---A--AATTTCA-TGCC--CCCAT--AA-CTT-T---GCGCA-TCAGTC-AT--GGA----CA-AGGTT-TA-GCCA-GTT-T-GTCT-ACACGGAaaa
gi|6 : ctgtgcacgtgacaatagcacacccctagaatgattgcagtaaatgggttttgggccttcaaaactgtgggtgtttgagaaca-ACT--AA--G-TAAG-AGGA--AGAG--------GA--------C-ACT-A--A--AAA-CTCTGACTCATAACAG-CC-CTGAAATTAGGA-A-TT--G-A----ATT--TGAGCA-GGT--CTACG-T-GAC-TCTCG-AAAGG---CCTGAAATCTTA-AT-A-T-GAA-TTA-C-ACCT-GG--CTGCTGTGCGATAGCACCATG-CCTTAACTTA---CTGCA-C-T-G-CAACCC-A-C-A-ATG-G-A------A----TA-AAA-----------------------T-CTGGACATAAC-TA-T-A------C-TTGC-----------
gi|7 : ccctcgaagaatgatgccagttataaatatgggtttggcttcagaaaactgtgtggtgtttgaaacatgttgtaataatcaccatttccaccaaacattctattgaaagactatgcagcacctcaatattccccgcgcctgtattaatttggtctctgaagtatcttacaacttaaactccatcaaactatctggcggcacaacactgaaagtggTGTA--AT-A-C---GCAC--CCCACCC-CT--T-G-AAGCT-A------TGAG--C-TTAAT--G-C-----C-C-T-CC------C-CG-----TTA---A---T---TT---------------GC--ttc
gi|7 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgttG----------C-A-------------A-ACT--AA-T----GG-CAGA---GGG--------AG-CACACGGC-ACA-G--C-TAA--C-CTCAC--------A-CC-C-GAAA----AA-G-TT--T-TAGT-AAT--T---CA-AGTA-TG--GCT-GAT-T---G-AA--GAAGCCTA------------AAT-TAA-C-A-C-ACAAAGT--TTA--GTGCG----------G-CCT--A--TATATT--TATT-T-GCCA--CC-A-C-A-ATA-G-A------A-----C-AAATAATAAAACCGAATAACATAAAAT-CCGG-----AA-TA-T--------C-TTGC-----------A--CCT-----GT-T-TTA-ATATATTGAGTTT-------------T--------G--------GCACTAACTCAA---------------A-------T---A--AA-TTCA-TGCC--CCCAT--AA-GTT-T---GC-CA-CCA--T-AT--GGA----CG-T-GTT-cttgcgttctgtttaagcgtgaatacatcgccgtaaataccgacggatagtcagagcaaactaatggcagagggagcacacggcacagctaacctcacacccgaaaaagttttagtaattcaagtatggctgattgaagaagcctaaattaacacacaaagtttagtgcggcctatatatttatttgccaccacaatagaacaaataataaaaccgaataacataaaatccggaatatcttgcacctgttttaatatattgagttttggcactaactcaaataaattcatgcccccataagtttgccaccatatggacgtgtt
gi|8 : gttgcaatgggttggctcgaaactgtgggtgtttgtaatacgcaccccaccccttgaagctatgagcttaatgccctccccgttaatttgccttgcgttctgtttaagcgtgaatacatcgccgtaaataccgacggatagtcagaTGTATCAT-A-C---GC----CCCACAT-CT--TTG-AAGCTCA------TGAAA-CGCTAAT--G-C-----CGC-T-CC------A-TG-----ATA---A---T---TC---------------GC--T--CGGG-A-TGCTC-ATCA-T-C-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------C-ACACT--AA--G-TAGG-CAGA--AGGG--------AA-GAC----C-ACT-A--T-TAAAAC-CTGAC--------A-CC-CAGAAA----AAAG-TC--T-T--TCATTGGT---CA-AGT--CG--G-T-GAC-TT--G-AA--G---CCTA-----TTA-GT-AGTCGAA-T-A-CTA----GG--TTG--GTGCG----------G-C-T--A--TA---T--CA-T-G-A-TG--CC-A-C-A--TG-G-A------AA---TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AA-TA-T-A------CGTTG------------A--CTC-----AT-T-ATG-GTA--------TC-------------T--------AGAATTG--GCAC-------A---------------AAACTGATT---A--AA-TCCATTGCCCTCCCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCAAGC-AT--GGAAGACTA-A-GTTGTA-GCCATGTT-TGGCAT-ACACGGA
gi|9 : ttcaaaactgtgggtgttttgaaacaTGTAT-AT-A-C---GC----CCCACCT-CT--T-GGAAGCT-A------TGAA--C-C--AT--G-C-----C-C-TTCC------C-CG-----ATA---A---T---TG---------------GC--T--CGGG-AATGCTC-A-CA-TTC-CCTCAAC-CTG----------C-A-----------C-A-ACTTAAA-CA-TAGA--AGA--AGG---------AA-GAC----CCACTTA--T-TAAA-C-CTGAC--------A-CC--AGAAA----AA-G-T---G-T--T-ATT------CA---T--CG--G-TTGAC-TT--G-AA--GG--CCTA-----TTA-GTTAGT-GA--T-A-C-A----GG--TTG--GTGCG----------G-CCT--A--TAAT-T--CA-T-T-G-CAT-CC-A-C-A-ATG-G-A------A----TC-AAA-----------------------T-CTGG-----AC-TA-T-A------C-TTGC-----------A--CTC-----AT-TAATGCGTA--------TC-------------T--------A--------G----------A---------------A------------------CCA-TGTT--CTCAT--AA-CTT-T---GC-CA-TCA--C-A---GGA----CA-A-GTT-TA-GCTA-GTTATGGCAT-ACACGGAtt
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Unaligned ( gi|21 ): CAAGATAGGGAGTGGCCCAATTTACCAGTGGTTTGACGGCAGGCAGAAATACTCCACACATGTCCAACCATTTGGGTCACCGCTAACCAGGAATCACCGCAGAGTTGTAATGAATTAATTCCATTACACCTGCATACCTATAA
Unaligned ( gi|25 ): ATTCTGGCATCTTGAGCTTTGGCACAAACAAAATTGCCCATACCCCATTAACTTGCC