lowQualScore : 11 111 111 11111111 11 11111111111111
lowQualScore : 55 888 33 66 55 2 444 2 2 2 444 5555 33 33 2 333 55 33 2 5 2 2 777 111 99 2 2 444 22222222 5 88 88 2 88888888888888 2 2 66 2 33 66 2 2 2 3
lowQualScore : .. ... .. .. .. . ... . . . ... .... .. .. . ... .. .. . . . . ... ... .. . . ... ........ . .. .. . .............. . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 55 444 44 33 99 4 111 4 4 4 333 0000 22 22 5 999 99 44 5 0 5 5 888 222 44 5 5 444 11111111 3 00 11 7 33333333333333 7 7 33 9 99 88 9 9 9 1
consensus : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---A-N------G-CAG--A-NAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
Reference ( gi|6 ) : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---A-A------G-CAG--A-TAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|9 : CATGCA--GAA-AACACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATTTA--TT----A--T--G-AAAATAAAAT--AA--AAT--AA-G-TTAAG--A-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAGAA---A-A------G-CAG--A-------T--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-
gi|3 : cCATGCA--AGA-A-CACACA--TATA--TAT--ACATA-T---TT---CA-CAC-TAAA--TTTTATA--T--G-AAAATAAATA--AATTAATTAAATG-TTAAA-AA-ATTTT---AC---AT--CCAA-CAG-A---A-A------G-CAGC-A-TAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--AAGC-AAGG-CA-TTTTA-AATACAAcaca
gi|13 : cCATGCA--GAA-A-CGTACA----TA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAAAATT----A--T--G-AAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTGTC-AT---AT--TCAA-CAG-T---A-T------G-CAGA-A-GAAA-TT--------------A-AAAG-C--AAT
gi|4 : cCATGCATCGAA-----CATC-ATATA--TAC--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATA-----T----A--T--T-AATATAAATAATAA--AAT--AA-G-TTAAG-AAGATTTG---ACGTGAT--TTCA-CAG-A---A-T------GTCAGGAA-GAAA-TT--------------AGAAAG-C--AATT-C--A--C-AAAG-CAGTTCTA-AATACc
gi|1 : ctcCATGCC--AAA-A-CA-ACA-ATATA--TAT--ATATA-TATATT-A-CA-CACATAAA--TT----A--TATG-AAAATAATTG--AA--AGC--TA-G-TTAAG-AA-ATTTG---A----ATTATTAA-CAG-ATTGA-ACGACATG-TAGCAA-GAAA-TT--------------A-AAA--C--AATT-C--AC-C-AAAG-CA--TTTA-AATACAA
gi|2 : tcATGCA--GAA-A--ACACA-ATATAA-TAT--ATATAAT---TT-AACA-C-CATGA---TT-------T--G-AAA-TAAATA--AC--AAT--AA-GCTTAAG-CA-ATTTG---AC---AT--CCA--CAG-A---C-A------G-CAG--A-TAAA-TTAAAACAAAGAAAGAA-AAAG-TCAAATT-C--C--C-CAGGCCA-TTTTA-TATACAA
gi|7 : TGCA--GAA-A-CACACA--TATA--TATT-ACATA-T---TTTA-CA-CACATTAA--TA----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CCG-A---A-A------G-CAG--A-TAAATTT--------------A-AAAG-C--AATC-------C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|8 : GCA--GAA-A-CACACATATATG--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAA-AATTA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CGAA-CAG-A---A-T------G-CAG--A-TAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT----A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|5 : GCA--GAAGA-CACACACATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CAGTACATAAA--TT----A--T--GAAAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC----T--CCAA-CAG-A---A-A------GTCAG--A-TAAA-TT----------------AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTATAATACAA
gi|18 : GCA--GAA---CAC-CT-GTATA--TAT--ACATG-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--
gi|11 : -CACACC--TATAAGTATTAACA-A-T---TT-A-CA-CACATAA---TT----A--T--G-AAAA-AAATA--AA--TAT-----GCTTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA--AG-A---A-T------G-CAG--A-TAAA--T--------------A-AAAGCC--AATTCC--A--CAAAGG-CA-TT
gi|17 : CACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AATATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---A-A------aaaaca
gi|10 : -ACATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----AGTT--G-GAAAAAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAGAAA-ATTTG---ACAT-AT--TCAA-TTA-G---A-T------G-CAGA-A-GAAA-TTA-------------A-AAAG-C--AATT-CCAA--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAAagttggcgacaa
gi|12 : ATA--TAT--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--A-T--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---ATATTCAA-TAG-A---A-T------G-CAG--AAGAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|14 : c--TAT--ACATG-T---TA-A-GA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAAT-AATT--AA--AAT---A-G-T--AG-AA-ATTTGAACAT---AT--TCAACCAA-A---ATA------A-CAG--A-GAAA-TT--------------A-AAA--C--ATTT-C--A--C-AAAG-CA-TTTTA-AATACA
gi|16 : AT--ACATA-T---TT-A-CA-C-CATAA---TT----A--T--G-AAAATAAATA--AAT-AAT--A----TTAG---A-GTTTG---AC---ATT-CCGA-AAG-A---A-A--------CAG--A-TAAT-TT--------------T-AA-G-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AA
gi|15 : -T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAAT---GA--TAT--AA-G-TTAAG-AA-ATATG---ACAA-AT--TCAA-AAG-A---A-T------G-CAGA-A-GAAA-TT--------------A-AAAG-CA-AACT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AAT
Alignments
lowQualScore : 11 111 111 11 11111111111111
lowQualScore : 55 666 11 55 33 2 333 2 2 2 333 4444 33 33 2 222 55 33 2 4 2 2 777 000 88 2 2 999999999 33 5 66 55 2 77777777777777 2 2 55 2 33 66 2 2 2 2
lowQualScore : .. ... .. .. .. . ... . . . ... .... .. .. . ... .. .. . . . . ... ... .. . . ......... .. . .. .. . .............. . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 00 999 11 99 22 2 999 2 2 2 666 7777 11 11 4 666 66 22 4 7 4 4 444 666 88 4 4 444444444 44 0 99 99 5 22222222222222 5 5 99 7 77 33 7 7 7 9
consensus : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
Reference ( family-799 ) : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|1 : CATGCC--AAA-A-CA-ACA-ATATA--TAT--ATATA-TATATT-A-CA-CACATAAA--TT----A--TATG-AAAATAATTG--AA--AGC--TA-G-TTAAG-AA-ATTTG---A----ATTATTAA-CAG-ATTGAACGACA-TG-TAGCAAG-AAA-TT--------------A-AAA--C--AATT-C--AC-C-AAAG-CA--TTTA-AATACAA
gi|10 : tc-ACATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----AGTT--G-GAAAAAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAGAAA-ATTTG---ACAT-AT--TCAA-TTA-G---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TTA-------------A-AAAG-C--AATT-CCAA--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|11 : -CACACC--TATAAGTATTAACA-A-T---TT-A-CA-CACATAA---TT----A--T--G-AAAA-AAATA--AA--TAT-----GCTTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA--AG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA--T--------------A-AAAGCC--AATTCC--A--CAAAGG-CA-TT
gi|12 : ATA--TAT--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--A-T--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---ATATTCAA-TAG-A---------A-TG-CAG--AAGAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAAaaaaca
gi|13 : cCATGCA--GAA-A-CGTACA----TA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAAAATT----A--T--G-AAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTGTC-AT---AT--TCAA-CAG-T---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AAT
gi|14 : c--TAT--ACATG-T---TA-A-GA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAAT-AATT--AA--AAT---A-G-T--AG-AA-ATTTGAACAT---AT--TCAACCAA-A---------ATAA-CAG--AG-AAA-TT--------------A-AAA--C--ATTT-C--A--C-AAAG-CA-TTTTA-AATACAc
gi|15 : -T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAAT---GA--TAT--AA-G-TTAAG-AA-ATATG---ACAA-AT--TCAA-AAG-A---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-CA-AACT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AAT
gi|16 : AT--ACATA-T---TT-A-CA-C-CATAA---TT----A--T--G-AAAATAAATA--AAT-AAT--A----TTAG---A-GTTTG---AC---ATT-CCGA-AAG-A---------A-A--CAG--AT-AAT-TT--------------T-AA-G-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AA
gi|17 : CACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AATATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-
gi|18 : GCA--GAA---CAC-CT-GTATA--TAT--ACATG-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--aagttggcgacaa
gi|2 : ATGCA--GAA-A--ACACA-ATATAA-TAT--ATATAAT---TT-AACA-C-CATGA---TT-------T--G-AAA-TAAATA--AC--AAT--AA-GCTTAAG-CA-ATTTG---AC---AT--CC-A-CAG-A---------C-AG-CAG--AT-AAA-TTAAAACAAAGAAAGAA-AAAG-TCAAATT-C--C--C-CAGGCCA-TTTTA-TATACAA
gi|3 : CATGCA--AGA-A-CACACA--TATA--TAT--ACATA-T---TT---CA-CAC-TAAA--TTTTATA--T--G-AAAATAAATA--AATTAATTAAATG-TTAAA-AA-ATTTT---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAGC-AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--AAGC-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|4 : cCATGCATCGAA-----CATC-ATATA--TAC--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATA-----T----A--T--T-AATATAAATAATAA--AAT--AA-G-TTAAG-AAGATTTG---ACGTGAT--TTCA-CAG-A---------A-TGTCAGGAAG-AAA-TT--------------AGAAAG-C--AATT-C--A--C-AAAG-CAGTTCTA-AATAC
gi|5 : ctcGCA--GAAGA-CACACACATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CAGTACATAAA--TT----A--T--GAAAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC----T--CCAA-CAG-A---------A-AGTCAG--AT-AAA-TT----------------AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTATAATACAA
gi|6 : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|7 : TGCA--GAA-A-CACACATATATA--T-T--ACATA-T---TTTA-CA-CACATTAA--TA----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CCG-A---------A-AG-CAG--AT-AAATTT--------------A-AAAG-C--AATC-------C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|8 : GCA--GAA-A-CACACATATATG--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAA-AATTA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CGAA-CAG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT----A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|9 : CATGCA--GAA-AACACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATTTA--TT----A--T--G-AAAATAAAAT--AA--AAT--AA-G-TTAAG--A-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAGAA---------A-AG-CAG--A-------T--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-
Alignments
lowQualScore : 11 111 111 11 11111111111111
lowQualScore : 55 666 11 55 33 2 333 2 2 2 333 4444 33 33 2 222 55 33 2 4 2 2 777 000 88 2 2 999999999 33 5 66 55 2 77777777777777 2 2 55 2 33 66 2 2 2 2
lowQualScore : .. ... .. .. .. . ... . . . ... .... .. .. . ... .. .. . . . . ... ... .. . . ......... .. . .. .. . .............. . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 00 999 11 99 22 2 999 2 2 2 666 7777 11 11 4 666 66 22 4 7 4 4 444 666 88 4 4 444444444 44 0 99 99 5 22222222222222 5 5 99 7 77 33 7 7 7 9
consensus : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
Reference ( family-799 ) : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|1 : CATGCC--AAA-A-CA-ACA-ATATA--TAT--ATATA-TATATT-A-CA-CACATAAA--TT----A--TATG-AAAATAATTG--AA--AGC--TA-G-TTAAG-AA-ATTTG---A----ATTATTAA-CAG-ATTGAACGACA-TG-TAGCAAG-AAA-TT--------------A-AAA--C--AATT-C--AC-C-AAAG-CA--TTTA-AATACAA
gi|10 : tc-ACATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----AGTT--G-GAAAAAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAGAAA-ATTTG---ACAT-AT--TCAA-TTA-G---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TTA-------------A-AAAG-C--AATT-CCAA--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|11 : -CACACC--TATAAGTATTAACA-A-T---TT-A-CA-CACATAA---TT----A--T--G-AAAA-AAATA--AA--TAT-----GCTTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA--AG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA--T--------------A-AAAGCC--AATTCC--A--CAAAGG-CA-TT
gi|12 : ATA--TAT--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--A-T--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---ATATTCAA-TAG-A---------A-TG-CAG--AAGAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAAaaaaca
gi|13 : cCATGCA--GAA-A-CGTACA----TA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAAAATT----A--T--G-AAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTGTC-AT---AT--TCAA-CAG-T---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AAT
gi|14 : c--TAT--ACATG-T---TA-A-GA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAAT-AATT--AA--AAT---A-G-T--AG-AA-ATTTGAACAT---AT--TCAACCAA-A---------ATAA-CAG--AG-AAA-TT--------------A-AAA--C--ATTT-C--A--C-AAAG-CA-TTTTA-AATACAc
gi|15 : -T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAAT---GA--TAT--AA-G-TTAAG-AA-ATATG---ACAA-AT--TCAA-AAG-A---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-CA-AACT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AAT
gi|16 : AT--ACATA-T---TT-A-CA-C-CATAA---TT----A--T--G-AAAATAAATA--AAT-AAT--A----TTAG---A-GTTTG---AC---ATT-CCGA-AAG-A---------A-A--CAG--AT-AAT-TT--------------T-AA-G-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AA
gi|17 : CACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AATATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-
gi|18 : GCA--GAA---CAC-CT-GTATA--TAT--ACATG-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--aagttggcgacaa
gi|2 : ATGCA--GAA-A--ACACA-ATATAA-TAT--ATATAAT---TT-AACA-C-CATGA---TT-------T--G-AAA-TAAATA--AC--AAT--AA-GCTTAAG-CA-ATTTG---AC---AT--CC-A-CAG-A---------C-AG-CAG--AT-AAA-TTAAAACAAAGAAAGAA-AAAG-TCAAATT-C--C--C-CAGGCCA-TTTTA-TATACAA
gi|3 : CATGCA--AGA-A-CACACA--TATA--TAT--ACATA-T---TT---CA-CAC-TAAA--TTTTATA--T--G-AAAATAAATA--AATTAATTAAATG-TTAAA-AA-ATTTT---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAGC-AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--AAGC-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|4 : cCATGCATCGAA-----CATC-ATATA--TAC--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATA-----T----A--T--T-AATATAAATAATAA--AAT--AA-G-TTAAG-AAGATTTG---ACGTGAT--TTCA-CAG-A---------A-TGTCAGGAAG-AAA-TT--------------AGAAAG-C--AATT-C--A--C-AAAG-CAGTTCTA-AATAC
gi|5 : ctcGCA--GAAGA-CACACACATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CAGTACATAAA--TT----A--T--GAAAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC----T--CCAA-CAG-A---------A-AGTCAG--AT-AAA-TT----------------AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTATAATACAA
gi|6 : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|7 : TGCA--GAA-A-CACACATATATA--T-T--ACATA-T---TTTA-CA-CACATTAA--TA----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CCG-A---------A-AG-CAG--AT-AAATTT--------------A-AAAG-C--AATC-------C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|8 : GCA--GAA-A-CACACATATATG--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAA-AATTA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CGAA-CAG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT----A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|9 : CATGCA--GAA-AACACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATTTA--TT----A--T--G-AAAATAAAAT--AA--AAT--AA-G-TTAAG--A-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAGAA---------A-AG-CAG--A-------T--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-
blockSeqs : TC GA CA AG TA A . T A G AAA TTAT GT . A AAT TT TA T C A G AAC GTG AT C A . TA T GA AG T AAAACAAAGAAAGA G C CA C CA AG A C G T
blockSeqs : . AA TA A . . . . . . A . . . . A T . . C . . TC AT T . . . T T A G . A . . A . . . . . . .
blockSeqs : . A TA . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . AA . . . . T . A T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . T . A G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . T . C G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A G . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A A . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ** ** ********* ** **
originalCons : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
finalCons : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
Alignments
lowQualScore : 11 111 111 11 11111111111111
lowQualScore : 55 666 11 55 33 2 333 2 2 2 333 4444 33 33 2 222 55 33 2 4 2 2 777 000 88 2 2 999999999 33 5 66 55 2 77777777777777 2 2 55 2 33 66 2 2 2 2
lowQualScore : .. ... .. .. .. . ... . . . ... .... .. .. . ... .. .. . . . . ... ... .. . . ......... .. . .. .. . .............. . . .. . .. .. . . . .
lowQualScore : 00 999 11 99 22 2 999 2 2 2 666 7777 11 11 4 666 66 22 4 7 4 4 444 666 88 4 4 444444444 44 0 99 99 5 22222222222222 5 5 99 7 77 33 7 7 7 9
consensus : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
Reference ( family-799 ) : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-NG-CAG--AN-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|1 : CATGCC--AAA-A-CA-ACA-ATATA--TAT--ATATA-TATATT-A-CA-CACATAAA--TT----A--TATG-AAAATAATTG--AA--AGC--TA-G-TTAAG-AA-ATTTG---A----ATTATTAA-CAG-ATTGAACGACA-TG-TAGCAAG-AAA-TT--------------A-AAA--C--AATT-C--AC-C-AAAG-CA--TTTA-AATACAA
gi|10 : tc-ACATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----AGTT--G-GAAAAAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAGAAA-ATTTG---ACAT-AT--TCAA-TTA-G---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TTA-------------A-AAAG-C--AATT-CCAA--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|11 : -CACACC--TATAAGTATTAACA-A-T---TT-A-CA-CACATAA---TT----A--T--G-AAAA-AAATA--AA--TAT-----GCTTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA--AG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA--T--------------A-AAAGCC--AATTCC--A--CAAAGG-CA-TT
gi|12 : ATA--TAT--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--A-T--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---ATATTCAA-TAG-A---------A-TG-CAG--AAGAAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAAaaaaca
gi|13 : cCATGCA--GAA-A-CGTACA----TA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAAAATT----A--T--G-AAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTGTC-AT---AT--TCAA-CAG-T---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AAT
gi|14 : c--TAT--ACATG-T---TA-A-GA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAAT-AATT--AA--AAT---A-G-T--AG-AA-ATTTGAACAT---AT--TCAACCAA-A---------ATAA-CAG--AG-AAA-TT--------------A-AAA--C--ATTT-C--A--C-AAAG-CA-TTTTA-AATACAc
gi|15 : -T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAAT---GA--TAT--AA-G-TTAAG-AA-ATATG---ACAA-AT--TCAA-AAG-A---------A-TG-CAGA-AG-AAA-TT--------------A-AAAG-CA-AACT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AAT
gi|16 : AT--ACATA-T---TT-A-CA-C-CATAA---TT----A--T--G-AAAATAAATA--AAT-AAT--A----TTAG---A-GTTTG---AC---ATT-CCGA-AAG-A---------A-A--CAG--AT-AAT-TT--------------T-AA-G-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AA
gi|17 : CACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AATATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-
gi|18 : GCA--GAA---CAC-CT-GTATA--TAT--ACATG-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--aagttggcgacaa
gi|2 : ATGCA--GAA-A--ACACA-ATATAA-TAT--ATATAAT---TT-AACA-C-CATGA---TT-------T--G-AAA-TAAATA--AC--AAT--AA-GCTTAAG-CA-ATTTG---AC---AT--CC-A-CAG-A---------C-AG-CAG--AT-AAA-TTAAAACAAAGAAAGAA-AAAG-TCAAATT-C--C--C-CAGGCCA-TTTTA-TATACAA
gi|3 : CATGCA--AGA-A-CACACA--TATA--TAT--ACATA-T---TT---CA-CAC-TAAA--TTTTATA--T--G-AAAATAAATA--AATTAATTAAATG-TTAAA-AA-ATTTT---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAGC-AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--AAGC-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|4 : cCATGCATCGAA-----CATC-ATATA--TAC--A-ATA-T---TT-A-CA-CACATA-----T----A--T--T-AATATAAATAATAA--AAT--AA-G-TTAAG-AAGATTTG---ACGTGAT--TTCA-CAG-A---------A-TGTCAGGAAG-AAA-TT--------------AGAAAG-C--AATT-C--A--C-AAAG-CAGTTCTA-AATAC
gi|5 : ctcGCA--GAAGA-CACACACATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CAGTACATAAA--TT----A--T--GAAAAATAAAT---AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC----T--CCAA-CAG-A---------A-AGTCAG--AT-AAA-TT----------------AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTATAATACAA
gi|6 : CATGCA--GAA-A-CACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAG-A---------A-AG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|7 : TGCA--GAA-A-CACACATATATA--T-T--ACATA-T---TTTA-CA-CACATTAA--TA----A--T--G-AAAATAAATA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CCAA-CCG-A---------A-AG-CAG--AT-AAATTT--------------A-AAAG-C--AATC-------C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|8 : GCA--GAA-A-CACACATATATG--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATAAA--TT----A--T--G-AAAA-AATTA--AA--AAT--AA-G-TTAAG-AA-ATTTG---AC---AT--CGAA-CAG-A---------A-TG-CAG--AT-AAA-TT--------------A-AAAG-C--AATT----A--C-AAGG-CA-TTTTA-AATACAA
gi|9 : CATGCA--GAA-AACACACA-ATATA--TAT--ACATA-T---TT-A-CA-CACATTTA--TT----A--T--G-AAAATAAAAT--AA--AAT--AA-G-TTAAG--A-ATTTG---AC---AT--CCAA-CAGAA---------A-AG-CAG--A-------T--------------A-AAAG-C--AATT-C--A--C-AAGG-CA-TTTTA-