lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 33333333333333333333333333333333333333 444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222 555555555555555555 1 1111 1111111
lowQualScore : 2 44 2 44 2 77 22 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 0 9999999999999999 0 111 111 1 11 33333333333333333333333333333333333333 22 333 0 66666 0 2 0 333333 11 0 333333 33333333333333 11 1 333 444444444444444444444444444444444444444 1111 4444 0 44 0 88888888888888 0 11 0 33333 66666666 6666666666666666666666 11 111 2 11 0 77777777777 222222 0 1 777 1 111111111111111111 1 222 11 2 5555555555 22 88 2 3 4444 9999999 6 6
lowQualScore : . .. . .. . .. .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. . ................ . ... ... . .. ...................................... .. ... . ..... . . . ...... .. . ...... .............. .. . ... ....................................... .... .... . .. . .............. . .. . ..... ........ ...................... .. ... . .. . ........... ...... . . ... . .................. . ... .. . .......... .. .. . . .... ....... . .
lowQualScore : 4 88 4 99 2 11 55 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 9 0000000000000000 8 555 555 7 22 88888888888888888888888888888888888888 22 666 8 44444 8 3 8 000000 11 8 000000 22222222222222 99 6 222 666666666666666666666666666666666666666 6666 2222 7 22 8 66666666666666 9 22 9 88888 99999999 5555555555555555555555 22 666 8 33 9 33333333333 777777 9 0 111 1 222222222222222222 2 111 66 4 8888888888 99 11 1 1 6666 0000000 0 0
consensus : CTTCA-CG-TG-AA-NT-TCAC--GT--G-AAT--------AG------AAT-T-A--CT----AT----T----CA---TG--A-ATT-T-CAC--GT-----T---------N--A---GCGC-------T---G-----T-T-CA-CG--TGAA--A-------TTCG----------C-GTT--------A---T----A---------AATT-TC---A--T-N-TG--AA--NT-C-----TATT--T---G--TG------AAAT--T----TA----CA---------TT---AA--CG---CG-------TN------T---CA---T---------G---------C---A--T---CAC--T-T---------T--------TCA-CG--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----N-A---A-N---AA--------T---T-----T----C-A--C-G--T-G--AATT----T-C----A-C------GT--G---A----A-GTG-T-----------TN---T-TCAC-G-T-G------A-A--A--------A------A---T--T----T----A---A---C---------G-T---GA-----A---T------T---T-CA-TG--------T-----G--A---------T---T----C-A----------A----T---------------T------T------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------N-A-----A---------C---A-A--------T--T---T----C----A--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----G--T-N---A-N---T----------G---T--T---GTT-----CA--C--GTGA--A--TT---T----T------A------ACA--T-AA-----A---T--TC--C---A--CG--T---GAA-T----C---------AC----T-TT--T-CACG---------T------GAA-A---T---TCACG--T---T--A-----A------C---A--A-----T-----T--T---C-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------G-T--G--------C-T-----------A----T----T----C-A-CGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----T-----T--AA-T-------A----A---T---T--TC---A-C--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--TG-AA------A--T--AA----TTC-A---C--G-TGA----------GG--CACA-NT-TGCCTGTGTA---CAT-TT-CTTCTTTCTTAAA
Reference ( gi|4 ) : CTTCA-CA-TG-AA-TT-TCAC--AT--G-AAT--------AG-----CAAT-TGA--CT----AT----C----CA---TG--A-ATT-T-CAC--AT-----T---------T--A---GTGT-------T---G-----T-T-CA-CA--TGAA--A-------TTTA----------T-GTT--------A---T----A---------AATT-TC---A--T-C-TG--AA--GTGC-----TGTT--T---G--TG------AAAT--T----TG----TA---------TT---AA--TG---CG-------TG------T---CA---T---------G---------C---A--T---CAC--T-T---------T--------TCA-CG--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----C-A---A-C---AA--------T---T-----T----C-A--T-G--T-G--AATT----T-C----A-C------AT--T---A----A-GTG-T-----------TG---T-TCAC-G-T-G------A-A--A--------A------A---T--T----T----A---A---C---------A-T---AA-----A---T------T---C-CA-TG--------C-----G--A---------T---T----C-A----------A----T---------------T------T------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------C-A-----A---------C---A-A--------T--T---T----C----A--T-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----A--T-T---A-T---T----------G---T--T---GTT-----CA--C--GTGA--A--TT---T----T------A------ACA--T-AA-----G---T--TC--C---A--TG--T---GAG-T----C---------AC----T-TT--T-CACG---------G------GAA-A---T---TCATG--T---T--A-----A------C---A--A-----T-----T--T---C-A--T--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------G-T--G--------C-T-----------A----T----T----C-A-TGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----T-----T--AA-T-------A----A---T---T--TC---A-C--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CA--TG-AA-----CA-GT--AA----TTC-A---C--G-TGA----------GG--CACA-TT-TGCCGGTGTA---CAT-TC-CCCCCTCCTTAAAAAAAATAAATT
gi|5 : CCTCA-CA-TG-AA-TT-TCAC--GT--G-AATTTTCTGTGAA------AAT-T----TT----A-----A----CA---TG--A-ATT-T-CAC--GT-----TAAAAGAGCATCAA---ATGT-----------GAA---T-T-CA-CA--TAAA--AAAAA---TTCA----------C-GT------------------G---------AATT-TC---A--T-G-TG--AA--ATG------TGCT--T---CATTG------AAA---------------A---------TT---CA-------CG-------TG---------------------------------------A--A---CAC--T-T---------G--------TCA-CG--TGAA---AT-T--CA-T-GT-----G-A---A-C---AA--------T---T-----T----C-ACTC-G--T-G--AATT----T-C----A-C------GT--GA--A----A-GTG-C-----------TG---T-TACC-G-T-G------A-A--A----------------------T----T----A---A---C---------G-T---GA-----A---T------T-----TA-TG---------------------------T---T----G-A----------AAATCT---------------T------T------T--A-----A-CGTG-A-AAT-----T-----T-CAGCG--T--------G-A-----A---------
gi|10 : acttaaatttaaaagatatcgaaatttacacaggcagttgtgCCTCA-C--TG-AA-AT-TCAC--GT--G-AAT--------A----------------CT----GT----T----CA---CGT-A-AAT-T-CAT--GT-----T---------A--A---A-AT-------T---------T-T-CA-CA--TGAA--A-------TTCA----------T-GTaagagcatcaaatgtaatac
gi|10 : acaggcaaatgtgCCTCA-CA-TG-AA-TT-TCAT--GT--G-AA-----------------AAT-T----TT----A-----A----CA---TG--A-ATT-T--AC--G------T---------G--A---ACAG-------T---A-----T-T-CA-CG--TGAA--T-------TTCA----------gaggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|23 : acaggcaaatgtgcctcacCTTCA-CA-TG-AA-AT-TCAC--GT--G-AAcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|5 : ttcacatgaaaaaatTTCA-CGCTG-AAATT-TCAC--GT--T-AAA--------AGATTTTCAACATAA--------AT----T----CA---CGTTA-ATT-T-CAC--GG-----TAA-------C--A---GCAC-------T---------T-T-CA-CG--TGAA--A-------TTCACGAGTGAAATT-GTTCAC-----A---T----G---------AATT-TC---A--C-G-TGACAA--GTGT-----T-CA--C---G--TG-------AAT--T----T----------------TC---AA--TG-------------------------A---A---------G---------C---A------CA-----T---------T--------TCA-CA--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----G-A---ATT---TT--------T---T-----T----T-A--T-G--T-G--AA-T----T-C----A-C------AT--T-----------TG-A-----------TG---C-TC-----T---------------------------------T--T----T----A---A---C---------G-T---GA-----A---A------T---T-CA-TG--------T-----T--A------------------A-A----------A----T---------------T------T------T--C-----A-CAGA-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------G-A-----A-------------A-------------T---T----C----A--T-G-T-G-A-G-----G---------C--A--C-----A--------A-C---T----------GC--C--T---GT-------------GTAA--A--TT---T----C------G------ATA--T-tgtgcttcatgt
gi|2 : acttaaatttaaaagTTCA-AT-TG-AA-AT-TCAC--AT--G-G------------------AAT-T-A--TT----A-----A----CG---TG--A-ATT-T-CAC--AT-----TA--------C--A---CCAC-----------------T-T-CA-CG--TG-A--A-------TTCA----------TCGTG--------A--------A---------AATTGTT---A--TACATG--AA-------------TT--TCACG--TG------AA-------------------------------AG--TG---CA-------T-------T---CA-----------------------C---A--T---GAA--T-A---------T--------TCA-CG--TGAA---AT-T---------------------------A--------T---T-----T----C-A--C-A--T-G--AATT----C-T----A-C----------TGAGA----A-GCA-C-----------AC---T-TCAC-A-T-G--------A--A--------A------A---T--T----C----A---A---CTT-------A-TG--AG-----A---T------TGTGC-CAGTG--------T-----A--A---------T---T----T-C----------A----TCTGTTAACGCA----C------T------T--C-----A-CGTGAA-AA------T-----T-C--CG--T--------G-A-----A---------A---A-A--------TTAT---T----C----A--CGG-T-G-A-AAT---T---------C--A--T-----G--T-A---A-T---C----------C---T--C---GTT-----AA--C--GT-A--A--TA---T------------------ACA--T-GA-----aagagcatcaaatgtaatac
gi|1 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaagtgaaatgaataaacaaagttaaactattTTCA-CA-TG-AA-AT-TCAC--GT--G-AAT-----------------AT-T-A--TT-----T----C----CA---TG--A-ATT-TACACGAA-------------------A---GCAC-------A---C-----T-T-CA-CA--TGAA--A-------TTTC----------A-CTT--------A---TG---A---------GATT-GT---A--T-------AG--GT-----------------------------AAT--T----TT----CA---------CTGTGAA--CG---CA-------CT------T---CA---C---------G---------TGAAA--T---CAC---------------------------GG--TGAAAATAT-T--CA-C-GG-----T-G---A-A---AA--------T---T-----C----A-A--T-G--T-G--AACT----C-C------T------GT--T---A----A--CG-T-----------AA---T-TTAC-A-T-G------A-A--A--------A------G---T--T----T----A---A---CTTTTGTTGTA-T---CA-----A---T------T---T-CA-CT--------T-----G--A---------T---------------------A----T---------------T------T------T------------TG-A-AA------T-----T-TA-taaacttttcacgctgaaattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|1 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattcTTCA-CG-TG-GA-CTATCACGTAT--G-AAT---------G-----T----------------T----C----TG---TG--AGATT-T-CAC--GT-----T---------G--AAAAG-AT-------T---A-----T-T-CA--A--TGAA--A-------TTCA----------C------------A---T----G---------AATT------A--T---TA--AC--GTG----------------------------AAT--T----TC----AA---------TT---AA-----------------------------------------------------C---A--C---CAC--T-T-------------------CA-CG--TGAA---GT-T--CATC-GT-----G-A---------AA--------T---TTGTTAT----T-A--C-A--T-G--AATT----T-C----A-C-------T--G---A----A-AAG-T-----------GA---T-TCAC-A-T-G------A-A--A----------------------T----T----C---A---C---------G-T---GA-----A---T----------------------------------A---------T---T-----------------A----T---------------T------T------C--C-----A---TG-A-AT------T-----TACA-CG--A--------A-A-----G---------C---ACA--------C--T---T----C----A--C-A-T-GAA-ATT---T---------C--A--C--------T-T---A-----T----------GAGAT--T---GTA-----TA--G--GT-A--A--TT---T----T------C------AC------------------------------TG--T---GAA-CG---C---------AC-------T--T-CACG---------T------GAA-A-------TCACG--G---T--G-----A------A---A--A-----TA----T--T---C-A--CG-G-TGAA-A------ATT--CAA------T-------G------T--G-A---A------C-T--C--------C-T-----------G----T----T----A-A-CGT--AA---------T----T-T--A-CA-----T-----G--AA-A-------A----G---T---T--TA---A-C--tcacttttcagtgaaattcatgtaataacaaatttcacgatgaacttcacgtgaagtggtgttaattgaaattcacgttaataattcatgtgaatttcattgaataatcttttcaacgtgaaatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|14 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaatatcaagtgaaattgatacaacaaaaTTCA-CG-TG-AA-TT-TCAC--GTTGA-AAT-----------------AT-TCA-------------------CA---TG--A-ATT-C-CAT--------------------------GTGA-------T---A-----T-T-CA-CG--TAAA--T-------TTCA----------T-GTA--------A---T----A------------T-TC---A--G-C--G--AA--AAGC-----TTTT--cagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|14 : cataaaatcacgtgaacaagaaTTTA-CG-TG-AA-TA-TCAC--AT--GGAAT---------T-----CATG-TGA--AT----AT----TTCAACG---TG--A-AAT-T-CAC--GT-----G---------A--A---TTCT-------T---G-----T-T-CA-CG--TG-A--T-------TTTA----------T-Gcacttaaaaaatgatttacatgaaattca
gi|8 : TTCA-TG-TGGAA-AT-TCAC--AT--G---T--------AG-----TATT-TAAG-TT----AA----A----CA---TG--A-ATT-T-CAC--AT-----tttcatgtaatattcagcgaaaagcttttcacttaaaaaatgatttacatgaaattca
gi|9 : cagtacacagtgaattgtgcctcatgattttcacatgaaattcatgtaaggctaaattttattgaaaattttaatgtgaatttcatttgaaaagaacatcaaaataatgttaaatcacacaaaaaactTTCA-CG-TG-AA-AT-CCAT--GC--G-AA------------------AT-T-----------T----T----CAG--TG--A-ATT---CAC--AT-----T---------C--A---ATGC-------T---A-----T-T-CA-CAAGTGAA--A-------TTCT----------T-G-------------------A---------AATT-gaaattcaccagaatgggat
gi|11 : gtgaaaaagaatttcacaaggatttcatgagaatcgcttttcacgtgaaattgattttttttacgcgaaaaagcgaTTTA-CG-TG-AA-TT-TCAC--AT--G-AAA--------AG--------T-TAA--CT----TTGTTGT----TA---TC--A-ATT-T-CAC---------T---------T--A---AT-T-------T---GAAA--T-T-TA-AA--TGAA--A-------TTTG----------T-AAC--------G---C----A---------AATT-CC---ctttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|2 : acataaacagtaattagctatttacataaacacatgaagtgctgcatgtgtacaaTCA-CA-TG-AA-TT--CACC-GT--G-AAT---------G-----TA-T-T-A--CT--------------------TG------T-T-CAC--G-------------------A---GTGA-----------A-----TAT-CA-CG--TAAATGA-------TTTC----------T-GT------------------G---------AATT-TC---A--G-CGTG--AAAAGT-T-----TATT--C---AATTG------AAAT--TCACATGGAATTA---------TT---AA--CG---TGAA-----TT------T---CACATT---------A---------C---A--C---CAC--T-T-------------------CA-CG--TGAA----T-T--CATC-GT-----G-A---A-----AA--------T---TG----T----T-A--T-ACAT-G--AATT----T-C----A-C------GT--G---A----AAGTG-CATTCACATGAATA---T-TCAC-G-T-G------A-A--AT-------T------A---T--T----T----C---A---C---------A-T---GA-----A---T------T---C-TACTG--------A-----G--A---------A---G----C-A----------C----A---------------C------T------T--C-----A-CATGAA-AA------T-----T-CA-AC--T--------T-A-----T---------G---AGA--------T--TGTGC----C----A----G-T-GTA-ATT---T---------C--ATCT-----G--T-T---A-A---C----------G---C--A---CTT-----CA--C--GTGA------------------------------------AA-----A---T--TC--C-------G--T---GAA-A----A---------AT----T-AT--T-CACG---------GT-----GAA-A---T---TCATG--T-----------------------A--A-----TCCTCGT--T---A-A--C--G-T----A------ATA--T-A------C-------A------T--G-A---A------A-T--AGTTTAACTT-T-----------G----T----T----T-A-TTC---A---------T----T-TC-A-C------T-----T--AA-T-------A----T---T---T--T
gi|3 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcTCATCA-TG-AA-TT--CAC--GT--G-AAC------------------T-TGATACT----GT----T----CACGGTG--A-ACTAT-CAC--GTAAATGT---------T--T---CTGT-------G---GAAT--T-T-CAGCG--TGAA--AAGATTA-TTCA----------C-ATT--------G--------A---------AATT--C---A--C-A-TG--AA-----T-----TATTAAC---G--TG------AA-T--T----TG----CA-----------------------CA-------T----------------T---------A---------C---A--C---CAC--T-T-------------------CA-CG--TGAA---GT-T--CATC-G--------G---A-A---AG--------T---T-----TGTTAT-A--C-A--T-G--AATT----T-C----A-C------TG--A---A----A-GTG-C------------A---T-TCAC-A-T-G------A-A--T--------A-------------T----T----C---A---C---------G-T---GA-----A---TATTATTT---C-CA-TG--------G-----A--A---------T---T----C-T----------A----C---------------T-------------------------GAG-A-AG------C-----A-CA-CC--T--------T-C-----A---------C---A-A--------T---------------------G-A-A-A-ATT-------------C--A--C-----A--T-G---A-G---A----------G---T--T---GTG-----CA--G--GT-A--A--TT---T----T--------------CA--T-------------------C---G--TGATT---AAG------C---------AC----T-T-----CACG---------T------GAA-A---A---TCACG--T---G--A-----A----------A--A-----TA----T--T---C-A--C--G-TG-A-A------ATT--T-A------T-------G------T--G-A---A------C-T--C--------C-TC----------G----T----T----A-A-CGTG-AA---------TA---T-TC-A-TG-----cacaatttgcctcgtgtatt
gi|13 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataagtgaaatgataacaacaataagttaacttttTCA-CG-TG-AA-AT-TCAC--AT--G-------------G-----GATT-TG--------------------CG---TG--A-ATT-T-CAC--GTGA---T---------C--A---GTAC-------T---G---------CA-CA--TGAgcacatttgcctcgtgta
gi|9 : tgttaaccgtttttgggac-CA-AG-AA-TT-TCACTTGT--G-AAT--------AG-----C-AT-TGA--ATGTGAAT----T----CAC--TGAAA-ATT-T-CGC--AT----------------------GGAT-----------------T-T-CA-CG--TGAA--tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|6 : gtgaaaaagaatttcacaaggatttcatgagaatcgcttttcacgtgaaattgattttttttacgcgaaaaagcga-TCAC--AC--G-AAC--------AA-----AAAT-GCA--C-----------------G---TG--A-ATT-T-CAC--GTAAAA-T---------TCAA---ATTT-------T---AT----T-T-CA-C---TGAA--A-------TTTA----------C-GTT---------------------------AATT-TCTCAA--T-T-TG--AA-------------TT--TCACA--TG------AAAT--T----GA----TG---------TT---A------------------G------T---AA-------------------------------------------------------------CA-CG--TGAA---AT-T--CA----------C-A---A-----AA------------T-----T----C-A--G-G--T-G--AATT----T-aaattctttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|11 : cactacacgtcaaaatttaaacgtaaatttcgctcgagcatcaaacattaaaAC--AT--A-AAC--------AG-----TAAT-TAG--CT----AT----TTA--CA---TA--A-A-----CAC--AT-----G---------A--A---GTGC-------T---GCATG-T-G-TA-CA--AGGA--A-------TTTG----------C-GTT--------A---C----A---------AATT-TC---A--T-T-TA--AA--TTTC-----AAAT--TAA-G--TG------AAAT--T----GA----TA---------AC---AA--CA---AA--------G------T---TA-----------------------------------AC--T-T---------T--------TCA-TG--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----A-A---A-ttttgataacttttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|2 : C--AT--A-AAC--------AG-----TAAT-TAG--CT----AT----T----TAC--TA--A-AG----CAC--AT-----T---------G--A---ATGTGCTGCATT---G-----C-TGTA-CA--AGGA----------TTTG----------C-GTT------------C----A---------AATT--C---A--T-T-CT--AA--ATTCAAAA-TATT--AA--G--TG------AAAT--G----AA----TAAACAAAG--TT---AA--AC---TA-------TT------T---CA---T---------G---------T---A--TAT-TAC--G-T---------TAACGAGGATTA-CA--TGAA---TT-T--CA-CCGT-----G-A---A-T---AA--------T---T-----TTT--C-A--C-G----G--AATT----TTC----A-C------GT--G---A----A-GTG-C------------G---T-TAAC-A---G------ATG--A--------A------A---T--TACACT----G---G---C---------A-C---AA---------T------C---T-CA-TA--------A-----G------------T---T----G-A----------A----T---------------T------T------T--C-----A-TGTG-A-AG------TGTGCTT-C------T--------C-A-----G---------T---AGA--------A--T---T----C----A--T-G-T-G-A-A---------------------------A--T-A---A-T---T-----------------------T-----CA--C--GTGA--A--TA---T----T--------------------------------------C---A--TG--T---GAA-TG---C---------AC----T-TT----CACG---------T------GAA-A---T---TCATG--TA--T--A-----A------C---A--A-----T-----T--TT--C-A--C--GATG-A-A-------TT--C-A------C-------G------T--G-A---A------G-T--G--------G-T-----------G----T---------A-A-TGTG-AA---------A----T-TC-A-CG-----T-----T--AA-T-------A----A---T---T--CC---A-T--GT-GAA-----T-----T------TC-A-AT--TG-AA-----TA-----AACTT-TTC-A---C--GCTGA----------
gi|1 : C--AT--A-AAC--------AG------AAT-AG---CT----AT----T----TA---TA--A-AGA---CAC--AT-----T---------A--A---GTGC-------T---GCATGCT-G-TA-CA--AGGA--A-------TTTG----------CCGTT--------A---C----A---------AATT-TC---AATT-C-TA--AA--TTTCAAAAATATC--AA--G--TG------AAAT--T----GA----TACAACAAAAGTT---AA---A---CT-------TT------T---CA---T---------G---------T---AAAT---TACG-T-TAACAGGAG-T--------TCA-CA--TTGA---AT-TTTCA-CCGT-----G-A---A-T---AT--------T---T-----T----C-A--CCG--T-G--A-TT----T-C----A-C------GT--G---A----A-GTG-C------------G---T-TCACAG-T-G------A-A--A--------ATTACCTA---T--A----C----A---ATCTC---------A-T---AAGTGAAA---T------T---T-CA-TG--------T-----G--A--------------------A----------G----TGTGC-----------T------T------T--C-----G-TGT--A-AA------T-----T-CA-TG--G--------A-A-----A---------T---A-A--------TA-T---T----C----A--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--T-----G--T-G---AAT---C----------A---C--T---TTT-----CA-----GTGA--A--AT---TCATGT------A------ATAA-C-AA-----A---T--TT--C---A--CGA-T---GA-----------------AC----T-T-----CACGTGAAGTGGTGTTAATTGAA-A---T---TCACG--T---T--A-----A------T---A--A-----T-----T------C-A--T--G-TG-A-A------TTT--C-A------T--------------T--G-A---A--------T--AAT------C-T-----------T----T----T----C-AACGTG-AAA--------T----C-TC-A-CAGAACAT-----T--CA-T-------ACGTGA---TAG-T--CC---A-C--GT-GAACA---G-----T------TC-A-CAAGTT-CA-----CG-GTG-AA----TTC-A---CTGA-TGA----------GG--CACAATT-TGCCTGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|3 : --G-AAT--------AG-----CTAT-TTA--CT----A-------------------A-AG----CAC--AT-----T---------A--A---GTGC-------TCATG-----C-TGTA-CA--AGGA----------TTTG----------C-GTT------------C----A---------AATT-TC---A--T-T-TA--AA--TTTCCAAAATATA--A---G--TG------AAATGAT----AA----CA---------AC---AA--TA---AG-------TTAACTTTT---CA---T---------G---------A---A--TATTCACG-T-TAACGAGGAGT--------TCA-CA--TAAA---TT-T--CA-C-GT-----G-A---A-T---AT--------T---T-----T----C-A--C-G--T-G--ATTT----T-C----A-C------GT--G---A----A-GTGCT-----------TA---A-TCAC-GAT-G------A-A--A--------A-------------T----T----ACCTG---C---------A-C---AA-----C---T------C---T-CA-TG--------T-----G-----------------------A----------A----T---------------T------T------T--C-----ATTGTG-A-AGGTGTGCT-----T-C------T--------C-AGT---A---------G---A-A--------T--T---C----C----A--T-G---G-A-A---------------------------A--T-A---A-----------------------T---ATT-----CA--C--GTGA--A--TA---T----T--------------------------------------C---A--TG--T---GAA-TG---C---------AC------TT--T-CA-G---------T------GAA-A---T---TCATG--TA--T--A-----A------C---A--AAC---T-----T--T---C-C--G--A-TG-A-A------CTT--C-A------C-------G------T--G-A---A------G-T--G--------G-T-----------G---------T----A-A-TGTGCAA---------A----T-TC-A-CG-----T-----T--AA-T-------A----A-------T--TC---A-T--GT-GAA-----T-----T------TCAA-TG--TG-AA---------T--AATCTTTTC-A---C--GCTGA----------ttatagtgttaata
gi|8 : ca-----T-T-CA-TG--TGAA--A-------TTCA----------T-GTTTAACTTAAA---T----ACTACATGTGAATT-TCC--A--C-A-TG--AA--A-GT-----TTTT--T---G--TG------TGAT--T----TAA---CA---------TT---AT--TT---TGA------TG------T---T-------------------------------------C--T-T---------T--------TCA-AA--TGAA---AT-T--CA-C-AT-----T-A---A-A---AT--------T---T-----T----CAA--T-A----A--AATT----T-A----G-C------CT--T---A----C-ATG-A-----------AT---T-TCAT-G-T-G------A-A--A--------A------aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|8 : cagtacacagtgaattgtgcctcatga-----T-T-CA-CA--TGAA--A-------TTCA----------T-GTA--------AGGCT----A---------AATT-TT---A--T---TG--A---------------------------------AAAT--T---------------------TT---AA--TG---TGAA-----TT------T---CA---TTTGAAAAGAA---------C---A--T---CAA----A---------A--------TAA-TG--TTAA---A--T--CA-C-A------C-A---A-A---AAAC------T---T-----T----C-A--T-G--TGG--AAAT----T-C----A-C------AT-------------GTA-G-----------TA---T-TTAA-G-T-T------A-A--ACATG----A------A---T--T----T----C---A---C---------A-TG--AA-----A---T------T---C-attcaccagaatgggat
gi|11 : cagtacacagtgaattgtgcctcatgatt-----T-T-CA-CA--TGAA--AAGTTAACTTTG----------TTGTT--------A---T----C---------AATT-TC---A--C-T-TA--AT--TTGA-----AATT--TAA-A--TG------AAAT--T----TG----------------T---AA--CG---CAAATTCCTTG------TACACA---T---------G---------C---A--G---CAC--------------T--------TCA-TG--TG------T-T--TA-T-GT-----A-A---A-T---Aaccagaatgggat
gi|11 : acataaacagtaattagc--A-------TTTA----------C------------A---T----A---------AA----C---A--C-A-TG--AA--GTGC-----TGCA--T---G--TGTACAAGGAAT--T----TG----CG---------TT---A---CA---AA-------TT------T---CA---T---------T---------T---A-------AA--T-T---------TCAAA----TTA-AG--TGAA---AT-T--GA-T-AA-----C-A---A-C---AAAGTTAACTT---T-----T----C-A--T-G--T-G--AAAT----T-C----A-C------GT--A---A----A-attcacgtaaa
gi|6 : acataaacagtaattagct-GTT--------A---TCAAAA---------AAAT-TC---A--C-C-TG--AA-----------T-TT--T---G--TG------AA-T--T----T-------------------------CA---CG-------TG------T---TA---CTA-------A---------C---A--T---CAA--T-T---------T---------CA-TG--TGAA---AT-T--CA-A-AT-----T-G---A-G---AA--------A---T-----T----A-A--C-G--T-A--AATT----T-CAGTGA-A------AT--A---A----A-AT--T-----------TGAATT-TTAC-G-T-G------A-A--A----------------------T----T----C---A---C---------G-T---GC-----A---TTTTTG-T---T-CG-TG--------T-----G--A---------T---T----T-A----------A----TG--------------T------TTGATGCT--C-----G-AGCG-A-AA------T-----T-TA-CG--T--------T-T-----A---------A---A-T--------T--T---T----G----A--C-G-T-G-
gi|5 : cacta--------A---T----G---------AATT-TC---A--C-G-TG--AA-----T-----TTTC--T---G--TG------AAAA--T----T----------------TT---AACATG---AA-------TT------T---CA---C---------GTTAAAAGAGC---A--T---CAA-------------------------A-TG--TGAA----T-T--CA-C-AT-----A-A---A-A---AA--------AA--T-----T----C-A--C-G--T-G--AATT----T-C----A-T------GT--G---A----A-ATG-T-----------GC---T-TCAT---T-G------A-A--A--------A-------------T----T----C---A---C---------G-T---GA-----A---------------------------------------------------------C-A----------C----T---------------T------G------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-TG--T--------G-A-----A---------C---A-A--------T--T---T----C----ACTC-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----G--T-GAA-A-G---T----------G---C--T---GTT-----AC--C--GTGA--A---A---T----T------A------ACG--T-GA-----A---T--T---T---A--TG--TTGAAAA-T---------------C----T-TT--T-AACG---------T------GAA-A---T---Tttttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|8 : acttaaatttaaaagatatcgaaatttacacaggcagttgtgcctcac---T----G---------AATT-TC---A--T-G-TG--AA--ATTCA----TGTT--T---------------AAC--T----TA--------------------AA--TA---C--------TA----------CA---T---------G----------------T---GAA--T-T---------T--------CCA-CA--TGAA---A----------GT-----T---------------------T---T-----T----T-G--T-G--T-G---ATT----T-A----A-C------AT--T---ATTTTG-ATG-TTC---------TT---T-TCAA-A-T-G------A-A--A----------------------T----T----C---A---C---------ATT---AA-----AATTT------T---C-AA-TA--------A-----A--A---------T---T----T-A----------G----C---------------C------T------T--------A-CATG-A-AT------T-----T-CA-TG--T--------G-A-----A-------------A-A---------------T----C----A--T-G-tcagcgtgaaaagagcatcaaatgtaatac
gi|14 : cagtacacagtgaattgtgcct--TG------AAAT--T----TA----CG---------TG---AA--TATCACA-------TGGAAT--T---CA---T---------G----------------T---GAA--TAT---------T--------TCAACG--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----G-A---A-T---TC--------TTG-T-----T----C-A--C-G--T-G--ATTT----T-ccagaatgggat
gi|5 : catG----TA---------TT---A--------CA-------TT------T---GA---T---------G---------C------T---C----T-T---------T--------TCA-CGC-TGAA---AT-TT-CA-C-GT-----T-A---A-A---AGAT------T---T-----T----C-AA-C-A--T-A--AATT------C----A-C------GT--T---A----A-----------------T----T-TCAC-GGT-A------A-C--AGC------A------C---T--T----T----C---A---C---------G-TG--AA-----A---T------T---CACG-AG--------T-----G--A--------------------A----------A----T---------------TG-----T------T--C-----A-CATG-A-AT------T-----T-CA-CG--T----------G-----A---------C---A-AG-------TG-T---T----C----A--C-G-T-G-A-ATT---TTCAATGAAGC--A--C-----A--T-TTC-A-CA--T----------G---A--A---ATT-----CA--C--GTGA--A--TT---T----T------TTTT---ATG--T-GA-----A---T--TCA-C---A--TT--T---GAT-G----C---------TC----T-TT--T-AACG---------T------GAA-A---T---TCATG--T---T--A-----A------A---A--T-----T-----T--T---C-A--C--A-GA-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A----------------------------------A----T----T----C-A-TGTG-Atgtaatattcagcgaaaagcttttcacttaaaaaatgatttacatgaaattca
gi|14 : acttaaatttaaaagatatcgaaatttacacaggcagttgtgcc------T---CA---T---------G---------T---AAAT---CAT--T-T---------T--------TTA-AG--TGAA---A-------------------A---G-C---T---------T---T-----T----C-G--C----T-G--AATA----T-T----A-C------AT--G---A----A-AT---------------------TTAC-G-T-G------A-A--T--------A------------------T----C---A---C---------A-T---GG-----A---A------T---T-CA-TG--------T-----G--A---------A---T-----------------A----T---------------T------T------C--A-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------G-A-----A---------T---T-C--------TTGT---T----C----A--C-G-T-G-A-TTT---T---------
gi|10 : cat---CG---T---------G---------A---A--T----AC--T-G---------T--------TCA-CG--T-AA---AT-T--CA-T-GT-----T-A---A-A---AT--------T---T-----T----C-A--C-A--T-G--AAAT----T-C----A-aattca
gi|23 : acaggcaaatgtgcctcactgaaattca---CA---T---------G---------A---A--G---CAC--A-C---------T--------TCA-CA--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----G-A---------AATTT-----T---T-----T----C-A--T-G--T-G--AAtgtgaggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|2 : A---T---------G---------T---A--T---TAC--T-TG--------T--------TCA-CGAGTGAA---TA-T--CA-C-GT-----A-A---A-T---GA--------T---T-----T----C----T-G--T-G--AATT----T-C----A------------------------------------------------GC-G-T-G------A-A--A--------A------G---T--T----T----A-------------------------------------------------------------------------------T---T----C-A----------A----T---------------T---------------------------G-A-AA------T-----T-CA-CA--T--------G-G-----A---------------A--------T--TAT-T----A----A--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----A--T-T---A-C---A----------C---C--A---CTT-----CA--C--GTGA--A---T---T----C------A------TCG--T-GAAAATTG---T--TA--T---A--CA--T---GAA------------------------TT--T-CACG---------T------GAA-A-----------G--T------------G------C---A--------------T--T---C-A--C--A-TG-A-AT-----ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------A-T-------------T-----------AT---T----T----C-A-CATG-AA---------T----T-CT-A-C------------T--GA-G-------A----A---G---C--AC---A-C-------------------T------TC-A-CA--TG-AA------------AA----TTC-AACTT--A-TGA----------G------A-TTGTGCCAGTGTA----AT-TT-Ct
gi|8 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaagtgaaatgaataaacaaagttaaactatttcatgtatattacgttaacgaggattacatgaatttcaccgtgaataatttttcacggaattttcacgtgaagtgcgttaacagat---T---------G---------C---C--T---CATGAT-T---------T--------TCA-CA--TGAA---AT-T--CA-T-GT-----A-AG--G-CTA-AA--------T---T-----T----T-A--T----T-GAAAATT----T-T----A--------ATG-T---G----A-AT-------------------T-TCAT-T-T-G------A-A--A--------A------G----------------A---A---C---------A-TCA-AA-----A---T------------AA-TG---------------------------T---T----A-A----------A----------------------------------T--C-----A-CACA-A-AA--------------------------------A-----A---------C--------------T--T---T----C----A--T-G-TGG-A-AAT---T---------C--A--C-----A--TGT---A-G---T----------A---T--TTAAGTTA----AA--C--ATGA--A--TT---T----C-------------ACA--TGAA-----A---T--TC--tcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|13 : cagtacacagtgaattg---T---------G---------C---A--G---TAC--T-G---------A--------TCA-CG--TGAA---AT-T--CA-C-G------C-A---------AA--------T---C-----C----C-A--T-G--T-G--AATT----T-C----A-C---------------------GTG-A-----------T----T-TCAC-G-T-accagaatgggat
gi|3 : tgttaaccgtttttgggactcatgAC--T-G---------T--------TCA-CGG-TGAA---CTAT--CA-C-GT-----A-A---A-T---G---------T---T-----T----C----T-G--T-GG-AATT----T-C----AGC------GT--G---A----A-AAGAT-----------TA---T-TCAC-A-TTG------A-A--ATTCACATGA------A---T--TAT--T----A---A---C---------G-T---GA-----A---T------T--------TG--------C-----AC-A---------T---TACACC-A-------------------------------C------T------T--C-----A-CGTG-A-AG------T-----T-CATCG-------------G-----A---------A---A-G--------T--T---TGTTAT----A--C-A-T-G-A-ATT---T---------C--A--C--------T-G---A-A---A----------G---TG-C---ATT-----CA--C--ATGA--A--TA---T----TCACGTGA------ATA--T-TA-----T---T--TC--C---A--TG--G---AAT-T----CT--------AC----T----------G---------A------GAA-G---C---ACACC--T---T--C-----A------C---A-----------------------A--T--G--A-A-A------ATT--C-A------C-------A------T--G-AG--A------G-T-------------T-----------G----T----G----C-A-GGTA-AT---------T----T-TC-ATCGTGA--T-----T--AA-G-------C----A---C---T--TC---A-C--GT-GAA-----A-----A------TC-A-CG--TG-AA------A-AT---A----TTC-A---C--G-TGA----------tcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|10 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataagtgaaatgataacaacaataagttaacttttcatgaatattcacgttaacgaggagttcacataaatt--T-T---------T--------TAA-CA--TGAA----T-T--TA-C-GT-----G-A---A-C---AG--------TA--T-----T----C-A--C-G--T-G--AATT----T-C----A-atcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|15 : acaggcaaatgtgcctcac--T-T---------T--------T----G--TGAA----T-T--CA-C-GTTCTAAC-A---T-C---AA--------T--------------C-A--T-G--T-G--AAAT----T-C----A-A------AT--T---G----A----------------------------------------A-G--A--------A------A---T--T----T----A---A---C---------G-T---AA-----T---T------A---T-CA--G--------T-----G--AAAATAAAATT---T----G-A----------A----T---------------T------T------T--------A-CGTG-A-AAAAG---T-----T-CA-CG--T--------ttttcacatgaaattcatgtgaggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|15 : c--T-T---------T--------TCA-CG--TAAA---AT-T--CA----------------------AA--------T---T-----T----T-A--T-----------TT----T-C----A-C----------------------TG-A-----------TA---A-TTAC-G-T-T-----------A--------A------A---T--T----TCTTCA---A---T---------T-T---GA-----A---T------T---T-CA-CA--------T-----G--A---------T---T------G----------A----T---------------G------T------TAGA-----A-CGTG---AA------T-----T-CA--------------C-A-----A-------------A-A-----------T---T----C----A--G-G-T-G-A-ATT---T---------ttcaggtgaatttt
gi|8 : cacgtgaact-T---------T--------TCA-TG--TGAA---AT-T--CA-T-GT-----TTA---A-CTTAAA--------TAC-T-----A----C-A--T-G--T-G--AATT----T-CC---A-C------AT--G---A----A-A-G-T-----------TT---T-TTGT-G-T-G------A------------------------T--T----T----A---A---C---------A-T---TA-----T---T------T---T-GA-TG---------------------------T---T----C-----------------T---------------T------T------T--C-----A-AATG-A-AA------T-----T-CA-CA--T--------T-A-----A---------A---A-T--------T--T---T----CA---A--T-A---A-A-ATT---T---------A--G--C-----C--T-T---A-CA--T----------G---A--A---TTT-----CA--T--GTGA--A--t
gi|14 : cagtacacagtgaattgtgcctcatgatt---------T--------TCA-CG--TGAA---TT-T--CA-C-GT-----T-G---A-----AA--------TA--T-----T----C-A--C-A--T-G--AATT----C-C----A-T---------------------GTG-A-----------TA---T-TCAC-G-T-------------A--------A------A---T--T----T----C---A---T---------G-T---AAT----A---T------T-----CA--G--------C-----G--A--------------------A----------AAGC-T---------------T------T------T--C-----A-CTTA-A-AA--------------------------------A-----A---------T---G-A--------T--T---T---------A--C-A-T-G-A-AAT---T---------C--A--ttcaccagaatgggat
gi|19 : cataaaatcacgtgaacaagaa---------T--------TCA-TG--TGAA---AT-G--CA-C-GT-----G-AGGCA-C---AA--------T---T-----G----C-A--T-G--T-
gi|10 : tcagtttaagaaagaaatgatatatat--------TCA-CA--TGAA---TT-T--CA-T-GT-----G-A---A-A---AT--------T---T-----T----A-A--C-A--T-G--AATT----T------A-C------GT--G---A----A-CAG-------------TA---T-TCAC-G-T-G------A-A--catttt
gi|14 : acaggcaaatgtgcctcactgaaa--------TCA-CA--TGGA---AT-T--CA-T-GT-----G-A---A-T---A---------T---T-----T----C-AA-C-G--T-G--AAAT----T-C----A-C------GT--G---A----A-TTC-T-----------TG---T-TCAC-G-T-G------A-ggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|13 : cataaaa--------TCA-CG--TGAA---AT-T--CA-C-AT-----------G-G---GA--------T---T-----T------G--C-G--T-G--AATT----T-C----A-C------GTGAT---C----A-GTA-C-----------TG------CAC-A-T-GAGTCCCA-A--A--------A------A---CGGT----T----A---A---C---------A-tattcacgtaaatttcatgtaatattcagcgaaaagcttttcacttaaaaaatgatttacatgaaattca
gi|18 : CA-CG--TGAA---AT-T--CA-C-GT-----G-AGGCA-C---AT--------T---T-----G----C-A--T-G--T-G--tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|7 : --TGAA---AT-T--CA-C-GT-----T-T---A-C---A---------TGCGT-----T----T-A--T---------AACT----T-C----T-C------AC-----------A-GAA-T-----------T----T-TCAT-G-A-G------A-A--A--------A------T---T--A----T----A---A---CT--------G-T---AA----------------------CA-TG-----------------A---------T---G----C-----------------T---------------T------T------T--T-----A-CGTG-A-AA------T-----T-AA-GG--C--------G-A-----A---------T---A-T--------T--T---TAA--C----A--A-G-T-G-A-ATtagtgcatttcgctccagattagttgaatatcaattt
gi|5 : ccacatgaattttGAA---AT-T--TA-C-AC-----A-G---G-C---AG--------T---TGTGCCT----C-A--C-A--T-G--AATT----T-C----A-C------GT--G---A----A-----T-----------T----T-TC-T-G-T-G------A-A--A--------A------T---T--T----T----A---A---C---------A-T---GA-----A---T------T---T-CA-CG--------TTAAAAG--A---------GCA-T----C-A----------A-------------------------------------------A-TGTG-A-A-------T-----T-CA-CA--T--------A-A-----A---------A---A-A--------AA-T---T----C----A--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--T-----G--T-G---A-AA--T----------G---T--G---CTT-----CA--T---TGA--A----------------------------------A-----A---T--TC------A--CG--T---GAA------C---------AC----T-TG--T-CACG---------T------GAA-A---T---TCATG--T---G--A-----A------C---A--A-----T-----T--T---C-ACTC--G-TG-A-A------TTT--C-A------C-------G------T--GAA---A------G-T--G--------C-TGTTACCGTGAAA----T----T----A-A-CGTG-AA---------T----T-T--A-TG-----T-----T--GA-A-------A----ATCTT---T--TA---A-C--GT-GAA-----AT----T------TC-AGCG--TG-AA-----AA-Gatttaagaaattcacatgtagtactagttcacgtaaaattcacattcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|11 : acttaaatttaaaagatatcGGA---AT-T--TG-C-GT-----T-A---C-A---AA--------T---T-----T----C-A--T-T--T-A--AATT----T-C----A-A------AT--T---A----A-GTG-----------------------------------------A--------A------A---T--TGA--T----A---A---CA--------A-C---AA-----A--------------------------------------G---------T---T----A-A----------C----T---------------T------T------T--C-----A-TGTG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------A-A-----A---------agcatcaaatgtaatac
gi|23 : acataaacagtaattagctatttacataaacacatgaagtgctgcatgtgtacaaT-T--CA-C-AT-----G-A---A-A---AAA-------T---T-----T----C-A--C-G--T-G--AATT----T-C----A-T------GT--G---A----A-GTG-T-----------GC---T-TCAT-G-T-
gi|6 : --CA-C-GT-----C-A---A-----AA--------T---T-----T----A-AA-C-G--T-A--AATT----T-C----G-CTCGAGCAT--C---A----A-ACA-T-----------TA---AATCAC-A-C-G------A-ACAA--------A------A---A--T----G----C---A---C---------G-T---GA-----A---T------T---T-CA-CG--------T-----A--AAA-------T---T----C-A----------AATTTTA--------------T------T------T--C-----A-C-TG-A-AA------T-----T-TA-CG--T--------T-A-----A------------------------T--T---T----CTCA-A--T-T-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----A--T-GAA-A-T---T----------G---A--T---GTTAGTAACA--C--GTGA--A--AT---T----C-------------ACA----AA-----A---T--T---C---A--GG--T---GAA-T----TTTTTTGATAAC----T-TT--T-AACT---------T------TAG-A---T---TTGTA--TA--T--A-----T------G---G--A-----T-----T--T---C-A--T--G-
gi|9 : cactaT-----C-A---A-G---AA--------T---T-----T----C-ACTT-G--T-G--AAT------------AGC------AT--T---G----A-ATG-T------------GAA-T-TCAC---T-G------A-A-----------A------A---T--T----T----C---G---C---------A-T---GG-----A---T------T---T-CA-CG--------T-----G--A---------A---T----C-G----------CT---T---------------T------T------T--C-----G-CGTA-A-AA--------------------------------A-----AAAT------C---A-A--------T--T---T----C----A--C-G-T-G-A-Acaatat
gi|9 : gtgaaaaagaatttcacaaggatttcatgagaatcgctt-A---A-G---AA--------T---T-----T----C-A--C-A--A-G--GATT----T-C----A-T------GA--G---A----A-TCG-C-----------TT---T-TCAC-G-T-G------A-A--ATT------G------A---T--T----T------------------------T--------------T------T---T-TA-CG--------C-----G--A---------AAAAG----C-G----------A----T---------------T----------------C-----A-CGTG-A-AA------T-----C-CA-TG-----------C-G-----A---------A---A-T--------T--T---T----C----A----G-T-G-A-A-T---T---------C--A--C-----A--T-TC--A-A---T----------G---C--T---ATT-----CA--CAAGTGA--AATTC---T----T------G------AAA--T-TC-----T---T--TC--C---A---G--T---TCGTT----T---------AT----T-TT--C-CACC---------A------GAA-A---aattctttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|6 : gtgaaa-A---A-A---AA--------A---T-----T----C-A--C-C--T-G--AATT----T-T----G------------T---G----A-AT-------------------T-TCAC-G-T-G-------------------------------T--TAC--T----A---A---C---------A-T---CA-----A---T------T---T-CA-TG--------T-----GAAA---------T---T----CAA----------A----T---------------TGAGAAAT------T--A-----A-CGTA-A-AT------T-----T-CA--G--T--------G-A-----AATAAAATTTG---A-A--------T--T---T----T----A--C-G-T-G-A-AAT---T---------C--A--C-----G--TGC---A-T---T----------T---T--T---GTT-----CG--T--GTGA------T---T----T------A------A
gi|8 : cactacacgtcaaaatttaaacgtaaatttcgctcgagcatcaaaca---AA--------T---T-----T----C-A--T-G--T-G--AAAT----T-C----A------------------------TG-------------------------------------------------------------T--T----T----A---A---C---------T-T---AA-----A---TAC----T---A-CA-TG--------T-----G-----------------------A----------A----T---------------T------T------C--C-----A-CATG-A-AA------------------G--T--------T--------------------------------T--T---T----T----G--T-G-T-G---ATT---T---------A--A--C-----A--T-T---A-T---T----------T---TGAT---GTT-----C---------------TT---T----T------C------AAA--TGAA-----A---T--TCA-C---A--T---T---AA-----------------AA----T-TT--T-CA-A---------T------AAA-A---T---TTAGC--C---T--T-----A------CATGA--A-----T-----T--T---C-A--T--G-TG-A-A------AAT--C-A---------------------T--G-A---G------G-C--A--------C-A-----------A----T----T----C-ACTGTG-tgataacttttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|14 : cagta--T-G--AATT----T-C----A-T------GT--A---A----A-TCA-T-----------TT---T-TTAA-G-T-G------A-A--A--------A------GCT-T--T----T----C---G---C---------T-G---AAT----A---T------T---A-CA-TG--------A-----A--A---------T---T----T-ACGTG------A----A---------------T------A------T--C-----A-CATG-G-AA------T-----T-CA-TG--T--------G-A-----A---------T---A----------T--T---T----C----AA-C-G-T-G-A-AAT---T---------C--A--C-----G--T-G---AAT---T----------C---T--T---GTT-----CA--C--GTG---A--TT---T----T------A------caccagaatgggat
gi|12 : ca-G--AATTAACGT-T----A-T------AT--T---A----A--CG-T-----------TAAC-T-TCAC-G-T-T------C-A--A--------A------A---T--T----T----A---A---C---------GTT---AA-----A---T------T-----CA-TGTATAAGCTC-----G--A---------T---TAA--C-A----------A----TAATTTAACGTTAACAT------T------T--A-----A-CGCT-A-AA------T-----T-AA-CG--T--------T-AGGC--A---------C---A-A--------T--T---G----C----C--T-G-T-G-
gi|5 : aacgttaaataaTT----T-C----A-C------GC--TG--A----A-AT-------------------T-TCAC-G-T-T------A-A--A--------AG-----A---T--T----TTC--A---A---C---------A-T---AA-----A---T------T---C--A-CG--------T-----T--AAT-------T---T----C-ACGGTAACAGCA----C---------------T------T------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CGAGT--------G-A-----A---------------A--------T--TGT-T----C----A--C-A-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----G--T-G---A-C---A----------A---G--T---GTT-----CA--C--GTGA--A--TT---T----T--------------------------------------C---A---A--T---GAA-G----C---------AC----A-TT--T-CACA---------T------GAA-A---T---TCACG--T---G--A-----A------T---T--T-----T-----T--T---TTA--T--G-TG-A-A-------TT--C-A------C-------A------TTTG-A---T------G-C--T--------C-T-----------T----T----T----A-A-CGTG-AA---------A----T-TC-A-TG-----T-----T--AA-A-------A----T---T---T--TC---A-C--AG-AAA-----A-----T------TC-A-CG--TG-A-------------AA----TTC-A---T--G-TGA----------GG--CACA-AC-TGCCTGTGTA---AAT-TT-Cta
gi|10 : acttaaatttaaaagatatc----T-C----A-C------AT--G---A----A-----------------T----T-TCAT-G-T-G------A-A--A--------A------T---T--T----T----A---A---C---------A-T---GA-----A---T------T-----TA-CG--------T-----G--A-------------A----C-A----------G----T---------------A------T------T--C-----A-CGTG-A-AT------T-----T-CA-agagcatcaaatgtaatac
gi|11 : acaggcaaatgtgcctcac-C----A-C------AT--G---A----A-GTG-C-----------TG------CAT-G-T-GTACA--A-G--G--------A------A---T--T----T----G-------C---------G-TTACAA-----A---T------T---T-CA-T----------------------------T---T----A-A----------A----T---------------T------TCAAA--T--T-----A-AGTG-A-AA------T-----T-GA-TA--A--------C-A-----A---------C---A-AAGTTAACTT--T---T----C----A--T-G-T-G-A-AAT---T---------C--A--C-----G--T-ggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|7 : acataaacagtaattagctatttacataaa-C----A-C------AT--G---A----A-TT--T-----------TA---T-TCAC-T-T-G----------------------------------T----T----A---A---A---------A-T---A----------T------T---C-----G--------C------------------C---T----T-A----------A----T---------------T------T---------C-----A-CGTA-A-AA------AGCA--T-CA-TG--T--------T-ACAGTTA---------T---A-A--------T--T---TTCT-C----A--T-G-A-A-A-ATTCTGT---------G--A--G-----AAGT-T---A-TAAAC----------G---CA-T---GTA-----AA--C--GTGA--A--TT---T----C------A------ATT--T-AA-----GAAAT--TCA-C---A--TG--T----AG-T--------------AC----TAGT--T-CACG---------T------AAA-A---T---TCACA--T---T--C-----A------C---aaa
gi|13 : c----A-GTA-C-----------TG---A-TCAC-G-T-G------A-A--A----------------------T----T----C---A---C---------G-C---AA-----A---T------C---C-CA-TG--------T-----G--A--------------------A-------------------------------T------T------T--C-----A-CGTG---AT------T-----T-CA-CG--T--------T-C-----A---------C---A-G--------T--cgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|10 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgc---T-TCAC-G-T-G------A-A--T--------A------C---TG-T----T----C---A---C---------G-T---AA-----A---T------T---C--A-TG--------T-----T--A------------------A-A----------A----T---------------T------T------T--C-----A-CATG-A-AA------T-----T-CA-TG--T--------G-AGGC--A---------C---A-A--------T--T---G----C----C--T-G-T-G----TA---T---------C--A--C-----T--T-T---G-TGCAT----------G---TC-T---GTC-----TAAGC--ATG---A--TTAA-T----T------A------ATA--T-AA-----aagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|23 : acaggcaaatgtgcctcactgaaa---T-TCAC-A-T-G------A-A--A--------A------AA--T--T----T----C---A---C---------G-T---GA-----A---T------T---T-CA-TG--------T-----G--A---------t
gi|6 : CAC-G-T-C------A-A--A--------A------T---T--T----A----A---A---C---------G-T---AA-----A---T------T---T-CG-CT--------C-----G--A---------GCA-T----C-A----------A-------------------------------------------A-CATT-A-AA------T-----CACA-CG-------------A-----A---------C---A-A--------AAAT---G----C----A--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--CGTAAAA--T-TCAAA-T---T----------T---T--A---TTT-----CA--C---TGA--A--AT---T----T-------------ACG--T-TA-----A---T--TT--CTCAA--TT--T---GAA------------------------TT--T-CACA---------T------GAA-A---T---TGATG--T---T--A-----G------T---A--A------------------C-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-----------------A-A---A----------------------------------A----T----T----C-A-GGTG-AA---------T----T-T----TT-----T-----T--GA-T-------A----A---C---T--Tagtgtgcttcatgt
gi|15 : cactaCAC-G-T-G------A-A--C--------T------T---T--T----T----C---A---C---------G-T---AA-----A---A------T---T-CA-----------------A--A---------T---T----T-T----------A----T---------------T------T------T--C-----A-C-TG-ATAA------T-----T--A-CG--T--------T-A-----A---------------A--------T--T---T----CTTCAA--T-T-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----A--T-G---A-T---T----------G---A--T---GTTAG---AA--C--GTGA--A--TT---C------------------ACA----AA-----A---T--T---C---A--GG--T---GAA-T----ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|9 : -G-T-G------A-A--A--------A------AGAAT--T----T----C---A---C---------A-A---GG-----A---T------T---T-CA-TG--------A-----G--A---------A---T----C-G----------C----T---------------T------T------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-GA-TT--T--------T--------------------------------T--T---T----T----A--C-G-C-G-A-A------------------A--A-----A-------------------------G---C--G---ATT-----CA--C--GTGA--A-------------------A---------------------------TC--C---A--TG--C---GA-----------------AA----T-TT--T-CA-----------G------TGA-A---T---TCACA--T---T---------------C---A--A-----TGCTA-T--T---C-A--CAAG-TG-A-A------ATT-----------C-------T------T--G-A---A------A-T--T--------C-T-----------T----T----C----C-A-ttt
gi|6 : -G-T-T------A-A--A--------A------G---T--TA---T----C---A---A---------A-A---AA-----A---T------T---CACC-TG--------------------------------------A----------A----T---------------T------T------T-----------GTG-A-AT------T-----T-CA-CG--TGTTACTAAC-A-----T---------C---A-A--------T--T---T----C----A--T-G-T-G-A-AAT---T---------C--A--A-----A--T-T----------------------------------------------GAGA--A--AT---T-----------A------ACG--T-AA-----A---T--TT--C---A---G--T---GAA-A----T---------A----------------------------------AA-A---T---T--TG--------------------------A--A-----T-----T--T---T-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-C---A------T-T--T--------T-T-----------G----T----T----C-G-TGTG--A---------T----T-TA-A-TG-----T-----T-----T-------G----A---TG--C--TC---G-A--GC-GAA-----A-----T------TT-A-CG--Tgttcgtttattttccaccagaaa
gi|1 : cactacacgtcaaaatttaa--------A------A---T--T----C----A---C---C---------G-T---GA-----A---C------T--------TG--------T-----G--A--------------------A----------C----T---------------G------T------T--C-----A-CGTG-G-AC------TA----T-CA-CG--T----------A-----T---------G---A-A--------TG-T---T----C-------T-G-T-G-AGATT---T---------C--A--C-----G--T-TGAAA-A---G----------A---T--T---ATT-----CA-----ATGA--A--AT---T-------------------------------------------C---A--CA--T---GAA-T----T---------A--------T--T-AACG---------T------GAA-T---T---TCA-A--T---T--A-----A------C---ACCA-----C-----T--T---C-A--C--G-TG-A-A------GTT--C-AT-----C-------G------T--G-A---A------A-TTTG--------T-T-----------A----T----T------A-CATG-AA---------T----T-TC-A-C------T-----G--AA-A-------A----G---TGA-T--TC---A-C--AT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--TG-AA-----TA-TT--AT----TTC-----C--A-TGA----------tttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|19 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaatatcaagtgaaattgatacaacaaaagttaaacttttcatgtaaattacgttaacaggagttcacattgaattttcaccgtgaatattttcaccgtgatttcacgtgaagtgcgttcacagtgaaaattacctatacaatctcataagtgaaatttcatgtgaagtgtgctttcgtgtaaat-A----------A----T---------------G------T------T--C-----A-TGTG-A-AA------T-----G-CA-CG--T--------G-AGGC--A---------C---A-A--------T--T---G----C----A--T-G-T-A-T-AT-----------------A--T-----A--T-C---A-T---T----------cactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|8 : tcagtttaagaaaga----------A----T---------------T------T------T--C-----A-CATG-A-AA------T-----T-CA-TG--T--------A-A-----G----------------------------------------------GCT-A-A-ATT---T--------------------------T---A-T---T----------G-------------------A-------AA--A--TT---T----T------A------ATG--T-GA-----A---T--TT--C---A--TT--T---GAA-AAGAAC---------A-----------T-CA-------------------AA-A---T----AATG--T---T--A-----AATCACAC---A--AAAAACT-----T--T---C-A--T--G-TGGA-A------ATT--C-A------C-------A------T--G-T---A------G-T-------------------------A----T----T----T-A-AGTT-AA-------------------A-CA-----T-----G--AA-T--------------------T--TC---A-C--AT-GAA-----A-----T------TC-A-Ctt
gi|7 : cagtacacagtgaattgtgcctcatg----T---------------T------T------T--CGGTGAA-TGTG-A-AT------T-----T-TA-CG--T--------G-A-----A---------CT--A-G--------TACT---A----C----A--T-G-T-G-A-ATT---T---------CTTA--A-----A--T-TGAAA-T---T----------C---A--C---GTT-----TA--C--ATGC--G--TT---T--------------------A--T-AA-----C---T--TC---------------------T----C---------ACAGAAT-TT--T-CATG---------A------GAA-A---A---TTATAACTG--T--A-----A------C---ATGA-----TGCTT-T--T---T-A--C--G-TG-A-A------ATT--A-A------G-------G------C--G-A---A----------------------T-----------A----T----TTTAAC-A-AGTG-AA---------TAAAAT-TC-A-TG-----T-----cagaatgggat
gi|8 : cc---------------T------T------T--C-----A-TGTG-A-AA------T-----T-CA-TG--T--------TTA-----A---------CTTAA-A--------TACT---A----C----A--T-G-T-G-A-ATT---T---------CC-A--C-----A--T-G---A-A---A----------G---T--T---TTT-----TG--T--GTGA------T---T----T------A------ACA--T-TA-----T---T--TT--G---A--TG--T-------T----C---------------T-TT--T-CAAA---------T------GAA-A---T---TCACA--T---T--A-----A------A---A--T-----T-----T--T---C-A-----A-TA-A-A------ATT--T-AGCCTTAC-------A------T--G-A---A----------------------T----------------T----T----C-A-TGTG-AA---------actttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|14 : cagtacacagtgaattgtgcctcatgatt------T------T--C-----A-CGTG-A-AT------T-----T-CA-CG--T--------T-G-----A-------------A-A--------TA-T---T----C----A--C-A-T-G-A-ATT---C---------C--A--T-----G--T-G---A-----------------------T---ATT-----CA--C--GTAA--A--TT---T----C-------------ATG--T-AA-----T---A--TT--C---A---G--C---GAA-A----A---------GC----T-TT--T-CACT---------T------AAA-A---------------------A-----A------T---G--A-----T-----T--T-----A--C--A-TG-A-A------ATT--C-A------ttcaccagaatgggat
gi|23 : cataaaatcacgtgaacaagaa------T------T--C-----A-CATG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------G-A-------------------A-ATTT-----T--T---T----C----A--T-G-T-G-A-A
gi|23 : ------T------T--C-----A-CATG-A-AAAAAT--T-----T-CA-CG--T--------G-A-----A------------------------T--T---T----C----A--T-G-T-G-A-Agtgtgcttcatgt
gi|10 : ------T--C-----A-C-TG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------G-A-----A---------T---A-C--------TG-T---T----C----A--C-G-T-A-A-A-T---T---------C--A--T-----G--T-T---A-A---A----------A---T--T----TT-----CA--C--ATGA--A--AT---T----C------ATGTGAGGCA--C-AA-----T---T--GC--C------TG--T---GTA-T----C---------AC----T-TT--gtgtgcttcatgt
gi|10 : acaggcaaatgtgcc------T--C-----A-CATG-A-AT------T-----T-CA-TG--T--------G-A-----A---------A---A-T--------T--T---T----A----A--C-A-T-G-A-ATT---T------------A--C-----G--T-G---A-A---C----------A---G--T---ATT-----CA--C--GTGA--A--TT---T----C------A------gtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|13 : acaggcaaatgtgcctcac------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CG-----------C-A-----A---------------A--------T--C---C----C----A--T-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----G--T-G---A-T---T--------------TCAC---GTT-----CA--CA-GTAAG-A--T-----------------------ATA--C-AA-----G---A--TT--C---A--T---T---GAA-T----T---------AC----T-ggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|13 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactga------T--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CA--T----------------G---------G---G-A--------T--T---T---------G--C-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--C-----G--T-G---A-T---C----------A---G--T---ACTG----CA--C--ATGA--G--Tgacaatctcgggtgtacaaa
gi|18 : tgttaaccgtttttggg--C-----A-CGTG-A-AA------T-----T-CA-CG--T--------G-AGGC--A---------C---A-T--------T--T---G----C----A--T-G-T-G-tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|11 : G-G-AA------T-----T-TG-CG--T--------T-A-----C---------A---A-A--------T--T---T----C----A--T-T-T-A-A-ATT---T---------C--A--A-----A--T-T---A------------------------------------A-----GTGA--A--AT---TGA--T------A------ACAACA-AA-----G---T--T-------A-----------------------------AC----T-TT--T-CATG---------T------GAA-A---T---TCACG--T---A--A-----A------tagtgcatttcgctccagattagttgaatatcaattt
gi|15 : acataaacagtaattagctatttacataaacacatgaagtgctgcatgtgtacaa-CA-CG--T--------G-A-----A---------C---T-T--------T--T---T----C----A--C-G-T-A-A-AAT---T---------C--A--A-----A--T-T-----T---T----------A---T--T----TT-----CA--C---TGATAA--TTACGT----T------A------A-A--T-TT-----C---T--TC--A---A--TT--T---GAA-T-----------------------T--T-CACA---------T------GA------T---TGATG--T---T--A-----G-------------A--------------------A--C--G-TG-A-A-------TT--C-A------C-------A-----------A---A----------------------------------A----T----T----C-A-GGTG-AA---------T----T-T
gi|14 : ---A-A--------T--T---T----C----A--T-G-T-A-A-AT--------------------C-----A--T-T---T-T---TTAAGTGAAAAG---C--T---TTT-----CG--C---TGA--A--TA---T----T------A-------CA--T-GA-----A---A--TT--T---A--CG--T---GAA-T--------------A-----------T-CACA---------T------GGA-A---T---TCATG--T---G--A-----A------T---A--------T-----T--T---C-AA-C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------T-T--C--------T-T-----------G----T----T----C-A-CGTG-AT---------T----T-Tt
gi|8 : cat-G-T-G-A-ATT---T---------C--A--T-----G--T-G---A-----------------------A---ATT-----CA--T--G---------T---T----T------A------ACT--T-AA-----A---TACTA--C---A--TG--T---GAA----------------------T-TT--C-CACA---------T------GAA-A-----------G--T---T----------------------------T-----T--T---T-G--T--G-TG---A------TTT--A-A------C-------ATTATTTT--G-A---T------G-T--T--------C-T-----------T----T----T----C-A-AATG-AA---------A----T-TC-A-CA-----T-----T--AA-A-------A----T---T---T--TC---A----AT-AAA-----A-----TTTAGCCTT-A-CA--TG-AATTT--CATGTGAAA----ATC-A--------TGA----------GG--CACA-AT-TCACTGTGTA---Cca
gi|10 : ca---T---------C--A--C-----A--T-G---A-A---T----------------------TT-----CA--T--GTGA--AAATT---T----T------A------ACA--T-GA-----A---T--T---T---A--CG--T---GAA------C---------AG----T-AT--T-CACG---------T------GAA-T---T---TCAcagaatgggat
gi|7 : acaggcaaatgtgcctcac---------C--A--C-----A--T-G---A-A---T----------T---T--T---ATT-----CA--C--TTG-----------T----T------A------AAA--T-A----------T--TCG-C---C--T---T---AA-------------------------TT--T-CACG---------T------AAA-A---AGCATCATG--T---T--ACAGTTA------T---A--A-----T-----T--TTCTC-A--T--G--A-A-A------ATT--C--------T-------G------T--G-A---G------A-A--G--------T-T-----------A----TAAACG----C-A-TGTA-AA---------------------CG-----T-----G--AA-TTTC----A----A---T---T--TA---A-------GAA-----A-----T------TC-A-CA--TGTAG-----TA-CT--AG----TTC-A---C--G-TAA----------AATTCACA-TT-CACCGggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|11 : c-----A--T-T---A----------------G---C--T---ATT-----TA--C--ATAA--A--C-----------------------ACA--TGAA-----G---T--GCTGC---A--TG--T---G--------------------------------TACA---------A------GGA-A---T---TTGCG--T---T--A-----C------A---A--A-----T-----T--T---C-A--T--T-TA-A-A------TTT--C-A------A-------A------T--T-A---A------G-T--G--------A-A-----------A----T----T----G-A-TAAC-AA-----------------CAA-AG-----T-----T--AACT----------------T---T--TC---A-T--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--TA-AA-----aaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|13 : acataaacagta--T---GAT-----CA--C--GTGA--A--AT---T----C-------------ACG--C-AA-----A---T--CC--C---A--TG--T---GAA------------------------TT--T-CACG---------T------G-A-T---T---TCACG--T---T--C-----A------C---A-----------------------------G-TA-A-G------ATA--T-A------C-------------------A---A------G---------------------------A----T----T----C-A-T-TG-AA---------T----T----A-C------------T--GA-C-------A----A---T---C--TC---G-G--GT-G
gi|15 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtacTT-----CA--C--CTGA--A--TT---T----T------G-----------T-GA-----A---T--TC------A--CG--T-------T----CTA-------AC----A-TCAAT-CATG---------T------GAA-A---T---TCAAA--T---T--G-----A------AGA-A--A-----T-----T--T---A-A--C--G-T----A------ATTATC-A--------------G------T--G-A---A------AAT--A--------A-A-----------A----T----T----------TG-AA---------T----T-TT-A-CG-----T-----G--AA-A-------A----A---G---T--TC---A-C--GT-Gtacaaa
gi|14 : T-----CA--C--GTGA--A---------------------------CA--A-GA-----A---T--TC------A--CG--T---GAA-T-----------------------T--T-CACGTT-------G------AAATA---T---TCACA--T---G--A-----A-------------------T-----T--C---C-A--T--G-TG-A-T------ATT--C-A------C-------G------T--A-A---ATTTCATG-T--A--------A-T-----------A----T----T----C-A--GCG-AAAAGCT----T----T-TC-A-CT-----T-----A--AA-A-------A----A---TGA-T--TT---A-C--AT-GAA-----A-----T------TC-A-tttt
gi|9 : cataaaaGA--A--TT---T-------------------CA--C-AA-----GGA-T--TT--C---A--TG--A---GAA-T----C---------GC----T-TT--T-CACG---------T------GAA-A---T---TGATT--T---T----------------------------T-----T--T---T-A--C--G-CG-A-AAAAGCGATT--C-A------C-------G------T--G-A---AATCC--A-T--G--------C-G-----------AAATTT----T----C-A--GTG-AA--------------T-TC-A-CA-----T-----TC-AA-T-------G----C---TA--T--TC---A-CAAGT-GAA-----A-----T------TC-
gi|9 : gtgaaaaaGA--A--TT---T----C------A------A------GA-----A---T--TT--C---ACTTG--T---GAA-T----A---------GC----A-TT--G-AATG---------T------GAA-----T---TCAC-------T--G-----A------A---A--A-----T-----T--T---C-G--C--A-TG-G-A------TTT--C-A------C-------G------T--G-A---A------T-C--G--------CTT-----------T----T----T----C-G-CGTA-AA-------------------A-AA--------------AA-TC------A----A---T---T--TC---A-C--GT-GAAAAGCGA-----T------TC-T-CA--TG-AA-----ttgaaattctttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|14 : gtgaaaaagaatttcacaaggat--T-GA-----A---T--TT--C---A--TG--T---AAA-T----C---------AT----T-TT--T-TAAG---------T------GAA-AAGCT---TTTCG--C---T--G-----A-------------A-----T-----A--T---T-A--C--A-TG-A-A------ATT--T-A------C-------G------T--G-A---A----------------------T-----------A----T---------C-A-CATG-GA---------A----T-TC-A-TG-----T-----G--AA-T-------A--------T---T--TC---AAC--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--TG-AA-----TT-CT--TG----TTC-A---C--G-TGA----------tttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|10 : cataaaa-AA-----A---T--TC------A--CG--T---GAA-T--------------AC----T-GT--T-CACG---------T-------AA-A---T---TCATG--T---T--A-----A------A---A--T-----T-----T--T---C-A--C--A-TG-A-A------ATT--C-A------T-------G------T--G-A---G------G-C--A--------C-A-----------A----T----TG---C-C-TGTG------------T----A-TC-A-CT-----T-----T--
gi|15 : acaggcaaatgtgcctcactg--C---A--CG--T---GA-----------------AC----T-TT--TTCACG---------T------AAA-A---T---TCAAA--T---T--------T------T---A--T-----T-----T--T---C-A--C----TG-ATA------ATT----A------C-------G------T--T-A---A------A-T-----------T-T-----------C----T----T----CAA-TTTG-AA---------T----T-TC-A-CA-----T-----G--AT-T-------G----A---T---G--TTAGAA-C--GT-G-A-----A-----T------TC-A-CA-----A-------------AA----TTC-A---G--G-TGA----------gtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|20 : --C---G--TG--T---GAG------C---------AC----T-A-----CACA---------G------GCA-A---------ATG--TGCCT--A-----A------C---------------------------------G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------atttt
gi|13 : acacagatgcccag--TG--T---TAA-C----C---------GT----T-TT--T----G---------G------GA------C---TCATG--T------------G------C---A--G-----TAC---TGAT---C-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------C--A-A---A--------T--C--------C----------------------------C-A-TGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----------------T-------G----A---T---T--TC---A-C--G----------------T------TC-A-CA--t
gi|23 : --T---GAA-G----C---------AC----A-CT--T-CACA---------T------GAA-A---T---TCACG--T---G--A----------------A--ATTT--T-----T--T---C-A--T--G-TG-A-A------gtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : T--T-CACG---------T------GAA-T---T---TCACG--T---T--G-----A----------A--A-----TA----T--T---C-A--C--A-TG-A-A------TTC--C-A------T-------G------T--G-A--------------------------T-----------A----T----T----C-A-CGTA-AA---------T----T-TC-A-TG-----------T--AA-T-------A------------T--TC---A----GC-GAA-----AAGCTTT------TC-A-CT--TA-AA-----AA-AT--GA----TTT-A---C--A-TGA----------tgt
gi|12 : cataaaatcacgtgaacaagaaT--T-AACG---------T------TAA-C---T---TCACG--T---T--C-----A------A---A--A-----T-----T--T---A-A--C--G-TT-A-A------ATT--C-A------T-------G------T--ATA---A------G-C--T--------C-G-----------A----T----T----A-A-CAAT-AA---------T----T-TA-A-CG-----T-----T--AA-C------------A---T---T--TA---A-C--GC-TAA-----A-----T------T--A--------------------------------A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTGTA---aattca
gi|10 : aacgttaaataagaattaacgttata--T-CACA---------T------GAA-T---T---TCATG--T---G--A-----A----------A--A-----T-----T--TTAAC-A--T--G------A------ATT--T-A------C-------G------T--G-A---A------C-A--G----------T-----------A----T----T----C-A-CGTG-AA---------T----T-TC-A-
gi|13 : acaggcaaatgtgcctcac--T-CACG---------T------GAA-A---T---TCACA--T------------G------G---G--A-----T-----T--T-----G--C--G-TG-A-A------TTT--C-A------C-------G------T--G-ATC-A------G-T--A--------C-T-----------G----C----A----C-A-TGggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|18 : tgttaaccgtttttgggactAA-A---T---TGATA--T---TC-A-----A------CT--A--A-----T-----C--T---G-G--A--G-CG-A-A------ATG--C-A------CTACACATG------C--A-A---AT-----G-T--G--------C-C---------------------T----C-A-CGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----T-----tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cA-A---T---TCACG--T---TCTA-----A------C---A--------T-----CAAT---C-A--T--G-TG-A-A------ATT--C-A------A-------A------TT-G-A---A------G-A--A--------A-T----------------T----T----A-A-CGT--AA---------T----TATC-A--G-----TGAAAAT--AA---------A----A---T---T--T------------GAA-----T-----T------TT-A-CG--TG-AA-----AA-----AG----TTC-A---C--G-TG
gi|9 : --A-----A------G---A--A-----T-----T--T---C-A--C--A-AG-G-A------TTT--C-A------T-------G------A--G-A---A------T-C--G--------C-T-----------T----T----T----C-A-CGTG-AAATTGATTTTT----T-TT-A-CG-----C-----G--AA-A-------A----A---GCGAT--TC---A-C--GT-GAA-----A-----T------CC-A-TG--CG-AAATTTTCA-GTG-AA----TTC-A---C--A-Tcacaaaattcaggtgaatttt
gi|23 : gtgaaa--A-----A------A---A--A-----T-----T--T---C-A--C--G-TG-A-A------TTT--C-A------T-------G------T--G-A---A------G-T--G--------T-G-----------C----T----T----C-A-TGTtcaatgctattcacaagtgaaattcttgaaattctttccagttcgtttattttccaccagaaa
gi|10 : ttcacatga---A--A-----T-----T--T---C-A--T--G-TGAA-A------ATT---------------------------------------------------------------------------T----T----A-A-CATG-AA---------T----T-T--A-CG-----T-----G--AA-C-------A----G---TA--T--TC---A-C--GT-GAA-----T-----T------TC-A---------------------------------------G-TGA----------GG--CACA-TT-TGCCTGT
gi|19 : ---A--A-----TG----T--T---C-A--T--G-TG-A-A------ATG--C-A------C-------G------T--G-A---G------G-C--A--------C-A-----------A----T----TG---C-A-TGTcatgtgaggcacaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|23 : tcagtttaagaaagaaatgatatatat--A-----C-----T--T---C-A--C--A-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A------A-T--T--------T-T----------------T----T----C-A-TGTG-AA---------tt
gi|13 : --T---C-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------A------T--G-G---G----------------------------------A----T----T----T-G-CGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----T-----G--AT-C-------AGT--A---C---T--GC---A-C--AT-GAG------------------TC-C-CA--AA-AA-----CG-GT--gtgcttcatgt
gi|18 : tgtta---C-A--C--G-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---G------G-C--A--------C-------------A----T----TTG--C-A-TGTG-tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|7 : -A--T--G-TG-A-A------TTT--T-A------C-------G------T--G-AACTA------G-T--A--------C-T-----------A--------------C-A-TGTG-AA---------T----T-TC----------T-----T--A----------A----A---T-----------------T-GAA-----A-----T------TC-A-CG--Ttagtgcatttcgctccagattagttgaatatcaattt
gi|10 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa-TG-A-A------ATT--C-A------C-------G------T--G-A---A--------T--A--------C-T-----------G----T----T----C-A-CGTA-AA---------T----T--C-A-TG-----T-----T--AA---------A----A---T---T--T---------------------------------TC-A-CA--TG-AA-------------A----TTC-A---T--G-TGA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTGTA---tcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|15 : acaggcaaatgtgcctcac-A-A------ATT--C-A------C-------C------T--G-A---A---------------------------------------T----T----T---TGTG-AA---------T----T--C-A-CG-----T-----TCTAA-C-------A--------T---CAATC---A-T--GT-GAA-----A-----T------TC-A-AAT-TG-AA-----GA-----AA----TTTAA---C--G-TAA----------tcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|23 : cacgtgaactttttcacgtaaaattcaaattttattttcactgataa-A------C-------A------T--G-A---A------G-C--A--------C-A-----------C----T----T----C-A-CATG-AA---------A----T-TC-A-CG-----T-----GA-AA-T-------T----T---T---T--TC---A-T--GT-GAA-----t
gi|10 : ------G-T--G--------C-C---------------------T----C-A-CATG-AA---------T----T-TC-A-TG-----T-----G--AA---------A----A---T---T--TT---AAC--AT-GAA-----------T------TT-A-CG--TG-AA-----CA-GT--A-----TTC-A---C--G-TGAATTTCAGTGAGG--CACA-TT-TGCCTGT
gi|20 : -----------A----T----T----C-A-CGTG-AA---------T----T-TC-A-CG-----T-----T--Aaattgcctgtgtatcactttgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|7 : acacagatgcccagcgtgtgagcactacacaggcaaatgtgcc-A-TGTG-AA---------T----T-TT-A-CG-----T-----G--AACT-------AGT--A---C---T--AC---A-T--GT-GAA-----T-----T------T----CT--TA-AA-----TT-GA--AA----TTC-A---C--G-T
gi|17 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa-A-CGTT-AA---------T----T-TA-A-CG-----T-----T--AAATG------A----A---T---T--TT---AAC--GT-TAA-----G-----T------T-----------AA-----CA-AT--AA----TTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|16 : -A-CGTA-AA---------T----T-TA-A-CG-----T-----A--AA-T-------G----AGT-T---T--TA---A-C--TT-TAA-----A-----C------TA-A-CG--TT-AA-------------G----CTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-GT-TGTCTGTATtaggcacaattgcctgtgt
gi|23 : ----T-TC-A-CA-----T-----G--AA-A-------A----AA--T---T--TC---A-C--GT-GAA-----T-----T------TC-A-TG--TG-AA-----GT-GT--GC----TTC-A---T--G-Ttagacacaattacctgtgta
gi|17 : -A-CG-----T-----T--AA-TTATTGTTA----A---C---T--TA---A-C--GTTAAA-----A-----T------TC-A-T---TT-AA-----C--GTTAAA----TTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTGT
gi|23 : acaggcaattgtgccta----A---C---T--TC---A-C--AT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--TG-AA------A-TT--TT----TTC-A---T--G-TGA----------
gi|11 : t---T--TT---A-C--GT-GAA-----T-----T------TC-A-CA--TG-AA-----AA-GT--gtgcttcatgt
gi|13 : acataaacagtaattagctatttacataaacacatgaagtgctgcatgtgtacaaggaatttgcgttacaaatttcatttaaatttcaaattaagtgaaattgataacaacaaagtta--TC---A-C--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CG--CA-AATCC--CATGT--GAAT--TTC-A---C--G-TGA----------
gi|13 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactga--TC---A-C--GT-GAA-----A-----T------TC-A-CA--TG-G-------------GA----TTT-G---C--G-TGA----------tttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactgatcacgtgaaat---A-C--GT-GAA-----A-----T-------C-A-CG--TG-AA-------------A----TTC-A---C--A-TGG----------G------A-TT-TGCtttcacgttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|24 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactgatcacgtgaaattcacT-AAA-----A-----C------TC-A-T---TT-AA-----CA-TT--AAA---TTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGGCTGTGtcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|20 : cat-----A-----T------TC-A-CG--TG-AA-----T------------TTC-A---C--G-TTA----------GG--CACA-TT-TGCCTGTGTA---
gi|19 : acacagatgcccagcgtgtgagcac-----T------TC-A-TG--TG-AA-------------A----TGC-A---C--G-TGA----------GG--CACA-AT-TGCATGTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|18 : tcagC-A-CG--TG-AA-------------A----TTC-A---C--G-TGA----------GG--CACA-TT-TGCATGTGTAGTGCAT-TT-Ccatttt
gi|27 : --AA----TTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTGTA---gctccagattagttgaatatcaattt
gi|28 : A----TTA-A---C--G-TTA----------GG--CACA-AT-TGCCTGTGTA---
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222222222 11 2222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 111111 1 1 11111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 333333333333 333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333 666666666666666666666666 11111 22222 111111111 1111111111 333333333333333333333333333 111111111 44444444444444444 3333 1
lowQualScore : 3 1 6 5 6 55 6666666666 00 8 66 9999 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 44 3 1 4 7777 3 00 666 333333 0 7777 0 444 33333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 4444 888 3 111111111111 999 3 55 0 555555555555555555555555555555555555555 3 3 0 3 9999999999999999999999999999 44 333333333333333333333333 33333 7 22222 3 2 555555555 2 9999 9999999999 3333 9 2 2 33 666666666666666666666666666 0 22 1 1 3 6 1 1 1 111111111 44444 22 4444 22 55555 44444 1 444 22222222222222222 1 22 5 2 1 2 2 999 6666 2
lowQualScore : . . . . . .. .......... .. . .. .... . . ................................................................................................................................................................ ... .. . . . .... . .. ... ...... . .... . ... ........ ............................................................... ... .... ... . ............ ... . .. . ....................................... . . . . ............................ .. ........................ ..... . ..... . . ......... . .... .......... .... . . . .. ........................... . .. . . . . . . . ......... ..... .. .... .. ..... ..... . ... ................. . .. . . . . . ... .... .
lowQualScore : 7 0 5 0 3 44 0000000000 66 9 11 1111 7 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 88 6 0 9 7777 6 00 444 888888 9 7777 9 555 77777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 1111 777 6 222222222222 000 3 00 8 222222222222222222222222222222222222222 6 6 5 3 2222222222222222222222222222 66 000000000000000000000000 33333 4 33333 0 9 333333333 7 6666 3333333333 9999 4 2 2 11 333333333333333333333333333 1 66 9 9 8 8 8 9 9 888888888 66666 66 9999 55 33333 88888 8 666 55555555555555555 9 66 7 5 0 5 5 222 8888 3
consensus : CTTCACGTGAANTTNACATAAA-CAG-AA-TT-AA-CTATT--CA-TG--AAT-TTCACGTTAA--GTGCTG-----TTCACG-TG------GA--ATTCGC-GTT-ACAAATT-TCA--TC-TGAA-TT-C------T-A----TTT-----GTGAAAT--T--TA--CA---------TAAC-CGTGNCGTGCAT----AC-TT---------T--------TCAC-G-TGAAATT-CAC-GTGAACA--A-TT-T--C---AC--G---TGAA-T----TT-CA-C-GTGAA----G---TG-T--T----------NTT--CA---------CG-TGA-------A-------A-A--AT----TTN-ACGTG----AA-T-TTCATG-CGAN--TCA--A-TTTTCA-C-GTGA-AATTCACG--T-N-A--AC---A---A--T--T--TC----AC--G-T-G-AATTT-CACGT-------G-A----A-TGN--TG-----TT--CACGTGAAT--T-------------TT-ACGCGAATTTC---ATGTGAAT-CACTTTTCACG-TGAAA---------TTCA-CGT--T-AAC-AA--T---TTC-A-CG-TGAAAT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGCT--ATTCA--C-GTG-A-ANTTCAC-GTT-A-A-T-------AA--T-TT--CA-C--GT-GA-----AA-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAATT-GCCT-GTGTA---CATTTCG-T-TCTTCCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAANTTCACGTGAA-TAG-AA-TT-A--CTATT--CA-TG--AAT-TTCACGTTNA--GCGCTG-----TTCACG-TG------AA--ATTCGC-GTT-ATAAATT-TCA--TN-TGAA-NT-C------T-A----TTT-----GTGAAAT--T--TA--CA--------TTAACGCGTNTCATGCAT---CAC-TT---------T--------TCAC-G-TGAAATT-CAC-GTNAANA--A-TT-T--C---AC--G---TGAA-T----TT-CA-C-GTGAA----G---TG-T--T----------NTT--CA---------CG-TGA-------A-------A-A--AT----TTA-ACGTG----AA-T-TTCATG-TGAT--TCA--A-TTTTCA-C-GTGA-AATTCACG--T-N-A--AC---A---A--T--T--TC----AC--G-T-G-AATTT-CACGT-------N-A----N-TGT--TG-----TT--CACGTGAAT--T-------------TTAACATAAATTCC---ACGTGAAT-CACTTTTCACG-TGAAA---------TTCA-CGT--T-AAC-AA--T---TTC-A-CG-TGAAAT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGCT--ATTCA--C-GTG-A-ATTTCAC-GTT-A-A-T-------AA--T-TT--CA-C--GT-GA-----AA-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACANTT-GCCT-GTGTA---CATTTC--T-TCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAA-CAG-AA-TA-G--CTATT--TA-TA--AAG-A-CACATTAA--GTGCTGCATGCTGTACA-AG------GA--ATTTGCCGTT-ACAAATT-TCAATTC-TAAA-TT-T------C-AAAAATATCAA--GTGAAAT--T--GA--TA--------C-AACAAAAGTTA---A-----AC-TT---------T--------TCAT-G-T-AAATT--AC-GTTAACAGGA-GT-T--C---AC--AT--TGAATT----TT-CACC-GTGAA--------TA-T--T-----------TT--CAC--------CG-TG---------------------AT----TTC-ACGTG----AA------GTG-CG-------------TTCA-CAGTGA-AAATTACC--T-A-T--AC---A---A--T--C--TC----ATAAG-T-GAAATTT-CATGT-------G-AAGT-G-TGC--T------TT--CGTGTAAAT--TCATGGAAATAATATTCACGTGAATTTC---ATGTGAAT-CACTTTTCA-G-TGAAA---------TTCA-TGTAAT-AACAAA--T---TTC-A-CGATGAACT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGGT--GTTAA--T--TG-A-AATTCAC-GTT-A-A-T-------AA----TT--CA-T--GT-GA-----AT-----TTC-AT---TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATAC-AA-CAA-AAGTT-AAACTTTT--CA-TGTAAAT-T--ACGTTAA---------------CA----G------GA--GTTCAC-ATT-G-AATTT-TCA--CCGTGAA-----------T-A----TTTTCACCGTGA--T--T--T-----------------CACGTGAAGTGCGT---------------------------TCACAG-TGAAAAT-TAC-CTATACA--A-TC-T--C---ATAAG---TGAAAT----TT-CA-T-GTGAA----G---TG-TG-C----------TTT--CG---------TG-TAA-------ATTCATGGA-A--ATAATATTC-ACGTG----AA-T-TTCATG-TGAA--TCA--C-TTTTCA---GTGA-AATTCATG--T-A-ATAAC---A---AA-T--T--TC----AC--GAT-G-AACTT-CACGT-------G-A----AGTGG--TG-----TT--------AAT--T-------------G------AAATTC----ACGTTAAT-AA---TTCATG-TGAAT---------TTCA-T-T--G-AAT-AA--TCTTTTC-AACG-TGAAATCTC-A--C-------A---G---AA-----C--ATTCATAC-GTG-ATAGTCCAC-GTG-A-A-C-------AG--T-T---CA-C------A-----AG-----TTC-AC-GGTGA--A------------TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-A-C--TGAAAT-TC-A--C-------GT--G---AA--TACT--GTTCA--C-GTA-A-ATT-CAT-GTT-A-A-A-------AT--T-TT--CA-C--AT-GA-----AA-----T---------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAATT-GCCT-GTGTAT--CACTTttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAA-CAGTAA-TT-AG-CTATTTACA-TA--AA----CACATGAA--GTGCTG-------CATG-TGTACAAGGA--ATTTGC-GTT-ACAAATT-TCA--TT-TAAATTT-C------A-A----ATTAA---GTGAAAT--T--GA--TA--------ACAACA------AAGT-T---AAC-TT---------T--------TCAT-G-TGAAATT-CAC-GTAAAtgtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-TA-A--C-------GT--T---A------T--ATTAA--C-GTT-A-ACTTCAC-GTT-C-A-A-------AA--T-TT--AA-C--GT-TA-----AA-----TTC-AT-G-T-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTTAACG-TTAAC---------TTCA-CGT--T-CAA-AA--T---TTA-A-CG-TTAAAT-TC-A--T-------GT--AT--AA-GCTCG--ATTAA--C-AAT-A-ATTTAAC-GTT-A-A-C-------A---T-TT--AA-C--GC-TA-----AA-----TTA-AC-G-T---------------------------T-AGGCACAATT-GCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttataGT--T-AAC-CG--T---TTT------TGGGAC-TC-A--T-------GT--G---CA-GTACT--GATCA--C-GTG-A-AATTCAC-G-C-A-----------AA--T-CC--CA-T--GT-GA-----AT-----TTC-AC-G-TG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tT-CATGT-------GCA----G-TAC--TG-----AT--CACGTGAAA--T-------------TCA-CGCAAATCCC---ATGTGAAT------TTCACG-TGAT----------TTCA-CGT--T-CAC-A--------------G-TAAGAT-AT-A--C---------------AA-G------ATTCA--T--TG-A-ATT--AC---T-G-A-C-------AA--T-CT--CG-G--GT-Gtcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacTGAATTTC---ATGTAAAT-CATTTTTTAAG-TGAAAAGC------TTTT-CGC--T-GA---A--T---ATT-A-CA-TGAAAT-TT-A--C-------GT--G---AA-----T--AT-CA--C-ATG-G-AATTCAT-GTG-A-A-T-------A---T-TT--CAAC--GT-GA-----AA-----TTC-AC-G-TGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtacaaa
gi|15 : cataaaa--CA---------CG-TGA-------A-------C-T--TT----TTC-ACGTA----AA-A-TTCA----AAT--TTT--A-TTTTCA-C--TGATAATT-ACG--T-T-A--A--------A--T--T--TCTTCAAT--T-T-G-AATTT-CACAT-------G-A----T-TGA--TG-----TTAGAACGTGAAT--T-------------C--ACA-AAATT-C---AGGTGAAT-
gi|16 : A--C-GTA-A-ATTTAAC-GTA-A-A-T-------GAGTT-TT--AA-C--TT-TA-----AA-----CTA-AC-G-TTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAGTT-GTCT-GTATttt
gi|16 : A--C-GTT-A-GCTTAAC-GTT-A-G-T-------------TT--AA-A--GT-TA-----AAACTCATTT-AC-G-TTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAATT-ACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgcctaA--C-GTT-A-ATTTAAC-GTT-A-AATG------AA--T-TT--TAAC--GT-TA-----AG-----TTA-AC--------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAATT-GCCT-GT
gi|17 : AC-GTT-A-A-TTATTGTTAA--C-TT--AA-C--GTTAA-----AA-----TTC-AT-T-TAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAATT-GCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-G-TGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACATTT-GCAT-GTGTAGTGCATTTC--
gi|18 : AAA---------TTGA-TAT--TCAACTAA--T---CTG-G-AG-CGAAAT-GC-A--CTACACATGC--A---AATGTGCC----TCA--C-GTG-A-ATTTCAC-GTgctccagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-G-TGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAATT-GCAT-GTATA---TATATCATT-TCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAA-CAGTAA-TT-AG-CTATT--TACTA--AAG---CACATTGAATGTGCTGCA---TTGCTG-TAC-----AAGGATTTGC-GTT--CAAATT--CA--TTCTAAA-TT-CAAAA--T-A----TTAA----GTGAAAT--GAATAAACAAAG-----TTAAACTATTTCATGTATAT-TAC-GT---------TAACGAGGATTAC-A-TGAATTT-CACCGTGAATA--A-TT-TTTC---AC--G----GAA-T----TTTCA-C-GTGAA----G---TG----C----------GTTAACA---------GA-TGA-------A-------A----------TTACAC-TGGCACAA-T-CTCATA-AG-T--TGA--A-TTTTCA-T-GTGA-AGT----G--T-G-----C----------T--TC-TC----A---G-T-A-GAATT-CATGTG------A-A----A-TAA--T------TT--CACGTGAAT-------------------------ATT-C---ATGTGAATGCAC-TTTCACG-TGAAA---------TTCA-TGTA-T-AAC-AAT-T---TTC-A-CGATG-AAT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGGT--G-TAA--T-GTG-A-AATTCAC-GTT-A-A-T-------AA--T-TC--CA-T--GT-GA-----AT-----TTC-AA-T-TG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAATGAA--TAAA-CAA-AG-TT-AAACTATTT-CA-TG--TAT-ATTACGTTAA---CGAGG-----ATTACA-TG------AA--TTTCAC---C-GTGAAT-------------A-AT-T------T------TTC-----ACGGAAT--T--TT--CA--------------CGTGAAGTGCGT---TAA----------------------CAG-A-TGAAATTACAC-TGGCACA--A-TC-T--C---AT--AAGTTGAA-T----TTTCA-T-GTGAA----G---TG-TGCTTCTCAGTAGAATT--CA---------TG-TGA-------A-------ATA--AT----TTC-ACGTG----AA-TATTCATG-TGAA--TGC--A-CTTTCA-C-GTGA-AATTCATG--TAT-A--AC---A---AT-T--T--TC----AC--GAT-G-AA-TT-CACGT-------G-AAGTGG-TGTAATGTGAAATT--CACGTTAATAAT-------------TCCATGTGAATTTC---AATTGAATAAACTTTTCACGCTGAAA---------TTCA-CAG--A-AAT-CA--T---TT--A-CG-TGATAT-TC-ACTC-------GT--GAACAA-GTAATACATTCA--CGGTG-A-A-TTCAT-GTG-ACA-C-------AA--T-TTGCCT-C--GT-Gaattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaaA-----TTC-AC-G-TGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACATTT-GCCT-GTGTA---tatt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CAC-ATGAAAA--AATT-T--C---AC--G---TGAA-T----TT-CA-T-GTGAA----G---TG-T--G----------CTT--CA---------TG-T
gi|24 : T-AA-----AA-----CTC-AT-T-TAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAATT-GGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAATT-GCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAATT-GCCT-GTGTA---
gi|3 : AG-AA-TA-G--CTATT--TACTA--AAG---CACATTAA--GTGCT--------CATGCTGTAC---AAGGATTTGC-GTT--CAAATT-TCA--TT-TAAA-TT-TCCAAAAT-A----TAA-----GTGAAATGAT--AA--CAACAATAAGTTAACT--TTTCATGAATATTCACGTTAACGAGGAGT--------TCAC-A-TAAATTT-CAC-GTGAATA--T-TT-T--C---AC--G---TGAT-T----TT-CA-C-GTGAA----G---TGCT--T----------AAT--CA---------CGATG--------A-------A-A--AT----T---ACCTGCAC-AACT-CTCATG-TG------A--A-TTTTCATT-GTGA-AG-----G--T-G-T--GC----------T--TC-TC----A---G-TAG-AATTC-CATGG-------A-A----A-TAA--TA-----TT--CACGTGAAT-------------------------ATT-C---ATGTGAATGCAC-TTTCA-G-TGAAA---------TTCA-TGTA-T-AAC-AAACT---TTC---CGATGAACT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGGT--G-TAA--T-GTGCA-AATTCAC-GTT-A-A-T-------AA----TT--CA-T--GT-GA-----AT-----TTCAAT-G-TG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : cAA-TA--AG-TT-AA-CTTTT--CA-TG--AATATTCACGTTAA-----------------CG-AG------GA--GTTCAC-----ATAAATT-TCA--CG-TGAA-----------T-A----TTTTCAC-GTGA--T--T--TT--CA--------------CGTGAAGTGCTT---AA----------------------TCAC-GATGAAAAT-TAC-CTGCACA--A-CTCT--C---AT--G---TGAA-T----TTTCA-TTGTGAA----GGTGTG-C--T----------TCT--CAGTAGAATTCCA-TGG-------A-------A-ATAATA---TTC-ACGTG----AA-TATTCATG-TGAA--TGC--A-CTTTCA---GTGA-AATTCATG--T-ATA--AC---A---AACT--T--TC-----C--GAT-G-AACTT-CACGT-------G-A----AGTGG--TG-----T---AATGTG-------------------------CAAATTC----ACGTTAAT-AA---TTCATG-TGAAT---------TTCAATGT--G-AAT-AA--TCTTTTC-A-CGCTGAAAT-TCCA--C-------A---G---AA-AC-----ATTTA--C-GTG-ATAGTTCACCGTG-A-A-C-------AG--T-AT--CA--------------AG-----TTC-AC-G-TGA--A------------TTC-AT--GATGA-GCACATTT-GCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataagtgaaatgataacaacCTTCACATGAATTTCACATGAA-TAGCAA-TTGA--CTATC--CA-TG--AAT-TTCACATTTA--GTGTTG-----TTCACA-TG------AA--ATTTAT-GTT-ATAAATT-TCA--TC-TGAA-GTGC------T-G----TTT-----GTGAAAT--T--TG--TA--------TTAATGCGTGTCATGCAT---CAC-TT---------T--------TCAC-G-TGAAATT-CAC-GTCAACA--A-TT-T--C---AT--G---TGAA-T----TT-CA-C-ATTAA----G---TG-T--T----------GTT--CA---------CG-TGA-------A-------A-A--AT----TTA-ACATA----AA-T-TCCATG-CGAT--TCA--A-TTTTCA-C-GTGA-AATTCACG--T-C-A--AC---A---A--T--T--TC----AT--G-T-G-AATTT-CACAT-------T-A----T-TGT--TG-----TT--CACGTGAAT--T-------------TTAACATAAGTTCC---ATGTGAGT-CACTTTTCACG-GGAAA---------TTCA-TGT--T-AAC-AA--T---TTC-A-TG-TGAAAT-TC-A--C-------GT--G---AA-GTGCT--ATTCA--T-GTG-A-ATTTCAC-GTT-A-A-T-------AA--T-TT--CA-C--GT-GA-----AA-----TTC-AC-A-TGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACATTT-GCCG-GTGTA---CATTCC--C-CCCTCCTTAAA
gi|5 : -TT-T--C---AC--GC--TGAAAT----TT-CA-C-GTTAA----A---AG-A--T----------TTT--CAA--------CA-T-----------------A-A--AT----TCA--CGTT----AA-T-TTCACGGTAA----CAGCA-CTTTCA-C-GTGA-AATTCACGAGT-G-A--A--------A--T--TGTTC----AC--A-T-G-AATTT-CACGT-------G-A----C-AAG--TG-----TT--CACGTGAAT--T-------------TT-----------C---A-ATGAAG-CACATTTCACA-TGAAA---------TTCA-CGT--G-AAT-TT--T---TTTTA-TG-TGAA-T-TC-A--C-------ATTTG---AT-GCTCT--TTTAA--C-GTG-A-AATTCAT-GTT-A-A-A-------AT--T-TT--CA-C--AG-AA-----AA-----TTC-AC-G-TGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAACT-GCCT-GTGTA---AATTTCGATATCTT--TTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaa--CA---------CG-TCA-------A-------A-A--TT----TAA-ACGTA----AA-T-TTCGCT-CGAGCATCA--A------A-C-ATTA-AAT-CACA--C-G-A--AC---A---A--AAAT--GC----AC--G-T-G-AATTT-CACGTAAAATTCA-A----A-TTT--TAT----TT--CAC-TGAAA--T-------------TT-ACGTTAATTTCTCAATTTGAA------TTTCACA-TGAAA---------TTGA-TGT--T-AGT-AA--------C-A-CG-TGAAAT-TC-A--C-----------A---AA--------ATTCA--G-GTG-A-ATTT--T-TTT-G-A-T-------AA--C-TT--agagcatcaaatgtaatac
gi|6 : cactaT---------T--------TCAC---TGAAATT-TAC-GTTAA------TT-T--CTCAAT--T---TGAA-T----TT-CA-C-ATGAAATTGA---TG-T--T----------AGTAACA---------CG-TGAAATTCACA-------A-A--AT----TCA-G-GTG----AA-T-TTT-TT-TGAT----A--ACTTTTAA-C-TTTA-GATT--TG--T-A-T--AT---ATGGA--T--T--TC----AT--G-ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : cactacacgtcaaaatttaaacgtaaatttcgctcgagcatcaaacattaaatcacacgaacaaaaatgcacgtgaatttcacgtaaaattcaaattttaATGTGAATTTTACGTGAACTAG-----T-A--CTACA--TG-TG--AAT-TTC---TTAA--AT--TGAAA--TTCACG-TTT-----AC--AT--GC-GTTTATAACTTCTCA--CA--GAA-TT-T------TCA----T-------GAGAAAA--T--TA-------------TAAC-TGTAACATG-AT----GC-TT---------T--------TTAC-G-TGAAATT-AAG-GCGAATA--T-TT-TAAC---AA--G---TGAA-TAAAATT-CA-T-GTGcaatat
gi|8 : cTTTCA-T-GTGA-AATTCATGT-T-T-A--ACTTAA---A--TACT--AC----AT--G-T-G-AATTTCCACAT-------G-A----A-AGT--TT-----TT--TGTGTGA----T-------------TTAACATTATTTTG---ATGT---T---CTTTTCAAA-TGAAA---------TTCA-CAT--T-AAA-AT--T---TTC-A--A-TAAAAT-TT-A-----------------------GC----CTTA--C-ATG-A-ATTTCAT-GTG-A-A---------AA--T--------C--AT-GAGGCACAA-----TTC-ACTG-TGtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|9 : cagtaGAAT--T-------------TCA-CAAGGATTTC---ATGAGAAT-CGCTTTTCACG-TGAAATTGATTTTTTTTA-CGC--G-AAA-AA--GCGATTC-A-CG-TGAAAT-CC-A--T-------GC--G---AA-AT--T---TTCA----GTG-A-A-TTCAC-ATTCA-A-T-------GC--TATT--CA-CAAGT-GA-----AA-----TT---C-T-TGA--A--AT--ttcaccagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 2222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222 1111111111 1111111 1 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333333333 333333333333333333333 1111111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 1111111111 1111111 1 33333333333333333333333 111111111111111 44444444444444444 111
lowQualScore : 3 1 2222 4 3 4 1 22 00 8 66 9999 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 88888888888888888 4 3 3 11 55 3333333333 5555555 4 7777 7 666 0000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 7777 99 0000000000000 33 3 3 44 111111111111111111111 2222222222 3 3 3 3 0000000 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 11111 4 6666666666 2 0 88 2 7777777 444 333 2 2 2 22222222222222222222222 1 22 2 4 3 44 2 333333333333333 5555 33 2 1 44444 1 555 66666666666666666 1 22 5 1 4 4 777 333 0
lowQualScore : . . .... . . . . .. .. . .. .... . ....................................................................................................................................................... . . ................. . . . .. .. .......... ....... . .... . ... .... .................................................... . .... .. ............. .. . . .. ..................... .......... . . . . ....... . ..................................................................... ... ..... . .......... . . .. . ....... ... ... . . . ....................... . .. . . . .. . ............... .... .. . . ..... . ... ................. . .. . . . . ... ... .
lowQualScore : 7 0 8888 4 3 4 9 00 66 9 11 1111 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 00000000000000000 0 6 6 33 55 9999999999 6666666 5 7777 3 888 2222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7777 55 9999999999999 22 1 3 66 888888888888888888888 3333333333 3 3 1 1 0000000 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 88888 1 4444444444 7 8 44 5 4444444 444 111 5 4 4 44444444444444444444444 6 88 0 0 6 55 0 999999999999999 3333 99 0 9 55555 7 000 44444444444444444 7 44 2 4 4 4 999 444 7
consensus : CTTCACGTGAAAT--TNACATAAAC-AG-AA-TTAG-CTATT--CA-TG--AAT-TTCACGTTAA--GTGCTG-----T-CACG-TG------GA-ATTCGC-GTT-ACA--AATT-TCA--T-C-TGAA-TT-C------T-A----TTT-----GTGAAAT------------T-TACAT-AAC-CGTGAAGTGCAT-ACT---TT--------TCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CAC-GTGAACA--A-T---T-T--CAC--G---TGAA-T----TT-CA-C-GTGAAG---TGT--T----------NTTCA---------CGTGA-A-------A-A--AT----TTCACGTG----AAT-TTCGTGCGAA--TCA--ACTTTCAC-G-TGA-AATTCACG--T-N-A--AC---AA--T--T--TC----AC--G-TG-AA-TTTC-A-CGT-------G-A-A---TGNTG-T-----T--CA---------C-GTG--AAT--------------TTC-ACGCGAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTTCACGTGAAA---------TTC-ACGT--T-AAC-AA---T---TTC-A-CG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTCA--CGTG-A-ANTTCA--CGTT-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAANT--TNACATAAAC-AG-AA-TTAA-CTATT--CA-TG--AAT-TTCACGTTAA--GTGCTG-----TTCACG-TG------GA-ATTCGC-GTT-ACA--AATT-TCA--T-C-TGAA-TT-C------T-A----TTT-----GTGAAAT------------T-TACAT-AAC-CGTGNCGTGCAT-ACT---TT--------TCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CAC-GTGAACA--A-T---T-T--CAC--G---TGAA-T----TT-CA-C-GTGAAG---TGT--T----------NTTCA---------CGTGA-A-------A-A--AT----TTNACGTG----AAT-TTCATGCGAN--TCA--ATTTTCAC-G-TGA-AATTCACG--T-N-A--AC---AA--T--T--TC----AC--G-TG-AA-TTTC-A-CGT-------G-A-A---TGNTG-T-----T--CA---------C-GTG--AAT--------------TTT-ACGCGAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTTCACGTGAAA---------TTC-ACGT--T-AAC-AA---T---TTC-A-CG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTCA--CGTG-A-ANTTCA--CGTT-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-TTCTTCCTTAAA
gi|1 : CATAAAC-AG-AA-T-AG-CTATT--TA-TA--AAG-A-CACATTAA--GTGCTGCATGCTGTACA-AG------GA-ATTTGCCGTT-ACA--AATT-TCAATT-C-TAAA-TT-T------C-AAAAATATCAA--GTGAAAT------------T-GATAC-AAC-AA--AAGT-TAA-ACT---TT--------TCAT-G-T------------------AA-ATT--AC-GTTAACAGGA-G---T-T--CAC--AT--TGAATT----TT-CACC-GTGAA----TAT--T-----------TTCAC--------CGTG---------------AT----TTCACGTG----AA-----GTGCG------------TTCACAG-TGA-AAATTACC--T-A-T--AC---AA--T--C--TC----ATAAG-TGAAA-TTTC-A-TGT-------G-A-AGTGTGCT--T-----T--CG---------T-GTA--AATTCATGGAAATAATATTC-ACGTGAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTTCA-GTGAAA---------TTC-ATGTAAT-AACAAA---T---TTC-A-CGATGAACT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTGTTAA--T-TG-A-AATTCA--CGTT-AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AT---TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAAT--TGATACAA-C-AA-AAGTTAAACTTTT--CA-TGTAAAT-T--ACGTTAA---------------CA----G------GA-GTTCAC-ATT-G-A--ATTT-TCA--C-CGTGAA-T-----------A----TTTTCACCGTGA--T------------T-T-CA------CGTGAAGTGCGT-----------------TCACAG-TG-----------------AA-AAT-TAC-CTATACA--A-T---C-T--CATAAG---TGAAAT----TT-CA-T-GTGAAG---TGTG-C----------TTTCG---------TGTAA-ATTCATGGA-A--ATAATATTCACGTG----AAT-TTCATGTGAA--TCA--CTTTTCA--G-TGA-AATTCATG--T-A-ATAAC---AAA-T--T--TC----AC--GATG-AA-CTTC-A-CGT-------G-A-AG--TGGTG-T-----T--AA---------T--TG--AAA--------------TTC-ACGTTAATAATTC---ATGTGAAT------TTCAT-TGAA--------------------T-AAT-CT---T---TTC-AACG-TGAAATCT-CAC-------A---G-AA-----CATTCATACGTG-ATAGTCCA--CGTG-AA-C-------AG--T-T-CA-C------A-A-G-----TTC-AC-GGTGA--A------------TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-A-C--TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA--TACTGTTCA--CGT--A-AATTCA--TGTT-AA-A-------AT--T-TTCA-C--AT-GA-A-A-----T---------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-Tttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAAC-AGTAA-TTAG-CTATTTACA-TA--AA----CACATGAA--GTGCTG-------CATG-TGTACAAGGA-ATTTGC-GTT-ACA--AATT-TCA--T-T-TAAATTT-C------A-A----ATTAA---GTGAAAT------------T---GAT-AAC-AACAAAGT-TA--ACT---TT--------TCAT-G-TG-----------------AA-ATT-CAC-GTAAAgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-T-AAC-------GT--T-A------TATTAA--CGTT-A-ACTTCA--CGTT-CA-A-------AA--T-TTAA-C--GT-TA-A-A-----TTC-AT-G-T-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTTAACGTTAAC---------TTC-ACGT--T-CAA-AA---T---TTA-A-CG-TTAAAT-T-CAT-------GT--ATAA-GCTCGATTAA--CAAT-A-ATTTAA--CGTT-AA-C-------A---T-TTAA-C--GC-TA-A-A-----TTA-AC-G-T---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttataGT--T-AAC-CG---T---TTT------TGGGAC-T-CAT-------GT--G-CA-GTACTGATCA--CGTG-A-AATTCA--CG-C-A----------AA--T-CCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AC-G-TG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTC-A-TGT-------GCA-G---TACTG-A-----T--CA---------C-GTG--AAA--------------TTC-ACGCAAAT--CCC---ATGTGAA------TTTCACGTG-AT---------TTC-ACGT--T-CAC-AG---T---tcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggacTCAC-G-TGA-AATTCACG--C-A---------AA--T--C--CC----AT--G-TG-AA-TTTC-A-CGT-------G-ATT---TCACG-T-----T--CA---------CAGTA--AGA--------------TAT-ACAAGA----TTC---AT-TGAAT-TACTaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactgaGAAT--TTC---ATGTAAAT-CATTTTTTAAGTGAAAAGC------TTT-TCGC--T-GA---A---T---ATT-A-CA-TGAAAT-T-TAC-------GT--G-AA-----TAT-CA--CATG-G-AATTCA--TGTG-AA-T-------A---T-TTCAAC--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaaCA---------CGTGA-A-------C-T--TT----TTCACGTA----AAA-TTCA---AAT--TTT--ATTTTCAC---TGATAATT-ACG--T-T-A--A-----A--T--T--TCTTCAAT--T-TG-AA-TTTC-A-CAT-------G-A-T---TGATG-T-----TAGAA---------C-GTG--AAT--------------T----CACAAAA--TTC---AGGTGAAT-a
gi|16 : A--CGTA-A-ATTTAA--CGTA-AA-T-------GAGTT-TTAA-C--TT-TA-A-A-----CTA-AC-G-TTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATttt
gi|16 : A--CGTT-A-GCTTAA--CGTT-AG-T-------------TTAA-A--GT-TA-A-AACTCATTT-AC-G-TTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgcctaA--CGTT-A-ATTTAA--CGTT-AAATG------AA--T-TTTAAC--GT-TA-A-G-----TTA-AC--------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--CGTT-AA-TTATTGTTAA--C-TTAA-C--GTTAA-A-A-----TTC-AT-T-TAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-G-TGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA---------TTG-ATAT--TCAACTAA---T---CTG-G-AG-CGAAAT-G-CACTACACATGC--A-AATGTGCC--TCA--CGTG-A-ATTTCA--CGTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-G-TGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAAC-AGTAA-TTAG-CTATT--TACTA--AAG---CACATTGAATGTGCTGCA---TTGCTG-TACAA---GG-ATTTGC-GTT--CA--AATT--CA--TTC-TAAA-TT-CAAAA--T-A----TTAA----GTGAAATGAATAAACAAAGT-TA----AAC-TATTTCATGTAT-ATTACGTTAACGAGGATTAC-A-TG-----------------AA-TTT-CACCGTGAATA--A-T---T-TTTCAC--G----GAA-T----TTTCA-C-GTGAAG---TG---C----------GTTAA---------CA-GATG-------A-A--AT----TACAC-TGGCACAAT-CTCATAAG-T--TGA--ATTTTCAT-G-TGA-AGT----G--T-G-----C-------T--TC-TC----A---G-TA-GA-ATTC-A-TGT-------G-A-A-----AT-----------------------------AAT--------------TTC-ACGTGAATA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTCACGTGAAA---------TTC-ATGTA-T-AAC-AAT--T---TTC-A-CGATG-AAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTG-TAA--TGTG-A-AATTCA--CGTT-AA-T-------AA--T-TCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AA-T-TG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT---GA-ATAAAC-AA-AG-TTAAACTATTT-CA-TG--TAT-ATTACGTTAA-----------------CG-AG------GA---------TT-ACATGAATT-TCA--C-CGTGAA-TA----------A----TTT-----------T------------T-CACGG-AA-----------------T---TT--------TCAC-G-TGAAGTGCGTTAACAGATGAA-ATTACAC-TGGCACA--A-T---C-T--CAT--AAGTTGAATT----TT-CA-T-GTGAAG---TGTGCTTCTCAGTAGAATTCA---------TGTGA-A-------ATA--AT----TTCACGTG----AATATTCATGTGAA--TGC--ACTTTCAC-G-TGA-AATTCATG--TAT-A--AC---AAT-T--T--TC----AC--GATG-AA--TTC-A-CGT-------G-A-AG--TGGTG-T--------------------------AAT--------------------GTGAAA--TTC---ACGTTAAT-AA--TTCCATGTGAAT---------TTC-AATT--G-AAT-AAACTT---TTC-A-CGCTGAAAT-T-CAC-------A---G-AA-AT--CATTTA--CGTG-A-TATTCACTCGTG-AA-C-------AA------------GT-AATACA-----TTC-ACGG-TG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-G-TGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CAC-ATGAAAA--AAT---T-T--CAC--G---TGAA-T----TT-CA-T-GTGAAG---TGT--G----------CTTCA---------TGT
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-T-TAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : C-AG-AA-T-AG-CTATT--TACTA--AAG---CACATTAA--GTGCT--------CATGCTGTACAA-GG-ATTTGC-GTT--CA--AATT-TCA--T-T-TAAA-TT-TCCAAAAT-A----TAA-----GTGAAAT------------GATA-AC-AAC-AATAA-GT-TA--ACT---TT--------TCA----TG-----------------AATATT-CAC-GTTAACG--A-GGAGT-T--CAC--A---TAAA-T----TT-CA-C-GTGAA----TAT--T-----------TTCA---------CGTG------------A--TT----TTCACGTG----AA-----GTGC-----TTA--A---TCAC-GATGA-AAATTACC--T-G-C--AC---AAC-T--C--TC----AT--G-TG-AATTTTC-ATTGT-------G-A-A----GGTG-TGCTTCT--CAGTAGAATTCC-ATGGAAATAATA----------TTC-ACGTGAATA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTCA-GTGAAA---------TTC-ATGTA-T-AAC-AAAC-T---TTC---CGATGAACT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTG-TAA--TGTGCA-AATTCA--CGTT-AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTCAAT-G-TG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : GTGAAATGATAACAACAAT-A--AG-TTAA-CTTTT--CA-TG--AATATTCACGTTAA-----------------CG-AG------GA-GTTCAC-AT----A--AATT-TCA--C-G-TGAA-T-----------A----TTTTCAC-GTGA--T------------T-TTCA------CGTGAAGTGCTT-AAT--------------CAC-GATG-----------------AA-AAT-TAC-CTGCACA--A-C---TCT--CAT--G---TGAA-T----TTTCA-TTGTGAAGGTGTGC--T----------TCTCAGTAGAATTCCATGG-A-------A-ATAATA---TTCACGTG----AATATTCATGTGAA--TGC--ACTTTCA--G-TGA-AATTCATG--T-ATA--AC---AAACT--T--TC-----C--GATG-AA-CTTC-A-CGT-------G-A-AG--TGGTG-T--------------------------AAT--------------GT----GCAAA---TTC---ACGTTAAT-AA---TTCATGTGAAT---------TTCAATGT--G-AAT-AATCTT---TTC-A-CGCTGAAAT-TCCAC-------A---G-AA-A---CATTTA--CGTG-ATAGTTCAC-CGTG-AA-C-------AG--T-ATC---------A-A-G-----TTC-AC-G-TG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATT--TCACATGAAT-AGCAA-TTGA-CTATC--CA-TG--AAT-TTCACATTTA--GTGTTG-----TTCACA-TG------AA-ATTTAT-GTT-ATA--AATT-TCA--T-C-TGAA-GTGC------T-G----TTT-----GTGAAAT------------T-TGTATTAATGCGTGTCATGCATCACT---TT--------TCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CAC-GTCAACA--A-T---T-T--CAT--G---TGAA-T----TT-CA-C-ATTAAG---TGT--T----------GTTCA---------CGTGA-A-------A-A--AT----TTAACATA----AAT-TCCATGCGAT--TCA--ATTTTCAC-G-TGA-AATTCACG--T-C-A--AC---AA--T--T--TC----AT--G-TG-AA-TTTC-A-CAT-------T-A-T---TGTTG-T-----T--CA---------C-GTG--AAT--------------TTTAACATAAGT--TCC---ATGTGAGT-CACTTTTCACGGGAAA---------TTC-ATGT--T-AAC-AA---T---TTC-A-TG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTCA--TGTG-A-ATTTCA--CGTT-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-A-TGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : -T---T-T--CAC--GC--TGAAAT----TT-CA-C-GTTAAA---AGA--T----------TTTCAA--------CATAA-A------------------TTCACGTT----AAT-TTCACGGTAA---CAGCACTTTCAC-G-TGA-AATTCACGAGT-G-A--A-----A--T--TGTTC----AC--A-TG-AA-TTTC-A-CGT-------G-A-C---AAGTG-T-----T--CA---------C-GTG--AAT--------------TTT-------------C---A-ATGAAG-CACATTTCACATGAAA---------TTC-ACGT--G-AAT-TT---T---TTTTA-TG-TGAA-T-T-CAC-------ATTTG-AT-GCTCTTTTAA--CGTG-A-AATTCA--TGTT-AA-A-------AT--T-TTCA-C--AG-AA-A-A-----TTC-AC-G-TGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------CGTCA-A-------A-A--TT----TAAACGTA----AAT-TTCGCTCGAGCATCA--A-----AC-A-TTA-AAT-CACA--C-G-A--AC---AA--AAAT--GC----AC--G-TG-AA-TTTC-A-CGTAAAATTCA-A-A---TTTTATT-----T--CA---------C--TG--AAA--------------TTT-ACGTTAAT--TTCTCAATTTGAA------TTTCACATGAAA---------TTG-ATGT--T-AGT-AA---------C-A-CG-TGAAAT-T-CAC-----------A-AA------ATTCA--GGTG-A-ATTT----TTTT-GA-T-------AA--C-TTagagcatcaaatgtaatac
gi|6 : cactaC-A-TG-----------------AA-ATC-CAT-ATATACA--A----------------------A-T----CT-AA-A-GTTAAA---AGT--T----------AT-CA-------------A-A-------A-A--AA----TTCACCTG----AAT-TT--TGTGAA---------TTTCAC-G-TGttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : cactacacgtcaaaatttaaacgtaaatttcgctcgagcatcaaacattaaatcacacgaacaaaaatgcacgtgaatttcacgtaaaattcaaattttatttcactgaaatttacgttaatttctcaatttgaatttcacatgaaattgatgttagtaaATGTGAATT--TTACGTGAACTAG-----TA--CTACA--TG-TG--AAT-TTC---TTAA--AT--TGAAA--TTCACG-TT------TACAT--GC-GTTTATA--ACTTCTCA----C-AGAA-TT-T------TCA----T-------GAGAAAA------------T-TA--T-AAC-TGTAACATG-AT-GCT---TT--------TTAC-G-TG-----------------AA-ATT-AAG-GCGAATA--T-T---T-TAACAA--G---TGAA-TAAAATT-CA-T-GTGcaatat
gi|8 : cTTTCAT-G-TGA-AATTCATG--T-TTA--ACTTAAA--TACT--AC----AT--G-TG-AA-TTTCCA-CAT-------G-A-A---AGTTT-T-----T--TG---------T-GTG--A-T--------------TTA-ACATTATT--TTG---ATGT---T-C--TTTTCAAATGAAA---------TTC-ACAT--T-AAA-AT---T---TTC-A--A-TAAAAT-T-TA-------------------GC--CTTA--CATG---------------------------AA--T-TTCA-T--GT-GA-A-A-----ATC-A--------------------------------TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---Ctcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|9 : caG--AAT--------------TTC-ACAAGGAT--TTC---ATGAGAAT-CGCTTTTCACGTGAAATTGATTTTTTTT-ACGC--G-AAA-AA---GCGATTC-A-CG-TGAAAT-C-CAT-------GC--G-AA-AT--T-TTCA---GTG-A-A-TTCA--CATTCAA-T-------GC--TATTCA-CAAGT-GA-A-A-----TT---C-T-TGA--A--AT--ttcaccagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 1 11 1 3333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111 111111 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11 222222 1111111111 11111111111 1111 222222222222222222222222 111111111111111 4444444444444444444444 111
lowQualScore : 2 8888 55 5 3 0 11 0 66 6666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 99 0 4 111111111111 4 555555 4 3 8 888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777777777777777777777 4444 2 6666 2 44444 33333333333333333333333333333333333 8 2 2 8888888 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333 11 444 999999 444 55 7777777777 0 0 77 2 77777777777 333 2 1111 2 2 999999999999999999999999 1 22 1 3 3 22 1 66666 333333333333333 5555 55 1 5555555 1 3333333333333333333333 1 22 5 0 4 4 777 111
lowQualScore : . .... .. . . . .. . .. .... ............................................................................................................................................................ . .. . . ............ . ...... . . . ... ........................................................... ..................... .... . .... . ..... ................................... . . . ....... . ..................................................................................... ..... .. ... ...... ... .. .......... . . .. . ........... ... . .... . . ........................ . .. . . . .. . ..... ............... .... .. . ....... . ...................... . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 0000 22 0 2 0 99 0 99 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 11 1 7 666666666666 4 444444 4 3 0 444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333 6666 9 1111 9 44444 33333333333333333333333333333333333 6 7 7 7777777 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00000 22 111 999999 444 44 6666666666 7 1 55 2 66666666666 999 2 7777 2 2 777777777777777777777777 0 66 9 8 5 55 8 77777 555555555555555 8888 77 9 0000000 7 2222222222222222222222 7 33 0 9 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAAT--TGACATAAACAG-AA-TTAG-CTATT--CA-TG--AAT--TCACGTTAA--GTGCTG----CAC-G-T-------G------GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAA-TT-C------TA----TT-T--A--GTGAAATT-TNCAT-AAC-CGTGAAGTGCA--ACT-TTTCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CACGTNAAC---A--A-T---T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GTGAAG---TGT--T----------TTTCA---------C-GTGAA-------A-A--AT----TTCACGTGAAT-TTCGTGCGA--ATCA--ACTTTCAC-G-TGA-A----ATT-CAC--G--T-N-A--AC---AA--T--T--TC----AC--G---TGAA-TTTC-A-CGT-------G-A-AG----T---GNT----------G-T-----T--CA---------C-GTG----A--AN----T--------------T---C-ACGT---GAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTT---CA-CGTGAAA---------TTCACGT--T-AA---C-A--A--T---TTC-A-CG-TGAAAT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGCTA-TTCA--CGTG-A-ANTTCA--C-GTT-----AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAAT--TNACATAAACAG-AA-TTAG-CTATT--CA-TG--AAT-TTCACGTTAA--GTGCTG--T-CAC-G-T-------G------GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAA-TT-C------TA----TT-T-----GTGAAATT-TACAT-AAC-CGTGAAGTGCAT-ACT-TTTCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CACGTGAAC---A--A-T---T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GTGAAG---TGT--T----------NTTCA---------C-GTGAA-------A-A--AT----TTCACGTGAAT-TTCGTGCGA--ATCA--ACTTTCAC-G-TGA-A----ATT-CAC--G--T-N-A--AC---AA--T--T--TC----AC--G---TGAA-TTTC-A-CGT-------G-A-A-----T---GNT----------G-T-----T--CA---------C-GTG----A--AT----T--------------T---C-ACGC---GAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTT---CA-CGTGAAA---------TTCACGT--T-AA---C-A--A--T---TTC-A-CG-TGAAAT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGCTA-TTCA--CGTG-A-ANTTCA--C-GTT-----AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AA-T-AG-CTATT--TA-TA--AAG-A-CACATTAA--GTGCTG----CAT-G-CTGTACAAG------GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAA-TT-T------CAAAAATA-TCAA--GTGAAATT-GATAC-AAC-AA--AAGT-TAA-ACT-TTTCAT-G-T------------------AA-ATT--ACGTTAAC---AGGA-G---T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGTGAA----TAT--T-----------TTCA---------CCGTGA--------------T----TTCACGTGAA-----GTGCG------------TTCACAG-TGA-A----AAT-TAC--C--T-A-T--AC---AA--T--C--TC----ATAAG---TGAAATTTC-A-TGT-------G-A-AGTG--T---GCT------------T-----T--CG---------T-GTA----A--AT----TCATGGAAATAATATT---C-ACGT---GAAT--TTC---ATGTGAAT-CACTTTT---CA--GTGAAA---------TTCATGTAAT-AA---CAA--A--T---TTC-A-CGATGAACT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGGTG-TTAA--T-TG-A-AATTCA--C-GTT-----AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AT---TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAAT--TGATACAA-CAA-AAGTTAAACTTTT--CA-TGTAAAT-T--ACGTTAA------------CA------------G------GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAA-T----------A----TT-TTCACCGTGA--TT-T-CA------CGTGAAGTGCGT-------TCACAG-TG-----------------AA-AAT-TACCTATAC---A--A-T---C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GTGAAG---TGTG-C----------TTTCG---------T-GTAAATTCATGGA-A--ATAATATTCACGTGAAT-TTCATGTGA--ATCA--CTTTTCA--G-TGA-A----ATT-CAT--G--T-A-ATAAC---AAA-T--T--TC----AC--GA--TGAA-CTTC-A-CGT-------G-A-AG----T---GGT----------G-T-----T--AA---------T--TG----A--AA----T--------------T---C-ACGT---TAATAATTC---ATGTGAAT------TT---CA-T-TGAA-------------------T-AA---T-C--T--T---TTC-AACG-TGAAATCTC-AC-------A---G-AA-----CA-TTCATACGTG-ATAGTCCA--C-GTG-----AA-C-------AG--T-T-CA-C------A-A-G-----TTC-AC-GGTGA--A------------TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-A-C--TGAAAT-TC-AC-------GT--G-AA--TACTG-TTCA--CGT--A-AATTCA--T-GTT-----AA-A-------AT--T-TTCA-C--AT-GA-A-A-----T---------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAA-TTAG-CTATTTACA-TA--AA----CACATGAA--GTGCTG----CAT-G-T-------GTACAAGGAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAATTT-C------AA----AT-TAA---GTGAAATT---GAT-AAC-AACAAAGT-TA--ACT-TTTCAT-G-TG-----------------AA-ATT-CACGTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-TA-AC-------GT--T-A------TA-TTAA--CGTT-A-ACTTCA--C-GTT-----CA-A-------AA--T-TTAA-C--GT-TA-A-A-----TTC-AT-G-T-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTT---AA-CGTTAAC---------TTCACGT--T-CA---A-A--A--T---TTA-A-CG-TTAAAT-TC-AT-------GT--ATAA-GCTCGA-TTAA--CAAT-A-ATTTAA--C-GTT-----AA-C-------A---T-TTAA-C--GC-TA-A-A-----TTA-AC-G-T---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttataGT--T-AA---C-C--G--T---TTT------TGGGAC-TC-AT-------GT--G-CA-GTACTG-ATCA--CGTG-A-AATTCA--C-G-C-----A----------AA--T-CCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AC-G-TG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTC-A-TGT-------GCA-G-----T---ACT----------G-A-----T--CA---------C-GTG----A--AA----T--------------T---C-ACGC---AAAT--CCC---ATGTGAA------TTT---CA-CGTG-AT---------TTCACGT--T-CA---C-A--G--T---tcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggacCAC-C-CGA-G----ATT------G--T-C-A--GT---AA--T--T---C----A---A---TGAA-TCTT----GT-------A-T-A-----TCTTACT----------G-T-----G--AA---------C-GTG----A--AA----T------------------C-ACGT---GAAA--TTC---ACATGGG---ATTT------G-CGTGAAT---------TTCACGT--G-AT---C-AGTA--C---TGC-A-CA-TGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggacTCAC-G-TGA-A----ATT-CAC--G--C-A-A--A--------T--C--CC----AT--G---TGAA-TTTC-A-CGT-------G-ATT-----T---CAC----------G-T-----T--CA---------CAGTA----A--GA----T--------------A---T-ACAA---GA----TTC---AT-TGAAT-TACTtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggactcatgtgcagtactga---GAAT--TTC---ATGTAAAT-CATTTTT---TA-AGTGAAAAGC------TTTTCGC--T-GA--------A--T---ATT-A-CA-TGAAAT-TT-AC-------GT--G-AA-----TA-T-CA--CATG-G-AATTCA--T-GTG-----AA-T-------A---T-TTCAAC--GT-GA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaa-CA-C-GTGAAC---T----T----------TTTCA---------C-GTAAA-------A----------TTCA----AAT-TTTAT--------------TTTCAC---TGATA----ATT--AC--G--T-T-A--A-----A--T--T--TCTTCAAT--T---TGAA-TTTC-A-CAT-------G-A-T-----T---GAT----------G-T-----TAGAA---------C-GTG----A--AT----T---------------------CAC---AAAA--TTC---AGGTGAAT-a
gi|16 : A--CGTA-A-ATTTAA--C-GTA-----AA-T-------GAGTT-TTAA-C--TT-TA-A-A-----CTA-AC-G-TTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATttt
gi|16 : A--CGTT-A-GCTTAA--C-GTT-----AG-T-------------TTAA-A--GT-TA-A-AACTCATTT-AC-G-TTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgcctaA--CGTT-A-ATTTAA--C-GTT-----AAATG------AA--T-TTTAAC--GT-TA-A-G-----TTA-AC--------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--C-GTT-----AA-TTATTGTTAA--C-TTAA-C--GTTAA-A-A-----TTC-AT-T-TAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-G-TGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA---------TTGATAT--TCAA---CTA--A--T---CTG-G-AG-CGAAAT-GC-ACTACACATGC--A-AATGTGCC---TCA--CGTG-A-ATTTCA--C-GTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-G-TGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--TACTA--AA---GCACATTGAATGTGCTGCAT-TGCTG-TACA----A------GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAA-TT-CAAAA--TA----TTAA-----GTGAAA---TGAAT-AAA-C--AAAGT-TAA-ACTATTTCAT-G-T------------------AT-ATT--ACGTTAACGAGG--A-T---T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GTGAAT---AAT--T----------TTTCA---------C-G---G-------A-A--TT----TTCACGTGAA-----GTGCG----TTA--A----CAG-A-TGA-A----ATTACAC--T--G-G-C--AC---AA--T--C--TC----AT--AAGTTGAATTTTC-A-TGT-------G-A-AGTG--T---GCTTCTCAGTAGAA-T-----T--CA---------T-GTGAAATA--AT----T--------------T---C-ACGT---GAATA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTT---CA-CGTGAAA---------TTCATGTA-T-AA---C-A--AT-T---TTC-A-CGATG-AAT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGGTG--TAA--TGTG-A-AATTCA--C-GTT-----AA-T-------AA--T-TCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AA-T-TG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT---GA-ATAAACAA-AG-TTAAACTATTT-CA-TG--TAT-ATTACGTTAA--------------C-G-A-------G------GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAA-T---------------------------AATTT-TTCA------CG-GAA---------T-TTTCAC-G-TGAAGTGCGTTAACAGATGAA-ATTACACTGGCAC---A--A-T---C-TCAT--AAGTT-GAATTTT-CA-T-GTGAAG---TGTGCTTCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-------ATA--AT----TTCACGTGAATATTCATGTGA--ATGC--ACTTTCAC-G-TGA-A----ATT-CAT--G--TAT-A--AC---AAT-T--T--TC----AC--GA--TGAA--TTC-A-CGT-------G-A-AG----T---GGT----------G-------T--AA---------T-GTG----A--AA----T--------------T---C-ACGTTAATAAT--TCC---ATGTGAA------TTT---CA-ATTGAA----------------T--A-AA---C----T--T---TTC-A-CGCTGAAAT-TC-AC-------A---G-AA-AT--CA-TTTA--CGTG-A-TATTCACTC-GTG-----AA-C-------AA------------GT-AATACA-----TTC-ACGG-TG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-G-TGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACATGAAA---A--AAT---T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-T-GTGAAG---TGT--G----------CTTCA---------T-GT
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-T-TAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : CAG-AA-T-AG-CTATT--TACTA--AAG---CACATTAA--GTGCT-----CAT-GCT-------GTACAA-GGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAA-TT-TCCAAAATA----TA-A-----GTGAAATGATA-AC-AAC-AAT-AAGT-TA--ACT-TTTCA----TG-----------------AATATT-CACGTTAAC---G--A-GGAGT-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GTGAA----TAT--T-----------TTCA---------C-GTGAT-------------T----TTCACGTGAA-----GTGC-----TTA--A---TCAC-GATGA-A----AAT-TAC--C--T-G-C--AC---AAC-T--C--TC----AT--G---TGAATTTTC-ATTGT-------G-A-A---------GGT----------G-TGCTTCT--CAGTAGAATTCC-ATGGA--A--ATAATAT--------------T---C-ACGT---GAATA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTT---CA--GTGAAA---------TTCATGTA-T-AA---C-A--AACT---TTC---CGATGAACT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGGTG--TAA--TGTGCA-AATTCA--C-GTT-----AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTCAAT-G-TG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : GTGAAATGATAACAACAATA--AG-TTAA-CTTTT--CA-TG--AATATTCACGTTAA--------------C-G-A-------G------GAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAA-T----------A----TT-TTCAC-GTGA--TT-TTCA------CGTGAAGTGCTT-AAT----CAC-GATG-----------------AA-AAT-TACCTGCAC---A--A-C---TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGTGAAGGTGTGC--T----------TCTCAGTAGAATTCC-ATGGA-------A-ATAATA---TTCACGTGAATATTCATGTGA--ATGC--ACTTTCA--G-TGA-A----ATT-CAT--G--T-ATA--AC---AAACT--T--TC-----C--GA--TGAA-CTTC-A-CGT-------G-A-AG----T---GGT----------G-T--------AA---------T-GTGC---A--AA----T--------------T---C-ACGT---TAATAATTC---ATGTGAAT------TT---CAATGTGAA-------------------T-AA---T-C--T--T---TTC-A-CGCTGAAAT-TCCAC-------A---G-AA-AC---A-TTTA--CGTG-ATAGTTCA--CCGTG-----AA-C-------AG--T-ATCA----------A-G-----TTC-AC-G-TG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATT--TCACATGAATAGCAA-TTGA-CTATC--CA-TG--AAT-TTCACATTTA--GTGTTG--TTCAC-A-T-------G------AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAA-GTGC------TG----TT-T-----GTGAAATT-TGTATTAATGCGTGTCATGCATCACT-TTTCAC-G-TG-----------------AA-ATT-CACGTCAAC---A--A-T---T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-ATTAAG---TGT--T----------GTTCA---------C-GTGAA-------A-A--AT----TTAACATAAAT-TCCATGCGA--TTCA--ATTTTCAC-G-TGA-A----ATT-CAC--G--T-C-A--AC---AA--T--T--TC----AT--G---TGAA-TTTC-A-CAT-------T-A-T-----T---GTT----------G-T-----T--CA---------C-GTG----A--AT----T--------------T---TAACAT---AAGT--TCC---ATGTGAGT-CACTTTT---CA-CGGGAAA---------TTCATGT--T-AA---C-A--A--T---TTC-A-TG-TGAAAT-TC-AC-------GT--G-AA-GTGCTA-TTCA--TGTG-A-ATTTCA--C-GTT-----AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-A-TGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : -T---T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GTTAAA---AGA--T----------TTTCAA--------C-ATAAA------------------TTCACGTTAAT-TTCACGGTA--A-CAGCACTTTCAC-G-TGA-A----ATT-CAC--GAGT-G-A--A-----A--T--TGTTC----AC--A---TGAA-TTTC-A-CGT-------G-A-C-----A---AGT----------G-T-----T--CA---------C-GTG----A--AT----T--------------T-------------------TC---A-ATGAAG-CACATTT---CA-CATGAAA---------TTCACGT--G-AA---T-T--T--T---TTTTA-TG-TGAA-T-TC-AC-------ATTTG-AT-GCTCTT-TTAA--CGTG-A-AATTCA--T-GTT-----AA-A-------AT--T-TTCA-C--AG-AA-A-A-----TTC-AC-G-TGA--A--AT---------TC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-------A-A--TT----TAAACGTAAAT-TTCGCTCGAGCATCA--A-----AC-A-TTA-A----AT--CAC--A--C-G-A--AC---AA--AAAT--GC----AC--G---TGAA-TTTC-A-CGTAAAATTCA-A-A-----T---TTT----------ATT-----T--CA---------C--TG----A--AA----T--------------T---T-ACGT---TAAT--TTCTCAATTTGAA------TTT---CA-CATGAAA---------TTGATGT--T-AG---T-A--A--------C-A-CG-TGAAAT-TC-AC-----------A-AA------A-TTCA--GGTG-A-ATTT----T-TTT-----GA-T-------AA--C-TTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGA-ATTTTATT-CACTTG--T-T-A--A----AA--TA-T--TC----GC--C---TTAA-TTTC-A-CGT-------A-A-AAAGCAT---CAT----------G-T-----TA-CA-----------GTT----ATAAT----T--------------TTCTC-ATGA---AAAT--TCT---GTGAGAAG----TTATAAACG-CATGTAA------------ACGT--G-AATTTC-A--A--T---TTA-A-----GAAAT-TC-AC-------AT--G-TA-GTACTAGTTCA--CGTA-A-AATTCA--C-ATTCACCGAA-A-------AA--C-TTTG-C--CT------------TTC-A-----GA--A--ATC-AA----TTC-AG--G-CGAttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|8 : cTTTCAT-G-TGA-A----ATT-CAT--G--T-TTA--ACTTAAA--TACT--AC----AT--G---TGAA-TTTCCA-CAT-------G-A-A-----A---GTT----------T-T-----T--TG---------T-GTG----A---T----T--------------T---A-ACAT---TATT--TTG---ATGT---T-C--TTTT---CA-AATGAAA---------TTCACAT--T-AA---A-A--T--T---TTC-A--A-TAAAAT-TT-A-------------------GC---CTTA--CATG--------------------------------AA--T-TTCA-T--GT-GA-A-A-----ATC-A--------------------------------TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---Caa
gi|9 : caG----A--AT----T--------------T---C-ACAA---GGAT--TTC---ATGAGAAT-CGCTTTT---CA-CGTGAAATTGATTTTTTTTACGC--G-AA---A-A--A--GCGATTC-A-CG-TGAAAT-CC-AT-------GC--G-AA-AT--T--TTCA---GTG-A-A-TTCA--C-ATTC----AA-T-------GC--TATTCA-CAAGT-GA-A-A-----TT---C-T-TGA--A--AT--ttcaccagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 11 22222 7777777777777777777777777777777777 11111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 22222222 111111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333333333333333333333 11111 2222222 11 66666666666666666666666666666666666666666 111111111 1111111111111 11 333333 1111111111 22222222222 1 11111111111 2222222 111111111111111 33333333333333333 111
lowQualScore : 2 5 1 11 5 3 0 11 777 11111 1 8888888888888888888888888888888888 777 1 4 66 77777 66666 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 3 0000 33 444 1 11111111 444 3 444444 3 3 111 77777 9 3 6 44 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 0 44 222222222222222222222222 88 3 3 3 55 33333 66666 88 55555 3333333 33 3 3 55555555555555555555555555555555555555555 333333333 1 8888 4444444444444 2 33 3 555 555555 2 2 9999999999 33 1 88 2 00000000000 5 2 2 2 33333333333 2 9999999 444 22 4 2 2 44 44444 2 777777777777777 1 5555 44 2 5555555 1 44 99999999999999999 1 22 5 1 4 4 888 111
lowQualScore : . . . .. . . . .. ... ..... . .................................. ... . . .. ..... ..... .. ............................................................... .. . .... .. ... . ........ ... . ...... . . ... ..... . . . .. .. .............................................................. .... . .. ........................ .. . . . .. ..... ..... .. ..... ....... .. . . ......................................... ......... . .... ............. . .. . ... ...... . . .......... .. . .. . ........... . . . . ........... . ....... ... .. . . . .. ..... . ............... . .... .. . ....... . .. ................. . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 99 0 2 0 99 111 88888 7 6666666666666666666666666666666666 888 7 4 33 22222 22222 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 3 4444 22 444 0 99999999 000 1 666666 1 1 555 77777 2 1 2 22 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 4 66 444444444444444444444444 55 3 3 6 00 44444 88888 66 11111 3333333 66 3 3 22222222222222222222222222222222222222222 333333333 0 9999 4444444444444 9 66 1 444 222222 9 4 5555555555 77 4 44 5 55555555555 0 5 4 4 77777777777 4 4444444 999 88 0 9 0 55 88888 0 666666666666666 4 7777 00 0 8888888 7 00 88888888888888888 7 44 2 4 7 7 555 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGT-AA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G------GAAT---TCGC-GTTACA-----AATTTCA--TC-TGAA--TT-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAA-C---A--A-T-T-TCAC--G---T-G-AA---T-----TT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A-A----AT----T----TCACGTG--AAT-TTCGCGCGA----ATCA--ACTTTCAC-G-TG-AAATT-CACG--T--G-AA---C-AA--T--T--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CG-TGAA---GT---G--------T----G-------------T----TCA---------CGTG----AA------AT-----TC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGAAT-CAC-TTTC-ACGTGAAA---------TTC--ACGT--T-AAC-AA---T---TTC-ACG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAG--AA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G------GAAT---TCGC-GTTACA-----AATTTCA--TC-TGAA--TT-C------T----AT-TTA--GTGAAATTTNCAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAA-C---A--A-T-T-TCAC--G---T-G-AA---T-----TT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A-A----AT----T----TCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATCA--ACTTTCAC-G-TG-AAATT-CACG--T--N-AA---C-AA--T--T--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CG-TGAA---GT---GN-------T----G-------------T----TCA---------CGTG----AA------NT-----TC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGAAT-CACTTTTC-ACGTGAAA---------TTC--ACGT--T-AAC-AA---T---TTC-ACG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG--AA-T-AG-CTATT--TATA--AAG--A-CACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG------GAAT---TTGCCGTTACA-----AATTTCAATTC-TAAA--TT-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTA--A--ACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAA-C---AGGA-G-T-TCAC--A---TTG-AA---T-----TTTCA-CCGT--GA--A----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA----------------T----T----TCACGTG--AA-----GTGCG--------------TTCACAG-TG-AAAAT-TACC--T--A-TA---C-AA--T--C--TCATAAG---TGAAATTTCA-TG-TGAA---GT---GTGCTTTCGT----G-------------TAAATTCA---------TG-G----AA------ATAATATTC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGAAT-CACTTTTC-A-GTGAAA---------TTC--ATGTAAT-AACAAA---T---TTC-ACGATGAACT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTGTTA--AT-TG-A-AAT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAA--AAGTTAAACTTTT--CATGTAAAT--T--ACGTTAA----------CA---------------G------GAGT---TCAC-ATTG-A-----ATTTTCA--CCGTGAA--TA-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGC--G-------TTCACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATA-C---A--A-T-C-TCATAAG---T-G-AAA--T-----TT-CA-T-GT--GA--AG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGA-A----ATAATAT----TCACGTG--AAT-TTCATGTGA----ATCA--CTTTTCA--G-TG-AAATT-CATG--TAAT-AA---CAAA--T--T--TCAC--GA--TGAA-CTTCA-CG-TGAA---GT---GG-------T----G-------------T----TAA---------T-TG----AA------AT-----TC-ACGTTAATAATT-C---ATGTGAA------TTTC-AT-TGAA---------------------T-AAT-CT---T---TTCAACG-TGAAATCT-CAC-------A---G-AA-----CATTCATACGTG-ATAGT-CCA--CGT-----G-AA-C-------AG----TTCA-C------A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-AC--TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA--TACTGTTC--ACGT--A-AAT-TCA--TGT-----T-AA-A-------AT--T-TTCA-C--AT-GA-A-A-----T--------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGT-AA-TTAG-CTATTTACATA--AA-----CACATGAA--GTGCTG--CA----TG-T-------GTACAAGGAAT---TTGC-GTTACA-----AATTTCA--TT-TAAA--TT-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-T--A--ACT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAA-tgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-T-AAC-------GT--T-A------TATTA--ACGTT-A-ACT-TCA--CGT-----T-CA-A-------AA--T-TTAA-C--GT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTTA-ACGTTAAC---------TTC--ACGT--T-CAA-AA---T---TTA-ACG-TTAAAT-T-CAT-------GT--ATAA-GCTCGATTA--ACAAT-A-ATT-TAA--CGT-----T-AA-C-------A---T-TTAA-C--GC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttataGT--T-AAC-CG---T---TTT-----TGGGAC-T-CAT-------GT--G-CA-GTACTGATC--ACGTG-A-AAT-TCA--CG------C-A----------AA--T-CCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TG-TGCA---GT---AC-------T----G-------------A----TCA---------CGTG----AA------AT-----TC-ACGCAAAT--CC-C---ATGTGAA------TTTC-ACGTG-AT---------TTC--ACGT--T-CAC-AG---T---tcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGA--A--A-----TCAC-G-TGAA----ATT-CAC--ATGGG--------A-T-T-T-GC--G---T-G-AA---T-----TT-CA-C-GT--GATCAG---TA-----C----------TGCA---------C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacTGAAT--TT-C---ATGTAAAT-CATTTTTT-AAGTGAAAAGC------TTT--TCGC--T-GA---A---T---ATT-ACA-TGAAAT-T-TAC-------GT--G-AA-----TAT-C--ACATG-G-AAT-TCA--TGT-----G-AA-T-------A---T-TTCAAC--GT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaa----AA------AT-----TC-ACCTGAAT--TT------TGTGAAT-------TC-ACGT--------------TCTAACAT--C-AA------------TC-ATG-TGAAAT-T-CAA-------ATT-G-AA-GAAAT-TTA--ACGT--A-ATTATCA---GTGAAAAT-AA---------AA--T-TT---------GA-A-T-----TTT-AC-GTGA--A--AA--AG----TTC-AC--G-TG
gi|16 : --ACGTA-A-ATT-TAA--CGT-----A-AA-T-------GAGTT-TTAA-C--TT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATt
gi|16 : --ACGTT-A-GCT-TAA--CGT-----T-AG-T-------------TTAA-A--GT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATT-TAA--CGT-----T-AAATG------AA--T-TTTAAC--GT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--CGT-----T-AA-TTATTGTTAA--C-TTAA-C--GTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA---------TTG--ATAT--TCAACTAA---T---CTG-GAG-CGAAAT-G-CACTACACATGC--A-AATGTGCC--TC--ACGTG-A-ATT-TCA--CGT-----cagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGT-AA-TTAG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A------GGAT---TTGC-GTT-CA-----AA-TTCAT-TC-TAAA--TT-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTA--A--ACTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAA-CGAGG--A-T-T---AC--A---T-G-AA---T-----TT-CACC-GT--GA--AT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-------A-A----TT----T----TCACGTG--AA-----GTGCG------TTA--A----CAG-A-TG-AAATTACACT--G--G-CA---C-AA--T--C--TCAT--AAGTTGAATTTTCA-TG-TGAA---GT---G--------T----GCTTCTCAGTAGAAT----TCA---------TGTGAAATAA------TT-----TC-ACGTGAATA-TT-C---ATGTGAATGCAC-TTTC-ACGTGAAA---------TTC--ATGTA-T-AAC-AAT--T---TTC-ACGATG-AAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTG-TA--ATGTG-A-AAT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA--T-TCCA-T--GT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA--AG-TTAAACTATTT-CATG--TATA-T-TACGTTAA----------------CG-A-------G------GA-----------TTACATG---AATTTCA--CCGTGAA--TA-A------T----TT-TTC--ACGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGC--G----T-TAACAG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCA-C---A--A-T-C-TCAT--AAGTT-G-AA---T-----TTTCA-T-GT--GA--AG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-------ATA----AT----T----TCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC--ACTTTCAC-G-TG-AAATT-CATG--T--ATAA---C-AA--T--T--T----------------TCA-CGATGAA------------------------------------T----TCA---------CGTG----AA------GTGGTG-TA-ATGTGAAA--TT-C---ACGTTAAT-AA--TTCC-ATGTGAAT---------TTC--AATT--G-AAT-AAACTT---TTC-ACGCTGAAAT-T-CAC-------A---G-AA-AT--CATTT--ACGTG-A-TAT-TCACTCGT-----G-AA-C-------AA------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CAC--ATGAA-A---A--AAT-T-TCAC--G---T-G-AA---T-----TT-CA-T-GT--GA--AG---TGT--G-C----------TTCA---------T-GT
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : CAG--AA-T-AG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAA-GGAT---TTGC-GTT-CA-----AATTTCA--TT-TAAA--TT-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-T--A--ACT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAA-CGAGG--A-G-T-TCAC--A---T-A-AA---T-----TT-CA-C-GT--GA--A----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG-----------A----TT----T----TCACGTG--AA-----GTGC-------TTA--A---TCAC-GATG-AAAAT-TACC--T--G-CA---C-AAC-T--C--TCAT--G---TGAATTTTCATTG-TGAAGGTGT---GC-------T----T-------------C----TCAGTAGAATTCCATG----GAAATAATAT-----TC-ACGTGAATA-TT-C---ATGTGAATGCAC-TTTC-A-GTGAAA---------TTC--ATGTA-T-AAC-AAAC-T---TTC--CGATGAACT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGGTG-TA--ATGTGCA-AAT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA----TTCA-T--GT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : GTGAAAT-GATAACAACAATAAG-TTAA-CTTTT--CATG--AATATT-CACGTTAA----------------CG-A-------G------GAGT---TCAC-AT---A-----AATTTCA--CG-TGAA--TA-T------T-----T-TCAC-GTGA--TTTTCA----------CGTGAA-GTGCTTA--A-----TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCA-C---A--A-C-TCTCAT--G---T-G-AA---T-----TTTCA-TTGT--GA--AGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-------A-ATA--ATA---T----TCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC--ACTTTCA--G-TG-AAATT-CATG--T--ATAA---C-AAACT--T--TC-C--GA--TGAA-CTTCA-CG-TGAA---GT---GG-------T----G------------------TAA---------TGTGC---AA------AT-----TC-ACGTTAATAATT-C---ATGTGAA------TTTCAATGTGAA---------------------T-AAT-CT---T---TTC-ACGCTGAAAT-TCCAC-------A---G-AA-A---CATTT--ACGTG-ATAGT-TCAC-CGT-----G-AA-C-------AG--T-ATC---------A-A-G-----TTC-AC-GTG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGC-AA-TTGA-CTATC--CATG--AAT--TTCACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G------AAAT---TTAT-GTTATA-----AATTTCA--TC-TGAA--GTGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGC--ATCACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAA-C---A--A-T-T-TCAT--G---T-G-AA---T-----TT-CA-C-AT--TA--AG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-------A-A----AT----T----TAACATA--AAT-TCCATGCGA----TTCA--ATTTTCAC-G-TG-AAATT-CACG--T--C-AA---C-AA--T--T--TCAT--G---TGAA-TTTCA-CA-TT-A---TT---GT-------T----G-------------T----TCA---------CGTG----AA------TT-----TTAACATAAGT--TC-C---ATGTGAGT-CACTTTTC-ACGGGAAA---------TTC--ATGT--T-AAC-AA---T---TTC-ATG-TGAAAT-T-CAC-------GT--G-AA-GTGCTATTC--ATGTG-A-ATT-TCA--CGT-----T-AA-T-------AA--T-TTCA-C--GT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : -T-T-TCAC--GC--T-G-AAA--T-----TT-CA-C-GT--TA--AA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA--------------------T----TCACGTT--AAT-TTCACGGTA----A-CAGCACTTTCAC-G-TG-AAATT-CACGAGT--G-AA------A--T--TGTTCAC--A---TGAA-TTTCA-CG-TGA-------------------------------------------CA---------AGTG-------------T-----TC-ACGTGAAT--TTTC---A-ATGAAG-CACATTTC-ACATGAAA---------TTC--ACGT--G-AAT-TT---T---TTTTATG-TGAA-T-T-CAC-------ATTTG-AT-GCTCTTTTA--ACGTG-A-AAT-TCA--TGT-----T-AA-A-------AT--T-TTCA-C--AG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-------A-A----TT----T----AAACGTA--AAT-TTCGCTCGAGC--ATCA--A-----AC-A-TT-AAAT--CACA--C--G-AA---C-AA--AAAT--GCAC--G---TGAA-TTTCA-CG-TAAA---ATTCAAA-------TTTTAT-------------T----TCA---------C-TG----AA------AT-----TT-ACGTTAAT--TT-CTCAATTTGAA------TTTC-ACATGAAA---------TTG--ATGT--T-AGT-AA---------C-ACG-TGAAAT-T-CAC-----------A-AA------ATTC--AGGTG-A-ATT-T----TTT-----T-GA-T-------AA--C-TTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA-----A--A-TAT-TCGC--C---T-T-AA---T-----TT-CA-C-GTAAAA--AG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-------A-A----TT----T----TCTCATGAAAAT-TCTGTGAGAAGTTATAA--AC--GCAT-G-TA-A------ACG--T--G-AATTTC-AA--T--T--TAA--------GAA-ATTCA-CA-TGTA---GT---AC-------TA---G-------------T----TCA---------CGTA----AA------AT-----TC-ACATttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : cAT--T-CGCCTTAA-----TTT--CA----CG-T-------A------AAAAGCATCAT-GTTACAGTTATAATTTTC--TCATGAAAATT-C------T----GT------GAGAAGTT---AT-A----AA-CGCA----TGT--A--A-------AC-G-TGAA----TTT-CAA--TTTAA-G---A--A-A-T-TCAC--A---T-GTAG---TACTAGTT-CA-C-GT--AA--A-----AT--T-CACA-------TTCA---------C--CGAA-------A-A----AC----T----T----TG--CCT-TTCA-G-AA----ATCA--A--TTCAG-G-CG-AAAtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatT-TTTCAC-A-TGAA----ATT-CAT--GTAAGGCTA-A--A-T-T-TTAT------T-G-AAAATT-----TT-AA-T-GT--GA--A-----------T----------TTCA---------T-TTGAA-------A-AGAACAT----CAAAATAATGTT--AAA-T-CACACAA----A-AA--ACTTTCAT-G-TGGAAATT-CACA--T--G-TA---G-TA--T--T--TAA---G---TTAA-----A-CA-TGAA-----------------T------------------T----TCA---------CATG----AA------AT-----TC-ACCAGAAT--
gi|9 : cagtacacagtgaattgtgcctcatgaG----AA------TT-----TC-ACAAGGAT--TT-C---ATGAGAAT-CGCTTTTC-ACGTGAAATTGATTTTTTTT--ACGC--G-AAA-AA---GCGATTC-ACG-TGAAAT-C-CAT-------GC--G-AA-AT--T-TTC--A-GTG-A-A-T-TCA--CAT-----TCAA-T-------GC--TATTCA-CAAGT-GA-A-A-----TT---C-TTGA--A--AT--gggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 22222 888888888888888888888888888888888 11111 44444444444444444 11 333333333333333333333333333333 1111 1111111 111111 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 333333333333333 11 1111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 444444 3333333333333333333333333333 1 22222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444 111
lowQualScore : 2 5 1 0 5 0 11 777 66666 333333333333333333333333333333333 0 3 5 99 66 55555 88888888888888888 4 1 00 1 0 555 555555555555555555555555555555 66 4 2222 77 55 1 8888888 3 3 444444 3 7 0 3 7 55 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 11 0 1 777777777777777 66 3 3 44 8888 6666 77 44 44 6666666 22 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 5555 2 66 444 222222 5 3 1111111111111111111111111111 88888 1 0 2 2 44444444444444444444444444 444 22 3 1 1 44 44444 0000000000000000000000000000000000000000 1 7777777 1 3 0000000000000000 1 22 5 0 4 4 777 111
lowQualScore : . . . . . . .. ... ..... ................................. . . . .. .. ..... ................. . . .. . . ... .............................. .. . .... .. .. . ....... . . ...... . . . . . .. .. ............................................................. .. .. . . ............... .. . . .. .... .... .. .. .. ....... .. . . ....................................................... . .... . .. ... ...... . . ............................ ..... . . . . .......................... ... .. . . . .. ..... ........................................ . ....... . . ................ . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 9 7 0 99 111 88888 444444444444444444444444444444444 9 1 0 55 99 66666 44444444444444444 4 0 66 9 8 666 444444444444444444444444444444 33 0 5555 22 55 0 4444444 6 6 555555 6 3 9 6 3 00 00 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 66 3 6 111111111111111 55 6 3 66 4444 2222 99 66 66 9999999 11 9 9 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 2222 7 33 777 999999 3 8 3333333333333333333333333333 22222 8 5 2 2 00000000000000000000000000 111 22 8 0 9 33 55555 0000000000000000000000000000000000000000 9 4444444 7 3 7777777777777777 7 33 0 9 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A--A--NT----TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA--ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---CAA--T--T--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AC-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A--A--AT----TTCACGTG--AAT-TTCGCGCGA----ATCA--ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---CAA--T--T--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AC-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AA-T-AG-CTATT--TATA--AAG--A-CACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG-----GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAAT--T-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTA--A--ACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAAC---AGGAG-T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GA--A----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA---------------T----TTCACGTG--AA-----GTGCG---------------TTCACAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---CAA--T--C--TCATAAG---TGAAATTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCT-----------T-TCGT--GT-A-AATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CACTTTTC-A-GTGAAA----TTC--AT-GTAAT-AA-CAAA--TTTC-----ACGATGAACT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGGTGTTA--AT-TG-A-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAAAAG-TTAAACTTTT--CATGTAAAT--T--ACGTTAA----------CA---------------G-----GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAAT--A-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGC--G-------TTCACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATAC---A--AT-C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GA--AG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGA--A--ATAATATTCACGTG--AAT-TTCATGTGA----ATCA--CTT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---CAAA-T--T--TCAC--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GTGG-T--G-------------T-TAAT---T-G-AA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------TTTC-AT-TGAA-----------------T-AA-T-CT--TTTCA----ACG-TGAAATCT-CAC-------A---G-A---A-----CATTCATACGTG-ATAGT-CCA--CGT-----GAA-C-------AG---TTC----------------A-C----A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-----AC--TGAAAT-T-CAC-------G--TG-A---A--TACTGTTC--ACGT--A-AAT-TCA--TGT-----TAA---------AA--TT-----------------------------------TTC-AC-ATGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAA-TTAG-CTATTTACATA--AA-----CACATGAA--GTGCTG--CA----TG-TGTACAA-G-----GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-T--A--ACT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-T-AAC-------G--TT-A---------TATTA--ACGTT-A-ACT-TCA--CGT-----TCA-A-------AA--TTTA----------------A-CGT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTTA-ACGTTAAC----TTC--AC-GT--T-CA-A-AA--TTTA-----ACG-TTAAAT-T-CAT-------G--TATA---A-GCTCGATTA--ACAAT-A-ATT-TAA--CGT-----TAA-C-------A---TTTA----------------A-CGC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttata-GT--T-AA-C-CG--TTTT---------TGGGAC-T-CAT-------G--TG-C---A-GTACTGATC--ACGTG-A-AAT-TCA--CG------CA----------AA--TCCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGCA-GT-ACT--G-------------A-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGC---AAA-T--CCC---ATGTGAA------TTTC-ACGTG-AT----TTC--AC-GT--T-CA-C-AG--Ttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGA--A--A-----TCAC-G-TGAA----ATT-CAC--ATGGG-------AT-T-T-GC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GATCAG---TA-----C----------TGCA---------C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacT---GAA-T--TTC---ATGTAAAT-CAT-TTTTTAAGTGAAAAGC-TTT--TC-GC--T-GA----A--TATT-----ACA-TGAAAT-T-TAC-------G--TG-A---A-----TAT-C--ACATG-G-AAT-TCA--TGT-----GAA-T-------A---TTTC----------------AACGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaa-AA---------------A----TTC-ACCT---GAA-T--TT-----TGTGAA-------TTC-ACG---------TTCTAAC-AT--C-AA---------TC-----ATG-TGAAAT-T-CAA-------AT-TG-A---A-GAAAT-TTA--ACGT--A-ATTATCA---GTGAAAATAA---------AA--TT----------------------T-GA-A-T-----TTT-AC-GTGA--A--AA--AG----TTC-AC--G-TG
gi|16 : --ACGTA-A-ATT-TAA--CGT-----AAA-T-------GAGTTTTA----------------A-CTT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATt
gi|16 : --ACGTT-A-GCT-TAA--CGT-----TAG-T------------TTA----------------A-AGT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATT-TAA--CGT-----TAAATG------AA--TTTT----------------AACGT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--CGT-----TAA-TTATTGTTAA--CTTA----------------A-CGTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA----TTG--AT-AT--TCAA-CTAA--TCTG-----GAG-CGAAAT-G-CACTACACATG--CA-A---ATGTGCC--TC--ACGTG-A-ATT-TCA--CGT-----cagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A-----GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAAT--T-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTA--A--ACTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAACGAGG--AT-T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GA--AT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-------A--A--TT----TTCACGTG--AA-----GTGCG------TTA--A-----CAG-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---CAA--T--C--TCAT--AAGTTGAATTTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT--GT-G-AA---------------ATAATTTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AT-GTA-T-AA-C-AAT-TTTC-----ACGATG-AAT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGGTG-TA--ATGTG-A-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA-AG-TTAAACTATTT-CATG--TATA-T-TACGTTAA----------------CG-A-------G-----GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAATAAT-T------T-----T-TCA---CGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGC--G----T-TAACAG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCAC---A--AT-C-TCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GA--AG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-------AT-A--AT----TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC--ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---CAAT-T--T--TCAC--GA--TGAA--TTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTTAATAA-T--TCC---ATGTGAA------TTTC-AATTGAA--------------T--A-AA-C--T--TTTC-----ACGCTGAAAT-T-CAC-------A---G-A---A-AT--CATTT--ACGTG-A-TAT-TCACTCGT-----GAA-C-------AA-------------------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACA--TG-A--A---AAAA-T--T--TCAC--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GC------------T-TCAT--GT-
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : TAG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAAGGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-T--A--ACT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAACGAGG--AG-T-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GA--A----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG------------A--TT----TTCACGTG--AA-----GTGC-------TTA--A----TCAC-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---CAAC-T--C--TCAT--G---TGAATTTTCATTGTGAAGGT-G-T--GC------------T-TCTCA-GTAG-AATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTC-A-GTGAAA----TTC--AT-GTA-T-AA-C-AAACTTTC------CGATGAACT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGGTG-TA--ATGTGCA-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : cagaaGTGAAAT-GATAACAACAATAAGTTAA-CTTTT--CATG--AATATT-CACGTTAA----------------CG-A-------G-----GAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAAT--A-T------T-----T-TCAC-GTGA--TTTTCA----------CGTGAA-GTGCTTA--A-----TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCAC---A--AC-TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGT--GA--AGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-------A--ATAATA---TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC--ACT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TATA--A---CAAACT--T--TC-C--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-GCAA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------TTTCAATGTGAA-----------------T-AA-T-CT--TTTC-----ACGCTGAAAT-TCCAC-------A---G-A---A-A---CATTT--ACGTG-ATAGT-TCAC-CGT-----GAA-C-------AG--TATC-----------------------A-A-G-----TTC-AC-GTG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGCAA-TTGA-CTATC--CATG--AAT--TTCACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G-----AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAG--TGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGC--ATCACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAAC---A--AT-T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TA--AG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-------A--A--AT----TTAACATA--AAT-TCCATGCGA----TTCA--ATT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---CAA--T--T--TCAT--G---TGAA-TTTCA-CATT-A-TT-GTT--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------T----TTTAACAT---AAG-T--TCC---ATGTGAGT-CACTTTTC-ACGGGAAA----TTC--AT-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ATG-TGAAAT-T-CAC-------G--TG-A---A-GTGCTATTC--ATGTG-A-ATT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : T-T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TA--AA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA-------------------TTCACGTT--AAT-TTCACGGTA----A-CAGCACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A-----A--T--TGTTCAC--A---TGAA-TTTCA-CGTGA---------------------------CAA--GT-G-----------------------TTC-ACGT---GAATT--TTC---A-ATGAAG-CACATTTC-ACATGAAA----TTC--AC-GT--G-AATT-TT--TTTT-----ATG-TG-AAT-T-CAC-------ATTTG-A---T-GCTCTTTTA--ACGTG-A-AAT-TCA--TGT-----TAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-------A--A--TT----TAAACGTA--AAT-TTCGCTCGAGC--ATCA--A------AC-A-TTAAAT--CACA--CG-A--A---CAA--AAAT--GCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTAAA-AT-T-C--AAATTTTAT-----T-TCAC---T-G-AA---------------A----TTT-ACGT---TAA-T--TTCTCAATTTGAA------TTTC-ACATGAAA----TTG--AT-GT--T-AG-T-AA-----C-----ACG-TGAAAT-T-CAC-----------A-A---A------ATTC--AGGTG-A-ATT-T----TTT-----TGA-T-------AA--CTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA----A--ATAT-TCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAA--AG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-------A--A--TT----TTCTCATGAAAAT-TCTGTGAGAAGTTATAA--AC---GCAT-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTCAA--T--T--TAA--------GAA-ATTCA-CATGTA-GT-A-CTAG-------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-ACAT---ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c-T--TTC---GCCTGAAT-TGA-TTTC----TGAAA----GGC--AAAGT--T----------TTTCGGTGAATG-TGAATT-T-TAC-------G--TG-AACTA-GTACTA--C--ATGTG-A-ATT-TC-----T-----TA----------AA--T-----------------------T-GA-A-A-----TTC-AC-GTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA---------A-------------T-TCAT--GT-------------------------TTA-ACTT---AAA-TACTAC---ATGTGAAT-----TTCC-ACATGAAAGTTTTTT--GT-GT---------GA--TTTA-----ACA-TT--AT-T-T------------TG-A---T-GTTCTTTTC--AAATG-A-AAT-TCA--CAT-----TAA-A-------AT--TTTCAATAAAATTTAGCCTTA-CAT-GA-A-T-----TTC-AT-GTGA--A------AA----T----C--A-TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : caAAG---A--AT-T-TCAC--A---A-GGA-TTT-CA-T-GA--GA--AT---CGC--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------ATTG--AT----TTT---------T-TTTACGCGA----AAAA--GCGATTCAC-G-TGAAATC-CATG--CG-A--A----AT--T--T--TCA---G---TGAA--TTCA-CATTCA-AT-GCT--A-------------T-TCACAAGT-G-AA---------------A----TT---CTT---GAA-A--TTC---cagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 22222 888888888888888888888888888888888 11111 44444444444444444 11 333333333333333333333333333333 1111 1111111 111111 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 33333333333333 111111 11 1111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 333333 3333333333333333333333333333 1 1111111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222 44444444444444444 111
lowQualScore : 2 5 1 0 5 0 11 777 66666 333333333333333333333333333333333 0 3 5 99 66 55555 88888888888888888 4 1 00 1 0 555 555555555555555555555555555555 66 4 2222 77 55 1 8888888 3 3 444444 3 7 0 3 7 55 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 11 0 22222222222222 66 3 1 3 44 8888 000000 77 44 6666666 22 2 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 7777 2 66 444 222222 33 33 2 66 0000000000000000000000000000 88888 1 3 2 2 2222222222222 2 6666666666 222 1 3 1 22 1 000000000000000000000000000000000 4 44 2 5555555 1 3 55555555555555555 1 22 5 1 4 4 777 111
lowQualScore : . . . . . . .. ... ..... ................................. . . . .. .. ..... ................. . . .. . . ... .............................. .. . .... .. .. . ....... . . ...... . . . . . .. .. .............................................................. .. .. . .............. .. . . . .. .... ...... .. .. ....... .. . .. ....................................................... . .... . .. ... ...... .. .. . .. ............................ ..... . . . . ............. . .......... ... . . . .. . ................................. . .. . ....... . . ................. . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 9 7 0 99 111 88888 444444444444444444444444444444444 9 1 0 55 99 66666 44444444444444444 4 0 66 9 8 666 444444444444444444444444444444 33 0 5555 22 55 0 4444444 6 6 555555 6 3 9 6 3 00 00 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 66 3 00000000000000 55 6 4 3 66 4444 888888 99 66 9999999 11 7 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 0000 7 33 777 444444 77 77 7 55 2222222222222222222222222222 22222 8 4 2 2 4444444444444 2 2222222222 777 9 8 0 55 8 888888888888888888888888888888888 2 00 0 8888888 7 5 66666666666666666 7 44 2 4 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A---AT--T----TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATG--AAT--T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------A---AN--T----TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AA-T-AG-CTATT--TATA--AAG--A-CACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG-----GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAAT--T-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTA--A--ACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAAC---AGGAG-T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GA--A----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA----------------T----TTCACGTG--AA-----GTGCG--------------TTCACAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---C--AA--TC--TCATAAG---TGAAATTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCT-----------T-TCGT--GT-A-AATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CACTT--T--TC-A--GTGAAA----TTCAT-GTAAT-AA-CA--AA--TTTC-----ACGATGAACT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTGTTA--AT-TG-A-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAAAAG-TTAAACTTTT--CATGTAAAT--T--ACGTTAA----------CA---------------G-----GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAAT--A-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGC--G-------TTCACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATAC---A--AT-C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GA--AG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGA---AA--TAATATTCACGTG--AAT-TTCATGTGA----ATCA-CTT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---C--AAA-TT--TCAC--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GTGG-T--G-------------T-TAAT---T-G-AA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------T--T--TC-A-T-TGAA---------------T-AA-T---CT--TTTCA----ACG-TGAAATCTC-AC-------A-----G-AA-------CATTCATACGTG-ATAGTCCA--C-GTGAA-C-------AG---TTC----------------A-C----A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-----AC--TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA----TACTGTTC--ACGT--A-AATTCA--T-GTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAT-GA-A-A-----T--------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAA-TTAG-CTATTTACATA--AA-----CACATGAA--GTGCTG--CA----TG-TGTACAA-G-----GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-T--A--ACT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-TA-AC-------G--T--T-A--------TATTA--ACGTT-A-ACTTCA--C-GTTCA-A-------AA--TTTA----------------A-CGT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataag--T--TA-A-CGTTAAC----TTCAC-GT--T-CA-A---AA--TTTA-----ACG-TTAAAT-TC-AT-------G--T--ATAA---GCTCGATTA--ACAAT-A-ATTTAA--C-GTTAA-C-------A---TTTA----------------A-CGC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttata-GT--T-AA-C---CG--TTTT---------TGGGAC-TC-AT-------G--T--G-CA---GTACTGATC--ACGTG-A-AATTCA--C-G-CA----------AA--TCCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGCA-GT-ACT--G-------------A-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGC---AAA-T--CCC---ATGTGAA------T--T--TC-A-CGTG-AT----TTCAC-GT--T-CA-C---AG--Ttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGA--A--A-----TCAC-G-TGAA----ATT-CAC--ATGGG-------AT-T-T-GC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GATCAG---TA-----C----------TGCA---------C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacT---GAA-T--TTC---ATGTAAAT-CAT-T--T--TTTA-AGTGAAAAGC-TTTTC-GC--T-GA------A--TATT-----ACA-TGAAAT-TT-AC-------G--T--G-AA-------TAT-C--ACATG-G-AATTCA--T-GTGAA-T-------A---TTTC----------------AACGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaaCA-CGTGAA-CT-T-T----------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-A-------AA-T--TTT---ATTT---T-CAC-TGATAATT-A-CGTTAAA----TTT-C-TT--C-AA-TTTGAA--TTTC-----ACA-TG--AT-TG-AT-------G--TTAG-AAC--GTGA-ATTC--AC--A-A-AATTCA--G-GTGAA-T-------
gi|16 : --ACGTA-A-ATTTAA--C-GTAAA-T-------GAGTTTTA----------------A-CTT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATttt
gi|16 : --ACGTT-A-GCTTAA--C-GTTAG-T------------TTA----------------A-AGT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATTTAA--C-GTTAAATG------AA--TTTT----------------AACGT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--C-GTTAA-TTATTGTTAA--CTTA----------------A-CGTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA----TTGAT-AT--TCAA-CT--AA--TCTG-----GAG-CGAAAT-GC-ACTACACATG--C--A-AAT--GTGCC--TC--ACGTG-A-ATTTCA--C-GTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A-----GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAAT--T-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTA--A--ACTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAACGAGG--AT-T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GA--AT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-------A---AT--T----TTCACGTG--AA-----GTGCG------TTA-A-----CAG-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---C--AA--TC--TCAT--AAGTTGAATTTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT--GT-G-AA---------------ATAATTTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAT-TTTC-----ACGATG-AAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTG-A-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA-AG-TTAAACTATTT-CATG--TATA-T-TACGTTAA----------------CG-A-------G-----GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAATAAT-T------T-----T-TCA---CGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGC--G----T-TAACAG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCAC---A--AT-C-TCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GA--AG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-------AT--AA--T----TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAT-TT--TCAC--GA--TGAA--TTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTTAATAA-T--TCC---ATGTGAA------T--T--TC-A-ATTGAA------------T--A-AA-C----T--TTTC-----ACGCTGAAAT-TC-AC-------A-----G-AA---AT--CATTT--ACGTG-A-TATTCACTC-GTGAA-C-------AA-------------------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACA--TG-A--A---A--AAA-TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GC------------T-TCAT--GT-
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : TAG-CTATT--TACT--AAA--G-CACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAAGGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-T--A--ACT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAACGAGG--AG-T-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GA--A----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG-------------AT--T----TTCACGTG--AA-----GTGC-------TTA-A----TCAC-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---C--AAC-TC--TCAT--G---TGAATTTTCATTGTGAAGGT-G-T--GC------------T-TCTCA-GTAG-AATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-A--GTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAACTTTC------CGATGAACT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTGCA-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : cagaaGTGAAAT-GATAACAACAATAAGTTAA-CTTTT--CATG--AATATT-CACGTTAA----------------CG-A-------G-----GAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAAT--A-T------T-----T-TCAC-GTGA--TTTTCA----------CGTGAA-GTGCTTA--A-----TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCAC---A--AC-TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGT--GA--AGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-------A---ATAATA---TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAACTT--TC-C--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GT-GGT--G-------------T--AAT--GT-GCAA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAAT--------T--TC-AATGTGAA---------------T-AA-T---CT--TTTC-----ACGCTGAAAT-TCCAC-------A-----G-AA---AC---ATTT--ACGTG-ATAGTTCA--CCGTGAA-C-------AG--TATC----------------A--------A-G-----TTC-AC-GTG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGCAA-TTGA-CTATC--CATG--AAT--TTCACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G-----AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAG--TGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGC--ATCACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAAC---A--AT-T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TA--AG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-------A---AA--T----TTAACATA--AAT-TCCATGCGA----TTCA-ATT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---C--AA--TT--TCAT--G---TGAA-TTTCA-CATT-A-TT-GTT--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------T----TTTAACAT---AAG-T--TCC---ATGTGAGT-CACTT--T--TC-A-CGGGAAA----TTCAT-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ATG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ATGTG-A-ATTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : T-T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TA--AA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA--------------------TTCACGTT--AAT-TTCACGGTA----ACAGCACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A-------A--TTGTTCAC--A---TGAA-TTTCA-CGTGA---------------------------CAA--GT-G-----------------------TTC-ACGT---GAATT--TTC---A-ATGAAG-CACAT--T--TC-A-CATGAAA----TTCAC-GT--G-AATT---TT--TTTT-----ATG-TG-AAT-TC-AC-------ATTT--G-AT---GCTCTTTTA--ACGTG-A-AATTCA--T-GTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-------A---AT--T----TAAACGTA--AAT-TTCGCTCGAGC--ATCA-A------AC-A-TTAAA-T-CACA--CG-A--A---CAAAA--AT--GCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTAAA-AT-T-C--AAATTTTAT-----T-TCAC---T-G-AA---------------A----TTT-ACGT---TAA-T--TTCTCAATTTGAA------T--T--TC-A-CATGAAA----TTGAT-GT--T-AG-T---AA-----C-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------------A-AA--------ATTC--AGGTG-A-ATTT----T-TTTGA-T-------AA--CTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA----A--ATAT-TCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAA--AG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-------A---AT--T----TTCTCATGAAAAT-TCTGTGAGAAGTTATAA-AC---GCAT-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTC--AA--TT--TAA--------GAA-ATTCA-CATGTA-GT-A-CTAG-------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-ACAT---ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c-T--TTC---GCCTGAAT-TGA-T--T--TC-----TGAAA----GGCAAAGT--T------------TTTCGGTGAATG-TGAATT-TT-AC-------G--T--G-AACTAGTACTA--C--ATGTG-A-ATTTC------TTAA----------A--TT------------------------GA-A-A-----TTC-AC-GTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA---------A-------------T-TCAT--GT-------------------------TTA-ACTT---AAA-TACTAC---ATGTGAAT-----T--T--CC-A-CATGAAAGTTTTTTGT-GT-----------GA--TTTA-----ACA-TT--AT-TT-------------T--G-AT---GTTCTTTTC--AAATG-A-AATTCA--C-ATTAA-A-------AT--TTTCAATAAAATTTAGCCTTA-CAT-GA-A-T-----TTC-AT-GTGA--A------AA----T----C--A-TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : caAAG---A--AT-T-TCAC--A---A-GGA-TTT-CA-T-GA--GA--AT---CGC--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-------ATTGAT--T----TT----------T-TTTACGCGA----AAAA-GCGATTCAC-G-TGAAATC-CATG--CG-A--A------AT--TT--TCA---G---TGAA--TTCA-CATTCA-AT-GCT--A-------------T-TCACAAGT-G-AA---------------A----TT---CTT---GAA-A--TTC---cagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 2222 777777777777777777777777777777777 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1111 1111111 111111 44444444444444444444 3333333333333333 333333333333333 111111111 1111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 333333 11111 2222222222222 111111111 1111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222 44444444444444444 111
lowQualScore : 2 7 1 4 1 33 999 5555 1 666666666666666666666666666666666 0 5 5 7 66 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 2222 55 55 44 8888888 55 3 888888 3 7 7 3 3 55 55 44444444444444444444 3 6 1 2222222222222222 4 55 999999 555555555555555 3 7 1 6 444 5555 444444444 44 3333333 3 22 5 33 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 444 2 33 555 999999 2 44 22222 55555 5555555555555 000000000 1 2 1111111111 2 4444444444 444 22 2 1 2 22 44444 555555555555555555555555555555555 4 22 2 6666666 1 3 11111111111111111 1 22 3 1 4 2 888 111
lowQualScore : . . . . . .. ... .... . ................................. . . . . .. ..... ................................................................ .. .... .. .. .. ....... .. . ...... . . . . . .. .. .................... . . . ................ . .. ...... ............... . . . . ... .... ......... .. ....... . .. . .. . ....................................................... . . ... . .. ... ...... . .. ..... ..... ............. ......... . . .......... . .......... ... .. . . . .. ..... ................................. . .. . ....... . . ................. . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 3 0 2 4 66 666 3333 4 444444444444444444444444444444444 1 0 7 1 99 88888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 5555 66 55 66 4444444 00 6 222222 6 3 3 6 6 00 00 88888888888888888888 3 7 0 1111111111111111 5 00 222222 888888888888888 6 3 4 7 888 1111 444444444 66 8888888 1 88 7 99 9 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 7 777 9 66 000 777777 9 22 88888 66666 8888888888888 666666666 1 4 4444444444 4 1111111111 000 88 0 0 0 66 88888 333333333333333333333333333333333 2 77 0 3333333 7 5 99999999999999999 7 44 5 4 7 4 555 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAG-AATTAG-CTATT--CATG--AAN-N-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TAAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGCA--ACT-TTTCAC-GTGAA----ATT-CAC--GTN-AAC---A--A--T-TTCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AGT-GT--T-T----------TTCA-C-GTGAA-----------A---ATTTTCACGTG--AAT-TTC-GTGCGA----ATNA-AC-T-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA-TT--TCAC--G---TGA-A-TTTCA-CGTGA--A-GT-G-T---G-------------T-TCAC--GT-GAA---------------A----TTC-ACG-T---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AC-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TCAC-------G--TG-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAATTAG-CTATT--CATG--AAT-T-CACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGCA--ACT-TTTCAC-GTGAA----ATT-CAC--GTN-AAC---A--A--T-TTCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AGT-GT--T-T----------TTCA-C-GTGAA-----------A---ATTTTCACGTG--AAT-TTC-GTGCGA----ATNA-AC-T-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA-TT--TCAC--G---TGA-A-TTTCA-CGTGA--A-GT-G-T---G-------------T-TCAC--GT-GAA---------------A----TTC-ACG-T---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AC-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TCAC-------G--TG-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AAT-AG-CTATT--TATA--AAG-A-CACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG-----GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAAT--T-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTAA--ACT-TTTCAT-GT-AA----ATT--AC--GTT-AAC---AGGA--G-TTCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GA--A-T-AT--T-T----------T-CA-CCGTGA------------------TTTCACGTG--AA------GTGCG---------------TTCACAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---C--AA-TC--TCATAAG---TGA-AATTTCA-TGTGA--A-GT-G-T---GCT-----------T-TCGT--GT-AAATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACG-T---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CACTTTTC-A-GTGAAA----TTC--AT-GTAAT-AA-CAAA--TTTC-----ACGATGAACT-TCAC-------G--TG-AA---GTGGTGTTA--AT-TG-A-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAAAAGTTAAACTTTT--CATGTAAAT-T--ACGTTAA----------CA---------------G-----GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAAT--A-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGCG-------TTCACAGTGAA----AAT-TAC--CTA-TAC---A--A--T-CTCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GA--AGT-GTG-C-T----------TTCG-T-GTAAATTCATGGAAATA---ATATTCACGTG--AAT-TTC-ATGTGA----ATCA-CT-T-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---C--AAATT--TCAC--GA--TGA-A-CTTCA-CGTGA--A-GTGG-T---G-------------T-TAAT---T-GAA---------------A----TTC-ACG-T---TAA-TAATTC---ATGTGAA------TTTC-AT-TGAA-----------------T-AA-T-CT--TTTCA----ACG-TGAAATCTCAC-------A---G-AA-------CATTCATACGTG-ATAGT-CCA--CGT-----GAA-C-------AG---TTC----------------A-C----A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-----AC--TGAAAT-TCAC-------G--TG-AA----TACTGTTC--ACGT--A-AAT-TCA--TGT-----TAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAT-GA-A-A-----T--------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAATTAG-CTATTTACATA--AA----CACATGAA--GTGCTG--CA----TG-TGTACAA-G-----GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-TA--ACT-TTTCAT-GTGAA----ATT-CAC--GTA-AAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-TAAC-------G--TT-A--------TATTA--ACGTT-A-ACT-TCA--CGT-----TCA-A-------AA--TTTA----------------A-CGT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataagTTA-ACGTTAAC----TTC--AC-GT--T-CA-A-AA--TTTA-----ACG-TTAAAT-TCAT-------G--TATAA---GCTCGATTA--ACAAT-A-ATT-TAA--CGT-----TAA-C-------A---TTTA----------------A-CGC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttata-GT--T-AA-C-CG--TTTT---------TGGGAC-TCAT-------G--TG-CA---GTACTGATC--ACGTG-A-AAT-TCA--CG------CA----------AA--TCCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGC--A-GT-ACT---G-------------A-TCAC--GT-GAA---------------A----TTC-ACG-C---AAA-T--CCC---ATGTGAA------TTTC-ACGTG-AT----TTC--AC-GT--T-CA-C-AG--Ttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGAA--A-----TCAC-GTGAA----ATT-CAC--ATG-GG-------A--T-TT-GC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GATCAGT-A-----C----------TGCA-C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggac-T---GAA-T--TTC---ATGTAAAT-CAT-TTTTTAAGTGAAAAGC-TTT--TC-GC--T-GA----A--TATT-----ACA-TGAAAT-TTAC-------G--TG-AA-------TAT-C--ACATG-G-AAT-TCA--TGT-----GAA-T-------A---TTTC----------------AACGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaaAA---------------A----TTC-ACC-T---GAA-T--TT-----TGTGAA-------TTC-ACG---------TTCTAAC-AT--C-AA---------TC-----ATG-TGAAAT-TCAA-------AT-TG-AA---GAAAT-TTA--ACGT--A-ATTATCA---GTGAAAATAA---------AA--TT----------------------T-GA-A-T-----TTT-AC-GTGA--A--AA--AG----TTC-AC--G-TG
gi|16 : --ACGTA-A-ATT-TAA--CGT-----AAA-T-------GAGTTTTA----------------A-CTT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATt
gi|16 : --ACGTT-A-GCT-TAA--CGT-----TAG-T------------TTA----------------A-AGT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATT-TAA--CGT-----TAAATG------AA--TTTT----------------AACGT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--CGT-----TAA-TTATTGTTAA--CTTA----------------A-CGTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA----TTG--AT-AT--TCAA-CTAA--TCTG-----GAG-CGAAAT-GCACTACACATG--CA-AAT--GTGCC--TC--ACGTG-A-ATT-TCA--CGT-----cagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAATTAG-CTATT--TACT--AAA-G-CACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A-----GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAAT--T-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTAA--ACTATTTCAT-GT-AT----ATT--AC--GTT-AACGAGG--A--T-T--AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GA--ATA-AT--T-T----------TTCA-C-G---G-----------A---ATTTTCACGTG--AA------GTGCG------TTA-A------CAG-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---C--AA-TC--TCAT--AAGTTGA-ATTTTCA-TGTGA--A-GT-G-T---GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT--GT-GAA---------------ATAATTTC-ACG-T---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTC-ACGTGAAA----TTC--AT-GTA-T-AA-C-AAT-TTTC-----ACGATG-AAT-TCAC-------G--TG-AA---GTGGTG-TA--ATGTG-A-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA-AGTTAAACTATTT-CATG--TATAT-TACGTTAA----------------CG-A-------G-----GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAATAAT-T------T-----T-TCA---CGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGCG----T-TAACAG-ATGAA----ATTACAC--TGG-CAC---A--A--T-CTCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GA--AGT-GTGCT-TCTCAGTAGAATTCA-T-GTGAA-----------AT--AATTTCACGTG--AATATTC-ATGTGA----ATGC-AC-T-TTCAC-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AATTT--TCAC--GA--TGA-A--TTCA-CGTGA--A-GT-G-----G-------------TGTAAT--GT-GAA---------------A----TTC-ACG-TTAATAA-T--TCC---ATGTGAA------TTTC-AATTGAA--------------T--A-AA-C--T--TTTC-----ACGCTGAAAT-TCAC-------A---G-AA---AT--CATTT--ACGTG-A-TAT-TCACTCGT-----GAA-C-------AA-------------------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACA--TG-A--A---A--AAATT--TCAC--G---TGA-A-TTTCA-TGTGA--A-GT-G-T---GC------------T-TCAT--GT-
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : TAG-CTATT--TACT--AAA-G-CACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAAGGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-TA--ACT-TTTCA---TGAAT---ATT-CAC--GTT-AACGAGG--A--G-TTCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GA--A-T-A---T-T----------TTCA-C-GTG-----------------ATTTTCACGTG--AA------GTGC-------TTA-A-----TCAC-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---C--AACTC--TCAT--G---TGA-ATTTTCATTGTGA--AGGT-G-T---GC------------T-TCTCA-GTAGAATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACG-T---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-TTTC-A-GTGAAA----TTC--AT-GTA-T-AA-C-AAACTTTC------CGATGAACT-TCAC-------G--TG-AA---GTGGTG-TA--ATGTGCA-AAT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : cagaa--AATTCCA--TG-GAAAT--A-A------T----AT-TCAC-GTGAA-TATTCAT----------GTGAA--TGCA----C-TTTCA--GTGAA----ATT-CAT--GTATAAC---A--AACT-TTC-C--GA--T-GAA-CTT-CA-C-GT--GA--AGTGGT--G-TAATGTGCAAATTCA-C-GTTAAT----------A---A--TTCATGTG--AAT-TTCAATGTGA----ATAA-TCTT-TTCAC-GCTGAAATTCCACA--GA-A--A---C--A---T--TTAC--G---TGATA-GTTCACCGTGAACA-GT-A-TCAAG-------------T-TCAC--GT-G-A---------------A----TTC-ATGAT---GAaattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataagtgaaatgataacaacaataagttaacttttcatgaatattcacgttaacgaggagttcacataaatttcacgtgaatattttcacgtgattttcacgtgaagtgcttaatcacgatgaaaattacctgcacaactctcatgtgaattttcattgtgaaggtgtgcttctcagtagCTTCACATGAATTTCACATGAATAGCAATTGA-CTATC--CATG--AAT-TTCACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G-----AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAG--TGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGCATCACT-TTTCAC-GTGAA----ATT-CAC--GTC-AAC---A--A--T-TTCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TA--AGT-GT--T-G----------TTCA-C-GTGAA-----------A---AATTTAACATA--AAT-TCC-ATGCGA----TTCA-AT-T-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---C--AA-TT--TCAT--G---TGA-A-TTTCA-CATT---A-TT-GTT---G-------------T-TCAC--GT-GAA---------------T----TTTAACA-T---AAG-T--TCC---ATGTGAGT-CACTTTTC-ACGGGAAA----TTC--AT-GT--T-AA-C-AA--TTTC-----ATG-TGAAAT-TCAC-------G--TG-AA---GTGCTATTC--ATGTG-A-ATT-TCA--CGT-----TAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAAgcacatttgcctcgtgta
gi|5 : --T-TTCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TA--AAA-GA--T-T----------TTCAAC-ATAAA------------------TTCACGTT--AAT-TTC-ACGGTA----ACAGCAC-T-TTCAC-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A-------A-TTGTTCAC--A---TGA-A-TTTCA-CGTGA------------------------------CAA--GT-G----------------------TTC-ACG-T---GAATT--TTC---A-ATGAAG-CACATTTC-ACATGAAA----TTC--AC-GT--G-AATT-TT--TTTT-----ATG-TG-AAT-TCAC-------ATTTG-AT---GCTCTTTTA--ACGTG-A-AAT-TCA--TGT-----TAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA-C-GTCAA-----------A---ATTTAAACGTA--AAT-TTC-GCTCGAGC--ATCA-A-------AC-A-TTAAA-T-CACA--CG-A--A---CAAAA-AT--GCAC--G---TGA-A-TTTCA-CGTAA--A-AT-T-C---AAATTTTAT-----T-TCAC---T-GAA---------------A----TTT-ACG-T---TAA-T--TTCTCAATTTGAA------TTTC-ACATGAAA----TTG--AT-GT--T-AG-T-AA-----C-----ACG-TGAAAT-TCAC-----------A-AA--------ATTC--AGGTG-A-ATT-T----TTT-----TGA-T-------AA--CTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-ATGAATTTTATT-CACTTGTT-AA----A--A--TATTCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAA--AGC-AT--CAT----------GTTA-CAGTTAT-----------A---ATTTTCTCATGAAAAT-TCT-GTGAGAAGTTATAA-AC----GCAT-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTC--AA-TT--TAA--------GA-A-ATTCA-CATGT--A-GT-A-CTA-G-------------T-TCAC--GT-AAA---------------A----TTC-ACA-T---ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c-T--TTC---GCCTGAAT-TGA-TTTC----TGAAA----GGC--AAAGT--T----------TTTCGGTGAATG-TGAATT-TTAC-------G--TG-AACTAGTACTA--C--ATGTG-A-ATT-TC-----T-----TAA----------A--TT------------------------GA-A-A-----TTC-AC-GTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa--G---TGA-A-TTTCA-TGTGA--A----------A-------------T-TCAT--GT------------------------TTA-ACT-T---AAA-TACTAC---ATGTGAAT-----TTCC-ACATGAAAGTTTTTT--GT-GT---------GA--TTTA-----ACA-TT--AT-TT------------TG-AT---GTTCTTTTC--AAATG-A-AAT-TCA--CAT-----TAA-A-------AT--TTTCAATAAAATTTAGCCTTA-CAT-GA-A-T-----TTC-AT-GTGA--A------AA----T----C--A-TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : ca-AAG---A--A--T-TTCAC--A---A-GGA-TTT-CA-T-GA--GA--ATC-GC--T-T----------TTCA-C-GTGAA-----------ATTGATTTT----------T-TTT-ACGCGA----AAAA-GC-GATTCAC-G-TGAAATC-CATG--CG-A--A------AT-TT--TCA---G---TGA-A--TTCA-CATTC--A-AT-GCT---A-------------T-TCACAAGT-GAA---------------A----TT---CT-T---GAA-A--TTC---cagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 11 1111 8888888888888888888888888888888888 11111 44444444444444444 11 333333333333333333333333333333 1111 1111111 111111 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 33333333333333 111111 11 1111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 333333 3333333333333333333333333333 1 1111111111111 2222222222 222222222222222222222222222222222 44444444444444444 111
lowQualScore : 2 5 1 11 5 3 0 11 55 3333 5 3333333333333333333333333333333333 0 5 99 66 55555 88888888888888888 4 1 00 1 0 555 555555555555555555555555555555 66 4 2222 77 55 1 8888888 3 3 444444 3 7 0 3 7 55 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 55 11 0 22222222222222 66 3 1 3 44 8888 000000 77 44 6666666 22 2 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 7777 2 66 444 222222 33 33 2 66 0000000000000000000000000000 88888 1 3 2 2 2222222222222 2 6666666666 222 1 3 1 22 1 000000000000000000000000000000000 4 44 2 5555555 1 3 55555555555555555 1 22 5 1 4 4 777 111
lowQualScore : . . . .. . . . .. .. .... . .................................. . . .. .. ..... ................. . . .. . . ... .............................. .. . .... .. .. . ....... . . ...... . . . . . .. .. ............................................................. . .. .. . .............. .. . . . .. .... ...... .. .. ....... .. . .. ....................................................... . .... . .. ... ...... .. .. . .. ............................ ..... . . . . ............. . .......... ... . . . .. . ................................. . .. . ....... . . ................. . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 99 0 2 0 99 22 9999 0 4444444444444444444444444444444444 9 0 55 99 66666 44444444444444444 4 0 66 9 8 666 444444444444444444444444444444 33 0 5555 22 55 0 4444444 6 6 555555 6 3 9 6 3 00 00 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 00 66 3 00000000000000 55 6 4 3 66 4444 888888 99 66 9999999 11 7 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 0000 7 33 777 444444 77 77 7 55 2222222222222222222222222222 22222 8 4 2 2 4444444444444 2 2222222222 777 9 8 0 55 8 888888888888888888888888888888888 2 00 0 8888888 7 5 66666666666666666 7 44 2 4 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGT-AA-TTAG-CTATT--CATG-AANA--C-ACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G------GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAG--AA-TTAG-CTATT--CATG-AANN--C-ACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G------GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TAAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG--AA-T-AG-CTATT--TATA-AAGA--C-ACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG------GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAAT--T-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTA--A--ACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAAC---AGGAG-T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GA--A----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA--------------------T-TTCACGTG--AA-----GTGCG--------------TTCACAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---C--AA--TC--TCATAAG---TGAAATTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCT-----------T-TCGT--GT-A-AATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CACTT--T--TC-A--GTGAAA----TTCAT-GTAAT-AA-CA--AA--TTTC-----ACGATGAACT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTGTTA--AT-TG-A-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAA--AAGTTAAACTTTT--CATGTAAAT--T-ACGTTAA----------CA---------------G------GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAAT--A-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGC--G-------TTCACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATAC---A--AT-C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GA--AG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGAAATA---AT--A-TTCACGTG--AAT-TTCATGTGA----ATCA-CTT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---C--AAA-TT--TCAC--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GTGG-T--G-------------T-TAAT---T-G-AA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------T--T--TC-A-T-TGAA---------------T-AA-T---CT--TTTCA----ACG-TGAAATCTC-AC-------A-----G-AA-------CATTCATACGTG-ATAGTCCA--C-GTGAA-C-------AG---TTC----------------A-C----A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-----AC--TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA----TACTGTTC--ACGT--A-AATTCA--T-GTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAT-GA-A-A-----T--------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGT-AA-TTAG-CTATTTACATA-AACA--C-ATG--AA--GTGCTG--CA----TG-T-------GTACAAGGAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-T--A--ACT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-TA-AC-------G--T--T-A--------TATTA--ACGTT-A-ACTTCA--C-GTTCA-A-------AA--TTTA----------------A-CGT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataag--T--TA-A-CGTTAAC----TTCAC-GT--T-CA-A---AA--TTTA-----ACG-TTAAAT-TC-AT-------G--T--ATAA---GCTCGATTA--ACAAT-A-ATTTAA--C-GTTAA-C-------A---TTTA----------------A-CGC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttata-GT--T-AA-C---CG--TTTT---------TGGGAC-TC-AT-------G--T--G-CA---GTACTGATC--ACGTG-A-AATTCA--C-G-CA----------AA--TCCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGCA-GT-ACT--G-------------A-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGC---AAA-T--CCC---ATGTGAA------T--T--TC-A-CGTG-AT----TTCAC-GT--T-CA-C---AG--Ttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGA--A--A-----TCAC-G-TGAA----ATT-CAC--ATGGG-------AT-T-T-GC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GATCAG---TA-----C----------TGCA---------C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacT---GAA-T--TTC---ATGTAAAT-CAT-T--T--TTTA-AGTGAAAAGC-TTTTC-GC--T-GA------A--TATT-----ACA-TGAAAT-TT-AC-------G--T--G-AA-------TAT-C--ACATG-G-AATTCA--T-GTGAA-T-------A---TTTC----------------AACGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaaCA-CGTGAA-CT-T-T----------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-A-------AA-T--TTT---ATTT---T-CAC-TGATAATT-A-CGTTAAA----TTT-C-TT--C-AA-TTTGAA--TTTC-----ACA-TG--AT-TG-AT-------G--TTAG-AAC--GTGA-ATTC--AC--A-A-AATTCA--G-GTGAA-T-------
gi|16 : --ACGTA-A-ATTTAA--C-GTAAA-T-------GAGTTTTA----------------A-CTT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATttt
gi|16 : --ACGTT-A-GCTTAA--C-GTTAG-T------------TTA----------------A-AGT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATTTAA--C-GTTAAATG------AA--TTTT----------------AACGT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--C-GTTAA-TTATTGTTAA--CTTA----------------A-CGTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA----TTGAT-AT--TCAA-CT--AA--TCTG-----GAG-CGAAAT-GC-ACTACACATG--C--A-AAT--GTGCC--TC--ACGTG-A-ATTTCA--C-GTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGT-AA-TTAG-CTATT--TACT-AAAG--C-ACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A------GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAAT--T-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTA--A--ACTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAACGAGG--AT-T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GA--AT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-----------A---AT--T-TTCACGTG--AA-----GTGCG------TTA-A-----CAG-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---C--AA--TC--TCAT--AAGTTGAATTTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT--GT-G-AA---------------ATAATTTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-A-CGTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAT-TTTC-----ACGATG-AAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTG-A-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA--AG-TTAAACTATTT-CATG-TATA--TTACGTTAA----------------CG-A-------G------GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAATAAT-T------T-----T-TCA---CGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGC--G----T-TAACAG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCAC---A--AT-C-TCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GA--AG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-----------AT--AA--T-TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAT-TT--TCAC--GA--TGAA--TTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTTAATAA-T--TCC---ATGTGAA------T--T--TC-A-ATTGAA------------T--A-AA-C----T--TTTC-----ACGCTGAAAT-TC-AC-------A-----G-AA---AT--CATTT--ACGTG-A-TATTCACTC-GTGAA-C-------AA-------------------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACA--TG-A--A---A--AAA-TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GC------------T-TCAT--GT-
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : CAG--AA-T-AG-CTATT--TACT-AAAG--C-ACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAA-GGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-T--A--ACT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAACGAGG--AG-T-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GA--A----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG-----------------AT--T-TTCACGTG--AA-----GTGC-------TTA-A----TCAC-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---C--AAC-TC--TCAT--G---TGAATTTTCATTGTGAAGGT-G-T--GC------------T-TCTCA-GTAG-AATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-A--GTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAACTTTC------CGATGAACT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTGCA-AATTCA--C-GTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : GTGAAAT-GATAACAACAATAAG-TTAA-CTTTT--CATG-AATATTC-ACGTTAA----------------CG-A-------G------GAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAAT--A-T------T-----T-TCAC-GTGA--TTTTCA----------CGTGAA-GTGCTTA--A-----TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCAC---A--AC-TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGT--GA--AGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-----------A---ATAATATTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAACTT--TC-C--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GT-GGT--G-------------T--AAT--GT-GCAA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAAT--------T--TC-AATGTGAA---------------T-AA-T---CT--TTTC-----ACGCTGAAAT-TCCAC-------A-----G-AA---AC---ATTT--ACGTG-ATAGTTCA--CCGTGAA-C-------AG--TATC----------------A--------A-G-----TTC-AC-GTG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGC-AA-TTGA-CTATC--CATG-AATTT-C-ACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G------AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAG--TGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGC--ATCACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAAC---A--AT-T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TA--AG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AA--T-TTAACATA--AAT-TCCATGCGA----TTCA-ATT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---C--AA--TT--TCAT--G---TGAA-TTTCA-CATT-A-TT-GTT--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------T----TTTAACAT---AAG-T--TCC---ATGTGAGT-CACTT--T--TC-A-CGGGAAA----TTCAT-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ATG-TGAAAT-TC-AC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ATGTG-A-ATTTCA--C-GTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : T-T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TA--AA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA---------------------TTCACGTT--AAT-TTCACGGTA----ACAGCACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A-------A--TTGTTCAC--A---TGAA-TTTCA-CGTGA---------------------------CAA--GT-G-----------------------TTC-ACGT---GAATT--TTC---A-ATGAAG-CACAT--T--TC-A-CATGAAA----TTCAC-GT--G-AATT---TT--TTTT-----ATG-TG-AAT-TC-AC-------ATTT--G-AT---GCTCTTTTA--ACGTG-A-AATTCA--T-GTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-----------A---AT--T-TAAACGTA--AAT-TTCGCTCGAGC--ATCA-A------AC-A-TTAAA-T-CACA--CG-A--A---CAAAA--AT--GCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTAAA-AT-T-C--AAATTTTAT-----T-TCAC---T-G-AA---------------A----TTT-ACGT---TAA-T--TTCTCAATTTGAA------T--T--TC-A-CATGAAA----TTGAT-GT--T-AG-T---AA-----C-----ACG-TGAAAT-TC-AC-------------A-AA--------ATTC--AGGTG-A-ATTT----T-TTTGA-T-------AA--CTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA----A--ATAT-TCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAA--AG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-----------A---AT--T-TTCTCATGAAAAT-TCTGTGAGAAGTTATAA-AC---GCAT-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTC--AA--TT--TAA--------GAA-ATTCA-CATGTA-GT-A-CTAG-------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-ACAT---ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c-T--TTC---GCCTGAAT-TGA-T--T--TC-----TGAAA----GGCAAAGT--T------------TTTCGGTGAATG-TGAATT-TT-AC-------G--T--G-AACTAGTACTA--C--ATGTG-A-ATTTC------TTAA----------A--TT------------------------GA-A-A-----TTC-AC-GTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA---------A-------------T-TCAT--GT-------------------------TTA-ACTT---AAA-TACTAC---ATGTGAAT-----T--T--CC-A-CATGAAAGTTTTTTGT-GT-----------GA--TTTA-----ACA-TT--AT-TT-------------T--G-AT---GTTCTTTTC--AAATG-A-AATTCA--C-ATTAA-A-------AT--TTTCAATAAAATTTAGCCTTA-CAT-GA-A-T-----TTC-AT-GTGA--A------AA----T----C--A-TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : caAAG---A--AT-T-TCAC--A---A-GGA-TTT-CA-T-GA--GA--AT---CGC--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------ATTGAT--T-TT----------T-TTTACGCGA----AAAA-GCGATTCAC-G-TGAAATC-CATG--CG-A--A------AT--TT--TCA---G---TGAA--TTCA-CATTCA-AT-GCT--A-------------T-TCACAAGT-G-AA---------------A----TT---CTT---GAA-A--TTC---cagaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 1111 888888888888888888888888888888888 11111 44444444444444444 11 333333333333333333333333333333 1111 1111111 111111 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 33333333333333 111111 11 1111111 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 333333 3333333333333333333333333333 1 1111111111111 2222222222 22222222222222222222222222222222222 44444444444444444 111
lowQualScore : 2 5 1 0 5 0 11 0 1 5555 333333333333333333333333333333333 0 3 5 99 66 55555 88888888888888888 4 1 00 1 0 555 555555555555555555555555555555 66 4 2222 77 55 1 8888888 3 3 444444 3 7 0 3 7 55 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 55 11 0 22222222222222 66 3 1 3 44 8888 000000 77 44 6666666 22 2 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 7777 2 66 444 444444 33 33 5 3 0000000000000000000000000000 88888 1 3 2 2 2222222222222 2 6666666666 222 1 3 1 44 11111111111111111111111111111111111 44 2 5555555 1 3 55555555555555555 1 22 5 1 4 4 777 111
lowQualScore : . . . . . . .. . . .... ................................. . . . .. .. ..... ................. . . .. . . ... .............................. .. . .... .. .. . ....... . . ...... . . . . . .. .. ............................................................. . .. .. . .............. .. . . . .. .... ...... .. .. ....... .. . .. ....................................................... . .... . .. ... ...... .. .. . . ............................ ..... . . . . ............. . .......... ... . . . .. ................................... .. . ....... . . ................. . .. . . . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 9 7 0 99 2 0 9999 444444444444444444444444444444444 9 1 0 55 99 66666 44444444444444444 4 0 66 9 8 666 444444444444444444444444444444 33 0 5555 22 55 0 4444444 6 6 555555 6 3 9 6 3 00 00 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 00 66 3 00000000000000 55 6 4 3 66 4444 888888 99 66 9999999 11 7 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 0000 7 33 777 111111 77 77 3 8 2222222222222222222222222222 22222 8 4 2 2 4444444444444 2 2222222222 777 9 8 0 33 22222222222222222222222222222222222 00 0 8888888 7 5 66666666666666666 7 44 2 4 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-ACGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--CGTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-ACGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--CGTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AA-T-AG-CTATT--TATAAAGA--C-ACATTAA--GTGCTG--CA----TG-CTGTACAAG-----GAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAAT--T-TCAAAAAT----AT-CAA--GTGAAATTGATAC-A----AC-AA--AA-GTTA--A--ACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAAC---AGGAG-T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GA--A----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA--------------------T-TTCACGTG--AA-----GTGCG--------------TTCACAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---C--AA--TC--TCATAAG---TGAAATTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCT-----------T-TCGT--GT-A-AATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CACTT--T--TC-A-GTGAAA----TTCAT-GTAAT-AA-CA--AA--TTTC-----ACGATGAACT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGGTGTTA--AT-TG-A-AATTCA--CGTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AT--TG---A--AT--AATCTTTTCAAC--G-TGA
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAAAAG-TTAAACTTTT--CATGTAAA--TTACGTTAA----------CA---------------G-----GAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAAT--A-T------T-----T-TCACCGTGA---TTTCA----------CGTGAA-GTGC--G-------TTCACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATAC---A--AT-C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GA--AG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGAAATA---AT--A-TTCACGTG--AAT-TTCATGTGA----ATCA-CTT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---C--AAA-TT--TCAC--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GTGG-T--G-------------T-TAAT---T-G-AA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------T--T--TC-AT-TGAA---------------T-AA-T---CT--TTTCA----ACG-TGAAATCT-CAC-------A-----G-AA-------CATTCATACGTG-ATAGTCCA--CGTGAA-C-------AG---TTC----------------A-C----A-A-G-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-ACTGA-TGAGGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaataTC-----AC--TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA----TACTGTTC--ACGT--A-AATTCA--TGTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAT-GA-A-A-----T--------------------------TC-AT--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAA-TTAG-CTATTTACATAAACA--C-ATG--AA--GTGCTG--CA----TG-TGTACAA-G-----GAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CAA--AT-TAA--GTGAAATT--GAT-A----AC-AACAAA-GT-T--A--ACT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT-T-AAC-------G--T--T-A--------TATTA--ACGTT-A-ACTTCA--CGTTCA-A-------AA--TTTA----------------A-CGT-TA-A-A-----TTC-AT-GT-------AT--AA----
gi|12 : aacgttaaataag--T--TA-ACGTTAAC----TTCAC-GT--T-CA-A---AA--TTTA-----ACG-TTAAAT-T-CAT-------G--T--ATAA---GCTCGATTA--ACAAT-A-ATTTAA--CGTTAA-C-------A---TTTA----------------A-CGC-TA-A-A-----TTA-AC-GT---------------------------T-AGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gctcgattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttata-GT--T-AA-C---CG--TTTT---------TGGGAC-T-CAT-------G--T--G-CA---GTACTGATC--ACGTG-A-AATTCA--CG-CA----------AA--TCCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AC-GTG------AT--------TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGCA-GT-ACT--G-------------A-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGC---AAA-T--CCC---ATGTGAA------T--T--TC-ACGTG-AT----TTCAC-GT--T-CA-C---AG--Ttcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|13 : tgttaaccgtttttgggac----AT-TCA--ATGAATCTTGTAT-ATCTTAC-TGTGAACGTGA--A--A-----TCAC-G-TGAA----ATT-CAC--ATGGG-------AT-T-T-GC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GATCAG---TA-----C----------TGCA---------C-ATGAaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacT---GAA-T--TTC---ATGTAAAT-CAT-T--T--TTTAAGTGAAAAGC-TTTTC-GC--T-GA------A--TATT-----ACA-TGAAAT-T-TAC-------G--T--G-AA-------TAT-C--ACATG-G-AATTCA--TGTGAA-T-------A---TTTC----------------AACGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--ATTCT--TG----TTC-AC--G-TGAtactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|15 : cataaaaCA-CGTGAA-CT-T-T----------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-A-------AA-T--TTT---ATTT---T-CAC-TGATAATT-ACGTTAAA----TTT-C-TT--C-AA-TTTGAA--TTTC-----ACA-TG--AT-T-GAT-------G--TTAG-AAC--GTGA-ATTC--AC--A-A-AATTCA--GGTGAA-T-------
gi|16 : --ACGTA-A-ATTTAA--CGTAAA-T-------GAGTTTTA----------------A-CTT-TA-A-A-----CTA-AC-GTTA--A--GC---------TA-AC--G-TTAGGCACAG-TTGTCT-GTATttt
gi|16 : --ACGTT-A-GCTTAA--CGTTAG-T------------TTA----------------A-AGT-TA-A-AACTCATTT-AC-GTTA--A--AT---------TT-AC--G-TTAGACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACGTT-A-ATTTAA--CGTTAAATG------AA--TTTT----------------AACGT-TA-A-G-----TTA-AC-------A--AT--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : A--CGTTAA-TTATTGTTAA--CTTA----------------A-CGTTAA-A-A-----TTC-AT-TTAA--C--GTTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaC-AC-GTGA--A--AT---------TC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA----TTGAT-AT--TCAA-CT--AA--TCTG-----GAG-CGAAAT-G-CACTACACATG--C--A-AAT--GTGCC--TC--ACGTG-A-ATTTCA--CGTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-AT-GTGA--A--AT--G-------C-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--TACTAAAG--C-ACATTGAATGTGCTG--CATTGCTG-TACA----A-----GGATTTGC-GTT-CA--AA-TTCAT-TC-TAAAT--T-CAAAA--T----AT-TAA--GTGAAA--TGAAT-A----AA-C--AAA-GTTA--A--ACTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAACGAGG--AT-T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GA--AT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-----------A---AT--T-TTCACGTG--AA-----GTGCG------TTA-A-----CAG-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---C--AA--TC--TCAT--AAGTTGAATTTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT--GT-G-AA---------------ATAATTTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-ACGTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAT-TTTC-----ACGATG-AAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTG-A-AATTCA--CGTTAA-T-------AA--TTCC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTC-AA-TTG---A--AT--AAACTTTTC-AC--GCTGAcatttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA-AG-TTAAACTATTT-CATGTATA--TTACGTTAA----------------CG-A-------G-----GA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAATAAT-T------T-----T-TCA---CGGAATTTTCA----------CGTGAA-GTGC--G----T-TAACAG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCAC---A--AT-C-TCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GA--AG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-----------AT--AA--T-TTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAT-TT--TCAC--GA--TGAA--TTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTTAATAA-T--TCC---ATGTGAA------T--T--TC-AATTGAA------------T--A-AA-C----T--TTTC-----ACGCTGAAAT-T-CAC-------A-----G-AA---AT--CATTT--ACGTG-A-TATTCACTCGTGAA-C-------AA-------------------------GT-AATACA-----TTC-ACGGTG----------AA----TTC-AT--G-TGA--CACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaa-A-----TTC-AC-GTGA--A---T--------TTC-AC--G-TTAGGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CACA--TG-A--A---A--AAA-TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GC------------T-TCAT--GT-
gi|24 : T-AA-A-A-----CTC-AT-TTAA--C--ATTAAA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat--AA----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : A----TTA-AC--G-TTAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : TAG-CTATT--TACTAAAG--C-ACATTAA--GTGCT---CA----TGCT-------GTACAAGGATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAAT--T-T------CCAAAATATAA--GTGAAATGATAAC-A----AC-AAT-AA-GT-T--A--ACT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAACGAGG--AG-T-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GA--A----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG-----------------AT--T-TTCACGTG--AA-----GTGC-------TTA-A----TCAC-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---C--AAC-TC--TCAT--G---TGAATTTTCATTGTGAAGGT-G-T--GC------------T-TCTCA-GTAG-AATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACGT---GAA-TA-TTC---ATGTGAATGCAC-T--T--TC-A-GTGAAA----TTCAT-GTA-T-AA-C---AAACTTTC------CGATGAACT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGGTG-TA--ATGTGCA-AATTCA--CGTTAA-T-------AA---TTC----------------A-TGT-GA-A-T-----TTCAAT-GTG---A--AT--AATCTTTTC-AC--GCTGA
gi|3 : cagaaGTGAAAT-GATAACAACAATAAGTTAA-CTTTT--CATGAATATTC-ACGTTAA----------------CG-A-------G-----GAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAAT--A-T------T-----T-TCAC-GTGA--TTTTCA----------CGTGAA-GTGCTTA--A-----TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCAC---A--AC-TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGT--GA--AGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-----------A---ATAATATTCACGTG--AATATTCATGTGA----ATGC-ACT-TTCA--G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C--AAACTT--TC-C--GA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT--GT-GCAA---------------A----TTC-ACGT---TAA-TAATTC---ATGTGAA------T--T--TCAATGTGAA---------------T-AA-T---CT--TTTC-----ACGCTGAAAT-TCCAC-------A-----G-AA---A---CATTT--ACGTG-ATAGTTCAC-CGTGAA-C-------AG--TATC-----------------------A-A-G-----TTC-AC-GTG----------AA----TTC-AT--GATGA-GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGCAA-TTGA-CTATC--CATGAATTT-C-ACATTTA--GTGTTGTTCA----CA-T-------G-----AAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAG--TGC------T----GT-TT---GTGAAATTTGTATTA----ATGCGTGTC-ATGC--ATCACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAAC---A--AT-T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TA--AG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AA--T-TTAACATA--AAT-TCCATGCGA----TTCA-ATT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---C--AA--TT--TCAT--G---TGAA-TTTCA-CATT-A-TT-GTT--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------T----TTTAACAT---AAG-T--TCC---ATGTGAGT-CACTT--T--TC-ACGGGAAA----TTCAT-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ATG-TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ATGTG-A-ATTTCA--CGTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-ATGAACA--GT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : T-T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TA--AA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA---------------------TTCACGTT--AAT-TTCACGGTA----ACAGCACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A-------A--TTGTTCAC--A---TGAA-TTTCA-CGTGA---------------------------CAA--GT-G-----------------------TTC-ACGT---GAATT--TTC---A-ATGAAG-CACAT--T--TC-ACATGAAA----TTCAC-GT--G-AATT---TT--TTTT-----ATG-TG-AAT-T-CAC-------ATTT--G-AT---GCTCTTTTA--ACGTG-A-AATTCA--TGTTAA-A-------AT--TTTC----------------A-CAG-AA-A-A-----TTC-AC-GTGA---------AA----TTC-AT--G-TGAGGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-----------A---AT--T-TAAACGTA--AAT-TTCGCTCGAGC--ATCA-A------AC-A-TTAAA-T-CACA--CG-A--A---CAAAA--AT--GCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTAAA-AT-T-C--AAATTTTAT-----T-TCAC---T-G-AA---------------A----TTT-ACGT---TAA-T--TTCTCAATTTGAA------T--T--TC-ACATGAAA----TTGAT-GT--T-AG-T---AA-----C-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------------A-AA--------ATTC--AGGTG-A-ATTT----TTTTGA-T-------AA--CTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA----A--ATAT-TCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAA--AG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-----------A---AT--T-TTCTCATGAAAAT-TCTGTGAGAAGTTATAA-AC---GCAT-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTC--AA--TT--TAA--------GAA-ATTCA-CATGTA-GT-A-CTAG-------------T-TCAC--GT-A-AA---------------A----TTC-ACAT---ttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c-T--TTC---GCCTGAAT-TGA-T--T--TC----TGAAA----GGCAAAGT--T------------TTTCGGTGAATG-TGAATT-T-TAC-------G--T--G-AACTAGTACTA--C--ATGTG-A-ATTTC-----TTAA----------A--TT------------------------GA-A-A-----TTC-AC-GTtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : ccacatgaattttattcacttgttaaaatattcgccttaatttcacgtaaaaagcatcatgttacagttataattttctcatgaaaattctgtgagaagttataaacgcatgtaa--G---TGAA-TTTCA-TGTGAA---------A-------------T-TCAT--GT-------------------------TTA-ACTT---AAA-TACTAC---ATGTGAAT-----T--T--CC-ACATGAAAGTTTTTTGT-GT-----------GA--TTTA-----ACA-TT--AT-T-T------------T--G-AT---GTTCTTTTC--AAATG-A-AATTCA--CATTAA-A-------AT--TTTCAATAAAATTTAGCCTTA-CAT-GA-A-T-----TTC-AT-GTGA--A------AA----T----C--A-TGAGGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : caAAG---A--AT-T-TCAC--A---A-GGA-TTT-CA-T-GA--GA--AT---CGC--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------ATTGAT--T-TT----------T-TTTACGCGA----AAAA-GCGATTCAC-G-TGAAATC-CATG--CG-A--A------AT--TT--TCA---G---TGAA--TTCA-CATTCA-AT-GCT--A-------------T-TCACAAGT-G-AA---------------A----TT---CTT---GAA-A--TTC---cagaatgggat
blockSeqs : C T T A G A TA A TTC ATGTGCTGCATTGCTGTACAA C . AC TG CCG TCAAAATA A C CC A TTC TTAATGCGTGTCATGCATCACT CA A TTTT AC TT A CGAGG A C AAGT . A T C T AA TC GGTGTGCTTCTCAGTAGAATTCCATGGAAATAA A AA TA AAGTTATAAAC G A T A AG ATA TTTC AC GT TAAGT TT T GG GTGCTTCTCAGTAGAATTCCATGGAAATAATA A TAAT T AA TCA TGCAC GA AA T T ATTCATGTATAACAAAC GGTGA A A C C TACACATGC T CTAGTACTA CAT C T G CT AATTTTCAATAAAATTTAGCCTTA TA T AACTCA A G GAATAAACTT . TG C G T C GTG ATT
blockSeqs : . C T . A T C TT GTGCTGCATGTGTACAAG T . AC . TTC TTCCAAAA . A C A TGT TATCTTACTGTGAACGTGAAA T . T T . A CGAGG . . AAG . A T . . . . GTGTGCTTCTCAGTAGAATTCATGTGAAATAA . . TA AACAGCACT C . T . . TA CAA A . CGA TT . G GTGCTTCTCAGTAGAATTCATGTGAAATAAT . T . AA . TGCAC . . A C ATTTCTTCAATTTGAA A C A . . GTTA . GCTCGAT C . T A C TTATTGTTAACTTAA G . CA . G GAATAATCTT . . C G . C T GA
blockSeqs : . C T . . . A TT GTGCTCATGCTGTACAA T . AT . CCG TTCAAA . C . A TGA TAACAACAAAGTTAACT C . . C . G CA . . GC . . . . . . . GTGTGCTTTCGTGTAAATTCATGGAAATAAT . . T AAAAAGCGA C . T . . TA C T . CGA C . G TCAAATTTTATTTCACTGAAA . A . AC . TCACT . . . C ATTGATATTCAACTAA . A A . . ATTT . GTACTGA A . . C . ATGAATTTTAA T . G . . GAATTCTTG . . A G . . . C
blockSeqs : T T . . . T TC GTGTTGTTCACATG T . G . TT AATTT . A . A TTC TAAACAAAGTTAAACTA T . . C . T CA . . G . . . . . . . TCGCTTTTCACGTGAAATTGAT . . T AATCACTT C . T . . C C A . CGA T . C GCTATTCACAAGTGAAA . G . A . GCACA . . . A ATTCATGTATAACAAT . C G . . GT . CGTGAAT A . . T . TGAGTTTTAA T . A . . AACGTTAAA . . . T . . .
blockSeqs : C C . . . A C CGAG C . C . TT TGCTG . C . A ATA CAACAATAAGTTAACT G . . C . G CA . . A . . . . . . . GCATCATGTTACAGTTATAAT . . T AATGCACT C . A . . A C C . CG C . G ACTAGTTCACGTAAAA . G . A . TCAT . . . C AAGCTTTTCGCTGAA . . A . . GT . GTGCTAT C . . A . AATTTTCA G . A . . AACATTAAA . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . T C CGAG T . C . CG ATT . A . A TTC CGTGAAGTGCTTAA C . . T . T CA . . A . . . . . . . GTGTTGTTCACGTGAAAAA . . T AATGCACT C . T . . C A . . TG T . G ACTGATCACGTGAAA . G . . . TCAC . . . C ATTCACGTGAATTTT . . A . . GT . GCTCTTT C . . A . AAATTTAA G . A . . GAACAGTAA . . . T . . .
blockSeqs : . . T C CAG . . . . TC ATT . C . . TGT CGTGAAGTGCGT C . . C . G GA . . G . . . . . . . AAGATTTTCAACATAAA . . T ATTCAATT T . T . . A C . . TG T . G GGTGTAATGTGCAAA . T . . . TTGA . . . A CTTCACGTTCAAAA . . A . . GT . GTTCTTT C . . A . TATTTCAA T . T . . GAAATG . . . T . . .
blockSeqs : . T . . G CGTGAAGTGCG C . . C . C A . . G . . . . . . . TAATTTTTCACGGAAT . . T AGCATCAA C . T . . A C . . CA T . G GTTGTTCACGTGAAT . A . . . T . . . T TTTCACGTTCACAG . . A . . GT . TACTGT C . . T . TAATTCCA T . A . . TAAGC . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . C . . . . . . . TATTTTCACGTGAT . . . TTAA . . T . . A C . . CG A . T GGTGTTAATTGAAA . G . . . . . . . C ATTCATGTTAACAA . . A . . GT . TGTGCC A . . C . TAATTTCA T . A . . TAAAT . . . G . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . TTAA . . . . . A . . . G T . A GGTGTAATGTGAAA . T . . . . . . . C ATTGATGTTAGTAA . . A . . GT . GTGGTG T . . T . AATTTTCA G . G . . AATAA . . . G . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . G TTTTCACGTAAAA . A . . . . . . . C AGTTTTTTGTGTGA . . A . . GT . GTGGTG A . . T . CAGTTCA A . A . . GAAAT . . . G . . .
blockSeqs : . . A ATTCATGT . G . . . . . . . C AGGCAAAGTT . . A . . GT . ATCAT T . . A . CATTTAA A . T . . GAAAA . . . T . . .
blockSeqs : . . CAAGTG . . . . . . . . . . TAATCT . . . . . A . ACAT C . . A . AATCCCA G . A . . ATAA . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TAAACT . . . . . A . CAT A . . A . TAATTCA G . A . . GAAT . . . T . .
blockSeqs : TAATCT . . . . . A . TAT C . . G . CAGTATC A . T . . GAAA . . . T . .
blockSeqs : . . . . . T . TAT C . . T . TTTAA G . G . . GAA . . . G . .
blockSeqs : . . . . AT C . . A . CAA G . A . . GAT . . . G . .
blockSeqs : . . T . ATT . . A . . GAA . . . G
blockSeqs : . . T . . . A . . GAA . . . G
blockSeqs : . . A . T . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : GTGCTTTACGAG********************* AC TT*** NTT************** CGACGCGAAGTTAACT************** C* CA***** T* AATGCACT****** C* CGA**** T* TCAC** ATTCACGTTAACAA************** NAATTTCA*************************** GAAAA************
originalCons : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAA--GTGCTG--CA----CG-T-------G-----GAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAAT--T-T------T----AT-TNA--GTGAAATTTNNAT-A----AC-CGTGAA-GTGC--A--ACT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGA----ATNA-ACT-TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCAC--G---TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAAT-CAC-T--T--TC-ACGTGAAA----TTCAC-GT--T-AA-C---AA--TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--CGTTAA-T-------AA--TTTC----------------A-CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGA--A--AT--AA----TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
finalCons : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAAGTGCTTTACGAG---------------------GAATTCGC-GTTACA--AATTTCATT---TGAATNTT--------------T-TNA--GTGAAATTTNNACGACGCGAAGTTAACT--------------TTTCAC-G-TGAA----ATTC-AC--GTNAACA-----AT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GA--AG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A---AT--T-TTCACGTG--AAT-TTCGTGCGAATGCACT------TTCAC-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C--AA--TT--TCACGA----TGAAT-TTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC--GT-G-AA---------------A----TTC-ACGT---GAA-T--TTC---ATGTGAATCAC--T--T--TC-ACGTGAAATTCACGTTAACAA--------------TTTC-----ACG-TGAAAT-T-CAC-------G--T--G-AA---GTGCTATTC--ACGTG-A-ANTTCA--CGTTAANAATTTCA---------------------------CGT-GA-A-A-----TTC-AC-GTGAAAA------------TTC-AC--G-TGAGGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 11 1111 99999999999999999999999999999 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 111111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111 22222222222222222 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 3333333333333333333 1111111111 11111111111111111 222222222 11111111 1111111111111111 333333333333333333333333 111
lowQualScore : 2 5 1 0 5 0 11 0 1 5555 88888888888888888888888888888 6 44 3 5 99 66 00000 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888 1 3333 77 55 1 666666 555 4 555555 4 8 2 888 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 55 5555555555555555555555555555555555555555555555 3 3 55 0000 666 3 11111111111111111 0 3 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 1 66 2 444 33 3333333333333333333 5 2 9999999999 2 1 33333333333333333 2 44 8 0 44 2 99999999999 4 777777777 555 1 1 3 2 1 1 555 33333333 22 2222222222222222 4444 33333 444444 1 22 1 777777777777777777777777 1 44 5 1 66666666 4 4 777 111
lowQualScore : . . . . . . .. . . .... ............................. . .. . . .. .. ..... . ........................................................................ . .... . .... .. .. . ...... ... . ...... . . . ... .. ........................................................... . .. .............................................. . . .. .... ... . ................. . . . ......................................................... . . .. . ... .. ................... . . .......... . . ................. . .. . . .. . ........... . ......... ... . . . . . . ... ........ .. ................ .... ..... ...... . .. . ........................ . .. . . ........ . . ... ...
lowQualScore : 5 5 7 9 7 0 99 2 0 9999 22222222222222222222222222222 2 11 1 0 55 99 00000 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 9999 1 9999 22 55 0 000000 333 0 444444 0 0 0 444 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 00 1111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 00 0000 444 6 99999999999999999 0 1 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 5 33 7 777 77 2222222222222222222 0 4 8888888888 4 9 44444444444444444 1 66 4 8 88 0 88888888888 0 000000000 777 7 7 3 6 7 0 333 66666666 55 0000000000000000 3333 88888 444444 7 33 7 444444444444444444444444 6 11 2 4 66666666 4 4 999 555
consensus : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAAG----------TGCTG-----T------TACGAGGAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TC-TGAA-T-----N--T------T-------TTNA--GTGAAATTTNNAC-AAC-GCGAAGT----T-A------A-CT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--A-T-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GAAG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A-AT--T-TTCACGTG--AAT-T----TCGTGCGAA--T-GCA----CTT--T--C-----A--C-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C-AA--T--T--T-CACGA--TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC-GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGA--A-T-CAC-TT----------TC-ACGTGAAA---------TT-CACGT--T--AAC-AA--T---T-TC-ACG-TGAAAT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GCTATTC--ACG-TG-A-ANTTCA-CGTTAAN--AA--T----TT--C----------------A-C--GTG----AAA-----TTC-A--C-GTGA----A----A--------A----TTC-AC--G-TGA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
Reference ( family-7811 ) : CTTCACGTGAAATTGACATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--CATGAANA--C-ACGTTAAG----------TGCT------T------TACGAGGAATTCGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TGAA-T-----N--T------T-------TTNA--GTGAAATTTNNAC-GAC-GCGAAGT----T-A------A-CT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTNAAC---A--A-T-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-C-GT--GAAG---TGT--T-T----------TTCA---------C-GTGAA-----------A-AT--T-TTCACGTG--AAT-T----TCGTGCGAA--T-GCA----CTT--T--C-----A--C-G-TGAAATT-CACG--TG-A--A---C-AA--T--T--T-CACGA--TGAA-TTTCA-CGTGAA-GT-G-T--G-------------T-TCAC-GT-G-AA---------------A----TTC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGA--A-T-CAC-TT----------TC-ACGTGAAA---------TT-CACGT--T--AAC-AA--T---T-TC-ACG-TGAAAT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GCTATTC--ACG-TG-A-ANTTCA-CGTTAAN--AA--T----TT--C----------------A-C--GTG----AAA-----TTC-A--C-GTGA----A----A--------A----TTC-AC--G-TGA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTA---CATTTCG-CTCTTTCTTAAA
gi|1 : CATAAACAG-AA-T-AG-CTATT--TATAAAGA--C-ACATTAAG----------TGCTGCATGCTG-----TACAAGGAATTTGCCGTTACA--AATTTCAATTC-TAAA-T-----T--T------CAAAAATATCAA--GTGAAATTGATAC-AAC-A-AAAGT----T-A------AACT-TTTCAT-G-T-AA----ATT--AC--GTTAAC---AGGA-G-T-TCAC--A---TTGAA-TTTTCA-CCGT--GAA----TAT--T-T----------T-CA---------CCGTGA------------------T-TTCACGTG--AA---------GTGCG---------------T--T--C-----A--CAG-TGAAAAT-TACC--TA-T--A---C-AA--T--C--T-CATAAG-TGAAATTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCT-----------T-TCGT-GT-A-AATTCATGGAAATAAT-A----TTC-ACGTGAAT--TT-C---ATGTGA--A-T-CACTTT----------TC-A-GTGAAA---------TT-CATGTAAT--AACAAA--T---T-TC-ACGATGAACT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GGTGTTA--AT--TG-A-AATTCA-CGTTAAT--AA-------TT--C----------------A-T--GTG----AAT-----TTC-A--T--TGA----AT---A--------ATCTTTTCAAC--G-TGA--------
gi|1 : TCAAGTGAAATTGATACAA-CAAAAG-TTAAACTTTT--CATGTAAA--TTACGTTAA------------------------------C-AGGAGTTCAC-ATTG-A--ATTTTCA--CCGTGAA-T-----A--T------T-------TTCACCGTGA--TTTC-----AC-GTGAAGT-------------G-CG-TT-CACAG-TGAA----AAT-TAC--CTATAC---A--A-T-C-TCATAAG---T-GAAATTT-CA-T-GT--GAAG---TGTG-C-T----------TTCG---------T-GTAAATTCATGGAAATA-AT--A-TTCACGTG--AAT-T----TCATGTGAA--T--CA----CTT--TT-C-----A----G-TGAAATT-CATG--TA-ATAA---C-AAA-T--T--T-CACGA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GTGG-T--G-------------T-TAAT--T-G-AA---------------A----TTC-ACGTTAATAATT-C---ATGTGA--A-------TT----------TC-AT-TGAA--------------------T--AAT-CT--T---T-TCAACG-TGAAATC-T-CAC-------A---G-AA-------CATTCATACG-TG-ATAGTCCA-CGTGAAC--AG-------TT--C----------------A-C---------AAG-----TTC-A--CGGTG----------A--------A----TTC-ACTGA-TGA--------GGCACAATTTGCCT-GTGTA---aatctcacagaacattcatacgtgatagtccacgtgaacagttcacaagttcacggtgaattcactgatgaggcacaatttgcctgtgtattatagtgttaata
gi|10 : cataaacagaatagctatttataaagacacattaagtgctgcatgctgtacaaggaatttgccgttacaaatttcaattctaaatttcaaaaata-TC-AC--TGAAAT--T-CAC-------GT--G-AA--T--ACTGTTC--ACG-T--A-AATTCA-TGTTAAA--AT--T----TT--C----------------A-C--ATG----AAA-----T------------------------------------TC-AT--G-TGA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTAT--CACTTTG-ttatagtgttaata
gi|11 : acaggcaaatgtgccACATAAACAGTAA-TTAG-CTATTTACATAAACA--C-ATG--AAG----------TGCTGCATG-TG-----TACAAGGAATTTGC-GTTACA--AATTTCA--TT-TAAA-T-----T--T------CAAA----TTAA--GTGAAATT--GAT-AACAACAAAGT----T-A------A-CT-TTTCAT-G-TGAA----ATT-CAC--GTAAAtgcatgtctgtctaagcatgattaattaatataat
gi|12 : AAT--T-AAC-------GT--T-A--------TATTA--ACG-TT-A-ACTTCA-CGTTCAA--AA--T----TT--A----------------A-C--GTT----AAA-----TTC-A--T-GTAT----A----A--------G----CTC-
gi|12 : aacgttaaataagT----------TA-ACGTTAAC---------TT-CACGT--T--CAA-AA--T---T-TA-ACG-TTAAAT--T-CAT-------GT--ATAA-GC--TCGATTA--ACA-AT-A-ATTTAA-CGTTAAC--A---T----TT--A----------------A-C--GCT----AAA-----TTA-A--C-GT-----------------------------------T-A--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTA---gattaacaataatttaacgttaacatttaacgctaaattaacgttaggcacaattgcctgtgta
gi|13 : aacgttaaataagaattaacgttataGT--T--AAC-CG--T---T-TT-----TGGGAC--T-CAT-------GT--G-CA-GT--ACTGATC--ACG-TG-A-AATTCA-CGC---A--AA--T----CC--C----------------A-T--GTG----AAT-----TTC-A--C-GTG----------A--------T----TTC-AC--G-T
gi|13 : tTCA-TGTGCA-GT-ACT--G-------------A-TCAC-GT-G-AA---------------A----TTC-ACGCAAAT--CC-C---ATGTGA--A-------TT----------TC-ACGTG-AT---------TT-CACGT--T--CAC-A--------------G-TAAGAT--A-TAC-------------AA-G------ATTC--AT--TG-A-ATT--A-C--TGAC--AA--T----CT--C----------------G-G--GTG----tcacagtaagatatacaagattcattgaattactgacaatctcgggtgtacaaa
gi|14 : tgttaaccgtttttgggacTGAAT--TT-C---ATGTAA--A-T-CAT-TT----------TTTAAGTGAAAAGC------TT-TTCGC--T--GA---A--T---A-TT-ACA-TGAAAT--T-TAC-------GT--G-AA-------TAT-C--ACA-TG-G-AATTCA-TGTGAAT--A---T----TT--C----------------AAC--GTG----AAA-----TTC-A--C-GTGA----ATTCTT--------G----TTC-AC--G-TGA--------tacaaa
gi|15 : cataaaa-AA---------------A----TTC-ACCTGAAT--TT------TGTGA--ATT-CACGTTCTAACATCAATC-ATGTGAAA---------TT-CAAAT--TGAAGA-AA--T---T-TA-ACG-T--AATTAT-CA--------GT--GAAA-AT--AAAATT-------TG-A-ATTTTA-CGTGAAA--AA--G----TT--C----------------A-C--GTG----
gi|16 : --ACG-TA-A-ATTTAA-CGTAAAT--GAGTT----TT--A----------------A-C--TTT----AAA-----CTA-A--C-GTTA----A----G-------------CTA-AC--G-TTA--------GGCACAG-TTGTCT-GTATt
gi|16 : --ACG-TT-A-GCTTAA-CGTTAG-------T----TT--A----------------A-A--GTT----AAAACTCATTT-A--C-GTTA----A----A-------------TTT-AC--G-TTA--------GACACAA-TTACCT-GTGTA---tagacacaattacctgtgta
gi|17 : atacagacaactgtgccta--ACG-TT-A-ATTTAA-CGTTAAATGAA--T----TT--T----------------AAC--GTT----AAG-----TTA-A--C----A----AT---A--------A----TTA-AC--G-TTA--------GGCACAA-TTGCCT-GT
gi|17 : TATT-----G-TT-A-ACTTAA-CGTTAAA--A--------TT--C----------------A-T-----------------TTA-A--C-GTTA----A----A-------------TTA-AC--G-TTA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTtaggcacaattgcctgtgt
gi|18 : acaggcaattgtgcctaacgttaatC-A--C-GTGA----A----A-------------TTC-AC--G-TGA--------GGCACAT-TTGCAT-GTGTAGTGCATTTCG-CTC
gi|18 : AAA---------TT-GATAT--TC-AACTAA--T---C-TG-GAG-CGAAAT--G-CACTACACATGC--A-AATGT--GCC--TC--ACG-TG-A-ATTTCA-CGTcagattagttgaatatcaattt
gi|19 : c-----TTC-A--T-GTGA----A----A-------------TGC-AC--G-TGA--------GGCACAA-TTGCAT-GTATA---TATATCATTTCTTTCTTAAA
gi|2 : tcagCATAAACAGTAA-TTAG-CTATT--TACTAAAG--C-ACATTGAATGTGCTGCATTGCT------G------TACAAGG-ATTTGC-GTT-CA--AA-TTCA--TTCTAAA-TTCAAAA--T------A-------TTAA--GTGAAA--TGAAT-AA--ACAAAGT----TAA------A-CTATTTCAT-G-T-AT----ATT--AC--GTTAACGAGG--A-T-T---AC--A---T-GAA-TTT-CACC-GT--GAAT---AAT--T-T----------TTCA---------C-G---G-----------A-AT--T-TTCACGTG--AA---------GTGCG---------------T--TAAC-----A--G-A-TGAAATTACACT--GG-C--A---C-AA--T--C--T-CATAAGTTGAATTTTCA-TGTGAA-GT-G-T--GCTTCTCAGTAGAAT-TCAT-GT-G-AA---------------ATAATTTC-ACGTGAATA-TT-C---ATGTGA--A-TGCAC-TT----------TC-ACGTGAAA---------TT-CATGTA-T--AAC-AAT-T---T-TC-ACGATG-AAT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GGTG-TA--ATG-TG-A-AATTCA-CGTTAAT--AA--T----TC--C----------------A-T--GTG----AAT-----TTC-A--A-TTGA----AT---A--------AACTTTTC-AC--GCTGA--------catttt
gi|2 : GTGAAAT-GA-ATAAACAA-AG-TTAAACTATTT-CATGTATA--TTACGTTAA------------------------------CGAGGA--------TTACATGAATTTCA--CCGTGAA-T-----AATT------T-------TTCA---CGGAATTTTCAC-G----TGAAGTGCGTT-A------A-C------AG-A-TGAA----ATTACAC--TGGCAC---A--A-T-C-TCAT--AAGTT-GAA-TTTTCA-T-GT--GAAG---TGTGCT-TCTCAGTAGAATTCA---------T-GTGAA-----------ATAA--T-TTCACGTG--AATAT----TCATGTGAA--T-GCA----CTT--T--C-----A--C-G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C-AA--T--T--TTCACGA--TGAA-TT------------------------------------CAC-GT-G-AA--------------------------GTGG------------TGT-A--A-T----------------------GTGAAA---------TT-CACGT--T--AAT-AA--T---T-CC-ATG-TGAATT--T-CAA-------TT--G-AA--TAAACTTTTC--ACGCTG-A-AATTCA-C---AGA--AA--TCA--TT--T----------------A-C--GTG----ATA-----TTC-ACTC-GTGA----AC---AAGTAATACA----TTC-ACG-G-TGAATTCATGTGACACAATTTGCCTCGTGTA---aattcacagaaatcatttacgtgatattcactcgtgaacaagtaatacattcacggtgaattcatgtgacacaatttgcctcgtgtatt
gi|20 : cataaacagtaattagctatttactaaagcacattgaatgtgctgcattgctgtacaaggatttgcgttcaaattcattctaaattcaaaatattaaA-----TTC-A--C-GTGA----A----T-------------TTC-AC--G-TTA--------GGCACAT-TTGCCT-GTGTA---tt
gi|23 : acacagatgcccagcgtgtgagcacTT-CAC--ATGAAA---A--AAT-T-TCAC--G---T-GAA-TTT-CA-T-GT--GAAG---TGT--G-C----------TTCA---------T-GT
gi|24 : TA----AAA-----CTC-A--T-TTAACATTA----A--------A----TTA-AC--G-TTA--------GGCACAA-TTGGCT-GTG
gi|27 : cat----A--------A----TTA-AC--G-TTA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|28 : --------A----TTA-AC--G-TTA--------GGCACAA-TTGCCT-GTGTA---
gi|3 : TAG-CTATT--TACTAAAG--C-ACATTAAG----------TGCT------CATGCTGTACAAGG-ATTTGC-GTT-CA--AATTTCA--TT-TAAA-T-----T--TCCAAAAT-------ATAA--GTGAAATGATAAC-AAC-AATAAGT----T-A------A-CT-TTTCA----TGAAT---ATT-CAC--GTTAACGAGG--A-G-T-TCAC--A---T-AAA-TTT-CA-C-GT--GAA----TA---T-T----------TTCA---------C-GTG---------------AT--T-TTCACGTG--AA---------GTG---------------CTTAAT--C-----A--C-GATGAAAAT-TACC--TG-C--A---C-AAC-T--C--T-CATG---TGAATTTTCATTGTGAAGGT-G-T--GC------------T-TCTCAGTAG-AATTCCATGGAAATAATA----TTC-ACGTGAATA-TT-C---ATGTGA--A-TGCAC-TT----------TC-A-GTGAAA---------TT-CATGTA-T--AAC-AAACT---T-TC--CGATGAACT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GGTG-TA--ATG-TGCA-AATTCA-CGTTAAT--AA-------TT--C----------------A-T--GTG----AAT-----TTCAA--T-GTGA----AT---A--------ATCTTTTC-AC--GCTGA--------
gi|3 : cagaaGTGAAAT-GATAACAACAATAAGTTAA-CTTTT--CATGAATATTC-ACGTTAA------------------------------CGAGGAGTTCAC-AT---A--AATTTCA--CG-TGAA-T-----A--T------T-------TTCAC-GTGA--TTTTCAC-G----TGAAGTGCT-T-A------A------TCAC-GATGAA----AAT-TAC--CTGCAC---A--A-C-TCTCAT--G---T-GAA-TTTTCA-TTGT--GAAGGTGTGC--T-T----------CTCAGTAGAATTCC-ATGGA-----------A-ATAATATTCACGTG--AATAT----TCATGTGAA--T-GCA----CTT--T--C-----A----G-TGAAATT-CATG--TATA--A---C-AAACT--T--T-C-CGA--TGAA-CTTCA-CGTGAA-GT-G----G-------------TGTAAT-GT-GCAA---------------A----TTC-ACGTTAATAATT-C---ATGTGA--A-------TT----------TCAATGTGAA--------------------T--AAT-CT--T---T-TC-ACGCTGAAAT--TCCAC-------A---G-AA-A-----CATTT--ACG-TG-ATAGTTCACCGTGAAC--AG--T----AT--C----------------------------AAG-----TTC-A--C-GTG----------A--------A----TTC-AT--GATGA---------GCACAT-TTGCCTCGTGTA---aattccacagaaacatttacgtgatagttcaccgtgaacagtatcaagttcacgtgaattcatgatgagcacatttgcctcgtgta
gi|4 : cagaatagctatttactaaagcacattaagtgctcatgctgtacaaggatttgcgttcaaatttcatttaaatttccaaaatataaCTTCACATGAATTTCACATGAATAGCAA-TTGA-CTATC--CATGAATTT-C-ACATTTAG----------TGTTGT----T------CACATGAAATTTAT-GTTATA--AATTTCA--TC-TGAAGT-----G--C------T-------GTTT--GTGAAATTTGTATTAAT-GCGT-GT----C-ATGCATCA-CT-TTTCAC-G-TGAA----ATT-CAC--GTCAAC---A--A-T-T-TCAT--G---T-GAA-TTT-CA-C-AT--TAAG---TGT--T-G----------TTCA---------C-GTGAA-----------A-AA--T-TTAACATA--AAT-T----CCATGCGAT--T-CAA----TTT--T--C-----A--C-G-TGAAATT-CACG--TC-A--A---C-AA--T--T--T-CATG---TGAA-TTTCA-CATT-A-TT-GTT--G-------------T-TCAC-GT-G-AA---------------T----TTTAACATAAGT--TC-C---ATGTGA--G-T-CACTTT----------TC-ACGGGAAA---------TT-CATGT--T--AAC-AA--T---T-TC-ATG-TGAAAT--T-CAC-------GT--G-AA-GT--GCTATTC--ATG-TG-A-ATTTCA-CGTTAAT--AA--T----TT--C----------------A-C--GTG----AAA-----TTC-A--C-ATGA----ACAGTA--------A----TTC-AC--G-TGA--------GGCACAT-TTGCCG-GTGTA---CATTCC--CCCCTCCTTAAA
gi|5 : -T-T-TCAC--GC--T-GAAATTT-CA-C-GT--TAAA---AGA--T-T----------TTCAA--------C-ATAAA-------------------TTCACGTT--AAT-T----TCACGGTAA--CAGCA----CTT--T--C-----A--C-G-TGAAATT-CACGAGTG-A--A------A--T--TGTT-CAC-A--TGAA-TTTCA-CGTGA---------------------------CAA-GT-G-----------------------TTC-ACGTGAAT--TTTC---A-ATGA--A-G-CACATT----------TC-ACATGAAA---------TT-CACGT--G--AAT-TT--T---T-TTTATG-TGAA-T--T-CAC-------ATTTG-AT-GC--TCTTTTA--ACG-TG-A-AATTCA-TGTTAAA--AT--T----TT--C----------------A-C--AGA----AAA-----TTC-A--C-GTG-----A----A--------A----TTC-AT--G-TGA--------GGCACAA-CTGCCT-GTGTA---AATTTCG-ATATCTTTTAAAaaaaataaatt
gi|6 : acttaaaCA---------C-GTCAA-----------A-AT--T-TAAACGTA--AAT-T----TCGCTCGA-----GCA---------T--C-----AAAC-A-TTAAAT--CACA--CG-A--A---C-AA--AAAT--G-CACG---TGAA-TTTCA-CGTAAA-AT-T-C--AAATTTTAT-----T-TCAC--T-G-AA---------------A----TTT-ACGTTAAT--TT-CTCAATTTGA--A-T------T----------TC-ACATGAAA---------TT-GATGT--T--AGT-AA---------C-ACG-TGAAAT--T-CAC-----------A-AA--------ATTC--AGG-TG-A-ATTTagagcatcaaatgtaatac
gi|7 : cactaCAC-A-TGAATTTTATT-CACTTGTTAA----A--A-TAT-TCGC--C---T-TAA-TTT-CA-C-GTAAAAAG---CAT--CAT----------GTTA---------CAGTTAT-----------A-AT--T-TTCTCATGAAAAT-T----CTGTGAGAAGTT-ATA----AAC--G--C-----A--T-G-TAA------ACG--TG-A--ATTTC-AA--T--T--T-AA------GAA-ATTCA-CATGTA-GT-A-CTAG-------------T-TCAC-GT-A-AA---------------A----TTC-ACATttttgataacttttaactttagatttgtatatatggatttcatgcaatat
gi|7 : c--T-TTCGCCTG--AAT-TGATTTC-TG-AAA--G-GCAAAGTTTT--T--CGGTGAA--T-G-TGAATTT-TACG--TG-A--A---CTAG--TACT--A-CATG---TGAA-TTTC----TTAA-AT----------------------------T-G-AA---------------A----TTC-ACGT---T--TA-C---ATGCGTTTA-T-AAC-TTC---------TC-ACA-GAAT---------TTTCATGA--G--AA--AA--T---TATA-AC--TG------T-AAC-------AT--G-A---T--GCTTTTT--ACG-TG-A-AATTAA-GGCGAAT--AT--T----TTAAC----------------A-A--GTGAATAAAA-----TTC-A--T-GTGtcaccgaaaaactttgcctttcagaaatcaattcaggcgaaa
gi|8 : cGG--TGAA-TTTCA-TGTGAA---------A-------------T-TCAT-GT-------------------------TTA-ACTTAAATACTA-C---ATGTGA--A-T-----TT----------CC-ACATGAAAGTTT-----TT-TGTGT---------GA--T---T-TA-ACA-TT--AT--T-T----------T--G-AT-GT--TCTTTTC--AAA-TG-A-AATTCA-CATTAAA--AT--T----TT--CAATAAAATTTAGCCTTA-C--ATG----AAT-----TTC-A--T-GTGA----A----A--------A----T----C--A-TGA--------GGCACAA-TTCACT-GTGTA---C
gi|9 : ca-G-AA---------------T----TTC-ACAAGGAT--TT-C---ATGAGA--A-T-CGCTTT----------TC-ACGTGAAATTGATTTTTTT-TACGC--G--AAA-AA--GCGAT-TC-ACG-TGAAAT--C-CAT-------GC--G-AA-AT----T-TTC--A-G-TG-A-A-TTCA-CATT--C--AA--TGCTATT--C----------------A-CAAGTG----AAA-----TTC-------TTG----A----A--------A----TTC-agaatgggat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|22 ): GTTAATTAATCGTTATCTTTAACGTTTAATTATACGTTTTAGGCACAATTGCCTGGGT
Unaligned ( gi|25 ): TACTACTTGTATAATCAGCATTTGATTAGCTTA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAACAGATAGAATTAGCTATATTATGTTAC