lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 22222 4444444444444444444444444444444 1111 222222222222 222222 11111111 1 1 1111 1 22 2222 11111111111111111111111111111111111 1 2222 1 33
lowQualScore : 777 8 11111 4444444444444444444444444444444 0000 66 4 999999999999 777 0 66 444444 44444444 9999 4 2 6 66 66 4 1 0000 1 0 4 0 11 8 5555 4 00000000000000000000000000000000000 7 6 9999 5 44 6 6
lowQualScore : ... . ..... ............................... .... .. . ............ ... . .. ...... ........ .... . . . .. .. . . .... . . . . .. . .... . ................................... . . .... . .. . .
lowQualScore : 555 0 22222 6666666666666666666666666666666 6666 11 4 222222222222 888 1 11 333333 22222222 4444 4 2 8 11 11 4 6 6666 4 2 6 8 00 0 8888 0 55555555555555555555555555555555555 0 0 0000 0 00 0 0
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAAG-------CTATA------------TTTTA-AA----TA--GTT-CAGG---AAATA--T-TGAATA---TGTCAGATTT--TTA---AAAAA---T----AGG----TC-AAACTCCAA--GGT--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAAGTAGNAAC-AAG--GTCTTGCCNTAAANAATATATACATGCAAACCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATATGCAAAAAGATTATGTTGCC
Reference ( gi|2 ) : AAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAAT-------CTATA------------TTTTG-AA----TA--GTT-CAGG---TGATA--G-TGAATA---TGTCAGATTT--TTA---GAAAA---T----AGG----TC-ACACTTCAA--GGT--C-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAAGTATGAAC-ATA--GTCTTGCCTTTGAGAA-AC-TGCATACAAATTGTGTATAAAAC-GGTTAAAGATATTTTTAAACAGTATGTGTTGTC
gi|4 : AAAGATCT---TGCCAATTA---AAAAG-------CTATAACGAAAGCTCGATGTT--AA----TA--GTT-AAGG---ATATA--T-TGAATA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT----AGG----TC-AAACTCCAA--GGT--C-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAAGTAGCAAC-AAG--GTCTT
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAAAG-------C-ACA------------TTTTACAACGGTTA--GTTGCAGG---AGA-A--T-TGAATA---TGCCAGATTT--TCA----AAAA---T----AGG----TCAAGAGTTCAT--GGG--CGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAG-GGGAACAACAAGGTTTTGCCAT--ATAA-A----CATG-AAACCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATATGCAAAAAGATTATGTTGC
gi|11 : gacttgccttAAAGCT---TGCCA-TCA---GAAATATGACTGCTGTA------------TTTTA-TA----GA--GTT-CAGG---AAATATCA-TG--TA---TGTCACTTTT--TTA----AAAG---T----ACG----TC-AAACTGCAA--GGT--C-ttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAAAC-------CTGTA------------T------A----TACTGTA-CAAAATATGAAA--G-AGTATA---TGTCAGATTG--TTA---AAAAG---T----AGG----TC-AAACTCCAA--AGT--C-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAAGTAATAAT-AAA--GTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAAAG-------CTCTA------------TCTTG-AA----TA---------------ATA--ACTGAATA---TGTCAAATTT--TTC---TAAAA---CCGTCAGG----TC-AAACT-CAAAAGAT--C-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGAATAT-AAC-AAG--GTCTTGCCa
gi|10 : aaaaTATC------------TTCTA-AA----TA--GTT-AAGG---AAATA--T-TGATTA---GATCAGATTT--TTT---AAA----------AGG---------------A--GGT--C-AAGGTCAC----AAAATCAAACa
gi|7 : caaaatatgaaaactcatag------------TCTTA-AA----TA--GTT-CAGG---ATATA--T-TCAATAGGTTGTC---TTTCCTT----GAAAT---T----AGG----TC-AAACTCAAA--GGT--C-Aacgatttt
gi|14 : aatcaaaacagtcctt----TA--GTT-CAGG---AAATA--T-TGAACA---TGTCAGATTA--A-A---AAAAA---T----AGT----TC-AC--TTTAA--GGT--C-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
gi|12 : gA--GTT-CAAG---AAATA--T-AGACTA---TGTCACATTT--T-A---AAAAA---C----AAGAAGTTC-AAACTTCAA--GGTGTC-AAGGTCAC----AAATTCCAACTaca
gi|8 : cAC----AAGTTCAAACTTTGAATAAGAAC-AAG--GGCTTGCCTTAAAGAATATATATATACAAAct
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TATAAGTTCTAACTTCAAGGAATAACAAGAACTTGCCACAAAGAATCTACATACAAAAATACAAAATTAAAGCCCTACCTAAAATAGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTTTTTTTTTTAAATGTGTCAAACTTAAGGTTACAAAGTCAAAAGCCTGATAAAAGGTTTTGC
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|16 ): GAAAGGTCTTGCCATAAAGCATGTACATACAAAATATGAAAGCCTTGCTTGAATA
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 2222222 222222222222 111111 1111 222 33333 555555555 1 1 11 2222
lowQualScore : 444 6 11111 1111111 555555555555 3 5 9999 4 1 0 000000 666 5 2 55 2 7777 1 2222 7777 3 44 55 3 3 0 9999 5 88 77 8 1 44 222 0 77777 5 888888888 3 1 5 4 0 88 3 8888 7 4
lowQualScore : ... . ..... ....... ............ . . .... . . . ...... ... . . .. . .... . .... .... . .. .. . . . .... . .. .. . . .. ... . ..... . ......... . . . . . .. . .... . .
lowQualScore : 000 7 88888 7777777 666666666666 9 0 4444 0 6 8 555555 444 1 1 00 4 7777 9 7777 7777 6 22 00 6 6 2 4444 5 66 99 8 0 44 888 8 00000 0 000000000 2 4 5 7 7 33 7 3333 7 7
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCTATA------------TTTTA-AA----TAGTT-CAGGAAATATTGAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-TC-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAAGTAANA--ACAAGGTCTTGCCNTAAAGAAT-TACATACAAAA-ATACAAAAT---A---CCCTGCCTTAAATAAGTTNAAGATATA--TNCA----AANAGNTTATGTTGCC
Reference ( family-7238 ) : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCTATA------------TTTTA-AA----TAGTT-CAGGAAATATTGAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-TC-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAAGTAGNA--ACAAGGTCTTGCCNTAAANAA--TATATAC-----ATGCAAA---------CCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATA--TGCA----AAAAGATTATGTTGCC
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAAA-------GC-ACA------------TTTTACAACGGTTAGTTGCAGGAGA-ATTGAA------TA---TGCCAGATTT--TCAAA----AA-T----AGG----TCAAGAGTT-CATG--G-GCGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAGGGGAACAACAAGGTTTTGCC-------A--TATAAAC-----ATG-AAA---------CCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATA--TGCA----AAAAGATTATGTTGCC
gi|10 : gacttgccttTATC------------TTCTA-AA----TAGTT-AAGGAAATATTGAT------TA---GATCAGATTT--TTTAA----AAGG----AGG----TCAA-GGTCACAAA--A-TC-AAttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|11 : caaaatatgaaaactcatagAAAGCT---TGCCA-TCA---GAAATATGACTGCTGTA------------TTTTA-TA----GAGTT-CAGGAAATATCATG------TA---TGTCA-CTTT--TTTAA----AAGT----ACG----TCAA-ACTG-CAAG--G-TC-acacgatttt
gi|12 : AGTT-CAAGAAATATAGAC------TA---TGTCACA-TT--TTAAA----AAAC----AAGAAGTTCAA-ACTT-CAAGGTG-TC-AAGGTCAC----AAATTCCAACT
gi|14 : c----TAGTT-CAGGAAATATTGAA------CA---TGTCAGA-TT--AAAAA----AAAT----AGT----TC---ACTT-TAAG--G-TC-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTACAct
gi|16 : gAAGGTCTTGCCATAAAGCATGTACATACAAAATATGAAAG---------CCTTG-CTTGAATA
gi|2 : gaAAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAA-------TCTATA------------TTTTG-AA----TAGTT-CAGGTGATAGTGAA------TA---TGTCAGATTT--TTAGA----AAAT----AGG----TCAC-ACTT-CAAG--G-TC-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAAGTATGA--ACATAGTCTTGCCTTTGAGAA---AC-TGC-----ATACAAA---------TTGTGTATAAAAC-GGTTAAAGATATT--TTTA----AACAGTATGTGTTGTC
gi|3 : AT----AAGTTCTAACTTCAAGGAATA--ACAAGAACTTGCCACAAAGAATCTACATACAAAA-ATACAAAATTAAAG--CCCTACCTAAAAT-AGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTT
gi|4 : tAAAGATCT---TGCCAATTA---AAAA-------GCTATAACGAAAGCTCGATGTTA-A-----TAGTT-AAGGATATATTGAA------TA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT--AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-TC-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAAGTAGCA--ACAAGGTCTTttttttttaaatgtgtcaaacttaaggttacaaagtcaaaagcctgataaaaggttttgc
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAAA-------CCTGTA------------T------A----TACTG-TACAAAATAT-GAAAGAGTATA---TGTCAGATTG--TTAAA----AAGT----AGG----TCAA-ACTC-CAAA--G-TC-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAAGTAATA--ATAAAGTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAAA-------GCTCTA------------TCTTG-AA----TAAT--------A-ACTGAA------TA---TGTCAAATTT--TTCTA----AAACCGTCAGG----TCAA-ACTC-AAAA--GATC-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGAATA-TA--ACAAGGTCTTGCCa
gi|7 : aaaa------------TCTTA-AA----TAGTT-CAGGATATATTCAA------TAGGTTGTC---TTTCCTT-GA----AATT----AGG----TCAA-ACTC-AAAG--G-TC-Aa
gi|8 : aatcaaaacagtccttAA------TA---TATCA---------ACA----AAAT----AAG-----AAA-ACTC----------------TTAC----AAGTTCAAACTTTGAATAAGA--ACAAGGGCTTGCCTTAAAGAA--TATATAT-----ATACAAAATACGAAACCCCTG-CTTAAAcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 1111111 222222222222 111111111111 1111 22222 4444444444444 1 11 3333333
lowQualScore : 444 6 11111 8888888 0 222222222222 4 4 8888 3 3 888888888888 999999 555 666 44 5 7777 1111 7777 3 555 44 3 44 3 0 8888 0 6 66 1 3 1 77777 88 3 9999999999999 2 6 22 1 1 2222222 1 1
lowQualScore : ... . ..... ....... . ............ . . .... . . ............ ...... ... ... .. . .... .... .... . ... .. . .. . . .... . . .. . . . ..... .. . ............. . . .. . . ....... . .
lowQualScore : 000 7 88888 6666666 8 888888888888 1 4 5555 6 0 666666666666 666666 888 222 66 5 1111 7777 1111 3 999 66 3 66 3 9 5555 7 6 99 0 8 0 22222 88 2 2222222222222 0 7 66 0 0 0000000 0 0
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCTATA------------TCTTA-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AAAATACGAAAC----G-CCCTGCCT-TAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
Reference ( family-7238 ) : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCTATA------------TTTTA-AA----TAGTT-CAGGAAATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAANAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AAAATACAAAAT----A-CCCTGCCT-TAAATAAGTTNAAGATATATNCA------AANAGNTTATGTTGCC
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAAA-------GC-ACA------------TTTTACAACGGTTAGTTGCAGGAGA-ATT------------GAA------TA---TGCCAGATTT--TC-AA----AAAT----AGG----TCAAGAGTT-CATG--G-G--CGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAGGGGAACAACAAGGTTTTGC--------------CATATA-AACATG-AA-------A-CCCTGCCT-TAAATAAGTTTAAGGTATATGCA------AAAAGATTATGTTGCC
gi|10 : gacttgccttTATC------------TTCTA-AA----TAGTT-AAGGAAATATT------------GAT------TA---GATCAGATTT--TTTAA----AAGG----AGG----TCAA-GGTCACAAA--A-T--C-AAttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|11 : caaaatatgaaaactcatagAAAGCT---TGCCA-TCA---GAAATATGACTGCTGTA------------TTTTA-TA----GAGTT-CAGGAAATATC------------ATG------TA---TGTCA-CTTT--TTTAA----AAGT----ACG----TCAA-ACTG-CAAG--G-T--C-acacgatttt
gi|12 : AGTT-CAAGAAATATA------------GAC------TA---TGTCACA-TT--TTAAA----AAAC----AAGAAGTTCAA-ACTT-CAAGGTG-T--C-AAGGTCAC----AAATTCCAACT
gi|14 : c----TAGTT-CAGGAAATATT------------GAA------CA---TGTCAGA-TT--AAAAA----AAAT----AGT----TC---ACTT-TAAG--G-T--C-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTACAct
gi|16 : gAAGGTCTTGCCATAAAG-CATGTACATAC--AAAATATGAAA-----G-CCTTG-CT-TGAATA
gi|2 : gaAAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAA-------TCTATA------------TTTTG-AA----TAGTT-CAGGTGATAGT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAGA----AAAT----AGG----TCAC-ACTT-CAAG--G-T--C-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAA--GTATGAACATAGTCTTGCCTTTGAGAAAC-TGCATACA-AA------------------TTGTGTATAAAACGGTTAAAGATATTTTTA------AACAGTATGTGTTGTC
gi|3 : AT----AAGTTCTAACTTCAA--GGAATAACAAGAACTTGCCACAAAG-AATCTACATACA-AAAATACAAAATTAAAG-CCCTACCT-AAAAT-AGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTT
gi|3 : tAAA-------GCCCTA------------CCTAA-AA----TAGTT-CCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGT------TA---TGTTTTTTTT--TTAAA-------T----GTG----TCAA-ACT--TAAG--G-TTAC-AAAGTCAA----AAG--CC-----------TGATAA-AAGGTTTTGCttttttttaaatgtgtcaaacttaaggttacaaagtcaaaagcctgataaaaggttttgc
gi|4 : tataagttctaacttcaaggaataacaagaacttgccacaaagaatctacatacaaaaatacaaaattAAAGATCT---TGCCAATTA---AAAA-------GCTATAACGAAAGCTCGATGTTA-A-----TAGTT-AAGGATATATT------------GAA------TA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT--AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAA--GTAGCAACAAGGTCTT
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAAA-------CCTGTA------------T------A----TACTG-TACAAAATAT-------------GAAAGAGTATA---TGTCAGATTG--TTAAA----AAGT----AGG----TCAA-ACTC-CAAA--G-T--C-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAA--GTAATAATAAAGTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAAA-------GCTCTA------------TCTTG-AA----TAAT--------A-ACT------------GAA------TA---TGTCAAATTT--TTCTA----AAACCGTCAGG----TCAA-ACTC-AAAA--GAT--C-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGA--AT-ATAACAAGGTCTTGCCa
gi|7 : aaaaAAT-CAAAAC----AGTCCTTTCT-TAAATA-GTTCAGGATATATTC-------AATAGGTTGTCTTTCCa
gi|7 : ------------TCTTA-AA----TAGTT-CAGGATATATT------------CAA------TAGGTTGTC---TTTCCTT-GA----AATT----AGG----TCAA-ACTC-AAAG--G-T--C-Attgaaattaggtcaaactcaaaggtcacaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
gi|8 : aatcaaaacagtccttAA------TA---TATCA---------ACA----AAAT----AAG-----AAA-ACTC------------------TTAC----AAGTTCAAACTTTGA--ATAAGAACAAGGGCTTGCCTTAAAG-AATATATATATACAAAATACGAAAC------CCCTG-CT-TAAAcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 1111111111111111111111111111111 111111111111 1111 22222 111 333333333333 11 3333333
lowQualScore : 444 6 00000 9999999999999999999999999999999 9999999999 3 1 888888888888 999999 555 666 44 5 7777 1111 7777 3 555 44 3 44 3 0 8888 0 6 66 0 3 1 77777 88 111 7 444444444444 44 0 2222222 1 0
lowQualScore : ... . ..... ............................... .......... . . ............ ...... ... ... .. . .... .... .... . ... .. . .. . . .... . . .. . . . ..... .. ... . ............ .. . ....... . .
lowQualScore : 000 7 22222 7777777777777777777777777777777 1111111111 6 0 666666666666 666666 888 222 66 5 1111 7777 1111 3 999 66 3 66 3 9 5555 7 6 99 8 8 0 22222 88 777 3 222222222222 99 2 0000000 2 2
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCT----GTA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
Reference ( family-7238 ) : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCT----ATA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAAA-------GC-----ACA--------TT----TT--ACAACGGTTAGTTGCAGGAGA-ATT------------GAA------TA---TGCCAGATTT--TC-AA----AAAT----AGG----TCAAGAGTT-CATG--G-G--CGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAGGGGAACAACAAGGTTTTGC--------------CATATA-AA---CAT--GAAA------CCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATATGCA------AAAAGATTATGTTGCC
gi|10 : gacttgcctt---GAAA-------ACTCATAGTA--------TC----TTCTA-AA----TAGTT-AAGGAAATATT------------GAT------TA---GATCAGATTT--TTTAA----AAGG----AGG----TCAA-GGTCACAAA--A-T--C-AAttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|11 : caaaatatAAAGCT---TGCCA-TCA---GAAATATGACTGCT----GTA--------TT----TT--A-TA----GAGTT-CAGGAAATATC------------ATG------TA---TGTCA-CTTT--TTTAA----AAGT----ACG----TCAA-ACTG-CAAG--G-T--C-acacgatttt
gi|12 : AGTT-CAAGAAATATA------------GAC------TA---TGTCACA-TT--TTAAA----AAAC----AAGAAGTTCAA-ACTT-CAAGGTG-T--C-AAGGTCAC----AAATTCCAACT
gi|14 : c----TAGTT-CAGGAAATATT------------GAA------CA---TGTCAGA-TT--AAAAA----AAAT----AGT----TC---ACTT-TAAG--G-T--C-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTACAct
gi|16 : gAAGGTCTTGCCATAAAG-CATGTACATAC--AA---AATATGAAA-----GCCTTG-CTTGAATA
gi|2 : gaAAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAA-------TCT----ATA--------TT----TT--G-AA----TAGTT-CAGGTGATAGT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAGA----AAAT----AGG----TCAC-ACTT-CAAG--G-T--C-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAA--GTATGAACATAGTCTTGCCTTTGAGAAAC-TGCATACA-AATTGTGTATAAAAC----G---------------GTTAAAGATATTTTTA------AACAGTATGTGTTGTC
gi|3 : AT----AAGTTCTAACTTCAA--GGAATAACAAGAACTTGCCACAAAG-AATCTACATACA-AA---AATACAAAATTAAAGCCCTACCTAAAAT-AGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTT
gi|3 : tAAA-------GCC----CTA--------CC----TA--A-AA----TAGTT-CCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGT------TA---TGTTTTTTTT--TTAAA-------T----GTG----TCAA-ACT--TAAG--G-TTAC-AAAGTCAA----AAG--CC-----------TGATAA-AAGGTTTTGCttttttttaaatgtgtcaaacttaaggttacaaagtcaaaagcctgataaaaggttttgc
gi|4 : tataagttctaacttcaaggaataacaagaacttgccacaaagaatctacatacaaaaatacaaaattAAAGATCT---TGCCAATTA---AAAA-------GCT----ATAACGAAAGCTCGATGTT--A-A-----TAGTT-AAGGATATATT------------GAA------TA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT--AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAA--GTAGCAACAAGGTCTT
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAAA-------CCT----GTA--------T------------A----TACTG-TACAAAATAT-------------GAAAGAGTATA---TGTCAGATTG--TTAAA----AAGT----AGG----TCAA-ACTC-CAAA--G-T--C-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAA--GTAATAATAAAGTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAAA-------GCT----CTA--------TC----TT--G-AA----TA--------ATA-ACT------------GAA------TA---TGTCAAATTT--TTCTA----AAACCGTCAGG----TCAA-ACTC-AAAA--GAT--C-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGA--AT-ATAACAAGGTCTTGCCa
gi|7 : aaaa---AAT-CAAAACA---GTCCTTTCTTAAATA-GTTCAGGATATATTC-------AATAGGTTGTCTTTCCa
gi|7 : --------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGATATATT------------CAA------TAGGTTGTC---TTTCCTT-GA----AATT----AGG----TCAA-ACTC-AAAG--G-T--C-Attgaaattaggtcaaactcaaaggtcacaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
gi|8 : aatcaaaacagtccttAA------TA---TATCA---------ACA----AAAT----AAG-----AAA-ACTC------------------TTAC----AAGTTCAAACTTTGA--ATAAGAACAAGGGCTTGCCTTAAAG-AATATATATATACAA---AATACGAAAC-----CCCTG-CTTAAAcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 11111 1111111111111111111111111111111 111111111111 1111 22222 111 333333333333 11 3333333
lowQualScore : 444 6 00000 9999999999999999999999999999999 9999999999 3 1 888888888888 999999 555 666 44 5 7777 1111 7777 3 555 44 3 44 3 0 8888 0 6 66 0 3 1 77777 88 111 7 444444444444 44 0 2222222 1 0
lowQualScore : ... . ..... ............................... .......... . . ............ ...... ... ... .. . .... .... .... . ... .. . .. . . .... . . .. . . . ..... .. ... . ............ .. . ....... . .
lowQualScore : 000 7 22222 4444444444444444444444444444444 1111111111 6 0 666666666666 666666 888 222 66 5 1111 7777 1111 3 999 66 3 66 3 9 5555 7 6 99 8 8 0 22222 88 777 3 222222222222 99 2 0000000 2 2
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCT----GTA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
Reference ( family-7238 ) : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCT----GTA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAAA-------GC-----ACA--------TT----TT--ACAACGGTTAGTTGCAGGAGA-ATT------------GAA------TA---TGCCAGATTT--TC-AA----AAAT----AGG----TCAAGAGTT-CATG--G-G--CGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAGGGGAACAACAAGGTTTTGC--------------CATATA-AA---CAT--GAAA------CCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATATGCA------AAAAGATTATGTTGCC
gi|10 : gacttgcctt---GAAA-------ACTCATAGTA--------TC----TTCTA-AA----TAGTT-AAGGAAATATT------------GAT------TA---GATCAGATTT--TTTAA----AAGG----AGG----TCAA-GGTCACAAA--A-T--C-AAttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|11 : caaaatatAAAGCT---TGCCA-TCA---GAAATATGACTGCT----GTA--------TT----TT--A-TA----GAGTT-CAGGAAATATC------------ATG------TA---TGTCA-CTTT--TTTAA----AAGT----ACG----TCAA-ACTG-CAAG--G-T--C-acacgatttt
gi|12 : AGTT-CAAGAAATATA------------GAC------TA---TGTCACA-TT--TTAAA----AAAC----AAGAAGTTCAA-ACTT-CAAGGTG-T--C-AAGGTCAC----AAATTCCAACT
gi|14 : c----TAGTT-CAGGAAATATT------------GAA------CA---TGTCAGA-TT--AAAAA----AAAT----AGT----TC---ACTT-TAAG--G-T--C-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTACAct
gi|16 : gAAGGTCTTGCCATAAAG-CATGTACATAC--AA---AATATGAAA-----GCCTTG-CTTGAATA
gi|2 : gaAAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAA-------TCT----ATA--------TT----TT--G-AA----TAGTT-CAGGTGATAGT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAGA----AAAT----AGG----TCAC-ACTT-CAAG--G-T--C-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAA--GTATGAACATAGTCTTGCCTTTGAGAAAC-TGCATACA-AATTGTGTATAAAAC----G---------------GTTAAAGATATTTTTA------AACAGTATGTGTTGTC
gi|3 : AT----AAGTTCTAACTTCAA--GGAATAACAAGAACTTGCCACAAAG-AATCTACATACA-AA---AATACAAAATTAAAGCCCTACCTAAAAT-AGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTT
gi|3 : tAAA-------GCC----CTA--------CC----TA--A-AA----TAGTT-CCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGT------TA---TGTTTTTTTT--TTAAA-------T----GTG----TCAA-ACT--TAAG--G-TTAC-AAAGTCAA----AAG--CC-----------TGATAA-AAGGTTTTGCttttttttaaatgtgtcaaacttaaggttacaaagtcaaaagcctgataaaaggttttgc
gi|4 : tataagttctaacttcaaggaataacaagaacttgccacaaagaatctacatacaaaaatacaaaattAAAGATCT---TGCCAATTA---AAAA-------GCT----ATAACGAAAGCTCGATGTT--A-A-----TAGTT-AAGGATATATT------------GAA------TA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT--AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAA--GTAGCAACAAGGTCTT
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAAA-------CCT----GTA--------T------------A----TACTG-TACAAAATAT-------------GAAAGAGTATA---TGTCAGATTG--TTAAA----AAGT----AGG----TCAA-ACTC-CAAA--G-T--C-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAA--GTAATAATAAAGTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAAA-------GCT----CTA--------TC----TT--G-AA----TA--------ATA-ACT------------GAA------TA---TGTCAAATTT--TTCTA----AAACCGTCAGG----TCAA-ACTC-AAAA--GAT--C-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGA--AT-ATAACAAGGTCTTGCCa
gi|7 : aaaa---AAT-CAAAACA---GTCCTTTCTTAAATA-GTTCAGGATATATTC-------AATAGGTTGTCTTTCCa
gi|7 : --------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGATATATT------------CAA------TAGGTTGTC---TTTCCTT-GA----AATT----AGG----TCAA-ACTC-AAAG--G-T--C-Attgaaattaggtcaaactcaaaggtcacaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
gi|8 : aatcaaaacagtccttAA------TA---TATCA---------ACA----AAAT----AAG-----AAA-ACTC------------------TTAC----AAGTTCAAACTTTGA--ATAAGAACAAGGGCTTGCCTTAAAG-AATATATATATACAA---AATACGAAAC-----CCCTG-CTTAAAcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
blockSeqs : . A CA GCTATAACGAAAGCTCGATG CTAAA . A TACAGTGTAGTA AGAGTA GGT GAT CC T TGAA CGTC AAGT . CAC GT A TA . AATT A . A A CATG AC TTG A TTAAAGCCCTAC A ACAGTGT C
blockSeqs : . . CA TATGACTGCTGTATT ATA . A . . . GAT . T . GT . . GC . . . . . G . T T AAAC A . A CAGTCCTTT A A T
blockSeqs : . . TA ACTCATAGTATC GAA . A . . . TTT . A . . . . TC . . . . . T . A A AATC A . A GCCTTG . . T
blockSeqs : . . AA TCTATATT AAA . A . . . GAT . A . . . . TT . . . . . A . T A AATA . . A CCCCTG
blockSeqs : . T GCCCTACC GAA . G . . . GAT . A . . . . TC . . . . . A . . . CG
blockSeqs : GCTCTATC AAA . T . . . AAT . A . . . . CC . . . . . A .
blockSeqs : CCTGTAT AA . T . . . CT . A . . . . CC . . . . . T .
blockSeqs : A . A . . . CA . A . . . . CA . . . . . .
blockSeqs : . T . . . GA . C . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . T . . . T . A . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqCons : *** CA*** GCTNTATC*********************** AAA******* ** AATN*
originalCons : AAAAATCT---TGCCA-TNA---GAAA-------GCT----GTA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAG-AAT-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
finalCons : AAAAATCT---TGCCA-TCA---GAAAGCTNTATC-----------------------TTAAA-------TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAGAATN-TACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111111111111111111111111111 111111111111 1111 1111 333333333333 333333
lowQualScore : 444 5 1 888 4 9999999999999999999999999999999 9999999999 3 1 888888888888 999999 555 666 44 5 7777 1111 7777 3 555 44 3 44 3 0 8888 0 6 66 0 3 1 0 44 88 5555 22 777777777777 1 9 3 0 888888 4 3 0
lowQualScore : ... . . ... . ............................... .......... . . ............ ...... ... ... .. . .... .... .... . ... .. . .. . . .... . . .. . . . . .. .. .... .. ............ . . . . ...... . . .
lowQualScore : 000 7 7 888 4 4444444444444444444444444444444 1111111111 6 0 666666666666 666666 888 222 66 5 1111 7777 1111 3 999 66 3 66 3 9 5555 7 6 99 8 8 0 6 88 88 0000 22 444444444444 0 2 7 7 333333 7 7 7
consensus : AAAAATCT---TGCCA-TCA---GAA-A-------GCTN----TA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAGAATNTACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTNAAGATATATTTA------AANAGNTTATGTTGCC
Reference ( family-7238 ) : AAAAATCT---TGCCA-TCA---GAA-A-------GCTN----TA--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGANATATT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAAA----AAAT----AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AAGGTCAC----AAGTTCCAACTATAA--GTAATAACAAGGTCTTGCCNTAAAGAATNTACATACA-AA---AATACGAAAC----GCCCTGCCTTAAATAAGTTCAAGATATATTCA------AATAGGTTGTGTTGCC
gi|1 : AAAAATCTAAATACAA-TGATTTGAA-A-------GC-A----CA--------TT----TT--ACAACGGTTAGTTGCAGGAGA-ATT------------GAA------TA---TGCCAGATTT--TC-AA----AAAT----AGG----TCAAGAGTT-CATG--G-G--CGAAAGTCAC----GAGTTCTAAGT-TAAGGGGAACAACAAGGTTTTGC-------------CATATA-AA---CAT--GAAA------CCCTGCCTTAAATAAGTTTAAGGTATATGCA------AAAAGATTATGTTGCC
gi|10 : gacttgcctt---GAA-A-------ACTCATAGTA--------TC----TTCTA-AA----TAGTT-AAGGAAATATT------------GAT------TA---GATCAGATTT--TTTAA----AAGG----AGG----TCAA-GGTCACAAA--A-T--C-AAttacaagattgtcaacttttggttcaaggatactgagtcaaaggcctaagctattttaaaatgaaaggttttgcata
gi|11 : caaaatatAAAGCT---TGCCA-TCA---GAA-ATATGACTGCTG----TA--------TT----TT--A-TA----GAGTT-CAGGAAATATC------------ATG------TA---TGTCA-CTTT--TTTAA----AAGT----ACG----TCAA-ACTG-CAAG--G-T--C-acacgatttt
gi|12 : AGTT-CAAGAAATATA------------GAC------TA---TGTCACA-TT--TTAAA----AAAC----AAGAAGTTCAA-ACTT-CAAGGTG-T--C-AAGGTCAC----AAATTCCAACT
gi|14 : c----TAGTT-CAGGAAATATT------------GAA------CA---TGTCAGA-TT--AAAAA----AAAT----AGT----TC---ACTT-TAAG--G-T--C-AAAGTCAC----AAGTTCCAATTACAct
gi|16 : gAAGGTCTTGCCATAAAGCATGTACATAC--AA---AATATGAAA-----GCCTTG-CTTGAATA
gi|2 : gaAAAAATCT---TGCCA-TCA---GAA-A-------TCTA----TA--------TT----TT--G-AA----TAGTT-CAGGTGATAGT------------GAA------TA---TGTCAGATTT--TTAGA----AAAT----AGG----TCAC-ACTT-CAAG--G-T--C-AAGGTAAC----AAGTTCCAACTGTAA--GTATGAACATAGTCTTGCCTTTGAGAAACTGCATACA-AATTGTGTATAAAAC----G---------------GTTAAAGATATTTTTA------AACAGTATGTGTTGTC
gi|3 : AT----AAGTTCTAACTTCAA--GGAATAACAAGAACTTGCCACAAAGAATCTACATACA-AA---AATACAAAATTAAAGCCCTACCTAAAAT-AGTTCCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGTTATGTT
gi|3 : tAA-A-------GCCC----TA--------CC----TA--A-AA----TAGTT-CCAGATATATTTACAGTGTAGTAGGT------TA---TGTTTTTTTT--TTAAA-------T----GTG----TCAA-ACT--TAAG--G-TTAC-AAAGTCAA----AAG--CC-----------TGATAA-AAGGTTTTGCttttttttaaatgtgtcaaacttaaggttacaaagtcaaaagcctgataaaaggttttgc
gi|4 : tataagttctaacttcaaggaataacaagaacttgccacaaagaatctacatacaaaaatacaaaattAAAGATCT---TGCCAATTA---AAA-A-------GCTA----TAACGAAAGCTCGATGTT--A-A-----TAGTT-AAGGATATATT------------GAA------TA---TATCAGATTT--TTAAATGAAAAATGT--AGG----TCAA-ACTC-CAAG--G-T--C-AATCTCAC----AAGTTTAAATTATAA--GTAGCAACAAGGTCTT
gi|5 : TTT---TGCCA-TAA---GAA-A-------CCTG----TA--------T------------A----TACTG-TACAAAATAT-------------GAAAGAGTATA---TGTCAGATTG--TTAAA----AAGT----AGG----TCAA-ACTC-CAAA--G-T--C-AAGATAACAATTAAGTTCCACAAATAA--GTAATAATAAAGTTT
gi|6 : cGTCA-TT----GAA-A-------GCTC----TA--------TC----TT--G-AA----TA--------ATA-ACT------------GAA------TA---TGTCAAATTT--TTCTA----AAACCGTCAGG----TCAA-ACTC-AAAA--GAT--C-GAGGTCAC----TCGTTCCAACTATGA--AT-ATAACAAGGTCTTGCCa
gi|7 : aaaaA-TCA---AAACA-------GTCC----TT--------TC----TT--A-AA----TAGTT-CAGGATATATT------------CAA------TAGGTTGTC---TTTCCTT-GA----AATT----AGG----TCAA-ACTC-AAAG--G-T--C-Aa
gi|8 : aAA------TA---TATCA---------ACA----AAAT----AAG-----AAA-ACTC------------------TTAC----AAGTTCAAACTTTGA--ATAAGAACAAGGGCTTGCCTTAAAGAATATATATATACAA---AATACGAAAC-----CCCTG-CTTAAAcaaagtgtaagatcttgatttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTAACAACTTAGCTAGACTAGCTCCAGATACTAGAATATCTATAATAGGTTATGTTTTCTTTGTCAAACTTTGAGCTCATGGTCACAAAGTAAAAATCCATATGATAT
Unaligned ( gi|13 ): TTACTTTGAGTTAAAGGTCACAATGTCGAAAACTATGGTATACAATAAAAGTTTATTTGATATGAAGCATGCGTGCAAAA
Unaligned ( gi|15 ): AAACGGACTCTTACATGAGAAAATATGAAAATCACTGCCTTTAAAATGGTTTAAAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGATAAAAATATATTCATAAGGAATGTTTTGTCTTAA