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lowQualScore                  :   .         .  . .... .   .....   ... .... .  .....        ............................. .  ..   .....     .......       ..  .           .................   ..        .       ..  .  .......     ..  .    .  .  ...   ...     .        .  ...         
lowQualScore                  :   9         5  4 4444 0   00000   222 2222 4  22222        66666666666666666666666666666 2  33   66666     2222222       22  7           55555555555555555   66        7       44  7  3333333     33  5    7  7  555   888     4        1  444         
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Reference ( gi|7 )            :  TATATTCGTTT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGTT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--ATC-TTCTGCTTC-TCAAATA-ACA-GG------CAGAGA--CTGGAGA-CA-TA-A-TGGTG-ATATCGTGGACCAG-TT-T-TGGAGAAGG
gi|6                          :  TATATTCGTTT-GGTT-CA-GATGG-----GAGTT-A----C-AA-----ATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GCA-TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TCTTC-----C--ATC-TTCTGCTTC-TCAAATA-ACA-GG------CAGA-A--CT-GAGA-CA-TA-A-TGGTG-ATATCGTGGACCAG-TT-T-TGGA-AAGG
gi|1                          :  TGTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGGTGATCGAGCT-A----TTAA----GATTGGTCC----CCGGGGATTGGTCCAAA-G--TACTTAGC--TCG-----TTTGC-------AGTGTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----T--ATC-TTCTGCTTC-TCAAATA-GCA-GG------TACAGA--CTGGAGA-CA-TA------TGTATACTGGCGACCAG-TT-T-TGGAGAAGGca
gi|16                         : cTGTATTTGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA--------------------------------AA-G--T---A-GC--CCA-----TTTGC-------TGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--CC-TC-----T--ATC-TTCTGCTTC-TCAAATA-GCA-AGTTAACTCAGAGA--caa
gi|13                         :  TGTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG------------------------GACTGATCC----T--------------AA-T--T---T-CT--TCG-----TTTGC-------AGCCTGG--AG-ATCTCCAGTA---------C-----C--G-G-TAGTACCAC-TGAAATA-GCA-AG------TAAAGA--TTGCAGA-CA-TA-G-TGGTT-ATATCCTGAATTAG-TT-TCTGGAGAag
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gi|5                          :   gTATTCGTTTTGG-TTCATGATGG--T--GAGTTTA----C-A-----GATTGATCC----T--------------AAAG--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TC-TC-----C--ATCTTTCTGCTTC-TCAAATA-ACA-GG------CAGAGA--CT-GAGA-CA-TA-A-TGGTG-ATATCGTGGACCAG-TT-T-T-GAGAAGG
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gi|10                         :      tttacTT-GA-T-CA-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGGTTC----T--------------A-----------GC--TCT-----TTTGCTGCACAAAG-CTGATCAA-ATATCCAGTAA-A--TT-TCTAGACC--ATC-ATCTACTTC-TCGAATA-GCA-AG------TCAAGA--CTGGAGA-GG-TA-C-TGGCA-ATATCCTGGACCAG-TT-C-TAGtca
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGATTTTGGTAGATTTACATAATGTTCATCATAGAGTGATGAAGTCTGA






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lowQualScore                  :                           .  . .  . .   .....   . . .... .  .....        .... ..............  ........ .  ..   .....     .......       ..  .           . ..  . .........   .. .       .       .   .        ..  .    . .. .  .    .        ..      .  .          
lowQualScore                  :                           2  1 2  1 7   55555   4 2 8888 1  88888        5555 44444444444444  55555555 1  00   33333     8888888       11  4           7 22  4 888888888   00 4       5       5   5        33  7    7 77 5  6    7        77      7  9          
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Reference ( family-6819 )     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--ATC-NT-CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|1                          :                TGTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGGTGATCGAGCT-A----TTAA----GATTGGTCC----CCGGGGATTGGTCCAAA-G--TACTTAGC--TCG-----TTTGC-------AGTGTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----T--ATC-TT-CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTACAGA--CTGGAGA-C--A-TA-TG----TATACTGGCGACCAG-TT-TTGGAGAAGG
gi|10                         :                        cTT-GA-T-CA-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGGTTC----T--------------A-----------GC--TCT-----TTTGCTGCACAAAG-CTGATCAA-ATATCCAGTAA-A--TT-TCTAGACC--ATC-AT-CTACTTC-TCGAATA-GCA-AGTCAAGA--CTGGAGA-G--G-TACTGGCAATATCCTG--GACCAG-TT-CTAGcaa
gi|11                         :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGAT-A----T-AA----AATTTGTCCATAGT--------------AC-T--T---C-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTAG--AG-GTCTCCAGTAG-A--TC-T--------------T-CTGCTTC-TCTTATA-GC-------AGA--C-----A-T--A-TACTGGCGATATCCTG--GATCAG-TT-CTGGAAAAGG
gi|12                         :                TGTATTCGTCT-G--------------A--GAGCT-A----C-AAACAAGATT-ATCT----T--------------TA-T--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGGTCGG--AG-ATCCTCATTAG-A--TC-TT-----T--ATC-GT-CCATTTT-TCAAATA-ACA-AGTAGAGA--CTGGCGA-T--C-TGTTG---------TG--GA-CAG-CTGCTGGAGAcaa
gi|13                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG------------------------GACTGATCC----T--------------AA-T--T---T-CT--TCG-----TTTGC-------AGCCTGG--AG-ATCTCCAGTA---------C-----C--G---GTAGTACCAC-TGAAATA-GCA-AGTAAAGA--TTGCAGA-C--A-TAGTGGTTATATCCTG--AATTAGTTT-CTGGAGAtg
gi|14                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAG-----------------------CC----T--------------AA----T---T-TC--TCG-----TTGGC-------TTTC-GG--AA-GTCTCTATCGG-A---------------A------CTGTTTT-TCAAATA-ACA-AGTATAGACTCTGGAGA-C--A-TATTGACCATA--CTA--GA
gi|15                         :               cTGTAT-CGTTT-GG-T-TG-TGTGG--A--GAG-T-A----T-AG----GA--GATCC----C--------------AACG--------GC--TCA-----TTTAC-------TGTCTGG--AGAATCACCAGTGA-G--TC-T---------ATC-TT-TTGTTTT-----ATATGCA-GGTAGAGAT-TTGGAGA-C--A-TAg
gi|16                         :                TGTATTTGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA--------------------------------AA-G--T---A-GC--CCA-----TTTGC-------TGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--CC-TC-----T--ATC-TT-CTGCTTC-TCAAATA-GCA-AGT
gi|17                         :                             G-T-CG-GGTGG--G--GAGCT-ATT--C-AA------TTGATCC----T--------------AA-T--T---T-GTCGTCGCTGTCTTTCC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGtaactcagagaag
gi|18                         :     cgtttaccggcTGTATTCGTTT-GG-T-T-----------------------C-A-------TTGATCT----T--------------AA-T--T---T-GC--TCG-----TTTG-----------TTG-------TTACCAGTAG-A--TC-TC-----T--GTC-GT-CTACc
gi|19                         :               cTGTACTCATTT-GG-T-TA-GGTGG--A--GAGTT-A----C-AA----GAATGATTT----T--------------AA-T--T---T-GC--GTG-----TTTGC-------AGTTTG
gi|2                          :                 cTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AAAG--TA--T-GC--T-G-----ATTGC-------AGTCTGG--AGTATCTCCAATAG-A--TA-TT-----ATAATC-GT-CTGCTTTATCAA-TA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGACC--ATTACTGGC--TATTCTG--GGCCAGCTT-CTGGAGAAac
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gi|4                          :               tagTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----ATTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAATAG-A--TA-TT-----T--ATC-GT-CTGCTTA-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-CATA-TACTGGCTATATCCTG--GGCCAG-TT-CTGGAGAAc
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gi|6                          :                TATATTCGTTT-GGTT-CA-GATGG-----GAGTT-A----C-AA-----ATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GCA-TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TCTTC-----C--ATC-TT-CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGA-A--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGA-AAGGca
gi|7                          :                TATATTCGTTT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGTT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--ATC-TT-CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGAGAAGGca
gi|8                          :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA----GATTGATCC----A--------------AA-G--T---A-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TT-TC-----T--ATT-GT-CTGCTTC-TCAAATA-TCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|9                          :                         TT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATTC----T--------------AA-G--T---T-G---TCG-----TTTGC-------AGTCTTG--AT-ATATCCAGTAG-A--TA-TC-----T--ACT-GT-CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--ATGGAGA-C--A-TAATGACGATATCCTG--GACCAG-TC-CTGGAGAAG
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lowQualScore                  :                           .  . .  . .   .....   . . .... .  .....        .... ..............  ........ .  ..   .....     .......       ..  .           . ..  .  ........ .  .. ..       .       .   .        ..  .    . .. .  .    .        ..      .  .          
lowQualScore                  :                           2  1 2  1 7   55555   8 2 8888 1  88888        5555 44444444444444  22222222 1  00   33333     8888888       11  4           7 22  4  11111111 4  11 22       5       5   5        33  7    7 77 5  6    7        77      7  9          
consensus                     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
Reference ( family-6819 )     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|1                          :                TGTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGGTGATCGAGCT-A----TTAA----GATTGGTCC----CCGGGGATTGGTCCAAA-G--TACTTAGC--TCG-----TTTGC-------AGTGTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTACAGA--CTGGAGA-C--A-TA-TG----TATACTGGCGACCAG-TT-TTGGAGAAGG
gi|10                         :                        cTT-GA-T-CA-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGGTTC----T--------------A-----------GC--TCT-----TTTGCTGCACAAAG-CTGATCAA-ATATCCAGTAA-A--TT-TCTAGACC--A-TC-AT--CTACTTC-TCGAATA-GCA-AGTCAAGA--CTGGAGA-G--G-TACTGGCAATATCCTG--GACCAG-TT-CTAGcaa
gi|11                         :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGAT-A----T-AA----AATTTGTCCATAGT--------------AC-T--T---C-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTAG--AG-GTCTCCAGTAG-A--TC-T---------------T--CTGCTTC-TCTTATA-GCA-G------A--C-----A-T--A-TACTGGCGATATCCTG--GATCAG-TT-CTGGAAAAGG
gi|12                         :                TGTATTCGTCT-G--------------A--GAGCT-A----C-AAACAAGATT-ATCT----T--------------TA-T--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGGTCGG--AG-ATCCTCATTAG-A--TC-TT-----T--A-TC-GT--CCATTTT-TCAAATA-ACA-AGTAGAGA--CTGGCGA-T--C-TGTTG---------TG--GA-CAG-CTGCTGGAGAcaa
gi|13                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG------------------------GACTGATCC----T--------------AA-T--T---T-CT--TCG-----TTTGC-------AGCCTGG--AG-ATCTCCAGTA---------C-----C--GGTA-GT----ACCAC-TGAAATA-GCA-AGTAAAGA--TTGCAGA-C--A-TAGTGGTTATATCCTG--AATTAGTTT-CTGGAGAtg
gi|14                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGC-----------------------C----T--------------AA-T--T---T--C--TCG-----TTGGC-------TTTCGGA--AG----------------TC-TC-----T--A-TC-GGAACTGTTTT-TCAAATA-ACA-AGTATAGACTCTGGAGA-C--A-TATTGACCATA--CTA--GA
gi|15                         :               cTGTAT-CGTTT-GG-T-TG-TGTGG--A--GAG-T-A----T-AG----GA--GATCC----C--------------AACG--------GC--TCA-----TTTAC-------TGTCTGG--AGAATCACCAGTGA-G--TC-T---------A-TC-TT--TTGTTTT-----ATATGCA-GGTAGAGAT-TTGGAGA-C--A-TAg
gi|16                         :                TGTATTTGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA--------------------------------AA-G--T---A-GC--CCA-----TTTGC-------TGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--CC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-AGT
gi|17                         :                             G-T-CG-GGTGG--G--GAGCT-ATT--C-AA------TTGATCC----T--------------AA-T--T---T-GTCGTCGCTGTCTTTCC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGtaactcagagaag
gi|18                         :     cgtttaccggcTGTATTCGTTT-GG-T-T-----------------------C-A-------TTGATCT----T--------------AA-T--T---T-GC--TCG-----TTTG-----------TTG-------TTACCAGTAG-A--TC-TC-----T--G-TC-GT--CTACc
gi|19                         :               cTGTACTCATTT-GG-T-TA-GGTGG--A--GAGTT-A----C-AA----GAATGATTT----T--------------AA-T--T---T-GC--GTG-----TTTGC-------AGTTTG
gi|2                          :                 cTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AAAG--TA--T-GC--T-G-----ATTGC-------AGTCTGG--AGTATCTCCAATAG-A--TA-TT-----ATAA-TC-GT--CTGCTTTATC-AATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGACC--ATTACTGGC--TATTCTG--GGCCAGCTT-CTGGAGAAac
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gi|3                          : tctgttttttacaaacgttTTCGTTT-GG-TTCA-GATGG--AT-GAGTTTA----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-AGTT---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-AATTC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACAGGGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGAGGAAGGgtaacaaacgaa
gi|4                          :               tagTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----ATTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAATAG-A--TA-TT-----T--A-TC-GT--CTGCTTA-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-CATA-TACTGGCTATATCCTG--GGCCAG-TT-CTGGAGAAc
gi|5                          :                 tTATTCGTTTTGG-TTCATGATGG--T--GAGTTTA----C-A-----GATTGATCC----T--------------AAAG--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TC-TC-----C--A-TCTTT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TT-GAGAAGGaat
gi|6                          :                TATATTCGTTT-GGTT-CA-GATGG-----GAGTT-A----C-AA-----ATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GCA-TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TCTTC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGA-A--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGA-AAGGca
gi|7                          :                TATATTCGTTT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGTT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGAGAAGGca
gi|8                          :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA----GATTGATCC----A--------------AA-G--T---A-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TT-TC-----T--A-TT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-TCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|9                          :                         TT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATTC----T--------------AA-G--T---T-G---TCG-----TTTGC-------AGTCTTG--AT-ATATCCAGTAG-A--TA-TC-----T--A-CT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--ATGGAGA-C--A-TAATGACGATATCCTG--GACCAG-TC-CTGGAGAAG
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lowQualScore                  :                           .  . .  . .   .....   . . .... .  .....        .... ..............  ........ .  ..   .....     .......       ..  .           . ..  .  ........ .  .. ..       .       .   .        ..  .    . .. .  .    .        ..      .  .          
lowQualScore                  :                           2  1 2  1 7   55555   8 2 8888 1  88888        5555 44444444444444  22222222 1  00   33333     8888888       11  4           7 22  4  11111111 4  11 22       5       5   5        33  7    7 77 5  6    7        77      7  9          
consensus                     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
Reference ( family-6819 )     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|1                          :                TGTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGGTGATCGAGCT-A----TTAA----GATTGGTCC----CCGGGGATTGGTCCAAA-G--TACTTAGC--TCG-----TTTGC-------AGTGTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTACAGA--CTGGAGA-C--A-TA-TG----TATACTGGCGACCAG-TT-TTGGAGAAGG
gi|10                         :                        cTT-GA-T-CA-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGGTTC----T--------------A-----------GC--TCT-----TTTGCTGCACAAAG-CTGATCAA-ATATCCAGTAA-A--TT-TCTAGACC--A-TC-AT--CTACTTC-TCGAATA-GCA-AGTCAAGA--CTGGAGA-G--G-TACTGGCAATATCCTG--GACCAG-TT-CTAGcaa
gi|11                         :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGAT-A----T-AA----AATTTGTCCATAGT--------------AC-T--T---C-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTAG--AG-GTCTCCAGTAG-A--TC-T---------------T--CTGCTTC-TCTTATA-GCA-G------A--C-----A-T--A-TACTGGCGATATCCTG--GATCAG-TT-CTGGAAAAGG
gi|12                         :                TGTATTCGTCT-G--------------A--GAGCT-A----C-AAACAAGATT-ATCT----T--------------TA-T--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGGTCGG--AG-ATCCTCATTAG-A--TC-TT-----T--A-TC-GT--CCATTTT-TCAAATA-ACA-AGTAGAGA--CTGGCGA-T--C-TGTTG---------TG--GA-CAG-CTGCTGGAGAcaa
gi|13                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG------------------------GACTGATCC----T--------------AA-T--T---T-CT--TCG-----TTTGC-------AGCCTGG--AG-ATCTCCAGTA---------C-----C--GGTA-GT----ACCAC-TGAAATA-GCA-AGTAAAGA--TTGCAGA-C--A-TAGTGGTTATATCCTG--AATTAGTTT-CTGGAGAtg
gi|14                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGC-----------------------C----T--------------AA-T--T---T--C--TCG-----TTGGC-------TTTCGGA--AG----------------TC-TC-----T--A-TC-GGAACTGTTTT-TCAAATA-ACA-AGTATAGACTCTGGAGA-C--A-TATTGACCATA--CTA--GA
gi|15                         :               cTGTAT-CGTTT-GG-T-TG-TGTGG--A--GAG-T-A----T-AG----GA--GATCC----C--------------AACG--------GC--TCA-----TTTAC-------TGTCTGG--AGAATCACCAGTGA-G--TC-T---------A-TC-TT--TTGTTTT-----ATATGCA-GGTAGAGAT-TTGGAGA-C--A-TAg
gi|16                         :                TGTATTTGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA--------------------------------AA-G--T---A-GC--CCA-----TTTGC-------TGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--CC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-AGT
gi|17                         :                             G-T-CG-GGTGG--G--GAGCT-ATT--C-AA------TTGATCC----T--------------AA-T--T---T-GTCGTCGCTGTCTTTCC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGtaactcagagaag
gi|18                         :     cgtttaccggcTGTATTCGTTT-GG-T-T-----------------------C-A-------TTGATCT----T--------------AA-T--T---T-GC--TCG-----TTTG-----------TTG-------TTACCAGTAG-A--TC-TC-----T--G-TC-GT--CTACc
gi|19                         :               cTGTACTCATTT-GG-T-TA-GGTGG--A--GAGTT-A----C-AA----GAATGATTT----T--------------AA-T--T---T-GC--GTG-----TTTGC-------AGTTTG
gi|2                          :                 cTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AAAG--TA--T-GC--T-G-----ATTGC-------AGTCTGG--AGTATCTCCAATAG-A--TA-TT-----ATAA-TC-GT--CTGCTTTATC-AATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGACC--ATTACTGGC--TATTCTG--GGCCAGCTT-CTGGAGAAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                          tt-TACTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGata
gi|3                          : tctgttttttacaaacgttTTCGTTT-GG-TTCA-GATGG--AT-GAGTTTA----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-AGTT---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-AATTC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACAGGGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGAGGAAGGgtaacaaacgaa
gi|4                          :               tagTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----ATTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAATAG-A--TA-TT-----T--A-TC-GT--CTGCTTA-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-CATA-TACTGGCTATATCCTG--GGCCAG-TT-CTGGAGAAc
gi|5                          :                 tTATTCGTTTTGG-TTCATGATGG--T--GAGTTTA----C-A-----GATTGATCC----T--------------AAAG--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TC-TC-----C--A-TCTTT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TT-GAGAAGGaat
gi|6                          :                TATATTCGTTT-GGTT-CA-GATGG-----GAGTT-A----C-AA-----ATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GCA-TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TCTTC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGA-A--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGA-AAGGca
gi|7                          :                TATATTCGTTT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGTT-A----C-AA----GATTGATCC----T--------------AA-G--T---T-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGAGAAGGca
gi|8                          :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA----GATTGATCC----A--------------AA-G--T---A-GC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TT-TC-----T--A-TT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-TCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|9                          :                         TT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATTC----T--------------AA-G--T---T-G---TCG-----TTTGC-------AGTCTTG--AT-ATATCCAGTAG-A--TA-TC-----T--A-CT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--ATGGAGA-C--A-TAATGACGATATCCTG--GACCAG-TC-CTGGAGAAG


blockSeqs                     :                           T  T T  T G   AT        T TGTA .  ACAAG        ATAG .               AGTA     .  CG   CTGTC     TGCACAA       TC  A           A AT  T  TAGACC   G  TT AA       A       T   G        CT  G    C AT T  C    A        .       T  G
blockSeqs                     :                           .  . T  . G   A         T TGTA .  G            .    .               AGTT     .  A    .         .             .   T           A .   .  ATA      .  A  .        .       .   .        T   G    . .  .  C    G        .       C  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   A         . TT   .  A            .    .               AGT      .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  G  .        .       .   .        .   G    . .  .  T    T        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  C        .  G  .        .       .   .        .   G    . .  .  G    C        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  G  .        .       .   .        .   G    . .  .  T    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  T  .        .       .   .        .   G    . .  .  C    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  T  .        .       .   .        .   G    . .  .  C    T        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . A   G         . .    .  G            .    .               CG       .  .    .         .             .   .           . .   .  C        .  G  .        .       .   .        .   G    . .  .  A    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . A   A         . .    .  G            .    .               GT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  G  .        .       .   .        .   G    . .  .  C    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . A   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  C        .  T  .        .       .   .        .   G    . .  .  A    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . A   A         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  C        .  G  .        .       .   .        .   .    . .  .  A    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . G   T         . .    .  G            .    .               TT       .  .    .         .             .   .           . .   .  C        .  T  .        .       .   .        .   .    . .  .  A    G        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . A   A         . .    .  G            .    .               GT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  T  .        .       .   .        .   .    . .  .  A    .        .       .  .
blockSeqs                     :                           .  . .  . .   A         . .    .  .            .    .               GT       .  .    .         .             .   .           . .   .  T        .  G  .        .       .   .        .   .    . .  .  A    .        .           
blockSeqs                     :                           .  . .  . .   A         . .    .  .            .    .               GT       .  .    .         .             .   .           . .   .  .        .  G  .        .       .   .                      .                            
blockSeqs                     :                           .  . .  . .   .         . .    .  .            .    .               GT       .  .    .         .             .   .           . .   .  .        .  .  .                                                                        
blockSeqs                     :                           .  . .  . .   .         . .    .  .            .    .               GT       .  .    .         .             .   .                                                                                                            
blockSeqs                     :                              . .  . .   .         . .    .  .            .    .               .        .  .    .         .                                                                                                                              


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGATTTTGGTAGATTTACATAATGTTCATCATAGAGTGATGAAGTCTGA






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lowQualScore                  :                           .  . .  . .   .....   . . .... .  .....        ..................   ... .   ..   .....     .......       ..  .           . ..  .  ........ .  .. ..       .       .   .        ..  .    . .. .  .    .        ..      .  .          
lowQualScore                  :                           2  1 2  1 7   55555   8 2 8888 1  88888        000000000000000000   888 1   00   33333     8888888       11  4           7 22  4  11111111 4  11 22       5       5   5        33  7    7 77 5  6    7        77      7  9          
consensus                     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC------------------TAAN--T-TGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
Reference ( family-6819 )     :                TGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATCC------------------TAAN--T-TGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TANTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|1                          :                TGTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGGTGATCGAGCT-A----TTAA----GATTGGTCCCCGGGGATTGGTCCAAAGTACT--T-AGC--TCG-----TTTGC-------AGTGTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTACAGA--CTGGAGA-C--A-TA-TG----TATACTGGCGACCAG-TT-TTGGAGAAGG
gi|10                         :                        cTT-GA-T-CA-GGTGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGGTTC------------------TA-------GC--TCT-----TTTGCTGCACAAAG-CTGATCAA-ATATCCAGTAA-A--TT-TCTAGACC--A-TC-AT--CTACTTC-TCGAATA-GCA-AGTCAAGA--CTGGAGA-G--G-TACTGGCAATATCCTG--GACCAG-TT-CTAGcaa
gi|11                         :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGAT-A----T-AA----AATTTGTCCATAG--------------TACT--T-CGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTAG--AG-GTCTCCAGTAG-A--TC-T---------------T--CTGCTTC-TCTTATA-GC-------AGA--C-----A-T--A-TACTGGCGATATCCTG--GATCAG-TT-CTGGAAAAGG
gi|12                         :                TGTATTCGTCT-G--------------A--GAGCT-A----C-AAACAAGATT-ATCT------------------TTAT--T-TGC--TCG-----TTTGC-------AGGTCGG--AG-ATCCTCATTAG-A--TC-TT-----T--A-TC-GT--CCATTTT-TCAAATA-ACA-AGTAGAGA--CTGGCGA-T--C-TGTTG---------TG--GA-CAG-CTGCTGGAGAcaa
gi|13                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG------------------------GACTGATCC------------------TAAT--T-TCT--TCG-----TTTGC-------AGCCTGG--AG-ATCTCCAGTA---------C-----C--GGTA-GT----ACCAC-TGAAATA-GCA-AGTAAAGA--TTGCAGA-C--A-TAGTGGTTATATCCTG--AATTAGTTT-CTGGAGAtg
gi|14                         :               cTGTATTCGTTT-GG-T-CG-GGTGG--A--GAGC-----------------------C------------------TAAT--T-T-C--TCG-----TTGGC-------TTTCGGA--AG----------------TC-TC-----T--A-TC-GGAACTGTTTT-TCAAATA-ACA-AGTATAGACTCTGGAGA-C--A-TATTGACCATA--CTA--GA
gi|15                         :               cTGTAT-CGTTT-GG-T-TG-TGTGG--A--GAG-T-A----T-AG----GA--GATCC------------------CAAC----GGC--TCA-----TTTAC-------TGTCTGG--AGAATCACCAGTGA-G--TC-T---------A-TC-TT--TTGTTTT-----ATATGCA-GGTAGAGAT-TTGGAGA-C--A-TAg
gi|16                         :                TGTATTTGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA--------------------------------AAG--T-AGC--CCA-----TTTGC-------TGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--CC-TC-----T--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-AGT
gi|17                         :                             G-T-CG-GGTGG--G--GAGCT-ATT--C-AA------TTGATCC------------------TAAT--T-TGTCGTCGCTGTCTTTCC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGtaactcagagaag
gi|18                         :     cgtttaccggcTGTATTCGTTT-GG-T-T-----------------------C-A-------TTGATCT------------------TAAT--T-TGC--TCG-----TTTG-----------TTG-------TTACCAGTAG-A--TC-TC-----T--G-TC-GT--CTACc
gi|19                         :               cTGTACTCATTT-GG-T-TA-GGTGG--A--GAGTT-A----C-AA----GAATGATTT------------------TAAT--T-TGC--GTG-----TTTGC-------AGTTTG
gi|2                          :                 cTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA------------------TAAAG-TATGC--T-G-----ATTGC-------AGTCTGG--AGTATCTCCAATAG-A--TA-TT-----ATAA-TC-GT--CTGCTTTATC-AATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGACC--ATTACTGGC--TATTCTG--GGCCAGCTT-CTGGAGAAac
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                      tt-TACTGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGata
gi|3                          : tctgttttttacaaacgttTTCGTTT-GG-TTCA-GATGG--AT-GAGTTTA----C-AA----GATTGATCC------------------TAAAGTT-TGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-AATTC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACAGGGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGAGGAAGGgtaacaaacgaa
gi|4                          :               tagTATTCGTTT-GG-T-CG-G-TGG--A--GAGCT-ATGTAC-AA----GATTGATCA------------------TAAG--T-TGC--TCG-----ATTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAATAG-A--TA-TT-----T--A-TC-GT--CTGCTTA-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-CATA-TACTGGCTATATCCTG--GGCCAG-TT-CTGGAGAAc
gi|5                          :                 tTATTCGTTTTGG-TTCATGATGG--T--GAGTTTA----C-A-----GATTGATCC------------------TAAAG-T-TGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TC-TC-----C--A-TCTTT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TT-GAGAAGGaat
gi|6                          :                TATATTCGTTT-GGTT-CA-GATGG-----GAGTT-A----C-AA-----ATTGATCC------------------TAAG--T-TGCA-TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAGAA--TCTTC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGA-A--CT-GAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGA-AAGGca
gi|7                          :                TATATTCGTTT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGTT-A----C-AA----GATTGATCC------------------TAAG--T-TGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TC-TC-----C--A-TC-TT--CTGCTTC-TCAAATA-ACA-GGCAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGTGATATCGTG--GACCAG-TT-TTGGAGAAGGca
gi|8                          :                 GTATTCGTTT-GG-T-TG-GGTGG--A--GAGCT-A----T-AA----GATTGATCC------------------AAAG--T-AGC--TCG-----TTTGC-------AGTCTGG--AG-ATCTCCAGTAG-A--TT-TC-----T--A-TT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-TCA-GGTAGAGA--CTGGAGA-C--A-TAATGGCGATATCCTG--GACCAG-TT-CTGGAGAAGG
gi|9                          :                         TT-GG-T-CA-GATGG--A--GAGCT-A----C-AA----GATTGATTC------------------TAAG--T-TG---TCG-----TTTGC-------AGTCTTG--AT-ATATCCAGTAG-A--TA-TC-----T--A-CT-GT--CTGCTTC-TCAAATA-GCA-GGTAGAGA--ATGGAGA-C--A-TAATGACGATATCCTG--GACCAG-TC-CTGGAGAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGATTTTGGTAGATTTACATAATGTTCATCATAGAGTGATGAAGTCTGA