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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TAACCTGATAAGTAATGTTGAATTTCGATCGGTAAATGTTAGGGGGTTTGGATGTAGGACTTTTTGACGTGAAATGAGTCAGAATTGGGGATTTGTGATATATTTCGGCTTCTCTATATAAAAACCGCGGGATTCAGTGTTGTGACGTTGGACTGCAAGTATTTAGACTCTGCACGCTCCGATGTGTTTGGCTAACAGATGTACATGACATTCACGGG






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Reference ( family-6577 )     :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGGA---TTTGG-GAA-CAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----T-----T--TG----------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----TA--TT----A-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGATTGAT-TAGTNA-AAGAGA-G----AAAAACAC
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                             GTTGTGGA---TTTGGTGAA-TAT-TAG------ATCC--CCGC------CTC-G-TGT-----------------T-----------------T-GTA-----------TGG-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATTT--A---GG-----------G---TT----------TT---------G-TTTGA--CTGT-AAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----G-----TCGTG----------TATA--T-A-----------TTGTAA--T-----AT---T------T--T---ATT-AAGTGCGT-CCCAT--AAAG-----T-----
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGT--GTCT--------------AGCCCCTGGATCT--AGAGC----------------CT----------TT-TC-----TG-TTTGG--CTTT-CAA--------C----CAGT---ACA-GA-----TG--C---------AT----G-----T--TG----------TGTA--T-G-----------TTGTAA--T-----AT---T------T-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTAT-CGGC-G--A-----GCCCTCGA---GT---T------------GTTA---CCTGCGGA--AAAC-CCC-GCCGATGAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaacacgttacagttT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGTG--AACT-CCT-GCCG----TTGATGCACTTA-A--GGT-G----AAAAACACgaaacact
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCAT
gi|3                          : aattttccgatgattataagaaactatagggacagttaatggaaagtattttgtaatattaagcttgtaaatgttcaattttttcgattgataaattttgttttaggataagccactgcctcctgctgacgttgcacaattgtagtcacaagtttttgtgaagtgggataattatctcaggtctctgattaaaaacatggggagtgctcccatatgtTGT-GAA-CAT-TAGTAAATAATCCCCGCGCT-----CTCTG-TATG-TT--TGTCGT-T-GGT----------GACG-GAT-GTA-----------TGATCGTTTCAGAA--GTCT--------------AAAC--TGTGTCT--AAA-CC-----------TAAGCT----------TTATA-----TGGTTTGA--CTATTCGGAAGCCGCTC----AAGTT--GCA-GA-----AC--T---------AT----T-----TA-TG----------GATA--T-AAATTTCACAGGTTTTGA--TCAAAAAT---TCACGAGT-GT---AAC-----GTCT-CTTATCTAAAGCCTGTT-----TA--CT----AATTTCC-ATTATACAG--G--AATCCCGCCTTCCA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAT-CCC-GCTGATGA-TGA---AG-GA-AAGAGA-A----AAAAGCAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                            aGTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCATCT--A---TCATACTGGTGTTT---CTCGTGCCCGCCTC-TACTCCTTG--TTGAGTCTGT-CAG--------CTGTAGAGTGTCGCA-GAAGCGGTG--T---------GTTAGAT-----T--TC----------CCTAATT-A-----------TTGTAA--T-----ACA--G------T-GTAAAAACAACGTGTCT-TCCAT--GAAG-----TAGAAGTG--TTTTTAA-----T-GTTAT-CGGCTGGCA-----GCCTTCGAC--GTTTGT------------ATTATACCTTGCGGG--Atata
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gi|6                          :                               taatttcctgatttagaattatggacagttgaaatggaagtatttcgtaattttaacctgtaaatgttgatttcgatgtaaatcgtagttttagggtagacttgtgacgtgaatttagtcaaaatttgggatgggatatttcggctctcttataaaacagggggggcggggggtGTTGTGGA---TTTGG-GAA-TAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--TG----------TA------A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----T---TT----G-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCT-GCCGATGATTGATCTAGTCA-AAGAAA-G----AAAAACAC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TAACCTGATAAGTAATGTTGAATTTCGATCGGTAAATGTTAGGGGGTTTGGATGTAGGACTTTTTGACGTGAAATGAGTCAGAATTGGGGATTTGTGATATATTTCGGCTTCTCTATATAAAAACCGCGGGATTCAGTGTTGTGACGTTGGACTGCAAGTATTTAGACTCTGCACGCTCCGATGTGTTTGGCTAACAGATGTACATGACATTCACGGG






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lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                   5 000     6   66  6  5555555    00    111111  66 3    6  00 7777 6 9   9999999999    6   0   00000000000   0   55     66    88888888888888             00 11111111111111111111111111111111  77777777  0     00    6   22222222 7777    000   6  11111  00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777      00 22222222222222222 3  000   333    6 0     55    444444444444444444444444444 4     6    6 00 11111        000  444 666666666666    444        00    0   0         8888888888 7      7 2222        
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Reference ( family-6577 )     :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGGA---TTTGG-GAA-CAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----T-----T--TG----------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----TA--TT----A-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGATTGA--TAGTNA-AAGAGA-G----AAAAACAC
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                             GTTGTGGA---TTTGGTGAA-TAT-TAG------ATCC--CCGC------CTC-G-TGT-----------------T-----------------T-GTA-----------TGG-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATTT--A---GG-----------G---TT----------TT---------G-TTTGA--CTGT-AAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----G-----TCGTG----------TATA--T-A-----------TTGTAA--T-----AT---T------T--T---ATT-AAGTGCGT-CCCAT--AAAG-----T-----
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTAT-CGGC-G--A-----GCCCTCGA---GT---T------------GTTA---CCTGCGGA--AAAC-CCC-GCCGATGAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaacacgttacagttT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGTG--AACT-CCT-GCCGTTGAT--G--CACTTA-A--GGT-G----AAAAACACgaaacact
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                GTGGA---ATTG---AA-TAT-TAG------ATCC--ATGC------CTC-GCTGCG-TT--C----T-T-GCC----------AACG-Gt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCAT
gi|3                          : aattttccgatgattataagaaactatagggacagttaatggaaagtattttgtaatattaagcttgtaaatgttcaattttttcgattgataaattttgttttaggataagccactgcctcctgctgacgttgcacaattgtagtcacaagtttttgtgaagtgggataattatctcaggtctctgattaaaaacatggggagtgctcccatatgtTGT-GAA-CAT-TAGTAAATAATCCCCGCGCT-----CTCTG-TATG-TT--TGTCGT-T-GGT----------GACG-GAT-GTA-----------TGATCGTTTCAGAA--GTCT--------------AAAC--TGTGTCT--AAA-CC-----------TAAGCT----------TTATA-----TGGTTTGA--CTATTCGGAAGCCGCTC----AAGTT--GCA-GA-----AC--T---------AT----T-----TA-TG----------GATA--T-AAATTTCACAGGTTTTGA--TCAAAAAT---TCACGAGT-GT---AAC-----GTCT-CTTATCTAAAGCCTGTT-----TA--CT----AATTTCC-ATTATACAG--G--AATCCCGCCTTCCA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAT-CCC-GCTGATGA-TGA---AG-GA-AAGAGA-A----AAAAGCAC
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Reference ( family-6577 )     :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGGA---TTTGG-GAA-CAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----T-----T--TG----------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----TA--TT----A-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGATTG---TAGTNAAAGAGA-G----AAAAACAC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GA--CT-T-CAG--------C----GAGA---GCA-GA-----CG--TTTTTGATCTGT----T-----T--TG----------TACA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------TTGT---AAC--CG-GCGTTCCTAT--AAAG-----T-----TAAATT----A-----T-ATTAT-CGAT-G--A-----GCCTTCGA---GT---T-------------TTT---CCTGCGGG--AAAC-CCT-GCCGATGA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGT--GTCT--------------AGCCCCTGGATCT--AGAGC----------------CT----------TT-TC-----TG-TTTGG--CTTT-CAA--------C----CAGT---ACA-GA-----TG--C---------AT----G-----T--TG----------TGTA--T-G-----------TTGTAA--T-----AT---T------T-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTAT-CGGC-G--A-----GCCCTCGA---GT---T------------GTTA---CCTGCGGA--AAAC-CCC-GCCGATGAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaacacgttacagttT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGTG--AACT-CCT-GCCGTTGA-TG---CACTTAA--GGT-G----AAAAACACgaaacact
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                GTGGA---ATTG---AA-TAT-TAG------ATCC--ATGC------CTC-GCTGCG-TT--C----T-T-GCC----------AACG-Gt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCAT
gi|3                          : aattttccgatgattataagaaactatagggacagttaatggaaagtattttgtaatattaagcttgtaaatgttcaattttttcgattgataaattttgttttaggataagccactgcctcctgctgacgttgcacaattgtagtcacaagtttttgtgaagtgggataattatctcaggtctctgattaaaaacatggggagtgctcccatatgtTGT-GAA-CAT-TAGTAAATAATCCCCGCGCT-----CTCTG-TATG-TT--TGTCGT-T-GGT----------GACG-GAT-GTA-----------TGATCGTTTCAGAA--GTCT--------------AAAC--TGTGTCT--AAA-CC-----------TAAGCT----------TTATA-----TGGTTTGA--CTATTCGGAAGCCGCTC----AAGTT--GCA-GA-----AC--T---------AT----T-----TA-TG----------GATA--T-AAATTTCACAGGTTTTGA--TCAAAAAT---TCACGAGT-GT---AAC-----GTCT-CTTATCTAAAGCCTGTT-----TA--CT----AATTTCC-ATTATACAG--G--AATCCCGCCTTCCA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAT-CCC-GCTGATGA-TG---AAG-GAAAGAGA-A----AAAAGCAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                            aGTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCATCT--A---TCATACTGGTGTTT---CTCGTGCCCGCCTC-TACTCCTTG--TTGAGTCTGT-CAG--------CTGTAGAGTGTCGCA-GAAGCGGTG--T---------GTTAGAT-----T--TC----------CCTAATT-A-----------TTGTAA--T-----ACA--G------T-GTAAAAACAACGTGTCT-TCCAT--GAAG-----TAGAAGTG--TTTTTAA-----T-GTTAT-CGGCTGGCA-----GCCTTCGAC--GTTTGT------------ATTATACCTTGCGGG--Atata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAA-AAT-TAA------ATCC--GCGC------CTA-G-TGTG-TT--T----TTT-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---Cccctaa
gi|6                          :                               taatttcctgatttagaattatggacagttgaaatggaagtatttcgtaattttaacctgtaaatgttgatttcgatgtaaatcgtagttttagggtagacttgtgacgtgaatttagtcaaaatttgggatgggatatttcggctctcttataaaacagggggggcggggggtGTTGTGGA---TTTGG-GAA-TAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--TG----------TA------A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----T---TT----G-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCT-GCCGATGATTGATCTAGTCAAAGAAA-G----AAAAACAC
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ttGTGTA---TTTGG-GAA-TGT-TAG------ATCT--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACA-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCTAGA---GC-----------T----T----------TT-TC-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CA--T---------AT----G-----T--TG----------TTTA--A-A-----------TTGTAA--T-----ATA--T------T-GT---TAC-A--TGCAT-CCTAC--AAAC-----TG----TG--TT----A-----T-A-CAT-CGCA-G--G-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AACC-CCC-ACCGATAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TAACCTGATAAGTAATGTTGAATTTCGATCGGTAAATGTTAGGGGGTTTGGATGTAGGACTTTTTGACGTGAAATGAGTCAGAATTGGGGATTTGTGATATATTTCGGCTTCTCTATATAAAAACCGCGGGATTCAGTGTTGTGACGTTGGACTGCAAGTATTTAGACTCTGCACGCTCCGATGTGTTTGGCTAACAGATGTACATGACATTCACGGG






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Reference ( family-6577 )     :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGGA---TTTGG-GAA-CAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----T-----T--TG----------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----TA--TT----A-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGATTG---TAGTNAAAGAGA-G----AAAAACAC
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTAT-CGGC-G--A-----GCCCTCGA---GT---T------------GTTA---CCTGCGGA--AAAC-CCC-GCCGATGAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaacacgttacagttT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGTG--AACT-CCT-GCCGTTGA-TG---CACTTAA--GGT-G----AAAAACACgaaacact
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                GTGGA---ATTG---AA-TAT-TAG------ATCC--ATGC------CTC-GCTGCG-TT--C----T-T-GCC----------AACG-Gt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCAT
gi|3                          : aattttccgatgattataagaaactatagggacagttaatggaaagtattttgtaatattaagcttgtaaatgttcaattttttcgattgataaattttgttttaggataagccactgcctcctgctgacgttgcacaattgtagtcacaagtttttgtgaagtgggataattatctcaggtctctgattaaaaacatggggagtgctcccatatgtTGT-GAA-CAT-TAGTAAATAATCCCCGCGCT-----CTCTG-TATG-TT--TGTCGT-T-GGT----------GACG-GAT-GTA-----------TGATCGTTTCAGAA--GTCT--------------AAAC--TGTGTCT--AAA-CC-----------TAAGCT----------TTATA-----TGGTTTGA--CTATTCGGAAGCCGCTC----AAGTT--GCA-GA-----AC--T---------AT----T-----TA-TG----------GATA--T-AAATTTCACAGGTTTTGA--TCAAAAAT---TCACGAGT-GT---AAC-----GTCT-CTTATCTAAAGCCTGTT-----TA--CT----AATTTCC-ATTATACAG--G--AATCCCGCCTTCCA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAT-CCC-GCTGATGA-TG---AAG-GAAAGAGA-A----AAAAGCAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                            aGTAGTGAA---TTTGG-GAAACAT-TA-------ATCC--GCGC------CTT-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAG-ATAGTGGTACAGGATAG-CGT--CACGG--GTCTAA------------AGTCCCTGCATCT--A---TCATACTGGTGTTT---CTCGTGCCCGCCTC-TACTCCTTG--TTGAGTCTGT-CAG--------CTGTAGAGTGTCGCA-GAAGCGGTG--T---------GTTAGAT-----T--TC----------CCTAATT-A-----------TTGTAA--T-----ACA--G------T-GTAAAAACAACGTGTCT-TCCAT--GAAG-----TAGAAGTG--TTTTTAA-----T-GTTAT-CGGCTGGCA-----GCCTTCGAC--GTTTGT------------ATTATACCTTGCGGG--Atata
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAA-AAT-TAA------ATCC--GCGC------CTA-G-TGTG-TT--T----TTT-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---Cccctaa
gi|6                          :                               taatttcctgatttagaattatggacagttgaaatggaagtatttcgtaattttaacctgtaaatgttgatttcgatgtaaatcgtagttttagggtagacttgtgacgtgaatttagtcaaaatttgggatgggatatttcggctctcttataaaacagggggggcggggggtGTTGTGGA---TTTGG-GAA-TAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--TG----------TA------A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----T---TT----G-----T-ATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCT-GCCGATGATTGATCTAGTCAAAGAAA-G----AAAAACAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGAA---TTTGG-GAA-AAT-TAA------ATCC--GCGC------CTA-G-TGTG-TT--T----T-TTGCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-CTTGA--CTGT-CAC--------C----C--C---GCC-GA-----TGAGT---------GT----T-----T--TG----------TAC---T-------------TTGTCA--T------T---T------T-GT---AAC-ACGTGAGT-CTTAT--AAGA-----G-----TA--TT----A-----T-ATTAT-TGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGA-TG---TAG-GAAAGAGA-G----AAAAACAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                GTGGA---TTTGG-GAA-CAT-AAG------ATCC--GCGC------CTA-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GGT-GTA-----------TGA-TGT--CACGG--GTCT--------------AGCCC-------------------------------CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----AAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--------------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ATGTGCGT-CCTAT--AAAG-----T-----TA--TA----A-----T-ATTAT-CAGC-G--A-----GCCTTCGA---CT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCAATGG-TG---TCAT-AAAG-GA-G----AAAAACACta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ttGTGTA---TTTGG-GAA-TGT-TAG------ATCT--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACA-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCTAGA---GC-----------T----T----------TT-TC-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CA--T---------AT----G-----T--TG----------TTTA--A-A-----------TTGTAA--T-----ATA--T------T-GT---TAC-A--TGCAT-CCTAC--AAAC-----TG----TG--TT----A-----T-A-CAT-CGCA-G--G-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AACC-CCC-ACCGATAAT


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .       T   AC  .  GTAAATA    CC    T       CT C    .  .  GTCG T T   .             .   .   GTGGTACAGGA   T   TT     AT    AA                         AG TCATACTGGTGTTTCTCGTGCCCGCC        TACTCCT   G     GT    T   AAGCCGCT TGTA    GTC   .  AGCGG  AG ATTTATGGATATAAATTTCACAGG                                      .  CAAAAATTCACGAG    T  AAA   AAC    G T     CT    CCTGTTTACTAATTTC            .     A    T GC ATCCC        C    TTG .               TAC        .     .   T        TTGATCTAGTC    G  . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .       .   AC  .  G          .     .       C  .    .  .  .    . T   .             .   .   GTGGTACAGGA   .   .      .     AA                         .  AACCTAAGCT                        ATA       .     .     .   .        .       T     .  .      .  GTTTTGATCTGTTTTGTACATTA                                       .  ACAG              T  .     AA     G .     .     TAGAAGTGTTTTTAA             .     .    . .  .            .    .   .               .          .     .   .        TGCACTT        A  . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .       .   T   .  G          .     .       C  .    .  .  .    . T   .             .   .   .             .   .      .     .                          .  GATTTTTT                          TA        .     .     .   .        .       .     .  .      .  TTTTGATCTGTTTTGTACATA                                         .  ATAT              .  .     AC     G .     .     TTAAATTA                    .     .    . .  .            .    .   .               .          .     .   .        TGAAGG         A  . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .       .   T   .  A          .     .       T  .    .  .  .    . .   .             .   .   .             .   .      .     .                          .  GAGCCT                            TC        .     .     .   .        .       .     .  .      .  GTTAGATTTCCCTAATTA                                            .  ATT               .  .     AC     C .     .     TTAAATTA                    .     .    . .  .            .    .   .               .          .     .   .        TGTAGG         A  . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     .       .   C   .  G          .     .       T  .    .  .  .    . .   .             .   .   .             .   .      .     .                          .  GGGTT                             TA        .     .     .   .        .       .     .  .      .  GTGTCGTGTATATA                                                .  ATT               .  .     AT     C .     .     TGTGTTA                     .     .    . .  .            .    .   .               .          .     .   .        TGTCAT         .  . .   
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Reference ( family-6577 )     :                                                                                                                                                                                                             GTAGTGGA---TTTGG-GAA-CAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------GT----T-----T--TG----------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AA-AG-----TTA--AA---TT----A--TATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCGATGA-TG---TAG-GAAAGAGA-G----AAAAACAC
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gi|6                          :                               taatttcctgatttagaattatggacagttgaaatggaagtatttcgtaattttaacctgtaaatgttgatttcgatgtaaatcgtagttttagggtagacttgtgacgtgaatttagtcaaaatttgggatgggatatttcggctctcttataaaacagggggggcggggggtGTTGTGGA---TTTGG-GAA-TAT-TAG------ATCC--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCT--A---CC-----------T---CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--TG----------TA------A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ACGTGCGT-CCTAT--AA-AG-----TT--------TT----G--TATTAT-CGGC-G--A-----GCCTTCGA---AT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCT-GCCGATGATTGATCTAGTCAAAGAAA-G----AAAAACAC
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                GTGGA---TTTGG-GAA-CAT-AAG------ATCC--GCGC------CTA-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACG-GGT-GTA-----------TGA-TGT--CACGG--GTCT--------------AGCCC-------------------------------CT----------TT-TA-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----AAGT---GCA-GA-----CG--T---------AT----T-----T--------------TATA--T-A-----------TTGTGA--T-----AT---T------T-GT---AAC-ATGTGCGT-CCTAT--AA-AG-----TT----A---TA----A--TATTAT-CAGC-G--A-----GCCTTCGA---CT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AAAC-CCC-GCCAATGG-TG---TCA-TAAAG-GA-G----AAAAACACta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ttGTGTA---TTTGG-GAA-TGT-TAG------ATCT--GCGC------CTC-G-TGTG-TT--T----T-T-GCT----------AACA-GAT-GTA-----------TGA-CGT--CACGG--GTCT--------------AGCCCCTGCATCTAGA---GC-----------T----T----------TT-TC-----TG-TTTGA--CTGT-CAG--------C----GAGT---GCA-GA-----CA--T---------AT----G-----T--TG----------TTTA--A-A-----------TTGTAA--T-----ATA--T------T-GT---TAC-A--TGCAT-CCTAC--AA-A------CTG--TG---TT----A--TA-CAT-CGCA-G--G-----GCCTTCGA---GT---T------------ATTA---CCTGCGGG--AACC-CCC-ACCGATAA-TG----AG-G
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TAACCTGATAAGTAATGTTGAATTTCGATCGGTAAATGTTAGGGGGTTTGGATGTAGGACTTTTTGACGTGAAATGAGTCAGAATTGGGGATTTGTGATATATTTCGGCTTCTCTATATAAAAACCGCGGGATTCAGTGTTGTGACGTTGGACTGCAAGTATTTAGACTCTGCACGCTCCGATGTGTTTGGCTAACAGATGTACATGACATTCACGGG