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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs : . . . . T . G . . . . TG . . . C . . . A . C . . . . . A C . ATT . A . A . G . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A C . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . G
blockSeqCons : TN***** CCTC************ *** TNTTT**************************************** ** **** G*** ***** CC***** T* CTG** GGGCC***** TA***** GCT***** AGCTTT********** C************* ******* CGTGACACG************ C* *********** ATTC***** TA **
originalCons : ATTGATT-ATT--T--GTT-GT-TT--TT---CGT-CC--C-----G-TC----GA---GAA-----TA-----T-----TT-------------------------CAC--T-C--A--TATNGA----GAC-G--T-----CA---CCA-T-TG--C--C-GG-TGA-A--G-GGC--TGCAAA--TTTGGGC-C----TA--TGC-T---TA--GC--GCT---CAC------G-GCTTT--TAGC-AGTGAGGGTT------C-------T-TT-------TGCGTGCCA-CAC-ATGC------TGC--GAC-A-CG--GGACCTCCGTTTTC-AAGG-TCATA-----------TC-CG-A--AAGA-C---CCG-TG---A--TTCT-CACTTCTAAATGCCGAG-CGCTTGGCGAA-GGA-GCAG-TC--ACTACCTATTTTAACGTCTT-AGGTC--TGACGCGGCCGGGA-TGTAGAGCACGGGGCTCGNAC
finalCons : ATTGATT-ATT--T--GTT-GT-TTTN-----CGT-CCCCTC------------GA---GAATNTTT----------------------------------------CAC--T-C--A--TATNGA----GACG---T-----CA---CCA-T-TGCC-----GGT-GA-A--G-GGCTG--CAAA--TTTGGGCC-----TA--TGC-TTA-----GCGCT-----CACAGCTTT----------AGC-AGTGAGGGTTC-------------T-TT-------TGCGTGCCA-CAC-ATGCCGTGACACG------------GGACCTCCGTTTTC-AAGG-TCATA-----------TC-CG-A--AAGA-C---CCG-TGATTC-----T-CACTTCTAAATGCCGAG-CGCTTGGCGAA-GGA-GCAG-TC--ACTACCTATTTTAACGTCTT-AGGTC--TGACGCGGCCGGGA-TGTAGAGCACGGGGCTCGNAC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGCTATTTCTTGTATTGCGTTAAATTCGAAAAAGAAAATCTTCCATGCAGTGACGTCACCAGGTGTACATGTAGTTGAAGTGGCAAATATTTTGTCCAAGACTTAATAGTTCAATACTGAAGCAATGAGGGCTCCTTATCGCACCAACGCCTAACGCGACATGGCATCTCCATTTTTAGGGTCGTATCCAAACAACTTTTCCCTCATTTTATGATGGGCGTCTGGTAAAGAATTAGTCGCTACCCATTTT
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGATTCAGAGATTTCACCATCTGTACAGCTAGGTAGATGAGTGCCACAAGTTTCTACCTAAATAAGGCACTAGAACCATGTATATGTAGCAATGAGGGCTCCTTAATTATCATTTCAATGCCTACCATGACATGTAGGACCATATAGATTTTAGGTGTCAAGCATCTGGGGAAGGAACAATCGCTACTTATTTTGATGA
Unaligned ( gi|9 ): CAAATGTCTGTGATATGTTCCCCGATTTTAAAGTTACATTCAAAAGAAGCATTATTTTTACTTTTAAATGTCAAGCATTTTCCTTAGATGAAGCAGACCACTAGTTATGCTTACATCTTCAGTTCGG
Unaligned ( gi|17 ): AACAATGAGGATTCTTTATTGTGTCTATGCTTACCATGATATGGAATCTCTATTATTTTAAAGGTCTTATTC
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTATGTTTTTTACTTTAAATTCGAAAAAAAAAATCCCTTATACAGAGACGTCACCGG
Alignments
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lowQualScore : 0 000000 0 0000000000 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 0 00 00 0 0 4444 6 00 11111 444 55555555 5555555 0 4 11 4 00000 22222 3333333333 11 4 0000000 99999999 77777777777777777 0 66666666666666 0 4444444 9 7 0 0 00 999999999999999999999 4 00 3 77777777777 3 3 66 9 11111 333333333333 6 9999 2 3 2 6 55 0 55 2 88 88 000 3 0
consensus : ATTGATT-ATT--T--GTT-GTT----TTN---CGT-CCC-C------T----CGA----GAA-----TNT-TT-------------------------CAC--T-C--A--TGTNGA----GAC-G--T-----CA---CCA--T-----TG--C--C-GG-TGA-A--G-GGC--TGCAA--A--TTTGGGC-C----TA--TG-CT---TA--GC--GCT---CAC------GGC-TT---T-AGC-AGTGAGGGTT------C-------T-TT-------TGCGTGCC-A-CGC-NTGCC------GC--GAC-A-CG--GGACCTCCGTTTTT-AAGG-TCATA-----------TC-CG-A--AAGA-C---CCG-TG---A--TTCT-CACTTCTAAATGCCGAG-CGCTTGGCGAA-GGA-GCAG-TC--ACTACCTATTTTAACGTCTT-AGGTC--TGACGCGGCCGGGA-TGTAGAGCACGGGGCTCGNAC
Reference ( family-646 ) : ATTGATT-ATT--T--GTT-GTT----TTN---CGT-CCC-C------T----CGA----GAA-----TNT-TT-------------------------CAC--T-C--A--TATNGA----GAC-G--T-----CA---CCA--T-----TG--C--C-GG-TGA-A--G-GGC--TGCAA--A--TTTGGGC-C----TA--TG-CT---TA--GC--GCT---CAC------AGC-TT---T-AGC-AGTGAGGGTT------C-------T-TT-------TGCGTGCC-A-CAC-ATGCC------GT--GAC-A-CG--GGACCTCCGTTTTC-AAGG-TCATA-----------TC-CG-A--AAGA-C---CCG-TG---A--TTCT-CACTTCTAAATGCCGAG-CGCTTGGCGAA-GGA-GCAG-TC--ACTACCTATTTTAACGTCTT-AGGTC--TGACGCGGCCGGGA-TGTAGAGCACGGGGCTCGNAC
gi|1 : -TT-------------------------CACAGTGC--A--TATTGAG---GACTG--TTTCCACG---CCA--TG----TGTCC--T-GGTTGACA--G-GGTCGTGCAA--T--TTTAGGA-CGCGTTA--TG-TTGAGTA--GCAAGCT---CGCGATGCTGGC-TTTGGT-AGCGAGTGAGAGGTGGTACAC-------TGTTAGCAGGGTGCGCGAC-A-CGT-CTGCT------GCAGGACTACCGGTGGACATCCGTTTTTGAAGGATCATAGTC--------TC-CG-A--AGGA-C---CCGTTGAACA--TTCA-CACCTGT---TGCCGAG-CGTTTGGTCAGTGGATACTG-TCCAGCTA-CTGTGTTAGCG-CTT-AGGTC--GTTCGCCGGCGGGATTGTAGAACACG
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gi|11 : C--TGCAA--AA-TGTAGGC-C----TA--TG-CT---CG--GC--GCT---TAC------AA---------AAC-AGGGAGGGAT------C-------T-TT-------ATCGTGTC-A-CAC-CTGCT------GT--GAC-A-CG--GGACCTCGGTTTTT-ACGG-TTTTA-----------TC-CG-A--AGGA-T---CCtaat
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gi|13 : C-ATACC------AT--GAC-A-AA--GGACCTATGTTTAC-AAAG-TTTTA-----------TT-CG-A--A-----------------------T-TACTTTTAA-------G-CGTTTGACAAA-GGA-ATAG-TC--ACTACATATTTTAAg
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gi|16 : TACCGGG-AGTTTGGCAAA-GAA-ACAG-TC--ACTACTTATGTTAA
gi|18 : ggtcacccaagatacttttatatgtaatacatg-TCACA-----------TC-CA-A--AATA-T---CCA-TG---ACATTCT--ATTCTTATAT--TGGA-CACTTGGCGAT-AGA-ACAA-TC--ACTACa
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gi|2 : gATTGA---ATC--T--GTT-TTTGGGGTCC---CGT-CCC-CAGAAAAT------A----AAA-----TTT-TC-------------------------CAA--C-C--AAATATTGA----GAC-G--T-----CA---CC---T-----TG--CGCC-GG-TGA-AAGG-GGC--TGCAA--A--TTT-----T----TAATTGCCT---TA--GC--ACT---CAT------GGCTTT---T-AGC-AGTGAGGAGT------T-------T-TT-------AGTGTGCC-A-CAC-ATGCT------AT--GAC-A-CA--GGACCTCTG-TTTA-AAGG-TCATA-----------AT-CG-A--AAGAGA---CCA-TG---A---TCT-CACTTC--AATGCCGAG-CTCTT-GCGAA-GGA-GCAA-AA--CCTA-CTATTTTAACGTCTTCAGGTCCATGACGCGGCCGGG--TGT-GAGCACAGGGCTCGAAC
gi|20 : tttcatgtgATTGATT-GTA--T--ATT-GTT----TAA---CAC-CCC-C------T----CGA----GAA-----ATG-TT-------------------------CAC--cgccaaacctcctgatca
gi|22 : aggattggttattggttttg-C--A--TATGGATCCAGAC-G--T-----CA---CCA--T-----TG--C--C-GG-TGA-A--G-GGC--TGC
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gi|6 : aatgT-ATT--T--CTT-GTA----TTG---CGT-TAAAT------T----CGAAAAAGAA-----AATCTT-------------------------C------C--A--TGCAGT----GAC-G--T-----CA---CCAGGTGTACATG--T--A-GT-TGA-A--G-TG----GCAAATA--TTTTGTC-C----AA--GA-CT---TA--ATA-GTT---CAA------TAC-TG---A-AGC-AATGAGGGCT------C-------C-TT-------ATCGCACCAA-CGC-CTAAC------GC--GAC-A-TG--GCATCTCCATTTTT-AGGG-TCGTA-----------TC-CA-A--ACAA-C---TTT-T-------CCCT-CATTTT---ATGATGGG-CGTCTGGTAAA-GAA-TTAG-TC--GCTACCCATTTTgcagggcacaacccctgacacgaggcaagta
gi|8 : ttgc-------------------------CGC--T-C--A--TTCTAG----GAC-G--T-----GG---CTA--T-----TG--T--G-GG-TGA-A--ATGGA--T---A--ACCTTCAGGCAT----TT--TG-TT---TA--GG--G------AC------AG---------AAC-AATGAAGGTT------C-------T-TT-------TTTGT--C-A-CA--ATGC-----------------------GCCTATATTTTC-ATGG-G-ACA-----------TG-CG-A--AAGA-C---TCT-TG---A--TT-T-CG--TCTAAATACCGAG-GGCCTGCCAAA-G
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGATTCAGAGATTTCACCATCTGTACAGCTAGGTAGATGAGTGCCACAAGTTTCTACCTAAATAAGGCACTAGAACCATGTATATGTAGCAATGAGGGCTCCTTAATTATCATTTCAATGCCTACCATGACATGTAGGACCATATAGATTTTAGGTGTCAAGCATCTGGGGAAGGAACAATCGCTACTTATTTTGATGA
Unaligned ( gi|9 ): CAAATGTCTGTGATATGTTCCCCGATTTTAAAGTTACATTCAAAAGAAGCATTATTTTTACTTTTAAATGTCAAGCATTTTCCTTAGATGAAGCAGACCACTAGTTATGCTTACATCTTCAGTTCGG
Unaligned ( gi|17 ): AACAATGAGGATTCTTTATTGTGTCTATGCTTACCATGATATGGAATCTCTATTATTTTAAAGGTCTTATTC
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTATGTTTTTTACTTTAAATTCGAAAAAAAAAATCCCTTATACAGAGACGTCACCGG