lowQualScore : 111 111 11111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 666 2 555 11111111111 777777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 3
lowQualScore : ... . ... ........... ...... .................................................................. . .
lowQualScore : 555 7 777 99999999999 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6
consensus : TAAATAAA--ATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACG----TTANNNNCNGGGNANNNCCCANNNNNNNNGGNNNNNNTNNNNNNNCGGNNCTTNANA-----ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
Reference ( gi|5 ) : TAAATAAA--ATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|2 : TAAA-AAA--ATATAT-CTTTTT--CATTATA-----------TACATA------GATTGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA-----ATGTCCAGATGTTGGCG-TTACGGGGT
gi|3 : aaaaaTAGATAAA---TAAGT-TTTTATT-CAGTATA-----------TACAT-------TACTATACG-----TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ATACATGGATGTTAGCGCTTAGGGGGTca
gi|7 : aaTAAATAAA--ACAAAT-CTTTATT-CAGTATA-----------AACATA------GAca
gi|1 : AAATAAA---TAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGAACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-----ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGTatatacatacatatcaaggatcacccatttcttaagcttgtaagcttaatttttgatagggtccttataatgcaccggtgtttgtggtagg
gi|6 : atgctgaataaaaAAATAAA---TATAT-CTTTTTTTCAGTATA-----------TACATT------GATCGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGG
gi|10 : aaAAATAAA---TAAAT-CTTTTT---AGTATA-----------TACATA------GATCGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ATGCACAGATGTAGGTG-CTAGGGGG
gi|8 : AATAAATAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ATGCACAGATGTAGGCG-TTGGGGGG
gi|12 : AATAAATAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACG-----TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-----ATGCACAGCTGTAGGCG-TT
gi|22 : AA--ATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACG---
gi|4 : tAA--ATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAATGTATG---
gi|21 : AA--ATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TATAGA------GAATGTATG---tacatgcatgtaccaaagataacccattaattaacctcgttagcttacacgtgtttccaatgaggtccatttagtgcatggttgttggcgct
gi|13 : --ATAAATACTTTT---CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACG----TAATATACTAAGGATAATCCATTGATCTCAAGGGCTATTTCCAATCGGTCCTTATAC-----ATGCACGGATGT-GGCG-TTAGGtacata
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACATA------GATCGTACG---
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA-------AT-GTACG-----TTATACCAGGATAACCCTTAAGCTAAAGGGCTTAATTAAAGTTGGGGTTCCTAACA-----ATGCACAAATGT-GGTG-CTAGGGGGtatatacccggggtatataccaaggataacccataaagctc
gi|11 : ttT-TTCTTTT-CAGTATA-----------TACATAGACCGTGATCGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT-----A-AAACAGATGTAGGTG-CTAG
gi|16 : ttTA-----------TACATA------GATCGTACG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTTAATGCACAGATGTAGGCG-TTATGGGGTttggtc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTTAGTAATATTTTTGGCGGGTATAAACATTCAAATATACGTTACAATACAAGGATAACCATGAAATCTCGAGAGCGTCTCTCCAGTTGGTTCCTTGGTGTGCAGATGTCGTTCTAGAGGGT
Unaligned ( gi|17 ): ATAAATCTTTATTTGGTATATACATACAAATATTCATACATACCACAGAGCTTGAAAACTTATTTCGAATGGGAGTCCTTTTAATGCAGGGATGTTGGCGCT
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Unaligned ( gi|19 ): TAAACAAATAATACATCAATAAATCTTTAAACAGCATAGAATATATACGTACATACCAAGGACAACCCATTAAGTTTGTAAGCTTATTTTAAC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGATACAAATATACGTACATACCACGGATAACGTGCGCGAAAGCTGATATCCAATGTCGTCCTTTGATGCATGGATGTTGGCGTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 9 2 333 11111111111 666666 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 4 3
lowQualScore : . . ... ........... ...... . ........................................................................... . . . .
lowQualScore : 8 5 666 22222222222 888888 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 5 1
consensus : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G-T-TATANNCNGGGNATNNNCCANNNNNNNNG-------GCNNNNNTNNNGNNN---NGGTCCTTG----AT---A-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G-T-TANNNNCNGGGNANNNCCCANNNNNNNNG-------GNNNNNNTNNNNNNN---CGGNNCTTN----AN---A-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|1 : AAATAAA-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGAAC-G-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNAT---A-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAAA-TAAAT-CTTTTT---AGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---N-AT-GCACAGATGTAGGTG-CTAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATA-----------TACATAGACCGTGATCGTAC-G---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---A-ATAAAACAGATGTAGGTG-CTAG
gi|12 : ttTAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G---TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----AT---A-AT-GCACAGCTGTAGGCG-TTttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G-T-AATATACTAAGGATAATCCATTGATCTCA-------AGGGCTATTTCCAAT---CGGTCCTT-----AT---ACAT-GCACGGATGT-GGCG-TTAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACATA------GATCGTAC-G-TATATACCCGGGGTATATACCA
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA-------AT-GTAC-G-T-TA-TACCAGGATAACCCTTAAGCTAAAGG-------GCTTAATTAAAGTTG---GGGTTCCTA----AC---A-AT-GCACAAATGT-GGTG-CTAGGGGGaggataacccataaagctc
gi|16 : ttTA-----------TACATA------GATCGTAC-G-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNCACAGATGTAG----GCGTTA-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTATGGGGT
gi|2 : TAAA-AAAATATAT-CTTTTT--CATTATA-----------TACATA------GATTGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----AA---A-AT-GTCCAGATGTTGGCG-TTACGGGGTc
gi|21 : aaaaaAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TATAGA------GAATGTAT-G-T-ca
gi|22 : AAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G-acata
gi|3 : tTAGATAAA-TAAGT-TTTTATT-CAGTATA-----------TACAT-------TACTATAC-G---TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---N-AT-ACATGGATGTTAGCGCTTAGGGGGT
gi|4 : aaAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAATGTAT-G-T-ca
gi|5 : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---N-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGTacatgcatgtaccaaagataacccattaattaacctcgttagcttacacgtgtttccaatgaggtccatttagtgcatggttgttggcgct
gi|6 : AAATAAA-TATAT-CTTTTTTTCAGTATA-----------TACATT------GATCGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---N-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAAAACAAAT-CTTTATT-CAGTATA-----------AACATA------GAATATAC-A---TACATATCAAGGATCACCCATTTCTTAAGCTTGTAAGCTTAATTTTTGATA---GGGTCCTT-----AT---A-AT-GCACCGGTGTTTGTG-GTAGG
gi|8 : TAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACAN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NN---N-AT-GCACAGATGTAGGCG-TTGGGGGG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTTAGTAATATTTTTGGCGGGTATAAACATTCAAATATACGTTACAATACAAGGATAACCATGAAATCTCGAGAGCGTCTCTCCAGTTGGTTCCTTGGTGTGCAGATGTCGTTCTAGAGGGT
Unaligned ( gi|17 ): ATAAATCTTTATTTGGTATATACATACAAATATTCATACATACCACAGAGCTTGAAAACTTATTTCGAATGGGAGTCCTTTTAATGCAGGGATGTTGGCGCT
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Unaligned ( gi|19 ): TAAACAAATAATACATCAATAAATCTTTAAACAGCATAGAATATATACGTACATACCAAGGACAACCCATTAAGTTTGTAAGCTTATTTTAAC
Unaligned ( gi|20 ): ATGTAGATACAAATATACGTACATACCACGGATAACGTGCGCGAAAGCTGATATCCAATGTCGTCCTTTGATGCATGGATGTTGGCGTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 8 2 111 00000000000 666666 2 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 6 2
lowQualScore : . . ... ........... ...... . . ............................................................................... . . .
lowQualScore : 4 4 777 00000000000 111111 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 2 7
consensus : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G-T-TATATNCNGGGNATAANCC--ATNNNNNNNG-------GCTNANNTNNN---------GNNNNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G-T-TATANNCNGGGNATNNNCC--ANNNNNNNNG-------GCNNNNNTNNN---------GNNNNGGTCCTTG----ATA-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|1 : AAATAAA-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGAAC-G-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAAA-TAAAT-CTTTTT---AGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGTG-CTAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATA-----------TACATAGACCGTGAT-CGTAC-G-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNA--ATA-A--AACAGATGTAGGTG-CTAG
gi|12 : ttTAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G---TANNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----ATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-TTttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G-T-AATATACTAAGGATAATCC--ATTGATCTCA-------AGGGCTATTTC---------CAATCGGTCCTT-----ATACATGCACGGATGT-GGCG-TTAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACATA------GAT-CGTAC-G-TATATACCCGGGGTATATACC--A
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA-------AT--GTAC-G-T-TATA-CCAGG--ATAACCCTTAAGCTAAAGG-------GCTTAATTAAA---------GTTGGGGTTCCTA----ACA-ATGCACAAATGT-GGTG-CTAGGGGGaggataacccataaagctc
gi|16 : ttTA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT-------A-ATGCACAGATGTAGGCG-TTATGGGGT
gi|17 : ATAAAT-CTTTATT-TGGTATA-----------TACATA------CA-----A-------ATATTCA---TACATACC--ACAGAGCTTGAAA----ACTTATTTCGA---------ATGGGAGTCCTTT-----TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-CTc
gi|2 : TAAA-AAAATATAT-CTTTTT--CATTATA-----------TACATA------GAT-TGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----AAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-TTACGGGGT
gi|20 : aaaaaGTAGA-----------TACAAA------TATACGTAC------ATACCACGG--ATAA--C--GTGCGCGAAA-------GCTGATATCCA---------ATGTCG-TCCTT------TG-ATGCATGGATGTTGGCG-TTAca
gi|21 : atAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TATAGA------GAA-TGTAT-G-T-
gi|22 : AAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-G-acata
gi|3 : tTAGATAAA-TAAGT-TTTTATT-CAGTATA-----------TACAT-------TAC-TATAC-G---TANNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATACATGGATGTTAGCGCTTAGGGGGT
gi|4 : aaAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAA-TGTAT-G-T-ca
gi|5 : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGTacatgcatgtaccaaagataacccattaattaacctcgttagcttacacgtgtttccaatgaggtccatttagtgcatggttgttggcgct
gi|6 : AAATAAA-TATAT-CTTTTTTTCAGTATA-----------TACATT------GAT-CGTAC-GNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAAAACAAAT-CTTTATT-CAGTATA-----------AACATA------GAA-TATAC-A---TACATATCAAGGATCACCC--ATTTCTTAAGCTTGTAAGCTTAATTTTT---------GATAGGGTCCTT-----ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-GTAGG
gi|8 : TAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAT-CGTACAN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTGGGGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTTAGTAATATTTTTGGCGGGTATAAACATTCAAATATACGTTACAATACAAGGATAACCATGAAATCTCGAGAGCGTCTCTCCAGTTGGTTCCTTGGTGTGCAGATGTCGTTCTAGAGGGT
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Unaligned ( gi|19 ): TAAACAAATAATACATCAATAAATCTTTAAACAGCATAGAATATATACGTACATACCAAGGACAACCCATTAAGTTTGTAAGCTTATTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 8 2 111 00000000000 666666 0 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 1 6 2
lowQualScore : . . ... ........... ...... . . ................................................................................................ . . . .
lowQualScore : 4 4 777 00000000000 111111 8 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 6 9 5
consensus : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G--T-----TATATNCNANGGATAANCC--AT-------NCNCGANG-------GCTTA-----NTTCNN---------GNNGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-TTAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G--T-----TATATNCNGGGNATAANCC--AT-------NNNNNNNG-------GCTNA-----NNTNNN---------GNNNNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|1 : AAATAAA-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGAAC-G--N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAAA-TAAAT-CTTTTT---AGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-GN-N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGTG-CTAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATA-----------TACATAGACCGTGATCGTAC-GNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNA----ATA-A--AACAGATGTAGGTG-CTAG
gi|12 : ttTAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G--------TANNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----ATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-TTttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G--T-----AATATACTAAGGATAATCC--ATTGA----TCTCAAGG-------GCT-A-----TTTCC-----------AATCGGTCCTT-----ATACATGCACGGATGT-GGCG-TTAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACATA------GATCGTAC-G--TA----TATACCCGGGGTATATACC--A
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA-------AT-GTAC-G--T-----TATA-CCAGG--ATAACCCTTAA-------GCTAAAGG-------GCTTA-----ATTAAA---------GTTGGGGTTCCTA----ACA-ATGCACAAATGT-GGTG-CTAGGGGGaggataacccataaagctc
gi|16 : ttTA-----------TACATA------GATCGTAC-G--N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT-------A-ATGCACAGATGTAGGCG-TTATGGGGT
gi|17 : ATAAAT-CTTTATT-TGGTATA-----------TACATA------CA----A------------ATATTCA---TACATACC--AC-------AGAGCTTGAAA----ACTTA-----TTTCGA---------ATGGGAGTCCTTT-----TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-CTc
gi|2 : TAAA-AAAATATAT-CTTTTT--CATTATA-----------TACATA------GATTGTAC-GN-N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----AAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-TTACGGGGT
gi|20 : aaaaaGTAGA-----------TACAAA------TAT---AC-G--T------ACATACCACGGATAA--C--GT-------GCGCGAAA-------GCTGA-----TATCCA---------ATGTCG-TCCTT------TG-ATGCATGGATGTTGGCG-TTAca
gi|21 : atAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TATAGA------GAATGTAT-G--T-----
gi|22 : AAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-G--acata
gi|3 : tTAGATAAA-TAAGT-TTTTATT-CAGTATA-----------TACAT-------TACTATAC-G--------TANNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATACATGGATGTTAGCGCTTAGGGGGT
gi|4 : aaAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GAATGTAT-G--TACATGCATGTACCAAAGATAACCC--ATTAATTAACCTCGTTA-------GCTTACACGTGTTTCC---------AATGAGGTCCATT-----TA-GTGCATGGTTGTTGGCG-CTca
gi|5 : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTAC-GN-N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGGT
gi|6 : AAATAAA-TATAT-CTTTTTTTCAGTATA-----------TACATT------GATCGTAC-GN-N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAAAACAAAT-CTTTATT-CAGTATA-----------AACATA------GAATATAC-A--------TACATATCAAGGATCACCC--AT-------TTCTTAAGCTTGTAAGCTTA-----ATTTTT---------GATAGGGTCCTT-----ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-GTAGG
gi|8 : TAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACATA------GATCGTACAN--N-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN-------NNNNNNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-TTGGGGGG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTTAGTAATATTTTTGGCGGGTATAAACATTCAAATATACGTTACAATACAAGGATAACCATGAAATCTCGAGAGCGTCTCTCCAGTTGGTTCCTTGGTGTGCAGATGTCGTTCTAGAGGGT
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Unaligned ( gi|19 ): TAAACAAATAATACATCAATAAATCTTTAAACAGCATAGAATATATACGTACATACCAAGGACAACCCATTAAGTTTGTAAGCTTATTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 8 2 111 99999999999 22 555555 55555 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 7 2 33
lowQualScore : . . ... ........... .. ...... ..... . . ........................................................................................................ . . . . ..
lowQualScore : 4 4 777 55555555555 88 888888 00000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 9 4 22
consensus : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G--T------------TAC-ATACCAAGGATAACCCAT-------NCTC--GAGG-------GCTTA-----NTTCCA---------GNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G--T------------TAT-ATNCNANGGATAANCCAT-------NCNC--GANG-------GCTTA-----NTTCNN---------GNNGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
gi|1 : AAATAAA-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGAAC-G--N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAAA-TAAAT-CTTTTT---AGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-GN-N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGTG-C--TAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATA-----------TACAT--AGACCGTGA-----TCGTAC-GNNN------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNA----ATA-A--AACAGATGTAGGTG-C--TAG
gi|12 : ttTAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G---------------TAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----ATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-T--ttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G--T------------AAT-ATACTAAGGATAATCCATTGA----TCTC--AAGG-------GC-TA-----TTTCCA---------AT--CGGTCCTT-----ATACATGCACGGATGT-GGCG-T--TAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACAT--A------GA-----TCGTAC-G--TATATACCCGGGGTAT-ATACCAAGGATAACCCAT-------
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTTT--CAGTATA-----------TACAT--A-------A-----T-GTAC-G--T------------TAT-A--CCA-GGATAACCCTT-------AAGCTAAAGG-------GCTTA-----ATTAAA---------GTTGGGGTTCCTA----ACA-ATGCACAAATGT-GGTG-C--TAGGGGGaaagctc
gi|16 : ttTA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G--N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT-------A-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TATGGGGT
gi|17 : ATAAAT-CTTTATT-TGGTATA-----------TACAT--A------CAAATATTCATAC---------------------ATACCACAGA---------------GCTT--GAAA-------ACTTA-----TTTCGA---------ATGGGAGTCCTTT-----TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-C--c
gi|2 : TAAA-AAAATATAT-CTTTTT--CATTATA-----------TACAT--A------GA-----TTGTAC-GN-N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----AAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-T--TACGGGGT
gi|20 : aaaaaGTAGA-----------TACAA--A------TA-----T---AC-G--T-------------AC-ATACCACGGATAA--CGT-------GCGC--GAAA-------GCTGA-----TATCCA----------ATGTCGTCCTT------TG-ATGCATGGATGTTGGCG-T--TAca
gi|21 : atAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TATAG--A------GA-----ATGTAT-G--T------------
gi|22 : AAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-G--acata
gi|3 : tTAGATAAA-TAAGT-TTTTATT-CAGTATA-----------TACAT---------TA-----CTATAC-G---------------TAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATACATGGATGTTAGCGCT--TAGGGGGT
gi|4 : aaAAATAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----ATGTAT-G--TACATG-------CAT-GTACCAAAGATAACCCATTAATTAACCTC--GTTA-------GCTTACACGTGTTTCC---------AATGAGGTCCATT-----TA-GTGCATGGTTGTTGGCG-C--ca
gi|5 : TAAATAAAATAAAT-CTTTTTT-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTAC-GN-N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|6 : AAATAAA-TATAT-CTTTTTTTCAGTATA-----------TACAT--T------GA-----TCGTAC-GN-N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAAAACAAAT-CTTTATT-CAGTATA-----------AACAT--A------GA-----ATATAC-A--T-------------AC-ATATCAAGGATCACCCAT-------TTCT--TAAGCTTGTAAGCTTA-----ATTTTT---------GATAGGGTCCTT-----ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-G--TAGG
gi|8 : TAAATAA--TAAAT-CTTTT-T-CAGTATA-----------TACAT--A------GA-----TCGTACAN--N------------NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNN--NNNN-------NNNNN-----NNNNNN---------NNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TGGGGGG
gi|9 : aaGTATA-----------AACATTCA------AA-----T-ATAC-G--T------------TACAATAC-AAGGATAA-CCATGAAA---TCTC--GAGA-------GCGTC-----TCTCCA---------GTTG-GTTCCTTG----GT--GTGCA--GATGT---CG-TTCTAGAGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Unaligned ( gi|19 ): TAAACAAATAATACATCAATAAATCTTTAAACAGCATAGAATATATACGTACATACCAAGGACAACCCATTAAGTTTGTAAGCTTATTTTAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 3333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 44444444 2 222 99999999999 22 555555 3 1 3333333333333333 44 1 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 7 2 33
lowQualScore : ........ . ... ........... .. ...... . . ................ .. . . . ................................................................... . . . . ..
lowQualScore : 77777777 2 999 00000000000 66 555555 3 9 5555555555555555 88 4 6 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 9 4 22
consensus : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------TACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------TACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------GGCTTA------NTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
gi|1 : AAATAA------A-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGAAC-G--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAA------A-TAAAT-CTTTTT---AGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGTG-C--TAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATATA-----------CAT--AGACCGTGATCGTAC-GNNN------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNA----ATA-A--AACAGATGTAGGTG-C--TAG
gi|12 : ttTAAATAA--------TAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G---------------TANN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----ATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-T--ttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------AATA--TACTAAGGATAATCCA-TTGA----T--CTCAAG------GGC-TA------TTTC---------CAAT--CGGTCCTT-----ATACATGCACGGATGT-GGCG-T--TAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACAT--A------GATCGTAC-G--TATATACCCGGGGTATA--TACCAAGGATAACCCA-T-------
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTTT--CAGTATATA-----------CAT--A-------AT-GTAC-G--T------------TA----TACCA-GGATAACCCT-T-------AAGCTAAAG------GGCTTA------ATTA---------AAGTTGGGGTTCCTA----ACA-ATGCACAAATGT-GGTG-C--TAGGGGGaaagctc
gi|16 : ttTATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT-------A-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TATGGGGT
gi|17 : ATAAAT-CTTTATT-TGGTATATA-----------CAT--A---------CAAAT-A--TTCA---------TACA--TACCACAGA----------------G--CTTGAA------AACTTA------TTTC---------GAATGGGAGTCCTTT-----TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-C--c
gi|19 : AAATAATACATCAATAAAT-CTTTAAA-CAGCATAGA------------AT--A------TAT---AC-G--T-------------ACA--TACCAAGGACAACCCA-TTAA----G--TTTGTA------AGCTTA------TTT
gi|2 : taaacTAAA-AA------AATATAT-CTTTTT--CATTATATA-----------CAT--A------GATTGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----AAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-T--TACGGGGTtaac
gi|20 : aaaaaGTAGATA-----------CAA--A------TAT---AC-G--T-------------ACA--TACCACGGATAAC--G-T-------G--CGCGAA------AGCTGA------TATC---------CA-ATGTCGTCCTT------TG-ATGCATGGATGTTGGCG-T--TAca
gi|21 : atA------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------TAG--A------GAATGTAT-G---------------TACA--TA
gi|22 : A------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--
gi|3 : tTAGATAA------A-TAAGT-TTTTATT-CAGTATATA-----------CAT---------TACTATAC-G---------------TANN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATACATGGATGTTAGCGCT--TAGGGGGT
gi|4 : aaA------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GAATGTAT-G--TACA---------TGCATGTACCAAAGATAACCCA-TTAATTAAC--CTCGTT------AGCTTACACGTGTTTC---------CA-ATGAGGTCCATT-----TA-GTGCATGGTTGTTGGCG-C--ca
gi|5 : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|6 : AAATAA------A-TATAT-CTTTTTTTCAGTATATA-----------CAT--T------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAA------AACAAAT-CTTTATT-CAGTATAAA-----------CAT--A------GAATATAC-A---------------TACA--TATCAAGGATCACCCATT-------T--CTTAAGCTTGTAAGCTTA------ATTT---------TTGATAGGGTCCTT-----ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-G--TAGG
gi|8 : TAAATAA--------TAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTACAN--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TGGGGGG
gi|9 : aaGTATAAA-----------CATTCA------AAT-ATAC-G--T------------TACAA-TAC-AAGGATAA-CCA-TGAAA---T--CTCGAG------AGCGTC------TCTC---------CAGTTG-GTTCCTTG----GT--GTGCA--GATGT---CG-TTCTAGAGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 3333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 44444444 2 222 99999999999 22 555555 3 1 3333333333333333 44 1 0 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 7 2 33
lowQualScore : ........ . ... ........... .. ...... . . ................ .. . . . ................................................................... . . . . ..
lowQualScore : 77777777 2 999 00000000000 66 555555 3 9 5555555555555555 88 4 6 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 9 4 22
consensus : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------TACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------TACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
gi|1 : AAATAA------A-TAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGAAC-G--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAA------A-TAAAT-CTTTTT---AGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGTG-C--TAGGGGG
gi|11 : T-TTCTTTT-CAGTATATA-----------CAT--AGACCGTGATCGTAC-GNNN------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNA----ATA-A--AACAGATGTAGGTG-C--TAG
gi|12 : ttTAAATAA--------TAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G---------------TANN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----ATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-T--ttggtc
gi|13 : aaATAAATACTTTT---CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------AATA--TACTAAGGATAATCCA-TTGA----T--CTCAAG------GGC-TA------TTTC---------CAAT--CGGTCCTT-----ATACATGCACGGATGT-GGCG-T--TAGG
gi|14 : aattTAAAT--TTTTTT-CAGTATATAGTTTATATATACAT--A------GATCGTAC-G--TATATACCCGGGGTATA--TACCAAGGATAACCCA-T-------
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAAT-CTTTTT--CAGTATATA-----------CAT--A-------AT-GTAC-G--T------------TA----TACCA-GGATAACCCT-T-------AAGCTAAAG------GGCTTA------ATTA---------AAGTTGGGGTTCCTA----ACA-ATGCACAAATGT-GGTG-C--TAGGGGGaaagctc
gi|16 : ttTATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT-------A-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TATGGGGT
gi|17 : ATAAAT-CTTTATT-TGGTATATA-----------CAT--A---------CAAAT-A--TTCA---------TACA--TACCACAGA----------------G--CTTGAA------AACTTA------TTTC---------GAATGGGAGTCCTTT-----TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-C--c
gi|19 : AAATAATACATCAATAAAT-CTTTAAA-CAGCATAGA------------AT--A------TAT---AC-G--T-------------ACA--TACCAAGGACAACCCA-TTAA----G--TTTGTA------AGCTTA------TTT
gi|2 : taaacTAAA-AA------AATATAT-CTTTTT--CATTATATA-----------CAT--A------GATTGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----AAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-T--TACGGGGTtaac
gi|20 : aaaaaGTAGATA-----------CAA--A------TAT---AC-G--T-------------ACA--TACCACGGATAAC--G-T-------G--CGCGAA------AGCTGA------TATC---------CA-ATGTCGTCCTT------TG-ATGCATGGATGTTGGCG-T--TAca
gi|21 : atA------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------TAG--A------GAATGTAT-G---------------TACA--TA
gi|22 : A------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--
gi|3 : tTAGATAA------A-TAAGT-TTTTATT-CAGTATATA-----------CAT---------TACTATAC-G---------------TANN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATACATGGATGTTAGCGCT--TAGGGGGT
gi|4 : aaA------AATAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GAATGTAT-G--TACA---------TGCATGTACCAAAGATAACCCA-TTAATTAAC--CTCGTT------AGCTTACACGTGTTTC---------CA-ATGAGGTCCATT-----TA-GTGCATGGTTGTTGGCG-C--ca
gi|5 : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|6 : AAATAA------A-TATAT-CTTTTTTTCAGTATATA-----------CAT--T------GATCGTAC-GN-N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAA------AACAAAT-CTTTATT-CAGTATAAA-----------CAT--A------GAATATAC-A---------------TACA--TATCAAGGATCACCCATT-------T--CTTAAGCTTGTAAGCTTA------ATTT---------TTGATAGGGTCCTT-----ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-G--TAGG
gi|8 : TAAATAA--------TAAAT-CTTTT-T-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTACAN--N------------NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-N-------N--NNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNN----NNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TGGGGGG
gi|9 : aaGTATAAA-----------CATTCA------AAT-ATAC-G--T------------TACAA-TAC-AAGGATAA-CCA-TGAAA---T--CTCGAG------AGCGTC------TCTC---------CAGTTG-GTTCCTTG----GT--GTGCA--GATGT---CG-TTCTAGAGGGT
blockSeqs : TACATCAA A TTT GTTTATATATA TC GACCGT C A TATATACCCGGGGT TG N T TAATTAACCTCGTTAGCTTACACGTGTTTCCAATGAGGTCCATT C A A C TC
blockSeqs : AA . TT . . . C . TTCAT A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT . A A . .
blockSeqs : AA . TT . . . C . TACAT . N . TCTTAAGCTTGTAAGCTTAATTTTTGATAGGGTCCTTA . A A . .
blockSeqs : AA . TT . . . C . NNNN . A . GAAATCTCGAGAGCGTCTCTCCAGTTGGTTCCTTGG . G A . .
blockSeqs : AA . AA . . . C . NNN . A . AAGCTAAAGGGCTTAATTAAAGTTGGGGTTCCTAA . A T . .
blockSeqs : AA . TT . . . C . NNN . N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A T . .
blockSeqs : AA . TT . . . C . NNN . C . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA . G T . .
blockSeqs : A . TT . . . T . NNN . A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . A T . .
blockSeqs : A . T . . . T . TA . N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . G T . .
blockSeqs : A . T . . . C . TT . C . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G A . .
blockSeqs : . . T . . . T . NN . N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G A . .
blockSeqs : . . T . . . T . NN . A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A T . .
blockSeqs : . T . . . C . TT . N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A A . .
blockSeqs : . T . . . C . T . N . TGATCTCAAGGGCTATTTCCAATCGGTCCTTA . C . . .
blockSeqs : . T . . . T . T . A . GCTTGAAAACTTATTTCGAATGGGAGTCCTTT . A . . .
blockSeqs : . T . . . C . T . N . GCGCGAAAGCTGATATCCAATGTCGTCCTT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . A .
blockSeqs : . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . T .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AA****** T** TT**************
originalCons : TAAATAA------AATAAAT-CTTTTTT-CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G--T------------TACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
finalCons : TAAATAAAA------TAAAT-CTTTTT--CAGTATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GTT--------------ACA--TACCAAGGATAACCCA-T-------N--CTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTN----ATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111 333333333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11
lowQualScore : 44444444 6 55 77 2 99999999999 22 555555 3 1 777777777777777777777 44 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 2 2 7 2 33
lowQualScore : ........ . .. .. . ........... .. ...... . . ..................... .. . ......................................................... .. . . . . ..
lowQualScore : 77777777 3 00 11 0 00000000000 66 555555 3 9 555555555555555555555 88 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 4 4 9 4 22
consensus : TAAATAA------AATAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G----T------------T---ACA--TACCAAGGATAACCC--A-T-------NCTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTNATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
Reference ( family-6341 ) : TAAATAA------AATAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G----T------------T---ACA--TACCAAGGATAACCC--A-T-------NCTCGAG------AGCTTA------TTTC---------CAGNTGNGGTCCTTNATA-ATGCACGGATGTNGGCG-T--TAGGGGGT
gi|1 : AAATAA------A-TAAATCTTT-T--TT-CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGAAC-GNNNNN------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|10 : atgctgaataaaaAAATAA------A-TAAATCTTT-T--T---AG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN---N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCACAGATGTAGGTG-C--TAGGGGG
gi|11 : TT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--AGACCGTGATCGTAC-GNN--N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNAATA-A--AACAGATGTAGGTG-C--TAG
gi|12 : tttttcTAAATAA--------TAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G-----------------T---ANN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNATA-ATGCACAGCTGTAGGCG-T--ttggtc
gi|13 : aaATAAATACTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G----T------------A---ATA--TACTAAGGATAATCC--A-TTGA----TCTCAAG------GGC-TA------TTTC---------CAAT--CGGTCCTT-ATACATGCACGGATGT-GGCG-T--TAGG
gi|14 : aattTAAATTTTT-T--T--CAG-TATATAGTTTATATATACAT--A------GATCGTAC-G----TATATACCCGGGGT---ATA--TACCAAGGATAACCC--A-T-------
gi|15 : taattgcctcatatcctcattttcattgAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A-------AT-GTAC-G----T------------T-----A--TACC-AGGATAACCCTTA-A-------GCTAAAG------GGCTTA------ATTA---------AAGTTGGGGTTCCTAACA-ATGCACAAATGT-GGTG-C--TAGGGGGaaagctc
gi|16 : ttTATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G----N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNNNNNNNNNCACAGATGTAGGCGTT---A-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TATGGGGT
gi|17 : ATAAATCTTTAT--T--TGG-TATATA-----------CAT--A---------CAAAT-A----T------------TCATACA--TACCACAGA------------------GCTTGAA------AACTTA------TTTC---------GAATGGGAGTCCTTT-TA-ATGCAGGGATGTTGGCG-C--c
gi|19 : AAATAATACATCAATAAATCTTT-A--AA-CAG-CATAGA------------AT--A------TAT---AC-G----T----------------ACA--TACCAAGGACAACCC--A-TTAA----GTTTGTA------AGCTTA------TTT
gi|2 : taaacTAAA-AA------AATATATCTTT-T--T--CAT-TATATA-----------CAT--A------GATTGTAC-GN---N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNAAA-ATGTCCAGATGTTGGCG-T--TACGGGGTtaac
gi|20 : aaaaaG-TAGATA-----------CAA--A------TAT---AC-G----T----------------ACA--TACCACGGATAAC----G-T-------GCGCGAA------AGCTGA------TATC---------CA-ATGTCGTCCTT--TG-ATGCATGGATGTTGGCG-T--TAca
gi|21 : atA------AATAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------TAG--A------GAATGTAT-G-----------------T---ACA--TA
gi|22 : A------AATAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-G----
gi|3 : tTAGATAA------A-TAAGTTTTTAT--T--CAG-TATATA-----------CAT---------TACTATAC-G-----------------T---ANN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATACATGGATGTTAGCGCT--TAGGGGGT
gi|4 : aaA------AATAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GAATGTAT-G----TACA---------T---GCATGTACCAAAGATAACCC--A-TTAATTAACCTCGTT------AGCTTACACGTGTTTC---------CA-ATGAGGTCCATT-TA-GTGCATGGTTGTTGGCG-C--ca
gi|5 : TAAATAA------AATAAATCTTT-TT-T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTAC-GN---N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGGT
gi|6 : AAATAA------A-TATATCTTT-TTTT--CAG-TATATA-----------CAT--T------GATCGTAC-GN---N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TAGGGGG
gi|7 : aaTAAATAA------AACAAATCTTTAT--T--CAG-TATAAA-----------CAT--A------GAATATAC-A-----------------T---ACA--TATCAAGGATCACCC--ATT-------TCTTAAGCTTGTAAGCTTA------ATTT---------TTGATAGGGTCCTT-ATA-ATGCACCGGTGTTTGTG-G--TAGG
gi|8 : TAAATAA--------TAAATCTTT-T--T--CAG-TATATA-----------CAT--A------GATCGTACAN----N------------N---NNN--NNNNNNNNNNNNNNN--N-N-------NNNNNNN------NNNNNN------NNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCACAGATGTAGGCG-T--TGGGGGG
gi|9 : aaAATATTT-T--TGGCGGGTATAAA-----------CATTCA------AAT-ATAC-G----T------------T---ACAA-TAC-AAGGATAA-CC--A-TGAAA---TCTCGAG------AGCGTC------TCTC---------CAGTTG-GTTCCTTGGT--GTGCA--GATGT---CG-TTCTAGAGGGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATTGCCTCATATCCTCATTTTTCATTGTTAAATTTTTTTGTCAGTATAATAGTGTTATATATAGCATGAGATCGTAACGTAATCTAATACCACCGGGGTA