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Reference ( gi|6 )            :       AATAATA--ATAATA-----AA-T-AATC-CT-TTATTT-AGAG--AA-GG-TAGCCCGA-TTAGTACGA-G-G---T-ACTAT--TCTT-CCC--T-GGGGCC--TTCT---GA-AT----T-ACACA-GCA-TGT-AC-AAAC-AA-A-T-T-----AC-A-CATA--T--TGATA------T-A----TATAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
gi|9                          :       AATAA----ATAATA--------T-AATC-CT-TTATTT-AGAA--AA-GG-TAGCCCGA-TTAGTACGA-G-G---T-ACTAT--TCTT-CCC--T-GGGGCC--TTCT---GA-AT----T-ACACATGCA-TGTAAC-AAAC-AA-A-T-T-----AC-A-CATA--T--TGATA------T-A----TATAGTCAAAGAT--AA-A-CA-T---A--A--AT---AG-TAGGT---GTGA---G------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAA
gi|5                          :       AATAATA--GTAATA-----A--T-A-TCGCT-TTATTT-AAAG--AA-GG-TAGCC-GA-TTAGTACGA-G-G---TAACTAT--TCTT-CCC----GGGGCC--TTCTTG-GA-AT----C-ACA---------T-AC-AGAC-GA-A-T-T-----AC-A-CATA--G--TGATA------T-ACTAGTATAATCAAACATATAA-A-AATT---AATAT-AT---AGCTA--T---GTGA---T------TAATAC-AT---G-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATATCT-TAGGACAAG--T-TAA
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gi|3                          :                               -AATA-CT-TTATTTCAAAG--AA-GGGTGACCTGGGTTAGTGCAACA-G------CTAT--TCTT-CCC----AGGGCC--TTCC------AT----T-----------CGT-AC-AA----------T-----AC-ACCATA--TAACAGGA------T-A----TAGAAT--AAAATA-AA-ATCA-TTTCCATA--TT---AC-T-GAT---ATAA---T------T------GA---A-------TACA--
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gi|4                          :                                   a-CT-TTATTT-CAAG--AG-GG-TGACTTGG-TTAGTTC-A-T-G---C-AGTCA--TCTT-CCC--C-AGGGCC--TTCT----A-CT----T-----------TGT-AC-ATAC-AA-A-T-T-----AT-A-AACA-------ATA------TAA----CAGAGTCTAACATtgtaaatgaatatatccaatattccatattataccgactataactgagtacctgcatcagtaaaaacaaa
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-634 )      :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AATN-CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCGAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC----T---GA-AT----TACACA-GCA--TGT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
gi|1                          :                                                      -AATA-CT-T-ATTT-CAAGA--A-G--TGGTTGAACCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TTCT-TTCC--AGGGCT--TCC-----------AT----TTC----------GT-A--C-A-TAC--------------AC-AT---ATA--ACAGGA------TA----TAGAAT-AAGAATA-AA-A-
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gi|13                         : ataatgatataaaagctacagagaaggcaAATAATATGATAATA------A-T-AATG-CT-TTATTT-ATTGA--A-GG-TA-------CCGA-ATAGTGCAAAGC---A-CTAT--TCTT-GCAC--GGAGTC--TTC----TC--CA-A------ACACA-ACA--TTT-G--C-A-TAT-AATA-T-T-----ta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-634 )      :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCGAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC----T---GA-AT----TACACA-GCA--TGT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
gi|1                          :                                                      -AAT-A---CT-T-ATTT-CAAGA--A-G--TGGTTGAACCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TTCT-TTCC--AGGGCT--TCC-----------AT----TTC----------GT-A--C-A-TAC--------------AC-AT---ATA--ACAGGA------TA----TAGAAT-AAGAATA-AA-A-
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gi|11                         :                                                                            GA--A-GG-TGA-----CCTGA-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--CAGT-CCAC--AGGGAG--TCCCAGTT---GA-------TACATA--CAATTGT-ATTC-ACAAT-CA-T-T-T-----AC-AC---GTA--tgtaaatgaatatatccaatattccatattataccgactataactgagtacctgcatcagtaaaaacaaa
gi|12                         :                                                                                                  ntttcggCAAGGT---A-CTAT--TCTT-TCCC----------TTT----T---AA-AT----TACA-----------------A-AAA-AT-A-T-T------C-AT---ATA--GTGATA------CA----TACAATCTAAAATA-AG---CA-T---A-TA--AT---GA-TAGGTTTTGTGAGTATACACAAT------AT---A-------TATA--A-------CAC---A-GT--------AATA-CT-TAAGAAAAGcaacagtatgcaacaaaactcattctataacacgtatcatggttgaatatcagtaccaagcaatcacaaagtc
gi|13                         : ataatgatataaaagctacagagaaggcaAATAATATGATAATA------A-T-AAT-G---CT-TTATTT-ATTGA--A-GG-TA-------CCGA-ATAGTGCAAAGC---A-CTAT--TCTT-GCAC--GGAGTC--TTC----TC--CA-A------ACACA-ACA--TTT-G--C-A-TAT-AATA-T-T-----ta
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gi|16                         :                                                                                                            GGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT----TACACATGCA--TGT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA---CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGC-T-TAATGatttg
gi|17                         :                              AATAATA--ATA-TA------A-TTGAT-G---CT-T-ATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-AG----CACA
gi|18                         :                            atAATAATA--ATAATA------A-T-GAT-G---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-A------GCACA-A-------------A-AAT-AA-----------GC-GC---ATA--GTGATA------CA----TGTAaaaatagcgctataagtgtacatgtaagtataccaatcaaac
gi|19                         :                             atATAATG--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACCAATGC----T---CACAG----CATACAGGCA--TGT-A--T-A-TATAAA-A-T-T-----AT-AA---ATagtata
gi|2                          :                                                      ttAT-A---CT-TTATTT-CTAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTACC-TGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGGCC--TTC----C------ATTTCGTACATA--CAC-CGT-A--T---AAC-AG-A-G-TCTAACAT-AC---ATA--TCTAAACCAGGGTA----TAGAAT--AAAATA-AA-A-CA-A---AATA--AT---
gi|20                         :                                   TA--ATA-TA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-CAAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----tccgtatcactgattataattgaatacctgtatcagtaaaaacaaattcttttgacataccttaattaatgatgttgaaaacgccatatttaaataacagtacggcagcttataatgt
gi|21                         :                                                        AT-A---TT-TTATAT-CAAGA--A-AG-TGG-----CTTTG-TTAGTG-AATAT---A-CTAT--TTTC-CCTC--AGGGCC--TTC----C----A-AT----TG-------A--TG-----C-A-TAC-AA-A-TAT-----AT-AC---ACA--AT--CA------TT----TAAAATCGAcatcaggacaattcgaagtcatatctgatatcaagtatat
gi|22                         :                                                                                                                                                                             tGT-A--C-A-AAC-AA-AAT-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA--------------GATA-AACA-TA-T---AATA--AG---AT-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--ATGTA---CAACATA-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-gtc
gi|23                         :                                TAATA--ATAA-A------A-TAAAT-A---C--TTATTC-AAGAA--A-GG-TCG-----ACC---TT--TGCGA-GC---A-CT-T--TATT-CCaagatt
gi|24                         :                                                                                                           AAGC---A-TTAT--TCTT-CCCT--AGGGCC--GTC----C------AT----TTC----GTA--TAT-A--C-A-AA---------------AT-AT---A-A--ATAATA------TAG---CAGAGTCTAACATagcctccatatacgtaatacaccagataacaggatatgaataaaat
gi|25                         :                               ATAATA---TAATA------A-T-AAT-A---CTCTTATTC-AAGAA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGCATGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----gtatttctaaacgagtatatgtaataaaat
gi|26                         :                              tataacc--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACC--------------A-ATGC--T-CACA-GCA----T-A--C-A-GGC-Acatcaggatcatat
gi|28                         :                                         AATA------A-T-AGT-C---CT-TTATAT-AAAAA--AAGG-TAT-----GCCAA-TTAGTGCATAGC---A-CTAT--TCGT-CGTG--GAGGCC--CTC----T---tgtatat
gi|29                         :                                                    -T-AAT-G---CT-TTATTT-AGAGACAA-GG-AGG-----GC--A-TTAGTACAAAGTTTTA-CTAT--TCTG-CCCC--CGAGCC--GCC----T---GA-
gi|3                          :                                                      -AAT-A---CT-TTATTTCAAAGA--A-GGGTGA-----CCTGGGTTAGTGCAA--C---AGCTAT--TCTT--CCC--AGGGCC--TTC----C------AT----T-----------CGT-A--C-A-A----------T-----AC-ACCATATA--ACAGGA------TA----TAGAAT--AAAATA-AA-ATCA-TTTCCATA--TT---AC-T-GAT---ATAA---T------T------GA---A-------TACA--
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gi|31                         :                                                 act-T-AAT-G---AT-TTATTT-CAAGA--A-AG-TGA-----GCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGTCC--TTC----agtacatccgtcttctttatgacc
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gi|5                          :                                TAATA--ATAGTA------A-T-AAT-ATCGCT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG------CCGA-TTAGTACGAGGTA--A-CTAT--TCTT--CCC--GGGGCC--TTC----TTG-GA-AT----CACA----------T-A--C-A-GAC-GA-A-T-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TACTAGTATAATCAAACATATAA-A-AATT---AATAT-AT---AGCTA--T---GTGA---T------TAATAC-AT---G-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATATCT-TAGGACAAG--T-TAAgtatgtctaaacgagtatatatgtaataaaatcattcaatgtaactgactatattttattacaagtatcaataaaaacaaaatcttaagatagaccttaaacgattacctaatgatgatgaaagcagcatgttttaataatggtacag
gi|6                          :                              AATAATA--ATAATA------AAT-AAT-C---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAG-----CCCGA-TTAGTACGAGGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT----TACACA-GCA--TGT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATGga
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gi|8                          :                          gatgAATAATA--ATAATATAATTAA-T-AATTG---CT-TTATTT-AGAGA--A-G--TAG-----CCCGA-TCAGTACGAG-T---A-CTAT--TCTT-CCCC--GG--CT--TTC----T---GA-AT-------ACC-ACA--T-T-A--C-A-AAC-AA-A-TAT-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA-------------------AC-A-TA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---ATACAATGTACA--G-------CAA---A-GT--------AA-A-CTATA-GACAAGCTT-ta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-634 )      :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCGAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAANATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
gi|1                          :                                                      -AAT-A---CT-T-ATTT-CAAGA--A-G--TGGTTGAACCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TTCT-TTCC--AGGGCT--TCC-----------AT--T----TC-----------GT-A--C-A-TAC--------------AC-AT---ATA--ACAGGA------TA----TAGAAT-AAGAATA-AA-A-
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gi|13                         : ataatgatataaaagctacagagaaggcaAATAATATGATAATA------A-T-AAT-G---CT-TTATTT-ATTGA--A-GG-TA-------CCGA-ATAGTGCAAAGC---A-CTAT--TCTT-GCAC--GGAGTC--TTC----TC--CA-A--------ACACA-ACA--T-TT-G--C-A-TAT-AATA-T-T-----ta
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gi|16                         :                                                                                                            GGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACATGCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA---CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGC-T-TAATGatttg
gi|17                         :                              AATAATA--ATA-TA------A-TTGAT-G---CT-T-ATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-AG--C----ACA
gi|18                         :                            atAATAATA--ATAATA------A-T-GAT-G---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-A--------GCACA-A--------------A-AAT-AA-----------GC-GC---ATA--GTGATA------CA----TGTAaaaatagcgctataagtgtacatgtaagtataccaatcaaac
gi|19                         :                             atATAATG--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACCAATGC----T---CACAG--C----ATACAGGCA--T-GT-A--T-A-TATAAA-A-T-T-----AT-AA---ATagtata
gi|2                          :                                                      ttAT-A---CT-TTATTT-CTAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTACC-TGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGGCC--TTC----C------AT--TTCGTACATA--CA--CCGT-A--T-A-A-C-AG-A-G-TCTAACAT-AC---ATA--TCTAAACCAGGGTA----TAGAAT--AAAATA-AA-A-CA-A---AATA--AT---
gi|20                         :                                   TA--ATA-TA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-CAAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----tccgtatcactgattataattgaatacctgtatcagtaaaaacaaattcttttgacataccttaattaatgatgttgaaaacgccatatttaaataacagtacggcagcttataatgt
gi|21                         :                                                        AT-A---TT-TTATAT-CAAGA--A-AG-TGG-----CTTTG-TTAGTG-AATAT---A-CTAT--TTTC-CCTC--AGGGCC--TTC----C----A-AT--T----G-------A--T-G-----C-A-TAC-AA-A-TAT-----AT-AC---ACA--AT--CA------TT----TAAAATCGAcatcaggacaattcgaagtcatatctgatatcaagtatat
gi|22                         :                                                                                                                                                                               t-GT-A--C-A-AAC-AA-AAT-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA----GATA----AACATA---------T---AATA--AG---AT-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--ATGTA---CAACATA-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-gtc
gi|23                         :                                TAATA--ATAA-A------A-TAAAT-A---C--TTATTC-AAGAA--A-GG-TCG-----ACC---TT--TGCGA-GC---A-CT-T--TATT-CCaagatt
gi|24                         :                                                                                                           AAGC---A-TTAT--TCTT-CCCT--AGGGCC--GTC----C------AT--T----TC----GTA--T-AT-A--C-A-AA---------------AT-AT---A-A--ATAATA------TAG---CAGAGTCTAACATagcctccatatacgtaatacaccagataacaggatatgaataaaat
gi|25                         :                               ATAATA---TAATA------A-T-AAT-A---CTCTTATTC-AAGAA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGCATGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----gtatttctaaacgagtatatgtaataaaat
gi|26                         :                              tataacc--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACC--------------A-ATGCT-----CACA-GCA-----T-A--C-A-GGC-Acatcaggatcatat
gi|28                         :                                         AATA------A-T-AGT-C---CT-TTATAT-AAAAA--AAGG-TAT-----GCCAA-TTAGTGCATAGC---A-CTAT--TCGT-CGTG--GAGGCC--CTC----T---tgtatat
gi|29                         :                                                    -T-AAT-G---CT-TTATTT-AGAGACAA-GG-AGG-----GC--A-TTAGTACAAAGTTTTA-CTAT--TCTG-CCCC--CGAGCC--GCC----T---GA-
gi|3                          :                                                      -AAT-A---CT-TTATTTCAAAGA--A-GGGTGA-----CCTGGGTTAGTGCAA--C---AGCTAT--TCTT--CCC--AGGGCC--TTC----C------AT--T---------------C-GT-A--C-A-A----------T-----AC-ACCATATA--ACAGGA------TA----TAGAAT--AAAATA-AA-ATCA-TTTCCATA--TT---AC-T-GAT---ATAA---T------T------GA---A-------TACA--
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gi|31                         :                                                 act-T-AAT-G---AT-TTATTT-CAAGA--A-AG-TGA-----GCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGTCC--TTC----agtacatccgtcttctttatgacc
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gi|5                          :                                TAATA--ATAGTA------A-T-AAT-ATCGCT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG------CCGA-TTAGTACGAGGTA--A-CTAT--TCTT--CCC--GGGGCC--TTC----TTG-GA-AT--C----ACA-----------T-A--C-A-GAC-GA-A-T-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TACTAGTATAATCAAACATATAA-A-AATT---AATAT-AT---AGCTA--T---GTGA---T------TAATAC-AT---G-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATATCT-TAGGACAAG--T-TAAgtatgtctaaacgagtatatatgtaataaaatcattcaatgtaactgactatattttattacaagtatcaataaaaacaaaatcttaagatagaccttaaacgattacctaatgatgatgaaagcagcatgttttaataatggtacag
gi|6                          :                              AATAATA--ATAATA------AAT-AAT-C---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAG-----CCCGA-TTAGTACGAGGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATGga
gi|7                          :                               ATGATA--AAAATA------A---AAT-A-------TATTT-AGAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-GTAGTTCGAGGT---A-TTAT--TCTT-CCCC--AGGGTC--TTC----T---GA-AA--T----AC----GCA--T-AC-A--C-A-GAC-AA-T-A-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TAGAGTCAAATATA-AGCA-CA-C---ACTGGTAT---GG-TGTGT---GCGA---T------T------AT---A-------CACA--ATACACATCAA---A-AT--------GATA-CC-TAGGGCAAG
gi|8                          :                          gatgAATAATA--ATAATATAATTAA-T-AATTG---CT-TTATTT-AGAGA--A-G--TAG-----CCCGA-TCAGTACGAG-T---A-CTAT--TCTT-CCCC--GG--CT--TTC----T---GA-AT---------ACC-ACA--T--T-A--C-A-AAC-AA-A-TAT-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA-------------ACATA---------T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---ATACAATGTACA--G-------CAA---A-GT--------AA-A-CTATA-GACAAGCTT-ta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-634 )      :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCGAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAANATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
gi|1                          :                                                      -AAT-A---CT-T-ATTT-CAAGA--A-G--TGGTTGAACCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TTCT-TTCC--AGGGCT--TCC-----------AT--T----TC-----------GT-A--C-A-TAC--------------AC-AT---ATA--ACAGGA------TA----TAGAAT-AAGAATA-AA-A-
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gi|12                         :                                                                                                  ntttcggCAAGGT---A-CTAT--TCTT-TCCC----------TTT----T---AA-AT--T----ACA------------------A-AAA-AT-A-T-T------C-AT---ATA--GTGATA------CA----TACAATCTAAAATA-AG---CA-T---A-TA--AT---GA-TAGGTTTTGTGAGTATACACAAT------AT---A-------TATA--A-------CAC---A-GT--------AATA-CT-TAAGAAAAGcaacagtatgcaacaaaactcattctataacacgtatcatggttgaatatcagtaccaagcaatcacaaagtc
gi|13                         : ataatgatataaaagctacagagaaggcaAATAATATGATAATA------A-T-AAT-G---CT-TTATTT-ATTGA--A-GG-TA-------CCGA-ATAGTGCAAAGC---A-CTAT--TCTT-GCAC--GGAGTC--TTC----TC--CA-A--------ACACA-ACA--T-TT-G--C-A-TAT-AATA-T-T-----ta
gi|14                         :                                                                                                              t---A-CTAT--TCTT-CCCCATGGGACCA-TTC----TCGTGA-AT---------AC---CA--T--T-A--CTA-GAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------GG----TACACT-----ATA-A-----T-T---AATA--ATTTGAGTTAAGC----TGG---T------TTTTTCAATCTGA-------TACAATG-------CAA---ACGTATTAAGTAAATACCT-TAGGACACGTTTGTAActcgagaagacataaaaacttggacacatgtaatctatagagtacatacaaaattat
gi|16                         :                                                                                                            GGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACATGCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA---CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGC-T-TAATGatttg
gi|17                         :                              AATAATA--ATA-TA------A-TTGAT-G---CT-T-ATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-AG--C----ACA
gi|18                         :                            atAATAATA--ATAATA------A-T-GAT-G---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAA-----ACCGA-TTAGTACACGGT---A-CTTC--ACTTCCCCC--GGGGCC--TCC----T---GA-A--------GCACA-A--------------A-AAT-AA-----------GC-GC---ATA--GTGATA------CA----TGTAaaaatagcgctataagtgtacatgtaagtataccaatcaaac
gi|19                         :                             atATAATG--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACCAATGC----T---CACAG--C----ATACAGGCA--T-GT-A--T-A-TATAAA-A-T-T-----AT-AA---ATagtata
gi|2                          :                                                      ttAT-A---CT-TTATTT-CTAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTACC-TGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGGCC--TTC----C------AT--TTCGTACATA--CA--CCGT-A--T-A-A-C-AG-A-G-TCTAACAT-AC---ATA--TCTAAACCAGGGTA----TAGAAT--AAAATA-AA-A-CA-A---AATA--AT---
gi|20                         :                                   TA--ATA-TA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-CAAGA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----tccgtatcactgattataattgaatacctgtatcagtaaaaacaaattcttttgacataccttaattaatgatgttgaaaacgccatatttaaataacagtacggcagcttataatgt
gi|21                         :                                                        AT-A---TT-TTATAT-CAAGA--A-AG-TGG-----CTTTG-TTAGTG-AATAT---A-CTAT--TTTC-CCTC--AGGGCC--TTC----C----A-AT--T----G-------A--T-G-----C-A-TAC-AA-A-TAT-----AT-AC---ACA--AT--CA------TT----TAAAATCGAcatcaggacaattcgaagtcatatctgatatcaagtatat
gi|22                         :                                                                                                                                                                               t-GT-A--C-A-AAC-AA-AAT-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA----GATA----AACATA---------T---AATA--AG---AT-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--ATGTA---CAACATA-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-gtc
gi|23                         :                                TAATA--ATAA-A------A-TAAAT-A---C--TTATTC-AAGAA--A-GG-TCG-----ACC---TT--TGCGA-GC---A-CT-T--TATT-CCaagatt
gi|24                         :                                                                                                           AAGC---A-TTAT--TCTT-CCCT--AGGGCC--GTC----C------AT--T----TC----GTA--T-AT-A--C-A-AA---------------AT-AT---A-A--ATAATA------TAG---CAGAGTCTAACATagcctccatatacgtaatacaccagataacaggatatgaataaaat
gi|25                         :                               ATAATA---TAATA------A-T-AAT-A---CTCTTATTC-AAGAA--A-GG-TGA-----CCTGG-TTAGTGCATGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC---AGGCC--TTC----gtatttctaaacgagtatatgtaataaaat
gi|26                         :                              tataacc--ATGATA------A-T-AAT-A---TT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG-----CTCCA-TTAGTGC--AGT---A-TCATAGTCTT-CATT--GAGACC--------------A-ATGCT-----CACA-GCA-----T-A--C-A-GGC-Acatcaggatcatat
gi|28                         :                                         AATA------A-T-AGT-C---CT-TTATAT-AAAAA--AAGG-TAT-----GCCAA-TTAGTGCATAGC---A-CTAT--TCGT-CGTG--GAGGCC--CTC----T---tgtatat
gi|29                         :                                                    -T-AAT-G---CT-TTATTT-AGAGACAA-GG-AGG-----GC--A-TTAGTACAAAGTTTTA-CTAT--TCTG-CCCC--CGAGCC--GCC----T---GA-
gi|3                          :                                                      -AAT-A---CT-TTATTTCAAAGA--A-GGGTGA-----CCTGGGTTAGTGCAA--C---AGCTAT--TCTT--CCC--AGGGCC--TTC----C------AT--T---------------C-GT-A--C-A-A----------T-----AC-ACCATATA--ACAGGA------TA----TAGAAT--AAAATA-AA-ATCA-TTTCCATA--TT---AC-T-GAT---ATAA---T------T------GA---A-------TACA--
gi|30                         :                                      atagATG------A-C-ATT-A---CT-TTATCT-AAAGA--A-AG-TAG-----CTCGA-TTAATGCtgtacaatgatcagtaaaaacaaaatcttaagaatagaccttaatgaatgataaaacgcatatttaaataatagtgcggcagcttaaatgtaacttgctctcattaa
gi|31                         :                                                 act-T-AAT-G---AT-TTATTT-CAAGA--A-AG-TGA-----GCTGG-TTAGTGC-ATGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--AGGTCC--TTC----agtacatccgtcttctttatgacc
gi|4                          :                                                          -A---CT-TTATTT-CAAGA--G-GG-TGA-----CTTGG-TTAGTTC-ATGC---A-GTCA--TCTT-CCCC--AGGGCC--TTC----T----A-CT--T---------------T-GT-A--C-A-TAC-AA-A-T-T-----AT-AA---ACA--AT-ATA-------A----CAGAGTCTAACAT
gi|5                          :                                TAATA--ATAGTA------A-T-AAT-ATCGCT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TAG------CCGA-TTAGTACGAGGTA--A-CTAT--TCTT--CCC--GGGGCC--TTC----TTG-GA-AT--C----ACA-----------T-A--C-A-GAC-GA-A-T-T-----AC-AC---ATA--GTGATA------TACTAGTATAATCAAACATATAA-A-AATT---AATAT-AT---AGCTA--T---GTGA---T------TAATAC-AT---G-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATATCT-TAGGACAAG--T-TAAgtatgtctaaacgagtatatatgtaataaaatcattcaatgtaactgactatattttattacaagtatcaataaaaacaaaatcttaagatagaccttaaacgattacctaatgatgatgaaagcagcatgttttaataatggtacag
gi|6                          :                              AATAATA--ATAATA------AAT-AAT-C---CT-TTATTT-AGAGA--A-GG-TAG-----CCCGA-TTAGTACGAGGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATGga
gi|7                          :                               ATGATA--AAAATA------A---AAT-A-------TATTT-AGAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-GTAGTTCGAGGT---A-TTAT--TCTT-CCCC--AGGGTC--TTC----T---GA-AA--T----AC----GCA--T-AC-A--C-A-GAC-AA-T-A-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TAGAGTCAAATATA-AGCA-CA-C---ACTGGTAT---GG-TGTGT---GCGA---T------T------AT---A-------CACA--ATACACATCAA---A-AT--------GATA-CC-TAGGGCAAG
gi|8                          :                          gatgAATAATA--ATAATATAATTAA-T-AATTG---CT-TTATTT-AGAGA--A-G--TAG-----CCCGA-TCAGTACGAG-T---A-CTAT--TCTT-CCCC--GG--CT--TTC----T---GA-AT---------ACC-ACA--T--T-A--C-A-AAC-AA-A-TAT-----AC-AC---ATA--GTGATA------TA-------------ACATA---------T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---ATACAATGTACA--G-------CAA---A-GT--------AA-A-CTATA-GACAAGCTT-ta
gi|9                          :                              AATAA----ATAATA--------T-AAT-C---CT-TTATTT-AGAAA--A-GG-TAG-----CCCGA-TTAGTACGAGGT---A-CTAT--TCTT-CCCT--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACATGCA--T-GTAA--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--TTGATA------TA----TATAGTCAAAGAT--AA-A-CA-T---A--A--AT---AG-TAGGT---GTGA---G------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAAaagatttg


blockSeqs                     :                                     .       TAATTA A T   T TCG  C      C     CA A  G   .         G       AAG  TTT G    AG    C    ATG     AA   CAGTTGATACATACAATTG                A TT T CA  A  TAT   CTAAC  A  CAT   GTC A   CCAGGG  CTAG  T A CT  A   AAATCATTTC    A  GT  TTG  T     .      TTTTTTCA           CTG TACAATG    ATACACAT     CAT C  ATTAAGTA    C  A          T .
blockSeqs                     :                                     .       .      . A   . .    .      .     .  .  .   .         .       AAA  A   .    AG    C    A       A    TCACAGCATACAGGCATG                 . .  . C   .  ATA   .      .  .     G   G   .       G     C C CA  G   TAAAAATT      A  T   .    C     .      TTAATAC            .   .          ATGTA        .   .  .           T  .          T .
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       ACG  .   .    .     .    A       .    CATTTCGTACATACACCG                 . .  . A   .  AAT   .      .  .     G   G   .       .     C G CG  A   AGCACAC       A  .   .    .     .      TT                 .   .          ATG          .   .  .           .  .          T .
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       ACG  .   .    .     .    G       .    TGAATTACACATGCATG                  . .  . T   .  ATA   .      .  .     T   G   .       .     T A CT  C   AAACAA        A  .   .    .     .      TT                 .   .          G            .   .  .           .  .          T .
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       AAT  .   .    .     .    G       .    TGAATTACACATGCATG                  . .  . G   .  AA    .      .  .     G   G   .       .     T A CT  C   AAACAT        A  .   .    .     .      TT                 .   .          G            .   .  .           .  .          . .
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       ATG  .   .    .     .    G       .    TGAATTACACAGCATG                   . .  . A   .  TT    .      .  .     T   T   .       .     G G CA  A   AAACAT        A  .   .    .     .      TT                 .   .          G            .   .  .           .  .          . .
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       ATA  .   .    .     .    G       .    TCCAAACACAACATT                    . .  . A   .  AT    .      .  .     A   G   .       .     A A CA  C   AACAT         A  .   .    .     .      TT                 .   .          G            .   .  .           .  .             
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       AAA  .   .    .     .    G       .    TCGTGAATACCAT                      . .  . T   .  AT    .      .  .     G   A   .       .     T G CA  C   ATT           C  .   .    .     .      TT                 .   .          G            .   .  .           .  .             
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blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       GAG  .   .    .     .    A       .    TGAAATACGCATA                      . .  . T   .  AT    .      .  .     A   G   .       .     G G .   T   T             .  .   .                                                                                                    
blockSeqs                     :                                     .       .      . .   . .    .      .     .  .  .   .         .       GAG  .   .    .     .    A       .    TGAATACCACAT                       . .  . A   .  AG    .      .  .     A   G   .       .     G G .   C                                                                                                                             
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originalCons                  :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCGAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC----T---GA-AT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAANATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGGT---GTGA---T------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
finalCons                     :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAGA--A-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCAAGGC---A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTCCGAATTACACAGCATG------------------T-A--C-A-AAC-AAAT---T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAANATAAAACAT-------AATA--AT---AG-TAGGT---GTGATT---------------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATATTACAGATTATATCAGTAAAAACAAAATCTTAATACAGCCCTTAATTAATGATGATAAAAACGCCATATTTAAATTATAATACAGCAGCTTATAATGAACTTCTCTACATCAATTTTAATGATATGTTGAATTTGAGAAGATTTTATGTG
Unaligned ( gi|27 ): CCAGGGCCTTAATCCATTTTGTACATACAAACTATAAACAGTATAACAGAGTCTAACATATTATAAGTCTAAATCAGTATATGTAATAAAAT






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Reference ( family-634 )      :                              AATAATA--ATAATA------A-T-AAT-A---CT-TTATTT-AAAG--AA-GG-TGG-----CCCGA-TTAGTGCAAGG---C-A-CTAT--TCTT-CCCC--GGGGCC--TTC-C---GAAT--T----ACACA-GCA--T-GT-A--C-A-AAC-AA-A-T-T-----AC-AC---ATA--NTGATA------TA----TANAGTCAAANATA-AA-A-CA-T---AATA--AT---AG-TAGG---TGTGA-T--------T------AT---A-------TACA--G-------CAA---A-GT--------AATA-CT-TAGGACAAGCTT-TAATG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|27 ): CCAGGGCCTTAATCCATTTTGTACATACAAACTATAAACAGTATAACAGAGTCTAACATATTATAAGTCTAAATCAGTATATGTAATAAAAT