lowQualScore : 111111111111111111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 444444444444444444444444444 2 22 22 3333333333 22 2 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 222 11 2 111111 11111111 88888888888888888 222 2222 6666666666666 111111 222222 33333333333 1 3333333 1 22222 2222 11 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 222 4 2222 1111 22222222 1111 222222 1 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11 8888888888888888888888888888888888 3333333333 11 1111 3333333333 1
lowQualScore : 77 444444444444444444444444444 0 77 77 9999999999 77 0 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 111 6 7 33 0 444444 9 88888888 77777777777777777 8 999 8 555 0000 3 8 1 8888888888888 3 999999 2 555555 44444444444 3 6 8888888 7 0 0 00000 8 5555 2 8 11 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 333 0 7 4 2222 8888 3 4 99999999 4444 3 666666 0 4444 111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 00 22 4444444444444444444444444444444444 55 0000000000 44 8 8 8 7777 7777777777 7
lowQualScore : .. ........................... . .. .. .......... .. . . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ... . . .. . ...... . ........ ................. . ... . ... .... . . . ............. . ...... . ...... ........... . . ....... . . . ..... . .... . . .. .. ................................................................ .. ... . . . .... .... . . ........ .... . ...... . .... ................................................... . . .. .. .................................. .. .......... .. . . . .... .......... .
lowQualScore : 55 000000000000000000000000000 0 55 55 5555555555 55 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 555 0 0 88 0 222222 5 11111111 77777777777777777 0 222 0 000 2222 0 0 2 7777777777777 7 000000 5 000000 77777777777 3 7 3333333 3 2 0 22222 0 0000 2 0 00 88 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 333 0 3 7 7777 7777 2 2 55555555 8888 2 000000 0 8888 555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 22 55 5555555555555555555555555555555555 00 6666666666 66 0 0 0 0000 2222222222 0
consensus : AGGAAACCTTTTTTTATGCCAGGCCCTGGTGTTTTATACATCTAGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGCTCCCCCCTGACNCCCTTGCGACGCGAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAGCNCTGGTACCCTGGCCTT--CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-AT-CA---------NT-A-TCGTTTGCGG-A-G-C-ATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTT--CA---ATANAACCGT--C-ACGAGGA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACG---GGT-GAGAGGTCT-TG---A-GGTC-A----AGT-A--TTGGA--CGA-T-G------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA--TNC--------ATGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCANAAT--A-GTCCATT-TCTCTAATGAACNTGT---AACT-T--ATGCG-T----GCA-TT-A--CTTTTCTTAATTTACAAAAAAAA------AATAAACA------------------A--TGTTTACAAC-GCTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG--AC--AATGGTTGC-AN-----CCCTAA-C-TGG-AC-GAGTTCA----AGT---A------TATGGTGATCAA
Reference ( gi|2 ) : AGGAAAC--TTTTTTAT--C--GCCTTGGTGTC----AAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT--CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC-AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCCTT--CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-AT-CA---------AT-ATTCGTTTGCAG-A-G-C-ATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACG---GAT-GAGAAGTCT-TG---A-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGA-T--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA--TAC--------ATGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCCATT-TCTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTA-T----GCA-TT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAAAAA------AAAAAACA------------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG--A---AATGGTTGC-AA-----CTTTAT-C-TGG-AC-GAGTTCA----AGT---A------TATGGTAAACAAT
gi|11 : AGGAAACCTTTTTTTAT--C--GCC--------------ATCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC--CCCCCTGACACCCTTACGACGC-AGA----GCAT---------A--TAGTA
gi|1 : cC--TTTTTTATGCCAGGCTCTGGTGTTTTATACATC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCC-TGACTCCCTTGCGACACGAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCC-ACATAATGGTTCTGCAAAACTGTAT-CA---------CTTATTCAGTTGTGGGA-G-C-ATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACG---GATAGAGAGACATATG---ATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGACT--------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA--TAC--------ATGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCCATT-TCTCTAATGGA-CTGTTTGAACTGTTAATGTG-TAATAGCA-TTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAAAAATTTCTTAATAAACA------------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA---AATGGTTGCTAA-----C-TTAT-C-TGGAAC-GAGTTCAAAAGAGTTAAA------TATGGTAA
gi|13 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacaaacctTAGCCC-GGTACCCTGGCTTT--CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--tatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|9 : taacttctgtctacggatgacgtcgCCCTGGCCTT--CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-AC-CAGGCCTTCCCAC-AATGCTCCGCAA-ACGCC-CTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----------TAGTAGAACCAT--T-ACggccagggta
gi|1 : tgtgCTC--CC-ACA--A---CTGAATAAG--TG-ATACA---------GT------TTTGCAG-A-A-CCATTAT-GTGGGAAA-G-GCCAT-GGTACCA
gi|9 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacaaacctcttttttatgccaggctctggtgttttatacatcagtatgtcatgacgattactcatagcgatgtggttccccctgactcccttgcgacacgagactcagcatcttcttggtacttagtatagctataagtgacagttcgtgaaacctatgactatcaatgcatacgtgaatatattgcgtagtggctcaatagatgaagtgcacattacaagtggcgatcgcgttaaaattataaaatattaaagatgaaactcaacccctccaatttctgaaaatagatagtaccggtaattatcatataactctatttttatgacaattatttaacttgcgtgattttttatatgccgtaatagtcggagtttataagtagtgaaacaatctaacatTCGTTTGCGG-A-G-C-ATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACcatttctgttggaatagtgctaacggtaccaggccttgtttatataaatccgtccacgaggatttataatgagtgtcgtgcagattacgtaacggatagagagacatatgatggtccatagtagcttggacgactttcatttgttcatgacctggtttttgttggtcggtgatacatgctgttcaattctttcaaaatagcataataggtccatttctctaatggactgtttgaactgttaatgtgtaatagcattaacttttcttaatgtaataaaaaatttcttaataaacaatgttttcaacttttacatcagctcatgaatatatttttagtaattttgaaaaatggttgctaacttatctggaacgagttcaaaagagttaaatatggtaatatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|13 : tTTTGCGG-A-G-C-ATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGCccaggccttcccacaatgctccgcaaacgcccttgtgggaaggccagggcacctagctagtagaaccattac
gi|12 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTG-T-GAGAGGTCT-TG---G-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGA-T--------ggccagggta
gi|14 : ACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACA---CGT-GAG-ATTCT-TG---A-GGCC-A----AAT-A--TTGG
gi|5 : AGTCC-TGTTAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGA-TCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA--TTC--------ATCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCTATTCTCTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCA-T----ACG-CT-A--CTTTTCTCA-----TAAAAAAAT------A----------------------------TG---ATCAC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA--AC--AAC--TTGC-AC-----CCCTAA-C-TGG-AC-AAGTTCA----AGT---A------T
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGA-TAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCC-------C--ATATAGCT-------CT-T--A-GTAAT----GCAATT-AACCTTTTCTTAATT----AAAAAAA------CAAAAACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG--ACATAATGGTTGT-GACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTTCA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCG-C----ATA-TT-A--TTTTTCT---TTTACGGAAGTAA------AATAATTA------------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATA----GT-TT--A---ACTGTTTGC-AT-----CCCCAA-C-TGG-AA-GAGTTCA----A
gi|7 : GC-AC-----CCCTAA-C-TGG-AC-GAGTTCA----AGA---A------TA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|10 ): ACTACTAGCCACCCCTAACTGGAACTAGTTCACAAGTATAACCCACTACATGATAGCGACGATGATGCAAGATATTACTCTCTTGAAAACTCCCGTAAGTGTG
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 22 1 1 11 1 22222 1 555555555555555 2 1 22 1 11 1 11 1 888888888888888888 1 1 1 111 1111 1 44444444 1111 111 22222 1 1 111 1 2222 11 55555555 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 1 111 1111 222222 11 111111 4444444444444444444444444444444 4444444444444444444 1111 11111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 1 00 3333 666666666666 55555555 66666 2 222 2 3 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 4 000000 5 5 5 3 111 000 5 77 5 3 5 88 3 5 4 88 11111 5 444444444444444 0 5 6 44 6 3 6 88 3 3 88 3 999999999999999999 0 2 0 0 777 7777 0 4 2 11111111 1 3 2222 66 777 55555 0 0 2 666 0 66 8 6 6 0000 2 6 99 11 88888888 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 1 444 4444 222222 8 11 99 888888 9999999999999999999999999999999 0 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 44444 1 66 5 1 5 77 2222 1111111111 0
lowQualScore : ... ............................................................... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. ..... . ............... . . . .. . . . .. . . .. . .................. . . . . ... .... . . . ........ . . .... .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ........ .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. .. ...... ............................... . . . . . ................... . . .... ..... . .. . . . .. .... .......... .
lowQualScore : 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 00 5555 555555555555 55555555 55555 5 000 5 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 00000 5 555555555555555 0 5 0 00 7 3 7 33 3 7 33 3 333333333333333333 0 5 0 0 555 8888 0 2 5 88888888 0 2 2222 88 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 2 7 22 00 88888888 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 0 8888 0 0000 8 8 6 000 8888 222222 0 00 44 444444 6666666666666666666666666666666 8 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 33333 0 33 7 4 7 99 1111 8888888888 7
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT-GCCA-GCCCTGGTGTC----A-ATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT--CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------AT-C--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGG---TA-ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--NA----TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAAAAA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTG-----CACCCCTA-AC-TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTAT-GCCAGGCCCTGGTGTTTTATACATCTAGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGCTCCCCCCTGACNCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAGCNCTGGTACCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---NT-------AT-C--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTT-----CA-ATANAACCGT--C-ACGAGGA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGG--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AGT-A--TTGGA--CGAT--G-----TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCANAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGAACNTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTACAAAAAAAA------AATAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GCTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTG-----CANCCCTA-AC-TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTGATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTAT-GCCAGGCTCTGGTGTTTTATACATC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCC-TGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------AT-TCAGTTGTG-GGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT-----TATATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGAC--T-----TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAAAAATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTG-----CTAACTTA-TC-TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacac-----CACCCCTA-AC-TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTATCGCCA-------------------TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC--CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGA---CA-ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGAT--catatagta
gi|13 : TT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGCC-A----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT---C--GCCTTGGTGTC----AAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT---CCCCTGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACA-TGGCACCATGGCCTT-CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-ATCA---AT-------ATTC--GTT-TGCAGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTA-ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTAT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAAAAA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTG-----CAACTTTA-TC-TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGAT--AA----TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAAAAAAACAAA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCAT----ACGCT-A--CTTTTCTC-AT-------AAAAA------AAT-------------------A--TG---ATCAC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTG-----CACCCCTA-AC-TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgG-----CACCCCTA-AC-TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGC----ATATT-A--TTTTTCT---TTTACGGAAGTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTG-----CATCCCCA-AC-TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAAT-G--CTC-CGCAAACGCCCTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----------TA-GTAGAACCAT--T-AC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 99999999999999999999999999 1 11 11 222 2222 1 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 11 1 1 11 1 222 1 555555555555555 1 1 1 1 11 1 11 1 66666666666666 1 1 1 111 11 1 1 2222222 11 111 22222 1 1 222 1 2222 11 55555555 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 111 1111 222222 11 11111 111 222222 555555555555555555 4444444444444444444 1111 111 111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 77777777777777777777777777 7 3 88 88 333 4444 3 6 00 3333 666666666666 55555555 66666 1 222 1 1 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 1 000000 5 5 5 1 111 000 5 88 5 1 5 88 1 5 1 22 1 000 5 444444444444444 5 5 5 3 6 88 3 3 88 3 33333333333333 3 0 0 0 777 33 0 0 4 2 8888888 0 3 99 33 777 55555 0 0 2 000 0 66 8 6 6 0000 0 6 99 11 22222222 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 8 444 4444 222222 8 11 99 11111 000 333333 1 444444444444444444 4 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 5 000 000 1 5 77 2222 1111111111
lowQualScore : ... .......................... . . .. .. ... .... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ............... . . . . . .. . . .. . .............. . . . . ... .. . . . . ....... . . .. .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ........ .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. .. ..... ... ...... . .................. . . . . . ................... . . .... . ... ... . . .. .... ..........
lowQualScore : 000 77777777777777777777777777 3 3 33 33 333 0000 3 7 00 5555 555555555555 55555555 55555 0 000 0 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 0 555 5 555555555555555 0 5 5 3 7 33 3 7 33 3 77777777777777 7 0 0 0 555 88 0 0 2 5 5555555 2 2 00 22 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 3 7 22 00 55555555 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 2 8888 0 0000 8 4 2 000 8888 222222 0 00 44 00000 000 000000 0 666666666666666666 0 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 7 000 000 4 7 99 1111 8888888888
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT-GCCAG-CCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCC-TTCCCAC--AAT-GCTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------A-TCGTTTGC-GGA-G-CAT---TGTGGGA--AG-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--CACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGT-CA----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTAT-GCCAG-CCCTGGTGT------CAA-TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCC-TTCCCAC--AAT-GCTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------A-TCGTTTGC-GGA-G-CAT---TGTGGGA--AG-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTA---ATAGAACCGT--CACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGT-CA----AAT-A--TTGGA--CGATNA------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTAT-GCCAGGCTCTGGTGTTTTATACA---TCAGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCCTGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAG--TACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------ATTCAGTTGTGGGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGTC-CACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGACT-------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAA-A-AATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTGC-TAA---CTTATC---TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacC-ACC---CCTAAC---TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTATCGCCA---------------------TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC-CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--CACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGT-CA----ATA-A--TTGAA--CGATcatatagta
gi|13 : TTTGC-GGA-G-CAT---TGTGGGA--AA-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCCA-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGC-CA----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT---C-G-CCTTGGTGT------CAAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT-CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCC-TTCC-AC--AAT-GCTCAGCAAA--CG-ATCA---ATA------T-TCGTTTGC-AGA-G-CAT---TGTGGGA--AG-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--CACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGT-CA----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTAT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAA-A-AA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTGC-AAC---TTTATC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGT-CACAGTAGT-A--TTGGGATCGATAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAA-AAAAACA-AA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGT-CA----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCAT----ACGCT-A--CTTTTCTC-AT-----AAAA-A-AA------TATGATC--------------------------AC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGC----ATATT-A--TTTTTCT---TTTA-CGGAA-GTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTGC-ATC---CCCAAC---TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCC-TTCCCAC--AAT-GCTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAA-TGCTCCGC-AAACGCCCT---TGTGGGA--AG-GCCAG-GGCACCTAGC--------TA---GTAGAACCAT--TAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 777777777777777777777 11 11 1 11 11 222 2222 1 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 11 1 1 11 1 222 1 555555555555555 1 1 1 1 11 1 11 1 66666666666666666 1 1 1 111 1111 1 3333333 1111 111 22222 1 1 222 1 2222 11 444444444 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 111 1111 222222 11 111 2222222 55555555555555555 4444444444444444444 1111 111 111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 777777777777777777777 88 99 3 88 88 333 4444 3 6 00 3333 666666666666 55555555 66666 1 222 1 1 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 1 000000 5 5 5 1 111 000 5 88 5 1 5 88 1 5 1 22 1 000 5 444444444444444 5 5 5 3 6 88 3 3 88 3 33333333333333333 0 2 0 0 777 7777 0 4 2 3333333 0 3 2222 33 777 55555 0 0 2 000 0 66 8 6 6 0000 0 6 99 11 444444444 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 8 444 4444 222222 8 11 3 5 0 8 000 3333333 1 88888888888888888 4 0 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 5 000 000 1 5 77 2222 1111111111
lowQualScore : ... ..................... .. .. . .. .. ... .... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ............... . . . . . .. . . .. . ................. . . . . ... .... . . . ....... . . .... .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ......... .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. . . . . ... ....... . ................. . . . . . . ................... . . .... . ... ... . . .. .... ..........
lowQualScore : 000 000000000000000000000 33 33 3 33 33 333 0000 3 7 00 5555 555555555555 55555555 55555 0 000 0 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 0 555 5 555555555555555 0 5 5 3 7 33 3 7 33 3 33333333333333333 0 5 0 0 555 8888 0 2 5 8888888 2 2 2222 22 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 3 7 22 00 888888888 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 2 8888 0 0000 8 4 2 000 8888 222222 0 00 8 6 6 0 000 8888888 0 88888888888888888 0 6 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 7 000 000 4 7 99 1111 8888888888
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C-G-CCCTGGCGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTATGCCAG-CCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTATGCCAGGCTCTGGTGTTTTATACA--TC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCCTGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------ATTCAGTTGTG-GGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGA-CT------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAA-A-AATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTGC-TAA---CTTATC---TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacC-ACC---CCTAAC---TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTAT------------CGC------CA--TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC-CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGATcatatagta
gi|13 : TT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGCC-A----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT--C-G-CCTTGGTGT------CAAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT-CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCCTT-CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-ATCA---ATA------TTC--GTT-TGCAGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTAT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAA-A-AA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTGC-AAC---TTTATC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGATAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAA-AAAAACA-AA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCAT----ACGCT-A--CTTTTCTCA---TA-AAAAA-A-TA--------TGATCA--------------------------C-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGC----ATATT-A--TTTTTCT---TTTA-CGGAA-GTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTGC-ATC---CCCAAC---TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAATG--CTC-CGCAAACGCCCTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----TAG------TAGAACCAT--T-AC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 66666666666666666666666666666 1 11 11 222 2222 1 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 11 1 1 11 1 222 1 555555555555555 1 1 1 1 11 1 11 1 66666666666666666 1 1 1 111 1111 1 3333333 1111 111 22222 1 1 222 1 2222 11 444444444 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 111 1111 222222 11 11111 111 222222 555555555555555555 4444444444444444444 1111 111 111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 22222222222222222222222222222 3 88 88 333 4444 3 6 00 3333 666666666666 55555555 66666 1 222 1 1 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 1 000000 5 5 5 1 111 000 5 88 5 1 5 88 1 5 1 22 1 000 5 444444444444444 5 5 5 3 6 88 3 3 88 3 33333333333333333 0 2 0 0 777 7777 0 4 2 3333333 0 3 2222 33 777 55555 0 0 2 000 0 66 8 6 6 0000 0 6 99 11 444444444 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 8 444 4444 222222 8 11 99 11111 000 333333 1 444444444444444444 4 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 5 000 000 1 5 77 2222 1111111111
lowQualScore : ... ............................. . .. .. ... .... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ............... . . . . . .. . . .. . ................. . . . . ... .... . . . ....... . . .... .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ......... .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. .. ..... ... ...... . .................. . . . . . ................... . . .... . ... ... . . .. .... ..........
lowQualScore : 000 33333333333333333333333333333 3 33 33 333 0000 3 7 00 5555 555555555555 55555555 55555 0 000 0 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 0 555 5 555555555555555 0 5 5 3 7 33 3 7 33 3 33333333333333333 0 5 0 0 555 8888 0 2 5 8888888 2 2 2222 22 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 3 7 22 00 888888888 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 2 8888 0 0000 8 4 2 000 8888 222222 0 00 44 00000 000 000000 0 666666666666666666 0 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 7 000 000 4 7 99 1111 8888888888
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGCGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTATGCCAGGCTCTGGTGTTTTATACA--TC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCCTGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------ATTCAGTTGTG-GGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGA-CT------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAA-A-AATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTGC-TAA---CTTATC---TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacC-ACC---CCTAAC---TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCC--------------A--TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC-CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGATcatatagta
gi|13 : TT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGCC-A----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT--C--GCCTTGGTGT------CAAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT-CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCCTT-CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-ATCA---ATA------TTC--GTT-TGCAGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTAT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAA-A-AA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTGC-AAC---TTTATC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGATAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAA-AAAAACA-AA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCAT----ACGCT-A--CTTTTCTC-AT-----AAAA-A-AA------TATGATC--------------------------AC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGC----ATATT-A--TTTTTCT---TTTA-CGGAA-GTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTGC-ATC---CCCAAC---TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAATG--CTC-CGCAAACGCCCTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----TAG------TAGAACCAT--T-AC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 222 2222 1 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 11 1 1 11 1 222 1 555555555555555 1 1 1 1 11 1 11 1 66666666666666666 1 1 1 111 1111 1 3333333 1111 111 22222 1 1 222 1 2222 11 444444444 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 111 1111 222222 11 11111 111 222222 555555555555555555 4444444444444444444 1111 111 111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 22222222222222222222222222222 3 88 88 333 4444 3 6 00 3333 666666666666 55555555 66666 1 222 1 1 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 1 000000 5 5 5 1 111 000 5 88 5 1 5 88 1 5 1 22 1 000 5 444444444444444 5 5 5 3 6 88 3 3 88 3 33333333333333333 0 2 0 0 777 7777 0 4 2 3333333 0 3 2222 33 777 55555 0 0 2 000 0 66 8 6 6 0000 0 6 99 11 444444444 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 8 444 4444 222222 8 11 99 11111 000 333333 1 444444444444444444 4 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 5 000 000 1 5 77 2222 1111111111
lowQualScore : ... ............................. . .. .. ... .... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ............... . . . . . .. . . .. . ................. . . . . ... .... . . . ....... . . .... .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ......... .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. .. ..... ... ...... . .................. . . . . . ................... . . .... . ... ... . . .. .... ..........
lowQualScore : 000 33333333333333333333333333333 3 33 33 333 0000 3 7 00 5555 555555555555 55555555 55555 0 000 0 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 0 555 5 555555555555555 0 5 5 3 7 33 3 7 33 3 33333333333333333 0 5 0 0 555 8888 0 2 5 8888888 2 2 2222 22 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 3 7 22 00 888888888 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 2 8888 0 0000 8 4 2 000 8888 222222 0 00 44 00000 000 000000 0 666666666666666666 0 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 7 000 000 4 7 99 1111 8888888888
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTATGCCAGGCTCTGGTGTTTTATACA--TC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCCTGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------ATTCAGTTGTG-GGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGA-CT------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAA-A-AATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTGC-TAA---CTTATC---TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacC-ACC---CCTAAC---TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCC--------------A--TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC-CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGATcatatagta
gi|13 : TT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGCC-A----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT--C--GCCTTGGTGT------CAAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT-CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCCTT-CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-ATCA---ATA------TTC--GTT-TGCAGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTAT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAA-A-AA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTGC-AAC---TTTATC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGATAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAA-AAAAACA-AA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCAT----ACGCT-A--CTTTTCTC-AT-----AAAA-A-AA------TATGATC--------------------------AC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGC----ATATT-A--TTTTTCT---TTTA-CGGAA-GTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTGC-ATC---CCCAAC---TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAATG--CTC-CGCAAACGCCCTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----TAG------TAGAACCAT--T-AC
blockSeqs : CT CGCCTTGGTGTCAAATCCA . . . . A . C AG . A . . A A A C A AT . . . . . . CA A . . . . C . . . TT . C . . G . T AA C . . . G . . . C . . A . . GGCCTTCCCACAATG . C C C . A . G C GGTATTA G GCC GA . . . T G TTT . GG . . . CAGT T . AT TCGGACAAC AATG AT GGAG . ACTGCCATA A A GA CAC C A T TAA C TAG G G . T TG . AC TA TTATA CA . A AAATCGTATTCAATGA A . . T G TTGTTAATATATC G . CATA G CGT GCA A T CA . AGAATTT
blockSeqs : . CGCCATCT . . . . A . . . . . . . C . . ATATTC . C . . . G . A C GACA G C GA . . . . G C . AG . . . . . . . TAA T A GG . . C . . . C A C A . CT A A . T TA . . TA TAAA GT . C AATT A . . . . TGTTGACA . . CA . . . . . . . A
blockSeqs : . C . . . G . T . AG A C . . . . . . G . T . . . . . . . T T G AG . . T . . . . . A A . T A G . T CA . . C TTAC A . T AA G . . . . TTTAATA . . A . . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . AAAATAG . . C . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : C*** **** ** *** T*** TA**** A** ****** AA**************** TTTAATA************ CA** **** A*********
originalCons : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGT----GCATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
finalCons : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGTC---ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACTT---ATGCGTA----CATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAAA--AA------AATAANCAA----------------TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-ATTTAATA------------TT-TG-ACA--ATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGTA---------TATGGTAATCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT
Alignments
lowQualScore : 111 55555555555555555555555555555 1 11 11 222 2222 1 22 2222 444444444444 33333333 22222 222 222 22222222 11 1 1 11 1 1 22222 333333 1 1 1 222 222 1 11 1 1 11 1 222 1 555555555555555 1 1 1 1 11 1 11 1 66666666666666666 1 1 1 111 1111 1 3333333 1111 111 22222 1 1 222 1 2222 11 444444444 1111 111 5555555555555 1 444444444 1 11 111 1111 1 1111 111 1111 111111 11 11111 111 222222 555555555555555555 4444444444444444444 1111 111 111 1 1111 2222222222
lowQualScore : 999 22222222222222222222222222222 3 88 88 333 4444 3 6 00 3333 666666666666 55555555 66666 1 222 1 1 111 44444444 88 5 5 88 5 5 11111 1 000000 5 5 5 1 111 000 5 88 5 1 5 88 1 5 1 22 1 000 5 444444444444444 5 5 5 3 6 88 3 3 88 3 33333333333333333 0 2 0 0 777 7777 0 4 2 3333333 0 3 2222 33 777 55555 0 0 2 000 0 66 8 6 6 0000 0 6 99 11 444444444 4444 444 1111111111111 0 000000000 1 0 33 777 2 3 1 4444 0 2222 0 1 8 444 4444 999999 8 11 99 11111 000 333333 1 444444444444444444 4 8 8 8 8 4444444444444444444 8 8 6666 5 000 000 1 5 77 2222 1111111111
lowQualScore : ... ............................. . .. .. ... .... . . .. .... ............ ........ ..... . ... . . ... ........ .. . . .. . . ..... . ...... . . . . ... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ............... . . . . . .. . . .. . ................. . . . . ... .... . . . ....... . . .... .. ... ..... . . . ... . .. . . . .... . . .. .. ......... .... ... ............. . ......... . . .. ... . . . .... . .... . . . ... .... ...... . .. .. ..... ... ...... . .................. . . . . . ................... . . .... . ... ... . . .. .... ..........
lowQualScore : 000 33333333333333333333333333333 3 33 33 333 0000 3 7 00 5555 555555555555 55555555 55555 0 000 0 0 555 00000000 00 5 5 00 5 0 55555 0 555555 5 5 5 0 000 555 5 55 0 0 0 00 0 0 0 00 0 555 5 555555555555555 0 5 5 3 7 33 3 7 33 3 33333333333333333 0 5 0 0 555 8888 0 2 5 8888888 2 2 2222 22 555 00000 0 0 5 222 0 88 0 7 7 8888 3 7 22 00 888888888 8888 888 5555555555555 0 000000000 0 0 88 555 5 2 2 8888 0 0000 8 4 2 000 8888 666666 0 00 44 00000 000 000000 0 666666666666666666 0 0 0 0 0 2222222222222222222 0 0 8888 7 000 000 4 7 99 1111 8888888888
consensus : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGTA----CATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
Reference ( family-6325 ) : AGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCCCTGGTGT------CA--TCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCG---TGGT-CCCCCTGACTCCCTTGCGACGC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATGGCTATAAGTGACGGTTCGTGAGANCTATGANTNTCAATGCATACGTGAATATATTGCGCAGTGGCTCAATAGATGAGGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTNAAAATTATAAAATATTAAAGATGGAACTCANCCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGTTTACCGGTANTTATCATATAACTCTATTTNTATGACAATTNTNNAACTTNCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATGAGCGAGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ATCA---CTT------ATC--GTT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGTACCGGGCCTTGTTGGTAT--ATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGT-CGAA-TTACGTAACGC--GT-GAGAGGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGATCG------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TNCA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGACGTGT---AACT-T--ATGCGTA----CATT-A--CTTTTCTTAATTTA-AAAAA-A-AA------AATAANCA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-AC--AATGGTTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAATCAA
gi|1 : AAACCTCTTTTTTATGCCAGGCTCTGGTGTTTTATACA--TC-AGTATGTCATGACGATTACTCATAGCGATGTGGTTCCCCCTGACTCCCTTGCGACAC-GAGACTCAGCATCTTCTTGGTACTTAGTATAGCTATAAGTGACAGTTCGTGAAACCTATGACTATCAATGCATACGTGAATATATTGCGTAGTGGCTCAATAGATGAAGTGCACATTACAAGTGGCGATCGCGTTAAAATTATAAAATATTAAAGATGAAACTCAACCCCTCCAATTTCTGAAAATAGATAGT--ACCGGTAATTATCATATAACTCTATTTTTATGACAATTATTTAACTTGCGTGATTTTTTATATGCCGTAATAGTCGGAGTTTATAAGT-AGTGAAACAATCTAACATTGGTACCATGGCCTTTCCCACATAATGGTTCTGCAAAACTGTATCA---CTT------ATTCAGTTGTG-GGA-G-CATTTCTGTTGGAATAGTGCTAACGGTACCAGGCCTTGTT--TAT--ATAAATCCGT--CCACGAGGATTTATAATGAGTGTCGTGCAGA-TTACGTAACGG--ATAGAGAGACATATGATGGTCCAT---AGT-AGCTTGGA--CGA-CT------TTCA--T-TTGTTCA-TGACCTGGTTTTTGTTGGTCGGTGA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTTCAAAATAGCATAAT--AGGTCC-ATT-T--CTCTAATGGAC-TGTTTGAACTGTTAATGTGTAATAGCATTAA--CTTTTCTTAATGTA-ATAAA-A-AATTTCTTAATAAACA--------------A--TGTTTTCAACTTTTACATCAGCTCATG-A-ATATATTT--TTAGTAAT--TT-TGAAA--AATGGTTGC-TAA---CTTATC---TGGAAC-GAGTT--CAAAAGAGTTAAA------TATGGTAAT
gi|10 : ttaaagacgctagctacgccacgctatagtttgccatttcgcagacacatgagacaacacC-ACC---CCTAAC---TGGAAC-TAGTTCACA----AGT---A------TAatctagtatttatacaaaaacaatcgtgtgacggctttcaattcagtgttatttattttaataatttacaacatctacataagtgttatgtgacttgacataagtcacattcagttagaattgtgttatctgcaatagacatctacttacatagcatttcagcctctggtcgaactttaagtgttcggtgtgcgagcgttttgtgttctggtatcacggcggtttttactggagtaaaataacatgcagttcctgttaacttactgcatgctagatagtagttcctaaaaaactgctggaggagttttcatctttggaatgtctttctttttaactaatgttaataattaagagtatccgtattttatgtttgtgttttaataagtttataatattcatacaaagatgaccaacaaagtataaagagttaaccaca
gi|11 : actactagcAGGAAACCT-TTTTTTAT--C--GCC--------------A--TCT-GTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGC-CCCCCTGACACCCTTACGACGCAGAGacccactacatgatagcgacgatgatgcaagatattactctcttgaaaactcccgtaagtgtg
gi|12 : cCCTTGTTGACA---ATGTAACT-C--C-ACGA--A---ATAG-----ACCAT-CGAA-TTAC--AATGTTTGT-GAGAGGTCT-TGG-GGTC-A----ATA-A--TTGAA--CGATcatatagta
gi|13 : TT-TGCGGA-G-CATT---GTGGGAA--A-GCCAG-GGTACCGGGC
gi|14 : taacttctgtctacggatgacgtcgtaACCGTGCC-A-GAGAA---ATAG-----GTCAT-CGAATTTACGTAACAC--GT-GAGA-TTCT-TGA-GGCC-A----AAT-A--TTGGggccagggta
gi|2 : AGGAAAC---TTTTTTAT--C--GCCTTGGTGT------CAAATCCAGTA-GTCA--ACGA--ACT---AGCA---TGGT-CCCC-TGACTCCCTTGCGACGC--AGA----GCAT---------A--TAGTATGG--------GACGG-----GAGAAC-A-GAATCTCAATG-A-ACGTGAA---AT---GCAGTGGC--AA-AG-TGAGG--CACATT-CAA-TG-CA--CGCGTAAAAAT------AT-TTAAAG-TGGA-CTCACCCCCTT---TTT---AAAATAGA-AGTTTACCG-TACTTAT-ATATAATT--ATTTGTAT-ACAATTTTAAAACTTCT---ATTTTTT-TATGCC---------------TATGAGCGAGTGAA-CAATCTAACAT-GGCACCATGGCCTT-CC-ACA--ATG-CTCAGCAAA--CG-ATCA---ATA------TTC--GTT-TGCAGA-G-CATT---GTGGGAA--G-GCTAG-GGTACCAGGCCTTGTTGGTATTAATAGAACCGT--C-ACGAGAA---ATAG-----GTCGC-CGAA-TTACGTAACGG--AT-GAGAAGTCT-TGA-GGTC-A----AAT-A--TTGGA--CGAT--------TTCA--T-TTGTT-A-GGA---GG--------GGTCGG-GA---------TACA-TGCTG--TTCA---ATTCTTT-AAAATAGCATAAT--A-GTCC-ATT-T--CTCTAATGGAGGTGT---AACT-T--ATGTATG----CATT-A--CTTTTCTTAATTTATAAAAA-A-AA------AAAAAACA--------------A--TGTTTACAAC-GTTACA-CAGCTAAAA-A-A------T--TTAATA----TT-TG-A---AATGGTTGC-AAC---TTTATC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGT---A------TATGGTAAACAA
gi|4 : -GGTC-ACAGTAGT-A--TTGGGATCGATAA------TTCAAATGTTGTC-ATGAA---GGAG------GGTCGT-GAACTGCCATATCCAATGCTAGATTCACACATTCTTTCAAAAT-GCACTATTAA-GTCCCATA-TAGCTCTTA-------GT---AA-------TGCA-------ATT-AACCTTTTCTTAATTAA-AAAAACA-AA------AACAACCAAATCGTATTCAATGA--TGTTTACACC-ACCACA--GGCTAAAATA-A------TTGTTAATATATCTT-TG-ACATAATGGTTGTGACCCGTCCTTATGCATGG-ACTAAGTT--CA----AGT---AGAATTTTATGATGATCAAt
gi|5 : T-TAA-GGTC-A----AATTA--TTGGA--CGATCGGACAACTTCA--T-TTCTT-G-GGA---AG--------TTTCGG-GA---------TTCA-TCCTG--CGTA---AATCTTTCAAAATAGCAAAAC--A-ACCT-ATTCT--CTCTAATGAACATGT---AACT-T--ATGCATA----CGCT-A--CTTTTCTC-AT-----AAAA-A-AA------TATGATC--------------------------AC-GTTACA-CAACTAAAA-AGA------TG-TTGACA----TTGTA-AC--AAC--TTGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-AAGTT--CA----AGT---A------
gi|7 : agtcctgGC-ACC---CCTAAC---TGG-AC-GAGTT--CA----AGA---A------TAgacccacttgaataacaagtaagtgatagagacgatga
gi|8 : tgcta--CTCTAGTGAACGTGT---AACT-T--ATGCGCA----TATT-A--TTTTTCT---TTTA-CGGAA-GTAA------AATAATTA--------------ATTTTTTTGTAAT-GCTACA-CAACTAAAA-A-A---------AAAATAG---TT-TA-AC----TGTTTGC-ATC---CCCAAC---TGG-AA-GAGTT--CA----Aacccactatacatgatagcgacgatgaagcaagatattacttctcttgagaactccgtaagtgtgaatatttttcgcagcatagaattaagaccttctcctgaagacctcatgaaaaactgttactc
gi|9 : GTGCCCTGGCCTT-CCCACA--ATG-CTCCGCAAA--CG-ACCAGGCCTTCCCACAATG--CTC-CGCAAACGCCCTT---GTGGGAA--G-GCCAG-GGCACCTAGC-----TAG------TAGAACCAT--T-AC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): GCTTCAATCAGTATTTGTTTATAAACTTACAACCTACAAGTTTTGGCTTGACATAGTCACACTGGTTAAATTGTGTATTTCAATAGACACACGTACATGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACAATTTTTCACGTTTACCGGACAGTAAACATGCATTCCTTGTTAACTAATTACTGAATGCTAATTAGTAGTTTCCTAAAACTGCTTGGAGGAGTTTCATTTGTAATTCTTCTTATAATAAAATAACATACCCGTACTTTTTTTTGTTTGTTAATAAGTTAATATCATACAGAAATGACCAACAAAATAAA
Unaligned ( gi|6 ): TCATATCGTTTCATTTAATAAACTTACAACATCTACAAGTTTTTGGGCTTGAACCTCTACCTACGTTCTAGCCACTACTTTGAGCTTCCTTGTGAGTATTTTTGTGTATGTTGTTGTCATAGTATTCCCAACGCTATGGTCGTGTACTATCCACGGCATTTCAGCTTCGAATAAGTGTCGTTTCACGA
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAAGCGCTAGCTATGCTTGACTCAGCGTTATTGTCAGCGCGACAGAA
Unaligned ( gi|16 ): AAACCAATTTATTCCTGTTGCAAAATAGTATAAAAACTACT