lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333 11 111111 111111 44444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 66666666666666666666666666 1 11 4444444 11 111111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1111 2222 11 1 2222222 1 1111 111
lowQualScore : 5 4 3 3 3 55 99999 3 3 3 77 3 3 555 44 3 77 3 999 555 3 3 1 55555555555555555 11 4 00 4 0 0 000000 8888 4 55 44 4 111111 55 4 99999999999999999999 4 8 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 0000 99999999999999999999999999 3 7 5 1 55 1 9999999 11 777777 000 99 6 6 2 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 88 7777 6 6 1 5 77 99 6 0000 00 8 0 9 2 3 2 8888888 0 0000 6 444
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . .. . . ... .. . .. . ... ... . . . ................. .. . .. . . . ...... .... . .. .. . ...... .. . .................... . . ................................................................................... . .... .......................... . . . . .. . ....... .. ...... ... .. . . . . .................................................................... .. .. .... . . . . .. .. . .... .. . . . . . . ....... . .... . ...
lowQualScore : 0 4 6 6 6 00 11111 6 6 3 66 3 3 999 66 3 99 3 888 888 6 6 2 33333333333333333 77 0 66 4 8 8 777777 5555 0 55 99 0 555555 55 4 99999999999999999999 4 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1111 00000000000000000000000000 0 3 7 4 77 0 8888888 00 222222 888 88 7 7 5 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 88 0000 7 7 0 7 99 22 7 8888 77 0 0 8 5 2 5 2222222 0 2222 0 777
consensus : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A-CA--GT-----------T-AT-TGT-ACA-GAGTTCCAAGTTTGCA-G-G----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTGNAGGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--TAGATA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTATA-A----------------T-A--ATT-A-----------------GA-TC--ACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATG--CA-GAAT-TGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
Reference ( gi|2 ) : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAC-TCACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A-CA--GT-----------TAAT-TGT-ACA-GAGTTCCAAGTTGGCA-G-G----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTGCTGGGAAGATCAGAAATAGAGGGATTGGAG-AATG-AC--TAGATATTGAG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTATA-A----------------T-A--AT--------------------GA-TC--ACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATG--CA-GAAT-TGTGAG-TATTAATATAAAGTACA
gi|8 : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A-CA--G---------------T-TGT-ACA-GAGTTCCAAGTTTGCA-G-G----------------------TACAAGCATTAAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA------ACAAT---------T
gi|18 : TAAT-A-CGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAG-CCGCA-AGG-GGCA--TCAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---
gi|17 : atgatactTGATCA-TGATT-TAATTG-ACC--A-----AT-T--T-GGACCTCACACAGG-GGCA--ACAATA--TA-C-A--AG-AACA--TTTA-GATT---A-G-AAAC
gi|24 : atacTAAT-A-TGATT-TA-TTG-CCC--A-----AT-T-AT-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATA--
gi|1 : atgataGAT-ACTGAAT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATACTTC-CAA--AGAAACGATTTTATGATT---A-G-AAACT--TTTTG---A-----CAAAA--ACATTC--A-TGCATATT-C-GT-TGC----A-TGTTT-TC-A------TA--A-CA--G---------------T-TGTAACACGAGTTCCAAGTTTTCA-G-GTC--------------------TAC-------AAG----------C---------------AT-----TAACGTTTTTTGT-GTA---AATACAAG---------TTA-----GC------GATCAGAAATTGAGGGACTGGAG-AATATAC--TAAGAACTAAGGTCACA--TT---TAAAAT--ATA-ATACCAACTCCTGAGGCATATATACTGGCCTACATGATTGTATA-AATACTTGTTTACTTTTC-A--AT--------------------GATTC--ACAGGAA----CTGCAAAAGAACTACCA-GGGACGAGTGCCTTTGAAGAACT--CTTAATATTGA----TATTAGATTACGATATCACCCTGTAATCAAT---CAGGAAT-TGTGAGATGGTGATATAATATACA
gi|26 : tatgataGAT-A-AGATT-TA-CTG-ACC--A-----A-------------------GG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--GTTAT
gi|13 : AT-A-TCATT-TA-T-G-ACCCAG-----AT-T-ATCGGAC-CCACA-AGGTGGCA---CAATA--CA-GTATCAT-AACA--TT-AT-ATT---A-G-A--CG--TAT-------------------CATTC--AATGCATATT-C-G--TGC----ATTG--T-AT-A------CA--
gi|4 : at-A-TGATCGTA-TTGGACC--A-----AT-TTAT-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATA--TAGCAAC-AA-AACA---TTATGATT---A-GAAAACG--TTTGGTTAA-----CAAAAGAACATTCA-A-TGCATATT---G--TGA----G-TG--T-ACAA------TA--A-CA--GT--------------T-TGT-ACA-GAGTTCCAAGTTTGCA-G-GGTACACAAAGCATATACATAATTAT-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TGTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGC----GC-------ATCAGAAATAAAGGGACTGGAGAAATGCACTATAGATA---AGT-CACATTTT---T-TAATCAGTA-ATACT-ACTCga
gi|11 : gttgatatgaata-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-C-AT-GGAC-TTATG-AGG-GACA-------A--TA-CAA--AG-AACA--TTTACGATTATAA-G-AAAC----AT-----G-----C-TAAG-ACATTT--G-TTC--ATT-CAA--TAC----A-TT--T--T-A------TA--A-TATTGT-----------CAAT-GGA-AAA-GAG
gi|16 : ttGATC-TA-CTG-ACC--A-----AT-T-AC-AGAC-CCACA-AGG-AGTAATACAATA--CA-AAA--AA-AAAA---TCATGATT---ATG-AGACGTATAT-----A-----CATAAG-Aa
gi|5 : TT-TA-TTG-ACC--ATATATATAT-AT-GGAC-CGACA-CGG-GGCA--AAAATA--TA-CAA--AG-GACA-------------------------TAT-----A-----CAAAGG-ACATTC--G-T---TATT-A-GAAAGCAAAAA-TA--T-AC-A------AAGGA-CA---T-----------TCAT-TAT--TA-GAGACCTAATTT-------G----------------------TAT-------AAA----------A---------------G--------A-G--TTCTGT-TCACACAATACAATATAGATTTATTGTGAGTGAAGGGAAGG-CAACAA---------TGAAA-AAAG-AC--TA------GAA--CATA--TT---T---AT---TA-CTGCC-A------AGGCATACACA--TACATA
gi|9 : T-GGAC-CCACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-GACA--TTTATG-----------------------------------------TTC--A-TGCACA---C-A--TGT----A-TG--T-CT-A------CA--A-GA--GT-----------TCAC-AGT-ACA-GAAT------TTGGAA-ATG----------------------TAC-------ATG----------T---------------AT-----GC-----TTTTAT---------CACTGT---------TT--------TGTCAGCATCATACATAGAGGGACCGGAG-A----AC--TAGAtggtac
gi|6 : A-CAA--AA-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TTTGTAA-A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A-CA--GT-----------T-----GT-ACA-GAGTTCCAAGTTTGCA-G-G----------------------TAC-------AAG----------CATATCAATTATAAGCGT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGA------------TCAGAAATAAAGGGACTGGAG-AATG-ACTATAGATA---AG--CACA--TT---T-TAAT--ATA-ATACT-ACT
gi|14 : T---A-G-AAACA--TGT-----ATCAGTCAAAAG-ACATTCGAA-TGCGTA-----G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A-TA---T-----------CAGTCTGT-ACC-G---TTCAAGT---CA-A-GTAA-------------------TAC-------AAA--------------------------GT-----G-G-G--TATTGTAGTG---AA
gi|12 : ATTAC-G--TGC----A-TG--TGAC-AGGCGTGTA--ACCA--GTTGTATGGTAAATAAC-TG--ACATGAGTTCCAAGTTTGCACT-G----------------------TGC-------AAGCATTGGAAAAC---------------GT-----GCA-G--TTTGTT-GTA---Aagac
gi|3 : atacaacaagCA-G-G----------------------TAC-------AAG----------C---------------ATTGAGAACA-T--TTTTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--TAGATA---AG--CACA--ATACAT-ACAT--ATGGATACC-ACTTCTGAGGCATATATA----CATACA----GGTATA-A----------------T-A--ATTAATTATAATTTTAAGAGTTAA-TC--ACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGAAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTTGA-TATGAT-TCTCCCTTT---------------AT-TGTGAA-TGTTGATAT--AGTACAta
gi|21 : gttttTTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--TAGtatcaaatctggttacaaacgtgcagaagagaccaggagagagtt
gi|7 : ---T-AAAT--ATG----CC-A-TCCTGAG---TAAATA--AAGGT---------TTTA-A----------------T-ATCAT--------------------TA-TTTTAC--GAATCATCGGC-AAAGAA-CACCAGGAGAC-AGTGC--ATGAAAATCT--CTTCATGTT-A----TAT--AA-TTTGAT-AC-------AATGAATGTCCA-TAATATATAAG-TAn
gi|10 : attgc--GATATA-A----TGTACATA----------------TCA--ATTCA-----------------GG-TT--ACA-AAT----GTGC-AGAAGA-GACCAGGGGAC-GGTGC--TTAAcaattcatcaaatctggtttagatctaacttgaaaatgtgcatgaagagagaccccagggg
gi|22 : agtgcttgagaatctcttaatattactgatattagatatgattctccctgtaatcaatgcagaattgtgagtggt--------------------GA-TC--ACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAAGGGAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAAAATT-A----TGT---A-TAT
gi|25 : C-AAAGGA-TACTAGGGGAC-AATGC--TTGAGAATCTCACTTGATACT-AC---TATTA
gi|10 : -AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-ACTGATATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATG--CA-GAAT-TGTGAG-TGGTGATATAATGTACAa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTACTTTGTCACTACTTGATATACACTACATGCAGGACCACATTGAAAACTAGCTGTATTGCTAAATATGCCATCCTGAATAAATAAATGTCTTATT
Unaligned ( gi|19 ): TGCAGGACCACACTGAAAACTAGTTATATGGTTATTTGTGTCATTCTGTGCATTATAAATGTAATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GACTACATTGTAAACAAGTACACTTTACTAAATGTGCCATCCTATATAAATAAAGAATTTATTAT
Unaligned ( gi|23 ): CAGAATCTTGCAAGATCATTTGGATCACACTGAGATTCTCCCCGTCTCTAATGCAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111 22222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 111111111 3333333333333 1 11 111 11 111111 111 1111111 11 9999999999999999999999999999999999999 1111 1111 1111 1
lowQualScore : 4 4 3 3 3 44 88888 3 3 3 3 3 3 444 44 3 77 3 888 555 3 3 0 777 1 99999999999 0 3 99 4 666 55 3 7777 3 8888 3 000000 55 88888 55555 777777777 4 55 333333333333333333333333333333333333333333 999999999999999999 4 55 3 8888 777777777 2 6666666666666 1 5 0 33 5 77 111 55 99 222222 888 77 5 4 444 8888888 8 8 8 11 4444444444444444444444444444444444444 6 4444 5 5 5 66 77 5 7777 66 6 8 3 2222 0 2 66
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . . . . ... .. . .. . ... ... . . . ... . ........... . . .. . ... .. . .... . .... . ...... .. ..... ..... ......... . .. .......................................... .................. . .. . .... ......... . ............. . . . .. . .. ... .. .. ...... ... .. . . ... ....... . . . .. ..................................... . .... . . . .. .. . .... .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 4 0 3 3 3 66 33333 3 3 1 1 1 1 888 22 1 33 1 444 444 3 3 3 888 6 99999999999 1 6 55 0 444 00 6 7777 6 6666 6 555555 00 55555 99999 888888888 4 66 666666666666666666666666666666666666666666 888888888888888888 0 00 6 4444 888888888 5 4444444444444 0 0 0 88 0 99 777 88 22 111111 000 11 7 3 333 4444444 0 0 0 00 8888888888888888888888888888888888888 7 2222 7 7 0 99 99 7 9999 66 7 0 2 0000 0 5 88
consensus : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG--AGGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
Reference ( family-630 ) : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-NAGGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
gi|1 : GAT-ACTGAAT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATACTTC-CAA--AGAAACGATTTTATGATT---A-G-AAACT--TTTTG---A-----CAAAA--ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TTGC----A-TGT-TTTC-A------TA--A---C-AGTT--GTAACA---------C--GAGTTCCAAGTTTTCA-GG----------------------TCTAC---------------AAG----------CAT-----TAACGTTTTTTGT-GTA---AATACAAG---------TT---AGCG---------ATCAGAAATTGAGGGACTGGAG-AATATAC--TAAGAACTA---AGGTCACA--TT---TAAAAT--ATA-ATACCAACTCCTGAGGCATATATACTGGCCTACATGATTGTATAA-AT-A--CTT-GTTTACTTTTCAATG------------------ATTCACAGGAA----CTGCAAAAGAACTACCA-GGGACGAGTGCCTTTGAAGAACT--CTTAATATTGA----TATTAGATTACGATATCACCCTGTAATCAAT-CAGGAATTGTGAGATGGTGATATAATATACA
gi|10 : tatgata-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-ACTGATATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
gi|10 : --GATATA-A----TGTAC-ATATCA--ATTCA-------------G------------------G-TTACA-AAT----GTGC-AGAAGA-GACCAGGGGAC-GGTGC--TTAAtatcaattcaggttacaaatgtgcagaagagaccaggggacggtgcttaa
gi|11 : agtgcttgagaatctcttaatattactgatattagatatgattctccctgtaatcaatgcagaattgtgagtggt-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-C-AT-GGACT-TATG-AGG-GACA-------A--TA-CAA--AGAA-CA--TTTACGATTATAA-G-AAAC----AT-----G-----C-TAAG-ACATTT--G-TTC--ATT-CAA--T-AC----A-TTT----T-A------TA--A--------T--ATTGT
gi|12 : ttATTAC-G--T-GC----A-TGTGA--C-AGGCGTGTA--A---CCAGTTGTATGGTAAATAACTGACATGAGTTCCAAGTTTGCACTG----------------------T--GC---------------AAGCATTGGAAAACGT-----GCA-GTTTG--TT-GTA---Acaatggaaaagaga
gi|13 : atacaacaagAT-A-TCATT-TA-T-G-ACCCAG-----AT-T-ATCGGACC-CACA-AGGTGGCA---CAATA--CA-GTATCATAA-CA--TT-AT-ATT---A-G-A--CG--TAT-------------------CATTC--AATGCATATT-C-G--T-GC----ATTGT-A--T-A------CA--ta
gi|14 : atT---A-G-AAACA--TGT-----ATCAGTCAAAAG-ACATTCGAA-TGCGTA-----G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--ATATC-AGT----CTGTA---------CC-G---TTCAAGT---CA-AGTAA-------------------T--AC---------------AAA-----------GT-----G-G-GTATT--GTAGTG---AAga
gi|16 : GATC-TA-CTG-ACC--A-----AT-T-AC-AGACC-CACA-AGG-AGTAATACAATA--CA-AAA--AAAA-AA---TCATGATT---ATG-AGACGTATAT-----A-----CATAAG-Aagac
gi|17 : TGATCA-TGATT-TAATTG-ACC--A-----AT-T--T-GGACCTCACACAGG-GGCA--ACAATA--TA-C-A--AGAA-CA--TTTA-GATT---A-G-AAAC
gi|18 : atacTAAT-A-CGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAGC-CGCA-AGG-GGCA--TCAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---
gi|2 : atgatactTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACT-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTTA-ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTGGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-CTGGGAAGATCAGAAATAGAGGGATTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TATTGAG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--AT----------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TATTAATATAAAGTACA
gi|21 : TT--GT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTG-GAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AG
gi|22 : -------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAAGGGAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAAAATT-A----TGT---A-TATn
gi|24 : TAAT-A-TGATT-TA-TTG-CCC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--
gi|25 : atgataC-AAAGGA-TACTAGGGGAC-AATGC--TTGAGAATCTCACTTGATACT-AC---TATTA
gi|26 : GAT-A-AGATT-TA-CTG-ACC--A-----A-------------------GG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--GTTATa
gi|3 : GTTTTCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CATTGAGAACA-TTTTT--GT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTG-GAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--ATACAT-ACAT--ATGGATACC-ACTTCTGAGGCATATATA----CATACA----GGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------ATTATAATTTTAAGAGTTAA-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGAAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTTGA-TATGAT-TCTCCCTTT-------------ATTGTGAA-TGTTGATATA--GTACA
gi|4 : -A-TGATCGTA-TTGGACC--A-----AT-TTAT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TAGCAAC-AAAA-CA---TTATGATT---A-GAAAACG--TTTGGTTAA-----CAAAAGAACATTCA-A-TGCATATT---G--T-GA----G-TGT-A--CAA------TA--A---C-AGT----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GGGTACACAAAGCATATACATAATT--AT---------------AAG----------CGT-----GCA-GTGTT--GT-GTA---AATACAAT---------TTGCG------------CATCAGAAATAAAGGGACTGGAGAAATGCACTAT-AGA--TA---AGT-CACATTTT---T-TAATCAGTA-ATACT-ACTCtatcaaatctggttacaaacgtgcagaagagaccaggagagagtt
gi|5 : gttgatatgaataTT-TA-TTG-ACC--ATATATATAT-AT-GGACC-GACA-CGG-GGCA--AAAATA--TA-CAA--AGGA-CA-------------------------TAT-----A-----CAAAGG-ACATTC--G-T---TATT-A-GAAA-GCAAAAA-TAT-A--C-A------AAGGA---C-ATTC--ATTAT----------TA-GAGACCTAA-TTTGTA-------------------------T--AA---------------AAG--------------------A-GTTCT--GT-TCACACAATACAATATAGATTTATTGTGAGTG-AAGGGAAGGCAACAA----------TGAAA-AAAG-AC--T-AG--------AA--CATA--TT---T---AT---TA-CTGCC-A------AGGCATACACA--TACATA
gi|6 : A-CAA--AAAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TTTGTAA-A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AG-----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--ACAAGCATATCAATTATAAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATACAAT---------TTGCG-------------ATCAGAAATAAAGGGACTGGAG-AATG-ACTAT-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-TAAT--ATA-ATACT-ACTtggtac
gi|7 : ---T-AAAT--ATG----CC-A-TCCTGAG---TAAATA--AAGGT---------TTT-A-AT-ATCATT-A-------------T------------------T-TTAC--GAATCATCGGC-AAAGAA-CACCAGGAGAC-AGTGC--ATGAAAATCT--CTTCATGTT-A----TAT--AA-TTTGAT-
gi|8 : attgcTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AG-----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--ACAAGCATT--------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA------ACAAT---------Tacaatgaatgtccataatatataagtacaattcatcaaatctggtttagatctaacttgaaaatgtgcatgaagagagaccccagggg
gi|9 : T-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGGA-CA--TTTATG-----------------------------------------TTC--A-TGCACA---C-A--T-GT----A-TGT-C--T-A------CA--A---G-AGTTC-ACAGTA---------CA-GAATTTGGAA-----A-TG----------------------T--AC---------------ATG----------TAT-----GC---TTTT--AT---------CACTGT---------TT-----TGTCAG----CATCATACATAGAGGGACCGGAG-A----AC--T-AGA--
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTACTTTGTCACTACTTGATATACACTACATGCAGGACCACATTGAAAACTAGCTGTATTGCTAAATATGCCATCCTGAATAAATAAATGTCTTATT
Unaligned ( gi|19 ): TGCAGGACCACACTGAAAACTAGTTATATGGTTATTTGTGTCATTCTGTGCATTATAAATGTAATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GACTACATTGTAAACAAGTACACTTTACTAAATGTGCCATCCTATATAAATAAAGAATTTATTAT
Unaligned ( gi|23 ): CAGAATCTTGCAAGATCATTTGGATCACACTGAGATTCTCCCCGTCTCTAATGCAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111 2222 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 4444444444444 1 11 111 11 111111 111 1111111 11 9999999999999999999999999999999999999 1111 1111 1111 1
lowQualScore : 4 4 3 3 3 44 88888 3 3 3 3 3 3 444 44 3 77 3 888 555 3 3 0 777 1 99999999999 0 3 99 4 666 88 7777 3 55 3 3 000000 55 88888 2222 1 777777777 4 55 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 55 3 8888 777777777 1 4444444444444 1 5 0 33 5 77 111 55 99 222222 888 77 5 4 444 8888888 8 8 8 11 4444444444444444444444444444444444444 6 4444 5 5 5 66 77 5 7777 66 6 8 3 2222 0 1 66
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . . . . ... .. . .. . ... ... . . . ... . ........... . . .. . ... .. .... . .. . . ...... .. ..... .... . ......... . .. .................................................................... . .. . .... ......... . ............. . . . .. . .. ... .. .. ...... ... .. . . ... ....... . . . .. ..................................... . .... . . . .. .. . .... .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 4 0 3 3 3 66 33333 3 3 1 1 1 1 888 22 1 33 1 444 444 3 3 3 888 6 99999999999 1 6 55 0 444 66 7777 6 00 6 6 555555 00 55555 8888 0 888888888 4 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 6 4444 888888888 4 9999999999999 0 0 0 88 0 99 777 88 22 111111 000 11 7 3 333 4444444 0 0 0 00 8888888888888888888888888888888888888 7 2222 7 7 0 99 99 7 9999 66 7 0 2 0000 0 0 88
consensus : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-A-GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
Reference ( family-630 ) : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-A-GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
gi|1 : GAT-ACTGAAT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATACTTC-CAA--AGAAACGATTTTATGATT---A-G-AAACT--TTTTG---A-----CAAAA--ACATTC--A-TGCATATT-C-GT-TGC----A-TGTTT-TC-A------TA--A---C-AGTT--GTAACA---------C--GAGTTCCAAGTTTTCA-GGTC--------------------TAC-------AAG----------C---------------AT-----TAACGTTTTTTGT-GTA---AATACAAG---------TT---AGCG---------ATCAGAAATTGAGGGACTGGAG-AATATAC--TAAGAACTA---AGGTCACA--TT---TAAAAT--ATA-ATACCAACTCCTGAGGCATATATACTGGCCTACATGATTGTATAA-AT-A--CTT-GTTTACTTTTCAATG------------------ATTCACAGGAA----CTGCAAAAGAACTACCA-GGGACGAGTGCCTTTGAAGAACT--CTTAATATTGA----TATTAGATTACGATATCACCCTGTAATCAAT-CAGGAATTGTGAGATGGTGATATAATATACA
gi|10 : tatgata-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-ACTGATATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
gi|10 : --GATATA-A----TGTAC-ATATCA--ATTCA-------------G------------------G-TTACA-AAT----GTGC-AGAAGA-GACCAGGGGAC-GGTGC--TTAAtatcaattcaggttacaaatgtgcagaagagaccaggggacggtgcttaa
gi|11 : agtgcttgagaatctcttaatattactgatattagatatgattctccctgtaatcaatgcagaattgtgagtggt-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-C-AT-GGACT-TATG-AGG-GACA-------A--TA-CAA--AG-AACA--TTTACGATTATAA-G-AAAC----AT-----G-----C-TAAG-ACATTT--G-TTC--ATT-CAA--TAC----A-TT--T--T-A------TA--A--------T--ATTGT
gi|12 : ttATTAC-G--TGC----A-TG--TGAC-AGGCGTGTA--A---CCAGTTGTATGGTAAATAACTGACATGAGTTCCAAGTTTGCACTG----------------------TGC-------AAGCATTGGAAAAC---------------GT-----GCA-G--TTTGTT-GTA---Acaatggaaaagaga
gi|13 : atacaacaagAT-A-TCATT-TA-T-G-ACCCAG-----AT-T-ATCGGACC-CACA-AGGTGGCA---CAATA--CA-GTATCAT-AACA--TT-AT-ATT---A-G-A--CG--TAT-------------------CATTC--AATGCATATT-C-G--TGC----ATTG--T-AT-A------CA--ta
gi|14 : atT---A-G-AAACA--TGT-----ATCAGTCAAAAG-ACATTCGAA-TGCGTA-----G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--ATATC-AGT----CTGTA---------CC-G---TTCAAGT---CA-AGTAA-------------------TAC-------AAA--------------------------GT-----G-G-G--TATTGTAGTG---AAga
gi|16 : GATC-TA-CTG-ACC--A-----AT-T-AC-AGACC-CACA-AGG-AGTAATACAATA--CA-AAA--AA-AAAA---TCATGATT---ATG-AGACGTATAT-----A-----CATAAG-Aagac
gi|17 : TGATCA-TGATT-TAATTG-ACC--A-----AT-T--T-GGACCTCACACAGG-GGCA--ACAATA--TA-C-A--AG-AACA--TTTA-GATT---A-G-AAAC
gi|18 : atacTAAT-A-CGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAGC-CGCA-AGG-GGCA--TCAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---
gi|2 : atgatactTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACT-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTTA-ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTGGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-CTGGGAAGATCAGAAATAGAGGGATTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TATTGAG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--AT----------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TATTAATATAAAGTACA
gi|21 : TTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGA-GGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AG
gi|22 : -------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAAGGGAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAAAATT-A----TGT---A-TATn
gi|24 : TAAT-A-TGATT-TA-TTG-CCC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--
gi|25 : atgataC-AAAGGA-TACTAGGGGAC-AATGC--TTGAGAATCTCACTTGATACT-AC---TATTA
gi|26 : GAT-A-AGATT-TA-CTG-ACC--A-----A-------------------GG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--GTTATa
gi|3 : GTTTTCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------ATTGAGAACA-T--TTTTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGA-GGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--ATACAT-ACAT--ATGGATACC-ACTTCTGAGGCATATATA----CATACA----GGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------ATTATAATTTTAAGAGTTAA-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGAAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTTGA-TATGAT-TCTCCCTTT-------------ATTGTGAA-TGTTGATATA--GTACA
gi|4 : -A-TGATCGTA-TTGGACC--A-----AT-TTAT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TAGCAAC-AA-AACA---TTATGATT---A-GAAAACG--TTTGGTTAA-----CAAAAGAACATTCA-A-TGCATATT---G--TGA----G-TG--T-ACAA------TA--A---C-AGT----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GGGTACACAAAGCATATACATAATTAT-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TGTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCG------------CATCAGAAATAAAGGGACTGGAGAAATGCACTAT-AGA--TA---AGT-CACATTTT---T-TAATCAGTA-ATACT-ACTCtatcaaatctggttacaaacgtgcagaagagaccaggagagagtt
gi|5 : gttgatatgaataTT-TA-TTG-ACC--ATATATATAT-AT-GGACC-GACA-CGG-GGCA--AAAATA--TA-CAA--AG-GACA-------------------------TAT-----A-----CAAAGG-ACATTC--G-T---TATT-A-GAAAGCAAAAA-TA--T-AC-A------AAGGA---C-ATTC--ATTAT----------TA-GAGACCTAA-TTTGTA-------------------------TAA-------AAG-----------------------------------A-G--TTCTGT-TCACACAATACAATATAGATTTATTGTGAGTGAA-GGGAAGGCAACAA----------TGAAA-AAAG-AC--T-AG--------AA--CATA--TT---T---AT---TA-CTGCC-A------AGGCATACACA--TACATA
gi|6 : A-CAA--AA-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TTTGTAA-A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT-----GTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------CATATCAATTATAAGCGT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCG-------------ATCAGAAATAAAGGGACTGGAG-AATG-ACTAT-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-TAAT--ATA-ATACT-ACTtggtac
gi|7 : ---T-AAAT--ATG----CC-A-TCCTGAG---TAAATA--AAGGT---------TTT-A-AT-ATCATT-A-------------T------------------T-TTAC--GAATCATCGGC-AAAGAA-CACCAGGAGAC-AGTGC--ATGAAAATCT--CTTCATGTT-A----TAT--AA-TTTGAT-
gi|8 : attgcTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AG-----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TACAAGCATTAAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA------ACAAT---------Tacaatgaatgtccataatatataagtacaattcatcaaatctggtttagatctaacttgaaaatgtgcatgaagagagaccccagggg
gi|9 : T-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-GACA--TTTATG-----------------------------------------TTC--A-TGCACA---C-A--TGT----A-TG--T-CT-A------CA--A---G-AGTTC-ACAGTA---------CA-GAATTTGGAA-----A-TG----------------------TAC-------ATG----------T---------------AT-----GC-----TTTTAT---------CACTGT---------TTT---GTC-A-G----CATCATACATAGAGGGACCGGAG-A----AC--T-AGA--
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTACTTTGTCACTACTTGATATACACTACATGCAGGACCACATTGAAAACTAGCTGTATTGCTAAATATGCCATCCTGAATAAATAAATGTCTTATT
Unaligned ( gi|19 ): TGCAGGACCACACTGAAAACTAGTTATATGGTTATTTGTGTCATTCTGTGCATTATAAATGTAATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GACTACATTGTAAACAAGTACACTTTACTAAATGTGCCATCCTATATAAATAAAGAATTTATTAT
Unaligned ( gi|23 ): CAGAATCTTGCAAGATCATTTGGATCACACTGAGATTCTCCCCGTCTCTAATGCAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111 2222 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 4444444444444 1 11 111 11 111111 111 1111111 11 9999999999999999999999999999999999999 1111 1111 1111 1
lowQualScore : 4 4 3 3 3 44 88888 3 3 3 3 3 3 444 44 3 77 3 888 555 3 3 0 777 1 99999999999 0 3 99 4 666 88 7777 3 55 3 3 000000 55 88888 2222 1 777777777 4 55 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 55 3 8888 777777777 1 4444444444444 1 5 0 33 5 77 111 55 99 222222 888 77 5 4 444 8888888 8 8 8 11 4444444444444444444444444444444444444 6 4444 5 5 5 66 77 5 7777 66 6 8 3 2222 0 1 66
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . . . . ... .. . .. . ... ... . . . ... . ........... . . .. . ... .. .... . .. . . ...... .. ..... .... . ......... . .. .................................................................... . .. . .... ......... . ............. . . . .. . .. ... .. .. ...... ... .. . . ... ....... . . . .. ..................................... . .... . . . .. .. . .... .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 4 0 3 3 3 66 33333 3 3 1 1 1 1 888 22 1 33 1 444 444 3 3 3 888 6 99999999999 1 6 55 0 444 66 7777 6 00 6 6 555555 00 55555 8888 0 888888888 4 66 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 6 4444 888888888 4 9999999999999 0 0 0 88 0 99 777 88 22 111111 000 11 7 3 333 4444444 0 0 0 00 8888888888888888888888888888888888888 7 2222 7 7 0 99 99 7 9999 66 7 0 2 0000 0 0 88
consensus : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-A-GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
Reference ( family-630 ) : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-A-GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
gi|1 : GAT-ACTGAAT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATACTTC-CAA--AGAAACGATTTTATGATT---A-G-AAACT--TTTTG---A-----CAAAA--ACATTC--A-TGCATATT-C-GT-TGC----A-TGTTT-TC-A------TA--A---C-AGTT--GTAACA---------C--GAGTTCCAAGTTTTCA-GGTC--------------------TAC-------AAG----------C---------------AT-----TAACGTTTTTTGT-GTA---AATACAAG---------TT---AGCG---------ATCAGAAATTGAGGGACTGGAG-AATATAC--TAAGAACTA---AGGTCACA--TT---TAAAAT--ATA-ATACCAACTCCTGAGGCATATATACTGGCCTACATGATTGTATAA-AT-A--CTT-GTTTACTTTTCAATG------------------ATTCACAGGAA----CTGCAAAAGAACTACCA-GGGACGAGTGCCTTTGAAGAACT--CTTAATATTGA----TATTAGATTACGATATCACCCTGTAATCAAT-CAGGAATTGTGAGATGGTGATATAATATACA
gi|10 : tatgata-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-ACTGATATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
gi|10 : --GATATA-A----TGTAC-ATATCA--ATTCA-------------G------------------G-TTACA-AAT----GTGC-AGAAGA-GACCAGGGGAC-GGTGC--TTAAtatcaattcaggttacaaatgtgcagaagagaccaggggacggtgcttaa
gi|11 : agtgcttgagaatctcttaatattactgatattagatatgattctccctgtaatcaatgcagaattgtgagtggt-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-C-AT-GGACT-TATG-AGG-GACA-------A--TA-CAA--AG-AACA--TTTACGATTATAA-G-AAAC----AT-----G-----C-TAAG-ACATTT--G-TTC--ATT-CAA--TAC----A-TT--T--T-A------TA--A--------T--ATTGT
gi|12 : ttATTAC-G--TGC----A-TG--TGAC-AGGCGTGTA--A---CCAGTTGTATGGTAAATAACTGACATGAGTTCCAAGTTTGCACTG----------------------TGC-------AAGCATTGGAAAAC---------------GT-----GCA-G--TTTGTT-GTA---Acaatggaaaagaga
gi|13 : atacaacaagAT-A-TCATT-TA-T-G-ACCCAG-----AT-T-ATCGGACC-CACA-AGGTGGCA---CAATA--CA-GTATCAT-AACA--TT-AT-ATT---A-G-A--CG--TAT-------------------CATTC--AATGCATATT-C-G--TGC----ATTG--T-AT-A------CA--ta
gi|14 : atT---A-G-AAACA--TGT-----ATCAGTCAAAAG-ACATTCGAA-TGCGTA-----G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--ATATC-AGT----CTGTA---------CC-G---TTCAAGT---CA-AGTAA-------------------TAC-------AAA--------------------------GT-----G-G-G--TATTGTAGTG---AAga
gi|16 : GATC-TA-CTG-ACC--A-----AT-T-AC-AGACC-CACA-AGG-AGTAATACAATA--CA-AAA--AA-AAAA---TCATGATT---ATG-AGACGTATAT-----A-----CATAAG-Aagac
gi|17 : TGATCA-TGATT-TAATTG-ACC--A-----AT-T--T-GGACCTCACACAGG-GGCA--ACAATA--TA-C-A--AG-AACA--TTTA-GATT---A-G-AAAC
gi|18 : atacTAAT-A-CGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAGC-CGCA-AGG-GGCA--TCAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---
gi|2 : atgatactTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACT-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTTA-ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTGGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-CTGGGAAGATCAGAAATAGAGGGATTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TATTGAG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--AT----------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TATTAATATAAAGTACA
gi|21 : TTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGA-GGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AG
gi|22 : -------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAAGGGAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAAAATT-A----TGT---A-TATn
gi|24 : TAAT-A-TGATT-TA-TTG-CCC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--
gi|25 : atgataC-AAAGGA-TACTAGGGGAC-AATGC--TTGAGAATCTCACTTGATACT-AC---TATTA
gi|26 : GAT-A-AGATT-TA-CTG-ACC--A-----A-------------------GG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--GTTATa
gi|3 : GTTTTCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------ATTGAGAACA-T--TTTTGT-GTA---CATACAAT---------TTGCGAGTGGA-GGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--ATACAT-ACAT--ATGGATACC-ACTTCTGAGGCATATATA----CATACA----GGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------ATTATAATTTTAAGAGTTAA-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGAAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTTGA-TATGAT-TCTCCCTTT-------------ATTGTGAA-TGTTGATATA--GTACA
gi|4 : -A-TGATCGTA-TTGGACC--A-----AT-TTAT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TAGCAAC-AA-AACA---TTATGATT---A-GAAAACG--TTTGGTTAA-----CAAAAGAACATTCA-A-TGCATATT---G--TGA----G-TG--T-ACAA------TA--A---C-AGT----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GGGTACACAAAGCATATACATAATTAT-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TGTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCG------------CATCAGAAATAAAGGGACTGGAGAAATGCACTAT-AGA--TA---AGT-CACATTTT---T-TAATCAGTA-ATACT-ACTCtatcaaatctggttacaaacgtgcagaagagaccaggagagagtt
gi|5 : gttgatatgaataTT-TA-TTG-ACC--ATATATATAT-AT-GGACC-GACA-CGG-GGCA--AAAATA--TA-CAA--AG-GACA-------------------------TAT-----A-----CAAAGG-ACATTC--G-T---TATT-A-GAAAGCAAAAA-TA--T-AC-A------AAGGA---C-ATTC--ATTAT----------TA-GAGACCTAA-TTTGTA-------------------------TAA-------AAG-----------------------------------A-G--TTCTGT-TCACACAATACAATATAGATTTATTGTGAGTGAA-GGGAAGGCAACAA----------TGAAA-AAAG-AC--T-AG--------AA--CATA--TT---T---AT---TA-CTGCC-A------AGGCATACACA--TACATA
gi|6 : A-CAA--AA-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TTTGTAA-A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT-----GTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------CATATCAATTATAAGCGT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCG-------------ATCAGAAATAAAGGGACTGGAG-AATG-ACTAT-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-TAAT--ATA-ATACT-ACTtggtac
gi|7 : ---T-AAAT--ATG----CC-A-TCCTGAG---TAAATA--AAGGT---------TTT-A-AT-ATCATT-A-------------T------------------T-TTAC--GAATCATCGGC-AAAGAA-CACCAGGAGAC-AGTGC--ATGAAAATCT--CTTCATGTT-A----TAT--AA-TTTGAT-
gi|8 : attgcTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AG-----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TACAAGCATTAAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA------ACAAT---------Tacaatgaatgtccataatatataagtacaattcatcaaatctggtttagatctaacttgaaaatgtgcatgaagagagaccccagggg
gi|9 : T-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-GACA--TTTATG-----------------------------------------TTC--A-TGCACA---C-A--TGT----A-TG--T-CT-A------CA--A---G-AGTTC-ACAGTA---------CA-GAATTTGGAA-----A-TG----------------------TAC-------ATG----------T---------------AT-----GC-----TTTTAT---------CACTGT---------TTT---GTC-A-G----CATCATACATAGAGGGACCGGAG-A----AC--T-AGA--
blockSeqs : C . G A G CA TATAT A T C T C T ATA . G TC . T ATA T A GTA A ATCAGT A GA A CA AA AAAA T . G A GGCGTG GG TATC TGTA T AATAACTGA T CT GTACACAAAGCATATACATAATTATAAGCGT . . A CACA ATAGATTTA C AGTGCTGGGAAG G A C TA . . TTG T TT ACATA CAG GA . C G CAT . T C TC TAATTATAATTTTAAGAGTTAA . TCAT . . . . CA . CTGA TA . . A GCA . G AT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . C . T . . . G A GGTTAA . A . AC . . . . . . . . CC TAA G . . A TACAAGCATATCAATTATAAGCGT . . . A . C AGTGGAGGGAAT C . . TA . . . . . TA A A . C G CAG . . . . TCAGG . . . . . . . . C TA . . A GCA . T AA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . A G GTAAA . . . C . . . . . . . . C TCA T . . G TGCAAGCATTGGAAAACGT . . . A . C AGTGGAGGGAAT C . . . . . . . . TT A A . C T AT . . . . TATT . . . . . . . . . TA . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . G A G . . . C . . . . . . . . C TA T . . G TACAAGCATTAAGCGT . . . A . C AGTGAAGGGAAG G . . . . . . . . TT A C . C A . . . . . GA . . . . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . G A A . . . A . . . . . . . . C CA T . . G TACAAGCATTGAGA . . . C . T GTCAGC C . . . . . . . . TA A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . G T A . . . C . . . . . . . . C T T . . G TAATACAAAGT . . . C . C C G . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . G A A . . . C . . . . . . . . C . T . . G TACAAGCGT . . . A . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . T A . . . C . . . . . . . . G . A . . T TACATGTAT . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAAAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** T** A********** ** ** TA** ** AGTGGAGGGAAN* ** ** TN**** G** A****** TA*********************************** **
originalCons : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTT--ATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTG-A-GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--GACATACA----TGTAT-A-AT-A--ATT-A-------------G------------------A-TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
finalCons : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AG-AACAT--TTATGATT---A-G-AAACG--TATA----------CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TGC----A-TG--T-AC-A------TA--A---C-AGTTA--TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------TAC-------AAG----------C---------------GT-----GCA-G--TTTTGT-GTA---AATACAAT---------TTGCGAGTGGAGGGAAN-ATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TTTN----AAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATAG--ACATAA------GTAT-A-AT-A--ATTA-----------------------------------TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTACTTTGTCACTACTTGATATACACTACATGCAGGACCACATTGAAAACTAGCTGTATTGCTAAATATGCCATCCTGAATAAATAAATGTCTTATT
Unaligned ( gi|19 ): TGCAGGACCACACTGAAAACTAGTTATATGGTTATTTGTGTCATTCTGTGCATTATAAATGTAATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GACTACATTGTAAACAAGTACACTTTACTAAATGTGCCATCCTATATAAATAAAGAATTTATTAT
Unaligned ( gi|23 ): CAGAATCTTGCAAGATCATTTGGATCACACTGAGATTCTCCCCGTCTCTAATGCAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222 111111 222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111 111111111 3333333333 1 11 111 11 111111 111 2222222 2222 111 111111111111111111111111 1111 1111 1111 1
lowQualScore : 4 4 3 3 3 44 88888 3 3 3 3 3 3 444 44 3 77 3 888 555 3 3 0 777 1 99999999999 0 3 99 4 666 55 3 7777 3 8888 3 000000 55 88888 555555 777777777 4 55 333333333333333333333333333333333333333333 999999999999999999 4 55 3 8888 4 777777777 3 9999999999 1 5 0 33 5 77 111 55 99 666666 000 5 5 4 1111111 7777 111 8 444444444444444444444444 6 4444 5 5 5 66 77 5 7777 66 6 8 3 2222 0 1 66
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . . . . ... .. . .. . ... ... . . . ... . ........... . . .. . ... .. . .... . .... . ...... .. ..... ...... ......... . .. .......................................... .................. . .. . .... . ......... . .......... . . . .. . .. ... .. .. ...... ... . . . ....... .... ... . ........................ . .... . . . .. .. . .... .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 4 0 3 3 3 66 33333 3 3 1 1 1 1 888 22 1 33 1 444 444 3 3 3 888 6 99999999999 1 6 55 0 444 00 6 7777 6 6666 6 555555 00 55555 999999 888888888 4 66 666666666666666666666666666666666666666666 888888888888888888 0 00 6 4444 4 888888888 2 4444444444 0 0 0 88 0 99 777 88 22 888888 888 7 7 3 7777777 7777 888 0 222222222222222222222222 7 2222 7 7 0 99 99 7 9999 66 7 0 2 0000 0 0 88
consensus : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTT--A-TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATAC-AAT---------TTGCGAGTG--GGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--G----ACATA-AT-GTAT-A-AT-AATT---A--------------------TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
Reference ( family-630 ) : TGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTT--A-TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATAC-AAT---------TTGCGAGTGGAGGGAANATCANAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-NAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--G----ACATA-A--GTAT-A-AT-AATT---A--------------------TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGNTGATATAATGTACA
gi|1 : GAT-ACTGAAT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATACTTC-CAA--AGAAACGATTTTATGATT---A-G-AAACT--TTTTG---A-----CAAAA--ACATTC--A-TGCATATT-C-G--TTGC----A-TGT-TTTC-A------TA--A---C-AGTT--G-TAACA---------C--GAGTTCCAAGTTTTCA-GG----------------------TCTAC---------------AAG----------CAT-----TAACGTTTTTTGT-GTA---AATAC-AAG---------TT---AGCG--------ATCAGAAATTGAGGGACTGGAG-AATATAC--TAAGAACTA---AGGTCACA--TT---TAAAAT--ATA-ATACCAACTCCTGAGGCATATATACTGGCCTACATG-ATTGTATAA-AT-ACTT---GTTTACTTTTCAATGAT----TCACAGGAA----CTGCAAAAGAACTACCA-GGGACGAGTGCCTTTGAAGAACT--CTTAATATTGA----TATTAGATTACGATATCACCCTGTAATCAAT-CAGGAATTGTGAGATGGTGATATAATATACA
gi|10 : tatgata-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-ACTGATATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TGGTGATATAATGTACA
gi|10 : --G----ATATA-AT-GTAC-ATATCAATTCAGG--------------------TTACA-AAT----GTGC-AGAAGA-GACCAGGGGAC-GGTGC--TTAAtatcaattcaggttacaaatgtgcagaagagaccaggggacggtgcttaa
gi|11 : agtgcttgagaatctcttaatattactgatattagatatgattctccctgtaatcaatgcagaattgtgagtggt-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-C-AT-GGACT-TATG-AGG-GACA-------A--TA-CAA--AGAA-CA--TTTACGATTATAA-G-AAAC----AT-----G-----C-TAAG-ACATTT--G-TTC--ATT-CAA--T-AC----A-TTT----T-A------TA--A--------T--A-TTGT
gi|12 : ttATTAC-G--T-GC----A-TGTGA--C-AGGCGTGTA--A---CCAGTTGTA-TGGTAAATAACTGACATGAGTTCCAAGTTTGCACTG----------------------T--GC---------------AAGCATTGGAAAACGT-----GCA-GTTTG--TT-GTA---Acaatggaaaagaga
gi|13 : atacaacaagAT-A-TCATT-TA-T-G-ACCCAG-----AT-T-ATCGGACC-CACA-AGGTGGCA---CAATA--CA-GTATCATAA-CA--TT-AT-ATT---A-G-A--CG--TAT-------------------CATTC--AATGCATATT-C-G--T-GC----ATTGT-A--T-A------CA--ta
gi|14 : atT---A-G-AAACA--TGT-----ATCAGTCAAAAG-ACATTCGAA-TGCGTA-----G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--ATATC-AGT-----CTGTA---------CC-G---TTCAAGT---CA-AGTAA-------------------T--AC---------------AAA-----------GT-----G-G-GTATT--GTAGTG---AAga
gi|16 : GATC-TA-CTG-ACC--A-----AT-T-AC-AGACC-CACA-AGG-AGTAATACAATA--CA-AAA--AAAA-AA---TCATGATT---ATG-AGACGTATAT-----A-----CATAAG-Aagac
gi|17 : TGATCA-TGATT-TAATTG-ACC--A-----AT-T--T-GGACCTCACACAGG-GGCA--ACAATA--TA-C-A--AGAA-CA--TTTA-GATT---A-G-AAAC
gi|18 : atacTAAT-A-CGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGAGC-CGCA-AGG-GGCA--TCAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---
gi|2 : atgatactTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACT-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AGTT--AATTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTGGCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATAC-AAT---------TTGCGAGTGCTGGGAAGATCAGAAATAGAGGGATTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TATTGAG--CACA--TT---T-AAAT--ATA-ATACC-ACTCCTGAGGCATATATA--G----ACATACAT-GTAT-A-AT-AATG---A--------------------TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGGAC-AGTGC--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTAGA-TATGAT-TCTCCCTGTAATCAATGCA-GAATTGTGAG-TATTAATATAAAGTACA
gi|21 : TT--GT-GTA---CATAC-AAT---------TTGCGAGTGGAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AG
gi|22 : ---A--------------------TCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAAGGGAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAAAATT-A----TGT---A-TATn
gi|24 : gTAAT-A-TGATT-TA-TTG-CCC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--
gi|25 : atgataC-AAAGGA-TACTAGGGGAC-AATGC--TTGAGAATCTCACTTGATACT-AC---TATTA
gi|26 : GAT-A-AGATT-TA-CTG-ACC--A-----A-------------------GG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--GTTATa
gi|3 : GTTTTCA-GG----------------------T--AC---------------AAG----------CATTGAGAACA-TTTTT--GT-GTA---CATAC-AAT---------TTGCGAGTGGAGGGAATATCACAAATAGAGGGACTGGAG-AATG-AC--T-AGA--TA---AG--CACA--ATACAT-ACAT--ATGGATACC-ACTTCTGAGGCATATATA--C----ATACA-G--GTAT-A-AT-AATT---AATTATAATTTTAAGAGTTAATCACA-GAA----CTGC-AAAGAA-TACCAGGGAAC-AGTGA--TTGAGAATCT--CTTAATATT-A----TATTTGA-TATGAT-TCTCCCTTT-------------ATTGTGAA-TGTTGATATA--GTACA
gi|4 : -A-TGATCGTA-TTGGACC--A-----AT-TTAT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TAGCAAC-AAAA-CA---TTATGATT---A-GAAAACG--TTTGGTTAA-----CAAAAGAACATTCA-A-TGCATATT---G--T-GA----G-TGT-A--CAA------TA--A---C-AGT-----TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GGGTACACAAAGCATATACATAATT--AT---------------AAG----------CGT-----GCA-GTGTT--GT-GTA---AATAC-AAT---------TTGCG-----------CATCAGAAATAAAGGGACTGGAGAAATGCACTAT-AGA--TA---AGT-CACATTTT---T-TAATCAGTA-ATACT-ACTCtatcaaatctggttacaaacgtgcagaagagaccaggagagagtt
gi|5 : gttgatatgaataTT-TA-TTG-ACC--ATATATATAT-AT-GGACC-GACA-CGG-GGCA--AAAATA--TA-CAA--AGGA-CA-------------------------TAT-----A-----CAAAGG-ACATTC--G-T---TATT-A-GAAA-GCAAAAA-TAT-A--C-A------AAGGA---C-ATTC--A-TTAT----------TA-GAGACCTAA-TTTGTA-------------------------T--AA---------------AAG--------------------A-GTTCT--GT-TCACACAATAC-AATATAGATTTATTGTGAGTGAAGGGAAGGCAACAA----------TGAAA-AAAG-AC--T-AG--------AA--CATA--TT---T---AT---TA-CTGCC-A------AGGCATACACA--T----ACATA-
gi|6 : A-CAA--AAAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TTTGTAA-A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AG------TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--ACAAGCATATCAATTATAAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA---AATAC-AAT---------TTGCG------------ATCAGAAATAAAGGGACTGGAG-AATG-ACTAT-AGA--TA---AG--CACA--TT---T-TAAT--ATA-ATACT-ACTtggtac
gi|7 : -ATGCC-A-TCCTGAG-TAAATAAA--G----GTTTT-A--ATAT-C-AT-TATT------------------------TTAC--GAATCATCGGC-AAAGAA-CACCAGGAGAC-AGTGC--ATGAAAATCT--CTTCATGTT-A----TAT--AA-TTTGAT-
gi|8 : attgctaaatTGAT-A-TGATT-TA-TTG-ACC--A-----AT-T-AT-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGAA-CA--TTTATGATT---A-G-AAACG--TAT-----A-----CAAAAG-ACATTC--A-TGCATATT-C-G--T-GC----A-TGT-A--C-A------TA--A---C-AG------TTGTA---------CA-GAGTTCCAAGTTTGCA-GG----------------------T--ACAAGCATT--------AAG----------CGT-----GCA-GTTTT--GT-GTA------AC-AAT---------Tacaatgaatgtccataatatataagtacaattcatcaaatctggtttagatctaacttgaaaatgtgcatgaagagagaccccagggg
gi|9 : T-GGACC-CACA-AGG-GGCA--ACAATA--TA-CAA--AGGA-CA--TTTATG-----------------------------------------TTC--A-TGCACA---C-A--T-GT----A-TGT-C--T-A------CA--A---G-AGTTC-A-CAGTA---------CA-GAATTTGGAA-----A-TG----------------------T--AC---------------ATG----------TAT-----GC---TTTT--AT---------CACTGTT---------TTGTCAG---------CATCATACATAGAGGGACCGGAG-A----AC--T-AGA--
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTACTTTGTCACTACTTGATATACACTACATGCAGGACCACATTGAAAACTAGCTGTATTGCTAAATATGCCATCCTGAATAAATAAATGTCTTATT
Unaligned ( gi|19 ): TGCAGGACCACACTGAAAACTAGTTATATGGTTATTTGTGTCATTCTGTGCATTATAAATGTAATTAC
Unaligned ( gi|20 ): GACTACATTGTAAACAAGTACACTTTACTAAATGTGCCATCCTATATAAATAAAGAATTTATTAT
Unaligned ( gi|23 ): CAGAATCTTGCAAGATCATTTGGATCACACTGAGATTCTCCCCGTCTCTAATGCAAAA