lowQualScore                  :                                                                                                                                                           66666666666666666666666666666666666666666666          11                   1111                                        222           55555555555555555555555555555555555555555555555555         11111          111111  33333333333333          222222222                  444         11                                                                                   1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      3  3 33333333333333333333333333333333333333333333 6666     77     2   2  1 333  7777      88888    22   66666666  777777    333     4  2  00000000000000000000000000000000000000000000000000 1 77    11111          222222  77777777777777     4    222222222 2           8    555 6  99   22   2 0  555  33 2       999999 2 2 333        1 1  1  1      333 1  44      55   2 5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      .  . ............................................ ....     ..     .   .  . ...  ....      .....    ..   ........  ......    ...     .  .  .................................................. . ..    .....          ......  ..............     .    ......... .           .    ... .  ..   ..   . .  ...  .. .       ...... . . ...        . .  .  .      ... .  ..      ..   . .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      0  0 33333333333333333333333333333333333333333333 5555     55     1   0  9 333  0000      00000    66   99999999  444444    333     0  0  22222222222222222222222222222222222222222222222222 6 00    33333          888888  00000000000000     4    888888888 0           2    000 0  22   55   5 5  000  11 2       777777 1 1 777        9 9  9  9      333 9  55      00   1 6       
consensus                     :                                                                                                                                                    TTNTANTGTATATGTGNAAT----AAATGNAATT-A------AC-GCT--NA----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG-AG--GGGG--TGG--------AA------CGCC---GATTT-TT-TT--TTT--TT-C--T--------G-TG-GG-TGG--G-------GGTTG-TTCATTTTTTTCT--GTGGGTGGAG------GGGT------T--G--TTCAT-TTTT------CA-AATTTTTTTCTATTCTTGGGGGTCCCCCCC-CCCCCCGTC---TA--A-AAATCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-CC-TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( gi|3 )            :                                                                                                                                                    TTTTAATGT---TG-GGAAT----GAATGAAATT-A------AC-GCT--AA----GGGCTT-TTCCA-GTA-AA-A---AT--G-ATCTGG-AG--GGGG--TGG--------AA------CGCC---GATTT-TT-TT--TTT--TC-C--T--------G-TG-AG-TGG--G-------GATTG-CTCATTTTTTTTT--GTGGGTGGAG------GGAT------T--T--TTCAT-TTTT------CA-AATTTTTTTTTATCCTTGCCTGCCCCCCCC-CCCCCCGTC---TA--A-AAATCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-CC-TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                    TTGTAAT-T---TGTGGATT----AAATGCAAC---------AC-ACT--TA----GTGCTA-TTCCA-GTA-AA-A----T--T-ATCTGG-AA--GGGA--TGG--------AA------TGCA---GATTT-TT-TT--TTT--CT-CTTT--------G-TA-GG-TGG--------------G-TTCA--TTTTTCA--GAGGGTGGAG------GGGT------T--G--TTCAT-ATTT------C--AATTTTTTTTTCTTCT
gi|5                          :                                                                                                                                   gaaaaacattcaaactaTTTTACTGTATATG-GCAATTTTCAAA--AAGTT-A------GT-GAT--CA----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---CT--T-ACC---------GGG--TGG--------AT------TACT---GATTT-AT-T--------------G--------G-GG-GG-GGG--G-------GGT------ATCTTCTTCT--GTGGATGGAG------AGGT------T--G--CCCAT-TTatagatggggtgggagtgggtttaaaaataagtggcatttcacccctcccagagaatttttactggaatagccct
gi|4                          :                                                                                                                                                                    tgAT----GAGTGCAATT-ATGAGTTAC-GTTGCAATACTGGACCTATTCAA-GTA-AC-A---CTTAG-ATCCGG-AA--GGGGGTTGG--------AA------CAAC---CATTG-TTATT--TTT--TT-C--G--------G-GG-AGGTGG-------------TG-CGAATTTT----T--GTGGGTGAAG------GGTT------TTGT--TTCA---TTT------CC-AATTTTTTTTTTTTCTaaaaatattctctgagttgggggtgatattcagtggcgttccacccctcccagacaatttttagtggaatagccc
gi|10                         :                                                                                                                                                                         aaaaacTGAAAGTGA------ATAGCT--TA----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG-GA--GGAT--TGG--------AA------CGCCAATGATTT-TT-ataagaataggtgcggcgggtcgtctataatcagttttggcgttcctaccatccc
gi|1                          :                                                                                                                                                           ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctCT--TA----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG-AGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAA------TGCT---GATTT-AT-TT--TTT--TT-C--T--------G-TG-GG-TGG--G-------GGTTG-TTTA---TTTCTC--GAGGACGGGG------AGGTGTGTGCT--G--TTCAT-TTTT------AACAGTTCTTTTCTATaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                acattgattttctgtgaaaattcaacaaaaaccatT--AT----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG-GA--GG------------------------------GATTTATT-TT--ATT--TT-C--T--------G-TG-GG-TGGGTG-------GTTTG-TTCATTTTTCTaggtggggggggggggggtctaaaaatcagtgattccatctccttccagattatgatctttactggaatagtcct
gi|2                          :                                                                                                                                                                     aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgaA----GGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-CTCTGG-GA--GGGG--TGA--------AA------TGCC---ACTTA-TT-TT--Ta
gi|1                          :       gaaaaacattcaaactattgtaatttgtggattaaatgcaacacacttagtgctattccagtaaaattatctggaagggatggaatgcagattttttttttctctttgtaggtgggttcatttttcagagggtggaggggttgttcatatttcaatttttttttcttctatagatggggtgggagtgggtttA----GGACTA-TTCCA-GTA-AA-GATCAT--A-ATCTGGAAG--GAGA--TGG--------AAT-----CACT---GATTT-TT-
gi|7                          : acattgattttctgtgaaaattcaacaaaaaccatcttagggctattccagtaaaaattatctggagagggggtgggtgggggaaatgctgatttattttttttctgtgggtgggggttgtttatttctcgaggacggggaggtgtgtgctgttcatttttaacagttcttttctataggtggggggggggggggtctA----GAGCTG-TTCCA-GTA-AA-A---AT--C-ATCTAG-GA--GGGG--TGG--------AA------CACCACAGATTT-TT-
gi|6                          :                                                                  ttattccagtaaagttatttggaggaggtggaatgcagattttattgggggggggggggggtatttttctgtaggtacgtggagatccgagaagttcttttttcaacttcttttctataggtagggggtgtctA----AGGCTA-TTCCA-GTA-AA-A---GT--T-ATCT-------GGGA--TGG--------AA------CGCCACTGATTT-TT-
gi|13                         :                                                         cactattccagtaaaaatatatctgagaggggtgaaattttattgctgatttatattacaattctggggtaggtgtcatattttcctgtggttgagggcgttcatattttcagtttatttattctaataggtgggggtgtctA----AGGCTA-TTCCA-GTACAACA---AT--A-A-CTGG-TA--GGGG--TGG--------AA------CGCCACTGAATT-TT-
gi|8                          :                                                                                                                                                                           tttttttgataggtggggtgtgtgtgtct----GGGCTA-TTCTA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG--G--AGGG--TGG--------AA------CGCCACTGATCT-TT-
gi|5                          :                                                                    gctattccagtaaaaattatctggaggtggttgaacgtcaatttttttctgatggtgaggtgtacatttttctgtgggtggagggttgttcatttttcaatttttttctacaactggagggagatgtggtct----GGGCTA-TTCCA-CTA-AA-A---AT--T-GTCTGG-GA--GGGG--TGG--------AA------CGCC---
gi|9                          :                                         tgttttactgtatatggcaattttcaaaaagttagtgatcagggctattccagtaaaacttaccgggtggattactgatttattggggggggggggtatcttcttctgtggatggagaggttgcccatttaaaaatattctctgagttgggggtgatattcagtGGCCA-TTCTAAGTC-AA-A---AT--T-ATTTAG-AG--GGGG--TGA--------AA------TGTA---GATTA-AT-TT--TTT--TT-C--T--------G-TGTGG-AGG--G-------GTTTGATTCATTTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              GCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG-AG--GTGG--TTG--------AA------CGTC---AATTT-TT-TT----------C--T--------GATG--G-TGA--G-------G--TG-TACA--TTTTTCT--GTGGGTGGAG------GG-T------T--G--TTCAT-TTTT------C--AATTTTTTTCTAaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                              GCTA-TTCTA-GTA-AA-A---AT--T-ATCTGG--G--AGGG--TGG--------AA------CGCCACTGATCT-TT-caactggagggagatgtggtctaaagatcagtggcgttccaccctcccagataatttttactagaatagccc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                  tttctacaactggagggagattgtggtctCTA-TTCCA-GTA-AA-T---AT--T-ATCTGG-AA--GGGG--TGG--------AA------CGCCACTGATTT-TT-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                         ggttctCTA-TTCCA-GTA-AA-A---AT--ATATCTGA-GA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCT---GATTT-AT-AT--TACAATT-C--T--------G--G-GG-TAG--G----------TG--TCATATTTTCCT--GT-GGTTGAG------GG--------C--G--TTCATATTTT------CA-G---TTTATTTATTCTa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                ca-TTCCA-GTA-AA-G----T--T-ATTTGG-AG--GAGG--TGG--------AA------TGCA---GATTT-TA-TT----------------------G-GG-GG-GGG--G-------GGGGG-GT-ATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGAAG------T--T--CT--T-TTTT------CA-ACTTCTTTTCTATaataggtgggggtgtctaaaaatcagtggcgttccatcccagataacttttactggaatagcctt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                         tta-AA-A---AT--T-ATCTGG-AG--GGGG--TGG--------AA------AGCC---GATTT-AT-CTAATTT--TCAC--TTTATGTGGG-TG-GG-TGG--GTTCACTGGGTTG-TTCATTTTCT-----GTGGGTGGAG------GGGA------T--G--TTCAT-TTTT------TA-AATTTTTTTTaggtagggggtgtctaaaaatctgtggtgttccacccctcctagatgatttttactggaacagctct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                              A-A---AT--T-ATCTGG-AG--GGGG--TGG--------AA------CGCT---GATTCATT-TT--TTT--TC-G--T----------TG-GG-TGG--A-------Gc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTTTTTT--CTGTGTGGAG------GGGT------T--TGATTCAT-TTTTAAAAAATA-AACTTTTCTATAAGTTTGGGGGTCC------------------TA--A-AAATCAG------T-G-G---TGTTTCACAC-CC-TC-CCAAAG---A-ATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTgcctggaggggttgcattttaaaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggccattctaagtcaaaattatttagagggggtgaaatgtagattaaCCCACCC-ACCCACATAAAGTG--A-AAATTAGATAAATC-G-G---CTTTCCAC-C-CC-CT-CCAGAT---A-AT--TTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCCCCC-CCCCCC-------A--ATAAATCAG------T-A-A------TCCAC-C-C--------GGT---A-AG--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTttcactgggttgttcattttctgtgggtggaggggatgttcattttttaaattttttttc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgttttactgtatatggcaattttcaaaaagttagtgatcCCCCCCCCCCCCCC---CAATA-AAATC--------T---G---CATTCCAC-C-TC-CT-CCAAAT---A-A---CTTTAC--TGG-AATAtatcttcttctgtggatggagaggttgcccatttaaaaatattctctgagttgggggtgatattcagtggcgttccacccctcccagacaatttttagtggaatagccc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tGTC---TA--A-AGATCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-C--TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TAG-AATAGCCCtatttttctgtaggtacgtggagatccgagaagttcttttttcaacttcttttctataggtagggggtgtctaaaaatctgtggtgttccacccctcctagatgatttttactggaacagctct
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gctattccagtaaaaattatctggaggtggttgaacgtcaatttttttctgatggtgaggtgtacatttttctgtgggtggagggttgttcatttttcaatttttttctacaactggagggagatgtgGTC---TA--A-AAATCAT------T-G-G---CGTTCCAA-T-CC-TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtGTC---TA--A-AAATCAG------T-G-A-----TTCCAT-CTCC-TT-CCAGATTATG-AT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCTaagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                      acattgattttctgtgaaaattcaacaaaaaccatcttagggctattccagtaaaaattatctggagagggggtgggtgggggaaatgctgatttattttttttctgtgggtgggggttgtttatttctcgaggacggggaggtgtgtgctgttcatttttaacagttcttttctataggtgggggggggggggGTC---TA--A-AGATCAG------T-G-G---CGTTCCA--C-CC-TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttctacaactggagggagattgtgGTC---TA--A-AAATCTG------T-G-G---TGTTCCAC-C-CC-TC-CTAGAT---G-AT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttattccagtaaagttatttggaggaggtggaatgcagattttattgggggggggggggggtatttttctgtaggtacgtggagatccgagaagttcttttttcaacttcttttctataggtagggggtGTC---TA--A-AAATCAG------T-G-G---CGTTCCA-------TC-CCAGAT---A-AC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cactattccagtaaaaatatatctgagaggggtgaaattttattgctgatttatattacaattctggggtaggtgtcatattttcctgtggttgagggcgttcatattttcagtttatttattctaataggtgggggtGTC---TA--A-AATTCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-CC-TA-CCAGTT---A-TTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttttgataggtggggtgtgtgtTC---TA--A-AAATCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-CC-TT-CCAGAT---A-AT--ATTTAC--TGG-AATAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggtTC---TA--A-AAATCAG------T-G-GTGACG-TGCAC-C-CC-TC-TC-GGT---A-A---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaggtggaga---TA--T-AAATCAGCAA---T-A-A---AATTTCAC-C-CC-TC-TCAGAT---ATAT--TTTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caA--A-AAATC--------T-G-----CATTCCAT-C-CC-TT-CCAGAT---A-A---TTTTAC--TGG-AATAGCACTttacaattctggggtaggtgtcatattttcctgtggttgagggcgttcatattttcagtttatttattctaataggtgggggtgtctaaaaatcagtggcgttccatcccagataacttttactggaatagcctt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gaaaaacattcaaactattgtaatttgtggattaaatgcaacacacttA--A-AAAT---------T-G-A---CGTTCAAC-C-AC-CT-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-AATAGCtttttctctttgtaggtgggttcatttttcagagggtggaggggttgttcatatttcaatttttttttcttctatagatggggtgggagtgggtttaaaaataagtggcatttcacccctcccagagaatttttactggaatagccct
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A--A-AAATTAA------T-CTA---CATTTCAC-C-CC-CT-CTAAAT---A-AT--TTTGACT-TAG-AATGGCCttctgatggtgaggtgtacatttttctgtgggtggagggttgttcatttttcaatttttttctacaactggagggagatgtggtctaaagatcagtggcgttccaccctcccagataatttttactagaatagccc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A--A-AAATGAA------TCA-G---CGTTCCAC-C-CC-CT-CCAGAT---A-AT--TTtttctgtgtggaggggtttgattcatttttaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAG------T-G-G---CGTTCCAC-C-CC-TC-CCAGAC---A-AT--TTTTAG--TGG-AATAGCCCtttcgttgggtggaggcctggaggggttgcattttaaaa
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttttactgtatatggcaattttcaaaaagttagtgatcagggctattccagtaaaacttaccgggtggattactgatttattggggggggggggtatcttcttctgtggatggagaggttgcccatttaaaaatattctctgagttgggggtgatatCCAC-C-CCCTCTCCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acattgattttctgtgaaaattcaacaaaaaccatcttAT-C-CC-TC-CCAGAT---A-AT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCgtgggggaaatgctgatttattttttttctgtgggtgggggttgtttatttctcgaggacggggaggtgtgtgctgttcatttttaacagttcttttctataggtggggggggggggggtctaaaaatcagtgattccatctccttccagattatgatctttactggaatagtcct





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                22222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                     
lowQualScore                  :                                                    44444444444444444       111111                                                11111111  1111111           1111111                          33333333333333333333333                                111111111                                 00000000000000000000000000000000000000000000000000                                                                     
lowQualScore                  :                                             1  1   22222222222222222   3 1 555555   1            3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  8888     2222222    666666   44  3 3  1   00000000000000000000000 22   44      7777      7777    333333333   3   3     77     8888      4  22222222222222222222222222222222222222222222222222                555       555         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                             .  .   .................   . . ......   .            .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  ....     .......    ......   ..  . .  .   ....................... ..   ..      ....      ....    .........   .   .     ..     ....      .  ..................................................                ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                             0  0   77777777777777777   2 0 222222   0            6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  0000     4444444    777777   66  2 3  2   44444444444444444444444 11   77      7777      7777    888888888   6   6     22     5555      4  00000000000000000000000000000000000000000000000000                444       888         444     33      22   1         
consensus                     :                                           TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTT--AAATGAAATTAACGCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AA------CGCC---GATTT-NT----TTTT---T--TTC--TGTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGG----GTGGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATTT----TTTTCT-AT---NNT----------TGGGG------GT---------------------GTCTAAAAATCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                           TTNTANTGTA-TATGTGNA-AT----AAATGNAATTAACGCTNAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AA------CGCC---GATTT-TT----TTTT---T--TTC--TGTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGG----GTGGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATTT----TTTTCT-AT---TCT----------TGGGG------GTCCCCCCCCCCCCC--------GTCTAAAAATCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                                                   CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAA------TGCT---GATTT-AT----TTTT---T--TTC--TGTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGG----ACGGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTTC----TTTTCT-AT---AGG----------TGGGG------G--------------GGGGGGGGGTCTAAAAATCAGTG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acattgattttctgtgaaaattcaacaaaaaccat--------GTCTAAAAATCATTGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                    ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtATGTGAAGATTTGAAAGTGAA--TA--GCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AA------CGCCAATGATTT-TT----aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                               ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AA------AGCC---GATTT-ATCTAATTTTCACT--TTA--TGTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGG----GTGGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATTT----TTTTttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                       GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GG------------------------------GATTTATT----TTAT---T--TTC--TGTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatat--------GTCTAAAATTCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttttttgataggtggggtgtgtgt--------GTCTAAAGATCAGTGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                              tttctacaactggagggagattgtgAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AA------CGCT---GATTC-AT----TTTT---T--TTC--GTTG-GGTGGA-----------GG-CC--------------------------TGGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TCTAAAAATCAGTGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttaggtggagaTCTAAAAATCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                           ggtTATTGTAATTTGTGGA-TT----AAATGCAAC--ACACTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AA------TGCA---GATTT-TT----TTTT---T--CTCTTTGTA-GGTGG-----------------G-TTC--A--TTTTTCAGAGG----GTGGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTC--AATTT----TTTTTT-CT---TCTATAGATGGGGTGGGA------GT-----------GG--------GTTTAAAAATAAGTGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                            gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-GGA-AT----GAATGAAATTAACGCTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AA------CGCC---GATTT-TT----TTTT---T--TCC--TGTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGG----GTGGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATTT----TTTTTT-AT---CCT----------TGCCT------GCCCCCCCCCCCCCC--------GTCTAAAAATCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCT
gi|4                          :                                                                                          CTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AA------CAAC---CATTG-TTA---TTTT---T--TTC-------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGG----GTGAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATTT----TTTTTT-TT---TCT----------
gi|5                          : aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-GCA-ATTTTCAAA--AAGTTAGTGATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------AT------TACT---GATTT-AT-------------------TGGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGG----ATGGAG----AGGT------T--GCC-CA---TTTAA-AAATA----TTCTCTGA-----GT----------TGGGG------G-------------------------TGATATTCAGTGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCCataagaataggtgcggcgggtcgtctataatcagttttggcgttcctaccatccc
gi|6                          :                                                                                        tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCT---GATTT-AT----ATTA---CAATTC--TG-G-GGTAGG---------------TG--TC--ATATTTTCCTGT-G----GTTGAG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-G---T----TTATTT-AT---TCTAATAGG----TGGGG------GT---------------------GTCTAAAAATCAGTGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                         caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AA------TGCA---GATTT-TA----T--------------TGGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTTC----TTTTCT-ATA--GGT----------AGGGG------GT---------------------GTCTAAAAATCTGTGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                        tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AA------CGTC---AA----------TTTT---T--TTC--TGAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGG----GTGGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATTT----TTTTCT-AC---AAC----------TGGAGGGAGATGT------------G--------GTCTAAAGATCAGTGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                        GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AA------TGTA---GATTA-AT----TTTT---T--TTC--TGTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                       TTTTTTTCTGTG------TGGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAATAAACTTTTCT-ATAAGT-T----------TGGGG------GTCC----------------------TAAAAATCAGTGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct





Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222  1   222222222222222222222222                                               11111111  1111111                                            33333333333333333333333      11                        111111111                                          555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                                                       
lowQualScore                  :                                                1   3333  0 1 666666666666666666666666               3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  8888     2 9999   77777777   555 3 3  1   44444444444444444444444      00        7777    7777    333333333   3   3      4 0  3 7777 88888 3  7777   333333333333333333333333333333333333333333333333333333            555   555       666         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                                .   ....  . . ........................               .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  ....     . ....   ........   ... . .  .   .......................      ..        ....    ....    .........   .   .      . .  . .... ..... .  ....   ......................................................            ...   ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                                0   2222  6 4 000000000000000000000000               6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  0000     1 6666   22222222   777 2 3  2   66666666666666666666666      88        7777    7777    888888888   6   6      0 1  6 7777 33333 3  1111   666666666666666666666666666666666666666666666666666666            000   000       444         444     33      22   1         
consensus                     :                                           TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTT--GAA--CGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCC---GATTTAT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----T-----T-TT----CTA-T---AG--NT-------GG------GG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                           TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTT--AAA--TGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCC---GATTTNT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----T-----T-TT----CTA-T---NN--TT-------GG------GG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                        TGTGAA-AATT--CAA--CAAAA--ACCATCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAAT------GCT---GATTTAT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGGAC----GGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTT-C----T-----T-TT----CTA-T---AG--GTGGGGGGGGG------GG-----G-------------G---G--TCTAAAAATCAG---TG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acattgattttc-------GG------GT-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAT---TGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                          ttttctaaaggggggggggggggggggggATGTGAAGATTT--GAAAGTGAA--TA--G-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AAC------GCCAATGATTTTT----aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                                  ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAA------GCC---GATTTATCTAATTT-TCACT--TTAT--GTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGGGT----GGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATT-T----T-----T-TT----ttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                          GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGG------------------------------ATTTAT----TTTAT---T--TTCT--GTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                               aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatatT-T----T-----T-TT----TGA-T---AG--GT-------GG------GGTGTGTG-------------T---G--TCTAAAATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            -----T-TT----CTA-C---AA--CT-------GG------AG-----GGAGATTG------T---GG-TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                                                          AAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCT---GATTCAT----TTT-T---T--TTCG--TTG-GGTGGA-----------GG-CC----------------------T----GGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --TCTAAAAATCAG---TGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaggtggagaG-----G-------------T------TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                              TATTGTAATTTGTGGA---TT--AAA--TGCAAC--ACA-CTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AAT------GCA---GATTTTT----TTT-T---T--CTCTTTGTA-GGTGGG------------------TTC--ATTTTT--CAGAGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTCA-ATTT-T----T-----T-TTTCTTCTA-T---AG--AT-------GG------GGTGGGAG-------------T---GGGTTTAAAAATAAG---TGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                            gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-GGA-AT----GAA--TGAAATTAACG-CTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCC---GATTTTT----TTT-T---T--TCCT--GTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGGGT----GGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----T-----T-TT----TTA-T---CC--TT-------GC------CT-----GCCCCCCCCCCCCCC---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCT
gi|4                          :                                                                                             CTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AAC------AAC---CATTGTTA---TTT-T---T--TTC-------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGGGT----GAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATT-T----TTTTTTT-TT----CTA-TAAGAA--TA-------GGTGCGGCGG-----G-------------TC--G--TCT-ATAATCAGTTTTGG---CGTTCCT-A-CCATCCC
gi|5                          : aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-GCA-ATTTTCAAA----AAGTTAGTG-ATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------ATT------ACT---GATTTAT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGGAT----GGAG----AGGT------T--GCC-CAT-TT--AA-AAAT-A----T-----T-CT----CTG-----AG--TT-------GG------GG-----G-------------T---G------ATATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCC
gi|6                          :                                                                                           tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCT---GATTTAT----ATT-A---CAATTCT--G-G-GGTAGG---------------TG-T-C--ATATTTTCCTGTGGTT----G-AG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-GTTTAT----T-----TATT----CTAAT---AG--GT-------GG------GG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                            caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AAT------GCA---GATTTTA----TT---------------GGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTT-C----T-----T-TT----CTA-T---AG--GTA------GG------GG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCTG---TGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                           tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AAC------GTC---AA---------TTT-T---T--TTCT--GAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGGGT----GGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATT-T----T-----T-TT----CTA-C---AA--CT-------GG------AG-----GGAGA---------TGTGG--TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                           GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AAT------GTA---GATTAAT----TTT-T---T--TTCT--GTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                          TTTTTTTCTGTG--T----GGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAA-TAAACT-----T-TT----CTA-T---AAGTTT-------GG------GG-----G-------------T------CCTAAAAATCAG---TGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct





Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222  1   1111         2222222                                               11111111  1111111                                            33333333333333333333333      11                        111111111                                    11111111111       1111111        44444444444444444444444444                                                                       
lowQualScore                  :                                                1   3333  0 1 0000 3  6 1  1111111               3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  2    5555  6666   3 666666  0 44 3 3  1   44444444444444444444444      00        7777    7777    333333333   3   3      4 0  3 7777  3  7777  77777777777 3   1 7777777 6666   55555555555555555555555555            555   555       666         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                                .   ....  . . .... .  . .  .......               .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  .    ....  ....   . ......  . .. . .  .   .......................      ..        ....    ....    .........   .   .      . .  . ....  .  ....  ........... .   . ....... ....   ..........................            ...   ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                                0   2222  6 4 6666 2  4 0  6666666               6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  6    2222  5555   1 222222  4 66 2 3  2   66666666666666666666666      88        7777    7777    888888888   6   6      0 1  6 7777  3  1111  33333333333 3   0 3333333 5555   66666666666666666666666666            000   000       444         444     33      22   1         
consensus                     :                                           TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                           TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTGAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGNT-------G----GGG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                        TGTGAA-AATTCAACAAAA--ACCATCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAAT------GCTGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGGAC----GGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTGGGGGGGG----GGG-----G-------------G---G--TCTAAAAATCAG---TG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acattgattttc-------G----GGT-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAT---TGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                          ttttctaaaggggggggggggggggggggATGTGAAGATTTGAAAGTGAATA--G-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AAC------GCCAA-T--G-AT----TTT-T---aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                              ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAA------GCCGATT--T-ATCTAATTT-TCACT--TTAT--GTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGGGT----GGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATT-T----TT-TT----ttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                      GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGG---------------------------ATT--T-AT----TTTAT---T--TTCT--GTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                           aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatatT-T----TT-TT----TG-----------A-TAGGT-------G----GGGTGTGTG-------------T---G--TCTAAAATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGATTG------T---GG-TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                                                      AAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCTGATT--C-AT----TTT-T---T--TTCG--TTG-GGTGGA-----------GG-CC----------------------T----GGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TAGGT-------G----GAG-----A-------------T-------CTAAAAATCAG---TGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tG-----G-------------T------TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                              TATTGTAATTTGTGGA---TTAAATGCAAC--ACA-CTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AAT------GCAGATT--T-TT----TTT-T---T--CTCTTTGTA-GGTGGG------------------TTC--ATTTTT--CAGAGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTCA-ATTT-T----TT-TTTCTTCT-----------A-TAGAT-------G----GGGTGGGAG-------------T---GGGTTTAAAAATAAG---TGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                            gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-GGA-AT--GAATGAAATTAACG-CTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-TT----TTT-T---T--TCCT--GTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGGGT----GGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----TT-----------A-TCCTT-------G----CCT-----GCCCCCCCCCCCCCC---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCT
gi|4                          :                                                                                         CTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AAC------AACCATTGTT-AT----TTT-T---T--TC--------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGGGT----GAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATT-T----TT-TT----TTTTTCTATAAGAA-TAGGT-------GCGGCGGG-----T-------------C---G--TCT-ATAATCAGTTTTGG---CGTTCCT-A-CCATCCC
gi|5                          : aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-GCA-ATTTTCAAAAAGTTAGTG-ATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------ATT------ACTGATT--T-AT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGGAT----GGAG----AGGT------T--GCC-CAT-TT--AA-AAAT-A----TT-CT----CT-----------G--AGTT-------G----GGG-----G-------------T---G------ATATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCC
gi|6                          :                                                                                       tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCTGATT--T-AT----ATT-A---CAATTCT--G-G-GGTAGG---------------TG-T-C--ATATTTTCCTGTGGTT----G-AG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-GTTTAT----TTATT----CT-----------AATAGGT-------G----GGG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                        caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AAT------GCAGATT--TTAT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTA------G----GGG-----G-------------T---G--TCTAAAAATCTG---TGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                       tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AAC------GTCAA------------TTT-T---T--TTCT--GAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGGGT----GGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATT-T----TT-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGA---------TGTGG--TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                       GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AAT------GTAGATT--A-AT----TTT-T---T--TTCT--GTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                      TTTTTTTCTGTG--T----GGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAA-TAAACTT-TT----CT-----------A-TAAGTTT-----G----GGG-----G-------------T------CCTAAAAATCAG---TGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                 2222  1   1111         2222222                                               11111111  1111111                                            33333333333333333333333      11                        111111111                                    11111111111       1111111        33333333333333333333                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                             1   3333  0 1 0000 1  6 1  1111111               3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  2    5555  6666   3 666666  0 44 3 3  1   44444444444444444444444      00        7777    7777    333333333   3   3      4 0  3 7777  3  7777  77777777777 3     8888888 7777   11111111111111111111            555   555       666         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                             .   ....  . . .... .  . .  .......               .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  .    ....  ....   . ......  . .. . .  .   .......................      ..        ....    ....    .........   .   .      . .  . ....  .  ....  ........... .     ....... ....   ....................            ...   ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                             0   2222  6 4 6666 0  4 0  6666666               6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  6    2222  5555   1 222222  4 66 2 3  2   66666666666666666666666      88        7777    7777    888888888   6   6      0 1  6 7777  3  1111  33333333333 3     8888888 1111   66666666666666666666            000   000       444         444     33      22   1         
consensus                     :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                     TGTGAA-AATTCAACAAAA--ACCATCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAAT------GCTGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGGAC----GGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTGGGGGGGG----GGG-----G-------G---G--TCTAAAAATCAG---TG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acattgattttcGGG-------G----GGT-----G-------T---G--TCTAAAAATCAT---TGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                                                                                                                          ttttctaaagggggggggggggggggATGTGAAGATTTGAAAGTGAATA--G-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AAC------GCCAA-T--G-AT----TTT-T---aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                                                                                                                           ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAA------GCCGATT--T-ATCTAATTT-TCACT--TTAT--GTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGGGT----GGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATT-T----TT-TT----ttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                   GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGG---------------------------ATT--T-AT----TTTAT---T--TTCT--GTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatatT-T----TT-TT----TG-----------A-TAGGT-------G----GGGTGTGTG-------T---G--TCTAAAATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGATTGT---GG-TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                   AAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCTGATT--C-AT----TTT-T---T--TTCG--TTG-GGTGGA-----------GG-CC----------------------T----GGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TAGGT-------G----GAG-----A-------T-------CTAAAAATCAG---TGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tG-----G-------T------TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                                                                                                                           TATTGTAATTTGTGGA---TTAAATGCAAC--ACA-CTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AAT------GCAGATT--T-TT----TTT-T---T--CTCTTTGTA-GGTGGG------------------TTC--ATTTTT--CAGAGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTCA-ATTT-T----TT-TTTCTTCT-----------A-TAGAT-------G----GGGTGGGAG-------T---GGGTTTAAAAATAAG---TGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                                                                                                                         gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-GGA-AT--GAATGAAATTAACG-CTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-TT----TTT-T---T--TCCT--GTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGGGT----GGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----TT-----------A-T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCTccttgcctgccccccccccccccgtctaaaaatcagtggcgttccacccctcccagataatttttactggattagccct
gi|4                          : ttttaatgttgggaatgaatgaaattaacgctaagggcttttccagtaaaaatgatctggagggggtggaacgccgatttttttttttcctgtgagtggggattgctcatttttttttgtgggtggagggatttttcatttttcaaatttttttttatccttgcctgccccccccccccccCTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AAC------AACCATTGTT-AT----TTT-T---T--TC--------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGGGT----GAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATT-T----TT-TT----TTTTTCTATAAGAA-TAGGT-------GCGGCGGG-----T-------C---G--TCT-ATAATCAGTTTTGG---CGTTCCT-A-CCATCCC
gi|5                          :                                                                                              aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-GCA-ATTTTCAAAAAGTTAGTG-ATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------ATT------ACTGATT--T-AT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGGAT----GGAG----AGGT------T--GCC-CAT-TT--AA-AAAT-A----TT-CT----CT-----------G--AGTT-------G----GGG-----G-------T---G------ATATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                    tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCTGATT--T-AT----ATT-A---CAATTCT--G-G-GGTAGG---------------TG-T-C--ATATTTTCCTGTGGTT----G-AG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-GTTTAT----TTATT----CT-----------AATAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                     caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AAT------GCAGATT--TTAT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTA------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCTG---TGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AAC------GTCAA------------TTT-T---T--TTCT--GAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGGGT----GGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATT-T----TT-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGA---TGTGG--TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AAT------GTAGATT--A-AT----TTT-T---T--TTCT--GTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTTTTTCTGTG--T----GGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAA-TAAACTT-TT----CT-----------A-TAAGTTT-----G----GGG-----G-------T------CCTAAAAATCAG---TGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                 2222  1   1111         2222222                                               11111111  1111111                                            33333333333333333333333      11                        111111111                                    11111111111       1111111        33333333333333333333                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                             1   3333  0 1 0000 1  6 1  1111111               3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  2    5555  6666   3 666666  0 44 3 3  1   44444444444444444444444      00        7777    7777    333333333   3   3      4 0  3 7777  3  7777  77777777777 3     8888888 7777   11111111111111111111            555   555       666         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                             .   ....  . . .... .  . .  .......               .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  .    ....  ....   . ......  . .. . .  .   .......................      ..        ....    ....    .........   .   .      . .  . ....  .  ....  ........... .     ....... ....   ....................            ...   ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                             0   2222  6 4 6666 0  4 0  6666666               6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  6    2222  5555   1 222222  4 66 2 3  2   66666666666666666666666      88        7777    7777    888888888   6   6      0 1  6 7777  3  1111  33333333333 3     8888888 1111   66666666666666666666            000   000       444         444     33      22   1         
consensus                     :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                     TGTGAA-AATTCAACAAAA--ACCATCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAAT------GCTGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGGAC----GGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTGGGGGGGG----GGG-----G-------G---G--TCTAAAAATCAG---TG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acattgattttcGGG-------G----GGT-----G-------T---G--TCTAAAAATCAT---TGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                                                                                                                          ttttctaaagggggggggggggggggATGTGAAGATTTGAAAGTGAATA--G-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AAC------GCCAA-T--G-AT----TTT-T---aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                                                                                                                           ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAA------GCCGATT--T-ATCTAATTT-TCACT--TTAT--GTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGGGT----GGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATT-T----TT-TT----ttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                   GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGG---------------------------ATT--T-AT----TTTAT---T--TTCT--GTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatatT-T----TT-TT----TG-----------A-TAGGT-------G----GGGTGTGTG-------T---G--TCTAAAATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGATTGT---GG-TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                   AAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCTGATT--C-AT----TTT-T---T--TTCG--TTG-GGTGGA-----------GG-CC----------------------T----GGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TAGGT-------G----GAG-----A-------T-------CTAAAAATCAG---TGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tG-----G-------T------TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                                                                                                                           TATTGTAATTTGTGGA---TTAAATGCAAC--ACA-CTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AAT------GCAGATT--T-TT----TTT-T---T--CTCTTTGTA-GGTGGG------------------TTC--ATTTTT--CAGAGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTCA-ATTT-T----TT-TTTCTTCT-----------A-TAGAT-------G----GGGTGGGAG-------T---GGGTTTAAAAATAAG---TGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                                                                                                                         gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-GGA-AT--GAATGAAATTAACG-CTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-TT----TTT-T---T--TCCT--GTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGGGT----GGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----TT-----------A-T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCTccttgcctgccccccccccccccgtctaaaaatcagtggcgttccacccctcccagataatttttactggattagccct
gi|4                          : ttttaatgttgggaatgaatgaaattaacgctaagggcttttccagtaaaaatgatctggagggggtggaacgccgatttttttttttcctgtgagtggggattgctcatttttttttgtgggtggagggatttttcatttttcaaatttttttttatccttgcctgccccccccccccccCTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AAC------AACCATTGTT-AT----TTT-T---T--TC--------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGGGT----GAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATT-T----TT-TT----TTTTTCTATAAGAA-TAGGT-------GCGGCGGG-----T-------C---G--TCT-ATAATCAGTTTTGG---CGTTCCT-A-CCATCCC
gi|5                          :                                                                                              aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-GCA-ATTTTCAAAAAGTTAGTG-ATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------ATT------ACTGATT--T-AT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGGAT----GGAG----AGGT------T--GCC-CAT-TT--AA-AAAT-A----TT-CT----CT-----------G--AGTT-------G----GGG-----G-------T---G------ATATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                    tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCTGATT--T-AT----ATT-A---CAATTCT--G-G-GGTAGG---------------TG-T-C--ATATTTTCCTGTGGTT----G-AG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-GTTTAT----TTATT----CT-----------AATAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                     caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AAT------GCAGATT--TTAT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTA------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCTG---TGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AAC------GTCAA------------TTT-T---T--TTCT--GAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGGGT----GGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATT-T----TT-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGA---TGTGG--TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AAT------GTAGATT--A-AT----TTT-T---T--TTCT--GTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTTTTTCTGTG--T----GGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAA-TAAACTT-TT----CT-----------A-TAAGTTT-----G----GGG-----G-------T------CCTAAAAATCAG---TGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct


blockSeqs                     :                                                                                                                                             A   ATA   T A GATT G  A T  TTAACG                A      A A  GA       .     GT   .         TTTTATT  C    GTT   CTAA   A CACT      TT T T  T   TGGGTTCACTGGGTTGTTC          CT        ACGT    ATCC    TTG         T   A      .    A AAAC  A  TCTT  TTTCTATAAGA A     TT      CGGC   GGAGATTGTGG                     TTT   TGA       CA          .       AA      CT   A
blockSeqs                     :                                                                                                                                             C   .     T G ATT  A  T C  TTAGTG                .      A .  .        .     .    .         C        C    TT    .      . CAA       .  T .  T   TGGTTTGTTC                   TT        .       .       TT          .   .      .    . .     .  .     .           .     A       .      TGGGAGTGGG                      .     .         A           .       G       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                       . G AT   G  T A  ATAG                  .      A .  .        .     .    .         A        T    G     .      . T         .  T .  T   GGTGGTGCGA                   TT        .       .       T           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      GGAGATGTGG                      .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                       . C T    T  A A  CACA                  .      A .  .        .     .    .         C        A    T     .      . T         .  T .  T   GTTTGATTC                    TC        .       .       T           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      TGTGTGTG                        .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      A .  .        .     .    .         T        C    T     .      . T         .  T .  T   GATTGCTC                     TT        .       .       T           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      GTG                             .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      C .  .        .     .    .         C        C    C     .      . T         .  G .  G   GTGTAC                       TT        .       .       T           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      TCG                             .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      C .  .        .     .    .         C        T    T     .      . T         .  G .  T   GGGGG                        TT        .       .       T           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      GTG                             .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      A .  .        .     .    .         T        T    T     .      . T         .  A .  G   GGCC                         .         .       .       C           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      GTG                             .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      A .  .        .     .    .         T        A    T     .      . T         .  T .  T   GGGT                         .         .       .       A           .   .      .    . .     .  .     .           .     .       .      GTG                             .     .         A           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                              .      A .  .        .     .    .         C        C    T     .      . .         .  . .  A   TGTC                         .         .       .       T           .   .           . .     .  .     .           .     .       .      AT                              .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     . .  .        .     .    .         T        A    A     .      . .         .  . .  .   TTC                          .                                                             .  .                 .     .       .      GT                              .     .         C           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     . .  .        .     .    .         .        .    .     .      .                                                                                                                                                            GT                              .     .         .           .       .       .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .     .         .                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                           AT**         NTAGCG*                                    **         ********                                                     GGTTGTTC***************      TT                        T********                                                      *******                                                        C**         ***
originalCons                  :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGA-ATTTNAACGAAATTAACG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
finalCons                     :                                                                                                                                        TTTTANTGTA-TATGTGGAAT--TNAACGAAANTAGCG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGGGGTTGTTC---------------ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGTT--------GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCAC--CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                              2222  1111111111111  1    1111111                                               11111111  1111111                                            33333333333333333333333      11                        111111111                                    11111111111       1111111        33333333333333333333                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                          1   3333  8888888888888  1 1  9999999               3      2 3  44       44    44   11111111  0000000  2    5555  6666   3 666666  0 44 3 3  1   44444444444444444444444      00        7777    7777    333333333   3   3      4 0  3 7777  3  7777  77777777777 3     8888888 7777   11111111111111111111            555   555       666         555     77      44   3         
lowQualScore                  :                                                                                                                                          .   ....  .............  . .  .......               .      . .  ..       ..    ..   ........  .......  .    ....  ....   . ......  . .. . .  .   .......................      ..        ....    ....    .........   .   .      . .  . ....  .  ....  ........... .     ....... ....   ....................            ...   ...       ...         ...     ..      ..   .         
lowQualScore                  :                                                                                                                                          0   2222  6666666666666  4 0  2222222               6      2 1  22       22    22   22222222  1111111  6    2222  5555   1 222222  4 66 2 3  2   66666666666666666666666      88        7777    7777    888888888   6   6      0 1  6 7777  3  1111  33333333333 3     8888888 1111   66666666666666666666            000   000       444         444     33      22   1         
consensus                     :                                                                                                                                     TTTTANTGTA-TATGTG--GAA-TTN--AACGAAATTAGCG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
Reference ( family-6173 )     :                                                                                                                                     TTTTANTGTA-TATGTG--GAA-TTN--AACGAAANTAGCG-CTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTC--ATTTTTTTCTGTGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----CT-----------A-TAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|1                          :                                                                                                                                                  TGTG--AAAATTC--AACAAAA--ACCATCTTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAGAGGGGG--TGGGTGGGGGAAAT------GCTGATT--T-AT----TTT-T---T--TTCT--GTG-GGTGGG-----------GG-TTG-TTT--ATTTCT---CGAGGAC----GGGG----AGGTGTGTGCT--GTT-CAT-TTTTAACAGTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTGGGGGGGG----GGG-----G-------G---G--TCTAAAAATCAG---TG-----ATTCCATC-TCCTTCCAGATTATGAT--CTTTAC--TGG-AATAGTCCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acattgattttcGGG-------G----GGT-----G-------T---G--TCTAAAAATCAT---TGG---CGTTCCA-A-TCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCT
gi|10                         :                                                                                                                       ttttctaaagggggggggggggggggATGTGAAGAT-TTG--AAAGTGAATAGC---TTAGGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGAT--TGG--------AAC------GCCAA-T--G-AT----TTT-T---aagctattcactttcaaatcttcacatttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|11                         :                                                                                                                                                           ttttctaaagggggggggggggggggggggggtgtgtctAAAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAA------GCCGATT--T-ATCTAATTT-TCACT--TTAT--GTG-GGTGGGTGGGTTCACTGGG-TTG-TTC--ATTTT---CTGTGGGT----GGAG----GGGA------T--GTT-CAT-TTTTTA-AATT-T----TT-TT----ttctatgaattccttaacgattctttaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                   GGGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGGA--GGG---------------------------ATT--T-AT----TTTAT---T--TTCT--GTG-GGTGGGT----------GGTTTG-TTC--ATTTTTCTtc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaagcaagcagtcaaactgtttgctttattatgatatT-T----TT-TT----TG-----------A-TAGGT-------G----GGGTGTGTG-------T---G--TCTAAAATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTACCAG---TTATTG-TTGTAC--TGG-AATAGCCTTa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGATTGT---GG-TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CC-TCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                   AAAT-TA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCTGATT--C-AT----TTT-T---T--TTCG--TTG-GGTGGA-----------GG-CC----------------------T----GGAG----GGGT------T--G---CAT-TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TAGGT-------G----GAG-----A-------T-------CTAAAAATCAG---TGGTGACG-TGCA-C-CCCTCTC-G---GTAA---TTTTAC--TGA-ATTAGCCTTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tG-----G-------T------TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTTCCAG---ATAAT--ATTTAC--TGG-AATAGg
gi|2                          :                                                                                                                                        TATTGTAATTTGTG--GA--TTA--AATGCAAC--ACA-CTTAGTGCTATTCCA-GTAAAA-T-TA--TCTGGAA--GGGA--TGG--------AAT------GCAGATT--T-TT----TTT-T---T--CTCTTTGTA-GGTGGG------------------TTC--ATTTTT--CAGAGGGT----GGAG----GGGT------T--GTT-CAT-ATTTCA-ATTT-T----TT-TTTCTTCT-----------A-TAGAT-------G----GGGTGGGAG-------T---GGGTTTAAAAATAAG---TGG---CATTTCA-C-CCCTCCCAG---AGAAT--TTTTAC--TGG-AATAGCCCTa
gi|3                          :                                                                                                                      gaaaaacattcaaacTTTTAATGT----TG-G--GAA-T-G--AATGAAATTAACG-CTAAGGGCTTTTCCA-GTAAAAAT-GA--TCTGGAG--GGGG--TGG--------AAC------GCCGATT--T-TT----TTT-T---T--TCCT--GTG-AGTGGG-----------GA-TTG-CTC--ATTTTTTTTTGTGGGT----GGAG----GGAT------T--TTT-CAT-TTTTCA-AATT-T----TT-TT----TT-----------A-T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TGG-ATTAGCCCTccttgcctgccccccccccccccgtctaaaaatcagtggcgttccacccctcccagataatttttactggattagccct
gi|4                          : ttttaatgttgggaatgaatgaaattaacgctaagggcttttccagtaaaaatgatctggagggggtggaacgccgatttttttttttcctgtgagtggggattgctcatttttttttgtgggtggagggatttttcatttttcaaatttttttttatccttgcctgccccccccccccccCTATTCAA-GTAACACT-TAGATCCGGAA--GGGGGTTGG--------AAC------AACCATTGTT-AT----TTT-T---T--TC--------GG-GGA-----------GG-TGG-TGCGAATTTTT----GTGGGT----GAAG----GGTT------TT-GTTTCAT-TT--CC-AATT-T----TT-TT----TTTTTCTATAAGAA-TAGGT-------GCGGCGGG-----T-------C---G--TCT-ATAATCAGTTTTGG---CGTTCCT-A-CCATCCC
gi|5                          :                                                                                           aaaaacatgagtgcaattatgagttacgttgcaatactggacTTTTACTGTA-TATG-G--CAA-TTTTCAA-AAAGTTAGTG-ATCAGGGCTATTCCA-GTAAAACT-TA--CC--------GGG--TGG--------ATT------ACTGATT--T-AT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG---G-T----ATCTTCTTCTGTGGAT----GGAG----AGGT------T--GCC-CAT-TT--AA-AAAT-A----TT-CT----CT-----------G--AGTT-------G----GGG-----G-------T---G------ATATTCAG---TGG---CGTTCCA-C-CCCTCCCAG---ACAAT--TTTTAG--TGG-AATAGCCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                    tgCTATTCCA-GTAAAAATATA--TCTGAGA--GGGG--TGA--------AATTTTATTGCTGATT--T-AT----ATT-A---CAATTCT--G-G-GGTAGG---------------TG-T-C--ATATTTTCCTGTGGTT----G-AG----GG--------C--GTT-CATATTTTCA-GTTTAT----TTATT----CT-----------AATAGGT-------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCAG---TGG---CGTTCCA------TCCCAG---ATAAC--TTTTAC--TGG-AATAGCCTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                     caTATTCCA-GTAAAG-T-TA--TTTGGAG--GAGG--TGG--------AAT------GCAGATT--TTAT----T----------------GGG-GGGGGG-----------GG-GGG------GTATTTTTCTGTAGGTACGTGGAGATCCGAGA------A--GTT-CTT-TTTTCA-ACTT-C----TT-TT----CT-----------A-TAGGTA------G----GGG-----G-------T---G--TCTAAAAATCTG---TGG---TGTTCCA-C-CCCTCCTAG---ATGAT--TTTTAC--TGG-AACAGCTCT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    tGCTATTCCA-GTAAAAAT-TA--TCTGGAG--GTGG--TTG--------AAC------GTCAA------------TTT-T---T--TTCT--GAT-GGTGAG-----------G---TG-TAC--A--TTTTTCTGTGGGT----GGA-----GGGT------T--GTT-CAT-TTTTC--AATT-T----TT-TT----CT-----------A-CAACT-------G----GAG-----GGAGA---TGTGG--TCTAAAGATCAG---TGG---CGTTCCA---CCCTCCCAG---ATAAT--TTTTAC--TAG-AATAGCCC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    GGCCATTCTAAGTCAAAAT-TA--TTTAGAG--GGGG--TGA--------AAT------GTAGATT--A-AT----TTT-T---T--TTCT--GTGTGGAGGG-----------GT-TTGATTC--ATTTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTTTTTCTGTG--T----GGAG----GGGT------TTGATT-CAT-TTTTAA-AAAA-TAAACTT-TT----CT-----------A-TAAGTTT-----G----GGG-----G-------T------CCTAAAAATCAG---TGG---TGTTTCA-CACCCTCCCAA---AGAATAATTTTACCTTGGAAATAGCCCTaaaaaataaacttttctataagtttgggggtcctaaaaatcagtggtgtttcacaccctcccaaagaataattttaccttggaaatagccct