lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 3333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 11 2 1
lowQualScore : 0 88 4 4 8888 9999 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 9999 3 3 55 55 77777777777 666 888 3 4 2 2 55555 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 8 55 4 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 3 44 0 5 6
lowQualScore : . .. . . .... .... . . ................................................................... . .... . . .. .. ........... ... ... . . . . ..... . ............................................................................................................... . . .. . .. .......................................................... .. . .. . . .
lowQualScore : 0 00 0 0 1111 4444 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 6666 3 3 00 00 33333333333 444 111 3 0 5 5 99999 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 6 00 0 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 3 33 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTNNTTTNTTTNTTTTTTTTTTTTNAGAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-------------CA----AC----NA-----T----------CGTAT---------A---------TGAGGT-AAA-NCCTC-CG-CAGAG--G--CCC-----------TC-C-ATATATA-C-CNCACCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---T------------TGTTCAATAT--AT-ATAAA-AATCA-----A----AA---CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATGTAAATAATAATGATACAA
Reference ( gi|1 ) : TTTTTTTGTTTTTGTTTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTACTGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-------------CA----AC----T------T----------CGTAT---------A---------TGAGGT-ATA-TCCTC-CA-CAGAG--G--CCC-----------TC-C-ATATATA-C-CTCACCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---T------------TATTCAAGAT--AT-ACAAAAAATCA-----A----AA--CCAAAAAAA--TTC-TGGTATTCT-TTGTTATG-AAATAATACTGATATAAA
gi|4 : TTTTTT-TTTAATTTATTTTTTATTTTTTTTT---------ATATTTTT---------ATTT-T-------------CAGTATAC----T------T----------AATAC---------AAACAGAG--CGAGACAATA--CCTC-CG-CAGAG--G--CTC-----------TCAA-ATAAAT--C-CACACCTGGGTGT-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGATGTAATCG---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--ATTTGGTA-TCTAT-----A--ATTA-TAATTAATATA---T------------GATCTAA
gi|7 : TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGTTTTATATTT-------TT-TATTT-T-------------CA-----------------------------GTAT---------ACAAATAGAGCAAGGCAATA--CCTC-CG-CAGAG--G--CTC-----------TC-A-A-ATAAT-C-CACACCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAAT-----G---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----ttataagtaatatatgatcta
gi|3 : tagcttTTTATTTTTTTTTTTT-AGAGTTTCACATTTTT----ATTGCATTTGT-------------CA----AC----AA-----TAAAGCAACAACGTAT---------A---------TGAGGT-AAAACCCTC-TATCAGAG--G--CCC-----------TC-CCATATATAAC-CTCACCGTGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCA---------G---------T---TT--------------AT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--AT---A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTACTA--TAATACA---T-----------------------------AAA----------------------AAAAAAA--TTT-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAAtttggtatctaa
gi|2 : ttTATTTTTTTTTTTGAAGAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-TTCAACAATAAAAACA----AC----A------A----------CGTAT---------A---------TGAGGT-AAA-ACTCC-CA--AGAG--G--ACC-----------TC---ATACATA-TACTCACCTGGG--TGC--------AGGGCTCCTGTGGATCA---------G---------T---T---------------AT---AA----------G-----C--AT--A--AG----TA------T---------AA--TTA-------GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-CT--TAATACA---T------------TATTTAAAAA--AA-AAAAAAAAAAA-----A----AAAGAAAAAAAAA--TTCTTGGTATTCCGTTGTTATGTAAATAATA
gi|8 : TTTTTTTTTTTTACAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-TCAA----------CA----AC----A------A----------CGTAT---------A---------TGAGGT-AAA-ACCTC-CA-CAGAG--G--CCC-----------TC-C-ATATATA-C-CTCACCTGGG-GAGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TATAGAAAGAA--aatgtatcaaa
gi|14 : TTTTTTTTTTTACAGAATCACATTTTT----ATT-CATTT-T-------------CA----AC----AA-----TAAACAACAA-CGTAT---------A---------TGAGGT-AAA-ACGTC-CA-CAGAA--G--CCC-----------TC-C-ATATATA-C-CTCACCTGGG-GTG
gi|19 : taTTTTTTTTTTGA--GTTTAACATTTTTTCAAATT-CATTT-T-------------CA----ACAA--T------A----------CATATCAACAACGTA---------TGAGGT-AAA-TCCTC-CA-CAGAata
gi|6 : TTTTT----ATT-CATTT-T-------------CAC---AA----TATACAAT----------AATGT---------A---------TGAGGT-AAA--ACTC-AA-CA-AGTAG--CCC-----------TC-C-ATATTGA-C-CACACG-GGG-GTGCC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTT-T---CTGCATGTAGATAGTAAT---AC-----A----G-----AG-ATTGA--AG----TA------T--------------TA--A-----CA-TACA-AAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---C------------TGTTCA
gi|5 : ccatcTTTT----ATT-CATTT-T-------------CA----ACAATATACAA--T----------AATGT---------A---------TGAGGT-AAA-ACTTC-AA-CAGAT--G--CCC-----------TC-C-ATATTGA-C-CACACCGGGG-GTGCC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTATT---CTG------------CAT---GT-----A----GATAGTA--AT--AC-AGAGATTG------T---------AA--GTATTA----ACA-TACA-AAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---C------------TGTTCAAT-T--TT-AT-----TTCACCTTTATTTCAA--CCAAAAACAGTTTC-TGGTATTCT-
gi|18 : AT---------A---------TGAGGT-AAA-ACCTC-CG-CAGAG--G--CCCTCCATAATAAGTC-C-ATATATA-C-CTCACCTAGG-GTGCC-ACTCCTGGGGCTC
gi|13 : aataaacaacaacT-ATA-TA-TC-CG-TAGGG--AACCCC-----------CT-C-AT-TAT--C-CACACCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCT-TGGGT
gi|9 : agttttttatatatacaaaatacaat-TCCTTGCA-CAGA-------TT-----------TT-C-ACATAAT-C-CTCACCAGGG-GTGCTGA-----GGGGCTTCC-TGGATTG---------G---------taagtgtgtagatatgtatactatac
gi|20 : ttttgtttcatgttatctttgacttctgaattagaatatttccaaataacaatgcagacaaattggaacag-C-CACACCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTACC-TGGATAG---------G---------at
gi|16 : aagtaatCCTTGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------A---------T---TTG------------AAA---AA-----A----G-----ATTAT--A--AG----TA------T---------AA--A-A---------A-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--GAAAACATTCT------------TGTTCAATTT--AT-Aatgtataatagttggaataaaacaa
gi|11 : CCTGGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGGTGTAATCG---------T---TAG------------AAT---AA-----A----A-----A--A---A--AGAT--TA------T---------AA--Attc
gi|17 : GGG-GTGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTA------------AAT---AA-----ATATTGT----A--AT--A--AAGAT-TA------T---------AA--GTA--T----TCA-AACGAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---T------------TGTTcttggtatctaattataagtaatatacgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|10 : GG-GTGCC-A-----GGTGCT-CC-TGA--CG---------G-------------TTG------------AAT---AATCATTA----GTGT--A--AT--A--AG----TA------T---------TAGTATA--A----GCATTGCAAAAAGA-----TA-T---TAATACA---TTGTTGTATTGTATATTCAATATCAATAATAACTAATCA-----A---------CAAAAAAA--a
gi|12 : TGCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAT------G---------T---TAG------------AGTTAAAA-----A----A-----A--AT--G--AT----TATACATGT---------AA--ATA--ATTTGGTT-TCTAAAAATAAGTATTA-TA--TGAT
gi|15 : -----GGGGCTCCT-TGGATCG---------G---------TAAGTTT------------AAT---CAGTATGA----A-----A--AT--AGTAA----TA------CAGAGATCGGAA--ATAC-AT---GCA-TGAAAAAAGAT--ACTA-TA--TAACATA---T------------TATTctaattataggtaatatatgatc
Alignments
lowQualScore : 1 1 111111 77777777777777777777777777777 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111111111111 2222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 2
lowQualScore : 3 22 1 1 1 5 0 8888 99 4 8888 4 444444 1 11111111111111111111111111111 666 1 3 44 55 55 55555555555 3 0 777 3 1 0 2 2 55555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 66 5555 1111111111111111 33 0000000 3 00 44 3 55 777 5555555555555555555555555555555555555555555555 11 0 3 3
lowQualScore : . .. . . . . . .... .. . .... . ...... . ............................. ... . . .. .. .. ........... . . ... . . . . . ..... . .............................................................. .. .. .. .... ................ .. ....... . .. .. . .. ... .............................................. .. . . .
lowQualScore : 3 00 0 0 9 6 1 5555 55 0 5555 0 111111 0 99999999999999999999999999999 444 0 3 00 00 00 88888888888 3 4 111 1 0 4 2 4 66666 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 99 88 0000 7777777777777777 99 2222222 3 55 66 6 00 000 1111111111111111111111111111111111111111111111 00 0 3 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT-TTTTTTT-AGAGTTTCACATTTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACAATA----------CG----TAT---------A---TGAGGTAAAACC-TCCG-CAGAG--G--CCC-----------TCC-ATATATA-C-CNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCAT-ACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTGTT------------CAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
Reference ( family-611 ) : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTNNTTTNTTTNTTTTT-TTTTTTTNAGAGTTTCACATTTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACNAT-----------CG----TAT---------A---TGAGGTAAANCC-TCCG-CAGAG--G--CCC-----------TCC-ATATATA-C-CNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCAT-ACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTGTT------------CAA-TATATAT-AAA----AATCAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATGTAAATAATAATGATACAA
gi|1 : TTTTTTATTTTATTTATTTATTTT-TTTTTTTTTACTGTTTCACATTTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACT-T-----------CG----TAT---------A---TGAGGTATATCC-TCCA-CAGAG--G--CCC-----------TCC-ATATATA-C-CTCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCAT-ACAGAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTATT------------CAA-GATATACAAAA----AATCAA--A----ACCAAAAAAA--TTC-TGGTATTCT-TTGTTATG-AAATAATACTGATATAA
gi|10 : tttttttgtttttgGGGTG-CC-A-----GGTGCTCCT---GA-CG---------G---------T---T-G------------AAT---AATCATTA----GTGT--A--AT--A--AG----TA------T---------TAGTATA--A----GCATTGCAAAAAGA-----TA-T---TAATACA---TTGTTGTATTGTATATTCAA-TATCAAT-AAT----AACTAATCA----A-CAAAAAAA--a
gi|11 : CCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGGTGTAATCG---------T---TAG------------AAT---AA-----A----A-----A--A---A--AGAT--TA------T---------AA--A
gi|12 : TG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAT------G---------T---TAG------------AGTTAAAA-----A----A-----A--AT--G--AT----TATACATGT---------AA--ATA--ATTTGGTTT-CTAAAAATAAGTATTA-TA--TGATcttggtatctaattataagtaatatacgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|13 : -TCCG-TAGGG--AACCCC-----------CTC-AT-TAT--C-CACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCT-TGGGTctaattataggtaatatatgatc
gi|14 : agttttttatatatacaaaatacaattatataTATTTTT-TTTTTTACAGAAT--CACATTTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACAATAAACAACAA--CG----TAT---------A---TGAGGTAAAACG-TCCA-CAGAA--G--CCC-----------TCC-ATATATA-C-CTCACCTGGGGTG-taagtgtgtagatatgtatactatac
gi|15 : -----GGGGCTCCT-TGGATCG---------G---------TAAGTTT------------AAT---CAGTATGA----A-----A--AT--AGTAA----TA------CAGAGATCGGAA--ATAC-AT---GCAT-GAAAAAAGAT--ACTA-TA--TAACATA---TTATT------------ata
gi|16 : CCTTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------A---------T---TTG------------AAA---AA-----A----G-----ATTAT--A--AG----TA------T---------AA--A-A---------AT-ACAAAAAGAA--ATTA-TA--GAAAACATTCTTGTT------------CAA-TTTATAT-gtttttacct
gi|17 : GGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTA------------AAT---AA-----ATATTGT----A--AT--A--AAGAT-TA------T---------AA--GTA--T----TCAA-ACGAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTGTT------------tc
gi|18 : CA------ACAAC------------------AT---------A---TGAGGTAAAACC-TCCG-CAGAG--G--CCCTCCATAATAAGTCC-ATATATA-C-CTCACCTAGGGTG-CC-ACTCCTGGGGCTCa
gi|19 : aataaaTTT-TTTTTTT--GAGTTTAACATTTTTTCAAATT--CA-TT----T-TCA------ACAATA----------CA----TATCAACAACGTA---TGAGGTAAATCC-TCCA-CAGA
gi|2 : TATTTTT-TTTTTTGAAGAGTTTCACATTTTT----ATT--CATTT----T-TCA------ACAATAAAAACAACAACG----TAT---------A---TGAGGTAAAACT-CCCA--AGAG--G--ACC-----------T-C-ATACATA-TACTCACCT-GGGTG-C--------AGGGCTCCTGTGGATCA---------G---------T---T---------------AT----A-----A----G-----C--AT--A--AG----TA------T----------A--ATT--A----GCAT-ACAGAAAGAA--ATTA-CT--TAATACA---TTATT------------TAA-AAAAAAA-AAA----AAAAAA--AAAAGA-AAAAAAAA--TTCTTGGTATTCCGTTGTTATGTAAATAATAA
gi|20 : -C-CACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTACC-TGGATAG---------G---------atgtatcaaa
gi|3 : aagtaatTTTTTATTTTT-TTTTTTT-AGAGTTTCACATTTTT----ATTG-CA-TT----TGTCA------ACAATAAAGCAACAA-CG----TAT---------A---TGAGGTAAAACCCTCTATCAGAG--G--CCC-----------TCCCATATATAAC-CTCACCGTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCA---------G---------T---TT--------------AT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--AT---A----GCAT-ACAGAAAGAA--ATTACTA--TAATAC------------------------------AT-AAA--------------------AAAAAAA--TTT-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAAatgtataatagttggaataaaacaa
gi|4 : TTTTTT-TTTAATTTATTTTTTATT-TTTTTTT---------ATATTTTT----ATTTTCA-GTATACT-TAAT-----ACAAA-----------CA----GA----------G---CGAGACAATACC-TCCG-CAGAG--G--CTC-----------TCA-A-ATAAATC-CACACCT-GGGTGTCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGATGTAATCG---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--ATTTGGTAT-CTA-----TA--ATTA-TAATTAATATA---TGATC------------TAA-T-TATA
gi|5 : TTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACAATATA--------CAATAATGT---------A---TGAGGTAAAACT-TCAA-CAGAT--G--CCC-----------TCC-ATATTGA-C-CACACCGGGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTATT---CTG------------CAT---GT-----A----GATAGTA--AT--AC-AGAGATTG------T---------AA--GTATTA----ACAT-AC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTGTT------------CAATTTTATTT-CACCTTTATTTCA--A----C-CAAAAACAGTTTC-TGGTATTCagtaatatatgatcta
gi|6 : TTTTT----ATT--CA-TT----T-TCACAATATACAAT-----------AA----TGT---------A---TGAGGTAAAAC--TCAA-CA-AGTAG--CCC-----------TCC-ATATTGA-C-CACACG-GGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTT-T---CTGCATGTAGATAGTAAT---AC-----A----G-----AG-ATTGA--AG----TA------T--------------TA--A-----CAT-AC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTGTT------------CAt
gi|7 : ccatcTTTTT-TTTTTTTTTTTTTTTTTT-T---TTTAAGAGTTTTATATTT-------TT--TA-TT----T-TCA------G-TATA----------CA----AAT---------AGAGCAAGGCAATACC-TCCG-CAGAG--G--CTC-----------TCA-A-ATAAT-C-CACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAAT-----G---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----
gi|8 : tagcTTTT-TTTTTTTTACAGTTTCACATTTTT----ATT--CA-TT----T-TCA------ACAACAA---------CG----TAT---------A---TGAGGTAAAACC-TCCA-CAGAG--G--CCC-----------TCC-ATATATA-C-CTCACCTGGGGAG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCAT-ATAGAAAGAA--tttggtatctaa
gi|9 : -----------TTC-ACATAAT-C-CTCACCAGGGGTG-CTGA-----GGGGCTTCC-TGGATTG---------G---------
Alignments
lowQualScore : 1 11 111 111111 55555555555555555555555555555555555 111 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111111111111 2222222 222222222222 5555555555555555555555555555555 11 1 1 1
lowQualScore : 3 44 1 3 33 000 7777 3 3 3 666666 44 33333333333333333333333333333333333 111 3 1 44 55 55 55555555555 3 3 1 7777 1 2 2 55555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 66 5555 1111111111111111 33 4444444 3 00 44 3 55 777 000000000000 6666666666666666666666666666666 11 0 3 3
lowQualScore : . .. . . .. ... .... . . . ...... .. ................................... ... . . .. .. .. ........... . . . .... . . . ..... . .............................................................. .. .. .. .... ................ .. ....... . .. .. . .. ... ............ ............................... .. . . .
lowQualScore : 3 77 0 2 88 888 7777 6 6 6 777777 66 11111111111111111111111111111111111 777 3 0 00 00 00 88888888888 3 3 7 3333 0 2 4 66666 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 99 88 0000 7777777777777777 99 0000000 3 55 66 6 00 000 555555555555 6666666666666666666666666666666 00 0 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
Reference ( family-611 ) : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
gi|1 : TTTTTTATTTTATTTATTTATTTT-TTTTTTTTTA-CTGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC----T---------T----------CG--TA---------TA---TGAGGTATAT-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTA------------TTCAA-GATATACAAAA----AATCAA--A----ACCAAAAAAA--TTC-TGGTATTCT-TTGTTATG-AAATAATACTGATATAA
gi|10 : tttttttgtttttgGGGTG-CC-A-----GGTGCT-CC-TGA--CG---------G-------------TTG------------AAT---AATCATTA----GTGT--A--AT--A--AG----TA------T---------TAGTATA--A----GCATTGCAAAAAGA-----TA-T---TAATACA---TTGTTGTATTGTATATTCAA-TATCAAT-AAT----AACTAATCA----A-CAAAAAAA--a
gi|11 : CCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGGTGTAATCG---------T---TAG------------AAT---AA-----A----A-----A--A---A--AGAT--TA------T---------AA--A
gi|12 : TG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAT------G---------T---TAG------------AGTTAAAA-----A----A-----A--AT--G--AT----TATACATGT---------AA--ATA--ATTTGGTT-TCTAAAAATAAGTATTA-TA--TGATcttggtatctaattataagtaatatacgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|13 : TTTTT----AT---ATAT-A-CA------A---AAT---------A----------CAATTA---------TA---TA-----------TCCG-TAGGG--AACCCC-----------C-T-CAT-TAT---CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCT-TGGGTctaattataggtaatatatgatc
gi|14 : agtTTTT--TTTTTTTA-CAGAATCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------AAACAACAA--CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CGTCCA-CAGAA--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-taagtgtgtagatatgtatactatac
gi|15 : ta-----GGGGCTCCT-TGGATCG---------G---------TAAGTTT------------AAT---CAGTATGA----A-----A--AT--AGTAA----TA------CAGAGATCGGAA--ATAC-AT---GCA-TGAAAAAAGAT--ACTA-TA--TAACATA---TTA------------TTata
gi|16 : CCTTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------A---------T---TTG------------AAA---AA-----A----G-----ATTAT--A--AG----TA------T---------AA--A-A---------A-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--GAAAACATTCTTG------------TTCAA-TTTATAT-gtttttacct
gi|17 : GGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTA------------AAT---AA-----ATATTGT----A--AT--A--AAGAT-TA------T---------AA--GTA--T----TCA-AACGAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTtc
gi|18 : A------AC--AAC---------A-----------A--CA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCCTCCATAATAAGT-C-CATATAT-A-CCTCACCTAGGGTG-CC-ACTCCTGGGGCTCa
gi|19 : aataTTT--TTTTTTT--GAGTTTAACATTTTTTCAAATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CA--TATCAACAACGTA---TGAGGTAAAT-CCTCCA-CAGA
gi|2 : TATTTTT--TTTTTTGAAGAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-TTCA------AC--AAT---------AAAAACAACAACG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CTCCCA--AGAG--G--ACC-----------T-CATACATAT-A-C-TCACCTGGG-TG-C--------AGGGCTCCTGTGGATCA---------G---------T---T---------------AT---AA----------G-----C--AT--A--AG----TA------T---------AA--TTA-------GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-CT--TAATACA---TTA------------TTTAA-AAAAAAA-AAA----AAAAAA--AAAAGA-AAAAAAAA--TTCTTGGTATTCCGTTGTTATGTAAATAATAA
gi|20 : -CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTACC-TGGATAG---------G---------atgtatcaaa
gi|3 : aagtaatTTTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATTGCATTTGT-CA------AC--AATAAAGCAACAA----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAACCCTCTATCAGAG--G--CCC-----------TCC-CATATATAA-CCTCACCGTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCA---------G---------T---TT--------------AT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--AT---A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTACTA--TAATAC------------------------------AT-AAA--------------------AAAAAAA--TTT-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAAatgtataatagttggaataaaacaa
gi|4 : TTTTT-TTTTA---ATTTATTTTT--TATTTTT-----TTTTATATTTTT---------ATTT-T-CAGTAT--ACTTAAT---------A----------CA--AA---------CAGAGCGAGACAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-ATCCACACCT-GGGTGTCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGATGTAATCG---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--ATTTGGTA-TCTA-----TA--ATTA-TAATTAATATA---TGA------------TCTAA-T-TATA
gi|5 : TTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------TA--CAATAATG---TA---TGAGGTAAAA-CTTCAA-CAGAT--G--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACCGGGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTATT---CTG------------CAT---GT-----A----GATAGTA--AT--AC-AGAGATTG------T---------AA--GTATTA----ACA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTG------------TTCAATTTTATTT-CACCTTTATTTCA--A----C-CAAAAACAGTTTC-TGGTATTCagtaatatatgatcta
gi|6 : TTTTT----ATT-CATTT-T-CACAATATAC--AAT---------A-----------A--TG---------TA---TGAGGTAAAA-C-TCAA-CA-AGTAG--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACG-GGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTT-T---CTGCATGTAGATAGTAAT---AC-----A----G-----AG-ATTGA--AG----TA------T--------------TA--A-----CA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTG------------TTCAt
gi|7 : ccatcTTTTTT-TTTT-TTTTT---TTTTT--TTTTTTAA-GAGTTTTATATTT-------TT-TATTT-T-CA------GT---AT---------A----------CA--AA---------TAGAGCAAGGCAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-T-CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAAT-----G---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----
gi|8 : tagctTTTTT--TTTTTTTA-CAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AACA--------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGAG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TATAGAAAGAA--tttggtatctaa
gi|9 : -----------T-T-CACATAA-T-CCTCACCAGGGGTG-CTGA-----GGGGCTTCC-TGGATTG---------G---------
Alignments
lowQualScore : 1 11 111 111111 55555555555555555555555555555555555 111 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111111111111 2222222 222222222222 5555555555555555555555555555555 11 1 1 1
lowQualScore : 3 44 1 3 33 000 7777 3 3 3 666666 44 33333333333333333333333333333333333 111 3 1 44 55 55 55555555555 3 3 1 7777 1 2 2 55555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 66 5555 1111111111111111 33 4444444 3 00 44 3 55 777 000000000000 6666666666666666666666666666666 11 0 3 3
lowQualScore : . .. . . .. ... .... . . . ...... .. ................................... ... . . .. .. .. ........... . . . .... . . . ..... . .............................................................. .. .. .. .... ................ .. ....... . .. .. . .. ... ............ ............................... .. . . .
lowQualScore : 3 77 0 2 88 888 7777 6 6 6 777777 66 11111111111111111111111111111111111 777 3 0 00 00 00 88888888888 3 3 7 3333 0 2 4 66666 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 99 88 0000 7777777777777777 99 0000000 3 55 66 6 00 000 555555555555 6666666666666666666666666666666 00 0 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
Reference ( family-611 ) : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
gi|1 : TTTTTTATTTTATTTATTTATTTT-TTTTTTTTTA-CTGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC----T---------T----------CG--TA---------TA---TGAGGTATAT-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTA------------TTCAA-GATATACAAAA----AATCAA--A----ACCAAAAAAA--TTC-TGGTATTCT-TTGTTATG-AAATAATACTGATATAA
gi|10 : tttttttgtttttgGGGTG-CC-A-----GGTGCT-CC-TGA--CG---------G-------------TTG------------AAT---AATCATTA----GTGT--A--AT--A--AG----TA------T---------TAGTATA--A----GCATTGCAAAAAGA-----TA-T---TAATACA---TTGTTGTATTGTATATTCAA-TATCAAT-AAT----AACTAATCA----A-CAAAAAAA--a
gi|11 : CCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGGTGTAATCG---------T---TAG------------AAT---AA-----A----A-----A--A---A--AGAT--TA------T---------AA--A
gi|12 : TG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAT------G---------T---TAG------------AGTTAAAA-----A----A-----A--AT--G--AT----TATACATGT---------AA--ATA--ATTTGGTT-TCTAAAAATAAGTATTA-TA--TGATcttggtatctaattataagtaatatacgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|13 : TTTTT----AT---ATAT-A-CA------A---AAT---------A----------CAATTA---------TA---TA-----------TCCG-TAGGG--AACCCC-----------C-T-CAT-TAT---CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCT-TGGGTctaattataggtaatatatgatc
gi|14 : agtTTTT--TTTTTTTA-CAGAATCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------AAACAACAA--CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CGTCCA-CAGAA--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-taagtgtgtagatatgtatactatac
gi|15 : ta-----GGGGCTCCT-TGGATCG---------G---------TAAGTTT------------AAT---CAGTATGA----A-----A--AT--AGTAA----TA------CAGAGATCGGAA--ATAC-AT---GCA-TGAAAAAAGAT--ACTA-TA--TAACATA---TTA------------TTata
gi|16 : CCTTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------A---------T---TTG------------AAA---AA-----A----G-----ATTAT--A--AG----TA------T---------AA--A-A---------A-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--GAAAACATTCTTG------------TTCAA-TTTATAT-gtttttacct
gi|17 : GGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTA------------AAT---AA-----ATATTGT----A--AT--A--AAGAT-TA------T---------AA--GTA--T----TCA-AACGAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTtc
gi|18 : A------AC--AAC---------A-----------A--CA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCCTCCATAATAAGT-C-CATATAT-A-CCTCACCTAGGGTG-CC-ACTCCTGGGGCTCa
gi|19 : aataTTT--TTTTTTT--GAGTTTAACATTTTTTCAAATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CA--TATCAACAACGTA---TGAGGTAAAT-CCTCCA-CAGA
gi|2 : TATTTTT--TTTTTTGAAGAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-TTCA------AC--AAT---------AAAAACAACAACG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CTCCCA--AGAG--G--ACC-----------T-CATACATAT-A-C-TCACCTGGG-TG-C--------AGGGCTCCTGTGGATCA---------G---------T---T---------------AT---AA----------G-----C--AT--A--AG----TA------T---------AA--TTA-------GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-CT--TAATACA---TTA------------TTTAA-AAAAAAA-AAA----AAAAAA--AAAAGA-AAAAAAAA--TTCTTGGTATTCCGTTGTTATGTAAATAATAA
gi|20 : -CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTACC-TGGATAG---------G---------atgtatcaaa
gi|3 : aagtaatTTTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATTGCATTTGT-CA------AC--AATAAAGCAACAA----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAACCCTCTATCAGAG--G--CCC-----------TCC-CATATATAA-CCTCACCGTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCA---------G---------T---TT--------------AT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--AT---A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTACTA--TAATAC------------------------------AT-AAA--------------------AAAAAAA--TTT-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAAatgtataatagttggaataaaacaa
gi|4 : TTTTT-TTTTA---ATTTATTTTT--TATTTTT-----TTTTATATTTTT---------ATTT-T-CAGTAT--ACTTAAT---------A----------CA--AA---------CAGAGCGAGACAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-ATCCACACCT-GGGTGTCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGATGTAATCG---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--ATTTGGTA-TCTA-----TA--ATTA-TAATTAATATA---TGA------------TCTAA-T-TATA
gi|5 : TTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------TA--CAATAATG---TA---TGAGGTAAAA-CTTCAA-CAGAT--G--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACCGGGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTATT---CTG------------CAT---GT-----A----GATAGTA--AT--AC-AGAGATTG------T---------AA--GTATTA----ACA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTG------------TTCAATTTTATTT-CACCTTTATTTCA--A----C-CAAAAACAGTTTC-TGGTATTCagtaatatatgatcta
gi|6 : TTTTT----ATT-CATTT-T-CACAATATAC--AAT---------A-----------A--TG---------TA---TGAGGTAAAA-C-TCAA-CA-AGTAG--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACG-GGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTT-T---CTGCATGTAGATAGTAAT---AC-----A----G-----AG-ATTGA--AG----TA------T--------------TA--A-----CA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TA--TAACATA---CTG------------TTCAt
gi|7 : ccatcTTTTTT-TTTT-TTTTT---TTTTT--TTTTTTAA-GAGTTTTATATTT-------TT-TATTT-T-CA------GT---AT---------A----------CA--AA---------TAGAGCAAGGCAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-T-CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAAT-----G---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----
gi|8 : tagctTTTTT--TTTTTTTA-CAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AACA--------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGAG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TATAGAAAGAA--tttggtatctaa
gi|9 : -----------T-T-CACATAA-T-CCTCACCAGGGGTG-CTGA-----GGGGCTTCC-TGGATTG---------G---------
blockSeqs : . A T T . AAG TCAA G G T CAATAT TT AAAAACAACAACGTA GAG C G AT TA AC TCCATAATAAG C A T TAA A T G CTCCT G GTGAGCTTTTCTGCATGTAGATAGTAATACAG TT TG GT AGAT CAGAGATCGG GT ATTTG T GT C AT TTC TTGTATTGTATA TTTTATTTCACCTTTATTTCAAC GT T G T
blockSeqs : . T A T . AC . . . . GTAT . ACATATCAACAACG GAG . C G . . . . . T AAT T . . . . GTGAGCTTATTCTGCATGTAGATAGT G . C GAT TACATGT . ATTTG . . . . . . AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA . . . .
blockSeqs : T . . AG . . . . . . AAAGCAACAACGTA . . C A . . . . . T TA T . . . . GATGTAATCGTTAGAATAAAAA . . . AT T . CAT . . . . . . TATCAATAATAACTAATCAA . .
blockSeqs : . AG . . . . . . AAACAACAACGTA . . T G . . . . . C TA T . . . . GGTGTAATCGTTAGAATAAAA . . . . T . TTA . . . . . . ATAAA .
blockSeqs : . AC . . . . . . ATACAATAATG . . C A . . . . . T TA A . . . . GTAAGTTTAATCAGTATGAA . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . ACAATTA . . C A . . . . . T GA T . . . . GTTGAATAATCATTAGTGT . . . . T . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AACGTA . . T G . . . . . T GA A . . . . GATGTTAGAGTTAAAAAA . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ACAAA . . C A . . . . . T AT A . . . . GTTTAAATAAATATTGT . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . ACAAA . . C A . . . . . C TA A . . . . GAATGTTAGAATAAAAA . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AACA . . . G . . . . . . AT A . . . . ATTTGAAAAAAG . . . . T . A . . . .
blockSeqs : . . AATG . . . A . . . . T T . . . . GTTTGAATAAAG . . . . T . . . .
blockSeqs : T . . . . GTTTATAAAG . . . . T . .
blockSeqs : . . . . GTTATAAG . . . . T .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** AATAAAAA***********************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAA-TATATAT-AAA----AATTAA--A----A-CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTT--TTTTTTTA-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TA--TAATACA---TTG------------TTCAAAATAAAAA-----------------------CAAAAAAA--TTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 111111 55555555555555555555555555555555555 111 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111111111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666 1 1 1
lowQualScore : 3 7 1 6 5555 7777 3 3 3 666666 44 33333333333333333333333333333333333 111 3 1 44 55 55 55555555555 3 3 1 7777 1 2 2 55555 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 33 66 5555 1111111111111111 33 88888888 3 1 55 4 777 22222222222222222222222222222222222 3 3 3
lowQualScore : . . . . .... .... . . . ...... .. ................................... ... . . .. .. .. ........... . . . .... . . . ..... . .............................................................. .. .. .. .... ................ .. ........ . . .. . ... ................................... . . .
lowQualScore : 3 3 0 0 8888 7777 6 6 6 777777 66 11111111111111111111111111111111111 777 3 0 00 00 00 88888888888 3 3 7 3333 0 2 4 66666 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 99 88 0000 7777777777777777 99 00000000 6 3 00 0 888 77777777777777777777777777777777777 3 3 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTTTTTTTTT-A-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TATAATACA---TTGTTCAAAA-A---AAAA----------A--------------AAAAAATTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
Reference ( family-611 ) : NNNNNNNNNNNNNNTTTTTT-TTTTATTTNTTTATTTTTTTTTTTT-A-GAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCNCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAAAAAGAA--ATTA-TATAATACA---TTGTTCAAAATA---AAAA---------CA--------------AAAAAATTC-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAA
gi|1 : TTTTTTATTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTA-CTGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC----T---------T----------CG--TA---------TA---TGAGGTATAT-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-TATAATACA---TTATTCAAGATATACAAAAAATCAAAACCA--------------AAAAAATTC-TGGTATTCT-TTGTTATG-AAATAATACTGATATAA
gi|10 : tttttttgtttttgGGGTG-CC-A-----GGTGCT-CC-TGA--CG---------G-------------TTG------------AAT---AATCATTA----GTGT--A--AT--A--AG----TA------T---------TAGTATA--A----GCATTGCAAAAAGA-----TA-T-TAATACA---TTGTTa
gi|11 : CCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGGTGTAATCG---------T---TAG------------AAT---AA-----A----A-----A--A---A--AGAT--TA------T---------AA--Agtattgtatattcaatatcaataataactaatcaacaaaaaaa
gi|12 : TG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAT------G---------T---TAG------------AGTTAAAA-----A----A-----A--AT--G--AT----TATACATGT---------AA--ATA--ATTTGGTT-TCTAAAAATAAGTATTA-TATGATcttggtatctaattataagtaatatacgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|13 : TTTTT----AT---ATAT-A-CA------A---AAT---------A----------CAATTA---------TA---TA-----------TCCG-TAGGG--AACCCC-----------C-T-CAT-TAT---CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCT-TGGGTctaattataggtaatatatgatc
gi|14 : agtTTTTTTTTTTT-A-CAGAATCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------AAACAACAA--CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CGTCCA-CAGAA--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGTG-taagtgtgtagatatgtatactatac
gi|15 : ta-----GGGGCTCCT-TGGATCG---------G---------TAAGTTT------------AAT---CAGTATGA----A-----A--AT--AGTAA----TA------CAGAGATCGGAA--ATAC-AT---GCA-TGAAAAAAGAT--ACTA-TATAACATA---TTATTata
gi|16 : CCTTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------A---------T---TTG------------AAA---AA-----A----G-----ATTAT--A--AG----TA------T---------AA--A-A---------A-TACAAAAAGAA--ATTA-TAGAAAACATTCTTGTTCAAgtttttacct
gi|17 : GGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTA------------AAT---AA-----ATATTGT----A--AT--A--AAGAT-TA------T---------AA--GTA--T----TCA-AACGAAAAGAA--ATTA-TATAATACA---TTGTTtttatattc
gi|18 : A------AC--AAC---------A-----------A--CA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCG-CAGAG--G--CCCTCCATAATAAGT-C-CATATAT-A-CCTCACCTAGGGTG-CC-ACTCCTGGGGCTCa
gi|19 : aataTTTTTTTTTT---GAGTTTAACATTTTTTCAAATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------CA--TATCAACAACGTA---TGAGGTAAAT-CCTCCA-CAGA
gi|2 : TATTTTTTTTTTTG-AAGAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-TTCA------AC--AAT---------AAAAACAACAACG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CTCCCA--AGAG--G--ACC-----------T-CATACATAT-A-C-TCACCTGGG-TG-C--------AGGGCTCCTGTGGATCA---------G---------T---T---------------AT---AA----------G-----C--AT--A--AG----TA------T---------AA--TTA-------GCA-TACAGAAAGAA--ATTA-CTTAATACA---TTATTTAAAAAA---AAAA---------AAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATTCTTGGTATTCCGTTGTTATGTAAATAATAA
gi|20 : -CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTACC-TGGATAG---------G---------atgtatcaaa
gi|3 : aagtaatTTTTTATTTTTTTTTTTT-A-GAGTTTCACATTTTT----ATTGCATTTGT-CA------AC--AATAAAGCAACAA----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAACCCTCTATCAGAG--G--CCC-----------TCC-CATATATAA-CCTCACCGTGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCA---------G---------T---TT--------------AT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--AT---A----GCA-TACAGAAAGAA--ATTACTATAATACA---T-----AAA--------------------A--------------AAAAAATTT-TGGTATTCC-TTGTTATG-AAATAATAATGATACAAatgtataatagttggaataaaacaa
gi|4 : TTTTTT-TTTAATTTATTTTTTATTTTTTTTT----------ATATTTTT---------ATTT-T-CAGTAT--ACTTAAT---------A----------CA--AA---------CAGAGCGAGACAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-ATCCACACCT-GGGTGTCC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGATGTAATCG---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----
gi|5 : TTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AAT---------A----------TA--CAATAATG---TA---TGAGGTAAAA-CTTCAA-CAGAT--G--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACCGGGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTATT---CTG------------CAT---GT-----A----GATAGTA--AT--AC-AGAGATTG------T---------AA--GTATTA----ACA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TATAACATA---CTGTTCAAtttggtatctataattataattaatatatgatctaattataagtaatatatgatcta
gi|6 : TTTTT----ATT-CATTT-T-CACAATATAC--AAT---------A-----------A--TG---------TA---TGAGGTAAAA-C-TCAA-CA-AGTAG--CCC-----------T-C-CATATTG-A-CCACACG-GGGGTG-CC-A-----GGGACTCCC-TGGATCG---------GTGAGCTTT-T---CTGCATGTAGATAGTAAT---AC-----A----G-----AG-ATTGA--AG----TA------T--------------TA--A-----CA-TAC-AAAAGAA--ATTA-TATAACATA---CTGTTCAttttatttcacctttatttcaaccaaaaacagtttctggtattct
gi|7 : ccatcTTTTT-TTTT-TTTTTTT-TTTTTTTTTTTA-A-GAGTTTTATATTT-------TT-TATTT-T-CA------GT---AT---------A----------CA--AA---------TAGAGCAAGGCAATA-CCTCCG-CAGAG--G--CTC-----------T-C-AA-ATAA-T-CCACACCTGGGGTG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATAGGAAT-----G---------T---TAG------------AATA--AA-----A----A-----A--AT--G--AT----TA------T---------AA--ATA--A----
gi|8 : tagcTTTTTTTTTTTT-A-CAGTTTCACATTTTT----ATT-CATTT-T-CA------AC--AACA--------A----------CG--TA---------TA---TGAGGTAAAA-CCTCCA-CAGAG--G--CCC-----------T-C-CATATAT-A-CCTCACCTGGGGAG-CC-A-----GGGGCTCCC-TGGATCG---------G---------T---TTG------------AAT---AA-----A----G-----A--AT--A--AG----TA------T---------AA--ATA--A----GCA-TATAGAAAGAA--tttggtatctaa
gi|9 : -----------T-T-CACATAA-T-CCTCACCAGGGGTG-CTGA-----GGGGCTTCC-TGGATTG---------G---------