lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                
lowQualScore                  :                                      11111          11111      6666666666666666666  11111                     6666666                                 8888888888888888888888888888             8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   1   1        
lowQualScore                  :                         0    4   4   99999   4      22222   1  4444444444444444444  00000  99    3 33    3    1111111  0  4      5 5        5  2      8888888888888888888888888888  7          4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   1   0        
lowQualScore                  :                         .    .   .   .....   .      .....   .  ...................  .....  ..    . ..    .    .......  .  .      . .        .  .      ............................  .          ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................   .   .        
lowQualScore                  :                         9    4   1   99999   0      55555   7  2222222222222222222  88888  00    6 11    6    0000000  1  4      0 0        7  5      8888888888888888888888888888  7          5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   5   5        
consensus                     :                   TAATTTGTTAGTAATGAAA--TGTTCC-TAAATTC-TAGAGAATTTTAG----A------NGN-GCA----ATA-CCTG-GGCCATT-ATTG-------AACGC-CAACTT-T-TCATGAAA-AANCTGAACGC----GCAC-----GTNA---------AGNTGTAAACAAAGATCG--TGG-------GCA-------AGC----TCTGGTAGCCGGNTTCGATA----------T-TT-------AAGTATCAATTA-ANTC-TTGCAATATTT-CGACCCTCTTTTA---C-----A-----GGACC-AGCA-----AAT-ATCATTC---AC--AATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA---C---GT---TGAAA------ACGC------GCG--TAA-CTGTG---A--TATTG--------C------TCG----C-G---------------------T-------------T-----------TC--------TA---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT--AT-AAN--------------ANATAGTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTTATTGAACTTATATAC---TAGGTGNATANTGGCACTC
Reference ( gi|2 )            :                   TAATTTGTTAGCAATGAAA--TAATCC-TAAATTC-CAGAGAATTGTAG---GA------AGA-GCG----ATG-CCTG-GATCATT-ATTG--TACGAAACGC-CAACTT-T-TCATGAAA-AACCTAAACAT----GCAT-----GTTA---------AGTTGTAAACAAAGATTGCGTGA------TATA-------AAC----TTTGGTAGCCAATTTCGATA----------T----------AAGTATTAATCA-GTTC-TTGTAATTTTC-CGAC--------A---C-----A-----GGATC-AGCA-----AAT-ATCAT-----AC--AATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA---A---GT---TGAAA------ACTC------GCG--TAA-CTGTA---A--TATTG--------C------TCG----C-A---------------------T-------------T-----------TC--------TA---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT--ATCAAC--------------ATATAGTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTTATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTC
gi|8                          :                   TAATTTGTTATTGATGAAACGTA--CC-TAAATTC-TAGACAATTTGAG-----------CGT-GCA----ATA-CCTT-GACCATT-AATC--T--TAAACAC-CAACTT-T-TC--GAAG-AA
gi|10                         :                taaTAACTCATTAGTGATTAAA--TTGTCCCTAAATGT-TAGAGGGTTTTA-----A------CGG-GCA----ATA-TCTG-AGTCATT-ATTG-------AACAC-CAACTA-T-TCATGAAA-taataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|7                          : ttatcatataattgatatTATTTTATTAGCAATGAAA--TATTTC-TAAAATG-TA---AATTGTAGATAAA------ATA-ACGTAAAATA-CTTG-GGTCATT-ATTGAATGCGAAtaatggggtcccctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|20                         :                taaTGATTCTTTAGTAAT-AAA--TGTTTC--AAATTTGTAGAGAATTTCAG---C--------GT-GCG----ATA-CGTT-GGCTAAT-ATTG-------AACGT-CAACAT-T-TCATGGAA-ctaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|18                         :           tacatgtaaAATTTGTAAATAATGAAA--AGATCT-T----TT-CA-AGACTT-TAG---AA------AG---CA----ATA-CCTG-GACCATT-ATTG-------AATGCACAGCTT-TATCATGAAta
gi|6                          :                  aaaATTTGTTTGTGATGAAA--TGTTCC-TAAATTT--------TTACAT---GC------AT--GCA----ATA-CCTG-GTCCATTTATAA--TA-GAAA-GC-CAACTTGT-TTATGAAATAACtaggatccacacggaaacatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|23                         :              aatagcgATTTGTTAGTAATAAAA--TGTTCC-TACATTT-T------TTTTAG---GATTTTGGTGT-GCA----ATG-CCTG-GACCATT-ACTG--AACaggatccatagataaagttcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|1                          :                 taattTTTTTT-GTAGTGAGA--CATTTC-CAAATTC-TGGAAATTTTTAG---CA------TG---CA----ATA-CAAG-AGTCACT-G----------AACGA-CATCTT-T-TGATGGAA-TAATTGAATTC----GCACCAAGCGTTATTACACTTTAGTTGTAAACAAAAATTG--TGAATCAACTACAGTGTGGTAACA---TCTGGTAGCTAGATTCAATG----------TGTT-------ATCTATTAATTA---TC-----AATT------AC--------AGTTC-----A-----GGGCC-AAGA-----CAT-ATTGTTTTTCAC--AATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAAC--G---GT---TAAAT------ATGT------GCT--CAA-ATGTG---A--TATTGTATACA--T------TCA----C-ATCAGTACCAACAATGCCTCAGT-------------T-----------TC--------TA---AG--------------CATGATGAGAA---AGT--------AA-ATAAACT--ATCAACAAATGGCAACCAAAACATGGTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATTATAGAACT--TATAC---TA-GTGGATAGTGACACTCttccacttcttga
gi|16                         :                        TATTAATAATGAAA--CATTCC-TACATTC-TAGAGAATTTTAgataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|17                         :                    atgacaTTAGTGAT-AAA--TTTCCC-TAAATGT-TAGAGGGTTTTA-----A------CGG-GCA----ATAATCTGAGTTCATT-ATTG-------AACAC-CAACTA-T-TCATGAAA-Accatgcactatcaagccattatcatctaagaatgcaattttttgggggtgaaataataggatctgtaatgaaactatacaggtttaatattactgcact
gi|19                         :                                       tattaatcaAAATGC-TACAGAACTTTAG---C--------GT-ACA----ATT-TCTG-GGCAACT-ATTG--TACG-----C-AAACTT-T-TCATGAAA-taatggaggtccctccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|9                          :                                                  ATTC-CAGAGAAATTT-------------AGATGCA----ATA-CCTG-GACCATA-TTTG-------AACGT-CAGCtaaatgacccgttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|8                          :                                                                                                                                                 CTAAACGTTACTGCAC-----TTGA---------AGATGTAGACAAAGATCGATTG--------GTA-------AGC----TCCGATGGTCGGATTCAATATTTCATCTATT----------AAATATCAATTACGCT--TTGCAATATTT-CGGCCCTCTTTTA---CATTTAA-----GGTTT-AGCA-----AAT-ATTATTC---AT--AATTTatgtcattaatcattaaatatgtaaatatgatccgaatgggagcgcaccttgtgcaagttcaaaacgttattgcacgccaaggtgtaaacaaatctgtggaagccgggtttgatattctgtctatttagtatcaattcattcttcttatatttctacccagtaaatatcttttcacaatttgaaacatttcacaagcaatgatcgatgcacttgtatgaacgttga
gi|9                          :              taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgT----GCAC-----GCCA---------AGGTGTAAACAAA---TCTGTGG---------A-------AGCCGGGTTTGATATTC--TGTCTATT----------T----------A-GTATCAATTC-ATTC-TTCTTATATTT-CTAC---------------------------CC-AGTA-----AAT-ATCTTTTC--AC--AATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA---C---GT---TGA
gi|4                          :                                                                                           attccagagaaatttagatgcaatacctggaccatatttgaacgtcagcatgtcattaatcattaaatatgtaaatatgatccgaatgggagcgcaccttgtgcaagttcaaaacgttatA-------AGT----TCTGGTAGCCGGCTTCGATA----------TTTTCTTTATTAAGTGTCAATCA-AATCGTTGT-----TCACAAT--------G---A-----A-----AGACC-AAAA-----AAT-ATAAT-----TCCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC---C---GTTTGTGTAA--------TA------GTGATTAACCCATG---A--TGTTG--------CAACCATCCA----C-A---------------------T-------------CAGTGCCAATAATG--------CA---A---------------CTCAACGAGAATTTAATACTTTGTAGACATAAAGTAGATAAAA--------------AAATGCTT-TAGCTAT-ATA--ATAAAGGAGTTAGTGAACTTATA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 ----------AAATATTGAACG-ANTT-TTGCAATATTT-CGGCCCTCTTTTA---C-----AATTAAGGTTTTAGCA-----AAT-ATCATTC---AT--AATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA---C---AA---AGAGG------ACGT------GC-----A-C-GTATTCA--TATCGGCGCCAATC------ACGTTT-C-AG--------------------T-------------T-----------TC--------TA---A---------------CTTACCGAGAA---AAT--------GA-Accagtgactagcagtacccgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tttg-----A-----GGACC-AAGG-----AAT-ATTAT-----T-----TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATCGT---TGATA------ACCT------GCA--TAA-CTCTG---A--TACTG--------CATGTATTCA----T-A---------------------TCAGTGCCAAATCCT-----------TCAGTT----TATACA---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA--AT-GAT--------------AAATAGTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGATATTGAACT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                          cactttagctgttaacaatgatggcggacttgctaccgctacatgtatttgctatggttaatggttttgatattttgtcttgtaatatttggaccttgatttacagttaata-----A-----GGATT-AGCATTTATAATTATCATTC---AC--AATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GC---AAT-GATGGA--CG---------------------AA------ACGT------GCG--TGT-CTGTG---A--TATTGAAT-----G------TCGTTAAT-G---------------------T-------------T-----------TCAA------TATGCA---------------ATGGACGAGAA---AAT--------GA-AC----------------------------TATAG-------TAAAATG--ATAAAATAATGATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|24                         :                                                                                                                                                        aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaataacaggatccatagataaagttcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagtta-----A-----GGACC-AGCA-----GAT-AT------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA---T---GT---TCAAACAGTTCACT-------GTG--TAA-CTGTg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -----AC--AATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA---C---TT---TGAAA------ACGT------GCG--TAA-TTGTG---A--TGTTG--------C------TTG----C-A---------------------T-------------TCACA-------TCGGTGTCAATA---ATGCTTTAGTTTCTAACTTGGCGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT--GTCAGCATAAAGCAATAGAAATATAGTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA---C---AT---TGAGC------ATACATGTAAGTA--TAA-CTGTG---A--AATTG--------C------gtaata
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aataaattgacgaaggtaatTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT---------------AT---TGGA----------C------GCG--TAC-CTGTA---ATTTATTG--------C------ACG----CGG---------------------C-------------T-----------TC--------TA---A---------------GTTGA--GGAA---ATT--------GA-atgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA--ATGAAA--------------A-ATAG-T-TA--TATAGT---ATA--GGAGATACTGAACTta

Unaligned ( gi|5 ): TAAGTTATGGTAATCGGTTTCGATGTTTTTTAAAAATATTTTTTTAAAAATATTAATCAATATTCTCATGTTTCAGTTCAGATTTAGTATCAAGGATCATAGAGTCTTAGTCACAATTTAAAACGTTTCTCTAGCATTGATTAATCAATGGAGCGAATGTTTTATATCGCAAGCTTACATGTATACATCGGCACTCCAATTATAAACCGGAATCGCAAATTAATAGATTATAGCAATACAAGTATAAAACAAACAAACCGAAATGTGTTTAGTTATGTAATAAAGGGTTAATTAAACTTACTATGACAATTGTTGGGTGTAAAAAATCACTCGTAAGCTCCCCGCGTTTGTGTAT
Unaligned ( gi|14 ): TTCTTATGTAATTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACATTCTAAAGAAGTTTAGTTTGCAATATAACTGAATCACTTTTAGACGACAATTTTTTCATGAAATAATAGAATCCGCACCAAATCGTTCCGGGTACAAGTTAATGC
Unaligned ( gi|21 ): TATAGAATAAAAGTGCTACTAAATTTACACTGGTGACTAATGACACTTGTTGGGTATAAGAAATCGCTCACAAGTTCGCATATCTTTAAACCCA
Unaligned ( gi|25 ): ACTGTGATATTGTTTACATTTATATCAGTACCAACAATGGCTTAATGTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTTCGTGAGGTAATAAAATCTGTATCGAAACCGATCCGGGTACAAGTTAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111                           3333333333333333                                                                  2222222222222          55555555555555555555555555555555555555           77777777777777777777777777777777777777777                                   888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                           22222222222222                                                                              2222222222222222222                      44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                 11111111         8888888888888888888888888888888888                     1111                  3333333333333                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       3 1        3    0000         33   2  0 0       3333333333333333      2 33      2    99999999  888888 77777    33   2   3 3       0000000000000 4 22     88888888888888888888888888888888888888  1        00000000000000000000000000000000000000000     5  5           1   888    777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6  3  666  99999   3  66  22222222222222             7777    555  3 0 999999   888           2       99999999  555    8888888888888888888     44      66    4  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888           777   66666666  4      3333333333333333333333333333333333 3 1      5  88      1111                  7777777777777   1   1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       . .        .    ....         ..   .  . .       ................      . ..      .    ........  ...... .....    ..   .   . .       ............. . ..     ......................................  .        .........................................     .  .           .   ...    ... ......................................................................................................... .  .  ...  .....   .  ..  ..............             ....    ...  . . ......   ...           .       ........  ...    ...................     ..      ..    .  ..........................................................................           ...   ........  .      .................................. . .      .  ..      ....                  .............   .   .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       6 2        1    4444         99   9  1 1       4444444444444444      9 99      9    33333333  222222 11111    44   9   1 1       0000000000000 0 77     77777777777777777777777777777777777777  0        22222222222222222222222222222222222222222     7  7           0   888    000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1  6  444  11111   6  33  88888888888888             1111    888  3 9 666666   000           4       88888888  888    8888888888888888888     99      11    4  22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222           888   11111111  4      7777777777777777777777777777777777 0 0      7  66      8888                  0000000000000   0   0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAA--TTC-TAGAGAATTTTAG-AC--------G--TGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAA-CTT-T-TCATGAA-------------ANAACTGAAC---------GC----GCAC-----GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG-TG---------------G-ATAAG-CT-CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-GT---TGAAA------AC--GC------GCGTAA-CTGTGA--TATT-GCA---A-TC--------GC-----------GTT-----------TC--------TA---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------AT---------------A---------AAANATAGTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTTATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
Reference ( family-6100 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAATT-TGTTAGTAATGAAAT----GTTCCTAAA--TTC-TAGAGAATTTTAG-AN--------G--NGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAA-CTT-T-TCATGAA-------------AAANCTGAAC---------GC----GCAC-----GT-NA---------AGNTGTAAACA------------AAGAT--CG-TG---------------G-GCAAG-CT-CTGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCAAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-GT---TGAAA------AC--GC------GCGTAA-CTGTGA--TATT-GC------TC--------GC-----------GTT-----------TC--------TA---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------AT---------------A---------ANANATAGTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTTATTGAACTTATATAC---TAGGTGNATANTGGCACTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TT-TTTT-GTAGTGAGAC----ATTTCCAAA--TTC-TGGAAATTTTTAG--C--------A--TGCAATA-C--AAGAGT-CACT----------------G-----AACGA-CAT-CTT-T-TGATGGA-------------ATAATTGAAT---------TC----GCACCAAGCGT-TATTACACTTTAGTTGTAAACA------------AAAAT--TG-TGAATCAACTACAGTGTG-GTAAC-AT-CTGGTAGCTAGATTC---AATG---T--G-----T----------------TATCTAT--T---AATTA-T------CAAT--TACAG----------------TT----C-----A-----G--------GGCC-AA---GA-----CAT-ATT-GT----------TTTTCACAATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAA------CGGT---TAAAT------AT--GT------GCTCAA-ATGTGA--TATT-G
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -----------GTT-----------TC--------TA---AG--------------CATGATGAGAA---AGT--------AA-ATAAACT------ATCAACAAATGGCAACCA---------AAACATGGTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATTATAGAACTT--ATAC---TA-GTGGATAGTGACACTCtatacattcacatcagtaccaacaatgcctcagtttctaagcatgatgagaaagtaaataaactatcaacaaatggcaaccaaaacatggtttagctttattgtaaaggaattatagaacttatactagtggatagtgacactcgataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|10                         : ttttttgtagtgagacatttccaaattctggaaatttttagcatgcaatacaagagtcactgaacgacatcttttgatggaataattgaattcgcaccaagcgttattacactttagttgtaaacaaaaattgtgaatcaactacagtgtggtaacatctggtagctagattcaatgtgttatctattaattatcaattacagttcagggccaagacatattgtttttcacaatttgaagcatttcatcatccaccatcggtgcaattggatgaacggttaaatatgtgctcaaatgtgatattgtatacattcacatcagtaccaacaatgcctcaTAACT-CATTAGTGATTAAATT---GTCCCTAAA--TGT-TAGAGGGTTTTA--AC--------G--GGCAATA-T--CTGAGT-CATT----A---TT------G-----AACAC-CAA-CTA-T-TCATGAA-------------Agataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttatcatataattgatat---T--T-----G--------A---A--ATATTGAA--C---GANTT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---C-----AATTAAG--------GTTTTAG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CATAATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA------C-AA---AGAGG------ACGTGC------ACGTA---T-TCA--TATCGGCGCCAA-TC--------ACGTTTCA-----GTT-----------TC--------TA---A---------------CTTACCGAGAA---AAT--------GA-Ataatggggtcccctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tACAATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA------C-TT---TGAAA------AC--GT------GCGTAA-TTGTGA--TGTT-GC------TT--------GC-----------ATTCACA-------TCGGTGTCAATA---ATGCTTTAGTTTCTAACTTGGCGAGAA---AAT--------GA-ATAAATTGTCAGCAT---------------AAAGCAATAGAAATATAGTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA------C-AT---TGAGC------AT--ACATGTAAGTATAA-CTGTGA--AATT-GC------gtaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aataaattgacgaaggtaatTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACA--TTC-TAAAGAAGTTTAG--T--------T--TGCAATA-TAACTGAAT-CACT----T---TT------A-----GACGA-CAATTTT-T-TCATGAA-------------ATAATAGAAT---------CC----GCAC-----atgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttcttatgtaat---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA------AT---------------G---------AAAAATAG-T-TA--TATAGT---AT--AGGAGATACTGAACTcaaatcgttccgggtacaagttaatgc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tac-TATTAATAATGAAAC----ATTCCTACA--TTC-TAGAGAATTTTA--CC--------A--TGCACTA-T--C-AAGC-CATT----A---TCATCTAAG-----AATG--CAA-TTT-T-Tgttggcacgcgtgcggtgtacaacttgctcgcatagtagcgaattttaaactcagctcctaaagtattccccagaataacgtgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atgacaTTAGTGAT-AAAT----TTCCCTAAA--TGT-TAGAGGGTTTTA--AC--------G--GGCAATAAT--CTGAGTTCATT----A---TT------G-----AACAC-CAA-CTA-T-TCATGAA-------------AAtgggggtgaaataataggatctgtaatgaaactatacaggtttaatattactgcact
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattaatcaAATT-TGTAAATAATGAAAA----GATCTT-----TTC-AAGA---CTTTAG-AA-----------AGCAATA-C--CTGGAC-CATT----A---TT------G-----AATGCACAG-CTT-TATCATGAA-------------taatggaggtccctccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaaAAA--TGC-TACAGAACTTTAG--C--------G--TACAATT-T--CTGGGC-AACT----A---TT------G-----TACGC-AAA-CTT-T-TCATGAA-------------ATAAATGAtaggatccacacggaaacatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TAATT-TGTTAGCAATGAAAT----AATCCTAAA--TTC-CAGAGAATTGTAGGAA--------G--AGCGATG-C--CTGGAT-CATT----A---TT------GTACGAAACGC-CAA-CTT-T-TCATGAA-------------AAACCTAAAC---------AT----GCAT-----GT-TA---------AGTTGTAAACA------------AAGATTGCG-TG---------------ATATAAA-CT-TTGGTAGCCAATTTC---GATA---T-----------------A---A--GTATTAAT--C---AGTTC-TTG----TAATTTTCCGAC-----------------A---C-----A-----G--------GATC-AG---CA-----AAT-ATC-AT---------------ACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA------A-GT---TGAAA------AC--TC------GCGTAA-CTGTAA--TATT-GC------TC--------GC-----------ATT-----------TC--------TA---A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------ATC--------------A---------ACATATAGTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTTATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTCcccgttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGATT-CTTTAGTAAT-AAAT----GTTTC-AAA--TTTGTAGAGAATTTCAG--C--------G--TGCGATA-C--GTTGGC-TAAT----A---TT------G-----AACGT-CAA-CAT-T-TCATGGA-------------A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tacatgtaaTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT----------------AT---TGGA------------C------GCGTAC-CTGTAATTTATT-GC------AC--------GCG----------GCT-----------TC--------TA---A---------------GTTGA--GGAA---ATT--------GA-ta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATT-TGTTAGTAATAAAAT----GTTCCTACATTTTT-TTTAGGATTTT-G-GT--------G--TGCAATG-C--CTGGAC-CATT----A---CT------G-----AACTT-CCA-CTT-C-Tta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taatt-----A-----G--------GACC-AG---CA-----GAT-AT---------------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA------T-GT---TCAAACAGTTCAC---T------GTGTAA-CTGTtga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---------AGCTGTTAACA------------ATGAT--GG-CG---------------G-ACTTG-CTACCGCTACATGTATTT---GCTA---TGGT-----T--------A---ATGGTTTTGATATT---TTGTC-TTG----TAATATTTGGACCTT--G---AT----TTA---C-----A-----GTTAATAAGGACC-AA---GG-----AAT-ATT-AT----------T--------TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATC-GT---TGATA------AC--CT------GCATAA-CTCTGA--TACT-GCATGTATTCATATCAGTGCCAAATCCTTCAGTT-----------TA--------TAC--A---------------CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA------AT---------------G---------ATAAATAGTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGATATTGAACT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cactttAAG-TT-CTGGTAGCCGGCTTC---GATA---T--T-----TTCTTTATTA---A--GTGTCAAT--C---AAATCGTTGTTCACAAT-----GA----------------------------A-----A--------GACC-AA---AA-----AAT-ATA-AT----------T---CCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC------C-GTTTGTGTAA------TA--GT------GATTAACCCATGA--TGTT-GCAACCATCC--------AC-----------ATCAGTGCCAATAATG--------CA---A---------------CTCAACGAGAATTTAATACTTTGTAGACATAAAGTAG----ATA--------------A---------AAAAATGCTT-TAGCTAT-ATA--ATAAAGGAGTTAGTGAACT--TATAC---CA-GTGACTAGCAGTACCCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAG-TT-ATGGTAATCGGTTTC---GATG---T--T-----TTTTAA---A---A--ATATTTTT--TTAAAAATA-TTAAT--CAATATT------CT--CATGTT----TCAGTTC-----A-----G--------ATTT-AGTATCA-----AGG-ATC-ATAGAGTCTTAGT---CACAATTTAAAAC----GTTT---CT-CTA------GCATTGATTAAT-CAATGGAGCGAA------T-GT---Tgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tATT-TGTTTGTGATGAAAT----GTTCCTAAA--T----------TTTTAC-AT--------GCATGCAATA-C--CTGGTC-CATTTATAA---TA------G-----AAAGC-CAA-CTTGT-TTATGAA-------------ATAACAGGAT---------CC----ATAG-----AT-AA---------AGTTttatatcgcaagcttacatgtatacatcggcactccaattataaaccggaatcgcaaattaatagattatagcaatacaagtataaaacaaacaaaccgaaatgtgtttagttatgtaataaagggttaattaaacttactatgacaattgttgggtgtaaaaaatcactcgtaagctccccgcgtttgtgtat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatagcgTAACAGGATCCATAGATAAAGT--T-----C--------AC--A--GAATCTAT-------ATTA-TTG----CAATATATGGACCCC--T---AT----ATA---C-----A-----GTTAAG---GATT-AG---CATTTATAATTATC-AT----------T---CACAATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GCA------------AT--GATGGA------C-G-------AA------AC--GT------GCGTGT-CTGTGA--TATT-GAATG---TC--------GTTAAT-------GTT-----------TCAA------TATGCA---------------ATGGACGAGAA---AAT--------GA-AC-----------------------------------------TATAGT-------AAAATG--ATAAAATAATGATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                     aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaaTATTT-TATTAGCAATGAAAT----ATTTCTAAA--ATG-TA---AATTGTAG-ATAAAATAACG--TAAAATA-C--TTGGGT-CATT----A---TT------G-----AATGC-GAA-CTg
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaA---T--T-----TTAA-----A---A--GTATCAAT--T---AATTC-TTG----TTACATTTCGACCGTGAC---TTAAAGTTA---A-----A-----G--------G-CC-AG---TA-----AAT-Aaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                           taatattttattagcaatgaaatatttctaaaatgtaaattgtagataaaataacgtaaaatacttgggtcattattgaatgcgaactaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcTAATT-TGTTATTGATGAAAC----GTACCTAAA--TTC-TAGACAATTTGAG--C--------G--TGCAATA-C--CTTGAC-CATT----AATCTT------A-----AACAC-CAA-CTT-T-TC--GAA-------------GAAataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaCTAAAC---------GTTACTGCAC-----TT-GA---------AGATGTAGACA------------AAGAT--CGATT---------------G-GTAAG-CT-CCGATGGTCGGATTC---AATA---T--T-----TCATCTATTA---A--ATATCAAT--T---ACGCT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---CATTTAA-----G--------GTTT-AG---CA-----AAT-ATT-AT----------T---CATAATTTtaataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                         taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgA--TTC-CAGAGAAATTTAG-AT--------G----CAATA-C--CTGGAC-CATA----T---TT------G-----AACGT-CAG-CAT-G-TCATTAATCATTAAATATGTAAATATGATCCGAATGGGAGC----GCACCTT--GTGCA---------AGTTCAAAACGTTATTGCACGCCAAGGT---G-TA---------------A-ACAAATCT-GTGGAAGCCGGGTTT---GATA---T--TCTGTCT--------ATTTA--GTATCAAT--T---CATTC-TTC----TTATATTTC-------------------TA---C----------------------CC-AG---TA-----AAT-ATCTTT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA------C-GT---TGA

Unaligned ( gi|21 ): TATAGAATAAAAGTGCTACTAAATTTACACTGGTGACTAATGACACTTGTTGGGTATAAGAAATCGCTCACAAGTTCGCATATCTTTAAACCCA
Unaligned ( gi|25 ): ACTGTGATATTGTTTACATTTATATCAGTACCAACAATGGCTTAATGTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTTCGTGAGGTAATAAAATCTGTATCGAAACCGATCCGGGTACAAGTTAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            11111                           33333333333                                                                                  111111111111     5555555555555555555555555555555555           444444444444     222222            44444444444444444                        888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                           22222222222222                                                                               22222222222222222                        555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   111                   11111111         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                     3333333333333                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             3 1        3   33333            2  444 0       33333333333         2 33      2    99999999  888888 77777    33   2 2 6666 3 77  7777      1 777777777777 0   2222222222222222222222222222222222           111111111111     000000   88    5  22222222222222222         1   888    777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6  3  666  99999   3  66  22222222222222             7777    555  3 0 999999   888           2       99999999 3  555   55555555555555555  55   2  3   4 55    4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 111 4           777   44444444  4      3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   5  77    6 9999      1   5        1111111111111   1   33       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             . .        .   .....            .  ... .       ...........         . ..      .    ........  ...... .....    ..   . . .... . ..  ....      . ............ .   ..................................           ............     ......   ..    .  .................         .   ...    ... ......................................................................................................... .  .  ...  .....   .  ..  ..............             ....    ...  . . ......   ...           .       ........ .  ...   .................  ..   .  .   . ..    . .............................................................................. . ... .           ...   ........  .      ................................................................   .  ..    . ....      .   .        .............   .   ..       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             6 2        1   22222            9  000 1       44444444444         9 99      9    33333333  222222 11111    44   9 9 1111 1 33  1111      0 999999999999 6   7777777777777777777777777777777777           000000000000     222222   88    7  33333333333333333         0   888    000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1  6  444  11111   6  33  88888888888888             1111    888  3 9 666666   000           4       88888888 3  888   66666666666666666  00   2  6   0 55    0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 000 0           000   55555555  0      5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   0  00    0 7777      7   7        9999999999999   2   00       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAA-C-T----T-T--TC----ATGAAATA---A--------CTGAAT----NC----GCAC-----GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTG-A--TATT-G-------------------CA---------AT--C------------GCC----------GTTT------C-------T-A---A-CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
Reference ( family-6100 )     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAA-C-T----T-T--TC----ATGAAANA---A--------CTGAAC----GC----GCAC-----GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGG-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTG-A--TATT-G-------------------CA---------AT--C------------GC-----------GTTT------C-------T-A---A-CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                           TT-TTTT-GTAGTGAGAC----ATTTCCAAATTC-TGG--AAATTTTTAG----------CATGCAATA-C--AAGAGT-CACT----------------G-----AACGA-CAT-C-T----T-T--TG----ATGGAATA---A--------TTGAAT----TC----GCACCAAGCGT-TATTACACTTTAGTTGTAAACA------------AAAAT--TG--TGA-ATCAA-CTACAGTGTGGTAACATCTGGTAGCTAGATTC---AATG---T--G-----T----------------TATCTAT--T---AATTA-T------CAAT--TACAG----------------TT----C-----A-----G--------GGCC-AA---GA-----CAT-ATT-GT----------TTTTCACAATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAA------CGG-TT---AAAT------ATGT------GC--TCAAAT-GTG-A--TATT-G-------------------TATACATTCACAT--CAGTACCAACAATGCCTCA-------GTTT------C-------T-A---AGCATGATGAGAA---AGT--------AA-ATAAACT------A--TCAACAAATGGCAACCA---------AAACA-TG--------------------GTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATT-ATAGAACT--TATAC---TA-GTGGATAGTGACACTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                        TAACT-CATTAGTGATTAAATT---GTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATA-T--CTGAGT-CATT----A---TT------G-----AACAC-CAA-C-T----A-T--TC----ATGAAATA---A--------gataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttatcatataattgatat---T--T-----G--------A---A--ATATTGAA--C---GANTT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---C-----AATTAAG--------GTTTTAG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CATAATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA------C-A-AA---GAGG------ACGT------GCACGTA--T--TC-A--TATC-GGCGC---------------CA---------AT--C------------AC-----------GTTTCAGTTTC-------T-A---A-CTTACCGAGAA---AAT--------GA-Atggggtcccctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tACAATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA------C-T-TT---GAAA------ACGT------GC--GTAATT-GTG-A--TGTT-GCTTGCATTCACATCGGTGTCA---------ATAAT------------GCTTTA-------GTTT------C-------T-A---A-CTTGGCGAGAA---AAT--------GA-ATAAATTGTCAGCA--T---------------AAAGCAATAGAAATA-TA--------------------GTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA------C-A-TT---GAGC------ATACATGTAAGT--ATAACT-GTG-A--AATT-G-------------------CA---------gtaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                    aataaattgacgaaggtaatTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACATTC-TAA--AGAAGTTTAG----------TTTGCAATA-TAACTGAAT-CACT----T---TT------A-----GACGA-CAATT-T----T-T--TC----ATGAAATA---A--------TAGAAT----CC----GCAC--------CA---------AATCGTtgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttcttatgtaat---A-CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------AAAAA-TA--------------------G-T-TA--TATAGT---AT--AGGAGAT-ACTGAACTtccgggtacaagttaatgc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                          tac-TATTAATAATGAAAC----ATTCCTACATTC-TAG--AGAATTTTA--C--------CATGCACTA-T--C-AAGC-CATT----A---TCATCTAAG-----AATG--CAA-T-T----T-T--TTGGGGGTGAAATA---A--------gttggcacgcgtgcggtgtacaacttgctcgcatagtagcgaattttaaactcagctcctaaagtattccccagaataacgtgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          atgacaTTAGTGAT-AAAT----TTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATAAT--CTGAGTTCATT----A---TT------G-----AACAC-CAA-C-T----A-T--TC----ATGAAAtaggatctgtaatgaaactatacaggtttaatattactgcact
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                tattaatcaAATT-TGTAAATAATGAAAA----GATCTT---TTC-AAG--A---CTTTAG-A--------AA-GCAATA-C--CTGGAC-CATT----A---TT------G-----AATGCACAG-C-T----T-TA-TC----ATGAAataatggaggtccctccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    aaaAAATGC-TAC--AGAACTTTAG----------CGTACAATT-T--CTGGGC-AACT----A---TT------G-----TACGC-AAA-C-T----T-T--TC----ATGAAATA---A--------ATGAtaggatccacacggaaacatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGCAATGAAAT----AATCCTAAATTC-CAG--AGAATTGTAGGA--------AGAGCGATG-C--CTGGAT-CATT----A---TT------GTACGAAACGC-CAA-C-T----T-T--TC----ATGAAAAA---C--------CTAAAC----AT----GCAT-----GT-TA---------AGTTGTAAACA------------AAGATTGCG--TGATATAAA-CT---------------TTGGTAGCCAATTTC---GATA---T-----------------A---A--GTATTAAT--C---AGTTC-TTG----TAATTTTCCGAC-----------------A---C-----A-----G--------GATC-AG---CA-----AAT-ATC-AT---------------ACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA------A-G-TT---GAAA------ACTC------GC--GTAACT-GTA-A--TATT-G-------------------C-----------T--C------------GC-----------ATTT------C-------T-A---A-CTTGACGAGAA---AAT--------GA-ATAAATT------A--TC--------------A---------ACATA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTT-ATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTCcccgttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                        TGATT-CTTTAGTAAT-AAAT----GTTTC-AAATTTGTAG--AGAATTTCAG----------CGTGCGATA-C--GTTGGC-TAAT----A---TT------G-----AACGT-CAA-C-A----T-T--TC----ATGGAATA---
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tacatgtaaTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT----------------A-TT---GGA----------C------GC--GTACCT-GTA-ATTTATT-G-------------------CA-------------C------------GCG----------GCTT------C-------T-A---A-GTTGA--GGAA---ATT--------GA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTAGTAATAAAAT----GTTCCTACATTT-TTTTTAGGATTTTGG----------TGTGCAATG-C--CTGGAC-CATT----A---CT------G-----AACTT-CCA-C-T----T-C--Tta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taatt-----A-----G--------GACC-AG---CA-----GAT-AT---------------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA------T-G-TT---CAAACAGTTCAC-T------GT--GTAACT-GTtga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---------AGCTGTTAACA------------ATGAT--GG--CGG-ACTTG-CTA--------------CCGCTACATGTATTT---GCTA---TGGT-----T--------A---ATGGTTTTGATATT---TTGTC-TTG----TAATATTTGGACCTT--G---AT----TTA---C-----A-----GTTAATAAGGACC-AA---GG-----AAT-ATT-AT----------T--------TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATC-G-TT---GATA------ACCT------GC--ATAACT-CTG-A--TACT-G-------------------CATGTATTCATAT--CAGT---------GCCAAATCCTTCAGTTT------A-------T-AC--A-CTTGACGAGAA---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------ATAAA-TA--------------------GTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGAT-ATTGAACT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cactttAAG-TT---------------CTGGTAGCCGGCTTC---GATA---T--T-----TTCTTTATTA---A--GTGTCAAT--C---AAATCGTTGTTCACAAT-----GA----------------------------A-----A--------GACC-AA---AA-----AAT-ATA-AT----------T---CCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC------C-G-TTTGTGTAA------TAGT------GA--TTAACCCATG-A--TGTT-G-------------------CA---------AC--C------------ATCCACATCA---GTGC------CAATAATGC-A---A-CTCAACGAGAATTTAATACTTTGTAGACATAAAGT------AGAT---------------A---------AAAAAATG--------------------CTT-TAGCTATA-TA--ATAAAGGAGTT-AGTGAACT--TATAC---CA-GTGACTAGCAGTACCCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAAG-TT---------------ATGGTAATCGGTTTC---GATG---T--T-----TTTTAA---A---A--ATATTTTT--TTAAAAATA-TTAAT--CAATATT------CT--CATGTT----TCAGTTC-----A-----G--------ATTT-AGTATCA-----AGG-ATC-ATAGAGTCTTAGT---CACAATTTAAAAC----GTTT---CT-CTA------GCATTGATTAAT-CAATGGAGCGAA------T-GTTT---TATA------TCGCAA----GC--TTACAT-GTATA--CATCGG-------------------CA---------CT--C-------------C-----------AATT------A-------TAA---A-CCGGAATCGCA---AAT--------TA-ATAGATT------A--T---------------AGCAATAC--AAGTA-TAAAACAAACAAACCGAAATGTGTT-TAGTTAT-GTA--ATAAAGG-GTTAATTAAACTTgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTTGTGATGAAAT----GTTCCTAAAT------------TTTTAC-ATG------CATGCAATA-C--CTGGTC-CATTTATAA---TA------G-----AAAGC-CAA-C-T----TGT--TT----ATGAAATA---A--------CAGGAT----CC----ATAG-----AT-AA---------AGTTactatgacaattgttgggtgtaaaaaatcactcgtaagctccccgcgtttgtgtat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatagcgTAACAGGATCCATAGATAAAGT--T-----C--------AC--A--GAATCTAT-------ATTA-TTG----CAATATATGGACCCC--T---AT----ATA---C-----A-----GTTAAG---GATT-AG---CATTTATAATTATC-AT----------T---CACAATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GCA------------AT--GATGGA------C-G--------AA------ACGT------GC--GTGTCT-GTG-A--TATT-G-------------------AAT--------GT--C------------GTTAAT-------GTTT------CAA-----T-ATGCA-ATGGACGAGAA---AAT--------GA-AC-------------------------------------------TA-TA--------------------GT-------AAAATG--ATAAAATAATG-ATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|7                          :                                                                                                                           aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaaTATTT-TATTAGCAATGAAAT----ATTTCTAAAATG-TA-----AATTGTAG-ATAAAATAACGTAAAATA-C--TTGGGT-CATT----A---TT------G-----AATGC-GAA-C-T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taaA---T--T-----TTAA-----A---A--GTATCAAT--T---AATTC-TTG----TTACATTTCGACCGTGAC---TTAAAGTTA---A-----A-----G--------G-CC-AG---TA-----AAT-Aaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|8                          : taatattttattagcaatgaaatatttctaaaatgtaaattgtagataaaataacgtaaaatacttgggtcattattgaatgcgaactaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcTAATT-TGTTATTGATGAAAC----GTACCTAAATTC-TAG--ACAATTTGAG----------CGTGCAATA-C--CTTGAC-CATT----AATCTT------A-----AACAC-CAA-C-T----T-T--TC----ataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taa--------CTAAAC----GTTACTGCAC-----TT-GA---------AGATGTAGACA------------AAGAT--CGATTGG--TAAG-CT---------------CCGATGGTCGGATTC---AATA---T--T-----TCATCTATTA---A--ATATCAAT--T---ACGCT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---CATTTAA-----G--------GTTT-AG---CA-----AAT-ATT-AT----------T---CATAATTTgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|9                          :                                                                                                               taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgATTC-CAG--AGAAATTTAG-A----------TGCAATA-C--CTGGAC-CATA----T---TT------G-----AACGT-CAG-CATGTCAT-TAATC----ATTAAATATGTAAATATGATCCGAATGGGAGC----GCACCTT--GTGCA---------AGTTCAAAACGTTATTGCACGCCAAGGT---G--TAA-ACAAATCT---------------GTGGAAGCCGGGTTT---GATA---T--TCTGTCT--------ATTTA--GTATCAAT--T---CATTC-TTC----TTATATTTC-------------------TA---C----------------------CC-AG---TA-----AAT-ATCTTT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA------C-G-TT---GA

Unaligned ( gi|21 ): TATAGAATAAAAGTGCTACTAAATTTACACTGGTGACTAATGACACTTGTTGGGTATAAGAAATCGCTCACAAGTTCGCATATCTTTAAACCCA
Unaligned ( gi|25 ): ACTGTGATATTGTTTACATTTATATCAGTACCAACAATGGCTTAATGTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTTCGTGAGGTAATAAAATCTGTATCGAAACCGATCCGGGTACAAGTTAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            11111                           33333333333                                                                                   22222222222222    11111    33333333333333333333333           4444444444444444444444444444444444444444444444444                            888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                       22222222222222222                                                                                22222222222222222                      6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           111                          11111111         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                     3333333333333                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             3 1        3   33333            2  444 0       33333333333         2 33      2    6666 555  888888 77777    33    2 6666 3 77 3 7777   3     66666666666666    11111    44444444444444444444444           1111111111111111111111111111111111111111111111111 666         1   888    777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6  3  666  99999   3  11111111111111111              7777    555  3 0 999999   888           2       99999999 3  555   55555555555555555  55   2  3  0 55     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66  66  111 4  4   55     8888 777   44444444  4      3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   5  77    6 9999      1   5        1111111111111   1   33       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             . .        .   .....            .  ... .       ...........         . ..      .    .... ...  ...... .....    ..    . .... . .. . ....   .     ..............    .....    .......................           ................................................. ...         .   ...    ... ......................................................................................................... .  .  ...  .....   .  .................              ....    ...  . . ......   ...           .       ........ .  ...   .................  ..   .  .  . ..     ................................................................ . ..  ..  ... .  .   ..     .... ...   ........  .      ................................................................   .  ..    . ....      .   .        .............   .   ..       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             6 2        1   22222            9  000 1       44444444444         9 99      9    1111 000  222222 11111    44    9 1111 1 33 1 1111   3     22222222222222    66666    22222222222222222222222           3333333333333333333333333333333333333333333333333 666         0   888    000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1  6  444  11111   6  77777777777777777              1111    888  3 9 666666   000           4       88888888 3  888   66666666666666666  00   2  6  7 55     6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 11  11  000 0  0   55     5555 000   55555555  0      5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   0  00    0 7777      7   7        9999999999999   2   00       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAATA---A--------CNGGAT----CCGCA-----C---GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-C---------------T-CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-A---T----------TCACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
Reference ( family-6100 )     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAATA---A--------CTGAAT----NCGCA-----C---GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-C---------------T-CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-A---T----------TCACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                           TT-TTTT-GTAGTGAGAC----ATTTCCAAATTC-TGG--AAATTTTTAG----------CATGCAATA-C--AAGAGT-C-------A---CT------G-----AACGA-CATC-T----T-T--T-G----ATG-GAATA---A--------TTGAAT----TCGCACCAAGC---GT-TATTACACTTTAGTTGTAAACA------------AAAAT--TG--TGA-ATCAA-CTACAGTGTGGTAACAT-CTGGTAGCTAGATTC---AATG---T--G-----T----------------TATCTAT--T---AATTA-T------CA--ATTACAG----------TT----------C-----A-----G--------GGCC-AA---GA-----CAT-ATT-GTTTT----------TCACAATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAA------CGG-TT---AAAT------ATGT------GC--TCAAAT-GTGA--TATTG-------------------TATACATTCACAT--CAGTACCAACAATGC----CTCA-------GTT--TC--TA---AGCA-TGA--TGAGA----A---AGT--------AA-ATAAACT------A--TCAACAAATGGCAACCA---------AAACA-TG--------------------GTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATT-ATAGAACT--TATAC---TA-GTGGATAGTGACACTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                        TAACT-CATTAGTGATTAAATT---GTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATA-T--CTGAGT-CATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC-T----A-T--T-C----ATG-AAATA---A--------gataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttatcatataattgatat---T--T-----G--------A---A--ATATTGAA--C---GANTT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---C-----AATTAAG--------GTTTTAG---CA-----AAT-ATC-A---T----------TCATAATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA------C-A-AA---GAGG------ACGT------GCACGTA--T--TCA--TATCGGCGC---------------CA---------AT--C------------ACGTTTCA---------GTT--TC--TA---A-CT-TAC--CGAGA----A---AAT--------GA-Atggggtcccctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tACAATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA------C-T-TT---GAAA------ACGT------GC--GTAATT-GTGA--TGTTGCTTGCATTCACATCGGTGTCA---------ATAAT------------GC----TTTA-------GTT--TC--TA---A-CT-TGG--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATTGTCAGCA--T---------------AAAGCAATAGAAATA-TA--------------------GTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA------C-A-TT---GAGC------ATACATGTAAGT--ATAACT-GTGA--AATTG-------------------CA---------gtaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                    aataaattgacgaaggtaatTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACATTC-TAA--AGAAGTTTAG----------TTTGCAATA-TAACTGAAT-CACT----T---TT------A-----GACGA-CAAT-T----T-T--TTC----ATG-AAATA---A--------TAGAAT----CCGCA-----C------CA---------AATCGTtgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttcttatgtaat---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------AAAAA-TA--------------------G-T-TA--TATAGT---AT--AGGAGAT-ACTGAACTtccgggtacaagttaatgc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                          tac-TATTAATAATGAAAC----ATTCCTACATTC-TAG--AGAATTTTA--C--------CATGCACTA-T--C-AAGC-CATT----A---TCATCTAAG-----AATG--CAAT-T----T-T--T-TGGGGGTG-AAATA---A--------TAGGAT----CTGTA---------AT-GA---------AACTATAgttggcacgcgtgcggtgtacaacttgctcgcatagtagcgaattttaaactcagctcctaaagtattccccagaataacgtgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          atgacaTTAGTGAT-AAAT----TTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATAAT--CTGAGTTCATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC-T----A-T--T-C----ATGAAAATA---A--------caggtttaatattactgcact
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                tattaatcaAATT-TGTAAATAATGAAAA----GATCTT---TTC-AAG--A---CTTTAG-A--------AA-GCAATA-C--CTGGAC-CATT----A---TT------G-----AATGCACAGC-T----T-TA-T-C----ATG--AATA--------------GGAT----CCACA-----C---GG-AA---------Atggaggtccctccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    aaaAAATGC-TAC--AGAACTTTAG----------CGTACAATT-T--CTGGGC-AACT----A---TT------G-----TACGC-AAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAATA---A--------ATGAcatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGCAATGAAAT----AATCCTAAATTC-CAG--AGAATTGTAGGA--------AGAGCGATG-C--CTGGAT-CATT----A---TT------GTACGAAACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAAAA---C--------CTAAAC----ATGCA-----T---GT-TA---------AGTTGTAAACA------------AAGATTGCG--TGATATAAA-C---------------T-TTGGTAGCCAATTTC---GATA---T-----------------A---A--GTATTAAT--C---AGTTC-TTG----TAATTTTCCGAC-----------------A---C-----A-----G--------GATC-AG---CA-----AAT-ATC-A---T------------ACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA------A-G-TT---GAAA------ACTC------GC--GTAACT-GTAA--TATTG-------------------C-----------T--C------------G-----C----------ATT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--TC--------------A---------ACATA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTT-ATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTCcccgttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                        TGATT-CTTTAGTAAT-AAAT----GTTTC-AAATTTGTAG--AGAATTTCAG----------CGTGCGATA-C--GTTGGC-TAAT----A---TT------G-----AACGT-CAAC-A----T-T--T-C----ATG-GAATA---
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tacatgtaaTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT----------------A-TT---GGA----------C------GC--GTACCT-GTAATTTATTG-------------------CA-------------C------------GC----G----------GCT--TC--TA---A-GT-TGA----GGA----A---ATT--------GA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTAGTAATAAAAT----GTTCCTACATTT-TTTTTAGGATTTTGG----------TGTGCAATG-C--CTGGAC-CATT----A---CT------G-----AACTT-CCAC-T----T-C--T-ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatt-----A-----G--------GACC-AG---CA-----GAT-AT---------------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA------T-G-TT---CAAACAGTTCAC-T------GT--GTAACT-GTtga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---------AGCTGTTAACA------------ATGAT--GG--CGG-ACTTG-C---------------TACCGCTACATGTATTT---GCTA---TGGT-----T--------A---ATGGTTTTGATATT---TTGTC-TTG----TAATATTTGGACCTT--G---AT----TTA---C-----A-----GTTAATAAGGACC-AA---GG-----AAT-ATT-A---T----------T-----TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATC-G-TT---GATA------ACCT------GC--ATAACT-CTGA--TACTG-------------------CATGTATTCATAT--CAGT---------GC----CAAATCCTTCAGTT--TA--TAC--A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------ATAAA-TA--------------------GTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGAT-ATTGAACT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cactttAAG-T---------------T-CTGGTAGCCGGCTTC---GATA---T--T-----TTCTTTATTA---A--GTGTCAAT--C---AAATCGTTGTTCACAAT-----GA----------------------------A-----A--------GACC-AA---AA-----AAT-ATA-A---T----------TCCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC------C-G-TTTGTGTAA------TAGT------GA--TTAACCCATGA--TGTTG-------------------CA---------AC--CATCCACATCAGTGC----C----------AATAATG--CA---A-CT-CAA--CGAGA----ATTTAATACTTTGTAGACATAAAGT------AGAT---------------A---------AAAAAATG--------------------CTT-TAGCTATA-TA--ATAAAGGAGTT-AGTGAACT--TATAC---CA-GTGACTAGCAGTACCCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAAG-T---------------T-ATGGTAATCGGTTTC---GATG---T--T-----TTTTAA---A---A--ATATTTTT--TTAAAAATA-TTAAT--CAATATT------CT--CATGTT----TCAGTTC-----A-----G--------ATTT-AGTATCA-----AGG-ATC-A---TAGAGTCTTAGTCACAATTTAAAAC----GTTT---CT-CTA------GCATTGATTAAT-CAATGGAGCGAA------T-GTTT---TATA------TCGCAA----GC--TTACAT-GT-A--TAC--------------------------------AT--C------------GG----C----------A-C--TC--CA---A-TTATAAACCGGAATCGCA---AAT--------TA-ATAGATT------A--T---------------AGCAATAC--AAGTA-TAAAACAAACAAACCGAAATGTGTT-TAGTTAT-GTA--ATAAAGG-GTTAATTAAACTTgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTTGTGATGAAAT----GTTCCTAAAT------------TTTTAC-ATG------CATGCAATA-C--CTGGTC-CATTTATAA---TA------G-----AAAGC-CAAC-T----TGT--T-T----ATG-AAATA---A--------CAGGAT----CCATA-----G---AT-AA---------AGTTactatgacaattgttgggtgtaaaaaatcactcgtaagctccccgcgtttgtgtat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatagcgTAACAGGATCCATAGATAAAGT--T-----C--------AC--A--GAATCTAT-------ATTA-TTG----CAATATATGGACCCC--T---AT----ATA---C-----A-----GTTAAG---GATT-AG---CATTTATAATTATC-A---T----------TCACAATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GCA------------AT--GATGGA------C-G--------AA------ACGT------GC--GTGTCT-GTGA--TATTG-------------------AAT--------GT--C------------GT----TAAT-------GTT--TCAATATGCA-AT-GGA--CGAGA----A---AAT--------GA-AC-------------------------------------------TA-TA--------------------GT-------AAAATG--ATAAAATAATG-ATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|7                          :                                                                                                                           aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaaTATTT-TATTAGCAATGAAAT----ATTTCTAAAATG-TA-----AATTGTAG-ATAAAATAACGTAAAATA-C--TTGGGT-CATT----A---TT------G-----AATGC-GAAC-T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taaA---T--T-----TTAA-----A---A--GTATCAAT--T---AATTC-TTG----TTACATTTCGACCGTGAC---TTAAAGTTA---A-----A-----G--------G-CC-AG---TA-----AAT-Aaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|8                          : taatattttattagcaatgaaatatttctaaaatgtaaattgtagataaaataacgtaaaatacttgggtcattattgaatgcgaactaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcTAATT-TGTTATTGATGAAAC----GTACCTAAATTC-TAG--ACAATTTGAG----------CGTGCAATA-C--CTTGAC-CATT----AATCTT------A-----AACAC-CAAC-T----T-T--T-C----GAA-GAATA---A--------TAAGAT----CCGGA-----C---ataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaGCA-----C---TT-GA---------AGATGTAGACA------------AAGAT--CGATTGG--TAAG-C---------------T-CCGATGGTCGGATTC---AATA---T--T-----TCATCTATTA---A--ATATCAAT--T---ACGCT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---CATTTAA-----G--------GTTT-AG---CA-----AAT-ATT-A---T----------TCATAATTTcaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|9                          :                                                                                                   taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactATTC-CAG--AGAAATTTAG-A----------TGCAATA-C--CTGGAC-CATA----T---TT------G-----AACGT-CAGCATGTCAT-TAAT-C----ATT-AAATATGTAAATATGATCCGAATGGGAGCGCA-----CCTTGTGCA---------AGTTCAAAACGTTATTGCACGCCAAGGT---G--TAA-ACAAATC---------------T-GTGGAAGCCGGGTTT---GATA---T--TCTGTCT--------ATTTA--GTATCAAT--T---CATTC-TTC----TTATATTTC-------------------TA---C----------------------CC-AG---TA-----AAT-ATCTT---T----------TCACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA------C-G-TT---GA

Unaligned ( gi|21 ): TATAGAATAAAAGTGCTACTAAATTTACACTGGTGACTAATGACACTTGTTGGGTATAAGAAATCGCTCACAAGTTCGCATATCTTTAAACCCA
Unaligned ( gi|25 ): ACTGTGATATTGTTTACATTTATATCAGTACCAACAATGGCTTAATGTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTTCGTGAGGTAATAAAATCTGTATCGAAACCGATCCGGGTACAAGTTAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            11111                           33333333333                                                                                         1111    1111111111    33333333333333333333           444444444444     222222            44444444444444444                        888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                           22222222222222                                                                               22222222222222222                      6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           111                          11111111         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                     3333333333333                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             3 1        3   33333            2  444 0       33333333333         2 33      2    99999999  888888 77777    33    2 6666 3 77 3 7777   3    88888  0000    4444444444    44444444444444444444           111111111111     000000   88    5  22222222222222222         1   888    777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6  3  666  99999   3  66  22222222222222             7777    555  3 0 999999   888           2       99999999 3  555   55555555555555555  55   2  3  0 55     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66  66  111 4  4   55     8888 777   44444444  4      3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   5  77    6 9999      1   5        1111111111111   1   33       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             . .        .   .....            .  ... .       ...........         . ..      .    ........  ...... .....    ..    . .... . .. . ....   .    .....  ....    ..........    ....................           ............     ......   ..    .  .................         .   ...    ... ......................................................................................................... .  .  ...  .....   .  ..  ..............             ....    ...  . . ......   ...           .       ........ .  ...   .................  ..   .  .  . ..     ................................................................ . ..  ..  ... .  .   ..     .... ...   ........  .      ................................................................   .  ..    . ....      .   .        .............   .   ..       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             6 2        1   22222            9  000 1       44444444444         9 99      9    33333333  222222 11111    44    9 1111 1 33 1 1111   3    33333  4444    6666666666    22222222222222222222           000000000000     222222   88    7  33333333333333333         0   888    000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1  6  444  11111   6  33  88888888888888             1111    888  3 9 666666   000           4       88888888 3  888   66666666666666666  00   2  6  7 55     6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 11  11  000 0  0   55     5555 000   55555555  0      5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   0  00    0 7777      7   7        9999999999999   2   00       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAAT-----AATAG-GATC----------CGCAC-----GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
Reference ( family-6100 )     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAAT-----AACNG-GATC----------CGCAC-----GT-NA---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-TT---GAAA------ACGC------GC--GTAACT-GTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--T---------------A---------AAANA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                           TT-TTTT-GTAGTGAGAC----ATTTCCAAATTC-TGG--AAATTTTTAG----------CATGCAATA-C--AAGAGT-CACT----------------G-----AACGA-CATC-T----T-T--T-G----ATG-GAAT-----AATTG-AATT----------CGCACCAAGCGT-TATTACACTTTAGTTGTAAACA------------AAAAT--TG--TGA-ATCAA-CTACAGTGTGGTAACATCTGGTAGCTAGATTC---AATG---T--G-----T----------------TATCTAT--T---AATTA-T------CAAT--TACAG----------------TT----C-----A-----G--------GGCC-AA---GA-----CAT-ATT-GT----------TTTTCACAATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAA------CGG-TT---AAAT------ATGT------GC--TCAAAT-GTGA--TATTG-------------------TATACATTCACAT--CAGTACCAACAATGC----CTCA-------GTT--TC--TA---AGCA-TGA--TGAGA----A---AGT--------AA-ATAAACT------A--TCAACAAATGGCAACCA---------AAACA-TG--------------------GTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATT-ATAGAACT--TATAC---TA-GTGGATAGTGACACTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                        TAACT-CATTAGTGATTAAATT---GTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATA-T--CTGAGT-CATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC-T----A-T--T-C----ATG-AAAT-----AATGG-GGTC----------Cgataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttatcatataattgatat---T--T-----G--------A---A--ATATTGAA--C---GANTT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---C-----AATTAAG--------GTTTTAG---CA-----AAT-ATC-AT----------T---CATAATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA------C-A-AA---GAGG------ACGT------GCACGTA--T--TCA--TATCGGCGC---------------CA---------AT--C------------ACGTTTCA---------GTT--TC--TA---A-CT-TAC--CGAGA----A---AAT--------GA-Acctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tACAATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA------C-T-TT---GAAA------ACGT------GC--GTAATT-GTGA--TGTTGCTTGCATTCACATCGGTGTCA---------ATAAT------------GC----TTTA-------GTT--TC--TA---A-CT-TGG--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATTGTCAGCA--T---------------AAAGCAATAGAAATA-TA--------------------GTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA------C-A-TT---GAGC------ATACATGTAAGT--ATAACT-GTGA--AATTG-------------------CA---------gtaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                    aataaattgacgaaggtaatTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACATTC-TAA--AGAAGTTTAG----------TTTGCAATA-TAACTGAAT-CACT----T---TT------A-----GACGA-CAAT-T----T-T--TTC----ATG-AAAT-----AATAG-AATC----------CGCAC--------CA---------AATCGTtgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttcttatgtaat---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------AAAAA-TA--------------------G-T-TA--TATAGT---AT--AGGAGAT-ACTGAACTtccgggtacaagttaatgc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                          tac-TATTAATAATGAAAC----ATTCCTACATTC-TAG--AGAATTTTA--C--------CATGCACTA-T--C-AAGC-CATT----A---TCATCTAAG-----AATG--CAAT-T----T-T--T-TGGGGGTG-AAAT-----AATAG-GATC----------TGTA------AT-GA---------AACTATAgttggcacgcgtgcggtgtacaacttgctcgcatagtagcgaattttaaactcagctcctaaagtattccccagaataacgtgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          atgacaTTAGTGAT-AAAT----TTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATAAT--CTGAGTTCATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC-T----A-T--T-C----ATGAAAAT-----AATGGAGGTC----------Ccaggtttaatattactgcact
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                tattaatcaAATT-TGTAAATAATGAAAA----GATCTT---TTC-AAG--A---CTTTAG-A--------AA-GCAATA-C--CTGGAC-CATT----A---TT------G-----AATGCACAGC-T----T-TA-T-C----ATG--AAT-----A---G-GATC----------CACAC-----GG-AA---------Actccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    aaaAAATGC-TAC--AGAACTTTAG----------CGTACAATT-T--CTGGGC-AACT----A---TT------G-----TACGC-AAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAAT-----AA-AT-GACC----------CGcatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGCAATGAAAT----AATCCTAAATTC-CAG--AGAATTGTAGGA--------AGAGCGATG-C--CTGGAT-CATT----A---TT------GTACGAAACGC-CAAC-T----T-T--T-C----ATG-AAAA-----ACCTA-AACA----------TGCAT-----GT-TA---------AGTTGTAAACA------------AAGATTGCG--TGATATAAA-CT---------------TTGGTAGCCAATTTC---GATA---T-----------------A---A--GTATTAAT--C---AGTTC-TTG----TAATTTTCCGAC-----------------A---C-----A-----G--------GATC-AG---CA-----AAT-ATC-AT---------------ACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA------A-G-TT---GAAA------ACTC------GC--GTAACT-GTAA--TATTG-------------------C-----------T--C------------G-----C----------ATT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------A--TC--------------A---------ACATA-TA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTT-ATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTCttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                        TGATT-CTTTAGTAAT-AAAT----GTTTC-AAATTTGTAG--AGAATTTCAG----------CGTGCGATA-C--GTTGGC-TAAT----A---TT------G-----AACGT-CAAC-A----T-T--T-C----ATG-GAAT-----A
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tacatgtaaTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT----------------A-TT---GGA----------C------GC--GTACCT-GTAATTTATTG-------------------CA-------------C------------GC----G----------GCT--TC--TA---A-GT-TGA----GGA----A---ATT--------GA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTAGTAATAAAAT----GTTCCTACATTT-TTTTTAGGATTTTGG----------TGTGCAATG-C--CTGGAC-CATT----A---CT------G-----AACTT-CCAC-T----T-C--T-ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 taatt-----A-----G--------GACC-AG---CA-----GAT-AT---------------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA------T-G-TT---CAAACAGTTCAC-T------GT--GTAACT-GTtga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ---------AGCTGTTAACA------------ATGAT--GG--CGG-ACTTG-CTA--------------CCGCTACATGTATTT---GCTA---TGGT-----T--------A---ATGGTTTTGATATT---TTGTC-TTG----TAATATTTGGACCTT--G---AT----TTA---C-----A-----GTTAATAAGGACC-AA---GG-----AAT-ATT-AT----------T--------TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATC-G-TT---GATA------ACCT------GC--ATAACT-CTGA--TACTG-------------------CATGTATTCATAT--CAGT---------GC----CAAATCCTTCAGTT--TA--TAC--A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------A--T---------------G---------ATAAA-TA--------------------GTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGAT-ATTGAACT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cactttAAG-TT---------------CTGGTAGCCGGCTTC---GATA---T--T-----TTCTTTATTA---A--GTGTCAAT--C---AAATCGTTGTTCACAAT-----GA----------------------------A-----A--------GACC-AA---AA-----AAT-ATA-AT----------T---CCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC------C-G-TTTGTGTAA------TAGT------GA--TTAACCCATGA--TGTTG-------------------CA---------AC--CATCCACATCAGTGC----C----------AATAATG--CA---A-CT-CAA--CGAGA----ATTTAATACTTTGTAGACATAAAGT------AGAT---------------A---------AAAAAATG--------------------CTT-TAGCTATA-TA--ATAAAGGAGTT-AGTGAACT--TATAC---CA-GTGACTAGCAGTACCCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAG-TT---------------ATGGTAATCGGTTTC---GATG---T--T-----TTTTAA---A---A--ATATTTTT--TTAAAAATA-TTAAT--CAATATT------CT--CATGTT----TCAGTTC-----A-----G--------ATTT-AGTATCA-----AGG-ATC-ATAGAGTCTTAGT---CACAATTTAAAAC----GTTT---CT-CTA------GCATTGATTAAT-CAATGGAGCGAA------T-GTTT---TATA------TCGCAA----GC--TTACAT-GT-A--TAC--------------------------------AT--C------------GG----C----------A-C--TC--CA---A-TTATAAACCGGAATCGCA---AAT--------TA-ATAGATT------A--T---------------AGCAATAC--AAGTA-TAAAACAAACAAACCGAAATGTGTT-TAGTTAT-GTA--ATAAAGG-GTTAATTAAACTTgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTTGTGATGAAAT----GTTCCTAAAT------------TTTTAC-ATG------CATGCAATA-C--CTGGTC-CATTTATAA---TA------G-----AAAGC-CAAC-T----TGT--T-T----ATG-AAAT-----AACAG-GATC----------CATAG-----AT-AA---------AGTTactatgacaattgttgggtgtaaaaaatcactcgtaagctccccgcgtttgtgtat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatagcgTAACAGGATCCATAGATAAAGT--T-----C--------AC--A--GAATCTAT-------ATTA-TTG----CAATATATGGACCCC--T---AT----ATA---C-----A-----GTTAAG---GATT-AG---CATTTATAATTATC-AT----------T---CACAATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GCA------------AT--GATGGA------C-G--------AA------ACGT------GC--GTGTCT-GTGA--TATTG-------------------AAT--------GT--C------------GT----TAAT-------GTT--TCAATATGCA-AT-GGA--CGAGA----A---AAT--------GA-AC-------------------------------------------TA-TA--------------------GT-------AAAATG--ATAAAATAATG-ATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|7                          :                                                                                                                           aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaaTATTT-TATTAGCAATGAAAT----ATTTCTAAAATG-TA-----AATTGTAG-ATAAAATAACGTAAAATA-C--TTGGGT-CATT----A---TT------G-----AATGC-GAAC-T----g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         taaA---T--T-----TTAA-----A---A--GTATCAAT--T---AATTC-TTG----TTACATTTCGACCGTGAC---TTAAAGTTA---A-----A-----G--------G-CC-AG---TA-----AAT-Aaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|8                          : taatattttattagcaatgaaatatttctaaaatgtaaattgtagataaaataacgtaaaatacttgggtcattattgaatgcgaactaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcTAATT-TGTTATTGATGAAAC----GTACCTAAATTC-TAG--ACAATTTGAG----------CGTGCAATA-C--CTTGAC-CATT----AATCTT------A-----AACAC-CAAC-T----T-T--T-C----GAA-GAAT-----AATAA-GATC----------CGGAC-----ataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taaC----------TGCAC-----TT-GA---------AGATGTAGACA------------AAGAT--CGATTGG--TAAG-CT---------------CCGATGGTCGGATTC---AATA---T--T-----TCATCTATTA---A--ATATCAAT--T---ACGCT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---CATTTAA-----G--------GTTT-AG---CA-----AAT-ATT-AT----------T---CATAATTTcaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|9                          :                                                                                                     taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttaATTC-CAG--AGAAATTTAG-A----------TGCAATA-C--CTGGAC-CATA----T---TT------G-----AACGT-CAGCATGTCAT-TAAT-C----ATT-AAATATGTAAATAT-GATCCGAATGGGAGCGCACCTT--GTGCA---------AGTTCAAAACGTTATTGCACGCCAAGGT---G--TAA-ACAAATCT---------------GTGGAAGCCGGGTTT---GATA---T--TCTGTCT--------ATTTA--GTATCAAT--T---CATTC-TTC----TTATATTTC-------------------TA---C----------------------CC-AG---TA-----AAT-ATCTTT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA------C-G-TT---GA

Unaligned ( gi|21 ): TATAGAATAAAAGTGCTACTAAATTTACACTGGTGACTAATGACACTTGTTGGGTATAAGAAATCGCTCACAAGTTCGCATATCTTTAAACCCA
Unaligned ( gi|25 ): ACTGTGATATTGTTTACATTTATATCAGTACCAACAATGGCTTAATGTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTTCGTGAGGTAATAAAATCTGTATCGAAACCGATCCGGGTACAAGTTAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                            11111                           33333333333                                                                                                    1111111111    33333333333333333333           444444444444     222222            44444444444444444                        888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888                          22222222222222                                                             11111111111111    22222222222222222                      6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666           111                          11111111         9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                     3333333333333                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             3 1        3   33333            2  444 0       33333333333         2 33      2    99999999  888888 77777    33    555 33 3 77 3 7777   3     88888 55   3 3   4444444444    44444444444444444444           111111111111     000000   88    5  22222222222222222         1   888    777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6  3  666  99999   3  2  66666666666666             7777    555  3 0 999999   888           2       22222222222222    55555555555555555  55   55    0 55     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66  66  111 4  4   55     8888 777   44444444  4      3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   5  77   5  9999      1   5        1111111111111   1   33       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             . .        .   .....            .  ... .       ...........         . ..      .    ........  ...... .....    ..    ... .. . .. . ....   .     ..... ..   . .   ..........    ....................           ............     ......   ..    .  .................         .   ...    ... ......................................................................................................... .  .  ...  .....   .  .  ..............             ....    ...  . . ......   ...           .       ..............    .................  ..   ..    . ..     ................................................................ . ..  ..  ... .  .   ..     .... ...   ........  .      .............................................................   .  ..   .  ....      .   .        .............   .   ..       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                             6 2        1   22222            9  000 1       44444444444         9 99      9    33333333  222222 11111    44    000 99 1 33 1 1111   3     33333 00   6 6   6666666666    22222222222222222222           000000000000     222222   88    7  33333333333333333         0   888    000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1  6  444  11111   6  3  88888888888888             1111    888  3 9 666666   000           4       33333333333333    66666666666666666  00   88    7 55     6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 11  11  000 0  0   55     5555 000   55555555  0      5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   0  00   0  7777      7   7        9999999999999   2   00       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC---T--T-T--T-C----ATG-AAATA-----A--TAG-G-ATC----------CGCAC-----GTN-A---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATCAT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-T---TGAAA------ACGC------GC--GTAA-CTGTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------AT---------------A---------AAANATA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
Reference ( family-6100 )     :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGTAATGAAAC----GTTCCTAAATTC-TAG--AGAATTTTAG-A--------CGTGCAATA-C--CTGGGC-CATT----A---TT------G-----AACGC-CAAC---T--T-T--T-C----ATG-AAATA-----A--TAG-G-ATC----------CGCAC-----GTN-A---------AGTTGTAAACA------------AAGAT--CG--TGA-ATAAG-CT---------------CCGGTAGCCGGNTTC---GATA---T--T-----T--------A---A--GTATCGAT--T---AANTC-TTG----CAATATTTCGACCCT--C---TT----TTA---C-----A-----G--------GACC-AG---CA-----AAT-ATCAT----------T---CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCATTGATCGATGCAATTGGATGAA------C-G-T---TGAAA------ACGC------GC--GTAA-CTGTGA--TATTG-------------------CA---------AT--C------------GC----C----------GTT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------AT---------------A---------AAANATA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAAGGAGTT-ATTGAACTTGTATAC---TAGGTGAATANCGGCACTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                           TT-TTTT-GTAGTGAGAC----ATTTCCAAATTC-TGG--AAATTTTTAG----------CATGCAATA-C--AAGAGT-CACT----------------G-----AACGA-CATC---T--T-T--T-G----ATG-GAATA-----A--TTG-A-ATT----------CGCACCAAGCGTT-ATTACACTTTAGTTGTAAACA------------AAAAT--TG--TGA-ATCAA-CTACAGTGTGGTAACATCTGGTAGCTAGATTC---AATG---T--G-----T----------------TATCTAT--T---AATTA-T------CAAT--TACAG----------------TT----C-----A-----G--------GGCC-AA---GA-----CAT-ATTGT----------TTTTCACAATTTGAAGC----ATTT---CATCAT------CCACC-ATCGGTGCAATTGGATGAA------CGG-T---TAAAT------ATGT------GC--TCAA-ATGTGA--TATTG-------------------TATACATTCACAT--CAGTACCAACAATGC----CTCA-------GTT--TC--TA---AGCA-TGA--TGAGA----A---AGT--------AA-ATAAACT------ATCAACAAATGGCAACCA---------AAACATG--------------------GTT-TAGCTTTATTG---TAAAGGAATT-ATAGAACT--TATAC---TA-GTGGATAGTGACACTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                        TAACT-CATTAGTGATTAAATT---GTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATA-T--CTGAGT-CATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC---T--A-T--T-C----ATG-AAATA-----A--TGG-G-GTC----------Cgataggtatgaattctcgaatttcaaattcaacccggccaattcctcagtatgaaagg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttatcatataattgatat---T--T-----G--------A---A--ATATTGAA--C---GANTT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---C-----AATTAAG--------GTTTTAG---CA-----AAT-ATCAT----------T---CATAATCTGAAATTAATATTTGTTCA-TAATTTGAAATATTGAACGATGCAATTGGATTAA------C-A-A---AGAGG------ACGT------GCACGTA---T-TCA--TATCGGCGC---------------CA---------AT--C------------ACGTTTCA---------GTT--TC--TA---A-CT-TAC--CGAGA----A---AAT--------GA-Acctccaaaatgtttccagtacgagttactgttattgcatacttagactagttgtgttcaaagattggatcagctatcgtgtgataagctctgg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tACAATTTAAAAC----AATT---CA-CTA------GCACAGATCGATGCAATTGGATAAA------C-T-T---TGAAA------ACGT------GC--GTAA-TTGTGA--TGTTGCTTGCATTCACATCGGTGTCA---------ATAAT------------GC----TTTA-------GTT--TC--TA---A-CT-TGG--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATTGTCAGCAT---------------AAAGCAATAGAAATATA--------------------GTT-TAGCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTTGAA-C----ATTT---CA-AAA------GC----ATCAATGCAATTGTA-GAA------C-A-T---TGAGC------ATACATGTAAGT--ATAA-CTGTGA--AATTG-------------------CA---------gtaata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                    aataaattgacgaaggtaatTAATTGTTTTAGTACTAAAATTAATGTTCCTACATTC-TAA--AGAAGTTTAG----------TTTGCAATA-TAACTGAAT-CACT----T---TT------A-----GACGA-CAAT---T--T-T--TTC----ATG-AAATA-----A--TAG-A-ATC----------CGCAC-------C-A---------AATCGTtgtactatatcagtgcgaaaatgcttcaatgtgtaaatctgaccaaagaatgactaa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttcttatgtaat---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------AT---------------G---------AAAAATA--------------------G-T-TA--TATAGT---AT--AGGAGAT-ACTGAACTtccgggtacaagttaatgc
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                          tac-TATTAATAATGAAAC----ATTCCTACATTC-TAG--AGAATTTTA--C--------CATGCACTA-T--C-AAGC-CATT----A---TCATCTAAG-----AATG--CAAT---T--T-T--T-TGGGGGTG-AAATA-----A--TAG-G-ATC----------TGTA------ATG-A---------AACTATAgttggcacgcgtgcggtgtacaacttgctcgcatagtagcgaattttaaactcagctcctaaagtattccccagaataacgtgg
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                          atgacaTTAGTGAT-AAAT----TTCCCTAAATGT-TAG--AGGGTTTTA--A--------CGGGCAATAAT--CTGAGTTCATT----A---TT------G-----AACAC-CAAC---T--A-T--T-C----ATGAAAATA-----A--TGGAG-GTC----------Ccaggtttaatattactgcact
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                tattaatcaAATT-TGTAAATAATGAAAA----GATCTT---TTC-AAG--A---CTTTAG-A--------AA-GCAATA-C--CTGGAC-CATT----A---TT------G-----AATGCACAGC---T--T-TA-T-C----ATG-----A-----A--TAG-G-ATC----------CACAC-----GGA-A---------Actccaaaatgttttccagtacgagttactgttattgca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    aaaAAATGC-TAC--AGAACTTTAG----------CGTACAATT-T--CTGGGC-AACT----A---TT------G-----TACGC-AAAC---T--T-T--T-C----ATG-AAATA-----A---AT-G-ACC----------CGcatttccaagcactagttcacattattggtgcacttgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                        TAATT-TGTTAGCAATGAAAT----AATCCTAAATTC-CAG--AGAATTGTAGGA--------AGAGCGATG-C--CTGGAT-CATT----A---TT------GTACGAAACGC-CAAC---T--T-T--T-C----ATG-AAA-A-----ACCTAA-ACAT------------GCAT-----GTT-A---------AGTTGTAAACA------------AAGATTGCG--TGATATAAA-CT---------------TTGGTAGCCAATTTC---GATA---T-----------------A---A--GTATTAAT--C---AGTTC-TTG----TAATTTTCCGAC-----------------A---C-----A-----G--------GATC-AG---CA-----AAT-ATCAT---------------ACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCATTAATCGATGGAATTGGGTGAA------A-G-T---TGAAA------ACTC------GC--GTAA-CTGTAA--TATTG-------------------C-----------T--C------------G-----C----------ATT--TC--TA---A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-ATAAATT------ATC--------------A---------ACATATA--------------------GTT-TAGCTATAATG--ATAAGGGTGTT-ATTGAACTTGTATACATGTAGGTGAATATTGGCACTCttccaagtacgagttaatgttacggcatgataaactgtcg
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                        TGATT-CTTTAGTAAT-AAAT----GTTTC-AAATTTGTAG--AGAATTTCAG----------CGTGCGATA-C--GTTGGC-TAAT----A---TT------G-----AACGT-CAAC---A--T-T--T-C----ATG-GAATA-----
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tacatgtaaTTGGAAAC----ATTT---CA-CAG------GCAACTATCGATGTAAT----------------A-T---TGGA----------C------GC--GTAC-CTGTAATTTATTG-------------------CA-------------C------------GC----G----------GCT--TC--TA---A-GT-TGA----GGA----A---ATT--------GA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTAGTAATAAAAT----GTTCCTACATTT-TTTTTAGGATTTTGG----------TGTGCAATG-C--CTGGAC-CATT----A---CT------G-----AACTT-CCAC---T--T-C--T-ta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatt-----A-----G--------GACC-AG---CA-----GAT-AT--------------------------AAAC----ATTT---CG-CAA------GCATTAATCGATGTAA-CAGATGGA------T-G-T---TCAAACAGTTCAC-T------GT--GTAA-CTGTtga
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---------AGCTGTTAACA------------ATGAT--GG--CGG-ACTTG-CTA--------------CCGCTACATGTATTT---GCTA---TGGT-----T--------A---ATGGTTTTGATATT---TTGTC-TTG----TAATATTTGGACCTT--G---AT----TTA---C-----A-----GTTAATAAGGACC-AA---GG-----AAT-ATTAT----------T--------TTTCAAA-----ATTT---CA-CTA------GCATTGGTCGATGCAATTTGATGAACGTAATC-G-T---TGATA------ACCT------GC--ATAA-CTCTGA--TACTG-------------------CATGTATTCATAT--CAGT---------GC----CAAATCCTTCAGTT--TA--TAC--A-CT-TGA--CGAGA----A---AAT--------GA-TTAAATA------AT---------------G---------ATAAATA--------------------GTTATA--TACAATGTAGTATAGGAGAT-ATTGAACT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cactttAAG-TT---------------CTGGTAGCCGGCTTC---GATA---T--T-----TTCTTTATTA---A--GTGTCAAT--C---AAATCGTTGTTCACAAT-----GA----------------------------A-----A--------GACC-AA---AA-----AAT-ATAAT----------T---CCTAATATGAAAC----ATTT---CA-TTT------GCATTAACCGATGTAGTTGAGTGAC------C-G-TTTGTGTAA------TAGT------GA--TTAACCCATGA--TGTTG-------------------CA---------AC--CATCCACATCAGTGC----C----------AATAATG--CA---A-CT-CAA--CGAGA----ATTTAATACTTTGTAGACATAAAGTAG----ATA--------------A---------AAAAATG--------------------CTT-TAGCTAT-ATA--ATAAAGGAGTT-AGTGAACT--TATAC---CA-GTGACTAGCAGTACCCgttggcacgcgtgcggtgtacaatttgctcgcatagttgcgaattttaaactcaactcctaaagtattccccagaataacatggt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TAAG-TT---------------ATGGTAATCGGTTTC---GATG---T--T-----TTTTAA---A---A--ATATTTTT--TTAAAAATA-TTAAT--CAATATT------CT--CATGTT----TCAGTTC-----A-----G--------ATTT-AGTATCA-----AGG-ATCATAGAGTCTTAGT---CACAATTTAAAAC----GTTT---CT-CTA------GCATTGATTAAT-CAATGGAGCGAA------T-GTT---TTATA------TCGCAA----GC--TTAC-ATGT-A--TAC--------------------------------AT--C------------GG----C----------A-C--TC--CA---A-TTATAAACCGGAATCGCA---AAT--------TA-ATAGATT------AT---------------AGCAATAC--AAGTATAAAACAAACAAACCGAAATGTGTT-TAGTTAT-GTA--ATAAAGG-GTTAATTAAACTTgtctgatgtgaaattcgctcaaaagttcgcggtgttttataaacccaacacctgcctagatttcattaactttaaaattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                          ATT-TGTTTGTGATGAAAT----GTTCCTAAAT------------TTTTAC-ATG------CATGCAATA-C--CTGGTC-CATTTATAA---TA------G-----AAAGC-CAAC---T--TGT--T-T----ATG-AAATA-----A--CAG-G-ATC----------CATAG-----ATA-A---------AGTTactatgacaattgttgggtgtaaaaaatcactcgtaagctccccgcgtttgtgtat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatagcgTAACAGGATCCATAGATAAAGT--T-----C--------AC--A--GAATCTAT-------ATTA-TTG----CAATATATGGACCCC--T---AT----ATA---C-----A-----GTTAAG---GATT-AG---CATTTATAATTATCAT----------T---CACAATATGAAAC----ATAT---CA-CGG------GCA------------AT--GATGGA------C-G--------AA------ACGT------GC--GTGT-CTGTGA--TATTG-------------------AAT--------GT--C------------GT----TAAT-------GTT--TCAATATGCA-AT-GGA--CGAGA----A---AAT--------GA-AC-----------------------------------------TATA--------------------GT-------AAAATG--ATAAAATAATG-ATTTAACTTAT---------GGTGTATACTGGCACTCcacagaatctatattattgcaatatatggacccctatatacagttaaggattagcatttataattatcattcacaatatgaaacatatcacgggcaatgatggacgaaacgtgcgtgtctgtgatattgaatgtcgttaatgtttcaatatgcaatggacgagaaaatgaactatagtaaaatgataaaataatgatttaacttatggtgtatactggcactcg
gi|7                          :                                                                                                                           aatagcgatttgtttgtgatgaaatgttcctaaatttttacatgcatgcaatacctggtccatttataatagaaagccaacttgtttatgaaaTATTT-TATTAGCAATGAAAT----ATTTCTAAAATG-TA-----AATTGTAG-ATAAAATAACGTAAAATA-C--TTGGGT-CATT----A---TT------G-----AATGC-GAAC---T--g
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taaA---T--T-----TTAA-----A---A--GTATCAAT--T---AATTC-TTG----TTACATTTCGACCGTGAC---TTAAAGTTA---A-----A-----G--------G-CC-AG---TA-----AAT-Aaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcattttaaaagtatcaattaattcttgttacatttcgaccgtgacttaaagttaaaggccagtaaataataatatcata
gi|8                          : taatattttattagcaatgaaatatttctaaaatgtaaattgtagataaaataacgtaaaatacttgggtcattattgaatgcgaactaggacccggatcgaaacatttcgggtacaagttaacgttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaaaatgcTAATT-TGTTATTGATGAAAC----GTACCTAAATTC-TAG--ACAATTTGAG----------CGTGCAATA-C--CTTGAC-CATT----AATCTT------A-----AACAC-CAAC---T--T-T--T-C----GAA-GAATA-----A--TAA-G-ATC----------CGGAC-----ataatatcata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaC----------TGCAC-----TTG-A---------AGATGTAGACA------------AAGAT--CGATTGG--TAAG-CT---------------CCGATGGTCGGATTC---AATA---T--T-----TCATCTATTA---A--ATATCAAT--T---ACGCT-TTG----CAATATTTCGGCCCT--C---TT----TTA---CATTTAA-----G--------GTTT-AG---CA-----AAT-ATTAT----------T---CATAATTTcaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttactgcacttgaagatgtagacaaagatcgattggtaagctccgatggtcggattcaatatttcatctattaaatatcaattacgctttgcaatatttcggccctcttttacatttaaggtttagcaaatattattcataattt
gi|9                          :                                                                                                     taataatttgttattgatgaaacgtacctaaattctagacaatttgagcgtgcaataccttgaccattaatcttaaacaccaacttttcgaagaataataagatccggaccaaaacgtttcgggtacagttatcattgctaaacgttaATTC-CAG--AGAAATTTAG-A----------TGCAATA-C--CTGGAC-CATA----T---TT------G-----AACGT-CAGCATGTCAT-TAAT-C----ATT-AAATATGTAAA--TAT-G-ATCCGAATGGGAGCGCACCTT--GTGCA---------AGTTCAAAACGTTATTGCACGCCAAGGT---G--TAA-ACAAATCT---------------GTGGAAGCCGGGTTT---GATA---T--TCTGTCT--------ATTTA--GTATCAAT--T---CATTC-TTC----TTATATTTC-------------------TA---C----------------------CC-AG---TA-----AAT-ATCTT----------TT--CACAATTTGAAAC----ATTT---CA-CAA------GCAATGATCGATGCACTTGTATGAA------C-G-T---TGA