lowQualScore : 111 1 1111111111111 6666666666 1 22222222222222 22222222 11 1111111 1111111 22222222 5555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 1111111111111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111
lowQualScore : 777 0 1 5 1 7777777777777 33 5 5 4 22 99 5555555555 66 8 5 99999999999999 66666666 77 1 666 3 3 1111111 88888 66 0000000 2 3 2 7777 99999 2 4 11111111 2 2 0000000000000000000000000000000000000000000 5 33 99 2 444 33 88888888888 2 5 888 9999999999999999999 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 1 0 66666 1 1 3
lowQualScore : ... . . . . ............. .. . . . .. .. .......... .. . . .............. ........ .. . ... . . ....... ..... .. ....... . . . .... ..... . . ........ . . ........................................... . .. .. . ... .. ........... . . ... ................... ... ................................................................................................................................................... .. . . ..... . . .
lowQualScore : 555 0 2 0 0 3333333333333 11 7 7 4 66 33 0000000000 99 6 0 44444444444444 99999999 11 1 777 7 6 5555555 33333 11 0000000 7 5 5 4444 11111 6 1 44444444 5 5 2222222222222222222222222222222222222222222 0 44 44 5 888 44 00000000000 5 0 888 5555555555555555555 777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 8 3 77777 0 7 0
consensus : TATTTTTTT---TTA-CGAGGCATGTTTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--T--T---TATGCTCCCCT-GGACATT-TTT--------------TGCT----G---TGTTTCC-TGCCTCGGTGNC-ATGAATTTT-ATGTAT--NTTTTG----TTT-AT--NA---ATTGATG-AAATTCTTGT-CTGTTT----A-----CAAAATAAACTCTAT---N--TA-AA-TAT--T---N-TG--ATG--CGTG---GTTTT-C-----AT-TTGTT-TT--TGTTT--TGA-TGTC-ATT--G------CG--TAAG-CA-A---GG--A---G-C-C---A--G-TGA---AA-----GT-----A--CT---T-----AGT---TCAC----ATA------TG-AAG------CG------GTG-------------AT-TG---TA-TT--CA-TACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANTAGTANTGTCATATAAGG-----AAATACATTGGCAAATGTAGATA
Reference ( gi|3 ) : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCT-AGACATT-TTT--------------TGCT----T---TGTTTCA-TGCCTCAATGAC-ATGAGCTTT-ATGCAT--ATTTTG----TTC-AT--AA---ATTAATG-AAATCCTTGT-CTGTTT----A-----CAAAATAAACTCTAT---C--TA-AA-TAT--C---A-TG--GTG--CATG---GTTTT-C-----ATGTTGTT-TT--TGTTT--TGA-TGTT-ATT--G------CA--CAAG-CA-A---GG--A---A-C-C---A--A-TGA---AA-----AT-----A--CT---T-----AGT---TTAC----ATA------TG-AAG------CA------GTT-------------AT-TG---TA-TT--CA-TACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGTAGTAATGTCATATAAGG-----AAATATATTAGCAAATGTAGATA
gi|4 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCT-AGACATT-TTT--------------TGCT----T---TGTTTCA-TGCCTCAATGAC-ATGAGCTTT-ATGCAT--ATTTTG----TTC-AT--AA---ATTAATG-AAATCCTTGT-CTGTTT----A-----CAAAATAAACTCTAT---C--TA-AA-TAT--C---A-TG--GTG--CATG---GTTTT-C-----ATGTTGTT-TT--TGTTT--TGA-TGTT-ATT--G------CA--CAAG-CA-A---GG--A---A-C-C---A--A-TG----AA-----AT-----A--CT---T-----AGT---TTAC----ATA------TG-AAG------CA------GTT-------------AT-TG---TA-TT--CA-TACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGTAGTAATGTCATATAAGG------AATATATTAGCAAATGTAGAT
gi|8 : aTATTTTTTT---TTAGCAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAA--AAT------ACTT---CTTTTT-TCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCT-AGACATT-TTT--------------TGCT----T---TGTTTCACTGCCTCAATGAC-ATGAGCTTT-ATGCAT--ATTTTG----TTC-AT--AA---ATTAATG-AAATCCTTGT-CTGTTT----A-----CAAAATAAACTCTAT---C--TA-AAATAT--C---A-TG--GTG--CATG---GTTTT-C-----ATGTTGTT-TT--TGTTT--TGA-TGTT-ATT--G------CA--CAAG-CA-A---GG--A---A-C-C---A--A-TGA---AA-----AT-----A--CT---T-----AGT---TTAC----ATA------TG-AAG------CA------GTT-------------AT-TG---TA-TT--CA-TACAC----------
gi|18 : taaTTCTTTTGAATTA-CGGAGCATGTTTTGTTTTCAGGAGACGAAT------AAAT---ATGTTTG-CA-ACATGGGACCCATTCAG------TGGCTATGCTCCCTTGAAACTTA-TTT--------------TGCTACAATGTATGTTTCC-CGCCTTGTTTCC-ATGAACTAT-AT
gi|2 : TTT---TTA-GTAAGCATGTTTT-TTTTCAGAGGACGAAT------ACAGGAACTTTTTTCCAGAT-TTA------TTC------------TATGCTTCCCT-GGG-ATT-TTTCAGGGGGGGGGGGCTGCT----G---CATTTTC-TGCCTCGGTGCT-ATAAATTTC-ATTTAT--TGTTTG----TTT-AT--AA---ATTGATGAAAATTTTTGT-CTGTTT----A-----CGTAATAAACT-TA-------TA-AA-TAT--TCTGATTG--ATG--CGTG---TTTTT-A-----A------T-TC--TGTTA--TGG-TGTC-ATT--GAATATACATGTAAG-CA-A---CA--A---G-C-C---AG-G-TGA---CA-----GT-----AATTT---T-----CGT---TT---------------TG-AGG------CG------ATCACGAGAAAGAAAGAT-CA---CA-TTAACA--ACCC----------CTGTA-----AGT--------C-------AATTTAATTAGTACTGCCATTTACGG-----AAATACATTGGCAAATGTAAATAttattgtatggtta
gi|15 : aataCATGTTTTGTTTTCAGGAGACAAATGCATGTACAT---CCTTTTGTCA-CT-TGGGCTT-CTTCAGA--C------TATGCTCTCCT-GGA-ATT-CTT--------------TGCT----G---TGTTTCC-TGCCTCAGTGCC-ATGAATTTTCATTTAT--TGTTTG----TTT-AT--CC---ATTGATG-AGATTCTTGT-TTATTC----A-----CGAAA-A---TTTGT---A--TA-AA-TAT--T---C-TG--ATG--C---------------------------------CTT--TGA-TGTC-ATT--A------TG--TGAG-CA-A---GA--A---G-C-C---A--tt
gi|12 : GTTTTCTGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGACCAATTCAAACTT------TATGTTCCTTT-GGA-ATT-TTT--------------ggtaaaa
gi|7 : tgAAT------ATAT---CCTTTTATCA-TT-TG-GGCCTCTTCAGA--C------TATGCTCCCCT-TAA-ATTATTT--------------TGCA----G---TGTTTCC-TGTCTCGGTGCT-ATGAATTTC-ATTTAT--TGTTTG----TTT-AT--CA---TTTGATG-AAATCCTTGT-CT-TTT----A-----CGAAATAAA-TTTAT---A--TG-AA-TAT--T---A-GG--ATA--CATT---GTTTT-------A------T-TT--TGTTT--GAA-TGGT-AGC--G------TATGTAAG-CA-A---GG--G---GCC-C---A--A-TAA---AA-----G--------------T-----AGT---ACAC----ATT------GG-AAG------CG------GTG-------------AC-TG---TA-TT--CA-TGTGC----------AAG-A-----ggaaattcttatctgtttaatttgcggaaaaaacttcatataattattctgatgcgttattctaattttgttatgatgagagccaggtaaaagtagtgcacatgtaagactgatcacgttactgattgttaccgaaaattaaatatcaatttcattagtattatcatgtaaggaaatgcactggcaaatgtaacgcgatat
gi|11 : aaatgcT-TTT--------------TGCT----G---TGTATC--TGCCTTAGTTTT-ATAAATTTC-TTTTGT--ATTTTG----TTT-AT--TA---ATCAATG-AAATTCTTGT-CTGTTTACACA-----CAAAAAAAAAACTAC---A--TA-AA-AAT--T---C-TG--ATG--TGTG---GTTTT-T-----ATTATG-T-TT--CGTTT--TAA-TGTC-ATT--G------CA--TAAG-CA-A---GG--A---G-C-CTTGA--G-TGA---AA-----GTATTGCA--CT---T-----TGT---ATTC----ATA------TGCAAG------AAAGACTGATT-------------ATGTGGCTTACTT--CATTTTAT----------ATA-A------------------------AATT---G----AATGCCATATAAGG-----AAATACA-TGGCAAACGTCGATAtagaatgattacgtgactgatcgtttattggggaaaattgaacatcaatttcattcgtact
gi|16 : GTTTTC-TGCCTCAG-GATTATGAATTGT-ATATAT--GTTTT-----CTC-A--------ATTAATG-GA-TGATTTT-CTGTTT----A-----CAAATTAAACTCTA--------A-AA-GAT--T---A-TT--CT---TATGTCTGTTCTGT-----ATCTAGTT-TT--CCTTT------CGTT-GTT--G------CG--TAAG-AA-A---GG--A---G-T-C---AG-G-TGC---AA-----GT-----A--GTGC-T-----CGT---TTA-----------------AAG------TG------ATG-------------AT-TG---CA-TC--TA-TAC
gi|1 : CTGAACGGT-ATG--TTTT-ATGT-----TTCTGAGATTTT-AT--TA---ATTG-TG-AAATTCTTGT-TTAGGT----A-----CAAAA-AAACTCTCT---TGATA-AA-TAT-------------TC--C------GATTT-C-----------TT-TT--TGCTT--TGA-TGGT-ATT--G------CG--TAAG-C--A---GG--A---A-CTT---G--G-TGA---AA-----GT-----A--GTGCAC-----AGTGACCCAT----ATACCTC--TG-AAG------CG------GTG-------------AT-TG---TA-TT--GA-TACGC----------
gi|20 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaaATAAC--TGAACGGT-ATGC-----TTTTG----TTTTAT--TA---ACTGATG-GAATCCTCGT-ATGTTT----T-----GAAAATAAACTCtagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtcaatttcagcagtaatgtcatgtaaggaatgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|14 : gtaactgtgcgaattcgacatattgcggaagttgctgttttagttgcacacggtacggtaacTT-ATGAATTAATTTT------TT-AT--AATTTATTGAGG-AAATAATCGT-TTGTTTT---A-----CAAACTAAACTCTAA---A--TA-AA-T----------------G--CA-----------------ATGT-ATT-CTGATGCGT--TGA-T--C-ATT--G------CG--CAAG-CA-A---GT--A---G-C-T---A--GGTGA---AA-----GT-----A--GT----------GC---T--C----ATT------TA-AAA------CG------GTG-------------AT-TG---TA-TT--CA-TGCGCAAAAAAAGATACG-ACTTTGA----------CCAATGTAAATTTCACTCGTTGTGTCACA-AAAG-----AGACACATTGACATATG
gi|10 : ctgctacagtgT--GTTTTA----TTA-ATGAAA---ATTAATA-ACG-----GA-CTGTTT----A-----CAAAAGAAACTAGA--------A-GA-TAC--T---C-TG--ATG--CAAG---TTTCC-C-----TTTTTATTCTT--TCTTTTATGA-TGCT-ATT--G------TG--TAAG-CATAATCAA--A---G-C-C---A--AGCGA---AA-----GT-----A--CC---TCGTAAAAT---TTACCCAAATATTTT--TA-AAG------GA-------TG-------------AT-TG---TA-TC--CA-TAaa
gi|5 : ttagtacatgtagcaggcggcttaatgtttcA---ATTGGTA-AAATTCTTAT-TTATGT----A------AAAAT--------T---C--TA---------C---A-TG-------CA-----GTTTT-----------TGTT-TT--TGCTT--TGA-GGTC-ATT--A------CG--TAAG-CA-A---GG--ATGTG-CTC---A--G-TGACCCAA-----AC-----A--CC---C-------T---TC------------------AAG------CG------GTA-------------AT-CA---TA-TT--CA-Ttgctaaaaaggtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaa
gi|6 : ccattattgaagtcacagtatgagttcgtcatattgtagcagaagatgcaaacacaggtgaagttgtagacggtattcaaattaaagcaatttttctatatgtttcttaaattacatgtagt---ATTAATG-AAAATTTCGA-CTGTTT----A-----ACAAAGAAACTAGA--------A-GA-TAC--T---C-TG--ATG--CA-A---GTTTC-C-----CTTTTATTCTT--TCTTTTATGA-TG-T-ATT--G------TG--TAAG-CATAATCAA--A---G-C-C---A--AGCGA---AA-----GT-----A--CC---TCGTAAAAT---TTAC----CCAAATTTTTA-AAG------GA-------TG-------------AT-TG---TA-TC--CA-TAtcgctaaaatcatattcattcgctaaaactatcactgatcacgtgaccaacgcaatgtgattgaaaagtgaatgtcagtttcagtagtagcgtcactggaaaatgtaaa
gi|17 : cttctaatatcaaagtcatcgtatgaattcgccaaattgcagtttagtacatgtagcaggcggctaagctgtATG-ACATTCTTGAACTGTTT----AAG---CAAAGTAAACTTTAT---A---A-AA-TATTTC-----TGAAG-G--CGTG---GTTTT-T-----AT-TTGCT-TT--TGTTTC-TGAATGTCCATTCTG------TT--AAAG-TA-A---GA--A---G-C-C---AGAA-TGA---AA-----GT-----A--------------GT---GCGC----ATA------TC-AAGT-----CG------GTG-------------AT-T----TA-TT--CA-TACGC----------Atgctaaaaagtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaaataaaaaacataacataat
gi|12 : gG-AAATTCTTAT-CTGTTT----AATTTGCGGAAAAAACTTCAT---A--TA-AT-TAT--T---C-TG--ATG--CGTT---ATTCT-A-----AT-------TT--TGTTA--TGA-TG----------------A---GAG-CC-A---GG-------------------TAA---AA-----GT-----A--------------GT---GCAC----ATG------T--AAGACTGATCAC-----GTT-------------AC-TG----A-TT--GT-TAC-------------CG-A-----AAATTAAATATC-------AATTTCATTAGTATTATCATGTAAGG-----AAATGCACTGGCAAATGTAag
gi|21 : tggttttctggggacgaatacatctttttgtcaattgggaccaattcaaactttatgttcctttggaatttttgTGT--TGTTC----A-----CAAAATAAATTGTTT---C--AACAA-T-T--C---A-TG---TG--T------GTTTT-T-----ATTTTGTT-TT--TATTT--TGA-TGTT-GAA--A------CA--AAAGTCC-A---GGTAA---A-C-A---A--A-AGC---CA-----AT-----G--C----------AAT---TGAC----------------CAG------CG------GTT-------------AC-TG---TA-TT--CA-TAacgcgatat
gi|9 : ----A-----CAAAATAA----TATAAAT--TA-AA-TAT--T---C-TG--ATGAGTATC---ATTTT-CTTTAAATTTTGTT-TC--TGGTT--TGA-TGTA-GCT--G------TG--TAAG-CA-A---GA--T---T-C-C---AG-G-TGA---AAGGAGTATG----A--CT---G-----A-T---CCAA----ATAGTTC--TG-AAT------CC------GCG-------------AT-TG---TA-TT--CA-TACGC----------CCA-A-----A----------
gi|1 : tcaccatttcttcgcttccacatcaattatttgccatattgctgaaattgcagttttagttgcggacaatatttagaattaaacaacagagtttattgattgatgacatgtttaaactctatcaaatattcaaatgcatg----------C-------AATTTCAGCAGTAATGTCATGTAAGGAATGTAAATATATagactggaatgat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTGCCATATTGCTGAATTGCAGTTTAGTTGGCGGACAATATTTAGAATTAAAACAAACAGAGTTTATTGATTGATGGACATTGTTTAAATCTATCAAATATTTCAAATGCATGACAAATATATAAATTAAAATATTTCTGATGGAGTTATCATTCTTTAAATTTTGTTTCTGTTTGTGTAGCGTGTAAGCAAGATCCAGGTGAAAGGAGTAATGGAACTGATCCAATAGTTTCTGAATCCGCGATTGTATTCATACGCCCAAAAGAC
Unaligned ( gi|19 ): TCACCAAAGGTTCTTCGCTTCAATATGAAAGTCACTGTATGAGTTCGCCATATTGCAGCAGGAGATGAAAACACAGGTTAAGTTGCAGACGGTATTTAAATTAAAACAACTGAACGGTATGTTTTATGTTTCTGAGATTTTATTAATTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGCCTCCTATACGCAGGCGTTGAACAGATATAGTGCATCTCTGTCAGTTGGCCCTAGTAACAAACGTAATATTTTTATTGGGTCTGTTTCGTTTTCAGATTATATACACCCCTGGGGACTA
Unaligned ( gi|23 ): AGGAAATAGCCGATAACTCGCCTCCTTTTTATTAAAGCTTCTAATATCAAAGTCATCGTATGAATTCGCCAAATTGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GATTATATTCATACGCAATGTCTGATCATGTGACCGACTTAATATTATCAAAATTGAATGTTATT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 555555555 1 22222222222222 1111111 1111 111111 1111111111111111 1111111 11111111111 111111 111111 333333333333333333333333 111 111111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111111111 11111111111 666666666666666666666666666666666 22222222
lowQualScore : 444 8 4 3 444444 0 888 1 666 3 0 5 000000000 8 8 66666666666666 6666666 1 4 33 7777 0 2 333 1 2 2222 8888888 1 2 2 8888 333 2 222222 3333333333333333 4444 666666 2 1 2 4444444 44444444444 000000 2 222222 999999999999999999999999 4 2 66 2 111 222222222 33 55 666 1 44444 2 666 6666 333 2 77777777777777777777777777777777777777777 33 2 777777777777777777777777 33 22222222222 4 666666666666666666666666666666666 1 00000000 77 1 1
lowQualScore : ... . . . ...... . ... . ... . . . ......... . . .............. ....... . . .. .... . . ... . . .... ....... . . . .... ... . ...... ................ .... ...... . . . ....... ........... ...... . ...... ........................ . . .. . ... ......... .. .. ... . ..... . ... .... ... . ......................................... .. . ........................ .. ........... . ................................. . ........ .. . .
lowQualScore : 000 0 6 0 444444 8 888 4 000 4 5 0 888888888 1 9 11111111111111 2222222 4 0 22 1111 9 9 666 9 7 4444 6666666 9 2 2 2222 777 1 111111 2222222222222222 5555 111111 2 4 6 7777777 99999999999 999999 2 000000 666666666666666666666666 4 2 11 2 333 444444444 11 33 999 3 33333 2 111 6666 999 2 88888888888888888888888888888888888888888 22 4 444444444444444444444444 22 33333333333 4 333333333333333333333333333333333 0 77777777 99 0 7
consensus : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCAAT-TGGGGCCACTTCAG-A-TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGTATNTTT-TG----TT-----T-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA---T-------ATT----C-TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT-T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA--A---GGA---G-C-C---A-G--TGA---A-AG---TACT-----T-----AGT---NCAC----ATA------TGA--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------A--------ATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
Reference ( family-5948 ) : TATTTTTTT---TTA-CGAGGCATGTTTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCAAT-TGGGGCCACTTCAG-A-T--T---TATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAATTTT-ATGTATNTTT-TG----TT-----T-ATNAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--N---TAAA---T-------ATT----N-TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT-T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA--A---GGA---G-C-C---A-G--TGA---A-AG---TACT-----T-----AGT---TCAC----ATA------TGA--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------A--------ATTTCANT--------AGT--ANTGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
gi|1 : CGGT---AT----G--TTTT-ATGT---TTC-TGAGATTT-----T-ATTAATTG-TG-AA-ATTCTT----G---T-TTAG------GT----------A-----CA----AA------A-AAACTCTCTTGA---TAAA---T-------ATT----C-CGA-----------TTTC-----------------------TT-TTTGCTT-T--G-ATGG-TATTG--------CGT--AAGCA--G---GAA---C-T-T---G-G--TGA---A-AG---TAGTGCA--C-----AGTGACCCAT----ATACCTC--TGA--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--GATACGC----------
gi|1 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaa----------C-------A--------ATTTCAGC--------AGT--AATGTCATGTAAGGAAtagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtcaatttcagcagtaatgtcatgtaaggaatgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|10 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaacggtatgttttatgtttctgagattttattaattgtgaaattcttgtttaggtacaaaaaaactctcttgataaatattccgatttctttttgctttgatggtattgcgtaagcaggaacttggtgaaagtagtgcacagtgacccatatacctctgaagcggtgattgtattgatacgctagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtATGTTTCTG----TT-----TTATTAAT-GA---AA-ATTAATAACGG---A-CTGT------TT----------A-----CA----AA------AGAAACTAGA--------AGA---T-------ACT----C-TGA-TGCA-A--GTTTCC-----CT-T----------TTTATTCTTTCTTT-TATG-ATGC-TATTG--------TGT--AAGCAT-AATCAAA---G-C-CA--A-G--CGA---A-AG---TACC-----TCGTAAAAT---TTACCCAAATATTTT--TAA--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------tgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|11 : ttagtacatgtagcaggcggcttaT-TTT--------------TGC-------TGTGTATC--TGCCTTAGTTTTAT----AAATTTC-TTTTGTATTT-TG----TT-----T-ATTAATCAATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CACACAAA------AAAAAAACTAC--A---TAAA---A-------ATT----C-TGA-TGTGTG--GTTTTT-----AT-TA---------T--GTT-TC-GTTT-T--A-ATGT-CATTG--------CAT--AAGCA--A---GGA---G-C-CTTGA-G--TGA---A-AG---TATT------------G-----CAC-----T--------------------------------------------TTGTATT--CATATGC----------AAG-A-----AAGACTGAT--T-------ATGTGGCTTACTTCATTTTATATAAAATTGAATGCCATATAAGGAAATACA-TGGCAAACGTCGATAtaaaaaggtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaa
gi|12 : GTTTTCTGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCAAT-TGGGACCAATTCAA-ACT--T---TATGTTCCTTTGGA-ATT-TTT--------------
gi|12 : tgAACTTT-ATGT-TCCTT-TGGAA-TT-----T------TTG--G-AA-ATTCTT----A---T-CTGT------TT----------AATTTGCG----GA------AAAAACTTCAT--A---TAAT---T-------ATT----C-TGA-TGCGTT--ATTCTA-----AT-T----------T--------TGTTA-T--G-ATG-------------------------------AGA---G-C-C---A-GG-TAA---A-AG---TA--------------GT---GCAC----ATG------TAA--GA-CTGATCACGTTACT-------------GATTGT-------TAC-------------CG-A-----AAATTAAATATC-------A--------ATTTCATT--------AGT--ATTATCATGTAAGGAAATGCACTGGCAAATGTAggaaattcttatctgtttaatttgcggaaaaaacttcatataattattctgatgcgttattctaattttgttatgatgagagccaggtaaaagtagtgcacatgtaagactgatcacgttactgattgttaccgaaaattaaatatcaatttcattagtattatcatgtaaggaaatgcactggcaaatgtaacgcgatat
gi|13 : tggttttctggggacgaatacatctttttgtcaattgggaccaattcaG----TT-----T-ATTGATTGATG-GACATTGTTTAA-A---T-CTATCAAATATT----------T-----CA----AATGCATGACAAA---TAT--A---TAAA---TTAAAAT-ATT----TCTGA-TG-G-A--GTTATC-----AT-TCTTTAAATTTT--GTT-TCTGTTT------GTGT--AGCG--------TGT--AAGCA--A---G-A---T-C-C---A-GG-TGA---A-AGGAGTAATGGAACT-----GAT---CCA-----ATAGTTTC-TGA--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------acgcgatat
gi|14 : ttgccatattgctgaattgcagtttagttggcggacaatatttagaattaaaacaaacaga-CTGCTACAGTGTTAT----GAATT---A---ATTTTT-TA----TA-------ATTTATTGAGG-AA-ATAATC----G---T-TTGT------TTT---------A-----CA----AA------CTAAACTCTAA--A---TAAA---TGCAATGTATT----C-TGA-TGCGT-------------------------------------------T--G-AT---CATTG--------CGC--AAGCA--A---GTA---G-C-T---A-GG-TGA---A-AG---TA--------------GT---GCTC----ATT------TAA--AA-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATGCGCAAAAAAAGATACG-ACTTTGA----------CCAATGTAA--------ATTTCACT--------CGT--TGTGTCACA-AAAGAGACACATTGACATATGagac
gi|15 : CATGTTTTGTTTTCAGGAGACAAATGCATGTACAT---CCTTTTGTCACT-TGGG-CTTCTTCAG-A-C--T----ATGCTCTCCTGGA-ATT-CTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCAGTGCCAT----GAATTTTCATTTATTGTT-TG----TT-----T-ATCCATTGATG-AG-ATTCTT----G---T-TTAT------TC----------A-----CG----AA------A-A---TTTGT--A---TAAA---T-------ATT----C-TGA-TGC-----------------------------------------CTT-T--G-ATGT-CATTA--------TGT--GAGCA--A---GAA---G-C-C---AGG--TAA---A-Aaa
gi|16 : GTTTT-CTGCCTCAGGATTAT----GAATTGT-ATATATGTTT-TC----TC-----A-ATTAATGGATG-A------TT----T---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------TTAAACTCTA--------AAAGATT-------ATT----C-TTA-TGTCTG--TTCTGT-----AT-C----------TA-GTT-TTCCTTT-C--G-TTG----TTG--------CGT--AAGAA--A---GGA---G-T-C---AGG--TGC---A-AG------------T-----AGT---GCTC----GTT------TAA--AG-TGA----------T-------------GATTGCATC--TATAC
gi|17 : GATG-AC-ATTCTT----G---AACTGT------TT----------AAG---CA----AA------GTAAACTTTAT--A----AAA---T-------ATT----TCTGAAGGCGTG--GTTTTT-----AT-T----------T--GCT-TTTGTTTCT--GAATGTCCATTC--------TGTTAAAGTA--A---GAA---G-C-C---A-GAATGA---A-AG------------T-----AGT---GCGC----ATA------TCA--AGTCGG----------T-------------GATT-TATT--CATACGC----------A
gi|18 : TTCTTTTGAATTA-CGGAGCATGTTTTGTTTTCAGGAGACGAAT------AAAT---ATGTTTG-CAACATGGGACCCATTCAGTG-G--C---TATGCTCCCTTGAAACTTATTT--------------TGCTACAATGTATGTTTC-CCGCCTTGTTTCCAT----GAACTAT-ATTTATTGTA-TG----GT-----T-Aag
gi|2 : TTT---TTA-GTAAGCATGTTTT-TTTTCAGAGGACGAAT------ACAGGAACTTTTTTCCAG---------ATTT----A-T--TC--TATGCTTCCCTGGG-ATT-TTTCAGGGGGGGGGGGCTGC-------TGCATTTT-CTGCCTCGGTGCTAT----AAATTTC-ATTTATTGTT-TG----TT-----T-ATAAATTGATGAAA-ATTTTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CG----TA------ATAAACT---T--A---TAAA---T-------ATTCTGAT-TGA-TGCGTG--TTTTTA-----A------------------T-TCTGTTA-T--G-GTGT-CATTGAATATACATGT--AAGCA--A---CAA---G-C-C---AGG--TGA---C-AG---TAAT-----T-------T---TCGT-----TT------TGA--GG-CGA----------TCACGAGAAAGAAAGATCACATTAACA-ACCC----------CTGTA-----AGT--------C-------A--------ATTTAATT--------AGT--ACTGCCATTTACGGAAATACATTGGCAAATGTAAATA
gi|20 : aataCGGTAACATAACTGAACGGT-ATG---CTTT-TG----TT-----TTATTAACTGATG-GA-ATCCTC----G---T-ATGT------TT----------T-----GA----AA------ATAAACTCtt
gi|21 : gtaactgtgcgaattcgacatattgcggaagttgctgttttagttgcacacggtaT----G---T--TGT------TC----------A-----CA----AA------ATAAATTGT-T--T---CAAC---A-------ATT----C---A-TGTGTG--TTTTTA-----TT-T----------T--GTT-TTTATTT-T--G-ATGT----TG-------------AAACA--A---AAG---T-C-C---A-GG-TAA---ACAA---AAGC-----C-----AAT---GCA-----AT-------TGACCAG-CGG----------T-------------TACTGTATT--CATA
gi|3 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCAAT-TGAGGTCACTTCAG-A-TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TT-----C-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA---T-------ATC----A-TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT-T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA--A---GGA---A-C-C---A-A--TGA---A-AA---TACT-----T-----AGT---TTAC----ATA------TGA--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------A--------ATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATATATTAGCAAATGTAGATA
gi|4 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCAAT-TGAGGTCACTTCAG-A-TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TT-----C-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA---T-------ATC----A-TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT-T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA--A---GGA---A-C-C---A-A--TGA---A-A----TACT-----T-----AGT---TTAC----ATA------TGA--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------A--------ATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGG-AATATATTAGCAAATGTAGAT
gi|5 : aTTCT-ATATGTTTCT-TAAA--TTACATGT-AGTAATTGGTA-AA-ATTCTT----A---T-TTAT------GT----------A------A----AA------AT----TCTAC--------------------------------A-TGCA----GTTTT--------------------T--GTT-TTTGCTT-T--G-AGGT-CATTA--------CGT--AAGCA--A---GGATGTG-CTC---A-G--TGACCCA-AA---CACC-----C-------T---TC-----------------A--AG-CGG----------T-------------AATCATATT--CATTCGC----------
gi|6 : ccattattgaagtcacagtatgagttcgtcatattgtagcagaagatgcaaacacaggtgaagttgtagacggtattcaaattaaagcaatttATTAATG-AA-AATTTC----G---A-CTGT------TT----------A-----AC----AA------AGAAACTAGA--------AGA---T-------ACT----C-TGA-TGCAAG--TTTCCC-----TT-T----------T--ATTCTTTCTTT-TATG-ATGT--ATTG--------TGT--AAGCATAATC-AAA---G-C-C---AAG--CGA---A-AG---TACC-----TCGTAAAAT---TTAC----CCAAATTTTTAA--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------taaaatcatattcattcgctaaaactatcactgatcacgtgaccaacgcaatgtgattgaaaagtgaatgtcagtttcagtagtagcgtcactggaaaatgtaaa
gi|7 : cttctaatatcaaagtcatcgtatgaattcgccaaattgcagtttagtacatgtagcaggcggctaagctgtAAT------ATAT---CCTTTTATCA-T-TTGGGCCTCTTCAG-A-C--T----ATGCTCCCCTTAA-ATTATTT--------------TGC-------AGTGTTTC-CTGTCTCGGTGCTAT----GAATTTC-ATTTATTGTT-TG----TT-----T-ATCATTTGATG-AA-ATCCTT----G---T-CT-T------TT----------A-----CG----AA------ATAAA-TTTAT--A---TGAA---T-------ATT----A-GGA-TACATT--GTTTT------A------------------T-TTTGTTT-G--A-ATGG-TAGCGTA------TGT--AAGCA--A---GGG---GCC-C---A-A--TAA---A-AG------------T-----AGT---ACAC----ATT------GGA--AG-CGG----------T-------------GACTGTATT--CATGTGC----------AAG-A-----taaaaagtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaaataaaaaacataacataat
gi|8 : aaatgcTATTTTTTT---TTAGCAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAA--AAT------ACTT---CTTTTT-TCAAT-TGAGGTCACTTCAG-A-TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTCACTGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TT-----C-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAAA--T-------ATC----A-TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT-T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA--A---GGA---A-C-C---A-A--TGA---A-AA---TACT-----T-----AGT---TTAC----ATA------TGA--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------tagaatgattacgtgactgatcgtttattggggaaaattgaacatcaatttcattcgtact
gi|9 : taaG----TT-----T-ATTGATTGATG-AC-ATGTTT----AAACT-CTATCAAATATTCAAATGCATGA-----CA----AA------ATAA----TAT--AAATTAAA---T-------ATT----C-TGA-TGAGTATCATTTTCTTTAAAT-T----------TT-GTT-TCTGGTT-T--G-ATGT-AGCTG--------TGT--AAGCA--A---GAT---T-C-C---AGG--TGA---A-AG---GAGTATGACT-----GAT---CCAA----ATAGTTC--TGA--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCACCAAAGGTTCTTCGCTTCAATATGAAAGTCACTGTATGAGTTCGCCATATTGCAGCAGGAGATGAAAACACAGGTTAAGTTGCAGACGGTATTTAAATTAAAACAACTGAACGGTATGTTTTATGTTTCTGAGATTTTATTAATTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGCCTCCTATACGCAGGCGTTGAACAGATATAGTGCATCTCTGTCAGTTGGCCCTAGTAACAAACGTAATATTTTTATTGGGTCTGTTTCGTTTTCAGATTATATACACCCCTGGGGACTA
Unaligned ( gi|23 ): AGGAAATAGCCGATAACTCGCCTCCTTTTTATTAAAGCTTCTAATATCAAAGTCATCGTATGAATTCGCCAAATTGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GATTATATTCATACGCAATGTCTGATCATGTGACCGACTTAATATTATCAAAATTGAATGTTATT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 4444444444 1 22222222222222 1111111 111111 1111111111111111 1111111 444444444444444444444444 111 111111111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333 22222222
lowQualScore : 444 8 1 444444 0 888 1 55 5 3 33 7777777777 8 8 66666666666666 6666666 1 4 0 1 7777 2 777777 2 2 9999 4 0 2 2 8888 333 2 222222 3333333333333333 4444 666666 2 4 2 6666666 2 3333333 666666 2 888888 333333333333333333333333 4 55 33 2 111 222222222 33 4 777 1 44444 2 44444444 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 2 33 2 888888888888888888888888 33 999999999999999999999999999999999999999 1 00000000 77 0 1
lowQualScore : ... . . ...... . ... . .. . . .. .......... . . .............. ....... . . . . .... . ...... . . .... . . . . .... ... . ...... ................ .... ...... . . . ....... . ....... ...... . ...... ........................ . .. .. . ... ......... .. . ... . ..... . ........ . ................................................ . .. . ........................ .. ....................................... . ........ .. . .
lowQualScore : 000 0 0 444444 8 888 4 11 0 4 00 9999999999 1 9 11111111111111 2222222 4 0 2 0 1111 9 111111 0 9 7777 7 9 2 2 2222 777 1 111111 2222222222222222 5555 111111 2 0 6 1111111 2 6666666 111111 2 777777 666666666666666666666666 4 33 11 2 333 444444444 11 4 888 3 33333 2 66666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333 4 22 4 999999999999999999999999 22 222222222222222222222222222222222222222 0 77777777 99 3 7
consensus : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGT---ATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-C---A-G--TGAA-AG---T-----ACT-----T-----AGT---------NCACATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
Reference ( family-5948 ) : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGT---ATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-C---A-G--TGAA-AG---T-----ACT-----T-----AGT---------NCACATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
gi|1 : T----GAACGGT-ATGTTTTATGTTTCTGAGATTTT-ATTAATTG-TG-AA-ATTCTT----G---T-TTAG------GT----------A-----CA----AA------A-AAACTCTCTTGA---TAAA-T-------ATT-C----CGA-----------TTTC-----------------------TT-TTTGCTT--T--G-ATGG-TATTG--------CGT--AAGCA-G---GAA---C-T-T---G-G--TGAA-AG---T-----AGTGCA--C-----AGTGAC------CCATATACCTC--TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--GATACGC----------
gi|1 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaac----------C-------AATTTCAGC--------AGT--AATGTCATGTAAGGAAtagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtcaatttcagcagtaatgtcatgtaaggaatgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|10 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaacggtatgttttatgtttctgagattttattaattgtgaaattcttgtttaggtacaaaaaaactctcttgataaatattccgatttctttttgctttgatggtattgcgtaagcaggaacttggtgaaagtagtgcacagtgacccatatacctctgaagcggtgattgtattgatacgctagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtCTTA-ATGT------TTC-TG----TTTTATTAAT-GA---AA-ATTAATAACGG---A-CTGT------TT----------A-----CA----AA------AGAAACT--AG--A----AGA-T-------ACT-C----TGA-TGCA-A--GTTTCC-----CT-T----------TTTATTCTTTCTTT--TATG-ATGC-TATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---G-C-CA--A-G--CGAA-AG---T-----ACC-----T-----CGTAAAATTTACCCAAATATTTT--TA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------tgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|11 : ttagtacatgtagcaggcggT-TTT--------------TGC-------TGTGTATC--TGCCTTAGTTTTAT----AAATTTC-TTTT---GTATTT-TG----TTT-ATTAATCAATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CACACAAA------AAAAAAACTAC--A---TAAA-A-------ATT-C----TGA-TGTGTG--GTTTTT-----AT-TA---------T--GTT-TC-GTTT--T--A-ATGT-CATTG--------CAT--AAGCA-A---GGA---G-C-CTTGA-G--TGAA-AG---TATTGCACT-----T-----TGT---------ATTCATA------TGCA--AG-AAA------------------------GACTG-ATT---ATGTG-----------GCT-T-----A----------C----------TTCATTTTATATAAAATTGAATGCCATATAAGGAAATACA-TGGCAAACGTCGATAtaaaaaggtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaa
gi|12 : GTTTTCTGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGACCAATTCAAACTT------TATGTTCCTTTGGA-ATT-TTT--------------
gi|12 : tgAACTTT-ATGT----TCCTT-TGGAA-TTT------TTG--G-AA-ATTCTT----A---T-CTGT------TT----------AATTTGCG----GA------AAAAACTTCAT--A---TAAT-T-------ATT-C----TGA-TGCGTT--ATTCTA-----A------------------T-TTTGTTA--T--G-ATG------------------------------AGA---G-C-C---AGG--TAAA-AG-----------------T-----AGT---------GCACATG------TA-A--GA-CTGATCACGTTACT-------------GATTGT-------TAC-------------CG-A-----AAATTAAATATC-------AATTTCATT--------AGT--ATTATCATGTAAGGAAATGCACTGGCAAATGTAggaaattcttatctgtttaatttgcggaaaaaacttcatataattattctgatgcgttattctaattttgttatgatgagagccaggtaaaagtagtgcacatgtaagactgatcacgttactgattgttaccgaaaattaaatatcaatttcattagtattatcatgtaaggaaatgcactggcaaatgtaacgcgatat
gi|13 : tggttttctggggacgaatacatctttttgtcaattgggaccaattcaG----TTT-ATTGATTGATG-GACATTGTTTAA-A---T-CTATCAAATATT----------T-----CA----AATGCATGACAAA---TAT--A---TAAA-TTAAAAT-ATTTC----TGA-TG-G-A--GTTATC-----AT-TCTTTAAATTTT--GTT-TCTGTTT-------GTGT--AGCG--------TGT--AAGCA-A---G-A---T-C-C---A-GG-TGAA-AGGAGT-----AATGGAACT-----GAT---------CCA-ATAGTTTC-TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------acgcgatat
gi|14 : ttgccatattgctgaattgcagtttagttggcggacaatatttagaattaaaacaaacaga-CTGCTACAGTGTTAT----GAA--TT-A------ATTTTT-TA----TA--ATTTATTGAGG-AA-ATAATC----G---T-TTGT------TTT---------A-----CA----AA------CTAAACTCTAA--A---TAAA-TGCAATGTATT-C----TGA-TGCGT--------------------------------------------T--G-AT---CATTG--------CGC--AAGCA-A---GTA---G-C-T---A-GG-TGAA-AG---T-----A--------------GT---------GCTCATT------TA-A--AA-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATGCGCAAAAAAAGATACG-ACTTTGA----------CCAATGTAAATTTCACT--------CGT--TGTGTCACA-AAAGAGACACATTGACATATGagac
gi|15 : CATGTTTTGTTTTCAGGAGACAAATGCATGTACAT---CCTTTTGTCA-CT-TGGG-CTTCTTCAGA--C------TATGCTCTCCTGGA-ATT-CTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCAGTGCCAT----GAATTTTCATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATCCATTGATG-AG-ATTCTT----G---T-TTAT------TC----------A-----CG----AA------A-A---TTTGT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGC-----------------------------------------CTT--T--G-ATGT-CATTA--------TGT--GAGCA-A---GAA---G-C-C---AGG--TAAA-Aaa
gi|16 : GTTTT-CTGCCTCAGGATTAT----GAATTGT-ATAT---ATGTTT-TC----TCA-ATTAATGGATG-A------TT----T---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------TTAAACTCTAA--A---AGAT-T-------ATT-C----TTA-TGTCTG--TTCTGT-----AT-C----------TA-GTT-TTCCTTT--C--G-TTG----TTG--------CGT--AAGAA-A---GGA---G-T-C---AGG--TGCA-AG-----------------T-----AGT---------GCTCGTT------TA-A--AG-TGA----------T-------------GATTGCATC--TATAC
gi|17 : GATG-AC-ATTCTT----G---AACTGT------TT----------AAG---CA----AA------GTAAACTTTAT--A----AAA-T-------ATTTC----TGAAGGCGTG--GTTTTT-----AT-T----------T--GCT-TTTGTTTC-T--GAATGTCCATTC--------TGTTAAAGTA-A---GAA---G-C-C---A-GAATGAA-AG-----------------T-----AGT---------GCGCATA------TC-A--AGTCGG----------T-------------GATT-TATT--CATACGC----------A
gi|18 : TTCTTTTGAATTA-CGGAGCATGTTTTGTTTTCAGGAGACGAAT------AAAT---ATGTTTG-CA-ACATGGGACCCATTCAG------TGGCTATGCTCCCTTGAAACTTATTT--------------TGCTACAATGTATGTTTC-CCGCCTTGTTTCCAT----GAACTAT-ATTT---ATTGTA-TG----GTT-Aag
gi|2 : TTT---TTA-GTAAGCATGTTTT-TTTTCAGAGGACGAAT------ACAGGAACTTTTTTCCAGAT-T-----TA-TTC------------TATGCTTCCCTGGG-ATT-TTTCAGGGGGGGGGGGCTGC-------TGCATTTT-CTGCCTCGGTGCTAT----AAATTTC-ATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATAAATTGATGAAA-ATTTTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CG----TA------ATAAACT---T--A---TAAA-T-------ATT-CTGATTGA-TGCGTG--TTTTTA-----A------------------T-TCTGTTA--T--G-GTGT-CATTGAATATACATGT--AAGCA-A---CAA---G-C-C---AGG--TGAC-AG---T-----AAT-----T-------T---------TCGT-TT------TG-A--GG-CGA----------TCACGAGAAAGAAAGATCACATTAACA-ACCC----------CTGTA-----AGT--------C-------AATTTAATT--------AGT--ACTGCCATTTACGGAAATACATTGGCAAATGTAAATA
gi|20 : aataCGGTAACATAACTGAACGGT-ATG------CTTT-TG----TTTTATTAACTGATG-GA-ATCCTC----G---T-ATGT------TT----------T-----GA----AA------ATAAACTCtt
gi|21 : gtaactgtgcgaattcgacatattgcggaagttgctgttttagttgcacacggtaT----G---T--TGT------TC----------A-----CA----AA------ATAAATTGTTT------CAAC-A-------ATT-C------A-TGTGTG--TTTTTA-----TT-T----------T--GTT-TTTATTT--T--G-ATGT----TG-------------AAACA-A---AAG---T-C-C---A-GG-TAAACAA---A-----AGC-----C-----AAT---------GCA-AT-------TG-ACCAG-CGG----------T-------------TACTGTATT--CATA
gi|3 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA-T-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-AA---T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATATATTAGCAAATGTAGATA
gi|4 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA-T-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-A----T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGG-AATATATTAGCAAATGTAGAT
gi|5 : aT-AGTAATTGGTA-AA-ATTCTT----A---T-TTAT------GT----------A------A----AA------AT----TCTAC--A---T----------------------------GCA--GTTTT--------------------T--GTT-TTTGCTT--T--G-AGGT-CATTA--------CGT--AAGCA-A---GGATGTG-CTC---A-G--TGA--------------CC-----C-----AA----------ACACCCT------TC-A--AG-CGG----------T-------------AATCATATT--CATTCGC----------
gi|6 : ccattattgaagtcacagtatgagttcgtcatattgtagcagaagatgcaaacacaggtgaagttgtagacggtattcaaattaaagcaatttttctatatgtttcttaaattacatgATTAATG-AA-AATTTC----G---A-CTGT------TT----------A-----AC----AA------AGAAA--CTAG--A----AGA-T-------ACT-C----TGA-TGCAAG--TTTCCC-----TT-T----------T--ATTCTTTCTTTTAT--G-ATGT--ATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---G-C-CA--A-G--CGAA-AG---T-----ACC-----TCGTAAAAT---------TTACCCAAATTTTTA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------taaaatcatattcattcgctaaaactatcactgatcacgtgaccaacgcaatgtgattgaaaagtgaatgtcagtttcagtagtagcgtcactggaaaatgtaaa
gi|7 : cttctaatatcaaagtcatcgtatgaattcgccaaattgcagtttagtacatgtagcaggcggctaagctgtAAT------ATAT---CCTTTTATCA--T-TTGGGCCTCTTCAGA--C------TATGCTCCCCTTAA-ATTATTT--------------TGC-------AGTGTTTC-CTGTCTCGGTGCTAT----GAATTTC-ATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATCATTTGATG-AA-ATCCTT----G---T-CT-T------TT----------A-----CG----AA------ATAAA-TTTAT--A---TGAA-T-------ATT-A----GGA-TACATT--GTTTT------A------------------T-TTTGTTT--G--A-ATGG-TAGCGTA------TGT--AAGCA-A---GGG---GCC-C---A-A--TAAA-AG-----------------T-----AGT---------ACACATT------GG-A--AG-CGG----------T-------------GACTGTATT--CATGTGC----------AAG-A-----taaaaagtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaaataaaaaacataacataat
gi|8 : aaatgcTATTTTTTT---TTAGCAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAA--AAT------ACTT---CTTTTT-TCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTCACTGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAAAT-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-AA---T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------tagaatgattacgtgactgatcgtttattggggaaaattgaacatcaatttcattcgtact
gi|9 : taaG----TTT-ATTGATTGATG-AC-ATGTTT----AAACT-CTATCAAATATTCAAATGCATGA-----CA----AA------ATAA----TAT--AAATTAAA-T-------ATT-C----TGA-TGAGTATCATTTTCTTTAAAT-T----------TT-GTT-TCTGGTT--T--G-ATGT-AGCTG--------TGT--AAGCA-A---GAT---T-C-C---AGG--TGAA-AG---G-----AGTATGACT-----GAT---------CCAAATAGTTC--TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCACCAAAGGTTCTTCGCTTCAATATGAAAGTCACTGTATGAGTTCGCCATATTGCAGCAGGAGATGAAAACACAGGTTAAGTTGCAGACGGTATTTAAATTAAAACAACTGAACGGTATGTTTTATGTTTCTGAGATTTTATTAATTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGCCTCCTATACGCAGGCGTTGAACAGATATAGTGCATCTCTGTCAGTTGGCCCTAGTAACAAACGTAATATTTTTATTGGGTCTGTTTCGTTTTCAGATTATATACACCCCTGGGGACTA
Unaligned ( gi|23 ): AGGAAATAGCCGATAACTCGCCTCCTTTTTATTAAAGCTTCTAATATCAAAGTCATCGTATGAATTCGCCAAATTGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GATTATATTCATACGCAATGTCTGATCATGTGACCGACTTAATATTATCAAAATTGAATGTTATT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 4444444444 1 22222222222222 1111111 111111 1111111111111111 1111111 444444444444444444444444 111 111111111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333 22222222
lowQualScore : 444 8 1 444444 0 888 1 55 5 3 33 7777777777 8 8 66666666666666 6666666 1 4 0 1 7777 2 777777 2 2 9999 4 0 2 2 8888 333 2 222222 3333333333333333 4444 666666 2 4 2 6666666 2 3333333 666666 2 888888 333333333333333333333333 4 55 33 2 111 222222222 33 4 777 1 44444 2 44444444 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 2 33 2 888888888888888888888888 33 999999999999999999999999999999999999999 1 00000000 77 0 1
lowQualScore : ... . . ...... . ... . .. . . .. .......... . . .............. ....... . . . . .... . ...... . . .... . . . . .... ... . ...... ................ .... ...... . . . ....... . ....... ...... . ...... ........................ . .. .. . ... ......... .. . ... . ..... . ........ . ................................................ . .. . ........................ .. ....................................... . ........ .. . .
lowQualScore : 000 0 0 444444 8 888 4 11 0 4 00 9999999999 1 9 11111111111111 2222222 4 0 2 0 1111 9 111111 0 9 7777 7 9 2 2 2222 777 1 111111 2222222222222222 5555 111111 2 0 6 1111111 2 6666666 111111 2 777777 666666666666666666666666 4 33 11 2 333 444444444 11 4 888 3 33333 2 66666666 2 333333333333333333333333333333333333333333333333 4 22 4 999999999999999999999999 22 222222222222222222222222222222222222222 0 77777777 99 3 7
consensus : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGT---ATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-C---A-G--TGAA-AG---T-----ACT-----T-----AGT---------NCACATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
Reference ( family-5948 ) : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGT---ATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-C---A-G--TGAA-AG---T-----ACT-----T-----AGT---------NCACATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
gi|1 : T----GAACGGT-ATGTTTTATGTTTCTGAGATTTT-ATTAATTG-TG-AA-ATTCTT----G---T-TTAG------GT----------A-----CA----AA------A-AAACTCTCTTGA---TAAA-T-------ATT-C----CGA-----------TTTC-----------------------TT-TTTGCTT--T--G-ATGG-TATTG--------CGT--AAGCA-G---GAA---C-T-T---G-G--TGAA-AG---T-----AGTGCA--C-----AGTGAC------CCATATACCTC--TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--GATACGC----------
gi|1 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaac----------C-------AATTTCAGC--------AGT--AATGTCATGTAAGGAAtagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtcaatttcagcagtaatgtcatgtaaggaatgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|10 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaacggtatgttttatgtttctgagattttattaattgtgaaattcttgtttaggtacaaaaaaactctcttgataaatattccgatttctttttgctttgatggtattgcgtaagcaggaacttggtgaaagtagtgcacagtgacccatatacctctgaagcggtgattgtattgatacgctagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtCTTA-ATGT------TTC-TG----TTTTATTAAT-GA---AA-ATTAATAACGG---A-CTGT------TT----------A-----CA----AA------AGAAACT--AG--A----AGA-T-------ACT-C----TGA-TGCA-A--GTTTCC-----CT-T----------TTTATTCTTTCTTT--TATG-ATGC-TATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---G-C-CA--A-G--CGAA-AG---T-----ACC-----T-----CGTAAAATTTACCCAAATATTTT--TA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------tgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|11 : ttagtacatgtagcaggcggT-TTT--------------TGC-------TGTGTATC--TGCCTTAGTTTTAT----AAATTTC-TTTT---GTATTT-TG----TTT-ATTAATCAATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CACACAAA------AAAAAAACTAC--A---TAAA-A-------ATT-C----TGA-TGTGTG--GTTTTT-----AT-TA---------T--GTT-TC-GTTT--T--A-ATGT-CATTG--------CAT--AAGCA-A---GGA---G-C-CTTGA-G--TGAA-AG---TATTGCACT-----T-----TGT---------ATTCATA------TGCA--AG-AAA------------------------GACTG-ATT---ATGTG-----------GCT-T-----A----------C----------TTCATTTTATATAAAATTGAATGCCATATAAGGAAATACA-TGGCAAACGTCGATAtaaaaaggtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaa
gi|12 : GTTTTCTGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGACCAATTCAAACTT------TATGTTCCTTTGGA-ATT-TTT--------------
gi|12 : tgAACTTT-ATGT----TCCTT-TGGAA-TTT------TTG--G-AA-ATTCTT----A---T-CTGT------TT----------AATTTGCG----GA------AAAAACTTCAT--A---TAAT-T-------ATT-C----TGA-TGCGTT--ATTCTA-----A------------------T-TTTGTTA--T--G-ATG------------------------------AGA---G-C-C---AGG--TAAA-AG-----------------T-----AGT---------GCACATG------TA-A--GA-CTGATCACGTTACT-------------GATTGT-------TAC-------------CG-A-----AAATTAAATATC-------AATTTCATT--------AGT--ATTATCATGTAAGGAAATGCACTGGCAAATGTAggaaattcttatctgtttaatttgcggaaaaaacttcatataattattctgatgcgttattctaattttgttatgatgagagccaggtaaaagtagtgcacatgtaagactgatcacgttactgattgttaccgaaaattaaatatcaatttcattagtattatcatgtaaggaaatgcactggcaaatgtaacgcgatat
gi|13 : tggttttctggggacgaatacatctttttgtcaattgggaccaattcaG----TTT-ATTGATTGATG-GACATTGTTTAA-A---T-CTATCAAATATT----------T-----CA----AATGCATGACAAA---TAT--A---TAAA-TTAAAAT-ATTTC----TGA-TG-G-A--GTTATC-----AT-TCTTTAAATTTT--GTT-TCTGTTT-------GTGT--AGCG--------TGT--AAGCA-A---G-A---T-C-C---A-GG-TGAA-AGGAGT-----AATGGAACT-----GAT---------CCA-ATAGTTTC-TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------acgcgatat
gi|14 : ttgccatattgctgaattgcagtttagttggcggacaatatttagaattaaaacaaacaga-CTGCTACAGTGTTAT----GAA--TT-A------ATTTTT-TA----TA--ATTTATTGAGG-AA-ATAATC----G---T-TTGT------TTT---------A-----CA----AA------CTAAACTCTAA--A---TAAA-TGCAATGTATT-C----TGA-TGCGT--------------------------------------------T--G-AT---CATTG--------CGC--AAGCA-A---GTA---G-C-T---A-GG-TGAA-AG---T-----A--------------GT---------GCTCATT------TA-A--AA-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATGCGCAAAAAAAGATACG-ACTTTGA----------CCAATGTAAATTTCACT--------CGT--TGTGTCACA-AAAGAGACACATTGACATATGagac
gi|15 : CATGTTTTGTTTTCAGGAGACAAATGCATGTACAT---CCTTTTGTCA-CT-TGGG-CTTCTTCAGA--C------TATGCTCTCCTGGA-ATT-CTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCAGTGCCAT----GAATTTTCATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATCCATTGATG-AG-ATTCTT----G---T-TTAT------TC----------A-----CG----AA------A-A---TTTGT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGC-----------------------------------------CTT--T--G-ATGT-CATTA--------TGT--GAGCA-A---GAA---G-C-C---AGG--TAAA-Aaa
gi|16 : GTTTT-CTGCCTCAGGATTAT----GAATTGT-ATAT---ATGTTT-TC----TCA-ATTAATGGATG-A------TT----T---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------TTAAACTCTAA--A---AGAT-T-------ATT-C----TTA-TGTCTG--TTCTGT-----AT-C----------TA-GTT-TTCCTTT--C--G-TTG----TTG--------CGT--AAGAA-A---GGA---G-T-C---AGG--TGCA-AG-----------------T-----AGT---------GCTCGTT------TA-A--AG-TGA----------T-------------GATTGCATC--TATAC
gi|17 : GATG-AC-ATTCTT----G---AACTGT------TT----------AAG---CA----AA------GTAAACTTTAT--A----AAA-T-------ATTTC----TGAAGGCGTG--GTTTTT-----AT-T----------T--GCT-TTTGTTTC-T--GAATGTCCATTC--------TGTTAAAGTA-A---GAA---G-C-C---A-GAATGAA-AG-----------------T-----AGT---------GCGCATA------TC-A--AGTCGG----------T-------------GATT-TATT--CATACGC----------A
gi|18 : TTCTTTTGAATTA-CGGAGCATGTTTTGTTTTCAGGAGACGAAT------AAAT---ATGTTTG-CA-ACATGGGACCCATTCAG------TGGCTATGCTCCCTTGAAACTTATTT--------------TGCTACAATGTATGTTTC-CCGCCTTGTTTCCAT----GAACTAT-ATTT---ATTGTA-TG----GTT-Aag
gi|2 : TTT---TTA-GTAAGCATGTTTT-TTTTCAGAGGACGAAT------ACAGGAACTTTTTTCCAGAT-T-----TA-TTC------------TATGCTTCCCTGGG-ATT-TTTCAGGGGGGGGGGGCTGC-------TGCATTTT-CTGCCTCGGTGCTAT----AAATTTC-ATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATAAATTGATGAAA-ATTTTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CG----TA------ATAAACT---T--A---TAAA-T-------ATT-CTGATTGA-TGCGTG--TTTTTA-----A------------------T-TCTGTTA--T--G-GTGT-CATTGAATATACATGT--AAGCA-A---CAA---G-C-C---AGG--TGAC-AG---T-----AAT-----T-------T---------TCGT-TT------TG-A--GG-CGA----------TCACGAGAAAGAAAGATCACATTAACA-ACCC----------CTGTA-----AGT--------C-------AATTTAATT--------AGT--ACTGCCATTTACGGAAATACATTGGCAAATGTAAATA
gi|20 : aataCGGTAACATAACTGAACGGT-ATG------CTTT-TG----TTTTATTAACTGATG-GA-ATCCTC----G---T-ATGT------TT----------T-----GA----AA------ATAAACTCtt
gi|21 : gtaactgtgcgaattcgacatattgcggaagttgctgttttagttgcacacggtaT----G---T--TGT------TC----------A-----CA----AA------ATAAATTGTTT------CAAC-A-------ATT-C------A-TGTGTG--TTTTTA-----TT-T----------T--GTT-TTTATTT--T--G-ATGT----TG-------------AAACA-A---AAG---T-C-C---A-GG-TAAACAA---A-----AGC-----C-----AAT---------GCA-AT-------TG-ACCAG-CGG----------T-------------TACTGTATT--CATA
gi|3 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA-T-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-AA---T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATATATTAGCAAATGTAGATA
gi|4 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAA-T-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-A----T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGG-AATATATTAGCAAATGTAGAT
gi|5 : aT-AGTAATTGGTA-AA-ATTCTT----A---T-TTAT------GT----------A------A----AA------AT----TCTAC--A---T----------------------------GCA--GTTTT--------------------T--GTT-TTTGCTT--T--G-AGGT-CATTA--------CGT--AAGCA-A---GGATGTG-CTC---A-G--TGA--------------CC-----C-----AA----------ACACCCT------TC-A--AG-CGG----------T-------------AATCATATT--CATTCGC----------
gi|6 : ccattattgaagtcacagtatgagttcgtcatattgtagcagaagatgcaaacacaggtgaagttgtagacggtattcaaattaaagcaatttttctatatgtttcttaaattacatgATTAATG-AA-AATTTC----G---A-CTGT------TT----------A-----AC----AA------AGAAA--CTAG--A----AGA-T-------ACT-C----TGA-TGCAAG--TTTCCC-----TT-T----------T--ATTCTTTCTTTTAT--G-ATGT--ATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---G-C-CA--A-G--CGAA-AG---T-----ACC-----TCGTAAAAT---------TTACCCAAATTTTTA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------taaaatcatattcattcgctaaaactatcactgatcacgtgaccaacgcaatgtgattgaaaagtgaatgtcagtttcagtagtagcgtcactggaaaatgtaaa
gi|7 : cttctaatatcaaagtcatcgtatgaattcgccaaattgcagtttagtacatgtagcaggcggctaagctgtAAT------ATAT---CCTTTTATCA--T-TTGGGCCTCTTCAGA--C------TATGCTCCCCTTAA-ATTATTT--------------TGC-------AGTGTTTC-CTGTCTCGGTGCTAT----GAATTTC-ATTT---ATTGTT-TG----TTT-ATCATTTGATG-AA-ATCCTT----G---T-CT-T------TT----------A-----CG----AA------ATAAA-TTTAT--A---TGAA-T-------ATT-A----GGA-TACATT--GTTTT------A------------------T-TTTGTTT--G--A-ATGG-TAGCGTA------TGT--AAGCA-A---GGG---GCC-C---A-A--TAAA-AG-----------------T-----AGT---------ACACATT------GG-A--AG-CGG----------T-------------GACTGTATT--CATGTGC----------AAG-A-----taaaaagtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaaataaaaaacataacataat
gi|8 : aaatgcTATTTTTTT---TTAGCAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAA--AAT------ACTT---CTTTTT-TCA-AT-TGAGGTCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTCACTGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGC---ATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--C---TAAAAT-------ATC-A----TGG-TGCATG--GTTTTC-----ATGT----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---A-C-C---A-A--TGAA-AA---T-----ACT-----T-----AGT---------TTACATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------tagaatgattacgtgactgatcgtttattggggaaaattgaacatcaatttcattcgtact
gi|9 : taaG----TTT-ATTGATTGATG-AC-ATGTTT----AAACT-CTATCAAATATTCAAATGCATGA-----CA----AA------ATAA----TAT--AAATTAAA-T-------ATT-C----TGA-TGAGTATCATTTTCTTTAAAT-T----------TT-GTT-TCTGGTT--T--G-ATGT-AGCTG--------TGT--AAGCA-A---GAT---T-C-C---AGG--TGAA-AG---G-----AGTATGACT-----GAT---------CCAAATAGTTC--TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------
blockSeqs : . G T GCATGT GAA G GA A A TC ATAATAAA A A CAGGGGGGGGGGGC TACAATG G A T AACT C TTG A . GAA T A C AACG AAC A CAAATA CAAATGCATGA CACA TGCATG G C C AAATT A GCAATGT CTGAT A GTATCA CATTCTTTAAATTTTG C TA AT A TCC AATATACAT TA T ATC A TGTG T TTGAG C TACCTCGTAAAATTTACCCAAATATTTT C CC T TCACGAGAAAGAAA AA AAAAAAAGATACGACTTTGACCAATGTA T TTATATAA TG C
blockSeqs : . . T . . G C . G CA ATAATAAA C A . . A . C . . TTA C . . T . . TAA . . CAAATA AATTTG . . A A T AT . TAAAAT TC . GTGG CTTTAAATTTTG C C . . CT TAT . T ATC G GC . AGAA . GAGTAATGGAACTGATCCAATAGTTTC . . . ATCACGTTACT . CGAAAATTAAATATC T . . T
blockSeqs : . . G . . T A . G AC ATAATAAA C . . . G . T . . ATA T . . . . . . . . . AAG . . A C C AT . . TC . GTTA CCTTTTTA . . . . TC T . . . G G . AAG . TACCTCGTAAAATTTACCCAAATTTT . . . T . CTGTAAGTC C . . T
blockSeqs : . . G . . G A . G AC TGGC C . . . T . C . . TTA T . . . . . . . . . TA . . C C T AT . . C . CTGT TATTATG . . . . TC C . . . T G . AGG . GAGTATGACTGATCCAAATAGTTC . . . C . ACGAAC T . . T
blockSeqs : G . . G A . G TC AC . . . . T . C . . TTA G . . . . . . . . . A . . T C C AT . . C . GTGG TATCTAG . . . . TC T . . . A G . AGG . TATTGCACTTTGTATTCATA . . . T . ACGAAC G . . T
blockSeqs : . . A A . . AC AC . . . . G . A . . GCA T . . . . . . . . . A . . T C T AT . . C . GTGT CATGTTG . . . . TT C . . . G T . AGG . TACTTAGTTTACATA . . . T . G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . T . A . . GCA T . . . . . . . . . T . . T C C AA . . C . GTGT CATGTTG . . . . TT T . . . A G . AGG . TACTTAGTTTACATA . . . T .
blockSeqs : . . . A . . TTA C . . . . . . . . . A . . T C G AT . . C . ATGG CATGTTG . . . . TC C . . . A G . AGG . TACTTAGTTTACATA . . . T .
blockSeqs : . C . . GCA A . . . . . . . . . A . . T T C CT . . C . ATGG TATTTG . . . . GT T . . . A G . AGG . AAGCCAATGCAAT . . . T .
blockSeqs : A . . GT A . . . . . . . . . A . . T C C CT . . C . GCAG ATTTTG . . . . TT C . . . G G . AGG . TAATTTTCGTTT . . . T .
blockSeqs : . . GT T . . . . . . . . . T . . T C C AT . . A . AAGT CTTTTA . . . . TA C . . . G G . AAG . CCCAAACACCCT . . . T .
blockSeqs : . A A . . . . . . . . . A . . T C C AT . . A . ATTG AA . . . . T C . . . G T . AGG . TAGTGCACATG . . . T .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . A . . T . T CT . . C . ATGG AA . . . . C T . . . A A . AA . TAGTGCTCATT . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G . C A . . A . AAG TG . . . . T C . . . G A . AA . TAGTGCTCGTT . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T . . A . . A . GAG A . . . . T T . . . G G . AG . TAGTGCGCATA . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . A . . T . . C . . C . GT . . . . . . . . . . A A . AA . TAGTACACATT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T . AA .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqCons : *** ACTAA***** TTA*** **** AT***** GTGG** CATTTTG***************** AGG***** TACTTAGTTTACATA*********************************
originalCons : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGA--TAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATGT---ATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTAT--A---TAAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTG--GTTTTC-----AT-T----------T--GTT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-C---A-G--TGAA-AG---T-----ACT-----T-----AGT---------NCACATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
finalCons : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGACTAA-----TATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATTTA---TNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CA----AA------ATAAACTCTATAT-----AAA-T-------ATT-C----TGA-TGCGTGG--TTTTCATTTTG-----------------TT-TTTGTTT--T--G-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---G-C-CAGG-----TGAA-AGTACTTAGTTTACATA---------------------------------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCACCAAAGGTTCTTCGCTTCAATATGAAAGTCACTGTATGAGTTCGCCATATTGCAGCAGGAGATGAAAACACAGGTTAAGTTGCAGACGGTATTTAAATTAAAACAACTGAACGGTATGTTTTATGTTTCTGAGATTTTATTAATTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGCCTCCTATACGCAGGCGTTGAACAGATATAGTGCATCTCTGTCAGTTGGCCCTAGTAACAAACGTAATATTTTTATTGGGTCTGTTTCGTTTTCAGATTATATACACCCCTGGGGACTA
Unaligned ( gi|23 ): AGGAAATAGCCGATAACTCGCCTCCTTTTTATTAAAGCTTCTAATATCAAAGTCATCGTATGAATTCGCCAAATTGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GATTATATTCATACGCAATGTCTGATCATGTGACCGACTTAATATTATCAAAATTGAATGTTATT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 55555555 1 22222222222222 1111111 111111 1111111111111111 2222222222222222222222222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333 22222222
lowQualScore : 444 8 1 444444 0 888 1 55 5 3 33 00000000 8 8 66666666666666 6666666 1 4 0 1 7777 0 3 44 1 5 9999 4 0 2 2 8888 333 2 222222 7777777777777777 666666 2 4 1 88888888 2 7777777 666666 2 4444 2 0000000000000000000000000 4 88 2 333 999999999 33 4 777 333 33 55 333 666 999999999999999999999999999999999999999999999999 2 33 2 888888888888888888888888 33 999999999999999999999999999999999999999 1 00000000 77 0 1
lowQualScore : ... . . ...... . ... . .. . . .. ........ . . .............. ....... . . . . .... . . .. . . .... . . . . .... ... . ...... ................ ...... . . . ........ . ....... ...... . .... . ......................... . .. . ... ......... .. . ... ... .. .. ... ... ................................................ . .. . ........................ .. ....................................... . ........ .. . .
lowQualScore : 000 0 0 444444 8 888 4 11 0 4 00 44444444 1 9 11111111111111 2222222 4 0 2 0 7777 8 3 44 0 7 7777 7 9 2 2 2222 777 1 111111 7777777777777777 111111 2 8 7 33333333 2 2222222 444444 2 7777 2 5555555555555555555555555 4 33 2 222 888888888 11 4 888 999 11 00 999 111 111111111111111111111111111111111111111111111111 4 22 4 999999999999999999999999 22 222222222222222222222222222222222222222 0 77777777 99 3 7
consensus : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGACAATAAATATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATNTATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------ATAAACTCTAT--A---T-AAA-T-------A------TT-C----TGA-TGCGTG--GTT----TTC-----ATTTTGTT-TTTGTTT--TG-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---GCC--AG-GTGA---A---AGT------A--CT-------T-----AGT---TCAC----ATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
Reference ( family-5948 ) : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTNTTGTTTTCAGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGGCCACTTCAGAC--TAA-TATGCTCCCCTGGACATT-TTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCGGTGNCAT----GAACTTT-ATTTATNTTT-TG----TTT-ATTAATTGATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------ATAAACTCTAT--A---T-AAA-T-------A------TT-C----TGA-TGCGTG--GTT----TTC-----ATTTTGTT-TTTGTTT--TG-ATGT-CATTG--------CGT--AAGCA-A---GGA---GCC--AG-GTGA---A---AGT------A--CT-------T-----AGT---TTAC----ATA------TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATACGC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCANT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATACATTGGCAAATGTAGATA
gi|1 : TTTATGTTTCTGAGATTTT-ATTAATTG-TG-AA-ATTCTT----G---T-TTAG------GT----------A-----CAAA------A-AAACTCTCTTGA---T-AAA-T-------A------TT-C----CGA-----------T----TTC-----------TT-TTTGCTT--TG-ATGG-TATTG--------CGT--AAGC--A---GGA---ACT--TG-GTGA---A---AGT------A--GTGCA----C-----AGTGACCCAT----ATACCTC--TG-A--AG-CGG----------T-------------GATTGTATT--GATACGC----------
gi|1 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaacggtatgt----------C-------AATTTCAGC--------AGT--AATGTCATGTAAGGAAtagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtcaatttcagcagtaatgtcatgtaaggaatgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|10 : ttcaatatgaaagtcactgtatgagttcgccatattgcagcaggagatgaaaacacaggttaagttgcagacggtatttaaataaaacaactgaacggtatgttttatgtttctgagattttattaattgtgaaattcttgtttaggtacaaaaaaactctcttgataaatattccgatttctttttgctttgatggtattgcgtaagcaggaacttggtgaaagtagtgcacagtgacccatatacctctgaagcggtgattgtattgatacgctagaaataccactgattacgtgaccaatcccatattgtcgaaaattgactgtTTAATGTTTCTG----TTTTATTAAT-GA---AA-ATTAATAACGG---A-CTGT------TT----------A-----CAAA------AGAAA--CTAG--A-----AGA-T-------A------CT-C----TGA-TGCAAG--TTT----CCC-----TTTTTATTCTTTCTTTTATG-ATGC-TATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---GCC--AA-GCGA---A---AGT------A--CC-------TCGTAAAAT---TTACCCAAATATTTT--TA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------tgtaaatatatagtgttggtataatataat
gi|11 : ttagtacatgtagcaggcggcT-TTT--------------TGC-------TGTGTATC--TGCCTTAGTTTTAT----AAATTTC-TTTTGTATTT-TG----TTT-ATTAATCAATG-AA-ATTCTT----G---T-CTGT------TTACAC------A-----CAAA------AAAAAAACTAC--A---T-AAA-A-------A------TT-C----TGA-TGTGTG--GTT----TTT-----ATTATG-T-TTCGTTT--TA-ATGT-CATTG--------CAT--AAGCA-A---GGA---GCCTTGA-GTGA---A---AGTATTGC-A--CT-------T-----TGT---ATTC----ATA------TGCA--AG-AAA------------------------GACTG-ATT---ATGTG-----------GCT-T-----A----------C----------TTCATTTTATATAAAATTGAATGCCATATAAGGAAATACA-TGGCAAACGTCGATAtaaaaaggtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaa
gi|12 : GTTTTCTGGGGACGAAT------ACAT---CTTTTTGTCA-AT-TGGGACCAATTCAAAC--T-T-TATGTTCCTTTGGA-ATT-TTT--------------
gi|12 : tgAACTTT-ATGT-TCCTT-TGGAA-TTT------TTG--G-AA-ATTCTT----A---T-CTGT------TT----------AATTTGCGGA------AAAAACTTCAT--A---T-AAT-T-------A------TT-C----TGA-TGCG------------TT-----ATTCTAAT-TTTGTTA--TG-ATG------------------------------AGA---GCC--AG-GTAA---A---AG-------------------T-----AGT---GCAC----ATG------TA-A--GA-CTGATCACGTTACT-------------GATTGT-------TAC-------------CG-A-----AAATTAAATATC-------AATTTCATT--------AGT--ATTATCATGTAAGGAAATGCACTGGCAAATGTAggaaattcttatctgtttaatttgcggaaaaaacttcatataattattctgatgcgttattctaattttgttatgatgagagccaggtaaaagtagtgcacatgtaagactgatcacgttactgattgttaccgaaaattaaatatcaatttcattagtattatcatgtaaggaaatgcactggcaaatgtaacgcgatat
gi|13 : tggttttctggggacgaatacatctttttgtcaattgggaccaattcaG----TTT-ATTGATTGATG-GACATTGTTTAA-A---T-CTATCAAATATT----------T-----CAAATGCATGACAAA---TAT--A---T-AAATT-------AAAATATTT-C----TGA-TG-G-A--GTTATCATTCTTTAAATTTTGTT-TCTGTTT-----GTGT--AGCG--------TGT--AAGCA-A----GA---TCC--AG-GTGA---AAGGAGTAATGGAA--CTGATCCAAT-----AGT---TT-C-------------TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------acgcgatat
gi|14 : ttgccatattgctgaattgcagtttagttggcggacaatatttagaattaaaacaaacaga-CTGCTACAGTGTTAT----GAA--TT-A---ATTTTT-TA----TA--ATTTATTGAGG-AA-ATAATC----G---T-TTGT------TTT---------A-----CAAA------CTAAACTCTAA--A---T-AAA-TGCAATGTA------TT-C----TGA-TGCGT------------------------------------TG-AT---CATTG--------CGC--AAGCA-A---GTA---GCT--AG-GTGA---A---AGT------A--GT--------------GC---T--C----ATT------TA-A--AA-CGG----------T-------------GATTGTATT--CATGCGCAAAAAAAGATACG-ACTTTGA----------CCAATGTAAATTTCACT--------CGT--TGTGTCACA-AAAGAGACACATTGACATATGagac
gi|15 : CATGTTTTGTTTTCAGGAGACAAATGCATGTACAT---CCTTTTGTCA-CT-TGGG-CTTCTTCAGAC--TA----TGCTCTCCTGGA-ATT-CTT--------------TGC-------TGTGTTTC-CTGCCTCAGTGCCAT----GAATTTTCATTTATTGTT-TG----TTT-ATCCATTGATG-AG-ATTCTT----G---T-TTAT------TC----------A-----CGAA------A-A---TTTGT--A---T-AAA-T-------A------TT-C----TGA-TGC---------------------------------CTT--TG-ATGT-CATTA--------TGT--GAGCA-A---GAA---GCC--AG-GTAA---A---Aaa
gi|16 : GTTTT-CTGCCTCAGGATTAT----GAATTGT-ATATATGTTT-TC----TCA-ATTAATGGATG-A------TT----T---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------TTAAACTCTAA--A---A-GAT-T-------A------TT-C----TTA-TGTCTG--TTC----TGT-----ATCTAGTT-TTCCTTT--CG-TTG----TTG--------CGT--AAGAA-A---GGA---GTC--AG-GTGC---A---AGT------A--GTGC-----T-----CGT---TTA-----------------A--AG-TGA----------T-------------GATTGCATC--TATAC
gi|17 : GATG-AC-ATTCTT----G---AACTGT------TT----------AAG---CAAA------GTAAACTTTAT--A-----AAA-T-------A------TTTC----TGAAGGCGTG--GTT----TTT-----ATTT-GCT-TTTGTTTC-TGAATGTCCATTC--------TGTTAAAGTA-A---GAA---GCC--AGAATGA---A---AG-------------------T-----AGT---GCGC----ATA------TC-A--AGTCGG----------T-------------GATT-TATT--CATACGC----------A
gi|18 : TTCTTTTGAATTA-CGGAGCATGTTTTGTTTTCAGGAGACGAAT------AAAT---ATGTTTG-CA-ACATGGGACCCATTCAG----TGGCTATGCTCCCTTGAAACTTATTT--------------TGCTACAATGTATGTTTC-CCGCCTTGTTTCCAT----GAACTAT-ATTTATTGTA-TG----GTT-Aag
gi|2 : TTT---TTA-GTAAGCATGTTTT-TTTTCAGAGGACGAAT------ACAGGAACTTTTTTCCAGAT-T-----TA-TTC----------TATGCTTCCCTGGG-ATT-TTTCAGGGGGGGGGGGCTGC-------TGCATTTT-CTGCCTCGGTGCTAT----AAATTTC-ATTTATTGTT-TG----TTT-ATAAATTGATGAAA-ATTTTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CGTA------ATAAACT---T--A---T-AAA-T-------A------TT-CTGATTGA-TGCGTG--TTT----TTA-----A------T-TCTGTTA--TG-GTGT-CATTGAATATACATGT--AAGCA-A---CAA---GCC--AG-GTGA---C---AGT------AATTT-------T-----CGT---TT---------------TG-A--GG-CGA----------TCACGAGAAAGAAAGATCACATTAACA-ACCC----------CTGTA-----AGT--------C-------AATTTAATT--------AGT--ACTGCCATTTACGGAAATACATTGGCAAATGTAAATA
gi|20 : aataCGGTAACATAACTGAACGGT-ATG---CTTT-TG----TTTTATTAACTGATG-GA-ATCCTC----G---T-ATGT------TT----------T-----GAAA------ATAAACTCtt
gi|21 : gtaactgtgcgaattcgacatattgcggaagttgctgttttagttgcacacggtaT----G---T--TGT------TC----------A-----CAAA------ATAAATTGTTT------C-AAC-A-------A------TT-C------A-TGTGTG---TT----TTT-----ATTTTGTT-TTTATTT--TG-ATG----TTG-------------AAACA-A---AAG---TCC--AG-GTAA---AC--AAA------A--GC-------C-----AAT---GCA-----AT-------TG-ACCAG-CGG----------T-------------TACTGTATT--CATA
gi|3 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGATAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------ATAAACTCTAT--C---T-AAA-T-------A------TC-A----TGG-TGCATG--GTT----TTC-----ATGTTGTT-TTTGTTT--TG-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---ACC--A--ATGA---A---AAT------A--CT-------T-----AGT---TTAC----ATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGGAAATATATTAGCAAATGTAGATA
gi|4 : TATTTTTTT---TTA-CAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAACGAAT------ACTT---CTTTTTGTCA-AT-TGAGGTCACTTCAGATAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTC-ATGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------ATAAACTCTAT--C---T-AAA-T-------A------TC-A----TGG-TGCATG--GTT----TTC-----ATGTTGTT-TTTGTTT--TG-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---ACC--A--ATGA---A---A-T------A--CT-------T-----AGT---TTAC----ATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------ACG-A-----A----------C-------AATTTCAGT--------AGT--AATGTCATATAAGG-AATATATTAGCAAATGTAGAT
gi|5 : aT-AGTAATTGGTA-AA-ATTCTT----A---T-TTAT------GT----------A------AAA------AT----TCTAC--A---T-----------------------------------GCA--GTT----TT----------TGTT-TTTGCTT--TG-AGGT-CATTA--------CGT--AAGCA-A---GGATGTGCT--CA-GTGACCCA---AAC------A--CC-------C-------T---TC------------------A--AG-CGG----------T-------------AATCATATT--CATTCGC----------
gi|6 : ccattattgaagtcacagtatgagttcgtcatattgtagcagaagatgcaaacacaggtgaagttgtagacggtattcaaattaaagcaatttttctatatgtttcttaaattacatgATTAATG-AA-AATTTC----G---A-CTGT------TT----------A-----ACAA------AGAAA--CTAG--A-----AGA-T-------A------CT-C----TGA-TGCA-A--GTT----TCC-----CTTTTATTCTTTCTTTTATG-ATGT--ATTG--------TGT--AAGCATAATCAAA---GCC--AA-GCGA---A---AGT------A--CC-------TCGTAAAAT---TTAC----CCAAATTTTTA-A--AG--GA----------T-------------GATTGTATC--CATATGC----------taaaatcatattcattcgctaaaactatcactgatcacgtgaccaacgcaatgtgattgaaaagtgaatgtcagtttcagtagtagcgtcactggaaaatgtaaa
gi|7 : cttctaatatcaaagtcatcgtatgaattcgccaaattgcagtttagtacatgtagcaggcggctaagctgtAAT------ATAT---CCTTTTATCA--T-TTGGGCCTCTTCAGAC--TA----TGCTCCCCTTAA-ATTATTT--------------TGC-------AGTGTTTC-CTGTCTCGGTGCTAT----GAATTTC-ATTTATTGTT-TG----TTT-ATCATTTGATG-AA-ATCCTT----G---T-CT-T------TT----------A-----CGAA------ATAAATT-TAT--A---T-GAA-T-------A------TT-A----GGA-TACATT--GTT----TT------ATTTTGTT-TGAATGG--TA-GCGT--AT-----------GT--AAGCA-A---GGG---GCC--CA-ATAA---A---AGT------A------------------GT---ACAC----ATT------GG-A--AG-CGG----------T-------------GACTGTATT--CATGTGC----------AAG-A-----taaaaagtctgatcacgtgactgacttcaaatcatcaaaatttgaaagtattgtcatataatgatgtaaataaaaaacataacataat
gi|8 : aaatgcTATTTTTTT---TTAGCAAGGCATGTGTTGTTTTCAGGGAA--AAT------ACTT---CTTTTT-TCA-AT-TGAGGTCACTTCAGATAATAAATATGCTCTCCTAGACATT-TTT--------------TGC-------TTTGTTTCACTGCCTCAATGACAT----GAGCTTT-ATGCATATTT-TG----TTC-ATAAATTAATG-AA-ATCCTT----G---T-CTGT------TT----------A-----CAAA------ATAAACTCTAT--C---TAAAA-T-------A------TC-A----TGG-TGCATG--GTT----TTC-----ATGTTGTT-TTTGTTT--TG-ATGT-TATTG--------CAC--AAGCA-A---GGA---ACC--A--ATGA---A---AAT------A--CT-------T-----AGT---TTAC----ATA------TG-A--AG-CAG----------T-------------TATTGTATT--CATACAC----------tagaatgattacgtgactgatcgtttattggggaaaattgaacatcaatttcattcgtact
gi|9 : taaG----TTT-ATTGATTGATG-AC-ATGTTT----AAACT-CTATCAAATATTCAAATGCATGA-----CAAA------ATAA----TAT--AAATT-AAA-T-------A------TT-C----TGA-TGAGTATCATT----TTCTTTAAATTTTGTT-TCTGGTT--TG-ATGT-AGCTG--------TGT--AAGCA-A---GAT---TCC--AG-GTGA---A---AGG------A--GTATGAC--T-----GAT---CCAA----ATAGTTC--TG-A--AT-CCG----------C-------------GATTGTATT--CATACGC----------CCA-A-----A----------
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCACCAAAGGTTCTTCGCTTCAATATGAAAGTCACTGTATGAGTTCGCCATATTGCAGCAGGAGATGAAAACACAGGTTAAGTTGCAGACGGTATTTAAATTAAAACAACTGAACGGTATGTTTTATGTTTCTGAGATTTTATTAATTGA
Unaligned ( gi|22 ): AAAGCCTCCTATACGCAGGCGTTGAACAGATATAGTGCATCTCTGTCAGTTGGCCCTAGTAACAAACGTAATATTTTTATTGGGTCTGTTTCGTTTTCAGATTATATACACCCCTGGGGACTA
Unaligned ( gi|23 ): AGGAAATAGCCGATAACTCGCCTCCTTTTTATTAAAGCTTCTAATATCAAAGTCATCGTATGAATTCGCCAAATTGCAG
Unaligned ( gi|24 ): GATTATATTCATACGCAATGTCTGATCATGTGACCGACTTAATATTATCAAAATTGAATGTTATT