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Reference ( gi|2 )            :                                 CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AAT-TTC-TTGCG--TGAGCACAC-TGGAA-A-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAATGT---A--CTT---CTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATAAACATAGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTAATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGTAAGTATACATTCTTAAATGT---TAAAACACCAATGGTG-AAAATTAAA-AC---ATTTCATGA-ACAGCCGATATAATTTACG-CA-TAATGGCAAATTCATG-ATGC-TGG-AAGATTTG-T-G-TTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTTCACTATGATTGAAAAAATGCTTGATCCG--TAT-AAAGCATAA
gi|1                          :                                 CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AAT-TTC-TTGCG--TGAGCACAC-TGGAA-A-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAATGT---A--CTT---CTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATAAACATAGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTAATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGTAAGTATACATTCTTAAATGT---TAAAACACCAATGGTG-AAAATTAAA-AC---ATTTCATGA-ACAGCCGATATAATTTACG-CA-TAATGGCAAATTCATG-ATGC-TGG-AAGATTTG-T-G-TTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTTCACTATGATTGAAAAAATGCTTGATCCG--TAT-AAAGCATAA
gi|4                          :                                 CTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AAT-TTCATTGCG--TGAGCACAC-TGGAA-AAT--TTAA--TTTATA--TTGTATAATGT---AA-CTT---CTTATGGAAACACGC--CCCCTTG-ACAAGCAAAGACAGC---ACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTT-ACCTTAATTATAAATCTT--CTCT-ATGCAAAAGAAAAATAAA--TAGA-TAAAACATGCATAATAA-GATACG-TTAATTGAC--TTTTTCC-AC--TTGGTGACGATAT--AAGAC-GT-T-CATTTTCTTACTTGTAAGTATACATTCTTAAATGT---TAAAACATCAATGGTGAAAAATTAAA-AC---ATTTC-TGATACAG-CGATATAATTTACGAAA-TAATGGCAAA-TCATG-ATGCTTGG-AAGATTTGCT-G-TTTCATTAGATGTATGTAAT
gi|13                         : aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaAATAATTTG-A--TTTGAC-TTGTAACTCGT--AATATGA-TTGGT--TGAAAAAATGTGGAAGA-T--GCAT--T--AT---TTTTATAATGT---AACCTT---GTTATAAGAGCACA-----CCTTGG-CAACCCAAGGCGAT-C--CT-ACCTT
gi|5                          :                                         attattttagTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATATGA-TTGGC--TGAA-ACAGATGGAA-G-G--TTA---T--ACA--TTAT----TTT---A--CTTGGACT---GGGAACACGCAATTCCTTG-----------ACAAC-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATCAA--TGGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTGTTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGTAAGCACACA-----------------AACATAAATGGC--AAAATTTGA-GT---ATCTC-TGATACA-CCAAGATCATGTGCG-AAATAATGGTATAT-CAAGTAT-T-TGA-GACATTTG-T-GGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TTCACT-----TGGGAGATTGCTTGACCCACCTATCAAAGCACAA
gi|17                         :                          accgtaatttcaattttatttggccTAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CAT-TTGATTGGC--TGAGCACAC-TGAAga
gi|10                         :                                                      TT-G-A--TTTTAC-TTGTAGCAAGCTCAGT-TGT-TCACGAATGAA-ACA--TAAAT-A-T--TT----T---TA--TTGTATAGCGT---AA-CTT---GCCATGTGGACACGC--CCCCTT-GACAACCCAAAACA---CCATT-ACCTTTTTAATtggtttattctaaat
gi|6                          :                                                            --TTT-AT-TTGCAACACGC--AAT-TTCATTGGC--TGAACACAC-TGAAA-A-TAATTAGTTT--ATA--TTCTCTAACATA--A--TTT---GGTATGGtcacattacgtcactattgacatgtaggtctaccatgatataaaat
gi|7                          :                                                                                      taatttcat--TGAGCAAAC-TGTAA-A-TATTTAG--T--TTAAATTGTATAATATGTAA--CTT---GGTATGGGGCAATGC--CCCCTT-GACAAACCAAGATGGCACCAtgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tactatcatttgtaacactagtGAAAAC-GT--ATATTTTCTTACTTGTAAGTACACAattgttttaaattcactttgcagaactgttaaattgttaggccttgtattgtatgaaattgtaaatcaacaaattaaatgtgtgctcaaaaatactttctgtcagacaaagttgttccatttgaaacaaaacacatatattctcttaagtaacaatacacaaaacacc
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                    CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TNATTGGNTGAG-CACAC-TGGAA-A-T--TTAG--T--ATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGTTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAANCCAAGACGGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTTTACTTTAATTATAAATTNT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATAAA--TAGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACG-TT------AATT-GAC--TTTTTCCCAC-TTTG----GTGACGATAC-GAAGAC-GT-TACATTTTCTTACTTGTAAGTACACATTCTTAAATGTTAAAACACCAATGGTG-AAAATTNAA-AC---ATCTCATGATACAGCCGATATNATNTGCGAAATA--ATGGCANATTCATG-ATGC-TGG-AANATTTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTTCACTG----TGAAAAATTGCTTGATCCGCCTATCAAAGCACAA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                    CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGGAA-A-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATAAACATAGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTT------AATT-GAC--TTTTTCCCACCTTTG----GTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGTAAGTATACATTCTTAAATGTTAAAACACCAATGGTG-AAAATTAAA-AC---ATTTCATGA-ACAGCCGATATAATTTACG-CATA--ATGGCAAATTCATG-ATGC-TGG-AAGATTTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTTCACTATGATTGAAAAAATGCTTGATCCG--TAT-AAAGCATAAaat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                    CTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACAC-TGGAA-AAT--TTAA--TTTATA--TTGTATAAT--GTAAC-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTG-ACAAGCAAAGACAGC---ACTACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTT-ACCTTAATTATAAATCTT--CTCT-ATGCAAAAGAAAAATAAA--TAGA-TAAAACATGCATAATAA-GATACG-TT------AATT-GAC--TTTTTCC-AC-TT-G----GTGACGATAT--AAGAC-GT-T-CATTTTCTTACTTGTAAGTATACATTCTTAAATGTTAAAACATCAATGGTGAAAAATTAAA-AC---ATTTC-TGATACAG-CGATATAATTTACGAAATA--ATGGCAAA-TCATG-ATGCTTGG-AAGATTTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                      aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA--TGGAA-G-G--TTA---T--ACA--TTATTT------TA-C-TTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-ACAACCCA----------------TTTACA-TGACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATCAA--TGGAATATAACATGTACAATAAA-ATACT-TT------TGTTTGACAATTTTT---GT-TTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGTAAGCACACA--------------AACATAAATGGC--AAAATTTGA-GT---ATCTC-TGATACA-CCAAGATCATGTGCGAAATA--ATGGTATAT-CAAGTAT-T-TGA-GACATTTGTGGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TTCACT-----TGGGAGATTGCTTGACCCACCTATCAAAGCACAA
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                    CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACAC-TGGAA-A-T--TTAG--T--ATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAANCCAAGACGGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCGCCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGTAAGTACACATTCTTAAACGTTAAAACACCAATGGTG-AAAATTAAA-ACA---TCTC-TGATACAGCCGATATCATNTGCGAA--ATAATGGCANATTCATG-ATGC-TGG-AACATTTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTTCACTG----TGAAAAATTGCTTGATCCGCCTATCAAAGCACAA
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACAC-TGGAA-A-T--TTAG--T--ATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAANCCAAGACGGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACATTC-TTAAACGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAGCCGA--TATCATNTGCG-----AA--ATAATGGCANAT-TCATG-ATGC--TGG-AACAT-TTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTG----TGAAAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGGAA-A-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATTC-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGA--TATAATTTACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATG-ATGC--TGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAG--T--ATA--TTGTATAAC--GTAACTTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAANCCAAGACGGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-T-C-TTAAACGTTAAAACAC-CAATGGTGAAAA-TTAAA-ACATT-TC-TGATACAGCCGATATCATN--TGCGA-----A--ATAATGGCANAT-TCANG-ATGCT-GG--AACAT-TTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTG----TGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-CTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTGAAAA-TTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGATATAATT--TACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATG-ATGCT-GG--AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TT-G-A--TTTTAC-TTGTAGCAAGCTCAGTTGTTCAC-GAATGAA--ACA-TAAATA-T--TT----T---TA--TTGTATAGC--GTAACTTGCCATGTGGACACGC--CCCCTT-GACAACCCAAAACA---CCATTACCTTTTTAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -TATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-------ATACATTAACAGAT-CAA--GT------CT--A-GTATA-TC-TGATTCA-TCGATAACATG--TTCGA-----AATATAATGGTAAAT-T------TGC------AACAT-ATGCAGTTTCATT--ATACACGTAAT-------------------TGGGAAATCGC-TTGACCCGCCT--ATCAAAGCAtcacattacgtcactattgacatgtaggtctaccatgatataaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gAAATAGAACATCAACGGAATAATGCGTGTACAATAAA-ATTCTTTTAGACAAATT-AT--GTTTTGC----TTTGTCAA----A--GAAAAC-GT--ATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-------AAACATTACAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gcattaggccttccatgCAT-TTGTTGTTTCAT--AATG-----AA-ATGAATTTT-CAC-G----TGAAAAATTGT-CTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAAaaagttagtatctcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CATT--TGATTGGCTGAG-CACACTGAA-------TGG--T--TTA--TTCTAaatgcttgatgtcttgtagaatgtacccgatgacgtagc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-CTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACTACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTGAAAA-TTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGATATAATT--TACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATG-ATGCT-GG--AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTTGTTAAGTACATG-TACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTAAGAG-TTAG---TATT-TC-TGACACAA---ATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG--TACT-TTCCAA-ATGTTGCGGTTTCATA-AAAA-----AATAGG-ATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACACTGGAAAAT--TTAA--TTTATA--TTGTATAAT--GTAACTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTG-ACAAGCAAAGACAGC---ACTACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTT-ACCTTAATTATAAATCTT--CTCT-ATGCAAAAGAAAAATA-AA--T----AGA-TAAAACATGCATAATAA-GATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTTCC-AC--TTGGTGACGATAT--AAGAC-GT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACA-TTC-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAGC-GATATAATT--TACGA-----A--ATAATGGCAAAT--CATG-ATGCTTGG--AAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA-TGGAAG-G--TTA---T--ACA--TTATTT------TA-CTTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-ACAACCCA----------------TTTACA-TGACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACACA----------------AACAT-AAATGGC-AAAA-TTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAAGATCATG--TGCGA-----A--ATAATGGTATAT--CAAGTAT-TT-GA--GACAT-TTGTGGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taatttcatCGATATCATA--TGAAA-----A--ATAATGGTATA--TCAAG--TATT-GGC-AACTT-TTGCTGTTGCATT-tgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAA--TATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGA--TATAATTTACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TT-G-A--TTTTAC-TTGTAGCAAGCTCAGTTGTTCAC-GAATGAA--ACA--TAA-AT-AT--TT----T-TA--TTGTATAGC--GTAAC-TTGCCATGTGGACACGC--CCCCTT-GACAACCCAAAACA---CCATT-ACCTTTTTAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-------ATACATTAACAGAT-CAA--GT------CT--A-GTATA-TC-TGATTCA-TCGA--TAACATGTTCG-----AAATATAATGGTAAAT-TT---------GCAACAT-ATGCAGTTTCATT--ATACACGTAAT-------------------TGGGAAATCGC-TTGACCCGCCT--ATCAAAGCAtcacattacgtcactattgacatgtaggtctaccatgatataaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gAAATAGAACATCAACGGAATAATGCGTGTACAATAAA-ATTCTTTTAGACAAATT-AT--GTTTTGC----TTTGTCAA----A--GAAAAC-GT--ATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-------AAACATTACAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    gcattaggccttccatgAATAATTTG-A--TTTGAC-TTGTAACTCGT--AATA--TGATTGGTTGAA-AAAATGTGG-AAGAT--GCAT--TAT---TTTTATAAT--GTAACCTTGTTATAAGAGCACA-----CCTTGG-CAACCCAAGGCGAT-C--CT-ACCTTaaagttagtatctcga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attattttagCAT-TTGTTGTTTCAT--AATG-----AA-ATGAATTTT-CAC-G----TGAAAAATTGT-CTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CATT--TGATTGGCTGAG-CACAC-TGA-A-------TGG--TTTA--TTCTAaatgcttgatgtcttgtagaatgtacccgatgacgtagc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAA--TATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGA--TATAATTTACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACTTGTTAAGTACATG-TACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTA-AGAGTTAG---TATT-TC-TGACACA---AATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG-TACTTTCCAAATGTTGCGGTTTCATA-AA-----AAAATA-GGATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACAC-TGGAAA-AT--TTAATTTATA--TTGTATAAT--GTAAC-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTT-GACAAGCAAAGACAG---CACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCG-TG-TTACCTTAATTATAAA-TCT--TCTCTATGCAAAAGAAAAATA-A--AT----AG-ATAAAACATGCATAAT-AAGATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTT-CCAC--TTGGTGACGATAT--AAGA-CGT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAG-CGA--TATAATTTACG-----AA--ATAATGGCAAA--TCATGATGCTTGGAAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA--TGG-AA-GG--TTA---TACA--TTATTT------TA-C-TTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-----------ACAAC-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACACA----------------AACAT-AAATGGC--AAAATTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAA--GATCATGTGCG-----AA--ATAATGGTATAT--CAAG-TATTTGAGACAT-TTGTGGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       accgtaatttcaattttatttggcc--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGCTGAA-CACAC-TGA-AA-ATAATTAGTTTATA--TTCTCTAAC--ATAAT-TTGGTATGGga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatttcatCGA--TATCATATGAA-----AA--ATAATGGTATAT--CAAG-TATTGGCAACTT-TTGCTGTTGCATT-tgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|7                          :                                  taatttcattttatttgcaacacgcaatttcattggctgaacacactgaaaataattagtttatattctctaacataatttggtatggtgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaaTC-AT-TTGTAACAC--------------TAGTTGAG-CAAAC-TGT-AA-ATATTTAG--TTTAAATTGTATAATATGTAAC-TTGGTATGGGGCAATGC--CCCCTT-GACAAACCAAGATGGCACCAacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TT-G-A--TTTTAC-TTGTAGCAAGCTCAGTTGTTCAC-GAATGAA--ACA-TAAATA-T--TT----T---TA--TTGTATAGC--GTAACTTGCCATGTGGACACGC--CCCCTT-GACAACCCAAAACA---CCATT-ACCTTTTTAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA------ATACATTAACAGAT-CAA--GT------CT--A-GTATA-TC-TGATTCA-TCGATAACATG--TTCGA-----AATATAATGGTAAAT----------TTGCAACAT-ATGCAGTTTCATT--ATACACGTAAT-------------------TGGGAAATCGC-TTGACCCGCCT--ATCAAAGCAtcacattacgtcactattgacatgtaggtctaccatgatataaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gAAATAGAACATCAACGGAATAATGCGTGTACAATAAA-ATTCTTTTAGACAAATT-AT--GTTTTGC----TTTGTCAA----A--GAAAAC-GT--ATATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA------AAACATTACAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gcattaggccttccatgCAT-TTGTTGTTTCAT--AATG-----AA-ATGAATTTT-CAC-G----TGAAAAATTGT-CTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAAaaagttagtatctcga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CATT--TGATTGGCTGAG-CACACTGAA-------TGG--T--TTA--TTCTAaatgcttgatgtcttgtagaatgtacccgatgacgtagc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-CTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATTC-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGATATAATT--TACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACTTGTTAAGTACATGTACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTA-AGAGTTAG---TATT-TC-TGACACAA---ATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG-TACTTTCCAAATGTTGCGGTTTCATA-AAAA-----AATAGG-ATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACACTGGAAAAT--TTAA--TTTATA--TTGTATAAT--GTAACTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTG-ACAAGCAAAGACAGC---ACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTT-ACCTTAATTATAAATCTT--CTCT-ATGCAAAAGAAAAATA-AA--T----AGA-TAAAACATGCATAATAA-GATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTT-CCAC--TTGGTGACGATAT--AAGAC-GT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATTC-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAG-CGATATAATT--TACGA-----A--ATAATGGCAAA--TCATGATGCTTGGAAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA-TGGAAG-G--TTA---T--ACA--TTATTT------TA-CTTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-ACAA----------C-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACACA---------------AACAT-AAATGGC--AAAATTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAAGATCATG--TGCGA-----A--ATAATGGTATAT--CAAG-TATTTGAGACAT-TTGTGGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       accgtaatttcaattttatttggcc--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGCTGAA-CACACTGAAAA-TAATTAGTTT--ATA--TTCTCTAAC--ATAATTTGGTATGGga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taatttcatCGATATCATA--TGAAA-----A--ATAATGGTATA--TCAAG-TATTGGCAACTT-TTGCTGTTGCATT-tgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|7                          :                                  taatttcattttatttgcaacacgcaatttcattggctgaacacactgaaaataattagtttatattctctaacataatttggtatggtgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaaTC-AT-TTGTAACAC--------------TAGTTGAG-CAAACTGTAAA-TATTTAG--T--TTAAATTGTATAATATGTAACTTGGTATGGGGCAATGC--CCCCTT-GACAAACCAAGATGGCACCAacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tactaATATTTT-----TTGT-ATGTACACA--------------AAACAC-TAATGGTA-AAAATTCAATACAAAATC-TTATACAAC-GATATCATA--TGTGA-----A--ATCATGGCATA--GCAA-ATACTAACAACGT-TTGCTGTTTCAT------TATAAAATATAT---TT-CATTG----GGGGattgttttaaattcactttgcagaactgttaaattgttaggccttgtattgtatgaaattgtaaatcaacaaattaaatgtgtgctcaaaaatactttctgtcagacaaagttgttccatttgaaacaaaacacatatattctcttaagtaacaatacacaaaacacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CGCTGAAACAAATAGGGATCATACATTATTTTGCATAAAGAAACATTATTTGGGACTTACCCTTTAACAACCAAAGATGGCACTACTATGTTGAGCAAAAACAGACAACATCGCAAATCCGTTACATTGTAGGCCATCTATGAAGAAAATCAAAGGAATAAAACGAGTTCAATAAAATATATTTGTTAGACAATTTTTGTCTTGTTTTGTCACGAAAGACT
Unaligned ( gi|13 ): ATTATTTTAGAATAATTTGATTTGACTTGTAACTCGTAATATGATTGGTTGAAAAAATGTGGAAGATGCATTATTTTTATAATGTAACCTTGTTATAAGAGCACACCTTGGCAACCCAAGGCGATCCTACCTT
Unaligned ( gi|14 ): ATCGGTGGGTTCACTTTTGATTCATATCGCAGCACTATTACATTGTAGGCGTTCCATGAAATAAAAATCCACAGAATCAAGCGTGTACAGTAAGATATTTATGTTAGAAAGATTGTTT
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCCCCTATCAAAGCACAAATGTGTCATGTCTTACAAAATGTCCCACATGATATGCATAGTTCCA
Unaligned ( gi|18 ): GATGATCAAATGCACTGTTTTGCACACTTGGTATTCCAAACATCGCTGTGCAATATGTATAAAAT






Alignments
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAG--TATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTNCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-T-C-TTAAACGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAGCCGA--TATCATNTGCG-----AA--ATAATGGCANAT-TCANGATGCTNGCAACAT-TTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTG----TGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CATT--TGATTGGCTGAG-CACAC-TGA-A-------TGG--TTTA--TTCTAaatgcttgatgtcttgtagaatgtacccgatgacgtagc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAA--TATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGA--TATAATTTACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACTTGTTAAGTACATG-TACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTA-AGAGTTAG---TATT-TC-TGACACA---AATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG-TACTTTCCAAATGTTGCGGTTTCATA-AA-----AAAATA-GGATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACAC-TGGAAA-AT--TTAATTTATA--TTGTATAAT--GTAAC-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTT-GACAAGCAAAGACAG---CACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCG-TG-TTACCTTAATTATAAA-TCT--TCTCTATGCAAAAGAAAAATA-A--AT----AG-ATAAAACATGCATAAT-AAGATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTT-CCAC--TTGGTGACGATAT--AAGA-CGT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAG-CGA--TATAATTTACG-----AA--ATAATGGCAAA--TCATGATGCTTGGAAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA--TGG-AA-GG--TTA---TACA--TTATTT------TA-C-TTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-----------ACAAC-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACAC----------------AAACAT-AAATGGC--AAAATTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAA--GATCATGTGCG-----AA--ATAATGGTATA--TCAAG-TATTTGAGACAT-TTGTGGTTTCATT--ATAAA---AAT-------TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAG--T--ATA--TTGTATAAC--GTAACTTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAAGCNAAGACGGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTNCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACATTC-TTAAACGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAGCCGATATCATN--TGCGA-----A--ATAATGGCANAT-TCANGATGCTNGCAACAT-TTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTG----TGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACACTGGAAA-T--TTAA--T--ATA--TTGTATAAT--GTA-CTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGA-TAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATTC-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGATATAATT--TACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACTTGTTAAGTACATGTACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTA-AGAGTTAG---TATT-TC-TGACACAA---ATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG-TACTTTCCAAATGTTGCGGTTTCATA-AAAA-----AATAGG-ATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACACTGGAAAAT--TTAA--TTTATA--TTGTATAAT--GTAACTTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTG-ACAAGCAAAGACAGC---ACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGT-GTT-ACCTTAATTATAAATCTT--CTCT-ATGCAAAAGAAAAATA-AA--T----AGA-TAAAACATGCATAATAA-GATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTT-CCAC--TTGGTGACGATAT--AAGAC-GT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATTC-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAG-CGATATAATT--TACGA-----A--ATAATGGCAAA--TCATGATGCTTGGAAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA-TGGAAG-G--TTA---T--ACA--TTATTT------TA-CTTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-ACAA----------C-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACACA---------------AACAT-AAATGGC--AAAATTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAAGATCATG--TGCGA-----A--ATAATGGTATAT--CAAG-TATTTGAGACAT-TTGTGGTTTCATT-A-------TAAAA---AT-TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taatttcatCGATATCATA--TGAAA-----A--ATAATGGTATA--TCAAG-TATTGGCAACTT-TTGCTGTTGCATT-tgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-5850 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGNTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAG--TATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTNCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-T-C-TTAAACGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAGCCGA--TATCATNTGCG-----AA--ATAATGGCANAT-TCANGATGCTNGCAACAT-TTGCTGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTG----TGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATT-CCA--TTT-TTCTTGTAACACGC--CATT--TGATTGGCTGAG-CACAC-TGA-A-------TGG--TTTA--TTCTAaatgcttgatgtcttgtagaatgtacccgatgacgtagc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATT-G-A--TTT-AT-TTGCAATACGC--AATT--TC-TTGCGTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAA--TATA--TTGTATAAT--GTA-C-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTTGGACAAGCAAAGACAGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AG-ATAAAACATGCATAATAAAGATACGGTTA-----ATTGAC--TTTTTCCCACCTTTGGTGACGATACTGAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TCATGA-ACAGCCGA--TATAATTTACG------C--ATAATGGCAAAT-TCATGATGCTGG-AAGAT-TTG-TGTTTCATT-GATGTATGTAATATGTATCTT-CACTATGATTGAAAAAATGC-TTGATCCG--T--AT-AAAGCATAAaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACTTGTTAAGTACATG-TACATGAAACAT--AAGCATACAGCGTTA-AGAGTTAG---TATT-TC-TGACACA---AATTTTTTAATTGTGAGAAAAA--ACAATGGTAGATATCAAG-TACTTTCCAAATGTTGCGGTTTCATA-AA-----AAAATA-GGATTTTGCTCT-----TGGGAATTTGCGTTGATCCGCCCCAATCAAAAC
gi|4                          : ggacttgtttaattatttgtaacactcagtatgattgcctgaaaacagattaggaaacatacattattctgtatcattcattatattcatgtaccatctgaatatgacatatccttcataaacccaaaacggcactactttcttaattagaaaaaaagcattgatcaccattaagttgtaggattccatataaggatgaaaatacaacagaaatgaaaacgtgtacaataacatactttcgttaaacaaggcttatgtttttattttttcaaaaaaCTGTAATTA-TCGTTTAATAATTTG-A--TTTTAT-TTGCAATACGC--AATT--TCATTGCGTGAG-CACAC-TGGAAA-AT--TTAATTTATA--TTGTATAAT--GTAAC-TTCTTATGGAAACACGC--CCCCTT-GACAAGCAAAGACAG---CACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCG-TG-TTACCTTAATTATAAA-TCT--TCTCTATGCAAAAGAAAAATA-A--AT----AG-ATAAAACATGCATAAT-AAGATACG-TTA-----ATTGAC--TTTTT-CCAC--TTGGTGACGATAT--AAGA-CGT-T-CATTTTCTTACTTGT-AAGTATACATT-C-TTAAATGTTAAAACAT-CAATGGTGAAAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAG-CGA--TATAATTTACG-----AA--ATAATGGCAAA--TCATGATGCTTGGAAGAT-TTGCTGTTTCATTAGATGTATGTAATcctgaggacc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                       aatgatcatgttttaatccaccgccttgcatttgacaccagagaacaaTAATT-T-AATTTT-AT-TTGTAACTTGT--AATA--TGATTGGCTGAAACAGA--TGG-AA-GG--TTA---TACA--TTATTT------TA-C-TTGGACTGGGAACACGCAATTCCTTG-----------ACAAC-CCATTTACAT--G-----ACAGCAC-------TAAT--AATTAAAAGTTGTAGTTCTT-TG-AAATGGAAAATC-AA--T----GGAATATAACATGTACAATAAA-ATACTTTTG-----TTTGACAATTTTTGTTTTGTTTAGTCA-GA----GAAGAAAGTATATATTTTCTTACTTGT-AAGCACAC----------------AAACAT-AAATGGC--AAAATTTGA-GTATC-TC-TGATACA-CCAA--GATCATGTGCG-----AA--ATAATGGTATA--TCAAG-TATTTGAGACAT-TTGTGGTTTCATT--ATAAA---AAT-------TT-CACT-----TGGGAGATTGC-TTGACCCACCT--ATCAAAGCACAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       accgtaatttcaattttatttggcc--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGCTGAA-CACAC-TGA-AA-ATAATTAGTTTATA--TTCTCTAAC--ATAAT-TTGGTATGGga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatttcatCGA--TATCATATGAA-----AA--ATAATGGTATA--TCAAG-TATTGGCAACTT-TTGCTGTTGCATT-tgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|7                          :                                  taatttcattttatttgcaacacgcaatttcattggctgaacacactgaaaataattagtttatattctctaacataatttggtatggtgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaaTC-AT-TTGTAACAC--------------TAGTTGAG-CAAAC-TGT-AA-ATATTTAG--TTTAAATTGTATAATATGTAAC-TTGGTATGGGGCAATGC--CCCCTT-GACAAACCAAGATGGCACCAacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tactaATATTTT-----TTGT-ATGTACACA---------------AAACAC-TAATGGTA-AAAATTCAATACAAAATC-TTATACAAC-GA--TATCATATGTG-----AA--ATCATGGCATAG--CAA-ATACTAACAACGT-TTGCTGTTTCAT------TATAAAATATAT---TT-CATTG----GGGGattgttttaaattcactttgcagaactgttaaattgttaggccttgtattgtatgaaattgtaaatcaacaaattaaatgtgtgctcaaaaatactttctgtcagacaaagttgttccatttgaaacaaaacacatatattctcttaagtaacaatacacaaaacacc


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finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTGTAATTAATCGTTTAATAATTTG-A--TTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TNATTGGNTGAG-CACAC-TGG-AA-AT--TTAG--TATA--TTGTATAAC--GTAAC-TTGNTATGGGAACACGC--CCCCTTGGACAAGCNAAGACGGC-CCACT-ACATTTGTAATCGCAGCACCGTTGTTTACTTTAATTATAAATTCT--TTCTTATGCAAAAGAAAAATA-AACAT----AGAATAAAACATGCATAATAAAGATACGNTTA-----ATTGAC--TTTTTNCCACCTTTGGTGAGAA----GAAGACCGT-TACATTTTCTTACTTGT-AAGTACACA-------AAACGTTAAAACAC-CAATGGTG-AAAATTAAA-ACATT-TC-TGATACAC-CGA--TATCATNTGCGAA-------ATAATGGCANATCAAG---TGCTNGCAACAT-TTGCTGTTTCATTATAAAATGNATTTCACTT--------------TGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CGCTGAAACAAATAGGGATCATACATTATTTTGCATAAAGAAACATTATTTGGGACTTACCCTTTAACAACCAAAGATGGCACTACTATGTTGAGCAAAAACAGACAACATCGCAAATCCGTTACATTGTAGGCCATCTATGAAGAAAATCAAAGGAATAAAACGAGTTCAATAAAATATATTTGTTAGACAATTTTTGTCTTGTTTTGTCACGAAAGACT
Unaligned ( gi|14 ): ATCGGTGGGTTCACTTTTGATTCATATCGCAGCACTATTACATTGTAGGCGTTCCATGAAATAAAAATCCACAGAATCAAGCGTGTACAGTAAGATATTTATGTTAGAAAGATTGTTT
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCCCCTATCAAAGCACAAATGTGTCATGTCTTACAAAATGTCCCACATGATATGCATAGTTCCA
Unaligned ( gi|18 ): GATGATCAAATGCACTGTTTTGCACACTTGGTATTCCAAACATCGCTGTGCAATATGTATAAAAT






Alignments
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Reference ( family-5850 )     :                                                                              CTGTAATTAATCGTTTAATAATTTGATTT-AT-TTGCAACACGC--AATT--TNATTGGNTGAG-CACA--C-T-GGAA-A-T-----TTA----G--T--AT-----A--TTGTAT-AAC--GTA--A-CTTGN-TATGGGAACACGC--CCC-CTTGGACAAGCNAAGACGGC-CCACT-ACATTTGTAA-------TCGCA------GCACCGTTGTTTACT-TTAA-TTATAA-ATTCT--T---TCTTATGCAAAAGA--AAAATA-AACAT----AGAAT-AAAACATGCATAAT-AAAGATACGNTTA-----ATT------GAC------TT-T-TTNCCACCTTTGGTG--A-GA-A----GAAGAC-CGT-TACATTTTCTTACTTGTA--AGT----ACACA-----AAACGTTA-AAACAC-CAATGGTGAAAA-TTAAA-ACATT-TC-TGATACA-CCGATATCATN--TGCGA-----A--ATAATGGCANA-T--CAAG-TGCTNGCAACAT-TTGCTGTTTCAT-------TATAAAAT-GNAT-TT-CACT----TTGGGAAATTGC-TTGATCCGCCT--ATCAAAGCACAA
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gi|6                          :                                                                       accgtaatttcaattttatttggccTAATTTCATTTTAT-TTGCAACACGC--AATT--TCATTGGCTGAA-CACA--C-T-GAAA-A-TAA---TTA----GTTT--AT-----A--TTCTCT-AAC--ATA--A-TTTGG-TATGGga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTATA--------TTGCA------GCACTGTTG---------AG-TTGTAC-GTC----T---TCT-AT-CAAACTG--AAAATC-AA--T----AGAAT-TTAACGTGTGCAAT-GAA-ATATTTTTG-----GCTA-----GACAAAACGTG-T-TT--CAC----GATGTCA-GA-C-----AAGAC-ATG-TATATGAT---ACTTGTA--AGTTAGTACACA-----AAA---TACGAACA---------GAAAA---------------------CA-ACGATATCATA--TGAAA-----A--ATAATGGTATA-T--CAAG-TATTGGCAACTT-TTGCTGTTGCAT-------TACAAAtgtcactttttaaaattttatattgcagcactgttgagttgtacgtcttctatcaaactgaaaatcaatagaatttaacgtgtgcaatgaaatatttttggctagacaaaacgtgtttcacgatgtcagacaagacatgtatatgatacttgtaagttagtacacaaaatacgaacagaaaacaacgatatcatatgaaaaataatggtatatcaagtattggcaacttttgctgttgcattacaaatttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|7                          : taatttcattttatttgcaacacgcaatttcattggctgaacacactgaaaataattagtttatattctctaacataatttggtatggtgtcactttttaaaatTC-AT-TTGTAACAC--------------TAGTTGAG-CAAA--C-T-GTAA-A-TAT---TTA----G--T--TT-----AAATTGTAT-AATATGTA--A-CTTGG-TATGGGGCAATGC--CCC-CTT-GACAAACCAAGATGGCACCAAT--TGTTT-TAAATTCACTTTGCA------GAACTGTTA---------AA-TTGTTA-GGCCT--TGTATTGTATG-AAATTG--TAAATC-AACA-------AAT-TAA--ATGTGTGCTCAAAAATACTTTCT-----GTCA-----GACAAA---GT-T-GTTCCA--TTTG-------AA-A----CAAAACACA--TATATTCTCTTAA--GTAACAAT----ACACA-----AAACtttaacatagttctatactcctattacatcacaaga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tactaATATTTT-----TTGTA--TGT----ACACA-----AAAC---------AC-TAATGGTAAAAA-TTCAATACAAAATC-TTATACA-ACGATATCATA--TGTGA-----A--ATCATGGCATA-G--CAAA-TACTAACAACGT-TTGCTGTTTCAT-------TATAAAAT-ATAT-TT-CA------TTGGGacc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CGCTGAAACAAATAGGGATCATACATTATTTTGCATAAAGAAACATTATTTGGGACTTACCCTTTAACAACCAAAGATGGCACTACTATGTTGAGCAAAAACAGACAACATCGCAAATCCGTTACATTGTAGGCCATCTATGAAGAAAATCAAAGGAATAAAACGAGTTCAATAAAATATATTTGTTAGACAATTTTTGTCTTGTTTTGTCACGAAAGACT
Unaligned ( gi|14 ): ATCGGTGGGTTCACTTTTGATTCATATCGCAGCACTATTACATTGTAGGCGTTCCATGAAATAAAAATCCACAGAATCAAGCGTGTACAGTAAGATATTTATGTTAGAAAGATTGTTT
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCCCCTATCAAAGCACAAATGTGTCATGTCTTACAAAATGTCCCACATGATATGCATAGTTCCA
Unaligned ( gi|18 ): GATGATCAAATGCACTGTTTTGCACACTTGGTATTCCAAACATCGCTGTGCAATATGTATAAAAT