lowQualScore : 2222222222222 11111111 2222222 222222222 111111 55555555555555555555555 111 55555555555555555555555 2222222222 1111 1111 11111 33333333333333333333333333333333 111 111 1111 444444444444444444444444444444444 1 222222222 1 11
lowQualScore : 4 4 4 2222222222222 4 4 3 3 4 4 66666666 66 0000000 2 111111111 444444 2 55555555555555555555555 5 66 333 2 66 99999999999999999999999 5 7777777777 4 4 4 777 4 1111 0 66 5 4 8888888 777 1 5 5 5 66 66 888 5 0000 22222 11111111111111111111111111111111 6 99 000 5 111 5555 77 999999999999999999999999999999999 6 3 000000000 6 99 6 7 3 6 44
lowQualScore : . . . ............. . . . . . . ........ .. ....... . ......... ...... . ....................... . .. ... . .. ....................... . .......... . . . ... . .... . .. . . ....... ... . . . . .. .. ... . .... ..... ................................ . .. ... . ... .... .. ................................. . . ......... . .. . . . . ..
lowQualScore : 0 0 0 0000000000000 0 0 6 6 0 4 22222222 11 6666666 8 555555555 444444 0 55555555555555555555555 0 99 888 2 99 22222222222222222222222 0 6666666666 4 4 4 333 4 6666 8 11 7 4 2222222 666 1 0 0 0 99 99 888 0 6666 55555 55555555555555555555555555555555 7 22 000 7 666 7777 99 555555555555555555555555555555555 7 3 777777777 7 22 7 3 3 7 55
consensus : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCT-------------CATA-TTGCAT-T-AAACAAC-ATAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACAATGTCA--------TACA------AAGAAT-TC-----AAGC-ATTG---TG-CA-TTG--CA---AGAGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGT-----GA-C-TCTCT-TATGA-A-T-TAC-ATT--T-ATAAAT--TTGGTT-A--GAT--TA--TTCAAAAT-A-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAA----TAA-----ATN----A-AA---AT-TTT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTG-TAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA-A--AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTCC-CCACAT
Reference ( gi|2 ) : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCT-------------CATA-TTGCAT-T-AAACAAC-ATAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACAATATCA--------TATA------AAGAAT-TC-----AAAC-ATTG---TG-CA-TTA--CA---AGAGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGT-----G--C-TCTCT-TATGA-A-T-TAC-ATT--T-ATAAAT--TTGGTT-A--AAT--TA--TTCAAAAT-A-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAA----TAA-----ATC----A-AA---AT-TTT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTG-TAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA-AC-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATCT-CCACATAC
gi|7 : CCAATT-CAATT-C-AATTTATTCT-------------CATA-TTGCAT-T-AAACAAC-ATAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACGATATCA--------TATA------AAGAAT-TG-----AAAC-AT-----TG-CA-TTA--CA---AGAGCG--TA------TAG-TC-T-T--CATTTCTTTAAC-CTGGAAGGGT-----GA-C-TCTCT-TATAA-A-T-TAC-A--------------TTG----A--AA----A--TTCAAAAT-A-GATA-C--TTT--TTTACA---AGA-AAA----TAA-----AT
gi|1 : CAATTTCAATT-C-AGTTTATTCTCAGTTTTTTCTTCCATATTTGCATAT-AAAAAACAATAGAAGA-AT-G-----ATTCA-------TACAAC-TCACTTGCATGTATATTAAGTAAAAATATC-----AAGCAATTG---GG-CATTTA--CAAGTAGGGCG--TAGATGTTTATGTC-T-A--CA-ATTTTTAACGCTGGAAGGGTG----G--C-TCTCT-TATGA-ATT-TAC-ATTTAT-ATAAGT--TTGATT-ACTAAT--TATGTTCAAAAT-ATGATAGC--TTT--TTTACA---TAATAAATAATTAA-----ATCATAAA-AA---ATACTT---TTATGAGGC--ATTGTGG--TCT---TTTTGTTAT-A-TTTAG--TA--GGTAA-------AAC-----------T-AT-CAT-----T-AAA-GGCTGGTACGC-A-AACGATT-AT--GTTAATGTAAA-TTCATCTGCTACAacac
gi|14 : cttcaattCAATT-CAATT-C-AATGTATTCT-------------CATA-TTGCGT-T-AAACAAC-ATAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACAATATTA--------TACA------AAGAAT-TC-----AAatatactatttatcataaagtcactatcgctccctcacc
gi|8 : catgCAATT-CAATTTC-AGTTTATTCT-------------CATA-TTGCAC-T-AAACAAC-AGAG-AGA-A--G-----AT--ACAACATATACAATGTTA--------TACA------AAGAAT-T---------------------CA-TGG--CA---AGAA-----A-----TT-GTT----------------------GGAAGGGT-----G--A--CTCT-TGTGA-A-T-ACC-TTT--T-ATGGAT--TTGGTA-A--GAT--TA--CGCCTTAT-A-GATA-T--CTT--TTTAAA---TGT-AAA----CAA-----ATtc
gi|16 : ttCAATT-CAATT-CCAATTTATTCT-------------CATA-TTGCAT-T-AAACAAC-A
gi|17 : ttcacctgatCAATT-CAATT-C-CGTTTATTCT-------------CATA-TTGCAC-C--AACAAC-ATAG-
gi|10 : tTT-CAAGT-C-AGTTCATTCT-------------CATA-TTGCTC-T-TAGCAAC-ATAG-AGATA--ATATGCAT--A-------TACAATGTTA--------AACA------AAGAGT-TCGGTTGATGC-A--G---TG-CA-TTG--CA---TGAGTA--TA------AAGTACAT-AATCATTGTTTTGAC-CTGGGAG
gi|15 : cTT-CAGTT-C-AGTTTGTCTT-------------CATA-TTGCAA-T-AAACATC-ATAG-AAA-A--T-----AC--A-------TA
gi|11 : gT-CAATT-C-AATTTATTCT-------------CATA-TTGAAT-T-AAACAAC-ACAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACAATAGTA--------TACA------AAGA----------------------------TTG--CC---AGAGTG--TA-----C-AGT-C-T-A--CATTGTTTTAAC-CTGGAt
gi|3 : T-CAGTT-C-AATTTATTCT-------------CGTA-CTG-AT-CAAAATAAC-ACAG-AAA-AGTG-----AT--ACC-----TACAAAGTC-----------TA------A-------C-----AATC-AATGTAATG-CA-ATG--CA---AGAATG--TA------CAGTTTATGA--TGTTGTTTTAAC-TAGGAAAGGTAACTCG--C-TCTCG-TGTGA-A-T-GTT-ATT--A-ATA------------A--GAT--TA--CT---------GATA-CATCTT--TTTACA---TGG-AAA----T--------TG----G-A-------TTT---TTAGAA--CAGACC-TGA--TCT---GCTT--------------------GTAAA-----T-ACATTTT--TA-AA-AT-TTC-----TCTAAGAGCGG---AAC-A-AGTCATA-AT--A-TAATG-AAA-CT-ACCC-CC
gi|5 : -AAACAAC-ATAG-AGA-A--G-----AT--A-------TACAATATCA---------ATA------AAGAAT-TC-----AAAC-ATT----TGCCA-TTATGCAC--AGAGCGTATA-----TTA-------A--CA-TTTTTTAA--CTGGAAGGGG-----A--C-TCTCT-TATGA-A-T-TCA-ATTG-T-ATAAAT--TTGGTTAA--AAT--TA---TCAAAAT-A-GATA-C--TTTTCTTTACA---TGT-AAA----TAA-----ATC----A-AA---AT-TTTTCGTTATGA--C--ATT-T-G--TCT---TTTTG-TAT-AGTTTAG--TA--GGTAAA-----
gi|12 : ---TG-CA-TTA--CA---AGAGCG--TA-----T-AGT-C-T-A--CATGTTTTTAAC-CTGTAAGGGT-----G--AATCTCT-TATGA-A-T-TGC-ATT--T-ATAAAT--TTGGTT-A--GAT--TA--TTCAAAActa
gi|4 : atGAAGAGT-----GACC-TCTTTCTGTGATA-TATACCATT--TTATGAAT--T-GGTT-A--G-TGATA--CTCAAA-T-A-GATA-C--CTT--TTTACACTCTGA-AAA----TAACATTTATA----A-AAGATAT-TGT---TAAT--------TT-TGG--TGTAACTTTTG-TATAA-TTTAGT-TATCGGTAAATG---TAAAATTTTACTA-A--AT-TTCGAGCTT-TAATAGCTG---CACTATATCCATT-ATTAG-TAATGCAAA-TTCGT
gi|6 : aactAGGGT-----GA-C-TCTCT-TATGA-A-T-TAC-ATA--T-TTAAATATTTGGTT-A--A-T--TA--TTCAAAACCA-GATA-C--TTT--TT-ACA---T-A-AAA----TAA-----ATA----AGAA---AT-T-------AT-A--C--ATT-TGGATCCT---TTTTG-TATAA-TTTA---TA--GGTAAA-----TAACA-TTT-CTAGACAATACAC-----T-TAA-AGCTG---CAC---AACCATTAAT--G-T-ATG-AAA-TCCATGC-CTATATtgcctatatcattcttacataagtacgtattctc
gi|9 : actg-TATGA-A-T--AC--TT--T-ATAAAT--TTG-TT-A--AAT--TA--TC--AAAT-A-GAGT-C--TTT--TTTACA---TGA-AA-----TAA-----ATC----A-AG---AT-TGT---TTATGAACC--ATT--GG--TCT---TTTTG-TAT-A-TTT-GTTTA--GGTAAAATTTTTAACA-TTT-ATA----AT-TA------T-TAA-AGCTG---C-----AACCATT-AT--G-T-ATG-AAAGTTCATCG-CCcatttttacgataaatacatattccctta
gi|13 : ---TTTTG-TAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAAAATTT--CTA-AT-TT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-G-AATCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTtt
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 2222222222 1111111111 3333333333333333 444444444444444444 1111111 11111 2222222 11111111111111 1111111 1 11 2222222222222222222222222222222222 1 111 111 1 111
lowQualScore : 3 3 3 0000000000000 3 3 3 3 4 4 6666666666 55 55 9999999999 2 2 9999 4 5555555555555555 4 66 4 4 777 0 66 555555555555555555 2 1 4 4 66 99 4 2222222 4 4 55 0 1 4 44444 555 4 4 4 777 66 777 4 5555555 1 5 77777777777777 8888888 5 77 888 5 0 5 0 11 66 5555555555555555555555555555555555 5 1 000 0 555 5 77 5 5 1 5 1 555
lowQualScore : . . . ............. . . . . . . .......... .. .. .......... . . .... . ................ . .. . . ... . .. .................. . . . . .. .. . ....... . . .. . . . ..... ... . . . ... .. ... . ....... . . .............. ....... . .. ... . . . . .. .. .................................. . . ... . ... . .. . . . . . ...
lowQualScore : 6 6 6 0000000000000 6 6 3 3 0 0 6666666666 55 55 4444444444 7 2 4444 4 4444444444444444 4 11 4 4 888 9 11 777777777777777777 0 7 4 4 11 55 0 4444444 0 0 55 7 6 0 99999 999 0 4 4 666 11 888 4 6666666 0 7 77777777777777 1111111 7 99 888 0 0 0 1 99 99 7777777777777777777777777777777777 7 4 000 1 000 7 99 7 0 4 7 4 333
consensus : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-C-CCATAT
Reference ( family-565 ) : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTC-C-CCACAT
gi|1 : CAATTTCAATT-C-AGTTTATTCTCAGTTTTTTCTTCCATATTTGCATAT-AAAAAACAATAGAAGA-AT-G-------ATTCA--TACAACTCACTTGCATGT-ATATTAAGTAAAAATATC-----AA-GCAATTGGG-CAT--TTACA-AGTAGGGCG--TAGATGTTTATGTC-T-A--CAATTTTT-AACGCTGGAAGGGTGGC-T--CTCT--TATGA-AT-TTAC--ATT-T-ATATAAGTTTGATT-ACTA--ATTATGTTCAAAA-TATGATAGC--TTT--TTTACA---TAATAAATAATTAAATCATAA-AA---AATACTT---TTATGAGGC--ATTGTGG--TCT---TTTTGTTAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA---------ACT-----------AT-CAT-----T-AAA-GGCTGGTACGC-A-AACGATT-AT--GTTAATGTAAA-TTCATC-TGCTACA
gi|10 : cttcaattTT-CAAGT-C-AGTTCATTCTCA-------------TATT-GCTC-T-TAGCAACA-TAGA-GATA--ATATGC--AT--A--TACAA----------TGTTAAACAAAG----AGT-TCGGTTGAT-GCA---GTG-CAT--T-GCA-TG---AGTA--TA------AAGTACAT-AATCATTGTTTTGAC-CTGGGAGatatactatttatcataaagtcactatcgctccctcacc
gi|11 : cT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GAAT-T-AAACAACA-CAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TAGTATACAAAG-----------------------------AT--T-GCC-AG---AGTG--TA------CAG-TC-T-A--CATTGTTTTAAC-CTGGA
gi|12 : TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----T-AGT-C-T-A--CATGTTTTTAAC-CTGTAAGGGTGAA-T--CTCT--TATGA-AT-T-GC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-
gi|13 : at---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAAAA-TTT-CTA---ATTT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-G-AATCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTTGC-CTATAT
gi|14 : CAATT-CAATT-C-AATGTATTCTCA-------------TATT-GCGT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATTATACAAAG----AAT-TC-----AA-
gi|15 : catgTT-CAGTT-C-AGTTTGTCTTCA-------------TATT-GCAA-T-AAACATCA-TAGA-AA-A--T-------AC--A--TAtc
gi|16 : gCAATT-CAATT-CCAATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-t
gi|17 : ttcacctgatCAATT-CAATT-C-CGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-C--AACAACA-TAG
gi|2 : tCCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCATATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TTGTG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTG-C-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--A--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---ACAT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-T-CCACAT
gi|3 : T-CAGTT-C-AATTTATTCTCG-------------TACT-G-AT-CAAAATAACA-CAGA-AA-AGTG-------AT--ACCTACAA----------AGTCTAACAA----------TC-----AATGTA---ATG-CAA--T-GCA-AG---AATG--TA------CAGTTTATGA--TGTTGTTTTAAC-TAGGAAAGGTAAC-TCGCTCTCGTGTGA-AT-G-TT--ATT-A-ATA------------A--G--ATTAC--T---------GATA-CATCTT--TTTACA---TGG-AAAT----------TGG-A------T--TT---TTAGAA--CAGACC-TGA--TCT---GCTT--------------------GTAAA-----T-ACATTTT-TAA---A-AT-TTC-----TCTAAGAGCGG---AAC-A-AGTCATA-AT--A-TAATG-AAA-CT-ACC-C-CCac
gi|4 : GAAGAGTGACCT--CTTTC-TGTGATATAT-ACC-ATT-TTATG--AATT-GGTT-A--GTGAT-AC--TCAAA--TA-GATA-C--CTT--TTTACACTCTGA-AAATAACATTT--ATAA-AAGATATT--GT---TAAT--------TT-TGG--TGTAACTTTTGT-ATAA-TTTAGT-TATCGGTAAATG---TAAAATTTTACTA---A-AT-TTCGAGCTT-TAATAGCTG---CACTATATCCATT-ATTAG-TAATGCAAA-TTCGTTGC-CTATAT
gi|5 : aact-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCA-ATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TT-TGCCATTAT-GCACAG---AGCGTATA-----TTA-------A--CA-TTTTTTAA--CTGGAAGGG-GAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-CA--ATTGT-ATA--AATTTGGTTAA--A--ATTA---TCAAAA-TA-GATA-C--TTTTCTTTACA---TGT-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TTTCGTTATGA--C--ATT-T-G--TCT---TTTTGT-AT-AGTTTAG--TA--GGTAAA-----cattcttacataagtacgtattctc
gi|6 : AGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-ACATATT-T-AAA--TATTTGGTT-A-----ATTAT--TCAAAACCA-GATA-C---TT--TTTACA---T-A-AAATAA-------ATAAGAA---A---------TTAT-A--C--ATT-TGGATCCT---TTTTGT-ATAA-TTTA---TA--GGTAAA-----TAACA-TTT-CTAGACA-ATACAC-----T-TAA-AGCTG---CAC---AACCATTAAT--G-T-ATG-AAA-TCCATG-C-CTATATcta
gi|7 : actgCCAATT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACGA----------TATCATATAAAG----AAT-TG-----AA-ACA-T--TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA------TAG-TC-T-T--CATTTCTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATAA-AT-T-AC--ATT-G-A-A--A------------------AT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---AGA-AAATAA-------ATcatttttacgataaatacatattccctta
gi|8 : CAATT-CAATTTC-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-T-AAACAACA-GAGA-GA-A--GATACAACAT--A--TACAA----------TGTTATACAAAG----AAT-TC-----A-------TG----------GCA-AG---AA-----A-----TT-GT----------------------TGGAAGGGTGA-----CTCT--TGTGA-AT-A-CC--TTT-T-ATG--GATTTGGTA-A--G--ATTAC--GCCTTA-TA-GATA-T--CTT--TTTAAA---TGT-AAACAA-------ATacac
gi|9 : tt--TATGA-AT---AC---TT-T-ATA--AATTTG-TT-A--A--ATTAT--C--AAA-TA-GAGT-C--TTT--TTTACA---TGA-AA-TAA-------ATCA-AG---ATT--GT---TTATGAACC--ATT--GG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTT-GTTTA--GGTAAAATTTTTAACATT----TAT--A-AT-TA------T-TAA-AGCTG---C-----AACCATT-AT--G-T-ATG-AAAGTTCATC-G-CC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 2222222222 1111111111 3333333333333333 444444444444444444 1111111 11111 2222222 11111111111111 1111111 1 11 2222222222222222222222222222222222 1 111 111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 0000000000000 3 3 3 3 4 4 6666666666 55 55 9999999999 2 2 9999 4 5555555555555555 4 66 4 4 777 0 66 555555555555555555 2 1 4 4 66 99 4 2222222 4 4 55 0 1 4 44444 555 4 4 4 777 66 777 4 5555555 1 5 77777777777777 8888888 5 77 888 5 0 5 0 11 66 5555555555555555555555555555555555 5 1 000 0 555 5 77 5 5 1 5 1
lowQualScore : . . . ............. . . . . . . .......... .. .. .......... . . .... . ................ . .. . . ... . .. .................. . . . . .. .. . ....... . . .. . . . ..... ... . . . ... .. ... . ....... . . .............. ....... . .. ... . . . . .. .. .................................. . . ... . ... . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 6 0000000000000 6 6 3 3 0 0 6666666666 55 55 4444444444 7 2 4444 4 4444444444444444 4 11 4 4 888 9 11 777777777777777777 0 7 4 4 11 55 0 4444444 0 0 55 7 6 0 99999 999 0 4 4 666 11 888 4 6666666 0 7 77777777777777 1111111 7 99 888 0 0 0 1 99 99 7777777777777777777777777777777777 7 4 000 1 000 7 99 7 0 4 7 4
consensus : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
Reference ( family-565 ) : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
gi|1 : CAATTTCAATT-C-AGTTTATTCTCAGTTTTTTCTTCCATATTTGCATAT-AAAAAACAATAGAAGA-AT-G-------ATTCA--TACAACTCACTTGCATGT-ATATTAAGTAAAAATATC-----AA-GCAATTGGG-CAT--TTACA-AGTAGGGCG--TAGATGTTTATGTC-T-A--CAATTTTT-AACGCTGGAAGGGTGGC-T--CTCT--TATGA-AT-TTAC--ATT-T-ATATAAGTTTGATT-ACTA--ATTATGTTCAAAA-TATGATAGC--TTT--TTTACA---TAATAAATAATTAAATCATAA-AA---AATACTT---TTATGAGGC--ATTGTGG--TCT---TTTTGTTAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA---------ACT-----------AT-CAT-----T-AAA-GGCTGGTACGC-A-AACGATT-AT--GTTAATGTAAA-TTCATC-
gi|10 : cttcaattTT-CAAGT-C-AGTTCATTCTCA-------------TATT-GCTC-T-TAGCAACA-TAGA-GATA--ATATGC--AT--A--TACAA----------TGTTAAACAAAG----AGT-TCGGTTGAT-GCA---GTG-CAT--T-GCA-TG---AGTA--TA------AAGTACAT-AATCATTGTTTTGAC-CTGGGAGtgctacaatatactatttatcataaagtcactatcgctccctcacc
gi|11 : cT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GAAT-T-AAACAACA-CAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TAGTATACAAAG-----------------------------AT--T-GCC-AG---AGTG--TA------CAG-TC-T-A--CATTGTTTTAAC-CTGGA
gi|12 : TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----T-AGT-C-T-A--CATGTTTTTAAC-CTGTAAGGGTGAA-T--CTCT--TATGA-AT-T-GC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-
gi|13 : at---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAAAA-TTT-CTA---ATTT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-G-AATCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|14 : CAATT-CAATT-C-AATGTATTCTCA-------------TATT-GCGT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATTATACAAAG----AAT-TC-----AA-
gi|15 : catgTT-CAGTT-C-AGTTTGTCTTCA-------------TATT-GCAA-T-AAACATCA-TAGA-AA-A--T-------AC--A--TAtc
gi|16 : gCAATT-CAATT-CCAATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-t
gi|17 : ttcacctgatCAATT-CAATT-C-CGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-C--AACAACA-TAG
gi|2 : tCCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCATATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TTGTG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTG-C-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--A--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---ACAT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-TCCACAT
gi|3 : T-CAGTT-C-AATTTATTCTCG-------------TACT-G-AT-CAAAATAACA-CAGA-AA-AGTG-------AT--ACCTACAA----------AGTCTAACAA----------TC-----AATGTA---ATG-CAA--T-GCA-AG---AATG--TA------CAGTTTATGA--TGTTGTTTTAAC-TAGGAAAGGTAAC-TCGCTCTCGTGTGA-AT-G-TT--ATT-A-ATA------------A--G--ATTAC--T---------GATA-CATCTT--TTTACA---TGG-AAAT----------TGG-A------T--TT---TTAGAA--CAGACC-TGA--TCT---GCTT--------------------GTAAA-----T-ACATTTT-TAA---A-AT-TTC-----TCTAAGAGCGG---AAC-A-AGTCATA-AT--A-TAATG-AAA-CT-ACC-CCCac
gi|4 : GAAGAGTGACCT--CTTTC-TGTGATATAT-ACC-ATT-TTATG--AATT-GGTT-A--GTGAT-AC--TCAAA--TA-GATA-C--CTT--TTTACACTCTGA-AAATAACATTT--ATAA-AAGATATT--GT---TAAT--------TT-TGG--TGTAACTTTTGT-ATAA-TTTAGT-TATCGGTAAATG---TAAAATTTTACTA---A-AT-TTCGAGCTT-TAATAGCTG---CACTATATCCATT-ATTAG-TAATGCAAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|5 : aact-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCA-ATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TT-TGCCATTAT-GCACAG---AGCGTATA-----TTA-------A--CA-TTTTTTAA--CTGGAAGGG-GAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-CA--ATTGT-ATA--AATTTGGTTAA--A--ATTA---TCAAAA-TA-GATA-C--TTTTCTTTACA---TGT-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TTTCGTTATGA--C--ATT-T-G--TCT---TTTTGT-AT-AGTTTAG--TA--GGTAAA-----cattcttacataagtacgtattctc
gi|6 : AGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-ACATATT-T-AAA--TATTTGGTT-A-----ATTAT--TCAAAACCA-GATA-C---TT--TTTACA---T-A-AAATAA-------ATAAGAA---A---------TTAT-A--C--ATT-TGGATCCT---TTTTGT-ATAA-TTTA---TA--GGTAAA-----TAACA-TTT-CTAGACA-ATACAC-----T-TAA-AGCTG---CAC---AACCATTAAT--G-T-ATG-AAA-TCCATG-CCTATATcta
gi|7 : actgCCAATT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACGA----------TATCATATAAAG----AAT-TG-----AA-ACA-T--TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA------TAG-TC-T-T--CATTTCTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATAA-AT-T-AC--ATT-G-A-A--A------------------AT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---AGA-AAATAA-------ATcatttttacgataaatacatattccctta
gi|8 : CAATT-CAATTTC-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-T-AAACAACA-GAGA-GA-A--GATACAACAT--A--TACAA----------TGTTATACAAAG----AAT-TC-----A-------TG----------GCA-AG---AA-----A-----TT-GT----------------------TGGAAGGGTGA-----CTCT--TGTGA-AT-A-CC--TTT-T-ATG--GATTTGGTA-A--G--ATTAC--GCCTTA-TA-GATA-T--CTT--TTTAAA---TGT-AAACAA-------ATacac
gi|9 : tt--TATGA-AT---AC---TT-T-ATA--AATTTG-TT-A--A--ATTAT--C--AAA-TA-GAGT-C--TTT--TTTACA---TGA-AA-TAA-------ATCA-AG---ATT--GT---TTATGAACC--ATT--GG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTT-GTTTA--GGTAAAATTTTTAACATT----TAT--A-AT-TA------T-TAA-AGCTG---C-----AACCATT-AT--G-T-ATG-AAAGTTCATC-GCC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 2222222222 1111111111 3333333333333333 444444444444444444 1111111 11111 2222222 11111111111111 1111111 1 11 2222222222222222222222222222222222 1 111 111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 0000000000000 3 3 3 3 4 4 6666666666 55 55 9999999999 2 2 9999 4 5555555555555555 4 66 4 4 777 0 66 555555555555555555 2 1 4 4 66 99 4 2222222 4 4 55 0 1 4 44444 555 4 4 4 777 66 777 4 5555555 1 5 77777777777777 8888888 5 77 888 5 0 5 0 11 66 5555555555555555555555555555555555 5 1 000 0 555 5 77 5 5 1 5 1
lowQualScore : . . . ............. . . . . . . .......... .. .. .......... . . .... . ................ . .. . . ... . .. .................. . . . . .. .. . ....... . . .. . . . ..... ... . . . ... .. ... . ....... . . .............. ....... . .. ... . . . . .. .. .................................. . . ... . ... . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 6 0000000000000 6 6 3 3 0 0 6666666666 55 55 4444444444 7 2 4444 4 4444444444444444 4 11 4 4 888 9 11 777777777777777777 0 7 4 4 11 55 0 4444444 0 0 55 7 6 0 99999 999 0 4 4 666 11 888 4 6666666 0 7 77777777777777 1111111 7 99 888 0 0 0 1 99 99 7777777777777777777777777777777777 7 4 000 1 000 7 99 7 0 4 7 4
consensus : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
Reference ( family-565 ) : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
gi|1 : CAATTTCAATT-C-AGTTTATTCTCAGTTTTTTCTTCCATATTTGCATAT-AAAAAACAATAGAAGA-AT-G-------ATTCA--TACAACTCACTTGCATGT-ATATTAAGTAAAAATATC-----AA-GCAATTGGG-CAT--TTACA-AGTAGGGCG--TAGATGTTTATGTC-T-A--CAATTTTT-AACGCTGGAAGGGTGGC-T--CTCT--TATGA-AT-TTAC--ATT-T-ATATAAGTTTGATT-ACTA--ATTATGTTCAAAA-TATGATAGC--TTT--TTTACA---TAATAAATAATTAAATCATAA-AA---AATACTT---TTATGAGGC--ATTGTGG--TCT---TTTTGTTAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA---------ACT-----------AT-CAT-----T-AAA-GGCTGGTACGC-A-AACGATT-AT--GTTAATGTAAA-TTCATC-
gi|10 : cttcaattTT-CAAGT-C-AGTTCATTCTCA-------------TATT-GCTC-T-TAGCAACA-TAGA-GATA--ATATGC--AT--A--TACAA----------TGTTAAACAAAG----AGT-TCGGTTGAT-GCA---GTG-CAT--T-GCA-TG---AGTA--TA------AAGTACAT-AATCATTGTTTTGAC-CTGGGAGtgctacaatatactatttatcataaagtcactatcgctccctcacc
gi|11 : cT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GAAT-T-AAACAACA-CAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TAGTATACAAAG-----------------------------AT--T-GCC-AG---AGTG--TA------CAG-TC-T-A--CATTGTTTTAAC-CTGGA
gi|12 : TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----T-AGT-C-T-A--CATGTTTTTAAC-CTGTAAGGGTGAA-T--CTCT--TATGA-AT-T-GC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-
gi|13 : at---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAAAA-TTT-CTA---ATTT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-G-AATCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|14 : CAATT-CAATT-C-AATGTATTCTCA-------------TATT-GCGT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATTATACAAAG----AAT-TC-----AA-
gi|15 : catgTT-CAGTT-C-AGTTTGTCTTCA-------------TATT-GCAA-T-AAACATCA-TAGA-AA-A--T-------AC--A--TAtc
gi|16 : gCAATT-CAATT-CCAATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-t
gi|17 : ttcacctgatCAATT-CAATT-C-CGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-C--AACAACA-TAG
gi|2 : tCCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCATATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TTGTG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTG-C-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--A--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---ACAT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-TCCACAT
gi|3 : T-CAGTT-C-AATTTATTCTCG-------------TACT-G-AT-CAAAATAACA-CAGA-AA-AGTG-------AT--ACCTACAA----------AGTCTAACAA----------TC-----AATGTA---ATG-CAA--T-GCA-AG---AATG--TA------CAGTTTATGA--TGTTGTTTTAAC-TAGGAAAGGTAAC-TCGCTCTCGTGTGA-AT-G-TT--ATT-A-ATA------------A--G--ATTAC--T---------GATA-CATCTT--TTTACA---TGG-AAAT----------TGG-A------T--TT---TTAGAA--CAGACC-TGA--TCT---GCTT--------------------GTAAA-----T-ACATTTT-TAA---A-AT-TTC-----TCTAAGAGCGG---AAC-A-AGTCATA-AT--A-TAATG-AAA-CT-ACC-CCCac
gi|4 : GAAGAGTGACCT--CTTTC-TGTGATATAT-ACC-ATT-TTATG--AATT-GGTT-A--GTGAT-AC--TCAAA--TA-GATA-C--CTT--TTTACACTCTGA-AAATAACATTT--ATAA-AAGATATT--GT---TAAT--------TT-TGG--TGTAACTTTTGT-ATAA-TTTAGT-TATCGGTAAATG---TAAAATTTTACTA---A-AT-TTCGAGCTT-TAATAGCTG---CACTATATCCATT-ATTAG-TAATGCAAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|5 : aact-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCA-ATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TT-TGCCATTAT-GCACAG---AGCGTATA-----TTA-------A--CA-TTTTTTAA--CTGGAAGGG-GAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-CA--ATTGT-ATA--AATTTGGTTAA--A--ATTA---TCAAAA-TA-GATA-C--TTTTCTTTACA---TGT-AAATAA-------ATCA-AA---ATT--TTTCGTTATGA--C--ATT-T-G--TCT---TTTTGT-AT-AGTTTAG--TA--GGTAAA-----cattcttacataagtacgtattctc
gi|6 : AGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-ACATATT-T-AAA--TATTTGGTT-A-----ATTAT--TCAAAACCA-GATA-C---TT--TTTACA---T-A-AAATAA-------ATAAGAA---A---------TTAT-A--C--ATT-TGGATCCT---TTTTGT-ATAA-TTTA---TA--GGTAAA-----TAACA-TTT-CTAGACA-ATACAC-----T-TAA-AGCTG---CAC---AACCATTAAT--G-T-ATG-AAA-TCCATG-CCTATATcta
gi|7 : actgCCAATT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACGA----------TATCATATAAAG----AAT-TG-----AA-ACA-T--TG-CAT--T-ACA-AG---AGCG--TA------TAG-TC-T-T--CATTTCTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATAA-AT-T-AC--ATT-G-A-A--A------------------AT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---AGA-AAATAA-------ATcatttttacgataaatacatattccctta
gi|8 : CAATT-CAATTTC-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-T-AAACAACA-GAGA-GA-A--GATACAACAT--A--TACAA----------TGTTATACAAAG----AAT-TC-----A-------TG----------GCA-AG---AA-----A-----TT-GT----------------------TGGAAGGGTGA-----CTCT--TGTGA-AT-A-CC--TTT-T-ATG--GATTTGGTA-A--G--ATTAC--GCCTTA-TA-GATA-T--CTT--TTTAAA---TGT-AAACAA-------ATacac
gi|9 : tt--TATGA-AT---AC---TT-T-ATA--AATTTG-TT-A--A--ATTAT--C--AAA-TA-GAGT-C--TTT--TTTACA---TGA-AA-TAA-------ATCA-AG---ATT--GT---TTATGAACC--ATT--GG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTT-GTTTA--GGTAAAATTTTTAACATT----TAT--A-AT-TA------T-TAA-AGCTG---C-----AACCATT-AT--G-T-ATG-AAAGTTCATC-GCC
blockSeqs : . T C . . . A . . T GATACAAC . CC . T A . . GGTTGATGCAGT C TA . C . TA AAGTACATAAT T G . C CG CG T ATACC G T . G A GTG T C . . ATC TC CTC . CATTT C G AGATATTGT AACAG . AT AAC . A G TT TC TGTAAAATTTTACTAAATTTCGAGCT C G . TAT A TA . A C G G
blockSeqs : . . . . . . . . . . ATATGC . . . T T . . AAACATTGT . . . . . . CAGTTTATGA T G . . . C . TACAT . . . G . G T . . . T . . . . G . AATTTTTCG GAACC . . . . A . T . TAACATTTCTAGACAATACAC . T . G . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . GTG . . . T T . . AATGTAAT . . . . . . TTAGTTCTA T T . . . . . TGC . . . G . A C . . . C . . . . A . AATTTT GAC . . . . . . . . ATTTTTAACATTTATAATTA . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . C T . . AAACATTT . . . . . . CAGTCTA T T . . . . . TAC . . . G . G C . . . T . . . . C . GATTGT GAC . . . . . . . . TAACATTTTCTAACATCAC . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . C A . . AAACATT . . . . . . TAGTCTA T G . . . . . GTT . . . G . A T . . . T . . . . A . TTT AC . . . . . . . . TAAAATTTCTAATTTCAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . C T . . ATG . . . . . . TAGTCTT T T . . . . . TCA . . . G . G T . . . C . . . . C . AA . . . . . . . . . TACATTTTTAAAATTTC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . C T . . . . . . . . . TTAA . T . . . . . TAC . . . . . A C . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . TTGT . . . . . . . ACC . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ************* G********* ** ********** **** AAGCATT********* *** TAGTCTA*********** TNC**** ** G**** T** ******* AATTNT******** TAACATTTTCTAAATTTCAC************** ***
originalCons : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTGTG-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TA-----TTAGTTC-T-A--CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-AT-T-AC--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATT--TT---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTA---A-AT-CAC-----T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
finalCons : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-AG---------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TCAAGCATT---------G-CAT--T-GCA-AG---AGCG--TATAGTCTA-----------CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA-ATTNC----ATT-T-ATA--AATTTGGTT-AG----ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AAATTNT--------TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAATAACATTTTCTAAATTTCAC--------------T-TAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 2222222222 1111111111 22222222222222222 22222222222222222222222 11111 2222222 1111 111 11111 1 11 11111 1 3333333 1111 111 111 1 1
lowQualScore : 3 3 3 0000000000000 3 3 3 3 4 4 6666666666 55 55 9999999999 2 2 9999 4 11111111111111111 66 4 4 777 0 22222222222222222222222 1 4 4 66 99 777 888 55 4 4 55 0 1 4 44444 555 4 4 4 777 66 777 4 5555555 1 5 0000 888 000 3 77777 5 77 888 5 0 5 0 11 66 99999 1 0 2 77 0000000 1111 5 000 0 555 5 77 5 5 1 5 1
lowQualScore : . . . ............. . . . . . . .......... .. .. .......... . . .... . ................. .. . . ... . ....................... . . . .. .. ... ... .. . . .. . . . ..... ... . . . ... .. ... . ....... . . .... ... ... . ..... . .. ... . . . . .. .. ..... . . . .. ....... .... . ... . ... . .. . . . . .
lowQualScore : 6 6 6 0000000000000 6 6 3 3 0 0 6666666666 55 55 4444444444 7 2 4444 4 99999999999999999 11 4 4 888 9 88888888888888888888888 7 4 4 11 55 000 555 55 0 0 55 7 6 0 99999 999 0 4 4 666 11 888 4 6666666 0 7 1111 999 000 0 11111 7 99 888 0 0 0 1 99 99 44444 4 7 0 11 4444444 7777 7 000 1 000 7 99 7 0 4 7 4
consensus : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTG--CAT--T-GCA-AG---AGCGTA------T-A-GT-CT---A----CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA---ATTN-C--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATTN--T---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTAA-AT--TTCA---CTTAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
Reference ( family-565 ) : CCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TGTCATACAAAG----AAT-TC-----AA-GCA-TTG--CAT--T-GCA-AG---AGCGTA------T-A-GT-CT---A----CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATGA---ATTN-C--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATNA-AA---ATTN--T---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTAA-AT--TTCA---CTTAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-CCCATAT
gi|1 : CAATTTCAATT-C-AGTTTATTCTCAGTTTTTTCTTCCATATTTGCATAT-AAAAAACAATAGAAGA-AT-G-------ATTCA--TACAACTCACTTGCATGT-ATATTAAGTAAAAATATC-----AA-GCAATTGGGCAT--TTACA-AGTAGGGCGTAGATGTTT-ATGT-CT---A----CAATTTTT-AACGCTGGAAGGGTGGC-T--CTCT--TATGA---ATTTAC--ATT-T-ATATAAGTTTGATT-ACTA--ATTATGTTCAAAA-TATGATAGC--TTT--TTTACA---TAATAAATAATTAAATCATAA-AA---AATACTT---TTATGAGGC--ATTGTGG--TCT---TTTTGTTAT-A-TTTAG--TA--GGTAAA---------A-----CTA-------TCA---TTAAA-GGCTGGTACGC-A-AACGATT-AT--GTTAATGTAAA-TTCATC-
gi|10 : cttcaattTT-CAAGT-C-AGTTCATTCTCA-------------TATT-GCTC-T-TAGCAACA-TAGA-GATA--ATATGC--AT--A--TACAA----------TGTTAAACAAAG----AGT-TCGGTTGAT-GCA-GTG--CAT--T-GCA-TG---AGTATA------A-A-GT-AC---ATAATCATTGTTTTGAC-CTGGGAGtgctacaatatactatttatcataaagtcactatcgctccctcacc
gi|11 : cT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GAAT-T-AAACAACA-CAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TAGTATACAAAG----------------------------AT--T-GCC-AG---AGTGTA------C-A-GT-CT---A----CATTGTTTTAAC-CTGGA
gi|12 : A-TTG--CAT--T-ACA-AG---AGCGTA------T-A-GT-CT---A----CATGTTTTTAAC-CTGTAAGGGTGAA-T--CTCT--TATGA---ATTG-C--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--G--ATTAT--TCAAAA-
gi|13 : ---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAAAATTT--CTAA--T--TTCA---CTTAA-AGCTG---CAC-G-AATCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|14 : CAATT-CAATT-C-AATGTATTCTCA-------------TATT-GCGT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATTATACAAAG----AAT-TC-----AA-
gi|15 : catgTT-CAGTT-C-AGTTTGTCTTCA-------------TATT-GCAA-T-AAACATCA-TAGA-AA-A--T-------AC--A--TAtc
gi|16 : gCAATT-CAATT-CCAATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-t
gi|17 : ttcacctgatCAATT-CAATT-C-CGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-C--AACAACA-TAG
gi|2 : tCCAATT-CAATT-C-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCATATAAAG----AAT-TC-----AA-ACA-TTGTGCAT--T-ACA-AG---AGCGTA------TTA-GTTCT---A----CATTTTTTTAAC-CTGGAAGGGTG-C-T--CTCT--TATGA---ATTA-C--ATT-T-ATA--AATTTGGTT-A--A--ATTAT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---TGA-AAATAA-------ATCA-AA---ATTT--T---TTATGA--C--ATT-TGG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTTAG--TA--GGTAAA-----TAACATTTT-CTAACA----TCA---CTTAA-AGCTG---CAC-A-AACCATT-AT--G-TAATG-AAA-TTCATC-TCCACAT
gi|3 : T-CAGTT-C-AATTTATTCTCG-------------TACT-G-AT-CAAAATAACA-CAGA-AA-AGTG-------AT--ACCTACAA----------AGTCTAACAA----------TC-----AATGTA-ATG--CAA--T-GCA-AG---AATGTA------C-A-GT-TTATGA----TGTTGTTTTAAC-TAGGAAAGGTAAC-TCGCTCTCGTGTGA---ATGT-T--ATT-A-ATA------------A--G--ATTAC--T---------GATA-CATCTT--TTTACA---TGG-AAAT----------TGG-A------TT--T---TTAGAA--CAGACC-TGA--TCT---GCTT--------------------GTAAA-----T-ACATTTT-TAAA-AT--TTCT---CTAAG-AGCGG---AAC-A-AGTCATA-AT--A-TAATG-AAA-CT-ACC-CCCac
gi|4 : GAAGAGTGACCT--CTTTC-TGTGATATATAC-C--ATT-TTATG--AATT-GGTT-A--GTGAT-AC--TCAAA--TA-GATA-C--CTT--TTTACACTCTGA-AAATAACATTT--ATAA-AAGATATTG--T---TAAT--------TT-TGG--TGTAACTTTTGT-ATAA-TTTAGT-TATCGGTAAATG---TAAAATTTTACTAA-AT--TTCGAGCTTTAATAGCTG---CACTATATCCATT-ATTAG-TAATGCAAA-TTCGTTGCCTATAT
gi|5 : aact-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACAA----------TATCA-ATAAAG----AAT-TC-----AA-ACATTTGC-CATTAT-GCACAG---AGCGTA------T-A--T-TA---A----CA-TTTTTTAA--CTGGAAGGG-GAC-T--CTCT--TATGA---ATTC-A--ATTGT-ATA--AATTTGGTTAA--A--ATTA---TCAAAA-TA-GATA-C--TTTTCTTTACA---TGT-AAATAA-------ATCA-AA---ATTT--TTCGTTATGA--C--ATT-T-G--TCT---TTTTGT-AT-AGTTTAG--TA--GGTAAA-----cattcttacataagtacgtattctc
gi|6 : AGGGTGAC-T--CTCT--TATGA---ATTA-CATATT-T-AAA--TATTTGGTT-A-----ATTAT--TCAAAACCA-GATA-C---TT--TTTACA---T-A-AAATAA-------ATAAGAA---ATTA--T--------A--C--ATT-TGGATCCT---TTTTGT-ATAA-TTTA---TA--GGTAAA-----TAACA-TTT-CTAG-ACAATACA---CTTAA-AGCTG---CAC---AACCATTAAT--G-T-ATG-AAA-TCCATG-CCTATATcta
gi|7 : actgCCAATT-CAATT-C-AATTTATTCTCA-------------TATT-GCAT-T-AAACAACA-TAGA-GA-A--G-------AT--A--TACGA----------TATCATATAAAG----AAT-TG-----AA-ACA-TTG--CAT--T-ACA-AG---AGCGTA------T-A-GT-CT---T----CATTTCTTTAAC-CTGGAAGGGTGAC-T--CTCT--TATAA---ATTA-C--ATT-G-A----AA-----------------AT--TCAAAA-TA-GATA-C--TTT--TTTACA---AGA-AAATAA-------ATcatttttacgataaatacatattccctta
gi|8 : CAATT-CAATTTC-AGTTTATTCTCA-------------TATT-GCAC-T-AAACAACA-GAGA-GA-A--GATACAACAT--A--TACAA----------TGTTATACAAAG----AAT-TC-----A-------TG---------GCA-AG---AA----------------------------ATTGT--------TGGAAGGGTGA-----CTCT--TGTGA---ATAC-C--TTT-T-ATG--GATTTGGTA-A--G--ATTAC--GCCTTA-TA-GATA-T--CTT--TTTAAA---TGT-AAACAA-------ATacac
gi|9 : tt--TATGA---AT-A-C---TT-T-ATA--AATTTG-TT-A--A--ATTAT--C--AAA-TA-GAGT-C--TTT--TTTACA---TGA-AA-TAA-------ATCA-AG---ATTG--T---TTATGAACC--ATT--GG--TCT---TTTTGT-AT-A-TTT-GTTTA--GGTAAAATTTTTAACA-TTT-ATAA------TTA----TTAA-AGCTG---C-----AACCATT-AT--G-T-ATG-AAAGTTCATC-GCC