lowQualScore : 2 111111111 111111 11111 5555555555555555555555 22 22222222222222222222222222 2222 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 333333333333333333333 11111 1111111 22222 1 1 1111 11111111 11 1 1 2 22222 1 22 4444 1 1 1 222 44 1 22
lowQualScore : 0 5 1 2 4 66 111111111 444444 0 5 22222 8888888888888888888888 55 88 8888 5 55555555555555555555555555 8 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 77 000 333333333333333333333 44444 4444444 7 22222 6 1 77 5 5555 66666666 0 3 33 77 0 3 66 55 1 3 11111 3 00 6 8888 7 5 3 3 000 66 5 77 2
lowQualScore : . . . . . .. ......... ...... . . ..... ...................... .. .. .... . .......................... . .... ......................................................................................................................... . .... .. ... ..................... ..... ....... . ..... . . .. . .... ........ . . .. .. . . .. .. . . ..... . .. . .... . . . . ... .. . .. .
lowQualScore : 4 0 2 9 4 11 666666666 444444 1 0 55555 7777777777777777777777 11 44 1111 7 88888888888888888888888888 0 0000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 9999 99 000 888888888888888888888 88888 4444444 2 55555 6 4 00 0 1111 22222222 2 2 55 22 0 3 99 88 2 2 55555 3 77 7 3333 3 3 3 3 555 00 5 55 5
consensus : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTCAAACGAAC-AT--AAA--TNA----TTT------ATAAA-ATA-----AACACAAACAC---AT--ATA--GG-----GATGT-GAAGCGCTCTNAAAGTG-C--A-GTTTA--AT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTATA-A--CGTTTTC----A-TTTCGT----T--AGTCT-TCC---TT----TC--T------AC--AA-AT--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACA-AAT--CAA--AA---TACA------AG-TAA--------AGC-AC--GGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CNACTCACCGACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTANATGTCA-CTGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACC-CAATAGATT-GCAGATAT-AA-CACGANCACGTGTTATTAGAAACCNTTTAATAAATACAT
Reference ( gi|2 ) : TGTTCTTA-TTCGTTCGACTCAAACGAAC-AT--AAA--TAA----TTT------ATAAA-ATA-----AACACAAA-AC---AT--ATA--GA-----GATATGGAAGCGCTCTGAAAGTG-C--A-GTTTT--AT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TCACA-A--CATTTTC----AGTTCCGT----T--AGTCT-TCC---TT----TC--T------AC--AA-AT--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TGATA-AGT--CAA--AA---TACA------AG-AAA--------AGC-AT--GGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTTG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACTGACCGTGGTCAGTTAAATCCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTCACCTGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACC-C--TAGATTTGCAGATAT-AA-CACGAGCACA-GTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACATTTCTATAATTTATTT
gi|6 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ACTCAAACAAAC-AT--AAA--TCA----TCT------ATAAA-ATAATAACAACACAAA-G----AT--AT----A-----GGTACAGAAGCGCTTTCGTAGTG-C--A-GTATA--ATACGCAGTGTAAAGATT----TAT-TT-TTAGCA-T----ATATATG--CATTGTTACAAAATATCGT---------TTT-TCT---TTACGATC--T------ACAAAA-ATGAAA--TAA----C-AA------A----CA--TG-TAA--TGACATA----CAA--AATTGTACATGT---AT-AAATGTGTTATAGT-GA--GGGC-------GGGTGGG--T-
gi|13 : taTGTTCTAA-TTCGTTTCACTCAAA---AC-AC--AAA--ATA----TTT------A--AA-ATA-----AACGCAAA-AC---ACTAATA--G------GATGT-GAAGCGCTTCTTATGTG-C--A--TTTA--AT------TAt
gi|16 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ATTCAAACGAAC-AT--AAA--
gi|9 : ctaTGTTCATAATTCGTTTCACTCAAACGAAC-AT--AAA--TCA----TTT------ACAAT-ATA-----AA-ACAAC-GC---AT--
gi|5 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttaGTTCTTA-ATC-TTCTACTAACATGAAC-AT--AAA--TAAATAATTT------ATAAA-GTA-----AGCACAAATAC---GT--ATATTAG-----GATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-C--A-GTTTA--AT------TATTCAG-TTAATTTAT-TC-T--ACA-CACAATCACA-AAACAATTC-------TTCCGT----T--TGTCT-TCA---TT----TC--T------AC--AATAT--AA--AAA----CCAA------GT---TA--T--CAA--TAATA-AAT--CAA--AA---CACA------AG-TAA--------AGC-AT--GGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--AT--ATACTCACCAACTGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-tt
gi|4 : GTTCT-A-TTCGTTTCACTCAAAC--AC-AT--AAAATTA------TT------AT-AA-ATA-----AACACAAACACTTAAA--ATA--G------GATGT-GAAGCGCTCT-AATGTGAT--A-GTTTA--AC------T-TACAA-GT----AATGTCAG--ACAGT----GTATA-A--TGCTTTC------TTTCATGCACT--TCTCT-TCCAA-AT----TC--T------AC--AA-ATA-AA--GAATAG-C-AA------ATAAGTATTT--CAAAGTAACA-AAT--TCACTAG---TATA------TA-TAA--------AGCGATCCGGG--------GGGGGGG--G-GGGGATAG------CTGCACG-AGAA-AAGCCTTCGTAATGAGTTTTAAACCTTGACAAATACCTTACCG-GGCC---TAACAACCGTGCTAAGAACAATATTAAAT-TCAACTGACTAG--G--
gi|1 : GTTCTT--TCTGTTTCACTCAAACGAACAATAAAAA--TAA----TTTACCCACATAAAGATA-----AACACAAACAC---TTA-ATA--G------GATGT-GAAGCGCTCTTTAATTG-TCAA-GGTTTAAAT------TATA-A---T----TAT-TC-A--ACA-G----TATTA-A--TCTTTT-----ACTTTCAA----TGCACTCTCTACAAATT----TCTAT------AC--AA-AT--AACGGAAATAGC-AAAATAAGGT---AA--TTCCAAAGTAACA-AATTCCAC--AG---TAT-------AT-ATA--------AGCGAC--GGGCCGGGGGGGGGGGGG--G-GGGGGAAAATAGA-CTGCACG-AAGA-GAGCCTTCG--GTGATTTT
gi|3 : TTCTTA-TTCGTTCTACTCAAACGAAC-AT--AAA--TAA----TTT------ATAAA-ATA-----AGCACAAACAC---AT--ATATTAG-----GATATG-AAGCGCTCTGAAAGTA-C--A-GTTTA--AT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TTACA-A--CATTTTC----AGTTCCGT----T--AGTCT-TCC---CT----TC--T------ACA-AA-AT--AA--AAA----C-AA------GT---TA--T--CA-----ATA-AGT--CAA--AA---TAC-------AG-TAA--------AGC-AT--GGGC--------GGTGGGT-T-TGGCGTAAGTTGTACTGCACTAAAAACGAGCCTTCG--ATGGC-TTCGAA--TT--CAACTCACTGACCGTGGTCAGTTAAAATCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTCA-CTGACAAGGTG--ACA-CGTAATTA-GCTACCAA--TAGATTGCCAGATATAAA-CAC--GCACGTGTTA-TAGAAACCCTTTAATAAATACATacctgtacaaaatacttttggcacgggcctaaaacagcccgttgcctataaattaatttactgcaaggtgacaataaaagaacaaatagatgataaggaacaaaacgtaacgttttgagtatcttcaaaataataaacatt
gi|11 : AAACCACC-AT--AAA--TTA----TTT------ATAGA-ATA-----AATACAAATAT---AT--CTA--GATGTAGAATAT-GAAGCACCCTGAAAGAG-C--ATGTTTa
gi|8 : gttcaaatttgtcacacttca--AGTTT-TTC---TT----CC--TTTGAAAAA--AA-AT--AA--GA-----C-AA------AT---AG--T--TGA--TAACA-AAT--TAA--AA---TACATAGATTAGCAAG--------GGC-A---GGGC-------GGGTGGGGTC-GGGTGTAAGTTAT-CTCCTCT-AAAA------TTT------GCTTTCAAac
gi|15 : AA----C-AAA-----GT---TAA-T--CAA--TTGTC-AAT--CAA--AA---TACA------AG-TAA--------AGC-AT--GGGC-------GGGTGG
gi|14 : atACA------AG-TAA--------AGC-AT--GGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGct
gi|7 : ncAA--------AGCGAC--CAGC-------GGGTGGG--TGGGGCGTAA--TATACTGCACG-AGAAAGAGCCTTCG-AATGGTTTT
gi|12 : tattatTCAAA--TT--CTACTCACTGACCGTGGTCAATTAAAACCCGTGCATTGAAT-AT-TTAT-TG-CA-TTG--AAG--A--TTATCAT--TTAGGCTACC-CAATAGA-TTGCAGATAT-AA-accttgcacgggccctaggtgacaataacaagaaccaatcgatgatgaggaaacaaaaacacctacacgtgtttgagtatcttcaataaaaa
gi|10 : ATGTCACCTGACAAG--GTGACA-CGT-ATTAGGCCACC-CAATAGATT-GCAGATAT-AAACACGATCACGTGTTATTAGAA--CATTTAATAAATACAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCCCTGGAGGGACATTGACTTACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 33333333 1 11 111111 11111 1111 111111 44444444 222222222 111111111 111111 11 11 1111 222222222222222222 11 1111111 2222222222 111111 1111111 1111 1 11 11 1 11111 1 11 1 1 2 11 33
lowQualScore : 1 4 5 55 1 4 4 55 1 9999 222222 4 11111 66 777 4 22222222 1 5 5 0 11 5 666666 0 2 77 44444 6 5555 888888 0 999999 22222222 333333333 5 777777777 77 666666 33 5 33 77 9999 5 888888888888888888 33 4 66 66 888 5555555 8 1111111111 444444 3333333 5 8888 4 0 5 7 88 11 11 1 8 0 0 8 0 11 0 8 999 0 55555 0 33 2 2 3 0 0 0 33 7 7 00 1
lowQualScore : . . . .. . . . .. . .... ...... . ..... .. ... . ........ . . . . .. . ...... . . .. ..... . .... ...... . ...... ........ ......... . ......... .. ...... .. . .. .. .... . .................. .. . .. .. ... ....... . .......... ...... ....... . .... . . . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . ..... . .. . . . . . . .. . . .. .
lowQualScore : 1 0 7 55 6 0 0 55 0 4444 888888 4 11111 33 888 4 88888888 4 0 9 0 99 0 444444 1 5 77 55555 7 2222 333333 3 555555 33333333 888888888 7 999999999 99 444444 66 7 66 99 4444 0 222222222222222222 88 1 99 99 888 0000000 0 5555555555 555555 0000000 6 3333 5 0 0 6 22 00 00 0 0 8 8 0 0 88 8 0 222 8 22222 0 22 5 5 2 0 0 0 00 3 3 33 0
consensus : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATA-----AACACAAA-CAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACA-A--CGTTTTC-----A-TTCCGT----T--AGTCT-TCC---TT----TC--T------AC--AA-AT--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A----------AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
Reference ( family-5614 ) : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATA-----AACACAAA-CAC---AT-ATA--G-----GGATGTG-AAGCGCTCTNAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTATA-A--CGTTTTC-----A-TTTCGT----T--AGTCT-TCC---TT----TC--T------AC--AA-AT--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A----------AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CNACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTANATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATAT-AACACGANCACGTGTTATTAGAAACCNTTTAATAAATACAT
gi|1 : GTTCTT--TCTGTTTCACTC--AAACGAACAAT-AAAAATAA----TTTACCCACATAAAGATA-----AACACAAA-CAC---TTAATA--------GGATGTG-AAGCGCTCTTTAATTGTCAAGGTTTAAAT------TATA-A---T----TAT-TC-A--ACA-G----TATTA-A--TCTTTTA-----C-TTTCAA----TGCACTCTCTACAAATT----TCTAT------AC--AA-AT--AACGGAAATAGC-AAAATAAGGT---AA--TTCCAAAGTAACAAATTCCAC--AG---TATA--------TATA----------AGCGA---CGGGCCGGGGGGGGGGGGG--G-GGGGGAAAATAGA-CTGCACG-AAGA-GAGCCTTCG--GTGATTTT
gi|10 : ATGTC-A-CCTGACAAG--GTGACA-CGT-ATTAGGCCACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGATCACGTGTTATTAGAA--CATTTAATAAATACATacctgtacaaaatacttttggcacgggcctaaaacagcccgttgcctataaattaatttactgcaaggtgacaataaaagaacaaatagatgataaggaacaaaacgtaacgttttgagtatcttcaaaataataaacatt
gi|11 : GTTCAAA-TTTGTCACACTTCAAAACCACCA-T-AAA--TTA----TTTA------TAGA-ATA-----AATACAAA-TAT---AT-CTA--GATGTAGAATATG-AAGCACCCTGAAAGAG-CAT-GTTT-Aatatcatacattt
gi|12 : TCAAA--TT--CTACTCACT-GACCGTGGTCAATTAAAACCCGTGCATTGAAT-AT-TTAT-TG-C-A-T-TG--AAG--A--TTATCAT--TTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATAT-AAc
gi|13 : TGTTCTAA-TTCGTTTCACTC--AAA---ACA-C-AAA--ATA----TTTA--------AA-ATA-----AACGCAAAACAC---TA-ATA--G-----G-ATGTG-AAGCGCTTCTTATGTG-CA---TTT-AAT------TA
gi|14 : ACA------AGTA-A----------AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGG
gi|15 : ncAA----C-AAA-----GT---TAA-T--CAA--TTGTCAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A----------AGC-A---TGGGC-------GGGTGG
gi|16 : atTGTTCTTA-TTCGTTC-ATTC--AAACGAACA-T-AAA--ct
gi|2 : ctaTGTTCTTA-TTCGTTCGACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATA-----AACACAAA--AC---AT-ATA--G-----AGATATGGAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-TAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TCACA-A--CATTTTC-----AGTTCCGT----T--AGTCT-TCC---TT----TC--T------AC--AA-AT--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TGATAAGT--CAA--AA---TACA------AGAA-A----------AGC-A---TGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTTG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAATCCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-ACC-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCC--TAGATTTG-CAGATAT-AACACGAGCACA-GTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|3 : TTCTTA-TTCGTTCTACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATA-----AGCACAAA-CAC---AT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTA-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TTACA-A--CATTTTC-----AGTTCCGT----T--AGTCT-TCC---CT----TC--T------ACA-AA-AT--AA--AAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--T---AAGT--CAA--AA---TAC-------AGTA-A----------AGC-A---TGGGC--------GGTGGGT-T-TGGCGTAAGTTGTACTGCACTAAAAACGAGCCTTCG--ATGGC-TTCGAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAAATCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAGGTG--ACA-CGTAATTA-GCTA-CCAATAGA-TTGCCAGATATAAACACG--CACGTGTTA-TAGAAACCCTTTAATAAATACATttctataatttattt
gi|4 : GTTCT-A-TTCGTTTCACTC--AAAC--ACA-TAAAA--TTA-----TTA------T-AA-ATA-----AACACAAA-CACTTAAA-ATA--------GGATGTG-AAGCGCTCT-AATGTGATA--GTTT-AAC------T-TACAA-GT----AATGTCAG--ACAGT----GTATA-A--TGCTTTC-------TTTCATGCACT--TCTCT-TCCAA-AT----TC--T------AC--AA-ATA-AA--GAATAG-C-AA------ATAAGTATTT--CAAAGTAACAAAT--TCACTAG---TATA------TATA-A----------AGC-GATCCGGG--------GGGGGGG--G-GGGGATAG------CTGCACG-AGAA-AAGCCTTCGTAATGAGTTTTAAACCTTGACAAAT-ACCTTACCG-GGCC---TAACAACCGTGCTAAGAACAATATTAAAT-TCAA-C-TGACTAG--G--a
gi|5 : GTTCTTA-ATC-TTCTACTA--ACATGAACA-T-AAA--TAAATAATTTA------TAAA-GTA-----AGCACAAA-TAC---GT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATTCAG-TTAATTTAT-TC-T--ACA-CACAATCACA-AAACAATTC--------TTCCGT----T--TGTCT-TCA---TT----TC--T------AC--AATAT--AA--AAA----CCAA------GT---TA--T--CAA--TAATAAAT--CAA--AA---CACA------AGTA-A----------AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--AT--ATACTCACC-AACTGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-
gi|6 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ACTC--AAACAAACA-T-AAA--TCA----TCTA------TAAA-ATAATAACAACACAA---AG---AT-ATA--G-----GTACA-G-AAGCGCTTTCGTAGTG-CA--GTAT-AATACGCAGTGTAAAGATT----TAT-TT-TTAGCA-T----ATATATG--CATTGTTACAAAA-TATCGT---------TTT-TCT---TTACGATC--T------ACAAAA-ATGAAA--TAA----C-AA------A----CA--TG-TAA--TGACATA---CAA--AATTGTACA------TGTATAAATGTGTTATAGT-G---AGGGC-------GGGTGGG--T-
gi|7 : taTA-A----------AGCGA---CCAGC-------GGGTGGG--TGGGGCGTAA--TATACTGCACG-AGAAAGAGCCTTCG-AATGGTTTTt
gi|8 : tatta--AGTTT-TTC---TT----CC--TTTGAAAAA--AA-AT--AA--GA-----C-AA------AT---AG--T--TGA--TAACAAAT--TAA--AA---TACATAGATTAGCA-AG---------GGC-A----GGGC-------GGGTGGGGTC-GGGTGTAAGTTAT-CTCCTCT-AAAATTTGCTTTCA-Aaccttgcacgggccctaggtgacaataacaagaaccaatcgatgatgaggaaacaaaaacacctacacgtgtttgagtatcttcaataaaaa
gi|9 : TGTTCATAATTCGTTTCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TCA----TTTA------CAAT-ATA-----AA-AC-AA-CGC---AT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCCCTGGAGGGACATTGACTTACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 111111 33333333 1 11 111111 11111 1111 222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111111111111 33333333333333333333333333 11 1111111 111111 1111111 2222 1 11 11 1 11111 1 11 1 1 33 11
lowQualScore : 1 4 5 55 1 4 4 55 1 9999 222222 4 11111 4 1 000000 99999999 5 5 0 11 5 666666 0 2 77 44444 6 5555 444444444444444444444444444444444444444444444 5 777 999999999999999 5 5 5 77 11111111111111111111111111 33 2 77 77 4444444 4 4 333333 4444444 7 1111 4 0 5 7 88 11 11 1 8 0 0 8 0 11 0 8 999 0 55555 0 33 2 2 3 0 0 3 44 7 7 88
lowQualScore : . . . .. . . . .. . .... ...... . ..... . . ...... ........ . . . .. . ...... . . .. ..... . .... ............................................. . ... ............... . . . .. .......................... .. . .. .. ....... . . ...... ....... . .... . . . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . ..... . .. . . . . . . .. . . ..
lowQualScore : 1 0 7 55 6 0 0 55 0 4444 888888 4 11111 4 9 111111 00000000 0 6 0 99 0 444444 1 5 77 55555 7 2222 555555555555555555555555555555555555555555555 7 999 666666666666666 7 7 7 99 88888888888888888888888888 88 2 99 99 8888888 4 4 888888 4444444 2 8888 5 0 0 6 22 00 00 4 0 8 8 0 0 00 8 0 222 8 22222 0 22 5 5 2 0 0 2 00 3 3 33
consensus : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CGTTTT-CA-TTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
Reference ( family-5614 ) : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CGTTTT-CA-TTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|1 : GTTCTT--TCTGTTTCACTC--AAACGAACAAT-AAAAATAA----TTTACCCACATAAAGATAA-----ACAC-AAACAC---TTAATA--------GGATGTG-AAGCGCTCTTTAATTGTCAAGGTTTAAAT------TATA-A---T----TAT-TC-A--ACA-G----TATTAA--TCTTTTACT-TTC---AATGCA---------CTCTCTACAAATTT-----CTAT------AC-AA-AT-AACGGAAATAGC-AAAATAAGGT---AA--TTCCAAAGTAACAAATTCCAC--AGTATA--------TATA-AGCGA---CGGGCCGGGGGGGGGGGGG--G-GGGGGAAAATAGA-CTGCACG-AAGA-GAGCCTTCG--GTGATTTT
gi|10 : ATGTC-A-CCTGACAAG--GTGACA-CGT-ATTAGGCCACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGATCACGTGTTATTAGAA--CATTTAATAAATACATacctgtacaaaatacttttggcacgggcctaaaacagcccgttgcctataaattaatttactgcaaggtgacaataaaagaacaaatagatgataaggaacaaaacgtaacgttttgagtatcttcaaaataataaacatt
gi|11 : GTTCAAA-TTTGTCACACTTCAAAACCACCA-T-AAA--TTA----TTTA------TAGA-ATAA-----ATAC-AAATAT---AT-CTA--GATGTAGAATATG-AAGCACCCTGAAAGAG-CAT-GTTT-Aatatcatacattt
gi|12 : TCAAA--TT--CTACTCACT-GACCGTGGTCAATTAAAACCCGTGCATTGAAT-AT-TTAT-TG-C-A-T-TG--AAG--A--TTATCAT--TTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAc
gi|13 : TGTTCTAA-TTCGTTTCACTC--AA---AACA-C-AAA--ATA----TT--------TAAA-ATAA-----ACGCAAAACAC---TA-ATA--------GGATGTG-AAGCGCTTCTTATGTG-CA---TTT-AAT------TA
gi|14 : ACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGG
gi|15 : ncAA----C-AAA-----GT---TAA-T--CAA--TTGTCAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGGTGG
gi|16 : atTGTTCTTA-TTCGTTC-ATTC--AAACGAACA-T-AAA--ct
gi|2 : ctaTGTTCTTA-TTCGTTCGACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAA-AC---AT-ATA--G-----AGATATGGAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-TAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TCACAA--CATTTT-CAGTTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TGATAAGT--CAA--AATACA------AGAA-A-AGC-A---TGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTTG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAATCCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-ACC-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCC--TAGATTTG-CAGATAT-AACACGAGCACA-GTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|3 : TTCTTA-TTCGTTCTACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATAA-----GCAC-AAACAC---AT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTA-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CATTTT-CAGTTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---CTT-----C--T------ACAAA-AT-AA--AAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--T---AAGT--CAA--AATAC-------AGTA-A-AGC-A---TGGGC--------GGTGGGT-T-TGGCGTAAGTTGTACTGCACTAAAAACGAGCCTTCG--ATGGC-TTCGAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAAATCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAGGTG--ACA-CGTAATTA-GCTA-CCAATAGA-TTGCCAGATATAAACACG--CACGTGTTA-TAGAAACCCTTTAATAAATACATttctataatttattt
gi|4 : GTTCT-A-TTCGTTTCACTC--AAAC--ACA-TAAAA--TTA-----TTA------T-AA-ATAA-----ACAC-AAACACTTAAA-ATA--------GGATGTG-AAGCGCTCT-AATGTGATA--GTTT-AAC------T-TACAA-GT----AATGTCAG--ACAGT----GTATAA--TGCTTT-CT-TTCATGCAC-TT---------CTCT-TCCAA-ATT-----C--T------AC-AA-ATAAA--GAATAG-C-AA------ATAAGTATTT--CAAAGTAACAAAT--TCACTAGTATA------TATA-A-AGC-GATCCGGG--------GGGGGGG--G-GGGGATAG------CTGCACG-AGAA-AAGCCTTCGTAATGAGTTTTAAACCTTGACAAAT-ACCTTACCG-GGCC---TAACAACCGTGCTAAGAACAATATTAAAT-TCAA-C-TGACTAG--G--a
gi|5 : GTTCTTA-ATC-TTCTACTA--ACATGAACA-T-AAA--TAAATAATTTA------TAAA-GTAA-----GCAC-AAATAC---GT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATTCAG-TTAATTTAT-TC-T--ACA-CACAATCACAAAACAATTC----TTC---CGT-TT---------GTCT-TCA---TTT-----C--T------AC-AATAT-AA--AAA----CCAA------GT---TA--T--CAA--TAATAAAT--CAA--AACACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--AT--ATACTCACC-AACTGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-
gi|6 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ACTC--AAACAAACA-T-AAA--TCA----TCTA------TAAA-ATAATAACAACAC-AAAGA-----T-ATA--G-----GTACA-G-AAGCGCTTTCGTAGTG-CA--GTAT-AATACGCAGTGTAAAGATT----TAT-TT-TTAGCA-T----ATATA-------TG-CA-TT-----GT-TACAAAATATCGTTT-TTC---TTTACGATC--T------AC-AA-A-------AA----T-GA-------------------AA--TAACAAA
gi|7 : taTA-A-AGCGA---CCAGC-------GGGTGGG--TGGGGCGTAA--TATACTGCACG-AGAAAGAGCCTTCG-AATGGTTTTcatgtaatgacatacaaaattgtacatgtataaatgtgttatagtgagggcgggtgggtt
gi|8 : tattaA---------GTTT-TTC---TTC-----C--TTTGAAAAA-AA-AT-AA--GA-----C-AA------AT---AG--T--TGA--TAACAAAT--TAA--AATACATAGATTAGCA-AGGGC-A----GGGC-------GGGTGGGGTC-GGGTGTAAGTTAT-CTCCTCT-AAAATTTGCTTTCA-Aaccttgcacgggccctaggtgacaataacaagaaccaatcgatgatgaggaaacaaaaacacctacacgtgtttgagtatcttcaataaaaa
gi|9 : TGTTCATAATTCGTTTCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TCA----TTTA------CAAT-ATAA-----A-AC--AACGC---AT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCCCTGGAGGGACATTGACTTACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 111111 33333333 1 11 111111 11111 1111 222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111111111111 33333333333333333333333333 11 1111111 111111 1111111 2222 1 11 11 1 11111 1 11 1 1 33 11
lowQualScore : 1 4 5 55 1 4 4 55 1 9999 222222 4 11111 4 1 000000 99999999 5 5 0 11 5 666666 0 2 77 44444 6 5555 444444444444444444444444444444444444444444444 5 777 999999999999999 5 5 5 77 11111111111111111111111111 33 2 77 77 4444444 4 4 333333 4444444 7 1111 4 0 5 7 88 11 11 1 8 0 0 8 0 11 0 8 999 0 55555 0 33 2 2 3 0 0 3 44 7 7 88
lowQualScore : . . . .. . . . .. . .... ...... . ..... . . ...... ........ . . . .. . ...... . . .. ..... . .... ............................................. . ... ............... . . . .. .......................... .. . .. .. ....... . . ...... ....... . .... . . . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . ..... . .. . . . . . . .. . . ..
lowQualScore : 1 0 7 55 6 0 0 55 0 4444 888888 4 11111 4 9 111111 00000000 0 6 0 99 0 444444 1 5 77 55555 7 2222 555555555555555555555555555555555555555555555 7 999 666666666666666 7 7 7 99 88888888888888888888888888 88 2 99 99 8888888 4 4 888888 4444444 2 8888 5 0 0 6 22 00 00 4 0 8 8 0 0 00 8 0 222 8 22222 0 22 5 5 2 0 0 2 00 3 3 33
consensus : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CGTTTT-CA-TTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
Reference ( family-5614 ) : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CGTTTT-CA-TTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|1 : GTTCTT--TCTGTTTCACTC--AAACGAACAAT-AAAAATAA----TTTACCCACATAAAGATAA-----ACAC-AAACAC---TTAATA--------GGATGTG-AAGCGCTCTTTAATTGTCAAGGTTTAAAT------TATA-A---T----TAT-TC-A--ACA-G----TATTAA--TCTTTTACT-TTC---AATGCA---------CTCTCTACAAATTT-----CTAT------AC-AA-AT-AACGGAAATAGC-AAAATAAGGT---AA--TTCCAAAGTAACAAATTCCAC--AGTATA--------TATA-AGCGA---CGGGCCGGGGGGGGGGGGG--G-GGGGGAAAATAGA-CTGCACG-AAGA-GAGCCTTCG--GTGATTTT
gi|10 : ATGTC-A-CCTGACAAG--GTGACA-CGT-ATTAGGCCACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGATCACGTGTTATTAGAA--CATTTAATAAATACATacctgtacaaaatacttttggcacgggcctaaaacagcccgttgcctataaattaatttactgcaaggtgacaataaaagaacaaatagatgataaggaacaaaacgtaacgttttgagtatcttcaaaataataaacatt
gi|11 : GTTCAAA-TTTGTCACACTTCAAAACCACCA-T-AAA--TTA----TTTA------TAGA-ATAA-----ATAC-AAATAT---AT-CTA--GATGTAGAATATG-AAGCACCCTGAAAGAG-CAT-GTTT-Aatatcatacattt
gi|12 : TCAAA--TT--CTACTCACT-GACCGTGGTCAATTAAAACCCGTGCATTGAAT-AT-TTAT-TG-C-A-T-TG--AAG--A--TTATCAT--TTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAc
gi|13 : TGTTCTAA-TTCGTTTCACTC--AA---AACA-C-AAA--ATA----TT--------TAAA-ATAA-----ACGCAAAACAC---TA-ATA--------GGATGTG-AAGCGCTTCTTATGTG-CA---TTT-AAT------TA
gi|14 : ACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGG
gi|15 : ncAA----C-AAA-----GT---TAA-T--CAA--TTGTCAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGGTGG
gi|16 : atTGTTCTTA-TTCGTTC-ATTC--AAACGAACA-T-AAA--ct
gi|2 : ctaTGTTCTTA-TTCGTTCGACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAA-AC---AT-ATA--G-----AGATATGGAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-TAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TCACAA--CATTTT-CAGTTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TGATAAGT--CAA--AATACA------AGAA-A-AGC-A---TGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTTG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAATCCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-ACC-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCC--TAGATTTG-CAGATAT-AACACGAGCACA-GTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|3 : TTCTTA-TTCGTTCTACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATAA-----GCAC-AAACAC---AT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTA-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CATTTT-CAGTTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---CTT-----C--T------ACAAA-AT-AA--AAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--T---AAGT--CAA--AATAC-------AGTA-A-AGC-A---TGGGC--------GGTGGGT-T-TGGCGTAAGTTGTACTGCACTAAAAACGAGCCTTCG--ATGGC-TTCGAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAAATCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAGGTG--ACA-CGTAATTA-GCTA-CCAATAGA-TTGCCAGATATAAACACG--CACGTGTTA-TAGAAACCCTTTAATAAATACATttctataatttattt
gi|4 : GTTCT-A-TTCGTTTCACTC--AAAC--ACA-TAAAA--TTA-----TTA------T-AA-ATAA-----ACAC-AAACACTTAAA-ATA--------GGATGTG-AAGCGCTCT-AATGTGATA--GTTT-AAC------T-TACAA-GT----AATGTCAG--ACAGT----GTATAA--TGCTTT-CT-TTCATGCAC-TT---------CTCT-TCCAA-ATT-----C--T------AC-AA-ATAAA--GAATAG-C-AA------ATAAGTATTT--CAAAGTAACAAAT--TCACTAGTATA------TATA-A-AGC-GATCCGGG--------GGGGGGG--G-GGGGATAG------CTGCACG-AGAA-AAGCCTTCGTAATGAGTTTTAAACCTTGACAAAT-ACCTTACCG-GGCC---TAACAACCGTGCTAAGAACAATATTAAAT-TCAA-C-TGACTAG--G--a
gi|5 : GTTCTTA-ATC-TTCTACTA--ACATGAACA-T-AAA--TAAATAATTTA------TAAA-GTAA-----GCAC-AAATAC---GT-ATATTA-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATTCAG-TTAATTTAT-TC-T--ACA-CACAATCACAAAACAATTC----TTC---CGT-TT---------GTCT-TCA---TTT-----C--T------AC-AATAT-AA--AAA----CCAA------GT---TA--T--CAA--TAATAAAT--CAA--AACACA------AGTA-A-AGC-A---TGGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--AT--ATACTCACC-AACTGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-
gi|6 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ACTC--AAACAAACA-T-AAA--TCA----TCTA------TAAA-ATAATAACAACAC-AAAGA-----T-ATA--G-----GTACA-G-AAGCGCTTTCGTAGTG-CA--GTAT-AATACGCAGTGTAAAGATT----TAT-TT-TTAGCA-T----ATATA-------TG-CA-TT-----GT-TACAAAATATCGTTT-TTC---TTTACGATC--T------AC-AA-A-------AA----T-GA-------------------AA--TAACAAA
gi|7 : taTA-A-AGCGA---CCAGC-------GGGTGGG--TGGGGCGTAA--TATACTGCACG-AGAAAGAGCCTTCG-AATGGTTTTcatgtaatgacatacaaaattgtacatgtataaatgtgttatagtgagggcgggtgggtt
gi|8 : tattaA---------GTTT-TTC---TTC-----C--TTTGAAAAA-AA-AT-AA--GA-----C-AA------AT---AG--T--TGA--TAACAAAT--TAA--AATACATAGATTAGCA-AGGGC-A----GGGC-------GGGTGGGGTC-GGGTGTAAGTTAT-CTCCTCT-AAAATTTGCTTTCA-Aaccttgcacgggccctaggtgacaataacaagaaccaatcgatgatgaggaaacaaaaacacctacacgtgtttgagtatcttcaataaaaa
gi|9 : TGTTCATAATTCGTTTCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TCA----TTTA------CAAT-ATAA-----A-AC--AACGC---AT-
blockSeqs : A A C CA C . A . T ATAA . . TAACA A T TTAAA GATGTA G G A T . ACGCAG C GA AATTT G TTA GTGTATAATGCTTTCTTTCATGCACTT . AA CTTTGAAA A T A . TAGCAAATAAGTATTT AG T . CT TAGATTA . G GATCC . T GTC G A A C TA CC GA A T A A GA A CC GTG T AA G C A T C A AG T T AC
blockSeqs : A . C . G . . . T . . . . . C AT TTA . T . . . . C G C . AG CACAATCACAAAACAATTCTTCCGTTT . . ACGATCT . . . . CAAAGTTAAT . G . . A . . GAC . T TT G A . C A . . A . . . GA . T A . A G C A . . A . . . .
blockSeqs : T . G . G . . . A . . . . . C TA TTA . G . . . . C G C . T TATATATGCATTGTTACAAAATATC . . CT . . . . CCAAGTTAT . A . . A . . AT . T TG G . . C A . . A . . . AA . C G . . . . . . . .
blockSeqs : T . T . G . . . A . . . . . C AT G . G . . . . C A A . T TTCACAACATTTTCAGTTCCGTTA . . CT . . . . CAAGTTAT . A . . A . . AT . G T G . . C A . . T . . . C G
blockSeqs : T . C . G . . . T . . . . . T AT G . G . . . . A G T . T TTTACAACATTTTCAGTTCCGTTA . . CT . . . . CAAGTTAT . A . . A . . AT . T G G . . A A
blockSeqs : T . T . A . . . A . . . . . G GT . . C . . . . . . CT . . . . CAAATAGT . A . . T . . AT . T . . . . T A
blockSeqs : T . C . G . . . C . . . . . C AT . . . . . . TGA . . A . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . C . . . . . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ****** AT**** ** G* TTCACAACGTTTTCGTTCCGTGTT********************* *** CT************* ** CAAGTTAT****************** ** ** A****** AT**** ******* T*** A* C** G****
originalCons : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACAA--CGTTTT-CA-TTC---CGT-TA---------GTCT-TCC---TTT-----C--T------AC-AA-AT-AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AATACA------AGTA-A-AGC-A---CGGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
finalCons : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATAA-----ACAC-AAACACAT----ATA--G-----GGATATG-AAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACATTCACAACGTTTTCGTTCCGTGTT---------------------GTCT-TCC---TTTCT-------------AC-AA-AT-AA--GAACAAGTTAT------------------CAA--TAACAAAT--CAA--AATACAA------GTA-A-AGCAT----GGGC-------GGGTGGGT---GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCGA-ATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-AC--TGACAAGG----ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCCCTGGAGGGACATTGACTTACTTCT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 33333333 1 11 111111 11111 1111 11111111 33333333333333333 111111111111 11 11 1111 222222222222222222 11 1111111 2222222222222 1111111 1111 1 11 11 1 11111 1 11 1 1 33 11
lowQualScore : 1 4 5 55 1 4 4 55 1 9999 222222 4 11111 4 1 777 4 99999999 5 5 0 11 5 666666 0 2 77 44444 6 5555 99999999 999999 88888888888888888 11 555555555555 77 33 5 77 33 77 9999 5 888888888888888888 33 4 66 66 888 5555555 8 4 6666666666666 3333333 5 8888 4 0 5 7 88 11 11 1 8 0 0 8 0 11 0 8 999 0 55555 0 33 2 2 3 0 0 3 44 7 7 88
lowQualScore : . . . .. . . . .. . .... ...... . ..... . . ... . ........ . . . .. . ...... . . .. ..... . .... ........ ...... ................. .. ............ .. .. . .. .. .. .... . .................. .. . .. .. ... ....... . . ............. ....... . .... . . . . .. .. .. . . . . . . .. . . ... . ..... . .. . . . . . . .. . . ..
lowQualScore : 1 0 7 55 6 0 0 55 0 4444 888888 4 11111 4 9 888 4 00000000 0 6 0 99 0 444444 1 5 77 55555 7 2222 88888888 555555 44444444444444444 33 000000000000 99 66 7 99 66 99 4444 0 222222222222222222 88 1 99 99 888 0000000 0 0 4444444444444 0000000 6 3333 5 0 0 6 22 00 00 4 0 8 8 0 0 00 8 0 222 8 22222 0 22 5 5 2 0 0 2 00 3 3 33
consensus : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATA-----AACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATAT-GAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TTACA-A--CGTTTT-C-GTTCC---GTG---TTGTCTTC--C--TT-----TC--TAC--AA-A--T--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
Reference ( family-5614 ) : TGTTCTTA-TTCGTTCCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TNA----TTTA------TAAA-ATA-----AACAC-AAACAC---AT-ATA--G-----GGATAT-GAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----TAT-TC-T--ACA-T----TCACA-A--CGTTTT-C-GTTCC---GTG---TTGTCTTC--C--TT-----TC--TAC--AA-A--T--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TAACAAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACC-GACCGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGA-CACGTGTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|1 : GTTCTT--TCTGTTTCACTC--AAACGAACAAT-AAAAATAA----TTTACCCACATAAAGATA-----AACAC-AAACAC---TTAATA--------GGATGT-GAAGCGCTCTTTAATTGTCAAGGTTTAAAT------TATA-A---T----TAT-TC-A--ACA-G----TATTA-A--TCTTTTAC-TTTCA---ATGCA-CTCTCTACAAA--TT-----TCTATAC--AA-A--T--AACGGAAATAGC-AAAATAAGGT---AA--TTCCAAAGTAACAAATTCCAC--AG---TATA--------TATA-AGCGAC----------GGGCCGGGGGGGGGGGGG--G-GGGGGAAAATAGA-CTGCACG-AAGA-GAGCCTTCG--GTGATTTT
gi|10 : ATGTC-A-CCTGACAAG--GTGACA-CGT-ATTAGGCCACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAACACGATCACGTGTTATTAGAA--CATTTAATAAATACATacctgtacaaaatacttttggcacgggcctaaaacagcccgttgcctataaattaatttactgcaaggtgacaataaaagaacaaatagatgataaggaacaaaacgtaacgttttgagtatcttcaaaataataaacatt
gi|11 : GTTCAAA-TTTGTCACACTTCAAAACCACCA-T-AAA--TTA----TTTA------TAGA-ATA-----AATAC-AAATAT---AT-CTA--GATGTAGAATAT-GAAGCACCCTGAAAGAG-CAT-GTTT-Aatatcatacattt
gi|12 : TCAAA--TT--CTACTCACT-GACCGTGGTCAATTAAAACCCGTGCATTGAAT-AT-TTAT-TG-C-A-T-TG--AAG--A--TTATCAT--TTAGGCTACCCAATAGA-TTG-CAGATATAAc
gi|13 : TGTTCTAA-TTCGTTTCACTC--AA---AACA-C-AAA--ATA----TT--------TAAA-ATA-----AACGCAAAACAC---TA-ATA--------GGATGT-GAAGCGCTTCTTATGTG-CA---TTT-AAT------TA
gi|14 : ACA------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGG
gi|15 : ncAA----C-AAA-----GT---TAA-T--CAA--TTGTCAAT--CAA--AA---TACA------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGGTGG
gi|16 : atTGTTCTTA-TTCGTTC-ATTC--AAACGAACA-T-AAA--ct
gi|2 : ctaTGTTCTTA-TTCGTTCGACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATA-----AACAC-AAA-AC---AT-ATA--G-----AGATATGGAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-TAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TCACA-A--CATTTT-CAGTTCC---GT----TAGTCTTC--C--TT-----TC--TAC--AA-A--T--AA--GAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--TGATAAGT--CAA--AA---TACA------AGAA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGGTGGG--T-GGGCGTAAGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTTG-AATGGCTTTCAAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAATCCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-ACC-TGACAAG--G--ACA-CGT-ATTAGGCTACCC--TAGATTTG-CAGATAT-AACACGAGCACA-GTTATTAGAA--CCTTTAATAAATACAT
gi|3 : TTCTTA-TTCGTTCTACTC--AAACGAACA-T-AAA--TAA----TTTA------TAAA-ATA-----AGCAC-AAACAC---AT-ATATTA-----GGATAT-GAAGCGCTCTGAAAGTA-CA--GTTT-AAT------TATACAG-TT----CAT-TC-T--ACA-T----TTACA-A--CATTTT-CAGTTCC---GT----TAGTCTTC--C--CT-----TC--TACA-AA-A--T--AA--AAA----C-AA------GT---TA--T--CAA--T---AAGT--CAA--AA---TAC-------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC--------GGTGGGT-T-TGGCGTAAGTTGTACTGCACTAAAAACGAGCCTTCG--ATGGC-TTCGAA--TT--CAACTCACT-GACCGTGGTCAGTTAAAATCCGTGCAATGAAT-AT-TTAGATGTC-A-C-TGACAAGGTG--ACA-CGTAATTA-GCTA-CCAATAGA-TTGCCAGATATAAACACG--CACGTGTTA-TAGAAACCCTTTAATAAATACATttctataatttattt
gi|4 : GTTCT-A-TTCGTTTCACTC--AAAC--ACA-TAAAA--TTA-----TTA------T-AA-ATA-----AACAC-AAACACTTAAA-ATA--------GGATGT-GAAGCGCTCT-AATGTGATA--GTTT-AAC------T-TACAA-GT----AATGTCAG--ACAGT----GTATA-A--TGCTTT-C--TTTC---ATGCACTTCTCTTC--CAAAT-----TC--TAC--AA-A--TA-AA--GAATAG-C-AA------ATAAGTATTT--CAAAGTAACAAAT--TCACTAG---TATA------TATA-A-AGCGATCC--------GGG--------GGGGGGG--G-GGGGATAG------CTGCACG-AGAA-AAGCCTTCGTAATGAGTTTTAAACCTTGACAAAT-ACCTTACCG-GGCC---TAACAACCGTGCTAAGAACAATATTAAAT-TCAA-C-TGACTAG--G--a
gi|5 : GTTCTTA-ATC-TTCTACTA--ACATGAACA-T-AAA--TAAATAATTTA------TAAA-GTA-----AGCAC-AAATAC---GT-ATATTA-----GGATAT-GAAGCGCTCTGAAAGTG-CA--GTTT-AAT------TATTCAG-TTAATTTAT-TC-T--ACA-CACAATCACA-AAACAATTC----TTCC---GT----TTGTCTTC--A--TT-----TC--TAC--AATA--T--AA--AAA----CCAA------GT---TA--T--CAA--TAATAAAT--CAA--AA---CACA------AGTA-A-AGC-AT----------GGGC-------GGG-----------CGTAGGTTGT-CTGCACT-AAAACGAGCCTTCG-AATGGCTTTCAAA--AT--ATACTCACC-AACTGTGGTCAGTTAAAACCCGTGCAATGAAT-
gi|6 : TGTTCTTA-TTCGTTC-ACTC--AAACAAACA-T-AAA--TCA----TCTA------TAAA-ATAATAACAACAC-AA--AG---AT-ATA--G-----GTACA--GAAGCGCTTTCGTAGTG-CA--GTAT-AATACGCAGTGTAAAGATT----TAT-TT-TTAGCA-T----ATATATG--CATT-----GTTACAAAATA---TCGTTTTT--C--TTTACGATC--TACAAAA-A--TGAAA--TAA----C-AA------A----CA--TG-TAA--TGACATA---CAA--AATTGTACA------TGTATA-AAT-GTGTTATAGTGAGGGC-------GGGTGGG--T-
gi|7 : taTA-A-AGCGAC----------CAGC-------GGGTGGG--TGGGGCGTAA--TATACTGCACG-AGAAAGAGCCTTCG-AATGGTTTTt
gi|8 : tatta---TTTTCTTC--C--TT-----TG--AAA--AA-AAAT--AA--GA-----C-AA------AT---AG--T--TGA--TAACAAAT--TAA--AA---TACATAGATTAGCA-AGGGC-A-----------GGGC-------GGGTGGGGTC-GGGTGTAAGTTAT-CTCCTCT-AAAATTTGCTTTCA-Aaccttgcacgggccctaggtgacaataacaagaaccaatcgatgatgaggaaacaaaaacacctacacgtgtttgagtatcttcaataaaaa
gi|9 : agtTGTTCATAATTCGTTTCACTC--AAACGAACA-T-AAA--TCA----TTTA------CAAT-ATA-----AA-AC--AACGC---AT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGCCCTGGAGGGACATTGACTTACTTCT