lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 44444444444444444444 22222 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444 11 3333333 111111111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333333333 111 1 22222222 5555555555555555555555555555555555555555 4444 1111111 55555555555555555555555 11 2222222222 11 11 22222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 22222 4444444444444 4444 111 222222222222 11 1 111 11111 11 3333333333333 111111111 1 11 77777777777777777777777777777777777777 11111111111111 1 2222 2 777777777777 1111111 333333 44444
lowQualScore : 0 44444444444444444444 66 22222 55 8 555 1 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 0000000 11 8 4444444 7 0 4 8888 4 4 4 999999999 55 3 4 55 4 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 4 66 66 99999999999999999999999999999999999999999999999 6 99 1 4444444444444444444444444 6 000 5 1 5 77777777 5 5 5 9999999999999999999999999999999999999999 3333 5 5 99 4444444 777 66666666666666666666666 00 8888888888 6 4 4 11 44 66 8888 0 4 4 4 4 00000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 66 88888 4 4 4 3333333333333 4 9999 4 9999 0 4 88888888 4 4 2222 999 5 222 999999999999 66 22 0 555 22222 5 11 5 55 5 9999999999999 66 888 888888888 777 5 888 4 6 5 55 99999999999999999999999999999999999999 5 888 99999999999999 1 999 5 3333 1 66 5 5 5 444444444444 0 0 1111111 3 000000 88888 6
lowQualScore : . .................... .. ..... .. . ... . .. ................................................................................................ .. ....... .. . ....... . . . .... . . . ......... .. . . .. . . ............................................................ . . .. .. ............................................... . .. . ......................... . ... . . . ........ . . . ........................................ .... . . .. ....... ... ....................... .. .......... . . . .. .. .. .... . . . . . ..... ......................................................... .. .. ..... . . . ............. . .... . .... . . ........ . . .... ... . ... ............ .. .. . ... ..... . .. . .. . ............. .. ... ......... ... . ... . . . .. ...................................... . ... .............. . ... . .... . .. . . . ............ . . ....... . ...... ..... .
lowQualScore : 2 22222222222222222222 11 33333 66 9 333 1 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 8888888 88 0 0000000 3 8 0 5555 0 0 0 888888888 00 3 0 55 0 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 11 11 55555555555555555555555555555555555555555555555 7 88 0 0000000000000000000000000 7 000 7 4 7 44444444 7 7 7 3333333333333333333333333333333333333333 9999 0 0 00 4444444 000 99999999999999999999999 66 2222222222 0 4 4 11 11 11 7777 8 4 0 0 0 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 11 33333 4 4 4 2222222222222 4 4444 4 4444 1 4 44444444 4 4 0000 666 0 222 222222222222 99 22 0 666 55555 0 99 0 22 0 6666666666666 99 888 666666666 111 0 888 5 0 0 77 44444444444444444444444444444444444444 0 888 66666666666666 4 999 7 1111 4 99 0 0 0 555555555555 1 1 5555555 1 666666 55555 7
consensus : CCCCATCTTTTAA-CG-TT--GT--T-----C-GT--CAA--GG-CA-CA-AAA-T-GACAGA--TCATATGT-A-T-T-ATGTTAT----A-----TCC---C-AA-A-C--AT-ACA----------AAAAGAA-ATAACATTTC------C-ACAA----A--TAATGCAATTTCCAT-TGT-TA-TCTAG-AG------TATAATTTA-A----T-TA-A-A-TC-ANA-TCTTC--TCTAA-CC--AT-T-A-----CA-----CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGNTT--A-A-----GA-GA--GA-TC-TGATTTTA--AT--TAGATTTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATAC-CCT----AG-TA-TT-TTGAA-CGTG-A---CCCTCCT------CC--G-CG--------TAATCACAA-G--TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATT------T---AA-------T-AAAGTTGTTT--GCC--G--AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGG-AAA---A-GAAACA--TT-T-------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-TA--ACTT---TATTGT-AA-C-CGGAA-----G-----T-G-GAGT----A-C----GAGA-C---TA---A-ATA-TCTTTGT--ATTTACGTCA--TTTTTTGTTGATN--AA--TCAT------AAA--TTTCAAAT-G-TAC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-GT-GN---A------A--AG---TA----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGA-ATCA--TCA---G---TTAGTTG----------CTAGT--AAN-ATTTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AC-T-CG-TCATAAATGTATGG--AAG-CGTC-AGTGTGTN---AATC---GCGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT----GTT-AATTA
Reference ( gi|3 ) : CCCCATCTTTTAA-AG-T---GT--T-----C-GT--CAA--GGGCA-CA-AAA-T-GA-AGA--TCATATGT-AATAC-ATGTTAT-CACATGTTTTCC---C-AA-A-C--AT-ACAT-------TTAAAAGAACATAACATTTC------C-ACAA----AT-TACTGCAATTTCCAT-TGTATA-TCTAG-A-------TATAATTTA-A----T-TA-A-A-TT-ACA-CCTTC--TCTTA-CC--AT-T-A-----C------CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT--A-------GA-G---GA-TC-TGATTTTA--AT--TAGATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATACGCCT----AG-TA-TT-TTGAA-CGTG-A---ACTTTTT------CC--G-AG--------TAATCACAA-AGCTA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATT------T---AA-------C-AGAGTTGTTT--GCT--G--AA--TATCTT-G-TACAAAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGG-AAA---G-AAAACA--AT-T-------ATC-CA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-CA--ACTT---T-TTGT-AA-C-CGGAA-----G-----T-G-GAGT----A-C----GAGA-C---TA---A-ATA-TCTTTGTTAATTTACGTCA--TTTTTTGTTGATC--AA--T-AT------AAA--TTTCAAAA-G-TAC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-GT-GG---C------A--AG---TA----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGAA-ATCA--TC----G---TTAGTTGTC--------TTAGT--AAT-ATTTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AC-T-CG-TCATGAATGTATGG--AAG-CGTC-A-TGTGT----AATCCG-GCGCTAAATCAAAATG----T--GTTAT-----ATTTTGAATTC---CTT-AATTA
gi|2 : CCCCATATTT-AA-CG-TCTTGT--T-----C-GT--CAA----GCA-CA-GGA-T-GACAGATGTCATATGC--AT----TGTT------ATG--TTCC---CAAA-A-C--AT-AC-----------AAAAGAAC-TAA
gi|4 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccCCCCATATTTTAA-CG-TT--GTCTT-----T-GT--CAA--GG-CA--A-AAA-T-GACAGA--TCATCT----ATGT-ATGTTATTCGCACATT-----------------AT-ACA------------AAGAA-A-AACATTTT--------ACAA----AA-TAATGCA-TTTCC-T-TGT-TACTCTAG-AG------TATAATTTGTA----T-TG-A-A-TT-ACA-TCTTC---ATAA-CC--AT-T-AACAAAC------TTG--G-AACA-----GATGT-AA--CG-TT--A-------AA-GAAGGA-TA-TGCATTTA--AT--TAGATC-G-C--T-ACGAG-TTTA--------CCACCG-----AATTAT-CACAC-AATAATCTCCTAA--ACAATGAA----T---ACACACAC-CGA---AGCAGTACTTA-CATAC--CT----AG-TA-TT-TCTA-------------TTCTT------CA--G-AA--------TA-TTACAG----TA-TTACGT-AG--T-------TTA---ATT------C---TA-------T-AAAGTTGTTTTGGCAA-G--AA--TATTTTCG-TA--AAAAGAAGCA---T--T-A---TA-G-GGG-AAA---A-GAAACA--TT-T-------ATT-TA---TAG-A------T------------------C-AT-AAG-TA----TT---TATTGT-CA-CGCGGAAA----G-----A-T-GAGT----ATC----GAGGGC---TA---A--TA-TCTATGT--ATTTAGGTCA--TTTTT-GTTGATC--AAA-T-AT------AA----TTTAAAT-G-TAAAA-TATACACGAAGA-TA--CAAA-G--AA-GT-GGAAAC------A--AG---TA--------AAAA-T-TA-T---CATTAGAATATGAATTCAGGTG---CTAGTTG-----------------AAA-GTATTTCAATGAC-TTTTGGTTATGCAATAA-----T-C------TTTAC-T-CG-TCATAAATGTATG----AA-CGTC-A--GTGTGGTAAAT--G---GCTA---TAAAATG----TGGGTTAT------CTTTGAATTtgtaaataaatatcttccttctcaccattacactgcagaaagcggattctgatttgaattatagatttgtcatagagccaaaataaatttctacaacaattgaatccggcatacagtactccatacccttaattattttgaatgtgacctccttcttcccagcgtaatcacaagtattacgtaacatttatacgttctataatgtgcttgttgcgaagttattttgtacaaaaggagcaattaatcaggggaaaagacaacaattggtttgtagacatgtcacatagcatcactttattgtaaccggaaggaatgccagtacgagacttttaacatatctttgattacgtcagcttctttgttgattaaatcataaagtcttcaaaatgtaccatacgataccaaagacaagtgcaaagtagtaaaagacttattcatttggaatcatcagctttagtattctagtgaaacaattttttcatgactttttgtttcaagatccttgacgtcgtataatgtatggaagccgtcagtgtgttaaatcgcgctaaatcaaaatgtggcaatttgaattgttaattaaagt
gi|12 : CCCCACTTTTTAA-CG-TT--GT--TT----C-GT--CAA--GGCCA--A-AAA-T-GACAGA--TCATATGT-A------TGTTAT----------TCC---C-AA-G-------------------------------ACATTTC------C-ACAA----AA-TAATGCAA-TTCCAT-TG--TA-TCTAG-A-------GATA----A-A----T-GA-A-A-TT-ACG-TTTTC--TATAA-CC--AT-T-A-----CA-----CTG--GAAA-A-----G-TGT-AA--CGCTTAAA-------GA-G---GA-Tggttttctaaagta
gi|5 : CCCATCTTTTAA-CG-T---TT--T-----T-TTTTCAA--G--CG-CA-AAA-T-GACAGA--TCATATGT-A---T-GTGTTA---A-AT----TCC---C-AACA-TTAAT-AAATAGCAAAATCAAAATAAAA-AACTTTACTAGAAAC-ACAA----A---A--AGAATATCC-----T-TA-TTTAG-A-------TA-AACT-A-A----T-TG-G-A----ACA-T------TCTAA-CC--AT-TTA-----TA-----CTG--G-AA-ATTTAAG-TGT-AAA-CATTT--GAAGACTTGA-G---GA-TTGTGATTTTA--TT--T-TATTGG-TA-T-AAGAGTCT-A--------TCG-CG-----A-TA-T-C---A-AATAA--TTATAA--A-ATT-AA----T---AC-----CGCGA---A---G-ACTTC-CATAC-CTT----AT-AA-TT-TTGAA-CATG-A---CCTTCTT------A---G-CG--------TAATCACAA-A--TAGTTACGT-AA--T-------TTACG-ATT------T---A--------T-AAAGTTGTTT--GCC--G--AAA-TATTTT---TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AGT-CA-G-GGG-AAA---A-GAAATA--TT-T-------ATT------TAG-A--A-T-T--------------------AC-TAG-TA--ACTT---A-TTGT-AA---CGGAA-----GA----T-G-GAGTCACAA-C----GA-A-C---TA---A-ATA-TTTTTGT--ATTTAGGGCA---TTTTTGTC-ATA--AA--T-CA------AAA--TTTCAAAT-GTTACATTCATAC------A-CA--GAAA-G-CAATGT-GA----------A--AG---T-----G-TGATAC-A-TA-T---CATT-GGA-ATC---TCTA--G---TTAGTTG----------CTAGT--TGA-AATTTTTCATGAC-TTTTGTTT----AAGAA-----T-C------TT-AC-TCCG-TCAT-AATGTATGG--AAG-CGTC-AGTGTGTA---AATC---GCGCTAAAT-AAATTG----T--GTTA------ATTTTGAATT----GTT-AATTA
gi|28 : CCCATCTGTTAA-CG-TT--GT--T-----TTGT--CAA--GG-CA-CA-AAA-TTGACAGA--TCATACGT-A------TGCTAT----------TCC---C-AA-A-C--AT-ACAaagt
gi|23 : CCATCTTTTAA-CG-TT--GT--T-----CTGT---AA--AGGCT-CA-AAA---------------ATGT-A---T-GTGTTA---A-AT----TCC---C-AA-A-C--GTTACA-----------AAAGAA----ACATTTC------C-ACAA----AT-TAATGCA
gi|25 : ATCTTTTAACAT-T---GT--TT----C-AT--CAA--GG-CA-CA-AAAAT-GACAGA--TCATATGT---TACTATTTTAT----------TCC---C-AA-A-C--AT-AC-----------AAAAGAA
gi|1 : tTTTTTTAA-GGCT---GT--TAGCTTC-GT--CAACAGGTCATCAGAAA-T-T---GA--CCA-ATCTTAATTT-ATGTCCT-TA-----TTTCCGCAC-AA-ATC--AT-ACA----------AATACAATATAACATTTC------CCACAATAATATATGCTCCAATTTTCCTATGTATG--CTAG-AGATAAATTATAATTTG-AAGACT-TA-ACA-TTTATT-CTTCT--TCTTAACC--ATGT-C-----CA-----CTG--G-AA-AA----G-TCTTAA--CGCAT--ATAAA---GATG---AA-TC-T-ATTTTAGAAT--TAGATC-G-CAAT-AAGAG-CT-A--------TC--GA-----A-TAATAC-CAAGAATAA-ATTCTAATTG-AAT-AACAATT---ATG----C-CGA---A-CA--ACTTCGCATAAGCCTTTCTAG-TAATTGTTGAAACGTGTA---ACCTTCCTCCCAGCC--G-TG--------TAATCACAGGAGATA-TTACGTTAA-AT-------TTACA-ATT------A---TA-------T-AGAGTTGTTTT-GCC--GGAAA--TATTAT-G-AACCAAAAGCGGCACAATAGT-AAT-CATG-AGG-AAAAGGG-AAAATAC-AT-TTTACAGAATT-CAACATAG-ATTA-T-TTCTAATCTTCCGGTTATAC-AA-TAG-AA--GTTTAACT-TTATCAA-C-CGGAACAGATG-----G-G-GAGT----A-CGTACGAGA-C---TA---A-ATATTCTTTG-TAATTTACGTTA--ATTTTTGTTGATTTGAT--T-ATGTCAAAAAA--TTTCAAAA-GTTAC---CATTC-----GAGTAGCCAAATG-CAA-GTCTG---C------AATAGTTTTA----G-AGAAAA-C-TG-TATCCATTAGAA-ATCAACTC----A---GTAGTTG----------CTAGT--ATA-ATTTTATCATGAC--TTTGTTT---CAAGAA-----TCC------TT-AA-T-CGTTTAT-AATGTATGT--AAG-CGTC-AGTGTGT----AAATCGCTCGCTAAATCAAAATAGTCTT--GTTA------ATTTTGAATTG---TTTGAATT
gi|18 : atcT--CAA--GG-CA-CAGAAA-T-GACAGA--TCATATGT-A------TTTTAT----------TCC---T-AA-A-C--AT-ACA-----------AAAGAA--TAA----------------------------TGCAATTGCCAT-TG--TA-CCTAACA-------TA-AATCTA-A----TAGA-A-A-TA-ACA-TCTTC--TCTtaatagt
gi|2 : TAATGTA-A----A-TA-A-A-T----A-TCTTCCTTCTCA-CC--AT-T-A-----CA-----CTGCAG-AA-A-----G-C-------------------------G---GATTC-TGATTTGA--ATTATAGATTTGTCA-T-A-GAG-------------------------------C-CAA-AATAA-ATTTCTA--C-AAC-AA----TTGAAT-----C-CGGCATA-CAGTAC-TC-CATACCCTT----AATTA-TT-TTGAA-TGTG-ACCTCCTTCTT------CCCAG-CG--------TAATCACAA-G--TA-TTACGT-AACAT-------TTATACGTT------C---TA-------T-AATG-TGCTT--GTTGCG--AAGTTATTTT-G-TAC-AAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAAA---G-ACAACA--AT-TG------GTT-TG---TAG-AC-A-TGT------------------C-ACATAG-CATCACTT---TATTGT-AA-C-CGGAA-----GGAA--T-GCCAGT----A-C----GAGA-CTTTTA---ACATA-TCTTTG--A--TTACGTCAGCTTCTTTGTTGATT--AAATC-AT------AAAGTCTTCAAAATG-TAC---CATAC-----GA-TAC-CAAA-GACAA-GT-GC---A------A--AG---TA----GTAAAAGA-CTTATT---CATTTGGA-ATCA--TC----AGCTTTAG-TATT--------CTAGTGAAACAATTTTTTCATGACTTTTTGTTT---CAAGAT-----C-C------TTGACGT-CG-T-AT-AATGTATGG--AAGCCGTC-AGTGTGTTA--AATC---GCGCTAAATCAAAATG----T--G--GC-----AATTTGAATT----GTT-AATTA
gi|27 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatatttaacgtcttgttcgtcaagcacaggatgacagatgtcatatgcattgttatgttcccaaaacatacaaaagaacTCTA-A----T-TATA-A-TC-AGA-TCCTC--TCTAA-TC--GT-T-A-----C------CAG--G-CC-T-----G-TGT-AA--TGATT--A-------GA-GAT-GA-TC-TGATTTTA--AT--TAaagt
gi|27 : tTTA-A----T-TA-A-AATC-AGA-TCATC--TCTAA-TC--AT-T-A-----CACAGGCCTG--G--------------T-AA--CGATT--A-------GA-GAG-GA-TC-TGATTATA--AT--TAGA
gi|26 : TA-A----T-TA-A-AATC-AGAGTCCTC--TCTAA-TC--GT-T-A-----C------ATT--G------------TGT-AATACGATT--AAA-----GA-G---GA-TC-TGATTTTA--AT--TAG
gi|26 : tcaaTA-A----T-TA-A-AATC-AGA-TCCTC--TTTAA-TCGTAT-T-A-----C-------------AC-A-----A-TGT-AA--CGATT--A-------GA-GAG-GACTC-TGATTTTA--AT--TA
gi|9 : tcaaTTC--TATAA-CC--AT-T-A-----CA-----CTG--G-AA-A-----AATGT-AA--CGCTG--AAA-----GA-G---AA-TC-TGATTTTA--AT--TAGAT-TG-TA-T-A-GAG-CT-AGATGGATATC--CG-----AATAAT-T-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-ATG-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATAC-CTT----AG-TA-TT-TTGAA-CGTG-A---CCCTTCT------TC--C-AGTGTATTACTAATCACAA-G--TA-TTACGT-AA-AT-------CTACA-ATT------T------------CTAAAGCAGTTT--GCC--GA-AA--TATTTT-G-TA-AAAATGGAGCG--AT--T-AAT-CC-G-GGG-AAA---ATGAAATA--TT-T-------ATg
gi|6 : ATTTG-CA-TTG-GAT-TT-A--------CC--CATTCATA-TGAT-T-CAA-AATGA-ATTATCA--A-A-T-GA----TG--AC-----C-CGA---A-CGG-GATTC-CATACA-TT----AA-TT-TT-TTGAA-CATG-A---CCCTCCT------CC--ACAG--------TTATCACAA-G--TA-TTACAT-GA-ATTTGAAAGTTACA-ATTTCATTGT---AACATTGCCC-AAAGTAGTTT--GCA--GA-AA--TATTTT-G-TA-AAAGATGAGCG--AT--C-AAT-CA-GAGGG-AAT---G-AAAACA--TT-T-------GTA-TAT--TAG-A--A-C-T------------------G-G---GG-GA--ACTT---TATCGT-AA-C-CGGAA-----GT----T-G-GAGT----A-C----AAAA-C---TAATTA-ATG-TCACCAT--GTTTACTTCA--TTCTTTGTTGATC--AA--TCAT------AAA--TTTCAAAT-G-T-T---CA-AA-----GA-TA--CAAT-G-TAA-CT-TA---CCTGCATA--AG---TACATTGTAGAAAAGC-TA-T---TGTT-GTA-ATAA--TCAA--G----TAGATGTA--------T--AT--AAG-A-TTTTTCGTGTG-TTGTGTTT---CCGGAACTATTT-CGATCGTTT-AC-A-TG-TCATAGA-GTATGG--AAG-CGTCGG-TGTGTC---AAGC---GCGCTAAA-CAAAAAG----T--GT
gi|7 : gcaA---A-CAG-ACTTC-CATAC-CCT----AG-TA-TT-TTG----------------CTT------CCA-G-CG--------TAATCACTA---CTA-TTACGT-AA-AT-------TTACG-ATT------T---A--------T-AAAGTTGTTT--GCC--G--AAA-TATTTT-G-TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGG-AAAA--G-AAAACA-----T-------ATT------TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-TA--ACTT---TATTGT-AA-C-CGGAA-----GA----T-G-AAGT----A-C----GAGA-C---TA---A-ATA-TTTTTGT--ATTTACGGCA--TTTTTTGTGAATA--AA--TCAC------ACA--TTTCAAAT-G-TAC---CATGC-----GA-CA--CAAA-G-CAA-GT-GC---A------A--AG---TA----G-AG-TAA-C-TA-T---CATT-GGA-ATCA--TCA---G---TTAGTTG----------CTAGT--AAC-A-TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AG-A-CG-CAGAAAATGTTTGGGCAAG-CGTC-A-TGTGTTGTGAATT----CGCT--GTCA---------------AT-----ATTTCAAACTCTCGCTT-AATT
gi|10 : A-AGC-A-TTA-GT-A---T-------CTA---ATT------T---AA----------AAGTT-TTT--GCC--G--AAA-TATTTT-G-TACCAAA-GGAGCA--AT--------CA-G-GGG-AAA---A-GAAACA--TT-T-------ATT-TA---TAA-A--A-T-T--------------------A--TAG-TA--ACTT---T-ATGT-AAAC-CGGAA-----GATCAGT-G-GAGT----A-T----GAGA-C---T-------TA-TCTTTGT--ATTTACGTAA--TTTTT-GTTGATA--AA--TCAT------ACA--TTTCAAAT-G-TAC---CATAC-----GA-TA--CAAA-A-TAA-GT-GC---A------A--AG---TA----G-AG-AAA-T-TA-T---CATTGGAA-ttgcgcactctgtataattaaattac
gi|13 : cgtgactctcttctacaggcccattttatctctttcaaatA-AT-------TTACA-ATT------TTTTAA----------AAGTAGTTT--GCC--G--AAA-TATTTT-GCTACAATAA--ATCG--AT--TTAATTCA-G-GGG-AAATT-A-AAAATA--GTAT-------AAC------TAG-A--A-T-T------------------CCAC-TAG-TA--ACTTA--T-TTGC-AA-C-CGGAA-----G-----TTG-GGGT----A-C-----AGA-C---TA---A-ATA-TCATT
gi|22 : gt-G-GGG-AAA---A-GAAACATCCT-T-------ATCATG---TAGTA--ACT-T------------------C-AC-TAGGTA--ACTT---TATTGT-AA-C-CGAGA-----T-----C-G-GAGT----A-A----GGTA-C----A---A-ATG----TTGTT--TTTGCATcaaaatatttttttc
gi|16 : --AA--TCAT------AAA--TTTCAAAA-G-TAC---CATAC-----GA-TG--CAAA-G-CAA-GT-GC---A------A--AG---TA----G-AG-AAA-C-TA-T---GATTAG-A-ATCA--TCA---G---TTAGTTGCTAGTGATGATCAGT--GAT-A-TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAG
gi|21 : a-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AC-T-CG-TC--------ATGG--AAG-CGTC-AGTGTGTA---AATC---GCGCTAAATCAAAATG----T--GTTACATGTAATTTTGAATT----GTT-AATTA
gi|29 : TGG--AAG-CGTC-AGTGTGTA---AATC---GCGCTAAATCAAAATG----T--GGTA------ATTTTGAATT----GTT-AATTAaagta
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGAAAGATTTTTATAATGTTTGTTTACTATATTATAACAGAAAAAAACCCAACTACAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACATAATTTATTATAGATCAACAAACATTAAACATTATTTTTTCAAGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATACTGCTATATTCTTTCA
Unaligned ( gi|11 ): CCACCCCACATCACCCCACCCCGCCTCCTCCTCCCCCCCCCCCCACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATAAAAACAGAAAAAAAAGACAAAAAAATAAGAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTAACTAATCTCTACCCCTCGCACATGTTCACAGGGTCAAAATGACATGTTTTAAATACAATAATTCCTACGAATGAAAAAAATATCCATTCC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATACGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATGAATACCTTATTACATAGGTTATGTAAAAATGTTCAATACATTATCTTCATAATGTACAAAAAACATTTAACAGCTTAAATAGAACATTCATTCA
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTTTCTCTTCGGAGCAGGGCTATGATAGATTACTGCTTTAAATGTGACTGTGTTTTGTTGTCTTCTCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GAAATTTGATTTTTATGAACTTGTTTAATTTTCTCAGATTTAGAAAATAACTCAAGAATCCCTTCCCTCTCTCTGCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|20 ): CCTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCTTTTGCAAACCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAATGAATAAATTAAATTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCAGGAGATAACAACAAAAAAAGGAATTTAAAGTAAGACAGTTTTTTTCTTAGGAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 22222 1111 22222222 33333333333 444444444444444444444444444444444444444444 111 111 11111111 33333333 111 222222222 11 3333333333333333 1 1 444444444444444444444444444444 1111 222222222222222 1 1111 1111 333333333333333 111 1111111 3333333333333333 11 111 1111111111 1111 33333333333333333333333 11111 33333333333 11111111 111111 11 11111 11 11111 11111111 11 333333333333333333 11111111111111 11 1111 333333
lowQualScore : 66 4 66 00000 4 55 2222 4 8 55 11111111 777 11111111111 777 55 444 4 55 888888888888888888888888888888888888888888 2 66 222 5 000 3 55555555 666 11111111 22 4 9999 4 4 333 2 4 666666 4 4 4 777 66 4 000000000 4 00 1 6666666666666666 5 66 66 5 5 5 5 7 5 222222222222222222222222222222 5 77 0000 777 444444444444444 5 888 5 0 5 66 5 1111 66 5 5 55 0 66 1111 444444444444444 333 4 4 77 3333333 444 3333333333333333 4 3 99 55 4 4 4 4 5 55 333 55 4 4 3 3 55 3 7777 3 3 3 3 0000000000 4 7777 4 99 4 4 66666666666666666666666 44444 55 4 4 4 55555555555 4 8888 4 8888 4 00000000 4 4 0 55 4 66 5 55 222222 66 4 55 777 11111 4 00 4 4 55555 66 5 4 4 33333333 8 7 555 4 777 66 66 66 5 5 66 5 333333333333333333 4 777 99999999999999 5 888 0 55 0 66 4 4 4 4 4 5 77777 0000 66 0 000000 5 99
lowQualScore : .. . .. ..... . .. .... . . .. ........ ... ........... ... .. ... . .. .......................................... . .. ... . ... . ........ ... ........ .. . .... . . ... . . ...... . . . ... .. . ......... . .. . ................ . .. .. . . . . . . .............................. . .. .... ... ............... . ... . . . .. . .... .. . . .. . .. .... ............... ... . . .. ....... ... ................ . . .. .. . . . . . .. ... .. . . . . .. . .... . . . . .......... . .... . .. . . ....................... ..... .. . . . ........... . .... . .... . ........ . . . .. . .. . .. ...... .. . .. ... ..... . .. . . ..... .. . . . ........ . . ... . ... .. .. .. . . .. . .................. . ... .............. . ... . .. . .. . . . . . . ..... .... .. . ...... . ..
lowQualScore : 11 4 11 00000 4 55 5555 0 0 55 00000000 000 66666666666 000 55 666 0 55 555555555555555555555555555555555555555555 5 99 111 0 000 2 33333333 888 77777777 55 4 4444 4 4 666 6 4 000000 4 4 4 888 11 4 000000000 4 66 0 2222222222222222 0 99 99 4 7 7 7 1 7 333333333333333333333333333333 7 11 1111 777 444444444444444 7 888 0 0 0 99 0 0000 99 0 0 11 2 99 9999 999999999999999 999 4 4 22 0000000 444 9999999999999999 0 7 55 55 0 0 0 0 0 77 555 55 0 0 6 6 00 6 7777 6 6 6 6 6666666666 0 3333 0 55 0 0 66666666666666666666666 00000 55 0 0 0 55555555555 0 5555 0 5555 0 77777777 0 0 9 55 0 11 0 44 888888 11 4 00 888 11111 4 66 4 4 66666 11 3 4 4 77777777 9 3 222 4 888 88 99 99 0 0 99 0 222222222222222222 4 888 88888888888888 0 000 9 11 1 11 4 4 4 4 4 3 88888 6666 99 1 333333 7 22
consensus : CCCCATCTTTTAACGT--TG-T--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-TGACAGAT--CATATG-TATTA--TGT---TAT-----T-----CC---C--AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-TAA-A-TTACA-TCTTC--TC--TAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-ATC-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCT---TCTTCCCA---GC-G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTNAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
Reference ( family-5583 ) : CCCCATCTTTTAACGT--TG-T--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-TGACAGAT--CATATG-TATTA--TGT---TAT---A-T-----CC---C--AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-TAA-A-TCANA-TCTTC--TC--TAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGNTT-A-A-GA---GA--G-ATC-TGATTTTA--ATTA--GATTTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCC---TCCTCC-----GC-G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTAAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GNA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---NAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCATA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TNAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|1 : TTTTTTAAGGC--TG-T--TAGCTTC-GTCAACAGGTCATCAGA-AAT-TGACCAAT--CTTA-A-T-TTA--TGTCCTTAT---T-T-----CCGCAC--AAATC-A-T--ACA---AATAC--------AATATAACA---TTT-C------CCACAATAA-T-ATATGCTCCAATTTTCCTATGT--A-TGCTAGAGATAAATTATAATTTG-AAGACT-TAACA-TTTAT-TCTTC--TTCTTAACCATGT-C-CA---CTG--G-AA-AA----G-TCTTAA--CGCAT-ATA-AA---GATGA-ATC-T-ATTTTAGAATTA--GATC-G-CAAT-AAGAG-CT-A--------TC--GA-----A-TAATAC-CAAGAATAA-ATTCTAATTG-AAT-AACAATT---ATG----C-CGA---A-CA--ACTTCGCATAAGC-CTTTCT--AGTAATTGTTGAAACGTGTAACCT---TCCTCCCAGCCGT-G------TAATCACAGGAGATA-TTACGTTAA-AT-------TTACA-ATTATAT-------------AGA-GTTGTTTT-GC--CGGAAAT-ATTAT-G-AACCAAAAGCGGCACAATAGT-AAT-CATG-AGGAAA--A-GGGAAA-ATA-C-AT--TTTACAGAATT-CAACATAG-ATTA-T-TTCTAATCTTCCGGTTATAC-AA-TAGAAGTTTA--ACTTTATC--AA-C-CGG-AACAGATG-----GG-GAGT----A-CGTACGA-GAC---TA---A-ATATTCTTTGT--AATTTACGTTA--ATTTTTGTTGA-TTTGATTATGTCAAAAAA--TTTC-AAAAGTT-AC---CATTC-----GAGTAGCCAAATG-CAA-----GTCTGCA-ATAGTTTTA----G-AGAAAA-C-TG-TATCCATTAGAAATCAACTCAG--T--AGT-TG--CTA-GT--AT---AAT--------TTTATCATGAC--TTTGTTT---CAAGAA-----TCC------TT-AAT-CGTT-TATAATGTATGT--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--GCTCGCTAAATCAAAATAGTCTT--GTTA------ATTTTGAATT-GTTTGAATT
gi|10 : atcATAAG---CA-TTA-GT-A---T-------CTA---ATTTAA---------------AA-GTT-TTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACCAAA-GGAGC---------AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAA-A--A-T-T--------------------A--TAG-----TA--ACTTTAT-GTAAAC-CGG-AA-----GATCAGTG-GAGT----A-TG----A-GAC---T-------TAT-CTTTGT--A-TTTACGTAA--TTTT-TGTTGA-TA-AATCAT------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-A-TAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-T-TA-T---CATT-GGAAtaatagt
gi|12 : cgtgactctcttctacaggcccattttatctctttcaaCCCCACTTTTTAACGT--TG-T--TT----C-GTCAA--GG----CCAA-AAA-TGACAGAT--CATATG-TAT-----GT---TAT-----T-----CC---C--AAG---------------------------------ACA---TTT-C------C-ACAA--AAT-A-ATGC---AATT-CCAT-TGT--A-T-CTAGAG-------ATAA-----A----T-GAA-A-TTACG-TTTTC--TA--TAACCAT-T-A-CA---CTG--GAAA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A--A---GA--G-
gi|13 : A-AT-------TTACA-ATTTTTT-------------AAAAGTAGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-GCTACAATAA--ATCG--AT--TTAATTCA-G-GGGAAATTA-A----A-A-A-T-A-----------GTA-TAAC-TAG-A--A-T-T------------------CCAC-TAG-----TA--ACTTATTTGCAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GGGT----A-C-----A-GAC---TA---A-ATAT-C-------A-TTCAAAATA--TTTTTTgat
gi|16 : gt-AATCAT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TG--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-C-TA-T---GATTA-GAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--GAT--GATCAGTGATATTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGtc
gi|18 : aTCAA--GG----CACAGAAA-TGACAGAT--CATATG-TATT-----T---TAT-----T-----CC---T--AAA-C-A-T--ACA---AAA-------------------------------------GA--A-T-A-ATGC---AATTGCCAT-TG--TA-C-CTAACA------TA-AATCTA-A----TAGAA-A-TAACA-TCTTC--TC--T
gi|2 : CCCCATATTT-AACGTCTTG-T--T-----C-GTCAA--G-----CACA-GGA-TGACAGATGTCATATG-CATT----GT---TAT---G-T-----TC---CCAAAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-CTAATG---T--------------AA--A-T-A-A
gi|2 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccTAATGTA-A----A-TAA-A-T---A-TCTTCCTTC--TCACCAT-T-A-CA---CTGCAG-AA-A-----G-CG-------GATT------------------C-TGATTTGA--ATTATAGATTTGTCA-T-A-GAG-C-------------------------------CAA-AATAA-ATTTCTA--C-AAC-AA----TTGAAT-----C-CGGCATA-CAGTACT-C-CATA--C-C---CTTAATTA-TT-TTGAA-TGTG--ACCTCCTTCTTCCCA---GC-G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AACAT-------TTATACGTTCTAT-------------AAT-GT-GCTT--GTTGCG-AAGTTATTTT-G-TACAAAA-GGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----ACA-A-CAAT--TG------GTT-TG---TAG-AC-A-TGT------------------C-ACATAG-----CATCACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GGAA--TGCCAGT----A-CG----A-GACTTTTA---ACATAT-CTTTG---A--TTACGTCAGCTTCTTTGTTGATTA-AATCAT------AAAGTCTTCAAAATGT--AC---CATAC-----GA-TAC-CAAA-GACAA-----GT--GCA-A-AGT---A----GTAAAAGA-CTTATT---CATTTGGAATCA--TCAGCTTT-AGTATT--CTA-GT--GAAACAAT--------TTTTTCATGACTTTTTGTTT---CAAGAT-----C-C------TTGA---CGTCGTATAATGTATGG--AAGCCGTCA-GTG-T-GTTAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--G--GC-----AATTTGAATT-GTT--AATTAatatcttccttctcaccattacactgcagaaagcggattctgatttgaattatagatttgtcatagagccaaaataaatttctacaacaattgaatccggcatacagtactccatacccttaattattttgaatgtgacctccttcttcccagcgtaatcacaagtattacgtaacatttatacgttctataatgtgcttgttgcgaagttattttgtacaaaaggagcaattaatcaggggaaaagacaacaattggtttgtagacatgtcacatagcatcactttattgtaaccggaaggaatgccagtacgagacttttaacatatctttgattacgtcagcttctttgttgattaaatcataaagtcttcaaaatgtaccatacgataccaaagacaagtgcaaagtagtaaaagacttattcatttggaatcatcagctttagtattctagtgaaacaattttttcatgactttttgtttcaagatccttgacgtcgtataatgtatggaagccgtcagtgtgttaaatcgcgctaaatcaaaatgtggcaatttgaattgttaattaaagt
gi|21 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatatttaacgtcttgttcgtcaagcacaggatgacagatgtcatatgcattgttatgttcccaaaacatacaaaagaac-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCAT---------GG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTACATGTAATTTTGAATT-GTT--AATTAaagt
gi|22 : -G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-ATCCTT------ATCATG---TAGTA--ACT-T------------------C-AC-TAGG----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGA-GA-----T-----CG-GAGT----A-AG----G-TAC----A---A-ATG----TTGT--T-TTTGCATaagta
gi|23 : CCATCTTTTAACGT--TG-T--T-----CTGTAAA--GG----CTCA-AAA--------------ATG-TA-TG--TGT---TAA---ATT-----CC---C--AAA-C-GTT--AC----AAAAG--------A----AACA---TTT-C------C-ACAA--ATT-A-ATGC---A
gi|25 : ATCTTTTAACAT--TG-T--TT----C-ATCAA--GG----CACA-AAAATGACAGAT--CATATGTTACTA--TTT---TAT-----T-----CC---C--AAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-
gi|26 : tTA-A----T-TAA-AATCAGAGTCCTC--TC--TAATCGT-T-A-CA---TTG---------------TGT-AATACGATT-A-AAGA---G---G-ATC-TGATTTTA--ATTA--G
gi|27 : tcaaTTA-A----T-TAA-AATCAGA-TCATC--TC--TAATCAT-T-A-CA---CAG--G-CC-T-----G--GT-AA--CGATT---A-GA---GAG-G-ATC-TGATTATA--ATTA--GA
gi|28 : CCCATCTGTTAACGT--TGTT--T-----T-GTCAA--GG----CACA-AAATTGACAGAT--CATACG----TA--TGC---TAT-----T-----CC---C--AAA-C-A-T--ACA---
gi|29 : TGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GGTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|3 : gCCCCATCTTTTAAAGT---G-T--T-----C-GTCAA--GGG---CACA-AAA-TGA-AGAT--CATATG-TAATACATGT---TATCACA-TGTTTTCC---C--AAA-C-A-T--ACATTTAAAAG--------AACATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-TTA-CTGC---AATTTCCAT-TGTATA-T-CTAGA-------TATAATTTA-A----T-TAA-A-TTACA-CCTTC--TC--TTACCAT-T-A-C----CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A---GA---G---G-ATC-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--CGC---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--AACT---TTTTCC-----GA-G------TAATCACAAAGC-TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTAAC-------------AGA-GTTGTTT--GC--TG--AAT-ATCTT-G-TACAAAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--G-A----A-A-A-C-AA--TT------ATC-CA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----CA--ACTTT-TTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGTTAA-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TC-AAT-AT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GGC-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGAAATCA--TC-G--TT-AGT-TGTCTTA-GT--AA---TAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCATG-AATGTATGG--AAG-CGTCA--TG-T-G-T-AATCCGG--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAT-----ATTTTGAATTCCTT--AATTAaagt
gi|4 : CCCCATATTTTAACGT--TG-TCTT-----T-GTCAA--GG----CA-A-AAA-TGACAGAT--CATCTA-TGT-A--TGT---TAT-----T-----CG---C--ACA-TTA-T--ACA---AA--G--------AA-A-AACA---TTT-TA-----C-A-AA--A-T-A-ATGC---A-TTTCC-T-TGT-TACT-CTAGAG------TATAATTTGTA----T-TGA-A-TTACA-TCTTC---A--TAACCAT-T-AACAAACTTG--G-AACA-----GATGT-AA--CGTTA-A-A-GA---AG--G-ATA-TGCATTTA--ATTA--GATC-G-C--T-ACGAG-TTTA--------CCACCG-----AATTAT-CACAC-AATAATCTCCTAA--ACAATGAA----T---ACACACAC-CGA---AGCAGTACTTA-CATA--C-C----T--AGTA-TT-TCTA-----------T---TCTTCA-----GA-A------TA-TTACA-G---TA-TTACGT-AG--T-------TTA---ATTCTAT-------------AAA-GTTGTTTTGGC--AA-GAAT-ATTTTCG-TA--AAAAGAAGC---AT--T-A---TA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A------T------------------C-AT-AAG-----TA----TTTATTGTCA-CGCGGAAA-----G-----AT-GAGT----ATCG----AGGGC---T----A-ATAT-CTATGT--A-TTTAGGTCA---TTTTTGTTGA-TC-AAATAT------AA----TTT-AAATGTAAAA---TATACACGAAGA-TA--CAAA-G--AA-----GT--GGA-A-ACA---A----G-TAAAAA-T-TA-T---CATTA-GAAT-A--TGAA--TTCAGG-TG--CTA-GTTGAA---AGT--------ATTTCAATGAC-TTTTGGTTATGCAATAA-----T-CT-----TT-ACT-CGTCATA-AATGTATG----AA-CGTCA-GTG-TGG-TAAAT---G---GCTA---TAAAATG----TGGGTTAT------CTTTGAATT-G
gi|5 : CCCATCTTTTAACGT--TT-T--T-----T-TTTCA--AG----CGCA-AAA-TGACAGAT--CATATG-TAT-G--TGT---TAA---A-T-----TC---C--CAA-C-A-TTAATA---AATAGCAAAATCAAA-ATAAAAAACTTTACTAGAAAC-ACAA--A---A-A-G----AATATCC-----T-TA-T-TTAGA---------TAAACTA-A----T-TGG-A---ACA-T------TC--TAACCAT-TTA-TA---CTG--G-AA-ATTTAAG-TGT-AAA-CATTTGA-A-GACTTGA--GGATTGTGATTTTA--TTT---TATTGG-TA-T-AAGAGTCT-A--------TCG-CG-----A-TA-T-C---A-AATAA--TTATAA--A-ATT-AA----T---AC-----CGCGA---A---G-ACTTC-CATA--C-C---TT--ATAA-TT-TTGAA-CATG--ACCT---TCTTA------GC-G------TAATCACAAA---TAGTTACGT-AA--T-------TTACG-ATTTA-T-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT---TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AGT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-T-AT--TT------ATT-TA-----G-A--A-T-T--------------------AC-TAG-----TA--ACTT-ATTGTAA-C--GG-AA-----GA----TG-GAGTCACAA-CG----A--AC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTAGGGCA--TTTTT-GTC-A-TA-AATCA-------AAA--TTTC-AAATGTT-ACATTCATAC------A-CA--GAAA-G-CAAT----GT--G-A-A-AGT--------G-TGATAC-A-TA-T---CATT-GGAATCT--CTAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--TG---AAA--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT----AAGAA-----T-C------TT-ACTCCGTCAT--AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAAT-AAATTG----T--GTTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTAgttttctaaagta
gi|6 : ATTTG-CA-TTG-GAT-TT-A--------CC--CATTCATA-TGAT-T-CAA-AATGA-ATTATCA--A-A-T-GA----TG--AC-----C-CGA---A-CGG-GATTC-CATA--C-A---TT--AATT-TT-TTGAA-CATG--ACCC---TCCTCC-----ACAG------TTATCACAAG---TA-TTACAT-GA-ATTTGAAAGTTACA-ATTTCATTGTAACATTGCCCAAA-GTAGTTT--GC--AG-AAAT-ATTTT-G-TA-AAAGATGAGCG--AT--C-AAT-CA-GAGGGAAT--G-A----A-A-A-C-AT--TT------GTA-TAT--TAG-A--A-C-T------------------G-G---GG-----GA--ACTTTATCGTAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GAGT----A-CA----A-AAC---TAATTA-ATGT-CACCAT--G-TTTACTTCA--TTCTTTGTTGA-TC-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT---T---CA-AA-----GA-TA--CAAT-G-TAACTTACCT--GCATA-AGT---ACATTGTAGAAAAGC-TA-T---TGTT-GTAATAA--TCAA--GT-AGA-TG---TATAT--AA---GA---------TTTTTCGTGTG-TTGTGTTT---CCGGAACTATTT-CGATCGTTT-ACA-TGTCATA-GA-GTATGG--AAG-CGTCG-GTG-T-G-TCAAGC--G--CGCTAAA-CAAAAAG----T--GTaagt
gi|7 : gcaA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTG-----------------CTTCCA----GC-G------TAATCACTAC---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACG-ATTTA-T-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-AAC-AT----------ATT-TA-----G-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GA----TG-AAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTACGGCA--TTTTTTGTGAA-TA-AATCAC------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATGC-----GA-CA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-TAA-C-TA-T---CATT-GGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---CA---------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AGA-CGCAGAA-AATGTTTGGGCAAG-CGTCATGTGTT-G-TGAATT-----CGCT--GTCAATAT
gi|9 : TTC--TA--TAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----AATGT-AA--CGCTG-A-AAGA---GA----ATC-TGATTTTA--ATTA--GATT-G-TA-T-A-GAG-CT-AGATGGATATC--CG-----AATAAT-T-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-ATG-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---TT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCC---TTCTTCCA---GT-GTATTACTAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------CTACA-ATTT-CT-------------AAA-GCAGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TA-AAAATGGAGCG--AT--T-AAT-CC-G-GGGAAA--ATG----A-A-A-T-AT--TT------ATttcaaactctcgcttaattttgcgcactctgtataattaaattac
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGAAAGATTTTTATAATGTTTGTTTACTATATTATAACAGAAAAAAACCCAACTACAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACATAATTTATTATAGATCAACAAACATTAAACATTATTTTTTCAAGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATACTGCTATATTCTTTCA
Unaligned ( gi|11 ): CCACCCCACATCACCCCACCCCGCCTCCTCCTCCCCCCCCCCCCACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATAAAAACAGAAAAAAAAGACAAAAAAATAAGAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTAACTAATCTCTACCCCTCGCACATGTTCACAGGGTCAAAATGACATGTTTTAAATACAATAATTCCTACGAATGAAAAAAATATCCATTCC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATACGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATGAATACCTTATTACATAGGTTATGTAAAAATGTTCAATACATTATCTTCATAATGTACAAAAAACATTTAACAGCTTAAATAGAACATTCATTCA
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTTTCTCTTCGGAGCAGGGCTATGATAGATTACTGCTTTAAATGTGACTGTGTTTTGTTGTCTTCTCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GAAATTTGATTTTTATGAACTTGTTTAATTTTCTCAGATTTAGAAAATAACTCAAGAATCCCTTCCCTCTCTCTGCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|20 ): CCTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCTTTTGCAAACCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAATGAATAAATTAAATTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCAGGAGATAACAACAAAAAAAGGAATTTAAAGTAAGACAGTTTTTTTCTTAGGAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111 22222222 222222222 1111 444444444444444444444444444444444444444444 111 111 11111111 33333333 11111 222222222 11 3333333333333333 11 1 444444444444444444444444444444 1111 222222222222222 1 1111 22222222222222222 111 1111111 2222222222222222 11 111 1111111111 1111 33333333333333333333333 11111 33333333333 11111111 111111 11 11111 11 11111 11111111 11 333333333333333333 11111111111111 1111 1111 333333
lowQualScore : 66 66 4444444 55 2222 4 4 4 55 66666666 777 55 55 111111111 2222 444 4 55 888888888888888888888888888888888888888888 2 66 222 5 000 3 55555555 666 11111111 22 4 9999 555 11111 666 4 55 2 4 4 4 777 66 4 000000000 4 00 1 0000000000000000 555 66 66 22 5 5 5 7 5 222222222222222222222222222222 5 77 0000 777 444444444444444 5 888 5 0 5 66 5 1111 66 5 5 55 0 9999999999 22222222222222222 333 4 4 77 3333333 444 6666666666666666 4 99 55 4 4 4 4 88 00 333 55 4 4 3 3 55 3 7777 3 3 3 3 0000000000 4 7777 4 99 4 4 66666666666666666666666 44444 55 4 4 4 55555555555 4 8888 4 8888 4 00000000 4 4 0 55 4 66 5 55 222222 66 4 55 777 11111 4 00 4 4 55555 66 1 4 4 33333333 8 7 555 4 777 66 66 66 5 5 66 5 333333333333333333 4 777 99999999999999 5 888 9999 0 66 4 4 4 4 4 0 77777 0000 66 0 000000 5 99
lowQualScore : .. .. ....... .. .... . . . .. ........ ... .. .. ......... .... ... . .. .......................................... . .. ... . ... . ........ ... ........ .. . .... ... ..... ... . .. . . . . ... .. . ......... . .. . ................ ... .. .. .. . . . . . .............................. . .. .... ... ............... . ... . . . .. . .... .. . . .. . .......... ................. ... . . .. ....... ... ................ . .. .. . . . . .. .. ... .. . . . . .. . .... . . . . .......... . .... . .. . . ....................... ..... .. . . . ........... . .... . .... . ........ . . . .. . .. . .. ...... .. . .. ... ..... . .. . . ..... .. . . . ........ . . ... . ... .. .. .. . . .. . .................. . ... .............. . ... .... . .. . . . . . . ..... .... .. . ...... . ..
lowQualScore : 11 11 2222222 55 5555 0 0 0 55 77777777 000 55 55 555555555 5555 666 0 55 555555555555555555555555555555555555555555 5 99 111 0 000 2 33333333 888 77777777 55 4 4444 222 11111 222 4 55 5 4 4 4 888 11 4 000000000 4 66 9 7777777777777777 111 99 99 44 7 7 7 1 7 333333333333333333333333333333 7 11 1111 777 444444444444444 7 888 0 0 0 99 0 0000 99 0 0 11 2 1111111111 44444444444444444 999 4 4 22 0000000 444 7777777777777777 0 55 55 0 0 0 0 11 88 555 55 0 0 6 6 00 6 7777 6 6 6 6 6666666666 0 3333 0 55 0 0 66666666666666666666666 00000 55 0 0 0 55555555555 0 5555 0 5555 0 77777777 0 0 9 55 0 11 0 44 888888 11 4 00 888 11111 4 66 4 4 66666 11 1 4 4 77777777 9 3 222 4 888 88 99 99 0 0 99 0 222222222222222222 4 888 88888888888888 0 000 8888 1 11 4 4 4 4 4 8 88888 6666 99 1 333333 7 22
consensus : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCT---TCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
Reference ( family-5583 ) : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCT---TCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTNAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|1 : TTTTTTAAGGC--TGT--TAGCTTC-GTCAACAGGTCATCAGA-AAT-T-GACCAAT--CTTA-AT--TTA--TGTCCTT--A--T---------TTCCGCACAAATC-A-T--ACA---AATAC--------AATATAACA---TTT-C------CCACAATAA-T-ATATGCTCCAATTTTCCTATGT--A-TGCTAGAGATAAATTATAATTTG-AAGACT-T-AACATTTA-TT-CT-TCTTC--T-TAACCATGT-C-CA---CTG--G-AA-AA----G-TCTTAA--CGCAT-ATA-AA---GATGA-AT-C-T-ATTTTAGAATTA--GATC-G-CAAT-AAGAG-CT-A--------TC--GA-----A-TAATAC-CAAGAATAA-ATTCTAATTG-AAT-AACAATT---ATG----C-CGA---A-CA--ACTTCGCATAAGC-CTTTCT--AGTAATTGTTGAAACGTGTAA-CCT---TCCTCC-CAGCCGTG------TAATCACAGGAGATA-TTACGTTAA-AT-------TTACA-ATTATAT-------------AGA-GTTGTTTT-GC--CGGAAA-TATTAT-G-AACCAAAAGCGGCACAATAGT-AAT-CATG-AGGAAA--A-GGGAAA-ATA-C-AT--TTTACAGAATT-CAACATAG-ATTA-T-TTCTAATCTTCCGGTTATAC-AA-TAGAAGTTTA--ACTTTATC--AA-C-CGG-AACAGATG-----GG-GAGT----A-CGTACGA-GAC---TA---A-ATATTCTTTGT--AATTTACGTTA--ATTTTTGTTGA-TTTGATTATGTCAAAAAA--TTTC-AAAAGTT-AC---CATTC-----GAGTAGCCAAATG-CAA-----GTCTGCA-ATAGTTTTA----G-AGAAAA-C-TG-TATCCATTAGAAATCAACTCAG--T--AGT-TG--CTA-GT--AT---AAT--------TTTATCATGAC--TTTGTTT---CAAGAA-----TCC------TT-AAT-CGTT-TATAATGTATGT--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--GCTCGCTAAATCAAAATAGTCTT--GTTA------ATTTTGAATT-GTTTGAATT
gi|10 : atcATAAG---CA-TTA-GT-A---T-------CTA---ATTTAA---------------AA-GTT-TTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACCAAA-GGAGC---------AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAA-A--A-T-T--------------------A--TAG-----TA--ACTTTAT-GTAAAC-CGG-AA-----GATCAGTG-GAGT----A-TG----A-GAC---T-------TAT-CTTTGT--A-TTTACGTAA--TTTT-TGTTGA-TA-AATCAT------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-A-TAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-T-TA-T---CATT-GGAAtaatagt
gi|12 : cgtgactctcttctacaggcccattttatctctttcaaCCCCACTTTTTAACGT--TGT--TT----C-GTCAA--GG----CCAA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-AT-----GT---T--A--T---------TCCC----AAG---------------------------------ACA---TTT-C------C-ACAA--AAT-A-ATGC---AATT-CCAT-TGT--A-T-CTAGAG-------ATAA-----A----T-G-AA-----A-TTACG-TTTTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTG--GAAA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A--A---GA--G-
gi|13 : A-AT-------TTACA-ATTTTTT-------------AAAAGTAGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-GCTACAATAA--ATCG--AT--TTAATTCA-G-GGGAAATTA-A----A-A-A-T-A-----------GTA-TAAC-TAG-A--A-T-T------------------CCAC-TAG-----TA--ACTTATTTGCAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GGGT----A-C-----A-GAC---TA---A-ATAT-C-------A-TTCAAAATA--TTTTTTgat
gi|16 : gt-AATCAT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TG--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-C-TA-T---GATTA-GAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--GAT--GATCAGTGATATTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGtc
gi|18 : aTCAA--GG----CACAGAAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATT-----T---T--A--T---------TCCT----AAA-C-A-T--ACA---AAA-------------------------------------GA--A-T-A-ATGC---AATTGCCAT-TG--TA-C-CTAACA------TA-AATCTA-A----TAG-AA-----A-TAACA-TCTTC--TCT
gi|2 : CCCCATATTT-AACGTCTTGT--T-----C-GTCAA--G-----CACA-GGA-T-GACAGATGTCATATGC-ATT----GT---T--A--TGT-------TCCCA---AAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-CTAATG---T--------------AA--A-T-A-A
gi|2 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccTAATGTA-A----A-T-AA-----A-T---A-TCTTCCTTCTCACCAT-T-A-CA---CTGCAG-AA-A-----G-CG-------------------------G-ATTC-TGATTTGA--ATTATAGATTTGTCA-T-A-GAG-C-------------------------------CAA-AATAA-ATTTCTA--C-AAC-AA----TTGAAT-----C-CGGCATA-CAGTACT-C-CATA--C-C---CTTAATTA-TT-TTGAA-TGTG--A-CCTCCTTCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AACAT-------TTATACGTTCTAT-------------AAT-G-TGCTT--GTTGCG-AAGTTATTTT-G-TAC-AAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----ACA-A-CAAT--TG------GTT-TG---TAG-AC-A-TGT------------------C-ACATAG-----CATCACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GGAA--TGCCAGT----A-CG----A-GACTTTTA---ACATAT-CTTTG---A--TTACGTCAGCTTCTTTGTTGATTA-AATCAT------AAAGTCTTCAAAATGT--AC---CATAC-----GA-TAC-CAAA-GACAA-----GT--GCA-A-AGT---A----GTAAAAGA-CTTATT---CATTTGGAATCA--TCAGCTTT-AGTATT--CTA-GT--GAAACAAT--------TTTTTCATGACTTTTTGTTT---CAAGAT-----C-C------TTGA---CGTCGTATAATGTATGG--AAGCCGTCA-GTG-T-GTTAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--G--GC-----AATTTGAATT-GTT--AATTAatatcttccttctcaccattacactgcagaaagcggattctgatttgaattatagatttgtcatagagccaaaataaatttctacaacaattgaatccggcatacagtactccatacccttaattattttgaatgtgacctccttcttcccagcgtaatcacaagtattacgtaacatttatacgttctataatgtgcttgttgcgaagttattttgtacaaaaggagcaattaatcaggggaaaagacaacaattggtttgtagacatgtcacatagcatcactttattgtaaccggaaggaatgccagtacgagacttttaacatatctttgattacgtcagcttctttgttgattaaatcataaagtcttcaaaatgtaccatacgataccaaagacaagtgcaaagtagtaaaagacttattcatttggaatcatcagctttagtattctagtgaaacaattttttcatgactttttgtttcaagatccttgacgtcgtataatgtatggaagccgtcagtgtgttaaatcgcgctaaatcaaaatgtggcaatttgaattgttaattaaagt
gi|21 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatatttaacgtcttgttcgtcaagcacaggatgacagatgtcatatgcattgttatgttcccaaaacatacaaaagaac-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTC---------ATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTACATGTAATTTTGAATT-GTT--AATTAaagt
gi|22 : -G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-ATCCTT------ATCATG---TAGTA--ACT-T------------------C-AC-TAGG----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGA-GA-----T-----CG-GAGT----A-AG----G-TAC----A---A-ATG----TTGT--T-TTTGCATaagta
gi|23 : CCATCTTTTAACGT--TGT--T-----CTGTAAA--GG----CTCA-AAA---------------ATGT-A-TG--TGT---TAAA--T---------TCCC----AAA-C-GTT--AC----AAAAG--------A----AACA---TTT-C------C-ACAA--ATT-A-ATGC---A
gi|25 : ATCTTTTAACAT--TGT--TT----C-ATCAA--GG----CACA-AAAAT-GACAGAT--CATATGTTACTA--TTT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-
gi|26 : tTA-A----T-T-AA-----AATCAGAGTCCTC--TCTAATCGT-T-A-CA---TTG---------------TGT-AATACGATT-A-AAGA---G---G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--G
gi|27 : tcaaTTA-A----T-TAAA-----A-TCAGA-TCATC--TCTAATCAT-T-A-CA---CAG--G-CC-T-----G--GT-AA--CGATT---A-GA---GAG-G-AT-C-TGATTATA--ATTA--GA
gi|28 : CCCATCTGTTAACGT--TGT--T-----TTGTCAA--GG----CACA-AAA-TTGACAGAT--CATACGT-AT-----GC---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---
gi|29 : TGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GGTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|3 : gCCCCATCTTTTAAAGT---GT--T-----C-GTCAA--GGG---CACA-AAA-T-GA-AGAT--CATATGT-AATACATGT---T--A--TCACATGTTTTCCC----AAA-C-A-T--ACATTTAAAAG--------AACATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-TTA-CTGC---AATTTCCAT-TGTATA-T-CTAGA-------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-CCTTC--TCTTACCAT-T-A-C----CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A---GA---G---G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--CGC---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-ACT---TTTTCC---GA---G------TAATCACAAAGC-TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTAAC-------------AGA-GTTGTTT--GC--TG--AA-TATCTT-G-TACAAAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--G-A----A-A-A-C-AA--TT------ATC-CA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----CA--ACTTT-TTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGTTAA-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TC-AAT-AT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GGC-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGAAATCA--TC-G--TT-AGT-TGTCTTA-GT--AA---TAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCATG-AATGTATGG--AAG-CGTCA--TG-T-G-T-AATCCGG--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAT-----ATTTTGAATTCCTT--AATTAaagt
gi|4 : CCCCATATTTTAACGT--TGTCTT-----T-GTCAA--GG----CA-A-AAA-T-GACAGAT--CATCTAT-GT-A--TGT---T--A--T---------TCGC----ACA-TTA-T--ACA---AA--G--------AA-A-AACA---TTT-TA-----C-A-AA--A-T-A-ATGC---A-TTTCC-T-TGT-TACT-CTAGAG------TATAATTTGTA----T-T-GA-----A-TTACA-TCTTC---ATAACCAT-T-AACAAACTTG--G-AACA-----GATGT-AA--CGTTA-A-A-GA---AG--G-AT-A-TGCATTTA--ATTA--GATC-G-C--T-ACGAG-TTTA--------CCACCG-----AATTAT-CACAC-AATAATCTCCTAA--ACAATGAA----T---ACACACAC-CGA---AGCAGTACTTA-CATA--C-C----T--AGTA-TT-TCTA------------T---TCTTC---AGA---A------TA-TTACA-G---TA-TTACGT-AG--T-------TTA---ATTCTAT-------------AAA-GTTGTTTTGGC--AA-GAA-TATTTTCG-TA--AAAAGAAGC---AT--T-A---TA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A------T------------------C-AT-AAG-----TA----TTTATTGTCA-CGCGGAAA-----G-----AT-GAGT----ATCG----AGGGC---T----A-ATAT-CTATGT--A-TTTAGGTCA---TTTTTGTTGA-TC-AAATAT------AA----TTT-AAATGTAAAA---TATACACGAAGA-TA--CAAA-G--AA-----GT--GGA-A-ACA---A----G-TAAAAA-T-TA-T---CATTA-GAAT-A--TGAA--TTCAGG-TG--CTA-GTTGAA---AGT--------ATTTCAATGAC-TTTTGGTTATGCAATAA-----T-CT-----TT-ACT-CGTCATA-AATGTATG----AA-CGTCA-GTG-TGG-TAAAT---G---GCTA---TAAAATG----TGGGTTAT------CTTTGAATT-G
gi|5 : CCCATCTTTTAACGT--TTT--T-----T-TTTCA--AG----CGCA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-AT-G--TGT---T--AAAT---------TCCC----AA--C-A-TTAATA---AATAGCAAAATCAAA-ATAAAAAACTTTACTAGAAAC-ACAA--A---A-A-G----AATATCC-----T-TA-T-TTAGA---------TAAACTA-A----T-T-GG-----A---ACA-T------TCTAACCAT-TTA-TA---CTG--G-AA-ATTTAAG-TGT-AAA-CATTTGA-A-GACTTGA--GGAT-TGTGATTTTA--TTT---TATTGG-TA-T-AAGAGTCT-A--------TCG-CG-----A-TA-T-C---A-AATAA--TTATAA--A-ATT-AA----T---AC-----CGCGA---A---G-ACTTC-CATA--C-C---TT--ATAA-TT-TTGAA-CATG--A-CCT---TCTT----AGC---G------TAATCACAAA---TAGTTACGT-AA--T-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT---TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AGT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-T-AT--TT------ATT-TA-----G-A--A-T-T--------------------AC-TAG-----TA--ACTT-ATTGTAA-C--GG-AA-----GA----TG-GAGTCACAA-CG----A--AC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTAGGGCA--TTTTT-GTC-A-TA-AATCA-------AAA--TTTC-AAATGTT-ACATTCATAC------A-CA--GAAA-G-CAAT----GT--G-A-A-AGT--------G-TGATAC-A-TA-T---CATT-GGAATCT--CTAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--TG---AAA--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT----AAGAA-----T-C------TT-ACTCCGTCAT--AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAAT-AAATTG----T--GTTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTAgttttctaaagta
gi|6 : ATTTG-CA-TTG-GAT-TT-A--------CC--CATTCATA-TGAT-T-CAA-AATGA-ATTATCA--A-A-T-GA----TG--AC-----C-CGA---A-CGG-GATTC-CATA--C-A---TT--AATT-TT-TTGAA-CATG--A-CCC---TCCTCCACA-----G------TTATCACAAG---TA-TTACAT-GA-ATTTGAAAGTTACA-ATTTCATTGTAACATTGCCCAAA-GTAGTTT--GC--AG-AAA-TATTTT-G-TA-AAAGATGAGCG--AT--C-AAT-CA-GAGGGAAT--G-A----A-A-A-C-AT--TT------GTA-TAT--TAG-A--A-C-T------------------G-G---GG-----GA--ACTTTATCGTAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GAGT----A-CA----A-AAC---TAATTA-ATGT-CACCAT--G-TTTACTTCA--TTCTTTGTTGA-TC-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT---T---CA-AA-----GA-TA--CAAT-G-TAACTTACCT--GCATA-AGT---ACATTGTAGAAAAGC-TA-T---TGTT-GTAATAA--TCAA--GT-AGA-TG---TATAT--AA---GA---------TTTTTCGTGTG-TTGTGTTT---CCGGAACTATTT-CGATCGTTT-ACA-TGTCATA-GA-GTATGG--AAG-CGTCG-GTG-T-G-TCAAGC--G--CGCTAAA-CAAAAAG----T--GTaagt
gi|7 : gcaA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTG------------------CTTCC--AGC---G------TAATCACTAC---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-AAC-AT----------ATT-TA-----G-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GA----TG-AAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTACGGCA--TTTTTTGTGAA-TA-AATCAC------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATGC-----GA-CA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-TAA-C-TA-T---CATT-GGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---CA---------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AGA-CGCAGAA-AATGTTTGGGCAAG-CGTCATGTGTT-G-TGAATT-----CGCT--GTCAATAT
gi|9 : TTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----AATGT-AA--CGCTG-A-AAGA---GA----AT-C-TGATTTTA--ATTA--GAT-TG-TA-T-A-GAG-CT-AGATGGATATC--CG-----AATAAT-T-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-ATG-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---TT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCCT---TCTT-C-CAGT---GTATTACTAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------CTACA-ATTTC-T-------------AAA-GCAGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TA-AAAATGGAGCG--AT--T-AAT-CC-G-GGGAAA--ATG----A-A-A-T-AT--TT------ATttcaaactctcgcttaattttgcgcactctgtataattaaattac
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGAAAGATTTTTATAATGTTTGTTTACTATATTATAACAGAAAAAAACCCAACTACAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACATAATTTATTATAGATCAACAAACATTAAACATTATTTTTTCAAGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATACTGCTATATTCTTTCA
Unaligned ( gi|11 ): CCACCCCACATCACCCCACCCCGCCTCCTCCTCCCCCCCCCCCCACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATAAAAACAGAAAAAAAAGACAAAAAAATAAGAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTAACTAATCTCTACCCCTCGCACATGTTCACAGGGTCAAAATGACATGTTTTAAATACAATAATTCCTACGAATGAAAAAAATATCCATTCC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATACGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATGAATACCTTATTACATAGGTTATGTAAAAATGTTCAATACATTATCTTCATAATGTACAAAAAACATTTAACAGCTTAAATAGAACATTCATTCA
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTTTCTCTTCGGAGCAGGGCTATGATAGATTACTGCTTTAAATGTGACTGTGTTTTGTTGTCTTCTCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GAAATTTGATTTTTATGAACTTGTTTAATTTTCTCAGATTTAGAAAATAACTCAAGAATCCCTTCCCTCTCTCTGCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|20 ): CCTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCTTTTGCAAACCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAATGAATAAATTAAATTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCAGGAGATAACAACAAAAAAAGGAATTTAAAGTAAGACAGTTTTTTTCTTAGGAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111 22222222 222222222 1111 444444444444444444444444444444444444444444 111 111 11111111 33333333 11111 222222222 11 3333333333333333 11 1 444444444444444444444444444444 1111 222222222222222 1 1111 22222222222222222 111 1111111 2222222222222222 11 111 1111111111 1111 33333333333333333333333 11111 33333333333 11111111 111111 11 11111 11 11111 11111111 11 333333333333333333 11111111111111 1111 1111 333333
lowQualScore : 66 66 4444444 55 2222 4 4 4 55 66666666 777 55 55 111111111 2222 444 4 55 888888888888888888888888888888888888888888 2 66 222 5 000 3 55555555 666 11111111 22 4 9999 555 11111 666 4 55 2 4 4 4 777 66 4 000000000 4 00 1 0000000000000000 555 66 66 22 5 5 5 7 5 222222222222222222222222222222 5 77 0000 777 444444444444444 5 888 5 0 5 66 5 1111 66 5 5 55 0 9999999999 22222222222222222 333 4 4 77 3333333 444 9999999999999999 4 99 55 4 4 4 4 88 00 333 55 4 4 3 3 55 3 7777 3 3 3 3 0000000000 4 7777 4 99 4 4 66666666666666666666666 44444 55 4 4 4 55555555555 4 8888 4 8888 4 00000000 4 4 0 55 4 66 5 55 222222 66 4 55 777 11111 4 00 4 4 55555 66 1 4 4 33333333 8 7 555 4 777 66 66 66 5 5 66 5 333333333333333333 4 777 99999999999999 5 888 9999 0 66 4 4 4 4 4 0 77777 0000 66 0 000000 5 99
lowQualScore : .. .. ....... .. .... . . . .. ........ ... .. .. ......... .... ... . .. .......................................... . .. ... . ... . ........ ... ........ .. . .... ... ..... ... . .. . . . . ... .. . ......... . .. . ................ ... .. .. .. . . . . . .............................. . .. .... ... ............... . ... . . . .. . .... .. . . .. . .......... ................. ... . . .. ....... ... ................ . .. .. . . . . .. .. ... .. . . . . .. . .... . . . . .......... . .... . .. . . ....................... ..... .. . . . ........... . .... . .... . ........ . . . .. . .. . .. ...... .. . .. ... ..... . .. . . ..... .. . . . ........ . . ... . ... .. .. .. . . .. . .................. . ... .............. . ... .... . .. . . . . . . ..... .... .. . ...... . ..
lowQualScore : 11 11 2222222 55 5555 0 0 0 55 77777777 000 55 55 555555555 5555 666 0 55 555555555555555555555555555555555555555555 5 99 111 0 000 2 33333333 888 77777777 55 4 4444 222 11111 222 4 55 5 4 4 4 888 11 4 000000000 4 66 9 7777777777777777 111 99 99 44 7 7 7 1 7 333333333333333333333333333333 7 11 1111 777 444444444444444 7 888 0 0 0 99 0 0000 99 0 0 11 2 1111111111 44444444444444444 999 4 4 22 0000000 444 2222222222222222 0 55 55 0 0 0 0 11 88 555 55 0 0 6 6 00 6 7777 6 6 6 6 6666666666 0 3333 0 55 0 0 66666666666666666666666 00000 55 0 0 0 55555555555 0 5555 0 5555 0 77777777 0 0 9 55 0 11 0 44 888888 11 4 00 888 11111 4 66 4 4 66666 11 1 4 4 77777777 9 3 222 4 888 88 99 99 0 0 99 0 222222222222222222 4 888 88888888888888 0 000 8888 1 11 4 4 4 4 4 8 88888 6666 99 1 333333 7 22
consensus : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCT---TCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
Reference ( family-5583 ) : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCT---TCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|1 : TTTTTTAAGGC--TGT--TAGCTTC-GTCAACAGGTCATCAGA-AAT-T-GACCAAT--CTTA-AT--TTA--TGTCCTT--A--T---------TTCCGCACAAATC-A-T--ACA---AATAC--------AATATAACA---TTT-C------CCACAATAA-T-ATATGCTCCAATTTTCCTATGT--A-TGCTAGAGATAAATTATAATTTG-AAGACT-T-AACATTTA-TT-CT-TCTTC--T-TAACCATGT-C-CA---CTG--G-AA-AA----G-TCTTAA--CGCAT-ATA-AA---GATGA-AT-C-T-ATTTTAGAATTA--GATC-G-CAAT-AAGAG-CT-A--------TC--GA-----A-TAATAC-CAAGAATAA-ATTCTAATTG-AAT-AACAATT---ATG----C-CGA---A-CA--ACTTCGCATAAGC-CTTTCT--AGTAATTGTTGAAACGTGTAA-CCT---TCCTCC-CAGCCGTG------TAATCACAGGAGATA-TTACGTTAA-AT-------TTACA-ATTATAT-------------AGA-GTTGTTTT-GC--CGGAAA-TATTAT-G-AACCAAAAGCGGCACAATAGT-AAT-CATG-AGGAAA--A-GGGAAA-ATA-C-AT--TTTACAGAATT-CAACATAG-ATTA-T-TTCTAATCTTCCGGTTATAC-AA-TAGAAGTTTA--ACTTTATC--AA-C-CGG-AACAGATG-----GG-GAGT----A-CGTACGA-GAC---TA---A-ATATTCTTTGT--AATTTACGTTA--ATTTTTGTTGA-TTTGATTATGTCAAAAAA--TTTC-AAAAGTT-AC---CATTC-----GAGTAGCCAAATG-CAA-----GTCTGCA-ATAGTTTTA----G-AGAAAA-C-TG-TATCCATTAGAAATCAACTCAG--T--AGT-TG--CTA-GT--AT---AAT--------TTTATCATGAC--TTTGTTT---CAAGAA-----TCC------TT-AAT-CGTT-TATAATGTATGT--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--GCTCGCTAAATCAAAATAGTCTT--GTTA------ATTTTGAATT-GTTTGAATT
gi|10 : atcATAAG---CA-TTA-GT-A---T-------CTA---ATTT-A--------------AAA-GTT-TTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACCAAA-GGAGC---------AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAA-A--A-T-T--------------------A--TAG-----TA--ACTTTAT-GTAAAC-CGG-AA-----GATCAGTG-GAGT----A-TG----A-GAC---T-------TAT-CTTTGT--A-TTTACGTAA--TTTT-TGTTGA-TA-AATCAT------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-A-TAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-T-TA-T---CATT-GGAAtaatagt
gi|12 : cgtgactctcttctacaggcccattttatctctttcaaCCCCACTTTTTAACGT--TGT--TT----C-GTCAA--GG----CCAA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-AT-----GT---T--A--T---------TCCC----AAG---------------------------------ACA---TTT-C------C-ACAA--AAT-A-ATGC---AATT-CCAT-TGT--A-T-CTAGAG-------ATAA-----A----T-G-AA-----A-TTACG-TTTTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTG--GAAA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A--A---GA--G-
gi|13 : A-AT-------TTACA-ATTTTTT-------------AAAAGTAGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-GCTACAATAA--ATCG--AT--TTAATTCA-G-GGGAAATTA-A----A-A-A-T-A-----------GTA-TAAC-TAG-A--A-T-T------------------CCAC-TAG-----TA--ACTTATTTGCAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GGGT----A-C-----A-GAC---TA---A-ATAT-C-------A-TTCAAAATA--TTTTTTgat
gi|16 : gt-AATCAT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TG--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-C-TA-T---GATTA-GAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--GAT--GATCAGTGATATTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGtc
gi|18 : aTCAA--GG----CACAGAAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATT-----T---T--A--T---------TCCT----AAA-C-A-T--ACA---AAA-------------------------------------GA--A-T-A-ATGC---AATTGCCAT-TG--TA-C-CTAACA------TA-AATCTA-A----TAG-AA-----A-TAACA-TCTTC--TCT
gi|2 : CCCCATATTT-AACGTCTTGT--T-----C-GTCAA--G-----CACA-GGA-T-GACAGATGTCATATGC-ATT----GT---T--A--TGT-------TCCCA---AAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-CTAATG---T--------------AA--A-T-A-A
gi|2 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccTAATGTA-A----A-T-AA-----A-T---A-TCTTCCTTCTCACCAT-T-A-CA---CTGCAG-AA-A-----G-CG-------------------------G-ATTC-TGATTTGA--ATTATAGATTTGTCA-T-A-GAG-C-------------------------------CAA-AATAA-ATTTCTA--C-AAC-AA----TTGAAT-----C-CGGCATA-CAGTACT-C-CATA--C-C---CTTAATTA-TT-TTGAA-TGTG--A-CCTCCTTCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AACAT-------TTATACGTTCTAT-------------AAT-G-TGCTT--GTTGCG-AAGTTATTTT-G-TAC-AAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----ACA-A-CAAT--TG------GTT-TG---TAG-AC-A-TGT------------------C-ACATAG-----CATCACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GGAA--TGCCAGT----A-CG----A-GACTTTTA---ACATAT-CTTTG---A--TTACGTCAGCTTCTTTGTTGATTA-AATCAT------AAAGTCTTCAAAATGT--AC---CATAC-----GA-TAC-CAAA-GACAA-----GT--GCA-A-AGT---A----GTAAAAGA-CTTATT---CATTTGGAATCA--TCAGCTTT-AGTATT--CTA-GT--GAAACAAT--------TTTTTCATGACTTTTTGTTT---CAAGAT-----C-C------TTGA---CGTCGTATAATGTATGG--AAGCCGTCA-GTG-T-GTTAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--G--GC-----AATTTGAATT-GTT--AATTAatatcttccttctcaccattacactgcagaaagcggattctgatttgaattatagatttgtcatagagccaaaataaatttctacaacaattgaatccggcatacagtactccatacccttaattattttgaatgtgacctccttcttcccagcgtaatcacaagtattacgtaacatttatacgttctataatgtgcttgttgcgaagttattttgtacaaaaggagcaattaatcaggggaaaagacaacaattggtttgtagacatgtcacatagcatcactttattgtaaccggaaggaatgccagtacgagacttttaacatatctttgattacgtcagcttctttgttgattaaatcataaagtcttcaaaatgtaccatacgataccaaagacaagtgcaaagtagtaaaagacttattcatttggaatcatcagctttagtattctagtgaaacaattttttcatgactttttgtttcaagatccttgacgtcgtataatgtatggaagccgtcagtgtgttaaatcgcgctaaatcaaaatgtggcaatttgaattgttaattaaagt
gi|21 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatatttaacgtcttgttcgtcaagcacaggatgacagatgtcatatgcattgttatgttcccaaaacatacaaaagaac-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTC---------ATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTACATGTAATTTTGAATT-GTT--AATTAaagt
gi|22 : -G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-ATCCTT------ATCATG---TAGTA--ACT-T------------------C-AC-TAGG----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGA-GA-----T-----CG-GAGT----A-AG----G-TAC----A---A-ATG----TTGT--T-TTTGCATaagta
gi|23 : CCATCTTTTAACGT--TGT--T-----CTGTAAA--GG----CTCA-AAA---------------ATGT-A-TG--TGT---TAAA--T---------TCCC----AAA-C-GTT--AC----AAAAG--------A----AACA---TTT-C------C-ACAA--ATT-A-ATGC---A
gi|25 : ATCTTTTAACAT--TGT--TT----C-ATCAA--GG----CACA-AAAAT-GACAGAT--CATATGTTACTA--TTT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--AC----AAAAG--------AA-
gi|26 : tTA-A----T-T-AA-----AATCAGAGTCCTC--TCTAATCGT-T-A-CA---TTG---------------TGT-AATACGATT-A-AAGA---G---G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--G
gi|27 : tcaaTTA-A----T-TAAA-----A-TCAGA-TCATC--TCTAATCAT-T-A-CA---CAG--G-CC-T-----G--GT-AA--CGATT---A-GA---GAG-G-AT-C-TGATTATA--ATTA--GA
gi|28 : CCCATCTGTTAACGT--TGT--T-----TTGTCAA--GG----CACA-AAA-TTGACAGAT--CATACGT-AT-----GC---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---
gi|29 : TGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GGTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|3 : gCCCCATCTTTTAAAGT---GT--T-----C-GTCAA--GGG---CACA-AAA-T-GA-AGAT--CATATGT-AATACATGT---T--A--TCACATGTTTTCCC----AAA-C-A-T--ACATTTAAAAG--------AACATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-TTA-CTGC---AATTTCCAT-TGTATA-T-CTAGA-------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-CCTTC--TCTTACCAT-T-A-C----CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A---GA---G---G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--CGC---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-ACT---TTTTCC---GA---G------TAATCACAAAGC-TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTAAC-------------AGA-GTTGTTT--GC--TG--AA-TATCTT-G-TACAAAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--G-A----A-A-A-C-AA--TT------ATC-CA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----CA--ACTTT-TTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGTTAA-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TC-AAT-AT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GGC-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGAAATCA--TC-G--TT-AGT-TGTCTTA-GT--AA---TAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCATG-AATGTATGG--AAG-CGTCA--TG-T-G-T-AATCCGG--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAT-----ATTTTGAATTCCTT--AATTAaagt
gi|4 : CCCCATATTTTAACGT--TGTCTT-----T-GTCAA--GG----CA-A-AAA-T-GACAGAT--CATCTAT-GT-A--TGT---T--A--T---------TCGC----ACA-TTA-T--ACA---AA--G--------AA-A-AACA---TTT-TA-----C-A-AA--A-T-A-ATGC---A-TTTCC-T-TGT-TACT-CTAGAG------TATAATTTGTA----T-T-GA-----A-TTACA-TCTTC---ATAACCAT-T-AACAAACTTG--G-AACA-----GATGT-AA--CGTTA-A-A-GA---AG--G-AT-A-TGCATTTA--ATTA--GATC-G-C--T-ACGAG-TTTA--------CCACCG-----AATTAT-CACAC-AATAATCTCCTAA--ACAATGAA----T---ACACACAC-CGA---AGCAGTACTTA-CATA--C-C----T--AGTA-TT-TCTA------------T---TCTTC---AGA---A------TA-TTACA-G---TA-TTACGT-AG--T-------TTA---ATTCTAT-------------AAA-GTTGTTTTGGC--AA-GAA-TATTTTCG-TA--AAAAGAAGC---AT--T-A---TA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A------T------------------C-AT-AAG-----TA----TTTATTGTCA-CGCGGAAA-----G-----AT-GAGT----ATCG----AGGGC---T----A-ATAT-CTATGT--A-TTTAGGTCA---TTTTTGTTGA-TC-AAATAT------AA----TTT-AAATGTAAAA---TATACACGAAGA-TA--CAAA-G--AA-----GT--GGA-A-ACA---A----G-TAAAAA-T-TA-T---CATTA-GAAT-A--TGAA--TTCAGG-TG--CTA-GTTGAA---AGT--------ATTTCAATGAC-TTTTGGTTATGCAATAA-----T-CT-----TT-ACT-CGTCATA-AATGTATG----AA-CGTCA-GTG-TGG-TAAAT---G---GCTA---TAAAATG----TGGGTTAT------CTTTGAATT-G
gi|5 : CCCATCTTTTAACGT--TTT--T-----T-TTTCA--AG----CGCA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-AT-G--TGT---T--AAAT---------TCCC----AA--C-A-TTAATA---AATAGCAAAATCAAA-ATAAAAAACTTTACTAGAAAC-ACAA--A---A-A-G----AATATCC-----T-TA-T-TTAGA---------TAAACTA-A----T-T-GG-----A---ACA-T------TCTAACCAT-TTA-TA---CTG--G-AA-ATTTAAG-TGT-AAA-CATTTGA-A-GACTTGA--GGAT-TGTGATTTTA--TTT---TATTGG-TA-T-AAGAGTCT-A--------TCG-CG-----A-TA-T-C---A-AATAA--TTATAA--A-ATT-AA----T---AC-----CGCGA---A---G-ACTTC-CATA--C-C---TT--ATAA-TT-TTGAA-CATG--A-CCT---TCTT----AGC---G------TAATCACAAA---TAGTTACGT-AA--T-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT---TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AGT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-T-AT--TT------ATT-TA-----G-A--A-T-T--------------------AC-TAG-----TA--ACTT-ATTGTAA-C--GG-AA-----GA----TG-GAGTCACAA-CG----A--AC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTAGGGCA--TTTTT-GTC-A-TA-AATCA-------AAA--TTTC-AAATGTT-ACATTCATAC------A-CA--GAAA-G-CAAT----GT--G-A-A-AGT--------G-TGATAC-A-TA-T---CATT-GGAATCT--CTAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--TG---AAA--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT----AAGAA-----T-C------TT-ACTCCGTCAT--AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAAT-AAATTG----T--GTTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTAgttttctaaagta
gi|6 : ATTTG-CA-TTG-GAT-TT-A--------CC--CATTCATA-TGAT-T-CAA-AATGA-ATTATCA--A-A-T-GA----TG--AC-----C-CGA---A-CGG-GATTC-CATA--C-A---TT--AATT-TT-TTGAA-CATG--A-CCC---TCCTCCACA-----G------TTATCACAAG---TA-TTACAT-GA-ATTTGAAAGTTACA-ATTTCATTGTAACATTGCCCAAA-GTAGTTT--GC--AG-AAA-TATTTT-G-TA-AAAGATGAGCG--AT--C-AAT-CA-GAGGGAAT--G-A----A-A-A-C-AT--TT------GTA-TAT--TAG-A--A-C-T------------------G-G---GG-----GA--ACTTTATCGTAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GAGT----A-CA----A-AAC---TAATTA-ATGT-CACCAT--G-TTTACTTCA--TTCTTTGTTGA-TC-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT---T---CA-AA-----GA-TA--CAAT-G-TAACTTACCT--GCATA-AGT---ACATTGTAGAAAAGC-TA-T---TGTT-GTAATAA--TCAA--GT-AGA-TG---TATAT--AA---GA---------TTTTTCGTGTG-TTGTGTTT---CCGGAACTATTT-CGATCGTTT-ACA-TGTCATA-GA-GTATGG--AAG-CGTCG-GTG-T-G-TCAAGC--G--CGCTAAA-CAAAAAG----T--GTaagt
gi|7 : gcaA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTG------------------CTTCC--AGC---G------TAATCACTAC---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-AAC-AT----------ATT-TA-----G-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GA----TG-AAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTACGGCA--TTTTTTGTGAA-TA-AATCAC------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATGC-----GA-CA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-TAA-C-TA-T---CATT-GGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---CA---------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-AGA-CGCAGAA-AATGTTTGGGCAAG-CGTCATGTGTT-G-TGAATT-----CGCT--GTCAATAT
gi|9 : TTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----AATGT-AA--CGCTG-A-AAGA---GA----AT-C-TGATTTTA--ATTA--GAT-TG-TA-T-A-GAG-CT-AGATGGATATC--CG-----AATAAT-T-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-ATG-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---TT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCCT---TCTT-C-CAGT---GTATTACTAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------CTACA-ATTTC-T-------------AAA-GCAGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TA-AAAATGGAGCG--AT--T-AAT-CC-G-GGGAAA--ATG----A-A-A-T-AT--TT------ATttcaaactctcgcttaattttgcgcactctgtataattaaattac
blockSeqs : CT CT TC . G G A T GT AATACAT . AA AA CACATGTTT A TT T TA AAATAGCAAAATCAAAATAAAAAACTTTACTAGAAAC C . AT . . G ATTGTAT CT AT TC T . AG . ATC G CT A . T A AAC CA A ATTTAAG . TA C GAAGACTTGAGG TC . TA TT T . T C T AGATGGATATCCGAATAATT . TC AC ATG TACACACA G CAT G T . . G C TA . . A ACCTCCT CCAGTGTATTAC GC G . CA TTGAAAG TAC CATTGTAACATTGCCC A TG TG . T C C CC AG G . T T . A TT T . C . A A CCTT A ACT T C C G CCAC G TC A G A GATCAG C CACA T . G TTTTA C . TA . GC T A . GT A AA ATT ACGAA . C . A CTTAC . C T . ACATT T A CT T . TG . CT C A TC T GATGATCAGTGATA T ATG CTATTTCGATCGT G CTC GTAT GC C T T G T CGG . GG CATGTA C .
blockSeqs : . . CT . . . . . . TACTAT . . . GT . C . . ATTTAAAAGAACATAACATTTCC C . TT . . T ATTGT T GT TG . . TA . TT . . C . . . . . . CAGA . A A AAAGAGG TG . . CT . . . A . TACCACCGAATTATCA . A C AC TTGAAT . . . T . . . C . . . A ACCCT CCCAGCG . . . A . CA TTT . . . . . . . CA AG A . . . . . . . . . . . . TT . TT . . . . CACA . . . . . GGAA . . . . . TAATT . . . . . . A . . . T . . . . . . T . C . . A T A GC . . AG . . . . . . GAAACAAT . . TCT . CT ATG . . . . . . G . . C . .
blockSeqs : . . TC . . . . . . ATGT . . . . . C . . AAAGAAAAACATTTTAC C . TT . . T ATTGT C G TT . . G . TA . . C . . . . . . AAA . . A AGAGAGG C . . TG . . . . . ACCCATTCATATGATT . A A AT TGAC . . . . . . . T . . . A AACT CCACAG . . . A . CA TAT . . . . . . . CA AG A . . . . . . . . . . . . TG . T . . . . CAC . . . . . GT . . . . . TA . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . A . A T . . G . . . . . . TGAAAGT . . CC . CT ATA . . . . . . G . . T . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . GTAT . . . . . C . . AAAAGAAACATTTCC C . T . . T TTGTT T T TT . . T . TC . . C . . . . . . AG . . C AAGAAGG C . . TT . . . . . ATCCGATAATC . A A TT TAC . . . . . . . T . . . A ACCT CCAGCG . . . A . CG AAC . . . . . . . CA AT A . . . . . . . . . . . . TT . T . . . . CAC . . . . . GA . . . . . TA . . . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . A . A C . . A . . . . . . AATAT . . TC . CT ATA . . . . . . G . . T . .
blockSeqs : . . C . . . . . . ATGT . . . . . C . . AAAAGAACTAATGT . . T . . . TT T . AC . . T . TT . . C . . . . . . AG . . T AAAGAGA C . . C . . . . . ATCGCGATATC . A A TG TAC . . . . . . . C . . . A ACCC CCGAG . . . A . CA TAT . . . . . . . CA TG G . . . . . . . . . . . . TT . T . . . . CAT . . . . . GT . . . . . TA . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . A . A C . . A . . . . . . TGAAA . . TC . CA GAA . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . ATT . . . . . C . . ACATTTCC . . T . . . . . T . TT . . C . . . . . . TG . . T AAAGAG A . . T . . . . . . . . A T TAC . . . . . . . T . . . . T CAGAA . . . A . CG AT . . . . . . . C G A . . . . . . . . . . . . TT . T . . . . CAC . . . . . GA . . . . . TA . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . A . . T . . G . . . . . . AAGA . . TC . GA AT . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . ATT . . . . . C . . AAAA . . . . . . T . T . . A . . . . . . AG . . C AGAGG C . . . . . . . . . . . . . . AGCG . . . . . CA AT . . . . . . . A A G . . . . . . . . . . . . TT . T . . . . AC . . . . . T . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . A . . A . . G . . . . . . AACA . . TC . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . T . . . . . . AT . . . . . C . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . G . . . . . . CT . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . GG . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TC***** ** **** *** **** C** AAAAGAAACATTTCC*************************** ** T** *** ATTGT*** T** GT****** **** ***** AG******* AAAGAGG********* ** TT ACCCGAATAATC****************** A*** TAC************ ** C*** A* ACCT****** CCAGNG*********** *** ** G** ** **** TT******** T*** ** CAC******************** ***** G********** **** A* ****** ** ** ** A******* *** G* ** GANA************** TC************ G**** **** C***** **
originalCons : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--T-----C-GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAA-C-A-T--ACA---AAAAG--------AA-ATAACA---TTT-C------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-TA-T-CTAGAG------TATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AA-A-----G-TGT-AA--CGCTT-A-A-GA---GA--G-AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG-----A-TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCT---TCTTCC-CAGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TN-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CATTAGGAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GT--AA---AAT--------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----T-C------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
finalCons : CCCCATCTTTTAACGT--TGT--TTC-----GTCAA--GG----CACA-AAA-T-GACAGAT--CATATGT-ATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AAAC--A-T--ACAAAAGAAACATTTCC---------------------------ACAA--AT--A-ATGC---AATTTCCATTGT---AT--CTAGAGT------ATAATTTA-A----T-T-AA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTG--G-AAAG-------TGT-AA--CGCTTAAAGAGG---------AT-C-TGATTTTA--ATTA--GATTTG-CA-T-A-GAG-CTACCCGAATAATC------------------CAA-AATAA-ATTCTAAA---AAT-AATAC------------C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-CC---T--AGTA-TT-TTGAA-CGTGACCT------TCTTCCAGNG-----------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAA-TATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-ATTT--------ATT-TAT---AG-A--A-T-TCAC--------------------TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AAG----------TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-TA-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGTA-------G-AGAAAA-C-TA-T---CATTG-GAATCA--TCAG--TT-AGT-TG--CTA-GTGANA--------------TTTTTCATGAC-TTTTGTTT---CAAGAATC------------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATCG----CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGAAAGATTTTTATAATGTTTGTTTACTATATTATAACAGAAAAAAACCCAACTACAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACATAATTTATTATAGATCAACAAACATTAAACATTATTTTTTCAAGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATACTGCTATATTCTTTCA
Unaligned ( gi|11 ): CCACCCCACATCACCCCACCCCGCCTCCTCCTCCCCCCCCCCCCACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATAAAAACAGAAAAAAAAGACAAAAAAATAAGAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTAACTAATCTCTACCCCTCGCACATGTTCACAGGGTCAAAATGACATGTTTTAAATACAATAATTCCTACGAATGAAAAAAATATCCATTCC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATACGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATGAATACCTTATTACATAGGTTATGTAAAAATGTTCAATACATTATCTTCATAATGTACAAAAAACATTTAACAGCTTAAATAGAACATTCATTCA
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTTTCTCTTCGGAGCAGGGCTATGATAGATTACTGCTTTAAATGTGACTGTGTTTTGTTGTCTTCTCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GAAATTTGATTTTTATGAACTTGTTTAATTTTCTCAGATTTAGAAAATAACTCAAGAATCCCTTCCCTCTCTCTGCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|20 ): CCTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCTTTTGCAAACCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAATGAATAAATTAAATTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCAGGAGATAACAACAAAAAAAGGAATTTAAAGTAAGACAGTTTTTTTCTTAGGAAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 22222222 222222222 11111111111 1111111 2222222222222222 222222 111 111 111 1111 33333333 111111111 222222222 11 11 22222 1 1 44444444444444444444444444444 1111 222222222222222 1 1111 2222222222222222222 111 1111111 2222222222222222 11 111 1111111111 1111 33333333333333333333333 11111 33333333333 11111111 111111 11 11111 11 11111 11111111 2222222222 1 1111 1 11111 222222 1111 1111 333333
lowQualScore : 66 4 33333 55 2222 4 4 4 55 11111111 777 55 55 111111111 8888 66666666666 4 3333333 8888 3333333333333333 222222 5 0 77 555 5 000 3 333 6 6666 11111111 22 4 9999 4 222222222 4 55 2 4 4 4 777 4 555555555 4 00 00 4 00000 4 5 66 66 5 5 5 5 7 5 66666666666666666666666666666 5 77 0000 777 444444444444444 5 888 5 0 5 66 5 1111 66 5 5 55 0 8888 1111111111111111111 333 4 4 77 3333333 444 9999999999999999 4 3 99 55 4 4 4 4 5 55 333 55 4 4 3 3 55 3 7777 3 3 3 3 0000000000 4 7777 4 99 4 4 66666666666666666666666 44444 55 4 4 4 55555555555 4 8888 4 8888 4 00000000 4 4 0 55 4 66 5 888 2 222222 66 4 55 777 11111 4 00 4 4 55555 66 1 4 4 33333333 8 7 555 4 777 4 8 66 66 5 5 66 1111111111 5 0 1 0000 5 0 5 4 777 22222 444444 5 888 9999 0 66 4 4 4 4 4 0 77777 0000 66 0 000000 5 99
lowQualScore : .. . ..... .. .... . . . .. ........ ... .. .. ......... .... ........... . ....... .... ................ ...... . . .. ... . ... . ... . .... ........ .. . .... . ......... . .. . . . . ... . ......... . .. .. . ..... . . .. .. . . . . . . ............................. . .. .... ... ............... . ... . . . .. . .... .. . . .. . .... ................... ... . . .. ....... ... ................ . . .. .. . . . . . .. ... .. . . . . .. . .... . . . . .......... . .... . .. . . ....................... ..... .. . . . ........... . .... . .... . ........ . . . .. . .. . ... . ...... .. . .. ... ..... . .. . . ..... .. . . . ........ . . ... . ... . . .. .. . . .. .......... . . . .... . . . . ... ..... ...... . ... .... . .. . . . . . . ..... .... .. . ...... . ..
lowQualScore : 11 4 00000 55 5555 0 0 0 55 00000000 000 55 55 555555555 5555 66666666666 0 0000000 5555 8888888888888888 111111 7 7 99 111 7 000 2 000 7 0000 77777777 55 4 4444 4 888888888 4 55 5 4 4 4 888 4 666666666 4 66 11 4 00000 4 0 99 99 4 7 7 7 1 7 00000000000000000000000000000 7 11 1111 777 444444444444444 7 888 0 0 0 99 0 0000 99 0 0 11 2 9999 4444444444444444444 999 4 4 22 0000000 444 2222222222222222 0 7 55 55 0 0 0 0 0 77 555 55 0 0 6 6 00 6 7777 6 6 6 6 6666666666 0 3333 0 55 0 0 66666666666666666666666 00000 55 0 0 0 55555555555 0 5555 0 5555 0 77777777 0 0 9 55 0 11 0 111 9 888888 11 4 00 888 11111 4 66 4 4 66666 11 1 4 4 77777777 9 3 222 4 888 4 9 99 99 0 0 99 9999999999 0 0 0 6666 0 0 0 4 888 55555 444444 0 000 8888 1 11 4 4 4 4 4 8 88888 6666 99 1 333333 7 22
consensus : CCCCATCTTTTAACGT--TGT-T----TCGTCAA--GG----CAC-A-AAA-TGACAGAT--CATATG-TATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AA-------A-C-A-TA-------CA----AA----A---GA-A----ACATTTC------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-A-T--CTAGAG------TATAATTTA-A----T-TAA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTGG-AA-A-----G-TGT-AA--CGC-T-TAAAGA-----GGAT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG---A-ATAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCTTCTTC----C-AGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-T-A-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CA-TTGGAA-TCA--TCAG--TT-AGT-TGC--T----------A-G-TGANA----TT-TT-TC-ATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----TC------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
Reference ( family-5583 ) : CCCCATCTTTTAACGT--TGT-T----TCGTCAA--GG----CAC-A-AAA-TGACAGAT--CATATG-TATTA--TGT---T--A--T---------TCCC----AA-------A-C-A-TA-------CA----AA----A---GA-A----ACATTTC------C-ACAA--A-T-A-ATGC---AATTTCCAT-TGT-A-T--CTAGAG------TATAATTTA-A----T-TAA-----A-TTACA-TCTTC--TCTAACCAT-T-A-CA---CTGG-AA-A-----G-TGT-AA--CGC-T-TAAAGA-----GGAT-C-TGATTTTA--ATTA--GATTTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------CC--CG---A-ATAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-CCTTCTTC----C-AGN---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTTAT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAAAGGAGCG--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGT--A-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-T-A-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CA-TTGGAA-TCA--TCAG--TT-AGT-TGC--T----------A-G-TGANA----TT-TT-TC-ATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----TC------TT-ACT-CGTCGTA-AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAC-----ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|1 : TTTTTTAAGGC--TGT-TAGCTTCGTCAACAGGTCATCAG-A-AAT-TGACCAAT--CTTA-A-T-TTA--TGTCCTT--A--T---------TTCCGCACAA-------ATC-A-TA-------CA----AATACAA---TATA----ACATTTC------CCACAATAA-T-ATATGCTCCAATTTTCCTATGT-A-TG-CTAGAGATAAATTATAATTTG-AAGACT-TAACATTTA-TT-CT-TCTTC--T-TAACCATGT-C-CA---CTGG-AA-AA----G-TCTTAA--CGCATATAAAGAT----GAAT-C-T-ATTTTAGAATTA--GATC-G-CAAT-AAGAG-CT-A--------TC---G---A-ATAATAC-CAAGAATAA-ATTCTAATTG-AAT-AACAATT---ATG----C-CGA---A-CA--ACTTCGCATAAGC-CTTTCT--AGTAATTGTTGAAACGTGTAA-CCTTCCTC----CCAGCCGTG------TAATCACAGGAGATA-TTACGTTAA-AT-------TTACA-ATTATAT-------------AGA-GTTGTTTT-GC--CGGAAAT-ATTAT-G-AACCAAAAGCGGCACAATAGT-AAT-CATG-AGGAAA--A-GGGAAA-ATA-C-AT--TTTACAGAATT-CAACATAG-ATTA-T-TTCTAATCTTCCGGTTATAC-AA-TAGAAGTTTA--ACTTTATC--AA-C-CGG-AACAGATG-----GG-GAGT----A-CGTACGA-GAC---TA---A-ATATTCTTTGT--AATTTACGTTA--ATTTTTGTTGA-T-TTGATTATGTCAAAAAA--TTTC-AAAAGTT-AC---CATTC-----GAGTAGCCAAATG-CAA-----GTCTGCA-ATAGTTTTA----G-AGAAAA-C-TG-TATCCA-TTAGAAATCAACTCAG--T--AGT-TGC--T----------A-G-TATAA----TT-TTATC-ATGAC-TTT-GTTT---CAAGAA-----TCC-----TT-AAT-CGTT-TATAATGTATGT--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--GCTCGCTAAATCAAAATAGTCTT--GTTA------ATTTTGAATT-GTTTGAATT
gi|10 : atcATAAG---CA-TTA-GT-A---T-------CTA---ATTT-A--------------AAA-GTT-TTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACCAAA-GGAGC---------AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAA-A--A-T-T--------------------A--TAG-----TA--ACTTTAT-GTAAAC-CGG-AA-----GATCAGTG-GAGT----A-TG----A-GAC---T-------TAT-CTTTGT--A-TTTACGTAA--TTTT-TGTTGA-T-A-AATCAT------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-A-TAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-T-TA-T---CA-TTGGAA-taatagt
gi|12 : cgtgactctcttctacaggcccattttatctctttcaaCCCCACTTTTTAACGT--TGT-T----TCGTCAA--GG----CCA-A-AAA-TGACAGAT--CATATG-TAT-----GT---T--A--T---------TCCC----AA-------G--------------------------------------ACATTTC------C-ACAA--AAT-A-ATGC---AATT-CCAT-TGT-A-T--CTAGAG-------ATAA-----A----T-GAA-----A-TTACG-TTTTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTGGAAA-A-----G-TGT-AA--CGC-T-TAAAGA-----GGAT-
gi|13 : A-AT-------TTACA-ATTTTTT-------------AAAAGTAGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-GCTACAATAA--ATCG--AT--TTAATTCA-G-GGGAAATTA-A----A-A-A-T-A-----------GTA-TAAC-TAG-A--A-T-T------------------CCAC-TAG-----TA--ACTTATTTGCAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GGGT----A-C-----A-GAC---TA---A-ATAT-C-------A-TTCAAAATA--TTTTTT
gi|16 : gt-A-AATCAT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TG--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-AAA-C-TA-T---GA-TTAGAA-TCA--TCAG--TT-AGT-TGC--TAGTGATGATCA-G-TGATA----TT-TT-TC-ATGAC-TTTTGTTT---CAAGtc
gi|18 : TCAA--GG----CAC-AGAAA-TGACAGAT--CATATG-TATT-----T---T--A--T---------TCCT----AA-------A-C-A-TA-------CA----AA----A---G-------------------------A--A-T-A-ATGC---AATTGCCAT-TGT-A-C--CTAACA------TA-AATCTA-A----TAGAA-----A-TAACA-TCTTC--TCT
gi|2 : CCCCATATTT-AACGTCTTGT-T-----CGTCAA--G-----CAC-A-GGA-TGACAGATGTCATATG-CATT----GT---T--A--TGT-------TCCC----AA-------AAC-A-TA-------CA----AA----A---GA-A----
gi|2 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccTAATGTA-A----A-TAA-----A-T---A-TCTTCCTTCTCACCAT-T-A-CA---CTGC-AG-A-----------------------AAGC-----GGATTC-TGATTTGA--ATTATAGATTTGTCA-T-A-GAG-C------------------------------CAA-AATAA-ATTTCTA--C-AAC-AA----TTGAAT-----C-CGGCATA-CAGTACT-C-CATA--C-C---CTTAATTA-TT-TTGAA-TGTG--A-CCTCCTTCTTCCC-AGC---G------TAATCACAAG---TA-TTACGT-AACAT-------TTATACGTTCTAT-------------AAT-GT-GCTT--GTTGCG-AAGTTATTTT-G-TACAAAA-GGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----ACA-A-CAAT--TG------GTT-TG---TAG-AC-A-TGT------------------C-ACATAG-----CATCACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GGAA--TGCCAGT----A-CG----A-GACTTTTA---ACATAT-CTTTG---A--TTACGTCAGCTTCTTTGTTGATT-A-AATCAT------AAAGTCTTCAAAATGT--AC---CATAC-----GA-TAC-CAAA-GACAA-----GT--GCA-A-AGT---A----GTAAAAGA-CTTATT---CATTTGGAA-TCA--TCAGCTTT-AGTATTC--T----------A-G-TGAAACAATTT-TT-TC-ATGACTTTTTGTTT---CAAGAT-----CC------TTGA---CGTCGTATAATGTATGG--AAGCCGTCA-GTG-T-GTTAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--G--GC-----AATTTGAATT-GTT--AATTActaatgtaaataaatatcttccttctcaccattacactgcagaaagcggattctgatttgaattatagatttgtcatagagccaaaataaatttctacaacaattgaatccggcatacagtactccatacccttaattattttgaatgtgacctccttcttcccagcgtaatcacaagtattacgtaacatttatacgttctataatgtgcttgttgcgaagttattttgtacaaaaggagcaattaatcaggggaaaagacaacaattggtttgtagacatgtcacatagcatcactttattgtaaccggaaggaatgccagtacgagacttttaacatatctttgattacgtcagcttctttgttgattaaatcataaagtcttcaaaatgtaccatacgataccaaagacaagtgcaaagtagtaaaagacttattcatttggaatcatcagctttagtattctagtgaaacaattttttcatgactttttgtttcaagatccttgacgtcgtataatgtatggaagccgtcagtgtgttaaatcgcgctaaatcaaaatgtggcaatttgaattgttaattaaagt
gi|21 : cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccatatttaacgtcttgttcgtcaagcacaggatgacagatgtcatatgcattgttatgttcccaaaacatacaaaagaac-TTTTGTTT---CAAGAA-----TC------TT-ACT-CGTC---------ATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTACATGTAATTTTGAATT-GTT--AATTAaagt
gi|22 : -G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-ATCCTT------ATCATG---TAGTA--ACT-T------------------C-AC-TAGG----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGA-GA-----T-----CG-GAGT----A-AG----G-TAC----A---A-ATG----TTGT--T-TTTGCATaagta
gi|23 : CCATCTTTTAACGT--TGT-T----CTGTAAA--GG----CTC-A-AAA--------------ATG-TA-TG--TGT---TAAA--T---------TCCC----AA-------A-C-GTTA-------CA----AA----A---GA-A----ACATTTC------C-ACAA--ATT-A-ATGC---A
gi|25 : ATCTTTTAACAT--TGT-T----TCATCAA--GG----CACAA-AAA-TGACAGAT--CATATGTTACTA--TTT---T--A--T---------TCCC----AA-------A-C-A-TA-------CA----AA----A---GA-A----
gi|26 : tTA-A----T-TAA-----AATCAGAGTCCTC--TCTAATCGT-T-A-CA---TTG-------------TGT-AATACGA-T-TAAAGA-----GGAT-C-TGATTTTA--ATTA--G
gi|27 : tcaaTTA-A----T-TAA-----AATCAGA-TCATC--TCTAATCAT-T-A-CA---CAGG-CC-T-----G--GT-AA--CGA-T-TAGAGA-----GGAT-C-TGATTATA--ATTA--GA
gi|28 : CCCATCTGTTAACGT--TGT-T----TTGTCAA--GG----CAC-A-AAATTGACAGAT--CATACG----TA--TGC---T--A--T---------TCCC----AA-------A-C-A-TA-------CA----
gi|29 : TGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAATCAAAATG----T--GGTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTA
gi|3 : gCCCCATCTTTTAAAGT---GT-T-----CGTCAA--GGG---CAC-A-AAA-TGA-AGAT--CATATG-TAATACATGT---T--A--TCACATGTTTTCCC----AA-------A-C-A-TA-------CATTTAAA----A---GA-ACATAACATTTC------C-ACAA--A-TTA-CTGC---AATTTCCAT-TGT-A-TATCTAGA-------TATAATTTA-A----T-TAA-----A-TTACA-CCTTC--TCTTACCAT-T-A-C----CTGG-AA-A-----G-TGT-AA--CGC-T-TA--GA-----GGAT-C-TGATTTTA--ATTA--GATCTG-CA-T-A-GAG-CT-A--------TC--CG---A--TAAT-C-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-AAT-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--CGC---CT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--A-ACTTTTTC----C--GA---G------TAATCACAAAGC-TA-TTACGT-AA-AT-------TTACA-ATTTAAC-------------AGA-GTTGTTT--GC--TG-AA-T-ATCTT-G-TACAAAAAGGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--G-A----A-A-A-C-AA--TT------ATC-CA---TAG-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----CA--ACTTT-TTGTAA-C-CGG-AA-----G-----TG-GAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-CTTTGTTAA-TTTACGTCA--TTTTTTGTTGA-T-C-AAT-AT------AAA--TTTC-AAAAGT--AC---CATAC-----GA-TA--CAAA-G-CAA-----GT--GGC-A-AGT---A----G-AGAAAA-C-TA-T---CA-TTAGAAATCA--TC-G--TT-AGT-TGTCTT----------A-G-TAATA----TT-TTTTC-ATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----TC------TT-ACT-CGTCATG-AATGTATGG--AAG-CGTCA--TG-T-G-T-AATCCGG--CGCTAAATCAAAATG----T--GTTAT-----ATTTTGAATTCCTT--AATTAaagt
gi|4 : CCCCATATTTTAACGT--TGTCT----TTGTCAA--GG----CA--A-AAA-TGACAGAT--CATCTA-TGT-A--TGT---T--A--T---------TCGC----AC-------A-TTA-TA-------CA----AAG---A---AA-A----ACATTTTA-----C-A-AA--A-T-A-ATGC---A-TTTCC-T-TGTTACT--CTAGAG------TATAATTTGTA----T-TGA-----A-TTACA-TCTTC---ATAACCAT-T-AACAAACTTGG-AACA-----GATGT-AA--CG--T-TAAAGAA----GGAT-A-TGCATTTA--ATTA--GATC-G-C--T-ACGAG-TTTA--------CCACCG---A-ATTAT-CACAC-AATAATCTCCTAA--ACAATGAA----T---ACACACAC-CGA---AGCAGTACTTA-CATA--C-C----T--AGTA-TT-TCTA------------TTCTTC------AGA---A------TA-TTACA-G---TA-TTACGT-AG--T-------TTA---ATTCTAT-------------AAA-GTTGTTTTGGC--AA-GAAT-ATTTTCG-TA--AAAAGAAGC---AT--T-A---TA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-C-AT--TT------ATT-TA---TAG-A------T------------------C-AT-AAG-----TA----TTTATTGTCA-CGCGGAAA-----G-----AT-GAGT----ATCG----AGGGC---T----A-ATAT-CTATGT--A-TTTAGGTCA---TTTTTGTTGA-TCA-AAT-AT------AA----TTT-AAATGTAAAA---TATACACGAAGA-TA--CAAA-G--AA-----GT--GGA-A-ACA---A----G-TAAAAA-T-TA-T---CA-TTAGAA-T-A--TGAA--TTCAGG-TGC--T----------A-GTTGAAA----GTATT-TCAATGAC-TTTTGGTTATGCAATAA-----TCT-----TT-ACT-CGTCATA-AATGTATG----AA-CGTCA-GTG-TGG-TAAAT---G---GCTA---TAAAATG----TGGGTTAT------CTTTGAATT-G
gi|5 : CCCATCTTTTAACGT--TTT-T----TTTTCAA--G-----CGC-A-AAA-TGACAGAT--CATATG-TAT-G--TGT---T--AAAT---------TCCC----AACATTAATA-A-A-TAGCAAAATCA----AA----ATAAAA-A----ACTTTACTAGAAAC-ACAA--A---A-A-G----AATATCC---T-T-A-T--TTAGA---------TAAACTA-A----T-TGG-----A---ACA-T------TCTAACCAT-TTA-TA---CTGG-AA-ATTTAAG-TGT-AAA-CAT-T-TGAAGACTTGAGGAT-TGTGATTTTA--TTT---TATTGG-TA-T-AAGAGTCT-A--------TCG-CG---A--TA-T-C---A-AATAA--TTATAA--A-ATT-AA----T---AC-----CGCGA---A---G-ACTTC-CATA--C-C---TT--ATAA-TT-TTGAA-CATG--A-CCTTCTT-------AGC---G------TAATCACAAA---TAGTTACGT-AA--T-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT---TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AGT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-A-T-AT--TT------ATT-TA-----G-A--A-T-T--------------------AC-TAG-----TA--ACTT-ATTGTAA-C--GG-AA-----GA----TG-GAGTCACAA-CG----A--AC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTAGGGCA--TTTTT-GTC-A-T-A-AATCA-------AAA--TTTC-AAATGTT-ACATTCATAC------A-CA--GAAA-G-CAAT----GT--G-A-A-AGT--------G-TGATAC-A-TA-T---CA-TTGGAA-TCT--CTAG--TT-AGT-TGC--T----------A-GTTGAAA----TT-TT-TC-ATGAC-TTTTGTTT----AAGAA-----TC------TT-ACTCCGTCAT--AATGTATGG--AAG-CGTCA-GTG-T-G-TAAATC--G--CGCTAAAT-AAATTG----T--GTTA------ATTTTGAATT-GTT--AATTAgttttctaaagta
gi|6 : ATTTG-CA-TTG-GAT-TT-A--------CC--CATTCATATGAT-T-CAA-AATGA-ATTATCA--A-A-T-GA----TG--AC-----C-CGA---A-CGG-GATTC-CATA--C-A---TT--AATT-TT-TTGAA-CATG--A-CCCTCCTC----C-ACA---G------TTATCACAAG---TA-TTACAT-GA-ATTTGAAAGTTACA-ATTTCATTGTAACATTGCCCAAA-GTAGTTT--GC--AG-AAAT-ATTTT-G-TA-AAAGATGAGCG--AT--C-AAT-CA-GAGGGAAT--G-A----A-A-A-C-AT--TT------GTA-TAT--TAG-A--A-C-T------------------G-G---GG-----GA--ACTTTATCGTAA-C-CGG-AA-----GT----TG-GAGT----A-CA----A-AAC---TAATTA-ATGT-CACCAT--G-TTTACTTCA--TTCTTTGTTGA-T-C-AATCAT------AAA--TTTC-AAATGT---T---CA-AA-----GA-TA--CAAT-G-TAACTTACCT--GCATA-AGT---ACATTGTAGAAAAGC-TA-T---TG-TTGTAA-TAA--TCAA--GT-AGA-TG---T----------ATA-TAAGA----TT-TT-TC-GTGTG-TTGTGTTT---CCGGAACTATTTCGATCGTTT-ACA-TGTCATA-GA-GTATGG--AAG-CGTCG-GTG-T-G-TCAAGC--G--CGCTAAA-CAAAAAG----T--GTaagt
gi|7 : gcaA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---CT--AGTA-TT-TTG---------------CTTC----C-AGC---G------TAATCACTAC---TA-TTACGT-AA-AT-------TTACG-ATTT-AT-------------AAA-GTTGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TACAAAA-TGAGCA--AT--T-AAT-CA-G-GGGAAA--A-G----A-A-AAC-AT----------ATT-TA-----G-A--A-T-T------------------C-AC-TAG-----TA--ACTTTATTGTAA-C-CGG-AA-----GA----TG-AAGT----A-CG----A-GAC---TA---A-ATAT-TTTTGT--A-TTTACGGCA--TTTTTTGTGAA-T-A-AATCAC------ACA--TTTC-AAATGT--AC---CATGC-----GA-CA--CAAA-G-CAA-----GT--GCA-A-AGT---A----G-AG-TAA-C-TA-T---CA-TTGGAA-TCA--TCAG--TT-AGT-TGC--T----------A-G-TAACA----TT-TT-TC-ATGAC-TTTTGTTT---CAAGAA-----TC------TT-AGA-CGCAGAA-AATGTTTGGGCAAG-CGTCATGTGTT-G-TGAATT-----CGCT--GTCAATAT
gi|9 : TTC--TATAACCAT-T-A-CA---CTGG-AA-A-----AATGT-AA--CGC-T-GAAAGA-----GAAT-C-TGATTTTA--ATTA--GATT-G-TA-T-A-GAG-CT-AGATGGATATC--CG---A-ATAAT-T-CAA-AATAA-ATTCTAA--A-ATG-AA----T---AC-----C-CGA---A-CAG-ACTTC-CATA--C-C---TT--AGTA-TT-TTGAA-CGTG--ACCCTTCTTC----C-AGT---GTATTACTAATCACAAG---TA-TTACGT-AA-AT-------CTACA-ATTTC-T-------------AAA-GCAGTTT--GC--CG-AAAT-ATTTT-G-TA-AAAATGGAGCG--AT--T-AAT-CC-G-GGGAAA--ATG----A-A-A-T-AT--TT------ATttcaaactctcgcttaattttgcgcactctgtataattaaattac
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TGAAAGATTTTTATAATGTTTGTTTACTATATTATAACAGAAAAAAACCCAACTACAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACATAATTTATTATAGATCAACAAACATTAAACATTATTTTTTCAAGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAATACTGCTATATTCTTTCA
Unaligned ( gi|11 ): CCACCCCACATCACCCCACCCCGCCTCCTCCTCCCCCCCCCCCCACCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATAAAAACAGAAAAAAAAGACAAAAAAATAAGAAGTAATTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): CCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCTAACTAATCTCTACCCCTCGCACATGTTCACAGGGTCAAAATGACATGTTTTAAATACAATAATTCCTACGAATGAAAAAAATATCCATTCC
Unaligned ( gi|15 ): TGTATATACGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCATGAATACCTTATTACATAGGTTATGTAAAAATGTTCAATACATTATCTTCATAATGTACAAAAAACATTTAACAGCTTAAATAGAACATTCATTCA
Unaligned ( gi|17 ): CCCCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCCTTTCTCTTCGGAGCAGGGCTATGATAGATTACTGCTTTAAATGTGACTGTGTTTTGTTGTCTTCTCAAA
Unaligned ( gi|19 ): GAAATTTGATTTTTATGAACTTGTTTAATTTTCTCAGATTTAGAAAATAACTCAAGAATCCCTTCCCTCTCTCTGCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|20 ): CCTCCCCCCCGCCCCCCCCCCCCCCCTTTTGCAAACCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAATGAATAAATTAAATTATAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|24 ): CCCCCCCCCCCCCCCCCAAACCAGGAGATAACAACAAAAAAAGGAATTTAAAGTAAGACAGTTTTTTTCTTAGGAAAAAAAA