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blockSeqs : C AA . . . . . . AGGTAGTGA . . . T AT . . AAATTG . G A A G AATTGTG . . C G TA T AA A . . . . . . TAATAATT . . . AT . AAATAT TA AAAT . . AC . A . . T . . . . T TCTT T . T . GAAATAATGT TTAA . . . A . . . . A ATC G GTCATTACTAAAATGCTAACT T . . . . . ATTC . . . . CGTA T T . . . . . AGT TCCGCTCACCA GTCTGGGT . G . . . A A T . T . TC TT . . . C . . . AAT . . G G . TGA TA . G GTTTCT . AT T . AA . T . A . . . A . . G . . C . . . . . . G . . C C . . . . CCA . T . . . . . . . . . T . TT .
blockSeqs : C AA . . . . . . AGTGCGTG . . . T T . . AATT . G A A C CAAAG . . A T T T AA A . . . . . . AGAGC . . . T . AAAT TA AA . . AT . A . . T . . . . T CTA T . G . AATAATTTT TGTT . . . T . . . . . ATC G GGCATTATAAAATGAAATAT G . . . . . AT . . . . TA T T . . . . . TGG CC GTCTTGG . G . . . A A T . T . C TC . . . C . . . AC . . G G . TA TA . A TTTCT . T T . A . C . . . . . . . . G . . G . . . . . . . . . T A . . . . CT . . . . . . . . . . . T . TT .
blockSeqs : T CG . . . . . . GTACTGG . . . C A . . TTA . A G . T AAA . . G . . . A . . . . . . . A . . . T . AAA T TT . . C . . . . C . . . . T CTA T . G . GAATATTT AGT . . . A . . . . . AAT A TTATAAAATGTAAAT G . . . . . AT . . . . A T T . . . . . AGG TC ATCCTGG . A . . . A A G . T . C TC . . . C . . . AT . . G A . AT AT . . TTCT . T C . A . T . . . . . . . . G . . G . . . . . . . . . T C . . . . T . . . . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . A . . . . . . CATG . . . . . . . . . . . . T GT . . . C . . . . . CCA . . G . GAATATTT TGT . . . . . . . . . AT . TTAGAAATTATGTT G . . . . . AT . . . . C T T . . . . . AT CC TCTT . T . . . . T T . T . C CT . . . . . . . AC . . T . . TA AT . . TTCT . T T . A . T . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . T T . . . . C . . . . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . TCTAT TGT . . . . . . . . . AT . . . . A T T . . . . . T CC GTGG . . . . . . . T . . . . CC . . . . . . . T . . T . . A . . . . . . . . . . G . . . . . . . . G . . G . . . . . . . . . T C . . . . C . . . . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A TC GTC . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . T . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** ** AGTACGCG************* ** T** ******* ATTG******* ** A** AAGTG***************** T* T****** AA* A* ** AAAC******************** ** *** AAAT************ TA******* AAT***** ************* AC* *** **** TCTN** G*** ** GAATAATTT*********** ** A* ** ATC**** GCATTATAAAATGTAAAT**************** ****** AT****** T* AGG**** GTCTTGG******* A* T** TC* AAC G** TA*** NN** TTCT**** T* AA* G* ***
originalCons : AATAACCATCCGTGAAA-AACTTTAGAAT-C-TTTTGA--TTCTACAG-TGAAT--CG-ATATTTAGTG----TA----CGT--G-TATT-TC--AA-TATT--GTTTAATATTAT-GTT-------TTTGCGAT-AA-T--TG--AA--TATAGAAAT--AAAACTATTAAATC--AA------------T-G-TGGGA-CAGC-CCTNCC-TAT-----TAAAATGT-AGAA-TGGTTTA-TAAAAC--ATAC-A-TGA-GG-CATGTT-GCCCAT-----A---T--------------AA-CTG--ATTTAG---TA-T--CT-ACTA------AA--A----TTAATA-------TATCTGCATA-AAT---TTTCA-------------CTTTGAA-AATGATAC-TTTTGCAA----CGAGGAAT---AT----CNAA-GAT-CG--ATCGTC-TA-TAAT-CT--NTATCATCATAT-TC---GTTC--TAG---AAT-A--T---TT---CATTG---TG-T--AATA-TTGATAT-G--CAGTA-A-T-G--TA-A-TAATCA--A-TC-TAATAG-----ATTAT-G-CA-TAC--AAATG-TAAATA---T-CT----ATATTAATTGTT----A-TA--TG------TT-GT----AT--T-TT-TTA-A-TG---A---ATGTCCAT-ATCGT-AC--AA-GGG-A-CAACTA----GNTATT---------CC---------AGCTGCAT----GTCTTG--G-GG-GGGGGGGGGGGGGTGCT-AA-G-ATT-AATAATTT-TG-T-TGTT-TTT-C--AACTTTCTTC-C--A---CC-ATC-AC-C--TC-C-ACGTCCTTTGC-T-GAATA-G-TT--CTTTTTT-T-A-TTTCGA-T-ACAGTCAC-GTA---------TATGCA--TTCT-TAAGT---AT-T-GTTTA-TA-TGGCA-ATA-A-NG-T--AACTT-CCG-GTA-AAGT-TA-CGT-A-GT-ACGTAAAT-AG--CCGA-T-A-TT-TAC-GT--CGGTT-C-T--ACGCACCTTTCGTGAAACGG-TCGT-AAC-GT-AGTGC----C--TAA-G-TAGTACTT-AAC-TG--CGTCG-TAACTCGC---TACG-TA---GT--A---CTT-A-ATTTACGATGC-T---TTTG-TGAAACGCAG
finalCons : AATAACCATCCGTGAAA-AACTTTAGAAT-C-TTTTGA--TTCTACAG-TGAAT--CG-ATATTTAGTACGCG-------------TATT-TC--AA-TATT--GTTTAATATTAT-GTT-------TTTGCGATATTG-------AA--TATAGAAATA--AAACTATTAAATCAAGTG-----------------GGA-CAGC-CCTNCCT-ATT------AAATGT-AGAA-TGGTTTA-TAAAAC--ATAC-A-TGA-GG-CATGTT-GCCCATAAAC--------------------AA-CTG--ATTTAG---TA-T--CT-ACTAAAAT------------TAATATA-------TCTGCATAAT-----TTTCA-------------CTTTGAA-AATGATAC-TTTTGCAA----CGAGGAAT---AT----CNAA-GAT-CG--ATCGTC-TA-TAATTCTN--TATCATCATAT-TCG---TTC--TAGAATAATTT-----------CATTG---TG-T--AATA-TTGATAT-G--CAGTA-A-T-G--TA-A-TAATCAATC----TAATAG-----ATTATGCATTATAAAATGTAAAT----------------ATATTAATTGTT----A-TA--TG------TT-GTAT------T-TT-TTA-A-TG---A---ATGTCCAT-ATCGT-AC--AA-GGG-A-CAACTAGG----TATT---------CC---------AGCTGCATGTCTTGG-------GG-GGGGGGGGGGGGGTGCT-AA-G-ATTA-ATAATTT-TGT--TGTT-TTT-C--AACTTTCTTC-C--A---CC-ATC-AC-C--TC-CAACGTCCTTTGC-T-GAATAG--TT--CTTTTTTTA---TTTCGANN--CAGTCAC-GTA---------TATGCATTCT----AAGT---AT-T-GTTTAT-A-TGGCAA-TA-A-NG-T--AACTT-CCG-GTA-AAGT-TA-CGT-AG-T-ACGTAAAT-AG--CCGA-T-A-TT-TAC-GT--CGGTT-C-T--ACGCACCTTTCGTGAAACGG-TCGT-AAC-GT-AGTGC----C--TAA-G-TAGTACTT-AAC-TG--CGTCG-TAACTCGC---TACG-TA---GT--A---CTT-A-ATTTACGATGC-T---TTTG-TGAAACGCAG
Alignments
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Reference ( family-5540 ) : AATAACCATCCGTGAAA-AACTTTAGAAT-CTTTT-GA--TTCTACAG-TGAAT--CG-ATATT------TAG-TA---------CGC--G-TATT-TC--AA-TATT--GTTTAATATTAT-GTT-------TTTG---CGAT--ATTG--AA--TATAGAAAT--AAAACTATTAAATCAA--------------GTGGGAC-AGC-CCTNCC-TATT------AAA-T-GT-AG-AATGGTTTA-TAAAAC--ATAC-A-TGAGG-CATGTT-GCCC----ATA------------AA-CAAC-TG--ATTTAG---T-AT--CT-ACTA------AAA----T-----TAATA----TATCTGCATA--A-T---TTTCA-------------CTTTGAA-AATGATAC-TTTTGCAA---CGAGGAAT---A-T----CNAA-GATC-G--ATCGTC-TATAATTC-TNTATCATCATAT-TC---GTTC--TAGA--A-TAA-T---TT---CATTGTGT-AA--TATT-GATATG--CAGTA-A-T-G--TA-A-T-AATCA--A-TCT-AATAG--ATTAT-G----CATT-A-TAAA--ATG-TA--AATA-------TAT---TAATTGTT----A-TA--TGTTG-T----ATT--TTT-TA-AT---G-A---ATGTCCAT-ATCGTA-C--AAGGG-A-CAACTA----GGTATT---------CC---------AGCTGCAT----GTCTTGG--GG-GGGGGGGGG-GGGGTGCT-AA-GA-TT-AATAATTT-TG-T-TGTT-TTT-C--AACTTTCTTC-CA---CCA-TC-AC-CT--CCAACGTCCTTTGC-T-GAATA-GTT--CTTTTTT-T-A-T-TTCGA-NN-CAGTCAC-GT-A-T---------ATGC-A--T-T-CTAAGTA-T-T-GTTTAT-A-TGGCA-ATA-A-NGT-AA--C-TTCCG-GTA-AAGT-TA-CGT-AG-TA-CGTAAAT-AG--CCGA-T-A-TT-TAC-GT--CGGTT-CT-AC--GCACCTTTCGTGAAACGG-TCGT-AACG-T-AGTGC----C--TAA-G-T-AGTACTT-AAC-TG--CGTCG-TAACTCGC---TACG-TA---GT--A---CTT-A-ATTTACGATGC-T---TTTG-TGAAACGCAG
gi|1 : AACCATT-GTGAAA-AACTTTATAATATTTTT-GAAATTCTAAAG-TAAGTTTCGCATCTCAAGTGGTAT-TA---------CGTTTG-TATT-TCTAAA-TATTT-GTTTGGT-TTAT-CCTATGGGAATTTGGATTAAT--GTTG--AAATTATAATAATTTATAACT--TAAGTCAAAAGTACATGCTCTGGCGGGAC-CGTACCTCCCATATT------AAA-TTGT-AG---TGGTTTAATAAAACTCATACCA-TGAGG-CATGTT-TTCC----GTG---------------TGAG-TGGGATTTGGCTAT-AC--CT-ATCATGTTGCGAA----G-----TAGTG-----ATCTGCATACGA-TCCTTTTTATCGAGGTCTGAACCTTTGAATAATTTTGTGTTTTGCAA---T-AGAGATTTTA-TTTGACGAATGATT-G--ATCGTCATATAATTCAGTTATTATCATATATCTGGGTTTAGTAGA--A-AAA-TAGATG---TGTCGTGT-AA--TATG-AATATGGCTAGTATACT-GGCTATA-T-AATCA--ACTCTTAATAG--AATAT-GGGGACATG-T-TCAT--ATC-TCGCAATA-------TTTCTTTATTTGCT----C-T---CATTG-T----ATT--TTT--A-AT---G-A---CTA-CCA------------AAGAG-G-AAACTACTCGGATGGT---------CC---------AGCGGCAT----GTCTTGGCGGA-GGGGAGGGG-GGGATGCTCAA-GAATTGAATAATTT--G-TCTGTTATTT-C--AACTT-CT---CA---CAA-TC-AC-CT--CCA--GTCCTT-GCATAGAATA-GTTT-CTTTTTTCT-A-T-TTCGA-TAACAATCAC-G--A-T---------ATGC-A--T-TTCTTAATA-T-T-GTTTATTACTGACA-ATA-A-GGTTAA--C-TTCGG-TTA-AAGT-TA-CGT-AGGTA-CGTAATA-AG--ACGA-T-A-TT-T-C-GT--CGGTT-CT-AC--G-ACCTTTCGTGAAACGG-TCGT-AACG-T-AGTGC----C--TAA-G-T-AGT-CTT-AAC-TG--CTGCG-GAACTCGCG--TACGTTA---GT--A---CGT-ACATTTACGACGC-T---TTTG-TGA
gi|10 : a--C-TTCTG-GTA-AAAT-TAACGC-TG-TA-CGTAAAT-AC--CCAA-A-T-TT-TAC-TTTACAGTT-CG-AC--GCATCTATCGTGAAACGG-TCGT-ATAT-T-AGTAC----T--TAG-G-T-TGTA
gi|11 : -TTCCG-GTA-AAGT-TA-CGT-AG-TA-CGTAAAT-AG--CCGA-T-A-TT-TAC-GT--CCGTT-CT-AC--GCACCTTTCGTAAAACGG-TCGT-AACG-T-AGTGC----C--TAC-G-T-AGT
gi|12 : GAAT---A-T----CAAA-GATC-G--ATCGTC-TATAATTC-TTTATCATCATAT-TC---GATC--TAGA--A-T-A-T---TT---CATTGAGT-AA--TATT-GATATG--
gi|13 : ACTT-AAC-TG--CGTCG-TAACTCGC---TACG-TA---TT--A---CGT-A-ATTTACGATGA-T---TTTG-TGAAACGCt
gi|14 : -TG--TGTTG-TAATTCGC---TATG-TACATGT--AGAACTT-A-ATTTAGGATGC-T---TTTG-TGAAACGCtg
gi|15 : C-TG--CGTCG-TAACTCGC---TACG-TA---GT--A---CTT-A-ACTTACGATGC-T---TTTG-TGAAACGCAG
gi|16 : AATAACCACCTATGAAA-A-CTTTAGAAT-CTTTG-GA--TTCTACAG-TGAAT--Cc
gi|17 : caacc--C-TTCCG-TTA-AAGT-TA-CAT-AG-TG-CGTAGATCAG--CTGA-T-A-TTATAC-
gi|18 : ---TACG-TA---GT--A---CT--A-ATTTACGATGCTT---TTTG-TG-AACGC
gi|19 : ---TACG-TA---GT--A---CT--A-ATTTACGATGCTT---TTTG-TG-AACGCgaagcc
gi|2 : AATCATC-GTGAAA-AAACTTAGAAT-CTTTT-GA--TTCTACAG-TGAAT--CG-ATATT------T-G-TA---------CTG--G-TATT-TC--AA-TA-T--GTTT-ATATCATAGTT-------TTTG---CGATAAATTG---A--TATAGAAAT---AAACTATGAAATCCA--------------AAGGGAC-AGC-CCTTCC-TATCCTATTAAAA-T-GT-AGAAATGTTTCA-TAACAA--ACAA-A-TTAGGTCATGCTAGCCCATTAATA------------AT-TAAC-TG--ATTTAG---TAAT--CT-ACTA------AAAACCCT-----TAATA----TATCTACATA--A-----TTTCA-------------C-TTGAA-AATGATAC-TTTGCCAA---CGGGGAAT---A-T----CTAA-GATC-GAAATCG-C-TA-AA-TC-TATATCATCATAT-TC----TTC--TA-A--A-TAATT---TT---CATTGTGT-AA--TATT-GA-ATG--CAGTA-A-T-G--TA-A-T-AATCAACA-TCT-AATAG--ATTATGG----CATT-A-TAAA--ATG--A--AATA-------TATA--TAATT-TT----A-TGATTGTTA-T-----TT--TTT-TA-AT---G-AATGATGTCTAT-ATCGTA-C--AAGGG-ATCAACTA----GGTATTCCAGCTCGACC---------AGCTGCAT-----TCTT-----G-GAGGGGGTG-GGTGTGCT-AAGGA-TT-AATAATTT-TGTT-TGTT-TTT-TCAAACTTTCTTCTCAACTCTA-TCGAC-CT--CTCACCTCCTTTGC-T-AAATA--TT--CTTTTTT-T-AGT-TCCGATTA-CAGGCAC-GT-A-T---------A-GCAA--TGT-CTAAGTA-T-T--TTTAT-A-TGAC--ATA-A-TGTAAA--C-TTCCG-GTC-CAATATA-CGT-AG-TA-CGTAAAT-AAGCCCGATT-A-TT-TACGGT--CGGTTACT-AA--ATA-CTTTCGTGAAACGACTCGT--ACA-TAAATGCCTCAC--TAA-GAT-A-TACTT-AAC-TG--CGTC--TAACTCGC---TACG-TA---GTACA---CTTAA-ATTTACGATGC-T---TTTGTTGAAACGCAGgaagcc
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