lowQualScore                  :                    22                                          1111       
lowQualScore                  :          8    2  3 11       1         1      1     22        4 7777       
lowQualScore                  :          .    .  . ..       .         .      .     ..        . ....       
lowQualScore                  :          9    0  8 77       7         7      7     22        3 9999       
consensus                     :      AAACACAGC-AA-A--TCCTACT-TCATTTGAT-GCGTCC-AAAAT-CTTGGGTATCCT---ATGACCT
Reference ( gi|12 )           :      AAACTCAGC-AA-A--TCCTACT-TCATTTGAT-GCGTCC-AAAAT-TTTGGGTATTCG---ATGACCT
gi|8                          :      AAACACAGCCAA-A--CCCTTCT-TCATTTGAT-GCGTCC-AAAAT-CTTGTTTTTCCC---ATGACCT
gi|9                          :      AAACTCAAT-AA-AA-TCCTATT-TTATATGAT-GCATCC-AAAAT-CATGGGTATCCC---ATGACTTtga
gi|11                         :     cAAACACAGT-AA-AG-TCTTACT-TCATCTGAT-GCATTC-AAAAT-CTGGTGTATCCA---ATGACTTt
gi|6                          :      AAGCTCAAC-AATA--TCATACT-TTATTTGAT-GTGTCT-AAAATCTTTGAGTATt
gi|1                          :      AAATCCAGC-AACA--TTTTACT-TCATTTTAT-GCGCCC-AACAT-CCGGGTTA-TCGGAAATGACCctttgagtatct
gi|15                         : caccgcAACTCAGC-AA----TCCTACTGTCCTTTGAT-GCGT-C-AAAAT-TTTTGGTA-TCG---ctgaa
gi|2                          :  cacatAACACAAC-AA-AC-TTCTGCT-TCGTTTGAT-CCGTCC-AAAAG-CTTGGGTATCC
gi|10                         :     atgACACAGC-AA-AA-TTCTGCT-TCATTTGAT-GCGTGC-GAACT-TTTGGGTATCCT---GTAACCTtacatgtacgatcttaa
gi|4                          :      gtACACGGC-AA-A--TCCTATT-TCATTTAATGGCATCCAAAAAA-TTTGGATATCCT---ACAATCTt
gi|18                         :        ACACAGA-AA-AATTCCTATT-TCATTTGAT-GCATCC-GATAT-CTTGAGTAtaaaaatc
gi|22                         :        ACACAGC-AA-AG-CCCTACT-TCATCTGAT-GTGTCC-AGAAT-actt
gi|16                         :           CAGC-AA-AA-CCCTACT-TCATTTGAT-GCGTCC-AAAAT-CTTTGGTATccttgttag
gi|7                          :         caCAGT-AA-AC-TCCTTCT-TCATTTGAT-GCGTTC-AAAGT-TATAGGTATTCT---ATAAACTcttatt
gi|19                         :       accaCAGC-AA-AA-TCCCACT-TCATTTGAT-GCATCC-AAAAT-taaa
gi|14                         :         tgCAGC-AA-AA-TCTTACT-TCATTTCAC-GCGTCT-GATAT-CTTGGGT-T------ATGACCTgaactttatctt
gi|13                         :      taatcaAAC-AA-AG-TTCTGCT-TCTGTTGAT-GTGTCC-A-AAT-CTAGGGTATCCT---ATGATCT
gi|21                         :           atat-AA-A--TCCTTCT-TCATTTGAT-GCGTCC-AAACT-CTTAGGTt
gi|17                         :     aaacacgcca-AA-A--TCTGATT-TCATTTGAT-GTATCC-AAAAT-CTTGGGAATCCT---ATGA
gi|24                         :          caaca-AA-G--TCC-GTT-TCATTTGAT-GTATCC-AAAAT-CTTCGGTGT
gi|20                         :          aacga-AA-A--TCATTCT-CAGTTTGAT-GCATCC-AAAAT-CTTGGgc
gi|3                          :    atgtaaatacacaA-A--TCCTATT-TTAGTTGAT-GCGCCC-AGAAT-TTTAAGTAACCT---GTGATCT
gi|25                         :      cccagataaatgctatacCTACT-TTATTTGAT-GCGTCC-TAAAT-CTTGGGTc
gi|5                          :             cactaaacacagTACA-TTATTTGAT-GTGTCC-GGAAT-TCTGGGTATCCT---ATAACCT
gi|23                         :      agacacaacaaaacgctgagACT-TCATTTGAT-GCATCC-AAATC-TTTGGGTTTTTGTA-ATGACCT





Alignments
lowQualScore                  :                                11                                                           
lowQualScore                  :                          44  3 99  1  3333   1         1      22      1           444       
lowQualScore                  :                          ..  . ..  .  ....   .         .      ..      .           ...       
lowQualScore                  :                          11  3 00  7  4444   6         6      22      7           444       
consensus                     :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
Reference ( family-554 )      :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
gi|1                          :                 AAATCCAGC--AACA--TT-TT----ACT-TCATTTTAT-GCGCCC--AACATC-CGGGTTATC
gi|10                         :             caccgcACACAGC--AA-AA-TT-CT----GCT-TCATTTGAT-GCGTGC--GAACTT-TTGGGTATCCT---GTAACCTggaaatgaccctgaa
gi|11                         :               gtAAACACAGT--AA-AG-TC-TT----ACT-TCATCTGAT-GCATTC--AAAATC-TGGTGTATCCA---ATGACTTt
gi|12                         :                 AAACTCAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATT-TTGGGTATTCG---ATGACCTt
gi|13                         :                   ATATAAC--AA-AG-TT-CT----GCT-TCTGTTGAT-GTGTCC--AAA-TC-TAGGGTATCCT---ATGATCT
gi|14                         :                 AATCACAGC--AA-AA-TC-TT----ACT-TCATTTCAC-GCGTCT--GATATC-TTGGGT----T---ATGACCTt
gi|15                         :                 tAACTCAGC--AA----TC-CT----ACTGTCCTTTGAT-GCGT-C--AAAATT-TTTGGTATC
gi|16                         :               cacatCACAGC--AA-AA-CC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTTGGTATCTT---ATga
gi|17                         :                          --AA-A--TC-TG----ATT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTGGGAATCCT---ATGAt
gi|18                         :              caacaACACAGA--AA-AATTC-CT----ATT-TCATTTGAT-GCATCC--GATATC-TTGAGTA
gi|19                         :                      CAGC--AA-AA-TC-CC----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAAATactt
gi|2                          :                tgAACACAAC--AA-AC-TT-CT----GCT-TCGTTTGAT-CCGTCC--AAAAGC-TTGGGTATCCT---gaactttatctt
gi|20                         :              atgAAATACACA--AA-A--TC-AT----TCT-CAGTTTGAT-GCATCC--AAAATC-TTGGcatgtacgatcttaa
gi|21                         :             atgtAAACAC-GCCAAA-A--TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAACTC-TTAGGT
gi|22                         :                   ACACAGC--AA-AG-CC-CT----ACT-TCATCTGAT-GTGTCC--AGAATC-CT
gi|23                         :                                       ----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAATCT-TTGGGT-TTTTGTAATGACCTtgttag
gi|24                         :                        ca--AA-G--TC-C-----GTT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTCGGTGT
gi|25                         :            aacgaAAACACAGC------------T----ACT-TTATTTGAT-GCGTCC--TAAATC-TTGGGTgc
gi|3                          :                         cactA-A--TC-CT----ATT-TTAGTTGAT-GCGCCC--AGAATT-TTAAGTAACCT---GTGATCT
gi|4                          : cccagataaatgctatacACACGGC--AA-A--TC-CT----ATT-TCATTTAATGGCATCCAAAAAAT--TTGGATATCCT---ACAATCTc
gi|5                          :                 AGACACAAC--AA-A--ACGCTGAGTACA-TTATTTGAT-GTGTCC--GGAATT-CTGGGTATCCT---ATAACCTtaaaaatc
gi|6                          :                 AAGCTCAAC--AATA--TC-AT----ACT-TTATTTGAT-GTGTCT--AAAATCTTTGAGTATCTT----TGA
gi|7                          :                    CACAGT--AA-AC-TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTTC--AAAGTT-ATAGGTATTCT---ATAAACTgtatct
gi|8                          :               acAAACACAGCC-AA-A--CC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGTTTTTCCC---ATGACCTtaaa
gi|9                          :                 AAACTCAAT--AA-AA-TC-CT----ATT-TTATATGAT-GCATCC--AAAATC-ATGGGTATCCC---ATGACTTtga





Alignments
lowQualScore                  :                                11                                                           
lowQualScore                  :                          44  3 99  1  3333   1         1      22      1           444       
lowQualScore                  :                          ..  . ..  .  ....   .         .      ..      .           ...       
lowQualScore                  :                          11  3 00  7  4444   6         6      22      7           444       
consensus                     :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
Reference ( family-554 )      :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
gi|1                          :                 AAATCCAGC--AACA--TT-TT----ACT-TCATTTTAT-GCGCCC--AACATC-CGGGTTATC
gi|10                         :             caccgcACACAGC--AA-AA-TT-CT----GCT-TCATTTGAT-GCGTGC--GAACTT-TTGGGTATCCT---GTAACCTggaaatgaccctgaa
gi|11                         :               gtAAACACAGT--AA-AG-TC-TT----ACT-TCATCTGAT-GCATTC--AAAATC-TGGTGTATCCA---ATGACTTt
gi|12                         :                 AAACTCAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATT-TTGGGTATTCG---ATGACCTt
gi|13                         :                   ATATAAC--AA-AG-TT-CT----GCT-TCTGTTGAT-GTGTCC--AAA-TC-TAGGGTATCCT---ATGATCT
gi|14                         :                 AATCACAGC--AA-AA-TC-TT----ACT-TCATTTCAC-GCGTCT--GATATC-TTGGGT----T---ATGACCTt
gi|15                         :                 tAACTCAGC--AA----TC-CT----ACTGTCCTTTGAT-GCGT-C--AAAATT-TTTGGTATC
gi|16                         :               cacatCACAGC--AA-AA-CC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTTGGTATCTT---ATga
gi|17                         :                          --AA-A--TC-TG----ATT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTGGGAATCCT---ATGAt
gi|18                         :              caacaACACAGA--AA-AATTC-CT----ATT-TCATTTGAT-GCATCC--GATATC-TTGAGTA
gi|19                         :                      CAGC--AA-AA-TC-CC----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAAATactt
gi|2                          :                tgAACACAAC--AA-AC-TT-CT----GCT-TCGTTTGAT-CCGTCC--AAAAGC-TTGGGTATCCT---gaactttatctt
gi|20                         :              atgAAATACACA--AA-A--TC-AT----TCT-CAGTTTGAT-GCATCC--AAAATC-TTGGcatgtacgatcttaa
gi|21                         :             atgtAAACAC-GCCAAA-A--TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAACTC-TTAGGT
gi|22                         :                   ACACAGC--AA-AG-CC-CT----ACT-TCATCTGAT-GTGTCC--AGAATC-CT
gi|23                         :                                       ----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAATCT-TTGGGT-TTTTGTAATGACCTtgttag
gi|24                         :                        ca--AA-G--TC-C-----GTT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTCGGTGT
gi|25                         :            aacgaAAACACAGC------------T----ACT-TTATTTGAT-GCGTCC--TAAATC-TTGGGTgc
gi|3                          :                         cactA-A--TC-CT----ATT-TTAGTTGAT-GCGCCC--AGAATT-TTAAGTAACCT---GTGATCT
gi|4                          : cccagataaatgctatacACACGGC--AA-A--TC-CT----ATT-TCATTTAATGGCATCCAAAAAAT--TTGGATATCCT---ACAATCTc
gi|5                          :                 AGACACAAC--AA-A--ACGCTGAGTACA-TTATTTGAT-GTGTCC--GGAATT-CTGGGTATCCT---ATAACCTtaaaaatc
gi|6                          :                 AAGCTCAAC--AATA--TC-AT----ACT-TTATTTGAT-GTGTCT--AAAATCTTTGAGTATCTT----TGA
gi|7                          :                    CACAGT--AA-AC-TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTTC--AAAGTT-ATAGGTATTCT---ATAAACTgtatct
gi|8                          :               acAAACACAGCC-AA-A--CC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGTTTTTCCC---ATGACCTtaaa
gi|9                          :                 AAACTCAAT--AA-AA-TC-CT----ATT-TTATATGAT-GCATCC--AAAATC-ATGGGTATCCC---ATGACTTtga


blockSeqs                     :                          CA  T AT  G  GAGT   G         G      AA      T           GTA
blockSeqs                     :                          C   . A   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . G   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . G   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . A   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . A   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . A   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . C   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . G   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . C   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . A   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .           .  
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                          .   . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                              . .   .  .      .         .      .       .              
blockSeqs                     :                                       .      .         .      .                      


blockSeqCons                  :                 
originalCons                  :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
finalCons                     :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT





Alignments
lowQualScore                  :                                11                                                           
lowQualScore                  :                          44  3 99  1  3333   1         1      22      1           444       
lowQualScore                  :                          ..  . ..  .  ....   .         .      ..      .           ...       
lowQualScore                  :                          11  3 00  7  4444   6         6      22      7           444       
consensus                     :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
Reference ( family-554 )      :                 AAACACAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGGGTATCCT---ATGACCT
gi|1                          :                 AAATCCAGC--AACA--TT-TT----ACT-TCATTTTAT-GCGCCC--AACATC-CGGGTTATC
gi|10                         :             caccgcACACAGC--AA-AA-TT-CT----GCT-TCATTTGAT-GCGTGC--GAACTT-TTGGGTATCCT---GTAACCTggaaatgaccctgaa
gi|11                         :               gtAAACACAGT--AA-AG-TC-TT----ACT-TCATCTGAT-GCATTC--AAAATC-TGGTGTATCCA---ATGACTTt
gi|12                         :                 AAACTCAGC--AA-A--TC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATT-TTGGGTATTCG---ATGACCTt
gi|13                         :                   ATATAAC--AA-AG-TT-CT----GCT-TCTGTTGAT-GTGTCC--AAA-TC-TAGGGTATCCT---ATGATCT
gi|14                         :                 AATCACAGC--AA-AA-TC-TT----ACT-TCATTTCAC-GCGTCT--GATATC-TTGGGT----T---ATGACCTt
gi|15                         :                 tAACTCAGC--AA----TC-CT----ACTGTCCTTTGAT-GCGT-C--AAAATT-TTTGGTATC
gi|16                         :               cacatCACAGC--AA-AA-CC-CT----ACT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTTGGTATCTT---ATga
gi|17                         :                          --AA-A--TC-TG----ATT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTGGGAATCCT---ATGAt
gi|18                         :              caacaACACAGA--AA-AATTC-CT----ATT-TCATTTGAT-GCATCC--GATATC-TTGAGTA
gi|19                         :                      CAGC--AA-AA-TC-CC----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAAATactt
gi|2                          :                tgAACACAAC--AA-AC-TT-CT----GCT-TCGTTTGAT-CCGTCC--AAAAGC-TTGGGTATCCT---gaactttatctt
gi|20                         :              atgAAATACACA--AA-A--TC-AT----TCT-CAGTTTGAT-GCATCC--AAAATC-TTGGcatgtacgatcttaa
gi|21                         :             atgtAAACAC-GCCAAA-A--TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAACTC-TTAGGT
gi|22                         :                   ACACAGC--AA-AG-CC-CT----ACT-TCATCTGAT-GTGTCC--AGAATC-CT
gi|23                         :                                       ----ACT-TCATTTGAT-GCATCC--AAATCT-TTGGGT-TTTTGTAATGACCTtgttag
gi|24                         :                        ca--AA-G--TC-C-----GTT-TCATTTGAT-GTATCC--AAAATC-TTCGGTGT
gi|25                         :            aacgaAAACACAGC------------T----ACT-TTATTTGAT-GCGTCC--TAAATC-TTGGGTgc
gi|3                          :                         cactA-A--TC-CT----ATT-TTAGTTGAT-GCGCCC--AGAATT-TTAAGTAACCT---GTGATCT
gi|4                          : cccagataaatgctatacACACGGC--AA-A--TC-CT----ATT-TCATTTAATGGCATCCAAAAAAT--TTGGATATCCT---ACAATCTc
gi|5                          :                 AGACACAAC--AA-A--ACGCTGAGTACA-TTATTTGAT-GTGTCC--GGAATT-CTGGGTATCCT---ATAACCTtaaaaatc
gi|6                          :                 AAGCTCAAC--AATA--TC-AT----ACT-TTATTTGAT-GTGTCT--AAAATCTTTGAGTATCTT----TGA
gi|7                          :                    CACAGT--AA-AC-TC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTTC--AAAGTT-ATAGGTATTCT---ATAAACTgtatct
gi|8                          :               acAAACACAGCC-AA-A--CC-CT----TCT-TCATTTGAT-GCGTCC--AAAATC-TTGTTTTTCCC---ATGACCTtaaa
gi|9                          :                 AAACTCAAT--AA-AA-TC-CT----ATT-TTATATGAT-GCATCC--AAAATC-ATGGGTATCCC---ATGACTTtga