lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 2222 11111111 111111111 111111111111111111 1111 11111111 111111 1 8888 11 222 111 2222 1 555555555555555555555555555555555555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 1 7777777777777777777777777777 333 1 11 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 2 2
lowQualScore : 4 5555 3 44 44 33 7777 1 55 2 3 666 3 111111 66 4 777 4444 2 555 2 2 33 66 33 2 6 333 55 55 9999 2 44 22 11111111 2 1 0 1 5555 1 1 3 333333333 1 1 1 1 22 66 000000000000000000 55 1 1 44 44444 6666 666 1 333 22 44444444 2 2 8888 8 2 77777 33 2 2 2 1 6666 2 3 222222 3 44 0 3 3 4 1111 00 66 444 66 222 2222 4 4 5 66 66 8 111111111111111111111111111111111111111111111 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 5 8888888888888888888888888888 000 7 3 88 0 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 3 3 3 6 4 6
lowQualScore : . .... . .. .. .. .... . .. . . ... . ...... .. . ... .... . ... . . .. .. .. . . ... .. .. .... . .. .. ........ . . . . .... . . . ......... . . . . .. .. .................. .. . . .. ..... .... ... . ... .. ........ . . .... . . ..... .. . . . . .... . . ...... . .. . . . . .... .. .. ... .. ... .... . . . .. .. . ............................................. . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... . ............................ ... . . .. . . ................................................................................. . . . . . . .
lowQualScore : 0 8888 3 66 66 88 7777 4 00 8 6 444 6 999999 11 0 000 4444 9 000 9 9 99 88 44 1 3 777 00 00 5555 0 33 88 00000000 1 9 4 9 4444 7 7 8 333333333 7 7 7 8 55 11 666666666666666666 00 8 8 33 55555 8888 888 8 222 99 33333333 9 9 9999 6 9 11111 99 9 9 9 7 8888 9 3 999999 3 66 0 3 6 0 8888 66 11 444 11 111 2222 4 4 0 99 99 4 444444444444444444444444444444444444444444444 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000000 5 5555555555555555555555555555 777 3 3 33 0 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 7 3 0 7 7
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--ACTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--CGTAG--GCG-AA---TTTT--N-GCG-T---TT-C-A--CG--AAA--ACGTCGT-A-A---T--T--T----A-CGTC-G--CA---T----C-GTAC-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---T--C--T-A-CG-T-CA--C--CTCG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--A--AT-A--TT---A-CG---T--CA--------G-TGCG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-A-G-ACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGGA----AG--TAC--A---TG--T-A-AAG---AAAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--CGGCTTTTT-TAA--AGGCTAGG-GGAAAACC-CAT--TTG--C-----TAT-TA-AAAAAAAT-----GTTGTT-A---C--CG---T---G--A-CA-AAAGA------------T-----------AG--TTT------ATG----T-CCGACTG--CG-ACCGGG--CGTT-ATA--NC-GAT-T---TT-T-TCTG--GAA--GT-GTTTGG-T--AGGAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-GG---A-AAT--ATATTAAAG-AANT---A-TT-ATA-TTT-ACGAC-T--AT-GG-CTC--TTGGT-ATT-----T-TTTG--T-TGGG--T-TTTT--T---TT---------------------TTTTTTTAT-----TTTCATTGTT----TTTG--CTTTNT-T-ATTT-TA---TCGT---T----T-TATTTTTTATA---A------AAGGTACAGTTT-CG-ATTTT---T-TTCTTTATTTTAT-TNT---AT-TT--TNTCTA-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAA-AGAT-AG-----T--GTTGTTGGCTGT------ATA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-G---TTGTATTG----GGTTTGATT--GTCC----AC--A-TCTG---CACACAC------TTGCN-TTATAA-----TTTACAGCAA-----TATGTGAAT-TAT-T---AGCA-AAA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AA--AC---GAA-G-TAA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAAGGAC-CGA--AAAGT-GGTTTTTATT---TTCTTTTTATTTTTNNCTCG-ATTGT--A---AA-GAAAATTAT-A--CCTC-AACT-T-TACGG-NTGC----CTAATTCATA-------TTT------TAAAAAA-----C-----TAT----ATG-TT-TCA-A-ACAT-TCAT--ATTA-CANCTATG-CGAGCCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGCTGCNTTTTTATGGCTAAGCAACNNGCTAGATTNNCACTCANTTGTAATAA--CTTTTA-TATTT--GAATCATATTTAA---ATAAAATG-CA-TTT----ANAA-TC--AAA-TG------AA-GACT-GTAAA-CGATAT-----TTTAT-TATTT-TTTTTTAAATT-CTNC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( gi|3 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGCA--ACTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--CGTAG--GCG-AA---TTTT--T-GCG-T---TT-C-A--CG--AAA--ACGTCGT-A-A---T--T--T----A-CGTT-G--CA---T----C-GTAC-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---T--C--T-A-CG-T-CA--C--CTCG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--A--AT-A--TT---A-CG---T--CA--------G-TGCG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-A-G-ACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGGATTTTAG--TAC--A---TG--T-A-AAG---AAAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--CGGCTTTTT-TAA--AGGCTAGGTGGAATACC-CAT--TTG--C-----TAT-TA-AAAAAAAT-----G-TGTT-A---C--TG---T---G--A-CAGAAAGA------------T-----------AG--CTT------ATG----T-CCGACT---TGTACCGGG--TGTT-ATA--AT-GAT-T---TT-TATCTG--GAA--GT-GTTTAG-T--TGGAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-GG---A-AATTGATATTAATTGAATT---A-TT-ATATTTTTACTAC-T-AAT-GG-CTC--TTAGT-ATT-----T-TTTG--T-TGGG--T-TTTT--T---TT---------------------TTTTTTTAT-----TTTCATTGTT--AGTTTG--CTTTCT-T-ATTT-TA---TCAT---T----T-TATTTTTTATA---A-A----AAGGTACAGTT--CG-ATTAT---T-TTCTTTATTTTAT-TTT---AT-TT--TCTCTA-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCA-AG-T-AG-----T--GCT-TTGGCTGT------CTATTTTTAAATAT--GAG--T-----G-G---TTG-ATTG----AGTTTGATT--GTCC----AC--A-TCTG---CTCACAC------TTGTT-TTATAA-----TTTACAGC-G-----T-TGTGAATATATAT---AGCATAAACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AA--AT---AAA-G-TAA-TGATTTGAAA-CATGC-GCG-AAGAAGG---CAA--AAAATGGGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AA-G-AAATTAT-A--CTTC-AACT-T-TATGGAATG-----CTAATTCA-A-------TTT------TAAAAAA-----C-----TGT----ATG-TT-TCA-A-ATAT-TCATTGATTACCAG-TATGTTGAGTCTTTTAGTGCATCTAGATTCCAAAACTATCAATCACAATTTTCAAAACTGAGTTTGTTATTT--T-TTTTTTTATGGCT--GC--TTAGTTAGATTTTTATTCTATTGTAATAA--TTTTTA-TATTT--GAA-CATATTAAACTTATGAATTG-CA-TT-----ATAA-TC--AAA-TG------AA-GACTAGTAAAACGATATAT-TATTTAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|8 : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--ACTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--CGTAG--GCG-AA---TTTT--A-GCG-T---TT-C-A--CG--AAC--ACGTCGT-A-A---TA-TA-T----A-CGTT-G--CA---C----C-GTAG-GCGG-CG----G-CG-TAA-A---T--C--T-G-CG-T-CA--C--CTCG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--A--AT-A--TT---A-CG---T--CA--------G-TGCG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-A-G-ACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGGA----AG--TAC--ATG-TG--T-A-AAG----AAAA-AACA-GAG-CATG--TC--CGGCTTTTT---A--GAGCTAA--GGAAAACC-CAT--TTGA-C-----AAT-TA-AAAAAAAT-----GTTGTT-A---C--CG---T---
gi|1 : cagcgTTTCACAAAA-GCGTT--A--A-TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--CGTAG--GCG-A----TTTT--A-GCG-T---TTTC-A--C---AAA--ACGT-G--A-A---T--T--T----A-CGT-----CA---TTCTAC--TAC-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---T--CATT-A-CG-T-CA--C--CTCGA---GA-----A-----GTG--A-CG-T-----A--AT-A--TT---A--G---T--CA--------GCTGC--T----AG-TT-TT-----GCCAGA-G-G-ACGAA--TGGG-TG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAGA--------TAC--A---TGTTT-A-AAG---AAAAATAGTA-GAGACCAGGATC--CAGGTTGTT-TAA--AGCTTAGG-GAAAAACC---T--T----C-----TATATATAAAAAAATG----G-TGTTGA---C--CGTGTT---G--A-CAAAAA------------------------------TTT------ATG----TAACGAC----TGACCCGGC--TGTT-AT---CC-GAT-T---TG-C-TCTG--GAATTGT-GTTGAA-T--AGGAG-TACTATGA-A-GTGTGT-------TTAGAGACCACT-GT---ATAA---ATATTAAAT-AATT---ATTT-AGACTTT----------ATGGG-CTC--TGGATCATT-----T-TTTG--T-TGA-----CTTT--T---CT---------------------TTTTTCAAT----------TTGCT----TTTG--CTCTTT-TAATTTATA---TCAT---GGCAAT-TGTTTCCTA--------------------------G-ATTTC---T-TTTTTTATCTTA--TAT---AT-CT--TGT-TACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAA-AGATAAG-----TTCGTA-TTGCTTAT------ATATTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTC-ATTGGTGTATTTTGATT--GTCC----AC----TCTG---CACACAC------TTGCT-TTATAG-----TTTACAGC-A-----T-TGTGAAT-TAT-T---AGCAAGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AA--AC-----A-GTTAA-TGATTT-AAC-CATTCAGCG-A--AAAG---CGACCAAAGT-GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AA-GAAAATTAT-A--CCTCTCATT-C-TATGG-CTGC----CTAATTCATA-------TTTAATAAATAAAGAA-----CCTTATTGT----AT--TT-ACA-ACATAT-TCAT---TTA-CAC-TATG-TGAGTCTTttgga
gi|7 : acTTCCACAAAA-GCATCGT----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA---GTAG--GCG-AA---TTTTAGC-GCG-T---TT-CCA--CG--AAA--G-GTCGT-A-A---T--T------------------A---T----T--TAC-GTTG-C-----A-CG-TAC-A---T--T---------------------------------------GCG--A-CG-T--A--A---T-A--TTTTTA-CG---T---A--------G-TGCG-T----AG-TT-T------GC--AA-GCA-ACG-AAAT-TG-TGG-----TTTA-TACA--TG-TT-TTTGCC-GAGGA----AA--TAC--A---TG--TTA-AAA---GAAAA-AACA-GAGGCCTG--TC--CGGCCTTTT------AG---AGCTGGAA-ACC-CAT--ATG--G-----TAT-AA-AAAAATAT-------TGTT-ACGTC--TG-------G--A-CA-AAAGA------------TCCAATAATGGAAGTTTTT------ATG----T-CCGAC----TG-ACGGGGC-CGTT-ATA--TC-GAG-T---TT---TCTG--GAA--GT-GGTTTG----TAGAG-TA----GATA-G-TGGA-------TT-GAGGA-ATT-GG---G-AA-----ATTAAAGCAAT------TT-A-------ACGAC-T--AT-GGCCTC--TTAAT-TTT-----TGTTTGT-T-TGGG--T-TTTTCAT---TTGGGGGTGGGGGGGTGTTGTTGTTTTTTT-T-----TTTTTTTGCTTAAGCTT----TTTAT-T-ATTT-T----TTTT---T----T-TATTTTTTATaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|9 : gcattTTTCACAAAAAGCATCGTA--AATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--CGTAG--CCG-AA---TTTA----GCG-T---TT-C-A--CG--AAA--ACGTCGT-A-C---T--T--T----A-CGTT-G--CA---T----C-GTAT-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---G--C--T-A-C--T-CA--C--CTCG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--A--AT-AT-TT---A-CG---T---A--------G-AACG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-A-G-ATG-G--C-CG-CT------TTCA-TGCG--TG-TT-tgtttaggctctttttatttatttatt
gi|6 : ggctgcgTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTACTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--CGTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG-T---TT-C-ATTCGTAGAA--ATGTCGT-A--------T--T----A-CGTT----CA---T----C-GTAC-ATTG-CG----A-GG-TAA-T---T--C--T-A-CG-T-CA--CA-CTCG----GGATCTTG-----GTG--A-CG-T--A--AT-GT-A--TT---AGCG---T--CA--------G-TGCG-TTATAAGTTT-TT-----GC--AA-C-A-ACG-T--T-GG-TGGTCGTATTTA-TACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGA-ATAAGCTTAC--ATTGTG--T-A-AAGAACAAAAA-AAC--GAG-GCTG--TCAGCGACTCTTTGTAG--AGCATCG--AGAA-ACC-CATCATCGGAC-----TATAGA-AAAAAAACTATTAG-TTTT-A---C--AG---TTG-G--ACCATGAAGATCCATAATGAATT-----------AG--GTTTTCTGAATGGCGAT-CTGACTGCGGGCACC--G--CTTT-ATATTATCGATGT---TT-TCTGTG--AAA--GTAGATTGGAT--AGGAGCTA----GCTACG-GCGCTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCA-GATAG-TATTCAAGGGACA---A----GCAATTTAACGACAT-AATGGG-CTA--CTATG-ATT-----T-TTTG--TATAGA--TATATG--TACGTT---------------------TGTGCTTGT-----TT--ATAATT----TTTT--TTTTCTGT-TTTT-TG---GTGT---TG---T-TTTTTTTTGT-------------GGTATGGTT---------T---T-TTCTTGGTTTTATATTT---GTGTTTATTTCT--A--TTTT-Tgcgggtaaactgttaaaagcaatttaagaaggcagagggtttccgggaccgcaaaatccacttgac
gi|25 : cgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--ACTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|24 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--ACCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--ACTCTTT--A--CGTAGC-ACGt
gi|2 : ggcagtcTTCACAAAA-GCGTCGTA--ACTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---G--TAGA--AC-CGTAG--CGG-AA---TTTT--T-GCG------T-C-A--CGA-AAA--ACGTCGTAA-A---T--T--T----ATCGTT-G--CA---T----C-GTAC-ATTGCCG----A-CG-TAA-A---T--A--T-A-CG-TCCA--C--TTCG----GA-----G-------G--A-CGCT--A--A--AA-AT-TT---A-C----T--CA--------G-TGCG-T----AGTTT-TT-----GC--AA-A-G--CGAA--T-GG-T-------TTTA-TACA--TGTTT-TT-GAC--AGGA----AG--TAC--AGT-TG--T-A-AAG----AAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--CGGC--TTT-TAG--AGGCTAGG-GAAAAACC-CAT--TGGA-C-----TAT-TT-AAAAAAAT-----GTTGTT-A---CCGTG---T---G--A-C----AGA------------T------------C--CTT------ATG----T-CCGACTGA-CG-GCCTGC--TCCT-ATA--TC-GAT-T---TT---TCTG--GAA--GT-GTTTGA-TAAT-GAG-TA----GATA-GTGT-T-------TT-GAGGACAATGGG---A-AATTAAGAT------AAAT---A-TT-ATA-TTTAACGAC-T--AT-GGCCTC--TT-GT-A-T-----T-TTTG----TGGG---------------C---------------------TTTTTTTA------TTTCATTGTT----TATGCTCTTTGT-T-ATTT-AT---TCATACAT----T-TA--CTTTATA---ACC----AAAGTACAGTTC-CA-ATTTT---TATTCTTTACTTTAT-TTT---AA-TC--TCTACA------TT-TTTTAAA---TAATGCAA-AG-T-GA-----A--GTTGTTAGCTGT------ATA-TTTTAAA-AT--GA----------------------G----GGTTTGATT--GTCC----CC--ACTCTGCACCACACAC------TTGCG-TTAT-A-----TTAACAGCAG-----T-TGTAGATAT-TGTTTCAGCA-AAA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AA-------AAA-G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAAGGAC-CAA--AGTTTGGGTTTTTAAT---ATTTTT---TTTT----CCGTATT-T--A---AA-GAAAATTAT-AC-CTTC-AACT-TCTATGGCTTGC----CTAATTCATA-------TTT------TAAAAAAAAAACC-----TA-------A-TC-TCA-A-ACAT-TCAT--ATTA
gi|5 : TCACAAAG-GCGTCGCA--ACTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--CGTAG--GTG-AA---TTTT--G-GT--T---TT-C-A--CG--AAA--ACGTCGT-A-A---A--T--T----A-CGTaagcttatgcgatgcctttaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaaattttgcttttttaggctcaactagctagtttacactcattgtaagaactttatatttgaatcatattaaaataaaatgcatttataaatccaaaatgaaagactgtaaacgatatctatatttttttttttaaatctgcctttaaagattcttactaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|11 : agtgtgA--ACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--CGTAG--GCG-GAACCTTTT--A-GCGGT---TT-C-A--CG--AAA--ACATCGT-A-A---T--T--T----A-CGTT-G--AAA--T----C-GTAC-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---T--C--T-A-CG-T-CA--C--CTCG----GA-----ACAAGCGTG--A-CG-T--A--A--AT-A--TT---A-CGTCCT--CA--------G-TGTG-TA---AG-TT-TT-----GG--AA-A-G-AC--A--G-GT-TG------TTTA-GACA--TG-TT-TT-GAC-GAGAA----AG--TAC--A---TG--T-GTAAT---AAATA-AATA-aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|17 : gtattcgtaTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATACGTAG--GC--------TTC--G-GCG-T---TT-C-A--CG--AAA---CGTC-T-A-A---T--T--TT---A-CGTT-G--CA---T----C-GTAC-ATCA-CT----A-CG-TAA-A---T--C--T-A-TT-T-CA--C--
gi|2 : ttgaa-AA---TTTT--TAGCG-T---CC-T-C--CG--AAG--TGGACGT-ATA---T--T--T----A-CGTCGG--CA---A----T-GTAC-GATG-CA----A-CGATAA-A---T--T--T-A-CG-A-CGTTT--TTC------------------GTG--A-CG-C--A--A--AA-A--TT---C-CG---
gi|1 : ttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtaagtaagtgggagtagtagaaccgtagT--T-ACG-TCACTT-C-T--CG--AGGTGACGTAAT-G-A---T--T--T----A-CGTC-G--CAATGT----A-GTAG-AAT---G----A-CG-TAA-A---T--T--C-A-CG-T-tactcagtgcgtagtttttgcaaagcgaatggttttatacatgtttttgacaggaagtacagttgtaaagaaaaaacagagcctgtccggcttttagaggctagggaaaaacccattggactatttaaaaaaatgttgttaccgtgtgacagatccttatgtccgactgacggcctgctcctatatcgatttttctggaagtgtttgataatgagtagatagtgttttgaggacaatgggaaattaagataaatattatatttaacgactatggcctcttgtatttttgtgggctttttttatttcattgtttatgctctttgttatttattcatacatttactttataaccaaagtacagttccaatttttattctttactttattttaatctctacattttttaaataatgcaaagtgaagttgttagctgtatattttaaaatgagggtttgattgtccccactctgcaccacacacttgcgttatattaacagcagttgtagatattgtttcagcaaaatgtaagaacttcaaaaaaaaaaaggaaaccatgcagcgaaagaaggaccaaagtttgggtttttaatatttttttttccgtatttaaagaaaattataccttcaacttctatggcttgcctaattcatattttaaaaaaaaaacctaatctcaaacattcatattaaagcttatgcgatgcctttaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaaattttgcttttttaggctcaactagctagtttacactcattgtaagaactttatatttgaatcatattaaaataaaatgcatttataaatccaaaatgaaagactgtaaacgatatctatatttttttttttaaatctgcctttaaagattcttactaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|25 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttcacaaa-GTG-T---TT-C-A--CA--AAA--GCGTCGT-A-A---C--T--CTA--A-CGTA-G--TA--------C-GTA--AGTG-GG----A-CG-TAtattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|24 : a-GTG-T---TT-C-A--CA--AAA--GCGTCGT-A-A---C--C--TCTAAA-CGTA-G--TA--------C-GTA--AGTG-GG----A-CG-TAgttag
gi|26 : a-T---TT-C-A--CC--AAA--GCATCGT-A-ACTCT--T--T----A-CGTA-G--CA---gttagt
gi|7 : ggcagtcAA--AC--CAC-A-A---T--T--T------CGTT-G--C----T----T-GCAA-ACTA-CGCACTA-CG-TAA-AAA-TA-T--T-A-CG-T-CG--C--AATG----TA-----C-----GTGCAA-CG-T--A--A--ATAA--TT---A-CG---cg
gi|12 : gcattttccacaaaagcatcgtctcttacgtagttacgtgagtgggacgtaaaagttaggttagtaggcgaattttagcgcgtttccacgaaaggt--ACATGGT-A-A---T--TATT----A--ATT-GAGCA---T----C-GTAC-TTTG-CG----A-CG-TAA-AATTC--C--T-A-CGGT-CA--C--CTTG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--A--AT-ATTTT---A-CT---T--CAGG------G-TGCGTT----AGTTT-TT-----GC---A-A-G-ATG-G--C-GGATG------TTTA-TACA--TGTTT-TT-GGC-GAAGA---CAG--TAC--A---TG--T-GTAAC---AGAAA-AATATGAG-TCTG--CC--CGGC-TTTT-CAAGCAGCCTAG--GGAAAACC-CAT--TTG--A-----CAA-TA-ACAAAA---------TGTT-A---C--atacatgtttttgccgaggaaatacatgttaaaagaaaaaacagaggcctgtccggccttttagagctggaaacccatatggtataaaaaaatattgttacgtctggacaaaagatccaataatggaagtttttatgtccgactgacggggccgttatatcgagttttctggaagtggtttgtagagtagatagtggattgaggaattgggaaattaaagcaatttaacgactatggcctcttaatttttgtttgtttgggtttttcatttgggggtgggggggtgttgttgtttttttttttttttgcttaagctttttattatttttttttttattttttattgtttaggctctttttatttatttatt
gi|8 : tCGT-A-A---TATT--T----A-CGTC-A--CC---T----C----C-GAGG-TG----A-CG-CAG-A---T--T--T-A-CG-C-CG--C--CGCC----TAC----G-----GTGCAA-CG-T--A--T--AT-A--TT---A-CG---c
gi|11 : cagcgtttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtacgtaagtgggacgtagttagtacgtaggcgaattttagcgtttcacgaacacgtCGT-AGA---T--T--T----A-CGTC-G--CA---A----T-GTACGATTT-CA----A-CG-TAA-A---T-----T-A-CG-tcagtgcgtagttttgcaaagacgatggtgtttatacatgttttgacgaggaagtacatgtgtaaagaaaaaacagagcatgtccggctttttagagctaaggaaaacccatttgacaattaaaaaaaatgttgttaccgtttgga
gi|19 : gtattcgtaaactctttgactagtaggtaagtagacgttggttagaacgtaggcggaaccttttagcggtttcacgaaaacatCGT-ATA---T--T--T----A-CGTC-G--CA---A----T-GTAC-GATG-CA----A-CG-tcacctcggaacaagcgtgacgtaaatattacgtcctcagtgtgtaagttttggaaagacaggttgtttagacatgttttgacgagaaagtacatgtgtaataaataaata
gi|19 : -CGTT-G--CA---T----C-GTAC-ATTG-CG----A-CG-TAA-A---T--A--T-A-CG-T-CA--C--CTCG----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A---------------------------A--------G-TGCG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-C-G-ATG-G--C-GG-TT------TTTA-TACA--AG-TTGTT-GAC--AGGAtcacctcggaggtgacgtaagtgcgtagttttgcaacgatggcggtttttatacaagttgttgacagga
gi|10 : TT-G--CA---T----CCGTAC-ATTG-CA----AACG-TAA-A---TT-C--T-AACA-T-CA--C--CTCC----G------------GT---A-CG-TG-A--A--AT----TT---A-CT---C--C-----------TGCA-T----AG-TTTTT-----GC--AA-A-A-A-G-A--T-GG-TG------GGTG-T--A--TG-TT-GT-AAT-GAAGA----AGC-TGC--AG--TG--TCA-GAG------AA-AATA-GAGTCCTG--CC--AAGGTTT-----A--GAGCTAGG-GAAACCCCACAT--CGA--CAAGA-TA--AA-AAAAAAAT-----GTTGTT-AC--C--TG---TCTGG--A-CA
gi|9 : tataggtTAC-GTT--CT----A-CG-TAA-A---TATT--T-A-CG-T-CA--C--CTCC----GA-----G-----GTG--A--G-T--A--G--CT----TT---A-CG---T--Cccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|11 : ggctgcgtttcacaaaaagcatcgtaaatcttacgtagtacgtaatgggacgtagttagtacgtagccgaatttagcgtttcacgaaaacgtcgtactttacgttgcatcgtatattgcAC-ACTG-AGG---A-CG-TAATA---T--T--T-A-CG-T-CA--CG-CTTGTTCCGA-----G-----GTG--A-CG-T--A--G--AT----TT---A-CG---T--Cgttttgcaaagatggccgctttcatgcgtgttgcgggtaaactgttaaaagcaatttaagaaggcagagggtttccgggaccgcaaaatccacttgac
gi|8 : gtattcgtaaactctttgactagtaggtaagtagacgttggttagaacgtaggcggaaccttttagcggtttcacgaaaacatcgtaatttacgttgaaatcgtacattgcG----A-CG-TAATA---T--T--T-A-CG-T-CA--C--CTCC----GA-----G-----GTG--A-CG-C--A--G--AT----TT---A-CG---C--Cgtaagttttggaaagacaggttgtttagacatgttttgacgagaaagtacatgtgtaataaataaata
gi|12 : cagcgtttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtacgtaagtgggacgtagttagtacgtaggcgaattttagcgtttcacgaacacgtcgtaatatatacgttgcaccgtaggcggcG----A-AG-TAA-AATAT--T--T-A-CG-T-CA--C--CTCC----AA-----G-----GTG--ACCG-T--AGGA--AT-T--TT---A-CG---T--C----------------------------------GC--AA-A-GTACG-A--T-Gagtgcgtagttttgcaaagacgatggtgtttatacatgttttgacgaggaagtacatgtgtaaagaaaaaacagagcatgtccggctttttagagctaaggaaaacccatttgacaattaaaaaaaatgttgttaccgtttgga
gi|10 : tacatggtaattattaattgagG-TAA-A---T--T--TCA-CG-T--A--C--C--G----GA-----G-----GTG--A-TG-TTAG--A--AT----TT---A-CG---T--agggtgcgttagtttttgcaagatggcggatgtttatacatgtttttggcgaagacagtacatgtgtaacagaaaaatatgagtctgcccggcttttcaagcagcctagggaaaacccatttgacaataacaaaatgttacc
gi|1 : tataggtttgcatccgtacattgcaa--T-A-CG-T-CA--CTTCTCG-----A-----G-----GTG--A-CG-T--A--ATGAT----TT---A-CG---TCGCA--------A-T--G-T----AG-T----------------A-G-A---A--T-GA-CG------TAAA-TTCA--CG-TT-TT-Gtcctgcatagtttttgcaaaaagatggtgggtgtatgttgtaatgaagaagctgcagtgtcagagaaaatagagtcctgccaaggtttagagctagggaaaccccacatcgacaagataaaaaaaaaatgttgttacctgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|19 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttca--T-A-CG-T-CA--C--CTCC----GA-----G-----GTG--A-CG-T--A--T--AT----TT---A-CG---T--Catattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|5 : cgttgcatcgtacattgcA--C--GTCG----TA-----A-----ATT--A-CG-T--A--A--AT-A--TTT--A-CG---C--CA--------G-TGCG-T----AG-TT-TT-----GC--AA-A-G-ATG-G--T-GG-TG------TTTG-TACA--TGTTT-TT-GAC-GAGAA----AG--TACATA---TG--T-A-AAG----AAAA-GATA-GAG-GCTG--CC--CGGCATTTT---A--GAGCTA--TGGAA-A---CAC--TTG--TGACAATAA-TA-AAAAAAA--------TGCT-A---C--CG---TC--GGCA-CAGAA---------------------------------------------------GATT---CATAATGGG--T-----TA--AT-GAT-TGCATTGTGTCAGCCAAA--G--GTTTAG-T----GA--------------------------TT-AAGGACACTCGG---A------ATATTAACGAAAAT---A-TTGGTATATTTACGAC-T--AT-GG-CCCCTTTTGT-TTTTTTTCT-TTTGTTT-TGGG--T-TTTTG-T---TG---------------------TTGTTGTTT-----TTTC--TATT--CATTTA--TTTATT-T-ATTT-TAGGCTAATC--T----T-TA--TTTCAAA---A-G----AAGTTACATTTTCCG--T--T---T-TTATTTA-TTTAT-TAA---AT-TT--TATCTA-A--CTTT-TTT----AATCA-TGCAA-AGAC-AGT----T--GTT-TT--CTGT------ATACTCTCAA--AT--GAG--T-----GAG---ATGTATTG----G--TTGATT--GTCC----CC--ACTCTG---CACACAC------TTGCG-TCAC-A-----TTTATAGCAG-----T-TGT-AAT--------------------ACAAG-AACATT-TAAAAAA---AA--AC-------G-TAA-TTATTTG-GA-C---C-GCG-AAGAAGGAC-CGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC---------A---AG-A-AAATTGTGA--TTTC-AACT-T-agtgcgtagttttgcaacgatggcggtttttatacaagttgttgacagga
gi|9 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa--A-CG-T--A--A--AT-A--TTT--A-CG---T--CACCTCCGAGG-TGAG-T----AG-CT-TTACGTCGC--AATA-T-ACG-A--T-Gctctggctgcccctaattta
gi|22 : ggctgcgtttcacaaaaagcatcgtaaatcttacgtagtacgtaatgggacgtagttagtacgtagccgaatttagcgtttcacgaaaacgtcgtactttacgttgACCGGGGCCGTTTATA--TC-GAT-T---TT-T--CTG--GAA--GT----TGA-T--AGGAG-TA----GATA-G--TGT-------TT-GAGGACAagaacgtagttttgcaaagatggccgctttcatgcgtgttgcgggtaaactgttaaaagcaatttaagaaggcagagggtttccgggaccgcaaaatccacttgac
gi|4 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngATTAATTTGATTCAAACTT-CTCTTTCGAC-AC-TCAAA-GC-CTC--TTG----TT-----T-GTTG--T-TGGGGCT-TTTT--A---TT---------------------TTTTTTTATACAATTTTCATTGTT--ATACTG--CT--CT-T-ATTTATA---ACAT---A----TATATTATTTATACTTA-AGACCAAGACTTATCC--CGCATTTTACAT-TTCTCCTTTCT-T-TCTGGGAT-TCC-TCTCTA-ACCTTTTATTTTACC--TCACTG-CACAG-T-GGGATAAT--G---TTGACTGTAAATATTTAATTTTAAACAT--GAAGAT-----GCG---CTATACTG-----GTCTGATTTGGTCCCCACACTTA-TCTGAG-C-CACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGA-AAAGAATATGTGAACTTAATT---AGCACACA---GTCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAA--ATCCGGTA-G-TAAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAA--AAAGTTGGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACG-AAATTAT-AATCCTT-AATTCT-TACTAAATGGCTGCCTTATTCA-AATGAATTTTT------TAAAAAA-----C-----TATTCAAATGTTT-TCACA-ATATATCAT
gi|14 : ----AAGGTACAGTTTCCA-ATTTTA--T-TTCTTTACTTT-----T---AT-TT--TATCTACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAA-AG-T-AA--------GTTGTTAGCTGT------ATA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-G---TTG-ATTG------------T--CCCC----AC----TCTG---CACACAC------TTGacttagcggtgctatgtgaagagtatcctatttaggatttactaactaaaataacaaaaatacaaaactcatatttacacaacaaccaaactgcagtaaagactaacatttcacactttattttttaaaatggctcggatgcggtagaccataccgagttccctcaatataataaacttgttaatatcttggaatcatatttacatagaaatgcattttcatacaactcaaaatgaacgactgtaaacgatattttatatatttttttttaaattccttcctttaaaattctttactattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|21 : -TCCG---CACACAC------TTGCT-TTATA------TTTATAGC-A-----TATGTGAAT---TAT---AGCG-AAAATG-TAAG-AAG-TT-TAAAAAA---AACAAA---AAACG-TAA-TGATTTGAA
gi|15 : AAAAAA-----C-----CTT----ATG-TTCTCA-A-ACAT-TCAT--ATTA-CAGCTATG-CGAGCCTTTccc
gi|2 : aaATTT--TGCTTTTTTA-GGCT---CAACTAGCTAG-TTTACACTC-ATTGTAAGAA--CTTT-A-TATTT--GAATCATATTAAA---ATAAAATG-CA-TTT----ATAAATCCAAAA-TG------AAAGACT-GTAAA-CGATAT------CTAT--ATTTTTTTTTTTAAAT-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACTaggatactaacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|1 : ttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtaagtaagtgggagtagtagaaccgtagcggaatttttgcgtcacgaaaaacgtcgtaaatttatcgttgcatcgtacattgccgacgtaaatatacgtccacttcggaggacgctaaaaatttactcagtgcgtagtttttgcaaagcgaatggttttatacatgtttttgacaggaagtacagttgtaaagaaaaaacagagcctgtccggcttttagaggctagggaaaaacccattggactatttaaaaaaatgttgttaccgtgtgacagatccttatgtccgactgacggcctgctcctatatcgatttttctggaagtgtttgataatgagtagatagtgttttgaggacaatgggaaattaagataaatattatatttaacgactatggcctcttgtatttttgtgggctttttttatttcattgtttatgctctttgttatttattcatacatttactttataaccaaagtacagttccaatttttattctttactttattttaatctctacattttttaaataatgcaaagtgaagttgttagctgtatattttaaaatgagggtttgattgtccccactctgcaccacacacttgcgttatattaacagcagttgtagatattgtttcagcaaaatgtaagaacttcaaaaaaaaaaaggaaaccatgcagcgaaagaaggaccaaagtttgggtttttaatatttttttttccgtatttaaagaaaattataccttcaacttctatggcttgcctaattcatattttaaaaaaaaaacctaatctcaaacattcatattaaagcttatgcgatgcctttaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaaATTTGCT-TATTTTTATGG-TAAGC--TACGCTAGA-TATTACTCATTTGTAATAA---CTTTA-TATTT--GAATCATATTTAA---ATAAGATGCCATTT-----AAAA-TC--AAA-TGGTGTGAAA-GACT-GTAAACGGATATATATATTT-T-T-----TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACTaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|4 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttcacaaaacgtgaatttacgtcattctactacattgcgacgtaaatcattacgtcacctcgagaagtgacgtaatattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaTATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTA-CATA-GAAATG-CA-TTTTCATACAACTC--AAAATG------AACGACT-GTAAA-CGATAT-----TTTATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTTAA-AATTCTTTACTtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTTATTTTTAAACAAGGTACACTTTCCTTTTTTATTTATTTAGGCCAATGTATTAAATTTTATCTGAAAAAAAAATTCATGCAAAGTAAATTGTTTTCTGTATGCTTTCAAATGAGTGAAATATATTGGTTGATTGT
Unaligned ( gi|16 ): CAGTAAACGATATTCAAAATATTTAAAATTCTCCCTTTAAAAATTCTTACTACCTGAAACTAAAAGTTCAAATATCAAACTTTTAAACTTTCAACTAATTAACGCATATGCCCCCCCCCC
Unaligned ( gi|18 ): CTGTAAACGATCCGCGCAATATTTATATATATATATTTTTAAATTCTCCCTTTAAAAATTCTTACCAACTGGAACTAAAAGTTCATATTATATCAAACTTGT
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111 11111111111 111 1111 111111 1 11111111 222222 2222222 2222222 3333333333333333333 11111 888888888888888888888888888888888888888 22222 1111 3333333 1111 111 11 1111 22222222222222 33333333333 11 333333333 1111 2222222 11111 111 4444444444444444444444444444444444444 222222222222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 55555555555555 11 111111111 1 7777777777777777777777777777 3333333333 111 111 3333333 44444444 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 3333333333 111 1 2222222222222 11 22222222222 11 222222 222222 4444444444444444 1111 22222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444 1111 1 1 11111 11 111 1 1 2222222 1 11 1 333333 1 3333333333333333333333 1
lowQualScore : 4 55 3 3 44 44 3 7777 55 0 3 666 3 777 66 4 66 4 777 8888 111 4 55 55 4 111 4 4 555 9999 77 3 44 3 3 555 3 44 3 3 555 3 00000 3 3 44444444444 3 3 3 3 777 3 6666 0 77 3333 3 3 6 44 44 999999 3 222222 3 44 3 3 0 3 555 22222222 000000 88 9999 2222222 3 3 4 8 55 55 5555555 777 6 5555555555555555555 11111 88888 777 4 222222222222222222222222222222222222222 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 1 44 99 99 888 6 77 6 4444 22222222222222 5 6 99999999999 6 55 77 444444444 6 6 99 4444 5 5 5 9999999 5 5 5 33333 000 6666666666666666666666666666666666666 0 888888 111111111111 1 5 000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 4 0 5 000000000000000000000 0 1 111111111 5 6666666 4 00000000000000 0 55 777777777 1 77 6666666666666666666666666666 77 2222222222 000 000 77 77 5 1 0000000 22222222 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 3333333333 0 1 444 0 22 5555555555555 3 8 11 999 77777777777 99 8 11 333333 3 888888 0000000000000000 8 8 8 8 8 8 9999 44444444 8 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 6 999999999 7 0000 0 3 0 77777 33 3 4 777 0 0 3 3333333 0 33 0 888888 0 6 6 6 5555555555555555555555 7 6 6 1 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... .. . . ... . ... .. . .. . ... .... ... . .. .. . ... . . ... .... .. . .. . . ... . .. . . ... . ..... . . ........... . . . . ... . .... . .. .... . . . .. .. ...... . ...... . .. . . . . ... ........ ...... .. .... ....... . . . . .. .. ....... ... . ................... ..... ..... ... . ....................................... ..... .... . ....... . .... . ... . .. .. .. ... . .. . .... .............. . . ........... . .. .. ......... . . .. .... . . . ....... . . . ..... ... ..................................... . ...... ............ . . ... .......................................................................... ... . . . ..................... . . ......... . ....... . .............. . .. ......... . .. ............................ .. .......... ... ... .. .. . . ....... ........ . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . . ... . .. ............. . . .. ... ........... .. . .. ...... . ...... ................ . . . . . . .... ........ . . ................................................................ . . ......... . .... . . . ..... .. . . ... . . . ....... . .. . ...... . . . . ...................... . . . . . . .
lowQualScore : 0 00 6 3 66 66 3 7777 00 5 6 444 6 111 11 4 11 4 888 0000 000 0 55 55 0 000 0 0 999 9999 33 1 22 1 1 444 1 22 1 1 444 1 88888 3 3 88888888888 3 3 3 3 111 3 2222 4 99 8888 3 3 7 66 99 555555 3 999999 3 66 3 3 0 3 888 88888888 555555 66 6666 5555555 6 6 0 0 55 55 4444444 444 4 4444444444444444444 66666 88888 888 4 111111111111111111111111111111111111111 00000 0000 0 8888888 7 8888 7 777 0 00 22 22 333 7 77 7 2222 99999999999999 7 7 22222222222 7 22 77 000000000 7 7 88 2222 7 7 7 9999999 7 7 7 11111 000 3333333333333333333333333333333333333 7 666666 999999999999 0 7 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 4 1 2 222222222222222222222 0 0 999999999 0 9999999 9 11111111111111 1 44 777777777 4 99 7777777777777777777777777777 99 6666666666 000 000 99 99 7 0 0000000 88888888 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 4444444444 6 0 000 8 00 0000000000000 8 0 00 222 66666666666 00 0 00 000000 2 888888 0000000000000000 0 0 0 0 0 0 8888 66666666 0 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 7 000000000 3 0000 8 2 0 55555 88 2 0 555 0 0 2 2222222 0 88 0 888888 0 7 7 7 8888888888888888888888 3 7 7 0 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA---T-T-T-A-CGT---TGCA--TC-G--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA-TT---A-CG---TCAG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--CGGCTTTTT--AA--GGGCTAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G--ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----T-CCGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-GG---AAA---A-TATT-AA-NGAAN-TATT---ATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-T-CT-TG-T-ATTT-TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TTTT--G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------T--TTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATA-----ATGTTGTTNGCTGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-G---TTTGATT--GTCC----NC--ACTCTG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAAC-ATGCAGCGAA-GAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CCT-C-AACT-TCTAT-----GG-CT-G--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-GCCTTTTAGTGCATCTAGATTCCAAAACTATCAATCACAATTTTCAAAACTGAGTTTGTTATTT-CT-C-TTTTTATGGCT--GC-ACTAGCTAGATTTTTACTCAATTGTAATAA-CTT-TTA-TATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATTT----A-NAA-TC--AAA-TGG-----AA-GACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTN---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA---T-T-T-A-CGT---CGCA--TC-G--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA-TT---A-CG---TCAG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--CGGCTTTTT-TAA--AGGCTAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G--ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----T-CCGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TANCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-GG---AAAT--A-TATT-AA-AGAAN-TATT---ATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-T-CT-TGGT-ATTT-TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TTTT--A-T-----TT-TCATTGTT--TT--TGC--------T--TTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATA-----GTGTTGTTGGCTGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-GTTGT--ATTGG-G---TTTGATT--GTCC----AC--A-TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CNTTATAA-----TTTACAGCAA----TATGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAAC-ATGCAGCGAA-GAA-GGACCGAAAAGT---GGTTTTTATT---TTCTTTTTATTTTTNNCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CCT-C-AACT-T-TAC-----GG-NT-G--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--NC-TATG-CGA-GCCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGCTGCNTTTTTATGGCTAAGCAACNNGCTAGATTNNCACTCANTTGTAATAA-CTT-TTA-TATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AAATG-CATTT----A-NAA-TC--AAA-TG------AA-GACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TAT-TATTT-TTTTTTAAATT-CTNC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA---T-T-T-A-CGT---CAT---TC-TACTACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-T---C-AC-----C-TCGAGA-----A-----GTGACG-T--A-ATA-TT---A--G---TCAGC-TGC-T----AG-TT-TT-GCCAGAG-GACGAA--TGGG-TG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TGTTT--A-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGTTGTT-TAA--AGCTTAGG-GAAAAACC--T--T----------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGTGTT---G--ACA-A--A-----------------AA--TTT-----ATG----TAACGACT---G---ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTGT-------TTAGAGACCACT-GT---ATAA--A-TATT-AA-ATAAT-TATT----TAGACTTT-A-TG----------GG-C-T-CT-GGATCATTT-TTTG-T-TGA-----CTTTT---CTTT---------------T-TTCA--A-T-----------TTGCT--TT--TGC--------T--CTTT-TAA---TT--TA----------TA--------------TCAT---------GG---CA---ATTG-----TTT-CCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA----TAT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAAGTTCGTATTGCT---TATA------TATTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GTCC----AC----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGC-A----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AACC-ATTCAGCGAA-AAG-CGACC--AAAGT---GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CCT-CTCATT-C-TAT-----GG-CT-G--CCTAATTC------ATATTTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTA-TT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---C-TATG-TGA-GTCTT
gi|1 : acATTTGCT-TATTTTTATGG-TAAGCTAC--GCTAGAT-ATTACTCATTTGTAATAA-CTT-T-A-TATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATTT----A-AAA-TC--AAA-TGGTGTGAAA-GACT-GT-AAACGGAT---------ATA---TA-TAT-T-TTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACTaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|10 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttcacaaaacgtgaatttacgtcattctactacattgcgacgtaaatcattacgtcacctcgagaagtgacgtaatattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaT---TGCA--TCCG--TACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-T---C-AC-----C-TCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT--TT---A-CT---CC----TGCAT----AG-TTTTT-GC--AAA-AA-G-A--T-GG-TG------GGTG-T--A--TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG--TC-A-GAG---------AA-AATA-GA-GTCCTG--CC--AAGGTTT-----A--GAGCTA-G-GGAAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TA--AA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA---T-T-T-A-CGT---TGAAA-TC-G--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA-TT---A-CGTCCTCAG--TGTGTA---AG-TT-TT-GG--AAA-GAC--A--G-GT-TG------TTTA-GACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG--T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatGCA--TC-G--TACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGT---C-AC-----C-TTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA-TTTT-A-CT---TCAGGGTGCGTT---AG-TT-TTTGC--AA--GATG-G--C-GGATG------TTTA-TACA--TG-TT-TTTGGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG--T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--CGGCTTTTC--AAGCAGCCTAGG-G-AAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : tacatggtaattattaattga---TT-TATTT----------TTAA----AC--AAGG---TAC--A--C-----TTT-C-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TA-----A-ATTGTTTTCTGTA------TG-CTTTCAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTT-CC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TA-----A-GTTGTTAGCTGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCC----CC--ACTCTG---CAC---AC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATG-TTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-GCCTTT
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaggatactaacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA---T-T-TTA-CGT---TGCA--TC-G--TACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-T---C-AC-----acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGT---TGCA--TC-G--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-A--------------------AG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAC-GATG-G--C-GG-TT------TTTA-TACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAA--T-T-T-ATCGT---TGCA--TC-G--TACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-T---CCAC-----T-TCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA-TTT--A-C----TCAG--TGCGT----AG-TT-TTTGC--AAA-G-CG-AA-T-GG-T-------TTTA-TACA--TG-TT-TTTGAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG--T--A-AAG------AAAAA-A-CA-GA-G-CCTG--TC--CGGCTTTT---AG--AGGCTAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G---TG-A--CAGAT-------------C---CTT-----ATG----T-CCGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA-GTGT-T-------TT-GAGGACAAT-GG---GAA------ATT-AAGATAAA-TATT---ATA---TTT-AACGACT-AT----GG-CCT-CT-TG-T-ATTT-TT-G-T--GGG--C-TTTTT---TT-------------------------A-T-----TT--CATTGTT--TA--TGC--------TCTTTGT-TAT---TT--ATTCATACATT-TACTT----------T--AT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTC-C---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG-----TG-----AAGTTGTTAGCTGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG---------------------G-G---TTTGATT--GTCC----CC--ACTCTG---CACCACAC--AC--TTG-CGTTATA------TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTAAT---ATTTTTTT----TTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTC-AACT-TCTAT-----GG-CTTG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAAAAAACC--TA--------A-TC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AA--GCTTATG-CGATGCCTTT
gi|2 : ATTT--TGCTTTTTTA-GGCT---CAACTAGCTAG-TTTACACTCA-TTGTAAGAA-CTT-T-A-TATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATG-CATTT----ATAAA-TCCAAAA-TGA-----AA-GACT-GT-AAAC-GAT---------AT----CTATAT-T-TTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACTaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaaattttgcttttttaggctcaactagctagtttacactcattgtaagaactttatatttgaatcatattaaaataaaatgcatttataaatccaaaatgaaagactgtaaacgatatctatatttttttttttaaatctgcctttaaagattcttactaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|21 : ttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtaagtaagtgggagtagtagaaccgtagcggaatttttgcgtcacgaaaaacgtcgtaaatttatcgttgcatcgtacattgccgacgtaaatatacgtccacttcggaggacgctaaaaatttactcagtgcgtagtttttgcaaagcgaatggttttatacatgtttttgacaggaagtacagttgtaaagaaaaaacagagcctgtccggcttttagaggctagggaaaaacccattggactatttaaaaaaatgttgttaccgtgtgacagatccttatgtccgactgacggcctgctcctatatcgatttttctggaagtgtttgataatgagtagatagtgttttgaggacaatgggaaattaagataaatattatatttaacgactatggcctcttgtatttttgtgggctttttttatttcattgtttatgctctttgttatttattcatacatttactttataaccaaagtacagttccaatttttattctttactttattttaatctctacattttttaaataatgcaaagtgaagttgttagctgtatattttaaaatgagggtttgattgtccccactctgcaccacacacttgcgttatattaacagcagttgtagatattgtttcagcaaaatgtaagaacttcaaaaaaaaaaaggaaaccatgcagcgaaagaaggaccaaagtttgggtttttaatatttttttttccgtatttaaagaaaattataccttcaacttctatggcttgcctaattcatattttaaaaaaaaaacctaatctcaaacattcatattaaagcttatgcgatgcctttaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaa-TCCG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCA-----TATGT-GA-AT-T--A--T--AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACG-TAA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTGT-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA---T-T-T-A-CGT---TGCA--TC-G--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA-TT---A-CG---TCAG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--CGGCTTTTT-TAA--AGGCTAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTG---T---G--ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----T-CCGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-GG---AAATTGA-TATT-AATTGAAT-TATT---ATATT-TTT-A-CTACTAAT----GG-C-T-CT-TAGT-ATTT-TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TTTT--A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------T--TTCT-TAT---TT--TATCAT---TT-TATTT----------TTTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TT-C---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TA-----GTGCT-TTGGCTGTC------TATTTTTAAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-G---TTTGATT--GTCC----AC--A-TCTG---CTC---AC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----G-TAA-TGATTTGAAAC-ATGC-GCGAA-GAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CTT-C-AACT-T-TAT-----GGAAT-G---CTAATTC------A-ATTT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTA-CC--AG-TATGTTGA-GTCTTTTAGTGCATCTAGATTCCAAAACTATCAATCACAATTTTCAAAACTGAGTTTGTTATTTTTT---TTTTTATGGCT--GC--TTAGTTAGATTTTTATTCTATTGTAATAA-TTT-TTA-TATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTG-CA-TT----A-TAA-TC--AAA-TG------AA-GACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -C-T-CT-TG----TTT-GTTG-T-TGGGGCT-TTTTA---TTTT---------------T-TTTT--A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T----CT-TAT---TTA-TAACAT---ATATATTA----------TTTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCC-C---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATA-----ATGTTG---ACTGTAAATATTTAATTTTAAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG-----TCTGATTTGGTCCCCACACTTA-TCTGAGCCAC---ACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----G-TAAGTGATTTGACA--ATGCAGCGAA-GAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCCT-T-AATTCT-TACTAAATGG-CT-G--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTTT-T-CACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-
gi|4 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcCTCAAT-ATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATG-CATTTTCATA-CAACTC--AAAATG------AACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACTagagtatcctatttaggatttactaactaaaataacaaaaatacaaaactcatatttacacaacaaccaaactgcagtaaagactaacatttcacactttattttttaaaatggctcggatgcggtagaccataccgagttccctcaatataataaacttgttaatatcttggaatcatatttacatagaaatgcattttcatacaactcaaaatgaacgactgtaaacgatattttatatatttttttttaaattccttcctttaaaattctttactattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcctcttgtttgttgttggggctttttatttttttttatacaattttcattgttatactgctcttatttataacatatatattatttatacttaagaccaagacttatcccgcattttacatttctcctttctttctgggattcctctctaaccttttattttacctcactgcacagtgggataatgttgactgtaaatatttaattttaaacatgaagatgcgctatactggtctgatttggtccccacacttatctgagccacaccaacccttgtccttattactctttttacagaaaagaatatgtgaacttaattagcacacagtcagaaatatgcacaactcaaatccggtagtaagtgatttgacaatgcagcgaagaaaggaccaaaaagttgggctttattaaattctttttatttttaccacgattgtacttaacgaaattataatccttaattcttactaaatggctgccttattcaaatgaattttttaaaaaactattcaaatgttttcacaatatatcatacttagcggtgctatgtgaagagtatcctatttaggatttactaactaaaataacaaaaatacaaaactcatatttacacaacaaccaaactgcagtaaagactaacatttcacactttattttttaaaatggctcggatgcggtagaccataccgagttcc---GTG---TGT-CA--CA--AAGG-CGTCGCAACTCT-T-T---CGTAGACGAAGTTA-G--TACGT-----A-GGTGAA---T-T--TT-GG-TTTTC-ACGAAAACGTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA-TTT--A-CG---CCAG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GATG-G--T-GG-TG------TTTG-TACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG--T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--CGGCATTTT---A--GAGCTATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCG---TC--GGCACA-G--AAGAT-------------attttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : a-GTGA-------TT-AAGGACACTCGG---AA------TATT-AA-CGAAAATATTGGTATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-C-C---------CT-TTTG-T-T-----T-TTTTT---CTTT---------------TGTTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------T--TTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC---G-----TT---T-TTATTTA-TT---------TA---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATC-ATGCAAAG----ACA-------GTTGTTTTCTGTA------TA-CTCTCAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCC----CC--ACTCTG---CAC---AC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------G-TAA-TTATTTGGA------CCGCGAA-GAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TTT-C-AACT-TCTCT-----GG-CT-GCCCCTAATTT------Atcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA------T-T-A-CGT---T-CA--TC-G--TACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-T---C-ACA----C-TCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA-TT---AGCG---TCAG--TGCGTTATAAGTTT-TT-GC--AAC-AACG-T--T-GG-TGGTCGTATTTA-TACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG--T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGCGACTCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAG---TTG-G--ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGAT-CTGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCGCTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGAT--AGTATTCAA-GGGAC-AAGC---A-A---TTTAA-CGAC--ATAATGGG-C-TACTATG---ATTT-TTTG-TATAGA--TATATGTACGTTTG---------------T-GCTT--G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------T--CTGT-TTT---TTGGTGTTGT---TT---TTT----------TTTGT---------GG---TAT--G--G------------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA---T-T--------------A--TT----TACGTTGC--A-CGTACA---T-T----------------------------------------GCGACG-T-AA--TA-TTTTTA-CG---T-AG--TGCGT----AG-TT-T--GC--AAGCAACG-AAAT-TG-TGG-----TTTA-TACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGT-T--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--CGGCCTTTT---A--GAGCT-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CG---TCTGG--ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----T-CCGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGGA-------TT-GAGGA-ATT-GG---GAA------ATT-AA-AGCAA-T-TT---A---------A-CGACT-AT----GGCC-T-CT-TAAT-TTTTGTTTGTT-TGGG--T-TTTTC---ATTTGGGGGTGGGGGGGTGT-TGTT--GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTT--TTAT-TAT---TT--T-TTTT---TT-TATTT----------TTTAT--------------T-------G-----TTT-A---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA---TATAT-A-CGT---TGCA--CC-G--TAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA-TT---A-CG---TCAG--TGCGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG--T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--CGGCTTTTT---A--GAGCTA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC---T-T-T-A-CGT---TGCA--TC-G--TATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--T---C-AC-----C-TCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTT---A-CG---T-AG--AACGT----AG-TT-TT-GC--AAA-GATG-G--C-CG-CT------TTCA-TGCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG--TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--CGGttgga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 11 111111 11111111 222222 1111 1111111 111 333333333333333 1111 999999999999999999999999999999999999 22222 1111 3333333 1111 111 11 1111 22222222222222 22222222222222 1111 333333333 1111 2222222 111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 333333333 111111 1 1 6666666666666666666666666666 11111 111 111 3333333 2222222 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 2222222222 11111 2222222222222 11 222222 11 222222 222222 4444444444444444 1111 1 11 22222222 4444 2 2 2 44444444 1 44444444444444444444444 2222 33333333333 1 1 2222 111 11 1 2222 11 111 1 1 2222 11 1 22 2222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 888 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 55 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 6 6 44 3 11 6 222222 3 44 6 3 6 3 555 22222222 000000 3 4444 8888888 3 0 3 4 8 55 55 4 4 666 66 4 777 6 66 444444444444444 1111 88888 777 4 333333333333333333333333333333333333 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 44 99 99 888 6 77 6 4444 22222222222222 5 6 55555555555555 6 1111 77 444444444 6 6 99 4444 5 5 0 2222222 000 5 5 77 5 000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 4 0 5 000000000000000000000 0 1 111111111 5 6666666 4 666666666 6666 3 5 666666 1 5 1 77 8888888888888888888888888888 77 7 44444 000 000 77 77 5 1 0000000 1111111 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 4444444444 0 88888 1 5555555555555 3 8 11 8 5 333333 8 8 11 333333 3 888888 0000000000000000 8 8 8 8 8 8 9999 6 11 8 8 44444444 8 2222 0 4 0 66 2 2 4 4 0 4 88888888 3 77777777777777777777777 1111 22222222222 0 0 1111 3 555 33 0 6666 33 3 1 777 0 0 3 1111 11 0 33 5555555 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . .. .. ... . .... . .. . . .... . . .. . .. . ...... . .. . . . . ... ........ ...... . .... ....... . . . . . .. .. . . ... .. . ... . .. ............... .... ..... ... . .................................... ..... .... . ....... . .... . ... .. .. .. ... . .. . .... .............. . . .............. . .... .. ......... . . .. .... . . . ....... ... . . .. . ... ..................................................................................................................................................... ... . . . ..................... . . ......... . ....... . ......... .... . . ...... . . . .. ............................ .. . ..... ... ... .. .. . . ....... ....... . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . ..... . ............. . . .. . . ...... . . .. ...... . ...... ................ . . . . . . .... . .. . . ........ . .... . . . .. . . . . . . ........ . ....................... .... ........... . . .... . ... .. . .... .. . . ... . . . .... .. . .. ....... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 444 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 88 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 7 7 66 3 22 7 999999 3 66 7 3 7 3 888 88888888 555555 6 6666 1111111 6 4 6 0 0 55 55 0 4 999 11 4 444 4 11 666666666666666 9999 88888 888 4 888888888888888888888888888888888888 00000 0000 0 0000000 7 8888 7 777 00 22 22 333 7 77 7 2222 99999999999999 7 7 33333333333333 7 2222 77 000000000 7 7 88 2222 7 7 1 4444444 000 7 7 99 7 000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 4 1 2 222222222222222222222 0 0 999999999 0 9999999 9 777777777 6666 0 7 444444 4 7 4 99 7777777777777777777777777777 99 5 33333 000 000 99 99 7 5 0000000 3333333 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 8888888888 6 44444 0 0000000000000 8 0 00 0 0 000000 0 0 00 000000 2 888888 0000000000000000 0 0 0 0 0 0 8888 0 00 0 0 22222222 0 5555 0 0 0 55 5 5 0 0 0 0 33333333 3 11111111111111111111111 2222 22222222222 0 0 2222 2 222 00 0 5555 88 2 0 555 0 0 2 2222 00 0 88 5555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACGA--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-TCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TNTT--G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------T--TTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAAC-ATGCAGCGAA-GAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CCT-CAACTTCT------ATGG-CT-G--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GCT-ATG-CGA-G------CCT-TTTAGGATTTGCTANCTAAGATNNCAAAANTACNAANCNCATATTTNCA--------AAACTG-AGT-----TTGNTATTTT------TNTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATGC-ATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACGA--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-TCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TTTT--G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------T--TTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAATGTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCNCAC-----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAAC-ATGCAGCGAA-GAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CCT-CAACTTCT------ATGG-CT-G--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GCT-ATG-CGA-G------CCT-TTTAG----TGC-ATCT-AGATTCCAAAACTATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----TTGTTATTTC------TCTTTTT----ATGGC-----TGCACTA-G-CTA----GATTTTTACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATGC-ATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T-AA--TA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG-GACGAA-TGGGTG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TG-TTTA-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC-----TT---------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGT---GTTGACA-A--AAA-------------------TTT-----ATG----TAACGACTG------ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTGT-------TTAGAGACCACT-G-----TATAA---ATATT-AA-AT-AAT-TATT----TAGACTTT-A-TG----------GG-C-TCTG-GATC-ATTT---TTTG-T-TGAC--T-TTTCT---TTTT---------------T-CAAT----------------TTGCT--TT--TGC--------T--CTTT-TAA---TT--TAT----------ATC--------------AT---------GG---CA---ATTG-----TTT-CCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA---T-AT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAA-GTTCGTATTGCTTATA------TA-TTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GTCC--AC-----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGCA-----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AACC-ATTCAGCGAA-AAG-CGACC--AAAGT---GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CCT-CTCATTCT------ATGG-CT-G--CCTAATTC------ATATTTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTA-TT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---CT-ATG-TGA-G------TCT-T
gi|1 : ac--------AAAGTA-AAT-----TTGCT-----------TATTTTT----ATGG------TAAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAAT-AACTT-T--ATATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATT----TA-AAA-TC--AAATGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACTaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|10 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttcacaaaacgtgaatttacgtcattctactacattgcgacgtaaatcattacgtcacctcgagaagtgacgtaatattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAA-AA-GA--TGG-TG------GGTGT-A----TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG-TC-A-GAG------AAAA----TA-GA-GTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA-GAC-A--GGT-TG------TTTAG-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG-T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA-GATGG--CGGATG------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG-T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : t---TT-TATTT----------TTAA----AC--AAGG---TAC--A--C-----TTT-C-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TAA-ATT-GT-TTTCT-GTA------TG-CTTT-CAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTT-CC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATG-TTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--GCT-ATG-CGA-G------CCT-TT
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaggatactaacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC-GATGG--CGG-TT------TTTAT-ACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AG-TTTTTGC--AAA-G-CGAA-TGG-T-------TTTAT-ACA--TG-TT-TTTGAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG-T--A-AAG------AAAAA-A-CA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTT-A-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G----TG-A--CAGAT-------------C---CTT-----ATG----TC-CGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA-GTGT-T-------TT-GAGGACAAT-G-----GG-AA---AT--T-AA-GATAAA-TATT---ATA---TTT-AACGACT-AT----GG-CCTCTT-G--T-ATTT---TT-G-T--GGG--C-TTTTT---TTAT---------------T-T-----------------CATTGTT--TA--TGC--------TCTTTGT-TAT---TT--ATTCATACATT-TACTT----------T--AT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTC-C---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG-----TGAAGTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG---------------------G-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACCACAC--AC--TTG-CGTTATA------TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTA-------ATATTTTTTTTTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTCAACTTCT------ATGG-CTTG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAAAAAACC--TA--------A-TC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AA--GCTTATG-CGATG------CCT-TT
gi|2 : ATTTT------GCTTTTT----TAGGC-----TCAACTA-G-CTA----G-TTTACACTCA-TTGTAAG-AACTT-T--ATATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATGC-ATT----TATAAA-TCCAAAATGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACTaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaaattttgcttttttaggctcaactagctagtttacactcattgtaagaactttatatttgaatcatattaaaataaaatgcatttataaatccaaaatgaaagactgtaaacgatatctatatttttttttttaaatctgcctttaaagattcttactaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|21 : ttcacaaaagcgtcgtaactcttacgtagtaagtaagtgggagtagtagaaccgtagcggaatttttgcgtcacgaaaaacgtcgtaaatttatcgttgcatcgtacattgccgacgtaaatatacgtccacttcggaggacgctaaaaatttactcagtgcgtagtttttgcaaagcgaatggttttatacatgtttttgacaggaagtacagttgtaaagaaaaaacagagcctgtccggcttttagaggctagggaaaaacccattggactatttaaaaaaatgttgttaccgtgtgacagatccttatgtccgactgacggcctgctcctatatcgatttttctggaagtgtttgataatgagtagatagtgttttgaggacaatgggaaattaagataaatattatatttaacgactatggcctcttgtatttttgtgggctttttttatttcattgtttatgctctttgttatttattcatacatttactttataaccaaagtacagttccaatttttattctttactttattttaatctctacattttttaaataatgcaaagtgaagttgttagctgtatattttaaaatgagggtttgattgtccccactctgcaccacacacttgcgttatattaacagcagttgtagatattgtttcagcaaaatgtaagaacttcaaaaaaaaaaaggaaaccatgcagcgaaagaaggaccaaagtttgggtttttaatatttttttttccgtatttaaagaaaattataccttcaacttctatggcttgcctaattcatattttaaaaaaaaaacctaatctcaaacattcatattaaagcttatgcgatgcctttaggatactacaaaaaaaaccaaaaaaacaaaaaattaaaaaaaaaccatttccaacaaaccaacccaagtaatatcgtaaa-----TCCG---CAC---AC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCAT----A-TGT-GA-AT-T--AT----AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACGT-AA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTGT-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACGA--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTGT---G---ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----TC-CGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTGT-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AATTGATATT-AATTG-AAT-TATT---ATATT-TTT-A-CTACTAAT----GG-C-TCTTAG--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TTTT---------------T-TTTT--A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------T--TTCT-TAT---TT--TATCAT---TT-TATTT----------TTTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TT-C---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TAGTGCT--T-TGGCT-GTC------TATTTTT-AAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-GT---TTGATT--GTCCACA------TCTG---CTC---AC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----GT-AA-TGATTTGAAAC-ATGC-GCGAA-GAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CTT-CAACTT-T------ATGGAAT-G---CTAATTC------A-ATTT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTACCA--G-T-ATGTTGA-G------TCT-TTTAG----TGC-ATCT-AGATTCCAAAACTATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----TTGTTATTTT------TTTTTTT----ATGGC-----TGC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAAT-AATTT-TT-ATATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTGC-A-T----TA-TAA-TC--AAAT-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -C-TCTT-G--T---TT---GTTG-T-TGGGGCT-TTTTA---TTTT---------------T-TTTT--A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T----CT-TAT---TTA-TAACAT---ATATATTA----------TTTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCC-C---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATAATGTT-G----ACT-GTAAATATTTAATTTT-AAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG--T---CTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCAC---ACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----GT-AAGTGATTTGACA--ATGCAGCGAA-GAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCCT-TAA-TTCTTACTAAATGG-CT-G--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTTT-T-CACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGCT-ATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGATTTACTAACTAAAATAACAAAAATACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGACTAACATTTCACACTTTATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAA-TATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATGC-ATTTTCATA-CAACTCA-AAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATGG--TGG-TG------TTTGT-ACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG-T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCGTC--GGC-ACA-G--AAGAT-------------aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|5 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa-GTGA-------TT-AAGGACACTCG-----GA-A-----TATT-AA-CG-AAAATATTGGTATA---TTT-A-CGACT-AT----GG-C-CC----------CT---TTTG-T-T-----T-TTTTT---CTTT---------------TGTTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------T--TTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC---G-----TT---T-TTATTTA-TT---------TA---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATC-ATGCAAAG----ACA--GTT-GT-TTTCT-GTA------TA-CTCT-CAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CAC---AC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------GT-AA-TTATTTGGA------CCGCGAA-GAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TTT-CAACTTCT------CTGG-CT-GCCCCTAATTT------Atcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC-AACGT--TGG-TGGTCGTATTTAT-ACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG-T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAGTTG-G---ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGATC-TGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCGCTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGA-TA---GTATTCAA-GG-GAC-AAGC---A-A---TTTAA-CGAC--ATAATGGG-C-TACT-A--TGATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGTTTG---------------T-GCTT--G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------T--CTGT-TTT---TTGGTGTTGT---TT---TTT----------TTTGT---------GG---TAT--G--G------------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGCAACGAAATTG-TGG-----TTTAT-ACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGTT--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--C-GGC-CTTTT--AG--AGC-T-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CGTCTGG---ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----TC-CGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGGA-------TT-GAGGA-ATT-G-----GG-AA-----ATT-AA-AG-CAA-T-TT---A---------A-CGACT-AT----GGCC-TCTT-A----ATTTTTGTTTGTT-TGGG--T-TTTTC---ATTTGGGGGTGGGGGGGTGT-TGTT--GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTT--TTAT-TAT---TT--T-TTTT---TT-TATTT----------TTTAT--------------T-------G-----TTT-A---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACGA--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATGG--CCG-CT------TTCAT-GCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG-TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--C-GGttgga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 1 111111 1 11111111 222222 2222222 11 3333333333333333333 1111 888888888888888888888888888888888888888 22222 1111 3333333 1111 111 1111 111 222222222 33333333333333 1111 333333333 1 1111 1 33333333 111 1111 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 22222 111111111 1 6666666666666666666666666666 11111 222 3333333 2222222 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 2222222222 11111 2222222222222 11 11 11 111 11 33333333333333 4444444444444444 1 1111 22222222 333333333333 44444444444444 111 11 1 99999999999999999999999999999999999999999999999 111 2222 22222222222 1 1 2222 111 111 1 1111 11 111 1 1 2222 11 1 22 2222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 666 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 3 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 0 3 44 3 999999 3 222222 3 44 0 3 3 3 555 22222222 000000 88 9999 2222222 3 3 4 8 55 55 4 55 66 66 4 777 6 5555555555555555555 1111 88888 777 4 222222222222222222222222222222222222222 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 7 6 99 99 888 6 77 6 4444 999 444444444 5 6 33333333333333 6 1111 77 444444444 3 99 4444 1 00000000 000 999 0000 000 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 1 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 4 0 555555555555555555555 0 1 111111111 5 6666666 5 77777 55 5 5 1 5 777777777 1 77 1111111111111111111111111111 77 44444 000 77 77 5 1 0000000 1111111 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 4444444444 0 88888 1 5555555555555 3 8 11 8 11 8 11 111 11 9 99999999999999 0000000000000000 8 6 8 8 8 9999 44444444 8 999999999999 66666666666666 1 444 2 666 33 1 11 1 1 2 1 22222222222222222222222222222222222222222222222 444 1111 3 88888888888 0 0 1111 3 111 000 0 3 4444 33 3 1 777 0 0 3 1111 11 0 33 5555555 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . . .. ... . .... . .. . . .... . . .. . ...... . ...... . .. . . . . ... ........ ...... .. .... ....... . . . . .. .. . .. .. .. . ... . ................... .... ..... ... . ....................................... ..... .... . ....... . .... . ... . . .. .. ... . .. . .... ... ......... . . .............. . .... .. ......... . .. .... . ........ ... ... .... ... . ............................................................ . . . ............................................................................. ... . . ..................... . . ......... . ....... . ..... .. . . . . ......... . .. ............................ .. ..... ... .. .. . . ....... ....... . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . ..... . ............. . . .. . .. . .. ... .. . .............. ................ . . . . . .... ........ . ............ .............. . ... . ... .. . .. . . . . ............................................... ... .... . ........... . . .... . ... ... . . .... .. . . ... . . . .... .. . .. ....... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 555 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 3 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 0 3 66 3 555555 3 999999 3 66 0 3 3 3 888 88888888 555555 66 6666 5555555 6 6 0 0 55 55 0 44 11 11 4 444 4 4444444444444444444 9999 88888 888 4 111111111111111111111111111111111111111 00000 0000 0 8888888 7 8888 7 777 3 7 22 22 333 7 77 7 2222 000 999999999 7 7 55555555555555 7 2222 77 000000000 3 88 2222 4 99999999 000 444 1111 000 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 0 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 4 1 777777777777777777777 0 0 999999999 0 9999999 1 99999 99 7 7 0 7 777777777 4 99 6666666666666666666666666666 99 33333 000 99 99 7 5 0000000 3333333 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 8888888888 6 44444 0 0000000000000 8 0 00 0 00 0 00 000 00 8 55555555555555 0000000000000000 0 0 0 0 0 8888 00000000 0 000000000000 99999999999999 0 555 0 000 88 0 22 0 0 3 0 22222222222222222222222222222222222222222222222 888 2222 2 00000000000 0 0 2222 2 000 555 0 2 2222 88 2 0 555 0 0 2 2222 00 0 88 5555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G--ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----T-CCGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TT-TT---------------TCGTT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-G---TTTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAA--CTT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGAT-TACT--------AAC-TAAAANANC--AAAANTACAAAACACACATTTNCA--------AAACTG-AGT-----C---TGNTAT-------T------TTT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATGC-ATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G--ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----T-CCGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TT-TT---------------TTNTT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-G---TTTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAA--CTT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGATTTGCT--------ANC-TAAGATNNC--AAAANTACNAANCNCATATTTNCA--------AAACTG-AGT-----T---TGNTAT-------T------TTT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATGC-ATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T--A-ATA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG-GACGAA--TGGG-TG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TGTTT--A-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC--T--T----------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGTGTT---G--ACA-A--A-----------------AA--TTT-----ATG----TAACGACT---G---ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTG-T-------TTAGAGACCACT-G-----TATAA---ATATT-AA-AT-AAT-TATT----TAGACTTT-ATG----------GG-CTCTG-GATC-ATTT---TTTG-T-TGAC--T-TTTCT---TT-TT---------------TCAAT------------------TTGCT--TT--TGC--------TCTTT-TAAT---T--TA----------TA--------------TCAT---------GG---CA---ATTG-----TTTCCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA----TAT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAA-GTTCGTATTGCTTATA------TATTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GT--CCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGCA-----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AAC-CATTCAGCG-AAAAG-CGACC--AAAG-T--GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CC-TCTC--ATT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTATT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---C-TATG-TGA-G------TC--TTAAGGAT
gi|1 : ac--------AAAGTA-AAT-----T---TGCT------------------T--ATTTTT----ATGG------TAAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAAT-AACTT-T--ATATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATT----TA-AAA-TC--AAATGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACTatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctaaagtaaatttgcttatttttatggtaagctacgctagatattactcatttgtaataactttatatttgaatcatatttaaataagatgccatttaaaatcaaatggtgtgaaagactgtaaacggatatatatatttttttttttaaattcgcctccttaaaaattctttacttaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|10 : actttcacaaaagcgttaatctagtagtacgtaattggacgtaagtagtacgtaggcgattttagcgttttcacaaaacgtgaatttacgtcattctactacattgcgacgtaaatcattacgtcacctcgagaagtgacgtaatattagtcagctgctagttttgccagaggacgaatgggtgctaattacatgtttgaagatacatgtttaaagaaaaatagtagagaccaggatccaggttgtttaaagcttagggaaaaaccttctatatataaaaaaatggtgttgaccgtgttgacaaaaatttatgtaacgactgacccggctgttatccgatttgctctggaattgtgttgaataggagtactatgaagtgtgtttagagaccactgtataaatattaaataattatttagactttatgggctctggatcattttttgttgacttttcttttttcaatttgcttttgctcttttaatttatatcatggcaattgtttcctagatttctttttttatcttatatatcttgttacatcttttaaattcatgcaaagataagttcgtattgcttatatatttttaaaattggagtcaagcggatattcattggtgtattttgattgtccactctgcacacacttgctttatagtttacagcattgtgaattattagcaagaaaagtaacttacaaaaacaaacagttaatgatttaaccattcagcgaaaagcgaccaaagtggtttttattttatttttatttttttttcggttgtgaaaagaaaattatacctctcattctatggctgcctaattcatatttaataaataaagaaccttattgtatttacaacatattcatttacactatgtgagtcttaaggatatacacaactccccccgccccccccccgcccccaaacaaaaaacaaaaaaaacaaaaaccgtttccacaaccgaaactgcaagctTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAA-AA-G-A--T-GG-TG------GGTG-TA----TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG--TC-A-GAG------AAAA----TA-GA-GTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA-GAC--A--G-GT-TG------TTTA-GACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG--T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA-GATG-G--C-GGATG------TTTA-TACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG--T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : t---TT-TATT-T----------TTAA---AC--AAGG---TAC--A--C-----TTTC-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TAA-ATT-GT-TTTC-TGTA------TG-CTTTCAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTTCC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TAA-GTT-GT-TAGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATGTTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA--TACT--------AACAAAAAAAACC--AAAAAAACAAA
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC-GATG-G--C-GG-TT------TTTA-TACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AGTTTTT-GC--AAA-G-CGAA--T-GG-T-------TTTA-TACA--TGTTT-TT-GAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG--T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC--TTTTA-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---G---TG-A--CAGAT--------------C--CTT-----ATG----T-CCGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGA-TTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA---GTGTT-------TT-GAGGACAAT-G-----GG-AA-----ATT-AA-GATAAA-TATT---ATA---TTTAACGACT-AT----GGCCTCTT-G--T-A-TT---TTTG---TGGG--C-TTTTT---TTATT---------------TCATT----G-T-----TT-ATGCT-----------C--------TTTGT-TATT---T--ATTCATACATT-TA--CT----------TTAT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTCC---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG----TGAA-GTT-GT-TAGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GA---------------------GG-G---TTTGATT--GTCCCCAC-----TCTGCACCACAC--AC--TTG-CGTTAT-A-----TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTA-------ATATTTTTTTTTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTCAA--CTT-CTA--TGG-CTTG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAAAAAACC--TA--------ATC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AAG--CTTATG-CGATG------CC--TTTAGGA--TACTACAAAAAAAAC-CAAAAAAACAAAAAATTAAAAAAAAACCATTTCCAAC------AAACCA-ACC-----CAAGTAATATCGTAAAAT------TTTGCTTTTTT----A-GGC-----TCAACTA-G-CTA----G-TTTACACTC-ATTGTAAG-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATGC-ATT----TATAAA-TCCAAAATGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACT
gi|21 : -----TCCG---CACAC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCAT----A-TGT-GA-AT-T--AT----AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACG-TAA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTG-T-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTG---T---G--ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----T-CCGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AATTGATATT-AATTG-AAT-TATT---ATATT-TTT-ACTACTAAT----GG-CTCTTAG--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--T-TTTTT---TT-TT---------------TTTTT----A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------TTTCT-TATT---T--TATCAT---TT-TATTTT----------TTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TTC---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TAGTGCT--T-TGGC-TGTC------TATTTTTAAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-G---TTTGATT--GTCCACA------TCTG---CTCAC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----G-TAA-TGATTTGAAA-CATGC-GCG-AAGAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CT-TCAA--CTT--TA--TGGAA-TG---CTAATTCA-AT------TT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTACCAG----TATGTTGA-G------TCT-TTTAG----TGC---------ATC-T-AGATTCC--AAAACTATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----T---TGTTAT-------T------TTT--TTTTTT----ATGGC-----TGC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAAT-AATTT-TT-ATATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTGC-A-T----TA-TAA-TC--AAAT-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -CTCTT-G--T---TT---GTTG-T-TGGGGCT-TTTTA---TT-TT---------------TTTTT----A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T--CT-TATT---TA-TAACAT---ATATATTAT----------TTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCCC---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATAA---T-GT-TGAC-TGTAAATATTTAATTTTAAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG-----TCTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----G-TAAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCC-TTAATTCTTACTAAATGG-C-TG--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTT-TTCACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGATTTACT--------AAC-TAAAATAAC--AAAAATACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGAC---TAACAT-------TTCACACTTT--ATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAA-TATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATGC-ATTTTCATA-CAACTCA-AAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--T-GG-TG------TTTG-TACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG--T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCG---TC--GGCACA-G--AAGAT-------------aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|5 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa-GTG-A-------TT-AAGGACACTCG-----GA-A-----TATT-AA-CG-AAAATATTGGTATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CCCCT-------------TTTG-T-T-------TTTTT---TC-TT---------------TTGTTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------TTTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC--G-----TT---T-TTATTTATTT----------A---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATCA-TGCAAAG----ACA--GTT-GT-TTTC-TGTA------TA-CTCTCAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------G-TAA-TTATTTGGA------CCGCG-AAGAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TT-TCAA--CTT-CTC--TGG-C-TGCCCCTAATTTAtcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC-AACG-T--T-GG-TGGTCGTATTTA-TACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG--T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAG---TTG-G--ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGAT-CTGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCG-CTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGA-TA---GTATTCAA-GG-GAC-AAGC---A-A---TTTAACGAC--ATAATGGG-CTACT-A--TGATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGTT-TG---------------TGCTT----G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------TCTGT-TTTT---TGGTGTTGT---TT---TTTT----------TTGT---------GG---TAT--G--G-----------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGCAACG-AAAT-TG-TGG-----TTTA-TACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGT-T--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--C-GGC-CTTTT--AG--AGC-T-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CG---TCTGG--ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----T-CCGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGG-A-------TT-GAGGA-ATT-G-----GG-AA-----ATT-AA-AG-CAA-T-TT---A---------ACGACT-AT----GGCCTCTT-A----ATTTTTGTTTGTT-TGGG--T-TTTTC---AT-TTGGGGGTGGGGGGGTGTTGTT----GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTTTTAT-TATT---T--T-TTTT---TT-TATTTT----------TTAT--------------T-------G-----TTTA---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG--T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCG---T---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--C-CG-CT------TTCA-TGCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG--TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--C-GGttgga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 1 111111 1 11111111 222222 1111 2222222 11 333333333333333 1111 999999999999999999999999999999999999 22222 1111 3333333 1111 111 1111 111 222222222 33333333333333 1111 333333333 1 1111 1 33333333 111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 22222 111111 1 1 6666666666666666666666666666 11111 222 3333333 2222222 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 2222222222 11111 2222222222222 11 11 11 111 11 33333333333333 4444444444444444 1 1111 22222222 333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 2222 333333333 1 1 2222 111 22222 1 11 111 1 1 2222222 1 11 222222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 666 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 55 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 0 3 44 3 9999 6 222222 3 44 0 3 3 3 555 22222222 000000 3 4444 2222222 3 3 4 8 55 55 4 55 66 66 4 777 6 66 444444444444444 1111 88888 777 4 333333333333333333333333333333333333 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 7 6 99 99 888 6 77 6 4444 999 444444444 5 6 33333333333333 6 1111 77 444444444 3 99 4444 1 00000000 000 999 77 0 000 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 4 0 555555555555555555555 0 1 111111111 5 6666666 5 77777 55 5 5 1 5 666666 1 5 1 77 1111111111111111111111111111 77 2 44444 000 77 77 5 1 0000000 1111111 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 4444444444 0 88888 1 5555555555555 3 8 11 8 11 8 11 111 11 9 99999999999999 0000000000000000 8 6 8 8 8 9999 44444444 8 999999999999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 1111 3 2 444444444 0 0 1111 3 111 9 3 00000 0 33 3 1 777 0 0 3 3333333 0 33 666666666 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . .. .. ... . .... . .. . . .... . . .. . .... . ...... . .. . . . . ... ........ ...... . .... ....... . . . . .. .. . .. .. .. . ... . .. ............... .... ..... ... . .................................... ..... .... . ....... . .... . ... . . .. .. ... . .. . .... ... ......... . . .............. . .... .. ......... . .. .... . ........ ... ... .. . ... . .................................................................................................................................................... ... . . ..................... . . ......... . ....... . ..... .. . . . . ...... . . . .. ............................ .. . ..... ... .. .. . . ....... ....... . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . ..... . ............. . . .. . .. . .. ... .. . .............. ................ . . . . . .... ........ . ............ ............................................................................................................................................ ... .... . . ......... . . .... . ... . . ..... . .. . . ... . . . ....... . .. ......... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 555 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 88 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 0 3 66 3 4444 7 999999 3 66 0 3 3 3 888 88888888 555555 6 6666 5555555 6 6 0 0 55 55 0 44 11 11 4 444 4 11 666666666666666 9999 88888 888 4 888888888888888888888888888888888888 00000 0000 0 0000000 7 8888 7 777 3 7 22 22 333 7 77 7 2222 000 999999999 7 7 55555555555555 7 2222 77 000000000 3 88 2222 4 99999999 000 444 99 3 000 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 4 1 777777777777777777777 0 0 999999999 0 9999999 1 99999 99 7 7 0 7 444444 4 7 4 99 6666666666666666666666666666 99 5 33333 000 99 99 7 5 0000000 3333333 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 8888888888 6 44444 0 0000000000000 8 0 00 0 00 0 00 000 00 8 55555555555555 0000000000000000 0 0 0 0 0 8888 00000000 0 000000000000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 888 2222 2 5 555555555 0 0 2222 2 000 8 2 55555 0 88 2 0 555 0 0 2 2222222 0 88 555555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAA--CTT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGAT-T-AC-T--------AAC-T-----------------------AAA---AAAACA-AAAAATACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------TT------TT--NTTTTT----ATGGCT-----GCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAATAA-CTT-TTA-TATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATTT----A-NAA-TC--AAA-TGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAA--CTT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGAT-T-AC-T--------AAC-T-----------------------AAA---ANANC--AAAANTACAAAACACACATTTNCA--------AAACTG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------TT------TT--NTTTTT----ATGGCT-----GCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAATAA-CTT-TTA-TATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATTT----A-NAA-TC--AAA-TGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T-AA--TA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG-GACG-AA-TGGGTG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TG-TTTA-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC-----TT---------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGT---GTTGACA-A--AAA-------------------TTT-----ATG----TAACGACTG------ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTG-T-------TTAGAGACCACT-G-----TATAA---ATATT-AA-AT-AAT-TATT----TAGACTTT-ATG----------GG-CTCTG-GATC-ATTT---TTTG-T-TGAC--TTTTCTT---T-TT---------------TCA-AT------------------TTGCT--TT--TGC--------TCTTT-TAAT---T--TAT----------ATC--------------AT---------GG---CA---ATTG-----TTTCCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA---T-AT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAA-GTTCGTATTGCTTATA------TA-TTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GTCC--AC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGCA-----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AAC-CATTCAGCG-AAAAG-CGACC--AAAGT---GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CC-TCTC--ATT-CTA--TGG-C-TG--CCTAATTCATAT------TTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTATT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---C-TATG-TGA-G------TC--TTAAGGATAT-ACAC--------AAC-TCCCCCCGCCCCCCCCCCGCCCCCAAACAAAAAACA-AAAAAAACAAAA-AC-CGTTTCCA--------CAACCG-AAA-----C---TGCAAGCTAAAGTAAAT-------TTGC----TT--ATTTTT----ATGG-T-----AAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAATAA-C-T-TTA-TATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATTT----A-AAA-TC--AAA-TGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACT
gi|10 : acTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAA-AA-G-A--TGG-TG------GGTGT-A----TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG-TC-A-GAG------AAAA----TA-GA-GTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA-GAC--A--GGT-TG------TTTAG-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG-T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA-GATG-G--CGGATG------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG-T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : t---TT-TATT-T----------TTAA---AC--AAGG---TAC--A--C-----TTTC-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TAA-ATT-GT-TTTCT-GTA------TG-CTTT-CAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTTCC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATGTTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CAG--C-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA--T-AC-T--------AACAA-----------------------AAA---AAACC--AAAAAAACAAAA
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC-GATG-G--CGG-TT------TTTAT-ACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AGTTTTT-GC--AAA-G-CGAA--TGG-T-------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC--TTTTA-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G----TG-A--CAGAT--------------C--CTT-----ATG----TC-CGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGA-TTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA---GTGTT-------TT-GAGGACAAT-G-----GG-AA-----ATT-AA-GATAAA-TATT---ATA---TTTAACGACT-AT----GGCCTCTT-G--T-A-TT---TTTG---TGGG--CTTTTTT---TATT---------------TCA-TT----G-T-----TT-ATGCT-----------C--------TTTGT-TATT---T--ATTCATACATT-TA--CT----------TTAT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTCC---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG----TGAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GA---------------------GG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTGCACCACAC--AC--TTG-CGTTAT-A-----TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTA-------ATATTTTTTTTTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTCAA--CTT-CTA--TGG-CTTG--CCTAATTCATAT------TT------TAAAAAAAAAACC--TA--------ATC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AAG--CTTATG-CGATG------CC--TTTAGGA--T-AC-TACAAAAAAAAC-C-----------------------AAA---AAAACAAAAAATTAAAAAAAAACCATTTCCAAC------AAACCA-ACC-----CAAGT----AAT-------ATCGTAAAATT------TTGCTTTTTT----A-GGCT-----CAACTA-G-CTA----G-TTTACACTC-ATTGTAAGAA-C-T-TTA-TATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATG-CATTT----ATAAA-TCCAAAA-TGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACT
gi|21 : -----TCCG---CACAC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCAT----A-TGT-GA-AT-T--AT----AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACGT-AA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTG-T-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTGT---G---ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----TC-CGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AATTGATATT-AATTG-AAT-TATT---ATATT-TTT-ACTACTAAT----GG-CTCTTAG--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TTT-TT----A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------TTTCT-TATT---T--TATCAT---TT-TATTTT----------TTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TTC---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TAGTGCT--T-TGGCT-GTC------TATTTTT-AAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-GT---TTGATT--GTCCACA------TCTG---CTCAC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGC-GCG-AAGAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CT-TCAA--CTT--TA--TGGAA-TG---CTAATTCA-AT------TT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATGTT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTACCAG----TATGTTGA-G------TCT-TTTAG----T-GC----------ATC-T------------------------AG---ATTCC--AAAACTATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----T---T----GTT-------AT-------TT------TT--TTTTTT----ATGGCT-----GC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAATAA-TTT-TTA-TATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTG-CA-TT----A-TAA-TC--AAA-T-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -CTCTT-G--T---TT---GTTG-T-TGGGGCTTTTTAT---T-TT---------------TTT-TT----A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T--CT-TATT---TA-TAACAT---ATATATTAT----------TTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCCC---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATAA---T-GT-TGACT-GTAAATATTTAATTTT-AAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG--T---CTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----GT-AAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCC-TTAATTCTTACTAAATGG-C-TG--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTT-TTCACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGAT-TTAC-T--------AAC-T-----------------------AAA---ATAAC--AAAAATACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGAC---T----AAC-------AT-------TTCACACTTT--ATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAAT-ATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATG-CATTTTCATA-CAACTC--AAAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--TGG-TG------TTTGT-ACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG-T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCGTC--GGC-ACA-G--AAGAT-------------aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|5 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa-GTG-A-------TT-AAGGACACTCG-----GA-A-----TATT-AA-CG-AAAATATTGGTATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CCCCT-------------TTTG-T-T------TTTTTT---C-TT---------------TTG-TTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------TTTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC--G-----TT---T-TTATTTATTT----------A---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATCA-TGCAAAG----ACA--GTT-GT-TTTCT-GTA------TA-CTCT-CAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------GT-AA-TTATTTGGA------CCGCG-AAGAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TT-TCAA--CTT-CTC--TGG-C-TGCCCCTAATTTAtcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC-AACG-T--TGG-TGGTCGTATTTAT-ACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG-T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAGTTG-G---ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGATC-TGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCG-CTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGA-TA---GTATTCAA-GG-GAC-AAGC---A-A---TTTAACGAC--ATAATGGG-CTACT-A--TGATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGT-TT---------------GTGCTT----G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------TCTGT-TTTT---TGGTGTTGT---TT---TTTT----------TTGT---------GG---TAT--G--G-----------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGCAACG-AAATTG-TGG-----TTTAT-ACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGTT--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--C-GGC-CTTTT--AG--AGC-T-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CGTCTGG---ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----TC-CGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGG-A-------TT-GAGGA-ATT-G-----GG-AA-----ATT-AA-AG-CAA-T-TT---A---------ACGACT-AT----GGCCTCTT-A----ATTTTTGTTTGTT-TGGG--TTTTTCA---T-TTGGGGGTGGGGGGGTGTTG-TT----GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTTTTAT-TATT---T--T-TTTT---TT-TATTTT----------TTAT--------------T-------G-----TTTA---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--CCG-CT------TTCAT-GCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG-TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--C-GGttgga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 1 111111 1 11111111 222222 1111 2222222 11 333333333333333 1111 999999999999999999999999999999999999 22222 1111 3333333 1111 111 1111 111 222222222 33333333333333 1111 333333333 1 1111 1 33333333 111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 22222 111111 1 1 6666666666666666666666666666 11111 222 3333333 2222222 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 2222222222 11111 2222222222222 11 222222 111 11 222222 222222 4444444444444444 1111 22222222 333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 2222 22222222222 1 1 2222 111 111 1 111 1 11 111 1 1 2222 11 1 22 2222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 666 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 55 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 0 3 44 3 9999 6 222222 3 44 0 3 3 3 555 22222222 000000 3 4444 2222222 3 3 4 8 55 55 4 55 66 66 4 777 6 66 444444444444444 1111 88888 777 4 333333333333333333333333333333333333 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 7 6 99 99 888 6 77 6 4444 999 444444444 5 6 33333333333333 6 1111 77 444444444 3 99 4444 1 00000000 000 999 77 0 000 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 4 0 555555555555555555555 0 1 111111111 5 6666666 5 77777 55 5 5 1 5 666666 1 5 1 77 1111111111111111111111111111 77 2 44444 000 77 77 5 1 0000000 1111111 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 4444444444 0 88888 1 5555555555555 3 8 11 8 5 333333 111 11 333333 3 888888 0000000000000000 8 8 8 8 8 8 9999 44444444 8 999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 1111 3 88888888888 0 0 1111 3 111 000 0 666 0 33 3 1 777 0 0 3 1111 11 0 33 5555555 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . .. .. ... . .... . .. . . .... . . .. . .... . ...... . .. . . . . ... ........ ...... . .... ....... . . . . .. .. . .. .. .. . ... . .. ............... .... ..... ... . .................................... ..... .... . ....... . .... . ... . . .. .. ... . .. . .... ... ......... . . .............. . .... .. ......... . .. .... . ........ ... ... .. . ... . .................................................................................................................................................... ... . . ..................... . . ......... . ....... . ..... .. . . . . ...... . . . .. ............................ .. . ..... ... .. .. . . ....... ....... . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . ..... . ............. . . .. . . ...... ... .. ...... . ...... ................ . . . . . . .... ........ . ............ ............................................................................................................................................... ... .... . ........... . . .... . ... ... . ... . .. . . ... . . . .... .. . .. ....... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 555 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 88 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 0 3 66 3 4444 7 999999 3 66 0 3 3 3 888 88888888 555555 6 6666 5555555 6 6 0 0 55 55 0 44 11 11 4 444 4 11 666666666666666 9999 88888 888 4 888888888888888888888888888888888888 00000 0000 0 0000000 7 8888 7 777 3 7 22 22 333 7 77 7 2222 000 999999999 7 7 55555555555555 7 2222 77 000000000 3 88 2222 4 99999999 000 444 99 3 000 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 4 1 777777777777777777777 0 0 999999999 0 9999999 1 99999 99 7 7 0 7 444444 4 7 4 99 6666666666666666666666666666 99 5 33333 000 99 99 7 5 0000000 3333333 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 8888888888 6 44444 0 0000000000000 8 0 00 0 0 000000 000 00 000000 2 888888 0000000000000000 0 0 0 0 0 0 8888 00000000 0 000000000000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 2222 2 00000000000 0 0 2222 2 000 555 0 555 0 88 2 0 555 0 0 2 2222 00 0 88 5555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T-AA--TA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG-GACG-AA-TGGGTG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TG-TTTA-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC-----TT---------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGT---GTTGACA-A--AAA-------------------TTT-----ATG----TAACGACTG------ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTG-T-------TTAGAGACCACT-G-----TATAA---ATATT-AA-AT-AAT-TATT----TAGACTTT-ATG----------GG-CTCTG-GATC-ATTT---TTTG-T-TGAC--TTTTCTT---T-TT---------------TCA-AT------------------TTGCT--TT--TGC--------TCTTT-TAAT---T--TAT----------ATC--------------AT---------GG---CA---ATTG-----TTTCCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA---T-AT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAA-GTTCGTATTGCTTATA------TA-TTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GTCC--AC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGCA-----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AAC-CATTCAGCG-AAAAG-CGACC--AAAGT---GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CC-TCTCATTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTA-TT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---C-TATG-TGA-G------TC--TTAAGGA-TATACAC--------AACTCCCCCCGCCCCCCCCCCGCCCCCAAACAA-AAAACAAAAAAA--ACAAAA-AC-CGTTTCCA--------CAACCG-AAA-----C---TGCAAGCTAAAGTAAAT-------T------TGCTT--ATTTTT----ATGG------TAAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAAT-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATT----TA-AAA-TC--AAATGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACT
gi|10 : acTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAA-AA-G-A--TGG-TG------GGTGT-A----TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG-TC-A-GAG------AAAA----TA-GA-GTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA-GAC--A--GGT-TG------TTTAG-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG-T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA-GATG-G--CGGATG------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG-T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : t---TT-TATT-T----------TTAA---AC--AAGG---TAC--A--C-----TTTC-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TAA-ATT-GT-TTTCT-GTA------TG-CTTT-CAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTTCC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATG-TTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA---TAC-T--------AACA-----------------------AAA----AAAACCAAAAAA--ACAAAA
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC-GATG-G--CGG-TT------TTTAT-ACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AGTTTTT-GC--AAA-G-CGAA--TGG-T-------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC--TTTTA-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G----TG-A--CAGAT--------------C--CTT-----ATG----TC-CGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGA-TTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA---GTGTT-------TT-GAGGACAAT-G-----GG-AA-----ATT-AA-GATAAA-TATT---ATA---TTTAACGACT-AT----GGCCTCTT-G--T-A-TT---TTTG---TGGG--CTTTTTT---TATT---------------TCA-TT----G-T-----TT-ATGCT-----------C--------TTTGT-TATT---T--ATTCATACATT-TA--CT----------TTAT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTCC---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG----TGAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GA---------------------GG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTGCACCACAC--AC--TTG-CGTTAT-A-----TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTA-------ATATTTTTTTTTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTCAACTTCT------ATGG-CTTG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAAAAAACC--TA--------A-TC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AA--GCTTATG-CGATG------CC--TTTAGGA---TAC-TACAAAAAAAACC-----------------------AAA----AAAACAAAAAATTAAAAAAAAAC-CATTTCCAAC------AAACCA-ACC-----CAAGT----AAT-------ATCGTAAAAT------T--TTGCTTTTTT----A-GGC-----TCAACTA-G-CTA----G-TTTACACTC-ATTGTAAG-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATG-CATT----TATAAA-TCCAAAATGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACT
gi|21 : -----TCCG---CACAC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCAT----A-TGT-GA-AT-T--AT----AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACGT-AA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTG-T-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTGT---G---ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----TC-CGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AATTGATATT-AATTG-AAT-TATT---ATATT-TTT-ACTACTAAT----GG-CTCTTAG--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TTT-TT----A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------TTTCT-TATT---T--TATCAT---TT-TATTTT----------TTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TTC---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TAGTGCT--T-TGGCT-GTC------TATTTTT-AAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-GT---TTGATT--GTCCACA------TCTG---CTCAC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGC-GCG-AAGAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CT-TCAACTT-T------ATGGAA-TG---CTAATTC------A-ATTT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTACCA--G--TATGTTGA-G------TCT-TTTAG-----TGC----------ATCT-----------------------AGATTCCAAAAC------T--ATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----T---T----GTT-------AT-------T------T--TT--TTTTTT----ATGGC-----TGC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAAT-AATTT-TT-ATATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTG-CA-T----TA-TAA-TC--AAAT-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -CTCTT-G--T---TT---GTTG-T-TGGGGCTTTTTAT---T-TT---------------TTT-TT----A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T--CT-TATT---TA-TAACAT---ATATATTAT----------TTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCCC---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATAA---T-GT-TGACT-GTAAATATTTAATTTT-AAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG--T---CTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----GT-AAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCC-TTAA-TTCTTACTAAATGG-C-TG--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTTT-T-CACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGATT-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----ATAAC-AAAAAT--ACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGAC---T----AAC-------AT-------TTCACACT--TT--ATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAA-TATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATG-CATTTTCATA-CAACTCA-AAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--TGG-TG------TTTGT-ACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG-T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCGTC--GGC-ACA-G--AAGAT-------------aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|5 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa-GTG-A-------TT-AAGGACACTCG-----GA-A-----TATT-AA-CG-AAAATATTGGTATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CCCCT-------------TTTG-T-T------TTTTTT---C-TT---------------TTG-TTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------TTTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC--G-----TT---T-TTATTTATTT----------A---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATCA-TGCAAAG----ACA--GTT-GT-TTTCT-GTA------TA-CTCT-CAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------GT-AA-TTATTTGGA------CCGCG-AAGAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TT-TCAACTTCT------CTGG-C-TGCCCCTAATTT------Atcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC-AACG-T--TGG-TGGTCGTATTTAT-ACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG-T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAGTTG-G---ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGATC-TGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCG-CTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGA-TA---GTATTCAA-GG-GAC-AAGC---A-A---TTTAACGAC--ATAATGGG-CTACT-A--TGATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGT-TT---------------GTGCTT----G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------TCTGT-TTTT---TGGTGTTGT---TT---TTTT----------TTGT---------GG---TAT--G--G-----------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGCAACG-AAATTG-TGG-----TTTAT-ACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGTT--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--C-GGC-CTTTT--AG--AGC-T-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CGTCTGG---ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----TC-CGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGG-A-------TT-GAGGA-ATT-G-----GG-AA-----ATT-AA-AG-CAA-T-TT---A---------ACGACT-AT----GGCCTCTT-A----ATTTTTGTTTGTT-TGGG--TTTTTCA---T-TTGGGGGTGGGGGGGTGTTG-TT----GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTTTTAT-TATT---T--T-TTTT---TT-TATTTT----------TTAT--------------T-------G-----TTTA---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--CCG-CT------TTCAT-GCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG-TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--C-GGttgga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 1 111111 1 11111111 222222 1111 2222222 11 333333333333333 1111 999999999999999999999999999999999999 22222 1111 3333333 1111 111 1111 111 222222222 33333333333333 1111 333333333 1 1111 1 33333333 111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 222222222222222222222 1 222222222 1111111 22222 111111 1 1 6666666666666666666666666666 11111 222 3333333 2222222 2222222222 11111 1111 111 44444444444 111 2222222222 11111 2222222222222 11 222222 111 11 222222 222222 4444444444444444 1111 22222222 333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 2222 22222222222 1 1 2222 111 111 1 111 1 11 111 1 1 2222 11 1 22 2222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 666 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 55 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 0 3 44 3 9999 6 222222 3 44 0 3 3 3 555 22222222 000000 3 4444 2222222 3 3 4 8 55 55 4 55 66 66 4 777 6 66 444444444444444 1111 88888 777 4 333333333333333333333333333333333333 00000 7777 8 3333333 6 7777 6 111 7 6 99 99 888 6 77 6 4444 999 444444444 5 6 33333333333333 6 1111 77 444444444 3 99 4444 1 00000000 000 999 77 0 000 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 4 0 555555555555555555555 0 1 111111111 5 6666666 5 77777 55 5 5 1 5 666666 1 5 1 77 1111111111111111111111111111 77 2 44444 000 77 77 5 1 0000000 1111111 6 6 2222222222 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 888 5 8 8 0 4444444444 0 88888 1 5555555555555 3 8 11 8 5 333333 111 11 333333 3 888888 0000000000000000 8 8 8 8 8 8 9999 44444444 8 999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 1111 3 88888888888 0 0 1111 3 111 000 0 666 0 33 3 1 777 0 0 3 1111 11 0 33 5555555 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . .. .. ... . .... . .. . . .... . . .. . .... . ...... . .. . . . . ... ........ ...... . .... ....... . . . . .. .. . .. .. .. . ... . .. ............... .... ..... ... . .................................... ..... .... . ....... . .... . ... . . .. .. ... . .. . .... ... ......... . . .............. . .... .. ......... . .. .... . ........ ... ... .. . ... . .................................................................................................................................................... ... . . ..................... . . ......... . ....... . ..... .. . . . . ...... . . . .. ............................ .. . ..... ... .. .. . . ....... ....... . . .......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . .......... . ..... . ............. . . .. . . ...... ... .. ...... . ...... ................ . . . . . . .... ........ . ............ ............................................................................................................................................... ... .... . ........... . . .... . ... ... . ... . .. . . ... . . . .... .. . .. ....... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 555 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 88 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 0 3 66 3 4444 7 999999 3 66 0 3 3 3 888 88888888 555555 6 6666 5555555 6 6 0 0 55 55 0 44 11 11 4 444 4 11 666666666666666 9999 88888 888 4 888888888888888888888888888888888888 00000 0000 0 0000000 7 8888 7 777 3 7 22 22 333 7 77 7 2222 000 999999999 7 7 55555555555555 7 2222 77 000000000 3 88 2222 4 99999999 000 444 99 3 000 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 4 1 777777777777777777777 0 0 999999999 0 9999999 1 99999 99 7 7 0 7 444444 4 7 4 99 6666666666666666666666666666 99 5 33333 000 99 99 7 5 0000000 3333333 7 7 3333333333 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 8888888888 6 44444 0 0000000000000 8 0 00 0 0 000000 000 00 000000 2 888888 0000000000000000 0 0 0 0 0 0 8888 00000000 0 000000000000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 2222 2 00000000000 0 0 2222 2 000 555 0 555 0 88 2 0 555 0 0 2 2222 00 0 88 5555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T-AA--TA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG-GACG-AA-TGGGTG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TG-TTTA-AAG------AAAAATAGTA-GA-GACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC-----TT---------C-----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACCGT---GTTGACA-A--AAA-------------------TTT-----ATG----TAACGACTG------ACCCGG--CTGTT-A---T-CCGATTTGC-TC--TGGAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTG-T-------TTAGAGACCACT-G-----TATAA---ATATT-AA-AT-AAT-TATT----TAGACTTT-ATG----------GG-CTCTG-GATC-ATTT---TTTG-T-TGAC--TTTTCTT---T-TT---------------TCA-AT------------------TTGCT--TT--TGC--------TCTTT-TAAT---T--TAT----------ATC--------------AT---------GG---CA---ATTG-----TTTCCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA---T-AT---ATCT-TGT-T---ACA--TCTT-TT----AAATTCATGCAAAG----ATAA-GTTCGTATTGCTTATA------TA-TTTTTAAA-ATTGGAG--TCAAGCG-GATATTCATTGGTGTATTTTGATT--GTCC--AC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAG-----TTTACAGCA-----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTT-AAC-CATTCAGCG-AAAAG-CGACC--AAAGT---GGTTTTTATT---TTATTTTTATTTTTTTTTCG-GTTGTGAA---AAGAAAATTAT-A--CC-TCTCATTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTTAATAAATAAAGAA-----CCTTATT----GTA-TT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-CA---C-TATG-TGA-G------TC--TTAAGGA-TATACAC--------AACTCCCCCCGCCCCCCCCCCGCCCCCAAACAA-AAAACAAAAAAA--ACAAAA-AC-CGTTTCCA--------CAACCG-AAA-----C---TGCAAGCTAAAGTAAAT-------T------TGCTT--ATTTTT----ATGG------TAAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAAT-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATT----TA-AAA-TC--AAATGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACT
gi|10 : acTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAA-AA-G-A--TGG-TG------GGTGT-A----TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG-TC-A-GAG------AAAA----TA-GA-GTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCAC--ATCGACAAG--A-----TAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCtaactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA-GAC--A--GGT-TG------TTTAG-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG-T--GTAAT------AAATA-AATA-tgtctggacaccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA-GATG-G--CGGATG------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG-T--GTAAC------AGAAA-AATATGA-G-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT--TT------G--A-----CAA-TA-ACAAAA------TG---TT-ACC
gi|13 : t---TT-TATT-T----------TTAA---AC--AAGG---TAC--A--C-----TTTC-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAA-A-----------AAAAATTCATGCAAAG-----TAA-ATT-GT-TTTCT-GTA------TG-CTTT-CAA-AT--GAG--T-----GAAATAT--ATTGG------TTGATT--GT
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTTCC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT---ACA--TTTT-TTTTTAAA--TAATGCAAAG-----TAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-G-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-
gi|15 : AAAAAA-----C--CT-T----ATG-TTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA---TAC-T--------AACA-----------------------AAA----AAAACCAAAAAA--ACAAAA
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTaattaaaaaaaaaccattttccacaaccaactgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC-GATG-G--CGG-TT------TTTAT-ACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AGTTTTT-GC--AAA-G-CGAA--TGG-T-------TTTAT-ACA--TGTTT-TT-GAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC--TTTTA-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT--TG------GA-C-----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G----TG-A--CAGAT--------------C--CTT-----ATG----TC-CGACTGACG---GCCTGC--T-CCT-A---TATCGA-TTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA---GTGTT-------TT-GAGGACAAT-G-----GG-AA-----ATT-AA-GATAAA-TATT---ATA---TTTAACGACT-AT----GGCCTCTT-G--T-A-TT---TTTG---TGGG--CTTTTTT---TATT---------------TCA-TT----G-T-----TT-ATGCT-----------C--------TTTGT-TATT---T--ATTCATACATT-TA--CT----------TTAT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTCC---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC---A------TT-TTTTAAA---TAATGCAAAG----TGAA-GTT-GT-TAGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GA---------------------GG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTGCACCACAC--AC--TTG-CGTTAT-A-----TTAACAGCAG----T-TGTAGATAT-T--GT-TTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAGAA-GGACC--AAAGTTTGGGTTTTTA-------ATATTTTTTTTTCCGT---ATT-T--A---AAGAAAATTAT-A--CCTTCAACTTCT------ATGG-CTTG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAAAAAACC--TA--------A-TC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AA--GCTTATG-CGATG------CC--TTTAGGA---TAC-TACAAAAAAAACC-----------------------AAA----AAAACAAAAAATTAAAAAAAAAC-CATTTCCAAC------AAACCA-ACC-----CAAGT----AAT-------ATCGTAAAAT------T--TTGCTTTTTT----A-GGC-----TCAACTA-G-CTA----G-TTTACACTC-ATTGTAAG-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATG-CATT----TATAAA-TCCAAAATGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACT
gi|21 : -----TCCG---CACAC--AC--TTG-CTTTATA------TTTATAGCAT----A-TGT-GA-AT-T--AT----AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACGT-AA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : G---ACCGGGGCC-GTTTA---TATCGATTTTT--C--TGGAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTG-T-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACTGT---G---ACAGA--AAGAT-------------AG--CTT-----ATG----TC-CGACTT-GT---ACCGGG--T-GTT-A---TAATGATTTTTATC--TGGAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AATTGATATT-AATTG-AAT-TATT---ATATT-TTT-ACTACTAAT----GG-CTCTTAG--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TTT-TT----A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------TTTCT-TATT---T--TATCAT---TT-TATTTT----------TTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TTC---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAG-----TAGTGCT--T-TGGCT-GTC------TATTTTT-AAATAT--GAG--T-----G-GTTG---ATTGA-GT---TTGATT--GTCCACA------TCTG---CTCAC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGT-GA-ATAT--ATAT--AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGC-GCG-AAGAA-GG--CAAAAAATG--GGTTTTTATT---TTCTTTCTCTTTTTCCCCCGTATTGT--A---AAG-AAATTAT-A--CT-TCAACTT-T------ATGGAA-TG---CTAATTC------A-ATTT------TAAAAAA-----C--TG-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTACCA--G--TATGTTGA-G------TCT-TTTAG-----TGC----------ATCT-----------------------AGATTCCAAAAC------T--ATCAATCACA-ATTTTCA--------AAACTG-AGT-----T---T----GTT-------AT-------T------T--TT--TTTTTT----ATGGC-----TGC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAAT-AATTT-TT-ATATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTG-CA-T----TA-TAA-TC--AAAT-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -CTCTT-G--T---TT---GTTG-T-TGGGGCTTTTTAT---T-TT---------------TTT-TT----A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T--CT-TATT---TA-TAACAT---ATATATTAT----------TTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCCC---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT---A-ACCTTTTATTTTACC--TCACTGCACAGTGGGATAA---T-GT-TGACT-GTAAATATTTAATTTT-AAACAT--GAAGAT-----GCGCTAT--ACTGG--T---CTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGT-GA-AC-TTAAT-T--AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----GT-AAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAAAAAGTT--GGGCTTTATTAAATTCTTTTTATTTTTACCACG-ATTGT--ACTTAACGAAATTAT-AATCC-TTAA-TTCTTACTAAATGG-C-TG--CCTTATTCAAATGAATTTTT------TAAAAAA-----C--TA-TTCAAATGTTT-T-CACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGATT-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----ATAAC-AAAAAT--ACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGAC---T----AAC-------AT-------TTCACACT--TT--ATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAA-TATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATG-CATTTTCATA-CAACTCA-AAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--TGG-TG------TTTGT-ACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG-T--A-AAG-------AAAA-GATA-GA-G-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-GAAA----CAC--TT------G--TGACAATAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACCGTC--GGC-ACA-G--AAGAT-------------aaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|5 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaa-GTG-A-------TT-AAGGACACTCG-----GA-A-----TATT-AA-CG-AAAATATTGGTATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CCCCT-------------TTTG-T-T------TTTTTT---C-TT---------------TTG-TTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------TTTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC--G-----TT---T-TTATTTATTT----------A---TTAA---ATTT-TATCT---A-A--CTTT-TTT----AATCA-TGCAAAG----ACA--GTT-GT-TTTCT-GTA------TA-CTCT-CAA-AT--GAG--T-----GAGATGT--ATTGG------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT------------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------GT-AA-TTATTTGGA------CCGCG-AAGAA-GGACCGA-----------------C---TTCTTTTTTTTTGTCACTC-------------AAGAAAATTGTGA--TT-TCAACTTCT------CTGG-C-TGCCCCTAATTT------Atcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaacgtcgtaaattacgtaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC-AACG-T--TGG-TGGTCGTATTTAT-ACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG-T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GA-G-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCATCATC------GGAC-----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACAGTTG-G---ACC-ATGAAGATCCATAATGAATTAGG--TTTTCTGAATGGCGATC-TGACTG-CGGGCACC--G--C-TTT-ATATTATCGATGTTT-TCTGTGAAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCG-CTAGTCGATT-GAGGACACT-GGGCCAGA-TA---GTATTCAA-GG-GAC-AAGC---A-A---TTTAACGAC--ATAATGGG-CTACT-A--TGATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGT-TT---------------GTGCTT----G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------TCTGT-TTTT---TGGTGTTGT---TT---TTTT----------TTGT---------GG---TAT--G--G-----------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-----A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGCAACG-AAATTG-TGG-----TTTAT-ACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TGTT--A-AAA------GAAAA-AACA-GAGG-CCTG--TC--C-GGC-CTTTT--AG--AGC-T-----GGAAACCCAT--AT------G--G-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-A-CGTCTGG---ACA-A--AAGATCCAATAATGGA--AGTTTTT-----ATG----TC-CGACT---G---ACGGGGC-C-GTT-A---TATCGA-GTTT-TC--TGGAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGG-A-------TT-GAGGA-ATT-G-----GG-AA-----ATT-AA-AG-CAA-T-TT---A---------ACGACT-AT----GGCCTCTT-A----ATTTTTGTTTGTT-TGGG--TTTTTCA---T-TTGGGGGTGGGGGGGTGTTG-TT----GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTTTTAT-TATT---T--T-TTTT---TT-TATTTT----------TTAT--------------T-------G-----TTTA---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG-T--A-AAG-------AAAA-AACA-GA-G-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT--TT------GA-C-----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GATG-G--CCG-CT------TTCAT-GCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG-TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GA-G-GGTT--TC--C-GGttgga
blockSeqs : A TT A T TG AA T TCTA TT G T AAA A GTT TA C TG T ACC TTA CGT . TT TA A A A AT T T AG A . C C A ATT T . A G C A . ACAAGC C G TG TT TTT G GTCC GG . T TATA T T . C AAA A GTCGTA . GG T G T T AAT TTTTAG ATTG T TAA CAATTTA . T G T . AG . TT GT CA A GGT G CA CGACAAGA TA ACTAT GTT . TGGACCATGAAGATCCATAATGAATTAGG TCTGA GCGA . GCGGGC T GCC T TAT T A TG . AGA A AT C . CG CTAGTCGA . C GGCCAGATAG C GAT AA GGTATA A TA AATG C AGTAT TTG TA GC ACG A TTGTTTTGGGTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTCTATTCATTTATTTATTTATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAAAAGAAGTTACATTTTCCG ACA A AGGCCAATGTATTAA C A GAAAA A TTAAAAA A TGGGA GT . . T . AATATT T . T . GATGCGCTATACTGGT TG C ACTTA CAC CA CC T G TACTCTT AAGAATA A T TGTTTC GAA CTGA . A . A CTC CAAAAAAC . G ACC A A A AAAGTTTG TTAAA T GATTGTACTT A G AT T C TACTAA CT CC AAATGA T . AAAACCTA T C . C . A TGA GCGGTGC T AGAGTATCCTA TACTACAAAAAAAACCAAAAAAACAAAAAATTAAAAAAAAACCATTTCCAACAAACCAACCCAAGTAATATCGTAAAATT GCT TAAA T CTCGGATGCGG . A TACC A ACA TAT A TTG A TG T A CTT G . T TTCA TA C CA GA A A . CCGCGCAATAT TA A C . A T
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . ATCTTG . . A T T . T . . . A T . . . AA . G . . T . . . . AGCT AGT . CA AACA . . . . . . . T A . . GG A . GTGACAA TT TGT . . CTGGACAAAAGATCCAATAATGGAAGTT . . . GACG G CC . . T . . . GT . G . . G TT . . GAAATTGA . TTG A ATATT A T . C ATGAT . TT . . . TTTTTATACAATTTTCATTGTTATACTGCTCTTATTTATAACATATATATTATTTATACTTAAGACCAAGACTTATCCCGCA A . TATATTTGT A A AACCT . TTTAAA A T A . . A . . A . C . TGAAATATATTGG . C . AGC . . . T AA GT . . ATATAT ATA TG . . . A . TCCGGTA . . AC A . . AAAAAATG TT C GTATTGTA G . . . C . AA . . T . CTATTCAA . . . . . . AC AAGCT . TGCC TTTACTAACTAAAATAACAAAAATACAAAACTCATATTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGACTAACATTTCACACT T . T CTCAAC . . . A TTA AT . TT . . T A . . . T . T . A GA . . . ATATTA C . . . A T
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . T . T . . . . T . . . A . . . . T . . . . AGC ATA . GT A . . . . . . . T A . . GG G . GGAC TA TGT . . GACAGAAAGATAG . . . TGT G T . . T . . . GT . G . . G T . . GGAA . CG T ATA . T . . GTA . T . . . GGGGGTGGGGGGGTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAAGCTTTTTATTATTTTTTTTTTTATTTTTTATTGTTTAGGC . . TTTCTGGG . C ACAT . AAAAA A A A . . A . . . . . . TGGTTGATTGAGT . A . . . . . T A TA . . TTAATT AA TG . . . G . TAAA . . A C . . AAAAAGTT C A ATTTA A . . . C . C . . . . CCTT . . . . . . A CAGC . GTCT TGCATCTAGATTCCAAAACTATCAATCACAATTTTCAAAACTGAGTTTGTTATTT A . . CTGCT . . . . CC AA . T . . . T . . . . . C . . G . . . AT C . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . . . CAG ATG . GT A . . . . . . . A A . . TG A . GAC TA TAT . . GTGACAGATC . . . G G T . . . . . . GG . G . . . T . . GGAA . GG C AA . T . . AAT . T . . . TTTTTATTTTCATTGTTAGTTTGCTTTCTTATTTTATCATTTTATTTTTTATAAAAAGGTACAGTTCGA . . TATTTT . C AAT . TTAAA T . A . . G . . . . . . TGAGATGTATTGG . C . . . . . C A GT . . TAT AC AG . . . A . AA . . . . . . GA . T . . . . . . . C . . CTGT . . . . . . A CCAG . GCC . . . AT T . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . G . . . . . . . . G . . . . . . . . . AG AG . A A . . . . . . . T . . . GA G . GAC AG TGT . . . C . . . . . . . . . . . . A . . GAA . AG A A . . . . GT . T . . . TCATTGTTTATGCTCTTTGTTATTTATTCATACATTTACTTTATAACCAAAGTACAGTTCCAA . . TATTTT . C AAC . TTACC C . A . . G . . . . . . GGGT . C . . . . . G A GT . . . . TA . . . . . C . . . . . A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . G . . . . . . . . G . . . . . . . . . AG A . A A . . . . . . . C . . . G G . GA TA TG . . A . . . . . . . . GTGCTTGTTTATAATTTTTTTTTTCTGTTTTTTGGTGTTGTTTTTTTTTGTGGTATGG . . ATTAA . A AT . TAA . . . . . T . . . . . . TGG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . G . . . . . . . . A . . . . . . . . . AG A . A G . . . . . . . T . . . A . . GC A . . . . . TT . T A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . G . . . . . . . . G . . . . . . . . . AA A . A . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . . . AG A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** ** A* ** G*** AG****** A*** ** A* GAC************ TA** TGGACAAAAGATC*********************** GC***** T*** ** **** G** GGAA********** ATA****** T* GAT***** TATTNT*************** AAT****** TTAAA** T**** ** TGGTGTATTGG***************** A****** GT***** TTATTT**** TG** CGAA******* A** AAAAANTG** C**** ATTTA******** C** CTTT************ A*** CGGC**** GCC********* AT*************
originalCons : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACG-A--TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG-T--A-AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TT------G--C-----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGT---G---ACA-A--AAGAT-------------AG--TTT-----ATG----TC-CGACTG-CG---ACCGGG--C-GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACT-G-----GA-AA---ATATT-AA-NG-AAN-TATT---ATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTT-G--T-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT---A-A--TTTT-TTTTAAAAATTAATGCAAAG----ATAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAG--T-----G-GATAT--ATTGG-GT---TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATAA-----TTTACAGCAG----T-TGT-GA-AT-T--AT-T--AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----GT-AA-TGATTTGAAA-CATGCAGCG-AAGAA-GGACCGAAAAGTT--GGTTTTTATT---TTCTTTTTNTTTTTCCCTCG-ATTGT--A---AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAA-----C--TA-T----ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CCT-TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
finalCons : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AAA-TA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA-GACGG---TGG-TG------TTTAT-ACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---AAG------TAC--A---TG-TA---AAG------AAAAA-AACA-GA-G-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT--TTGAC------------TATTA--AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCGTTGGACAAAAGATC-----------------------TTT-----ATG----TC-CGACTGC-----ACCGGGT---GTT-A---TATCGATTTTT-TC--TGGAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATAG--GTG-T-------TT-GAGGACACT-GGGAA----------TATT-AA-NG-AAN-TATTATA------TTT-ACGACT-AT----GG-CTCTTGAT-----TT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TATT---T--TATCGT---TT-TATTTT----------TTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTTC---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTTTATTNT---------------ATTT-TNTCTAAT------TTT-TTTTAAA--TTAATGCAAAGT----TAA-GTT-GT-TNGCT-GTA------TA-TTTT-AAA-AT--GAGTGGTGTATTGG-----------------TTGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTATA------TTTACAGCAGT-----TGT-GA-ATTTATTT----AGC-A-A-AATG--TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAACGAA-------GT-AA-TGATTTGAAA--ATGCAGCG-AAGAA-GGACCAAAAANTG--GGTTTTTAC----TTCTTTTTNTTTTTCCCTCATTTA--------AAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGGC--TG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAACTTT------------ATG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATA---TTACGGC----TATG-CGAGCC---------TTTAGGA-T-TAC-T--------AACT-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACATTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GATAT-------------TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111111111 111 1111 111111111 1111111 11111111 222222 1111 1111111 1 1111111 11111 111111 1111 2222 11 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111 111 1111 333333333333333 2222222222222 1111 2222222222 1 1111 1 2222222 111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 222222222222222222222 1 222222222222 33333333 111111111 1 66666666666666666666666666666666666666 11111 222 2222222 2222222 333333333 11111 1111 111 44444444444 222 111111111 2222222 555555555555555 1 11 222222 111 11 222222 33333333333 2222222222 1111 22222 33333333 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 2222 22222222222 1 1 2222 111 111 1 111 1 11 111 1 1 2222 11 1 22 2222222 333333333333333 1
lowQualScore : 3 44 3 3 44 44 3 7777 0 44 1 3 555 3 666 55 4 55 4 777 777 111 4 55 55 3 3 3 88 3 3 44 3 7777 3 3 3 555 3 44 3 3 3 3 3 44444444444 3 3 3 77 222 3 6666 0 44 3 3 0000 6 6 44 77 444444444 6 2222222 3 44 6 3 6 3 555 22222222 000000 55 3333 8888888 3 0 3 2 55 55 4 4 3333333 4 55555 000000 4444 0000 66 1 888 5 66 5 77 5 33333 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5555 5 000 5 5 5 5 77 77 77 5 1 0 5 000 5 2222 444444444444444 5 99 5555555555555 6 7777 1 7777777777 3 99 4444 1 5 4444444 000 999 77 0 000 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 4 0 5 000000000000000000000 0 1 555555555555 5 999 1 4 22222222 1 5 77 5 1 5 777777777 1 77 33333333333333333333333333333333333333 5 77 44444 000 77 77 5 1 7777777 1111111 1 333333333 44444 3333 6 6 6 1 111 33333333333 6 6 444 5 8 8 0 777777777 5555555 8 1 888888888888888 0 8 11 8 5 333333 111 11 333333 3 66666666666 8 6666666666 8 8 8 8 8 9999 55555 8 8 22222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 1111 3 88888888888 0 0 1111 3 111 000 0 666 0 33 3 1 777 0 0 3 1111 11 0 33 5555555 6 6 6 999999999999999 77 6 6 6 1 5
lowQualScore : . .. . . .. .. . .... . .. . . ... . ... .. . .. . ... ... ... . .. .. . . . .. . . .. . .... . . . ... . .. . . . . . ........... . . . .. ... . .... . .. . . .... . . .. .. ......... . ....... . .. . . . . ... ........ ...... .. .... ....... . . . . .. .. . . ....... . ..... ...... .... .... .. . ... . .. . .. . ..... .................................................. . .... . ... . . . . .. .. .. . . . . ... . .... ............... . .. ............. . .... . .......... . .. .... . . ....... ... ... .. . ... . ..................................................................................................................................................... ... . . . ..................... . . ............ . ... . . ........ . . .. . . . ......... . .. ...................................... . .. ..... ... .. .. . . ....... ....... . ......... ..... .... . . . . ... ........... . . ... . . . . ......... ....... . . ............... . . .. . . ...... ... .. ...... . ........... . .......... . . . . . .... ..... . . ........ .. ......................................................................................................................................................... ... .... . ........... . . .... . ... ... . ... . .. . . ... . . . .... .. . .. ....... . . . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 6 66 3 1 22 22 1 1111 4 66 8 3 888 3 555 55 0 55 0 000 000 000 0 55 55 6 6 6 66 6 3 66 3 1111 3 3 3 888 3 66 3 3 1 1 3 88888888888 3 3 3 99 555 3 2222 4 66 3 3 4444 7 7 66 99 666666666 7 1111111 3 66 7 3 7 3 888 88888888 555555 00 3333 1111111 6 4 6 0 55 55 0 0 4444444 0 44444 888888 0000 0000 11 8 888 0 44 0 00 0 88888 22222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3333 7 000 7 7 0 7 99 99 99 7 6 4 7 444 7 1111 666666666666666 7 22 2222222222222 7 8888 0 5555555555 3 88 2222 4 7 7777777 000 444 99 3 000 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 4 1 2 222222222222222222222 0 0 888888888888 0 333 7 9 99999999 4 7 99 7 0 7 777777777 4 99 00000000000000000000000000000000000000 7 99 33333 000 99 99 7 5 7777777 3333333 0 000000000 00000 7777 7 7 7 7 777 77777777777 7 7 666 6 0 0 8 666666666 2222222 0 0 000000000000000 6 0 00 0 0 000000 000 00 000000 2 88888888888 0 0000000000 0 0 0 0 0 8888 44444 0 0 22222222 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 888 2222 2 00000000000 0 0 2222 2 000 555 0 555 0 88 2 0 555 0 0 2 2222 00 0 88 5555555 7 7 7 222222222222222 00 7 7 7 7 5
consensus : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GACG-----G-T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT-T-T--GAC----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACC-G-T-TGG-ACA-A--AAGAT--C--------------TTT-----ATG----T-CCGAC-T----G-C-ACCGGG--CGTT-A---T-ATCG-ATTTTT-TC--TG--GAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACTG--GG------A----ATATT-AA-NG-AANTAT---TATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CT-CT-TG---ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT-----A-A--TTTT-TTTT--AAATTAATGCAAAGT-----A-AGTT-G--T-TNGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GA----G----------------T--G--GTGTATTGG--T-TGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTAT-A-----TTTACAGCAG----T-TGTGAAT-TTA-TT-AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAAC-ATGCAGCG-AAG-AAGGACCAAAAA-NTGGGTTTT-T--A-TTTC-TTTTTNTTTTTCCCTCG-----ATT-T----AAAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------T----AAAAAACC-TT---A---TG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CG--GC-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA-T-TAC-T--------AAC---------T-----------------------AAA----AAAACAAAAAATTAANAAAANACACA-TTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
Reference ( family-5539 ) : TTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGN--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GACG-----G-T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--C-GGC-TTTTTA-AG--GGC-TAGG-GGAAAACCCAT-T-T--GAC----TAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACC-G-T-TGG-ACA-A--AAGAT--C--------------TTT-----ATG----T-CCGAC-T----G-C-ACCGGG--TGTT-A---T-ATCG-ATTTTT-TC--TG--GAA--GT-GTTTGG-TAG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACTG--GG------A----ATATT-AA-NG-AANTAT---TATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CT-CT-TG---ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TCG-TT----G-T-----TT-TCGTTGTT--TT--TGC--------TTTNT-TAT---TT--TATCGT---TT-TATTT----------TTTAT---AA--AAGG---TAC--A--G-----TTT-C---G-A-TTTT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTNT---ATTT-TNTCT-----A-A--TTTT-TTTT--AAATTAATGCAAAGT----TA-AGTT-G--T-TNGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GA----G----------------T--G--GTGTATTGG--T-TGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTAT-A-----TTTACAGCAG----T-TGTGAAT-TTATTT-AGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--CGA-A----G-TAA-TGATTTGAAA--ATGCAGCG-AAG-AAGGACCAAAAA-NTGGGTTTT-T--A-CTTC-TTTTTNTTTTTCCCTC------ATT-T----AAAGAAAATTAT-A--CC-TCAACTTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTT------T----AAAAAACT-TT---A---TG-TT-T-CA-A-ATAT-TCAT--A-TTA-CG--GC-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA-T-TAC-T--------AAC---------T-----------------------AAA----AAAACAAAAAAT--ACAAAACACACA-TTTCCA--------AAACCG-AGT-----C---T----GNT-------AT-------T------T--TT--NTTTTT----ATGGC-----TGCGCTA-G-CTA----GATTTTCACTCAATTGTAAT-AACTT-TT-ATATTT--GAATCATATTNAA---ATA-AAATG-CATT----TA-NAA-TC--AAATGG-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCTTTACT
gi|1 : TTTCACAAAA-GCGT--TA--A--TC-T---A---GTAGT-ACGT----AATT--GG-ACGT-A---AG-TAGT--A--C-GTAG--GCG-A----TTTTA---GCG---TTTTCA--C---AAAA-CGT-G-AA-T-T--T-A-CGT----CA-TTCTAC--TACATTGC-GA-CGTAAA---T-CATTA-CG-TC-AC-CTCGAGA-----A-----GTGACG-T--A-ATA--TT---A--G---TCA--GCTGC--T----AG-TTTT-GCCAGAG--GACGA----A-TGGG-TG------CTAATTACA--TG-TT-T------GAAG---A--------TAC--A---TGTTT--A-AAG------AAAAATAGTA-GAGACCAGGATC--CAGGT-TGTTTA-AA--GCT-TAGG-GAAAAACC--T-T------C----TATATATAAAAAAA--TGGTG---TTGACC-G-TGTTG-ACA-A--AAA-------------------TTT-----ATG----TAACGAC-T----G-A-CCCGGC--TGTT-A---T--CCG-ATTTGC-TC--TG--GAATTGT-GTTGAA-TAG-GAG-TACTATGA-A-GTGTG-T-------TTAGAGACCACTGTATA------A----ATATT-AA-AT-AATTAT---T-TAGACTTT-ATG----------GG-CT-CT-GGATCATTT---TTTG-T-TGAC--TTTTCTT---T-TT---------------TCA-AT------------------TTGCT--TT--TGC--------TCTTT-TAA---TT--TA----------TA--------------TCAT---------GG---CA---ATTG-----TTT-CCTAG-A-TTTC---T-TTTTTTATCT---------TA----TAT---ATCT-TGTT--------A--CATC-TTTT--AAATTCATGCAAAGA----TA-AGTTCG--TATTGCTTATA------TATTTTTAAA-ATTGGA----GTCAAGCGGATATTCATT--G--GTGTATT----T-TGATT--GT--CCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CTTTAT-AG----TTTACAGCA-----T-TGTGAA--TTA-TT-AGC-A-AGAA-----AAGTAAC-TTACAAAAAC---AAA--C---A----GTTAA-TGATTTAACC--ATTCAGCG-AAA-AGCGACC--AAA-GT-GGTTTT-T--A-TTTTATTTTTATTTTTTTTTC------GGT-TGTGAAAAGAAAATTAT-A--CC-TCTCATTCT------ATGG-C-TG--CCTAATTC------ATATTTAATAAAT----AAAGAACC-TT---ATTGTA-TT-TACA-ACATAT-TCAT----TTA-C---AC-TATG-TGA-G------TC--TTAAGGA-TATACAC--------AAC---------TCCCCCCGCCCCCCCCCCGCCCCCAAACAA-AAAACAAAAAAA--ACAAAA-AC-CG-TTTCCA--------CAACCG-AAA-----C---TGCAAGCTAAAGTAAAT-------T------TGCTT--ATTTTT----ATGG------TAAGCTACG-CTA----GATATT-ACTCATTTGTAAT-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTTAA---ATA-AGATGCCATT----TA-AAA-TC--AAATGGTGTGAAAGACT-GT-AAACGGAT---------A-----TA-TATATTTTT-TTTTTTAAATT-CGCCTCCTTAAAAATTCTTTACT
gi|10 : acTTG--CA-T----CCGTACATTGC-AAACGTAAA---TTC--TAACA-TC-AC-CTCC-G------------GT-ACG-TGAA-AT---TT---A-CT---CC-----TGCA-T----AG-TTTTTGC--AAAAAGATG-----G-T-GGGTG------T-------A--TG-TT-GT-AAT-GAAG---A----AGC-TGC--AG--TG--TC-A-GAG------AAAA----TA-GAGTCCTG--CC--A-AGG-TTT----AG--AGC-TAGG-G-AAACCCCACAT-C--GACAAGATAA--A-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACCTG-TCTGG-ACA-taactaaaacttaacatcaattatatcaacttataaacttcaactaatcacagcatatcaccacccc
gi|11 : tataggtTCGTA--AACTC-TTTGA--C-TAGT-AGGT----AAGT--AG-ACGTTG---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-GAACCTTTTA---GCGG--TTT-CA--CG--AAAA-CATCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--AAAT----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----ACAAGCGTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CGTCCTCA--G-TGTG-TA---AG-TTTT-GG--AAA--GACA-----G---GT-TG------TTTA-GACA--TG-TT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TAC--A---TG--T--GTAAT------AAATA-AATA-ccgatttacgactttggcccctgttttttggggttgtt
gi|12 : gtatA-CATGGTAA-T-TATT-A--ATTGAGCA-T----C-GTACTTTGC-GA-CGTAAAATTC-C--TA-CGGTC-AC-CTTG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATATTTT---A-CT---TCAGGG-TGCGTT----AGTTTTT-GC---AA--GATG-----G-C-GGATG------TTTA-TACA--TGTTT-TT-GGC-GAAG---AC---AG--TAC--A---TG--T--GTAAC------AGAAA-AATATGAG-TCTG--CC--C-GGC-TTTTCA-AGCAGCC-TA-G-GGAAAACCCAT-T-T--GAC----AAT----AACAAAA--TGTT
gi|13 : t---TT-TATTT----------TTAA----AC--AAGG---TAC--A--C-----TTT-C-------CTTT---T-TTATTTATTTAGGCCAATGTA---TTAA---ATTT-TATCTGAAAAA-A-------------AAATTCATGCAAAGT-----A-AATT-G--T-TTTC-TGTA------TG-CTTTCAA-AT--GA----G----------------T--GAAATATATTGG--T-TGATT--GTacc
gi|14 : --AAGG---TAC--A--G-----TTT-CC--A-A-TTTTA--T-TTCTTTACTT---------T-------T---ATTT-TATCT-----ACA--TTTT-TTTT--TAAATAATGCAAAGT-----A-AGTT-G--T-TAGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GA----G----------------------------TGG--T-TGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-
gi|15 : ----AAAAAACC-TT---A---TG-TTCT-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-CA--GC-TATG-CGA-G------CC--TTTAGGA-T--AC-T--------AACAAAAAAAACC-----------------------AAA----AAAACAAAAAATTAAAAAAAAAC-CATTTTCCA--------CAACCA-A
gi|16 : aa-GT-AAAC-GAT---------AT----TC-AAAATATTT-A-----AAATT-CTCC-CTTTAAAAATTC-TTACTctgcaagtaa
gi|17 : caTC-TT--A--CGTAG----------ATCT--GGGACGT-A---GT-TAAA--ATAC-GTAG--GC--------TTCG---GCG---TTT-CA--CG--AAA--CGTC-TAA-T-T--TTA-CGTTG--CA-T----C-GTACATCAC-TA-CGTAAA---T-C--TA-TT-TC-AC-acctgaaactaaaagttcaaatatcaaacttttaaactttcaactaattaacgcatatgcccccccccc
gi|18 : ttgaaCT-GT-AAAC-GATCCGCGCAATAT----TTATATATATAT-ATTTTTAAATT-CTCC-CTTTAAAAATTCT
gi|19 : -CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-A---------------------A--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAC--GATG-----G-C-GG-TT------TTTA-TACA--AG-TTGTT-GAC--AGG---A----accaactggaactaaaagttcatattatatcaaacttgt
gi|2 : TTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-AAGT----AAGT--GGGA-GT-A---GT--AGA--A--CCGTAG--CGG-AA---TTTTT---GCG---T---CA--CG--AAAAACGTCGTAAAT-T--T-ATCGTTG--CA-T----C-GTACATTGCCGA-CGTAAA---T-A--TA-CG-TCCAC-TTCG-GA-----G-----G--ACGCT-AA-AAA--TTT--A-C----TCA--G-TGCG-T----AG-TTTTTGC--AAA--G-CG-----AAT-GG-T-------TTTA-TACA--TG-TT-TTTGAC--AGG---A----AG--TAC--AGT-TG--T--A-AAG------AAAAA-A-CA-GAG-CCTG--TC--C-GGC-TTTT-A-GA--GGC-TAGG-GAAAAACCCAT-T-G--GAC----TAT-TT-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACC-G-T-GTG-AC------AGAT--C--------------CTT-----ATG----T-CCGAC-T----GACGGCCTGC--TCCT-A---T-ATCG-A-TTTT-TC--TG--GAA--GT-GTTTGA-TAATGAG-TA----GATA---GTGTT-------TT-GAGGACAATG--GG------A----A-ATT-AA-GATAAATAT---TATA---TTTAACGACT-AT----GGCCT-CT-TG---TATT---TTTG---TGGG--CTTTTTT---TATT---------------TCA-TT----G-T-----TT-ATGCT-----------C--------TTTGT-TAT---TT--ATTCATACATT-TA--C----------TTTAT---AACCAAAG---TAC--A--G-----TTC-C---A-A-TTTT---TATTCTTTACTT---------TA---TTTT---AATC-TCTAC-----A------TT-TTTT--AAA-TAATGCAAAGT----GA-AGTT-G--T-TAGC-TGTA------TA-TTTTAAA-AT--GA----G-------------------G--GT---------T-TGATT--GTCCCCAC-----TCTGCACCACAC--AC--TTG-CGTTAT-A-----TTAACAGCAG----T-TGTAGATATTGTTTCAGC-A-A-AA-TG-TAAG-AAC-TT-CAAAAAA---AAA----A-A----G-----------GAAACCATGCAGCGAAAG-AAGGACCAAAGT-TTGGGTTTT-T--A----A-TATTTTTTTTTCCGT-------ATT-T----AAAGAAAATTAT-A--CCTTCAACTTCT------ATGG-CTTG--CCTAATTC------ATATTT------TAAAAAAAAAACC-TA---A------TC-T-CA-A-ACAT-TCAT--A-TTA-AA--GCTTATG-CGATG------CC--TTTAGGA---TAC-TACAAAAAAAAC---------C-----------------------AAA----AAAACAAAAAATTAAAAAAAAAC-CA-TTTCCAAC------AAACCA-ACC-----CAAGT----AAT-------ATCGTAAAAT------T--TTGCTTTTTT----A-GGC-----TCAACTA-G-CTA----G-TTTACACTC-ATTGTAAG-AAC-T-TT-ATATTT--GAATCATATTAAA---ATA-AAATG-CATT----TATAAA-TCCAAAATGA-----AAGACT-GT-AAAC-GAT---------A-----TC-TATATTTTT-TTTTTTAAA-T-CTGC-CTTTAAAGATTC-TTACT
gi|21 : -----TCCG---CACAC--AC--TTG-CTTTAT-A-----TTTATAGCAT----A-TGTGAA--TTA--T-AGCGA-A-AA-TG-TAAG-AAG-TT-T-AAAAA---AAA--CAA-AAAACG-TAA-TGATTTGAAaactaaaacaaaagttttatattattcaaacttataaatttcaactaaatcacagcaactccccccaccccc
gi|22 : -ACCGGGGCCGTTTA---T-ATCG-ATTTTT--C--TG--GAA--GT----TGA-TAG-GAG-TA----GATA---GTG-T-------TT-GAGGACAccc
gi|24 : tcttactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CCT-CT--AAACGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAG
gi|25 : agtgTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TA--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGt
gi|26 : agtgTTTCACCAAA-GCATCGTA--A-CTCTTT--A--CGTAGC-ACG
gi|3 : ggcagtcTTTCACAAAA-GCGTCGCA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGA--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTT---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTACATTGC-GA-CGTAAA---T-C--TA-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GACG-----A-T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---ATTTTAG--TAC--A---TG--T--A-AAG------AAAAA-AACA-GAG-CCTG--TC--C-GGCTTTTTTA-AA--GGC-TAGGTGGAATACCCAT-T-T--G-C----TAT-TA-AAAAAAA--TG-TG---TT-ACT-G-T---G-ACAGA--AAGATAGC---------------TT-----ATG----T-CCGACTT----G-T-ACCGGG--TGTT-A---T-AATG-ATTTTTATC--TG--GAA--GT-GTTTAG-TTG-GAG-TA----GATA-G-GTG-T-------TT-GAGGACACTG--GA------AATTGATATT-AATTG-AATTAT---TATATT-TTT-ACTACTAAT----GG-CT-CT-TAGT-ATTT---TTTG-T-TGGG--TTTTTTT---T-TT---------------TTT-TT----A-T-----TT-TCATTGTTAGTT--TGC--------TTTCT-TAT---TT--TATCAT---TT-TATTT----------TTTATA--AA--AAGG---TAC--A--G------TT-C---G-A-TTAT---T-TTCTTTATTT---------TA---TTTT---ATTT-TCTCT-----A-A--TTTT-TTTTAAAAATTATTGTCAAGT-------AG-T-GCTT-TGGC-TGTC------TATTTTTAAATAT--GA----G----------------T--G--GTTGATTGAGTT-TGATT--GTCCACA------TCTG---CTCAC--AC--TTG-TTTTATAA-----TTTACAGC-G----T-TGTGAAT-ATATAT-AGC-ATA-AACTGATAAG-AAC-TT-TAAAAAA---AAA--TAA-A----G-TAA-TGATTTGAAAC-ATGC-GCG-AAG-AAGG--CAAAAA-ATGGGTTTT-T--ATTTTC-TTTCTCTTTTTCCCCCGT----ATTGT----AAAG-AAATTAT-A--CT-TCAACTT-T------ATGGAA-TG---CTAATTC------A-ATTT------T----AAAAAACT-GT---A---TG-TT-T-CA-A-ATAT-TCATTGA-TTA-CC--AG-TATGTTGA-GT-----CT--TTTAG-----TGC----------ATC---------T-----------------------AGATTCCAAAAC------T--ATCAATCACA-A-TTTTCA--------AAACTG-AGT-----T---T----GTT-------AT-------T------T--TT--TTTTTT----ATGGC-----TGC-TTA-G-TTA----GATTTTTATTCTATTGTAAT-AATTT-TT-ATATTT--GAA-CATATTAAACTTATG-AATTG-CA-T----TA-TAA-TC--AAAT-G-----AAGACTAGTAAAAC-GAT---------ATATTATT-TAT-TATTTATTTTTTTAATT-CTCC-CTTTGATAATTC-TTACT
gi|4 : -CT-CT-TG----TTT---GTTG-T-TGGGGCTTTTTAT---T-TT---------------TTT-TT----A-TACAATTT-TCATTGTT--ATACTGC--------T--CT-TAT---TTA-TAACAT---ATATATTA----------TTTAT---ACTTAAG-----ACCAA--GACTTATCC-C---GCA-TTTTACAT-TTCTCCTTTC---------T----TTCTGGGATTCCTCTCT-----A-ACCTTTTATTTT--ACCTCACTGCACAGTGGGATA-A--T-G--T-TGAC-TGTAAATATTTAATTTTAAACAT--GAAGATG----------------C--G--CTATACTGG--TCTGATTTGGTCCCCACACTTATCTGAGCCACACCAACCCTTGTCCTTATTACTCTTTTTACAGAAAAGAATATGTGAAC-TTAATT-AGC-A-C-AC-AG-TCAG-AAA-TA-TGCACAACTCAAATCCGGTA----G-TAAGTGATTTGACA--ATGCAGCG-AAGAAAGGACCAAAAAGTTGGGCTTTATTAA-ATTC-TTTTTATTTTTACCACGATTGTACT-T----AACG-AAATTAT-AATCC-TTAA-TTCTTACTAAATGG-C-TG--CCTTATTCAAATGAATTTTT------T----AAAAAACTATTCAAA---TGTTT-T-CACA-ATATATCAT--ACTTAGCGGTGC-TATG-TGA-AGAGTATCCTATTTAGGATT-TAC-T--------AAC---------T-----------------------AAA----ATAAC-AAAAAT--ACAAAACTCATA-TTTACACAACAACCAAACTGCAGTAAAGAC---T----AAC-------AT-------TTCACACT--TT--ATTTTTTAAAATGGCTCGGATGCGGTA-GACCATACCGAGTTCC-CTCAA-TATAATAAACTTGTTAATATCTTGGAATCATATTTAC---ATAGAAATG-CATTTTCATA-CAACTCA-AAATGA-----ACGACT-GT-AAAC-GAT---------AT----TT-TATATATTT-TTTTTTAAATTCCTTC-CTTT-AAAATTCTTTACT
gi|5 : attaatttgattcaaacttctctttcgacactcaaagcTCACAAAG-GCGTCGCA--A-CTC-TT--T--CGTAG-------------------ACGA-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GTG-AA---TTTTG---GT----TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAA-A-T--T-A-CGTattttgtgttaacctaaacaagaagttaataattattataacttctataatctcttcaatctttaattaaccactaggcgagtatctcacgtggccacccacaccacctctctttggtcaggtttttcctcaatgagaagaaacctagaagtattcatcatcgaaaacatgtattaaaaccacaatatattttgctaacgagattctgatatgcatttaatcaatatcta
gi|5 : agtgtg-AC-GTCG-TA-----A-----ATTACG-T-AA-ATA--TTT--A-CG---CCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GATG-----G-T-GG-TG------TTTG-TACA--TGTTT-TT-GAC-GAGA---A----AG--TACATA---TG--T--A-AAG-------AAAA-GATA-GAG-GCTG--CC--C-GGC-ATTTT--AG--AGC-TATG-G--AAACACTT-G-T--GACAA--TAA-TA-AAAAAAA-----TG---CT-ACC-G-T-CGGCACA-G--AAGA------------------TTC-----AT----------------------AATGGG--T-TA-A---TGATTGCATTGTG-TC--AGCCAAA--G--GTTTAG-T-------------GAT-----------------T-AAGGACACTC--GG------A----ATATT-AA-CGAAAATATTGGTATA---TTT-ACGACT-AT----GG-CC-C---------CT---TTTG-T-------TTTTTTT---C-TT---------------TTG-TTTTGGG-T-----TT-TTGTTGTT--GT--TGT--------TTTTTCTATTCATT--TATTTA---TT-TATTTTAGGCTAATCTTTATTTCAA--AAGAAGTTAC--A--T-----TTTCC---G-----TT---T-TTATTTA-TT---------TA---TTAA---ATTT-TATCT-----A-A--CTTT-TTT----AATC-ATGCAAAG------ACAGTT-G--T-TTTC-TGTA------TA-CTCTCAA-AT--GA----G----------------TGAG--ATGTATTGG--T-TGATT--GTCCCCAC-----TCTG---CACAC--AC--TTG-CGTCAC-A-----TTTATAGCAG----T-TGT--------------------AA-TA-CAAG-AACATT-TAAAAAA---AAA--C--------G-TAA-TTATTTGGA------CCGCG-AAG-AAGGACCG------------------A-CTTC-TTTTTTTTTGTCACTC----------------AAGAAAATTGTGA--TT-TCAACTTCT------CTGG-C-TGCCCCTAATTT------Aaaatatttacgccagtgcgtagttttgcaaagatggtggtgtttgtacatgtttttgacgagaaagtacatatgtaaagaaaagatagaggctgcccggcattttagagctatggaaacacttgtgacaataataaaaaaaatgctaccgtcggcacagaagattcataatgggttaatgattgcattgtgtcagccaaaggtttagtgattaaggacactcggaatattaacgaaaatattggtatatttacgactatggccccttttgttttttttcttttgttttgggtttttgttgttgttgttttttctattcatttatttatttattttaggctaatctttatttcaaaagaagttacattttccgtttttatttatttattaaattttatctaacttttttaatcatgcaaagacagttgttttctgtatactctcaaatgagtgagatgtattggttgattgtccccactctgcacacacttgcgtcacatttatagcagttgtaatacaagaacatttaaaaaaaaacgtaattatttggaccgcgaagaaggaccgacttctttttttttgtcactcaagaaaattgtgatttcaacttctctggctgcccctaattta
gi|6 : agtgtgtcacaaaggcgtcgcaactctttcgtagacgaagttagtacgtaggtgaattttggttttcacgaaaTTTCAAAAAG-GAGT-GTATTA-CTC-TT--T--ATTAGT-ACGTTCTAAAGTTTAGAGC-T-A---GTATATA--A--C-GTAGTGGCGTAA---TTTTATTAGCG---TTT-CATTCGTAGAAA-TGTCGTA----T--T-A-CGTT---CA-T----C-GTACATTGC-GA-GGTAAT---T-C--TA-CG-TC-ACACTCG-GGATCTTG-----GTGACG-T-AATGTA--TT---AGCG---TCA--G-TGCG-TTATAAGTTTTT-GC--AAC--AACG-----T-T-GG-TGGTCGTATTTA-TACAGGGG-TT-CT-GACTGAGGAATA----AGCTTAC--ATTGTG--T--A-AAGAAC---AAAAA-AAC--GAG-GCTG--TCAGC-GAC-TCTTTGTAG--AGCATCGA-G--AAACCCAT-CATCGGAC----TAT-AG-AAAAAAAACTATTAGTTTT-ACA-G-T-TGG-ACC-ATGAAGAT--CCATAATGAATTAGGTTTTCTGAATGGCGAT-CTGAC-TGCGGG-C-ACC--G--CTTT-ATATT-ATCG-ATGTTT-TCTGTG--AAA--GTAGATTGGATAG-GAGCTA----GCTACG-GCG-CTAGTCGATT-GAGGACACTG--GGCCAGATA----GTATTCAA-GG-GACAAG---CA-A---TTTAACGAC--ATAATGGG-CTACTATG---ATTT---TTTG-TATAGA--TATATGTACGT-TT---------------GTGCTT----G-T-----TTATAATT-TT--TT--TTT--------TCTGT-TTT---TTGGTGTTGT---TT---TTT----------TTTGT---------GG---TAT--G--G------------------TTT---T-TTCTTGGTTT---------TATATTTGT---GTTTATTTCT-------A--TTTT-T
gi|7 : cgTTCCACAAAA-GCATCGT-----CTC-TT--A--CGTAGTTACGT----GAGT--GGGACGT-AAAAGT-TAGGTTA----GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCGCGTTTC-CA--CG--AAAG--GTCGTAA-T-T--------------A-T----T--TACGTTGC--A-CGTACA---T-T--------------------------------GCGACG-T-AA--TA--TTTTTA-CG---T-A--G-TGCG-T----AG-TTT--GC--AAGC-AACGAAATTG-T-GG-T--------TTA-TACA--TG-TT-TTTGCC-GAGG---A----AA--TAC--A---TG--TT-A-AAA------GAAAA-AACA-GAGGCCTG--TC--C-GGC-CTTTTA--G--AGC-TGG-----AAACCCAT-A-T--GG-----TAT----AAAAAAA--TATTG---TT-AC--G-TCTGG-ACA-A--AAGAT--CCAATAATGGAAGTTTTT-----ATG----T-CCGAC-T----G---ACGGGGC-CGTT-A---T-ATCG-A-GTTT-TC--TG--GAA--GT-GGTTTG-TA--GAG-TA----GATA-G-TGG-A-------TT-GAGGA-ATTG--GG------A----A-ATT-AA-AG-CAAT-T---TA---------ACGACT-AT----GGCCT-CT-TA---ATTTTTGTTTGTT-TGGG--TTTTTCA---T-TTGGGGGTGGGGGGGTGTTG-TT----GTT-----TT-TTTTTTTT--TT--TGCTTAAGCTTTTTAT-TAT---TT--T-TTTT---TT-TATTT----------TTTAT--------------T-------G-----TTT-A---G-GCTCTT---T-TTATTTA-TT---------TA---TT
gi|8 : gcattTTTCACAAAA-GCGTCGTA--A-CTC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AAGT--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--GCG-AA---TTTTA---GCG---TTT-CA--CG--AACA-CGTCGTAA-TATA-T-A-CGTTG--CA-C----C-GTAGGCGGC-GG-CGTAAA---T-C--TG-CG-TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATA--TT---A-CG---TCA--G-TGCG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GACG-----A-T-GG-TG------TTTA-TACA--TG-TT-TT-GAC-GAGG---A----AG--TAC--ATG-TG--T--A-AAG-------AAAA-AACA-GAG-CATG--TC--C-GGC-TTTTT--AG--AGC-TA-A-GGAAAACCCAT-T-T--GAC----AAT-TA-AAAAAAA--TGTTG---TT-ACC-GTT-TGG-A
gi|9 : cagcgTTTCACAAAAAGCATCGTA--A-ATC-TT--A--CGTAGT-ACGT----AA-T--GGGACGT-A---GT-TAGT--A--C-GTAG--CCG-AA---TTT-A---GCG---TTT-CA--CG--AAAA-CGTCGTAC-T-T--T-A-CGTTG--CA-T----C-GTATATTGC-GA-CGTAAA---G-C--TA-C--TC-AC-CTCG-GA-----G-----GTGACG-T-AA-ATAT-TT---A-CG---T-A--G-AACG-T----AG-TTTT-GC--AAA--GATG-----G-C-CG-CT------TTCA-TGCG--TG-TT-----GC-GGGT---A----A----AC------TG--TTAA-AAGCAATTTAAGAA-GGCA-GAG-GGTT--TC--C-G-----------G--GAC-C----GCAAAATCCAC-T-T--GAC----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTTTCAGTTTATACAATGAGAAGAACTCAAAGGTATATACATCTTTCAAAAATGTTCAAAAATATTTCCCTAACAAACTGATTGCATCAAACAATATCTA
Unaligned ( gi|23 ): AAATTCTTACTAACTGAAACTAAAAGTTCATGTATCAAACTTGTGGACTTTCAACTAGTCACAGCAT