lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 2 1111 333 333 111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 1 11 1 2222 11 1 1 111 1 5555555555555555 2 22222 1 3333333 1 11 11111 3333333 11 11111 33333 222222 11 2222 11 11 333333333333333333333333 1 33333333333 11111111 333333333333 1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 1111 22222222 222222222222 11 2222222222222222 11 1111111 1111111 1111 2222222222222222222222 55555555555 5555555555555555 7777777777777777777777777777777 111111 1 1 1111 11111111
lowQualScore : 6 5 2 3 5 4 5 3 2 0 2 3 9999 888 3 555 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 0 3 6 3 7 3 00 3 3 8888 33 3 3 3 3 999 6 4 3 6 5555555555555555 0 0 66666 0 77 0 3 3 2222222 0 22 4 11 11111 2 3333333 11 66666 33333 2 1 111111 999 3 888 11 5555 33 99 2 99 5 99 77 888 66 777777777777777777777777 8 2 55 1 44 44 5 333 6 3 2 11111111111 55 3 66666666 888888 777 2 99999 33 33 2 2 3 555 99 666666666666 0 44 4444444 3 999 44 555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 3333 4 66666666 0 55 33 55 333333333333 4 666 666 44 7 0000000000000000 55 3 44 0 55 7777 2 0 9999999999 555 3 3 555 3 44 3 3 3 44 0000000 0 2 44 6666 3 3 7777777 3 33 3 44 666 1 2222 3333333333333333333333 2 33 444 33 44 5 3 3 11111111111 44 9999 1 0 666 0 8888888888888888 999 2 5555555555555555555555555555555 777 222222 4 3 3 66 33 2 3 4 55 8 3 8888 3 3 0 2 888 1 3 3 3 9999 77 55555555 666
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . .... ... . ... . ................................................... . . . . . . . . .. . . .... .. . . . . ... . . . . ................ . . ..... . .. . . . ....... . .. . .. ..... . ....... .. ..... ..... . . ...... ... . ... .. .... .. .. . .. . .. .. ... .. ........................ . . .. . .. .. . ... . . . ........... .. . ........ ...... ... . ..... .. .. . . . ... .. ............ . .. ....... . ... .. ... ................................................................................................................................................................................................................................. .... .... . ........ . .. .. .. ............ . ... ... .. . ................ .. . .. . .. .... . . .......... ... . . ... . .. . . . .. ....... . . .. .... . . ....... . .. . .. ... . .... ...................... . .. ... .. .. . . . ........... .. .... . . ... . ................ ... . ............................... ... ...... . . . .. .. . . . .. . . .... . . . . ... . . . . .... .. ........ ...
lowQualScore : 0 0 5 0 0 0 0 0 5 0 5 0 5555 000 0 000 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 7 7 3 7 7 0 7 00 3 7 3333 33 7 3 7 3 777 0 0 7 7 0000000000000000 0 8 00000 2 00 0 2 2 5555555 0 88 8 00 66666 8 4444444 88 22222 88888 5 7 222222 222 2 888 00 2222 22 22 5 22 2 22 11 888 99 888888888888888888888888 8 9 22 2 66 66 9 777 9 1 1 22222222222 22 1 00000000 222222 444 9 66666 99 99 9 9 0 000 44 111111111111 2 88 0000000 3 222 66 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 9999 0 44444444 7 55 99 55 111111111111 4 444 444 77 3 8888888888888888 00 6 77 5 00 1111 5 2 7777777777 444 1 1 444 1 22 1 1 1 22 0000000 2 2 22 9999 1 1 6666666 3 22 2 66 222 0 0000 1111111111111111111111 8 77 000 77 22 8 1 1 22222222222 66 0000 9 5 444 2 4444444444444444 999 3 0000000000000000000000000000000 000 999999 0 6 6 11 99 5 4 0 00 3 6 2222 6 6 5 8 444 0 3 3 3 8888 99 00000000 444
consensus : NNNNNTATGTACATGTACAANTCGTGGATTNTTTNGANAGATNANAACTTGNTCTNATTTCTNAAAACCAATCNGGTTTTAGAGGNNGCATGTATTTTNGTANACGTGC----NTGTCTAAT-CGT-T-C--GATGTTAT-TAGAAGTAAT-ACTTCAAAAGGNCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTNAATNATAAAATCT-TATGTGANAAA-TTAGAG-TATTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTT-TGTCATATTTNTCCGGTAGAAAGCAGCAA---GT-TATG---GTCAACATACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCNCAGGGGAGCATTTTA--GGTCCNNTATTATTTTTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TTAGCATTGA--CGATGACT-G-CAAGT-TGATT--TTN---TATGCN-GACGA--CAGTNCTATATTTTATNTTC--ACA-AA---G--ATCCT---AG----T--GTC-AT---AN-CACAGAAACT-AGGAAA--TG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATC----G-TGGCT-NGTAG-ACAA-------CA------AA-A-TG-TCN----C--TTCA--T-CT-TGGCAA---AACN-GAA---ACG-----ATTTTATTTGG-ACCAC-----C-CAG---AAA--ACT-T-AAAAATGTA--ACT--AGT-----AAATTT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--A----TNAAATCA--AA--G-TT-CTG---A--T-AGTG--T-NAA-----------ATA-TT---------T------------A-----GG----------------CA--T-------------------------T-TC-T---------T-------GT--T-TGTGAA----AAT-ATTGTTT-------NAAGT--ATCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAA---TT---TN-TA-TA--C------A-G----A--AA-TGC-ATCTTG--CCTA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CT-G--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTT-GATTA-T---GC-NGC-TTCTTCGTGGTA--T--AGCGG---TATTG--G--C-AAA--CAA-C----TTCAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CNC-AAAA-TAAAGTNGTC-A-AGATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GT--A--T---TT--TGCGA-N-ATTCTAGACTCTTT--A----------C-------G---------CA---TGTTA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-ATGTT--TTT-AATATAT-T--C-CATGG-TAA-CGCACC--NAACTACCTT-C-GT-GA-N--AATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( gi|1 ) : AAAGATGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTTAACAG-TCATAATTTACTCTC--TTCTTA---CCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC------TTTTCCACAGATAC----TTGTTTAATACATATGTCAGATGTTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---GTTTAT----GTCAACA-ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTTTA--GGCCCTCTTCTATTCTTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGA--CAATGACT-G-CAAGT-TGATT--TTA---TATGCT-GATGA--TAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA-TA---G--ATCCT---AG----T--GTC-AT---AA-CACAGAAACT-AGGAAA--TG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATT----A-TGGCT-TGTAG-ACAA-------TA------AA-A-TG-TCT----C--TTCA--T-CT-TGGCAA---AACA-GAA---ACG-----GTTTTATTTGG-ACCTC-----C-CAG---AAA--ACT-T-AAAAATATA--ACT--AGT-----AAATT-----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--A----TGAAATCA--AA--GGTT-CTG---A--T-AGTG--T-GAA-----------ATA-TT---------T------------A-----GG----------------CA--T-------------------------T-TC-T---------T-------GT--T-TGTGAA----AAT-ATTGTTT-------AAAGT--ATCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGA---TT---TG-TA-TA--C------A-A----A--AA-TGC-TTCTTG--CCTA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CT-G--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTT-GATTA-T---AC-TGC-TTCTTCATGGTA--T--AGTGG---TATTG--G--C-AAA--CAA-T----TTCAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGGTT-ATAGATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AACCA-GT--A--T---TCTGTGTGA-A-ATTTTAGACTCTTT--A----------T-------G---------CA---TGTTA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-ATGTT--TTTAAATATAT-T--C-CATGG-TAA-TGCAAC--AAACTACCTT-T-GT-GA-A--AATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTATGTC
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAAC--AATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGGT------TTTAGTAAAGATAC----ATGTCTAATTTATTTACTTGATATGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|7 : aaagaagtgtgACAAGTTTTGGATTATTTGGACAG-TAATAATTTGCTTTA--TTCTTA---CCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCTGTTTAATAC----------T-TTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACGTGTATACATGACAACA-AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCT----CGGTAC-TAAT-T-TATGTC--------ACTGA--TGCCGACT-A-CGAGT-TGATT--TTA---TATGCT-GATGA--TAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA-AA---A--AACCT---GG----
gi|17 : C----TTGTCT----CGTATCT-GGATGTTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTTTAT----GTCAACA-ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTTTG--AGCCATCTTCTATTCTTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGA--CAATAA
gi|6 : ATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CAATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG----------ATG---GTCAGCATACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATATTG--GGTCCGATATTATTTTTA----TATG--CAA-----------A-TTAGTATTGAT-CAA-GATT-GTCAA-----CTT--TTACTTTATGCA-GGTGA--CAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA-TA---GAAATCCT---GA----G--AAA-AT---AT-CTCAGCACCT-TGG--T--TG--T-----CAACAC-GATTC--TTTTAAAA-TGGTT-AGTAG-ATAA-------CA------AA-C-TT-TCA----C--TACA--T-TT-AGGCAA---AACT-GAATGTAAG--------TTGTTTGG-TTCAC-----C-AAG---AAA--ACT-TCAAAAGTACA--A------------AGATTTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--A----T--CATCA--AA-----T-CTGCACA--T-AGTG--T-AAA-----------
gi|2 : gaatgataCAATATATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTTTA--GGTCCAATATTATTTTTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAA--TGATGACTAG-CAAGTATGATC--CTT---TATGCCAGACGA--CAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATTTCAA-CA---AAACT-TGCAGA--AG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT-------TGGCT-AGTAGAACAA-------CA------AA-ATTG-TCA----C---TCG--T-CTCTGG--A---AACT-G-A---ATGTATTTGCTTTGTTCAG-CCCTA-----T-C-G---CAA--ACT-T-AGTAATGAA--GGT--CATTTTTGAAGTC-----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--A----TCAAAGCA--AA--------TG---A--TCAG-G--TCCAA-----------ATACTT---------T------------A-----GGGT--------------CA--A-------------------------C-TA-T---------TAGAACAGGT--T-TCTGAAATGTAAT-CTCGTTTGCGAATGAAATT--TTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAA---TTCTCTG-TAGTA--G------A-C----A--AT-GGC-CCTTTGGACCTA----AATA-GTTGTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CT-G--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTC-GATTATT---GT-TGC-CTCTGCATGGTA--T---GCAG---GATTT--ATCT-AAA--C---C----CTTGACAAAGAAATT--AGAGG--TCT--C-C-AAAA-CAAAACAATTCATG---TCA--TTCAAAAT-TAGG-CCTAG---AGCCACATAAA--T-------TGTGA-T-ATTCTGGAATCTGTGAA----------CACACTG-G---------CG---TGTTAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-ATGTT--TTTTAAAACTT-T--C-CATAA-TAG-CTCACC--TAGATACCTTGC-AT-GA-AGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAAT
gi|22 : GGGAGTATTTTA--GGTCCATTATTATTTTTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGA--TGATGACT-G-CAAGT-TGATC--CTT---TATGCA-GACGA--CAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA-GA---G--ATCCA---AA----G--GTA-ATTTCAA-CA---AAACT-TGGCAA--GG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCCGAT-------TGGCT-AGTAG-ACAA-------CA------AA-T-TG-TCA----C--TCCA--T-CT-CGGGAA---AACT-GAA---gtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|19 : A-TAAGCATAGATTCA--GATT-G-TAAAT-T-ATTGCTT----TATGCA-GATGA--T--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA-AA---G--ATCCTTGAAG----TCAATC-AT---TT-CACAAAAACT-ATCAAACATG--TA---AGAAAAA-TGT-C--ATA----AATGGTT-AGTCG-ACAA-------CA------AA-C-CC-TCC----C--TTCA--T-CT-TGGGAA---GACA-GAA---AGC-----ATTCTTTTTGG-TTCAT-----G-TAG---AAA--GGT-T-AAACAAATA-------AGT-----AAAtgtattcttttcggccctagtcgcgaacttagtaatgaaggtca
gi|48 : atactacaatttaagatgaCT-CATGAATTAGTTCTATATTTTATGTTC--ATA-AA---G--ATCCT---AG----T--GTC-AT---gagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|13 : TA-AA---G--ATCCT---AA----T--ACT-AT---TG-CAAATAAACT-AAGAAT--TC--TACT-GAAA-AA-TATTC--ACC----A-TGGTT-TGTAG-ATAA-------AA------GA-A-TA-TCT----C--ATCA--C-CT-TGGCAA---AACA-GAC---ACC-----ATTTTCTTTGG-ACCAT-----C-CAG---AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TT--A-------AAGTTTG---ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--ATTTTTG---TTA--TA--AATT-C-----------GTG--T-TAA-----------ATA-TT---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATACG--T-------------------------T-TC-T---------C-------TT--G-CGTGAA----AAT-ATTAAAT-------AAA-C--AACATACAAAAGAGTTGAAtgc
gi|5 : A---G--ATCCT---GGAACGT--GTTTAT---ACTCAAAGAAACTTAGGTAA--TAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACT----G-TGGCTATGTAG--CAA--------A------AA-A-TGATCT----CATTTCAAATGTT-TGGTAATCGAACAAGTA---A----------TTATTTGG-ACCAC-----C-AAG---GAATAACT-G-AAAAAT-TA--ACC--AGT-----T--TT-----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGA----TTAAATCATGAACGGGTT-CTG---A--T-AGTGG-T-GAATATGTTAATGTATA-TT---------T------------ATAGATAG----------------AA--T-------------------------T-CCAT---------T-------GT--T-TGTGAA----AAT-ATAGTTT-------CAAGT--ATCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA---TT---T--TA-TA--T------A-G----A--AACTGC-AT-TTG--TCTA----AGTATGCGGTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-TTTG--C-------TTTAATAC--AAT-C--TTTTTTTTGACTA-T---GC-AGC-TTCTTCGTGGTA--T--AGTGG---TATTG--A--C-AAG--GAAAC----TCCAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGGT---CAGATTTATTTTTTATACCTAGGTCCTAG---AACC----------------GTGCGA-A-ATTTTAGACTCGTT--A----------aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|32 : a-CACATAAAGT-AGGACA--TG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTA----A-TGGCT-TGTAG-ATAACGGATCATA------GA-A-TG-TCT----C--TTCA--C-TT-TGGCAA---AAC--GAA---ATC-----ATTTTATTTGG-ACCACCCTGGC-CAG---AAA--ACg
gi|36 : CAGAAACT-AGGAAA--TG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATT----G-TGGCT-TGTAG-ACAA-------CA------AA-A-TG-TAT----C--TTCA--T-CT-TGGCA----------AA---ACT-----ATTTTATTTGG-ACCAC-----C-CAG---AAA--ACT-T-Aggaaa
gi|8 : AGAAACT-AGGAAA--TG--TGCT-ACAA-AA---------------A-TGGCT-TGTAG-ACAAA------TA------AAGA-AG-TCC----T--TTCA--T-CT-TGGCAA---AACA-CAA---ACG-----ATTTTATTTGG-ACAAC-----C-CAGG--AAA--ACT-G-AAAAATATATCACTT-AGT-----T--TT-----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--A----TGAAATCA--AA--GGTTTCTG---A--T-AGTGGTT-GAA------------TA-TT---------T------------A-----GG----------------TA--TATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T---------T-------GT--T-TGTGAA----AATTATTGTTT-------CAGGT--ATCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGA---TT---T--TAGTA--C------A-G----A--AA-TGC-ATCTTG--CCTATAAAAGTATGCAATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CT-G--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTT-GATTA-T---GC-AGC-TCCTTCAGGGTA--T--AACGG---TATTG--A--C-AAA--CAA-C----TTCAACATAG--ATG--GCAAG--TTA--AACAAAAA-TTAAGTTGTC-A
gi|26 : AAACT-AGGAAA--TG--TTCC-ACAA-AA-TGCTC--TCC----A-TAGCT-TGTAG-ATAA-------TA------GA-A-TG-TAT----C--TTCA--C-CT-TAGAAA---AACA-G-A---ACC-----ATTTTATTTGG-ACTAC-----C-CAG---AAA--ACT-G-AAAAATGT-----T--AGT-------TTT-----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--A----TGCGATCA--AA--G
gi|3 : AAACT-TGGCAA--GG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGATT-------GGCT-AGTAG-ATAA-------CA------AA-T-TG-TCA----C--TCCA--C-CT-CGGAAA---AACT-GAA----TGT----ATTCTGTTTGG----TT-----C-TAGTCGCAA--ACT-T-AGTAATGAA--GTTCAAGT-----G--TT-----ATAA---TT------------ATG----T--C--A----TCAAAGCA--AG--------TG---ACTT-AGGG--G-CAA-----------CTA-TT----------------------------GA----------------CAGGT-------------------------T-TC-TGAAATGTAAT-------GTCAT-TGTGAAT---GAG-ATTACAT----------GT--ATCAC-CAA--GG--TCAACTAAA--GG----TTAAAA---TT---CC-TG-TA--T------A-G----A--AA-TGG-TCCCTG--GCTA----AATAGGTTGTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CT-G--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTC-GATTA-T---TG-TTC-CTCTGCATGGTA--T---GCAG---GATTA--T--CTAAA--CCC-T----TGCAAAAGAA--ATT--ACATG--TTC--TCC-AAAA-CA---------------TCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-CT--A--TAAAT---TGTGA-T-ATTCTGGAATCTGTGAA----------C-------A---------CA---CTCT--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GTGTT--TTT-AATATCT-C--C-CATAA-TAT-CTCACC--TAGATACTTG-C-AT-GA-G--CAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|35 : AAACT-TGGAAA--GG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTC----A-TGGCT-CATAG-AAAA-------TA------AA-T-TG-TCC----C--TTCA--T-TT-AGGCAA---AACG-GAA---gttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTT----G-TGGTT-TTTAA-ACAA-------TATTTTTAAA-A-TG-TCTAGAGC--TTCA--C-CT-TGGTGA---AACA-GAA---ACC-----ATTTTATTTTT-ACATC-----CACAG---AAA--GCT-tgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|31 : cAA-------CA------AG-C-TT-TCA----C--TACA--T-CC-AGGCAC---AACT-GAATGTATG--------TTGTTTGGTACACC-----C-CAA---AAA--ACT-T-CAAAA-GTA--CCA--AG-------AATTTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--A----TCAAATC
gi|4 : t-ATGTAATG-G--T--A--C----TATCATCA--AA-----T-CTGTACA--T-AGTG--T-AAA-----------GTA-TC---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------CA--A-------------------------TATG-C---------T-------GT--CAGGTGAA----GAT-ATAGTC---------ATGTCTATTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA-----TTAAAATTTT---TG-TA-TAGAC------ATA----A--GA-AACATT--------TA----GACATCAAATGTA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GT-G--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTT-GATTA-T---GCCTG--TTCATCGTGGTA--TGCAG-GGCT-TACTAA-G--A-AGA--C---TC---TTAAAAACAA--ACT--ACCAG--TCA--CCC-AAAA-TAAAGTAGTC-A--GATTTG--TTTTAGATCTTGGACAAAG---AGCAA-GT--G--T---T------GACA-ACC--AAGCACTTC--A----------CAAGGTCAG---------TA---TGTTA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-ATG------TACA-ATAT-TGCT-CATGG-AAA-TGCTCC--TCATTATATG-T-GT-CA-T--AATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATtgtacatagtgtaa
gi|23 : atttttccgtaatGTAATG-G--T--A--A----TGAGGTCA------------TG---A--T-CATG--T-TAA-----------ATA-TTAGTTGTATGT------------A-----AA----------------AA--T-------------------------T-TC-T---------C-------TT--G-TGTGGA----AAT-ATTATTTTA-----AAAAT--ATCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT-------T---TGATA-TA--C------G-A----A--AA-TAC-ATCTTT--CCTA----AATATGTGGTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CT-G--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTT-GATTA-aatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|9 : --T-------------------------T-TC-T---------T-------GT--T-TGTGAA----AAT-ATTGTTT-------CAGGT--ATAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAA---TT---TT-TA-TA--C------A-GTTTTA--AA-TGC-ATCTTG--CATA----AGTATGCAGTCTATATATAG-AAAG---A-C-T--------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCT-GATTA-T---GC-AGC-TTCTTCATGATAGAT--AGTGG---CATTG--G--C-AAA--CAA-C----TTCAACATAA--ATTCGGCAAG--TTA--CAC-AAAA-TGAAG-----------------TT----------GTC--AG---AAC-A-GT--A--T---TTCTTGTGA-A-ATTTTAGGCTCTTT--AAATAGGCATAT-------A---------TA---TATTT----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AAGTT--TTT-AATATAT-T--T-CATGG-TAA-TG-ACC--TAACTACCTT-T-GT-GA-T--AATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAAagcagc
gi|10 : g--T-------------------------T-TC-T---------T-------GT--G-TGTGAA----AAC-AGTGTTT-------CAAGT--ATCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA---------A---AT---TA-T--TA--C------A-A----AGAAA-TGC-ATCTTG--CCTA----AGTATGCAGTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CT-T--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTT-GATTA-T---AC-AGT-TTCCTCGTGGTA--T--AGTAT---TATT---------------A-T--------ACATA----TT--ACAAG--TTA--CCC-CAAA-T-----------TA--TCTA--TTCTTAATCTATGTCCTAG---AACCA-TT--T--T---TTCTTGTAA-A-ATTCTAAACTCATT--G----------G-------G---------CA---TGTTA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-ATGTTTGTTTTAATATAT-T--T-CATGG-TAA-TCCACC--CAAATACCTT-T-GT-GA-T--AAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATcactagaggttctaccaaaaataattatgtcataccc
gi|12 : aaag-ATTGTCA-------ATAAT--ATCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAA---TT---TT-TA-TA--TCGTTATA-AT---A--AA-TG---TCT-----ATC----AGTGAAAAGTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GC-A--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTA-GATTA-TGAAACATGC-TGTT----AGTA--T--GAAGG----ATTA--A--C-CAA--AAA-TC---TTAAAAATAA--ACT--TCAGG--TAG--CAC-AAAA-TAAAGTAGT---CAGTTTTA--TTCTactagagttgctaccaataataattatgtc
gi|14 : catgtgtaaaatatcttggggttgttttaaataattgcctatttggggattca---TT---TA-TA-TA--C------A-G----A--AA-TGC-ATCTTG--CCGA----AGTTCGCAGTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CT-G--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTT-GATTA-T---GCGTG--TTCGACTTGGTA--T--GGTGG---CATTGATG--T-AAA--CAA-CCAACTTAAACATAC--ATT--GCAAG--TAA--CCC-AAAA-CAAAGTCGCC-A--GATTTA--TTTTAGAAATGGGTCTTAG---ATCCA-GT--A--T---TTATTGTGA-C-ATTTTAGACTCTTA--G----------G-------G---------CA---TGTTA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-ATGTT--TTT-AATACAT-T--G-CATAG-TAA-CACACC--AAATCATCTT-T-GT-GATC--AATC--GTACGCAC---TAAACAAtacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|34 : tt---TT---TT-TA-TA--C------A-G----A--AA-TGC-ATCTTG--CCTA----AG----------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CT-G--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTT-TATTA-T---GA-AGC-TCCATCTTGGAA--T--AGTTT---TATAG--G--C-AAA--TAA-A----TTGAACATAG--ATT--GTAAG--TTtactagaaaaatcattttttatac
gi|15 : TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCT-GGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTT-TATTA-----GC-TGCTTTCTTCAATGTA--T--A-TGGGTATATTG--GA-CAAAA--CAT-T----TTC-ACATAG--CTT---CAAGGTCTATCCAC-AAAA-TAAAGTGGTTCAGAGATTT------CAAATCTAGTCCCTAGATAAGCCA-GT--AATT---TCT-TGTTA-ACGTTTTTAACTCTTC--T----------TAGG----G---------TA---TGTTA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAATGCT--TTTTAATATATCT--T-CATGGCTAA-TGC-AC--AAACTAC--T-T-GTCGA-T--AATT--TTA--------TAGACAAAA---ATA
gi|13 : aa------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CT-A--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTT-GATTA-C---AC-CGC-TTCACCTTGGTA--T--AGTGG---TATTG--T--C-AAATTCAA-T----TTGAACAAAG--ATT--GCAAG--tactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|28 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttA-T----TTCAACGAAG--ATA--GCAAG--TGA--CCC-AAAAACAAAGTTGTC-A--GATTTA--TT-----TC-GGGTCATAA---AGCCA-GT--A--T---TTCTTGCTA-T-ATTCTCGGCTCTTT--A----------C-------GGTATTTGGTCG---TGTTA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAA
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGGT---CAGATTTA--TTTTATACCTAGGTCCTAG---AACC----------------GTGCGA-A-ATTTTAGACTCGTT--A----------G-------G---------CA---T
gi|18 : --ATT--ACAGG--TTC--TCC-AAAA-CAAAACAATC-A--GGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG----ACCA-CT--A--TAAAT---TGTGA-T-ATTCTGGAATCTGTGAA----------C-------A---------CACTCTGTT---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-ATGTT--TTT-AATATCT-T--C-CATAA-TAG-CTCACC--TAAATACTTG-C-AT-GA-GC-AGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|27 : aTTA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGGT--TTTTAATATAT-T--CACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTT-TTGT-GA-T--AAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---gtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-ATGTT--TTTAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|38 : TT--TTTAA-TATAT-T--T-CATGG-TAA-TGCACC--AAACTACCTT-T-GT-GA-A--AATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATta
gi|41 : ATAT-T--C--ATGG-TAA-TGCACC--AAACTACCCT-C-GT-GA-A--AATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATactagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|46 : C--AAACTACCTT-T-GT-GA-T--AAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAATactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGCTAAATAGCGTTGTCAGGGTAAACTCTAGCATCTGCACTTATTCATGCTACTCGATTTTGTTCTCTGCATGGTATCTAGGATATCTAACCTTTGCAAAAGAATTACAGGTTACTCCTACACATCAAAAAATAGGTTCATCTTCAAAATCAGGCCTCTAAAGCCAACTATAAATGTGATATTCGGAATCTGTAAACCATCTTCATGTGTTGTAATGAGTAAGACAAATTTTCGTCTTAATCTTGCATGAGCATTTGTTCGACACGTAATTTTTACTGAGGGGGTTCAAAATTTAATATCATTGTTCAGGGTGGGGCTTATAATAGTTTAATTTTTGACCGGATGTTTTACTAACCCATGCCTCATTTATTGACT
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|20 ): CTTGCAAAAGAAATGACAGGTTCAATTCTCCAAAACAAAAAAGTTCATTCAAAATCTAGGCCCTAGAACCACTACAAATTGTGACTTGTAGTAAGACAACTGCGTCCAAATCATGTCTTTTTAAATATCTTCCATTATCTCACCTAGAGATACTTGCATGAACATTTTGTTAGAAACAATAATGTTACGAGAGGGGGGTTCCAATTTTAATTTCATTGTTCCAAGGGTGGGAGCTTATAATAATTCTAATTGTTACTACCATGCCATTATGGATTGGA
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|30 ): TGATACATGTACATGTATATTGTGTGGGAAAACTCAAAGCAATGGGTGTTATCATTGTTATGTGAACTGAATGGTTTTTGTAAATCTGGCCAATAGAAAGCAAGTGGTCAGCAAAATAACGAATGTTCAGATTTTATG
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|51 ): AATAGATAACAAATTGTCACTCCATCTCGGGA
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 333 333 555555555 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 11 1 2222222 11 1 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 11 111111111111 111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 11111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 22222 3333333333333333 5555555555555555555555 11111 111 11111111
lowQualScore : 3 1 77 0 1 11 1 3 1 1 88888 111 1 777 1 0 222222222 77 1 77 0 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 1 1 1 0 0 1111 1 1 8 1 99 8 22 6 1 6666666 11 8 6 8 5 11 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 1 99 22 4 1111111 6 1 6 3 7777 5 444 0 33 88 1 6 6 6 6 44 1 6 1 0 1 55 1 77 9999 66 777777777777 55 111 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 000000000 777777 777 444 66666 33 2 2 2 3 5555555 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 3 333 111111111111111111 55 4 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 1 22222222 44 44 0 44 55555 44444 0 3 4 3 0000 6 3 3 88888 1 44 44 0000 1 77 4 888888 2 555 2 2 555 2 66 2 2 33 9999999 1 33 8888 2 1 2 8888 44 4 5 666 7777777777777777777777777 44 33 555 33 333 1 2 2 666 33333 33 44 1 3 555 3 9999999999999999 66 1 44 0000000000000000000000 666 666 44444 3 3 3 4 3 1 1 3 3 6 555 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . ..... ... . ... . . ......... .. . .. . . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . .. . .. . . ....... .. . . . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . .. . . . . . .. . .. .... .. ............ .. ... . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... ... ... ..... .. . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. . ... .................. .. . ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. . ........ .. .. . .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... . .. .. .... . .. . ...... . ... . . ... . .. . . .. ....... . .. .... . . . .... .. . . ... ......................... .. .. ... .. ... . . . ... ..... .. .. . . ... . ................ .. . .. ...................... ... ... ..... . . . . . . . . . . ... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 0 33 7 0 77 0 7 0 0 77777 777 0 777 0 7 333333333 77 0 33 7 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 0 0 0 0 2 2222 0 0 0 0 00 0 88 0 4 0000000 00 0 0 0 6 66 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 666 4 33 00 9 7 7 7 7 33 0 7 0 7 0 33 0 99 4444 11 222222222222 22 999 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 7 333333333 222222 000 444 33333 44 5 5 1 6 7777777 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 6 777 222222222222222222 55 0 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 4 88888888 66 66 2 66 55555 11111 3 1 0 1 8888 7 3 3 33333 0 66 22 8888 6 77 2 222222 9 000 9 9 000 9 88 9 9 99 3333333 4 99 6666 9 0 9 5555 22 6 1 888 2222222222222222222222222 77 22 333 22 777 0 7 7 333 33333 99 66 0 2 444 2 9999999999999999 11 0 66 9999999999999999999999 444 444 22222 6 3 3 4 3 6 8 6 6 7 888 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTTAACAG-TCATAATTTACTCTN--TTCTTA---CCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACA----CTGTCGATCATAAAATCT-TATGTGANAAA--TTAGA-GTATTTAGGAGTT-------TTATCC--ACTGAGTGG-TTTAT-GTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATNT-C-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AA-N-TG---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--A-TCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-AGTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-------CAAG--T--ATCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TTTATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CCC-AAAA-TAAAGTNG-TCA--GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--T--T--TG-TGANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTATGTACATGTACAANTCGTGGATTNTTTNGANAGATNANAACTTGNTCTNATTTCTNAAAACCAATCNGGTTTTAGAGGNNGCATGTATTTTNGTANACGTGCNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGTAAT-ACTTCAAAAGGNCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACA----CTGTNAATNATAAAATCT-TATGTGANAAA--TTAGA-GTATT-AGGAGTT-------TTATCC--ACTGAGTGG-TTT-T-GTCATATTTNTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCNCAGGGGAGCATTT--TAGGTCCNNTATTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TTAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTNTATG-CNGACGACAGTNCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATAN-C-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AA-A-TG---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--A-TNAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-AGTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-------NAAG--T--ATCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TNTATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CNC-AAAA-TAAAGTNG-TCA-AGATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--T--T--TG-CGANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTTAACAG-TCATAATTTACTCTC--TTCTTA---CCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACA----CTGTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA--TTAGA-GTTTTTAGGAGTT-------TTATCC--ACTGAGTGG-TTTAT-GTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATAA-C-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AA-A-TG---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--A-TGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-AGTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-------AAAG--T--ATCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TGTATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--TAGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGG-TTATAGATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AACCA-GTA---T--T--CTGTG-TGAAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-------CAAG--T--ATCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-ATTACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--TAG-----TATTA-------------------------TT-ATACATA----TT--ACAAG--TTA--CCC-CAAA-T--------T-----ATCTA--TTCTTAATCTATGTCCTAG---AACCA-TTT---T--T--TCTTG-TAAAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|12 : aaagGTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGTCA-------ATAA--T--ATCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TTTATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AAT---G--TC--TATC--AGTGAAAAGTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--TGAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT-AAAAATAA--ACT--TCAGG--TAG--CAC-AAAA-TAAAGTAG-TCA--GTTTTA--TTCTactagagttgctaccaataataattatgtc
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATTG-C-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GA-A-TA---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--ATTTTTGTTAT-AA---A--TTC-----------GTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT-------AAA---C--AACATACAAAAGAGTTGAAtacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--TAGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT-GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCAGTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--TGGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT-AAACATAC--ATT--GCAAG--TAA--CCC-AAAA-CAAAGTCG-CCA--GATTTA--TTTTAGAAATGGGTCTTAG---ATCCA-GTA---T--T--TATTG-TGACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-AT-AC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : tt--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--TATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT-C-ACATAG--CTT---CAAGGTCTATCCAC-AAAA-TAAAGTGGTTCAGAGATTT------CAAATCTAGTCCCTAGATAAGCCA-GTAATTT--C--T--TGTTAACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCA----CTGTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA--TTAGA-GTTTTTAGGAGTT-------TTATCC--ACTGAGTGG-TTTAT-GTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TTC--TCC-AAAA-CAAAACAA-TCA-GG-TTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---A-CCA-CTA---T--AAAT--TG-TGATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATTT-C-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AA-C-CC---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATTT-CAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-C-------A------AA-ATTG---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--A-TCAAAGCA--AA---------TG---A--TCAG-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGAATGAAAT--T--TTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTCTGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTTGTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT-TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC---TCC-AAAA-CAAAACAATTCA-TG--TCA--TTCAAAAT-TAGG-CCTAG---AGCCACATA---A--A--T--TG-TGATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TTC--TCC-AAAA-CAAA-------A-AAGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AACCA-CTA---gtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|21 : cttgcaaaagaaatg--T--ATCATAGGACAGG--TAAATTCTA--TA----TCTAAATT-TTTGTA-TAG----caaattgtgacttgtagtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|22 : gaattttccataatctacaatgtactgtcatcaaatctgtacatagtgtaaattgtcttggtctacagatagacaatatgctgacaagttaaaatacagacatgtcGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATTT-CAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AA-T-TG---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Ggcttaagaaacatttagacaccaaatgtaccagttgctatctagttccctcattcggttttatattgattatgcatgttcatattggtatgcagggcttactaacactctgaagaacaaagtatc
gi|23 : GTAATG-G--T--A--A-TGAGGTCA-------------TG---A--T-CATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-------TAAAAAT--ATCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GATATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTGGTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAAC--AATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GA-A-TG---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAGAA---CC--ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--A-TGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT-CAACGAAG--ATA--GCAAG--TGA--CCC-AAAAACAAAGTTG-TCA--GATTTA--TT-----TC-GGGTCATAA---AGCCA-GTA---T--T--TCTTG-CTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AA-T-TG---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--A-TCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-AGGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----------CATG--T--ATCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CCTGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTTGTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTGCAAAAGAA--ATT--ACATG--TTC--TCC-AAAA-CA---------------TCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-CTA---TAAA--T--TG-TGATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ATAT-TGTGTGGGAAAACTCAAA-GCAAT-GGGTGTTATCATTGTTATGTGAACTGAATGG-TTT-TTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtAA-C-------A------AG-C-TT---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--A-TCAAATC----T---G--TAC-----A--T-AGTG---------T-AAg
gi|32 : t-C-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GA-A-TG---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TTTATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG----------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--TAGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT-GAACATAG--ATT--GTAAG--TTggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AA-T-TG---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AA-A-TG---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAA-A-TG---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--A-TCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-AGTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---------CATG--TCTATTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TTTGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-----TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T-GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT-AAAAACAA--ACT--ACCAG--TCA--CCC-AAAA-TAAAGTAG-TCA--GATTTG--TTTTAGATCTTGGACAAAG---AGCAA-GTG---T--T---------GACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G-T---AC---AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGG-TC--AGATTTA--TTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG----------------TG-CGAAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AA-A-TGATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGA-TTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-AGTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-------CAAG--T--ATCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGATT-T-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCGGTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC-CAACATAG--ATT--GCAAG--TTA--CAC-AAAA-TAAAGTGG-TC--AGATTTATTTTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG----------------TG-CGAAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|51 : TAG-ATAA-C-------A------AA-T-TG---TCA----CTCCA--T-CT-CGG
gi|6 : aaGAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATA----CTGTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAAC-TCAAA-GCAAT-GGGTGTT-------ATGTCA--ACGGAATGG-TTT-T-GTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATAT-C-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AA-C-TT---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--A-TC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-AGTG---------T-AAA---ga
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTGGACAG-TAATAATTTGCTTTA--TTCTTA---CCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA--TTAGAGGTATT-ATGAGTT-------TTATCC--ACTGGGTGGTTTT-T-GTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGA-AG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--A-TGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-AGTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-------CAGG--T--ATCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TTAGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCAATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--TAACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATG--GCAAG--TTA--AACAAAAA-TTAAGTTG-TCA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-------CAGG--T--ATAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TTTATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCAGTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGATAGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAA--ATTCGGCAAG--TTA--CAC-AAAA-TGAAGTTG-TC----------------------------AG---AAC-A-GTA---T--T--TCTTG-TGAAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGCTAAATAGCGTTGTCAGGGTAAACTCTAGCATCTGCACTTATTCATGCTACTCGATTTTGTTCTCTGCATGGTATCTAGGATATCTAACCTTTGCAAAAGAATTACAGGTTACTCCTACACATCAAAAAATAGGTTCATCTTCAAAATCAGGCCTCTAAAGCCAACTATAAATGTGATATTCGGAATCTGTAAACCATCTTCATGTGTTGTAATGAGTAAGACAAATTTTCGTCTTAATCTTGCATGAGCATTTGTTCGACACGTAATTTTTACTGAGGGGGTTCAAAATTTAATATCATTGTTCAGGGTGGGGCTTATAATAGTTTAATTTTTGACCGGATGTTTTACTAACCCATGCCTCATTTATTGACT
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 111111 1 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 4444444444444444 5555555555555555555555 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 1 0 222222 1 5 22 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 222222222 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 5555555 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 777 222222222222222222 55 4 99999 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 555 55555 55 000000 55 88888 44444 1 3 3 3 1111 6 3 3 88888 44 44 0000 1 77 4 888888 2 555 2 2 555 2 66 2 2 33 9999999 1 33 8888 2 1 2 8888 44 4 5 666 7777777777777777777777777 44 33 555 33 22 33 2 666 33 2 3 33 44 3 555 3 0000000000000000 3 44 1 44 0000000000000000000000 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . ...... . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. ... .................. .. . ..... ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. ... ..... .. ...... .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .. . ...... . ... . . ... . .. . . .. ....... . .. .... . . . .... .. . . ... ......................... .. .. ... .. .. .. . ... .. . . .. .. . ... . ................ . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 0 0 888888 2 6 00 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 7 888888888 222222 0 5 444 33333 44 5 5 1 6 7777777 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 555 444444444444444444 55 0 11111 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 666 88888 00 555555 00 99999 99999 2 3 3 3 7777 7 3 3 33333 66 22 8888 6 77 2 222222 9 000 9 9 000 9 88 9 9 99 3333333 4 99 6666 9 0 9 5555 22 6 1 888 2222222222222222222222222 77 22 333 22 66 77 7 333 77 7 7 99 00 2 444 8 4444444444444444 1 22 0 66 9999999999999999999999 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAG-TNTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--N--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGANAAA-TTAGAG-TATTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--T--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAG-TTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--TAGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AACCA-GTA---T--T--CTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--TAG-----TATTA-------------------------TT-ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--CCAAA-T--------T------ATCTA--TTCTTAATCTATGTCCTAG---AACCA-TTT---T--T--TCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|12 : aaag-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGT---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAAGTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--TGAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT-AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--TTCTactagagttgctaccaataataattatgtc
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--AT-----------------TTTTGTT-A--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAtacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--TAGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT-GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCAGTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--TGGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT-AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--CAAAA-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--TTTTAGAAATGGGTCTTAG---ATCCA-GTA---T--TTAT--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--TATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT-C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCACAAAA-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--TTTCAAATCTAGTCCCTAGATAAGCCA-GTAATTT--C--T--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAG-TTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--CAAAA-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---A-CCA-CTA---TAAA--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTTGTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT-TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--CAAAA-CAAAACAATT--CATG--TCA--TTCAAAAT-TAGG-CCTAG---AGCCACATA---A--A--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--CAAAA-CAAAA--------A-AGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AACCA-CTA---CAAA--T--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|22 : cttgcaaaagaaatgGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Gtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTGGTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAGAA---CC--ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT-CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--CAAAAACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--TT-----TC-GGGTCATAA---AGCCA-GTA---T--T--T--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTTGTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTGCAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--CAAAA-CA----------------TCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-CTA---TAAA--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----T---G--TAC-----A--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG----------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--TAGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT-GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-----TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T-GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT-AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--TTTTAGATCTTGGACAAAG---AGCAA-GTG---T-----------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--TTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCGGTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTTTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|51 : TAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGG
gi|6 : aaGAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CA-ATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---ga
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATT-ATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCAATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--TAACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--AAAAA-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCAGTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGATAGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--CAAAA-TGAAGTTG-T--CA-G------------AA------------------CA-GTA---T--T--TCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGCTAAATAGCGTTGTCAGGGTAAACTCTAGCATCTGCACTTATTCATGCTACTCGATTTTGTTCTCTGCATGGTATCTAGGATATCTAACCTTTGCAAAAGAATTACAGGTTACTCCTACACATCAAAAAATAGGTTCATCTTCAAAATCAGGCCTCTAAAGCCAACTATAAATGTGATATTCGGAATCTGTAAACCATCTTCATGTGTTGTAATGAGTAAGACAAATTTTCGTCTTAATCTTGCATGAGCATTTGTTCGACACGTAATTTTTACTGAGGGGGTTCAAAATTTAATATCATTGTTCAGGGTGGGGCTTATAATAGTTTAATTTTTGACCGGATGTTTTACTAACCCATGCCTCATTTATTGACT
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 111 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 44444444444444444 4444444444444444444444 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 0 0 111 8 5 22 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 444444444 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 2 2222222 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 777 222222222222222222 55 4 99999 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 555 55555 55 000000 55 88888 44444 1 3 3 3 1111 6 3 3 88888 44 33 0000 4 9999 88888888 2 444 2 2 444 2 1 7777 2 33 8888888 0 2 33 7777 2 22 2 8888 33 99999 555 8888888888888888888888888 777 0 444 555 33 2 33 33 2 2 6666 333 2 3 33 33 44 3 2 555 2 11111111111111111 2 33 1 44 9999999999999999999999 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . ... . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. ... .................. .. . ..... ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. ... ..... .. ...... .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .... ........ . ... . . ... . . .... . .. ....... . . .. .... . .. . .... .. ..... ... ......................... ... . ... ... .. . .. .. . . .... ... . . .. .. .. . . ... . ................. . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 2 0 555 8 6 00 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 9 333333333 777777 0 7 777 77777 77 7 7 1 6 4 2222222 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 555 444444444444444444 55 0 11111 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 666 88888 00 555555 00 99999 99999 2 3 3 3 7777 7 3 3 33333 22 99 0000 4 6666 22222222 7 777 7 7 777 7 7 9999 7 77 7777777 7 5 77 3333 7 11 7 4444 99 22222 777 8888888888888888888888888 444 2 222 333 11 4 44 44 5 5 9999 888 5 9 77 77 22 4 9 000 9 66666666666666666 9 99 0 22 3333333333333333333333 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCNAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--N--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTNTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCTAAATCTAGGTC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--N--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--T--TCTAAATCTAGGTC-CTAG---AACCA-G-TA---T--T--CTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--T--AG-----TATTA-------------------------TT--ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--C--CAA-A-T--------T------ATCTA--T--TCTTAATCTATGTC-CTAG---AACCA-T-TT---T--T--TCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|11 : aaagTG--GC--TA----AATA-GCGTTGTCAG------G-GTAA---A-C-T---C-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--A-T-G--CTACTC-GATTT-TGTT---CTCTGCA---TGGTA--TCTAG-GA--TAT-------C-TA-A--C------C----TTTGCAAAAGA---ATT--ACAGG--TT-ACT--CCTACACA-TCAAAAAA-T---A-GGTTCA--TCTTCAAAATC-AGGCCTCTAA---AGCCA-ACTA---T--A--AA-TG-TG--ATATTC-GGAATCT--GT--A-actagagttgctaccaataataattatgtc
gi|12 : c-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGT---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAA--GTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--T--GAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT--AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--T--TCTaaccatcttcatgtgttgtaatgagtaagacaaattttcgtcttaatcttgcatgagcatttgttcgacacgtaatttttactgagggggttcaaaatttaatatcattgttcagggtggggcttataatagtttaatttttgaccggatgttttactaacccatgcctcatttattgact
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--AT-----------------TTTTGTT-A--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAtacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT--GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCA--GTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--T--GGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT--AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--C--AAA-A-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--T--TTTAGAAATGGGTC-TTAG---ATCCA-G-TATT-T--A--T--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--T--ATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT--C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCAC--AAA-A-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--T--TTCAAATCTAGTCC-CTAGATAAGCCA-G-TAATTT--C--T--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--C--AAA-A-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---A-CCA-C-TA---T--AAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTT--GTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT--TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--C--AAA-A-CAAAACAATT--CATG--TCA--T--TCAAAAT-TAGG-C-CTAG---AGCCACA-TA---A--A--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--C--AAA-A-CAAAA--------A-AGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AACCA-C-TA---CAAA--T--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|22 : cttgcaaaagaaatgGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Gtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTG--GTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAG-A---ACC-ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT--CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--C--AAA-AACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--T--T-----TC-GGGTC-ATAA---AGCCA-G-TA---T--T--T--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTT--GTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTG-CAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--C--AAA-A-CA----------------TCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-C-TA---TAAA--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----T---G--TAC-----A--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG------------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--T--AGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT--GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-------TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T---GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT--AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--T--TTTAGATCTTGGAC-AAAG---AGCAA-G-TG---T-----------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--T--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG-----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCG--GTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTT--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG-----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|6 : GAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAGCA-ATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCA--ATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--T--AACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--A--AAA-A-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCA--GTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGAT--AGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TGAAGTTG-T--CA-G--------------AA-------------------CA-G-TA---T--T--TCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|51 ): AATAGATAACAAATTGTCACTCCATCTCGGGA
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 44444444444444444 4444444444444444444444 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 0 0 9 4 8 5 22 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 222222222 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 5555555 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 777 222222222222222222 55 4 99999 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 555 55555 55 000000 55 88888 44444 1 3 3 3 1111 6 3 3 88888 44 33 0000 4 9999 88888888 2 444 2 2 444 2 1 7777 2 33 8888888 0 2 33 7777 2 22 2 8888 33 99999 555 8888888888888888888888888 777 0 444 555 33 2 33 33 2 2 6666 333 2 3 33 33 33 4 2 555 2 11111111111111111 2 33 1 44 9999999999999999999999 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. ... .................. .. . ..... ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. ... ..... .. ...... .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .... ........ . ... . . ... . . .... . .. ....... . . .. .... . .. . .... .. ..... ... ......................... ... . ... ... .. . .. .. . . .... ... . . .. .. .. . . ... . ................. . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 2 0 2 0 8 6 00 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 7 888888888 222222 0 5 444 33333 44 5 5 1 6 7777777 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 555 444444444444444444 55 0 11111 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 666 88888 00 555555 00 99999 99999 2 3 3 3 7777 7 3 3 33333 22 99 0000 4 6666 22222222 7 777 7 7 777 7 7 9999 7 77 7777777 7 5 77 3333 7 11 7 4444 99 22222 777 8888888888888888888888888 444 2 222 333 11 4 44 44 5 5 9999 888 5 9 77 77 33 0 9 000 9 66666666666666666 9 99 0 22 3333333333333333333333 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCNAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--N--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCNAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--N--T--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--T--TCTAAATCTAGGTC-CTAG---AACCA-G-TA---T--T--CTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--T--AG-----TATTA-------------------------TT--ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--C--CAA-A-T--------T------ATCTA--T--TCTTAATCTATGTC-CTAG---AACCA-T-TT---T--T--TCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|11 : aaagTG--GC--TA----AATA-GCGTTGTCAG------G-GTAA---A-C-T---C-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--A-T-G--CTACTC-GATTT-TGTT---CTCTGCA---TGGTA--TCTAG-GA--TAT-------C-TA-A--C------C----TTTGCAAAAGA---ATT--ACAGG--TT-ACT--CCTACACA-TCAAAAAA-T---A-GGTTCA--TCTTCAAAATC-AGGCCTCTAA---AGCCA-ACTA---T--A--AA-TG-TG--ATATTC-GGAATCT--GT--A-actagagttgctaccaataataattatgtc
gi|12 : c-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGT---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAA--GTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--T--GAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT--AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--T--TCaaccatcttcatgtgttgtaatgagtaagacaaattttcgtcttaatcttgcatgagcatttgttcgacacgtaatttttactgagggggttcaaaatttaatatcattgttcagggtggggcttataatagtttaatttttgaccggatgttttactaacccatgcctcatttattgact
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--AT-----------------TTTTGTT-A--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAttacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT--GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCA--GTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--T--GGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT--AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--C--AAA-A-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--T--TTTAGAAATGGGTC-TTAG---ATCCA-G-TATT-T--A--T--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--T--ATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT--C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCAC--AAA-A-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--T--TTCAAATCTAGTCC-CTAGATAAGCCA-G-TAATTT--C--T--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--C--AAA-A-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---A-CCA-C-TA---T--AAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTT--GTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT--TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--C--AAA-A-CAAAACAATT--CATG--TCA--T--TCAAAAT-TAGG-C-CTAG---AGCCACA-TA---A--A--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--C--AAA-A-CAAAA--------A-AGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AACCA-C-TA---CAAA--T--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|22 : cttgcaaaagaaatgGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Gtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTG--GTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAGAA---CC--ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT--CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--C--AAA-AACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--T--T-----TC-GGGTC-ATAA---AGCCA-G-TA---T--T--T--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTT--GTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTG-CAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--C--AAA-A-CA----------------TCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-C-TA---TAAA--T--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----T---G--TAC-----A--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG------------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--T--AGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT--GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-------TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T---GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT--AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--T--TTTAGATCTTGGAC-AAAG---AGCAA-G-TG---T-----------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--T--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG-----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCG--GTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTT--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG-----------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|51 : TAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGG
gi|6 : aaGAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CAATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---ga
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCA--ATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--T--AACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--A--AAA-A-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCA--GTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGAT--AGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TGAAGTTG-T--CA-G--------------AA-------------------CA-G-TA---T--T--TCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 33333333333333 5555555555555555555555 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 0 0 9 1 8 5 22 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 444444444 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 2 2222222 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 777 222222222222222222 55 4 99999 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 555 55555 55 000000 55 88888 44444 1 3 3 3 1111 6 3 3 88888 44 44 0000 1 77 4 888888 2 555 2 2 555 2 66 2 2 33 9999999 1 33 8888 2 1 2 8888 44 4 5 666 7777777777777777777777777 44 33 555 33 22 33 2 666 33 2 3 33 44 5 555 3 88888888888888 3 44 1 44 0000000000000000000000 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. ... .................. .. . ..... ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. ... ..... .. ...... .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .. . ...... . ... . . ... . .. . . .. ....... . .. .... . . . .... .. . . ... ......................... .. .. ... .. .. .. . ... .. . . .. .. . ... . .............. . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 2 0 2 0 8 6 00 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 9 333333333 777777 0 7 777 77777 77 7 7 1 6 4 2222222 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 555 444444444444444444 55 0 11111 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 666 88888 00 555555 00 99999 99999 2 3 3 3 7777 7 3 3 33333 66 22 8888 6 77 2 222222 9 000 9 9 000 9 88 9 9 99 3333333 4 99 6666 9 0 9 5555 22 6 1 888 2222222222222222222222222 77 22 333 22 66 77 7 333 77 7 7 99 22 1 444 8 99999999999999 1 22 0 66 9999999999999999999999 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--TAGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AACCA-GTA---T--TCTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--TAG-----TATTA-------------------------TT-ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--CCAAA-T--------T------ATCTA--TTCTTAATCTATGTCCTAG---AACCA-TTT---T--TTCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|12 : aaag-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGT---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAAGTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--TGAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT-AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--TTCactagagttgctaccaataataattatgtc
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--AT-----------------TTTTGTT-A--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAttacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--TAGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT-GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCAGTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--TGGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT-AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--CAAAA-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--TTTTAGAAATGGGTCTTAG---ATCCA-GTATT-T--AT--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--TATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT-C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCACAAAA-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--TTTCAAATCTAGTCCCTAGATAAGCCA-GTAATTT--CT--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--CAAAA-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---A-CCA-CTA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTTGTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT-TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--CAAAA-CAAAACAATT--CATG--TCA--TTCAAAAT-TAGG-CCTAG---AGCCACATA---A--AT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--CAAAA-CAAAA--------A-AGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AACCA-CTA---CAAAT--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|22 : cttgcaaaagaaatgGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Gtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTGGTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAG-A---ACC-ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT-CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--CAAAAACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--TT-----TC-GGGTCATAA---AGCCA-GTA---T--TT--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTTGTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTGCAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--CAAAA-CA----------------TCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-CTA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----T---G--TAC-----A--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG----------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--TAGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT-GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-----TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T-GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT-AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--TTTTAGATCTTGGACAAAG---AGCAA-GTG---T---------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--TTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG--------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCGGTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTTTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG--------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|6 : GAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CAATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCAATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--TAACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--AAAAA-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCAGTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGATAGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--CAAAA-TGAAGTTG-T--CA-G------------AA------------------CA-GTA---T--TTCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
15 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGCTAAATAGCGTTGTCAGGGTAAACTCTAGCATCTGCACTTATTCATGCTACTCGATTTTGTTCTCTGCATGGTATCTAGGATATCTAACCTTTGCAAAAGAATTACAGGTTACTCCTACACATCAAAAAATAGGTTCATCTTCAAAATCAGGCCTCTAAAGCCAACTATAAATGTGATATTCGGAATCTGTAAACCATCTTCATGTGTTGTAATGAGTAAGACAAATTTTCGTCTTAATCTTGCATGAGCATTTGTTCGACACGTAATTTTTACTGAGGGGGTTCAAAATTTAATATCATTGTTCAGGGTGGGGCTTATAATAGTTTAATTTTTGACCGGATGTTTTACTAACCCATGCCTCATTTATTGACT
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|51 ): AATAGATAACAAATTGTCACTCCATCTCGGGA
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 444444444444444 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 444444444444444444 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111 1111 111111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 33333333333333 5555555555555555555555 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 0 0 9 1 8 5 22 1 0 333333333333333 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 444444444 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 2 2222222 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 777777777777777777777777777 000000000000 3 55 33 55 777 222222222222222222 55 4 99999 888888888 44 777 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 44444444444444444444444 1111 88 555 55555 55 000000 55 88888 44444 1 3 3 3 1111 6 3 3 88888 44 44 0000 1 77 4 888888 2 555 2 2 555 2 66 2 2 33 9999999 1 33 8888 2 1 2 8888 44 4 5 666 7777777777777777777777777 44 33 555 33 22 33 2 666 33 2 3 33 44 3 555 3 88888888888888 3 44 1 44 0000000000000000000000 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .. . . ............... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ . .. .. .. ... .................. .. . ..... ......... .. ... . . ..................................................................................... . . ....................... .... .. ... ..... .. ...... .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .. . ...... . ... . . ... . .. . . .. ....... . .. .... . . . .... .. . . ... ......................... .. .. ... .. .. .. . ... .. . . .. .. . ... . .............. . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 2 0 2 0 8 6 00 4 6 222222222222222 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 9 333333333 777777 0 7 777 77777 77 7 7 1 6 4 2222222 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 666666666666666666666666666 999999999999 6 00 66 00 555 444444444444444444 55 0 11111 222222222 66 000 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 66666666666666666666666 4444 66 666 88888 00 555555 00 99999 99999 2 3 3 3 7777 7 3 3 33333 66 22 8888 6 77 2 222222 9 000 9 9 000 9 88 9 9 99 3333333 4 99 6666 9 0 9 5555 22 6 1 888 2222222222222222222222222 77 22 333 22 66 77 7 333 77 7 7 99 22 2 444 8 99999999999999 1 22 0 66 9999999999999999999999 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---G-T-TTATG----TCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAG--G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--TAGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--TTCTAAATCTAGGTCCTAG---AACCA-GTA---T--TCTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------G-TGTGAA----AAC--AGTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCAGTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--TAG-----TATTA-------------------------TT-ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--CCAAA-T--------T------ATCTA--TTCTTAATCTATGTCCTAG---AACCA-TTT---T--TTCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|12 : aaag-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C----T-------AT-------T-TG-GGG----ATTCAATTGT---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAAGTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--TGAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT-AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--TTCactagagttgctaccaataataattatgtc
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--AT-----------------TTTTGTT-A--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-CGTGAA----AAT--ATTAAAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAttacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--TAGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT-GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCAGTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--TGGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT-AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--CAAAA-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--TTTTAGAAATGGGTCTTAG---ATCCA-GTATT-T--AT--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCAGTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--TATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT-C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCACAAAA-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--TTTCAAATCTAGTCCCTAGATAAGCCA-GTAATTT--CT--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTT-T-AT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--CAAAA-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---A-CCA-CTA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T----TAGAACAGGT-------T-TCTGAAATGTAAT--CTCGTTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTTGTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT-TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--CAAAA-CAAAACAATT--CATG--TCA--TTCAAAAT-TAGG-CCTAG---AGCCACATA---A--AT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--CAAAA-CAAAA--------A-AGTTCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AACCA-CTA---CAAAT--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|22 : cttgcaaaagaaatgGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Gtaagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T----C-------TT-------G-TGTGGA----AAT--ATTATTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTGGTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAG-A---ACC-ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA---G--
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---
gi|28 : A----T----TT-CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--CAAAAACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--TT-----TC-GGGTCATAA---AGCCA-GTA---T--TT--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG---------TG---ACTT-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAAT-------GTAATGTCAT-TGTGAAT---GAG--ATTA----CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTTGTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T-GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTGCAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--CAAAA-CA----------------TCA--TTCAAAATCTAGGCCCTAG---AGCCA-CTA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAAA---GCAA---G------TG---GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----T---G--TAC-----A--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG----------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--TAGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT-GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-------TCTGTACA--T-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C----T-------GT-------CAGGTGAA----GAT--ATAGT---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-----TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T-GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT-AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--CAAAA-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--TTTTAGATCTTGGACAAAG---AGCAA-GTG---T---------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--TTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG--------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGG--TTCTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATAGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCGGTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--CAAAA-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTTTTTATACCTAGGTCCTAG---AACCG--------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|6 : GAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CAATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------------ATG---GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-------TCTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACG-TGT-ATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AA---GGTTTCTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AATT-ATTGTTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCAATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--TAACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--AAAAA-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCAGTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGATAGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--CAAAA-TGAAGTTG-T--CA-G------------AA------------------CA-GTA---T--TTCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
blockSeqs : A A T TAT AAA TG CATGTA AG T AATTTATTTACTT CT G G T C C T C CGCT G G C T T A T AT T TACGTGTATACAT AAAATA T G T AG C ATTGTAA C TA TC T CTCGGTA T C C A GGAC T CTT TT CA T A T A G G C CA T TC CCAG AA TGAAGTCA TT AC A T TA TTGTC C GA A TAC AC T ATAAA AT A CGGATCAT TTTTTA A A ATC TAGAG AA G C C A A TGTAAG AA C TA T CCTGG A TATC G TA GT AG GAAGGTCATTTTTGAAGTC GTGTTCATA T AG AC CG CAA TGAACGGGTTCTG CT C AATTC GTGAATATG CC TGT C C TAGGTATATATATATACACAAGTAGATAAGT A A GAAATGTAATGTCAT ATGT CA TTG TAA CT AAATTT GT CTATA TAGAC A C A G TTTT T C G AGAAA GA AT TAAA T CA T TATATA C TCA C T ACA G CA A G GC AGCTATT A TA GAA T A T GACT GA A A TAT ATGTAAACAACCAAC GC AA CGG GT AA CA A GGT . T A TT CT T ATA A GTAATTTCT T CT A TC ACGGTATTTGGT CTC ATA GTGTA T T C CC G A C A G TTTG . C A C A CAA T GC C AGC TG CTCTTG CTC
blockSeqs : . . A . AT . TG A CGTATCTG . . G . C A A . . A . . G A T T GG A GTTTAT AT T G T TT . . . . AA A . . G . A GAT A TA TA TT A . . . G A . TC A . . . GGAACGT T T A A A . . A G AG A C ACCA T . CA . C . . T . . . G A A ATGT . T A T . . A . . TC . GTACCAAGAATTTTCC TCTACA . . AC . GAG AAGGTTTCTG . . . G A . . . TAGGTATATGTATATAGATACG . . TAGAACAGGTT T T TT AAA . . . AAA T T . . . TT C . . . . . TC A AA G . . . . . . . T . . . . G . CT . A . G . G T T ACTAAGAAGACTC A . A . A . . AAT . . T . TT T . T TTTTTTCT . . C . GAACACACTGG . . TTTA . . . CC . A C . . CT . . . . . C . T . TC G CGCAC .
blockSeqs : A GTTT . . . . . A A . . C . . . A T G GG A GTG AT C A T GA . . . . AT A . . C . A GAC A CT TA TG T . . . G . . TA T . . . AAT C T . T A . . . T AA A C TGAT A . AT . T . . C . . . G T A ATGT . C T . . . A . . T . ATATCACTTAGTTTT CTTCAG . . A . GCG AATCTGTAC . . . . T . . . TGGGGTTGTTTTAAATAA . . TGTCA . . AT G . . . AAA T T . . . . . . . . . . . C CA G . . . . . . . . . . . . A . TG . C . T . A T T TCAAATTCAAT A . T . G . . AG . . A . TC C . G GTATTTAT . . C . ACAAGGTCAG . . A . . . TA . A C . . TT . . . . . A . T . GC . TAC .
blockSeqs : T . . CT G ATG A C A . TG . . . . GA A . . T . C G A TT TT TG T . . . . . . TT G . . . AAG C T . G T . . . C AG T C CGAT A . A . T . . A . . . A T A ACC . T T . . . A . . T . GAAGTTCAAGTGTT TACT . . . . CAA AATCTGCAC . . . . T . . . TTGGTCTACAGATAGACA . . TGTG . . TT A . . . CTA T A . . . . . . . . . . . T CA T . . . . . . . . . . . . G . G . G . T . G G C GACAAAACATT G . G . A . . CG . . A . CA C . G CTATAAAT . . T . AAATAGG . . T . . . CC . T T . . T . . . . . A . T . T . TCT .
blockSeqs : A G . . AT . . TC T . . . . . . A G T TC A . . . . . . T T . . . AAG A T . G T . . . T AC T C TCCA A . C . A . . A . . . A A A AGC . A C . . . A . . T . ACAAAGATTTTTCC TTCT . . . . CAA TTTTGTT . . . . C . . . AGTTGTATGTAAAAA . . TATT . . TT A . . . CTA T A . . . . . . . . . . . T TT G . . . . . . . . . . . . G . T . T . A . A C G ACCAAAAATC A . G . A . . AA . . G . CA C . A CTACAAAT . . T . GAACA . . A . . . CT . A T . . T . . . . . T . C . T . TAC .
blockSeqs : . . . . . A G . . . AGT C A . G A . . . C AG T C TGAT T . C . T . . T . . . C T A ACC . G A . . . A . . G . TAACCAGTTTT TTCA . . . . TAA TGTAC . . . . A . . . TATAGATAGAA . . CTTG . . TT G . . . CTA C T . . . . . . . . . . . G TG A . . . . . . . . . . . . A . G . T . A . A C G ACAAGGAAAC C . A . C . . TG . . G . CA T . G CTATAAAT . . C . GAACA . . A . . . TA . A T . . T . . . . . T . T . T . TAC .
blockSeqs : . . GAG A . G T . . . A GG A C TTAA A . T . C . . A . . . C T A TGT . G T . . . A . . T . TTAAAGTTTG TT . . . . GAA AATG . . . . A . . . TAGGGTCA . . CTTG . . TT G . . . CA C T . . . . . . . . . . . T TT T . . . . . . . . . . . . T . G . A . A . A T T ATCTAAACC T . A . C . . AG . . A . CA C . G GTATTTCT . . T . AGGG . . A . . . TT . T T . . T . . . . . T . C . G . TAC .
blockSeqs : . . . A . . . G TA A C TTCA T . C . A . . A . . . C G A TGT . A A . . . A . . T . GTTAGTTTT T . . . . CA AGTG . . . . T . . . GACAGG . . TGTT . . . G . . . TT . T . . . . . . . . . . . T CG T . . . . . . . . . . . . A . G . T . T . A C G TCTAAACCC C . G . A . . GG . . A . TT A . G CATAAAT . . T . GGG . . T . . . GT . T C . . T . . . . . A . T . A . TAC .
blockSeqs : . T . . . A AC A C ATTG C . C . T . . T . . . C T A ATC . A A . . . A . . T . . . . . C TG . . . . A . . . TGTT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T CA T . . . . . . . . . . . . T . G . A . G . A T T GCAAATAAA G . A . C . . GG . . A . TT T . A GTATTT . . C . GGG . . . . . . CC . A C . . T . . . . . T . T . T . TC .
blockSeqs : A . . . A AC A T TTTG T . T . A . . C . . . T A A ACC . A A . . . A . . G . . . . . . . . T . . TGTT . . . G . . . . . . . . . . . . . . T CA T . . . . . . . . . . . . A . G . C . G . . C T ACAAACAAC A . G . A . . TG . . A . TT T . A GTGT . . A . AGG . . . . . . T . A . . . T . . . . . A . C . A . GA .
blockSeqs : T . . . T TT A . ACTG T . C . A . . T . . . T C . ACG . A A . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G . A . A . . T C GCAAACAAC C . A . A . . TG . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . T . T . T .
blockSeqs : A . . . G AC A . . A . T . A . . A . . . C T . CA . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . A . . . . . C . G . A . . . . . . . . . . . . . . A T . T . T . .
blockSeqs : G . . . T . C . C . . A . . . C A . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . C . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : GTG************ AT**** AATCTGT*********** **
originalCons : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---G-T-T-ATG---GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA---G--TTCTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
finalCons : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAAGTG------------GTCAACAT----ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCAAATCTGT-----------A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T----T-------GT-------T-TGTGAA----AAT--ATTGTTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCGGTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--TAGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT-CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--CAAAA-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--TTCNAAATCTAGGTCCTAG---AGCCA-GTA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
15 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGGCTAAATAGCGTTGTCAGGGTAAACTCTAGCATCTGCACTTATTCATGCTACTCGATTTTGTTCTCTGCATGGTATCTAGGATATCTAACCTTTGCAAAAGAATTACAGGTTACTCCTACACATCAAAAAATAGGTTCATCTTCAAAATCAGGCCTCTAAAGCCAACTATAAATGTGATATTCGGAATCTGTAAACCATCTTCATGTGTTGTAATGAGTAAGACAAATTTTCGTCTTAATCTTGCATGAGCATTTGTTCGACACGTAATTTTTACTGAGGGGGTTCAAAATTTAATATCATTGTTCAGGGTGGGGCTTATAATAGTTTAATTTTTGACCGGATGTTTTACTAACCCATGCCTCATTTATTGACT
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTCCATAATCTACAATGTACTGTCATCAAATCTGTACATAGTGTAAATTGTCTTGGTCTACAGATAGACAATATGCTGACAAGTTAAAATACAGACATGTCTATCATAGGACAGGTAAATTCTATATCTAAATTTTTGTATAGGCTTAAGAAACATTTAGACACCAAATGTACCAGTTGCTATCTAGTTCCCTCATTCGGTTTTATATTGATTATGCATGTTCATATTGGTATGCAGGGCTTACTAACACTCTGAAGAACAAAGTATC
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|51 ): AATAGATAACAAATTGTCACTCCATCTCGGGA
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 444444 11 888888888888888888888 11 1 1 1 2222 1 1 111 55555555555 222222 2222222 2222222 111 1 111111111111 1 33333333 111111111 2222222 444444444444444444444444444 222222222222 11 4444444444444444444 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11111 1111 1111 1111111111111111111111111 444444444444444 4444444444444444444444 11111 111 11111111
lowQualScore : 1 3 7 999 333 22 000000 00 1 777777777777777777777 33 0 2 0 2 0 1 1 0 0 1111 6 0 0 0 0 9 1 8 5 22 1 11 444 44444444444 444444 2 3 7 22 6 0 6666666 8 99 22 1 1111111 6 1 6 3 7777 5 222 0 33 88 1 6 6 6 6 3 6 0 0 55 1 77 9999 66 777777777777 55 66 0 6 44 77777 3 0 77 1 333 22 2 22222222 33 2 444444444 777777 1 2 444 66666 33 2 2 2 3 2 2222222 33 1 33 5 77777 2 4444 2 33 333 55 999999999999999999999999999 222222222222 7777 22 44 333 8888888888888888888 55 3 88888 666666666 44 666 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 77 999999999999999 44 999999 0 44 55555 44444 0 3 3 3 0000 6 3 3 88888 44 33 0000 4 9999 88888888 2 444 2 2 444 2 1 7777 2 33 8888888 0 2 33 7777 2 22 2 8888 33 99999 555 8888888888888888888888888 777 0 444 555 33 2 33 33 2 2 6666 333 2 3 33 33 33 3 2 555 2 111111111111111 2 33 1 44 9999999999999999999999 666 666 44444 3 3 3 33 3 1 1 3 3 77777 3 3 3 3 3 0 555 0 3 44 3 111 77 11111111 555
lowQualScore : . . . ... ... .. ...... .. . ..................... .. . . . . . . . . . .... . . . . . . . . . .. . .. ... ........... ...... . . . .. . . ....... . .. .. . ....... . . . . .... . ... . .. .. . . . . . . . . . .. . .. .... .. ............ .. .. . . .. ..... . . .. . ... .. . ........ .. . ......... ...... . . ... ..... .. . . . . . ....... .. . .. . ..... . .... . .. ... .. ........................... ............ .... .. .. ... ................... .. . ..... ......... .. ... . . .................................................................................................................................. .... .. ............... .. ...... . .. ..... ..... . . . . .... . . . ..... .. .. .... . .... ........ . ... . . ... . . .... . .. ....... . . .. .... . .. . .... .. ..... ... ......................... ... . ... ... .. . .. .. . . .... ... . . .. .. .. . . ... . ............... . .. . .. ...................... ... ... ..... . . . .. . . . . . ..... . . . . . . ... . . .. . ... .. ........ ...
lowQualScore : 0 3 3 333 333 00 000000 33 0 222222222222222222222 88 0 5 0 5 2 0 0 0 2 2222 5 2 0 2 0 2 0 8 6 00 4 44 000 00000000000 888888 2 7 3 00 7 8 0000000 0 22 00 0 7777777 7 0 7 2 7777 4 333 4 33 00 9 7 7 7 7 3 7 7 7 33 0 99 4444 11 222222222222 22 77 0 6 11 77777 1 8 33 0 111 99 4 22222222 99 9 333333333 777777 0 7 777 77777 77 7 7 1 6 4 2222222 99 4 00 7 11111 9 8888 9 99 444 00 222222222222222222222222222 111111111111 6666 55 66 888 2222222222222222222 00 6 33333 777777777 33 444 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 99 111111111111111 66 666666 2 66 55555 11111 3 1 1 1 8888 7 3 3 33333 22 99 0000 4 6666 22222222 7 777 7 7 777 7 7 9999 7 77 7777777 7 5 77 3333 7 11 7 4444 99 22222 777 8888888888888888888888888 444 2 222 333 11 4 44 44 5 5 9999 888 5 9 77 77 33 4 9 000 9 666666666666666 9 99 0 22 3333333333333333333333 444 444 22222 6 3 3 99 3 6 8 6 6 66666 3 3 3 3 3 7 222 2 1 22 1 444 33 77777777 888
consensus : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---GT---GTAT----GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA-----T--CTG---A--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AAT--ATTG---TTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCNAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
Reference ( family-549 ) : NNNNNTGTGTNCATGTACAACTTTTAGATTTTTTT-AACAGTCATAATTTACTCT--NTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGNNAC-----TTTTCGTACAGATACNTGTCTAA-----T-----CGT-TC--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTTTACTGGNATGGTNATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTCGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTNTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTNTGTCATATTTGTCCGGTAGAAAGCAGCAA---GT---G-------GTCAAC---AT-ACGTAGCGTCCANNTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGGAGCATTT--TAGGCCCNCTNTTATTT-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GACATGTCAA-TNAGCATTGACGATGACT-G-CAAGT-TGATT-CTTTATG-CAGACGACAGTGCTATATTTTATNTTC--ACA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATN-TC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TNCT-ANAAAAA-TGCTC--ATCG--TGGCTN-GTAG-ACAA-C-------A------AANT-G---TCN----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACNGAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----GTA--ACT-AGTAAAT-TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATCAAATCA--AA-----T--CTG--TA--T-A-----GTG---------T-NAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AAT--ATTG---TTT-CAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAAATT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCG--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TGCNGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGCGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACC--C--AAA-A-TAAAGTNG-T--CA-GATTTA--T--TCNAAATCTAGGTC-CTAG---AGCCA-G-TA---T--NT--TG-TG--ANATTCTAGACTCT--TT--A-C-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATATAT-TC-CATGG-T-AACGCACC--NAACTACC-TT-CGT-GA--NAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|1 : TGTGTCCATGTACAACTTTTACATTTTGTT-AACAGTCATAATTTACTCT--CTTCTT---ACCAATCTGGTTTTAGAAGCCAC-----TTTTC-CACAGATACTTGTTTAA-----TACATATGT-CA--GATG--TTAT-TAGAAGCAAT-ACTTCAAAAGGGCTTTATACTGGCATGGCTATGTTGGACTTACAA-AAAGCGTTTGACACT----GTTGATCATAAAATCT-TATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATATTTATCTGGTAGACAGCAGCAA---GT---TTAT----GTCAAC---A--ATGTAGCATCCATTTT-TAATCCAATAGAA-------TGT-GGAGTACCCCAAGGAAGCATTT--TAGGCCCTCTTCTATTC-------TTA-ATCTGTGT-CAAT-GATATGTCTA-TAAGTATTGACAATGACT-G-CAAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTGCTATATTTTATGTTC--ATA----TAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATA-AC-ACAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TACT-ACAACAA-TGTTC--ATTA--TGGCTT-GTAG-ACAA-T-------A------AAAT-G---TCT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACAGAA---ACG-GTT--TTATTTGG-ACC-TC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-AAAA--AT----ATA--ACT-AGTAAA--TT----ACAA---TT--C--A-ATGTAATG-G--T--C--ATGAAATCA--AAGGT--T--CTG---A--T-A-----GTG---------T-GAA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------C------------A-------------------------TT-TC-T--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AAT--ATTG---TTT-AAA--G--T--A------TCATACAAAAGG--TGAACTCTA--GA----CTTAGATT-TG-TATA-CAA----A-AA-T-G-----CTTCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATAC--AAT-G--TTATTTTGATTA-TACTGC-TTCTTCA---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--G--C-AA-A--CAA----T----TT--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-TTATA-GATTTA--T--TCTAAATCTAGGTC-CTAG---AACCA-G-TA---T--TCTGTG-TG--AAATTTTAGACTCT--TT--A-T-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAATC-AT-G-T---TTTTAAATATAT-TC-CATGG-T-AATGCAAC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATTAT
gi|10 : aaaga-------------------------TT-TC-T--------------T-------GT-------G-T----GTGAA----AAC--AGTG---TTT-CAA--G--T--A------TCATACAAA-GG--TGAGCT-----GA--------AATT-AT-TACA-AAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AGTATGCA--GTCTA------A-AAAG---A-C-C---T-TATA--T-C-CTT--C-------TTTGATAC--AAT----TTGTTTTGATTA-TACAGT-TTCCTCG---TGGTA--T--AG-----TATTA-------------------------TT--ATACATA----TT--ACAAG--TT-ACC--C--CAA-A-T--------T------ATCTA--T--TCTTAATCTATGTC-CTAG---AACCA-T-TT---T--TTCTTG-TA--AAATTCTAAACTCA--TT--G-G-------G---------CA---TGT---TA----AGAGTT-GAA-AACAGA-GCCAC-TGAATTAAGATTGAACC-AT-G-TTTGTTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATCCACC--CAAATACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAATgtc
gi|11 : aaagTG--GC--TA----AATA-GCGTTGTCAG------G-GTAA---A-C-T---C-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--A-T-G--CTACTC-GATTT-TGTT---CTCTGCA---TGGTA--TCTAG-GA--TAT-------C-TA-A--C------C----TTTGCAAAAGA---ATT--ACAGG--TT-ACT--CCTACACA-TCAAAAAA-T---A-GGTTCA--TCTTCAAAATC-AGGCCTCTAA---AGCCA-ACTA---TA-AA--TG-TG--ATATTC-GGAATCT--GT--A-actagagttgctaccaataataattatgtc
gi|12 : c-----GTG---------T-AAA---ATA-TCT---------T------------G-----GG----------------GTTGTTTTAAATAA-------------------------TT-GC-C--------------T-------AT-------T-T----G-GGG----ATTCAATTG---T---CAATAA--T--A------TCTTGTCAAAGG--TCAACCAAA--GA----TTAAAATT-TT-TATA-TCGTT--ATAA-T-A-----AA---TG--TC--TATC--AGTGAAAA--GTAGA------A-AAAC---A-C-T---T-TGTA--G-T-GCA--C-------TT--ATGC--AAT-G--CCACTTAGATTA-TGAAAC-ATGCTGT---TAGTA--T--GAAGG---ATTA--A--C-CA-A--AAAT---C----TT--AAAAATAA--ACT--TCAGG--TA-GCA--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GTTTTA--T--TCaaccatcttcatgtgttgtaatgagtaagacaaattttcgtcttaatcttgcatgagcatttgttcgacacgtaatttttactgagggggttcaaaatttaatatcattgttcagggtggggcttataatagtttaatttttgaccggatgttttactaacccatgcctcatttattgact
gi|13 : catA----AAG--ATCCT---AA----T--ACT-ATT-GC-AAATAAACT-AAG-----AA-TTC--TACT--GAAAAA-TATTC--ACCA--TGGTTT-GTAG-ATAA-A-------A------GAAT-A---TCT----CATCA--C-CT-TGGCAAAACAGAC---ACC-ATT--TTCTTTGG-ACC-AT-----C-C-A--G-AAA--ACTGT-AAAAAGAT----TTA--A---AGT---T-TG----ACAA---TA--C--T-ATGTAATA-G--TA-C--ATT---------------T--TTGT-TA--T-AAATTCGTG---------T-TAA---ATA-T-T---------T------------A-----GGTATATGTATATAGATAC------------G-------------------------TT-TC-T--------------C-------TT-------G-C----GTGAA----AAT--ATTA---AAT--AA--A--C--A------ACATACAAAAGAGTTGAAttacattacctagtaggcacagtgtgaggccaaaagaattcgaagagatcgttttttttttacctatgaatattagagtaagacaattacgactaaatcatgtaaataatat
gi|13 : t------G-AAAA---A-G-T---C-TACG--T-T-CTA--C-------TTTAATAC--AAT-T--TTATTTTGATTA-CACCGC-TTCACCT---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--T--C-AA-ATTCAA----T----TT--GAACAAAG--ATT--GCAAG--aaagtctacgttctactttaatacaattttattttgattacaccgcttcaccttggtatagtggtattgtcaaattcaatttgaacaaagattgcaag
gi|14 : taaagatcctaatactattgcaaataaactaagaattctactgaaaaatattcaccatggtttgtagataaaagaatatctcatcaccttggcaaaacagacaccattttctttggaccatccagaaaactgtaaaaagatttaaagtttgacaatactatgtaatagtacatttttgttataaattcgtgttaaatatttaggtatatgtatatagatacgtttctcttgcgtgaaaatattaaataaacaacatacaaaagagttTT-TTATATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--GA----AGTTCGCA--GTCGA------G-AAAG---A-C-TACATGTATG--T-T-CTG--C-------TTTAATGC--TAT-G--TAATTTTGATTA-TGCG----TGTTCGACTTGGTA--T--GGTGG--CATTGATG--T-AA-A--CAA----CCAACTT--AAACATAC--ATT--GCAAG--TA-ACC--C--AAA-A-CAAAGTCG-C--CA-GATTTA--T--TTTAGAAATGGGTC-TTAG---ATCCA-G-TATT-T--AT--TG-TG--ACATTTTAGACTCT--TA--G-G-------G---------CA---TGT---TA----TGAGTT-AAT-GACAAA-A-TAC-TCAGTTAAGATTATACC-AT-G-T---TTTT-AATACAT-TG-CATAG-T-AACACACC--AAATCATC-TT-TGT-GAT-CAATC--GTACGCAC---TAAACAA
gi|15 : t--TA----AGTATGCA--GTCTA------G-AAAG---ACC-T---T-TATG--T-TGCTGGCT-------TTTAAT-CTAAAT-G--TTATTTTTATTA--GCTGCTTTCTTCA---ATGTA--T--ATGGGTATATTG--GA-CAAA-A--CAT----T----TT--C-ACATAG--CTT---CAAGGTCT-ATCCAC--AAA-A-TAAAGTGGTT--CA-GA--GA--T--TTCAAATCTAGTCC-CTAGATAAGCCA-G-TAATTT--CT--TGTTA--ACGTTTTTAACTCTTCTT--AGG-------G---------TA---TGT---TA----AGAG-T-GAT-GACAGACGCCACGTCAATTAAGA-TGAACCAAT-GCT---TTTT-AATATATCTT-CATGGCT-AATGCA-C--AAACTAC---T-TGTCGA--TAATT--TTA--------TAGACAAAA---ATAtactagaaaaatcattttttatac
gi|17 : aaCTTGTCT-------------CGTATCTGGATG--TTATGTA----TAGT-ATTT-ATGAGGGCTTTTTACTGACATGGTTATGTTGGACTTACAACAAAGCGTTTGGCACT----GTGGATAATAAAATCCGTATGTGACAAA-TTAGAGTTTTTAGGAGTTTTATCCACTGAGTGGTTTATGTCATAATTATCTTGTAGAAAGCAGCAA---GTTTAT-------GTCAAC---A--ATGTAGCATCCAAGTT-TAATCGAGTAGAA-------TGT-GGAGTACCATCAGGGAGCATTT--TGAGCCATCTTCTATTC-------TTA-ATCTATGT-CAAT-GATATGTCTA--GAGTATTGACAATAAtactagaggtgctacaataatatgtcataccc
gi|18 : --ATT--ACAGG--TT-CTC--C--AAA-A-CAAAACAA-T--CA-GGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---A-CCA-C-TA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CACTCTGT---T---------TT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-AT-G-T---TTTT-AATATCT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAAATACT-TG-CAT-GAG-CAGTTTGTTA--T-C---TAGA-AACA---ATAAT
gi|19 : aAA-TAAGCATAGATTCAGATT-G-TAAAT-T-ATTGCTTTATG-CAGATGAT--TCCTGCATTTTATTTTCTCATA----AAG--ATCCTTGAAG----TCAATC-ATT-TC-ACAAAAACT-ATC-----AA-ACA--TGTA-AGAAAAA-TG-TC--ATAAA-TGGTTA-GTCG-ACAA-C-------A------AACC-C---TCC----CTTCA--T-CT-TGGGAAGACAGAA---AGC-ATT--CTTTTTGG-TTC-AT-----G-T-A--G-AAA--GGT-T-AAAC--A-------A--ATA-AGTAAAgtcacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataatagttctaatttttacaaccatgccattactgactgg
gi|2 : atactacaatttaagatgCAAT---AT-ATGT-GCG-CTATTTTCTAA-CCAAGAGAAATTGTAATGTCAAAGTACCCCAAGGGAGTATTT--TAGGTCCAATATTATTT-------TTT-ATGTATGTCCAATGGACATGTCAACTTAGCA-TAATGATGACTAG-CAAGTATGATC-CTTTATGCCAGACGACAGTGCAAT-CCTTATATTC--ACACCAGATG--ATCCA---AA----G--GTC-ATT-TCAACA-AAACT-TGC-----AG-AAG--TTCT-AAGAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAGAACAA-CA------A------AATT-G---TCA----C-TCG--T-CTCTGG--AAACTG-A---ATGTATT--TGCTTTGT-TCA-GC-----C-CTATCG-CAA--ACT-T-AGTA--ATGAAGGTC--ATT-TTTGAAG-TC----ATAAGTGTT--CATA-AT-TAATGTT--T--C--ATCAAAGCA--AA---------TG---A--TCA-----G-G---------TCCAA---ATACT-T---------T------------A-----GGGT--------------C------------A-------------------------AC-TA-T--------------TAGAACAGGT-------T-T----CTGAAATGTAAT--CTCG---TTTGCGA--A--T--GAAATTTTCGCCTAA---G--TCAACTC-A--GG-----TTAAATTCTC-TGTAGTAG----ACAA-TGG-----CCCTTTGGACC--TA----AATA-GTT--GTC----------AAAGTCAA-CTT---T-TAGGCAT-T-CTG--CAGCTATTTTCAATGC--TCT-GAAGTACTTCGATTATTGTTGC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTT--ATCT-AA-A--C------C----CT--TGACAAAGAAATT--AGAGG--TC--TC--C--AAA-A-CAAAACAATT--CATG--TCA--T--TCAAAAT-TAGG-C-CTAG---AGCCACA-TA---A--AT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-CACACTG-G---------CG---TGT---TAGTGTAGAGT---AA-GACA------AC-TTCGTC----TTAGATA-AT-GTT---TTTT-AAAACTT-TC-CATAA-T-AGCTCACC--TAGATACC-TTGCAT-GAAGCAGTTG-TTA--GA-----AAGC--AA---ATAATgagtcttttaatatagcttgtcttggttttcaaattgatatgaaatcagtgaaa
gi|20 : ACAG--GTT---CAA---TT-CTC--C--AAA-A-CAAAA--------A-AGTTCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AACCA-C-TA---CAAAT--TG-TG--AC-TTGTAGgtttagagaggggttttttatccaagttttccaaaggtgcggggcttataattagttctaattttctatacagcattattgactgga
gi|21 : cttgcaaaagaaatgAAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACTG----T--C--ATCAAATC----------T--GTA--CA--T-A-----GTG---------T-AAA---TTG-T-C---------T------------T-----GG----------------------------------------------------------TC-TACAGATAGACAATAT-------GC-------T-GACAAGTTAA----AAT--ACAGACATGT-C-------T--A------TCATAGGACAGG--TAAATTCTA--TA----TCTAAATT-TT-TGTA-TAG----taagacaactgcgtccaaatcatgtctttttaaatatcttccattatctcacctagagatacttgcatgaacattttgttagaaacaataatgttacgagaggggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggagcttataataattctaattgttactaccatgccattatggattgga
gi|22 : gGGGAGTATTT--TAGGTCCATTATTATTT-------TTATAGC-ATGT-CAAT-GACATGTCAA-CTAGCATAGATGATGACT-G-CAAGT-TGATC-CTTTATG-CAGACGACAGTGCAATCCTTTATTCAC--ACA----GAG--ATCCA---AA----G--GTA-ATT-TCAACA-AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTC----CGATTGGCTA-GTAG-ACAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--T-CT-CGGGAAAACTG-A---ATGTATT--CTTTTCGG-CCCTAG-----T-C----G-CGA--ACT-T-AGTA--AT----Ggcttaagaaacatttagacaccaaatgtaccagttgctatctagttccctcattcggttttatattgattatgcatgttcatattggtatgcagggcttactaacactctgaagaacaaagtatc
gi|23 : GTAATG-G--T--A--ATGAGGTCA-------------TG---A--T-C-----ATG---------T-TAA---ATA-T-TAGTTGTATGT------------A-----AA----------------A------------A-------------------------TT-TC-T--------------C-------TT-------G-T----GTGGA----AAT--ATTA---TTT-TAA--AAAT--A------TCATATAAAAGG--TGAACTTT---GA----TTT---TT-GA-TATA-CGA----A-AA-T-A-----CATCTTT--CC--TA----AATATGTG--GTGGA------G-AAAG---T-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTAATA---AA-----TCATTTTGATTA-AGCAGC-aaggtca
gi|25 : TATGTACATGTACAACTCGTAGATTTTTTTAAAAAATCAGAA--CAATCTTATTTCTGAAAATCAATCAGGTTTTAGAGGTGG------TTTTAGTAAAGATACATGTCTAATTTATT-----TAC-TT--GATA--TGAT-CAGAAGTAAC-ACATCAAATGGTCTATTTACTGGAAT
gi|26 : aaagaagtgtgAAACT-AGG-----AA-ATG--TTCC-ACAAAA--TGCTC--TCCA--TAGCTT-GTAG-ATAA-T-------A------GAAT-G---TAT----CTTCA--C-CT-TAGAAAAACAG-A---ACC-ATT--TTATTTGG-ACT-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-G-AAAA--AT----GT-----T-AGT---T-TT----ACAA---TT--C--T-ATGTAATG-A--C--C--ATGCGATCA--AA-----
gi|27 : T---TA----AGAGTTTGATTGACAGA-GCCAC-GCAAT-AAGATTGAA-C-ATGG-T---TTTT-AATATAT-TCACATGG-TAAATGCACCCAAAACTACCTTT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TCT---TAAACAAAA---g
gi|28 : A----T----TT--CAACGAAG--ATA--GCAAG--TG-ACC--C--AAA-AACAAAGTTG-T--CA-GATTTA--T--T-----TC-GGGTC-ATAA---AGCCA-G-TA---T--TT--CT-TGCTATATTCTCGGCTCT--TT--A-C-------GGTATTTGGTCG---TGT---TA----ATAGTT-GAT-AACAGA-GCTAC-TCAATGAAGATGGAAatatctagatgtgctacaataataactatgtcattccc
gi|3 : AAACT-TGG-----CA-AGG--TCCT-AGAAAAT-TGCTCTGAT----TGGCTA-GTAG-ATAA-C-------A------AATT-G---TCA----CTCCA--C-CT-CGGAAAAACTGAA----TGTATT--CTGTTTGG-TTCTAG-----T-C----G-CAA--ACT-T-AGTA--AT----GAA--GTT---CAAGTGTT----ATAA---TT-------AT-------G--T--C--ATCAAAGCA--AG-----TGACT-------T-A-----GGG---------G-CAA---CTA-T-T----------------------------GA----------------C------------AGG-----------------------TT-TC-TGAAA----------T-------GTAATGTCAT-T----GTGAAT---GAG--ATTA-------CAT--G--T--A------TCAC-C--AAGG--TCAACTAAA--GG----TTAAAATT-CC-TGTA-TAG----A-AA-T-G-----GTCCCTG--GC--TA----AATAGGTT--GTCAA------G-GTCA---A-C-T---T-TA-G--CAT-CTG--C-------ACTTATTC--AAT-G--CTACTTCGATTA-TTGTTC-CTCTGCA---TGGTA--T---GCAG--GATTA--T--CTAA-A--C-C----C----TTG-CAAAAGAA--ATT--ACATG--TT-CTC--C--AAA-A-CA----------------TCA--T--TCAAAATCTAGGCC-CTAG---AGCCA-C-TA---TAAAT--TG-TG--ATATTCTGGAATCT--GTGAA-C-------A---------CA---CTC---T--------GTT-AGT-GATAGA-GTAAG-ACAACTTCGTCTTAATC-GT-G-T---TTTT-AATATCT-CC-CATAA-T-ATCTCACC--TAGATACT-TG-CAT-GA--GCAGT--TTG--T-----TAGA-AACA---ATAAT
gi|30 : ACTGAATGGTTTTTGTAA-ATCTGGCCAATAGAA---AGCAA---GT---G-------GTCAGCAAAATAACG-AATGTTCAGATT-TTATgttacgagagggggttccaattttaatttcattgttccaagggtgggggcttataacagttctaatttttaccaccatggcattattgactgg
gi|31 : tgatacatgtacatgtatattgtgtgggaaaactcaaagcaatgggtgttatcattgttatgtgaAA-C-------A------AGCT-T---TCA----CTACA--T-CC-AGGCACAACTGAA----TGTATG--TTGTTTGGTACA-CC-----C-C-A--A-AAA--ACT-T-CAAA--A-----GTA--CCA-AG--AAT-TTTCC-ATAA---TCTAC--A-ATGTACT--G--T--C--ATCAAATC----------T--GTA--CA--T-A-----GTG---------T-AAg
gi|32 : tC-ACATAAAGT-AGG-----AC-ATG--TACT-GGAAAAACTGCTT--TTAA--TGGCTT-GTAG-ATAA-CGGATCATA------GAAT-G---TCT----CTTCA--C-TT-TGGCAAAAC-GAA---ATC-ATT--TTATTTGG-ACC-ACCCTGGC-C-A--G-AAA--AC
gi|34 : TT-TT-TATA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TA----AG------------------------G---A-T-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AAT-G--TTATTTTTATTA-TGAAGC-TCCATCT---TGGAA--T--AGTTT--TATAG--G--C-AA-A--TAA----A----TT--GAACATAG--ATT--GTAAG--TT-ggaaa
gi|35 : AAACT-TGG-----AA-AGG--TGCT-TAAGCAA-TGCTC--TTCA--TGGCTC-ATAG-AAAA-T-------A------AATT-G---TCC----CTTCA--T-TT-AGGCAAAACGGAA---
gi|36 : CAGAAACT-AGG-----AA-ATG--TATT-ACAAAAA-TGCTC--ATTG--TGGCTT-GTAG-ACAA-C-------A------AAAT-G---TAT----CTTCA--T-CT-TGGCAAAACT----------ATT--TTATTTGG-ACC-AC-----C-C-A--G-AAA--ACT-T-Atgtatattcttcgattgttcgcaatgcaataaa
gi|38 : -T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ATAAT
gi|39 : -ACAGAAA-TGCTC--TTTG--TGGTTT-TTAA-ACAA-T-------ATTTTTAAAAT-G---TCTAGAGCTTCA--C-CT-TGGTGAAACAGAA---ACC-ATT--TTATTTTT-ACA-TC-----CAC-A--G-AAA--GCT-actagaggtgctaccaataataattatgtcataccc
gi|4 : c-ATGTAATG-G--TACT--ATCA--TCA--AA-----T--CTG--TACAT-A-----GTG---------T-AAA---GTA-T-C---------TTGGTCTACAGATA-----GA----------------C------------A-------------------------ATATG-C--------------T-------GT-------CAG----GTGAA----GAT--ATAG---T---CAT--G--TCTA------TTATAGGAAAAG--TAAATGCTA--GA----TTAAAATT-TT-TGTA-TAG----A-CA-T-AAGAAACATTTAG--ACATCA----A--ATG-------TA------G-ACAG---T-T-A---T-TATC--T-A-GTG--C-------CCTCATTC--AGT-G--TTATTTTGATTA-TGCCTG-TTCATCG---TGGTA--T---GCAG--GGCTT--A--C-TA-A--GAAGACTC----TT--AAAAACAA--ACT--ACCAG--TC-ACC--C--AAA-A-TAAAGTAG-T--CA-GATTTG--T--TTTAGATCTTGGAC-AAAG---AGCAA-G-TG---T---------TG--ACAACCAAG-CACT--TC--A-CAAGGTCAG---------TA---TGT---TA----TGTGTT-AGT-GACAGG-GTTAA-ACAACTTAGATTAAATC-AT-G------TAC-AATATTG-CT-CATGG-A-AATGCTCC--TCATTATA-TG-TGT-CA--TAATT--TTA--CTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTAT
gi|41 : atttttccgtaatATAT-TC--ATGG-T-AATGCACC--AAACTACC-CT-CGT-GA--AAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAATaatactatctagagcaagtcttcataattatgtacaacctcgtgttaagggtaaagaagatggatctttctttgtaaatgccatcaaagactggaat
gi|43 : ATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTA--T--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG---------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-G-------G---------CA---Tactaaaggtgttaccaataataattatgttatacc
gi|46 : ACC--AAACTACC-TT-TGT-GA--TAAAT--TTA--TAC---TTAACAAAA---ATAAT
gi|48 : AGTTCTATATTTTATGTTC--ATA----AAG--ATCCT---AG----T--GTC-ATactagatgtgctaccaataataactatgtcattcc
gi|5 : ctcatgaatt----AAG--ATCCT---GGAACGT--GTTTATACTC-AAAGAAACTTAGG-----TA-ATAGATACTTACAAGAA-TGTT---ACTG--TGGCTATGTAG--CAA---------A------AAAT-GATCTCA----TTTCAAATGTT-TGGTAA--TCGAA----CA-AGTAATTATTTGG-ACC-AC-----C-A-A--G-GAATAACT-G-AAAA--AT-----TA--ACC-AGT---T-TT----ACAAC--TT--C--AGATGTAATG-GAGT--CCGATTAAATCATGAACGGGTT--CTG---A--T-A-----GTGGTGAATATGT-TAATGTATA-T-T---------T------------ATAGATAG----------------A------------A-------------------------TT-CCAT--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AAT--ATAG---TTT-CAA--G--T--A------TCATACAAACGG--TGAACTCTA--GC----CTTAGA-T-TT-TATA-TAG----A-AACT-G-----CAT-TTG--TC--TA----AGTATGCG--GTCTA------GCAAAG---A-C-T---T-TATGT-T-T-TTG--C-------TTTAATAC--AATCT--TTTTTTTGACTA-TGCAGC-TTCTTCG---TGGTA--T--AGTGG--TATTG--A--C-AAGG--AAA----C----TC--CAACATAG--ATT--GCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TAAAGTGG-T--CA-GATTTATTT--TTTATACCTAGGTC-CTAG---AACCG---------------TG-CG--AAATTTTAGACTCG--TT--A-tgc
gi|50 : T-GACAGA-GGTAC-TCAATTAAGATTGAACC-AT-G-T---TTTT-AATAg
gi|6 : GAATGATAATGTTGGACTTCCAA-AAGGCCTTTGATACT----GTAAGTCATGATATAT-TGTGTGAAAAACTCAAAG-CAATGGGTGTTATGTCAACGGAATGGTTT-TGTCTTATTTGGCCAATAGAAAGCAG------AT---G-------GTCAGC---AT-ACATAACG--AATGTT-CAGTCC-ATCTCA-------TGT-GGTGTGCCGCAGGGCAGCATAT--TGGGTCCGATATTATTT-------TTA----TATG--CA-----------AA-TTAGTATTGATCAAGATT-GTCAACT-T--TTACTTTATG-CAGGTGACAGCG-TA-ATTCTTTTTTC--ACA----TAGAAATCCT---GA----G--AAA-ATA-TC-TCAGCACCT-TGGTTGTCAACACGA-TTCT-TTTAAAA--------------TGGTTA-GTAG-ATAA-C-------A------AACT-T---TCA----CTACA--T-TT-AGGCAAAACTGAATGTAAG------TTGTTTGG-TTC-AC-----C-A-A--G-AAA--ACT-TCAAAA--GT----ACA--A------AGAT-TTTTCCATAG---T--------ATGTAATG-G--TACC--ATC--ATCA--AA-----T--CTGCACA--T-A-----GTG---------T-AAA---
gi|7 : ACAAGTTTTGGATTATTTG-GACAGTAATAATTTGCTTT--ATTCTT---ACCAATCTAGTTTTAGAAGATACATGTATTTTTGTACACGTGCAGGTCT--------------GT-TT--AATACTTTAT-TAGAAGCAATTACTTCAAAAGGACTTTTTACTGGTATGGTAATGTTTGACTTACAA-TAATCATTTGACACTCGCTGTCAATTACAAAATCT-GATGTGATAAA-TTAGAGGTATTATGAGTTTTATCCACTGGGTGGTTTTTGTCAGATCTCTCTGGTAGCCAGCAGCAATACGT---GTATACATGACAAC---A--AGGTA---TCCAATTT-TAATCCAATAGAG-------TGT-GGAGTACCCAAGGGAAGCATTTTATAGGCTCTCTTGTATTTCTCGGTACTA-ATTTATGT-CACT-G--ATGCC-----------------GACT-A-CGAGT-TGATT-TTATATG-CTGATGATAGTTCTATTTTTCATGTTC--ACA----AAA--AACCT---GG----
gi|8 : AGAAACT-AGG-----AA-ATG--TGCT-ACAAAAA-TG-------------GCTT-GTAG-ACAAAT-------A------AAGAAG---TCC----TTTCA--T-CT-TGGCAAAACACAA---ACG-ATT--TTATTTGG-ACA-AC-----C-C-A--GGAAA--ACT-G-AAAA--AT----ATATCACTTAGT---T-TT----ACAA---TT--C--A-ATG----G-T--T--C--ATGAAATCA--AAGGTT-T--CTG---A--T-A-----GTGG--------T-TGA---ATA-T-T---------T------------A-----GG----------------T------------ATATATATATACACAAGTAGATAAGTTT-CC-T--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AATT-ATTG---TTT-CAG--G--T--A------TCATAAAAAAGG--TGAACTCTATAGG----CTTAGATT-TT-AGTA-CAG----A-AA-T-G-----CATCTTG--CC--TATAAAAGTATGCA--ATCTA------A-AAAG---A-C-T---T-TATG--T-T-CTG--C-------TTTGATAC--AATTG--TTATTTTGATTA-TGCAGC-TCCTTCA---GGGTA--T--AACGG--TATTG--A--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAG--ATG--GCAAG--TTAAAC--A--AAA-A-TTAAGTTG-T--CA-
gi|9 : -------------------------TT-TC-T--------------T-------GT-------T-T----GTGAA----AAT--ATTG---TTT-CAG--G--T--A------TAATACAAAAGG--TGAACTCTA--GATAGACTTAAATT-TT-TATA-CAGTTTTA-AA-T-G-----CATCTTG--CA--TA----AGTATGCA--GTCTATATATAG-AAAG---A-C-T-------------------------------AA-A---AAT-G--T-GTTCTGATTA-TGCAGC-TTCTTCA---TGATAGAT--AGTGG--CATTG--G--C-AA-A--CAA----C----TT--CAACATAA--ATTCGGCAAG--TT-ACA--C--AAA-A-TGAAGTTG-T--CA-G--------------AA-------------------CA-G-TA---T--TTCTTG-TG--AAATTTTAGGCTCT--TT--A-AATAG---G---------CA---TATATATATTT-AGAGTT-GAT-GACAGA-GCCAC-TCAATTAAGATTGAACC-AA-G-T---TTTT-AATATAT-TT-CATGG-T-AATG-ACC--TAACTACC-TT-TGT-GA--TAATT--TTA--TAC---TAAACAAAA---ACAA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAACTCATAGTTATAATACTAAAGCAAGTCATCATAATTATGTACAACCTCGTATTAAGGGTAAAGAAGATGGATCTTGTTTTGTAAATGTCACCAAAGACTGGAATAATTTACCAGAAAATGTCAAGGTGGAAAAGGGCAAGCTAAATTTTAAGAAACCTGCAAAACTGTAAAAACACATCTTTTTAACGAAGCAAAAGCAAGAAGTTAACAAACTTATCTTTAAAAGACAATTTTAAAATTCTGTTCATTATACAATTGTAAAATCCTTTTATATCTCATATCATATTAACCATGATTATTGGTATACAAAG
Unaligned ( gi|24 ): GCAGCAAGACTACTTCGTCTTCAATCATGTTTTTAATATCTCCATAAGTATTCACATAGATACTTGCAGAGCATTTGTTAGACAACATAATGTTAACGAAGGGGTCAAGTTTTAATTTCATTGTCCAAAGGTGGGGGCTTATAATATTCTAACGTGTTTTACTACCATATGCATATGACTGGA
Unaligned ( gi|29 ): GATCAGATAACATTAAATCAGGTACACAATATTGCTCATGGGAAATGCTCCTCATTATATGTGTCATAATTTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTAGAGCAAGTCATCATAATTTTGTACAACCTCGT
Unaligned ( gi|33 ): TGCTCCTCATTATATGTGTCATAAATTTACTCTTGTAAATCAAACTCATAGTTATAATACTACAGCAAAGTCATTATAATTTTGTACAACCTCGTAGCAAGGGTAAAGAGGATGGAATATTTTTTGT
Unaligned ( gi|37 ): AGAAAGCATTCTTTTTGGTCCATGTAGGAAGGTTAAACATTTAAGTAAAGAGTCTTTTTATATAGCATGTCTTTGTTTTCAAATTGAAATGAAATCATGTGTAAA
Unaligned ( gi|40 ): TGCATGAACATTAGTTAGAAACGATAATGTTACGAGAGGGTCCAAATTTTAATTTCATTGTTTCAAGGGTGGGGATTATAATCTAAATTTTACTAACC
Unaligned ( gi|42 ): ATGAATCTGTCATATTCTGGGATCGGTGAACACACTCTGTGTTAGTGGCAGAGTAAGCAAATGCGTCTTAATCATGGTTTTGATATTTTCCA
Unaligned ( gi|44 ): CAAAGACTGGAATATTTTACCAAACAATGTAAAGATGGAAAGGGGCAAAGTAAATTTTAAGAGTTCTGTATAACACATTTTTAA
Unaligned ( gi|45 ): TTACATTTAGGCAAAACTGATGTTATATTGTTATGGTTTAGAAAACTTCAAAGTAAAAGATTTTTCATATGTGTAATG
Unaligned ( gi|47 ): AAAACAATCTTTAAATTCATGAAAATCAATCAGGTTTTAAGTGGTTGTAGTTCAGATGCATGTC
Unaligned ( gi|49 ): CAAAAATAAAACCAGAGGTGCTACCAATAATAATTATGTCATTCC
Unaligned ( gi|51 ): AATAGATAACAAATTGTCACTCCATCTCGGGA
Unaligned ( gi|52 ): TTTAGATTTTGGACAAAGAGCAAGTGTTGA