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lowQualScore                  :     8    0  8  4 4 00 4 66               7      0 0    111111111111111111111111111111111111111111111111111111     0000   5     00000    5  1   666666   5         5    5         6666   6   555 1   1 66666   66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  111  3  0      22222222222 888    5    777777777777777777777  666  99999  55 3 77  2       999     33 7    6666666666666666666666  7777  2      2 5555  555  2   44 44   7777   44    1  1 000 55      6 8  0        2         
lowQualScore                  :     .    .  .  . . .. . ..               .      . .    ......................................................     ....   .     .....    .  .   ......   .         .    .         ....   .   ... .   . .....   ................................................................................................................................  ...  .  .      ........... ...    .    .....................  ...  .....  .. . ..  .       ...     .. .    ......................  ....  .      . ....  ...  .   .. ..   ....   ..    .  . ... ..      . .  .        .         
lowQualScore                  :     2    9  9  4 4 66 4 11               4      3 1    777777777777777777777777777777777777777777777777777777     0000   7     44444    7  4   444444   7         7    7         8888   7   222 0   7 77777   88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  777  5  3      11111111111 888    0    888888888888888888888  444  11111  00 6 00  5       222     99 3    5555555555555555555555  0000  7      7 7777  000  9   22 66   1111   66    6  1 000 55      0 9  2        5         
consensus                     :   GTAGCAACGA-AA-A-A--A-T--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGGAGGT-C-CTTTTG-----CT--GGGGGGATGCTCCC-C-AAAAA--ATA--TTTGA----AAA-ATTGAGG---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAT--CCTACAT-----ATGC---CAGT-ATTGCACGTTNAAAAG--C-C-C--T-TT--ATG---CCAAGA--TCAT-C--TAATTC--TAA---TGA-AGT-TTACTTTAA-------T--------------CTTT---T-----TT---GTCATTTTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTAT-T----TTTTT-ATT--GGNTT---TT-----AA--C-TT-AAACTTGCTGA--AATTA--TTGGTA--------C---------GGT-TT-T--CC-GTACCT-T----GG---AA-AAT--T--ATT----GGT--ACGGCCAAA-G-C--CGTACCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
Reference ( gi|5 )            :   GTGGCAAAGA-AA-A-A--A-T--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGAAAGT-CACTTTTG-----CT--GGGGGCATGCTCCC-CCAGAAA--ATA--TTTGA----AAA-ATTGAAG---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAC--CCTACAT-----ATGC---CAGT-ATTGCACGTCAAAGA----------------ATA---GTAAGA--TCAT-C--TAATTC--TAA---TGG-AGT-TTACTTTAA-------T-------------ATTTT---T-----TT---GTTATATTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA--T----TGTAT-ATT--GTATT---TT-----AA--C-TG-AAACTTGCTGG--AATTA--TCGGTA--------C---------GG--TT-T--CC-GTACCT-T----GG---AA-AAT--T--ATT----GGT--ACGGCCAAA-A-C--CGTACCGA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
gi|4                          :   GTTGCAACGA-AA-C-AT-A-A--ACTGGCACTGCTCTGTAGCGGAAGTACATCGAAGGTGCACTTTTG-----CA--GGGGGGGGGGGTGT-CCAGAAA--A-A--TTTGG----AAA-AT----------------GTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATA--TAATG-ACAT--CCTACAT-----AT
gi|14                         :  tGTAGCATCGA-AACA-A--A-T--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGTACCAGAGGTGCACTTTTG-----CT--AGGGGatatatgtgtcagtcattatgtaaaaagtttgttttcttggtcattgcacatttaaaaatgctaagatcatctaattcttatggagtttactttaattttttgtcattttcgtatactagtaaagcattcatttttttattagtttttaacttaaacttgctgaaacgtaccttggaaaattattggtacatgtacgtaccaaccgtatcgcttgcttcgccct
gi|20                         :  cGTAGTAAGGA-AA-A-ATAA-TTCATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAgg
gi|21                         : gcGTAGAAACGA-AA-ATA--A-T--ATTGATACTGCTTTCAAGCG
gi|3                          :    gcGCAGCGACAA-A-A--A-T--ATTGGTACTGCTCTG---TGCATTTGCTTGGGGAGT-C-------------T--GAAGGGATGCTCCC-C-AAAAA--ATAA-TTTGA----AAA-ATTGAGG---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATATT--ATG-ATAT--CCTACAT-----ATGC---CAGTCATT--ATGT-AAAAAGTGCTTGCTGTTTT--ATATTTGCAATATTTCATGCCATAACTT--TGA---T-A-ATC-TTATTCTAA-------TGAGGATTACTTTAACTTT---T-----TT---GTCATTTTCGTA---T--T----A---GGCA-TTTAT-T----TTTTT-ATT--GGTTT---TT-----AA--CTTA-AAACTTGCTGA--AATTA--TGGGTA--------C---------GGT-TT-T--TC-GTACCC-CCTCAGGGAAAA-AAT--TCAATT----CGTGAATGGCCAAA-AGC--CGTACCAACCCTTACTG-TTCTTACGCC
gi|2                          :      GCAGCGACAA-A-A--A-T--ATTCGTACTGCTCTG--------TTGCAT------T-TGCTTGGGGAGGTCT--GAAGGGATGCTCCC-CAAAAAA--ATAATTTTGA----AAA-ATTGAGG---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTTT-CAGAACATA-TTATTG-ATAT--CCTACAT-----ATGCAGTCAGT-----TATGTTAAAAAAGTTGCTTGCTGTTTTATA---TTGA-A--TTAT-T--TCATGCCATAACTTTGATAATCTTATTCTAATGAGGATT-------------ACTTTAACT-----TTTTTGTCATTTTCGTA---T--T----A---GGCA-TTTATTT----TTTTT-ATTTGGT-TT---TT-----AA--C-TT-AAACTTGCTTGAAAATTATTTTGGTA--------C---------GGTTTT-T--CC-GTACCT-A----GG---AA-AATTAT--ATT----GGC--ATGGCCAAA-G-CCACGTACCAACCCTTACTGCTTCTTACCCCCAat
gi|8                          :   gcaGCAACGA-AA-A-A--AAT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACC-----------TTTG-----CTAGGGGGGGGGGGTCT----------------TTTGA----AAA-TTTGAAA---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATATtg
gi|7                          :     cgcaAACA-AA-A-A--A-T--ACTGGTACTGCTCT------GAAG--CAC---AAGT--------G-----CT--TGGAG------------------------TTTGA----AAAAATTGAAG---CAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACATATAT-ATG-ATAT--CTTATAT-----GT
gi|6                          :    ggcatagcA-AA-A-A--A-T--ATTGGTACTGCTCTGAAGCAGAGGCGCACCGAA------------------------GGCATGCTCCC-CTAGA-----TA--TTTTCCCCCAGA-ATTTATGTGACAAA-TC---G------CAC-TCTGGAGCC-TTTT-CAGAACA-----AATA-ATAT--C--ACGTCGTTTAAGC----GGC-AT-ACATGTATATGC----------------ATG---CCAAGA--TC---------TT-----A---TGA-AGT-TTACTT-AA-------T--------------TTTT---TGTCAATT---GTT-T-TTCGTA---T--TTTAAA---AGCA-TTTA--T----T---T-CTT--TTATTGGCTT-----TA--C--A-AAATGTACTG-----TTA--TTGGTA--------C---------GG--TTAT--CC-GTACCT-T----GG---AA-AAT--T--ATT----GGT--ACGGCCATA-A-C--CGTACCAA-CTGTACCGCTT-CTACGCCCAaaaccgtgcttgctattttgaaaatttagaacgatgattgcttagcattg
gi|1                          :                                                                                        gaCTCCCGCCAAAAATAATA--ATTCATG--AAA-ATTGAGG---CAAACTCTGTGTTTGGGCATGTCGGAAGCC-TTTTTCAGAACATATTATATGAATATCACCTAC-T-----ATG----CAGT-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                    tga-ATTGCACATTTAAAA----------------ATG---CTAAGA--TCAT-C--TAATTC--TTA---TGG-AGT-TTACTTTAA-----------------------TTT---T-----TT---GTCATTTTCGTA---TACTAGTAA---AGCA-TTCAT-T----TTTTT-ATTA-GT-TT---TT-----AA--C-TT-AAACTTGCTGA--AA----------------------------------------C-GTACCT-T----GG---AA-AAT--T--ATT----GGT--ACATGTA--------CGTACCAA-CCGTATCGCTTGCTTCGCCCcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttgataatctattcgtaatgaggatactttaactttttgtcatttgcgtaggtttaccaggcaatttatattttttttattggtttttaactttaaacttgcttgaattattggtggtgacagtacattggttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|1                          :                                                                      tgttgcaacgaaacataaactggcactgctctgtagcggaagtacatcgaaggtgcacttttgcagggggggggggtgtccagaaaaatttggaaaatgtgcattctggagccttttcagaacatataatgacatcctacatatatatatgtgtcagtcattatgtaaaaagtttgttttcttggtcGA--TAAT-C--TA-TTCG-TAA---TG--AGG-ATACTTTAA-------C----------------TT---T-----TT---GTCATTTGCGTAGGTT--T----ACCAGGCAATTTA--TATTTTTTTT-ATT--GGTTT---TT-----AA--C-TTTAAACTTGCTTG--AATTA--TTGGT-------------------GG--TG-A--CA-GTACAT-T----GG---t
gi|11                         :                                                                                                          tgactcccgccaaaaataataattcatgaaaattgaggcaaactctgtgtttgggcatgtcggaagcctttttcagaacatattatatgaatatcacctactatgcagtcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttGT-TTACTTTAA-------T-----------------T---T-----TT---GTCATTTTCGTA---A--T----A---AGCA-TTTA--T----TTTTT-ATT--GGGTT---TTTTTAAAA--C-TT-AATCTTGCTGA--AATTA--TTGGTA--------C---------AGT-TT-T--CC-GTACCT-T----ttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATTTTCGTA---T--T----A---AGCT-TTTT--T----TTTTTTATT--GGTTT---TT-----AA--C-TT-AAACTTGCTGA--AATTA--TTGGTA--------C---------GGT-TT-T--CT-GTACCT-T----GG---AA-AAT--T--A-T----GGT--ACG
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA--T----TTTGT-ATT--GGCTT---TT-----AA--C-TT-AATATTGCTGA--AATTA--TTGGTAC-------C---------GT--TT-T--CC-GTACCT-T----GG---AA-AAT-----------------------AAG-G-C--CGTTCCAA-CCATACCGCTTGtaccacttgcta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T-ATT--G-GTT---TT-----AA--C-TT-AA-CTTGTTGG--AATTA--TTGGTACTAGTACGC---------GGT-TT-T--CT-GTACTTAT----GA---AA-A
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TT---TT-----AA--C-TT-AATTTTGCTGA--AATTA--TTGGTA--------C---------GGT-TT-T--CC-GTACCT-T----GG---AA-AAT--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T---TT-----AAGCT-TT-AAACTTG--GA--AATTA--TTGG-A--------C---------GG--TT-T--TCTGTAC-T-C----GG---AA-CAT--T--ATT----GGT--atggtcgttccaaccat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGC-GA--AATTA--TTGGTA--------CTAGTTTACTGT--TT-T--CT-GT-CCT-T----GG---AA-A-T--T--ATT----GGC--TTGGCCAAG-T-C--GAAACCAA-CCGGACCGCTTGCTACGCTCtttaacttaacttgt
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consensus                     :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-CACTTTTGC-T--GGGGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAT--CCTACAT-----A--------T--GC---CAGT-A-TT-C-ACGTTAAAAA--------GT--------------------T--T-----------------------TT----------------ATGCCATAA----GATNATCTAATTC-TAATGAGGNTTACTTTAAT--TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA-T---TT-TTTTA-TTGGTTTTT-----AA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-C-CTTTTGC-T--GGGGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAT--CCTACAT-----A--------T--GC---CAGT-A-TTGC-ACGTTNAAAA--------GC--------------------CC-T-----------------------TT----------------ATGCCA--A----GATCATCTAATTC-TAATGAAGTTTACTTTAAT-CTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA-T---TT-TTTTA-TTGGNTTTT-----AA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tga----GATAATCTA-TTCGTAATGAGGAT-ACTTTAAC---TTTTTGTCA-----TTTGCGTAGGTT--T----ACCAGGCAATTTA-TATTTT-TTTTA-TTGGTTTTT-----AA--CTTT-AAACT-TGCT--TGAATTA--TTGGTGGTGA--------C--A------G-TACATTGGTTGTTCATCTGTACCC-T----GAGTGAAGGCAAA---AAGAT--T--GAATTTGGC--ATGGTACCAAAAGCA-CGAATACGCTA-CCAA-CCCTTCTGCTTCTTAC-CCCAtttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttgataatctattcgtaatgaggatactttaactttttgtcatttgcgtaggtttaccaggcaatttatattttttttattggtttttaactttaaacttgcttgaattattggtggtgacagtacattggttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                tgactcccgccaaaaataataattcatgaaaattgaggcaaactctgtgtttgggcatgtcggaagcctttttcagaacatattatatgaatatcacctactatgcagtcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttA-----TTTTCGTA---T--T----A---AGCT-TTTT-T---TT-TTTTA-TTGGTTTTT-----AA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCTGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A----TGGT--ACGtg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTTACTTTAAT----TTTTGTCA-----TTTTCGTA---A--T----A---AGCA-TTTA-T---TT-TTT-A-TTGGGTTTTTTTAAAA--C-TT-AATCT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--A------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----taccacttgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-TGC---GAAATTA--TTGGT----A--------CTAGTTTACTG-T---TT---------TCTGT-CCT-T----G-----------G---AAA-T--T--A---TTGGC--TTGG--CC-AA-GT--CG-------AAACCAA-CCGGACCGCTTGCTACGCTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gTTT-----AAGCT-TT-AAACT-TG----GAAATTA--TTGG-----A--------C--G------G-T---TT---------TCTGTAC-T-C----G-----------G---AACAT--T--A---TTGGT--
gi|14                         :     GTAGCATCGA-AACA-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGTACCAG-AGGTGCACTTTTGC-T--AGGGGGtttaacttaacttgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTTTT-----AA--C-TT-AATTT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--g
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--GAAATTA--TTGGC----A--------C--T------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGA--TC-AAAGC--CG-------atggtcgttccaaccat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA-TTGG-TTTT-----AA--C-TT-AA-CT-TGTT--GGAATTA--TTGGT----ACTAGTACGC--G------G-T---TT---------TCTGTACTTAT----G-----------A---AAActtgctacgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T---------CCCGTACCT-T----G-----------G---GAAAT--T--A---TTTGT--ATGG--CC-AAA-C--AC-------TA-CCAA-CCATACTGCTTGCTACGCCCA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAT--T--A---TTGGC--ACGG--CC-AAAGT--CC-------TA-CCAA-CTGTACCGCTTGCTACGCCCt
gi|2                          :     GCAGCAGCGACAA-A-A--AT--ATTCGTACTGCTCTGTTGC--ATTTGCTTGGGGAGGT-C---------T--GAAGGGATGCTCCC--C-AAAAA--AATAATTTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTTTCAGAACATATT-ATTG-ATAT--CCTACAT-----A--------T--GCAGTCAGT------T-ATGTTAAAAAAGTTGCTTGC--------------------TG-T-----------------------TTTATATTGAATTATTTCATGCCATAACTTTGATAATCTTATTC-TAATGAGGATTACTTTAA--CTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T--T----A---GGCA-TTTATT---TT-TTTTATTTGGTTTTT-----AA--C-TT-AAACT-TGCTTGAAAATTATTTTGGT----A--------C--G------GTT---TT---------TCCGTACCT-A----G-----------G---AAAATTAT--A---TTGGC--ATGG--CC-AAAGCCACG-------TA-CCAACCCTTACTGCTTCTTACCCCCAttg
gi|20                         :     GTAGTAAGGA-AA-A-ATAATTCATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAtg
gi|21                         :   gcGTAGAAACGA-AA-ATA--AT--ATTGATACTGCTTTCAAGCG
gi|3                          :      gcGCAGCGACAA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTG---TGCATTTGCTTGGG-GAGT-C---------T--GAAGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TAA-TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATT--ATG-ATAT--CCTACAT-----A--------T--GC---CAGTCA-TT---ATGT-AAAAA--------GT--------------------GC-TTGCTGTTTTATATTTGCAATATTTC----------------ATGCCATAACTTTGATAATCTTATTC-TAATGAGGATTACTTTAA--CTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T--T----A---GGCA-TTTA-T---TT-TTTTA-TTGGTTTTT-----AA--C-TTAAAACT-TGCT--GAAATTA--TGGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TTCGTACCC-CCTCAG-----------GGAAAAAAT--TCAA---TTCGTGAATGG--CCAAAAGC--CG-------TA-CCAACCCTTACTG-TTCTTACGCC
gi|4                          :     GTTGCAACGA-AA-C-AT-AA--ACTGGCACTGCTCTGTAGCGGAAGTACATCGA-AGGTGCACTTTTGCAG--GGGGGGGGGGTGTC--C-AGAAA--A--A--TTTGG----AAAA-T----------------GTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA--TAATG-ACAT--CCTACAT-----ATATATATGT--GT---CAGTCA-TT---ATG-TAAAAA--------GTTTGTTTTCTTGGTCATTGCACA-T-----------------------TTAAAA------------ATGCTA--A----GATCATCTAATTC-TTATGGAGTTTACTTTAA---TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---TACTAGTAA---AGCA-TTCA-T---TT-TTTTA-TTAGTTTTT-----AA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAA----------------------------------------------------CGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACAT--GT-A------CG-------TA-CCAA-CCGTATCGCTTGCTTCGCCCat
gi|5                          :    tGTGGCAAAGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGA-AAGT-CACTTTTGC-T--GGGGGCATGCTCCC--CCAGAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---AGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAC--CCTACAT-----A--------T--GC---CAGT-A-TTGC-ACGTCAAAGA---------------------------------------------------------------------------ATAGTA--A----GATCATCTAATTC-TAATGGAGTTTACTTTAATATTTTTTTGTTA-----TATTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA-----TT-GTATA-TTGTATTTT-----AA--C-TG-AAACT-TGCT--GGAATTA--TCGGT----A--------C--G------G-----TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAAC--CG-------TA-CCGA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCAt
gi|6                          :              A-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCAGAGGCGCACCGA-AGGC--------------------ATGCTCCC--C-TAGA-----TA--TTTTCCCCCAGAA-TTTATGTGACAAA-TC---G------CAC-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACA-----AATA-ATAT--C--ACGTCGTTTA--------A--GC----GGC-A-T----ACATGTATAT--------GC-----------------------------------------------------------------ATGCCA--A----GATC------TT----ATGAAGTTTACTT-AAT---TTTTTGTCAATTGTTTTTCGTA---T--TTTAAA---AGCA-TTTA-T---TTCTTTTA-TTGGCTTT-------A--C----AAAATGTACT--G---TTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TA---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-ATAAC--CG-------TA-CCAA-CTGTACCGCTT-CTACGCCCA
gi|7                          :    gaTAGCAAC-A-AA-A-A--AT--ACTGGTACTGCTCT------GAAGCACA-----AG---------TGC-T--TGGAG--------------------------TTTGA----AAAAATTGA---AGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATAT-ATG-ATAT--CTTATAT-----G--------TAAAC---C-GT-GCTTGCTATTTTGAAAA--------
gi|8                          : ggcaGCAGCAACGA-AA-AAA--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACC------------TTTGC-TAGGGGGGGGGGGTCT------------------TTTGA----AAAT-TTGA---AACAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATtttagaacgatgattgcttagcattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cTTCGTA---T--T----A---AGCA-TTTA-T---TT-TGT-A-TTGGCTTTT-----AA--C-TT-AATAT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--C------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT-------------------------AAGGC--CG-------TT-CCAA-CCATACCGCTTG





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Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-CACTTTTGC-T--GGGGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATTTAATG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GCCAGT-ATT-CACGT-TAAAAA-----------GT------------------------T---------------------TT--------------TA----TG-CCATAA----GATNATCTAATTC-TAATGAGGNTTACTTTAAT--TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T-----T----A---A-GCA-TTTA-T---TT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
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gi|21                         :   gcGTAGAAACGA-AA-ATA--AT--ATTGATACTGCTTTCAAGCG
gi|3                          :      gcGCAGCGACAA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTG---TGCATTTGCTTGGG-GAGT-C---------T--GAAGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TAA-TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATT--ATG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GCCAGTCATT--ATGT--AAAAA-----------GTGCTTGCTGTTTTATATTTGCAATAT---------------------TT--------------CA----TG-CCATAACTTTGATAATCTTATTC-TAATGAGGATTACTTTAAC--TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA---T-----T----A---G-GCA-TTTA-T---TT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TTAAAACT-TGCT--GAAATTA--TGGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TTCGTACCC-CCTCAG-----------GGAAAAAAT--TCAA---TTCGTGAATGG--CCAAAAGC--CG-------TA-CCAACCCTTACTG-TTCTTACGCC
gi|4                          :     GTTGCAACGA-AA-C-AT-AA--ACTGGCACTGCTCTGTAGCGGAAGTACATCGA-AGGTGCACTTTTGCAG--GGGGGGGGGGTGTC--C-AGAAA--A--A--TTTGG----AAAA-T----------------GTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATAT--AATG-ACAT--CCTACAT-----ATATATATGTGTCAGTCATT--ATGT--AAAAA-----------GT------------------------TTGTTTTCTTGGTCATTGCACATT--------------TAAAAATG-C--TAA----GATCATCTAATTC-TTATGGAGTTTACTTTAAT--TTTTT-GTCA-----TTTTCGTA---TACTAGT----A---AAGCA-TTCA-T---TT-TTTTA-TTAG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAA----------------------------------------------------CGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACAT--GT-A------CG-------TA-CCAA-CCGTATCGCTTGCTTCGCCCat
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Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-CACTTTTGC-T--GGGGGGATGCT-CCC--CAAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TTA-ATG-ATAT--CCTACAT-----A--------TGCCAGTCATT-CATGT-TAAAAA-----------GT------------------------T--T----------T--------------CA-TG-C-CA--TAA-----CTTTGATAATCTAATTC-TAATGAGGNTTACTTTA--ACTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T--T----AAGC-ATTTA---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                       tga------------------------T--T----------T--------------CA-TGGC-CA--TAA-----CTTTGATAATCT-ATTCGTAATGAGGA-TACTTTA--AC-TTTTTGTCA-----TTTGCGTAGGT--TTACCAGGCAATTTATATTTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--CTTT-AAACT-TGCT--TGAATTA--TTGGTGGTGA--------C--A------G-TACATTGGTTGTTCATCTGTACCC-T----GAGTGAAGGCAAA---AAGAT--T--GAATTTGGC--ATGGTACCAAAAGCA-CGAATACGCTA-CCAA-CCCTTCTGCTTCTTAC-CCCAtttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttgataatctattcgtaatgaggatactttaactttttgtcatttgcgtaggtttaccaggcaatttatattttttttattggtttttaactttaaacttgcttgaattattggtggtgacagtacattggttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                               tgactcccgccaaaaataataattcatgaaaattgaggcaaactctgtgtttgggcatgtcggaagcctttttcagaacatattatatgaatatcacctactatgcagtcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaataA-----TTTTCGTA--T--T----AAGC-TTTTT---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCTGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A----TGGT--ACGtg
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cTTTTAA--C-TT-AATTT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--g
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gi|21                         :   gcGTAGAAACGA-AA-ATA--AT--ATTGATACTGCTTTCAAGCG
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Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-CACTTTTGC-T--GGGGGGATGCT-CCC--CAAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TTA-ATG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GCCAGTCATT-CATGT-TAAAAA-----------GT------------------------T--T----------T--------------CAT-G-C-CAT-----AA--CTTTGATAATCT-A-TTC-TAATGAGGNTTACTTTA--ACTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T-----T----AA-GC-ATTTA---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
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Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGG-AGGT-CACTTTTGC-T--GGGGGGATGCT-CCC--CAAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TTA-ATG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GCCAGTCATT-CATGT-TAAAAA-----------GT------------------------T--T----------T--------------CAT-G-C-CAT-----AA--CTTTGATAATCT-A-TTC-TAATGAGGNTTACTTTA--ACTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T-----T----AA-GC-ATTTA---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
gi|1                          :                                                                                        CT-CCCGCCAAAAATAA-TA--ATTCATG--AAAA-TTGA---GGCAAACTCTGTGTTTGGGCATGTCGGAAGCCTTTTTCAGAACATA-TTATATGAATATCACCTAC-T-----AT--------G-CAGTCAGT-TATGA-TAAAAA-----------AT------------------------TCGT----------C--------------TAT-G-C-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                       tga------------------------T--T----------T--------------CAT-GGC-CAT-----AA--CTTTGATAATCT-A-TTCGTAATGAGGA-TACTTTA--AC-TTTTTGTCA-----TTTGCGTAGGT-----TTACCAG-GCAATTTATATTTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--CTTT-AAACT-TGCT--TGAATTA--TTGGTGGTGA--------C--A------G-TACATTGGTTGTTCATCTGTACCC-T----GAGTGAAGGCAAA---AAGAT--T--GAATTTGGC--ATGGTACCAAAAGCA-CGAATACGCTA-CCAA-CCCTTCTGCTTCTTAC-CCCAtttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttgataatctattcgtaatgaggatactttaactttttgtcatttgcgtaggtttaccaggcaatttatattttttttattggtttttaactttaaacttgcttgaattattggtggtgacagtacattggttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                tgactcccgccaaaaataataattcatgaaaattgaggcaaactctgtgtttgggcatgtcggaagcctttttcagaacatattatatgaatatcacctactatgcagtcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaataA-----TTTTCGTA--T-----T----AA-GC-TTTTT---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCTGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A----TGGT--ACGtg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GTTTACTTTA--A--TTTTTGTCA-----TTTTCGTA--A-----T----AA-GC-ATTTA---TTT-TTT-A-TTGGGTTTTTTTAAAAC-TT-AATCT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--A------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----taccacttgcta
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gi|14                         :     GTAGCATCGA-AACA-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGTACCAG-AGGTGCACTTTTGC-T--AGGGGGtttaacttaacttgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTTTTAA--C-TT-AATTT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--g
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T--GAAATTA--TTGGC----A--------C--T------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGA--TC-AAAGC--CG-------atggtcgttccaaccat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TA-TTGG---TTTT-AA--C-TT-AA-CT-TGTT--GGAATTA--TTGGT----ACTAGTACGC--G------G-T---TT---------TCTGTACTTAT----G-----------A---AAActtgctacgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T---------CCCGTACCT-T----G-----------G---GAAAT--T--A---TTTGT--ATGG--CC-AAA-C--AC-------TA-CCAA-CCATACTGCTTGCTACGCCCA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAAT--T--A---TTGGC--ACGG--CC-AAAGT--CC-------TA-CCAA-CTGTACCGCTTGCTACGCCCt
gi|2                          :     GCAGCAGCGACAA-A-A--AT--ATTCGTACTGCTCTGTTGC--ATTTGCTTGGGGAGGT-C---------T--GAAGGGATGCT-CCC--CAAAAA--AATAATTTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTTTCAGAACATA-TTA-TTG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GC-AGTCAGT-TATGT-TAAAAAAGTTGCTTGCTGT------------------------T--T----------TATATTGAATTATTTCAT-G-C-CAT-----AA--CTTTGATAATCTTA-TTC-TAATGAGGATTACTTTA--ACTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T-----T----AG-GC-ATTTAT--TTT-TTTTATTTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCTTGAAAATTATTTTGGT----A--------C--G------GTT---TT---------TCCGTACCT-A----G-----------G---AAAATTAT--A---TTGGC--ATGG--CC-AAAGCCACG-------TA-CCAACCCTTACTGCTTCTTACCCCCAttg
gi|20                         :     GTAGTAAGGA-AA-A-ATAATTCATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAtg
gi|21                         :   gcGTAGAAACGA-AA-ATA--AT--ATTGATACTGCTTTCAAGCG
gi|3                          :      gcGCAGCGACAA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTG---TGCATTTGCTTGGG-GAGT-C---------T--GAAGGGATGCT-CCC--CAAAAA--A-TAA-TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TTA--TG-ATAT--CCTACAT-----AT--------GCCAGTCATT--ATGT--AAAAA-----------GTGCTTGCTGTTTTATATTTGCAATAT--T----------T--------------CAT-G-C-CAT-----AA--CTTTGATAATCTTA-TTC-TAATGAGGATTACTTTA--ACTTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T-----T----AG-GC-ATTTA---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TTAAAACT-TGCT--GAAATTA--TGGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TTCGTACCC-CCTCAG-----------GGAAAAAAT--TCAA---TTCGTGAATGG--CCAAAAGC--CG-------TA-CCAACCCTTACTG-TTCTTACGCC
gi|4                          :     GTTGCAACGA-AA-C-AT-AA--ACTGGCACTGCTCTGTAGCGGAAGTACATCGA-AGGTGCACTTTTGCAG--GGGGGGGGGGT-GTC--CAGAAA--A--A--TTTGG----AAAA-T----------------GTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-T-A-ATG-ACAT--CCTACAT-----ATATATATGTGTCAGTCATT--ATGT--AAAAA-----------GT------------------------T--TGTTTTCTTGGT--------------CATTG-CACATTTAAAAATGCTAAGATCATCT-AATTC-TTATGGAGTTTACTTTA--A-TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--TACTAGT----AAAGC-ATTCA---TTT-TTTTA-TTAG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAA----------------------------------------------------CGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACAT--GT-A------CG-------TA-CCAA-CCGTATCGCTTGCTTCGCCCat
gi|5                          :    tGTGGCAAAGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACCGA-AAGT-CACTTTTGC-T--GGGGGCATGCTCCCC--CAGAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---AGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATATTTA-ATG-ATAC--CCTACAT-----AT--------GCCAGT-ATTGCACGT-CAAAGA-----------AT------------------------------------------------------A-------GT-----AA------GATCATCTAA-TTC-TAATGGAGTTTACTTTAATATTTTTTTGTTA-----TATTCGTA--T-----T----AA-GC-ATTTA----TT-GTATA-TTGT---ATTTTAA--C-TG-AAACT-TGCT--GGAATTA--TCGGT----A--------C--G------G-----TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAAC--CG-------TA-CCGA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCAt
gi|6                          :              A-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCAGAGGCGCACCGA-AGGC--------------------ATGCT-CCC--CTAGA-----TA--TTTTCCCCCAGAA-TTTATGTGACAAA-TC---G------CAC-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACA-----A-ATA-ATAT--C--ACGTCGTTTAA--------GC--GGCATA-CATGTATA--------------------------------------------T----------G--------------CAT-G-C-CA-------A------GAT----------C-TTATGAAGTTTACTT-A--A-TTTTTTGTCAATTGTTTTTCGTA--T-----TTTAAAA-GC-ATTTA---TTTCTTTTA-TTGG---CTTT--A--C----AAAATGTACT--G---TTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TA---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-ATAAC--CG-------TA-CCAA-CTGTACCGCTT-CTACGCCCA
gi|7                          :    gaTAGCAAC-A-AA-A-A--AT--ACTGGTACTGCTCT------GAAGCACA-----AG---------TGC-T--TGGAG--------------------------TTTGA----AAAAATTGA---AGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TAT-ATG-ATAT--CTTATAT-----GT--------
gi|8                          : ggcaGCAGCAACGA-AA-AAA--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCACC------------TTTGC-TAGGGGGGGGGGGT-CT-----------------TTTGA----AAAT-TTGA---AACAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-Taaaccgtgcttgctattttgaaaatttagaacgatgattgcttagcattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cTTCGTA--T-----T----AA-GC-ATTTA---TTT-TGT-A-TTGG---CTTTTAA--C-TT-AATAT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--C------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT-------------------------AAGGC--CG-------TT-CCAA-CCATACCGCTTG


blockSeqs                     :               C  . T TA  TC               T            TCGAAGGTGCACTTTTGCAG        G T   C   .  AA  AAATAAT       CCCC    A    TGT      .      .        .             T         T T T   .    .        ATATATATGT      CC       GC    AT     GTGCTTGCTGTTTTATATTTGCAATATTTCATGCCATAACTTT                                                  A    TA    .        T        AT CT         ATTGT        .  ACTAGT      A  .     T     C     T    GTT       AA .  A  A  G    TG       TT     .    CTAGTTTACT         T .    .                 A CTCA .           GAA     TA CA .       GA    .   A     CA  .        A    C           G
blockSeqs                     :               C  . A T   .                A            CCGAAAGTCACTTTTGCT          G G   .   .  AA  AATAA         .       .    .        .      .        .             .         . T A   .    .        CGTTTAA         TC       T     T      GTTTGTTTTCTTGGTCATTGCACATTTAAAAATGCTAA                                                       A    TA    .        A        .  CT         .            .  TTTAA       .  .     .     .     .    .         GC .  .  T  .    .        .      .    CTAGTACGCG         . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    C           G
blockSeqs                     :               .  . . .   .                A            TGGGGAGGTCT                 G T   .   .  AG  AATA          .       .    .        .      .        .             .         . T A   .    .        AT              CC       C     C      TGCATGCCAA                                                                                   C    AA    .        A        .  TT         .            .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CG                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           G
blockSeqs                     :               .  . . .   .                T            TGGGGAGTCT                  C T   .   .  AG  AAA           .       .    .        .      .        .             .         . A A   .    .        AT              C        .     .      ATAGTAA                                                                                      C    AA    .        T        .  T          .            .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  T  .    .        .      .    CA                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           C
blockSeqs                     :               .  . . .   .                A            CCTTTGCTAG                  G G   .   .  TA  TA            .       .    .        .      .        .             .         . . A   .    .        AT              C        .     .                                                                                                   .    .     .        T        .  T          .            .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CG                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           C
blockSeqs                     :               .  . . .   .                A            CCGAAGGC                    . .   .   .  .   .             .       .    .        .      .        .             .         . . .   .    .        GT                                                                                                                                                     T        .  .          .            .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CG                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           G
blockSeqs                     :               .  . . .   .                A            AGTGCT                      .     .   .  .   .             .       .    .        .      .        .             .         .                                                                                                                                                                                                   .            .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CT                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           G
blockSeqs                     :               .  . . .   .                .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .  T           .  .     .     .     .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CG                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           G
blockSeqs                     :               .  . . .   .                .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .    .         .  .  .  A  .    .        .      .    CG                 . .    .                 . .    .           .       .  .  .       .     .   .     .   .        .    .           .
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Reference ( family-543 )      :     GTAGCAACGA-AA-A-A--AT--ATTGGTACTGCTCTGAAGCGGAAGTGCATCGGGAGT-------GC-----T--G----GGGGGATGCTCCC--C-AAAAA--A-TA--TTTGA----AAAA-TTGA---GGCAAA-TCTGTG------CAT-TCTGGAGCCTTTT-CAGAACATA-TTA-ATG-ATAT--CCTACAT-----A--------TGCCAGTCATT-CATGTCAAAAA-----------GT------------------------T--T----------T--------------CA-TG-C-CA--TAA-----CTTTGATAATCTNATTC-TAATGAGGNTTACTTTAA---TTTTTTGTCA-----TTTTCGTA--T--T----AAGC-ATTTA---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCCGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A---TTGGT--ACGG--CC-AAAGC--CG-------TA-CCAA-CCGTACCGCTTGCTACGCCCA
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                            tga------------------------T--T----------T--------------CA-TGGC-CA--TAA-----CTTTGATAATCT-ATTCGTAATGAGGA-TACTTTAA---CTTTTTGTCA-----TTTGCGTAGGT--TTACCAGGCAATTTATATTTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--CTTT-AAACT-TGCT--TGAATTA--TTGGTGGTGA--------C--A------G-TACATTGGTTGTTCATCTGTACCC-T----GAGTGAAGGCAAA---AAGAT--T--GAATTTGGC--ATGGTACCAAAAGCA-CGAATACGCTA-CCAA-CCCTTCTGCTTCTTAC-CCCAtttttattattaatgatttgatgcaatatttcatggccataactttgataatctattcgtaatgaggatactttaactttttgtcatttgcgtaggtttaccaggcaatttatattttttttattggtttttaactttaaacttgcttgaattattggtggtgacagtacattggttgttcatctgtaccctgagtgaaggcaaaaagattgaatttggcatggtaccaaaagcacgaatacgctaccaacccttctgcttcttaccccatg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                    tgactcccgccaaaaataataattcatgaaaattgaggcaaactctgtgtttgggcatgtcggaagcctttttcagaacatattatatgaatatcacctactatgcagtcagttatgataaaaaattcgtctatgctttttattattaatgatttgatgcaataA-----TTTTCGTA--T--T----AAGC-TTTTT---TTT-TTTTA-TTGG---TTTTTAA--C-TT-AAACT-TGCT--GAAATTA--TTGGT----A--------C--G------G-T---TT---------TCTGTACCT-T----G-----------G---AAAAT--T--A----TGGT--ACGtg
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-TGC---GAAATTA--TTGGT----A--------CTAGTTTACTG-T---TT---------TCTGT-CCT-T----G-----------G---AAA-T--T--A---TTGGC--TTGG--CC-AA-GT--CG-------AAACCAA-CCGGACCGCTTGCTACGCTC
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