lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 11111 22222222222 111 222222222222222 111111 11 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 222222222 1111 111111 222 1111111 1 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111111 11111 2222222222 111 1111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 11 444444444 11 44444444 11 1 444 2 2 22222 111111 222222 111 111 111 44444444444 22 11 1111 111111 111
lowQualScore : 77 4 4 00000 4 4 8 4 8 55 33333333333 111 55 3 7 4 888888888888888 4 4 4 55 55 4 4 777777 8 8 9 3 00 55 444444 3 666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 55 5 5 999999999 5 9999 888888 5 555 5 5 6666666 66 777 1 1 5555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999999 3 2 55 3 3 7777 111 3 3 55 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 33333333 4 4 111111 4 44444 4 6666666666 777 000 4 66 777 9999 3333 4 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 8 222222 33 000000000 9 00 77777777 2 2 77 6 6 6 5 22 666 6 6 0 77 0 6 6 88888 5 222222 4 5 77 5 5 0 5 888888 5 777 5 555 0 77 77 6 6 6 6 6 88888 111 6 6 999 66666666666 5 5 44 33 5 3333 5 5 333333 5 77 5 77 5 5 77 77 5 5 5 77 77 5 5 5 5 000 5 77 99
lowQualScore : .. . . ..... . . . . . .. ........... ... .. . . . ............... . . . .. .. . . ...... . . . . .. .. ...... . ... ................................................................................ . .. . . ......... . .... ...... . ... . . ....... .. ... . . .... ............................................................... .......... . . .. . . .... ... . . .. ... ................................................................ ... ........ . . ...... . ..... . .......... ... ... . .. ... .... .... . . .......................................................... .. . ...... .. ......... . .. ........ . . .. . . . . .. ... . . . .. . . . ..... . ...... . . .. . . . . ...... . ... . ... . .. .. . . . . . ..... ... . . ... ........... . . .. .. . .... . . ...... . .. . .. . . .. .. . . . .. .. . . . . ... . .. ..
lowQualScore : 33 4 0 00000 0 0 0 0 0 55 99999999999 666 00 6 3 0 888888888888888 0 0 0 55 55 0 0 000000 0 0 4 6 00 00 111111 6 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 55 0 0 444444444 0 4444 555555 0 222 0 0 2222222 11 888 2 9 0000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000000 6 4 00 6 6 7777 777 6 6 00 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 66666666 4 0 555555 0 00000 0 6666666666 888 000 4 11 888 4444 9999 4 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 0 333333 88 000000000 0 77 00000000 5 5 55 0 0 0 0 00 777 7 7 7 77 7 7 7 66666 7 000000 3 7 99 7 7 4 0 888888 0 555 7 777 1 99 99 7 7 7 7 7 11111 777 7 7 888 33333333333 7 7 44 66 7 3333 7 7 444444 7 99 7 99 7 7 44 44 7 7 7 99 99 7 7 7 7 777 7 99 66
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CAT-G--------TTAGGA-ATT--AT-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CAA---AA-------------TT-----TA------------------GT--A-----GAGAACGT-ATAT-CCAG-A-CTG----T-CA-TGTCTTT-A----AAG-T----A-CGATT-C-AT-TAAAG-ATG-------TTTC--AT---TTCATGTTA--A-TTTAGT-----------------TATT---CTGTG---A--T--------T------------------TTTG---------G-TATTA--A-C-TGC----ATGTATT--AC-AC-TG--G---TGG----------A-G----------A-------------------GTGTG-------G--------TTCCAA---GT------N-AT-ATTCCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----GG----TAT---ACA--CAG-AGAA--CA---A----TTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-ANT-T--AAAACGAATATTGTCGNGTCTTGNCCTTCNGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATATNNTTGATGCAATGGTATACACAGAGAANAATTCAACTGTACTTTA-----GGCGG-T--GCATAGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAAAAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GTT--ACTCGTTAAGAGAAATTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-AA--TGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CG-AA-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCAG-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GT-GG-AC-GGT-TA-T-G--AT--AAA-TT-AA-AG-CCA-TTTGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( gi|1 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CAA-G--------TTAGGA-AGT--AT-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CA-------------------TT-----TA------------------GT--A-----GATAACGT-ATAA-CCAG-A-CTG----A-CG-TGTCTTT-A----AAG-T----A-CGATT-A-AT-TAAAG-ATG-------TTTC--AT---TTGATGTTA--A-TTTAGT-----------------TATT---CTGTA---A--T--------T------------------TTTA---------G-TATTA--A-C-TGC----ATGTATT--GC-AC-TG--G---TGG----------A-G----------A-------------------GTGGA-------G--------TTCCAA---GT------T-AT-ATTCCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----TG----TAT---ACC--CAG-AGAA--CA---A----TTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATG-T--AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATATCGTTGATTCAATAATATA---AGACAAGAGTGTAGC-GTA-TTTA-----GGCGG-T--ATACAGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAAAAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GTT--ACTCGTTAAGAGAAATTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-AG--TGGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CG-AT-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCAA-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GT-GA-AT-GGT-TA-T-G--AT--AAA-TT-AA-AG-CAA-TTTGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|6 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CAT-G--------TTAGGA-ATT--AT-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CAAATAAATGCGACAT-----TT-----TA------------------GT--G-----GAGAACGT-ATAT-CCAG-A-CTG----T-CG-TGTCTTT-A----AAG-T----A-CGATT-T-AT-TAAAG-ATG-------TTTC--AT---TTGATCTTA--C-TTTAGTTATTATGTAATTTTTGGTATTAA-CTGCATGCA--TCACACTGGT------------------TTTG---------T-TATTG--A-C-TGC----ATGTATT--GC-AC-TG--G---GGA----------A-G----------A-------------------GTGTG-------G--------CTTCAA---GT------A-AT-ATTCCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----GG----TAT---ACC--CAG-AGAA--CA---A----TTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGACAATT-TTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|11 : tACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TC-TTA--CAT-G--------TTA-GA-ATT--ATCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T------------TA-----CA-------------------
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CA--G--------TTAGAA-GTT--AT-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T------------TA-----CAAATCAAATACGACATTTTTTT-----TA------------------GT--ACGGAGGA-AACGT-ATAT-CCAG-A-CTG----TTCA-TGTCTTT-A----AAGGT----A-CGATT-C-AT-TAAAG-GAG-------TTTC--AT---TTCATGTTA--A-TTTAGT-----------------TATT---CTGTG---A--T--------TGTTGTATTAACTGCATTGTTTACACTGGTTGG-TAATA--A-C-TGC----ATGTGTT--ACAAC-TG--G---TGG----------A-G----------A-------------------GTGTA-------G--------TTCCAA---GT------T-AT-ATTCAA--TG------GTTG-GA----AA-AT----CGA---TATTAAACA--CAG-AGAAACCA---A----TTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------aattaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|4 : CGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CAT-G--------TTAGGA-ATT--AT-TTTGTT-AA------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTT-AATTTG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CAAAAAAATTACGACAT----TT-----TA------------------GT--A-----GAGAACGT-ATTATCCAG-AACTG----T-CA-TGTCTTT-A----A-G-T----AACGATT-C-AT-TAAAGCATG-------TTTC--AT---TTCATGTTA--A-TTTAGT-----------------TA-T---CTGTG---A--T--------T------------------TTTG---------G-TATTA--A-G-TGC----ATGTATTC-AC-AC-TG--GTTTTGGT---------ATA----------A-------------------CTGCATGT----G--------TTACAACTGGTGGAGAGT-GTGGTTCCA-GTGATATTCATTG-GGTTGGAA-AT----GG----TAT---ACA--CAGAAGAA--CA---A----TTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGAC-TCGTT--AAGAGAAATATTGTCcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|7 : GGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CAT-G--------TTAGGA-ATT--AT-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T-------------A-----CAATAAATAGGACAT------TT-----TA------------------GT--A-----GAGAACGTCATAT-CCAG-A-CTG----T-TA-TGTCTTT-A----AAG-T----A-CGATT-C-AT-TAAAG-ATG-------TTTC--AT---TTCATGTTA--A-TTTAGT-----------------TATT---CTGTG---A--T--------T------------------TTTG---------G-TATTA--A-C-TGC----ATGTATT--AC-AC-TG--GTTTTGGTAATAACTACA-GTGTTTACACTG-------------------GTGGAGAGTGTGG--------TTCCAA---GT------G-AT-ATTCCATTTG------GTTG-G-----AA-AT----GG----TAT---ACA--CAG-AGAA--CA---A----TTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------atggtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : GGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-T-A--CAT-G--------TTAGGA-ATT---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-T-TG-T---A--A------TG-T---T------------TA-----CAACATAAACGACA-------TTG----TA-------------------T--A-----GAGAA-GT-ATAT-CCAG-A--TG----T-CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--A-CGATTTC-AT-TAAAG-ATG-------TTTC--AT---TTCATGTTA--ATTTTAGT-----------------T-TT---CTGTG---A--T--------T------------------TTTG---------G-TATTA--A-C-TGC----ATGTATT--AC-AC-TGCTT---TGG----------T-A----------ATAACTACATGTTTACACTGGTGGA-------GAGTGTGCGTTCCAA---GT------G-AT-ATTCCA-TT-------GTTG-G-----AA-ATGG--TG----TAT---ACA--CAG-AGAG--CA---A----TTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TC-TTA--CAT-GCATGTATCTGAGAATAAT--AT-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACAAATTAAATATTGATCA-------------------TTAGCTATA------------------GTTAA-----GATAACGTTATCA-CCAGTA-CTG----T-CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATA-CGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGA-TCTAAT-----------------TA-----CTGTG---A--T--------T------------------GTTG---------GATATTA--AGC-TGC----ATGTACTTAAC-AC-TG--G---Ttcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|8 : GGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATG--------TTCGAC-TAT--AT-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT------------TA-----CA-------------------CA-----TAAATGCGACATTTTCTTGCGT--A-----GG-ACCGT-ATAT-CCAG-A-CTG----A-C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----A-C-ATT-C-ATCTGAAG-ATG-------TTTC--AG---TTTATG--------TTAGT-----------------TA-T---CTG-A---AGGG--------T------------------TTTG---------G-TA--A--A-C-GAT----ATGTA-T--AC-ACTTG--G---TTG------------G----------A-------------------GTGTT-------G--------TTCCAA---GT------TAAT-ATCCAA-TTG------GTTGTG-----AACATCTCATGTGATTAT---ATC------AGTA--CATTTAGGATTTC----AACTG-TAC---TTAGGAGA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-C-TA-CTCTCTTTA--CAT-G--------TT-GGA-AGTTAAT-TT-GTgccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TC-TTA--CTT-G--------TTTGGA-CTT--AA-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-T---TATTAC-------TA-----TA-------------------TT-----TA------------------TT--C-----GAAAACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|18 : g--------TTAGGA-ATT--AT-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CA-------------------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|13 : TG-TT--A--A------TG-T---T------------TA-----CAAATAAATGCAATAT-----TC-----TA------------------GT--G-----GAGGACGT-ATAT-CCAG-A-CTGTTCAA-CG-TGTCTTT-T----TAG-T----G-CGATT-C-AT-TGAAG-ATG-------TTTC--AT---TTGATG--------TTAGT-----------------TATT---CTGTG---G--T--------T------------------TTTG---------G----TA--A-C-TACCAATATGTATT--GC-AC-CG--G---TGG----------a
gi|9 : C--AT---TT--TATTG----TTTAAG-----------------TATTACACTGG----------------T------------------TTTG---------G-TATTA--A-C-TGC----ATGTATT--AC-AC-TA--G---TGG----------A-G----------A-------------------GTGTG-------G--------TTCCAA---GT------A-AT-ATTCCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----GG----TAT---ACC--CAG-AGAA--CA---A----T---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AAT-T--AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAAT
gi|2 : aag------------------TTTG---------G-TAATACAA-C-TGC----ATGTGTT--AC-AC-TG--G---TGG----------A-G----------AT------------------GTGTG-------G--------TTACAA---GT------G-AT-ATCTCA-TTT------GGTG-G-----AA-AT----GG----TAT---AACAACAG-AGAA--CA---A----TTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------tacaacataagatg
gi|16 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactgg---------G-TGTTA--A-CCTG-------GTATT--AC-AC-TG--G---TGG----------A-G----------A-------------------GTGTG-------G--------TTCCAA---GT------cggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggttttggtatgtgttactgcat--------TTCCAA---GT------A-AT-ATTCCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----aa
gi|17 : CCA-TTG------GTTG-G-----AA-AT----GG----TAT---ACA--CAG-AGAA--TA---A----TTC----AACTG-TACTTTATGGGGGG------gcgtg
gi|10 : TTGATGCAATAATATA---AGACAAGAGTGTAGC-GTA-TGTA-----GGCGG-T--ATATAGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAAAAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GCT--ACTCATTAAGAGAAATTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-AG--TGGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CG-AA-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCAG-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GT-GA-AT-GGT-TA-T-G--AT--AAA-TTAAA-AG-CCA-TTTGG-TTTC--TGT-ATTCATGGtggtgcataaggtatagcacaatgtggaaaagacttgtatgata
gi|7 : AATGGTATACACAGAGAACAATTCAACTGTACTTTATGGAGGGCGG-T--GCATAAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAAAAG-ACTTGT------AT-GATCATATC-ACAA---TTT--ACTCGTTAAGAGAAATTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-
gi|17 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtgatattccatttggttggaAATGGTATACACAGAGAATAATTCAACTGTACTTTATGGGGGGTGG-T--GCATAAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAAAAG-ACTTGT------AT-GAT---Aaacgtttcgccgaa
gi|3 : ccattggttgga-----GGCGGCT--GCATAAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAAATGCACTTGTTACTGTAT-GAT---ATCAACAA---G-T--ACTCGTTAAGAGAAATTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGAA--TGGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGAAG-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCAGCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GT-GG-AC-GGT-TA-T-G--AT--AAA--T-AA-AA-CCA-TT--G-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttatattcaatggttggaaaatcgatattaaacacagagaaaccaattcaactgttactttatggag-----GGCGG-TGCATTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAAT-G-CCTTGTTACTGTAT-GAT---ATC-ACAATAAGTTTGACTCGTTAAGAGAAATAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-AA--TGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CG-ATAGATG--T-TA--G-CTAAA-TACAG-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GT-GG-AC-G---TACT-GAAAT--AAAGTT-AACAA-CCA-TTTGGTTTTC--TGTGGTTCAT
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtgatattcattgggttggaaatggtatacacagaagaacaattcatcaaactgtactttatggag-----GGCGG-T--GCATAAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAAAAG-ACTTGT------ATTGAT---ATC-ACAAC--GTT--ACTCGTTTAGAGAAATGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-AA--TGGGGAAC----------CAGGTTGAAAATG-AA-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCAG-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GT-GG-AC-GGT-TA-T-G--AT--AAA-TT-AA-AG-CCATTTTGG-TTTC--TGT-GTTCATG
gi|2 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtgatattccattgttggaaatggtgtatacacagagagcaattcactgtgctttatggag-----GGCGG-T--GCATAGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--AAAG-AC-----------------------A-AG---GTT--ACTCGT-ACGAGAAATTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CG-AAAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAA-GGT-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GT-GG-AC-GGT-TA-T-G--ATTAAAA-TT-AA-AA-CCA-TTTGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|19 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagGGAAAAG-ACTTGT------AT-GATCATATC-ACAA---GTT--ACTCGTTAAGAGAAATTA--
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-AA--TGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CG-AA-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCAG-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GT-GG-AC-GGT-TA-T-G--AT--AAA-TT-AA-AGCCAG-TTTGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CG-AA-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCAG-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTA-TTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CAT-CATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222 111111 1 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 222222 2222 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222 111111111111 111 2222222222222222 333333333333333333333 3333333333 1111111111111111111111111 111111 111 1111111 1111 222222 444444444444444444 33333333333333 11 333333333 1 111 33333 1111 111111 66666 222222 111 111 111 66666666666 1 11 1 1
lowQualScore : 55 4 3 99999 3 3 7 3 88 55 0000000 77 3 3 3 3 7 0000000000000 3 3 3 55 55 3 3 555555 0 3 3 99 44 222222 3 000 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 55 444 66 8 3333 55 111111 8 0000 4 4 4 4 66 88888888888 3 888 4 3333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 3 7777 44 3 7777 3 666666666666 77 3 555 3333333333333333 777777777777777777777 3 1 5555555555 5555555555555555555555555 3 000000 55 88 55 111 77 7777777 55 2222 4 000000 3 111111111111111111 6 99 99999999999999 6 6 777777 11 222222222 1 66 0 1 777 1 1 1 7 7 00000 3333 2 5 66 9999 5 777 333333 1 4 1 66666 4 4 4 66 3 4 66 4 4 55 4 333333 4 444 4 222 66 4 4 4 66 5 5 5 5 5 66 5 000 5 5 5 5 00000000000 5 5 0 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 66 5 66 5 888 5 0 66 66 5 5 5 0 5 5 66 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. .. ....... .. . . . . . ............. . . . .. .. . . ...... . . . .. .. ...... . ... . ........................................................... ..... .. ... .. . .... .. ...... . .... . . . . .. ........... . ... . ........................................ ....................... . .... .. . .... . ............ .. . ... ................ ..................... . . .......... ......................... . ...... .. .. .. ... .. ....... .. .... . ...... . .................. . .. .............. . . ...... .. ......... . .. . . ... . . . . . ..... .... . . .. .... . ... ...... . . . ..... . . . .. . . .. . . .. . ...... . ... . ... .. . . . .. . . . . . .. . ... . . . . ........... . . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . ... . . .. .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 66 0 6 11111 6 6 3 6 66 00 8888888 99 3 3 3 3 3 0000000000000 6 6 6 00 00 6 6 555555 9 6 3 22 66 999999 3 444 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 55 999 11 9 9999 99 000000 9 0000 4 4 4 4 11 22222222222 2 666 0 6666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888 3 2222 66 3 1111 3 222222222222 99 3 000 9999999999999999 111111111111111111111 6 0 0000000000 7777777777777777777777777 6 555555 00 66 55 000 11 0000000 55 5555 0 000000 2 000000000000000000 7 22 22222222222222 7 7 999999 00 000000000 2 88 0 0 555 0 0 0 3 3 00000 6666 5 0 99 5555 0 999 777777 9 4 1 77777 4 4 4 11 9 4 11 4 4 55 0 000000 0 000 4 222 11 4 4 4 11 0 0 7 7 7 99 0 000 7 7 7 7 00000000000 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 99 0 888 0 0 99 99 0 0 0 0 0 0 99 0
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GTTCCAAG-TGAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATCGCATTTGGT--GNAA-TGGT--ATA-CA-CAGA-GAAC--AATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCG-G-TGCA-T--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( family-5424 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GTTCCAAG-TNAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-ANTT---AAAACGAATATTGTCGNGTCTTGNCCTTCNGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATATNN---TTGAT--GCAA-TGGT--ATA-CA-CAGA-GAAN--AATTCA----A-CTGT-ACTTTA-----GGCG-G-TGCA-T--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|1 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--AAGT-------TAGGAAG--T-A-T-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---------------------------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAT--AACGT-A-TAAC--CAG-ACTGA----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-A-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TA-AT--------T-------TTTAG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGG-------------------A-GTTCCAAG-TTAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TT--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATGT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATATCG---TTGAT--TCAA-TAAT--ATA-----AGA-CAAG--AGTGTA----G-C-GT-A-TTTA-----GGCG-G-TATA-C--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CGA-T-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-A-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCAA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|10 : ---TTGAT--GCAA-TAAT--ATA-----AGA-CAAG--AGTGTA----G-C-GT-A-TGTA-----GGCG-G-TATA-T--AGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GAT---ATC-ACAA---GCT--A-CTCAT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CGA-A-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TTAAA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|11 : ACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TCTT--AC--ATGT-------TA-GAAT--T-A-TCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T-TACA---A--A-------------
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-CT-A-CTCTCTTT-AC--ATGT-------TGGAAGT--TAA-T-TT-GTttaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--TTGT-------TTGGACT--T-A-A-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-TTA-T-TACT---A--T-------------A------------T-----------T-----T-----A-TT--C--GAA--AACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|13 : gTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCAAT---A------------T-----------TC----T-----A-GT--G--GAG--GACGT-A-TATC--CAG-ACTGTTCAACG-TGTCTTT-T----TAG-T----GCGATT-C-AT-TGAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-GT--------T-------TTTGG-------TA--A-CTACCAATA-TGT-----------ATT--GCAC-CGG---TGG--------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCAGTT-TGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CGA-A-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCA-G-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTATTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CA-TCATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
gi|16 : --------T-------TTTGG-TATGTGTT--A-CTGC----A-TGTGTTAACCTGGTATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GTTCCAAG-TAAtgga
gi|17 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--TAATTC----AACTG-TACTTTATGGGGGG------
gi|17 : AA-TGGT--ATA-CA-CAGA-GAAT--AATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGGGGGTG-G-TGCA-T--AAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GAT---Atggtgcataaggtatagcacaatgtggaaaagacttgtatgata
gi|18 : ccattggttggaT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--
gi|19 : GGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCATATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TCTT--AC--ATGCATGTATCTGAGAATAAT-A-T-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACA---A--ATTAAATATTGATCA------------T-----------TAGCTAT-----A-GTTAA--GAT--AACGT---TATCACCAGTACTGT----CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATACGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGATCT-AAT-----------------T----------------A-----CTG--TG-AT--------T-------GTTGGATAT---TA--AGCTGC----A-TGT-----------ACTTAACAC-TGG---T
gi|2 : -------TTTGG-TAA---TACAA-CTGC----A-TGT-----------GTT--ACAC-TGG---TGG--------AGAT----GTGT-------------------G-GTTACAAG-TGAT----------ATCTC------A--T---------T-----TGGTG-GAA------A--TG--G--TATA--ACAACAG-------AGAA--CAATTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------ttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|2 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggGATATCTCATTTGGT--GGAAATGGT--ATAACAACAGA-GAAC--AATTCA----AACTGT-ACTTTATGGAGGGCG-G-TGCA-T--AGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--A--AAG-AC-----------------------A-AG---GTT--A-CTCGT--ACGAGAAA-TTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-AAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAAG-G-T-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--ATTAAAA-TT-AA-AACCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGGcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtTTCCAAG-TAAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--A-GT-------TAGAAGT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T-TACA---A--ATCAAATACGAC--A------------T-----------T-----TTTTTTA-GT--ACGGAGGAAACGT-A-TATC--CAG-ACTGTT---CA-TGTCTTT-A----AAGGT----ACGATT-C-AT-TAAAG-GAGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------GTT-G-TAT---TA--A-CTGC----ATTGT------------TT--ACAC-TGGT--TGG--------TAATAACTGCAT-------------------GTGTTACAAC-TGGTGGAGAGTGTAGTTCC------AAGTTATATTCAAT-----GGTTG-GAA------AATCG--A--TATTAAAC-ACAG-------AGAAACCAATTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------cgtg
gi|3 : CGA-TATT--AAA-CA-CAGA-GAAACCAATTCA----A-CTGTTACTTTATGGAGGGCG-GCTGCA-T--AAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAA--ATGCACTTGTTACTGTAT-GAT---ATCAACAA---G-T--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGA-AT-GGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGA-AGGACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-GCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA--T-AA-AACCA-TT---G-TTTC--TGT-GTTCATGGcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttatattcaatggttggaaaatCGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-ATT-TT-GTTAA-------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTTAA-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------AAAATTACGACATT-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-ATTATC--CAGAACTGT----CA-TGTCTTT------AAG-TA---ACGATT-C-AT-TAAAGCATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------A-T---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-GTGC----A-TGT-----------ATTC-ACAC-TGGTTTTGGT-------ATAACT--GCAT-------------------GTGTTACAAC-TGGTGGAGAGTGTGGTTCCAGTGATA--T---------TCATTGGGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAGA------AGAA--CAATTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGACTCGTT---AAGAGAAATATTGTCATG
gi|4 : AA-TGGT--ATA-CA-CAGAAGAAC--AATTCATCAAA-CTGT-ACTTTATGGAGGGCG-G-TGCA-TTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--T-G-CCTTGTTACTGTAT-GAT---ATC-ACAATAAGTTTGA-CTCGT-TAAGAGAAA-TAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGATA-GATG--T-TA--G-CTAAA-TACA-G-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GTGGA---CG---TACTGAAAT--AAAGTT-AACAACCA-TT-TGGTTTTC--TGTGGTTCATgtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtgatattcattgggttggaGGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TCT---AC--ATGT-------TAGGAAT--T---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-TT-G-T---A--A------TG-T---T-TACA---A--C-------------A------------TAAACGACA---T-----T-----GTAT--A--GAG--AA-GT-A-TATC--CAG-A-TGT----CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--ACGATTTC-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTTTAGT-----------------TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA-CTGCATGTAT--------TACACTGCTTTGG-TAA---TA--A-CTAC----A-TGT------------TT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------GCGTTCCAAG-TGAT----------ATTCC------A--T---------T------GTTG-GAA------A--TGGTG--TAT---AC-ACAG-------AGAG--CAATTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------
gi|5 : ATTG---TTG----GAAA-TGGTGTATA-CA-CAGA-GAGC--AATTCA------CTGT-GCTTTATGGAGGGCG-G-TGCA-T--AAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAA--AAG-ACTTGT------ATTGAT---ATC-ACAAC--GTT--A-CTCGT-TTAGAGAAA-TGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-A-AT-GGGGAACC----------AGGTTGAAAATGA-A-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCA-G-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCATTT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGtcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|6 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtgatattccACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCGAC---A------------T-----------T-----TT----A-GT--G--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-T-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATCTTA--CTTT-AGTTATTATGTAATTTTTGGT----------------ATTAA-CTGCATGCATCACACTGGT-------TTTGT-TAT---TG--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---GGA--------AGA-----GTGT-------------------G-GCTTCAAG-TAAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGAC-AATTTTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|7 : tGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T--ACA---ATAA-------------A------------TAGGACATT---T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGTCA-TATC--CAG-ACTGT----TA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGGTTTTGGTAATAACTACA-----GTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG-GTTCCAAG-TGAT----------ATTCC------AT-T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------
gi|7 : GATATTCCATTTGGTTGGAAA-TGGT--ATA-CA-CAGA-GAAC--AATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCG-G-TGCA-T--AAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCATATC-ACAA---TTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|8 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtGGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATGT-------TCG-ACTA-T-A-T-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT-TACACATA--A-------------A------------TGCGACATTTTCT-----T-----GCGT--A--G-G--ACCGT-A-TATC--CAG-ACTGA----C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----AC-ATT-C-ATCTGAAG-ATGT--TTCAGTTT----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------A-T---CTGA-AG-GG--------T-------TTTGG-TA-----A--A-CGAT----A-TGT-----------A-T--ACACTTGG---TTG---------GA-----GTGT-------------------T-GTTCCAAGTTAAT----------ATCCA------A--T---------T-----GGTTGTGAACATCTCA--TGT-GATTAT---AT--CAGTACATTTAGGA--T--TTC----AACTG-TAC-TTA-GGA-GA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCaacgtttcgccgaa
gi|8 : TTCA----A-CTGT-ACTT-A-----GGAGAG-TTTAAT--ATGTGA-C-------CAATG----AATTAAG-TCTTTT------AT-TAT---AGC-GCCA----CT--ATCTGATGTAAGAGAAAATTA--T-GTCATGG-Agccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|9 : ggaagcctggaaaaacattatcttaacttccttaaccaatgttcgactatatttcgttaactcatcaggtctaattctttatttgttttaatgtgtattacacataaatgcgacattttcttgcgtaggaccgtatatccagactgactgcttttattttaagatacattcatctgaagatgtttcagtttatgttagttatctgaagggttttggtaaacgatatgtatacacttggttggagtgttgttccaagttaatatccaattggttgtgaacatctcatgtgattatatcagtacatttaggatCATTTT----------AT--TG---TTT-AAG-----------------T----------------ATTACACTG---G-----------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TAG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GTTCCAAG-TAAT----------ATTCC------A--T---------T-----GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAAT---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AATT---AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAA---TTACAACA--TAAGATt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222 111111 1 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 222222 2222 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333 111111111111 2222222222 111111111111 111111 111 1111111 1111 222222 444444444444444444 33333333333333 11 333333333 1 111 1 222 111111 222222 111 111 66666666666 1 11 1 1
lowQualScore : 55 4 3 99999 3 3 7 3 88 55 0000000 77 3 3 3 3 7 0000000000000 3 3 3 55 55 3 3 555555 0 3 3 99 44 222222 3 000 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 55 444 66 8 4444444 111111 8 0000 4 4 4 4 66 88888888888 3 888 4 3333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 3 7777 44 3 7777 3 666666666666 77 3 555 55555555555555555555555555555555555555555 44 777777777777 3 555 7777777777 3 555555555555 3 3 000000 55 88 66 222 88 8888888 66 3333 4 1 222222 3 111111111111111111 6 99 99999999999999 6 6 777777 11 222222222 1 66 0 1 777 5 66 333 1 5 5 66 888 9999 5 66 222222 4 1 4 66 3 4 66 4 4 55 4 333333 4 777 777 4 222 66 4 4 4 66 5 5 5 5 5 66 5 000 5 5 5 5 00000000000 5 5 0 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 66 5 66 5 888 5 0 66 66 5 5 5 0 5 5 66 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. .. ....... .. . . . . . ............. . . . .. .. . . ...... . . . .. .. ...... . ... . ........................................................... ..... .. ... .. . ....... ...... . .... . . . . .. ........... . ... . ........................................ ....................... . .... .. . .... . ............ .. . ... ......................................... .. ............ . ... .......... . ............ . . ...... .. .. .. ... .. ....... .. .... . . ...... . .................. . .. .............. . . ...... .. ......... . .. . . ... . .. ... . . . .. ... .... . .. ...... . . . .. . . .. . . .. . ...... . ... ... . ... .. . . . .. . . . . . .. . ... . . . . ........... . . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . ... . . .. .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 66 0 6 11111 6 6 3 6 66 00 8888888 99 3 3 3 3 3 0000000000000 6 6 6 00 00 6 6 555555 9 6 3 22 66 999999 3 444 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 55 999 11 9 6666666 000000 9 0000 4 4 4 4 11 22222222222 2 666 0 6666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888 3 2222 66 3 1111 3 222222222222 99 3 000 44444444444444444444444444444444444444444 66 111111111111 3 888 7777777777 6 555555555555 6 6 555555 00 66 11 222 99 9999999 11 9999 4 0 222222 2 000000000000000000 7 22 22222222222222 7 7 999999 00 000000000 2 88 0 2 555 0 99 999 0 0 0 99 888 5555 0 99 000000 4 9 4 11 9 4 11 4 4 55 0 000000 0 000 000 4 222 11 4 4 4 11 0 0 7 7 7 99 0 000 7 7 7 7 00000000000 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 99 0 888 0 0 99 99 0 0 0 0 0 0 99 0
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATT--TGGTTGGAAA-T-GGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( family-5424 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATCGCATT--TGGT--GNAA-T-GGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|1 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--AAGT-------TAGGAAG--T-A-T-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---------------------------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAT--AACGT-A-TAAC--CAG-ACTGA----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-A-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TA-AT--------T-------TTTAG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGG-------------------A-GT--TCCAA------------G-TT---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TT--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATGT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATATCG---T--TGAT--TCAA-T-AAT--AT---A-----AGA-CAA--GAGTGTA----G-C-GT-A-TTTA-----GGCGG-TATAC--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CGA-T-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-A-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCAA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|10 : T--TGAT--GCAA-T-AAT--AT---A-------A-GA---CAA---G----A-GTGT-AGCGTATGTAGG-CGG-TATAT--AGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GCT--A-CTCAT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CGA-A-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TTAAA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|11 : ACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TCTT--AC--ATGT-------TA-GAAT--T-A-TCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T-TACA---A--A-------------
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-CT-A-CTCTCTTT-AC--ATGT-------TGGAAGT--TAA-T-TT-GTttaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--TTGT-------TTGGACT--T-A-A-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-TTA-T-TACT---A--T-------------A------------T-----------T-----T-----A-TT--C--GAA--AACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|13 : gTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCAAT---A------------T-----------TC----T-----A-GT--G--GAG--GACGT-A-TATC--CAG-ACTGTTCAACG-TGTCTTT-T----TAG-T----GCGATT-C-AT-TGAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-GT--------T-------TTTGG-------TA--A-CTACCAATA-TGT-----------ATT--GCAC-CGG---TGG--------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCAGTT-TGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CGA-A-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCA-G-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTATTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CA-TCATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
gi|16 : --------T-------TTTGG-TATGTGTT--A-CTGC----A-TGTGTTAACCTGGTATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---Atgga
gi|17 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggT--TGGTTGGAAA-T-GGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--TAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGGGGGTGG-TGCAT--AAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---A
gi|18 : ccaT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--
gi|19 : GGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---ATCATATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TCTT--AC--ATGCATGTATCTGAGAATAAT-A-T-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACA---A--ATTAAATATTGATCA------------T-----------TAGCTAT-----A-GTTAA--GAT--AACGT---TATCACCAGTACTGT----CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATACGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGATCT-AAT-----------------T----------------A-----CTG--TG-AT--------T-------GTTGGATAT---TA--AGCTGC----A-TGT-----------ACTTAACAC-TGG---T-------------------T-T-------------------G-GTAATACAA------------C-TGCATGT----------GT-TACA--C---------T-GG-TG-GAG------A--TG--
gi|2 : -------TTTGG-TAA---TACAA-CTGC----A-TGT-----------GTT--ACAC-TGG---TGG--------AGAT----GTGT-------------------G-GT--TACAA------------G-TG---AT----------AT-CTCA--T---------T-TGGTG-GAA------A--TG--G--TATA--ACAACAG-------AGAA--CAATTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------tgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|2 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggGATATCTCATT--TGGT--GGAAAT-GGT--AT---AACAACAGA-GAA--CAATTCA----AACTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--A--AAG-AC--------------------------A-AG---GTT--A-CTCGT--ACGAGAAA-TTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-AAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAAG-G-T-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--ATTAAAA-TT-AA-AACCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGGcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--A-GT-------TAGAAGT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T-TACA---A--ATCAAATACGAC--A------------T-----------T-----TTTTTTA-GT--ACGGAGGAAACGT-A-TATC--CAG-ACTGTT---CA-TGTCTTT-A----AAGGT----ACGATT-C-AT-TAAAG-GAGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------GTT-G-TAT---TA--A-CTGC----ATTGT------------TT--ACAC-TGGT--TGG--------TAATAACTGCAT-------------------GTGT--TACAA------------C-TG---GTGGAGAGTGTAGT-TCCAAGTTATATTCAAT-GGTTG-GAA------AATCG--A--TATTAAAC-ACAG-------AGAAACCAATTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------cgtg
gi|3 : T--TGG---AAAA-TCGAT--ATTAAA-CA-CAGA-GAAACCAATTCA----A-CTGTTACTTTATGGAGGGCGGCTGCAT--AAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAA--ATGCACTTGTTACTGTAT-G---AT---ATCAACAA---G-T--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGA-AT-GGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGA-AGGACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-GCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA--T-AA-AACCA-TT---G-TTTC--TGT-GTTCATGGcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttatattcaatggCGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-ATT-TT-GTTAA-------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTTAA-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------AAAATTACGACATT-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-ATTATC--CAGAACTGT----CA-TGTCTTT------AAG-TA---ACGATT-C-AT-TAAAGCATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------A-T---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-GTGC----A-TGT-----------ATTC-ACAC-TGGTTTTGGT-------ATAACT--GCAT-------------------GTGT--TACAACTGGTGGAGAGTG-TG---GTTCCAGTG---ATATTCA--T---------TGGGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAGA------AGAA--CAATTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGACTCGTT---AAGAGAAATATTGTC
gi|4 : GATATT-CATT--GGGTTGGAAA-T-GGT--AT---A-CA-CAGAAGAA--CAATTCATCAAA-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCATTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--T-G-CCTTGTTACTGTAT-G---AT---ATC-ACAATAAGTTTGA-CTCGT-TAAGAGAAA-TAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGATA-GATG--T-TA--G-CTAAA-TACA-G-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GTGGA---CG---TACTGAAAT--AAAGTT-AACAACCA-TT-TGGTTTTC--TGTGGTTCATatggtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtGGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TCT---AC--ATGT-------TAGGAAT--T---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-TT-G-T---A--A------TG-T---T-TACA---A--C-------------A------------TAAACGACA---T-----T-----GTAT--A--GAG--AA-GT-A-TATC--CAG-A-TGT----CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--ACGATTTC-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTTTAGT-----------------TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA-CTGCATGTAT--------TACACTGCTTTGG-TAA---TA--A-CTAC----A-TGT------------TT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------GCGT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T--GTTG-GAA------A--TGGTG--TAT---AC-ACAG-------AGAG--CAATTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------
gi|5 : GATATTCCATTGTTGG----AAA-T-GGTGTAT---A-CA-CAGA-GAG--CAATTCA------CTGT-GCTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAA--AAG-ACTTGT------ATTG---AT---ATC-ACAAC--GTT--A-CTCGT-TTAGAGAAA-TGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-A-AT-GGGGAACC----------AGGTTGAAAATGA-A-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCA-G-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCATTT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGtcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|6 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCGAC---A------------T-----------T-----TT----A-GT--G--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-T-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATCTTA--CTTT-AGTTATTATGTAATTTTTGGT----------------ATTAA-CTGCATGCATCACACTGGT-------TTTGT-TAT---TG--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---GGA--------AGA-----GTGT-------------------G-GC--TTCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGAC-AATTTTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|7 : tGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T--ACA---ATAA-------------A------------TAGGACATT---T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGTCA-TATC--CAG-ACTGT----TA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGGTTTTGGTAATAACTACA-----GTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCAT-T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------
gi|7 : GATATTCCATT--TGGTTGGAAA-T-GGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCAT---ATC-ACAA---TTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|8 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtGGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATGT-------TCG-ACTA-T-A-T-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT-TACACATA--A-------------A------------TGCGACATTTTCT-----T-----GCGT--A--G-G--ACCGT-A-TATC--CAG-ACTGA----C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----AC-ATT-C-ATCTGAAG-ATGT--TTCAGTTT----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------A-T---CTGA-AG-GG--------T-------TTTGG-TA-----A--A-CGAT----A-TGT-----------A-T--ACACTTGG---TTG---------GA-----GTGT-------------------T-GT--TCCAA------------GTTA---AT----------AT-CCAA--T---------T-GGTTGTGAACATCTCA--TGT-GATTAT---AT--CAGTACATTTAGGA--T--TTC----AACTG-TAC-TTA-GGA-GA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCaacgtttcgccgaa
gi|8 : TTCA----A-CTGT-ACTT-A-GGAGAGT---TTAAT--ATGTGA-C-------CAATG----AATTAAG-TCTTTT------AT-T---AT---AGC-GCCA----CT--ATCTGATGTAAGAGAAAATTA--T-GTCATGG-Agccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|9 : ggaagcctggaaaaacattatcttaacttccttaaccaatgttcgactatatttcgttaactcatcaggtctaattctttatttgttttaatgtgtattacacataaatgcgacattttcttgcgtaggaccgtatatccagactgactgcttttattttaagatacattcatctgaagatgtttcagtttatgttagttatctgaagggttttggtaaacgatatgtatacacttggttggagtgttgttccaagttaatatccaattggttgtgaacatctcatgtgattatatcagtacatttaggatCATTTT----------AT--TG---TTT-AAG-----------------T----------------ATTACACTG---G-----------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TAG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAAT---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AATT---AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAATt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222 111111 1 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 222222 2222 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333 111111111111 2222222222 111111111111 111111 111 1111111 1111 222222 444444444444444444 33333333333333 11 333333333 1 111 1 111 111111 222222 111 111 66666666666 1 11 1 1
lowQualScore : 55 4 3 99999 3 3 7 3 88 55 0000000 77 3 3 3 3 7 0000000000000 3 3 3 55 55 3 3 555555 0 3 3 99 44 222222 3 000 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 55 444 66 8 4444444 111111 8 0000 4 4 4 4 66 88888888888 3 888 4 3333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 3 7777 44 3 7777 3 666666666666 77 3 555 55555555555555555555555555555555555555555 44 777777777777 3 555 7777777777 3 555555555555 3 3 000000 55 88 66 222 88 8888888 66 3333 4 1 222222 3 111111111111111111 6 99 99999999999999 6 6 777777 11 222222222 1 66 0 1 777 1 0 1 77 77 000 5 5 5 77 444444 4 1 4 66 3 4 66 4 4 55 4 333333 4 777 777 4 222 66 4 4 4 66 5 5 5 5 5 66 5 000 5 5 5 5 00000000000 5 5 0 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 66 5 66 5 888 5 0 66 66 5 5 5 0 5 5 66 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. .. ....... .. . . . . . ............. . . . .. .. . . ...... . . . .. .. ...... . ... . ........................................................... ..... .. ... .. . ....... ...... . .... . . . . .. ........... . ... . ........................................ ....................... . .... .. . .... . ............ .. . ... ......................................... .. ............ . ... .......... . ............ . . ...... .. .. .. ... .. ....... .. .... . . ...... . .................. . .. .............. . . ...... .. ......... . .. . . ... . . . .. .. ... . . . .. ...... . . . .. . . .. . . .. . ...... . ... ... . ... .. . . . .. . . . . . .. . ... . . . . ........... . . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . ... . . .. .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 66 0 6 11111 6 6 3 6 66 00 8888888 99 3 3 3 3 3 0000000000000 6 6 6 00 00 6 6 555555 9 6 3 22 66 999999 3 444 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 55 999 11 9 6666666 000000 9 0000 4 4 4 4 11 22222222222 2 666 0 6666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888 3 2222 66 3 1111 3 222222222222 99 3 000 44444444444444444444444444444444444444444 66 111111111111 3 888 7777777777 6 555555555555 6 6 555555 00 66 11 222 99 9999999 11 9999 4 0 222222 2 000000000000000000 7 22 22222222222222 7 7 999999 00 000000000 2 88 0 2 555 7 7 9 99 99 000 7 7 7 99 666666 4 9 4 11 9 4 11 4 4 55 0 000000 0 000 000 4 222 11 4 4 4 11 0 0 7 7 7 99 0 000 7 7 7 7 00000000000 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 99 0 888 0 0 99 99 0 0 0 0 0 0 99 0
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( family-5424 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|1 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--AAGT-------TAGGAAG--T-A-T-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---------------------------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAT--AACGT-A-TAAC--CAG-ACTGA----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-A-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TA-AT--------T-------TTTAG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGG-------------------A-GT--TCCAA------------G-TT---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TT--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATGT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATAT--CG-TTGATT--CAA--TAAT--AT---A-----AGA-CAA--GAGTGTA----G-C-GT-A-TTTA-----GGCGG-TATAC--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CGA-T-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-A-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCAA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|10 : TGT-AGCGTATGTAGG-CGG-TATAT--AGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GCT--A-CTCAT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CGA-A-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TTAAA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|11 : ttgatgcaataatataagacaagagACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TCTT--AC--ATGT-------TA-GAAT--T-A-TCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T-TACA---A--A-------------
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-CT-A-CTCTCTTT-AC--ATGT-------TGGAAGT--TAA-T-TT-GTttaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--TTGT-------TTGGACT--T-A-A-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-TTA-T-TACT---A--T-------------A------------T-----------T-----T-----A-TT--C--GAA--AACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|13 : gTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCAAT---A------------T-----------TC----T-----A-GT--G--GAG--GACGT-A-TATC--CAG-ACTGTTCAACG-TGTCTTT-T----TAG-T----GCGATT-C-AT-TGAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-GT--------T-------TTTGG-------TA--A-CTACCAATA-TGT-----------ATT--GCAC-CGG---TGG--------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCAGTT-TGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CGA-A-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCA-G-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTATTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CA-TCATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
gi|16 : --------T-------TTTGG-TATGTGTT--A-CTGC----A-TGTGTTAACCTGGTATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---Atgga
gi|17 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCCATT-GGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--TAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGGGGGTGG-TGCAT--AAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---A
gi|18 : T-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--
gi|19 : GGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---ATCATATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TCTT--AC--ATGCATGTATCTGAGAATAAT-A-T-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACA---A--ATTAAATATTGATCA------------T-----------TAGCTAT-----A-GTTAA--GAT--AACGT---TATCACCAGTACTGT----CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATACGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGATCT-AAT-----------------T----------------A-----CTG--TG-AT--------T-------GTTGGATAT---TA--AGCTGC----A-TGT-----------ACTTAACAC-TGG---T-------------------T-T-------------------G-GTAATACAA------------C-TGCATGT----------GT-TACA--C---------T-GG-TG-GAG------A--TG--
gi|2 : -------TTTGG-TAA---TACAA-CTGC----A-TGT-----------GTT--ACAC-TGG---TGG--------AGAT----GTGT-------------------G-GT--TACAA------------G-TG---AT----------AT-CTCA--T---------T-TGGTG-GAA------A--TG--G--TATA--ACAACAG-------AGAA--CAATTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------tgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|2 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggGATATCTCATTTGGT-GGAAA--TGGT--AT---AACAACAGA-GAA--CAATTCA----AACTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--A--AAG-AC--------------------------A-AG---GTT--A-CTCGT--ACGAGAAA-TTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-AAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAAG-G-T-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--ATTAAAA-TT-AA-AACCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGGcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--A-GT-------TAGAAGT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T-TACA---A--ATCAAATACGAC--A------------T-----------T-----TTTTTTA-GT--ACGGAGGAAACGT-A-TATC--CAG-ACTGTT---CA-TGTCTTT-A----AAGGT----ACGATT-C-AT-TAAAG-GAGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------GTT-G-TAT---TA--A-CTGC----ATTGT------------TT--ACAC-TGGT--TGG--------TAATAACTGCAT-------------------GTGT--TACAA------------C-TG---GTGGAGAGTGTAGT-TCCAAGTTATATTCAAT-GGTTG-GAA------AATCG--A--TATTAAAC-ACAG-------AGAAACCAATTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------cgtg
gi|3 : ATATTCAAT--GGTTGGAAAATCGAT--ATTAAA-CA-CAGA-GAAACCAATTCA----A-CTGTTACTTTATGGAGGGCGGCTGCAT--AAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAA--ATGCACTTGTTACTGTAT-G---AT---ATCAACAA---G-T--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGA-AT-GGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGA-AGGACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-GCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA--T-AA-AACCA-TT---G-TTTC--TGT-GTTCATGGcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttCGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-ATT-TT-GTTAA-------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTTAA-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------AAAATTACGACATT-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-ATTATC--CAGAACTGT----CA-TGTCTTT------AAG-TA---ACGATT-C-AT-TAAAGCATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------A-T---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-GTGC----A-TGT-----------ATTC-ACAC-TGGTTTTGGT-------ATAACT--GCAT-------------------GTGT--TACAACTGGTGGAGAGTG-TG---GTTCCAGTG---ATATTCA--T---------TGGGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAGA------AGAA--CAATTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGACTCGTT---AAGAGAAATATTGTC
gi|4 : GATATTC-ATTGGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGAAGAA--CAATTCATCAAA-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCATTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--T-G-CCTTGTTACTGTAT-G---AT---ATC-ACAATAAGTTTGA-CTCGT-TAAGAGAAA-TAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGATA-GATG--T-TA--G-CTAAA-TACA-G-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GTGGA---CG---TACTGAAAT--AAAGTT-AACAACCA-TT-TGGTTTTC--TGTGGTTCATatggtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtGGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TCT---AC--ATGT-------TAGGAAT--T---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-TT-G-T---A--A------TG-T---T-TACA---A--C-------------A------------TAAACGACA---T-----T-----GTAT--A--GAG--AA-GT-A-TATC--CAG-A-TGT----CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--ACGATTTC-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTTTAGT-----------------TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA-CTGCATGTAT--------TACACTGCTTTGG-TAA---TA--A-CTAC----A-TGT------------TT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------GCGT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T--GTTG-GAA------A--TGGTG--TAT---AC-ACAG-------AGAG--CAATTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------
gi|5 : GATATTCCATT--GTTGGAAA--TGGTGTAT---A-CA-CAGA-GAG--CAATTCA------CTGT-GCTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAA--AAG-ACTTGT------ATTG---AT---ATC-ACAAC--GTT--A-CTCGT-TTAGAGAAA-TGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-A-AT-GGGGAACC----------AGGTTGAAAATGA-A-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCA-G-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCATTT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGtcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|6 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCGAC---A------------T-----------T-----TT----A-GT--G--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-T-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATCTTA--CTTT-AGTTATTATGTAATTTTTGGT----------------ATTAA-CTGCATGCATCACACTGGT-------TTTGT-TAT---TG--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---GGA--------AGA-----GTGT-------------------G-GC--TTCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGAC-AATTTTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|7 : tGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T--ACA---ATAA-------------A------------TAGGACATT---T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGTCA-TATC--CAG-ACTGT----TA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGGTTTTGGTAATAACTACA-----GTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCAT-T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------
gi|7 : GATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCAT---ATC-ACAA---TTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|8 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtGGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATGT-------TCG-ACTA-T-A-T-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT-TACACATA--A-------------A------------TGCGACATTTTCT-----T-----GCGT--A--G-G--ACCGT-A-TATC--CAG-ACTGA----C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----AC-ATT-C-ATCTGAAG-ATGT--TTCAGTTT----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------A-T---CTGA-AG-GG--------T-------TTTGG-TA-----A--A-CGAT----A-TGT-----------A-T--ACACTTGG---TTG---------GA-----GTGT-------------------T-GT--TCCAA------------GTTA---AT----------AT-CCAA--T---------T-GGTTGTGAACATCTCA--TGT-GATTAT---AT--CAGTACATTTAGGA--T--TTC----AACTG-TAC-TTA-GGA-GA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCaacgtttcgccgaa
gi|8 : TTCA----A-CTGT-ACTT-A-GGAGAGT---TTAAT--ATGTGA-C-------CAATG----AATTAAG-TCTTTT------AT-T---AT---AGC-GCCA----CT--ATCTGATGTAAGAGAAAATTA--T-GTCATGG-Agccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|9 : ggaagcctggaaaaacattatcttaacttccttaaccaatgttcgactatatttcgttaactcatcaggtctaattctttatttgttttaatgtgtattacacataaatgcgacattttcttgcgtaggaccgtatatccagactgactgcttttattttaagatacattcatctgaagatgtttcagtttatgttagttatctgaagggttttggtaaacgatatgtatacacttggttggagtgttgttccaagttaatatccaattggttgtgaacatctcatgtgattatatcagtacatttaggatCATTTT----------AT--TG---TTT-AAG-----------------T----------------ATTACACTG---G-----------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TAG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAAT---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AATT---AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAATt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222 111111 1 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 222222 2222 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333 111111111111 2222222222 111111111111 111111 111 1111111 1111 222222 444444444444444444 33333333333333 11 333333333 1 111 1 111 111111 222222 111 111 66666666666 1 11 1 1
lowQualScore : 55 4 3 99999 3 3 7 3 88 55 0000000 77 3 3 3 3 7 0000000000000 3 3 3 55 55 3 3 555555 0 3 3 99 44 222222 3 000 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 55 444 66 8 4444444 111111 8 0000 4 4 4 4 66 88888888888 3 888 4 3333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 3 7777 44 3 7777 3 666666666666 77 3 555 55555555555555555555555555555555555555555 44 777777777777 3 555 7777777777 3 555555555555 3 3 000000 55 88 66 222 88 8888888 66 3333 4 1 222222 3 111111111111111111 6 99 99999999999999 6 6 777777 11 222222222 1 66 0 1 777 1 0 1 77 77 000 5 5 5 77 444444 4 1 4 66 3 4 66 4 4 55 4 333333 4 777 777 4 222 66 4 4 4 66 5 5 5 5 5 66 5 000 5 5 5 5 00000000000 5 5 0 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 66 5 66 5 888 5 0 66 66 5 5 5 0 5 5 66 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. .. ....... .. . . . . . ............. . . . .. .. . . ...... . . . .. .. ...... . ... . ........................................................... ..... .. ... .. . ....... ...... . .... . . . . .. ........... . ... . ........................................ ....................... . .... .. . .... . ............ .. . ... ......................................... .. ............ . ... .......... . ............ . . ...... .. .. .. ... .. ....... .. .... . . ...... . .................. . .. .............. . . ...... .. ......... . .. . . ... . . . .. .. ... . . . .. ...... . . . .. . . .. . . .. . ...... . ... ... . ... .. . . . .. . . . . . .. . ... . . . . ........... . . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . ... . . .. .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 66 0 6 11111 6 6 3 6 66 00 8888888 99 3 3 3 3 3 0000000000000 6 6 6 00 00 6 6 555555 9 6 3 22 66 999999 3 444 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 55 999 11 9 6666666 000000 9 0000 4 4 4 4 11 22222222222 2 666 0 6666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888 3 2222 66 3 1111 3 222222222222 99 3 000 44444444444444444444444444444444444444444 66 111111111111 3 888 7777777777 6 555555555555 6 6 555555 00 66 11 222 99 9999999 11 9999 4 0 222222 2 000000000000000000 7 22 22222222222222 7 7 999999 00 000000000 2 88 0 2 555 7 7 9 99 99 000 7 7 7 99 666666 4 9 4 11 9 4 11 4 4 55 0 000000 0 000 000 4 222 11 4 4 4 11 0 0 7 7 7 99 0 000 7 7 7 7 00000000000 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 99 0 888 0 0 99 99 0 0 0 0 0 0 99 0
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( family-5424 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|1 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--AAGT-------TAGGAAG--T-A-T-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---------------------------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAT--AACGT-A-TAAC--CAG-ACTGA----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-A-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TA-AT--------T-------TTTAG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGG-------------------A-GT--TCCAA------------G-TT---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TT--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATGT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATAT--CG-TTGATT--CAA--TAAT--AT---A-----AGA-CAA--GAGTGTA----G-C-GT-A-TTTA-----GGCGG-TATAC--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CGA-T-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-A-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCAA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|10 : TGT-AGCGTATGTAGG-CGG-TATAT--AGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GCT--A-CTCAT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CGA-A-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TTAAA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|11 : ttgatgcaataatataagacaagagACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TCTT--AC--ATGT-------TA-GAAT--T-A-TCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T-TACA---A--A-------------
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-CT-A-CTCTCTTT-AC--ATGT-------TGGAAGT--TAA-T-TT-GTttaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--TTGT-------TTGGACT--T-A-A-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-TTA-T-TACT---A--T-------------A------------T-----------T-----T-----A-TT--C--GAA--AACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|13 : gTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCAAT---A------------T-----------TC----T-----A-GT--G--GAG--GACGT-A-TATC--CAG-ACTGTTCAACG-TGTCTTT-T----TAG-T----GCGATT-C-AT-TGAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-GT--------T-------TTTGG-------TA--A-CTACCAATA-TGT-----------ATT--GCAC-CGG---TGG--------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCAGTT-TGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CGA-A-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCA-G-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTATTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CA-TCATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
gi|16 : --------T-------TTTGG-TATGTGTT--A-CTGC----A-TGTGTTAACCTGGTATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---Atgga
gi|17 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCCATT-GGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--TAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGGGGGTGG-TGCAT--AAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---A
gi|18 : T-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--
gi|19 : GGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---ATCATATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TCTT--AC--ATGCATGTATCTGAGAATAAT-A-T-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACA---A--ATTAAATATTGATCA------------T-----------TAGCTAT-----A-GTTAA--GAT--AACGT---TATCACCAGTACTGT----CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATACGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGATCT-AAT-----------------T----------------A-----CTG--TG-AT--------T-------GTTGGATAT---TA--AGCTGC----A-TGT-----------ACTTAACAC-TGG---T-------------------T-T-------------------G-GTAATACAA------------C-TGCATGT----------GT-TACA--C---------T-GG-TG-GAG------A--TG--
gi|2 : -------TTTGG-TAA---TACAA-CTGC----A-TGT-----------GTT--ACAC-TGG---TGG--------AGAT----GTGT-------------------G-GT--TACAA------------G-TG---AT----------AT-CTCA--T---------T-TGGTG-GAA------A--TG--G--TATA--ACAACAG-------AGAA--CAATTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------tgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|2 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggGATATCTCATTTGGT-GGAAA--TGGT--AT---AACAACAGA-GAA--CAATTCA----AACTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--A--AAG-AC--------------------------A-AG---GTT--A-CTCGT--ACGAGAAA-TTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-AAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAAG-G-T-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--ATTAAAA-TT-AA-AACCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGGcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--A-GT-------TAGAAGT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T-TACA---A--ATCAAATACGAC--A------------T-----------T-----TTTTTTA-GT--ACGGAGGAAACGT-A-TATC--CAG-ACTGTT---CA-TGTCTTT-A----AAGGT----ACGATT-C-AT-TAAAG-GAGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------GTT-G-TAT---TA--A-CTGC----ATTGT------------TT--ACAC-TGGT--TGG--------TAATAACTGCAT-------------------GTGT--TACAA------------C-TG---GTGGAGAGTGTAGT-TCCAAGTTATATTCAAT-GGTTG-GAA------AATCG--A--TATTAAAC-ACAG-------AGAAACCAATTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------cgtg
gi|3 : ATATTCAAT--GGTTGGAAAATCGAT--ATTAAA-CA-CAGA-GAAACCAATTCA----A-CTGTTACTTTATGGAGGGCGGCTGCAT--AAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAA--ATGCACTTGTTACTGTAT-G---AT---ATCAACAA---G-T--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGA-AT-GGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGA-AGGACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-GCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA--T-AA-AACCA-TT---G-TTTC--TGT-GTTCATGGcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttCGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-ATT-TT-GTTAA-------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTTAA-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------AAAATTACGACATT-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-ATTATC--CAGAACTGT----CA-TGTCTTT------AAG-TA---ACGATT-C-AT-TAAAGCATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------A-T---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-GTGC----A-TGT-----------ATTC-ACAC-TGGTTTTGGT-------ATAACT--GCAT-------------------GTGT--TACAACTGGTGGAGAGTG-TG---GTTCCAGTG---ATATTCA--T---------TGGGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAGA------AGAA--CAATTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGACTCGTT---AAGAGAAATATTGTC
gi|4 : GATATTC-ATTGGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGAAGAA--CAATTCATCAAA-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCATTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--T-G-CCTTGTTACTGTAT-G---AT---ATC-ACAATAAGTTTGA-CTCGT-TAAGAGAAA-TAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGATA-GATG--T-TA--G-CTAAA-TACA-G-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GTGGA---CG---TACTGAAAT--AAAGTT-AACAACCA-TT-TGGTTTTC--TGTGGTTCATatggtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtGGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TCT---AC--ATGT-------TAGGAAT--T---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-TT-G-T---A--A------TG-T---T-TACA---A--C-------------A------------TAAACGACA---T-----T-----GTAT--A--GAG--AA-GT-A-TATC--CAG-A-TGT----CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--ACGATTTC-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTTTAGT-----------------TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA-CTGCATGTAT--------TACACTGCTTTGG-TAA---TA--A-CTAC----A-TGT------------TT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------GCGT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T--GTTG-GAA------A--TGGTG--TAT---AC-ACAG-------AGAG--CAATTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------
gi|5 : GATATTCCATT--GTTGGAAA--TGGTGTAT---A-CA-CAGA-GAG--CAATTCA------CTGT-GCTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAA--AAG-ACTTGT------ATTG---AT---ATC-ACAAC--GTT--A-CTCGT-TTAGAGAAA-TGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-A-AT-GGGGAACC----------AGGTTGAAAATGA-A-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCA-G-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCATTT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGtcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|6 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCGAC---A------------T-----------T-----TT----A-GT--G--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-T-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATCTTA--CTTT-AGTTATTATGTAATTTTTGGT----------------ATTAA-CTGCATGCATCACACTGGT-------TTTGT-TAT---TG--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---GGA--------AGA-----GTGT-------------------G-GC--TTCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGAC-AATTTTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|7 : tGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T--ACA---ATAA-------------A------------TAGGACATT---T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGTCA-TATC--CAG-ACTGT----TA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGGTTTTGGTAATAACTACA-----GTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCAT-T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------
gi|7 : GATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCAT---ATC-ACAA---TTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|8 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtGGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATGT-------TCG-ACTA-T-A-T-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT-TACACATA--A-------------A------------TGCGACATTTTCT-----T-----GCGT--A--G-G--ACCGT-A-TATC--CAG-ACTGA----C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----AC-ATT-C-ATCTGAAG-ATGT--TTCAGTTT----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------A-T---CTGA-AG-GG--------T-------TTTGG-TA-----A--A-CGAT----A-TGT-----------A-T--ACACTTGG---TTG---------GA-----GTGT-------------------T-GT--TCCAA------------GTTA---AT----------AT-CCAA--T---------T-GGTTGTGAACATCTCA--TGT-GATTAT---AT--CAGTACATTTAGGA--T--TTC----AACTG-TAC-TTA-GGA-GA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCaacgtttcgccgaa
gi|8 : TTCA----A-CTGT-ACTT-A-GGAGAGT---TTAAT--ATGTGA-C-------CAATG----AATTAAG-TCTTTT------AT-T---AT---AGC-GCCA----CT--ATCTGATGTAAGAGAAAATTA--T-GTCATGG-Agccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|9 : ggaagcctggaaaaacattatcttaacttccttaaccaatgttcgactatatttcgttaactcatcaggtctaattctttatttgttttaatgtgtattacacataaatgcgacattttcttgcgtaggaccgtatatccagactgactgcttttattttaagatacattcatctgaagatgtttcagtttatgttagttatctgaagggttttggtaaacgatatgtatacacttggttggagtgttgttccaagttaatatccaattggttgtgaacatctcatgtgattatatcagtacatttaggatCATTTT----------AT--TG---TTT-AAG-----------------T----------------ATTACACTG---G-----------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TAG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAAT---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AATT---AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAATt
blockSeqs : CA G G TAACA C A A C TA CA ATGTATC AA A T C C A ATACTTATTTTTT T T G AG GT T T AAATTT A C C TT TG CTTATT C GTA A AATTAAATATTGATCATTAGCTATA TAA GA AT AC T TCAACG ATTTT G GAAT T T C C TC CCAATAGCTTA T AGA T TATTATGTAATTTTTGGTATTAA CATGCATCACACTGGT A TGTG CA G CAAT T GTTAACCTGGTA TA T TTT TAATAACTACAGTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG AA CTGGTGGAGAGT T CAT GGAGAGTGTA A AGTTATATTCAA G T CATCTC AT GT AT TAA AA TACATTT AC ATCA T A CGGTGC A ACAGCCACAAT G CC ATAATACAAGTAG T T AGCAGA TA ATTATATAG A GT T G TTA C T AT GT TAA A A A AC TCAAA T T C TT G G AG C G TT C TACTGT T ATC CAT A TAA TG T G A GA T T A A A AT T GCG G G G C GAAGAGTCCAT A T A GG G A G A A A C G C A TT C CG A GAT G T AA TA G A C G A T GT G
blockSeqs : C . . . . . A . T . . A . . . . A . . . . . . . . TA A . . TT . A . TA . AATCAAATACGACATTTTTTTTA ACG . CA . A CAA ATAA A TT . . . . . G T A . TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA CATGTATTACACTGC . T . . . . A C . TTT TAATAACTGCATGT . . . . TCCAGTG . TT . . . . T . A A A . A . A CGGT A ACAGCACAA . . AAT . . AGTAGA . . T GC . A . T G . . . . . . . AA . T . . G . . . . . . TACTGT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . CATAAATGCGACATTTTCTTGC C . A . . TCA TA . A . . . . . C T A . TATTACA AAGGGT . A . . . . A . . T TATAACTGCATGT . . . . . . C . . . . . . . A . . . . A . A AT . . AT . . . . . T . . A . T T . . . . . . . A . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAAATTACGACATTTTA G . A . . CA T . . . . . . . C T A . TATT TGGTT . T . . . . G . . . AGATGTGTG . . . . . . T . . . . . . . A . . . . A . . AT . . C . . . . . T . . . . . . . . A . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAAATGCAATATTCTA A . A . . CA A . . . . . . . C T C . TATT TGATT . T . . . . A . . . AGAGTGTGC . . . . . . T . . . . . . . C . . . . G . . A . . A . . T . . . . . . . . A . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAAATGCGACATTTTA A . A . . CG A . . . . . . . G T A . TATT TGATT . A . . . . A . . . AGAGTGTG . . . . . . T . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . A . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAAATAGGACATTTTA G . A . . TA A . . . . . . . C . . . TAT TGATT . T . . . . A . . . AGAGTGTG . . . . . . T . . . . . . . C . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATAAACGACATTGT A . . . . C . . . . . . . . T . . . TAT TGATT . T . . . . A . . . AGAGTGTG . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATATTTA A . T . . . TA GT . T . . . . A . . . GAGTGTT . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTG . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AT************ ***********
originalCons : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
finalCons : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATGAT------------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222 111111 1 111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 222222 2222 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222 111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333 111111111111 2222222222 111111111111 111111 111 1111111 1111 222222 444444444444444444 33333333333333 11 333333333 1 111 1 111 111111 222222 111 111 66666666666 1 11 1 1
lowQualScore : 55 4 3 99999 3 3 7 3 88 55 0000000 77 3 3 3 3 7 0000000000000 3 3 3 55 55 3 3 555555 0 3 3 99 44 222222 3 000 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777 55 444 66 8 4444444 111111 8 0000 4 4 4 4 66 88888888888 3 888 4 3333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222 3 7777 44 3 7777 3 666666666666 77 3 555 55555555555555555555555555555555555555555 44 777777777777 3 555 7777777777 3 555555555555 3 3 000000 55 88 66 222 88 8888888 66 3333 4 1 222222 3 111111111111111111 6 99 99999999999999 6 6 777777 11 222222222 1 66 0 1 777 1 0 1 77 77 000 5 5 5 77 444444 4 1 4 66 3 4 66 4 4 55 4 333333 4 777 777 4 222 66 4 4 4 66 5 5 5 5 5 66 5 000 5 5 5 5 00000000000 5 5 0 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 66 5 66 5 888 5 0 66 66 5 5 5 0 5 5 66 5
lowQualScore : .. . . ..... . . . . .. .. ....... .. . . . . . ............. . . . .. .. . . ...... . . . .. .. ...... . ... . ........................................................... ..... .. ... .. . ....... ...... . .... . . . . .. ........... . ... . ........................................ ....................... . .... .. . .... . ............ .. . ... ......................................... .. ............ . ... .......... . ............ . . ...... .. .. .. ... .. ....... .. .... . . ...... . .................. . .. .............. . . ...... .. ......... . .. . . ... . . . .. .. ... . . . .. ...... . . . .. . . .. . . .. . ...... . ... ... . ... .. . . . .. . . . . . .. . ... . . . . ........... . . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . ... . . .. .. . . . . . . .. .
lowQualScore : 66 0 6 11111 6 6 3 6 66 00 8888888 99 3 3 3 3 3 0000000000000 6 6 6 00 00 6 6 555555 9 6 3 22 66 999999 3 444 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444 55 999 11 9 6666666 000000 9 0000 4 4 4 4 11 22222222222 2 666 0 6666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888 3 2222 66 3 1111 3 222222222222 99 3 000 44444444444444444444444444444444444444444 66 111111111111 3 888 7777777777 6 555555555555 6 6 555555 00 66 11 222 99 9999999 11 9999 4 0 222222 2 000000000000000000 7 22 22222222222222 7 7 999999 00 000000000 2 88 0 2 555 7 7 9 99 99 000 7 7 7 99 666666 4 9 4 11 9 4 11 4 4 55 0 000000 0 000 000 4 222 11 4 4 4 11 0 0 7 7 7 99 0 000 7 7 7 7 00000000000 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 99 0 888 0 0 99 99 0 0 0 0 0 0 99 0
consensus : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
Reference ( family-5424 ) : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------A------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTAAGCGTTCGAC-AATT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCACGATTAAGATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGG
gi|1 : ACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--AAGT-------TAGGAAG--T-A-T-TT-GTT-A-------------TAA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TCTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---------------------------------T-----------T-----T-----A-GT--A--GAT--AACGT-A-TAAC--CAG-ACTGA----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-A-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TA-AT--------T-------TTTAG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGG-------------------A-GT--TCCAA------------G-TT---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TT--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTTTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TGT-GA--AATG-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ACTAAGTGTTCGAC-ATGT---AAAACGAATATTGTCGCGTCTTGGCCTTGGGAGAGGATCACACCAATACTCGCCATGATTAAAATAT--CG-TTGATT--CAA--TAAT--AT---A-----AGA-CAA--GAGTGTA----G-C-GT-A-TTTA-----GGCGG-TATAC--AGGGTA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGATGAGCCCATAGGTTGAAA-CGA-T-GACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-A-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCAA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|10 : TGT-AGCGTATGTAGG-CGG-TATAT--AGGGTA-CAG--C-CCAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---ATC-ACAA---GCT--A-CTCAT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-GTAC---CTAAAAG-CA-A-GT-GGGGAACGAAGAGTCCATAGGTTGAAA-CGA-A-AACG--T-TA-TA-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGT--AT-GTGAA---TGGT-TA-TG--AT--AAA-TTAAA-AGCCA-TT-TGG-TTTC--TGT-ATTCATGG
gi|11 : ttgatgcaataatataagacaagagACGGAAGCC--TGG-AA----C-----A-TTGA-CTTA-CG-TCTT--AC--ATGT-------TA-GAAT--T-A-TCTT-GTTAA-------------TGA-C-T-AT-CA--G--TT-AA-TTTA----CTTAA-TTTG-TT--A--A------TGCT---T-TACA---A--A-------------
gi|11 : C-TGG-AAGG--C-----A-TTGA-CT-A-CTCTCTTT-AC--ATGT-------TGGAAGT--TAA-T-TT-GTttaacttccaacatgtaaagagagtagtcaatgccttccagctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|12 : acggaagcctggaacattgacttacgtcttacatgttagaattatcttgttaatgactatcagttaatttacttaatttgttaatgctttGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--TTGT-------TTGGACT--T-A-A-TT-GTT-AATACTTATTTTTTTGA-CTT-AT-CA--G--TT-AATTT------CTC-A-TTTG-CT--ATGACTTATTTG-TTA-T-TACT---A--T-------------A------------T-----------T-----T-----A-TT--C--GAA--AACGT-ctcgtatgactacatcaagtaaccttaacatta
gi|13 : gTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCAAT---A------------T-----------TC----T-----A-GT--G--GAG--GACGT-A-TATC--CAG-ACTGTTCAACG-TGTCTTT-T----TAG-T----GCGATT-C-AT-TGAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-GT--------T-------TTTGG-------TA--A-CTACCAATA-TGT-----------ATT--GCAC-CGG---TGG--------ggcgtacattatcaccatgatggaatgtacatgtctgctccggcga
gi|14 : --TT-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-A-GACG--T-TT-TG-CT-AA-TGCA-G-G-T-CTTAA-TT--GC-ATTTGGC--A--GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCAGTT-TGG-TTTC--TGT-G-TCATG
gi|15 : GTTGAAA-CGA-A-TACG--TGTAATG-CT-AA-TGCA-G-GGT-CTTCA-AT--GC-ATTTGGC--TTAGTCGAGATCGATGTATTG--AT--AAT-TT-AA-AA-CA-TCATGG-TTTCGTTGT-GTTCAT
gi|16 : --------T-------TTTGG-TATGTGTT--A-CTGC----A-TGTGTTAACCTGGTATT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---Atgga
gi|17 : ggaaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCCATT-GGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--TAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGGGGGTGG-TGCAT--AAGGTA-TAG--C-ACAATG-TGGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---AT---A
gi|18 : T-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-GA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--
gi|19 : GGAA--AAG-ACTTGT------AT-G---ATCATATC-ACAA---GTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--
gi|2 : GGAAGCCT-TGG-CAGAA-TTAACAA-TTGAACTTAACT-TCTT--AC--ATGCATGTATCTGAGAATAAT-A-T-TT-GTT-A-------------TGATCTT-A--CAAGG--TT-AA-TA------CTT-A-TTTG-TT--A--AA-----TG-T---TATACA---A--ATTAAATATTGATCA------------T-----------TAGCTAT-----A-GTTAA--GAT--AACGT---TATCACCAGTACTGT----CAATGTCTAT-ATAA-AAG-TGAATACGATT-CTAT-TAAAG-ATGTTCTTAATTTCCAATAGCTTAATATTAAGATCT-AAT-----------------T----------------A-----CTG--TG-AT--------T-------GTTGGATAT---TA--AGCTGC----A-TGT-----------ACTTAACAC-TGG---T-------------------T-T-------------------G-GTAATACAA------------C-TGCATGT----------GT-TACA--C---------T-GG-TG-GAG------A--TG--
gi|2 : -------TTTGG-TAA---TACAA-CTGC----A-TGT-----------GTT--ACAC-TGG---TGG--------AGAT----GTGT-------------------G-GT--TACAA------------G-TG---AT----------AT-CTCA--T---------T-TGGTG-GAA------A--TG--G--TATA--ACAACAG-------AGAA--CAATTCA---AACTG-TACTTTATGGAGGG------tgtggttacaagtgatatctcatttggtggaaatggtataacaacagagaacaattcaaactgtactttatggagggcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|2 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggGATATCTCATTTGGT-GGAAA--TGGT--AT---AACAACAGA-GAA--CAATTCA----AACTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AGAGTAGCAGAGC-ACAATG-TG--A--AAG-AC--------------------------A-AG---GTT--A-CTCGT--ACGAGAAA-TTAGAT-GTCATTG-AAA-T-TATGCAAATAA--TTTGTATGCGCCAAAAG-CA-AGATCGGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGA-AAGACGGGT-TA-TGGCT-AA-TGAAAG-G-T-CTTAA-TTTTGC-ATTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--ATTAAAA-TT-AA-AACCA-TT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGGcggtgcatagagtagcagagcacaatgtgaaagacaaggttactcgtacgagaaattagatgtcattgaaattatgcaaataatttgtatgcgccaaaagcaagatcggggaacaggttgaaacgaaagacgggttatggctaatgaaaggtcttaattttgcatttggcatgtggacggttatgattaaaattaaaaccatttggtttctgtgttcatgg
gi|20 : ggaagccttggcagaattaacaattgaacttaacttcttacatgcatgtatctgagaataatatttgttatgatcttacaaggttaatacttatttgttaaatgttatacaaattaaatattgatcattagctatagttaagataacgttatcaccagtactgtcaatgtctatataaaagtgaatacgattctattaaagatgttcttaatttccaatagcttaatattaagatctaattactgtgattgttggatattaagctgcatgtacttaacactggtttggtaatacaactgcatgtgttacactggtggagatgtgtggttacaagtT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--
gi|3 : CGGAAACCCATGGGAAGGA-C-----ACTTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--A-GT-------TAGAAGT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA--TT-AT-CA--G--TT-AA-TTAAATTTCTT-ACTTTG-TTTTA--A------TG-T---T-TACA---A--ATCAAATACGAC--A------------T-----------T-----TTTTTTA-GT--ACGGAGGAAACGT-A-TATC--CAG-ACTGTT---CA-TGTCTTT-A----AAGGT----ACGATT-C-AT-TAAAG-GAGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------GTT-G-TAT---TA--A-CTGC----ATTGT------------TT--ACAC-TGGT--TGG--------TAATAACTGCAT-------------------GTGT--TACAA------------C-TG---GTGGAGAGTGTAGT-TCCAAGTTATATTCAAT-GGTTG-GAA------AATCG--A--TATTAAAC-ACAG-------AGAAACCAATTC----AACTGTTACTTTATGGAGGG------cgtg
gi|3 : ATATTCAAT--GGTTGGAAAATCGAT--ATTAAA-CA-CAGA-GAAACCAATTCA----A-CTGTTACTTTATGGAGGGCGGCTGCAT--AAGG-A-CAG--C-ACAATG-TGGAA--ATGCACTTGTTACTGTAT-G---AT---ATCAACAA---G-T--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-TATATGCAA-CAA-----GTAA---CCCAAAG-CAGA-AT-GGGCAAC-----------AGGTTGAAA-TGA-AGGACG--T-TA-TG-CT-AA-TGCA-GCG-TCCTTAA-TT--GC-ATTTGGCCGAT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA--T-AA-AACCA-TT---G-TTTC--TGT-GTTCATGGcggctgcataaggacagcacaatgtggaaatgcacttgttactgtatgatatcaacaagtactcgttaagagaaattatgtcatggaaatatatgcaacaagtaacccaaagcagaatgggcaacaggttgaaatgaaggacgttatgctaatgcagcgtccttaattgcatttggccgatgtggacggttatgataaataaaaccattgtttctgtgttcatgg
gi|4 : cggaaacccatgggaaggacacttgacttacttcttacagttagaagttatttgttatgattatcagttaattaaatttcttactttgttttaatgtttacaaatcaaatacgacattttttttagtacggaggaaacgtatatccagactgttcatgtctttaaaggtacgattcattaaaggagtttcatttcatgttaatttagttattctgtgattgttgtattaactgcattgtttacactggttggtaataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtagttccaagttCGGAAGACC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-ATT-TT-GTTAA-------------TGA-CTT-ATGCA--G--TT-TA-TT------CTTAA-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--A-------------AAAATTACGACATT-----------T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGT-ATTATC--CAGAACTGT----CA-TGTCTTT------AAG-TA---ACGATT-C-AT-TAAAGCATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------A-T---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-GTGC----A-TGT-----------ATTC-ACAC-TGGTTTTGGT-------ATAACT--GCAT-------------------GTGT--TACAACTGGTGGAGAGTG-TG---GTTCCAGTG---ATATTCA--T---------TGGGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAGA------AGAA--CAATTCATCAAACTG-TACTTTATGGAGGGCGGTGCATTTAGGT---------ACAGCACAATGT-GG--AATG--C-----------CTTGTT-ACTG-TAT---------GATATC--AC---------AATAA--GTTTGACTCGTT---AAGAGAAATATTGTC
gi|4 : GATATTC-ATTGGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGAAGAA--CAATTCATCAAA-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCATTTAGG-TA-CAG--C-ACAATG-TGGAA--T-G-CCTTGTTACTGTAT-G---AT---ATC-ACAATAAGTTTGA-CTCGT-TAAGAGAAA-TAT--T-GTCATGGTACA-T-TAT-CAA-CAAATTC-GTAC---CCAAAAG-CA-A-AT-GGGGAAC-----------AGGTTGAAA-CGATA-GATG--T-TA--G-CTAAA-TACA-G-G-T-CTTAA-TT---C-ATTTGGC--AT-GTGGA---CG---TACTGAAAT--AAAGTT-AACAACCA-TT-TGGTTTTC--TGTGGTTCATatggtacattatcaacaaattcgtacccaaaagcaaatggggaacaggttgaaacgatagatgttagctaaatacaggtcttaattcatttggcatgtggacgtactgaaataaagttaacaaccatttggttttctgtggttcat
gi|5 : cggaagacctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattattttgttaatgacttatgcagtttattcttaatttgttaatgtttacaaaaaaattacgacattttagtagagaacgtattatccagaactgtcatgtctttaagtaacgattcattaaagcatgtttcatttcatgttaatttagttatctgtgatttttggtattaagtgcatgtattcacactggttttggtataactgcatgtgttacaactggtggagagtgtggttccagtGGAAGCCC-TGG-AAGGAGC-----A-TTGA-CTTA-CT-TCT---AC--ATGT-------TAGGAAT--T---T-TT-GTT-A-------------TGA-CTTTAT-CA--G--TTTAA-TT------CT--A-TT-G-T---A--A------TG-T---T-TACA---A--C-------------A------------TAAACGACA---T-----T-----GTAT--A--GAG--AA-GT-A-TATC--CAG-A-TGT----CA-TGTCTTTTA----AAG-TTT--ACGATTTC-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTTTAGT-----------------TTTCTGTGATTTTTGGTATTAA-CTGCATGTAT--------TACACTGCTTTGG-TAA---TA--A-CTAC----A-TGT------------TT--ACAC-TGG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------GCGT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCA--T---------T--GTTG-GAA------A--TGGTG--TAT---AC-ACAG-------AGAG--CAATTC-----ACTG-TGCTTTATGGAGGGCGGT--GCATAAGTACAGCCACAAT-------GGTGGA--AAAG-A------------CTTGTA-TTGA-TAT------CACAACGTT--AC---------
gi|5 : GATATTCCATT--GTTGGAAA--TGGTGTAT---A-CA-CAGA-GAG--CAATTCA------CTGT-GCTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAG-TA-CAG--CCACAATGGTGGAA--AAG-ACTTGT------ATTG---AT---ATC-ACAAC--GTT--A-CTCGT-TTAGAGAAA-TGA--TTGTCATGG-AAAAT-TATGCA--CAA--TT-GTAC---CCAAAAGGCA-A-AT-GGGGAACC----------AGGTTGAAAATGA-A-GACGG-T-TA-TG-CT-AAATGCA-G-A-G-CTTAAATT--GCCAGTTGGC--AT-GTGGA---CGGT-TA-TG--AT--AAA-TT-AA-AGCCATTT-TGG-TTTC--TGT-GTTCATGtcgtttagagaaatgattgtcatggaaaattatgcacaattgtacccaaaaggcaaatggggaaccaggttgaaaatgaagacggttatgctaaatgcagagcttaaattgccagttggcatgtggacggttatgataaattaaagccattttggtttctgtgttcatg
gi|6 : ggaagccctggaaggagcattgacttacttctacatgttaggaatttttgttatgactttatcagtttaattctattgtaatgtttacaacataaacgacattgtatagagaagtatatccagatgtcatgtcttttaaagtttacgatttcattaaagatgtttcatttcatgttaattttagttttctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactgctttggtaataactacatgtttacactggtggagagtgtgcgttccaagtACGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTG-TT--A--A------TG-T---T-TACA---A--ATAAATGCGAC---A------------T-----------T-----TT----A-GT--G--GAG--AACGT-A-TATC--CAG-ACTGT----CG-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-T-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTG----------ATCTTA--CTTT-AGTTATTATGTAATTTTTGGT----------------ATTAA-CTGCATGCATCACACTGGT-------TTTGT-TAT---TG--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--GCAC-TGG---GGA--------AGA-----GTGT-------------------G-GC--TTCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTGTGGAGGG------GTTTAAAT---------AT-------TAT-GA--AATA-AT-----------TTTGTC-TTTA-TATAGCAGACACAACATT--AC---------ATTGAGTGTTCGAC-AATTTTAAAAACGAATATTGTCGCGTCTTGTCCTTCGGAGAGGATCACACCAATACTCACCACGATTAAGATAT
gi|7 : tGGAAGCCC-TGG-AAGGA-C-----A-TTGA-CTTA-CT-TCTT--AC--ATGT-------TAGGAAT--T-A-T-TT-GTT-A-------------TGA-CTT-AT-CA--G--TT-AA-TT------CTT-A-TTTGCTT--A--A------TG-T---T--ACA---ATAA-------------A------------TAGGACATT---T-----T-----A-GT--A--GAG--AACGTCA-TATC--CAG-ACTGT----TA-TGTCTTT-A----AAG-T----ACGATT-C-AT-TAAAG-ATGT--TTCATTTC----------ATGTTA--ATTT-AGT-----------------T----------------ATT---CTG--TG-AT--------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TGGTTTTGGTAATAACTACA-----GTGTTTACACTGGTGGAGAGTGTG-GT--TCCAA------------G-TG---AT----------AT-TCCAT-T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-ACAG-------AGAA--CAATTC----AACTG-TACTTTATGGAGGG------
gi|7 : GATATTCCATTTGGTTGGAAA--TGGT--AT---A-CA-CAGA-GAA--CAATTCA----A-CTGT-ACTTTATGGAGGGCGG-TGCAT--AAGGTA-CAG--C-ACAATG-CGGAA--AAG-ACTTGT------AT-GATCAT---ATC-ACAA---TTT--A-CTCGT-TAAGAGAAA-TTA--T-GTCATGG-AAA-T-TATGCAA-CAA--TT-cggtgcataaggtacagcacaatgcggaaaagacttgtatgatcatatcacaatttactcgttaagagaaattatgtcatggaaattatgcaacaattaacgtttcgccgaa
gi|8 : ggaagccctggaaggacattgacttacttcttacatgttaggaattatttgttatgacttatcagttaattcttatttgcttaatgttacaataaataggacattttagtagagaacgtcatatccagactgttatgtctttaaagtacgattcattaaagatgtttcatttcatgttaatttagttattctgtgatttttggtattaactgcatgtattacactggttttggtaataactacagtgtttacactggtggagagtgtggttccaagtGGAAGCC--TGG-AAAAA-C-----A-TTAT-CTTAACT-TCCTTAACCAATGT-------TCG-ACTA-T-A-T-TTCGTT-A---------------A-CTC-AT-CA--GGTCT-AA-TT------CTTTA-TTTG-TTTTA--A------TG-TGTAT-TACACATA--A-------------A------------TGCGACATTTTCT-----T-----GCGT--A--G-G--ACCGT-A-TATC--CAG-ACTGA----C--TGCTTTT-ATTTTAAGAT----AC-ATT-C-ATCTGAAG-ATGT--TTCAGTTT----------ATG-------TT-AGT-----------------T----------------A-T---CTGA-AG-GG--------T-------TTTGG-TA-----A--A-CGAT----A-TGT-----------A-T--ACACTTGG---TTG---------GA-----GTGT-------------------T-GT--TCCAA------------GTTA---AT----------AT-CCAA--T---------T-GGTTGTGAACATCTCA--TGT-GATTAT---AT--CAGTACATTTAGGA--T--TTC----AACTG-TAC-TTA-GGA-GA------GTTT-AAT---------A--------TGT-GACCAATGAAT-----------TAAGTCTTTTATTATAGCaacgtttcgccgaa
gi|8 : TTCA----A-CTGT-ACTT-A-GGAGAGT---TTAAT--ATGTGA-C-------CAATG----AATTAAG-TCTTTT------AT-T---AT---AGC-GCCA----CT--ATCTGATGTAAGAGAAAATTA--T-GTCATGG-Agccactatctgatgtaagagaaaattatgtcatggat
gi|9 : ggaagcctggaaaaacattatcttaacttccttaaccaatgttcgactatatttcgttaactcatcaggtctaattctttatttgttttaatgtgtattacacataaatgcgacattttcttgcgtaggaccgtatatccagactgactgcttttattttaagatacattcatctgaagatgtttcagtttatgttagttatctgaagggttttggtaaacgatatgtatacacttggttggagtgttgttccaagttaatatccaattggttgtgaacatctcatgtgattatatcagtacatttaggatCATTTT----------AT--TG---TTT-AAG-----------------T----------------ATTACACTG---G-----------T-------TTTGG-TAT---TA--A-CTGC----A-TGT-----------ATT--ACAC-TAG---TGG--------AGA-----GTGT-------------------G-GT--TCCAA------------G-TA---AT----------AT-TCCA--T---------T-GGTTG-GAA------A--TG--G--TAT---AC-CCAG-------AGAA--CAAT---------TA-TAATTC--------------------AT---------AT-------TGT-GA--AATA-ATAATACAAGTAGTTTGTT-TCTA-TATAGTAGACACAACATTTAACATTATATAGATTAAGCGTTCGAT-AATT---AAAACGTATAATGTCGAGTCTTGGCCTTCCGAGAGGATCACATCAATt