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Reference ( family-5371 ) : GGGGCGGTATAT-CTAGTACT-GCCGA-----C--TCC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACT--C---AA--C-T-GGTG--AACAGAA-C--AA-------A-TTCATA-C-T-C--TTG-GGAACAATCTTTATGTTCA-NATCG-ATTCA------AAAAA-----A--A-TAA-------A-AAACCAACAA-TAA-TAA-----TT-GGT-----AC-G--AATA---------CT--TAAAC--T-GAAA-A---AT-G-CA-T-A---TC-C--AAAGC-GGT----AAATCTAGT-ACT-G--------TGTATAAAT--ACAAA--AACCCG--AAAA-C-G--GACACCG-ATTCC--ACCG-AGCAGATAAA-AA-CA-CGATCTGAAA-AA-TGCCCACT---AAA-TCGGA--TATGGACTTC---TTTTTTTAA-AATTT--AT-AAAA--TTTAT----CA-T-TACTAG-GCATAC-TTTTTATCTCTAAATATAGAAAT-GGT--AGC--AAT-CTAAGACACAT-GAA-TT-GA-T-GAA-ATACTCCCGACCCGA---------GACTCCCGACT--GT--CCCGA--------ATA--TTG-CC--G-CGA-TG-TTTTATAGAT-AT-TAC-TCAA-GCT--CAG--TNGCGAACAGAA-CAAATTCA---TAC--TCGGTAACAA--TCTTTATGTTCAAATCGATTAAAA-TTTATCATTAC-TAGGCATACA--TTTTGTTTTCTAAATA-TC---GAAATGGTAGAACTCTTTAGCCGCAT--GAA-TA-CTCCC----GACTCCCGACTGTCAAAGATTGCCGGCGA-GCTTTGCAAGATATTACTGCAAACNGNCGAACAGAACAAATTCATAGGNTTCTCAGNAACATTTTAAATTTNTNTTCAACGTCGATTAAAATTTACCATTACTAGGGCAAATACTCATATAATGTTATGNATTTTAAAAAAAGATATTCTCATGCAAATGTC
gi|1 : CT-GCCGA-----C---CC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATAA-TT--ACT--C---AAACC-T-GGTG--AACA-AA-C--AA-------AATTCATA-C-TTC--TTG-GGA-CAATCTTTATGT-CA-TATCG-ATTTA------AAAAA-----A--AATAA-------A-AAACCAACAA-TAA-TA------TT-GGT-----AT-ATAAATA---------CT--TAAAC--TTGAAATA---AT-G-CA-T-A---TC-CC-AAAGC-GGTCCCCAAATCTAGTGAGT-GCCGTAAGCTGTATAAATGAACAAA--AAACCGTAAGAA-CCG--GACACCG-ATTAT--A-----------AAA-AA-CAACGATCTGAAA-AAATGCCCGCT---AA--TCGGA--TATGGACTTT---TTTTTTTAA---TTT--AT-AAAA--ATTAT----CC-T-TACTAGCATATAC-TATTTATCTCTAAATATAGAAAT-GGT--AGCGGAATGCTAAGACACAT-TA---T-GA-TCGAAGATTCTCC-----------------GACTCCCGACT--GTTCCCCGA--------AAAAATTG-CCCCG-CGA-TG-TTTTATAGAT-AT--AC-TCAAAGCT--CAAGCTCGCGGACAGAA-CAA-TTCA---TAC--TCG-TAACAA--TCTTTATGTTCAAATCGATTAAAAATTTATCAT-AC-T-GGCATACA--TTTTGCTTTCTAAATA-TC---GAAATGGTTGAACTATTAAGCCGCAT--GAAATAACTCCCCCCGGACTCCCGACTGTCAAAGATTGCCGGCGAAGCTTTGTAAGATATTACTGCAAACGGCCGAACAGAACAAATTCATA--CTTCTCAGTAACATTTT---TTTATGTTCAACGTCGAT-AAAATTTACCATTACTAGGGCAAATACTTATATAATATTATAGATTTTAAAAAAAGATA-TCT-A---AAATGTC
gi|10 : GGGCTGTATAT-CTAATAAT-GACGA-----C--TCT----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACT--CA--AA--C-T-GGTG--AACACAA-C--AA-------C-CTCATACC-T-C--TTC-GGACCAGTCT---TGTTCC-AATCG-ATTTA------AAAAA-----A--A-----------------CAACAA-TAA-TAA-----TT-GAT-----AC-G--AATA---------CT--TCAACT-T-GAAATA---AT-G-CA-T-AT--TC-C--AAAGC-GGT----AATTCTATT-ACT-G--------TATATAAAT--tttaacctaaaatcaa
gi|11 : GTGGTATATTCTAGTACT-GC-GA-----C--TCC----------CCCCGA--T-C-T-CCGAG-ATTGCG-----TGTCTGGTTATT-----TGTGGAT----T--ACT--TCAAAA--C-T-G-CG--AACAGAAAC--AATATATCAA-TTTCTA-T-A-C--TTG-GGAA-AATCTTTATGT--A-AATTG-GATTA------AAAAA-----A--A-TAATAATAAAA-AAACCAATAA-TAG-TAA-----TT-GGT-----AC-G--AATA---------CT--TAAAca
gi|12 : GGACGGTAAAT-CTAGTACG-GACGA-----C--TCC----------C---GA-CG-A-C-CCCGG-ACTGCG---A-AAT-------TTCATACTGTAGATG--TT--ATT--A---AAA-C-T-GGCG--AACAGAA-T--AG-------C-TTCACA-C-T-C--TT-------------TATGTCCG-AATTG-ATTCACACAATAAAAA-----A--T-TAA-------A-AATACAACAA-TA---------------------AC-G-------------------TAAACT-T-GGAA-T---AC---CG-T-A---------AATGC-AGT----AAATCTAGT-aa
gi|13 : gcTATAT-CTAGTACT-GCCGA-----C--TCC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACT--CAA-AA--C-T-GGTG--AACAGAA-C--AA-------A-TTCATATT-T-C--TTG-GGAACAATCTTTATGTTGA-AATCG-ATTAA------AAAAAATAATA--A-TAA-------A-AAACCAATAA-TAG-TAA-----TT-GGT-----AC-G--AATA---------CT--TAAA
gi|14 : GGTAAAT-CTAGTACT--TCG--------------------------GA-TG-G-T-CCCGG-ATTGCG---G-Ta
gi|14 : -C-T-C--TCG-GGAACAATCTTTATGTCCA-AATTG-ATTC--------AGAC-----A--A-TAA-------A-ACTGCAACAA-TAA-CAA-----TA-GGT-----AT-A--CATATGTATAATTCT--TAAAC--T-aaaactgcatccctctcgggaacaatctttatgtccaaattgattcagacaataaaactgcaacaataacaataggtatacatatgtataattcttaaactc
gi|15 : ggtaaatctagtacttcggatggtcccggattgcggtaaaactgcatccCAGAA-T--AA-------C-TTCATA-T-TTC--TAG-GGAACGCTCTTTATGTTCA-AACTC-ATTCA------CACAA----------TAA-------A-AATACAACGA-TAA-TAT-----AA-GGT-----AT-A--AATC---------CT--TAAACT-T-G--A-A---AT-GCCG-T-ACACTT-C--AAAGC-GGc
gi|16 : aaaaacattgttat-TTTTTATCTCTAAATATAGAAAT-GTT--AGC--AGT-CTAAGACACAT-GAA-TT-GA-T-GAA-ATACTTACGAGCCGA---------GATTCCCGACT----------------------------CC----CGA-TG-TTTTATAGAT-AT-TAC-TCAA-GCT--Ccc
gi|17 : A-T-CAA-ATACTCCCGACCCGA---------GATTCCCGACTCGAT--CCCGG----------A--CTG-CCG-G-CGA-TG-TTTTATAGAT-AT-TAC-T
gi|18 : aCAATCCTTATGTTCA-TATCG-ATT-A------AAAAA-----A--A-TAA-------A-GAACCAACAA-TAA-TAA-----TC-GGT-----AT-A--AATA---------CT--T
gi|2 : GGGGCGGTATAT-CTAGTA-T-GC-GA-----C--TCC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACT--C---AA--C-T-GGTG--AACAGAA-C--AA-------A-TTCATA-C-T-C--TTG-GGAACAATCTTTATGTTCA-TATCG-ATTTA------AAAAA-----A--A-TAA-------A-AAACCAACAA-TAA-TAA-----TT-GGT-----ACAG--AATA---------CT--TAAAC--T-GAAA-A---AT-G-CA-T-A---TC-C--AAAGC-G-T----AAATCTAGT-ACT-G--------TGTATAAAT--ACAAA--AACCCA--AAAA-C-G--GACACCG-ATTCC--ACCG-AGCAGATAAA-AA-CA-CGATCTGAAA-AA-TGCC-ACT---AAA-TCGGA--TATGGACTTC---ATTTTTTAA-AATTT--AT-AAAA--TTTAT----CA-T-TACTAG--CATAC-TTTTTATCTCTAAATATAGAA-T-GGT--AGC--AAT-CTAAGACACAT-GA--TT-GA-T-GAA-ATACTCCCGACCCGA---------GATTCCCGACT--GT--CCCGA--------ATA--TTG-CCG-G-CGA-TG-TTTTATAGAT-A--TAC-TCAA-GCT--CAG--TCGCGAACAGAA-CAAAATCA---TAC--TCGGTAACAA--TCTTTATGTTCAAATCGATTAAAA-TTTATCATTAC-TAGGCATACA--TTTTGTTTTCTAAATA-TC---GAAATGGTAGAACTCTTTAGCCGCAT--GAA-TA-CTCCC----GACTCCCGACTGTCAAAGATTGCCGGCGATGCTTTGC-AGATATTACT-CAAACTGGCGAACAGAACAAA--NATAGGATT----GAAAC-TTTTAAATTTCTCTTCAA-GTCGATTAAAATTTACCATTACTAGG---------CATATAATGTTATGTAT-----AAAAAGATATTCTCATGCAAATGTC
gi|20 : -TAGGCATATAATTTTTGTCT-CTAAATA-TGATAGAAATGGTAGAACTC-TTAGCCAAAT--GAA-
gi|21 : GGGGCGGTATAT-CTAGTACT-GCCGA-----C--TCC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TTT-------TT-----
gi|22 : ggGGCG-TATAT-CTAGTACT-GCCGA-----C--TCC----------C---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TTT-------TT-----aagta
gi|23 : gtAA-AA-CA-CGAACTGAAA-AA-TGCCCACT---AAA-TCGGA--TATGGACaagta
gi|24 : GGGCGGTATAT-CTAGTACT-GCCGA-----C--T
gi|3 : ggtGGCGGTATAT-CT-GTACT-GCCGA-----C--TCC--------------GA-CTTG-T-CC-GG-ATTGCG---AATGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACTTGC---AA--CAC-GGTG--AACAGAA-C--AC-------A-TTCATA-C-T-TAATTG-GAGA-GATCTTTATGTTCA-TATCG-AT--A------AAAAA-----A--T-TAA-------A-AAACCAACAA-TAAATAA-----TT-GGT-----AC-A--AATA----------T--TAACT--T-GAAA-ATAAAT-G-CA-T-A---TC-CCAAAGGC-GGT----A--TCTAGT-ACT-G--------TGTATAAA---ACAAA-----CCA--AAAA-C-GCGGACACGT-ATTCC--ACCG-AGCAGATAAA-A--CA-CGATTTGAAA-AA-TGCC-ACT---AAAATCG----TATGGGATTC---TTTTTTTAA---TCT--AT-AAAA--TG-AT----CAAT-TACTAG-GCATA--TTTTTATCTCTAAACAAAGAAATTGGTTAAGC--AAT-CTAAGACACAT-GAAATT-GAAT-GGA-A-AATCTCGACCCGA---------GATTCCCGACT--CG--CCCGACTGTCGAAATA--TTG-CC--GGCGA-TG-TT--ATA-AT-AT--ACATCAA-GCT--CAG--TCGCGAACAGAAACAAATTCA---TAC--TCGGTAA-AA--T-TTTA-GTTCAAATCGAATAAAA-TTTATCATTAC-TAGGCAT-----TTTT
gi|4 : GGACGGTATAT-CTAGTACTTGCCGA-----C--TCCGCGACGTCGCC---GA-CT-G-T-CCCGG-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TT--ACT--C---AAA-C-TCGGTG--A-C-GAA-C--AA-------A-TTCATA-C-T-T--TTG-G-AACAATCCT-ATGT-CA-TATCG-ATT--------AAAAA-----A--A-TAATTAT---A-TAACCAACA--TAT-TAAATTTATT-GGTTATTTAT-T--A-TG---------CTGTTAAACGTT-GAAT-A---AG-T-CA-TTA---TC-CC-AAAGCTGGT----AAATCTAGT-ACT-G--------TGTATAAAT--ACAAATAAACTCG--AAAATC-T--GACAC-G-ATTTCTCACTGTAGCAGATAAA-TATCA-CGATCTGAAAGAA-TGCCCACTGGAAAG-TCGGGAGTA-GGACTTC---TTTTTTTTTTAATTTTGAT-AGAAAGGTTATGGAGTG-T-GACTGG-GCAT-C-TTTTTTTCTCTAA-TATAGAAAT-GGT--AGC--AAT-CTAAGACCCACAGAA-TT-GA-T-GAA-ATA-TTCCGACCCGAGATTCCC--GACTCCCGACT--GT--CCCGA--------ATA--TTG-CG--G-CGA-TGTTTTTATAGAT-AT-TAC-TCAA-GCTTCCAG---CGCGGACAtccaattcaaattccgtttaaaataccaagcactcgca
gi|5 : ggtCGGTATAT-CTAGTAAT-GCCGATCCGAC--TCC----------C---GA-CT-G-TTCCCGG-ATTGCGCCGA-TGT-------TT-----TGTAGATAATTC--ACT--C---AAACC-T-GGTG--AACAGAA-CCAAA-------A-TTCATA-C-T-T--CTG-GGAACAATCTT-ATGTTCA-TATCGCATT--------AAAAA-----A--A-TAA-------A-GAACCAACAAATAA-TAA-----TCCGGT-----AT-A--AATA---------CT--TAAAC--T-GAAA-T---AA-G-CAAT-A---TC-C--AAAGC-G-T----AA-TCTATA-ACTTG--------TGTA-AAAT--ACAAA--AACCGA--AAAA-C-G--GACAC-G-ATTC---ACCG-AGCAGATAAA-AA-CA--GA-CTGAAA-AA-TGCCCACT---AAA-TCGGA--TATGGACTTCTTTTTTTTTTAA----TT--AT-AAAA--TTTAT----CA-T-TACTGG-GCATACTTTTTTATCTCT-AATATAGAAAT-GGT--AGC--AAT--TAAGACACAT-GAA-TTCGA-T-GAT-AT-CCCCTGA-CCGATAGATTCCCGACTCCCGACT--GT---CCAA--------ATA--TTGTCC--G-CGC-TG-a
gi|6 : --------TGTATAACT--ACAAA--AACC-G--AAAG-C-G---ACACCG-AT---------------ATAAACAA-CA----TCTGAAA-AA-TGCCCACT----TA-TCGGA--ATTGGACTTC---TTTTTTTAA-AA-TT--ATAAAAA--TTGAT----CA-TATATTAG-GCATAC-TTTTTATCCCTAAATATTAAAAT-GGT--AGA--AAT-CTATGACACAT-GAA-TT-GATT-GAA-ATACTCCCGACCCG----------GACTCCCGACT--GT--CC--G--------TTA--TTG-CC--G-CGAGTG-TTTT-TAAATAATATAC-TCCA-ACT--CAG--TGGCGAACAGAA-CAAATTCAAATCACTTTTGGTAACAAATTCTTTATGTTCAA--CGATTAAAA--TTATCATTACATA-ACATACA--TTTTG-TTTCTAAAAATTC---GAAATGGTAGAACTCTTT-GTCACATTGAAA-TA-CT-------------CGACTGTCAACAATTGCCGGC---GCTTT
gi|7 : gcgaTATA-AA-CA-CGATTTAAAA-AA-TGCCCACT---AAA-ACGGA--TATGGACTTC---TTTT-TTAA-AATTG--AT-AAAA--TTTAT----TA-T-TACTAG-GCATAC-TTTTTGTCTCTAAATATAGAAAT-GGT--AGA--AAT-CTTAGCGACAT-GA-----------AA-ATACTCCCGACCCGA---------GACTCCCGACC--GT--CACGG----------A--TTG-CC--------TG-TTTTATCGAT-AT-TAC-CCAA-ACT--CAG--TGGCGAACAGAA-tgt
gi|8 : AGTACT-CCCGA-----CAACGC----------T---GC-AT-GAT-CGCGGTAGTGCG---A-TGT-------TT-----T--AGATA--AT--ATT--A---AAA-C-C-GGCG--AACAGAA-T--AA-------T-TTCAAA-C-TTC--TTG-GGAACAATCTTTATGTTTA-AATTG-ATTC--------ACAC-----A--A-TGA-------A-AAAT--ACAA-CAA-TAA-----T---GT------C-GA-AATT---------CT--TAAAC--T-TAAA-AT--GTCG-CATT-C---TC-A--AAAGC-GGT----AAATCT-----------------------AAC--ACAAA--AG-CTG--AAAA-C-G--GA-ATTGTATTTC---CCA-AGCtttccggtttgattatcaaaatgacagttgaaatagacggtaagaaaaatgataa
gi|9 : cggttaaatcgtcGAGCGGTATAT-CTATTACT-CCCGA-----C--ACC----------C---GATTT-G-T-CCC-G-ATTGCG---A-TGT-------TT-----TGTAGATA--TTAAACT--C---AA--C-T-GGTGATAGCAGAA-C--AA-------A-TTCATA-CTT-C--TTGTTGAACAATCTTTATGTTCATTGTCG-ATTTA------AGAAA-----AACA-TAA-------AGAAAACAACTA-TAA-TAA-----TT-GGT-----AC----AATA---------C---TAAAC--C-GAAATA---CT-G-CA-T-A---TCTC--AAAGC-GGT----ATATCTAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAATCTCCGGTGGGCGTATATCTAAGTTACTAAGGTGAAAGTTACACCCGCCGACCTCCC