lowQualScore : 11 22222222222222 333333333333333333333 1111 111111111 3333333333333333333333333 66666666666666666666666666666666666666 11111111111111111 11111111 111111 1111111 11 1
lowQualScore : 6 33 0 33333333333333 66 444444444444444444444 9999 8 33 2 000000000 2 444 333 3333333333333333333333333 33 777 777 2 66 2 22222222222222222222222222222222222222 33 66 8 88 2 2 444 77777777777777777 88888888 33 77777 66 000000 6666666 4 777 00 1 6
lowQualScore : . .. . .............. .. ..................... .... . .. . ......... . ... ... ......................... .. ... ... . .. . ...................................... .. .. . .. . . ... ................. ........ .. ..... .. ...... ....... . ... .. . .
lowQualScore : 7 66 4 77777777777777 11 000000000000000000000 6666 0 77 7 777777777 5 777 888 1111111111111111111111111 44 888 999 7 44 9 66666666666666666666666666666666666666 77 33 0 77 5 4 444 55555555555555555 55555555 99 11111 77 333333 3333333 4 888 44 9 0
consensus : NTTTA-AGAGA--ATATTAGTAAG------G-----A--CAT---------------------GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CT-A-ATNTTTTGTATCTACAT--------T-TT--T---CACATN--CTG-TAGGTCACG-TT-TA-NN-----GG-G-ACG-TA-A--C----TAT-------GA--GGAC--A-AATTTT-TGTCC-TCA---T-----------------AATGCAC-TTT----TTGTCC--TCA-----TAACTT----C-TGT----CGAATGGTT-A---AAAN-TTGTCCTCACTAT
Reference ( gi|9 ) : ATTTA-AGAGA--ATATTAGTACA------G-----A--CAT---------------------GTCCC--CTCACCACTTGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CT-A-ATCCTTTGTATCTACAT--------C-TT--T---CACATG--CTG-TAGGTCACG-TT-TA-AA-----GA-G-ACA-TA-A--A----TAA-------GA--GGAC--A-AATGTT-TGTCC-TCA---T-----------------AATGTAC-TTT----TTGTCC--TCA-----TAGCTT----C-TGC----CTAATGGTT-A---AAAC-TTCTCCTCGCTAT
gi|2 : TTTA-AGAGAGAATATTAGTACA------A-----AAACATACGTCTCTGGTAAGGATGTCAGTCCC--CACACCATATGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CT-A-ATACTTTGTATCTACAT--------T-TT--T---CACATACTCTGCTAGGTCACGATTGTG-AT-----GG-G-A-A-CT-A--C----TAACGTTTGTGA--GGAC--A-AAATTG-TGTCT-TCA---T-----------------TATGCAC-CTT----TTATCC--TTA-----TAACTT----C-TGT----TGAATGGTT-A---AAAG-TTGTCCTCACTAT
gi|5 : ataaaagtttcctctcttccaaatgttggagaaaagatgcatggtTTTA-AGAAA--AAAATGGTAAG------G-----A--CAT---------------------GTCCC--CATACTACTTGAC-C--T-C---------ATTAAAC---CT-A-ATTTTT--------CAC--------C-TC--T---CACGTC--CTaaacattatttaaatcaatcatccacccttcccctgatccccc
gi|20 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaattTTTAGAGAGA--ATTTT-GTAAG------G-----A--CAT---------------------TTCCC--GACACCACTTGTC-C--T-T---------ACT-AAT---CT-ACATCTTcataatgcacctttttgtcctcatagcttctgtcaaatgggtaaacggtgtcctcactat
gi|13 : aatattTTTG-AGAGAG-ATA--A--ACA------GCTGGGA--CAT---------------------GTCTC--CACACCACTTG-----------------------AT--------ATC--TTGCA----CAT----------TT--T---CACGTG--C--------CACA-TT-TATGG-----GG-G-ACA-CA-A--C------A-------GACGGGACGCA-AAT-TT-TGTCC-TCccatgtgttg
gi|8 : atccaatattctctttcaaactgtagaaaagttA-AGAGA--ACATCAGTATATATAGGG-----G--CAT---------------------GTCCC--CACATCACCTGTC-T--C-C---------ACT-gcgg
gi|6 : acaccttttaaaatttttgaattgtaaaaaaaacatgccttaga-AGAGA--TTATCAGTAAG------G-----A--CAT---------------------GTCCC--CACAGC-CTTGTT-T--C-C---------ACT-GAT---CC-A-GTATCATGTAGCTAAAC--------T-TT--C---CACATT--CTG-TGAGTCATG-TT--A-AG-----GG-G-ATG-TA-A--C----TGT-------GA--GGAA--AGAATGTT-TGTCC-TCA---T-----------------AGTGCAC--------CTGTCC--TCACTATGTAG----------GT----CAAATGATA-A---AAAC-CTGTTCTgtttaaatggttgagtttatggggagtcaggaacgtcacgccaagtattggaatttttgtcctcatagtgcacacctctcctcacaaccaaatcaaatggttaaaaa
gi|1 : aagtactatcttaggtagtaaaaaccatccagttctctctttcaaattgtgaaaaattattgagGAGA--ATATTAGTAAG------G-----A--CAT---------------------GTCCCAGTGCATCAGTTGTC-C--T-C---------AAT-AAT---AT-G-----------------------------T--T---CACATT--TTG-TAGGCTGCG-TT--A-AACTATGGG-G-GCG-TA-G--T----TGT-------GA--GTAC--A-AATGTT-TGTCC-TCA---T-----------------AATGCAC-TTT----TTGTCC--TCA-----TAACTT----A-TGT----C-AATGTTT-A---AAAT-TTC
gi|10 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcTTAGTAAG------G-----A--CAT---------------------GTCCC--TATATCACTTGTCTC--T-C---------ACA-AAT---CT-A-ATATTTTGTAATTATAT--------C-TT--T---CACATG--CGG-TGGATCACG--T-TA-AT-----GT-GTGTG-CA-A--T----TGT-------TA--GGGG--A-AATTTT-TATCC-TCG---T-----------------AATGCAC-TTT----T-------TCA--------CTT----CTTGT----CAGATGGTT-A---AAA
gi|7 : ------G-----A--CAT---------------------GTCCC--TACACTACTTATC-TAGC-C---------AC--AAT---AT---ATCTTT--TATCAAAAC--------T-TT--T---CACAAT--TTC-CAGGTCAAG-TT-TA-TT-----TG-G-ACATTACA--G----TA---------A--GGACG-G-AATTGT-TGTCC-TCA---C-----------------AGTGCAC--AT----CTGTCC--TCA-----AA---T----T-TGCAGGTCAAATGGCT-ATATAGATATTGTCCTCACTgtggtctttattatac
gi|16 : tccgatatcctcattcatgttgtgaaaaaacgtgtttttggaaagg---------------------GTCCC--CACACCACTTGTC-C--C-CTCTAATATAATT-AAT---CT-A-ATATCTTGTATCT-CAG--------C-TT--TATCCACGTT--CTG-TGGAACATG-TT-tta
gi|18 : ACCACTTATCTC--T-C---------GCT-AATTATCTCA-AT--TTTGC-TCTACAT--------C-TT--TTA-CATATA--CTG-TAGGCCACG-AT-T------------G-TC-----------------------GA--GGAC--A-ATAGTTCTGTCC-TTA---T-----------------AAatgggtaccaaactgtaaaggcagaa
gi|12 : CACTTGTC-C--T-C---------ACT-G-T---C----ATTGTT-GTATTTACAT--------T-TT--T---CACATG--TTG-TAGGTCACG-AT-TA-TG-----GG-G-GCG-TA-A--T----TGT-------GT--GAAC--A-GAAGTT-TGTCC-TCA---T-----------------AATGTAT-TTA----TTGTCC--TCA-----TAACCT----C-TGT----CGAACGGTT-A---AAAC-TTGTCCTC
gi|4 : CACTTGTC-C--T-C---------ATT-AGT---CT-A-A--------A-----AT--------C-AT--T---TACATG--CTG-TAGGTCACG----TG-AT-----GAGG-ACG-TA-A--T----TGT-------GA--GGA---A-GATTTT-TATTTATCA---TTTTTTTTATTTGTTTCCATTGTGC-TCTTGTATTGGCC--TCG-----CAACTT----T-CGT----CAAATTGTTAA---AAAT-TTGTCCTCa
gi|25 : agtactatgatactgtaggtataactttgggacacctataaaagttttgtctttcgaattttgaaaaaaaataaattagaaaacatttcttgtaaggaTTGTC-C--T-C---------GCC-AAT---AT-A------TTGTATCGACAT--------T-AT--T---CACGTG--TTG-TAGGTCACG-AT-TA-TG-----GG-G-ATG-TA-A--a
gi|11 : TGTCTC--TGC---------ATT-AAT---CT-A-ATAGGTTGCATCTAAAT--------TGTTCAT---CACATT--CTG-TTGGTCACG-TT-CA-TATGTG-GG-A-ACA-TA-A--C----TAT-------AT--GGAC--AGGATTTC-TGTCC-TCA---T-----------------AGTGCA----T----TTGTCC--TCA-----
gi|3 : CT-AAT---CT-A-ATATCTTGTATCTACATTTGTAAACT-TT--T---CACATT--CTG-TAGGattgtttgctaaaattgtcctcatttcgc
gi|17 : ctctctctctctctctttctttctctctctcagccaatgataagcactgggtcttcacaaagtctaaggagtgttattgtgaaaacaaatatgaactatctgtggaagttgcatgtaaaggaacacctataaaagtttttccaataatctttcttgaattgtgtgaacaaatggttttgagagagacactgtctgataat--T---CGCATG--CTG-TAGGTCACG-TT-TA-TG-----GG-G-ACG-TA-A--AGTTCT-G-------GA--GGAC--AGAACTTT-TG----TCA---T-----------------AGTGAAC--TT----CTGTTC--TCA-----ctagctgtgtctatgggaacaagtcatga
gi|24 : --T---CATATT--CTG-TGGGTCACG-TT-TA-TT-----GA-G-AGA-TG-ACTG----TAA-------GA--ATA---A-GATTCT-TCTTC-TCA---T-----------------TGTGTCC-Taattgtcttcattttacac
gi|1 : A-AA-----AA-GTGCA-T----------TAT-------GA--GGAC--A-AACATT-TGTAC-TCA---C-----------------AAC-TAC----------GCCC--CCA-----TAGTTTAACGC-AGC----CTAc
gi|14 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcgagaatattagtaaggacatgtcccagtgcatcagttgtcctcaataatatgttcacattttgA-AA-----AA-GTACA-T----------TAT-------GT--GGAC--A-AACTTT-TGTCC-TCA---C-----------------TAT-TAC----------GTCC--CCA-----TAgtcctcataacttatgtcaatgtttaaaatttc
gi|14 : -----GG-G-ACG-TA-A-------TAGT------GA--GGAC--A-AAAGTT-TGTCC-ACA---T-----------------AATGTAC-TTT----TTGTCC--TCA-----TAATGT----C-TGT----CTgtcctcataatgtctgtcttgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|21 : tatg-TGTCC-TCGAATT-----------------AATGTAT-CTT----TTTTCCCCTCA-----TAATTT----T-CGT----CAAATGGAT-A---AAAG-TTGTCATCACTtgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|5 : GTCC-TCA---T-----------------AATGCACCTTT----TTGTCC--TCA-----TAGCTT----C-TGT----CAAATGGGT-A---AACG-GTGTCCTCACTATttacagtat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATTATTGTTAAGACTAAAAGGCATAGCTAAAGGTTTTATCTTATACTCTTTCGAATTAAAAAAAAAAAGTTTTGAGATATAGAATACCAGTAAGGACATGTCCCAGCACTGCTCTCTTT
Unaligned ( gi|19 ): TACACCTTTCATATTGTGTGGACACCTTAATGGGGATGTAATTGTTAGATTACAGTACATTTGTCCCCACCGTGCACT
Unaligned ( gi|22 ): TGGGCGTGCAACAGTAAGGACAGAACATTTTTCCCCATAGTGCACTTTTGTTCTCATAACGCAGTTCAAAGTT
Unaligned ( gi|23 ): ACTATGGGGGAGCAACTGTTGGGGAAAAAATTGTCCTTATAATGCATCTCTGTTATCACAACCTATGCCAAAT
Unaligned ( gi|26 ): AACTGGTGTCATTTTCAGAAAATCAGACACCCA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 11111111111 111111111111 11111111111111111111 1111
lowQualScore : 6 5 4 000000 44 44 7 33 2 000000000 2 666666666666 111 11111111111 2 2 22 555 22 2 1 4444 2 55555555 9999999 66666666 22 22 111111111111 22 22 66666 999 33 88888888888888888888 333 0000 2 33 3 1 88888 7 3 555 77
lowQualScore : . . . ...... .. .. . .. . ......... . ............ ... ........... . . .. ... .. . . .... . ........ ....... ........ .. .. ............ .. .. ..... ... .. .................... ... .... . .. . . ..... . . ... ..
lowQualScore : 7 0 0 555555 66 66 5 44 5 000000000 4 999999999999 666 55555555555 4 4 99 999 99 2 2 7777 2 88888888 6666666 99999999 88 88 666666666666 99 99 22222 777 99 11111111111111111111 777 9999 4 22 1 8 00000 5 3 888 99
consensus : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CTA-ATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---A-TG----GGGA--------CG--T--AA----C---TGT-GA--GG--A--C--A-A-ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACTTC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
Reference ( family-5217 ) : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CTA-ATNTTTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---A-NN----GGGA--------CG--T--AA----C---TAT-GA--GG--A--C--A-A-ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAATGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACTTC-T--GTCGAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
gi|1 : GAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCCAGTGCATCAGTTGTC-C--T-C---------AAT-AAT-------ATGTT------------------------------CACATT--TT--G-TAGGCTG----CGTTAAACT---A-TG----GGGG--------CG--T--AG----T---TGT-GA--GT--A--C--A-A-ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACTTA-T--GTC-AATGTTT-A---AAA-TTT
gi|10 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--TATATCACTTGTCTC--T-C---------ACA-AAT---CTA-ATATTTTGTAATTATA--T--------C-T-T--TCACATG--CG--G-TGGATCA----CGTT----A---A-TG----TGTG--------TG--C--AA----T---TGT-TA--GG--G--G--A-A-ATTT--------------------TTATCCTCG---TAATGCAC-TT-T-T--TC--------ACTTCTT--GTCAGATGGTT-A---AAA-GTGGTCTTTATTATc
gi|11 : TGTCTC--TGC---------ATT-AAT---CTA-ATAGGTTGCATCTAAA--T--------TGT-TCATCACATT--CT--G-TTGGTCA----CGTT----C---A-TATGTGGGAA--------CA--T--AA----C---TAT-AT--GG--A--C--A-GGATTT--------------------CTGTCCTCA---TAGTGCA-----T-TTGTCC--TCA-A----T-T--GT----TTGCT-A---AAA--TTGTCCTCATTac
gi|12 : CACTTGTC-C--T-C---------ACT-G-T---C---AT-TGTTGTATTTACA--T--------T-T-T--TCACATG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---A-TG----GGGG--------CG--T--AA----T---TGT-GT--GA--A--C--A-G-AAGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAT-TT-A-TTGTCC--TCATAACCTC-T--GTCGAACGGTT-A---AAA-CTTGTCCTCAtcgc
gi|13 : TTTG-AGAGAGATAAACAGCT------GGGACAT--GTCTC--CACACCACTTG--------------------------------ATATCTTG----CACA-----------T-T-T--TCACGTG--C----------CA----CATT----T---ATGG----GGGA--------CA--C--AA----C----A--GACGGG--ACGC--A-A-A-TT--------------------TTGTCCTC
gi|14 : atccaatattctctttcaaactgtagaaaagtt----T---A-TG----GGGA--------CG--T--AA----T---AGT-GA--GG--A--C--A-A-AAGT--------------------TTGTCCACA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAATGTC-T--GTCgcgg
gi|15 : AGA-ATAC-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--AGCACTGCTttgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|16 : gtattattgttaagactaaaaggcatagctaaaggttttatcttatactctttcgaattaaaaaaaaaaagttttgagatat--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--C-CTCTAATATAATT-AAT---CTA-ATATCTTGTATCT-CAGCT--------T-TAT--CCACGTT--CT--G-TGGAACA----TG-T----T---A-TG----GGTA--------CC--A--AA----C---TGT-AA--AG--G--C--A-G-Actcttt
gi|17 : --TCGCATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---A-TG----GGGA--------CG--T--AAAGTTC---TG--GA--GG--A--C--AGA-ACTT--------------------TTG---TCA---TAGTGAAC--T-T-CTGTTC--TCAa
gi|18 : ACCACTTATCTC--T-C---------GCT-AATTATCTC-A-ATTTTGC-TCTACA--T--------C-T-T--TTACATATACT--G-TAGGCCA----CGAT----T------------------------G--T--------------C-GA--GG--A--C--A-ATAGTT--------------------CTGTCCTTA---TAAaattgtcttcattttacac
gi|19 : TACA--C--------C-T-T--TCATATT--GT--G-T-GGACA----CCTT----A---A-TG----GGGA--------TG--T--AA----T---TGT-TA--GATTA--C--A-GTACAT--------------------TTGTCCCCA---CCGTGCAC-T
gi|2 : -TGGTA------AGGATGTCAGTCCC--CACACCATATGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CTA-ATACTTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATA--CTCTGCTAGGTCA----CGAT----TGTGA-TG----GGAA--------CTACT--AA----CGTTTGT-GA--GG--A--C--A-A-AATT--------------------GTGTCTTCA---TTATGCAC-CT-T-TTATCC--TTATAACTTC-T--GTTGAATGGTT-A---AAA-GTTGTCCTCACTAT
gi|20 : ataaaagtttcctctcttccaaatgttggagaaaagatgcatggttttaagagagaatattagtacaaaaacatacgtctcTTTAGAGAGA-ATTT-T-GTA------AGGACAT--TTCCC--GACACCACTTGTC-C--T-T---------ACT-AAT---CTACATCTTaaacattatttaaatcaatcatccacccttcccctgatccccc
gi|21 : aatattTGTCCTCGAATTAATGTAT-CT-T-TTTTCCCCTCATAATTTT-C--GTCAAATGGAT-A---AAA-GTTGTCATCACTccatgtgttg
gi|22 : GGG--------CG--TGCAA----C---AGT-AA--GG--A--C--AGA-ACAT--------------------TTTTCCCCA---TAGTGCAC-T--T-TTGTTC--TCATAACttacagtat
gi|23 : t----T---A-TG----GGGG--------AG--C--AA----C---TGTTGG--GG--A--A--A-A-AATT----------------------GTCCTTA---TAATGCA--TC-T-CTGTTA--TCACAACCTA-T--GCCAAATgcagttcaaagtt
gi|24 : ac--TCATATT--CT--G-TGGGTCA----CGTT----T---A-TT----GAGA--------GA--T--GA----C---TGT-AA--GA--A--T--A-AGATTC--------------------TTCTTCTCA---T--TG----------TGTCC--TC
gi|25 : TTGTC-C--T-C---------GCC-AAT---ATA------TTGTATCGACA--T--------T-A-T--TCACGTG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---A-TG----GGGA--------TG--T--AA----
gi|3 : CT-AAT---CTA-ATATCTTGTATCTACA--TTTGTAAACT-T-T--TCACATT--CT--G-TAGGCTAGCTGTGTC----T---A-TG----GGAA--------C
gi|4 : ctctctctctctctctttctttctctctctcagccaatgataagcactgggtcttcacaaagtctaaggagtgttattgtgaaaacaaatatgaactatctgtggaagttgcatgtaaaggaacacctataaaagtttttccaataatctttcttgaattgtgtgaacaaatggttttgagagagacactgtctgataatCACTTGTC-C--T-C---------ATT-AGT---CTA-AAAT----------CA--T--------T-T------ACATG--CT--G-TAGGTCA----CG-T----G---A-TG----AGGA--------CG--T--AA----T---TGT-GA--GG--A-----A-G-ATTTTTATTTATCATTTTTTTTATTTGTTTCCA---TTGTGCTC-TTGTATTGGCC--TCGCAACTTT-C--GTCAAATTGTTAA---AAA-TTTGTCCTCAaagtcatga
gi|5 : agtactatgatactgtaggtataactttgggacacctataaaagttttgtctttcgaattttgaaaaaaaataaattagaaaacatttcttgtaaggaTTTA-AGAAA-AAAA-TGGTA------AGGACAT--GTCCC--CATACTACTTGAC-C--T-C---------ATTAAAC---CTA-ATTTTT--------CA--C--------C-T-C--TCACGTC--CT--
gi|5 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaattGTCCTCA---TAATGCACCTT-T-TTGTCC--TCATAGCTTC-T--GTCAAATGGGT-A---AAC-GGTGTCCTCACTATcataatgcacctttttgtcctcatagcttctgtcaaatgggtaaacggtgtcctcactat
gi|6 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaatttttaagaaaaaaatggtaaggacatgtccccatactacttgacctcattaaacctaatttttcacctctcac-AGAGA-TTAT-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACAGC-CTTGTT-T--C-C---------ACT-GAT---CCA-GTATCATGTAGCTAAA--C--------T-T-T--CCACATT--CT--G-TGAGTCA----TGTT--------A-AG----GGGA--------TG--T--AA----C---TGT-GA--GG--A--A--AGA-ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC------CTGTCC--TCACTATGTA-G--GTCAAATGATA-A---AAA-CCTGTTCT
gi|7 : aagtactatcttaggtagtaaaaaccatccagttctctctttcaaattgtgaaaaattattgagA------GGGACAT--GTCCC--TACACTACTTATC-TAGC-C---------AC--AAT-------ATATCTTTTATCAAAA--C--------T-T-T--TCACAAT--TT--C-CAGGTCA----AGTT----T---A-TT----TGGA--------CA--T--TA----C---AGT-AA--GG--A--CG-G-A-ATTG--------------------TTGTCCTCA---CAGTGCAC--A-T-CTGTCC--TCA-AATTTG-CAGGTCAAATGGCT-ATATAGATATTGTCCTCACT
gi|8 : tccgatatcctcattcatgttgtgaaaaaacgtgtttttggaaA-AGAGA-ACAT-CAGTATATATAGGGGCAT--GTCCC--CACA-------------T-C---------ACC-------------------TGTCTCCA--C--------T-G-T--TTAAAT-----------GGTTG----AGTT----T---A-TG----GGGAGTCAGGAACG--T--CA----C---GCC-AA--GT--A--TTGG-A-ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-AC-C-TC-TCC--TCACAAC--CAA--ATCAAATGGTT-A---AAA-tta
gi|9 : acaccttttaaaatttttgaattgtaaaaaaaacatgccttagaTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------CAGACAT--GTCCC--CTCACCACTTGTC-C--T-C---------ACT-AAT---CTA-ATCCTTTGTATCTACA--T--------C-T-T--TCACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---A-AA----GAGA--------CA--T--AA----A---TAA-GA--GG--A--C--A-A-ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAGCTTC-T--GCCTAATGGTT-A---AAA-CTTCTCCTCGCTATa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AACTGGTGTCATTTTCAGAAAATCAGACACCCA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 5 4 000000 44 44 7 33 2 000000000 555555 66 1 1 33 88888888 2 2 22 666 33 2 1 4444 0 77777777 4444 1 22 4444 55555555 4 22 22 2 3333333333333333333333333333333333 333 99 2 2 33 5 33 6666 0 3 555 77
lowQualScore : . . . ...... .. .. . .. . ......... ...... .. . . .. ........ . . .. ... .. . . .... . ........ .... . .. .... ........ . .. .. . .................................. ... .. . . .. . .. .... . . ... ..
lowQualScore : 7 0 0 555555 66 66 5 44 5 000000000 888888 66 1 2 22 55555555 4 4 99 222 11 2 2 7777 8 11111111 0000 9 88 2222 11111111 2 99 99 1 4444444444444444444444444444444444 777 66 5 5 44 4 77 3333 2 3 888 99
consensus : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
Reference ( family-5217 ) : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
gi|1 : GAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCCAGTGCATCAGTTGTC-C--T-C---------AATAAT------ATGT------------------------------TCACATT--TT--G-TAGGCTG----CGTTAAACT---AT----G-GGGGCG--T----AG----T---TGT-GAGT--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TA-T--GTC-AATGTTT-A---AAA-TTT
gi|10 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--TATATCACTTGTCTC--T-C---------ACAAAT---CTAATATTTTGTAATTATA--T--------C-T-T--TCACATG--CG--G-TGGATCA----CGTT----A---AT----G-TGTGTG--C----AA----T---TGT-TAGG--G--G-A-A--------ATTT--------------------TTATCCTCG---TAATGCAC-TT-T-T--TC--------ACT-TCTT--GTCAGATGGTT-A---AAA-GTGGTCTTTATTATc
gi|11 : TGTCTC--TGC---------ATTAAT---CTAATAGGTTGCATCTAAA--T--------TGT-TCATCACATT--CT--G-TTGGTCA----CGTT----C---ATATGTG-GGAACA--T----AA----C---TAT-ATGG--A--C-A-GG-------ATTT--------------------CTGTCCTCA---TAGTGCA-----T-TTGTCC--TCA-A-----T-T--GT----TTGCT-A---AAA--TTGTCCTCATTac
gi|12 : CACTTGTC-C--T-C---------ACTG-T---C--AT-TGTTGTATTTACA--T--------T-T-T--TCACATG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGGCG--T----AA----T---TGT-GTGA--A--C-A-G--------AAGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAT-TT-A-TTGTCC--TCATAACC-TC-T--GTCGAACGGTT-A---AAA-CTTGTCCTCAtcgc
gi|13 : TTTG-AGAGAGATAAACAGCT------GGGACAT--GTCTC--CACACCACTTG------------------------------ATATCTTGCA----CA--T--------T-T-T---CACGTG--C----------CA----CATT----T---AT----GGGGGACA--C----AA----C---AGA-CGGG--ACGC-A-A--------A-TT--------------------TTGTCCTC
gi|14 : atccaatattctctttcaaactgtagaaaagtt----T---AT----G-GGGACG--T----AA----T---AGT-GAGG--A--C-A-A--------AAGT--------------------TTGTCCACA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAATG-TC-T--GTCgcgg
gi|15 : AGA-ATAC-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--AGCACTGCTttgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|16 : gtattattgttaagactaaaaggcatagctaaaggttttatcttatactctttcgaattaaaaaaaaaaagttttgagatat--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--C-CTCTAATATAATTAAT---CTAATATCTTGTATCT-CAGCT--------T-TAT--CCACGTT--CT--G-TGGAACA----TG-T----T---AT----G-GGTACC--A----AA----C---TGT-AAAG--G--C-A-G--------Actcttt
gi|17 : --TCGCATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AAAGTTC---TG--GAGG--A--C-AGA--------ACTT--------------------TTG---TCA---TAGTGAAC--T-T-CTGTTC--TCA-AATTGTC-T---TCAa
gi|18 : ACCACTTATCTC--T-C---------GCTAATTATCTCA-ATTTTGC-TCTACA--T--------C-T-T--TTACATATACT--G-TAGGCCA----CG--------------------------------A----T---TGTCGAGG--A--C-A-AT-------AGTT--------------------CTGTCCTTA---TAttttacac
gi|19 : TACA--C--------C-T-T--TCATATT--GT--G-T-GGACA----CCTT----A---AT----G-GGGATG--T----AA----T---TGT-TAGATTA--C-A-GT-------ACAT--------------------TTGTCCCCA---CCGTGCAC-Ta
gi|2 : -TGGTA------AGGATGTCAGTCCC--CACACCATATGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATACTTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATA--CTCTGCTAGGTCA----CGAT----TGTGAT----G-GGAACTACT----AA----CGTTTGT-GAGG--A--C-A-A--------AATT--------------------GTGTCTTCA---TTATGCAC-CT-T-TTATCC--TTATAACT-TC-T--GTTGAATGGTT-A---AAA-GTTGTCCTCACTAT
gi|20 : ataaaagtttcctctcttccaaatgttggagaaaagatgcatggttttaagagagaatattagtacaaaaacatacgtctcTTTAGAGAGA-ATTT-T-GTA------AGGACAT--TTCCC--GACACCACTTGTC-C--T-T---------ACTAAT---CT-ACATCTTaaacattatttaaatcaatcatccacccttcccctgatccccc
gi|21 : aatattTGTCCTCGAATTAATGTAT-CT-T-TTTTCCCCTCATAATT-TT-C--GTCAAATGGAT-A---AAA-GTTGTCATCACTccatgtgttg
gi|22 : T----G-GGCGTG--C----AA----C---AGT-AAGG--A--C-AGA--------ACAT--------------------TTTTCCCCA---TAGTGCAC--T-T-TTGTTC--TCATAACttacagtat
gi|23 : ----T---AT----G-GGGGAG--C----AA----C---TGTTGGGG--A--A-A-A--------AATT----------------------GTCCTTA---TAATGCA--TC-T-CTGTTA--TCACAACC-TA-T--GCCAAATgcagttcaaagtt
gi|24 : ac--TCATATT--CT--G-TGGGTCA----CGTT----T---AT----T-GAGAGA--T----GA----C---TGT-AAGA--A--T-A-AG-------ATTC--------------------TTCTTCTCA---TTGTG
gi|25 : TTGTC-C--T-C---------GCCAAT------ATAT--TGTATCGACA--T--------T-A-T--TCACGTG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGATG--T----AA----tcctc
gi|3 : CTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--TTTGTAAACT-T-T--TCACATT--CT--G-TAGGCTAGCTGTGTC----T---AT----G-GGAAC
gi|4 : ctctctctctctctctttctttctctctctcagccaatgataagcactgggtcttcacaaagtctaaggagtgttattgtgaaaacaaatatgaactatctgtggaagttgcatgtaaaggaacacctataaaagtttttccaataatctttcttgaattgtgtgaacaaatggttttgagagagacactgtctgataatCACTTGTC-C--T-C---------ATTAGT---CTAAAATC----------A--T--------T-T------ACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTG--------AT----G-AGGACG--T----AA----T---TGT-GAGG--A----A-G--------ATTTTTATTTATCATTTTTTTTATTTGTTTCCA---TTGTGCTC-TTGTATTGGCC--TCGCAACT-TT-C--GTCAAATTGTTAA---AAA-TTTGTCCTCAaagtcatga
gi|5 : agtactatgatactgtaggtataactttgggacacctataaaagttttgtctttcgaattttgaaaaaaaataaattagaaaacatttcttgtaaggaTTTA-AGAAA-AAAA-TGGTA------AGGACAT--GTCCC--CATACTACTTGAC-C--T-C---------ATTAA----------------ACCTA-A--T--------T-T-T--TCAC
gi|5 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaattGTCCTCA---TAATGCACCTT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GTCAAATGGGT-A---AAC-GGTGTCCTCACTATctctcacgtcctcataatgcacctttttgtcctcatagcttctgtcaaatgggtaaacggtgtcctcactat
gi|6 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaatttttaagaaaaaaatggtaaggacatgtccccatactacttgacctcattaaacctaatttttcacctctcac-AGAGA-TTAT-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACAGC-CTTGTT-T--C-C---------ACTGAT---CCAGTATCATGTAGCTAAA--C--------T-T-T--CCACATT--CT--G-TGAGTCA----TGTT----A---A-----G-GGGATG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--A-AGA--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC------CTGTCC--TCACTATG-TA-G--GTCAAATGATA-A---AAA-CCTGTTCT
gi|7 : aagtactatcttaggtagtaaaaaccatccagttctctctttcaaattgtgaaaaattattgagA------GGGACAT--GTCCC--TACACTACTTATC-TAGC-C---------AC-AAT------ATATCTTTTATCAAAA--C--------T-T-T--TCACAAT--TT--C-CAGGTCA----AGTT----T---AT----T-TGGACA--T----TA----C---AGT-AAGG--A--CGG-A--------ATTG--------------------TTGTCCTCA---CAGTGCAC--A-T-CTGTCC--TCA-AATT-TG-CAGGTCAAATGGCT-ATATAGATATTGTCCTCACT
gi|8 : tccgatatcctcattcatgttgtgaaaaaacgtgtttttggaaA-AGAGA-ACAT-CAGTATATATAGGGGCAT--GTCCC--CACATCACCTG----------------------------------------TCTCCA--C--------T-G-T--TTAAAT-----------GGTTG----AGTT----T---AT----G-GGGA-G--TCAGGAA----C----GT-CACG--C--C-A-AGTATTGGAATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-AC-C-TC-TCC--TCACAAC---CAA--ATCAAATGGTT-A---AAA-tta
gi|9 : acaccttttaaaatttttgaattgtaaaaaaaacatgccttagaTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------CAGACAT--GTCCC--CTCACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATCCTTTGTATCTACA--T--------C-T-T--TCACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AA----A-GAGACA--T----AA----A---TAA-GAGG--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GCCTAATGGTT-A---AAA-CTTCTCCTCGCTATa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AACTGGTGTCATTTTCAGAAAATCAGACACCCA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 5 4 000000 44 44 7 33 2 000000000 555555 66 1 1 33 88888888 2 2 22 666 33 2 1 4444 0 77777777 4444 1 22 4444 55555555 4 22 22 2 3333333333333333333333333333333333 333 99 2 2 33 5 33 6666 0 3 555 77
lowQualScore : . . . ...... .. .. . .. . ......... ...... .. . . .. ........ . . .. ... .. . . .... . ........ .... . .. .... ........ . .. .. . .................................. ... .. . . .. . .. .... . . ... ..
lowQualScore : 7 0 0 555555 66 66 5 44 5 000000000 888888 66 1 2 22 55555555 4 4 99 222 11 2 2 7777 8 11111111 0000 9 88 2222 11111111 2 99 99 1 4444444444444444444444444444444444 777 66 5 5 44 4 77 3333 2 3 888 99
consensus : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
Reference ( family-5217 ) : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
gi|1 : GAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCCAGTGCATCAGTTGTC-C--T-C---------AATAAT------ATGT------------------------------TCACATT--TT--G-TAGGCTG----CGTTAAACT---AT----G-GGGGCG--T----AG----T---TGT-GAGT--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TA-T--GTC-AATGTTT-A---AAA-TTT
gi|10 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--TATATCACTTGTCTC--T-C---------ACAAAT---CTAATATTTTGTAATTATA--T--------C-T-T--TCACATG--CG--G-TGGATCA----CGTT----A---AT----G-TGTGTG--C----AA----T---TGT-TAGG--G--G-A-A--------ATTT--------------------TTATCCTCG---TAATGCAC-TT-T-T--TC--------ACT-TCTT--GTCAGATGGTT-A---AAA-GTGGTCTTTATTATc
gi|11 : TGTCTC--TGC---------ATTAAT---CTAATAGGTTGCATCTAAA--T--------TGT-TCATCACATT--CT--G-TTGGTCA----CGTT----C---ATATGTG-GGAACA--T----AA----C---TAT-ATGG--A--C-A-GG-------ATTT--------------------CTGTCCTCA---TAGTGCA-----T-TTGTCC--TCA-A-----T-T--GT----TTGCT-A---AAA--TTGTCCTCATTac
gi|12 : CACTTGTC-C--T-C---------ACTG-T---C--AT-TGTTGTATTTACA--T--------T-T-T--TCACATG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGGCG--T----AA----T---TGT-GTGA--A--C-A-G--------AAGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAT-TT-A-TTGTCC--TCATAACC-TC-T--GTCGAACGGTT-A---AAA-CTTGTCCTCAtcgc
gi|13 : TTTG-AGAGAGATAAACAGCT------GGGACAT--GTCTC--CACACCACTTG------------------------------ATATCTTGCA----CA--T--------T-T-T---CACGTG--C----------CA----CATT----T---AT----GGGGGACA--C----AA----C---AGA-CGGG--ACGC-A-A--------A-TT--------------------TTGTCCTC
gi|14 : atccaatattctctttcaaactgtagaaaagtt----T---AT----G-GGGACG--T----AA----T---AGT-GAGG--A--C-A-A--------AAGT--------------------TTGTCCACA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAATG-TC-T--GTCgcgg
gi|15 : AGA-ATAC-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--AGCACTGCTttgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|16 : gtattattgttaagactaaaaggcatagctaaaggttttatcttatactctttcgaattaaaaaaaaaaagttttgagatat--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--C-CTCTAATATAATTAAT---CTAATATCTTGTATCT-CAGCT--------T-TAT--CCACGTT--CT--G-TGGAACA----TG-T----T---AT----G-GGTACC--A----AA----C---TGT-AAAG--G--C-A-G--------Actcttt
gi|17 : --TCGCATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AAAGTTC---TG--GAGG--A--C-AGA--------ACTT--------------------TTG---TCA---TAGTGAAC--T-T-CTGTTC--TCA-AATTGTC-T---TCAa
gi|18 : ACCACTTATCTC--T-C---------GCTAATTATCTCA-ATTTTGC-TCTACA--T--------C-T-T--TTACATATACT--G-TAGGCCA----CG--------------------------------A----T---TGTCGAGG--A--C-A-AT-------AGTT--------------------CTGTCCTTA---TAttttacac
gi|19 : TACA--C--------C-T-T--TCATATT--GT--G-T-GGACA----CCTT----A---AT----G-GGGATG--T----AA----T---TGT-TAGATTA--C-A-GT-------ACAT--------------------TTGTCCCCA---CCGTGCAC-Ta
gi|2 : -TGGTA------AGGATGTCAGTCCC--CACACCATATGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATACTTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATA--CTCTGCTAGGTCA----CGAT----TGTGAT----G-GGAACTACT----AA----CGTTTGT-GAGG--A--C-A-A--------AATT--------------------GTGTCTTCA---TTATGCAC-CT-T-TTATCC--TTATAACT-TC-T--GTTGAATGGTT-A---AAA-GTTGTCCTCACTAT
gi|20 : ataaaagtttcctctcttccaaatgttggagaaaagatgcatggttttaagagagaatattagtacaaaaacatacgtctcTTTAGAGAGA-ATTT-T-GTA------AGGACAT--TTCCC--GACACCACTTGTC-C--T-T---------ACTAAT---CT-ACATCTTaaacattatttaaatcaatcatccacccttcccctgatccccc
gi|21 : aatattTGTCCTCGAATTAATGTAT-CT-T-TTTTCCCCTCATAATT-TT-C--GTCAAATGGAT-A---AAA-GTTGTCATCACTccatgtgttg
gi|22 : T----G-GGCGTG--C----AA----C---AGT-AAGG--A--C-AGA--------ACAT--------------------TTTTCCCCA---TAGTGCAC--T-T-TTGTTC--TCATAACttacagtat
gi|23 : ----T---AT----G-GGGGAG--C----AA----C---TGTTGGGG--A--A-A-A--------AATT----------------------GTCCTTA---TAATGCA--TC-T-CTGTTA--TCACAACC-TA-T--GCCAAATgcagttcaaagtt
gi|24 : ac--TCATATT--CT--G-TGGGTCA----CGTT----T---AT----T-GAGAGA--T----GA----C---TGT-AAGA--A--T-A-AG-------ATTC--------------------TTCTTCTCA---TTGTG
gi|25 : TTGTC-C--T-C---------GCCAAT------ATAT--TGTATCGACA--T--------T-A-T--TCACGTG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGATG--T----AA----tcctc
gi|3 : CTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--TTTGTAAACT-T-T--TCACATT--CT--G-TAGGCTAGCTGTGTC----T---AT----G-GGAAC
gi|4 : ctctctctctctctctttctttctctctctcagccaatgataagcactgggtcttcacaaagtctaaggagtgttattgtgaaaacaaatatgaactatctgtggaagttgcatgtaaaggaacacctataaaagtttttccaataatctttcttgaattgtgtgaacaaatggttttgagagagacactgtctgataatCACTTGTC-C--T-C---------ATTAGT---CTAAAATC----------A--T--------T-T------ACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTG--------AT----G-AGGACG--T----AA----T---TGT-GAGG--A----A-G--------ATTTTTATTTATCATTTTTTTTATTTGTTTCCA---TTGTGCTC-TTGTATTGGCC--TCGCAACT-TT-C--GTCAAATTGTTAA---AAA-TTTGTCCTCAaagtcatga
gi|5 : agtactatgatactgtaggtataactttgggacacctataaaagttttgtctttcgaattttgaaaaaaaataaattagaaaacatttcttgtaaggaTTTA-AGAAA-AAAA-TGGTA------AGGACAT--GTCCC--CATACTACTTGAC-C--T-C---------ATTAA----------------ACCTA-A--T--------T-T-T--TCAC
gi|5 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaattGTCCTCA---TAATGCACCTT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GTCAAATGGGT-A---AAC-GGTGTCCTCACTATctctcacgtcctcataatgcacctttttgtcctcatagcttctgtcaaatgggtaaacggtgtcctcactat
gi|6 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaatttttaagaaaaaaatggtaaggacatgtccccatactacttgacctcattaaacctaatttttcacctctcac-AGAGA-TTAT-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACAGC-CTTGTT-T--C-C---------ACTGAT---CCAGTATCATGTAGCTAAA--C--------T-T-T--CCACATT--CT--G-TGAGTCA----TGTT----A---A-----G-GGGATG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--A-AGA--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC------CTGTCC--TCACTATG-TA-G--GTCAAATGATA-A---AAA-CCTGTTCT
gi|7 : aagtactatcttaggtagtaaaaaccatccagttctctctttcaaattgtgaaaaattattgagA------GGGACAT--GTCCC--TACACTACTTATC-TAGC-C---------AC-AAT------ATATCTTTTATCAAAA--C--------T-T-T--TCACAAT--TT--C-CAGGTCA----AGTT----T---AT----T-TGGACA--T----TA----C---AGT-AAGG--A--CGG-A--------ATTG--------------------TTGTCCTCA---CAGTGCAC--A-T-CTGTCC--TCA-AATT-TG-CAGGTCAAATGGCT-ATATAGATATTGTCCTCACT
gi|8 : tccgatatcctcattcatgttgtgaaaaaacgtgtttttggaaA-AGAGA-ACAT-CAGTATATATAGGGGCAT--GTCCC--CACATCACCTG----------------------------------------TCTCCA--C--------T-G-T--TTAAAT-----------GGTTG----AGTT----T---AT----G-GGGA-G--TCAGGAA----C----GT-CACG--C--C-A-AGTATTGGAATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-AC-C-TC-TCC--TCACAAC---CAA--ATCAAATGGTT-A---AAA-tta
gi|9 : acaccttttaaaatttttgaattgtaaaaaaaacatgccttagaTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------CAGACAT--GTCCC--CTCACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATCCTTTGTATCTACA--T--------C-T-T--TCACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AA----A-GAGACA--T----AA----A---TAA-GAGG--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GCCTAATGGTT-A---AAA-CTTCTCCTCGCTATa
blockSeqs : G G A TATATA CA . T AG G TCTAATATA TATCTC TT A T GC TTGTAAAC G A CA ATA CT C G GCTG TGTG ATGT G AC CAGG AGTTC C TT CG G GATTTTTATTTATCATTTTTTTTAT AAT CT G A CC T TG CAG A TAT TA
blockSeqs : . . . . . . T . . . CTA GT T A . . . . . G . . T . A . . . . CGTT T . . . AGTATTGGAATTT . T . . . T T TT . . G
blockSeqs : . . . . . . T . . . CTA GT T C . . . . . T . . A . C . . . . T . . . . GGATTT . T . . . T C AA . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . CTA CT T C . . . . . G . . G . T . . . . C . . . . GAACTT . T . . . T G T . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . CTA CT T C . . . . . G . . A . T . . . . T . . . . ATAGTT . T . . . T T T . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . CTA TT T C . . . . . T . . A . T . . . . C . . . . GTACAT . C . . . C T T . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . CTA TT T C . . . . . G . . A . T . . . . T . . . . GAACAT . C . . . C C T . . G
blockSeqs : . . . . . . . . CCA CT T C . . . . . T . . G . T . . . . C . . . . AGATTC . T . . . T T T . . C
blockSeqs : . . . . . . . . CTA CT C C . . . . . A . . A . A . . . . T . . . . GAATGT . T . . . C T C . . C
blockSeqs : . . . . . . . CT CA G C . . . . . T . . A . T . . . . T . . . . AATTT . A . . . C G T . . .
blockSeqs : . . . . . . C CT T A . . . . . G . . A . T . . . . C . . . . GAAGT . T . . . T T C . .
blockSeqs : . . . . . TT T A . . . . . T . . G . T . . . . C . . . . AAAGT . . . . . . T T
blockSeqs : . . . . . C T C . . . . . G . . A . T . . . . C . . . . AAATT . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . T . . A . A . . . . T . . . . AAATT . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . C . . . . AATTG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . T . . . . C . . . . AATGT . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . C . . . . AATT .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** CTA*** CT T*******
originalCons : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
finalCons : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAATCTA---ATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTTT-------AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AACTGGTGTCATTTTCAGAAAATCAGACACCCA
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111111 2222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 5 4 000000 44 44 7 33 2 000000000 555555 66 1 1 33 88888888 2 2 22 666 33 2 1 4444 0 77777777 4444 1 22 4444 55555555 4 22 22 2 3333333333333333333333333333333333 333 99 2 2 33 5 33 6666 0 3 555 77
lowQualScore : . . . ...... .. .. . .. . ......... ...... .. . . .. ........ . . .. ... .. . . .... . ........ .... . .. .... ........ . .. .. . .................................. ... .. . . .. . .. .... . . ... ..
lowQualScore : 7 0 0 555555 66 66 5 44 5 000000000 888888 66 1 2 22 55555555 4 4 99 222 11 2 2 7777 8 11111111 0000 9 88 2222 11111111 2 99 99 1 4444444444444444444444444444444444 777 66 5 5 44 4 77 3333 2 3 888 99
consensus : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
Reference ( family-5217 ) : NTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATN--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--C-A-A--------ATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TC-T--GTCAAATGGTT-A---AAA-NTTGTCCTCACTAT
gi|1 : GAGA-ATAT-TAGTA------AGGACAT--GTCCCAGTGCATCAGTTGTC-C--T-C---------AATAAT------ATGT------------------------------TCACATT--TT--G-TAGGCTG----CGTTAAACT---AT----G-GGGGCG--T----AG----T---TGT-GAGT--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGCAC-TT-T-TTGTCC--TCATAACT-TA-T--GTC-AATGTTT-A---AAA-TTT
gi|10 : tctgtctctctctctctggctcccccctctctctggataatgaaatcataatagtgaggatgtcctgacaatatgtgcatatctagtaactgtaaatgtaatattaagacacctttaaaagtttgtcttacactctctttcaaattttgcaaaaagaatggtttcaagcT-TAGTA------AGGACAT--GTCCC--TATATCACTTGTCTC--T-C---------ACAAAT---CTAATATTTTGTAATTATA--T--------C-T-T--TCACATG--CG--G-TGGATCA----CGTT----A---AT----G-TGTGTG--C----AA----T---TGT-TAGG--G--G-A-A--------ATTT--------------------TTATCCTCG---TAATGCAC-TT-T-T--TC--------ACT-TCTT--GTCAGATGGTT-A---AAA-GTGGTCTTTATTATc
gi|11 : TGTCTC--TGC---------ATTAAT---CTAATAGGTTGCATCTAAA--T--------TGT-TCATCACATT--CT--G-TTGGTCA----CGTT----C---ATATGTG-GGAACA--T----AA----C---TAT-ATGG--A--C-A-GG-------ATTT--------------------CTGTCCTCA---TAGTGCA-----T-TTGTCC--TCA-A-----T-T--GT----TTGCT-A---AAA--TTGTCCTCATTac
gi|12 : CACTTGTC-C--T-C---------ACTG-T---C--AT-TGTTGTATTTACA--T--------T-T-T--TCACATG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGGCG--T----AA----T---TGT-GTGA--A--C-A-G--------AAGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAT-TT-A-TTGTCC--TCATAACC-TC-T--GTCGAACGGTT-A---AAA-CTTGTCCTCAtcgc
gi|13 : TTTG-AGAGAGATAAACAGCT------GGGACAT--GTCTC--CACACCACTTG------------------------------ATATCTTGCA----CA--T--------T-T-T---CACGTG--C----------CA----CATT----T---AT----GGGGGACA--C----AA----C---AGA-CGGG--ACGC-A-A--------A-TT--------------------TTGTCCTC
gi|14 : atccaatattctctttcaaactgtagaaaagtt----T---AT----G-GGGACG--T----AA----T---AGT-GAGG--A--C-A-A--------AAGT--------------------TTGTCCACA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAATG-TC-T--GTCgcgg
gi|15 : AGA-ATAC-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--AGCACTGCTttgtgtcctatctattaggattatcatcattccatcatcattctctctctctcctcttcgatcctct
gi|16 : gtattattgttaagactaaaaggcatagctaaaggttttatcttatactctttcgaattaaaaaaaaaaagttttgagatat--GTCCC--CACACCACTTGTC-C--C-CTCTAATATAATTAAT---CTAATATCTTGTATCT-CAGCT--------T-TAT--CCACGTT--CT--G-TGGAACA----TG-T----T---AT----G-GGTACC--A----AA----C---TGT-AAAG--G--C-A-G--------Actcttt
gi|17 : --TCGCATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AT----G-GGGACG--T----AAAGTTC---TG--GAGG--A--C-AGA--------ACTT--------------------TTG---TCA---TAGTGAAC--T-T-CTGTTC--TCA-AATTGTC-T---TCAa
gi|18 : ACCACTTATCTC--T-C---------GCTAATTATCTCA-ATTTTGC-TCTACA--T--------C-T-T--TTACATATACT--G-TAGGCCA----CG--------------------------------A----T---TGTCGAGG--A--C-A-AT-------AGTT--------------------CTGTCCTTA---TAttttacac
gi|19 : TACA--C--------C-T-T--TCATATT--GT--G-T-GGACA----CCTT----A---AT----G-GGGATG--T----AA----T---TGT-TAGATTA--C-A-GT-------ACAT--------------------TTGTCCCCA---CCGTGCAC-Ta
gi|2 : -TGGTA------AGGATGTCAGTCCC--CACACCATATGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATACTTTGTATCTACA--T--------T-T-T--TCACATA--CTCTGCTAGGTCA----CGAT----TGTGAT----G-GGAACTACT----AA----CGTTTGT-GAGG--A--C-A-A--------AATT--------------------GTGTCTTCA---TTATGCAC-CT-T-TTATCC--TTATAACT-TC-T--GTTGAATGGTT-A---AAA-GTTGTCCTCACTAT
gi|20 : ataaaagtttcctctcttccaaatgttggagaaaagatgcatggttttaagagagaatattagtacaaaaacatacgtctcTTTAGAGAGA-ATTT-T-GTA------AGGACAT--TTCCC--GACACCACTTGTC-C--T-T---------ACTAAT---CT-ACATCTTaaacattatttaaatcaatcatccacccttcccctgatccccc
gi|21 : aatattTGTCCTCGAATTAATGTAT-CT-T-TTTTCCCCTCATAATT-TT-C--GTCAAATGGAT-A---AAA-GTTGTCATCACTccatgtgttg
gi|22 : T----G-GGCGTG--C----AA----C---AGT-AAGG--A--C-AGA--------ACAT--------------------TTTTCCCCA---TAGTGCAC--T-T-TTGTTC--TCATAACttacagtat
gi|23 : ----T---AT----G-GGGGAG--C----AA----C---TGTTGGGG--A--A-A-A--------AATT----------------------GTCCTTA---TAATGCA--TC-T-CTGTTA--TCACAACC-TA-T--GCCAAATgcagttcaaagtt
gi|24 : ac--TCATATT--CT--G-TGGGTCA----CGTT----T---AT----T-GAGAGA--T----GA----C---TGT-AAGA--A--T-A-AG-------ATTC--------------------TTCTTCTCA---TTGTG
gi|25 : TTGTC-C--T-C---------GCCAAT------ATAT--TGTATCGACA--T--------T-A-T--TCACGTG--TT--G-TAGGTCA----CGAT----T---AT----G-GGGATG--T----AA----tcctc
gi|3 : CTAAT---CTAATATCTTGTATCTACA--TTTGTAAACT-T-T--TCACATT--CT--G-TAGGCTAGCTGTGTC----T---AT----G-GGAAC
gi|4 : ctctctctctctctctttctttctctctctcagccaatgataagcactgggtcttcacaaagtctaaggagtgttattgtgaaaacaaatatgaactatctgtggaagttgcatgtaaaggaacacctataaaagtttttccaataatctttcttgaattgtgtgaacaaatggttttgagagagacactgtctgataatCACTTGTC-C--T-C---------ATTAGT---CTAAAATC----------A--T--------T-T------ACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTG--------AT----G-AGGACG--T----AA----T---TGT-GAGG--A----A-G--------ATTTTTATTTATCATTTTTTTTATTTGTTTCCA---TTGTGCTC-TTGTATTGGCC--TCGCAACT-TT-C--GTCAAATTGTTAA---AAA-TTTGTCCTCAaagtcatga
gi|5 : agtactatgatactgtaggtataactttgggacacctataaaagttttgtctttcgaattttgaaaaaaaataaattagaaaacatttcttgtaaggaTTTA-AGAAA-AAAA-TGGTA------AGGACAT--GTCCC--CATACTACTTGAC-C--T-C---------ATTAA----------------ACCTA-A--T--------T-T-T--TCAC
gi|5 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaattGTCCTCA---TAATGCACCTT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GTCAAATGGGT-A---AAC-GGTGTCCTCACTATctctcacgtcctcataatgcacctttttgtcctcatagcttctgtcaaatgggtaaacggtgtcctcactat
gi|6 : atctatattagtgaggaccttcacacaatacgtgcatatgttattgtaatattactaattagggacatagatctaggctataaaagcttgtttgtcagtcaagacctctctttcaaatttttaagaaaaaaatggtaaggacatgtccccatactacttgacctcattaaacctaatttttcacctctcac-AGAGA-TTAT-CAGTA------AGGACAT--GTCCC--CACAGC-CTTGTT-T--C-C---------ACTGAT---CCAGTATCATGTAGCTAAA--C--------T-T-T--CCACATT--CT--G-TGAGTCA----TGTT----A---A-----G-GGGATG--T----AA----C---TGT-GAGG--A--A-AGA--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC------CTGTCC--TCACTATG-TA-G--GTCAAATGATA-A---AAA-CCTGTTCT
gi|7 : aagtactatcttaggtagtaaaaaccatccagttctctctttcaaattgtgaaaaattattgagA------GGGACAT--GTCCC--TACACTACTTATC-TAGC-C---------AC-AAT------ATATCTTTTATCAAAA--C--------T-T-T--TCACAAT--TT--C-CAGGTCA----AGTT----T---AT----T-TGGACA--T----TA----C---AGT-AAGG--A--CGG-A--------ATTG--------------------TTGTCCTCA---CAGTGCAC--A-T-CTGTCC--TCA-AATT-TG-CAGGTCAAATGGCT-ATATAGATATTGTCCTCACT
gi|8 : tccgatatcctcattcatgttgtgaaaaaacgtgtttttggaaA-AGAGA-ACAT-CAGTATATATAGGGGCAT--GTCCC--CACATCACCTG----------------------------------------TCTCCA--C--------T-G-T--TTAAAT-----------GGTTG----AGTT----T---AT----G-GGGA-G--TCAGGAA----C----GT-CACG--C--C-A-AGTATTGGAATTT--------------------TTGTCCTCA---TAGTGCAC-AC-C-TC-TCC--TCACAAC---CAA--ATCAAATGGTT-A---AAA-tta
gi|9 : acaccttttaaaatttttgaattgtaaaaaaaacatgccttagaTTTA-AGAGA-ATAT-TAGTA------CAGACAT--GTCCC--CTCACCACTTGTC-C--T-C---------ACTAAT---CTAATCCTTTGTATCTACA--T--------C-T-T--TCACATG--CT--G-TAGGTCA----CGTT----T---AA----A-GAGACA--T----AA----A---TAA-GAGG--A--C-A-A--------ATGT--------------------TTGTCCTCA---TAATGTAC-TT-T-TTGTCC--TCATAGCT-TC-T--GCCTAATGGTT-A---AAA-CTTCTCCTCGCTATa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AACTGGTGTCATTTTCAGAAAATCAGACACCCA