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lowQualScore                  :             ..   .    ..  .      ..   .  . ... . . ..   .   .   .  .. ..  .           .......    .......    ..    .  ...  .. . ....   .  . .   ........ ..    . .     . .      . . . ... .........  .  . .. . .   ...  . ......  . .   .  ..    . ..          
lowQualScore                  :             44   5    33  4      00   1  0 555 0 0 88   0   0   0  88 44  4           6666666    5555555    33    2  999  11 2 7777   2  2 2   99999999 11    4 2     4 2      2 4 4 111 333333333  2  0 77 5 5   777  5 999999  5 5   5  88    6 88          
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Reference ( gi|9 )            : ATATTTACATTT--GCA-ACTGCCTT-CTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TG-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA-A------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TATG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|3                          : ATATTTGCATTT--GCA-ACTGATTT-CTCCTA--CAT-AC-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TT---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAA-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TTTT-TT-G--A-A-AAG---TA-GGTTTAATA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|11                         : ATATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTCTTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-ATG-AGC-AA--TA-CA-TATTTATCACT-C-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TATG-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA---CGG--A--CTAC----TTTACTAAGTatt
gi|12                         : ATATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-TCTCGA--CAT-AA-C---A-C-TCTATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTT-CCACC-C-----CATAT------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AC-C-AGA-G------G--TCA----GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TGTG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGTTC--TA-G-C-G-TA--CTAC-T--a
gi|20                         : ATATTTATATTT--GCA-ACAGTTTT-CTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACA-AGC-AA--
gi|8                          :  TATTTACATTC--GCA-ACTGTTTT-CTTCTG--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-C-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--A-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TATG-TT-A--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|10                         :  TATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTCCTA--C-T-A--C---A-C-G--ATT-ACG-AAC-AA--TA-CG-TATTTACCACA-G-----CATA-------AATATACCTA-TACTATC--G-G----GTC-AA-C-AGATG------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TTTG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTAat
gi|5                          :  TATTTACATTTTTGCA-ACTGCTTTTCTCCTAA-CAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGA-GGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TGGAG-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGCATG-A-AGT---A-------TTTG-TT-G--A-A-AAA---GA-GGT----AA-C-C-G-TA--CTAC-T--TTTACTAA
gi|16                         :  TATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTTCTAATCATAAA-C---ACC-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CGTTATTTACCACT-C-----CATA-------AATA---CTA-TA---T----------------------------------------------G-CGTATA-A-A-T---A-------TATG-TT-G----A-AAG---TA-GGTTA--TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|21                         :  TATTTACATTT--GCA-ACTGCTTT-CTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--t
gi|4                          :   ATTTACATTT--GCA-ACTGTTTC-CTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-TCG-AGC-AA--TA-CG-TATTTATCACT-G-----CATACATTGTAAATA--CCTA-TA---TT--G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CATATG-A-A-T---A-------TTTT-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|15                         :   ATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTCCGA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACC-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AC-C-AGA-G------G--TCACAA-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TGTG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-T-G-TA--CTa
gi|13                         :   ATTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-TG-TATT--------------------------ATA--TCTA-TA---TG--G-G----GTC-AG-C-AGA-G------G--TCAC-G-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TTTG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TT--TTAC-T--TTTACTAAGT
gi|7                          :    TTTACATTT--GCA-ACTGTTTT-CTCCTA--CAT-AAGC---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--AA-CG-TA-TTACCACT-G-----CATA-------AATA---CTATTA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGT-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATGAA-A-TTAAA-------TTTG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAGTatta
gi|6                          :    TTTACATTT--GCAGACTGT-TT-CTCTTA--TAT-AA-CCCAA-C-TC-ACT-GTG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACGACT-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--GAG----GTC-AA-C-AAA-AGACACGG--TCAC-A-GCCGT---CGTATG-A-A-T---A--------ATG-TT-GAAA-A-AAG---TA-G------TA-C-CGG-TA--CT---C--TTTACTAAG
gi|14                         :     TTACATTT--GTA-ACTGTTTT-CTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATT-------------------------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTAAG-A-A-T---A-------TTTG-AT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTAC-T--TTTACTAAG
gi|22                         :     TTACATTT--GCA-ACTGTGTT-CTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--Tca
gi|1                          :                       CCTT-CCCAT---CAA-AA-C-----C-T--ATTGACG-AGC-AAAATA-CG-TCTTTACCATT-AACTCTCATATG-----AATAA-CCTA-TC---CG--T-G----GTT-AAGC-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-G-A-C---ATGAGTTTTGTG-TTAG--A-A-TAGGAATA-GAA----TA-T---G-TA--C-AC-TTATTTACTAAGTa
gi|18                         :       tgcaacgcatgtgttaatttgtTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ACT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---T---G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---A-------TATA-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA-C-CGG-TA--CTACTT--TTTACTAAGa
gi|2                          :                                TA--CAC-A--C---T-C-T--ATT-TTGGAGCCAA--TAACG-TATTTTACACT-C-----CAT--------AATG--ACTA-TA---TG--G-GTAGTGCC-AA-C-AGA-T------GGTTCAC-ACGCTGT-GTCGTATG-ACA-TA--A-------TATGTTT-G--ATA-AAG---C--TGT----TA-CTCGGTTA--CTAC-TC-TTTA-TAAGTatt
gi|19                         :                       gttcttagcttctaatagA-C---A-CCT--ATT-ATG-AGC-AA--TA-CG-TATTTAT-ACTCA-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA-G------G--TCACAA-GCTGTGG-CGTATG-ATA-T---A--------ATG-TT-GA-A-A-AAG---TA-GGT----TACC-CAG-TA--CTAC-T--TTAACTAAtata
gi|17                         :                                                                              TTTACCACT-------CATA-------AATA--TCTA-TA---TG--G-G----GTCAAA-CAAGA-G------G--TCAC-A-GCTGTCG-CGTCAG-A-ACT---A-------TATG-TT-G--A-ACAAG---TAGGGT----TA-C-C-C-TA--CTAC-T--TTTACTAAGT
gi|18                         :                                                                                                                                                                             atatttacatttgccacactgtttacT-A--A-A-AAG---TA-G------TA-C-CGG-TAACCTAC-T--TTCAATAattaca
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          --A-A-AAG---TA-G------TA-C-CGG-TAACCTAC-T--TTTagaa
gi|4                          :                                                                                 tatttacattcgcaactgttttcttctgtataacactattacgagcaatacgtatttaccactccataaatacctatatgaggtcaacagaggtcacagctgtgcgtatgaatatatgtta--A-A-AAG---TA-G------TA-C-CGG-TAACCTAC-T--TTTactaagtat
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Alignments
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lowQualScore                  :                                     11   2    2          44   9  8 222 8 8 33   8   8   8  55  0  1           2222222    8888888    00    1  777  99 1 5555   1  1 1   333333  1    2 1     2 1      1 1 2 888  999999999  1  0 1111 0   555  0   0000  0 0  0 0      1 1 11         
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Reference ( family-514 )      :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-N-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|1                          :                                                     TCCCAT-CAA-AA-C-----C-T--ATTGACG-AGC-AAAATA-CG-TCTTTACCATT-AACTCTCATATG-----AATAA-CCTA-TC---CG--T-G----GTT-AAGC-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-G-A-C---AT-GAGTTTTGTG-TTAG--A-A-TAGGAATA-GAA----TA-T----G-TAC-AC-T-TATTTACTAAGT
gi|10                         : tgcaacgcatgtgttaatttgtcctTATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--C-T-A--C---A-C-G--ATT-ACG-AAC-AA--TA-CG-TATTTACCACA-G-----CATA-------AATATACCTA-TACTATC--G-G----GTC-AA-C-AGAT-----GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-T-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTAa
gi|11                         :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCTTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-ATG-AGC-AA--TA-CA-TATTTATCACT-C-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TG-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA---CG-G--ACTAC---T--TTACTAAGT
gi|12                         :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTTCTCGA--CAT-AA-C---A-C-TCTATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTT-CCACC-C-----CATAT------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AC-C-AGA------GG-T--C-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-G-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TC-T-AGCG-TACTAC-T-a
gi|13                         :                           ATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-TG-TATT--------------------------ATA--TCTA-TA---TG--G-G----GTC-AG-C-AGA------GG-TCAC-G-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-T-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TTTTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|14                         :                             TTACATTT--GTA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATT-------------------------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTAAG-A-A-T---AT-T-------TG-AT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGatta
gi|15                         :                           ATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCGA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACC-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AC-C-AGA------GG-TCACAA-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-G-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-T--G-TACTca
gi|16                         :                          TATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTTCTAATCATAAA-C---ACC-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CGTTATTTACCACT-C-----CATA-------AATA---CTA-TA----------------------------------------------T-G-CGTATA-A-A-T---AT-A-------TG-TT-G----A-AAG---TA-GGTTA--TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|17                         :                         ATATTTACATTT--GC-------------------CA-----C---A-C-T--GTT-------------TA-C----TTTACCACT-------CATA-------AATA--TCTA-TA---TG--G-G----GTCAAA-CAAGA------GG-TCAC-A-GCTGTCG-CGTCAG-A-ACT---AT-A-------TG-TT-G--A-ACAAG---TAGGGT----TA-C-C--C-TACTAC-T-T--TTACTAAGTt
gi|18                         :                                                     TCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ACT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---T---G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TA-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTACTT-T--TTACTAAGattaca
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gi|2                          :                                                        TA--CAC-A--C---T-C-T--ATT-TTGGAGCCAA--TAACG-TATTTTACACT-C-----CAT--------AATG--ACTA-TA---TG--G-GTAGTGCC-AA-C-AGAT-----GGTTCAC-ACGCTGT-GTCGTATG-ACA-TA--AT-A-------TGTTT-G--ATA-AAG---C--TGT----TA-CTCG-GTTACTAC-TCT--TTA-TAAGT
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gi|21                         :                          TATTTACATTT--GCA-ACTG-CTTTCTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--
gi|22                         :                             TTACATTT--GCA-ACTG-TGTTCTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--TA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                               -G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTAC
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gi|5                          :                          TATTTACATTTTTGCA-ACTGCTTTTCTCCTAA-CAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGA-GGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TGGAG-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGCATG-A-AGT---AT-T-------TG-TT-G--A-A-AAA---GA-GGT----AA-C-C--G-TACTAC-T-T--TTACTAAa
gi|6                          :                            TTTACATTT--GCAGACTG-TTT-CTCTTA--TAT-AA-CCCAA-C-TC-ACT-GTG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACGACT-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--GAG----GTC-AA-C-AAAAGACACGG-TCAC-A-GCCGT---CGTATG-A-A-T---A--A-------TG-TT-GAAA-A-AAG---TA-G------TA-C-CG-G-TACT---C-T--TTACTAAG
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gi|9                          :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-CCTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TG-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------AG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGTat





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lowQualScore                  :                                     11   2    2          44   9  8 222 8 8 33   8   8   8  55  0  1           2222222    8888888    00    1  777  99 1 5555   1  1 1   333333  1    2 1     2 1      1 1 2 888  999999999  1  0 1111 0   555  0   0000  0 0  0 0      1 1 11         
consensus                     :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-N-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
Reference ( family-514 )      :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-N-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|1                          :                                                     TCCCAT-CAA-AA-C-----C-T--ATTGACG-AGC-AAAATA-CG-TCTTTACCATT-AACTCTCATATG-----AATAA-CCTA-TC---CG--T-G----GTT-AAGC-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-G-A-C---AT-GAGTTTTGTG-TTAG--A-A-TAGGAATA-GAA----TA-T----G-TAC-AC-T-TATTTACTAAGT
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gi|11                         :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCTTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-ATG-AGC-AA--TA-CA-TATTTATCACT-C-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TG-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA---CG-G--ACTAC---T--TTACTAAGT
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gi|15                         :                           ATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCGA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACC-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AC-C-AGA------GG-TCACAA-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-G-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-T--G-TACTca
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gi|18                         :                                                     TCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ACT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---T---G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TA-TT-G----A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTACTT-T--TTACTAAGattaca
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gi|2                          :                                                        TA--CAC-A--C---T-C-T--ATT-TTGGAGCCAA--TAACG-TATTTTACACT-C-----CAT--------AATG--ACTA-TA---TG--G-GTAGTGCC-AA-C-AGAT-----GGTTCAC-ACGCTGT-GTCGTATG-ACA-TA--AT-A-------TGTTT-G--ATA-AAG---C--TGT----TA-CTCG-GTTACTAC-TCT--TTA-TAAGT
gi|20                         :       gttcttagcttctaatagATATTTATATTT--GCA-ACAG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACA-AGC-AA--tata
gi|21                         :                          TATTTACATTT--GCA-ACTG-CTTTCTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--
gi|22                         :                             TTACATTT--GCA-ACTG-TGTTCTTCTA--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGG-AGC-AA--TA-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                               -G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTAC
gi|3                          :                         ATATTTGCATTT--GCA-ACTG-ATTTCTCCTA--CAT-AC-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TT---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAA-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-T-------TT-TT-G--A-A-AAG---TA-GGTTTAATA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGTagaa
gi|4                          :                           ATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTCCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-TCG-AGC-AA--TA-CG-TATTTATCACT-G-----CATACATTGTAAATA--CCTA-TA---TT--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CATATG-A-A-T---AT-T-------TT-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGTatt
gi|5                          :                          TATTTACATTTTTGCA-ACTGCTTTTCTCCTAA-CAT-AA-C---A-C-T--ATT-AGA-GGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TGGAG-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGCATG-A-AGT---AT-T-------TG-TT-G--A-A-AAA---GA-GGT----AA-C-C--G-TACTAC-T-T--TTACTAAa
gi|6                          :                            TTTACATTT--GCAGACTG-TTT-CTCTTA--TAT-AA-CCCAA-C-TC-ACT-GTG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACGACT-------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--GAG----GTC-AA-C-AAAAGACACGG-TCAC-A-GCCGT---CGTATG-A-A-T---A--A-------TG-TT-GAAA-A-AAG---TA-G------TA-C-CG-G-TACT---C-T--TTACTAAG
gi|7                          :                            TTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AAGC---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--AA-CG-TA-TTACCACT-G-----CATA-------AATA---CTATTA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGT------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATGAA-A-TTAAAT-T-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|8                          :                          TATTTACATTC--GCA-ACTG-TTTTCTTCTG--TAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-C-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--A-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TG-TT-A--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
gi|9                          :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-CCTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TG-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------AG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-A-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGTat


blockSeqs                     :                                     TT   G    C          AT   A  G CCA C C CT   .   G   C  .   A  T           CA         CATTGTA    TA    T  CTA  GA A TAGT   A  . A   AGACAC  T    A C     C T      A C C TAA  AA         T  . AAA  C   .    G   TTAA  C T  C T      T C . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          A    .  . .   . . C    .   .   .  .   .  .           G          T          .     .  .    .  . .      .  . .   T       .    A .     G .      . . G A    T          .  . AA   .   .    .   TA    . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           C          .          .     .  .    .  . .      .  . .   T       .    . .     . .      . . . .    A          .  . AT   .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           C          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    G          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           C          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           C          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    G          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           C          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           G          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           .          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           .          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           .          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    T          .  . A    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                     .    .    .          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           .          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . .    .   .    .   .     . .  . .      . . . 
blockSeqs                     :                                                          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .  .           .          .          .     .  .    .  . .      .  . .   .       .    . .     . .      . . . .    A          .  . .    .   .    .   .     . .  . .      . .   
blockSeqs                     :                                                          .    .  . .   . . .    .   .   .  .   .                                                                                                                              . .    .   .    .   .     . .  . .            
blockSeqs                     :                                                          .    .  . .   . . .    .   .   .  .                                                                                                                                                                                
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originalCons                  :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-N-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
finalCons                     :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACTG------CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---ATN--------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT





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lowQualScore                  :                                     ..   .    .          ..   .  . ... . . ..   .   .   .  ..  .  .           .......    .......    ..    .  ...  .. . ....   .  . .   ......  .    . .     . .      . . . ...  .........  .  . .... .   ...  .   ....  . .  . .      . . ..         
lowQualScore                  :                                     11   2    2          44   9  8 222 8 8 33   8   8   8  55  0  1           2222222    8888888    00    1  777  99 1 5555   1  1 1   333333  1    2 1     2 1      1 1 2 888  999999999  1  0 1111 0   555  0   0000  0 0  0 0      1 1 11         
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Reference ( family-514 )      :                         ATATTTACATTT--GCA-ACTG-TTTTCTCCTA--CAT-AA-C---A-C-T--ATT-ACG-AGC-AA--TA-CG-TATTTACCACT-G-----CATA-------AATA--CCTA-TA---TG--G-G----GTC-AA-C-AGA------GG-TCAC-A-GCTGT-G-CGTATG-A-A-T---AT-N-------TG-TT-G--A-A-AAG---TA-GGT----TA-C-CG-G-TACTAC-T-T--TTACTAAGT
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