lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 1111 888888888888888888888888 11 333333333 22 2222 3333333 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 1 5555555 88888888888888888888888888 11 1111111 1 00000000000000000000000000000000000000000000 11 11 111 1 111 33333 3333 4 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444 1 333333 111 1 11111 111 44444 2222 111 33 222 2222222 3 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 11 222222 111111111 222 222222222 111111 22222222222222222222222 3333333333333333333333333333333 2222 333333333 1 22222222222222222 1 1 222 1 333333333
lowQualScore : 4 33 5 5 5 2222 111111111111111111111111 4 88 5 5 555555555 00 7777 5 5 3333333 5 9 11 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 22 0 2222222 77 9 99999999999999999999999999 33 2 9999999 3 3 00000000000000000000000000000000000000000000 11 22 000 0 111 77777 0 9999 4 0 6 8888 666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 999999 222 6 8 66666 8 1 444 00000 2222 8 000 5 8 00 333 8888888 2 0 444 3 3 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 3 0 888 11 999999 000000000 2 2 000 2 1 222222222 6 999999 5 33333333333333333333333 555 2 7 9999999999999999999999999999999 555 6666 33 0 333333333 2 99999999 2 33 2 888 55 33333333333333333 0 0 222 0 3 3 666666666 6
lowQualScore : . .. . . . .... ........................ . .. . . ......... .. .... . . ....... . . .. . ....................................................................................... .. .. . ....... .. . .......................... .. . ....... . . ............................................ .. .. ... . ... ..... . .... . . . .... ................................................ . . ...... ... . . ..... . . ... ..... .... . ... . . .. ... ....... . . ... . . . ........................................................................................................ . . . ... .. ...... ......... . . ... . . ......... . ...... . ....................... ... . . ............................... ... .... .. . ......... . ........ . .. . ... .. ................. . . ... . . . ......... .
lowQualScore : 0 22 7 7 7 1111 000000000000000000000000 3 00 7 0 000000000 77 7777 7 7 3333333 7 0 00 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 00 0 2222222 88 2 22222222222222222222222222 88 5 3333333 3 7 55555555555555555555555555555555555555555555 55 00 222 0 000 00000 7 5555 0 0 7 0000 888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 000000 222 0 0 00000 0 4 000 44444 8888 0 000 4 0 00 000 4444444 0 8 555 7 3 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 2 2 888 00 444444 777777777 9 9 666 9 6 333333333 2 777777 6 55555555555555555555555 444 9 4 5555555555555555555555555555555 000 1111 77 7 222222222 9 77777777 7 99 0 777 55 11111111111111111 0 0 999 0 6 2 111111111 5
consensus : CTACNGCACG--ACGGTA-TATTAA-T-GGGGG----GGG----GGT--------G--------GTATACACTA-GCAAAC-AGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-A-TAAATTAAA--CAGAGA-A--T-C---AT-A---------------------TAA--T------------AAAC-------A--AC-A-G----GA-------ATGTG--TATGA-CAT-GCAA-----CTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT-------TGAA---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAAT-GCANAAGATA--------ACCCAG-CAAAA-CNCA-TCGAATAAA-N-AAAAATGTGAAACA-TACTTCAATCC-AAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTTAANA-CACAAGACACAGAAGGGGGGGGGGG-GGGGGGGT--GCNGA----TAAATCCGNC------AATGACC--TCTGC-CATTTC---AAAAGAAAT-A-AAAAAT-ACTT---T-G-TCAAT---AAAAT-CGGGGGAACCGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGA-C-TACTTCCG-T--GGGATAATCTTTGAGGNCTAATTTA-CTG-TA---GATA--AAA--C-A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-CGTT-------TTATAGACACATGCACTG----A-CTACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-N-ATAT--ATGAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-T-AACT-T-TGATGCGTAT---------TTTTTAC---GA-CTGATATT-A-AT-TTTT------TTTA--A--AC-TTACGTGCTTAAA-CTT--A--CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGA--AGTTGTTGATTTGCCG-TCGTC-GT--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAA--NAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-C-CCTAT-TGA-CCTTTGAGCCTCGC-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( gi|2 ) : CTACTGCACG-TACGGTA-TATTAA-T-GGGGG----GGG----GAT--------G--------GTATACACTACGCAAAC-AGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-A-TAGATTAAA--CAGAGA-A--T-C---AT-A---------------------T----T------------AAAC-------A--AC-A-G----AA-------ATGTG--TATGG-CAT-GCAAC----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT-------TAA----------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAAT-GCACAAGATA--------CCCCAGGCAAAAACTCA-TCAAATAAA-A-AAAAATGTGAGACA-CACTTCAATTC-AAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGA----TAAATCCGGC------AATGATCGATCTGC-CATTT----ACAAGAAAT-A-AAAA-T-ACTT---T-G-TCAAT---AA--T-CGGGGGAACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGA-T-TACTTTCA-T--GGGATA-TCTTTGAAGTTTAATTTA-CTG-TAATCGATA--AAAACC-A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTATAGACACATGCACCGG---AGCTACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-A-ATAT--ATGAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-T-AA-T-T-TGATGTGTAT---------TTTTTAC---AG-CTGATATT-A-AT-TTTT------TTTA--A--AC-TTACGTGCTCAAA-CTTC-A--CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGA--AGTTGTTGATTTGCTG-T-GTC-GT--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-C-CCTAT-TGA-CTTTTGAGCCTCGCAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|7 : CTACAGCACA--ACGGTA-AATTAA-T-TGGGGTGGAGGG----GGTTGGGCTGGG--------GTATA-ACTAC--AAAC-AGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACTTGGAGATA-TA-AATTAT------A-CAGA--AAATTCATATA-A--T-CTAAATCA---------------------T----TTA----------AAAC-------A--ACTATG----AATATGTACATGTA--TATGG-CAT-GCAA--------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA----------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AAC-ATAAAT-GCAAAAGATA--------ACCCA-ACAAAA----A-TCAAATAAATG-AAAAATGTAAAACA-TAC----ATCC-AAACCTCAAAA-T-CCTAA
gi|24 : CTACTGCACG--ATGGTG-TATTAA-T-GGGAG----GGGTGGTGGT--------GTTGTGGTTGTATACACTATGCAAAC-AGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-A-TAat
gi|14 : CTACAGCACGAGACAGTAATAATAA-T-GGGGG----GGG----G----------G--------GTGTATA-----CAAACGAAT-CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAA-TAAATTAAA--CAGAGA-ACTT-C---AT-A---------------------A----T------------AA
gi|32 : tgactatctctgaatccCTACTGCACG--ACGG-A-TATTAAAT-GGGGG----GGG----Gtc
gi|3 : acct-TACAGTA-TATTAA-T-GGGGG----TGG------T--------G--------ATATACA-------AAC-A-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-A-TAAATTAAA--TAGAAACG--T-C---AT-A---------------------TAATCT------------AAATCATTTAAA--AT-A-GCTATGA-------ATGTGCATATGA-CAT-TCAA-------AAC--GGGAGGG-GGAGGT-------TGAACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAAT-GCATAAGATAACCTAACCCCCC---------CCCC-CCCAATG-----------GTGAAACA-TACCTCAATTT-AAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTTAATA-CACAAGCCACAGAA----GAAAGGGGAGGGAGATTAGCGGA----TAATTC----------AAAGTAC--TTTGC-CATTTC---AAAAGAAAT-A-AAAA-TTACAT---T-G-TCAAT---AAAAT-TGGGGGA-CTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTA-T-TACTTCAG-T--GGGATATTTTTTGAGGACTAA-TAA-CTG-TA--------------C-A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTATAGACGCATGC---------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-T-TTAT--ATGAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-T-AA-CGT-TGA
gi|27 : gaatcccACGGTA-TATTAA-T-GGGGG----GGG----GGG--------GTACAT---GTATACACTAGGCAAAC-AGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-A-TAAATTAAactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|1 : cgGTA-TATTAA-TTGGGGG----GGG----GTT--------A--------ATA-ACACTA-GCAAAC-AGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATA-ATTAAC--C-GAGA-A--TTC---AT-AAATAATCGATAGCTAATAAATT----T------------AAAC-------ACAAC-A-A----GA---------GTG--TATGAACATTGCAAA----CTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT-------TAAA---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAAAAAGTCGCACAAGATA--------ACCCAG-CAAAA-CGCAATTGTATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACTCAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCT-GAGGAGGGGA--CCTTAAAA-CACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-----AAATTCGCA------AATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTA-AAAA-T-TCTTGTGTAG-TCAAT---AAAAT-CGGG---ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGA-AATACTT-CA-TAAGGGATA-ACT---GAGCT-AAT--A-CTGATATTCGATAG-AAAACCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGACAAA-CATT-------TTATAAACACATGCTCCG----AGCTACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-T-ATAT--GTGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAA-T-T-TGATGTGTAT---------TTTTTAC---AG-CTGATATT---AT-TTTT------TTT---A--AC-TTACGCGCTTAAA-CTTA-A--CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGA--AGTTGTTGATTTGCTG-TCGTC-GT--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCC-CCTA--TGACCTTTTGA-CCTCGC-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|5 : ctctacaagcccgagcACACTAGGCAAAC-AGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTA----TG-A-TAAATTAAA--CAGAGA-AT-T-C---AT-A---------------------TAA--TCTAAATCATTTAAAAC-------A--AC-A-G-----A-------ATGTG--TATGA-CAT-GCAACTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT-------TAA----------------GAAAATATT--CCACGACAATa
gi|28 : AAGATA--------ACCCAG-CAAAAATTCA----AATAGA-TTAAAAATGTGAAACA-TATTTCAATCC-AAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|4 : aagtcgAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG----------CCGAC------TTTG-------CGC-CATTC----AAAAGAAAT-A-AAAAAT-ACTT---T-G-TCTATGAAAA--T-AGGGAGTACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAAC-TACTT-CA-G--GGAATAATCTTTGGAGGTCTATTAA-CTG-TA--------------C-AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGACAAA-TGTT-------CT-TAG-C-TAGGCTCTA-------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAA-GTATAT--ATGAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--T-AC-T-T-TGATG-GTAT---------TTTTTAC---AATCTGATAT----AT-TTTT------TT-A--A--AC-TTACGTGCTTAAA-G--------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAA--AATTGTCGATT--CTG-TCGTC-GT--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-C-CCTTA-TGA-CCTTTGA-CCTCGCCATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : GGT--GCCGAATCATAAATAAAGCTTTCCAAATGACC--TCTGCTCATTTC---AAAAGAAAT-TTAAAA-T-ACCT---T-GATCAAT---AA--AACGGGGGA-CTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGA-ag
gi|13 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTC----AAAAGAAAT-A-AAAAAT-ACTT---C-G-TCTAT---AAAAT-AGGGAGA-CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGA-C-TACTTCAG-T--GGGATAATCTTTGAGGTCTAGTTTAACTG-TA--------------C-A-TCGCAA------------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA
gi|6 : atTCAGT--GGGATAATCTTTGAGGTCTAATTTA-C--------GATA--GGA--C-A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GC-AG-------------------TAGACACATGCA------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAATATATAT--ATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-T-AACT-T-TGATGTGTAA---------TTTTTAC---AA-CTGATAT----AT-TTTT------TTTA--A---C-TTACGTGCTTAAA-CTTA-A--CA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGA--AGTTGTTGATTTGCTG-TCGTC-GT--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAA--TAACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCC-CCTA--TGACCTTTTGA-CCTTGC-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|22 : TCTAATTTAACTG-TAATCGATAGGAAAACA-A-ACGCA
gi|25 : C-A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA------------GCAT--------------ACAAATGCACTT----AGCTA-GGCCTACTTCGCTGGCTCA---------------TAT--ATGAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-T-AG-C-T-Tcctagctatgcctacaacctacttcgctggctcaaactatgtaaagatatatgaaacatatctatctgcaactctta
gi|29 : TGCACTGACCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTAtg
gi|22 : CTACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-G-ATAT--ATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------
gi|21 : tctaatttaactgtaatcgataggaaaacaaacgcacctagctatgcTACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-T-ATAT--ATGAAACAT-A--
gi|19 : tagcgagcagacaaattttatgcacttagctaggccagctactaTAAA-T-ATAT--ATGAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-T-AACT-T-TGATGTGTAT---------GTTTGAC---GA-TTGCTAT----AC-TTTT------CTCA--A---C-TTACGTGCTCAAACCTTG-A--TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGA--AATTGTT----------T-GTC-GT--------TC-GCT--Gagtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : A-A-ATATCAATGAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-T-AACT-T-TGATGTGTATATATATATATATATAC---GA-TTGTTA-T-A-AT-TTTA------TC----A--AT-ATACGAGCTTAAG-C
gi|15 : caaatt-A-ATATCAAAGAAACATTC--T-TATCTGCAATTC----------------------T-T-TGATGCGTTT---------TATTTAC---GA-TTG-TCTT-A-AT-TTTA------TC----A--CC-TTAGGTGCTTAA-------A--CA--AA----------------T--AT---GTG---ATATA--AGTTGTTGATCAGTCGCC-GTC-GT--------TC-GCT--GTT
gi|10 : aagtc--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-T-AA-----CGATTTG--------------TTTAC----------TATT-G-------T------TATA---------TACGTGTT-------------TA--AA----------------CAAAT---ATG---ATAGATTAGCTGTCGaa
gi|11 : ttATCTGCAATTCTTG---------TTGG-T-AA-C-TACCACGTGTAT---------TGTTAAG---A--TTGTTATT-A-AT-TG-----------A--ACAAC-TTGCAT-----AG-CT-------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA-----TGTTG------------TC-GT--------TC-TCT--TTTT-CACATTAATGAA--AATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-C-CCTCTATGA-CCTTTGA-CCTGAC-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|9 : TCTACCACT-TTG---------GTGG-T-AACT-T-TGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA---TGGTATTTA-ATATTTTGTTTGCTTTATTA--ACATTAT-TG-TCA---TTTT-A--CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAA--A----TCAGTTT-----T-GTC-GT--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAA--GAACCCGGG--TGT----ATAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGA-CCTTTG-GTCTTGC-ATGACGTTTTATTATGTAAAGag
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGT-AACT-T-TGATGTGTAT---------TTTT-AC---AA-CTGAT-TC-A----TTTT------TTTA--A--AC-TTACGTGCTAAGA-ATTA-A--CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGA--AGTT-TTGCTT--CT--T-GTC-----------TC-GCa
gi|18 : ATTTTTA---------GTAG-T-GACT-T-TGATAGATAT---------TTTT-AC---GA-CTGATGT--A-AT-TTTC------T--A--A--AT-TTACGTGCTTAAA-CTTTGA--TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGA--AGTTGTTGATATGCCG-TCGTG-TT--------TC-GTT--GTTTTCACAgggcgttggctttcgtatca
gi|17 : ctATTTTTA---------GTAG-T-GACT-T-TGATAGATAT---------TTTT-AC---GA-CTGATGT--A-AT-TTTC------T--A--A--AT-TTACGTGCTTAAA-CTTTGA--TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGA--AGTTGTTGATATGCCG-TCGTG-TT--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|20 : ct---------TTTTTAC---AA-CTGTCATG-A-----TTT------TATC--A--AC-TTACGTGGTTAAA-C--------A--AG----------------CG--T---GT-----TAAA--TGCAGTCGAAATGCCG-TCGTC-GTAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGA--GAACCCGGA--TGTA---
gi|12 : TGTT-ATAT-TTTT------TTTC--A--AT-TTACTTGCTTAAA-C------------------------------AAAT---GTG---ATAGA--AACTGTTGATTAGCCA-T-CTCAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAA--GAGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-T---TT
gi|3 : acgatAA-CTTT-AATCA--A-----------------CAAAT---GCG--A-TAAA--AGTTGTTGATTTGCCG-TCGTC-GT--------T------------CACATAGATGAA--TCACCC------------------C-C---CCC-C-CCTATATGA-CCT---AGC------ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCgacttcgcattgtgtcgaagtctgcaac
gi|26 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgttgACAGA--AATTGTT----------T-GTC-GT--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAA--TAG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-CGCCT-T-TGA-CAT---AGC------ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|10 : T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAA--GAGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-C-CCTAT--GA-CCTTTTCATCTAGCA-TGCAGTCTAAGTGTGCAAAGC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AGGGAGCGACCAGCTGATAAAACTACTTTGTTATTTCAAACTAAATATAAGTACATTGTCCATAAAATCTGAGGACTGGCTGTTGTCACATTTTCGAGTAGTGTAGTACATGTATCTTATATTGGAAAAATTAATAATAACAAATAGAAAATATCGAAAGCGAAAATAATGAACAGACACATCTAGATACATGTACATGTAAGCAGACCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACATATTGTAAATGAAA
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 22222 11111 111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 11 22222222 444444444 6666666666666666666666666 11 1 1 11 333333 11 111 11 22 1 1 33333 1111111 22222 111 111 22222 111 111 11111 1111 11 11111 666666666666666666666 444444444444444444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 222222222 2222222222222222222222 3333333333333333333333333333 2222 1111 111111111111111 2222 222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 44444 5 33333 111111111111111111111111111111111111111111111111 8 55555 0 11 99999999 8 8 666666666 3 5 7777777777777777777777777 11 0 0 33 1 8 000000 22 3 999 666 0 8 99 11 8 8 8 44 1 3 2 0 0 2 6 0 33333 1 3333333 4 00000 6 000 00 8 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 5 0 5 888 666 55555 1 2222 33 3 0 77777 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 55 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 7 0000000000000000000000 0 2 1 7777777777777777777777777777 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 777777777777777 8 1111 333 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ..... . ..... ................................................ . ..... . .. ........ . . ......... . . ......................... .. . . .. . . ...... .. . ... ... . . .. .. . . . .. . . . . . . . . ..... . ....... . ..... . ... .. . . ... . . . . . ..... . . . . . . ... ... ..... . .... .. . . ..... ..................... .. . . .................. ... ................................................................ . .. .. ...... ......... . . ......... . .. . . ...................... . . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............... . .... ... . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 22222 0 77777 555555555555555555555555555555555555555555555555 0 22222 8 00 00000000 0 0 666666666 8 6 4444444444444444444444444 00 0 0 88 0 0 444444 66 8 888 888 8 0 44 00 0 0 8 33 0 3 5 5 2 5 5 2 22222 0 5555555 5 99999 7 000 99 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 0 7 7 7 7 7 111 000 44444 7 1111 66 0 1 11111 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 55 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 1 0000000000000000000000 7 7 2 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 555555555555555 0 0000 555 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTCAA-CT--AAGATA-TA-GATTAT---TGA-TAAATTAAACAGAGA-A-T-CATA-------------TAATCT----------AAA--------C-------AAC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-C-----T-AGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAATTGAGGGAGGGGA-GCCTTAAAA-CACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGA-N-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG--AGGTCTAAT--TN-ACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-CGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------GA--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAAT-ATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAA--NAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACCTTTGA-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTCAA-CT--AAGATA-TA-GATTAT---TGA-TAAATTAAACAGAGA-A-T-CATA-------------TAAT------------AAA--------C-------AAC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-C-----T-AGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TGA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCANAAGATAACCCAG-CAAAA-CNCA-TCG-AATAAA-N-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAATTGAAGGAGGGGGTGCCTTAANA-CACAAGACACAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACCGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGA-C-TACTTCCGT--GGGATAATCT----TTG--AGGNCTAAT--TT-ACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-CGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------GA--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAAN-ATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAA--NAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACCTTTGAGCCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTCAA-CT--A-GA-A-TA-GATTA-----GA-ATAATTAACC-GAGA-A-TTCATAAATAATCGATAGCTAAT------------AAATTTAAACAC-------AAC-AA----GA--GTG--TA--------TGAACATTGCAAAC-----T-AGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGGAGGGGA--CCTTAAAA-CACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGA-AATACTTC-ATAAGGGATAAC-------TG--AG--CTAAT-----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGACAAA-CATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------GAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAAT-ATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTGACCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTG---TT-A---------------TA-------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAA--GAGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACCTTTTCATCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAA--AATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACCTTTGA-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAA--GAGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-T-------------T-TGA--------CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGA-C-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG--AGGTCTAGT--TTAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-c
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGA-A-C-TTCA-------------TAAT------------AA
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAAT-ATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTtc
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTGAT-TC-A---TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAAT-ATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTCCA-CT--AAGATA-TA-GATTAT---TGA-TAGATTAAACAGAGA-A-T-CATA-------------T--T------------AAA--------C-------AAC-AG----AAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAA-C-----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACTT-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAATAAAAA-TACTT---T-G-TCAAT-AA--TCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGA-T-TACTTTCAT--GGGATA-TCT----TTG--AAGTTTAAT--TT-ACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAAA-ATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACTTTTGAGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAA------A-CA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGA--GAACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGACAAA---TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A---------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAAT-ATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------GC--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAAG-ATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAAT-ATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTCAG-CTTAAAGATATTATGATAAT---TCA-TA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATACAAA---------------------------------TGC-AC-------T-------TAG-C-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTCA--------------TATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAA--TAG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCCTTTGA-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTCAT-CT--AAGATA-TA-GATTA----TGA-TAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCAG-CAAAA-AT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAATTGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------GA--CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTCAA-CT------TA-GG-GATTAT----GA-TAAATTAAATAGAAACG-T-CATA-------------TAATCT----------AAA--------TCATTTAAAAT-AGCTATGAATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA---------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTAA-CCCCC-CCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAATTGAAGGAGGGGGTGCCTTAATA-CACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATT----CAAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTA-T-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG--AGGACTAA---TA-ACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGACATA-CATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC--------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAAT-TTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAA--TCACCC------------------C-C---CCC-CCCT-ATATGACCT---A-----G-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAAC-TACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG-AGGTCTA-T--TA-ACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGACAAA-TGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A---------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACCTTTGA-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCCAA-CT--AAGATA-TA-GATTA----TGA-TAAATTAAACAGAGA-ATT-CATA-------------TAATCTAAATCATTTAAAA--------C-------AAC-A-----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-CTTAATT-AGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGA-atcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG--AGGTCTAAT--TT-AC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAAT-ATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAA--TAACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTGACCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTCAA-CT------TG-GA-GAT--------A-TAAATTATACAGAAA-A-TTCATA-------------TAATCTAAATCATTTAAAA--------C-------AACTAT----GAATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA----------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCAA-CAAAA----A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTA-G-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAATTAATAATA-AC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGACACA-------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAGA--CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-ATT-GTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAA--GAACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACCTTTG-GTCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 444444444 6666666666666666666666666 11 1 1 11 333333 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 1111111 666666666666666666666 444444444444444444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 3333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 000000 6 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 11 99999999 8 8 666666666 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 000000 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 8 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 2222222 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 1 7777777777777777777777777777 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... ...... . .. ........................................................... . .. ........ . . ......... . . ......................... .. . . .. . . ...... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ....... ..................... .. . . .................. ... ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 333333 7 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 00 00000000 0 0 666666666 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 222222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 7 1111 777 7777777 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 2 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-C-----T-AGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTTAAAA-CACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-CGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------GA--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-C-----T-AGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTTAAAA-CACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TNACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-CGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------GA--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGA-A--TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTT----------AAA----------C-------ACAAC-AA----GA--GTG--TA--------TGAACATTGCAAAC-----T-AGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTTAAAA-CACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGACAAA-CATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------GAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGACAAA-c
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGA-ACTT-CATAA--TAATC---------------
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--T-------------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----AAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAA-C-----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA------------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAATAAAAA-TACTT---T-G-TCAAT-AA--TCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGATA-TCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAA------A-CA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGACAAA---TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A---------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------GC--C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATACAAA---------------------------------TGC-AC-------T-------TAG-C-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCAG-CAAAA-AT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------GA--CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAACG--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------TCATTTAAA--AT-AGCTATGAATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA---------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTAA-CCCCC-CCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTTAATA-CACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGACATA-CATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC--------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGACAAA-TGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A---------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAAACAGAGA-AT-T-CAT-A--TAATC---------------TAAATCATTTAAAA----------C-------A--AC-A-----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-CTTAATT-AGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAA-A--TTCAT-A--TAATC---------------T----------AAATCATTTAAAAC-------A--ACTAT----GAATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA----------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCAA-CAAAA----A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGACACA-------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAGA--CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222 44444444 6666666666666666666666666 11 1 1 11 22222 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 11111 666666666666666666666 444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 3333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 000000 6 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 11 99999999 8 8 66666666 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 8 22222 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 11111 1 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 1 7777777777777777777777777777 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... ...... . .. ........................................................... . .. ........ . . ........ . . ......................... .. . . .. . . . ..... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ..... . ..................... .. . . .................. ... . ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 333333 7 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 00 00000000 0 0 66666666 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 0 22222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 4 1111 777 77777 9 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 2 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-CT----TAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-C-----TAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGA-A--TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTT----------AAA----------C-------ACAAC-AA----GA--GTG--TA--------TGAACATTGCAAAC-----TAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGA-ACTT-CATAA--TAATC---------------
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--T-------------------T----------AAA----------C-------A--AC-AG----AAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAA-CT----TAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGAT-ATCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAA------A-CA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------TGC-AC-------T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCA-GC-AAAAAT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAACG--T-CAT-A--TAATC---------------T----------AAA----------TCATTTAAA--AT-AGCTATGAATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA--------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTA-AC-CCCCCCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC---------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAAACAGAGA-AT-T-CAT-A--TAATC---------------TAAATCATTTAAAA----------C-------A--AC-A-----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-CTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A-----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAA-A--TTCAT-A--TAATC---------------T----------AAATCATTTAAAAC-------A--ACTAT----GAATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA---------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCA-AC-AAAA---A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999 11 22222222 3333333 6666666666666666666666666 11 1 1 11 333333 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 11111 666666666666666666666 444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 3333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 000000 6 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0 11 99999999 8 8 6666666 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 000000 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 11111 1 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 1 7777777777777777777777777777 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... ...... . .. .................................................. . .. ........ . . ....... . . ......................... .. . . .. . . ...... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ..... . ..................... .. . . .................. ... . ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 333333 7 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555 8 00 00000000 0 0 2222222 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 222222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 4 1111 777 77777 9 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 2 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--TTCAT-A--TAATC---------------TAAATCATTTAAAAC-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--TAATC---------------TAAA----------C-------A--AC-AG----GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGA-A--TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTTAAA----------C-------ACAAC-AA----GA--GTG--TA--------TGAACATTGCAAA----CTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCAG-CAAAA-CGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGA-ACTT-CATAA--TAATC---------------
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGA-A--T-CAT-A--T-------------------TAAA----------C-------A--AC-AG----AAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAAC----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA------------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGAT-ATCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAA------A-CA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------TGC-AC-------T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCAG-CAAAA-AT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAACG--T-CAT-A--TAATC---------------TAAA----------TCATTTAAA--AT-AGCTATGAATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA-------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTAA-CCCCC-CCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC---------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT----G-ATAAATTAAACAGAGA-A--TTCAT-A--TAATC---------------TAAATCATTTAAAAC-------A--AC-AG-----AATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAACTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A-----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAA-A--TTCAT-A--TAATC---------------TAAATCATTTAAAAC-------A--ACTAT----GAATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA--------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCAA-CAAAA----A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 1111111 222 11 22222222 3333333 6666666666666666666666666 11 1 1 11 22222 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 11111 666666666666666666666 444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 3333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 99 6 99 4444444 8 8 000 0 11 99999999 8 8 6666666 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 8 22222 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 11111 1 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 1 7777777777777777777777777777 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... .. . .. ....... . . ... . .. ........ . . ....... . . ......................... .. . . .. . . . ..... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ..... . ..................... .. . . .................. ... . ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 88 7 22 8888888 0 0 222 8 00 00000000 0 0 2222222 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 0 22222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 4 1111 777 77777 9 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 2 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC-AGGAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGAA-TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTTAAACACAAC-AAGA--GTG--TA--------TGAACATTGCAAA----CTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGAACTTCATAA--TAATC--
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGAA--TCAT-A--T--T------------------AA-ACAAC-AGAAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAAC----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGAT-ATCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAA------A-CA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------TGC-AC-------T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCA-GC-AAAAAT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAAC-GTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ATAGCTATGAATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA-------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTA-AC-CCCCCCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC---------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT----G-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC-A-GAATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAACTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A-----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTATGAATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA--------GGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCA-AC-AAAA---A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 1111111 33333333333333 11 33333333 6666666666666666666666666 11 1 1 11 22222 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 11111 666666666666666666666 444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 4444444444444444444444444444 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 99 6 99 4444444 8 8 11111111111111 11 8 8 22222222 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 8 22222 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 11111 1 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 2222222222222222222222222222 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... .. . .. ....... . . .............. .. . . ........ . . ......................... .. . . .. . . . ..... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ..... . ..................... .. . . .................. ... . ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 88 7 22 8888888 0 0 22222222222222 00 0 0 00000000 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 0 22222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 4 1111 777 77777 9 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGAA-TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTTAAACACAAC-AAGA----------GTG--TATGAACATTGCAAA----CTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGAACTTCATAA--TAATC--
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGAA--TCAT-A--T--T------------------AA-ACAAC-AGAA--------ATGTG--TATGG-CAT-GCAAC----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGAT-ATCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAAAC-------A--AG----------------CG--T---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------TGC-AC-------T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCA-GC-AAAAAT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAAC-GTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ATAGCTATGA--------ATGTGCATATGA-CAT-TCAA-------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTA-AC-CCCCCCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC---------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT----G-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC--AGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAACTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A-----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTATGAATATGTACATGTA--TATGG-CAT-GCA--------AGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCA-AC-AAAA---A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 1111 66666666666666666666 222 222222222 2222 2222222 1111111 33333333333333 11 33333333 6666666666666666666666666 11 1 1 11 22222 11 222 11 22 1 33333 11 22222 111 111 22222 111 11 1111 111 11111 666666666666666666666 444444444444444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 111111111 222222222 11 2222222222222 4444444444444444444444444444 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 77 5 66 5 5 0000 5 33333333333333333333 2 111 3 999999999 5 2222 5 5 0 5555555 99 6 99 4444444 8 8 11111111111111 11 8 8 22222222 3 5 4444444444444444444444444 11 0 0 33 0 8 8 22222 22 3 000 666 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 33333 1 22 3 2 77 00000 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 0 5 888 44 77 1 2222 555 11111 1 888888888888888888888 66 5 3 000000000000000000 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 44 555555 000000000 2 8 000000000 6 33 2 6 44 0 2 5555555555555 0 2 2222222222222222222222222222 444 2222 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : .. . .. . . .... . .................... . ... . ......... . .... . . . ....... .. . .. ....... . . .............. .. . . ........ . . ......................... .. . . .. . . . ..... .. . ... ... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . ..... . .. . . .. ..... . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . . . ... .. .. . .... ... ..... . ..................... .. . . .................. ... . ................................................................ . .. ...... ......... . . ......... . .. . . .. . . ............. . . ............................ ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 77 0 99 0 0 6666 0 77777777777777777777 5 444 2 555555555 0 4444 0 0 4 5555555 88 7 22 8888888 0 0 22222222222222 00 0 0 00000000 8 6 6666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 0 22222 66 8 000 888 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 22222 0 55 5 5 00 99999 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 7 7 111 33 99 4 1111 777 77777 9 444444444444444444444 99 0 2 111111111111111111 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 111111 000000000 7 2 777777777 7 77 7 2 99 8 7 4444444444444 7 7 9999999999999999999999999999 777 8888 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : CTACAAGCCCG-A--GCGTA-TATTAA-TTGGGG----GGG-GGTT-------A-----------ATA-ACACTA-G-CAAACAGTACTT---------AAACAGTTC-AACT--A-GA-A-TA-GATTA-----G-AATAATTAACC-GAGAA-TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTTAAACACAAC-AAGA----------GTG--TATGAACATTGCAAA----CTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACGCAATTG-TATTAA-A-AAA---GTGAC-CATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGAC---TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAATT-ATCCGTG--AATGGAAATACTTCA-TAAGGGATAAC-------TG---AG--CTAA-T----ACTGATATTCGAT--AGAAAA--CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACATGC-TC-------C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-A-T-TTTT------TTTA--A-C-TTACGCGCTTAAACTT--AACA--AA----------------CAAAT---GTG--A-TAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ct--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT-----T---------TGTTTACT--A-TTGTTA-T-A------------------------TACGTGTTT-----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAAG--AGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCACGTGTAT---------TGTT-AAG--A-TTGTTATT-AAT-T------------G--AAC-A-ACTTGCATAG-CT------A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAAA--ATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACG--A-TTGTTAT---AT-TTTT------TTTC--AAT-TTACTTGCTTAAAC-----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAAG--AGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GACTT-CTTCATG-TAATGGAC-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAGTT--TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACA-GCACG-AGACAGTAATAATAA-TGGGGG----GGG-GGG--------T-----------GTATACA--A-A-CGAAT----CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT------TA-GA-GATTATATATGAATAAATTAAACAGAGAACTTCATAA--TAATC--
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGATGCGTTT---------TATTTACG--A-TTG-TCTT-AAT-TTTA------TC----ACC-TTAGGTGCTTAAAC-------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGATGTGTAT---------TTTT-ACA--A-CTG--ATT-CAT-TTT-------TTTA--AAC-TTACGTGCTAAGAATTA-A-CAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGATAGATAT---------TTTT-ACG--A-CTGATGT--AAT-TTTC------T--A--AAT-TTACGTGCTTAAACTTTGA-TA--AA----------------AAAAA---GCG--A-TAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGTGTAT---------GTTTGACG--A-TTGCTAT---AC-TTTT------CTC---AAC-TTACGTGCTCAAACCTTGA-TA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACT-GCACGTA--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GAT--------G-----------GTATACACTACG-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-CACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAGATTAAACAGAGAA--TCAT-A--T--T------------------AA-ACAAC-AGAA--------ATGTG--TATGG-CAT-GCAAC----TTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAACTCA-TCA-AATAAA-A-AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTTCAT--GGGAT-ATCT----TTG---AAGTTTAA-T--TTACTG-TAATCGAT--A--AAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGATGTGTAT---------TTTTTACA--G-CTGATATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTCAAACTTC-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAAT--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TTTTTACA--A-CTGTCATG-A----TTT------TATC--AAC-TTACGTGGTTAAAC-------A--AG----------------CG--T---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGAG--AACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA-GCTAC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : ----------AAACAAACGC-ACCTAGCTAT-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : tctaatttaactgtaatcgataggaAATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGATGTGTATATATATATATATATACG--A-TTGTTA-T-AAT-TTTA------TC----AAT-ATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACT-GCACG-A--TGGTG-TATTAA-TGGGAG----GGGTGGT--------GGTGTTGTGGTTGTATACACTATG-CAAACAGTAC-T---T-----ACACAGTTC-AGCTTAAAGATATTATGATAAT---TC-ATA
gi|25 : --C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------TGC-AC-------T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTG
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAAT--AG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGG--------GTACAT------GTATACACTAGG-CAAACAGTAC-T---T-----AAACAATTC-ATCT--AAGATA-TA-GATTA----TG-ATAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCA-GC-AAAAAT---TCA-AATAGA-TTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgTGC-AC-------T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATTAA-TGGGGG----TGG---T--------G-----------ATATACA--------AACA-TACTTACTT-----AATCATTTC-AACT------TA-GG-GATTAT----G-ATAAATTAAATAGAAAC-GTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ATAGCTATGA--------ATGTGCATATGA-CAT-TCAA-------AACG--GGAGGG-GGAGGT----TGA--ACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTA-AC-CCCCCCCC-CCCCAATG-----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC----AAAGTAC--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGC-GTAATGTAT-TACTTCAGT--GGGATATTTT----TTG---AGGACTAA----TAACTG-T--------------A--C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCATGC---------------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAA-TC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAAT--CACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACT-GCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG-------CGC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTTCATG-TAATGGAACTACTTCAG---GGAATAATCT----TTGG--AGGTCTA--T--TAACTG-TA----------------C--AGTCGCAAA-----------------GAGAA-GTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAGGC-TC-------T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTCA--CTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GTG--TA-CTTTGATG-GTAT---------TTTTTACA--ATCTGATAT---AT-TTTT------TT-A--AAC-TTACGTGCTTAAAG-------A--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTA-GGCAAACAGTACTT---------AAACAGTCC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT----G-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC--AGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAACTTAATTAGCAAGGGAGGGGTGGGGT----T-A--A---------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAATT-CTCCGT-GTAATGGAatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TTAC--------GAT--A--GGA--C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACATGC-A-----------------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGATGTGTAA---------TTTTTACA--A-CTGATAT---AT-TTTT------TTTA--A-C-TTACGTGCTTAAACTTA-A-CA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAAT--AACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACA-GCACA-A--CGGTA-AATTAA-TTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGGG-----------GTATA-ACTA---CAAACAGTACTTA--T-----AAA--GTTC-AACT------TG-GA-GAT---------ATAAATTATACAGAAAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTATGAATATGTACATGTA--TATGG-CAT-GCA--------AGGGGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA---------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCA-AC-AAAA---A-TCA-AATAAATG-AAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACAT-TTTCG-AGTAGTGTAG-TACAT--GT--------ATCTTATATTGGAAAAAT-TAA-TAATAAC----A---AATAGA--AAA--T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACATGT-ACA------TGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccagctgataaaactaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCG--TTTTTATTTTA--TGGTATTTAATATTTTGTTTGCTTTATTAACATTAT-TG--TCATTTT--A-CA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAAG--AACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
blockSeqs : A T GA A A TGGA T GGTGTTGTGGTT C CG T TTCAAA A TAAA T T TATATGA CT A . TA . . TATGAATATGTACA CA . . ACTTAATT A T TGAACCCGATGAATAATGA . . T . G A CTCA CC A TT AAT . TT . . . . G G TG A G A G G ATTA C AT A C GC ATCGA T . A A . . A T G A ACTGG G . G T TGG AC . A TATA GAA ATAA A TGTAATCGATAAAAAC . G A A TAG A TCTAGATACATGTACATGTAAGCAGACCTGTG G AT AGTC CATGTCTTA G T ATATATATA T TT T T TT A TGTTTGCTTTATT A TTACAAATGTTATATATTCTTAT TTC CTGA TCTT TG GGG A AGACTAGA T TC T GCT TT CCCCCCCCCTCCCCCTAT T C G A C A A
blockSeqs : T . . . . . . TGGGCTGGG C TG T ACTT . AA . . TTG G . . TA . . TATGAA . . . ACTT A G GGGGTAATGA . . . . . . CCCC A G TG AAT . TT . . . . G G G . G A G A GAT G AT T C AC TAC . . A A . . . A . G AA . . . . TG C . A . G GTT T AAATAGAAAA . . A A . . TTTTATGCACTTAGCTAGGCCAGCTACTA . . TCT . . C GTTTGCG T . . T T . TTTTC . TTAACAACAA . AT TA CA . . . . . T G . AGATTGTTTTCCCTTAT . . . G . . A
blockSeqs : T . . . . . . GTACAT C GG T AT . AA . . TTC T . . TA . . AGAAA . . . A G T TAA . . . . . . AT A A A AAT . CT . . . . . G G . G C G A . . . . ACC . . A T . . . A . G TA . . . . CG T . A . . AT A GATAGGA . . A A . . CATTTTATAGACACATGCACCGGAGC . . ATC . . T . G . . T T . TTTTA . TTTGATAAA . AA TA CG . . . . . T A . AGATTTTTTCCCTATT . . . C . . G
blockSeqs : T . . . . . . T C GG T T . AA . . TG T . . . . . AGAA . . . . . . TAA . . . A A . . . . . . . . . . . . T A . . . T . A A . . . . TG T . A . . AT A TGTA . . A A . . CATTTTAATTCTTATAGACGCATGC . . TCT . . G . T . . A T . TTATC . TTTGATAAA . AA CA CG . . . . . T G . AGATTTTTTCCCCTAT . . . C . . T
blockSeqs : A . . . . . . G C A T T . . . . TG . . . . . A A . . . A . G A . . . . TG G . . . . A T TGTA . . A A . . TGTTCTTAGCTAGGCTCTA . . ATC . . G . T . . A T . TTTTA . CTTGATAAA . A AT CG . . . . . T T . TATTTTTTCTCTTCTT . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . G . . . T . . . . TG . . . . . . C . G A . . . . AG . . . . T A TGTA . . . . . . TAGACACATGCA . . AT . . T . T . . C T . TTTA . TTTAATCAA . A AT TG . . . . . A G . AACAGGTAGTTTTTC . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGCACTTAGC . . A . . T . T . . A G . TCTC . TTCACAAA . A TT CG . . . . . T T . ATTTCCCTCTAT . . . C . . G
blockSeqs : . . . . C . . T . T . . T T . TTTA . TTAACAAA . A AT CG . . . . . A T . CCCCCCCCTAT . . . T . . T
blockSeqs : . . . . . T . T . . T . . ATC . TAGG . A TT TG . . . . . A T . AAATT . . . T . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . A . . CTA . AAA . A TT TG . . . . . A G .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . CTA . AAA . A T C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . ATC . AAG . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . AAA . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T* GT****************** NG* T******** AA** TG***** ** TA***** AGAA********** A******* TGA********************** ** C**** *** AAT TT ** C**** *** *** T* ** TGTAA**************** ** A***************** TTTA********* TTACAAA*********************
originalCons : CTACN-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGT--------G-----------GTATACACTA-G-CAAACAGTACTT---T-----AAACAGTTC-AACT--AAGATA-TA-GATTAT---TG-ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTANGA--------ATGTG--TATGA-CAT-GCAAC----TTAGCGAGGGAGGGTGGGGGT----TAA--A---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAACTCA-TCG-AATAAA-A-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGACC--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAN-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTG-TA---GAT--A--AAA--C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTT------TTTA--AAC-TTACGTGCTTAAACTT--A-CA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
finalCons : CTACT-GCACG-A--CGGTA-TATTAA-TGGGGG----GGG-GGTGT------------------GTATACACTANG-CAAACAGTACTTT--------AAACAGTTC-AACTAA--GATA-TA-GATTATG-----ATAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATCTA-----AATCA-TTTAAA-ACAACAGAA----------TGTG--TATGA-CAT-GCAA-------AGCGAGGGAGGGTGGGGGTTGA----------------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAAC----TCG-AATAAA---AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATGC----TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TACTT-CTCCGTGGTAATGGAT-TACTTCAGT--GGGATAATCT----TTG---AGGTCTAA-T--TAACTGTAA----------------C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACATGC-AC-------T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGATGCGTAT---------TTTTTACG--A-CTGNTATT-AAT-TTTTTTA---------AAC-TTACGTGCTTAAACTTACAAA---------------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAAN--AACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 666666666666666666666666 1 222222222 111111111 1111111 22222 11 22222222 44444444444 66666666666666666666666666 11 1 1 11 5555555555555555555555555 11 22 1 33333333333333333333333333 111 111 22222 11 111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111111 111111111111 111111111 2222222 111111111111 33333333333333333333333333333 2222 1111 2222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 5 66 5 5 0000 5 222222222222222222222222 0 4 5 3 999999999 5 888888888 5 5 99 6 99 4444444 8 8 44444 0 11 99999999 8 8 88888888888 3 5 88888888888888888888888888 11 0 0 33 0 8 8 2222222222222222222222222 0 8 99 11 8 8 8 2 2 00 3 2 7 0 2 4 0 11111111111111111111111111 99 6 000 00 5 1 0 000 5 5 1 5 1 22222 5 5 5 22 666666 88 5 5 77 5 8888 1 5 11 99999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 777 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 3 44 555555 000000000 2 888888888888 111111111 33 6 2 6 1111111 222222222222 2 2 66666666666666666666666666666 444 3333 0 1111 11 444 2 99999999 2 33 5 666 55 5555555555555555555555555555 8 4 4 3 4 4 4
lowQualScore : . . .. . . .... . ........................ . . . . ......... . ......... . . .. . .. ....... . . ..... . .. ........ . . ........... . . .......................... .. . . .. . . . ......................... . . .. .. . . . . . .. . . . . . . . .......................... .. . ... .. . . . ... . . . . . ..... . . . .. ...... .. . . .. . .... . . .. ..... ....................................................... . ... . ........................................................... . . .. ...... ......... . ............ ......... .. . . . ....... ............ . . ............................. ... .... . .... .. ... . ........ . .. . ... .. ............................ . . . . . . .
lowQualScore : 4 0 99 0 0 6666 0 999999999999999999999999 1 2 0 2 555555555 0 555555555 0 0 88 7 22 8888888 0 0 22222 8 00 00000000 0 0 00000000000 8 6 66666666666666666666666666 00 0 0 88 2 0 0 6666666666666666666666666 8 0 44 00 0 0 0 5 5 00 3 5 0 2 5 5 2 66666666666666666666666666 22 7 000 99 4 7 6 000 7 7 9 7 7 33333 7 7 7 11 444444 00 7 7 00 7 9999 7 7 00 99999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 000 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 3 66 111111 000000000 7 000000000000 444444444 99 7 7 2 1111111 555555555555 7 7 22222222222222222222222222222 777 4444 1 2222 66 444 4 11111111 5 44 1 000 00 5555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 0 8
consensus : CTACTGCACG-A--CGGTA-TATT-AATGGGGG----GGG-GGT-------G----------T----GTATACACTA-GCAAAC-AGTACTT---T-----AAACAGTTCAA-CT--AAGA---TATAGATTA-TGA-TAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTATG-AATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAACTT----A---GCGAGGGAGGGTGGGGGT-------TAAA---------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAA-C---TCA----A----AT-AAAT-AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCCGATAAATCCGANANTGA-C--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAC-TTCTC------CGTGGTA-ATGG-AT-TACTT-CAGT--GGGATAATCTTT-GAGGTCTAA-TT-AACTG--------TA----A-----------C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACAT-GC-AC-T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGAT----------GCGTAT---------TT--TTTACGA-CTGNTATT--A-A-TTTT------TTTA--AAC-T-TACGTGCTTAAACTT--ACA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAA--NAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
Reference ( family-5124 ) : CTACTGCACG-A--CGGTA-TATT-AATGGGGG----GGG-GGT-------G----------T----GTATACACTANGCAAAC-AGTACTT---T-----AAACAGTTCAA-CT--AAGA---TATAGATTA-TGA-TAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC-A-G-AATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAA-------A---GCGAGGGAGGGTGGGGGT-------TGA----------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AACAA-AAA--TGCACAAGATAACCCA-GC-AAAA-C---TCG----A----AT-AAA--AAAAATGTGAAACAT-ACTTCAA--TCCAAACCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAGGGGA-GCCTT-AAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGNGGGGGG-T--GCNGATAAATCCGNCAATG--C--TCTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCAAT-AAAATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAC-TTCTC------CGTGGTA-ATGG-AT-TACTT-CAGT--GGGATAATCTTT-GAGGTCTAA-TT-AACTG--------TA----A-----------C--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAACGTT-------TTAT----------AGACACAT-GC-AC-T-------G--A-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAACTTTGAT----------GCGTAT---------TT--TTTACGA-CTGNTATT--A-A-TTTT------TTTA--AAC-T-TACGTGCTTAAACTT--ACA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTNCACATTGATGAA--NAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACC-TTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTCTGAGTGTGCAAAGC
gi|1 : GCCCG-A--GCGTA-TATT-AATTGGGG----GGG-GGT-------T----------A----ATA-ACACTA-GCAAAC-AGTACTT---------AAACAGTTCAA-CT--A-GA----ATAGATTA-GAA-TAA-TTAACC-GAGAA-TTCAT-AAATAATCGATAGCTAATAAATTTAAACACAAC-A-A-GA-GTG--TA--------TGAACATTGCAA-------ACTAGCAAGGGAGGGTGGGGGT-------TAAA---------------GAAATTATCTGCTACGA-GATCCAATAA-AAAGTCGCACAAGATAACCCA-GC-AAAA-C---GCA----ATTGTAT-TAA--AAAAGTG---ACCATCACT-CAAATTCTAAACCCTAAGAATGCCTAAATCTGAGG-AGGGGA--CCTT-AAAACACAA-ACACAGAAGGGGGGGG---------------CCGA-AAATTCGCAAATGA-C--TCTGC-CATATGTCAAAAAGAAATTAAAAATTCTTGTGTAG-TCAAT-AAAATCGGG------ACCGTT-AAC-TAA-TTATC------CGTG--A-ATGG-AAATACTT-CA-TAAGGGATAAC---T-GAG--CTAA-T---ACTGATATTCGATAGAAAA-----------CCTA-TCGCAAGTACGTAGCTGGCAACATGTGAAAGTAGCAA---GCAGAC-AAACATT-------TTAT----------AAACACAT-GC-TC-C-------G--AGC-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-TATATGT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAATTTGAT----------GTGTAT---------TT--TTTACAG-CTGATATT----A-TTTT------TTTT--AAC-T-TACGCGCTTAAACTTA-ACA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATAAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTCG-C-ATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|10 : ctctacaa--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAAC---GAT---------------T---------TG--TTTACTA-TTGTTA-T--A-------------------------TACGTGTTT----------A--AA----------------CAAAT---ATG---ATA---------GAT--TAGCTGTCGT---CG-a
gi|10 : tt-T--------TA-GCT--GTCGTCGGATTGATGAA--GAGCCCGGA--TATA---CCCC--C-CCCCTCC-CCCT-AT--GACC-TTTTCA-TCTAG-C-ATGCAGTCTAAGTGTGCAAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagattagctgtcgtcggattgatgaagagcccggatataccccccccctccccctatgaccttttcatctagcatgcagtctaagtgtgcaaagca
gi|11 : ttttatctgcaactcttagtggtaacgatttgtttactattgttatatacgtgtttaaacaaatatgatagattagctgtcgtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaATCTGCAATTCTTG---------TTGG-TAACTACCAC----------GTGTAT---------TG--TT-AAGA-TTGTTATT--A-A-TT-----------G--AAC-A--ACTTGCATAG-CT-----A--GG----------------CAAAC---GT---ATTAGA---TGTTG-------------T---CG-T--------TC-TCT---TTTTCACATTAATGAA--AATCCCGGA--TATG---A-----------TTT-CCCT-CTATGACC-TTTG-A-CCTGA-C-ATGGTGTTT-ATTGTACAAAa
gi|12 : ACGA-TTGTTAT---A-T-TTTT------TTTC--AAT-T-TACTTGCTTAAAC----------------------------AAAT---GTG--A-TAGAAACTGTTGAT--TAGCCATC-T---CAAT--------TC-GCT--GTTTTCACAGTGATGAA--GAGCCAGGATTTGTT---AAAT--T-----------------------TTTG-A-CTTCG-C-ATTGTGTCGAAGTCTGCAAag
gi|13 : AT---TTCAAAAGAAATAAAAAATACTT---C-G-TCTAT-AAAATAGGGAGA----CTGAT-A-T-GAC-TTCTT------CATG-TA-ATGG-AC-TACTT-CAGT--GGGATAATCTTT-GAGGTCTAGTTT-AACTG--------T-----A-----------C--A-TCGC-AA-----------------GAGAAAGTAGCGA---GCAGAC-AAAc
gi|14 : CTACAGCACG-AGACAGTAATAAT-AATGGGGG----GGG-GG--------G----------T----GTATACA-------AACGAAT-CTT---TTCAAAAAATTGTTCAAACT--TAGAGATTATA---TA-TGAATAAATTAAACAGAGAACTTCATAA--TAATC--
gi|15 : tgactatctctgaatccAAGTCAA-TATCAAA--GAAACATTC--T-TATCTGCAATTCTT---------------------TGAT----------GCGTTT---------TA--TTTACGA-TTG-TCTT--A-A-TTTT------ATCA--C-C-T-TAGGTGCTTAAAC------A--AA----------------TA--T---GTG--A-TATAAGTTGTTGAT--CAGTCGCCGT---CG-T--------TC-GCT--GTT
gi|16 : AACTCTTA---------GTGGGTAACTTTGAT----------GTGTAT---------TT--TT-ACAA-CTG--ATT--C-A-TTTT------TTTA--AAC-T-TACGTGCTAAGAATTA-ACAACAA----------------CAGAT---ATG---ATAGAAGTT-TTGCTTCTTGTC-TCGCGGGCG-T--------TG-GCT--aa
gi|17 : ATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGAT----------AGATAT---------TT--TT-ACGA-CTGATGT---A-A-TTTT------CT-A--AAT-T-TACGTGCTTAAACTTTGATA--AA----------------AAAAA---GCG---ATAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACAttcgtatca
gi|18 : ctATTTTTA---------GTAG-TGACTTTGAT----------AGATAT---------TT--TT-ACGA-CTGATGT---A-A-TTTT------CT-A--AAT-T-TACGTGCTTAAACTTTGATA--AA----------------AAAAA---GCG---ATAGAAGTTGTTGAT--ATGCCGTCGT---GT-T--------TC-GTT--GTTTTCACA
gi|19 : ctTAAA-TATATAT--GAAACAT-A-------------CTCTTA---------GTGG-TAACTTTGAT----------GTGTAT---------GT--TTGACGA-TTGCTAT-----A-CTTT------TCTC--AAC-T-TACGTGCTCAAACCTTGATA--AA----------------CAAAT---GCG---ACAGAAATTGT------------TTGT---CG-T--------TC-GCT--G
gi|2 : CTACTGCACGTA--CGGTA-TATT-AATGGGGG----GGG-GAT-------G---------------GTATACACTACGCAAAC-AGTACTT---T-----AAACAGTTCCA-CT--AAGA---TATAGATTATTGA-TAGATTAAACAGAGAA--TCAT-A--T--T------------------AA-ACAAC-A-GAAATGTG--TA--------TGG-CAT-GCAACTT----A---GCAAGGGAGGGTGGGGGT-------TAA----------------GAAAATATT--CCACGACGATC-AATAATAAA--TGCACAAGATACCCCAGGCAAAAA-CTCATCA----A----ATAAAA--AAAAATGTGAGACAC-ACTTCAA--TTCAAACCTCAAGA-T-CCTAACT-T-AGGGAGGGAA-GCCTTAAAAACACAAGACACAGAAAGGGGGGGGGGGGGGGGGAT--GCCGATAAATCCGGCAATGATCGATCTGC-CAT---TT-ACAAGAAAT-AAAAATACTT---T-G-TCAAT---AATCGGGGGA---ACTGTT-A-T-TAA-TTCTC------CGTGGTA-ATGG-AT-TACTT-TCAT--GGGAT-ATCTTT-GAAGTTTAA-TT-TACTG--------TA----ATCGATAAAAACC--A-TCGCAAA-----------------GTGAAAGTAGCAATAGGC-GACAAAACATT-------TTAT----------AGACACAT-GC-AC-C-------GGAG-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTAAGTAAA-AATATAT--GAAACAT-A--T-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAA-TTTGAT----------GTGTAT---------TT--TTTACAG-CTGATATT--A-ATTTTT------TTTA--AAC-T-TACGTGCTCAAACTTC-ACA--AA----------------CAAAT---GTG--AATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGT-GT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACACATTGATGAA--TAACCCGGA--TGTA---AGAT--T-T---TTT-CCCT-AT-TGACT-TTTG-AGCCTCG-CAATGACGTTTGAGTGTGCAAAGC
gi|20 : ---------TT--TTTACAA-CTGTCATG--A----TTT------TATC--AAC-T-TACGTGGTTAA------ACA--AG----------------C--GT---GT-----TAAATGCAGTCGAA--ATGCCGTCGT---CG-TAGACTAGATCTGCTTCGTTT-CACATTCAAAGA--GAACCCGGA--TGTA---
gi|21 : TAGCGA---GCAGAC-AAA--TT-------TTATGCACTTAGCTAGGC-CA--GCTAC-T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTACGTAAA-TATATAT--GAAACAT-A--
gi|22 : TCTAA-TTTAACTG--------TA----A----------------TCG-ATA-----------------G-GAAA--------------AC-AAACG--------------------------CACCTAGC-TA-T-------G--C-C-----TACAACCTACTTCGCTGGCTCAAACTATGTAAA-GATATAT--GAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTA---------agtgatgtattcaattctgaatgtg
gi|23 : AATTAAA-TATCAAT--GAAACATTC--T-TGTCTGCAATTCGTA---------GGGG-TAACTTTGAT----------GTGTATATATATATATA--TATACGA-TTGTTA-T--A-A-TTTT------ATCA--A---TATACGAGCTTAAGC
gi|24 : caCTACTGCACG-A--TGGTG-TATT-AATGGGAG----GGGTGGT-------GGTGTTGTGGTT----GTATACACTATGCAAAC-AGTAC-T---T-----ACACAGTTCAG-CTTAAAGA---T----ATTA-TGA-TAA
gi|25 : -----------C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCATAC-AAA--------------------------------T-GC-AC-T-------T--AGC-----TA-GGCCTACTTCGCTGGCTC--------------ATATAT--GAAACAT----C-TATCTGCAACTCTTA---------GTGG-TAGCTTTGttcata
gi|26 : ACAGAAATTGTT------------TGT---CG-T--------TC-GCT--GTTCTCACATTGATGAA--TAG-ATAGA--TAGAAACAGGTAGT-T---TTT-C---------GCC-TTTG-A-CATAG-C-ATGACGTTCTTGTGTGCAA
gi|27 : CG-A--CGGTA-TATT-AATGGGGG----GGG-GGG-------G----------TACATGTATACACTAGGCAAAC-AGTAC-T---T-----AAACAATTCAT-CT--AAGA---TATAGATTA-TGA-TAAATTAA
gi|28 : AAGATAACCCA-GC-AAAAAT---TCA----A----AT-AGATTAAAAATGTGAAACAT-ATTTCAA--TCCAAATCTCAAGA-T-CCTAAAT-TGAGGGAG
gi|29 : aagtcgT-GC-AC-T-------G--A-CCTATCTACAACCTACTTCGCTTGCTCAAACTAAGTA
gi|3 : -A--CAGTA-TATT-AATGGGGG----TGG----------------------T----G-ATATAC-----AAAC-A-TACTTACTT-----AATCATTTCAA-CT---------TAGGGATTA-TGA-TAAATTAAATAGAAAC-GTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ATAGCTATG-AATGTGCATA--------TGA-CAT-TCAA-------A---ACG--GGAGGG-GGAGGT-------TGAACCCGATGAATAATGAGAACATATT--CCACGACGATC-TACAA-AAA--TGCATAAGATAACCTA-AC-CCCC-C---CCCCCCCA----AT-G----------GTGAAACAT-ACCTCAA--TTTAAACCTCAAAA-T-CCAAAAT-TGAAGGAGGGGGTGCCTT-AATACACAAGCCACAGAA---GAAAGGGGAGGGAGA-TTAGCGGATAATTC--AAAGTA--C--TTTGC-CAT---TTCAAAAGAAATAAAAATTACAT---T-G-TCAAT-AAAATTGGGGG----ACTGTT-A-T-TAC-TTCTC------CGC-GTA-ATGT-AT-TACTT-CAGT--GGGATATTTTTT-GAGGACTAA--T-AACTG--------T-----A-----------C--A-TCGC-AA-----------------GTGAAAGTACCGA---GCAGAC-ATACATTTTAATTCTTAT----------AGACGCAT-GC---------------------------ACCTACTTCGCCGGCTAAAACTAAGTAAA-TTTATAT--GAAACA-------TATCTA----TCTTA---------GTAG-TAACGTTGA
gi|3 : gaatccctTTGAACTTTAATC--AA----------------CAAAT---GCG--A-TAAAAGTTGTTGAT--TTGCCGTCGT---CG-T--------T------------CACATAGATGAA--TCACCC------------------C-C---CCC-CCCT-AT---A-----TG-A-CCTAG-C-ATGACGTCTGAATGTGCAAAGCactttaatcaacaaatgcgataaaagttgttgatttgccgtcgtcgttcacatagatgaatcaccccccccccctatatgacctagcatgacgtctgaatgtgcaaagc
gi|32 : gaatccctacagtatattaatgggggtggtgatatacaaacatacttacttaatcatttcaacttagggattatgataaattaaatagaaacgtcatataatctaaatcatttaaaatagctatgaatgtgcatatgacattcaaaacgggagggggaggttgaacccgatgaataatgagaacatattccacgacgatctacaaaaatgcataagataacctaacccccccccccccaatggtgaaacatacctcaatttaaacctcaaaatccaaaattgaaggagggggtgccttaatacacaagccacagaagaaaggggagggagattagcggataattcaaagtactttgccatttcaaaagaaataaaaattacattgtcaataaaattgggggactgttattacttctccgcgtaatgtattacttcagtgggatattttttgaggactaataactgtacatcgcaagtgaaagtaccgagcagacatacattttaattcttatagacgcatgcacctacttcgccggctaaaactaagtaaatttatatgaaacatatctatcttagtagtaacgCTACTGCACG-A--CGG-A-TATTAAATGGGGG----GGG-G
gi|4 : acctAAGACACCGAAAGAAAGGGGGGCGGGGGG----GCAG------CCGACTTTG--C-----GC-CAT---T-CAAAAGAAATAAAAAATACTT---T-G-TCTATGAAAATAGGGAGT---ACGATTGA-TGTACTTTCTT------CAT-GTA-ATGGAAC-TACTT-CAG---GGAATAATCTTTGGAGGTCT-A-TT-AACTG--------T-----A-----------C--AGTCGCAAA-----------------GAG-AAGTAGCGA---GCAGAC-AAATGTT-------CT-T----------AG-C-TAG-GC-TC-T-------A----------TACAACCTACTTCGCTGCCTC--ACTAAGTAAAGTATATAT--GAAACAT-AGTC-TATCTGCAACTCTTA---------GT-G-T-ACTTTGAT----------G-GTAT---------TT--TTTACAATCTGATAT-----A-TTTT------TTTA--AAC-T-TACGTGCTTAA------AGA--AA----------------CAAAC---ATGCTGATAAAAATTGTCGAT--T--CTGTCGT---CG-T--------TC-CGT--GTTTACACATTG--GAAGCTAACCCGGA--TG-A---AGAT--TGT---TTT-CCCT-TA-TGACC-TTTG-A-CCTCGCC-ATGACGTCTAAGTGTGCAAA
gi|5 : ACACTAGGCAAAC-AGTACTT---------AAACAGTCCAA-CT--AAGA---TATAGATTA-TGA-TAAATTAAACAGAGAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAAC-A-G-AATGTG--TA--------TGA-CAT-GCAACTTAATTA---GCAAGGGAGGGGTGGGGT-------TAA----------------GAAAATATT--CCACGACAATag
gi|5 : AATGACC--TCTGCTCAT---TTCAAAAGAAATTTAAAATACCT---T-GATCAAT-AAAA-CGGGGG----ACTGTT-A-T-TAA-TTCTC------CGT-GTA-ATGG-Aatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaaatgacctctgctcatttcaaaagaaatttaaaataccttgatcaataaaacgggggactgttattaattctccgtgtaatgga
gi|6 : acactaggcaaacagtacttaaacagtccaactaagatatagattatgataaattaaacagagaattcatataatctaaatcatttaaaacaacagaatgtgtatgacatgcaacttaattagcaagggaggggtggggttaagaaaatattccacgacaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgccgaatcataaataaagctttccaT-CAGT--GGGATAATCTTT-GAGGTCTAA-TT-TACGA--------TAGG--A-----------C--A-TCGCAA------------------GTGAAAGTAGCGA---GCAG--------------------T----------AGACACAT-GC-A-----------------------------ACTTCGCTAGCTCAAACTAAGTAAA-TATATATATGAAACAT-A--TCTATCTGCAACTCTTACATGTCTTAGTGG-TAACTTTGAT----------GTGTAA---------TT--TTTACAA-CTGATAT-----A-TTTT------TTTT--AAC-T-TACGTGCTTAAACTTA-ACA--AA----------------CAAAT---GTG---ATAGAAGTTGTTGAT--TTGCTGTCGT---CG-T--------TC-GCT--GTTTACATATTGATGAA--TAACCCGTA--TGTA---AGAT--T-T---TTTCCCCT-A--TGACCTTTTG-A-CCTTG-C-ATGACGTCCGAGTGTGCAAA
gi|7 : CTACAGCACA-A--CGGTA-AATT-AATTGGGGTGGAGGG-GGTTGGGCTGG----------G----GTATA-ACTA--CAAAC-AGTACTTA--T-----AAA--GTTCAA-CT---------TGGAGAT-----A-TAAATTATACAGAAAA-TTCAT-A--TAATC--TA---AATCA-TTTAAA-ACAACTATG-AATATG--TACATGTATATGG-CAT-GCAA-------G---G-GGGTGGGGGTGGGGGTGGGGTAATGA----------------GAAAATGTT--CCACGACGATC-AACAT-AAA--TGCAAAAGATAACCCA-AC-AAAA-A---TCA----A----AT-AAATGAAAAATGTAAAACAT-AC----A--TCCAAACCTCAAAA-T-CCTAAAT-
gi|8 : --GCTGATAAA------ACTA--C--TTTGT-TAT---TTCAAACTAAATATAAG-TACAT---T-G-TCCAT-AAAATCTGAGGACTGGCTGTT-G-T-CACATTTTCGAGTAGTGTAGTACATGT-AT---CTTATATT--GGAAAAATTAAT-AA----TAA-CA-AATAGA-------AA----A-----------T--A-TCG-AAA-----------------GCGAAAATAATGA---ACAGAC-ACA------------TCT----------AGATACAT-GT-ACATGTAAGCAG--A-CCTGTGCACAGCTTACTTCACCAGCTTAAATTACAT-AT-TGTAAAT--GAAA
gi|9 : agggagcgaccaTCTACCACT-TTG---------GTGG-TAACTTTGATGCGCATGTTTGCGTTT---------TTATTTTA-----TGGTATTTAATA-TTTTGTTTGCTTTATTAACAT-TAT-TG--TCATTTT--ACA--AATGTTATATATTCTTATCAACTTTCGTA--AATAAAATCAGTT-----------TTGT---CG-T--------TT-GCT--GATTACATATTGATGAA--GAACCCGGG--TGTA----TAT--T-T---TTT-CTCTTCT-TGACC-TTTG-G-TCTTG-C-ATGACGTTTTATTATGTAAAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ACAAGCCAAGTGCCATTATTAAAAGAACATCCCTCGTTTCT
Unaligned ( gi|31 ): ATTTTGTAGACACGTGTATAACATATGTATAACCTC