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Reference ( gi|3 )            :                                                                          AGGT-CT-TTCC--ACCTT-T--CTGTG-GAAAGACCT----TTTTGAATAAT-TGTTCTGTTT-----A-TTAGG--TG--C-T-T-----TCC--A-C-T-TTCT----GT-G-G-A-AA----GTCCCTAT-T-G-T----T-AT-TGT-TCTGGTTTATTA-TTCATTATT-ATTATTTTATTAGGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-T--C--TAATT-G-TTAT----T--G--TT-TGT--TTATTAT---T-----T--ATTA--GGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TTTCTGT--GAA--A-----GTCC---TATTG-TT-AT-TGTTC
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gi|6                          :                                                                                                                                         T-----A-TCAGG---G--C-T-T-----TCC--A-C-A-TTATAATGGC-G-G-AGAA----GTCTG-AT-TAG-T----T-ATATGT-TCTG-TTT-TTAGTTGA--------------ATTAAGG---C--T--------C-C-GCA---TT-T--CTG-T-GGA-ATA----C-T--C--CTATT-G-TTAtt
gi|8                          :                                                                                                                             ttcgtcataataT-----A-TTAGG---G--C-T-T-----TTC--G-A-C-TTCG----GT-C-G-A-AA----G-ACATAT-T-G-T----T-AT-TCT-AATGTTTTA-----TCATTATT-ATatatgttctgc
gi|13                         :                                                                                                                                          -----A-TTAGG--GGGGC-T-T-----TCC--ACC-T-TTCT----GT-G-G-A-AA----GT-CCTAT-T-G-A----T-AT-TGT-TCctttcttctcgacacattttggtctacgattccgagaaatcta
gi|7                          :                                                                                                                                          -----A-TTAGGGCTG--T-T-T-----CTC--A-CCT-TTCT----GTTG-G-A-AA----GTCCGTA--T-G-A----T-AT-TGT-TACGGCTT
gi|15                         :                                                                                                                                                -TTAGG--T---C-T-T-----TTC--A-CCT-TTCT----GT-G-G-A-AA----GACCTT-T-T-G-A----T-AT-TAT-TCTtccacctttttgcctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
gi|5                          :                                                                                                                                                         G--C-T-T-----TTCG-A-C-T---CC----GTCG-G-A-AA----GGTC-TAT-T-G-A----T-AT-T----CTG-TTT-----TTTATTATT-ATTA--TTATTAAGG---C--T--T-T---T-CGAC-------T--CCG-TCGAA-A-A----G-A--C--CTATT-G-TTAT----T--G--TG-TTT--TTTCTAT---
gi|16                         :                                                                                                                                                        gg--C-T-T-----TCC--A-CCT-TTCT----GT-G-G-A-AA----GT-CCTAT-T-G-C----T-TT-TCT-TCTGaattctttttctttttctggacataatcttaggtcgaatttaagaaaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                          ggc-T-T-----TCC--A-T-C-TTCT----GT-G-G-A-AAAGAAGTCC-TAT-T-G-T----T-AT-TGT-TCt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                       agggTTATTTTATTAGGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGgt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                           tatcTTGATTAGGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                TTATTAGGG---C--C--T-TTCCC-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-T--C--CTATT-GCTTTT----C--G--TTCTGT--T
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                              gaTTATCAGGG---C--T--T-T---T-C-ACC---TT-T--CTG-T-AAA-A-A----G-A--C--CTATT-G-ATAT----T--A--TC-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                              gcTTATTAGGA---CATT--T-T---C-C-ACC---TT-C--CAG-TAGGA-A-A----G-T--C--TTGTT-G-TTAC----T--G--TTCTAT--TTCTTAct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTAGGT---C--T--T-T---C-C-ACT---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-A--C--CTATT-G-ATAT----T--G--TTCTGT--T
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                 TATCAGGG---C--T--T-T---C-C-ACA---TTATAATGG-C-GGAGA-A----G-T--C--TGATTAG-TTATA---T--G--TTCTGT--TT-TTAG---T-----TGAATTA--AGG---C-------T---C-C-GCA---TTTCTGT--GGAATA-----CTCC---TATTG-TTAATATGTTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ttcgtcataataATTAGGGGGGC--T--T-T---C-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-T--C--CTATT-G-ATAT----T--G--TT-tgc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTAGGG---C--TGTT-T---CTC-ACC---TT-T--CTGTT-GGA-A-A----G-T--CCGTA--T-G-ATAT----T--G------------------------------TTA--CGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TTTTTGc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   TTAGGT---C--T--T-T---T-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-A--C--CTTTT-G-ATAT----T--A--TT-cctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGG------T--T-T---C-C-ATC---TT----CTG-T-GGA-A-AAGAAG-T--C--CTATT-G-TTAT----T--G--TT-CGT--ct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      GGG---C--T--T-T---T-C-GAC---T-----CCG-TCGGA-A-A----GGT--C--TA-TT-G-ATAT----TCTG--TT-T-T--TTATTAT---TATTATT--ATTA--AGG---C--T--T-T---T-C-GAC---T--CCGTCGAAA--A-----GACC---TATTG-TT-AT-TGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      GGC---C--T--T-T---C-C-ACC---TT-T--CTG-T-GGA-A-A----G-T--C--CTATT-G-CTTT----T--C--TTCTGT--gttttttctataattctttttctttttctggacataatcttaggtcgaatttaagaaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --TTATT-----T-----T--ATTA--GGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TTTCTGT--G
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatcT---T-----G--ATTA--GGG---C--T--T-T---C-C-ACC---TTTCTGT--GGA--A-----g
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---T-----T--ATTA--GGG---C--C--T-TTCCC-C-ACC---TTTCTGTG-GAA--A-----GTCC---TATTGCTT-TT-CGTTCa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ga---T-----T--ATCA--GGG---C--T--T-T---T-C-ACC---TTTCTGTA-AAA--A-----GACC---TATTG-AT-AT-TATtgtt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gc---T-----T--ATTA--GGA---CATT--T-T---C-C-ACC---TTCCAGTAGGAA--A-----GTCT---TGTTG-TT-AC-TGTTCctct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -----T--ATTA--GGT---C--T--T-T---C-C-ACT---TTTCTGTG-GAA--A-----GACC---TATTG-AT-AT-TGTTCtatttctta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -----T--ATTA--GGG---C--T--T-T---T-CGAC-----TTCGGTC-GAA--A-----GACA---TATTG-TT-AT-tgtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --ATTA--GGGGGGC--T--T-T---C-C-ACC---TTTCTGTG-GAA--A-----GTCC---TATTG-AT-AT-TGTTCctaatgttttatcattattatctttcttctcgacacattttggtctacgattccgagaaatcta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --ATTA--GGG---C--TGTT-T---CTC-ACC---TTTCTGTTGGAA--A-----GTCCG--TA-TG-AT-AT-TGTT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTA--GGT---C--T--T-T---T-C-ACC---TTTCTGTG-GAA--A-----GACC---TTTTG-AT-AT-TATTCacggctttccacctttttgcctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A--GGG------T--T-T---C-C-ATC---TT-CTGT--GGA--AAAGAAGTCC---TATTG-TT-AT-TGTTCt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --GGC---C--T--T-T---C-C-ACC---TTTCTGTG-GAA--A-----GTCC---TATTG-CT-TT-TCTTCgt





Alignments
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lowQualScore                  :                                                  8   11 0 8          5       99999999999   5 5 5          000000  777    4  55 4   4  2  11   4 888     888888888888888    1 44444444444444444444444444444444        444 33   444  2     2 33    8   2  6666    2    2 44   2 2   0     3    55555555555555    000     4   4   777     66 4    4     777   66  4  4  00 0   
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lowQualScore                  :                                                  0   00 8 0          7       99999999999   7 7 7          333333  888    0  55 0   0  5  44   0 666     111111111111111    1 55555555555555555555555555555555        777 77   777  7     7 77    0   9  1111    9    9 11   9 9   1     3    44444444444444    333     0   0   000     55 0    4     888   11  4  4  66 1   
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Reference ( family-5010 )     :                                               AGG-GCT--TTC-CACCTTTCTG-TGGAAAG----ACCTNTTTGA-T-A-TTGTTCTGTTT-----AT---TAGG-GC--T-TTC-CACCTTTCTG-T-G-GAAAGTCCCTAT-TGT----TATTGT---TCTGGT-TT-TTATTCATTATTATTATTTTATTAGGG---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-AA----GTCC-TATT-G-TTAT-T-GTTCTGTTTATTAT---------TT---ATTA--GGGCTT-TCC-ACC---TTTCTG-T-GGAA-AGTCC---TAT--TG-TT-AT--TGTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTCATTCT---------CTGTAATTA--GGGCTT-TCC-ACC---TTTCT--T-GGAA-AGT-C---TA---TG-TT-AT--TTTTC
gi|1                          :                                        ttgtgaaAGG-GCT--TTC-CACCTTTCT--TGGAAAG-------TCTATGT-T-A-TTTTTCTGTTTTA---AT---TAGG-GC--TCTTC-CACCCTTCTG-T-GCGAA---TCCTAT-TGT----TATTGT---TCTG----T-TTA-----------------ATTAGG----C--TTT---C--ACCTT-T----GT-GGA-AA----GTCCCTAT--G-TTAT---GTTCTGTTTATTATTATTATTGATT---ATTATTAGGCTTATCC-ACCCCTTTTCTGTT-GGAA-AGTCC---TAT--TG-TT-A---TGTTCtgttttaattagggctcttccacccttctgtgcgaatcctattgttattgttctgtttaattaggctttcacctttgtggaaagtccctatgttatgttctgtttattattattattgattattattaggcttatccaccccttttctgttggaaagtcctattgttatgttctgt
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            ga---------TT---ATCA--GGGCTT-TTC-ACC---TTTCTG-T-AAAA-AGACC---TAT--TG-AT-AT--TAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                            gcTATTAGGT---C--TTT---CC-ACTTT-T--CTGT-GGA-AA----GACC-TATT-G-ATAT-T-GTTCTGTTctct
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gi|18                         :                                                                                                     tatcTTG-----AT---TAGG-GC--T-TTC-CACCTTTCTG-T-G-GAAA
gi|2                          :                                                                TTTCTG-TGGAAAA----ACAT---TGA-T-A-TTGTTCTGTTTTTACTAT---CAGG-GC--T--------------G-T-A-GAAAGTCC-TACATGTATGATATTGT---GC-------------CATT-----TATC--ATTAGAG---C--TTT---CC-ACCTG-T--CTGT-GCA-AA----GGC-----------AT-T-GTTCTCTTTCTTAT---------T------------GCTT-TCC-ACC---TTTCTG-T-GGAG-AAACT-----T--TG-AT-AT--TTTT
gi|2                          :                                                                  tCTG-TAGAAAGTCCTACATGTATGA-T-A-TTGTGCCATTT-----ATCATTAGA-GC--T-TTC-CACCTGTCTG-T-G-CAAAGGC--------------ATTGT---TCTCTT-TC-TTATT---------------------G---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-GA----AACT-T--T-G-ATAT-T-TTT---TTTATTAT---------C-------A--GGGCTT-TCA-GCC---TTTTT--T-GGAA-AATCT---TATGATG-TT-GTGCTGTTtttattatcagggctttcagccttttttggaaaatcttatgatgttgtgctgtttatca
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gi|7                          :                                               AGG-GCTGTTTCTCACCTTTCTGTTGGAAAG----TCC-GTATGA-T-A-TTG--------------T---TACG-GC--T-TTC-CACCTTTTTG------------CCTCT-GGT----TA-TGTGGATTTGA--TT-ATATTCTCTATT-TTGTTTTccacctttttgcctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                             TTATTAGGA---CATTTT---CC-ACCTT-C--CAGTAGGA-AA----GTCT-TGTT-G-TTAC-T-GTTCTATTTCTTActttcttctcgacacattttggtctacgattccgagaaatcta





Alignments
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Reference ( family-5010 )     :                                               AGG-GCT--TTC-CACCTTTCTG-TGGAAAG----ACCTNTNTGA-T-A-TTGTTCTGTTT-----AT---TAGG-GC--T-TTC-CACCTTTCTG-T-G-GAAAGTCCCTAT-TGT----TATTGT---TCTGGT-TT-TTATTCATTATTATTATTTTATTAGGG---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-AA----GT-CCTATT-G-TTAT-T-GTTCTGTTTATTAT---------TT---ATTA--GGGCTT-TCC-ACC---TTTCTG-T-GGAA-AGTCC---TAT--TG-TT-AT--TGTTC
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gi|18                         :                                                                                                     tatcTTG-----AT---TAGG-GC--T-TTC-CACCTTTCTG-T-G-GAAA
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gi|2                          :                                                                  tCTG-TAGAAAGTCCTACATGTATGA-T-A-TTGTGCCATTT-----ATCATTAGA-GC--T-TTC-CACCTGTCTG-T-G-CAAAGGC--------------ATTGT---TCTCTT-TC-TTATT---------------------G---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-GA----AA-CTT--T-G-ATAT-T-TTT---TTTATTAT---------C-------A--GGGCTT-TCA-GCC---TTTTT--T-GGAA-AATCT---TATGATG-TT-GTGCTGTTtttattatcagggctttcagccttttttggaaaatcttatgatgttgtgctgtttatca
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gi|7                          :                                               AGG-GCTGTTTCTCACCTTTCTGTTGGAAAG----TCC-GTATGA-T-A-TTG--------------T---TACG-GC--T-TTC-CACCTTTTTG------------CCTCT-GGT----TA-TGTGGATTTGA--TT-ATATTCTCTATT-TTGTTTTccacctttttgcctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                             TTATTAGGA---CATTTT---CC-ACCTT-C--CAGTAGGA-AA----GT-CTTGTT-G-TTAC-T-GTTCTATTTCTTActttcttctcgacacattttggtctacgattccgagaaatcta





Alignments
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Reference ( family-5010 )     :                                               AGG-GCT--TTC-CACCTTTCTG-TGGAAAG----ACCTNTNTGA-T-A-TTGTTCTGTTT-----AT---TAGG-GC--T-TTC-CACCTTTCTG-T-G-GAAAGTCCCTAT-TGT----TATTGT---TCTGGT-TT-TTATTCATTATTATTATTTTATTAGGG---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-AA----GT-CCTATT-G-TTAT-T-GTTCTGTTTATTAT---------TT---ATTA--GGGCTT-TCC-ACC---TTTCTG-T-GGAA-AGTCC---TAT--TG-TT-AT--TGTTC
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gi|2                          :                                                                TTTCTG-TGGAAAA----ACAT---TGA-T-A-TTGTTCTGTTTTTACTAT---CAGG-GC--T--------------G-T-A-GAAAGTCC-TACATGTATGATATTGT---GC-------------CATT-----TATC--ATTAGAG---C--TTT---CC-ACCTG-T--CTGT-GCA-AA----GG-C----------AT-T-GTTCTCTTTCTTAT---------T------------GCTT-TCC-ACC---TTTCTG-T-GGAG-AAACT-----T--TG-AT-AT--TTTT
gi|2                          :                                                                  tCTG-TAGAAAGTCCTACATGTATGA-T-A-TTGTGCCATTT-----ATCATTAGA-GC--T-TTC-CACCTGTCTG-T-G-CAAAGGC--------------ATTGT---TCTCTT-TC-TTATT---------------------G---C--TTT---CC-ACCTT-T--CTGT-GGA-GA----AA-CTT--T-G-ATAT-T-TTT---TTTATTAT---------C-------A--GGGCTT-TCA-GCC---TTTTT--T-GGAA-AATCT---TATGATG-TT-GTGCTGTTtttattatcagggctttcagccttttttggaaaatcttatgatgttgtgctgtttatca
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lowQualScore                  :                                                  8   11 0 8           5      77 0 7777777777   5 5          00000000000    5   5      555     333   1 111111111111111   5  8888888   0 1  3333333333333333333333        444 33 33  444 2 2     4444   2 5   2  5555    2    2 44   2 2      2   6   66 1  44   88888888888     3      666     55     4     888   66  5  5  11 1   
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lowQualScore                  :                                                  0   00 8 0           7      99 7 9999999999   7 7          77777777777    7   7      777     000   4 777777777777777   7  6666666   1 4  7777777777777777777777        444 44 44  444 5 5     0000   5 0   7  7777    7    7 77   7 7      9   5   33 3  66   88888888888     3      444     00     4     888   99  0  0  99 4   
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Reference ( family-5010 )     :                                               AGG-GCT--TTC-CACCTTTCTGT-GGAAAGA-CCT-----TNT--GAT-A-TTGTTCTGTTT-----AT---TAGG-GCT-TTCCACCTTTCTGT-G-GAAAGTCCCTAT-TGT----TAT-TG-------TTCTGTTTT--------TTATTATTATT-TTATTAGGG---C--T--TT---C-C-ACCTT-T--CTG-T-GGA-AA----GTCC-TATT-G-TTAT-T-GTTCTG-TTTATTAT-TATT--ATTA---------GGGCTT-TCCACC---TTTCTG-TGGAA-AGTCC---TAT--TG-TT-AT--TGTTC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TTCATTCTCTGTA--ATTA---------GGGCTT-TCCACC---TTTCT--TGGAA-AGT-C---TA---TG-TT-AT--TTTTC
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gi|2                          :                                                                  tCTGT-AGAAAGT-CCTACATGTAT--GAT-A-TTGTGCCATTT-----ATCATTAGA-GCT-TTCCACCTGTCTGT-G-CAAAGGC--------------AT-TG-------TTCTCTTTC--------TTATT---------------G---C--T--TT---C-C-ACCTT-T--CTG-T-GGA-GA----AACT-T--T-G-ATAT-T--TTTT---------T-TATT--ATCA---------GGGCTT-TCAGCC---TTTTT--TGGAA-AATCT---TATGATG-TT-GTGCTGTTtttattatcagggctttcagccttttttggaaaatcttatgatgttgtgctgtttatca
gi|3                          : ttttctgtggaaaaacattgatattgttctgtttttactatcagggAGG-TCT--TTC-CACCTTTCTGT-GGAAAGA-CCT-----TTTTGAAT-AATTGTTCTGTTT-----AT---TAGGTGCT-TTCCAC-TTTCTGT-G-GAAAGTCCCTAT-TGT----TAT-TG-------TTCTGGTTTATTATTCATTATTATTATT-TTATTAGGG---C--T--TT---C-C-ACCTT-T--CTG-T-GGA-AA----GTCT-AATT-G-TTAT-T-GTT-TG-TTTATTAT---TT--ATTA---------GGGCTT-TCCACC---TTTCTG-T-GAA-AGTCC---TAT--TG-TT-AT--TGTTCtatca
gi|4                          :                                               AGGTGCT--T---CACCTTTCTG--GGGAAGATCCT-----AGT--GATTA-TTGTCTTGTT------AT---TAGG-GCT-TTCCACATTTCTGTGG-GAAAGT-CCTCT-TG-----TAT-TG-------TTC-G-------------TATTATTA-T-TTATTAGGG---C--T--TT---C-C-ACCTT-T--CTG---GGA-TA----GT-C-TATT---TTAT-TGGTTCTG-TCTATTAT-TATT--ATTA----------GGCTT-TCCACC---TTTCTG-TGGAA-AGTTCCTTTAT--TGTTT-AT--TCTTC
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                 TATCAGGG---C--T--TT---C-C-ACATTATAATGG-C-GGAGAA----GTCT-GATTAG-TTATAT-GTTCTG-TTT-TTA---GTTGAATTA---------AGGC---TCCGCA---TTTCTG-TGGAATACTCC---TAT--TG-TTAATA-TGTTCcataatcttaggtcgaatttaagaaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                      ttcgtcataataATTAGGG---C--TGTTT---CTC-ACCTT-T--CTGTT-GGA-AA----GTCC------G-----------------TATGA--TATT--GTTA---------CGGCTT-TCCACC---TTTTTG-tgc
gi|7                          :                                               AGG-GCTGTTTCTCACCTTTCTGTTGGAAAGT-CCG-----TAT--GAT-A-TTGTT-----------------ACG-GCT-TTCCACCTTTTTG-----------CCTCT-GGT----TATGTGGATTTGATTATATTCT--------CTATT-TTGTT-TTcctctggttatgtggatttgattatattctctattttgtttttaag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                              attTATTAGGG---C--T--TT---T-C-GACTT----CGG-T-CGA-AA----GACA-TATT-G-TTAT-T-CTAATGTTTTATCAT-TATT--AT--------------CTT-TCtaag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                               -TTATTAGGA---CATT--TT---C-C-ACCTT-C--CAG-TAGGA-AA----GTCT-TGTT-G-TTAC-T-GTTCTA-TTTCTTAttctcgacacattttggtctacgattccgagaaatcta