lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 5555555555555 1 3333333 8888888
lowQualScore : 7 3 1 4 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 11 8 2222222222222 2 88 2222222 1111111 6
lowQualScore : . . . . . ................................................................................................................................................................................. . .. . ............. . .. ....... ....... .
lowQualScore : 0 3 0 7 3 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 00 0 4444444444444 0 33 3333333 0000000 0
consensus : GCTAGTACAT-CGTCGTAAGAGGTCTA-----TC-AA-TAAACGTT-TACGT--C-T--ATGTCCACATAC--T-TAA---AGGCA-TTGAAAAACAAT----AA-TGCATTTACTCAGC-CTT--AGGTGACAAT---CTA-----G-AAC----GATTAT--TGAGTGAG--TTTTGTAAN-ANTAAAA-C------CAGATCCGG--ACT-AATAG-CGTTTT--TTTTTGTTGTCACC---AAATTGATC---CTG-ATGACC
Reference ( gi|2 ) : GCAAGTACAT-CATTGTAAGAG--CTAG--GGTTGAAGTAAAAGTT-TACAT--T-T--ATGTCCACATGC--TGTAAC--AGGCA-TTGAAAAACAAT---GAATTGCATTTACTCGGC-CTTGAAGGTGACAAT---CTA-----G-AAC----AATTATC-TCAGTGAGTTTTTTGTAGCAACTAAAAAC------CAGATCTGG--ACT-ATTAGGAGTTTTGGTTTTTGTTGTTACC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|11 : GCTAGTACAT-CGTAGTAAGAGGTCT----------AGTAAACATT-TACA--------ATGTCCACA
gi|1 : catAATACATGCATCGT----G--CTAGTAGGTCTA-TTAAAAGTT-TATGT--C-A--ATATTTACAAAT--T--AAA--AGGCA-TTGAAAAACAATCGAAAATTGCACTTACCCAGC-CT--AAGGTAAcaatagagacctaaaacgattaagcaaatacatgtgattatctacagctttttataaagatgaaaaccagaactaactactacctttt
gi|3 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacAGTACAT-CGTTGTAAGAGGTCTA-----TTAAA------------CGC--T-T--GTGTCCACATACACTGTA-CTTAAACA-CCGAAAA--------------CATTTA-------------GGTGACATT---CTA-----G-AACGT--AATGA-A-TGA-TGGGTTTTTTTTTCCCAATAAAGACGAAACCCAGATCCGG--ACT-ATT---TGTTTT--TTCTT-TTGTCACC---
gi|4 : catgtAAAAATT-TACAT--C-T--GTGACCACAT----------------A-TTAAAGA------------TG-------TCAGC-CCT--AGGTGGCAAT---TTA-----G-AATCTGGAATGATTATGAGTGATCATTTTGTAAAGAATAAAA-C------CAGATCTGG--ACT-AATAG--GCTTTTCCTTTTGTTACC-CC---AAATTGATCccgaattaatccttgaa
gi|10 : catgtttgtacctccttaaaagaggtcaattaAATGTTCTACAT--C-TGTATGTCCAC-TGA--T-TAA---AGACACTTGAAAAACAAT---TAC---CAATTACTCAGCACT---AAGTGACAAT---CTA-----GAAACG---GATTGT----GGTGAGGGGTTTGTAAC-ATTACAA--------CAGATCAAGAAACTAAATAGGCGTTctttgga
gi|13 : AATGTT-TAGGT--C-T--ATGCCCAGATAC--T--AA---AGACA-TTGAAAAATAAT-------TGCATATGCTCAGC-CTTGGAAGT--CAATATACTAGTTATG-AAC----AA
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttaggtcgatttGTT-TACATAGTGC--ATGTCTGCATAC--TTTA-----GGCA------------------ATTACATTAACTCAGC-CTT--AGTTGACAAT---CTA-----G-ACC----GATTATC-TT--TGAG------------ACTAAAA-C------CAACTCCGG--ACT-A
gi|5 : -T--ACGTCCACATAT--T-TAA----GGCA-TTGAAAGGCAAT---CAAGTACATTTACTCAAC-CTT--AGGTG
gi|7 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggTCAACATAC--T--AA---AGGCA-TTGAACAACAAT---TAATTACAATTATTCAGA-CTT--AGGT
gi|12 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgatacatgtattaagctagcaaatcgttatgaaatgtctt--AGGCA-TTGAAAAACAAT---CAACTACGTCTACTCAGT-CTT--AAGCGACATC---TTA-----G-AAC----GATTAT----A--GA------TGTAAAAAT--AAATC------CAGATCCGA--AAT-AAT---AATTTT--TTTCTATTGTTACCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATGTTTTATTGTTACCAGAAATGTCTTGCAAATAAATACATATCAAATAGGGAGTTAGCCCGAATTAAAATAAAGTTAATAAGGCCGGGTATTCCATTACAAAGATGTGTAAACTCTGCATGCATCATGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAGTAAACATTT
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|9 ): TTATTTTATTGTTGCCAGAAATAATTTTCTTGTAAAATAAATGTAAAGCAAGGTCCGAAAGTACGTAAAACCATTTTTAAAAATATAGAGCTCAAAACGCGTAAACAACGCATGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTAGTAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): CTAGAACGATTATGACTGGACTTTGTGAAAAGAGTTTTAAGACTAAAACCTATTCCGGAATGACATTTTTTTCCGTTTGTTACCCTGAATTGATTCT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|18 ): AAAACCATGAATATGCCCTATTAGGCTTAGTTTTCTTTTGTTACCCCGAATTGATCCT
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 4444444444 44444444444 111111 1111111 999999999999999999999999999999999 2222 111 222 111 2
lowQualScore : 9 8888888888 6 4 888 66 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 000000000000000000000000000000000 66 1 77 77 5 7777 99 77 666 000 111 0
lowQualScore : . .......... . . ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ................................. .. . .. .. . .... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 9 7777777777 5 4 888 11 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 444444444444444444444444444444444 77 0 99 99 7 8888 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTA----T-AG-TAAACGTT-TAC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTGT------------AAG-ANT--AAAACCAGATCCGG--ACT-AATAGGCGTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTCGTAAGAGGTCTA----TCAA-TAAACGTT-TAC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTGT------------AAN-ANT--AAAACCAGATCCGG--ACT-AATA-GCGTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---AAATTGATC---CTG-ATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAGGTCTA----T----TAAAAGTT-TAT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAATGTTCTAC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G---TTTGT------------AAC-ATT--ACAA-CAGATCAAGAAACTAAATAGGCGTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCT-------AG-TAAACATT-TAC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-------------TGT------------AAA-AAT--AAATCCAGATCCGA--AAT-AATA---ATTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAGGTCGA----T----TTAATGTT-TAG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttGTT-TACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT---------------CTTTG--------------AG-ACT--AAAACCAACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTAT---GACTGG---A--CTTTGTGAAAAGAGTTTTAAG-ACT--AAAACCTATTCCGG------AATG-ACATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : GTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : aaaaccatgaatatgccctattaggcttaGCAAGTACATCATTGTAAGAG--CTAGGGTTGAAGTAAAAGTT-TAC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTGT------------AGC-AACTAAAAACCAGATCTGG--ACT-ATTAGGAGTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTA----T----TAAACGCT-TGT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGG--TTTTTTTTTCCCAATA--AAG-ACG--AAACCCAGATCCGG--ACT-ATT---TGTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAGGTCAA----TTAA-AAAA--TT-TAC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-A--TTTTGT------------AAAGAAT--AAAACCAGATCTGG--ACT-AATAGGCTTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCT-------AG-TAAACATT-T
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatTCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgatacatgtattaagctagcaaatcgttatgaaatgtcttGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTA----a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 11111 222222 44444444444 111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 1 1111111 111 222 111 1
lowQualScore : 1 22222 444444 44 7 666 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555 1 1 5 66 777 5 2 3333333 99 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ..... ...... .. . ... ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ............................................ . . . .. ... . . ....... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 9 55555 333333 33 3 444 000 55 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 4 0 0 99 000 0 1 3333333 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTC-AT-AGTAAA-CGTT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTCTAT-AGTAAA-CGTT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GANT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-AATAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAG-----GTCTAT---TAAA-AGTT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TGTTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G---TTTG------------T----------AA-CATT-ACAA-CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAG-----GTC--T-AGTAAA-CATT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-------------TG------------T----------AA-AAAT-AAATCCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAG-----GTCGAT---TTAA-TGTT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttGTT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT---------------CTTTG------------------------A-GACT-AAAACCA--ACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTA---TGACTGG---A--CTTTGTGAAAAGAGTTTT----------AA-GACT-AAAACCT--ATTCCGG------AAT-GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : -AAAACCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAGCTAGGGTTGA--AGTAAA-AGTT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTG------------T----------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTCTAT---TAAA-CGCT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGG--TTTTT------------TTTTCCCAATAAA-GACG-AAACCCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAG-----GTCAATTA--AAA-AATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-A--TTTTG------------T----------AAAGAAT-AAAACCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttTGT-AGTACT-CG-------AC---GGGT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacaGCTAGTACATCGTAGTAAGAG-----GTC--T-AGTAAA-CATT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatT-AGCAAATCGTTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgatacatgtattaagcGCTAGTACATCGTTGTAACAG-----GTC--T-AGTAAA-a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 11111 333 44444444444 111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 111 222 111 1
lowQualScore : 1 22222 111 3 55 8 777 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555 1 5 66 66 555 1 22222 99 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ..... ... . .. . ... ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ............................................ . . .. .. ... . ..... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 9 55555 555 9 99 0 000 888 55 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 4 0 99 99 111 4 44444 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTC---TAGTAAA-CGTT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---GTTTT--G------------T----------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTCA--TAGTAAA-CGTT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---GTTTT--G------------T----------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAG-----GTC---TATTAAA-AGTT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TGTTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G-TTT--G------------T----------AA-CATTACAA--CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAG-----GTC---TAGTAAA-CATT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-----------T--G------------T----------AA-AAATAAAT-CCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAG-----GTCG---ATTTAA-TGTT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttGTT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT-------------CTTT--G------------------------A-GACTAAAA-CCA--ACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTA---TGACTGG---ACTTT--GTGAAAAGAGTTTT----------AA-GACTAAAA-CCT--ATTCCGG--AAT-----GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : AAAA-CCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAGCTAGGGTTG--AAGTAAA-AGTT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTG------------T----------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAG-----GTC---TATTAAA-CGCT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGGTTTT--T------------TTTTCCCAATAAA-GACGAAAC-CCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAG-----GTCAATTA--AAA-AATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-ATTTT--G------------T----------AAAGAATAAAA-CCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAG-----GTC---TAGTAAA-CATT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcat--TAGCAAATCGTTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgatacatgtattaagcGCTAGTACATCGTTGTAACAG-----GTC---TAGTAAA-a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 44444444444 111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 111 222 111 1
lowQualScore : 3 777777777 55 4 8 777 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555 1 5 66 66 555 1 22222 99 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ......... .. . . ... ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ............................................ . . .. .. ... . ..... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 8 222222222 99 0 0 000 888 55 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 4 0 99 99 111 4 44444 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---GTTTT--G------------T----------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---GTTTT--G------------T----------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAGGTCTAT--------TAAA-AG-TT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TG-TTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G-TTT--G------------T----------AA-CATTACAA--CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-----------T--G------------T----------AA-AAATAAAT-CCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAGGTCGAT--------TTAA-TG-TT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttG-TT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT-------------CTTT--G------------------------A-GACTAAAA-CCA--ACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTA---TGACTGG---ACTTT--GTGAAAAGAGTTTT----------AA-GACTAAAA-CCT--ATTCCGG--AAT-----GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : AAAA-CCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAG--CTAGGGTTGAAGTAAA-AG-TT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTG------------T----------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTAT--------TAAA-CG-CT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGGTTTT--T------------TTTTCCCAATAAA-GACGAAAC-CCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAGGTCAAT--------TAAA-AAATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-ATTTT--G------------T----------AAAGAATAAAA-CCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatTACAT-GTATTAAG----CTAG--------CAAATCG-TTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgaGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTAG--------TAAA-a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 44444444444 111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 111 222 111 1
lowQualScore : 1 777777777 55 4 8 777 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555 1 5 66 66 555 1 22222 99 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ......... .. . . ... ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ............................................ . . .. .. ... . ..... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 0 222222222 99 0 0 000 888 55 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 4 0 99 99 111 4 44444 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAGGTCTAT--------TAAA-AG-TT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TG-TTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G---TTTG------------T----------AA-CATT-ACAA-CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-------------TG------------T----------AA-AAAT-AAATCCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAGGTCGAT--------TTAA-TG-TT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttG-TT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT---------------CTTTG------------------------A-GACT-AAAACCA--ACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTA---TGACTGG---A--CTTTGTGAAAAGAGTTTT----------AA-GACT-AAAACCT--ATTCCGG--AAT-----GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : -AAAACCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAG--CTAGGGTTGAAGTAAA-AG-TT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTG------------T----------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTAT--------TAAA-CG-CT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGG--TTTTT------------TTTTCCCAATAAA-GACG-AAACCCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAGGTCAAT--------TAAA-AAATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-A--TTTTG------------T----------AAAGAAT-AAAACCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatTACAT-GTATTAAG----CTAG--------CAAATCG-TTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgaGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTAG--------TAAA-a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 44444444444 111111 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 111 222 111 1
lowQualScore : 1 777777777 55 4 8 777 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 99999999999 4 7777 3 3 555555 4444444 5 5 55555555555555555555555555555555555555555555 1 5 66 66 555 1 22222 99 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ......... .. . . ... ... .. . ... . . . . . . ........... . .... . . ...... ....... . . ............................................ . . .. .. ... . ..... .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 0 222222222 99 0 0 000 888 55 0 000 6 7 6 2 2 6 66666666666 1 7777 6 6 555555 4444444 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 4 0 99 99 111 4 44444 22 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAGGTCTAT--------TAAA-AG-TT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCG----AAAATTGCAC----TTA-CC-CAGCCTA------AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TG-TTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T------TA---C-CAA----TTA-CT-CAGCACT------AAGTGACAAT-------CTAGAAACGGATTGTGGTGAG-GG---G---TTTG------------T----------AA-CATT-ACAA-CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-TTAAGCAAA---TACATGTGATTATCTACAGCTTTTTATAAAGATGAAAA--------CCAG-AAC-
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-----AAC--TACGT----CTA-CT-CAGTCTT------AAGCGACATC-------TTAG-AAC-GATTAT--AGA-------------TG------------T----------AA-AAAT-AAATCCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACCtaactactacctttt
gi|13 : tAGGTCGAT--------TTAA-TG-TT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-----------TGCAT----ATG-CT-CAGCCTT------GGAAGTCAAT-------ATAtga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttG-TT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-----------TACAT----TAA-CT-CAGCCTT------AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-GATTAT---------------CTTTG------------------------A-GACT-AAAACCA--ACTCCGG--ACT-Actagttatgaacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-GATTA---TGACTGG---A--CTTTGTGAAAAGAGTTTT----------AA-GACT-AAAACCT--ATTCCGG--AAT-----GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : -AAAACCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAG--CTAGGGTTGAAGTAAA-AG-TT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T------GAAT-TGCAT----TTA-CT-CGGCCTTGA----AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-AATTATC-TCAGTGA---GTTTTTTG------------T----------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTAT--------TAAA-CG-CT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA-------------------CAT----TTA------------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-G--TAA--TGAATGATGGG--TTTTT------------TTTTCCCAATAAA-GACG-AAACCCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAGGTCAAT--------TAAA-AAATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG------------------------A---TG------------T-CAGCCCT------AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-GATTAT---GAGTGATC-A--TTTTG------------T----------AAAGAAT-AAAACCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCA----AG---TACAT----TTA-CT-CAACCTT------AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatTACAT-GTATTAAG----CTAG--------CAAATCG-TTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT------AAT--TACAA----TTA-TT-CAGACTT------AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgaGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTAG--------TAAA-a
blockSeqs : A GGGTTGAAG TC A C GAA ATA GT T CTG C A C T A T TAAGCAAA A GTGA T A TTATAA TTAGAAT . . ATGAATGATGGGTTTTTTTTTCCCAATA C A TG . AA A GCTTA GG GT ACC CT GAA C
blockSeqs : T G T . A . . . . AT . A . T A . CAAC A . . . GA . . . TGACTGGACTTTGTGAAAAGAGTTTT A . . . AT A AC . G A . .
blockSeqs : T T C . . . . . . CT . G . T A . GAAT G . . . . . . . TCTCAGTGAGTTTTTTGT . . . . AT A GA . G A . .
blockSeqs : T T T . . . . . . CT . A . T A . CAAG A . . . . . . . TGAGTGATCATTTTGT . . . . AT A GC . G . . .
blockSeqs : A T A . . . . . . TT . G . C A . AAT G . . . . . . . TAGATGT . . . . AA . T . . . . .
blockSeqs : A G C . . . . . . CT . G . T G . TA G . . . . . . . TCTTTG . . . . . . .
blockSeqs : T G A . . . . . . A . G . T A . A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . . . . . . C . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA********* TGATGATCTTTGT******************************* ** AT* ***
originalCons : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T------AA---TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTAT--TGAGTGA---G--TTTTG------------T----------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
finalCons : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TAA---------TGCAT----TTA-CT-CAGCCTT------AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-GATTATGATGATCTTTGT-------------------------------AA-GACT-AAAACCA--GATCCGG--ACTAT-TAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG
Alignments
lowQualScore : 111111111 4444444 2222222 1111 6666666666666666666666666666666666666666666 1 11111111 111 222 111 1
lowQualScore : 1 777777777 55 4 8 777 777 55 4 888 3 5 3 1 1 3 1111111 2 1 55 2222222 4 0000 9999999999999999999999999999999999999999999 0 0 4 66 66 4 2 44444444 77 77 666 000 111 5
lowQualScore : . ......... .. . . ... ... .. . ... . . . . . . ....... . . .. ....... . .... ........................................... . . . .. .. . . ........ .. .. ... ... ... .
lowQualScore : 0 222222222 99 0 0 000 888 55 0 000 6 7 6 2 2 6 5555555 6 6 00 2222222 4 7777 6666666666666666666666666666666666666666666 0 2 4 11 11 4 6 44444444 99 77 555 888 777 0
consensus : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T--AA---TGCATTTACTCAGCCTT--AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-G--ATTA-T---GA-TGAG--TC--TTTG------------T-------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ANTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
Reference ( family-4988 ) : GCTAGTACATCGTNGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CG-TT-T---AC---GTCT--ATGTCCAC-ATACT-TAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-T--AA---TGCATTTACTCAGCCTT--AGGTGACAAT-------CTAG-AAC-G--ATTA-T---GA-TGA---TC--TTTG------------T-------AA-GACTAAAA-CCA--GATCCGG--ACT-ATTAGGC---GTTTT--TTTTTG-TTGTCA--CC---GAATTGATC---CTGCATGACC
gi|1 : TGCATCGTGCTAGTAGGTCTAT--------TAAA-AG-TT-T---AT---GTCA--ATATTTAC-AAATT-AAA-AGGCA-TTGAAAAACAA-TCGAAAATTGCACTTACCCAGCCTA--AGGTAA
gi|10 : tttctttttgttgctggaaatgtcttgtaacataaatgtgaaccaagttggaagttagccagaaagtaattaccaataggtatccatgtatagcattaaatattacttcaaaatgcgtaaacaatacaAA-TG-TTCT---AC---ATCTGTATGTCCAC--TGAT-TAA-AGACACTTGAAAAACAA-T--TA---C-CAATTACTCAGCACT--AAGTGACAAT-------CTAGAAACGG--ATTG-T---GG-TGAGG-GG--TTTG------------T-------AA-CATTACAA--CA--GATCAAGAAACTAAATAGGC---GTT
gi|11 : GCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---AC---A-----ATGTCCAC-ACAA--TAG-AGACC-T---AAAACGA-T--TA---AGCAAATAC----------ATGTGATTAT-------CTAC-AGC----------------------TT--TTTA------------TA------AA-GATGAAAA-CCA--GAACT-A--ACT-ACTA--C---CTTTT--
gi|12 : cat-AGGCA-TTGAAAAACAA-TC-AAC--TACGTCTACTCAGTCTT--AAGCGACATC-------TTAG-AAC-G--ATTA-T---A---GA---T------G------------T-------AA-AAATAAAT-CCA--GATCCGA--AAT-AATAA------TTTT--TTTCTA-TTGTTA--CCCTGAAATTGATC---CTG-ATGACC
gi|13 : tAGGTCGAT--------TTAA-TG-TT-T---AG---GTCT--ATGCCCAG-ATAC--TAA-AGACA-TTGAAAAATAA-T-------TGCATATGCTCAGCCTT--GGAAGTCAATATA----CTAG---------TTA-T---GA-tga
gi|14 : ttatatattgctcaaaatgcgcaatgcatactatgttG-TT-T---ACATAGTGC--ATGTCTGC-ATACT-TTA-GG------------CAA-T-------TACATTAACTCAGCCTT--AGTTGACAAT-------CTAG-ACC-G--ATT-----------A---TC--TTTG---------------------A-GACTAAAA-CCA--ACTCCGG--ACT-Aacaa
gi|15 : -------CTAG-AAC-G--ATTA-T---GACTGG---AC--TTTGTGAAAAGAGTTTT-------AA-GACTAAAA-CCT--ATTCCGG--A---AT--GAC---ATTTT--TTTCCGTTTGTTA--CCCT-GAATTGATT---CT
gi|18 : AAAA-CCATGAATATGC--CCT-ATTAGGCTTAGTTTT--CTTTTG-TTACC---CC---GAATTGATC---CT
gi|2 : GCAAGTACATCATTGTAAGAG--CTAGGGTTGAAGTAAA-AG-TT-T---AC---ATTT--ATGTCCAC-ATGCTGTAACAGGCA-TTGAAAAACAA-T--GAAT-TGCATTTACTCGGCCTTGAAGGTGACAAT-------CTAG-AAC-A--ATTA-TCTCAG-TGAGT-TT--TTTG------------T-------AGCAACTAAAAACCA--GATCTGG--ACT-ATTAGGA---GTTTTGGTTTTTG-TTGTTA--CC---AGGCTGATCGAACTGCATGATC
gi|3 : TAGTACATCGTTGTAAGAGGTCTAT--------TAAA-CG-CT-T---GT---GTCC--ACATACACTGTACT-TAA-A--CA-CCGAAAA---------------CATTTA------------GGTGACATT-------CTAG-AAC-GTAATGAAT---GA-TGGGTTTT--TTTT------------TCCCAATAAA-GACGAAAC-CCA--GATCCGG--ACT-ATT---T---GTTTT--TTCTT--TTGTCACCCC---GAATTAATC---CT
gi|4 : catgGTACCTCCTTAAAAGAGGTCAAT--------TAAA-AAATT-T---AC---ATCT--GTGACCAC-ATA-T-TAA-AG--------------------A---TG-------TCAGCCCT--AGGTGGCAATTTAGAATCTGG-AAT-G--ATTA-T---GAGTGA---TCATTTTG------------T-------AAAGAATAAAA-CCA--GATCTGG--ACT-AATAGGC---TTTTC--CTTTTG-TTACC---CC---AAATTGATC---CTtgaa
gi|5 : catgtttT--ACGTCCAC-ATATT-TAA--GGCA-TTGAAAGGCAA-TCAAG---TACATTTACTCAACCTT--AGGTGttgga
gi|6 : agaaattaattaagaccgggtatgtattaaaatataaaatatctcaaaatagcttgaaatgtgttagcaatacatgtatgctttatgctacatgtagtactcgacgggGCTAGTACATCGTAGTAAGAGGTCTAG--------TAAA-CA-TT-T---
gi|7 : atgttttattgttaccagaaatgtcttgcaaataaatacatatcaaatagggagttagcccgaattaaaataaagttaataaggccgggtattccattacaaagatgtgtaaactctgcatgcatcatTACAT-GTATTAAG----CTAG--------CAAATCG-TTATGAAAT---GTCT---T-TCAAC-ATACT--AA-AGGCA-TTGAACAACAATT--AAT--TACAATTATTCAGACTT--AGGT
gi|9 : ccgaaaggaattaagaccggatatatatgaaatataaagagctcaaaatgaataaacgaGCTAGTACATCGTTGTAACAGGTCTAG--------TAAA-a
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ATGATTTGTTGTTGACAGAAATATGCTTTTGTACAAGTTGAGAGTTAGCCCGAGAGTATATAAGACCGGCTATTACAATACCATGAAATATTATATAGAGGTCACAATAAGCACAACTCGTGCATCATGCTAGGCCATCGTTGCGAGAGGT
Unaligned ( gi|16 ): CATGTTTTATTGATGACAGAAATTAATGTCTTGACAAATAAATGTGTGTGATGTAAGGAGTTAGCCCCGA
Unaligned ( gi|17 ): TTATTGTTGCTAGGAATAAATGTTCTGTAAAAGCATCAAGTTATTAACAAGAAAGTAATTACGACAA
Unaligned ( gi|19 ): TTTTCTTTTGTTACCTCGAATTGATCCTTTGATAACGTTGGTG