lowQualScore : 11111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 22 222 3 444 1 222 44 3333 444 7777777 444 1 99999999999999 222 66666666666 333 1 1 3 77 44 1 1 3 333
lowQualScore : . .. ... . ... . ... .. .... ... ....... ... . .............. ... ........... ... . . . .. .. . . . ...
lowQualScore : 7 33 999 3 666 7 999 00 5555 666 7777777 666 7 66666666666666 777 22222222222 222 7 7 5 33 33 8 8 6 333
consensus : ATCTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC---T-G----TGC---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAAT
Reference ( gi|9 ) : ATCTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC---T-G----TGC---GC-TAT-A-TGAA-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAAT
gi|10 : ATCTGATT-A--AA---A-T---TC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-AGA--------------GC---TC---T-G------C---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTA
gi|2 : ATCTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATAGCGCACGGCGCAGAGC---GC---C-G----CAC---GC-TGT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-TATATTTAAT
gi|5 : ctgATCTGAAT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----ATC---TCAAATGCCA---C-ATA--------------GT---GC---T-G----TGC---GC-TAT-T-TG---AGA--TCT-GT-A-T---TGTAAT
gi|14 : ATCTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC---ca
gi|4 : ATATGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-AAC--------------GCATTGC---T-A----TGC---GC-TAT-A-acg
gi|4 : aATCTGATT-A--AC---G-T---AT-AGCGCA--T----TGA---T-------TAACTT-ATA--------------GC---GCA--T-AGCAATGC---GT-TAT----GAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAATagttaatcaatgcgctatacgttaatcagat
gi|15 : aatatgATCTGATT-A--CA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------AC---GC---T-
gi|16 : ATCTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------a
gi|3 : aACCTCATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------AA---T-TTA--------------GC---ACA--TAG----TGCAGAGA-GAT-A-T------A--TTT-GT-A-T---TATAccac
gi|8 : atcggactaaagtagagaccATCTGATT-A--AG---A-T---AC-CG---A--T----CTC---T-------CA---T-TTA--------------GC---AC---
gi|12 : aatctgactaaagataaatatctgcactttATCTGATT-T--AA---A-T---GC-AG---A--T----CTC---T-------CA---A-ATA--------------GC---AC---t
gi|1 : gcactgtATCTGATT-A--AA---A-T---ACAAG---AATT----CTCT--T-------CAT--T-ATAT-------------GC---GC---
gi|11 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctgcgccgtgtTCTGATT-A--AA-----T---AC-AG---A--T----CTC---T-------C----------------------------GC---T-G----TGC---GC-TAT-A-TGAG-A-A--TCT-GT-AGT---TTTAATtgag
gi|13 : atTCTGATTTA--AA---A-TT--AC-AG---AA-T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC---tg
gi|2 : gccgtCTGATT-A--AATATA-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ACAGCGTGCGGCGCTCTGC---GC---C-G----TGC---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAAT
gi|7 : CTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A-------CTC---T-------CA---T-ATA--------------AC---AC---T-CATC-TGC---GC-TATTA-TGAG-AGA--TCT-GT-ATT---TTTAATcagat
gi|7 : CTGATT-A--AA---AAT---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---TAATA--------------GC---GCAGAT-G----AGT---GT-TAT-A-TGAG-AG---TCT-GT-A-T---TTTAATcag
gi|6 : ctgCTGATT-ACTAC---A-TCGTAT-AA---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC---T-A----TGT---GC--AT-A-TGAA-AAA--TCT-GT-A-T---TTTAAT
gi|17 : CTGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---AC---caa
gi|6 : TGATT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----TTT---T-------CA---T-AT---------------GC---ACA--T-A-----GC---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TTT-AT-A-ctt
gi|5 : ctgattactacatcgTGATT-A--CA---A-T---AC-AG---A--T----CTCAAATAG-----CG---C-ACA--------------GC---AC---T-A----TGT---GG-CAT-T-TGAG-ATA--TCT-GT-A-T---TTTAa
gi|11 : atctgaaATT-A--AA---ACT---AC-AG---A--T-----TC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC--------------------AC-AGCGAG-AGA--TCT-GT-A-----TTTAAT
gi|10 : attctgT-A--AA---A-T---AC-AG---A--T----CTC---T-------CA---T-ATA--------------GC---GC----------AGA---GC-TCT-A-TGAG-AGA--TCT-GA-A-T---TTTAATtg
gi|3 : atctgT-A--TA---A-T---AC-AA---A--TATATCTC---T-------C-------T---------------GC---AC---T-A----TGT---GC-TAA-A-TTAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAAT
gi|12 : atcggactaaagtagagacc--------------GC---AC---T-G----TGT---GC-TAT-T-TGAG-AGA--TCT-GC-A-T---TTAAATgaggt
gi|1 : --------------GC---GCCG-T-G----TGC---GCATAT-AATGAAGAGAATTCTTGT-A-T---TTTAATcagat
gi|13 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcct---GC---C-G----TGC---GC-TAT-A-TGAG-AGAT-TCT-GTAA-T---TTTAAcagattgag
gi|14 : -G----TGC---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAATatcaga
gi|17 : atctgGT---GC-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAATg
gi|15 : GC---GT-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TGTAATcagctt
gi|16 : atctg-TAT-A-TGAG-AGA--TCT-GT-A-T---TTTAATta
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 33 666 444 2 444 33 5555 2 8888888888888888888888888 333 55 1111 2 333 3 77 3 3 6
lowQualScore : .. ... ... . ... .. .... . ......................... ... .. .... . ... . .. . . .
lowQualScore : 44 999 444 5 444 44 3333 5 8888888888888888888888888 999 33 1111 9 999 1 33 1 1 2
consensus : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
Reference ( family-4955 ) : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
gi|1 : --------------GC---GCCGTG----TGCGCATAT-AATGAAGAGAATTCTTGT-A-TTTTAAT
gi|1 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctATCTGATTA--AA---AT---ACAAG---AATT----CTCTTCAT------TATAT-------------GC---GC--cagattgag
gi|10 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctgcgccgtgtATCTGATTA--AA---AT---TC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAGA--------------GC---TC--TG------CGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAtgag
gi|11 : TCTGATTA--AA----T---AC-AG---A--T----CTC-TC-------------------------------GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GA-A--TCT-GT-AGTTTTAAT
gi|12 : at--------------GC---AC--TG----TGTGC-TAT-T-TGA-GAGA--TCT-GC-A-TTTAAATtg
gi|13 : ---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGAT-TCT-GTAA-TTTTAAcagat
gi|14 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--atcaga
gi|15 : ATCTGATTA--CA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------AC---GC--Tacg
gi|16 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------a
gi|17 : aCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---AC--ccac
gi|2 : CTGATTA--AATATAT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TACAGCGTGCGGCGCTCTGC---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATctt
gi|3 : TA--TA---AT---AC-AA---A--TATATCTC-TC----------T---------------GC---AC--TA----TGTGC-TAA-A-TTA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagat
gi|4 : atcggactaaagtagagaccATATGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAAC--------------GCATTGC--TA----TGCGC-TAT-A-gaggt
gi|4 : aATCTGATTA--AC---GT---AT-AGCGCA--T----TGA-TTAACT----TATA--------------GC---GCA-TAGCAATGCGT-TAT----GA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATagttaatcaatgcgctatacgttaatcagat
gi|5 : aatatgATCTGAATA--AA---AT---AC-AG---A--T----ATC-TCAAATGCCACATA--------------GT---GC--TG----TGCGC-TAT-T-T---GAGA--TCT-GT-A-TTGTAAT
gi|6 : CTGATTACTAC---ATCGTAT-AA---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TA----TGTGC--AT-A-TGA-AAAA--TCT-GT-A-TTTTAATca
gi|7 : CTGATTA--AA---AT---AC-AG---A-------CTC-TCA-------TATA--------------AC---AC--TCATC-TGCGC-TATTA-TGA-GAGA--TCT-GT-ATTTTTAATcaa
gi|8 : ATCTGACTA--AAG--AT---AA-AT---A--T----CT------------------------------GC---AC--TT----TGTGC-TAA-A-TGA-GAGA--TCG-GT-A-TCTTAATcag
gi|9 : aATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-AAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagatt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 33 666 444 2 444 33 5555 2 8888888888888888888888888 333 55 1111 2 333 3 77 3 3 6
lowQualScore : .. ... ... . ... .. .... . ......................... ... .. .... . ... . .. . . .
lowQualScore : 44 999 444 5 444 44 3333 5 8888888888888888888888888 999 33 1111 9 999 1 33 1 1 2
consensus : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
Reference ( family-4955 ) : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
gi|1 : --------------GC---GCCGTG----TGCGCATAT-AATGAAGAGAATTCTTGT-A-TTTTAAT
gi|1 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctATCTGATTA--AA---AT---ACAAG---AATT----CTCTTCAT------TATAT-------------GC---GC--cagattgag
gi|10 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctgcgccgtgtATCTGATTA--AA---AT---TC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAGA--------------GC---TC--TG------CGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAtgag
gi|11 : TCTGATTA--AA----T---AC-AG---A--T----CTC-TC-------------------------------GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GA-A--TCT-GT-AGTTTTAAT
gi|12 : at--------------GC---AC--TG----TGTGC-TAT-T-TGA-GAGA--TCT-GC-A-TTTAAATtg
gi|13 : ---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGAT-TCT-GTAA-TTTTAAcagat
gi|14 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--atcaga
gi|15 : ATCTGATTA--CA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------AC---GC--Tacg
gi|16 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------a
gi|17 : aCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---AC--ccac
gi|2 : CTGATTA--AATATAT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TACAGCGTGCGGCGCTCTGC---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATctt
gi|3 : TA--TA---AT---AC-AA---A--TATATCTC-TC----------T---------------GC---AC--TA----TGTGC-TAA-A-TTA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagat
gi|4 : atcggactaaagtagagaccATATGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAAC--------------GCATTGC--TA----TGCGC-TAT-A-gaggt
gi|4 : aATCTGATTA--AC---GT---AT-AGCGCA--T----TGA-TTAACT----TATA--------------GC---GCA-TAGCAATGCGT-TAT----GA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATagttaatcaatgcgctatacgttaatcagat
gi|5 : aatatgATCTGAATA--AA---AT---AC-AG---A--T----ATC-TCAAATGCCACATA--------------GT---GC--TG----TGCGC-TAT-T-T---GAGA--TCT-GT-A-TTGTAAT
gi|6 : CTGATTACTAC---ATCGTAT-AA---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TA----TGTGC--AT-A-TGA-AAAA--TCT-GT-A-TTTTAATca
gi|7 : CTGATTA--AA---AT---AC-AG---A-------CTC-TCA-------TATA--------------AC---AC--TCATC-TGCGC-TATTA-TGA-GAGA--TCT-GT-ATTTTTAATcaa
gi|8 : ATCTGACTA--AAG--AT---AA-AT---A--T----CT------------------------------GC---AC--TT----TGTGC-TAA-A-TGA-GAGA--TCG-GT-A-TCTTAATcag
gi|9 : aATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-AAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagatt
blockSeqs : CT TAT CGT . CGC . ATAT . TACAGCGTGCGGCGCTCT ATT A GCAA . TA . T . A G
blockSeqs : . G . . . . . . AATGCCACATA . . ATC . A . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . ACTTATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAGA . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAAC . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TATA . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** TATA********************* ** A** **
originalCons : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
finalCons : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCATATA---------------------GC---GC--TG----TGCGC-TATA--TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111 1111
lowQualScore : 33 666 444 2 444 33 5555 2 8888888888888888888888888 333 55 1111 2 333 3 77 3 3 6
lowQualScore : .. ... ... . ... .. .... . ......................... ... .. .... . ... . .. . . .
lowQualScore : 44 999 444 5 444 44 3333 5 8888888888888888888888888 999 33 1111 9 999 1 33 1 1 2
consensus : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
Reference ( family-4955 ) : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAAT
gi|1 : --------------GC---GCCGTG----TGCGCATAT-AATGAAGAGAATTCTTGT-A-TTTTAAT
gi|1 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctATCTGATTA--AA---AT---ACAAG---AATT----CTCTTCAT------TATAT-------------GC---GC--cagattgag
gi|10 : tctgcttagacaatacagaatctctacactatcagcgacacgcggcgcactcctgcgccgtgtATCTGATTA--AA---AT---TC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAGA--------------GC---TC--TG------CGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAtgag
gi|11 : TCTGATTA--AA----T---AC-AG---A--T----CTC-TC-------------------------------GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-GA-A--TCT-GT-AGTTTTAAT
gi|12 : at--------------GC---AC--TG----TGTGC-TAT-T-TGA-GAGA--TCT-GC-A-TTTAAATtg
gi|13 : ---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGAT-TCT-GTAA-TTTTAAcagat
gi|14 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--atcaga
gi|15 : ATCTGATTA--CA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------AC---GC--Tacg
gi|16 : ATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------a
gi|17 : aCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---AC--ccac
gi|2 : CTGATTA--AATATAT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TACAGCGTGCGGCGCTCTGC---GC--CG----TGCGC-TAT-A-TGA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATctt
gi|3 : TA--TA---AT---AC-AA---A--TATATCTC-TC----------T---------------GC---AC--TA----TGTGC-TAA-A-TTA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagat
gi|4 : atcggactaaagtagagaccATATGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TAAC--------------GCATTGC--TA----TGCGC-TAT-A-gaggt
gi|4 : aATCTGATTA--AC---GT---AT-AGCGCA--T----TGA-TTAACT----TATA--------------GC---GCA-TAGCAATGCGT-TAT----GA-GAGA--TCT-GT-A-TTTTAATagttaatcaatgcgctatacgttaatcagat
gi|5 : aatatgATCTGAATA--AA---AT---AC-AG---A--T----ATC-TCAAATGCCACATA--------------GT---GC--TG----TGCGC-TAT-T-T---GAGA--TCT-GT-A-TTGTAAT
gi|6 : CTGATTACTAC---ATCGTAT-AA---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TA----TGTGC--AT-A-TGA-AAAA--TCT-GT-A-TTTTAATca
gi|7 : CTGATTA--AA---AT---AC-AG---A-------CTC-TCA-------TATA--------------AC---AC--TCATC-TGCGC-TATTA-TGA-GAGA--TCT-GT-ATTTTTAATcaa
gi|8 : ATCTGACTA--AAG--AT---AA-AT---A--T----CT------------------------------GC---AC--TT----TGTGC-TAA-A-TGA-GAGA--TCG-GT-A-TCTTAATcag
gi|9 : aATCTGATTA--AA---AT---AC-AG---A--T----CTC-TCA-------TATA--------------GC---GC--TG----TGCGC-TAT-A-TGA-AAGA--TCT-GT-A-TTTTAATcagatt