lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1111 33333333333333333 11 333 3 11 22222 11111 44444444444444444 111 22222 2222 44444444 3333333333 1111 1111111 11 22 1111 1111 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 444444444444444444444 111 111 111 22222222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777 222222 333333333 22222222 22222 33333333333333333333 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 666666666666666666666 1 1 1 33 444444444444444 22 44444 4444444444 11 4 2 55555 444444 11 1 5555555 55 777 777777777777 444444 666666 222 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 666 4 555555555555555555 4 33 1 4 9999999 4 4 111111111111 4 1111 2 4 1 22 222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1 2 1 2 2222 222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 1 1 33 4 999999 4 4 4 1 777 4 4 4 4 1 77777777777777777777777777 44
lowQualScore : 3 7 0 4444 66666666666666666 11 555 2 11 6 6 6 6 33333 8888 5 0 1 5 5 77 44444 00000000000000000 000 66666 0000 5 99999999 5 0 9999999999 5 1111 8888888 44 77 1111 7777 5 99 8 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 0 444 111111111111111111111 99 3 6 6 6 000 99 6 111 000 44444444444444444444 22222222222222222222222222222222222222222 8 88 333333 8 222222222 33333333 55555 3 99999999999999999999 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 888888888888888888888 6 3 3 11 333333333333333 66 00000 7 77 2 4444444444 4 6 99 0 2 0 22222 555555 88 7 8888888 55 6 000 555555555555 222222 777777 999 6 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 111 0 6 000000000000000000 0 00 6 6 5 6 6 0 7777777 0 0 111111111111 0 8888 0 0 5 2 44 888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 4 7 6 6 3 6 8888 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555 5 5 22 0 111111 0 6 0 0 7 000 0 0 0 0 5 99999999999999999999999999 66
lowQualScore : . . . .... ................. .. ... . .. . . . . ..... .... . . . . . .. ..... ................. ... ..... .... . ........ . . .......... . .... ....... .. .. .... .... . .. . . ......................................................................................................................................... . . ... ..................... .. . . . . ... .. . ... ... .................... ......................................... . .. ...... . ......... ........ ..... . .................... . ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ..................... . . . .. ............... .. ..... . .. . .......... . . .. . . . ..... ...... .. . ....... .. . ... ............ ...... ...... ... . . ...................................................................................................................... . ... . . .................. . .. . . . . . . ....... . . ............ . .... . . . . .. ... ............................................................................ .... . . . . . . .... ... .......................................................... ... . . .. . ...... . . . . . ... . . . . . .......................... ..
lowQualScore : 3 3 0 0000 88888888888888888 00 888 0 00 7 7 7 7 99999 0000 7 7 7 0 7 99 33333 99999999999999999 000 44444 0000 7 66666666 7 7 9999999999 7 6666 6666666 66 77 6666 9999 7 99 0 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 6 000 000000000000000000000 22 2 7 7 7 222 22 7 777 777 77777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777 0 88 000000 0 000000000 22222222 00000 2 00000000000000000000 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 333333333333333333333 0 3 3 00 555555555555555 00 00000 3 00 5 0000000000 0 0 55 0 5 0 00000 000000 00 0 0000000 00 0 000 000000000000 000000 000000 000 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 0 0 000000000000000000 0 00 0 0 0 0 0 0 0000000 0 0 000000000000 0 0000 0 0 5 5 00 555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 0 3 7 7 3 7 7777 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 0 0 00 0 000000 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 00000000000000000000000000 00
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTNTAGTTGGTNTC---A-CTNG-TCGCT--TTT--ACTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGA-AC--TTGTAC-T--ATC-ACAACGTTGAAT-CG--GT-----CCCAA-T--ACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----AT-GTA-CACACAAGAC-CGG------GAA-A--A-CCC-------TGCCT-CA-TAGTTGA--T-TTGG----ATT-CCCTA--TCGA-TGCT-AA----GTAGG---CC-TAA-C-CCT----T-AAG-GAA---GCG-T--GTGAATACAA--AG----------TAAAGT--AGG-TA-AGTACG--A--T-CATA-ATCGATGAATGATGTC--AAATTG--------GAC-GAATG---TA--------AAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-A-ACT-C--GTA--GT-A---TCT--TTA-T--T-C----AG-------AGGGT-TT--------GCAG-------ATGT-AC--AAA-TT----TTTGC-AG-ACA------AA-CTA---------TAGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ANA-NATTGN-N-AC-GAATTT---CC--TAA--T-AT--------------GGGGGT--GGG--C--GGGT----T-AG-TTTT-A--GATA-AC---TTTTTT-CCGTA----------T-TT----GT-CA-G-A--AAA-A-AGGC-G-AGG-TACA--CT-----TAATCCGGGTGAT-C----TT-ATT--ATTA-----------G---------GAAG----------GG-------TN--CT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTCGC--GGTA-TAANN----T-GCTACATG-TTCCAAGAGCCCTTACATNTGTATTGTATGTTTTACATCGNANNAAAAAGTGTNAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGA-TG-AGAA--TGAATTG-GAT-TG--TAT-AA--CTTTATC-CTGTGTTCAATT-GANT----T-TT---GG---GGGCT-AC-----AA-TT-AG--------TAATT--TT---------GGGGG-G-----------G----GGTG----------T---------AT-ATTGCCG--CCT---GTAA----ATTA--TTGT--AC-------AT-TGGG-----TATC----TT------T--CACA----TG--TTTAT--A-AAATTG--TTAT--GAA-GGGAT-CATGAAAC----TTGGAA-GT-GTCCAGNC--GANCGAAATGC-TA-----CGATTCCA----TGNCN-AA-------GTCA-TT-G-----AAG-AATT-TGCG--TGNA-T-ACA-ACAAAC---------GN-----ACCTAAA-----TT-AA-GTGCATTACGTG--ATGCA--TTAATT-T----AAGT-CGCA-CTC-TT-GTGTGTATTGCTGAANTCGCATCCCGACCTCGANCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGCANNCTNGTGCT-GATCCTGGACAANGTATTNAGTA-CATTTGANAAATTTTCAAAATGGCCATTAACACTTAATAATGTCCCACTCTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGCTT-----TATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTTG-CAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTTAA-CACAGTTA--ACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTACACATATTATTTTTNGGGNTAAGGAAGGTAAATACATGAACTACCAGTACCANACATGTTTGCTACATNTTTT---------ATTTATT-TATATT-TA-TT-TTTT-TTACA-A--ATTTAAATCANTCTTATTCCTGATTGTTTTT-AAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCATTATAAGNNCTTAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTATNTTAAATTTANANATTTTTTTGTAAAGCTTGANNACTGATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGT
Reference ( gi|1 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---A-CTT--TCGCT--TTTTTACTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGA-AC--TT-TAC-T--ATC-ACAACGTTGAAT-CG--GT-----TCC-A-T--ACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--GTA-CACACAAGAC-C-G------GAA-A--A-CCC-------TGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG----ATT-CCCTA-CTCGA-TGCT-AA----GTAGG---CCGTAA-C-CCT----T-AAG-GAA---GCGGT--GTGAATACAA--AG----------TAAAGT--A-G-TA-AGTAC---A--T-CTTA-ATCG------GAT-----AAAT----------AAC-GAATG---TA--------AAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-A-ACT-C--ATA--GT-A---TCT--TTA-T--T-C----AG-------AGGGT-TT--------GCAG-------ATGTTAC--AAATTT----TTTGC-AG-ACA------AA-CTA---------TAGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA-AATCGA-A-AC-GAATAC---CC--TAA----AT--------------GGGGGT--GGG-----GGGT----T-AA-TTTT-A--GATA-ACATTTTTTTTTCTGTA----------T-TT----GTTCAAGGA--AAA-A-AAGC-G-AGG-TACA-ACT-----TAATCCGGGTGAT-C----TT-AT---ATTA-----------G---------GAAG----------GG-------TT--CT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGCTTA-TA-TAA------T-GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGT-TTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGA-TG-AGAA-GTGAGTTG-GAT-TG--TATTAA--CTTTATC-CTGTGTTCAATT-GAAT----T-TT---GG---GGGCT-AC-----TA-TT-----------TA-----TT---------GGGGG-G-----------G----GGT-----------T---------AT-ATTGCCG--CTT---GTAA----ATTA--TTGTTAAC-------AT-TGG------TATC----TT------T--CACA----TG--TTTAT--A-AAATT---TTAT--GAA-GGGATCCATGAAAA----T-GGA--GT-GTCCAGCC--AACTGAAATGC-TA-----TGATTCCA----TGGCC-AA-------GTCA-TT-G-----AAG-AATT-TACGATTGGA-T-ACA-ACAAA----------GG-----ACCTTAA-----TT-AA-GT-CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGT-TGCAACTC-TT-GTGTGTATTGCTGA-TTT--ATCCGGACCTCGGACAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTCAAA-TGGCCATTAACACT--ATA-TGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TTA-TTAGGA-TAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTCA-CATTTCTATA-AATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTAT-GTGG--AC-ATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAATC-TATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATAC-ATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAATTTATT-TATATT-TATTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTT-AAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CATT-T---CGCC-A----GCCA--------TAAATG--TATGTT--AT--AAAGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---N-NNN--NNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGA-AC--TTGTAC-T--GAC-A-AACGT-GAATTCG--GT-----TCC-AAT--AC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTGTA-CACACAA-AC-C-G------GGA-ATGATCCC-------TGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGG----GAT-TCCTA-ATCGA-TGCT-A-----GTAGG---GCCTAA-C-CCT----TTAAG-GAA---GCG-----TGA-TACAA--AG----------TAAAGT--A-GGTATAGTACG--A--T-CATA-ATCG-------AT-----AAATT---------AAC-GAATG---TA--------A-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGA-ACT-C--ATA--GT-A---TCT--TTA-T--TGC----AG-------TAGGA-TT--------GCAG-------ATGT-ACGAAAATTT----TTTGC-AG--CA------AA-CTA---------TAGAA-AT-----AAGAA-----GGAATTAAA--AT---AAA-TATTGC-A-ACCGAATTC---CC--TAATGT-GC--------------GGGGGGAGGGG-----GGGTG---T-AAGTTTT-AAAGATAGACATTTTTTT--CTGTA----------T-T-----GT----AGA--AAA-A-AGGG-G-AGG-TACAGACT-----TAATCCGG-TGAT-------T-ATT--ATTA-----------G---------GAAG----------G--------TG--CT---GGGGGGGGGGGGGGGG--------------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTACC----T-GCTACATG-TTC-AGAAGCCT-TACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAGTGTTA---AAAGT--C-T--------GGCCTT-GA-TG-AGAA-TGGAAATT-GAT-T---TAT-AA--CTT-ATCTCTGTGTTCAATTTGATT----T-TT---TT---GGGCT-AC-----AAATT-----------TAAAT--TT---------GGGGG-GTGGGGGGGTGGG----GGT-----------TGGGGGGGTAAT-AT-GC-G--CCT---GTAA----AT-A--TTGTATAC-------ATGTGGG-----TATC----TT------T---ACAG---TG--TTTAT--A-AAATT---TTAT--GAAAGGGA--CATGAAAC----TTGGA--GT-GTCCAGCC--ACTCGAAAGCC-TA-----TGAT-CCA----TGCCA-AA-------GTCA-TTTG-----AAG-AATT-TACA----GG-T-ACAGACAAGTT--------GC-----ACCTAAA-----TTTAATGT-CATTATGTGGAAGGCAT----ATT-T----AAGT--ACA-CTC-TTTGTGTGTAT-GCTGAATTC--ATTCCGAC-TCG-ACAATTGTAGCATA---G-AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATTA-GTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGGC-AT-AACACTTAATAATGTCCC--TTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGCTT-----TATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTTG-CAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTTAA-CACAGTTA--ACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATAT-ATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATGTT-GCTATATATTTT---------ATT-ATT-TA-ATT--ATTT-TTTT-TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTG-TTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAAA---TCTAAAATCCATT-T---ATCTTA----GC-----------AAA-G--TATGTT--ATTTAAAT-TTTTTTTGTAAAGCTTGACA-CT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---A-CTT--TCGCT--TTC--ACTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAA-AC--AT--AC-TCTATC-ACAACGTTGGAT-CT--GT-----CCCAA-T--GCC-TAT-T--TTTG---TGCA-----TATTTT----GC-AATCGG-----AT-GTA-CATACAAGAC-TGG------GAA-A--A-CCC-------TGCCG-CA-TAGTTGA--T-TTGG----ATT-CCCT
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGA-CTGGGTCGCTGGTTTTAGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACAA--TA-TACGG--ACCGAGAATGTTAAAT-CT--GC-----CCA-A-T--A-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----ATGATAGCACACAATACTT-G------GAA-A-----CC-------TACCT-TA-TAATTGA--TGTTGGA---ATT-CCCTAGGGTGA-GGCT-AA----GTAAC---CC--AA-C----------AAGAGAA---GC--T--TT---T---A--AG----------TA------G-G-TA-AGTACAGGA--TGCATA-ATCG------AAT-----GAATGTCAAAATTGGAC-GAATGTTATA--------AAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-A-ACTAC--GTA--GTAA---TCCGGTTA-TTCT-C----AG-------AGGGT-TTAAATGTAGGCAG--------TGTAGC--AAA-AT----TTTGC-AGAACA------AAGCTA---------TAGAAGATATGGGAGGGA-----AAAATAAAA--AG---ATATGATTAC-T-AC-GAACATTTGCC----------T--------------GGAGGT--GGG-----GG
gi|8 : AG-TCTT-GTTTAGT-----TC---ATCTT--TCGCT--TTT--ACTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGA-AT--ATATAC-T--ATC-ACAATGTTGAAT-TG--GT-----CCC-A-------ATA------------CGCA--------ATT----GC-AATAGG-----AT-GTA-CTCACAAGAC-TGG------GAA-A--A-CCC-------AGTCT-CA-TATTTGA--T-TTGG----ATT-CCCTA--TCGA-TACT-AA--------------GTAA-C-CCT----T-AAA-GGA---ttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : TC---A-CTGG-TCGCT--TT---ACTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGA-ACACTT-TAC-T--ATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCC-A-CCGACAA-AA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAAT-GTA-CACACAAGAC-CTGGGCGGCGAATA--A-CTCGGTGAGGCGCTA-CGTAAGTTGA----TTGGTAAAATTGCTCTT-TTCTATTGCTCAAAATTGTAAGAGTCC-TAAGCGCCTAATAT-AAG-GAAAAGACAGTACGTGGAGATAATCAGACGTCTATCATAAGATAGA-G-TA-AGTTC---ATTT-CTTAGATCA------GAT-----TAAA----------AACAGAAGG---TAACTATTTCAAGTCAG-AC--TAG--TCCAGTGCCG-ACACT-CTTATAATGT-AAATTCT--TTA-T--T-CTGCTAGATAATTCAGGATATT--------G-AGAATATCTATGATAC--AAACTTG---TTTGCAAG-ATAAAGATCAA-CTATTATGCCCCTAGAATAT-----AAAAATAGGTAGAATTCAATTAGCCCAT--AATCGACA-AC-GAATCT---CCGGTAA----ATCTAAGTGTGGTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGT-AG-TTTT-A--AGTA-AC---TTTTTTTCCGTA----------TATTATGGGTGCACGTATCAAACATAGGCGG-AGGTTAC---CTAGTACTAATCCGGGTGCTAC----TTCATTGAGTTA-----------GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG-------TC--AT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT-GCTACATGATTTCAAGAccttaaagggcaagtataatgaaatga
gi|7 : taC-A-TCAA-CGTATGGA-AC--TTGTAC-T--ATC-ACAACGTTGAAT-CG--GT-----TCCAA-T--A-CATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----AT-GTA-CACACAAGAC-CGG------GAA-A--A-CCC-------TGCCT-CA-TAGTTGA--T-TTGG----ATT-CCCTA--TCGA-TGGT-AA----GTAGG---CC-TA-----------T-A---TAA---GCG----GTGAATACAA--AG----------TAAAGT--AGG-TA-A
gi|13 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC--TTATAC-T--ATC-ACAACGTTGAAT-CG--GT-----CCCAA-T--A-CGTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----AG-GTA-CACACAAGAC-TGG------GAA-A--A-CCC-------TGCCT-CA-TAGTTGA--T-TTGG----ATT-CTCTA-
gi|11 : ATACAA--AG----------TTAAGT--AGG-TA-AGTACA--A--T-CCTA-CTCGATGAATGATGTCAAAAATCG--------GAT-GAGTG---TA--------AATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-A-ACT-C--GTA--GC-A---TCG--TTATT--T-C----AG-------AGGGT-CA--------GCAG-------ATGTa
gi|6 : ---A--T-CATA-ATCGATGAATGATGTC--AAATTG--------GAC-GAAGC---TA--------AAGTG-A-A---GAA--TACATCTCCG-A-TCT-C--GTA--GT-A---TGT--T-A-T--TAC----AG-------AGGGT-TA--------GCAG-------ATGT-AC--AAA---AAAATTTGC-AG-ACA------CA-CTA---------TAGAA-AA-----AAAAA-----AG-ATTAAA--AG---AAA-TATTGA-CTAC-GAATTT---TC--TAAATTTAT--------------AGGGGT--GGGGGT--GGGT----TCAG-TTTTAA--GATA------TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CT----G-TCA---G--AAA-A-AGGC-GAAGG-TACA---C-----TAATCC-GGTGAT-CTAATTT-TT---ATTATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|17 : caAA--TATATCTCCG-A-ACT-C--GTA--GT-A---TTG--ATATT--T-C----AG-------AGGGT------------CA-------------AC--AGA---------TGC-AG-ACA------AA-CTA---------TAGTA-AT-----AA
gi|3 : cagGGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCTAG-TA-TAAGAC---TGGCTGCATG-TT-CAAGAACTCTTACA-ATGTATTATATGTTTTACATTGTATAA-------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCA-TTGATTG-AGAA--TGAAGTGTGAT-TAGCTATAGA--GCTTATC-CGGTGTT-AAT-----T----T-TT---GG---GAGCTGAC-----AA-TTCGGATTTTTTCTT-----TT---------GGGGG-G-----------G----GGCG----------G---------GT-ATT-TCT--CCT---ATAAAC--ATTA--TCGT---C-------TG-TGGTT----TAGC----TT------TTGCACA----TG--TTTAT--A-AATTTGTGTTTT--GAA-GGGAT-CATGAAAACTGTT-GGAAGATGGTCCAGGC--CACTGAAATGC-GC-----TGGATCCA----TCCCA-AA-------GTCATTT-G-----AAG-AATT-TGCA--TGGA-TGAAA-ACAactacgaattttctaaaggggggggg
gi|5 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGA-TATAGAATGTCAATTG--ATGTG--TGTTAATCCATTATC-CTGTGTTCAATT-GAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACACTTG-TTAAG--------TA-----TTTGGTCGAAGGGGGG-G-----------GTTCCGGT-----------C---------ATTAATGCCGTACTCATGGTAATAGAGTTAAGTTGCTAACCCCTTGCAT-TGAGGATATTATCAAAGTTCAATCCT--CCCACTGCTGGTTTTATTAATAAATTG--TTATTTGAA-G--ATC-ATGAAAC----TTGGAACGT-GTCCAGTCTCGAGTGAAATGCCTAATCCGTGA--CCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAA-TT-GTCGTAAAG-ATTTCTGTGACTCCACT-CCA-CCAAACAAGAGATGTGG-----ACCTAAA-----TT-TA-ATGCATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG--TGCAACTCTTT-GTGTGTA-TGCTGA-GTTGCATCCGA--CTCGACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTG
gi|15 : TTGA-TG-AGAA--TGAGTTG--AT-TG--TAT-AA--CTTAA-C-CTGTGTT-------AAT----T-TT---TG---GGGCT-AC-----CA-TTGAA--------TATTTTTTT---------GGGGG-G-----------A----GG
gi|14 : GAGTTG--AT-TG--TAT-AA--CTT-ATC-CTGTGTTCAGTT-GATT----T-TTTTGGG---GGGCT-AC-----AA-TT-----------TAAT---TT---------GGAGGTG-----------G----GGTGGGGTAGGGGGT---------AT-A-TG-CG--CCT---GTAA----A-TA--TTGTgggggtcggtgggtatatgctcct
gi|5 : ATGC-TA-----CAATT--------GGTC-GA-------GTCG----G-----ATGCAACT-CA-----GCA-T-ACACACAAA----------GAGTTGCACTTTAAAATAATT-AA-GTGCATCACATA--ATGCA--TTAAATTT----AGGTCCACATCTC-TT-GTTTG
gi|18 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccacAAAGACGT-GCAACCTTGTGCT-GATCCTG-ACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTCAAA-TGG-CA-TAACACT--A-A-TATCCCACTCTTTaacggcaaagaagttg
gi|12 : TC-TACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAA---------TACCAG--C-ATACATGTTTGC-ACATTT------------ATTTATT-TAT----TA---ATTTT---ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTT-AAATCTGCATTAct
gi|9 : TTATTATATATTATAATTCTTTT-TTACATATCATTTAAATCAATCTTATT-CTGATTGTTTTT-AAATCTGCA-TA-CTAACAAAAATATCTAAAATCCATTATAAGCGCT-AAAATGCCAATATATTGTAAATGATTATTTTAAAT--ATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 1 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 333333333333333 111 11111111 1111 2222 2222222222 22222222 222222 222222222 1 11111 22222 11 111 11 111 11 55555555555555555555555555 11 111 3333333333 1111 2222222222 333333333333 1 66666666666666666 1 2 1 33333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 4444444444444444444 1 1 1 5555555 222222222 1 22222222222 1 11 222 111 11111111 1111 11111111 999999999999999999999999999999999 1111 66666666666666666 2222 11111 11111 222 1 1111 11 1 1 11 1 111 111 222222 22222 666666666666666 2222 11111111 777777777777777777777 22 11 444444444444 1 2 1 1 11 44 1 11 1 333 22 111 1 11 2222 222 1 22 22 222 22 1 1 1 1 1 22 1 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1 55555 1 11 1 1 2 22 11 2 2 22 1 11 1 1 22 11 3333333333333333 1 55555555555555555 1 111111111 11 11 1111 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 2 11 11 2 1 2 333 1 2 1 1 2 1 2 22 222 2
lowQualScore : 0 3 8 8 66 8 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 0 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 222222222222222 555 444 0 99999999 99 6 6 6 5555 6 0000 9999999999 1 555 6 99 11111111 6 6 6 555555 666666666 3 66666 00000 0 11 444 1 66 000 8 8 11 8 88888888888888888888888888 11 999 8 6666666666 8888 5555555555 666666666666 0 3 44444444444444444 0 0 0 99999999 66 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 2 4444444444444444444 0 5 0 2 88 9999999 1 22 111111111 0 88888888888 5 8 8 8 88 000 6 000 99999999 6 6 6 3 3 6 4444 55555555 6 6 99 999999999999999999999999999999999 4444 00000000000000000 0000 88888 55555 555 3 9999 33 2 0 0 33 3 7 0 111 1 888 33 111111 1 1 55555 666666666666666 1111 4 55555555 888888888888888888888 1 8 0 00 6 88 333333333333 7 6 3 3 44 55 66 5 33 4 444 3 22 1 00 222 1 4 44 1 7 7 8888 999 7 6 0 4 5 77 77 111 77 5 5 5 5 5 77 4 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 88 5 00000 5 88 5 5 55 3 0 77 88 0 0 77 5 88 4 5 2 6 0 2 7 1 0 44 0 11 7 9999999999999999 1 7 5 55555555555555555 0 999999999 33 33 4444 1 6 2 3 5 5 6 7 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 6 3 77 0 88 88 0 5 0 4 555 5 0 5 5 3 0 5 0 77 000 0
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... ... ... . ........ .. . . . .... . .... .......... . ... . .. ........ . . . ...... ......... . ..... ..... . .. ... . .. ... . . .. . .......................... .. ... . .......... .... .......... ............ . . ................. . . . ........ .. . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . . ................... . . . . .. ....... . .. ......... . ........... . . . . .. ... . ... ........ . . . . . . .... ........ . . .. ................................. .... ................. .... ..... ..... ... . .... .. . . . .. . . . ... . ... .. ...... . . ..... ............... .... . ........ ..................... . . . .. . .. ............ . . . . .. .. .. . .. . ... . .. . .. ... . . .. . . . .... ... . . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ................................................................................................................... . .. . ..... . .. . . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . . . .. . .. . ................ . . . ................. . ......... .. .. .... . . . . . . . . . ................................................... ... . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 66 6 00 777 333 777 555 7 8 22 7 7 7 666 5 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 222222222222222 222 000 8 66666666 22 7 7 7 7777 7 2222 5555555555 4 999 7 22 55555555 7 7 7 888888 777777777 3 77777 00000 8 00 000 0 88 000 0 0 00 0 88888888888888888888888888 00 222 0 8888888888 0000 4444444444 000000000000 0 2 22222222222222222 0 0 0 88888888 55 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0 2222222222222222222 0 0 7 0 33 0000000 0 00 777777777 0 00000000000 5 0 0 0 33 000 7 222 55555555 7 7 7 2 3 7 2222 88888888 7 7 22 000000000000000000000000000000000 2222 22222222222222222 2222 55555 77777 000 3 8888 88 5 0 0 88 2 0 0 000 0 000 00 555555 0 0 00000 000000000000000 2222 2 55555555 999999999999999999999 0 3 7 00 0 33 777777777777 3 7 3 3 77 77 77 0 33 0 000 2 00 0 77 333 0 0 00 0 3 3 0000 777 3 7 7 0 0 55 55 000 55 5 5 5 0 0 55 0 5 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 00000 5 00 0 5 00 0 0 55 55 0 0 55 5 00 0 0 5 7 7 0 3 0 7 77 7 00 3 7777777777777777 0 3 5 22222222222222222 0 222222222 88 22 8888 0 5 5 2 0 5 7 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 7 0 00 0 00 55 0 5 0 0 000 5 0 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTCA-AAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATCG--TTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-T-A-C--AAA---NTT--TT-GCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA-NATCG-CNA-C-GA--ATTT-CC--------T-AA-T----TAT-G---GGGGT--GGG--CG-GGTG-----T-A-GTTTTAA--GATA---AT----TTTTT----------T-CCGTAT-TTGT-CA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC-----AG-CTTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGT-T-ATAAAA-GT--C-TCAC---ATGGCCTTTGA-TG-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TAT-A-A--C-TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA-------TTT------TG------GGG----GGGGGT-GGGG--GTATAT-TGCCGCCTGTAA--ATTATTG--T--ACGT-TGG-TATCTTT--CACA-TGTTTATAAAAT--TGTTAT--GAAGGGATC-ATG-AAAC--TTGGAA-G-T-GTCCAGCC--GACTGAAATGCTATGAATCCATGNCNAA-----GTC-------------ATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCAC-TTAATTA---TAAGTTGCAACTC-TT-GTGTGTATTGCTGANTT--CATCC-GACCTCGA-CAATTGTAGCATAG--GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCT-GATCCTGGACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTA-CAATACCATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT--TTT-TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCATT-TA---TCT-A----GCCAA---GCCGTAAATG-TTAT-TTAAA--TA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTNTAGTTGGTNTC---ACTNG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC--AAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATCT--TTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-T-A-C--AAA---TTT--TT-GCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ANA-NATTG-NNA-C-GA--ATTT-CC--------T-AA------TAT-G---GGGGT--GGG--CG-GGT------T-A-GTTTT-A--GATA---AC----TTTTT----------T-CCGTAT-TTGT-CA--G----------AAAAA-AGGCG-AGGT-AC-----A--CTTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTCGC--GGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAGCCCTTACATNTGTATTGTATGTTTTACATCGNANNAAAAAGTGTNATAAAA-GT--C-TCAC---ATGGCCTTTGA-TG-AGAA-TG--AATTG-GAT-TG--TAT-A-A--CTTTATC-CTGTGTTCAA-TTGANT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA------ATTT------TG------GGG----GGGGGT-------GTATAT-TGCCGCCTGTAA--ATTATTG--T--ACAT-TGGGTATCTTT--CACA-TGTTTATAAAAT--TGTTAT--GAAGGGATC-ATG-AAAC--TTGGAA-G-T-GTCCAGNC--GANCGAAATGCTACGATTCCATGNCNAA-----GTC-------------A-TTG----AAGAATTTGCG--TGNAT-ACA----AC-AAA-C---------GNACCTAAATTAAGTG-CATTACGTG--ATGCA--TTAATT----TAAGTCGCA-CTC-TT-GTGTGTATTGCTGAANTCGCATCCCGACCTCGANCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGCANNCTNGTGCT-GATCCTGGACAANGTATTNAGTA-CATTTGANAAATTTTCAAAATGGCCATTAACACTTAATAATGTCCCACTCTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGCTT-----TATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTTG-CAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTTAA-CACAGTTA--ACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTACACATATTATTTTTNGGGNTAAGGAAGGTAAATACATGAACTACCAGTACCANACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT--TTT-TTACA-A--ATTTAAATCANTCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCATTATAAGNNCTTAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTATNTTAAATTTANANATTTTTTTGTAAAGCTTGANNACTGATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATCT--TTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TTA-C--AAA---TTT--TTTGCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA-AATCG-AAA-C-GA--ATAC-CC--------T-AA-------AT-G---GGGGT--GGG---G-GGT------T-A-ATTTT-A--GATA---ACATTTTTTTT----------T-CTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGCG-AGGT-AC-----AA-CTTAATCCGGGTGAT-C------TT-AT---AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC--T-TA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGT-TTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGA-TG-AGAAGTG--AGTTG-GAT-TG--TATTA-A--CTTTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA---------T------TG------GGG----GGGGGT--------TATAT-TGCCGCTTGTAA--ATTATTG--TTAACAT-TGG-TATCTTT--CACA-TGTTTATAAAAT--T-TTAT--GAAGGGATCCATG-AAAA--T--GGA-G-T-GTCCAGCC--AACTGAAATGCTATGATTCCATGGCCAA-----GTC-------------A-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTA---TAAGTTGCAACTC-TT-GTGTGTATTGCTGATTT---ATCCGGACCTCGGACAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTCAAA-TGGCCATTAACACT--ATA-TGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TTA-TTAGGA-TAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTCA-CATTTCTATA-AATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTAT-GTGG--AC-ATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAATC-TATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATAC-ATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CATT------TC-------GCCA----GCCATAAATG--TATGTTA----TAAAGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATCG--TTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATG-T-
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC---------CAG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT--TT----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--AGTTG--AT-TG--TAT-A-A--CTT-ATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA------ATTTGGAGG-TG------GGG----TGGGGTAGGGG--GTATA--TG-CGCCTGTAA--A-TATTG--T--a
gi|15 : TTGA-TG-AGAA-TG--AGTT--GAT-TG--TAT-A-A--C-TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATT----TTTT------TG------GGG----GGAGG
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATTG--ATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA-------A-C--AGA---T-------GCA-G-ACAAA------CTAT---------AGTA-AT-----AAgggggtcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGCT-GATCCTG-ACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTactacgaattttctaaaggggggggg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATCT--TTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATG-T-A-C--GAAAATTTT--TT-GCA-G--CAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----GGAATTAAA--AT---AAA-TATTG-CAA-CCGA--ATTC-CC--------T-AA------TGT-GCGGGGGGA--GGG--GG-GGTG-----T-AAGTTTT-AAAGATAGACAT----TTTTT----------T-CTGTAT-T-GT--A--G----------AAAAA-AGGGG-AGGT-AC-----AGACTTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAGTGT--TAAAA-GT--C---------TGGCC-TTGA-TG-AGAA-TGGAAATT--GAT-T---TAT-A-A--C-TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----A--A------ATTTGGGGGGTG------GGGGGGTGGGGGTTGGGGGGGTA-ATATG-CGCCTGTAA--A-TATTGTAT--ACATGTGGGTATCTTT---ACAGTGTTTATAAAAT--T-TTAT--GAAAGGGAC-ATG-AAAC--TTGG-A-G-T-GTCCAGCC--ACTCGAAAGCCTATGA-TCCATGCCAAA-----GTC-------------ATTTG----AAGAATTTACA--GG--T-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA--T--ATT----TAAGT-ACA-CTCTTT-GTGTGTA-TGCTGAATT--CATTCCGA-CTCGA-CAATTGTAGCATAG----AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGCTT-----TATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTTG-CAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTTAA-CACAGTTA--ACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT--TTT-TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATT-TA---TCTTA----GCAAA------GT--ATG-TTAT-TTAAAT-------TTTTTTTGTAAAGCTTGA-CACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTCA-AAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TG-T-AGC--AAA---ATT--TT-GCA-GAACAAAG-----CTAT---------AGAAGATATGGGAGGGA-----AAAATAAAA--AG---ATATGATTA-CTA-C-GAACATTTGCC--------TGGA------GGT-G---GGGGT--TGT--CGAGGA------G-G-GTTGTAA--AATA---GT----TTTTT----------
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACA-ATGTATTATATGTTTTACATTGTATAA-------TGATAAAA-GT--CGTCAC---ATGGCA-TTGATTG-AGAA-TG--AAGTGTGAT-TAGCTAT-AGA--GCTTATC-CGGTGTT-AA-T----T-T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGATTTTTTCTTT------TG------GGG----GGGGGC-------GGGTAT-T-TCTCCTATAAACATTATCG--T--CTGT-GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGATC-ATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACTGAAATGCGCTGGATCCATCCCAAA-----GTC-------------ATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : ATGAT-A-C--AAA---CTTGTTT-GCAAG-ATAAAGATCAACTATTATGCCCCTAGAATAT-----AAAAATAGGTAGAATTCAATTAGCCCATA--ATCG-ACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCT-AAGTGTGGTATCG---GGAGT--GGGTTCG-AGCGTTATGT-A-GTTTT-A--AGTA---AC----TTTTT----------TTCCGTATATTAT-GG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAGTA--CT-AATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctAA-GTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGA-TATAGAA-TGTCAATTG--ATGTG--TGTTA-ATCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA--------TT------TGGTCGAAGGG----GGGGGT-------
gi|5 : AAAT--TGTTATTTGAAG--ATC-ATG-AAAC--TTGGAACG-T-GTCCAGTCTCGAGTGAAATGC--CTAATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAA-TTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCAC-TTAATTATTTTAAAGTGCAACTC-TTTGTGTGTAT-GCTGAGTT-GCATCC-GAC-TCGACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC--AAATTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT-G--TTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATG-T-A-CAAAAA---AAT--TT-GCA-G-ACACA------CTAT---------AGAA-AA-----AAAAA-----AG-ATTAAA--AG---AAA-TATTGACTA-C-GA--ATTT-TC--------T-AAATT---TAT-A---GGGGTGGGGG--TG-GGT------TCA-GTTTTAA--GAT----AT----TTTTTGCTATATAACT-CCCTCT-CTGT-CA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC-----A--C-TAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT--TTT-TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCATTATAAGCGCT-AAAATGCCAATATATTGTAAATGATTATTTTAAA--TATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 222222222222222 111 11111111 111 2222 2222222222 1 222222222 222222 222222222 22222222 11111 33333333333333333 3333333333333333 111111 11 111 2222222222 333333333 3333333333 5555555555555555555555 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 11111111111 22222222222 11 22 111 222222 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444 1111 222 333333333 11 222 1 1111 11 1 1 111 1 1 1 222 1 11111 44444444444 22222 1 2222 222 1 777777777777777777777 22 11 111 2222 2 2 2 2222 1 2 1 1 3333 22 22 1 1 1 2 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 55555555555555555 1 111111111 1 111 1111 1 1 9999999999999999999999999999 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 111111111111111 0 555 444 0 99999999 99 6 6 6 000 6 0000 9999999999 1 1 6 99 999999999 6 6 555555 666666666 00000000 3 66666 3 00000000000000000 1 6 99 6 6666666666666666 999999 55 999 4444444444 0 8 0 333333333 5555555555 7777777777777777777777 0 55 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 88888888888 88888888888 3 5 999 8 88 11 6 000 6 6 000000 6 6 6 2 3 6 4444 55555555 6 6 99 5555555555555555555555555555555555 6 66666666666666666666666 7777 2 999 666666666 88 555 3 9999 33 2 0 0 777 7 0 0 0 0 666 0 00000 77777777777 1 1 55555 0 9 1111 0 000 0 0 888888888888888888888 00 88 666 7 8888 3 7 6 3 1 4444 3 3 3 3 1111 3 00 22 3 3 3 3 3 3 555 7 6 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 555555555555555 7 5 55555555555555555 0 999999999 0 777 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 6666666666666666666666666666 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... . ... ... . ........ .. . . . ... . .... .......... . . . .. ......... . . ...... ......... ........ . ..... . ................. . . .. . ................ ...... .. ... .......... . . . ......... .......... ...................... . .. . ....... . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ........... ........... . . ... . .. .. . ... . . ...... . . . . . . .... ........ . . .. .................................. . ....................... .... . ... ......... .. ... . .... .. . . . ... . . . . . ... . ..... ........... . . ..... . . .... . ... . . ..................... .. .. ... . .... . . . . . .... . . . . .... . .. .. . . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . ................. . ......... . ... .... . . . . . . . . . ............................ .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 000 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 888888888888888 8 222 000 8 66666666 22 7 7 7 222 7 2222 5555555555 4 4 7 22 333333333 7 7 888888 777777777 33333333 7 77777 2 88888888888888888 0 7 22 7 7777777777777777 222222 88 222 8888888888 8 0 8 888888888 0000000000 2222222222222222222222 0 00 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 00000000000 00000000000 2 6 222 0 33 77 7 222 7 7 222222 7 7 7 5 7 7 2222 88888888 7 7 22 2222222222222222222222222222222222 7 66666666666666666666666 8888 5 222 333333333 33 000 3 8888 88 5 0 0 000 0 0 0 0 2 555 0 55555 55555555555 0 0 00000 0 8 2222 8 222 8 0 999999999999999999999 00 33 000 3 3333 7 3 7 7 0 3333 3 3 3 3 7777 2 77 33 3 3 3 7 3 3 777 3 7 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 000000000000000 3 5 22222222222222222 0 222222222 0 000 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 7777777777777777777777777777 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TT--TTGCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA--ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------TAA----TGTGG------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA---AC---TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTGT----ACGT-GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCAT-----------GCCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCC-GA-CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTA-TT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCATT-AT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-N---TT--TTGCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA-NATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------TAA--T-TATGG------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA---A----TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TTAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTGT----ACGTTGGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCAT-----------GNCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGANTT-CA-TCC-GACCTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCTGGACAAAGTA-TT-AGTA-TATTTGACAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATACCATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCATTTAT-----C-TA----GCCAA---GCCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-C--AAATT---TT--TTGCA-G-ACAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----AGAATTAAA--AG---ATA-AATCG-AAAC-GA--ATAC-CC--------TAA-----ATGG------GGGT--GGG---GGG-----T-TA-ATTTT-A-GATA---ACATTTTTTTT----------TCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGC-GAGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-A-T--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--AGTTG-GAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA-----TT-------G-----G----GGG-GGGGT-----------T----------ATATTGCCGCTTGTAAA--TTATTGTTA--ACATTGGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCAT-----------GGCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--A-TCCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCA-TTAAGTAGTATTTGACAAATTTTC-AAATGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CATT--T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATG-T
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-AG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT-TT-----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA---ATTT-------G-----G----AGGTGGGGTGGGGTAGGGGGT----------ATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGT----a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATTTTTTT-------G-----G----GGG-GAGG-------GGGGGT----------
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA------A-C--AGA----------TGCA-G-ACAAA------CTAT---------AG----T-----AA-------------TAAA-----------------CTAC-GA--ATTT-TC--------TAA-----AGGG------GGGG--GGcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTT-AGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTT
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATG-TA-C--GAA-AATTTT--TTGCA-G--CAAA------CTAT---------AGAA-AT-----AAGAA-----GGAATTAAA--AT---AAA-TATTG-CAACCGA--ATTC-CC--------TAA--TGTGCGG------GGGGA-GGG--GGGG-----TGTAAGTTTTAAAGATAGACA----TTTTTT----------TCTGTAT-T-G-T-A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C---------TGGCC-TTGAT-G-AGAA-TGGAAATT--GAT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----AA-A---TTTG-------G-----GGGGTGGG-GGGGT------GGGGGTTGGGGGGGTAATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGTATACATGTGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGG-A-G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATG-ATCCAT-----------GCCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTAC----AGGT-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TAC-ACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCC-GA-CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTA-TT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTC-AAAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TG-TAGC--AAA-A---TT--TTGCA-GAACAAAG-----CTAT---------AGAAGATATGGGAGGGA-----AAAATAAAA--AG---ATATGATTA-CTAC-GAACATTTGCC--------TGG--A-GGTGG------GGGT--TGT--CGAG-----GAGG-GTTGTAA-AATA---G----TTTTTT----------
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGTGAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AA-TT-----T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGA---TTTTTTCTTTTG-----G----GGG-GGGGC------GGG--------------TATTTCT-CCTATAAACATTATCGT----CTGT-GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCAT-----------CCCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : ATGATA-C--AAA-C---TTGTTTGCAAG-ATAAAGATCAACTATTATGCCCCTAGAATAT-----AAAAATAGGTAGAATTCAATTAGCCCATA--ATCGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCTAA--G-TGTGGTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGTA-GTTTTAA-G-TA---AC---TTTTTT----------TCCGTATATTA-TGG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCAATTG--ATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA---TTTG-------GTCGAAG----GGG-GGGGT------
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCA-TCC-GA-CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAA-TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATG-TA-CAAAAA-A---AT--TTGCA-G-ACACA------CTAT---------AGAA-AA-----AAAAA-----AG-ATTAAA--AG---AAA-TATTGACTAC-GA--ATTT-TC--------TAAATT-TATAG------GGGTGGGGG--TGGG-----TTCA-GTTTTAA-GAT----A----TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTG-TCA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCATT-ATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 222222222222222 111 11111111 111 2222 2222222222 11 222222 11111 444444444444444444 33333333333333333333333333333 11 111 2222222222 333333 4444444444 5555555555555555555555 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 111111 1 22222222222 11 22 111 222222 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444 1111 222 4444444444444 11 222 1 1111 11 1 1 111 1 1 1 222 1 11111 44444444444 22222 1 2222 222 1 777777777777777777777 22 11 111 2222 1 1 2222 11 1 1 3333 22 22 2 1 1 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 444444444444444444 1 3333333333333 11 1111 1 1 1 7777777777777777777777777 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 111111111111111 0 555 444 0 99999999 99 6 6 6 000 6 0000 9999999999 3 6 8 11 999999 88 8 6 66666 22 5 3 333333333333333333 1 6 99 6 66666666666666666666666666666 11 999 4444444444 0 8 0 222222 3333333333 7777777777777777777777 0 55 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 666666 3 88888888888 3 5 999 8 88 11 6 000 6 6 000000 6 6 6 2 3 6 4444 55555555 6 6 99 5555555555555555555555555555555555 6 66666666666666666666666 7777 2 999 1111111111111 88 555 3 9999 33 2 0 0 777 7 0 0 0 0 666 0 00000 77777777777 1 55555 0 9 1111 0 000 0 0 888888888888888888888 00 88 666 7 8888 3 7 7 3 1 4444 88 3 3 1111 3 00 00 6 3 3 3 3 555 7 6 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 333333333333333 7 5 666666666666666666 0 0000000000000 33 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 3 7 8888888888888888888888888 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... . ... ... . ........ .. . . . ... . .... .......... . . . .. ...... .. . . ..... .. . . .................. . . .. . ............................. .. ... .......... . . . ...... .......... ...................... . .. . ....... . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ...... . ........... . . ... . .. .. . ... . . ...... . . . . . . .... ........ . . .. .................................. . ....................... .... . ... ............. .. ... . .... .. . . . ... . . . . . ... . ..... ........... . ..... . . .... . ... . . ..................... .. .. ... . .... . . . . . .... .. . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . .................. . ............. .. .... . . . . . . . . . . . ......................... .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 000 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 888888888888888 8 222 000 8 66666666 22 7 7 7 222 7 2222 5555555555 2 7 0 00 000000 88 0 7 77777 88 7 2 555555555555555555 0 7 22 7 00000000000000000000000000000 00 222 8888888888 8 0 8 000000 8888888888 2222222222222222222222 0 00 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 000000 3 00000000000 2 6 222 0 33 77 7 222 7 7 222222 7 7 7 5 7 7 2222 88888888 7 7 22 2222222222222222222222222222222222 7 66666666666666666666666 8888 5 222 2222222222222 33 000 3 8888 88 5 0 0 000 0 0 0 0 2 555 0 55555 55555555555 0 00000 0 8 2222 8 222 8 0 999999999999999999999 00 33 000 3 3333 3 3 3 3 0 3333 33 3 3 7777 2 77 77 7 3 3 3 3 777 3 7 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 333333333333333 3 5 222222222222222222 0 2222222222222 88 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 3 3 3333333333333333333333333 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---AT-AT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAG-AAAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---AT-A--ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-AC---TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAG-AAAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-C--AAATT---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAA--ATCG-AAAC-GA--ATAC-CC--------T-AA----ATG---G------GGGT--GGG---GGG-----T-TA-ATTTT-A-GATA-ACATTTTTTTT----------TCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGC-GAGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-A-T--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--AGTTG-GAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA-----TT-------G-----G----GGG-GGGGT-----------T----------ATATTGCCGCTTGTAAA--TTATTG--TTAACATT---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCATG-----------GCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--A-TCCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTC-AAATGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAG-AAAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CA-TT-T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATG-T
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-A--G-CATACATGTTTGC-ACA---TTT---------AT-TTATT-TA---T-TA------ATT--TTACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA---ATTT-------G-----G----AGGTGGGGTGGGGTAGGGGGT----------ATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTG--T--a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATTTTTTT-------G-----G----GGG-GAGG-------GGGGGT----------
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA------A-C--AGA--------TGCAG-ACAAA-CTATAG----T-----AA--------TAAA------------------CTAC-GA--ATTT-TC--------T-AA---AGGG---G------GGGcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTgg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATG-TA-C--GAA-AATTTTTTGCAG--CAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAGGAATTAAA--AT---AA-AT-ATTG-CAACCGA--ATTC-CC--------T-AA---TGTGCGGG------GGGA--GGG--GGGG-----TGTAAGTTTTAAAGATAGACA--TTTTTT----------TCTGTAT-T-G-T-A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C---------TGGCC-TTGAT-G-AGAA-TGGAAATT--GAT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----AA-A---TTTG-------G-----GGGGTGGG-GGGGT------GGGGGTTGGGGGGGTAATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGTAT--ACA-TGTGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGG-A-G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATG-ATCCATG-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTAC----AGGT-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TAC-ACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGG-AAAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTC-AAAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TG-TAGC--AAA-A---TTTTGCAGAACAAAGCTATAGAAGATATGGGAGGGAAAAATAAAA--AG---AT-ATGATTA-CTAC-GAACATTTGCC--------TGGA---GGTG---G------GGGT--TGT--CGAG-----GAGG-GTTGTAA-AATA-GT---TTTTT
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGTGAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AA-TT-----T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGA---TTTTTTCTTTTG-----G----GGG-GGGGC------GGG--------------TATTTCT-CCTATAAACATTATCG--T--CTG-T---GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCATC-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : TATAAAA-AT-----AGGTA-GAATTCAATTAGCCCAT-A--ATCGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCT-AAG--TGTG---GTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGTA-GTTTTAA-G-TA-AC---TTTTTT----------TCCGTATATTA-TGG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaaAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCAATTG--ATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA---TTTG-------GTCGAAG----GGG-GGGGT------
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCA-TCCGA--CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAA-TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATG-TA-CAAAAA-A---ATTTGCAG-ACACA-CTATAGAA-AA-----AAAAAAG-ATTAAA--AG---AA-AT-ATTGACTAC-GA--ATTT-TC--------T-AAATTTATA---G------GGGTGGGGG--TGGG-----TTCA-GTTTTAA-GATA------TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTG-TCA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 222222222222222 111 11111111 111 2222 2222222222 11 22222 11111 22222222222222222 33333333333333333333333333333 11 111 2222222222 2222222 3333333333 5555555555555555555555 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 111111 1 22222222222 1 11 33 111 222222 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666 2222 44444444444444444444444 111111 2222 5555555555 2222 222 1 1111 11 1 1 111 11 1 1 222 1 11 44444444444 22222 1 2222 111 1 66666666666666666666666 22 11 111 2222 1 1 22 1 11 1 1 3333 22 22 2 1 1 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 55555555555555555 1 111111111 1 111 1111 1 1 1 7777777777777777777777777 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 111111111111111 0 555 444 0 99999999 99 6 6 6 000 6 0000 9999999999 3 6 8 11 11111 8 88 8 6 66666 22 5 3 88888888888888888 1 6 99 6 66666666666666666666666666666 11 999 4444444444 0 8 0 9999999 5555555555 7777777777777777777777 0 55 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 5 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 666666 3 22222222222 5 999 8 88 00 6 000 6 6 000000 6 6 44444444444 55555555 6 6 99 11111111111111111111111111111 0000 66666666666666666666666 444444 0000 0000000000 2222 555 3 9999 33 2 0 0 777 33 0 0 0 666 0 00 2 9 77777777777 1 55555 0 9 1111 0 777 0 0 77777777777777777777777 00 88 666 7 8888 3 7 7 3 1 00 3 88 3 3 1111 3 00 00 6 3 3 3 3 555 7 7 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 333333333333333 7 5 55555555555555555 0 999999999 0 777 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 3 7 8888888888888888888888888 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... . ... ... . ........ .. . . . ... . .... .......... . . . .. ..... . .. . . ..... .. . . ................. . . .. . ............................. .. ... .......... . . . ....... .......... ...................... . .. . ....... . . ............................................................... . ... . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ...... . ........... . ... . .. .. . ... . . ...... . . ........... ........ . . .. ............................. .... ....................... ...... .... .......... .... ... . .... .. . . . ... .. . . . ... . .. . . ........... . ..... . . .... . ... . . ....................... .. .. ... . .... . . . . . .. . .. . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . ................. . ......... . ... .... . . . . . . . . . . . ......................... .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 000 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 888888888888888 8 222 000 8 66666666 22 7 7 7 222 7 2222 5555555555 2 7 0 00 00000 0 88 0 7 77777 88 7 2 55555555555555555 0 7 22 7 00000000000000000000000000000 00 222 8888888888 8 0 8 2222222 0000000000 2222222222222222222222 0 00 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 0 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 000000 3 00000000000 4 222 0 33 00 7 222 7 7 222222 7 7 77777777777 88888888 7 7 22 00000000000000000000000000000 8888 66666666666666666666666 222222 2222 4444444444 7777 000 3 8888 88 5 0 0 000 22 0 0 2 555 0 00 5 8 55555555555 0 00000 0 8 2222 8 000 8 0 33333333333333333333333 00 33 000 3 3333 3 3 3 3 0 00 3 33 3 3 7777 2 77 77 7 3 3 3 3 777 3 3 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 333333333333333 3 5 22222222222222222 0 222222222 0 000 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 3 3 3333333333333333333333333 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGT-A-C--AAAA---TTTT-GCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAATT-GAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----GGGG----GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTGT--AC----G-TGG-T--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAAC---------GG-ACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CAT-CCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTCAAA-TGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGT-A-C--AAAA---TTTT-GCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAATT-GAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----GGGG----GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTGT--AC----G-TGG-T--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAAC---------GG-ACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CAT-CCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTCAAA-TGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-C--AAAT---TTTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAA-ATCG-AAAC-GA--ATAC-CC--------T-AA----ATG---G------GGGT--GGG---GGG-----T-TA-ATTTT-A-GATA-ACATTTTTTTT----------TCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGC-GAGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-A-T--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--AGTTG-GAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAATT-GAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA-----TT-------G-----GGGG----GGGGT-----------T----------ATATTGCCGCTTGTAAA--TTATTGTTAAC----ATTGG-T--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCATG-----------GCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA----------GG-ACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--AT-CCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTCAAA-TGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CA-TT-T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATGT-
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-AG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT-TT-----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAGTT-GATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA---ATTT-------G-----GAGGT---GGGGTGGGGTAGGGGGT----------ATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGT--a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--AGTTG--AT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATTTTTTT-------G-----GGGG----GAGG-------GGGGGT----------
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA------A-C--AGA-------T-GCAG-ACAAA-CTATAG----T-----AA--------TAAA-----------------CTAC-GA--ATTT-TC--------T-AA---AGGG---G------GGGcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTCAAA-TGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTgg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATGT-A-C--GAAAATTTTTT-GCAG--CAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAGGAATTAAA--AT---AAAT-ATTG-CAACCGA--ATTC-CC--------T-AA---TGTGCGGG------GGGA--GGG--GGGG-----TGTAAGTTTTAAAGATAGACA--TTTTTT----------TCTGTAT-T-G-T-A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGGGGGGGGGGGGGG--------------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C-T--------GGCCTT-GAT-G-AGAA-TGGAAATTG--AT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----AA-A---TTTG-------G-----GGGGTGGGGGGGT------GGGGGTTGGGGGGGTAATAT-GC-GCCTGTAAA--T-ATTGT--ATACATG-TGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGGA--G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATGA-TCCATG-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACA----GGT-ACAG---AC-AAGT---------TGCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TACA-CTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCCC--TTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTC-AAAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TGT-AGC--AAAA---TTTT-GCAGAACAAAGCTATAGAAGATATGGGAGGGAAAAATAAAA--AG---ATATGATTA-CTAC-GAACATTTGCC--------TGGA---GGTG---G------GGGT--TGT--CGAG-----GAGG-GTTGTAA-AATA---G--TTTTTT----------
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGTGAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AATT------T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGA---TTTTTTCTTTTG-----GGGG----GGGGC------GGG--------------TATTTCT-CCTATAAACATTATCGT--CT----G-TGG-TTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCATC-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : TATAAAA-AT-----AGGTA-GAATTCAATTAGCCCATA--ATCGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCT-AAG--TGTG---GTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGTA-GTTTTAA-G-TA-AC---TTTTTT----------TCCGTATATTA-TGG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaaAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCAATTG--ATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAATT-GAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA---TTTG-------GTCGAAGGGG----GGGGT------
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAACAAGAGATGTGG-ACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCAT-CCGA--CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAA-TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATGT-A-CAAAAAA---ATTT-GCAG-ACACA-CTATAGAA-AA-----AAAAAAG-ATTAAA--AG---AAAT-ATTGACTAC-GA--ATTT-TC--------T-AAATTTATA---G------GGGTGGGGG--TGGG-----TTCA-GTTTTAA-GAT----A--TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTG-TCA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 222222222222222 111 11111111 111 2222 2222222222 11 222222 11111 22222222222222222 33333333333333333333333333333 11 111 2222222222 2222222 3333333333 5555555555555555555555 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 111111 1 22222222222 11 111 222222 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444 1111 222 4444444444444 11 222 1 1111 11 1 1 111 1 1 1 222 1 11111 44444444444 22222 1 2222 222 1 777777777777777777777 22 11 111 2222 1 1 2222 11 1 1 3333 22 22 2 1 1 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 55555555555555555 1 111111111 1 111 1111 1 1 1 7777777777777777777777777 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 111111111111111 0 555 444 0 99999999 99 6 6 6 000 6 0000 9999999999 3 6 8 11 999999 88 8 6 66666 22 5 3 88888888888888888 1 6 99 6 66666666666666666666666666666 11 999 4444444444 0 8 0 9999999 5555555555 7777777777777777777777 0 55 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 666666 3 88888888888 3 5 999 8 88 6 6 6 6 000 6 6 000000 6 6 6 2 3 6 4444 55555555 6 6 99 5555555555555555555555555555555555 6 66666666666666666666666 7777 2 999 1111111111111 88 555 3 9999 33 2 0 0 777 7 0 0 0 0 666 0 00000 77777777777 1 55555 0 9 1111 0 000 0 0 888888888888888888888 00 88 666 7 8888 3 7 7 3 1 4444 88 3 3 1111 3 00 00 6 3 3 3 3 555 7 6 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 333333333333333 7 5 55555555555555555 0 999999999 0 777 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 3 7 8888888888888888888888888 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... . ... ... . ........ .. . . . ... . .... .......... . . . .. ...... .. . . ..... .. . . ................. . . .. . ............................. .. ... .......... . . . ....... .......... ...................... . .. . ....... . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ...... . ........... . . ... . .. . . . . ... . . ...... . . . . . . .... ........ . . .. .................................. . ....................... .... . ... ............. .. ... . .... .. . . . ... . . . . . ... . ..... ........... . ..... . . .... . ... . . ..................... .. .. ... . .... . . . . . .... .. . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . ................. . ......... . ... .... . . . . . . . . . . . ......................... .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 000 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 888888888888888 8 222 000 8 66666666 22 7 7 7 222 7 2222 5555555555 2 7 0 00 000000 88 0 7 77777 88 7 2 55555555555555555 0 7 22 7 00000000000000000000000000000 00 222 8888888888 8 0 8 2222222 0000000000 2222222222222222222222 0 00 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 000000 3 00000000000 2 6 222 0 33 7 7 7 7 222 7 7 222222 7 7 7 5 7 7 2222 88888888 7 7 22 2222222222222222222222222222222222 7 66666666666666666666666 8888 5 222 2222222222222 33 000 3 8888 88 5 0 0 000 0 0 0 0 2 555 0 55555 55555555555 0 00000 0 8 2222 8 222 8 0 999999999999999999999 00 33 000 3 3333 3 3 3 3 0 3333 33 3 3 7777 2 77 77 7 3 3 3 3 777 3 7 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 333333333333333 3 5 22222222222222222 0 222222222 0 000 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 3 3 3333333333333333333333333 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-C--AAATT---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAA-ATCG-AAAC-GA--ATAC-CC--------T-AA----ATG---G------GGGT--GGG---GGG-----T-TA-ATTTT-A-GATA-ACATTTTTTTT----------TCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGC-GAGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-A-T--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--A-GT-TGGAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA-----TT-------G-----G----GGG-GGGGT-----------T----------ATATTGCCGCTTGTAAA--TTATTG--TTAACATT---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCATG-----------GCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--A-TCCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTC-AAATGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CA-TT-T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATG-T
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-AG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT-TT-----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA---ATTT-------G-----G----AGGTGGGGTGGGGTAGGGGGT----------ATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTG--T--a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATTTTTTT-------G-----G----GGG-GAGG-------GGGGGT----------
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA------A-C--AGA--------TGCAG-ACAAA-CTATAG----T-----AA--------TAAA-----------------CTAC-GA--ATTT-TC--------T-AA---AGGG---G------GGGcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTgg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATG-TA-C--GAA-AATTTTTTGCAG--CAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAGGAATTAAA--AT---AAAT-ATTG-CAACCGA--ATTC-CC--------T-AA---TGTGCGGG------GGGA--GGG--GGGG-----TGTAAGTTTTAAAGATAGACA--TTTTTT----------TCTGTAT-T-G-T-A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C---------TGGCC-TTGAT-G-AGAA-TGGAA-AT-T-GAT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----AA-A---TTTG-------G-----GGGGTGGG-GGGGT------GGGGGTTGGGGGGGTAATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGTAT--ACA-TGTGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGG-A-G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATG-ATCCATG-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTAC----AGGT-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TAC-ACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTC-AAAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TG-TAGC--AAA-A---TTTTGCAGAACAAAGCTATAGAAGATATGGGAGGGAAAAATAAAA--AG---ATATGATTA-CTAC-GAACATTTGCC--------TGGA---GGTG---G------GGGT--TGT--CGAG-----GAGG-GTTGTAA-AATA---G--TTTTTT----------
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGT-GAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AA-TT-----T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGA---TTTTTTCTTTTG-----G----GGG-GGGGC------GGG--------------TATTTCT-CCTATAAACATTATCG--T--CTG-T---GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCATC-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : TATAAAA-AT-----AGGTA-GAATTCAATTAGCCCATA--ATCGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCT-AAG--TGTG---GTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGTA-GTTTTAA-G-TA-AC---TTTTTT----------TCCGTATATTA-TGG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaaAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCA-AT-T-GATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA---TTTG-------GTCGAAG----GGG-GGGGT------
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCA-TCCGA--CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAA-TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATG-TA-CAAAAA-A---ATTTGCAG-ACACA-CTATAGAA-AA-----AAAAAAG-ATTAAA--AG---AAAT-ATTGACTAC-GA--ATTT-TC--------T-AAATTTATA---G------GGGTGGGGG--TGGG-----TTCA-GTTTTAA-GAT----A--TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTG-TCA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11 111111 1111 11111 1 11 111 222222 111 222222222222222 111 11111111 111 2222 2222222222 11 222222 11111 22222222222222222 33333333333333333333333333333 11 111 2222222222 2222222 3333333333 5555555555555555555555 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 111111 1 22222222222 11 111 222222 1111 11111111 6666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444 1111 222 4444444444444 11 222 1 1111 11 1 1 111 1 1 1 222 1 11111 44444444444 22222 1 2222 222 1 777777777777777777777 22 11 111 2222 1 1 2222 11 1 1 3333 22 22 2 1 1 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 55555555555555555 1 111111111 1 111 1111 1 1 1 7777777777777777777777777 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 000 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 88 5 66 888 666666 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 0 111 8 0 99999 0 8 444444 1 8 777 8 1 111111111111111 0 555 444 0 99999999 99 6 6 6 000 6 0000 9999999999 3 6 8 11 999999 88 8 6 66666 22 5 3 88888888888888888 1 6 99 6 66666666666666666666666666666 11 999 4444444444 0 8 0 9999999 5555555555 7777777777777777777777 0 55 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 666666 3 88888888888 3 5 999 8 88 6 6 6 6 000 6 6 000000 6 6 6 2 3 6 4444 55555555 6 6 99 5555555555555555555555555555555555 6 66666666666666666666666 7777 2 999 1111111111111 88 555 3 9999 33 2 0 0 777 7 0 0 0 0 666 0 00000 77777777777 1 55555 0 9 1111 0 000 0 0 888888888888888888888 00 88 666 7 8888 3 7 7 3 1 4444 88 3 3 1111 3 00 00 6 3 3 3 3 555 7 6 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 333333333333333 7 5 55555555555555555 0 999999999 0 777 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 3 7 8888888888888888888888888 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . .. . .. ... ...... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . . ... . . ..... . . ...... . . ... . . ............... . ... ... . ........ .. . . . ... . .... .......... . . . .. ...... .. . . ..... .. . . ................. . . .. . ............................. .. ... .......... . . . ....... .......... ...................... . .. . ....... . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ...... . ........... . . ... . .. . . . . ... . . ...... . . . . . . .... ........ . . .. .................................. . ....................... .... . ... ............. .. ... . .... .. . . . ... . . . . . ... . ..... ........... . ..... . . .... . ... . . ..................... .. .. ... . .... . . . . . .... .. . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . ................. . ......... . ... .... . . . . . . . . . . . ......................... .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 000 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 99 0 99 888 000000 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 8 222 0 8 44444 8 0 555555 0 0 444 0 0 888888888888888 8 222 000 8 66666666 22 7 7 7 222 7 2222 5555555555 2 7 0 00 000000 88 0 7 77777 88 7 2 55555555555555555 0 7 22 7 00000000000000000000000000000 00 222 8888888888 8 0 8 2222222 0000000000 2222222222222222222222 0 00 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 000000 3 00000000000 2 6 222 0 33 7 7 7 7 222 7 7 222222 7 7 7 5 7 7 2222 88888888 7 7 22 2222222222222222222222222222222222 7 66666666666666666666666 8888 5 222 2222222222222 33 000 3 8888 88 5 0 0 000 0 0 0 0 2 555 0 55555 55555555555 0 00000 0 8 2222 8 222 8 0 999999999999999999999 00 33 000 3 3333 3 3 3 3 0 3333 33 3 3 7777 2 77 77 7 3 3 3 3 777 3 7 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 333333333333333 3 5 22222222222222222 0 222222222 0 000 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 3 3 3333333333333333333333333 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-TACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTAGG-CCGTAACCCTT-AAG-GAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTAC---AT-CTTAATCG------G-AT-----AAAT--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-C--AAATT---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAA-ATCG-AAAC-GA--ATAC-CC--------T-AA----ATG---G------GGGT--GGG---GGG-----T-TA-ATTTT-A-GATA-ACATTTTTTTT----------TCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGC-GAGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-A-T--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--A-GT-TGGAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACT-A--TT-------TA-----TT-------G-----G----GGG-GGGGT-----------T----------ATATTGCCGCTTGTAAA--TTATTG--TTAACATT---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCATG-----------GCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--A-TCCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTC-AAATGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CA-TT-T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAATGCC-TAT-T--TTTG---TGCA---T--ATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTAC--AAT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT--T-CAGAGGGTCA--------GCAGATG-T
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-AG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT-TT-----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATAC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-ACA-A--TT-------TA---ATTT-------G-----G----AGGTGGGGTGGGGTAGGGGGT----------ATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTG--T--a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-ACC-A--TTG----AATATTTTTTT-------G-----G----GGG-GAGG-------GGGGGT----------
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATA-T--TTCAGAGGGT-----------CA------A-C--AGA--------TGCAG-ACAAA-CTATAG----T-----AA--------TAAA-----------------CTAC-GA--ATTT-TC--------T-AA---AGGG---G------GGGcggtgggtatatgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTgg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAATAC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTAGGGCC-TAACCCTTTAAG-GAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTAC--GAT-CATAATCGAT-------------AAATTA-ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTA-T--TGCAGTAGGATT--------GCAGATG-TA-C--GAA-AATTTTTTGCAG--CAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAGGAATTAAA--AT---AAAT-ATTG-CAACCGA--ATTC-CC--------T-AA---TGTGCGGG------GGGA--GGG--GGGG-----TGTAAGTTTTAAAGATAGACA--TTTTTT----------TCTGTAT-T-G-T-A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C---------TGGCC-TTGAT-G-AGAA-TGGAA-AT-T-GAT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACA-AATTT-----AA-A---TTTG-------G-----GGGGTGGG-GGGGT------GGGGGTTGGGGGGGTAATA-TG-CGCCTGTAAA---TATTGTAT--ACA-TGTGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGG-A-G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATG-ATCCATG-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTAC----AGGT-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TAC-ACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAATA-CGTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A-CC-CAAC-----AAGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTC-AAAATTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTA-TTCT-CAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TG-TAGC--AAA-A---TTTTGCAGAACAAAGCTATAGAAGATATGGGAGGGAAAAATAAAA--AG---ATATGATTA-CTAC-GAACATTTGCC--------TGGA---GGTG---G------GGGT--TGT--CGAG-----GAGG-GTTGTAA-AATA---G--TTTTTT----------
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGT-GAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AA-TT-----T----TT---GG---GAGCTGACA-A--TT-----CGGA---TTTTTTCTTTTG-----G----GGG-GGGGC------GGG--------------TATTTCT-CCTATAAACATTATCG--T--CTG-T---GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCATC-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGACAAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : TATAAAA-AT-----AGGTA-GAATTCAATTAGCCCATA--ATCGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCT-AAG--TGTG---GTATCGGGAGT--GGGTTCGAGCGTTATGTA-GTTTTAA-G-TA-AC---TTTTTT----------TCCGTATATTA-TGG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaaAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCA-AT-T-GATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-ACACA--CTTGTTAAGTA---TTTG-------GTCGAAG----GGG-GGGGT------
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCA-TCCGA--CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGtccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatC--AAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAA-TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTA-T--TACAGAGGGTTA--------GCAGATG-TA-CAAAAA-A---ATTTGCAG-ACACA-CTATAGAA-AA-----AAAAAAG-ATTAAA--AG---AAAT-ATTGACTAC-GA--ATTT-TC--------T-AAATTTATA---G------GGGTGGGGG--TGGG-----TTCA-GTTTTAA-GAT----A--TTTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTG-TCA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAATAC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG-CC-TA-----T-A---TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAATAC-----------------GCA--------ATT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAG--------TAACCCTT-AAA-GGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
blockSeqs : A T G T NN A TT CGG GGG GGT C G AG C T T ACT A G G T T TT GACCT CG G TA ACG ATATGT TGCG G TTCAA CT A G TG A AA . AG G G GG GGG . CCTTT A GTGA T T AGG G C ATGAATGATGTCAA CGG TTA CGCAAGCT AG G A A CCG T TCT TTAAATGTAG A . G AA AATTT AA G G ATGGG GA G A TTAGCCCATAATCGA T C AC G GGTAAATCTAAGTGTGGTATCGG GG TTC CGTTATGTA A AGACA GCTATATAAC ATTATGGGTGCACGTATCA T CG T CTAGTA G G ACTTCATTGAGTTAGGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG G AGA G C TGAAAGATC GGTTCTCCAGCTAAGG TA C ATAGTAGTAAATACTTT A C C T TTTTAC AAAAG . TACTCACTAG T T TG . GA A G . G AGC . T TCCA T C T G T A TATA TTGGG G C AT TGTTAAGTATTTGGTCGAAG T TGGGGGTTGGGGGGGTA TTTC G CAT TATACATGTG TT TGC G GTGT TT G . A GTT A C A G TCG C GCTGG ACCAACATTGG A CGGAG G T TCGT A G CTCCACCAAACAAGAGATGT GT GA CT A TTTA . A T . A CAT . . C ACGG T T T T . A . . TTA A C T C . . CAT . A A A C G . A A A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A CA C . T CAAC T GC A . . TA . . . T TC A C G C T T T AG T ATGAACTAAATAC T T ATTTTA A TATTATAAT . T TATC C G T C T C A T T A AAGCGCTAAAATGCCAATATATTG AT . T TATAA A A G T TA . AC AA . A . A . T . A A T . G . . CAG .
blockSeqs : . T . . TG N NN . NN . N . . . . . A A . . T . . . CA . . . TGT TG . . T . . . A G . . . A . GG . CCTT . TTT A . A . A ATGAATGATGTCA TGG . ACAG . . . . C . TT CA A . . . AT A . . . GG A A AGATATGATTA A . . . TAATGTGCGGG . G TGTAA . AAC . CTGTCAG . CG . AGAC G G CTAATTTTTATTATACCTATATATGGAAGAAGAATGCCTT C . G G . CCTGAA T C TAGTATAAGACTG . . T . . . . CGTCAC T T AT . TC . . . . G . . AGC . C . G A . . GGTAA . . . CGGATTTTTTCTTTTGG . TGGGGTAGGGGGT TG G . TCTGT . . . GT . G . . T A . . . C . TATG . A . . T . G . GACAAGTT G . T . . . . T . G GCA . . . G T . . . . . . . . A . C . . . T CAG . T CTATA . ATTAT . T A T G T C . . . T . A CTTAGCAAAGT T . . T . A .
blockSeqs : . . . . TT G GG . GG . T . . . . . T G . . T . . . C . . . TT . . . G . . . T T . . . . . A . T . TG A . G . A GAATGAATGTCA TGG . TGAT . . . . T . TG TT A . . . AA A . . . GT A A AGAAATATTGA T . . . TAAATTTATAG . C GAGG . AG . TGTAGA . G . A . . TATTATTAGGAAGG G . . . . GCCTA T . AGTATTACCT . . C . G G . . . . . . G . . C . C . G T . . TG . . . GAATATTTTTTTGG . GGGGGT TG . . T . . . . T . . . . . . CTA . T . . A . . . . . TTAT . TTA . . A . . T . .
blockSeqs : . . . . AT . TT . T . . . . . T A . . T . . . G . . . TT . . . T . . . A T . . . . . . . . . . . A . A AT TA . AAG . . . . C . TA TA . . . . . . . . . AA . . ATAAATATTG A . . . TGGAGGTGG . T TTCA . A . . . G . . . . . . G . . C . . . . A . . TT . . . AAATTTGGGGGGT . CGGG
blockSeqs : . . T . . . . . . . A G . . T . . . A . . . TT . . . T . . . A T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . TAAAGGGG . . . . . . . . C . . . . . . . GG . . . TAATTTGG .
blockSeqs : . . . T A . . . . . . A . . . T . . . T . . . . T . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqCons : NN* T** A* T* ** G** T**** A** ATGAATGATGTCA** CGG TN** A***** ATANATATTGA****** TAAATCTGGTGG***************** N** CGTNA***** AG***** C***** CAAATTTTTTGG********************** CGGGGGGGGT*************
originalCons : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAGG-CC-TAACCCTT-AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTAC--GAT-CATAATCGATGAATG-ATGTC-AAAATTGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-T--T-CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAA-A---TTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAA--AG---ATAT-ATCG-CNAC-GA--ATTT-CC--------T-AA---TGTG---G------GGGT--GGG--CGGG-----TGTA-GTTTTAA-GATA-ACA--TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TT-----AGTA---TTTT-------G-----G----GGG-GGGGT------GGGGGT----------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
finalCons : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTNN-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAATACA-TAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----AT-G-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTAG--CC-TAACT----AAG-GAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTACA--AT-CATAATCGATGAATGATGTCA--AAATCGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTA-TTN--CAGAGGGTTT--------GCAGATG-TA-C--AAAA-----TTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-AT-----AAGAAAGAATTAAAATANATATTGA------CNAC-GA--ATTT-CCTAAATCTGGTGG-----------------GGGT--GGGN--GGGCGTNA-----GTTTTAA-GATAG-----TTTTTT----------TCCGTAT-TTG-TCA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AAC-----TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-ACA-A--TTCAAATTTTTTGG----------------------GGG-GGGGCGGGGGGGGT-------------ATATTGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 222 111 111 11111 11111 1111 11111 1 11 444444444444444444 222222 111 2222 111 11111111 111 11 2222222222 44444 11 1111 2222222222222 666666666666666 333333333333333 44444 333333333 1 66666666666666666 1 1 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 333333333 222222222222222222 11 3333333333333333333 1 1 1 333333 111111 1 22222222222 11 111 222222 1111 11111111 111 4444444444444444444444444 55555555555555555555 1 222 4444444444444 11 222 1 1111 11 1 1 111 1 1 1 222 1 11111 44444444444 22222 1 2222 222 1 777777777777777777777 22 11 111 2222 1 1 2222 11 1 1 3333 22 22 2 1 1 1 1 222 1 11 11 111 11 1 1 1 1 1 11 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 22222 1 2222 1 1 11 11 1 1 11 1 11 1 1 1 1 11 666666666666666 1 55555555555555555 1 111111111 1 111 1111 1 1 1 7777777777777777777777777 22 1 1 33333 1 11 11 1 1 1 222 1 1 1 1 1 1 1 11 222 1
lowQualScore : 0 3 8 8 55 5 44 111 111 111 222 6 0 99 5 5 5 777 7 5 5 0 3 5 66 22222 0 5 5 9999 888 88888 7777 5 22222 55 5 5 77 1 77 5 77 5 1 55 0 999999999999999999 3 444444 1 8 111 8 1 66 8 77777 0000 444 0 99999999 99 6 6 6 000 44 9999999999 3 6 8 55555 11 88 8 6 4444 6666 3 1111111111111 1 6 99 6 99 666666666666666 999999999999999 88 0 00000 222222222 0 3 44444444444444444 0 2 6 0 1111111 2 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 2 2 222222222 777777777777777777 33 2 3333333333333333333 0 5 2 7 888888 666666 3 88888888888 3 5 999 8 88 6 6 6 6 000 6 6 000000 6 6 6 2 3 6 4444 55555555 6 222 2222222222222222222222222 6 66666666666666666666 0 88 5 2 999 1111111111111 88 555 3 9999 33 2 0 0 777 7 0 0 0 0 666 0 00000 77777777777 1 55555 0 9 1111 0 000 0 0 888888888888888888888 00 88 666 7 8888 3 7 7 3 1 4444 88 3 3 1111 3 00 00 6 3 3 3 3 555 7 6 1 5 88 88 999 88 5 5 5 5 5 88 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 88 5 77777 5 4444 5 22 1 5 88 88 5 5 88 5 88 1 5 1 5 2 7 3 11 7 333333333333333 7 5 55555555555555555 0 999999999 0 777 4444 0 6 2 3 5 5 6 7 7 3 7 8888888888888888888888888 00 3 3 00000 7 7 6 1 22 5 88 88 5 5 5 1 000 5 5 5 5 1 5 5 5 88 000 5
lowQualScore : . . . . .. . .. ... ... ... ... . . .. . . . ... . . . . . . .. ..... . . . .... ... ..... .... . ..... .. . . .. . .. . .. . . .. . .................. . ...... . . ... . . .. . ..... .... ... . ........ .. . . . ... .. .......... . . . ..... .. .. . . .... .... . ............. . . .. . .. ............... ............... .. . ..... ......... . . ................. . . . . ....... . . ............................................................... . ... . . ......... .................. .. . ................... . . . . ...... ...... . ........... . . ... . .. . . . . ... . . ...... . . . . . . .... ........ . ... ......................... . .................... . .. . . ... ............. .. ... . .... .. . . . ... . . . . . ... . ..... ........... . ..... . . .... . ... . . ..................... .. .. ... . .... . . . . . .... .. . . .... . .. .. . . . . . ... . . . . .. .. ... .. . . . . . .. . . . ............................................................................................................... . .. . ..... . .... . .. . . .. .. . . .. . .. . . . . . . . .. . ............... . . ................. . ......... . ... .... . . . . . . . . . . . ......................... .. . . ..... . . . . .. . .. .. . . . . ... . . . . . . . . .. ... .
lowQualScore : 0 2 0 0 44 8 00 777 777 777 555 7 8 22 7 7 7 666 0 0 0 2 2 0 99 55555 1 0 0 0000 888 99999 5555 0 55555 11 0 0 99 7 33 7 99 7 4 88 8 888888888888888888 8 555555 0 0 888 0 0 22 0 00000 8888 000 8 66666666 22 7 7 7 222 22 5555555555 2 7 0 00000 00 88 0 7 2222 0000 2 3333333333333 0 7 22 7 22 888888888888888 888888888888888 88 8 44444 000000000 0 2 22222222222222222 0 5 5 0 5555555 5 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 555 5 5 000000000 777777777777777777 22 5 0000000000000000000 0 0 0 3 333333 000000 3 00000000000 2 6 222 0 33 7 7 7 7 222 7 7 222222 7 7 7 5 7 7 2222 88888888 7 777 5555555555555555555555555 7 66666666666666666666 8 88 0 5 222 2222222222222 33 000 3 8888 88 5 0 0 000 0 0 0 0 2 555 0 55555 55555555555 0 00000 0 8 2222 8 222 8 0 999999999999999999999 00 33 000 3 3333 3 3 3 3 0 3333 33 3 3 7777 2 77 77 7 3 3 3 3 777 3 7 0 0 55 55 555 55 5 5 5 0 0 00 0 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 0 55555 5 0000 5 00 0 0 00 55 0 5 00 5 00 0 0 0 0 0 3 3 00 3 333333333333333 3 5 22222222222222222 0 222222222 0 000 8888 8 5 5 2 0 5 7 3 3 3 3 3333333333333333333333333 77 3 3 77777 3 3 7 0 00 0 00 55 5 5 5 0 555 5 5 5 5 0 0 0 0 55 555 0
consensus : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTTG-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAAT-AC-GTAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTA-GG-CC-TAACCCT-T--AAGGAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTACA--AT-CATAATCGATGAATG-ATGTCAAAA-TCGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTATT-TCAGAGGGTTT--------GCAGATGT-A-CAAAAA---TTT--GCAG-ACAAA-CTATAGAA-ATA----AGAAAGAATTAAAA-AG---ATA-T--CGACNAC-GA--ATTT-CC--TAAAT-T------GGT---GGGGGTGGGN--GGG-GTNA----GTTTTAA-GATAGC---TTTTT---------TTCCGTAT-TTGT-CA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-AC-A-ATTTA--A-ATTTTTT-----GG-----GGG-GGGGTG------GG---GG-----GGGTATAT-TGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
Reference ( family-4799 ) : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTTAGTNTC---ACTNN-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAAT-AC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGCTAAGTA-G--CC-TAAC----T--AAGGAAGCG-TGTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-AGTACA--AT-CATAATCGATGAATG-ATGTCAAAA-TCGGACGAATG---TAAAGTGNG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATC--GTTATT-NCAGAGGGTTT--------GCAGATGT-A-CAAAA----TTT--GCAG-ACAAA-CTATAGAA-ATA----AGAAAGAATTAAAATAN---ATA-T--TGACNAC-GA--ATTT-CC--TAAATCT------GGT---GGGGGTGGGN--GGGCGTNA----GTTTTAA-GATAG----TTTTT---------TTCCGTAT-TTGT-CA--G----------AAAAA-AGGCGGAGGT-AC--AG-C-CTAATCCGGGTGAT-C------TT-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TNCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TAA----NNT--GCTACATG-TTCCAAGAACCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAG-TGAT-AAAAGT--C-TCAC---ATGGCCTTTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-AC-A-ATTCA--A-ATTTTTT-----GG-----GGG-GGGGCG------GG---GG-----GGGTATAT-TGCCGCCTGTAAA--TTATTG--T--ACG-T---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATTGT--TAT--GAAGGGAT-CATGAAA-CT--TGGAA-G-TG-TCCAGCC--GACT-GAAATGCTATGAATCCATG-----------CCNAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTACG--TGGAT-ACA----AC-AAA-C---------GGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTAT----AAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGANTT-CA-TCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--GGCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGC-TGATCCT-GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACACT--ATAATGTCCCACTTTTTNATACTTTCGAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGNATCACAACTTCATTATAAAATCTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCATTGGAAATGTNGGACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAATTTC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATNAAAATCCAAAATATCTCTGGACCAGCTTAAATTTATTGTGGCAACCATGTGTAATANNCTGCTCCCCTCTTGNAGGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACCTAATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACATATTCCNGTACACTATCCTNAATCCTATACATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAGGTAAATACATG-GCTAC-AATA-CATACATGTTTGCTACATNTTTT---------AT-TTATT-TATATT-TA--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTCCTGATTGTTTTTAAATCTGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTAT-----C-TA----GCCAA---GTCGTAAATG-TTAT-TT-AAATA-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCNTANNCATGTAAAGGTTCAACTGAAAAACTATGAAAAAACTGTCAAAAATATTTATNAATAGCCCACAGTGTCATTTACACAGCTTTTGAACATGTGCAAAGANCACCAGGTACGTAAGATCAAATAAAGTACAGCATGCATATTTCGGATCTGT
gi|1 : TAGGGTC-TGTAAG-TCTC-GTTTAGTGAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTTTTA-CTACT-CCGGG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TT-TAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCA-T-ACCATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A--G-TA-CACACAAGACCGG-AA--AACCCTGCCG-CATTAGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTAC-TCGATGCTAAGTA-GG-CCGTAACCCT-T--AAGGAAGCGGTGTGAATACAAAGTAAAGTAG-TA-AGTACA---T-CTTAATCG------G-AT----AAA-T--AACGAATG---TAAAGTGTG-A---TAA--TATATCTCCG-AACT-CATAGT-ATC--TTTATT--CAGAGGGTTT--------GCAGATGTTA-CAAAT----TTTTTGCAG-ACAAA-CTATAGAA-ATA----AGAAAGAATTAAAAGAT---AAA-T--CGA-AAC-GA--ATAC-CC--TAAAT--------------GGGGGTGGGG--GG---TTA----ATTTTA--GATAACATTTTTTT---------TTCTGTAT-TTGTTCAAGG----------AAAAA-AAGCG-AGGT-AC--AA-C-TTAATCCGGGTGAT-C------TT-AT---AT---TA-----G---------GAAG----------GG---------TTCT---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTG--CACTTCTTGC---TTA-TAT----AAT--GCTACATG-TTCCAAGAGC---TACATTTGTATTGTATA------ATCGTATAAAAAAGTTTATAAAAAGT--C-TCAT---ATGGCCTTTGAT-G-AGAAGTG--A-GT-TGGAT-TG--TATT-AA--CT--TTATC-CTGTGTTCAA-TTGAAT-T----TT---GG---GGGCT-AC-T-ATTTA---------TT-----GG-----GGG-GGGGT----------------------TATAT-TGCCGCTTGTAAA--TTATTG--TTAACATT---GGT--ATCTTT--CACA-TGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAGGGATCCATGAAA-AT----GGA-G-TG-TCCAGCC--AACT-GAAATGCTATGATTCCATG-----------GCCAA-----GT-CA-TTG----AAGAATTTACGATTGGAT-ACA----AC-AAA-----------GGACCTTAATTAAGT--CATTATGTG--ATGCACCTTAATTAT----AAGTTGCAACTC-TTGTGTGTATTGCTGATTT--A-TCCGGACCTCGGA-CAATTGTAGCATA---GCAAAGAAGTTGCAAACTGGTGCTTGATTCTGGACAAAGCATTAAGTAGTATTTGACAAATTTTC-AAATGGCCATTAACACT--AT-ATGTCCCACTTTTTAATACTTT-GAATTAAATCCAAAATTGAAAAAGAGCATGG--CACAACTTCATTATAAAATCTGGC-TT-ATTAGG-ATAGG-AAATAAAAGAAT-CATTGGAAATGTTAGACATATTCCTTTC-ACATTTCTAT-AAATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATCAAAATC--AAATAT-TCTGGATCAGCTTAAATTTA-TGTGG-A--CATGTG-AATATGCTGCTCCCTTCTTGCAAGGGTTTTGGCAGATCAGCATCACC--ATTCAAGATCTTAAACACAGTTACAACA-AT--CTGTACA-TATTCTTAAT-CTATA-ATATTATTTTTGGAGA-AAAGAAAGTAAA-ACATGTGTTACTAATA-CATACATGTTTGC-ATATTTTTTTTTTTTTTAAT-TTATT-TATATT-TA--TTTATTTTGTTACA-A--ATTTAAATCAATCTTATTTCTGATTG-TTTTAAAT-TGCATTACCTAACAAAAATATCTAAAA--CA-TT-T-----C-------GCC-A---GCCATAAATG--TATGTT-ATA-A-AGATTTTTTTGTAAAGCTTGAAC-CTGATGTCGTAACCATGTAAAGGTTCA--TG--AAACTATGAAAAAACTGTC-AAAATATTTATTAATAGCCCACAGTGTCA-TTACACAGCTTTTGAAC-TGTGC-AAGAGCACCAGGTAC-TAAGATCAAATAAAGTA---CATGCATATTTCAGATCTGT
gi|10 : TAGTGTC-TGTAAG-TATC-G----GTTAGTTTC---ACTT--TCGCT---TTC--A-CTATTTCCGGG--TAC-A-TCGA-CGTATGAAAC--ATACTC-TATC-ACAACGTTGGAT-CT--GTC-----CCAAT-GC-CTAT-T--TTTG---TGCA-----TATTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CATACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCG-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCT
gi|11 : ATACAAAGTTAAGTAGGTA-AGTACA--AT-CCTACTCGATGAATG-ATGTCAAAAATCGGATGAGTG---TAAATTGAC-A---GAA--TATATCTCCA-AACT-CGTAGC-ATC--GTTATT-TCAGAGGGTCA--------GCAGATGT-
gi|12 : CTACATATATTATTTTTGAAGTTAAAGA---TAAATAC--------C-AG---CATACATGTTTGC-ACAT---TT---------AT-TTATT-TAT----TA--ATT-TT-----ACA-A--ATTTAAATCAGTTTTATTCCT-ATAGTTTTTAAATCTGCATTA
gi|13 : tC--TTATAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTC-----CCAAT-AC-GTAG-T--TTTG---TACA---T-TGCTTT----GC-AATCGG-----A-GG-TA-CACACAAGACTGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCTCTA--
gi|14 : G--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTATC-CTGTGTTCAG-TTGATT-T----TTTTGGG---GGGCT-AC-A-ATTTA--A-----TTT-----GG-----AGGTGGGGTG------GGGTAGG-----GGGTATA--TG-CGCCTGTAAA---TATTG--T--a
gi|15 : TTGAT-G-AGAA-TG--A-GT-T-GAT-TG--TA-T-AA--C---TTAAC-CTGTGTT-------AAT-T----TT---TG---GGGCT-AC-C-ATTGA--ATATTTTTT-----TG-----GGG-GGAGGG------GG---GGTCGGTGGGTATAT-
gi|17 : AA--TATATCTCCG-AACT-CGTAGT-ATT--GATATT-TCAGAGGGT-----------CA------A-CAGA-------T--GCAG-ACAAA-CTATAGTA-ATA----A----------------------------ACTAC-GA--ATTT-TC--TAAA---------GGG---GGGGGgctcct
gi|18 : cagAAAGACGT-GCAACCTTGTGC-TGATCCT-GACAATGTATTTAGTA-CATTTGACAAATTTTC-AAATGG-CA-TAACAC----TAATATCCCACTCTTTg
gi|2 : TAGGGTC-TG--GN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN---NNNNN-NNNNN---NNN--N-NNNNNNNNNNN--NNC-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TGAC-A-AACGT-GAATTCG--GTT-----CCAAT-AC-ATAAGT--TTTG---TGCA---T-TGTTTTTG--GC-AATCGG-----ACTG-TA-CACACAA-ACCGGGAATGATCCCTGCCAACAT-AGTTGAAGT-TTGGGATTCCTAA--TCGATGCTA-GTA-GGGCC-TAACCCTTT--AAGGAAGCG-TG---ATACAAAGTAAAGTAGGTATAGTACG--AT-CATAATCGATAAATT-A-------------ACGAATG---TAA-GAGTG-A---TAA--TATA-CTCCGGAACT-CATAGT-ATC--TTTATT-GCAGTAGGATT--------GCAGATGT-A-CGAAAATTTTTT--GCAG--CAAA-CTATAGAA-ATA----AGAAGGAATTAAAATAA---ATA-T--TG-CAACCGA--ATTC-CC--TAA-TGT------GCG---GGGGGAGGGG--GGGTGTAA----GTTTTAAAGATAGACA-TTTTT---------TTCTGTAT-T-GT--A--G----------AAAAA-AGG-GGAGGT-AC--AGAC-TTAATCCGG-TGAT---------T-ATT--AT---TA-----G---------GAAG----------G----------TGCT---GGGG-----GGGGGGGGGGGG---------CTTGCG---C-----CT--A---GACTGT-CACTTCTTGC--AGTA-TTA----CCT--GCTACATG-TTC--AGAAGCCTTACATTTGTATTGTATA------ATCGGAATAAAAAG-TGTT-AAAAGT--C---------TGGCC-TTGAT-G-AGAA-TGGAA-AT-T-GAT-T---TA-T-AA--C---TTATCTCTGTGTTCAATTTGATT-T----TT---TT---GGGCT-ACAA-ATTTA--A-ATTTGGG-----GGGT---GGG-GGGGTGGGGGTTGG---GG-----GGGTA-ATATG-CGCCTGTAAA---TATTGTAT--ACA-TGTGGGT--ATCTTT---ACAGTGTTTATAAAATT-T--TAT--GAAAGGGA-CATGAAA-CT--TGG-A-G-TG-TCCAGCC---ACTCGAAAGCCTATG-ATCCATG-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTAC----AGGT-ACAG---AC-AAGTT---------GCACCTAAATTTAATGTCATTATGTGGAAGGCA-T---ATT-T----AAG-TAC-ACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAATT-CATTCCGA--CTC-GA-CAATTGTAGCATA--G--AAAGAAGTTGCATACTGGTGC--GATCC--GACAAAGTATT-AGTA-TATTTGAAAAATTTTCAAAATGG-CA-TAACACTTAATAATGTCC--CTTTTTTATACTTTCGAAT--AATCCAAA--TAAAAAAGAGCATGCATCACAACTTCATTATAAA--TTGGCATTAATTAGGAATAGGCAAATAAAAGAATGCAT--GAAATGTAGAACATATTCCCTTCAACATTTCTATAAAANNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAGATATAAAAATTCAAAATATCTCTGGACCAGC-----TTTATTGTGGCAACCATGTGTAATAGCCTGCTCCCCTTTTGAAGGAGTTTT-GCAGATCAGCA--ATCTAATTCAA-ATCTT-AACACAGTT--AACATATTCCAGTACACTATCTTGAATCCTATACATA-TATTTTTTGGGA-AAGAAAGGTAAATACATGAACTA--AATACCAGACATG-TTGCTATATATTTT---------A--TTATT-TA-ATT-AT--TTT-TTT--TTACA-A--ATTTAAATCACTCTTAATCTTGATTGTTTTTAAAT-TGCAT--CCTAACAAA---ATCTAAAATCCATTTAT-----CTTA----GCAAA---GT-----ATG-TTAT-TT-AAAT-----TTTTTTTGTAAAGCTTG-ACACT-ATGTCTTATACATGTAAA-GTTCAACTGAAAAACTATG-AAAAATTGTCAAAAATA-TTATAAATAGCCCA---TGTCATTTACACAGC-TTTGAACATGTGCAAAGATCACCA-GTACGTAA-ATCAA--AAAGTACAGCATGCATATTT-GGATCTGTct
gi|3 : GGGTCATGTAAGGTCTCTGTGTAGTTGGTGGCCGGACTGGGTCGCTGGTTTT--AGCTACTTCCGGG--TAC-ATTCAATCGTATGGACA--ATATACGGACCGAGAATGTTAAAT-CT--G-C-----CCAAT-AC-GTAA-TTATTTG---TGCA---TGTGTTTTTGCGGC-GATGGG-----A-TGATAGCACACAATACTTGGAA--A--CCTACCT-TAT-AATTGA--TGTTGGAATTCCCTAGGGTGAGGCTAAGTA-A--CC-CAAC----A--AGAGAAGCT-TTT------------AAGTAGGTA-AGTACAGGATGCATAATC---GAATGAATGTCAAAA-TTGGACGAATGTTATAAAGTGCGCAAGCTAAAGTATATCTCCG-AACTACGTAGTAATCCGGTTATTCTCAGAGGGTTTAAATGTAGGCAG-TGT-AGCAAAAT---TTT--GCAGAACAAAGCTATAGAAGATATGGGAGGGAAAAATAAAA-AG---ATA-TGATTACTAC-GAACATTTGCC--TGGA---------GGT---GGGGGTTGTC--GAG-GAGG----GTTGTAA-AATAG----TTTTT---------T
gi|3 : GGGGGGGGGGTGGA---------CTTGC----C-----CTGAA---AACTGTACACTTCTTGCT-AGTA-TAA----GACTGGCTGCATG-TTC-AAGAACTCTTACAAT-GTATTATATGTTTTACATTGTATAA------TGAT-AAAAGT--CGTCAC---ATGGCATT-GATTG-AGAA-TG--AAGTGT-GAT-TAGCTA-T-AGAGC---TTATC-CGGTGTT-AA-TT-----T----TT---GG---GAGCTGAC-A-ATTCG--G-ATTTTTTCTTTTGG-----GGG-GGGGCG------GG---------------TAT-TTCT-CCTATAAACATTATCG--T--CTG-T---GGTTTAGCTTTTGCACA-TGTTTATAAATTTGTGTTTT--GAAGGGAT-CATGAAAACTGTTGGAA-GATGGTCCAGGC--CACT-GAAATGCGCTGGATCCATC-----------CCAAA-----GT-CATTTG----AAGAATTTGCA--TGGATGAAA----AC-Aggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatggggggggggtggacttgccctgaaaactgtacacttcttgctagtataagactggctgcatgttcaagaactcttacaatgtattatatgttttacattgtataatgataaaagtcgtcacatggcattgattgagaatgaagtgtgattagctatagagcttatccggtgttaatttttgggagctgacaattcggattttttcttttgggggggggcgggtatttctcctataaacattatcgtctgtggtttagcttttgcacatgtttataaatttgtgttttgaagggatcatgaaaactgttggaagatggtccaggccactgaaatgcgctggatccatcccaaagtcatttgaagaatttgcatggatgaaaaca
gi|4 : gggtcatgtaaggtctctgtgtagttggtggccggactgggtcgctggttttagctacttccgggtacattcaatcgtatggacaatatacggaccgagaatgttaaatctgcccaatacgtaattatttgtgcatgtgtttttgcggcgatgggatgatagcacacaatacttggaaacctaccttataattgatgttggaattccctagggtgaggctaagtaacccaacaagagaagcttttaagtaggtaagtacaggatgcataatcgaatgaatgtcaaaattggacgaatgttataaagtgcgcaagctaaagtatatctccgaactacgtagtaatccggttattctcagagggtttaaatgtaggcagtgtagcaaaattttgcagaacaaagctatagaagatatgggagggaaaaataaaaagatatgattactacgaacatttgcctggaggtgggggttgtcgaggagggttgtaaaatagttttttggctatgagtaatgcggccggctggcgtggggtcgtaggggaagaaggcgaggtacaatacaggggaggcgtgatcgcgaggtgaggtgctaagtttgtgtggaggtggtgggatatctctatatggaagaaaaatgctccgagagagagagagagagagagatgaaagaatTATC---ACTGG-TCGCT---TT---A-CTACTTCCGGGAGTGCCA-TCAA---TATGGAACACTT-TAC-TATC-ACAA-GT-GAAT-CGTTGTCGACCTCCACCGAC-AAAA-T--TATGACGTGCAATATGTGTCTG----ACGAATCGGTTCAAA-TG-TA-CACACAAGACCTGG
gi|4 : TATAAAA-ATA----GGTA-GAATTCAATTAGCCCATAAT--CGACAAC-GA--ATCT-CCGGTAAATCTAAGTGTGGTATCGGGAGTGGGTTCGAGCGTTATGTAGTTTTAA-G-TAAC---TTTTT---------TTCCGTATATTAT-GG--GTGCACGTATCAAACATAGGCGGAGGTTACCTAG-TACTAATCCGGGTGCTAC------TTCATTGAGT---TA-----GGACAAAACCGAAGTGTAAGTCGTGG---------TCAT---GGGCGGCGCGTGGGGGTGTGGTGAAAGATCCTTGCGGTTCTCCAGCT--AAGGGACTGT-CA-TTCTCGCATAGTAGTAAATACTTT--GCTACATGATTTCAAGAgcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaatataaaaataggtagaattcaattagcccataatcgacaacgaatctccggtaaatctaagtgtggtatcgggagtgggttcgagcgttatgtagttttaagtaactttttttccgtatattatgggtgcacgtatcaaacataggcggaggttacctagtactaatccgggtgctacttcattgagttaggacaaaaccgaagtgtaagtcgtggtcatgggcggcgcgtgggggtgtggtgaaagatccttgcggttctccagctaagggactgtcattctcgcatagtagtaaatactttgctacatgatttcaaga
gi|5 : tatcactggtcgctttactacttccgggagtgccatcaatatggaacactttactatcacaagtgaatcgttgtcgacctccaccgacaaaattatgacgtgcaatatgtgtctgacgaatcggttcaaatgtacacacaagacctgggcggcgaataactcggtgaggcgctacgtaagttgattggtaaaattgctcttttctattgctcaaaattgtaagagtcctaagcgcctaatataaggaaaagacagtacgtggagataatcagacgtctatcataagatagagtaagttcatttcttagatcagattaaaaacagaaggtaactatttcaagtcagactagtccagtgccgacactcttataatgtaaattctttattctgctagataattcaggatattgagaatatctatgatacaaacttgtttgcaagataaagatcaactattatgcccctagaaAAGTTAC-TCACTAGATGGCCTTGGAT-ATAGAA-TGTCA-AT-T-GATGTG--TG-TTAA--TCCATTATC-CTGTGTTCAA-TTGAATATTATATT---GGTAAGGGCT-AC-ACACTTGTTA-AGTATTT-----GGTCGAAGGG-GGGG
gi|5 : AAATTGT--TATTTGAAG--AT-CATGAAA-CT--TGGAACG-TG-TCCAGTCTCGAGT-GAAATGCC-T-AATCCGTGACCAACATTGGCCTAACGGAGATGCAATTGTCGTAAAGATTTCTG--TGACT-CCACTCCACCAAA-CAAGAGATGTGGACCTAAATTTAATG-CATTATGTG--ATGCA-CTTAATTATTTTAAAG-TGCAACTCTTTGTGTGTA-TGCTGAGTTGCA-TCCGA--CTC-GACCAATTGTAGCATAACGGCAAAGAAGTTGgttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaataaattgttatttgaagatcatgaaacttggaacgtgtccagtctcgagtgaaatgcctaatccgtgaccaacattggcctaacggagatgcaattgtcgtaaagatttctgtgactccactccaccaaacaagagatgtggacctaaatttaatgcattatgtgatgcacttaattattttaaagtgcaactctttgtgtgtatgctgagttgcatccgactcgaccaattgtagcataacggcaaagaagttg
gi|6 : aagttactcactagatggccttggatatagaatgtcaattgatgtgtgttaatccattatcctgtgttcaattgaatattatattggtaagggctacacacttgttaagtatttggtcgaaggggggggttccggtcattaatgccgtactcatggtaatagagttaagttgctaaccccttgcattgaggatattatcaaagttcaatcctcccactgctggttttattaatCA--AT-CATAATCGATGAATG-ATGTCAAA--TTGGACGAAGC---TAAAGTGA--A---GAA--TACATCTCCG-ATCT-CGTAGT-AT---GTTATT-ACAGAGGGTTA--------GCAGATGT-A-CAAAAAAA-TTT--GCAG-ACACA-CTATAGAA-AAA----AAAAAGA-TTAAAAGAA---ATA-T--TGACTAC-GA--ATTT-TC--TAAATTTATAGG-GGT---GGGGGTGGGT-------TCA----GTTTTAA-GATAT----TTTTTGCTATATAACTCCCTCT-CTGT-CA--G-----------AAAA-AGGCGAAGGT-AC--A----CTAATCC-GGTGAT-CTAATTTTT-ATT--ATACCTATATATG---------GAAG----------AAGAATGCCTTTGCTAGAGGGGGGGGGGAGGGGGGGGGG---------CTT-CA---C-----CT--
gi|7 : C-A-TCAA-CGTATGGAAC--TTGTAC-TATC-ACAACGTTGAAT-CG--GTT-----CCAAT-AC-ATAA-T--TTTG---TGCA---T-TGTTTT----GC-AATCGG-----A-TG-TA-CACACAAGACCGGGAA--AACCCTGCCT-CAT-AGTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATGGTAAGTAGG--CC-TA------T--A--TAAGCG--GTGAATACAAAGTAAAGTAGGTA-A
gi|8 : atagggtctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TCTT-GTTTAGTT-----C---ATCTT-TCGCT---TTT--A-CTACTTCCGAG--TAC-A-TCAA-CGTATGGAAT--ATATAC-TATC-ACAATGTTGAAT-TG--GTC-----CCAAT-AC-GCAA------------------------TT----GC-AATAGG-----A-TG-TA-CTCACAAGACTGGGAA--AACCCAGTCT-CAT-ATTTGA--T-TTGG-ATTCCCTA--TCGATACTAAGTA-A--CC----C----TTAAAGGA
gi|9 : TGTTACATCT------------ATATTATTATATATTATAATTCT-TTT--TTACATATCATTTAAATCAATCTTATTC-TGATTGTTTTTAAATCTGCAT-AC-TAACAAAAATATCTAAAATCCA-TTATAAGCGC-TAAAATGCCAATATATTGTAAATGATTAT-TTTAAATATAAATTTTTTTGTAAAGCTTGAACACTGATGTCccttaaagggcaagtataatgaaatga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAAAAGGAAAGAAATGTACAAAGACTGATCAAGTCCAATATATGCGCTTGGTCATATCAAAGTCATATAAAAGATTTACATGGAATATGAAAGCA