lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 2 222 1 777777777777 11111 1111 4444444444 222 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 4444444444444 1 33333333 111 88888888888888888888888888888888888888 222 3333 111 111 1 1 11 111 1 444444444444444444 11 22 1 777777777777777 1 1 11 777777777777777777777777777777 222222 1 1 1 1 3333333333 1 1 11 77777777777777777777777777777777 555555555555 11111 444444 11111 222222222 111 111 11 3333333333333333333333 1 11 88888888888 1 1 111111 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 555555555555555555 111111 1 444444444444444444 11 11 444444444444444 1 1 1 111 1 1 1 2222 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 1 1 1 1 1 222222 22 99999999999999999999999999999 1 1 111 2222 44444444444444444444444444444444444444444444 222 3 111 222 4444 1 5555555 444 4 666 1 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 33 1 3333 11 1111 33333333 11 33 1 1 33 11 11 1 3333333333333 22 66666666666666666666 1111 11 222222 11 11 22222222222222222222 1 111 2 3 1 3 1 5555555 11 3
lowQualScore : 9 444 5 0 111111111111 5 22222 888 3333 2222222222 5 555 6 6 88 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 3333333333333 0 88888888 222 8 0 77777777777777777777777777777777777777 8 555 2222 444 777 0 0 0 33 777 2 0 555555555555555555 33 77 0 000000000000000 0 3 0 00 3 444444444444444444444444444444 444444 0 0 0 0 6666666666 0 0 3 33 55555555555555555555555555555555 2 444444444444 777 88888 666666 22222 000000000 444 5 111 55 6 6 0000000000000000000000 3 7 99 1 00000000000 3 0 444444 33 88 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 8 444 777777777777777777 0 999999 8 0 888888888888888888 2 33 9 66 4 222222222222222 5 3 3 7 777 3 8 3 3 5555 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 5 0 0 0 0 888888 6 00 11111111111111111111111111111 0 0 444 7 0000 6 66666666666666666666666666666666666666666666 333 1 6 777 333 0000 3 8888888 666 0 6 111 7 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 00 3 6 7777 88 9999 77777777 88 66 3 3 11 33 33 0 4444444444444 33 3 99999999999999999999 0 22 2 2222 33 2 888888 33 77 3 1 00000000000000000000 0 2 777 7 3 2 0 3 0 7777777 22 3 1
lowQualScore : . ... . . ............ . ..... ... .... .......... . ... . . .. . .............................................................................................................................. . . ............. . ........ ... . . ...................................... . ... .... ... ... . . . .. ... . . .................. .. .. . ............... . . . .. . .............................. ...... . . . . .......... . . . .. ................................ . ............ ... ..... ...... ..... ......... ... . ... .. . . ...................... . . .. . ........... . . ...... .. .. . .......................................................................................... . . ... .................. . ...... . . .................. . .. . .. . ............... . . . . ... . . . . .... .. ............................................................................................................... .... . . . . . ...... . .. ............................. . . ... . .... . ............................................ ... . . ... ... .... . ....... ... . . ... . . ........................................................................................................................................................................ .. .. . . .... .. .... ........ .. .. . . .. .. .. . ............. .. . .................... . .. . .... .. . ...... .. .. . . .................... . . ... . . . . . . ....... .. . .
lowQualScore : 3 333 0 0 000000000000 0 55555 888 3333 9999999999 7 222 7 7 33 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 8888888888888 0 22222222 666 0 8 44444444444444444444444444444444444444 0 000 8888 000 888 0 0 2 88 555 5 0 222222222222222222 88 55 0 888888888888888 0 2 0 88 2 000000000000000000000000000000 888888 0 0 0 0 5555555555 0 0 2 88 66666666666666666666666666666666 5 555555555555 888 55555 222222 22222 000000000 000 8 777 88 7 7 6666666666666666666666 3 3 00 0 77777777777 3 0 000000 55 88 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 000 000000000000000000 8 888888 0 0 222222222222222222 2 88 8 55 2 111111111111111 0 3 3 3 777 3 3 3 3 0000 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 0 0 0 0 0 222222 5 77 88888888888888888888888888888 0 0 888 0 2222 7 00000000000000000000000000000000000000000000 333 7 7 777 333 0000 3 0000000 000 0 0 000 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 00 3 7 0000 33 3333 33333333 33 77 3 3 77 88 88 0 8888888888888 22 2 88888888888888888888 2 22 0 2222 88 5 555555 88 00 2 2 00000000000000000000 0 5 555 8 8 5 0 8 0 8888888 00 2 5
consensus : GGGCTC-ACACT-GGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGGCGC-GCG-----TACGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN-----TATA-TTA-TTA-CA-G-A----GC----A--T---GTGTATATTGTTT--CTGNT-ATTA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TNAATACTA-AA-AT---CTC-TATT-A--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GTC-AG-T-CATT--TAA-TTT--ATTT---------TC-ATACCA---GAAA----AC---CTGG-AA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAA--CT---A-CAA-CA-ANAAAA--CAAA-G-AAAA-----T--GAGNC--TT-CAATATGTT-TAT-TAATCAC-GT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGT-A-CC-AATA-C-TCAT-CAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-ATAAT--TT-T-ATT--GA-C----GAC-GN------T---AATGCATAACATT--ACANCACATCATCCAAGTT--T--CAAAAATC---CTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATG--GAATNT---ACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTC-AATGACAGTG-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAA-NGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGACA-TCATG--C---A-----A-GT-CA---AAA-GA---TG-ACAA--C---CTAGCTNT-TTC---AGAAA--T------TTCG--CA-TTTCAT-C-G-TGG-CCAA-TTTT-----A-AAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAAAA-GAT--TGTGCT-T-CTT-CA-AATATT-TTTCCATGTTAA-A-TGG-ATTA-GAAAATGTTAATC-TGTCAT-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAATA---GTT----TTAAA---NTNTATCGTA-TAAATTA-----CTAA-TATACT-------TTN-A-C-TTTCC-ATA--CTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAA-TAT-----GGAATT-GTCTA--AC------AC--T--------------CGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAGGTGTG--------GGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCAT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACGCTCGCTTTTGCTTACACC--CCAT-CCAA-A--ACAG--GATGCCCTGA-CCATCCA----G--TACTG-TAGTG------AAT--GACGC------------G---GGTA--T---TTC--ATTCAC-ACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCT-AT-ATCC-CTC----GTCTTGT--GTTAAA-CT-GCTAAATT-AAACAA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCGAACAAG---GTATC----CACCGTCTGCACAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTG--ATT-AAGAG---TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTA-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TG-CGCATTT-TCCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( gi|1 ) : GGGCTCCACACT-G-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGGCGC-GCG-----TACGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC-----TCTA-TTA-TTA-CA-G-A----GC----A--T---GTGTACATCGCTT--CT----ATTA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA-AT---CTC-TATG-A--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GTC-AG-TACATT--TAA-ATT--ATTT--------ATC-ATACCA---GAAAT---AC---CTGA-AA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAA--CT---A-CAA-TA-ACAAAA--CAA--G-AAAA-----T--GA-----TT-CAATATGTT-TAT-TAATCAT-GT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGT-A-C--AATA-C-TCAT-CAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-ATAAT--TT-T-ATT--GA-C----GAC-GT------T---AATGCATAACATT--ACATCATATCATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATG--GAATAT---ACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTG-GGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAA-TGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC--TTATG--C---A-----A-GT-CA---AAA-GA---TGAACAA--C---CTAGCTCT-TTC---AGAAA--T------TTCA-TCA-TTTCAT-T-G-TGG-CCAA-TT-------A-AAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAA-AAT--TG-GCT-TTCTTGCA-AATATT-TTTCCATGTTAA-A-TGG-AATA-GAAAATGTTAATC-TGTCATCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-TAAATT------CTAA-TATACT-------TCT-A-C-TTTCC-ATA--CTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAA-TAT-----GGAATT-GTCTA--A-------AC--T--------------CGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAGGTGT---------GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCAC---C---TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAA-ACGACAG--GATGCCCTGA-CCATCCA----G--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC------------GC--GGTA-TTCCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTTAT-ATCCTTTT----GTCTTGT--GT--AA-CT-GCTAAAT--AAACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAATG---GGTCTA-TGCTCCCATGC-A-CAGG---ATG-C----AACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA--------AT--AAGA----TG-GCGT---CGGAAAATGTCTA-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTT-CCCGAATTTCTTGTCGC
gi|4 : GGGCTC-ACACT-GGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGGCGCCGCG-----TACGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATCTC-GT--TTA-CACG-A----GCGCCCA--T----TGTAC-TTGTTT--TTTCTGATTA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA-AT---CTC-TATT-A--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTA-CG-CTCATTCTTAA-TTTT-ACTT---------TCGATACCACCAGAAACCAAAC---CTGG-AACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAA--CT---AACAC-TA--CAAAATCCAA--G-CAAA-----CTCGAGCCTCTT-CAATATGTTCTAT-CA-TCAC-GT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGT-A-CC-AATA-C-TCAT-CAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-ATAAC--TT-T-ATTCCGACC----GAC-TG------T---CATGCATAACATTTAACGC----TCATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATG--GAGCCT---TCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|6 : caGGCTCACCACG-G-ACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGGCGC-GCG-----TACGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC--------A-TTA-TTA-CA-G-A----G-----A--T---G-GTATAT-GCTT--CTGA--ATTC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA-AT---CTC-TATC-A--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGTC-AG-T-CATC--TAA-TTT--ATT----------TC-ATA--A---GAAA----AC---CT---AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAAACCT------AA-CA-AAAAAA--CAA--GAAAAA-----T--GAGT---TT-CAATATG-T-TAT-TAATCAT--T-TT-------G-GG-------AA--TAATGT-ACC--AAAA-CTTCAT-CAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACATAAT--T
gi|15 : GGCTC-ACACT-GGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGGCGC-GCG-----TATGG---CG-A-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATa
gi|17 : GGCTC-ACACTCG-AC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTGTGC-GCG-----TACGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-ACACT-GGAC-CAAAA-TTTTGTGT-TGCA--A--CCTGGCGC-GCG-----TACGG---
gi|2 : GCTC-ACACTTG-AC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGGCGC-GCG-----TACGG---CA-A-CTC-G-------ATACCT-T-ATTG--TAT-AC-A--TGG--ATA-----TAAA-TTA-TTA-CA---A----GC----A--T---G-GTA--TTGTTT--CTGAT-ATT--T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATAT---AA-ATGAACTC-TATTTACTT--CAAA-G-CATAC-ATTT-----------A-ATT--T-----T--ATTT----------C-ATACCA---AAAA-----C---CTGG-AA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAA--CG---T-TAA-CA-AAAAAA--CAAAAG-AAAA-----T--GA-----TTTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTA-C--ATTAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-ATAAT--TTATGATG--GA-CAAATGACAGTCAACTGT---AATGCATAACAT-----AACACATCATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT-T--CATC---TTTT---GAATGCAGAATCTTTCAATG--AA-AG-T
gi|3 : GCTCCACACT-GGAC-CAAAA-TCTTGTTTGCA----A--ACTGGC-C-GCG-----TACGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG-----CGTAATTACTTATCA-GCA----GC----A--TCGCATTTATAGTGTTTACCTGTGAATTA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AATATT--CTCCTAT--A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGTCCAGCTGCATT--TAA--TTCCGTTTCACCCTGAATC-ATACCAAA-GAAAT---ACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAA--CCTAAA-CAACTATACAAAA--CAAATG-AAAAATTACT--GAGGT--TT-CAATATGTT-TAT-TAATCCA-GT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTT-A-CCAAATA-C-TCAT-CAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-A-AATAATT-A-ATT--GA-C----GGA-GC------TGTAAGTGCATAACATA--ACCACATA-CATCCAAGCT--TATCAGAAATC---CTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATG--AAATAT---ACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATTCTTATTATTGCAGAATCAATCA-TGATAGTGAAAA-TGGG-ACTGAC------AA-GGGTAG--TGGAAATGGCAAGAATAAGACAAATATG--CCATA-----G-GA-CA---AAA-GA---TG-ACAAGTC---CTA-CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTCA---A-TTTCATCT-GATCG-CCAAGTC-------A-AAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAA-GATAGTG-TCTGTTCAT-CATAATAAT-TGTCCATGTTAA-A-TGGAAATA-GAAAATGTTAATC-TGT----TCTGAGAACCTATTTGACTA-CCCAA---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-TTAATTA-----CTAA-TATACT-------TTC-ACC-TTTCCTCTA--CTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAA-TA------GAAATTCGTCTAACA-------ACTAT--------------CGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATA-GTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAAggtctttagtgaaaatcatcagtgttgtggaaaatgagcttcaaggagtctgaaatgaataagacatcatgtgcaatcaaaaaagacaactagctctttcagaaagtttccattcattgtggccaattttaaaaaaaaaaagatcaaattaaagacctaaaaagaattgtgcttcttgcaaatatatttccatgtaaatggattaagaaaatgttaatctgtcattctgagaattattcactatcagtagttttaaaactctaatatacctttcactttccataaactttttgaaaaatgaaaattaaataaaatatgaattgtctaaacttactgcgtaatactcgacagggtatggtttgttactaaaataggtgtgggaattaccctaatatgagaacttagtgtataacaaagagagtattaactcatatgtaaaaatcaacacatcacactgatatgtgaaccggccaaattaaaatttacagggatgttcttaatcattaaatgacaacagaaacatattccaactagctttgtgtcataattgcaccgcttttattacaccccttccaaaaagttcctgagcacacgaagtgaatgatgcaaatattcattcacacctacctgcactcagagtctgatgatcccttgtcttgtgttaaactgctaaataaacaagacaccctgaggctaatgccccttgcaacaaggttatcccaccgtccgcacaggtagaaactaccctccgggaggctattgaagccaacaaggaagtggctcggaaattctaaaatacggaaatgtccgtgtcgcattttccgaattctgtcgcaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGG-GC-GCGACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A-----TATA-ATATTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT---GTGTGTATGTTTT--CTG---ATTATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--
gi|11 : gac--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GTC-AG-T-CATC--TAATTTT--ATT----------TC-ATACCA---GAAAA---AC---CTGG-Acaaaatcatacatttcagtcagtcatctaattttatttcataccagaaaaacctggagtttg
gi|14 : gacccaaaagttttgtgtcgacaacctgggcgcgacgtatacagcagaactcgtatacctttattgtatacacatgataatataatatttacagagtgggcatttgtgtgtatgttttctgattattcatattcatgcactcatgaacaaacatagctt------T---AAT-TATAACATT--A-AT-ACATCATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATG--TAATAT---ACTGA-AA-AA-TCCTC----CT--GTT-TTCATgtttg
gi|12 : attgatgacaactgacagtcaactgAATTC---ACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT-----------TTAGTG-AAAATC-ATCA-T----GTGGAAA-GGGG-ACTT-C------A--AGG-AGGCTGA-AAT-----AAATAAGA---TGACA--C---ACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-ACAT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACTG--CG-TTTCCC-C-A-TGGACAAA-TT-------ACACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAA-GAc
gi|2 : aT---ACTG--AA-AAATCCTC----CT--GT--TTCATCT---TTT-GAATGCAGAATCTTTCAATGAAAGTG----GTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCAGTG-TTGTGGAAAATGAG--CTT-C------AA-GG--AGTCTGA-AATG-----AATAAGACA-TCATGTGC---A-----A--T-CA---AAA-AA-----GACAA--C----TAGCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---CA-TT-CAT-T-G-TGG-CCAA-TTTTAAAAAA-AAAA-----AGATC--AAATTAAAG--ACCTAAAAAGAAT--TGTGCT-T-CTTGCA-AATATA-TTTCCATGT-AA-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCAT-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA-----------------ACT------CTAA-TATACC-------TTTCA-C-TTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AAT-AAAATAT-----G-AATT-GTCTA--A-------AC--TTACTGCGTAATACTCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAGGTGTG--------GGA---AT--TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCAC---CGCTTTTA-TTACACC--CCTT-CCAA-A----AA--GTT--CCTGA-GCA--CA----------CG-AAGTG------AAT--GATGC------------A---AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTCTGATGATCC-CTT----GTCTTGT--GTTAAA-CT-GCTAAAT--AAACAA--GACA--CCC-TGA-------------GGCTAA-TGC-CCCTTGCAA-CAAGGTTATC-C----CACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAA--------CA--AGGAAG--TG-GC-T---CGG-AAAT-TCTA-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTT-TCCGAATT--CTGTCGCat
gi|13 : gctcacacttgaccaaaaattttgtttcgcaacctggcgcgcgtacggcaactcgataccttattgtatacatggatataaattattacaagcatggtattgtttctgatatttcttaactcatgcatgacaacagtaccgtagctttttttttattttcaatataaatgaactctatttacttcaaagcatacatttaattttatttcataccaaaaacctggaagtatgttaaatgtccataacgttaacaaaaaaacaaaagaaaatgatttcaatatgtttatagaatcaccgtgttggtgtagaaatgttacattagctcattcaaaaagttaagattagcagcccaaataatttatgatggacaaatgacagtcaactgtaatgcataacataacacatcatccaagtAATC-ATCA-TG-TAGTAGAAA-AGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTG----------AAATGAG----TTTTG--A---A-----A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GCAA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAGTAA-TTTTA----G-TGG-CCaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|7 : aagtgataatataaaagtggtccaatGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA---TCAT-------A-----ATGT-CA---ATATGA---TTAATAAA-C---CTAGTCTT-TTC---CGAAA--T------TTTT-CCAGTTTCAT-TTG-TGG-CCAA-TTTT-----A-AAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---T--TGTGCT-T-CTTTCA-AATATTATTTCTATGTTAATACTGG-ATTA-GAAAATGTTAATCTTGTCATTTCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACTAAATCATTTTGCTAATTATATTGGGCTGGTCA-T-C-TTTCC-ATA--TTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAA-TAT-----GGA
gi|9 : agAGAA-TTAT---AC---CAACA---ATT----ACAAA---GCGTAT-----TAAAAT------CAAA-TATACT-------T---A-CATTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAA-TATAAATAGGAAT--GTCTA--ACTTTAATAC--T--------------CGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAGATTT---------GGA---TTT-------------AACG------TA--TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC
gi|20 : atttcgtgcaaataattattcctctgttccacagtgacccaggaattaaagttcTA--AC------AC--T--------------TGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatcacatcaatttatg
gi|5 : AAT-TGCACGCTC---TTTGCTTACACCTTCCATTCCAATAC-ACAGTGGA-GCC-TGATCCATCCC----A--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCAGGTAAGTCATTTCCTATTCAC-ACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTCT-AT-ATTCCCTCAATAGACTTTTTAGTTAAA-CTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCCAACTGTACGGTCTA--ATTCCCATGC-AACAAT---ATA-TTTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGAGCCCGATTA-----ATC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAGAAATTCT-TACAAAT-AC-GAAATGTCCGTT---CGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|19 : C--CCAT-CCAA-A--ACAG--GATGCC-TGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TAattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|8 : CTGA-CCATCCA----GGATACTG-TA----------AT--GATGG------------GA--GGTA-TT---TTC--ATTCAC-ACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTCTTAA-AACCATTT----GTCTTGT--GT--AAACT-GCTAAATT-AAACAG--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATAC-AACAAG---GTATC----CACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--AC----CCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTG--ATTCAAGA----TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTA-AAAATAC-GAAATGTC-------CGCATTT-TCCGAATTTC-TGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCGA-CAGG---GTATC----CACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAGA----TG-GCGT---TGG-AAAT-TCTA-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTT-TCCTAATTTC-TGTCGCattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 22 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 44444444444444 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 2222222222 11 5555555555555555555 111 22222 11111 444444 11 111 111 111111 222222222222 1111 1 11 22 77777777777777777 1 222222222 11 222222 333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1 3333333 1 111 1 1 1 111 11 111 111 1111 44444444444444444444444444 22222222222 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 22 1 11 1 1 1 22 1 1111 22 222222 22 333 1 555555555555 11 1 11 2222222222 1111 111 2222222222222222222222222222222222222222222 1 11 1 1 2222 11 22222222222222222222 11 1 1 1 1 11 11 7777777777777 33 1111111 1111111 11 11 11 555555555555555555 111 1 333333
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 77 6 99 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 777 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 11111111111111 6 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 1 8 33 8 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 999 5 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 4444444444444444444 66 444 99999 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 111111 555555555555 3 1111 0 88 66 2 88888888888888888 2 0 8 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 999999 777777777777777777777777 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 0 2222222 0 3 111 0 4 0 0 3 111 11 777 6 3 444 7777 33333333333333333333333333 8 8 66666666666 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 7 33 0 88 6 3 3 5 77 4 5 9999 77 111111 77 555 3 555555555555 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 7777777777777777777777777777777777777777777 0 33 0 0 2 2222 33 77777777777777777777 33 5 0 5 0 11 11 8 9999999999999 0 0 0 55 8 4444444 8 8 2222222 11 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 000000 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. .. . .. . . ...... . .. . ............... ...... . . ... ... .. . .. . . . . ....... ... ................... .. .............. . ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. . ................ . . . . .. . ............. . ... . . . . . . .......... . . .. . . ................... .. ... ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . ...... ............ . .... . .. .. . ................. . . . . . . . . . ......... .. . . ...... ........................ ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . ....... . . ... . . . . . ... .. ... . . ... .... .......................... . . ........... . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... . .. . .. . . . . .. . . .... .. ...... .. ... . ............ .. . .. . .......... . . .... ... . ........................................... . .. . . . .... .. .................... .. . . . . .. .. . ............. . . . .. . ....... . . ....... .. .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ...... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 55 7 88 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 555 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 22222222222222 7 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 66 0 0000000000000000 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 666 0 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 5555555555555555555 00 000 22222 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 000000 222222222222 2 6666 0 55 55 5 55555555555555555 5 0 0 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 777777 777777777777777777777777 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 8 22 2 0 2222222 0 2 000 0 0 0 0 2 000 88 000 8 8 000 0000 88888888888888888888888888 0 0 22222222222 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 0 88 0 33 7 3 3 0 55 0 0 5555 55 555555 55 000 3 777777777777 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000 0 88 0 0 5 8888 88 55555555555555555555 88 5 0 5 0 00 00 0 0000000000000 8 8 8 66 0 2222222 0 0 6666666 00 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 888888 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG--A-TTA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTT-NNTT---------TC-ATACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-TT--TCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GAC---CGACTGT---AATGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAAT----G-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAANGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC--GTCA--TGC---A---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-TTTCCATGTTAA-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-TAAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCAC---C-CTTTTG-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTGC-T---AAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTT-C--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-AT-CC-CTT----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC-A-TG---GGTCTAATGCTCCCATGC-AACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCT--GATT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--T-GTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTGNTA-TTA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TNAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTT-ATTT---------TC-ATACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ANAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAGNCT--TCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GA----CGACGNT---AATGCATAACATTACANCACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTC-AATGACAGT----G-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAANGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC--ATCA--TGC---A---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTNT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAAAAG-ATTGTGC-TTCTT-CA----AATATT-TTTCCATGTTAA-A-TGG-ATT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAATA---GTT----TTAAA---NTNTATCGTA-TAAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TNA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCAT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACGCTCGCTTTTGCTTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG------AAT--GACGC---------------G-GGTA-----TTT-C--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-AT-CC-CTC----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCGAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCTGCACAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCT--GATT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--T-G-CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-C-A-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--C---TA-TTA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-ATTTA--------TC-ATACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C--AA-GAAAA-----T--GA---T--TCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-G-A-TAATGTA-CAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GA----CGACGTT---AATGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTGGG-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAATGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC---TTA--TGC---A---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-TTTCCATGTTAA-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-TAAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCAC-----CTTT--ATTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGGCCT---AAT--GATGC---------------GCGGTATTCC-TTT-C--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-AT-CCTTTT----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAATG---GGTCT-ATGCTCCCATGC--ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTT-GTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCG-ACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--A----CCCT--GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGG-AGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG--A-TTATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTT-TATT---------TC-ATACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--A-AGAATCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-T---GGAAAGGGGA-CTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT--GACA--CAC---GGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCA-TG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATG---------AG-----TTT--TGA---A---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaat----CAACTGT---AAT-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AAA-AATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaactgacagtGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTGATA-TT--T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTT-TATT---------TC-ATACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--TT--TCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAAT--GACAGTCAACTGT---AATGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------A-G-AATCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGA---------------------------AAATC-ATCAGTG-TTGTGGAAAATGAG-CTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC--ATCATGTGC---A---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-TTTCCATG-TAA-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT--------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCAC---CGCTTTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TT-C--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGAT-CC-CTT----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-------------GG-CTAATGC-CCCTTGC-AACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--T-GTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAATTA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCGTTTCACCCTGAATC-ATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGTT--TCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------T--GA----CGGAGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--A-A-AATCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAAT----GTATATTCTTATTATTGCAGAATCAATCA-TGATAGTGAAAATGGGA-CTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAAT-A--TGCCATA---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-TGTCCATGTTAA-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-TTAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG--A-TTA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTT---------TCGATACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAGCCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------TCCGAC---CGACTGT---CATGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTC-A-CATCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACGCTC---TTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTT-CCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTCC-CTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCCAACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGC-AACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATT--AATC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-T-CGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA-A-TTC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAATTT-A-TT---------TC-ATA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAGT-T--TCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGGA-CTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA----TCA--T-----A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTATTTCTATGTTAATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACTAAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG------A-T--G--GG---------------A-GGTA-----TTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-AC-CA-TTT----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATAC-AACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCT--GATTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC--------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---GCGTAT--TA--AAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 111 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 44444444444444444444 22222 11111 444444 11 111 111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 11 11 1 11 2222222222 1111 111 111111111111111111111111111111111111111111 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 555 6 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 11111111111111111111 8 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 99 6 6 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 44 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 999999999999999999999999999999999999999999 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. ... . . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .................... . . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . . ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... .. .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 222 7 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 00000000000000000000 0 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 22 7 7 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 00 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 888888888888888888888888888888888888888888 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TT-TC-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GACAGTCGA-CTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTGC---CTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTNN-TT-TC-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GAC---CGA-CTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTG-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG----CTAAT--GACGC---------------A-GGTA---CCTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATTAT-TTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GAC----GA-CGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGGC---CTAAT--GATGC---------------GCGGTATT-CCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TT-TC-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------T--GACAGTCAA-CTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AA-AAATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TT-TC-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAAT--GACAGTCAA-CTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AA-TCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TT-TC-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------T--GAC---GGAGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTT-TCGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------TCCGAC---CGA-CTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAATTT-A-TT-TC-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333333 222 22222 11111 444444 11 111 111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 7777777777777 444 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 99 6 6 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 777777777777777777777777777777777777777777 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . ............. ... . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . . ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000000 000 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 22 7 7 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 222222222222222222222222222222222222222222 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GACGGTCGACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GACAGTCGACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------T--GAC----GACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATTCC-TTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------T--GACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AA-AAATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAAT--GACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AA-TCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------T--GACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------TCCGAC---CGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 1111 22222 11111 444444 11 111 111 111111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 99 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 6666 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 111111 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 888888888888888888888888888888888888888888 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... .. . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .... . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . ...... ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 00 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 4444 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 000000 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 555555555555555555555555555555555555555555 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCGACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---CCTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATT-CCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--A-AGAATCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AAA-AATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---CG-A-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------A-G-AATCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--A-A-AATCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTC-A-CATCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 11 22222 11111 444444 11 111 111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 99 6 6 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 777777777777777777777777777777777777777777 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . . ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 22 7 7 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 222222222222222222222222222222222222222222 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATTCC-TTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AA-AAATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AA-TCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 11 22222 11111 444444 11 111 111 111111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 99 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 111111 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 888888888888888888888888888888888888888888 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... .. . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . ...... ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 00 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 000000 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 555555555555555555555555555555555555555555 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---CCTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATT-CCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--A-AGAATCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AAA-AATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---CG-A-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------A-G-AATCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--A-A-AATCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTC-A-CATCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 11 22222 11111 444444 11 111 111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 99 6 6 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 777777777777777777777777777777777777777777 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . . ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 22 7 7 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 222222222222222222222222222222222222222222 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATTCC-TTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AA-AAATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AA-TCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 11 22222 11111 444444 11 111 111 111111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 99 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 111111 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 888888888888888888888888888888888888888888 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... .. . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . ...... ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 00 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 000000 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 555555555555555555555555555555555555555555 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---CCTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--A-A-AATCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATT-CCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--A-AGAATCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AAA-AATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---CG-A-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------A-G-AATCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--A-A-AATCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTC-A-CATCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 3333333333 11 11 111111111 1 111 3333333333333333 111 111111 222222222222222 111111 222 22 11 1111111 111 4444444444444444444 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 3333333333333333 5555555555555 11 2222222222 11 3333333333 11 22222 11111 444444 11 111 111 222222222222 1111 1 11 11 6666666666666666 111 222222222 11 222222 3333333333333333333333333 111 111111 111 111 111 444444444444444444 1111 111 222222222 22222 11 11 1111 11 111 1111 11 111 111 1111 5555555555555555555555555555 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 55555555555555555555555 11 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 888888888888888 1111111 11 111111 11 11 555555555555555555 111 1 11111
lowQualScore : 0 5 4 8 22 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 2222222222 88 99 5 5 55 5 666666666 6 3 6 111 7777777777777777 99 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 888888888888888 999999 6 6 222 6 2 00 6 55 6 6 6 6 6666666 555 0000000000000000000 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 6666666666666666 0 8 8 0 99 8 0000000000000 8 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 66666 0 8 0 33333 444444 44 444 000 1 3 99 6 6 555555555555 3 1111 0 88 55 8888888888888888 444 8 8 6 1 6 6 444444444 11 1 6 888888 8888888888888888888888888 111 6 111111 99 000 111 1 6 111 888888888888888888 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 11 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 8 7777 8 0 11 777 6 3 444 7777 1111111111111111111111111111 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 11111111111111111111111 11 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 777777777777777777777777777777777777777777 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 777777777777777 0 0 3 8 4444444 8 8 11 333333 11 11 0 6 0 555555555555555555 8 444 8 8 6 8 8 8 3 22222 8 0 8
lowQualScore : . . . . .. . . . . . . .. ... . . .......... .. .. . . .. . ......... . . . ... ................ .. . .. ... . . . . ...... . .. . ............... ...... . . ... . . .. . .. . . . . ....... ... ................... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .. . ............. . .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . ..... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . . ............ . .... . .. .. ................ ... . . . . . . ......... .. . . ...... ......................... ... . ...... .. ... ... . . ... .................. .... ... ......... ..... .. . . . . .. . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . . .... . . .. ... . . ... .... ............................ . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... .. . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............... . . . . ....... . . .. ...... .. .. . . . .................. . ... . . . . . . . ..... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 66 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 9999999999 22 33 7 7 77 7 888888888 7 3 7 777 8888888888888888 22 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 888888888888888 222222 7 7 555 7 5 77 7 88 7 7 7 7 7777777 555 8888888888888888888 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 8888888888888888 8 0 0 8 44 0 6666666666666 0 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 44444 8 0 8 00000 888888 44 000 000 0 5 22 7 7 222222222222 2 6666 0 55 88 8888888888888888 000 0 0 0 0 7 7 555555555 88 0 7 222222 2222222222222222222222222 777 7 777777 22 222 777 0 7 777 222222222222222222 5555 777 666666666 00000 00 0 2 0 4 22 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 0 4444 0 8 88 000 4 8 000 0000 2222222222222222222222222222 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 22222222222222222222222 00 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 222222222222222222222222222222222222222222 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 222222222222222 8 8 8 0 2222222 0 0 00 000000 00 88 8 0 8 222222222222222222 0 000 0 0 0 0 0 0 2 44444 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--CATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATATTA-AA--AT-C-TC-TA-TGA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-TGT-TT-------G-TG--TGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACATTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATG-----TGGGTCT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAATGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGAGAATAG--AAAATAAGAC-------TTA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TGAAC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-ATC--ATTTCATT-GTG---GCCAA--TT-----AAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTT----TTAAA---CTTTATCACA-T--AAA-----TT-CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAA-------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATTCC-TTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAA--TG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA-A--------T-AAG---A-TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGTCGCATTTC-CCGAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--ACCCT------GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAG---A-TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCTG--TGGAGTATTTT-CCTAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-GTA------TACCT-TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATA-TTTA-CA-G-AGTGGGC----ATTT-GTGTG--TATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTTT--------------------CA-AA--AT-CATA-CA-TT---T--CAG-------------TCA-G------T--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAA-TCCTC----CC--GT---------C--TTTAGGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCATG-T---GGAAAGGGG-ACTT-C------AA-GG--AGGCTGA-AAT-----AAATAAGAT------GACA--CACGGTCA-GT-CA---AGA-GA---TG-AC--AT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGAAA--T------ACT-G-C--GTTTCCCC-ATG---GACAAATTA-----CACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCATG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTGA-AATGA------------------GTTT--TGAA---A-GTGCATTCAAA-GAGTCTG-GC--AA--T------GCTAT-TTCCAAAGAAAATT------TTCAG-TA-ATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACATTA--ATACAT-CATCCA-GTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTG--AA-AAATCCTC----CT--GTT-TTCAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC---------ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-AT------ATACCT-t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG--TGT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTTT---CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G-------ATACC--TTATT--GTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---AG----C----AT---G---G--TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-ATG-----AC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTT--TTTTTTATTT-TCAATA-TA-AATGAA-C-TC-TATTTACTT--CAAA-G-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTT-------G--G--TGTA-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACAT---AACACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AA-TCT--------------TTCA-A------T-GAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAA-------T----CA--TCAGTG---------------TTGTGGAAAATGA-GCTT-C------A--AGG-AGTCTGA-AATG-----AATAAGAC------ATCATGTGCA---A--T-CA---AAA-AA----G-AC--AA---CTA---GCTCT-TTC---AGAAAG-T------TTC---C--A-TTCATT-GTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTT----TTAAA---ACT----------------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGCGTAAT------AC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-----------G---G--CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACA----------AGGA--AGTG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : -------------TAAC------AC--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTTTG-----CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACT---ATACCTATTATTG--TAT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCAG----C----ATCGCATTTA--TAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT------ACCA--ACA------T-AGACTTTA-GTTTTTATTTGTCAAC-CTA-AAT-ATTC-TCCTA-T-A--T--CCAA-ATCATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCC-AGT-TTTTTCGCTG-T---TGTA-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACATAAC--CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AA-TCCTC----CTCGATATTTCATATCCATTT-GAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTATATT----CTTATTATTGCAGAATCAATCATGATAGTGAAAATGGG-ACTGAC------AA-GGGTAGT-GGA-AATGGCAAGAATAAGACAAATATGCCA--T--A---G-GA-CA---AAA-GA---TG-AC--AAGTCCTA----CTCTATTC---AAGAA--TAAATTGTTC-A----ATTTCATC--TGATCGCCAA-GTC-----AAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATC-TG----T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAAC---CTACATCATA-T--TAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTC-------------TAACA-----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAGTA------TACCT-TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-AG----CGCCCAT----TGTACTTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-TAACTACTACAA--AT-C-TC-TA-TTA--CAGCACACATCATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCA-CGT-TT-------GCTGGCTGTACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATT-TAACGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CA-TCCTCATTACT--TTA-ACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCC--AACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATTAA--TC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCCG--T-TCGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-GTATACATGTACC---TATT--GTAT-AC-ATTTGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-AG---------AT---G-GTA--TA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGCAAC------CC-AATACA------TAAG-C------TTTCTATTT-CAAAT-----AA--AT-C-TC-TA-TCA--T--CAAA-A-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCA-T-T-TT-------G--------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGG-ACTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCG----TTG--AAAATGCGA--------TCA--T--A---ATGT-CA---ATATGA---TT-AATAAA--CCTA---GTCTT-TTC---CGAAA--T------TTT-T-CCAGTTTCATTTGTG---GCCAATTTT-----AAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGAA---TTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTTGTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTT----TTAAAAACTTTTATCGTACT--AAATCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCTGA--TTCAAG---A-TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC-------CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA-------AGT-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATT----ACAAA---G-----CGTA-TTAAAA-----TCA--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTC-------------TAACTTTAATAC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
blockSeqs : C C A G TT . A A G C A TA ACT A A GTATACATG TA GT T T CT C TAAATATC C T T GC TGGGCATTTGT CT T AC TGA A T T C GTACAA T CA G ACTCATGAACAA GTACCG A A TGG G C AC C TG T A C T TACTT CAT CCATTTCAAGTCCAGCTG CT T T C . G CCCTGAATCA CCAG AATACGAT GG C A TA CAA G CTAAAC TAT T A AT ATTACTGAGGT C A CC G TTTCGCTGT C AC A G T T C ATCTCTAT C C AA T T GATGGACAAA GT G TTAA A ACT ATCCTC CC CTC TTA T A CT G A ATTACTTTA T TCCA A AA CA TGTATATTCTTA CAG A A A G A A TCTGTTCG GT C . GGCAAG CAAATATGCCATAGGA TTC T GTCTG TA GTC CTA A A CAA TAAATTGTTCA TTTG ATC TTTTAAAAA CAAAT AA A G C C GA T . G TCAT T A A T CC C TAC A T A T TCAT . CC TTG T T TTC TGAA AACTTTTATCGTACTAAATCATTTTG T C GGGCTGG C T AAA ACAGGTC TCATGAA TACT A C G A TAAATA TC TAAACTTACTGCGTAAT TA C A GT T ACTA T ATACTATAGGAAGT T . CG ACAAACGACA TA T GCT C G TAT GAC ATA A . C . . C . T C AACA . CCA . . . . GCT C TT T . C CAGTGGAGC T CATG GGA C TATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCAGGTAAGTCA CT . T C GCC TT TTA G . CAATA TA T C T G AC AC A CTGCCAACTGTAC G T TTTCTA G T CG TCCTAT TA GA T ATTAATCAAGGGCAG T TAT . . T C . G T TGG C .
blockSeqs : . . . A TT . . . . . . . . G . GCACTA T CT . . TT . GCGTAA . T . CG CATCGCAT . T . A . . . . AA T . . AACCCAAT . . . AG . C A . T . . . . TACAG AT TATTTCAGTACGCT . T T . . . . GA CCAAA GG . . . . . ACCT A . . A CTCGAGCCTC . . A . GCTGGC . A . . . . . TCATA . . . C T . GT . TAA . TAT ATC C . CTA A A . . . CTCGATAT T TC . . T TCA AA . . T A . . AGT A C . TGAA TGACACACGGTCAGT . . TG . C . A . . ATTTTCAGTA CCA . ATTA . . A G . A G T . T . A . . . . . A . A . . TCA . T TC C T . . CTACATCATATTAATTA . . T T . A AG . . C . . G T T TAACTTTAAT . . . CA T TA . TGGGA T . . ATATGAG CA C . . G A . TCA . . . . . . CTC . . . . C GGATG . . G . AATGATGCAAATA . . . C TGG . TG . . . . T . T . . . . G A . TCCC . . . CCGG . G A GCTGAGATTGAAGA . . . . A . . . C TGT . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . G . AGTA T G . . . . ATATA . . . G CGCCCATT . G . . . . . . AC A . . ATGACA . . . T . A C . . . . . . CAT G CATTCATGTCAGT . T C . . . . A A AT . . . . . GTT T . . A TGAGT . . C . GG . A . . . . . ATT . . . T . . AC . AAC . T . T . T G A . . . CTGTT T C . . . T . . . A A . . AA G C . GA CATCATGTGCAAT . . TG . T . C . . TTTTTCCA TTG . TTTT . . T A . A G T . G . T . . . . . A . T . . AG . T TC T C . . GCGTATTAAAATCA . . T . . A A . . G . . . T . TAACA . . . A C A . TGG . . . . . T . . . A . AT . . . . . GTT . . A . ATGGGAGGTAT . . . . C . T . . . . . . . . . . . . A . TCC . . . CCCT . A A GCTGATTCAAGA . . . . . . . . C TT . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . G . GTA T G . . . . ATAAA . . . G CATG . T . . . . . . AC T . . ATACCA . . . . . A . . . . . . . TT A TCAGT . T T . . . . G A GG . . . . . TAA A . . G TGAT . . T . G . . . . . . . A . . . . . G . AA . T . . . . A T . . . CCGT . . . . . T . . AA T T . A GTTTTGAAAGTG . . TT . C . C . . TACTGC TC . GTC . . . . . G . . . . A . . . . . G . C . . . . . . C . . . ACT . . T . . . . . . . . . . . TAAC . . . A . T . . . . . . . . A . TCC . . . . . . . AGGAAG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . ATA T . . . . . CA . . . . ATG . . . . . . . . A . . . CATAGA . . . . . . . . . . . . . AT . . . . T . . . . . A . C . . . . . . G . . A . . . G TCATAATGT . . G . . . T . . GTTTCC G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T* GTA******* GT G** CATCGC********** ATNACA********* TG* ** TAT**** A** ** A*********** A* CGAGT*********** G************ A* GT TAA** CTNTT******* GA**** CGTAATACGCAATG*********** TG**** NTTTTCCA********** NTTN***** A*** TC* CGTACTAAATCG**************** A****** TAACA****************** A** TA** *************** TCC**** ACTGATAAGG******** T****
originalCons : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTTTGT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-GTA-----ATACCT-TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-AG----C----AT---GTGTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT--GTTTTTATTT-TCAATACTA-AA--AT-C-TC-TA-TTA--T--CAAA-ATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TT-------G-TG--TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTACAACACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTC----CT--GTA-TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGG--AAAATAAGAC------GTCA--TGCA---A-GT-CA---AAA-GA---TG-AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAA--T------TTC-G-C--ATTTCATC-GTG---GCCAATTTT-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGTCA-T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAA---NTTTATCGTA-T--AAA-----TTACTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTC-------------TAAC------AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC--A--TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCTGA--TT-AAG---AGTG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG--TGTCGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
finalCons : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTCGTA-------TACCT-TTATTGTGTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CAG--AGCATCGC----------GTA--TATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GCATNACA---------ACA------T-AG-CTTTTG-TTTTTATTT-TCAAT--TA-AA--AT-C-TC-TA-TTAT----CAAAA--CATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAAA-----------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAACGAGT-----------TTCAATATGTT-TAT-TAATCA-CGT-TTG------------TGTA-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACATTAA--CACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AA-TCCTCCTNTT-------TTCATATC--TTT-GAATGCGGAATCTTCAAATGACAATG-----T----CT--TTAGTG-AAAATC-ATCATG-TAGTGGAAANGGG-ACTT-C------AG-GGG-AGTCTGA-AATGA----AATAAGACGTAATACGCAATG-----------CA---AAA-GATG----AC--AA--CCTA---GCTCT-TTC---AGAAANTTTTCCA----------ATTTCATC-GTG---GCCAANTTN-----AAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATC-TGA---T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTT----TTAAACGTACTAAATCG----------------CTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTCTAACA------------------AC--TCGACA-GGGT-TGA--CTGTTACTAAATA--TAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA--CC-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGA---------------GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TATCC----ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAACTGATAAGG--------TG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCGT----CGCATTTT-CCGAATTTC-TGTCGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 1 111111 1111 111111111 1 3333333333333333333333333 111 111111 333333333333 111111 22222 111 33333333 33333333333 11 11111111111 2222222222 11111 333333333333 11 111 22222222 111 11 4444444444444444 1111 444444444444444444444 11 2222222222 11 3333333333 11 111 11111 444444 11 111 111 11 11111111 111 22222222 11 11 888888888888888 1 333333333 1111 55555555555555555555555555555555555 111111 111111 222222 111 22222 1111 111 222222222 22222 11 1111 11 111 4444444 11 111 111 111 9999999999999999999999999999999999999 1111111 1 111 3333333 2222222 1111 1 222222 11 66666666666666666666666 111 1111 1 33333333333333 1 11 2222222222 111 2 111 111 2222 1 11 1 1 1 11 1 1111 11 222 1 11 222 1 3333 1 11 1 11 2222222222 1111 111 000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1 2222 11 2222 1 1 22222 11 1 1 1 1 11 11 7777777777777 1111111 1111111 11 11 11 4444444444 1111 111 1 444444444
lowQualScore : 0 5 4 8 888 4 4 4 4 4 4 66 777 0 5 222222 5 5555 0 66 5 8888 5 666666666 3 6 6 6666666666666666666666666 3 99 888 6 6 6 6 111111 3 99 6 6 000000000000 999999 6 6 77777 000 33333333 99 6 33333333333 22 77 3 99999999999 99 3 1 6 99 6 9999999999 99999 333333333333 22 8 8 11 444 8 33333333 222 8 8 11 5555555555555555 0 8 8 0 5555 888888888888888888888 88 8 8 8 8 8 3333333333 8 8 11 3 3 5555555555 11 8 88 111 0 8 5 33333 444444 44 444 000 1 3 55 6 77777777 111 33333333 88 55 333333333333333 2 0 0 8 8 8 1 1 6 6 000000000 6 1 4444 6 99999999999999999999999999999999999 111111 999999 111111 1 6 888 99 44 6 11111 1111 111 666666666 00000 11 6 3 8 1 0 8 3 8 5 7777 1 8 8 8 0 11 8 000 8 1 8 0 0 5555555 8 0 11 777 6 3 444 444 8888888888888888888888888888888888888 8 8 9999999 6 8 111 1111111 6666666 7777 8 8 8 6 000000 33 22222222222222222222222 8 8 000 3 2222 0 33333333333333 3 0 33 5555555555 77 2 777 0 2 111 777 5555 0 88 6 3 0 3 5 88 1 5 9999 88 000 5 88 111 3 2222 3 33 0 33 2 3333333333 8 0 7777 444 8 888888888888888888888888888888888888888888 33 0 0 2 2222 33 4444 0 0 55555 33 5 0 5 0 11 11 8 9999999999999 0 0 0 3 8 4444444 8 8 2222222 11 11 11 0 6 0 6666666666 7777 8 444 8 8 6 8 8 8 111111111 8 0 8
lowQualScore : . . . . ... . . . . . . .. ... . . ...... . .... . .. . .... . ......... . . . ......................... . .. ... . . . . ...... . .. . . ............ ...... . . ..... ... ........ .. . ........... .. .. . ........... .. . . . .. . .......... ..... ............ .. . . .. ... . ........ ... . . .. ................ . . . . .... ..................... .. . . . . . .......... . . .. . . .......... .. . .. ... . . . ..... ...... .. ... ... . . .. . ........ ... ........ .. .. ............... . . . . . . . . . . ......... . . .... . ................................... ...... ...... ...... . . ... .. .. . ..... .... ... ......... ..... .. . . . . . . . . . .... . . . . . .. . ... . . . . . ....... . . .. ... . . ... ... ..................................... . . ....... . . ... ....... ....... .... . . . . ...... .. ....................... . . ... . .... . .............. . . .. .......... .. . ... . . ... ... .... . .. . . . . . .. . . .... .. ... . .. ... . .... . .. . .. . .......... . . .... ... . .......................................... .. . . . .... .. .... . . ..... .. . . . . .. .. . ............. . . . . . ....... . . ....... .. .. .. . . . .......... .... . ... . . . . . . ......... . . .
lowQualScore : 0 0 4 9 333 4 4 4 4 4 4 11 888 8 0 111111 0 6666 1 77 7 3333 7 888888888 3 7 7 8888888888888888888888888 2 22 333 7 7 7 7 888888 5 22 7 7 777777777777 222222 7 7 00000 888 55555555 22 7 22222222222 88 77 2 22222222222 22 5 7 7 22 7 2222222222 33333 555555555555 00 0 0 00 000 0 00000000 222 0 0 88 6666666666666666 8 0 0 8 4444 666666666666666666666 66 0 0 0 0 0 8888888888 0 0 00 8 2 0000000000 88 0 88 888 8 0 6 00000 888888 44 000 000 0 5 88 7 77777777 777 33333333 55 88 555555555555555 5 0 8 0 0 0 0 0 7 7 222222222 7 0 2222 7 00000000000000000000000000000000000 888888 888888 888888 0 7 333 22 55 7 77777 5555 777 444444444 00000 00 0 2 0 4 8 0 2 0 0 0000 4 0 0 0 8 00 0 000 0 0 0 8 8 8888888 0 8 88 000 4 8 000 000 0000000000000000000000000000000000000 0 0 0000000 0 0 888 8888888 0000000 0000 8 0 0 0 888888 22 66666666666666666666666 0 0 000 8 6666 0 22222222222222 2 0 88 0000000000 55 0 555 0 5 000 555 2222 0 33 7 3 7 3 0 55 0 0 0000 55 555 0 00 555 3 3333 3 88 0 88 5 0000000000 0 8 0000 222 0 555555555555555555555555555555555555555555 88 0 0 5 8888 88 8888 0 0 00000 88 5 0 5 0 00 00 0 0000000000000 8 8 8 8 0 2222222 0 0 6666666 00 00 88 8 0 8 4444444444 0000 0 000 0 0 0 0 0 0 000000000 0 8 0
consensus : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-G---TA-TACCT----TTATTGTGTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-A----GC----A-TCGTGT--ATATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT-----AAC-A--ACA------T-AG-CTTT-GT-TTTTATTT-TCAAT--TA----AA--AT-CTCTA-TTA--T----CAAAN-CATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCAC---GTTT-------G-----T-GT--A-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACA-TTA-A-CACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AATCCTC-CT--GT-TTT---CATATC--TTTGAATGCGGAATCTTCAAATGACAAT----G-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAANGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTG----A-AAT--G----AAATAAGACGT-ATATG--CAA-T----CA---A--AAGA---TG-ACAA--C---CTAGCTCT-TTC---AGA--AANTTT-TC--CAATTTCA-TCGTG---GCCAANTT-----NAAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATCTGTCG----T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTTTTA---AA---------CNT----ACA---TA--AA-TC-----GCTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTCTAA--------C----AT---AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---C-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCC-A-TG---GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAGCT--GATT-AAGA----TG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCCG---GT--CGCATTTTCC-GAATTTC-TGTCGC
Reference ( family-4733 ) : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGTT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-G---TA-TACCT----TTATTGTGTAT-AC-A--TGA-TATN---TATA-TTA-TT-A-CA-G-A----GC----A-TCGCGT--ATATTGTTT--CTG---AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT-----NAC-A--ACA------T-AG-CTTTTGT-TTTTATTT-TCAAT--TA----AA--AT-CTCTA-TTA--T----CAAAA-CATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---G-AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAC-A-ACAAAA-C-AAA-GAAAA-----C--GAG-T---TTCAATATGTT-TAT-TAATCAC---GTTT-------G-----T-GT--A-GAA-TAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACGGTCAACTGTAA-TGCATAACA-TTA-A-CACAT-CATCCAAGTT--T--CAAAAA---TCCTGAT-CACCATT---TTTTTAAAAATGGAATNTACTG--AA-AATCCTC-CT--NT-TTT---CATATC--TTTGAATGCGGAATCTTCAAATGACAAT----G-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAANGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTG----A-AAT--G----AAATAAGACGTAATACG--CAA-T---GCA---A--AAGA---TG-ACAA--C---CTAGCTCT-TTC---AGA--AANTTT-TC--CAATTTCA-TCGTG---GCCAANTT-----NAAAAA-----AGATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAG-ATTGTGC-TTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-ANT-AGAAAATGTTAATCTG--A----T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTACCAATA---GTTTTA---AA---------CGT----AC----TA--AA-TC-----GCTAA-TATA-CT----T--TCA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGANAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTCTAA--------C----A----AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------TGGGA---ATT-TAC--CCTA--AAACGA-GAACTNAGCGTA---TAA-AAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAAC--ACAT-CACACCG-ATATGTGAACCGGCCGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGNTCTTAATCATTAAATGACAGCAGAATTACATATTCCAACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAAT-TGCACC-CT-TTTA-TTACACC--CCAT-CCAAA--ACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGTG---CCTAAT--GACGC---------------A-GGTA---CCTTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTC-T--AT-ATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAATTAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCAACAAGG-TAT-CC---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTCCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAACAACT--GAT--AAGG----TG-GCGT---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-AC-GAAATGTCC----GT--CGCATTTTCC-GAATTTC-TGTCGC
gi|1 : GGGCTCCAC-ACTG-AC-CAAAA-TTTTGTTTGTGCG-CA--CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CTC-G---TAATACCT----TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATC---TCTA-TTA-TT-A-CA-G-A----GC----A-T-GTGT--ACATCGCTT--CT----AT-TA-T-C-TT--AC--TTC--AT-GC-AT------AC-A--ACA------T-AG-CTTT-GT-TTTTATTT-TCAATATTA----AA--AT-CTCTA-TGA--T----CAAAATCATAC-ATTTCA-GT-C-AGTA-CATT--TAAATT-A-TTTATC-A----------TACCA---G-AAAT---A-------CCTGAAA-GT-ATCT--AA---TGTC-CATAACT---AC--AAT-A-ACAAAA-C-AA--GAAAA-----T--GA------TTCAATATGTT-TAT-TAATCAT---GTTT-------G-----T-GTGTA-GA--TAATGTAC-AA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTAAA--AT-----TAGCA-GTCCAA-A--TAATTTTAT----------TGACG----ACGTTAA-TGCATAACA-TTACATCATAT-CATCCAAGCT--T--CAAAA------CTGAT-TACCATT---TTTTTAAAAATGGAATATACTG--AA-AATCCTC-CT--GT-ATT---CATATC--TTTGAATGCAGAATCTTCAAATGACAATGTGGG-----TCT--TTAGTG-AAAATC-ATCA-TG-TAGTGGAAATGGGA-CTT-C------AG-GGG-AGTCTG----AGAATAGA----AAATAAGAC-T--TATG--CAA-G---TCA---A--AAGA---TGAACAA--C---CTAGCTCT-TTC---AGA--AATTTCATC----ATTTCA-TTGTG---GCCAA--T-----TAAAAA-----AAATC--AAATTAAAGG-ACCTAAGAAA-ATTG-GCTTTCTTGCA----AATATT-T-TTCC-ATGTT--A-A-A-TGG-AAT-AGAAAATGTTAATCTGTCA----TCTCTGAGAA-TTATT--ACTA-CAGTA---GTTTTA---AA---------CTTTATCACA---TA--AA-TT------CTAA-TATA-CT----T--CTA-CTTTCC-AT--ACTTA------TTT-------GAAAAA----TGACAA-TTA-AAT-AAATAT-----GGAATT-GTCTA--------------A----AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAG-GTG------T-GGA---ATTGTAC--CCTA--GAACGA-GAACTACGTGTA---TAAGAAAGAGAG-A-TAA---CTCGT--TGT-AAAATCAACCGACATCCACACTGAAGATGTGAACCGG-CGAATTAAAATTTACAGGGTAGTGATCTTAAT-ATTAAATGAC-GC-GAATTATATATT---ACGTAGCTTCTCGTGTTTTCATAATATGCACC----TTTA-TTACAAC--CCAT-CCAAACGACA----GGATGCCCTGA-CCATC----CAG--TACTG-TAGGG---CCTAAT--GATGC---------------GCGGTATT-CCTTTC--ATTCACCACCT-ACCTGCACT-CC-AG--GGTCTT--AT-ATCCTTTT-----GTCTTGT--GT--AACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGACTGCCGAATG---GGTCT-ATGCTCCCATGC-ACAGGA-TG--CA---ACCGTCCGCGCAGGTA-AA-ACT--ACCCTTCCT--GAG--GCT-ATTTGGAAGCCAA--------AT--AAGA----TG-GCGT---CGGAAAATGTCT-A-AAATGAC-GAAATGTCCGCTTGT--CGCATTTCCC-GAATTTCTTGTCGC
gi|10 : AA--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATGCGACAGGG-TAT-CC---ACATTTTGCACAGGTT-TA-ACA--A----CCCT--GAG--GCC-GTTTGGGTGCCAACAGCTGAGATTGAAGA----TG-GCGT---TGG-AAAT-TCT-A-AAGT-AT-GAAATGTCT----GTGGAGTATTTTCC-TAATTTC-TGTCGC
gi|11 : C-CAAAAGTTTTGT--GT-CGACAA-CCTGGGCGC-GACGTATACAG---CAGAACTC-G---TA-TACCT----TTATTGTATAC-AC-A--TGA-TA-A---TATA-ATATTT-A-CA-G-AGTGGGC----ATTTGTGT--GTATGTTTT--CTG---AT-TATT-C-AT--A---TTC--AT-GC-ACTCATGAACAA--ACA------T-AG-CTT------------------T--CA----AA--AT-C----------------------ATAC-ATTTCA-GT-C-AGT--CATC--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA---GAAAA----A-------CCTGGAaattttttctgaaaaatcgcaaaatgcgatgggcagtgtgagccctgtaaacattcacccaatacagaaaataatcc
gi|12 : gacAATTCACTG--AAGAATCCTC-CC--GT-CTT---TA---------GGATATGG--TCTT---ATAGCAGT---------------TTAGTG-AAAATC-ATCA-T----GTGGAAAGGGGA-CTT-C------A--AGG-AGGCTG----A-AAT-------AAATAAGATGACACACGGTCAG-T----CA---A--GAGA---TG-ACAT--CCTACTAGCTAT-TTC---AGA--AATACT-GC----GTTTCC-CCATG---GACAAATT-----ACACAC-----AGATG--AAACC-AAGG-ACCTAACAAG-Agtttg
gi|13 : aAATC-ATCA-TG-TAGTAGAAAAGGGAATTT-C------AGTGGA-AATCTG----A-AAT--G----A--------GT--TTTG--AAAGT---GCATTCA--AAGAGTCTG-GCAA--T------GCTAT-TTCCAAAGA--AAATTT-TCAGTAATTTTA---GTG---GCCat
gi|14 : aagtgataatataaaagtggtccaatAC----------TGACAGTCAACTGTAA-T-TATAACA-TTA-A-TACAT-CATCC-AGTT--T--CAAAA------CTGAT-CACAATT---TAT---AAAATGTAATATACTGA-AA-AATCCTC-CT--GT-TTT---CAT
gi|15 : attgatgacaGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TGTTGT--GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--TGG---C-GA-CTC------A-TACCT----TTATTG-GTAT-AC-A--TGA-TATc
gi|17 : GGCTC-AC-ACTCGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAA-CCTTG-TGC-G-CGTA--CGG---C-GA-CTC-A---TA-TACCT----t
gi|18 : GGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTG-T-GT-TG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---
gi|19 : C--CCAT-CCAAA--ACA----GGATG-CCTGA-CCATCCATGCAG--TACTG-TA
gi|2 : GCTC-AC-ACTTGAC-CAAAAATTTTGTT--T-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---C-AA-CTC-G----A-TACC-----TTAT--TGTAT-AC-A--TGG--ATA---TAAA-TTA-TT-A-CA---A----GC----A-TGG------TATTGTTT--CTG---ATATT-T-C-TT--AA--CTC--AT-GC-AT-----GAC-A--ACAGTACCGT-AG-CTTTT-T-TTTTATTT-TCAATA-TA----AATGAA-CTCTATTTACTT----CAAAG-CATA-------------------CATT--TAATTTTA-TTT--C-A----------TACCA-----AAA----A-------CCTGGAA-GT-ATGTTAAA---TGTC-CATAACG---TT--AAC-A-AAAAAA-CAAAA-GAAAA-----T--GA--T---TTCAATATGTT-TATAGAATCACCGTGTTG-------G-----T-GT--A-GA---AATGTTACAT-TAGC-TCATTCAAAAA-GTTAAG--AT-----TAGCA-GCCCAA-A--TAA-TTTATGATGGACAAATGACAGTCAACTGTAA-TGCATAACA--TA-A-CACAT-CATCCAAGTTACT--GAAAAATCCTCCTGTT---TCATC---TTTT--------GAATGC------AG-AATC-----------TTT---CA-A------TGAAAGTGG--TCTTT-AGTGAAAAT---------------------------C-ATCAGTG-TTGTGGAAAATGAG-CTT-C------A--AGG-AGTCTG----A-AAT--G-----AATAAGACATCATGTG--CAA-T----CA---A--AAAA----G-ACAA------CTAGCTCT-TTC---AGA--AAG-TT-TC--CA--TTCA-TTGTG---GCCAATTTTAAAAAAAAAA-----AGATC--AAATTAAA-G-ACCTAAAAAGAATTGTGC-TTCTTGCA----AATATA-T-TTCC-ATG-T--A-A-A-TGG-ATTAAGAAAATGTTAATCTGTCA----T-TCTGAGAA-TTATTC-ACTATCAGTA---GTTTTA---AA----------------AC----T--------------CTAA-TATACCT----T--TCA-CTTTCC-ATAAACTT-------TTT-------GAAAAA----TGAAAA-TTA-AATAAAATAT------GAATT-GTCTAAACTTACTGC----GTAATAC--TCGACA-GGGTATG-GTTTGTTACTAAA---ATAG-GTG------TGGGA---A-T-TAC--CCTA--ATATGA-GAACTTAGTGTA---TAACAAAGAGAGTATTAA---CTCATA-TGTAAAAATCAAC--ACAT-CACACTG-ATATGTGAACCGGCCAAATTAAAATTTACAGGG--ATGTTCTTAATCATTAAATGACAACAGAA--ACATATTCCAAC-TAGCT--TTGTG---TCATAAT-TGCACCGCT-TTTA-TTACACC--CCTT-CCAAA--A-A----G--T-TCCTGA-GCA------CA------CG-AAGTG------AAT--GATGC---------------A-AATA------TTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT--C-AG--AGTC-TG-ATGATCC-CTT-----GTCTTGT--GTTAAACT-GCTAAA-TAA-ACAA--GACA--CCC-TGA-------------GG-CTAATGC-CCCTTGCAACAAGGTTATCCC---ACCGTCCGCACAGGTAGAA-ACT--ACCCTCCGG--GAG--GCT-ATT--GAAGCCAACAA----G----GAAG----TG-GC-T---CGG-AAAT-TCT-A-AAAT-ACGGAAATGTCCGT--GT--CGCATTTTCC-GAA-TTC-TGTCGC
gi|20 : TAA--------C----A-----C--TTGACA-GGGT-TG-A-CTGTTACTAAA--TATAaatttttctgaagaatcgcaaatgcgacaaatgcgtaatggcagcgc
gi|3 : GCTCCAC-ACTGGAC-CAAAA-TCTTGTT----TG-CAA-ACTGG-C-C-G-CGTA--CGCACTCGGC-CTT-GCACTA-TACCTA---TTATTGT--AT-ACTA--TGACTATG---CGTAATTACTT-ATCA-GCA----GC----A-TCGCATTTATAGTGTTTACCTGTGAAT-TA-TTC-TTGTACAATAC--AT-GC-AT-----ACC-A--ACA------T-AGACTTTAGT-TTTTATTTGTCAAC--CT----AA--ATATTCTC-CTA--TATC-CAAAT-CATACCATTTCAAGT-CCAGCTGCATT--TAATTCCG-TTT--C-ACCCTGAATCATACCA---A-AGA----AATACGATCTTATGA-AT-ATCT--AA---TGTCGCATAACCTAAAC--AACTATACAAAA-C-AAATGAAAAATTACT--GAGGT---TTCAATATGTT-TAT-TAATCCA---GTTTTTTCGCTG-----TTGT--A-GAA-TAATTTACCAAATA-C-TCA-TCAACAACATTACATCAT-----AAGCA-GTCCAA-AAATAATTA-AT----------TGACGG--AGCTGTAAGTGCATAACA-TAA-C-CACATACATCCAAGCT--TATCAGAAA---TCCTGAT-TACTACT---TTTTTAAAAATGAAATATACGA--AA-AATCCTC-CTCGATATTT---CATATCCATTTGAATGCAGAATCTTCAAATGACAAT----GTATATTCTTATTATTGCAGAATCAATCA-TGATAGTGAAAATGGGA-CTGAC------AA-GGGTAGT-GG----A-AAT--GGCAAGAATAAGACA-AATATG--CCA-TAGGACA---A--AAGA---TG-ACAAGTC---CTA-CTCTATTCA--AGAATAAATTG-TT--CAATTTCA-TC-TGATCGCCAAG-T-----CAAAAA-----AAATCAAAAATTAAAGACGCATAAAAAG-ATAGTGT-CTGTT-CATCATAATAAT-T-GTCC-ATGTT--A-A-A-TGGAAAT-AGAAAATGTTAATCTG-------T-TCTGAGAACCTATTTGACTACCCA-A---GTTTGAATTAA---------CCT----ACATCATATTAA-TT-----ACTAA-TATA-CT----T--TCACCTTTCCTCT--ACTTAG-----TTTTCATGAAAAAAAA----TGACCA-TTAGAAC-AAATA------GAAATTCGTCTAA--------C----A----ACTATCGACACGAGT-TGCA-CTATGACCAAAACTATAGTGTGATACTATAGGAAGTATT-TACCGCCTAACAAACGACAAACTCAGCATAGCTTAA-ACGAAGAA-A-TAAGACCTCAT--TGT-AAA
gi|4 : GGGCTC-AC-ACTGGAC-CAAAA-TTTTGT--GT-CG-CAAACCTGG-CGCCG-CGTA--CGG---CG-A-CTCAG---TA-TACCT----TTATCCTGTATTAC-ACTTGA-TATTAAATATC-TCG-TTTA-CACG-A----GCGCCCA-TTGTAC--TTGTTTTTT--CTG---AT-TA-T-CCTT--AC--T-C--AT-GCCAT------AG-A--GCA------T-GC-CTCTTGGGTTTCATTT-T-AAC--TACTACAA--AT-CTCTA-TTA--CAGCACACAT-CATAT-ATTTCA-GTAC-GCT--CATTCTTAATTTTACTTT--CGA----------TACCACCAG-AAACCAAA-------CCTGGAACGT-ATTT--AACAATGTC-CATAACT---AA--CAC-T-ACAAAATC-CAA-GCAAA-----CTCGAG-CCTCTTCAATATGTTCTAT-CA-TCAC---GTTT-------GCTGGCT-GT--ACGAACTAATGTACCAA-TA-C-TCA-TCAAAAA-GTTTAA--ATCTCTATAGCACGTCCAA-A--TAACTTTAT----------T-CCGACCGACTGTCA-TGCATAACATTTA-A-CGC-T-CATCCCA-TT--T--CAAAA------CTGATCCATCATTCTCTCTCTAAAAATGGAGCCTTCTGCTCA-CATCCTCATT--AC-TTTAACCGTATC--T
gi|5 : caAAT-TGCACG-CTCTTTGCTTACACCTTCCATTCCAAT--ACACAGTGGA-GCC-TGATCCATC----CCA--TACTGCTAGTGTATCCTAATTGAACGCTACTCTAATCTCGCCA-GGTAAGTCATTTCCTATTCA-CACCTTACCTA-ACTGCC-AGTTGCTC-T--AT-ATTC-CCTCAATAGACTTTTTAGTTAAACTCGCTAAATTAAGACAAACGACAACCCCATGACTGCCAACTGTACGGTCTAAT--TCCCATGCAACAATA-TAT-TTCTAACCGTATGCGCAGCGA-AGTACTCGACCCTTCCTATGGGTAGCTGATTTGGA-GCC--CGATT--AATC-AAGGGCAGTGTGCGTTATCAG-AAAT-TCTTACAAAT-AC-GAAATGTCC----GTT-CGCATTTTCCCGAATTTC-TGTCGC
gi|6 : GGCTC-ACCAC-GGACACAAAA-TTTTGCT-GT-CG-CAA-CCTGG-CGC-G-CGTA--CGG---CGGA-CCC-G---TA-TACATGTACCTATTGTATAC-AT-T--TGA-TATC------A-TTA-TT-A-CA-G-A----G-----A-T-G-GT--ATA-TGCTT--CTGA--AT-TC-T-T-TT--AC--TTCCAATGGC-AA-----CCC-AATACA------TAAG-C-----T-TTCTATTT-CAAAT--------AA--AT-CTCTA-TCA--T----CAAAA-CATAC-A-TTCATGT-C-AGT--CATC--TAA-TTTA-TTT--C-A----------TA--A---G-AAA----A-------CCT--AA-GTAATCT--AA---T-TC-CATAA-----ACCTAAC-A-AAAAAA-C-AAG-AAAAA-----T--GAG-T---TTCAATATG-T-TAT-TAATCAT----TTT-------G-----------G-GAA-TAATGTACCAA-AA-CTTCA-TCAAAAA-GCTAAA--A---------CA-GTCCAACA--TAATTattttttttctgaaaatcgcaaaatgcgacaaatgcgtggcacg
gi|7 : AGGGGA-CTT-CTCTGTTCG-GGT-AGTTCGTTGAA-AAT--G----CGAT----CATAATGT---CAA-T---ATG---ATTAATA--------AA--C---CTAGTCTT-TTC---CGA--AATTTT-TC--CAGTTTCATTTGTG---GCCAATTT-----TAAAAACAAATAGATC--AAATTTAAAG-ACCTACGA---ATTGTGC-TTCTTTCA----AATATTAT-TTCT-ATGTT--A-ATACTGG-ATT-AGAAAATGTTAATCTT--GTCATT-TCTGAGAA--TATTC-ACTATCAATATTCGTTTTA---AAAACTTTTATCGT----AC----TA--AA-TCATTTTGCTAATTATA-TTGGGCTGGTCATCTTTCC-AT--ATTCACAGGTCTTT-------GTAACATACTTGAGAACTTA-CAT-AAATAT-----GGAa
gi|8 : CTGA-CCATC----CAGGATACTG-TAATG-------AT--G--GG---------------A-GGTA---T-TTTC--ATTCA-CACCT-ACCTGCACT-TGGAG--GGTC-TTAAA-ACCA-TTT-----GTCTTGT--GT-AAACT-GCTAAATTAA-ACAG--GACA--CCC-TGA-------------GGTCTAATGCTCCCATACAACAAGG-TAT-CC---ACCATCTGCACAGGTA-AA-ACT--A----CCCT--GAG--GCT--TTTGGAAGCCAACAGCT--GATTCAAGA----TG-GCGT---CGG-AAAT-TCTAA-AAAT-AC-GAAATGTC---------CGCATTTTCC-GAATTTC-TGTCGC
gi|9 : -TTCGTGCA----AATAAT-TATTCCTCTGTTCCACA-G-TGA-CCC-AGGAA---TTAA---A--G----T-TC--AGAA-TTAT------ACCAACA---ATTACA---AAG--------CGT----AT----TA--AAATC-----A--AA-TATA-CT----T--ACA--TTCCC-AT-----TA------TTT-------GAAAAA----TGA-AA-TGA-AATGAAATATAAATAGGAAT--GTCTAA--------CTTTAAT---AC--TCGACA-GGGT-TG-A-CTGTTAT--AA--T-TAG-ATT------TGG-----ATT-TAA--CGTA-----------------TGTA---TAA-CAAGA-AG-A-TAA---CTC-TCATGA-AGAATCAAC--A-AT-CACATCA-ATTTATGattttattccgaaaaatcgctaaatacgacaaatgcgatgacagtaaacacatacttttttacctaatcaaaggacaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCAAATTTCGTGCAAAACTCATTCCTCTGCGACATCACGTGACCACTGGAAGTCAAAGTTCAGAATTTAC