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Reference ( family-4711 ) : ACACACACA--C--AC-A----C-------GAA-C--AC-GGT-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT--AATT-T-T--NTTTT-AA--CA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A-CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
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gi|9 : agACACACACA--C--AC-A----T-------GAA-C--AC-GGT-A-TCTT-A-AT--CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT--AATTGT-T--TTTTT-AA--CA--T-T-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A-CA-T--------AATTT---------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-TT-TA--ATACa
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Reference ( family-4711 ) : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
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gi|23 : CACAC-C--CA------AT-------GA--A-C--AC-GG-T-AATCTT-A---T-CGAAAA-TCG--GC--A--A---A--T-------------A----CG--T-----TT-C----CAT-AATT-T
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gi|7 : aACGCACGC-A--CA----C-AC-------GT--G-C--TC-GG-T-G-TCTT-A-ATA-CGGAAA-T-G--GCA-A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----A--CGTATCAT-AA-T-TTG--TTTT---ATCA--T-C-GC--A-C-A---CT----------------T-T-C-----C-C-A----GT-T--------AG------------C---A-----AAT-CGA-----A-CA--T--A-T-T-A-CAAG-----TTGTAGAA-CT-GGG-C-TT-GA-TATACgct
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Reference ( family-4711 ) : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
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gi|19 : tgtgttgta-CCAAAA-T-G--GC--A--A---AA-T-------------A-A--TG--T-----TT-C----CAT-AATT-T-G--TTTT---AATA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-TAA------AA------------A---A-----AAC-TAT-----T-TA---------T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-T-TT-TA-TATAtgcttggtagaaccagctta
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gi|21 : -CCAAAA-C-G--GC--A--A---AA-G-------------A-A--CG--T-----TT-C----CAT-AATT-T-G--TTTT---AACA--T-C-AT--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CG---------G-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAac
gi|23 : CACAC-C--CA------AT-------GA--A-C--AC-GG-T-AATCTT-A---T-CGAAAA-TCG--GC--A--A---A--T-------------A----CG--T-----TT-C----CAT-AATT-T
gi|24 : T-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-A--------AA------------A---A-----TAC-TAT-----T-CA---------T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-AA-gtctattaa
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gi|26 : aacatatacttagcaa----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTAGAA-C
gi|3 : ACAA-A--CA----C-GC-------GATGA----AC-GGAT-A-TCTTTA-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A----------------A-A--CGT-T-----T--C----CAT-ATGT-TGG--TTTT---AACA--T-T-GCGAA-C-ACT-TT----------------A-TGC-----G-A-A----CACT--------AATTT---------A---AC----GAC-TAT-----TGCA--T--C-A-T-A-T--G-----TTGTAGAAGCTCCCG-C-TTATATTATACgca
gi|4 : CAC-AACCA----C-AT-------GA--A-C--AC-G--T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-TTG--GC--A--A---A--TTGTNNNNNNNNNNN-N--NN--N-----N--N----NNN-NNNN-NTG--TTTT---AACA--T-T-GC--A-C-A---TT----------------A-T-T-----G-A-ACATGCA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-TT-TA-TATa
gi|5 : CAC-A--CA----C-AT-------GA--AAC--AC-G--T-A-TCTT-ACATC-CCAAAA-T-G--CA--A--A---A--T-------------A-A--CT--T-----C--C----TAT-AA-T-TTG--TTTT---AACT--TGA-GC--C-C-G---TT----------------A-C-TGGCG-G-A-A----CA-T--------AATTTAAAAGGATCA---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTA-AA-CT-CAG-
gi|6 : CACA--A--CA----C-AT-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T----GC--A--AAAGA--T-------------A-AC-CGCTT-----T--C----CAT-AAGT-TTG--TTGTA--AACA--T-T-GCA-A-C-A----T----------------A-T-C-----G-A-AT---CA-T--------AA------------ACG-A-----GAC-TAT-----T-CA--T--G-T-T-A-T--AAATGTTTGTAGAA-CTACAG-C-TT-TA-gaaactcagct
gi|7 : aACGCACGC-A--CA----C-AC-------GT--G-C--TC-GG-T-G-TCTT-A-ATA-CGGAAA-T-G--GCA-A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----A--CGTATCAT-AA-T-TTG--TTTT---ATCA--T-C-GC--A-C-A---CT----------------T-T-C-----C-C-A----GT-T--------AG------------C---A-----AAT-CGA-----A-CA--T--A-T-T-A-CAAG-----TTGTAGAA-CT-GGG-C-TT-GA-TATACgct
gi|8 : cGCACACCA--CA----C-AT-------GA--A-C-----GG-T-A-TCTT-A-ATCGCCAAAA-T-G--GC--A--A---AA-T-------------G-AG-CG--T-----TT-C----CATTAGAT-TTG--TTTTTAAAACAAAT-T-GC--AAC-A---TTT---------------A-T-C-----A-AGA----CC-T--------AG------------A---A-----GAC-TTT-----T-CAA-T--A-T---A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-TT-TA-at
gi|9 : aACACACAC-A--CA----C-AT-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-AT--CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATTGTTT--TTTT---AACA--T-T-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AATTT---------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-TT-TA--ATACa
blockSeqs : C AC GTGA T TTTGAGT TGA CGA T A T G T C G A C CA AA GG AAG TTGTNNNNNNNNNN G AA TACGTAT GTAT T T G AT TAA AA GT GA A T ATT T G G GACAA . G CATG G CAGAC TTTAAAAGGATC CAA TTTAG T GAGTG G CTTAGTT T AA AATGT G C T T A T
blockSeqs : . . . . . AA T . . T A . . . . T C A . CC AGT . A TACATAT A . A . . A . TG A . . AT . . C GGCG . . T C AA TTT CG C . . . TATAT . . C . A . . . .
blockSeqs : . . . . . AA T . . . . . . . . . . C . . AT . C ATTT . . T . . . . GA A . . CT . . G . . . . . . TTT . . . . . TATTA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . A . . AT . G ATTT . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . TATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . A . . AG . . TTTC . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . AT . . CTTT . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . A . . TTT . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . N . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . T . . TTT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . T . . TT . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . TT . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . NN . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
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originalCons : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
finalCons : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CATATT-------A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TAACACGCCATATACGAAATACACGTGACTTTCATTTCAAATGCAAGCAATCACTTTCTGTAATATGTTTTAGGTGTGACTTAGAGC
Alignments
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consensus : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
Reference ( family-4711 ) : ACGCACAC-A--CA----C-AC-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--C----CAT-AATT-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-T-T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAC
gi|1 : ACAC-A--CA----C-GC-------GT--A-C--TC-TG-T-A-TTTT-G-ATA-TCAAAC-T-G--GC--A--A---A--T-------------A-A--CGT-T-----T--C----CAT-AA---ATG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---TTTGTTTCCGGTTAGCAAA-T-C-----GAA-A----CA-TAACTGATAAA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--TACA-T-G-T-T--G-----TTGTACAA-CT--GG-T-TT-TA-TATAC
gi|10 : CACAC-A--CAGTGAC-AC-------GC--A-C--TC-GG-C-A------A-ATC-CCAAAA-T-GCAAC--A--ACC-A--T-------------A-A--CAATT-----T--C----CAT-A--T-TTG--TTTT---AACA--T-C-A---A-C-A---AG----------------A-T-T-------A-A----CA-TCAGAC---AA------------A---A-----TAC-AAG--------A--T--A-T-T-C-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATata
gi|11 : a-------GA--A-CCGAC-GG-T-AGTCTT-A-ATC-CAAAAA-T-G--TA--A--A---A--T-------------A-A--CGT-T-----T--C----CAT-AA-T-TTG---TTT---AACA--TGT-GC--A-C-A---TT----------------A-TGC-----G-A-A----CA-T--------AACC----------A---A-----GA--GGTGAGTGT-CA--T--A-TAT-A-A--GC----TTGTAGAA-CC-CAGTC-TT-TA-TATAC
gi|12 : tCGCACAC-A---A----C-AC-------AG--C-C--TC-CG-T-G-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-G--GCA-A--A---A--T-------------A-A--CG--TACGTAT--C----CAT-AA-T-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---CT----------------T-T-C-----C-C-A----GT-T--------AG------------C---A-----AAT-CGA-----A-CA--T--A-T-TAA-A--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-T
gi|13 : CACAC-A--C-----C-AT-------GA--AAC--AC-GG-TTA-TCTT-A-ATC-CCAAAAAT-G--GC--A--A---AAGT-------------A-AAACAATT-----T--CA---CAT-AATT-T-G--TTT----ATCA--T-T-GC--A-C-----TT----------------A-T-C-----G-A------CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A-A-T-A-T--------TTGTAGAA-GC-TAG-C-TT-Tta
gi|14 : aC-A--CA----C-ACTTTGAGTGA--C-C--ACTGG-A-G-TCTT-A-CTC-CAAAAA-T-G--GC--A--A---A--A-------------T-A--CG--T-----TTCT----CAT-GAAT-TTGATTTTT---CACA--T-TGGCA-A-C-A---TT------------------T-T-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A------AC-TAT-----T-CC--T--A-T-C---T--A-----TTGTA-AA-CT-CAG-C-TT-
gi|15 : C-A--C-----C-AC-------GA----C--TC-GG---A-TATT-A--TC-CCAAAA-T-G--ACC-A--A---A--T-------------AGA--CG--T-----T--T----CAT-AATT---A--TTTC---AA-A--T-T-GC--A-C-AAT-TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------ACAAA-----GAC-TAT-----T-GA--T----T-T-A----G-----TTGATGAA-CT-CGG-C-TA-TA-TATA
gi|16 : ACGCACGC-A--CA----C-AC-------AT--G-C--TC-GG-T-G-TCTT-A-ACC-CCGAAA-T-G--GCA-A--A---A--T-------------A-A--CG--TACATAT--C----CAT-AA-T-TTG--TTTT---AACA--T-C-GC--A-C-A---CT----------------T-T-C-----
gi|17 : acACAC-A--CA----C-AT-------GA--A-C--AC-GG-T-A-TCTT-A-AAT-CCAAAA-T-G--GCAAA--A---A--T-------------A-A--CG--T-----T--T----C-------------------------------C--A-CTA---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CC--T--A---T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-Tccagttagcaaatcgaacaga
gi|18 : tacaAC-A--CA----C-AC--------A--A-C--AC-A---------T-A-GT----AACA-C-G--GC--A--A---AA-T-------------A-AA-CG--T-----TT-C----CAT-AATT-TT---TTTT---GGCA--C---------C-A---TT----------------A-TCC-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---
gi|19 : tgtgttgta-CCAAAA-T-G--GC--A--A---AA-T-------------A-A--TG--T-----TT-C----CAT-AATT-T-G--TTTT---AATA--T-C-GC--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-TAA------AA------------A---A-----AAC-TAT-----T-TA---------T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-T-TT-TA-TATAtgcttggtagaaccagctta
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gi|20 : gtacacaaaa-T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-T-GC-GT--A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----TT-C----CAT-AATT-TT---TTTT---AACA--T-C-GC--A-T-G---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GGC-TAT-----T-CA--T--A-T----------------------------G-C-TT-TA-TATAC
gi|21 : -CCAAAA-C-G--GC--A--A---AA-G-------------A-A--CG--T-----TT-C----CAT-AATT-T-G--TTTT---AACA--T-C-AT--A-C-A---TT----------------A-T-C-----G-A-A----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CG---------G-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CGG-C-TT-TA-TATAac
gi|23 : CACAC-C--CA------AT-------GA--A-C--AC-GG-T-AATCTT-A---T-CGAAAA-TCG--GC--A--A---A--T-------------A----CG--T-----TT-C----CAT-AATT-T
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gi|25 : ----------------A-T-T-----G-A-A----CA-T--------AG------------A---G-----GAC-TAT-----T-CA---------T-A-T--G-----TTGTACAA-CT-TGG-CTTT-TA-TATAC
gi|26 : aacatatacttagcaa----CA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTAGAA-C
gi|3 : ACAA-A--CA----C-GC-------GATGA----AC-GGAT-A-TCTTTA-ATC-CCAAAA-T-G--GC--A--A---A----------------A-A--CGT-T-----T--C----CAT-ATGT-TGG--TTTT---AACA--T-T-GCGAA-C-ACT-TT----------------A-TGC-----G-A-A----CACT--------AATTT---------A---AC----GAC-TAT-----TGCA--T--C-A-T-A-T--G-----TTGTAGAAGCTCCCG-C-TTATATTATACgca
gi|4 : CAC-AACCA----C-AT-------GA--A-C--AC-G--T-A-TCTT-A-ATC-CCAAAA-TTG--GC--A--A---A--TTGTNNNNNNNNNNN-N--NN--N-----N--N----NNN-NNNN-NTG--TTTT---AACA--T-T-GC--A-C-A---TT----------------A-T-T-----G-A-ACATGCA-T--------AA------------A---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTAGAA-CT-CAG-C-TT-TA-TATa
gi|5 : CAC-A--CA----C-AT-------GA--AAC--AC-G--T-A-TCTT-ACATC-CCAAAA-T-G--CA--A--A---A--T-------------A-A--CT--T-----C--C----TAT-AA-T-TTG--TTTT---AACT--TGA-GC--C-C-G---TT----------------A-C-TGGCG-G-A-A----CA-T--------AATTTAAAAGGATCA---A-----GAC-TAT-----T-CA--T--A---T-A-T--G-----TTGTA-AA-CT-CAG-
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gi|7 : aACGCACGC-A--CA----C-AC-------GT--G-C--TC-GG-T-G-TCTT-A-ATA-CGGAAA-T-G--GCA-A--A---A--T-------------A-A--CG--T-----A--CGTATCAT-AA-T-TTG--TTTT---ATCA--T-C-GC--A-C-A---CT----------------T-T-C-----C-C-A----GT-T--------AG------------C---A-----AAT-CGA-----A-CA--T--A-T-T-A-CAAG-----TTGTAGAA-CT-GGG-C-TT-GA-TATACgct
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TAACACGCCATATACGAAATACACGTGACTTTCATTTCAAATGCAAGCAATCACTTTCTGTAATATGTTTTAGGTGTGACTTAGAGC