lowQualScore : 11111111 111 11111 2222222222222222 1111111 11111111111 1111
lowQualScore : 0 5 5 66 5 5 55 6666 88888888 4 333 777 666 00000 7 3 3 55 2 55 999999 3 2222222222222222 44 3 3 3 6 44 7777 3 3 3 3 555 0 3 77 3 3 3 3 555 44 3 6 0000000 999 777 33 2 2 2 2 333 0 5 8888 99999 5 4 2 444 2 5 33 2 5 2 2 444 2 11111111111 2 2 33 2 2 2 2 33 2 44 44 3 44 0000 3 44 3 555 3 55 4
lowQualScore : . . . .. . . .. .... ........ . ... ... ... ..... . . . .. . .. ...... . ................ .. . . . . .. .... . . . . ... . . .. . . . . ... .. . . ....... ... ... .. . . . . ... . . .... ..... . . . ... . . .. . . . . ... . ........... . . .. . . . . .. . .. .. . .. .... . .. . ... . .. .
lowQualScore : 1 0 0 99 0 0 55 3333 44444444 0 111 000 444 00000 3 6 6 00 1 00 666666 3 2222222222222222 66 3 3 3 7 66 4444 3 3 3 1 444 2 1 88 1 1 1 1 444 22 1 2 0000000 222 111 33 9 9 9 7 555 5 3 3333 33333 3 3 9 444 5 0 44 7 3 7 7 777 7 99999999999 7 7 77 7 7 9 9 99 9 22 22 1 22 4444 3 66 3 888 6 00 0
consensus : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---TTTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT--T------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
Reference ( gi|2 ) : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---TTTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT--T------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAG-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|3 : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GG-AGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-AT----TTT-T---GAAAACC--A--TCA-TCC-T-AGTT-CCTA-GTTT--T------AT-TAT---------------ATAAC-AT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATAAAGTA-GTTT---GAAGCTAAT-TTCAA-TAGTATCATGAT-T-GCT-T---TA---CCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--------------TCATTT-A-TTA-TATTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTG----CCA---CAA-C--AT-CCACTATT-AT-TA-TT---CACCCTTC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACGG----CC-TA--TAAAGG-C---GG-A--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|6 : cttTTTGCTAAGGAGTGTTTTGATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG---ATGTCA------CGCATATT-ATA----TTGT---GAAAACC--T--TCACTCCTT-AGTT-CCTATGTTT--T------ATATAT----------------TAACTAT--TT-A-T-GTACCA--ATA--A---GC-TG-GA--GAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T--CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCA----CTTTGCCCGT-AAA-T-TGTCATTTCA-TTATT-TTTATGTGAA-TA----AA-----T-A-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AG-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-GCA--GC-AAA-TAAC--A-G--C-TG--CGG--AAA-TG--AC
gi|11 : tttTTTGCTGAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-AGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---TTTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT--T------AT-CAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTATCACGAT-T-GCT-TAAAAA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTCTG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TTA-
gi|21 : ttTTTGGTAAGGAATGTTTTTATTA-TGTCTGG-T--AG-TTT
gi|1 : cttttAGGAGTGTTTT-ATTAGTGATTGGGTCAAG-TTTTGGTTATGCGGCTGGGGAGGTCTT--AGTAAGGGTAA------CG-ATAGTAATA---TTTGT---GAAAACCTAT--TCATTCC-TCAGTT-CCTATGTTT--T------AT-TAT----------------TAACTATTATT-A-T-GTA-CGACATA--A-TGGC-TGAGGGTGA--TACGTTT---GAGACTTAT-TTCAATT-GTATTGAGACAT-GCTAA---TACCACCTA-ACCTCC-------CCAG---CATGC--CGTAAAA-TGTGTCATTT-A--TA----TTATGTGAA-T-----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-ACC--AT-CCACTATTCAT-TATTT---CACCC-TC------ATTA-TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TATG--C-TG--CGG--AAATTG--ACAG----CC-TA--T-AAGG-CTATTA-T--TTT-G-AAAAAGAAGTTGGA
gi|4 : tgttTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---TTTGT---GAAAACC--T--TCA-TCT-T-A----------------------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTAACATGAA-T-GCT-T---AA--ACCCT-ACAT-C-------CCAG---CTTTT--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-GT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GCAAAA-AAAC-TA-G--C-AG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|5 : TTTTATTT-TGACTGG-T--AG-ATTTTGTCATGCGACT-GGAAAGTCTG--AG--CATGT-A------CG-ATA-A-ATA---TATGT---GAAATCC--T--TCA-TCC-T-AGTT-ACTATGTTT--T------AT-TGTTTTGTGTTTTATTGTATAAGTAT--TT-A-C-TTA-CA--ATG--T-T-GT-TG-AGATGAAGTA-TTTT---GA--CTATT-TTTAA-T-GTATCAT--T-T-GTT-T---TA--ACCTT-ACCTACAGATGTACTAG---GTTAG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TAA-T-TTTAAGGGAC-TA----AA-----TGA-CTTTC-AACCA---C-A-C--AT-CC-TGATT-AT-CATTT-------T-TC-------T---T-----------------C-T-----C-T-----G--AAA-TG--ACAG----CT-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTG-GAAAA
gi|8 : TTTACCA-TGATT---T--CGCTTTTTATTATGGGACT-GGGAGGT-------------------------ATA---ATA---TTCGT---GTAATTC--G--TCA-TCC---AGTT-GAGATGGTT--T------AT-CAT---------------TTCATCGT--TTTA-T-ATA-CA--ATG--T-T-AC-TG-GGATGGAATA--TTT---AAGGTTATT-TTCGA-T-GCATCAAAGT-TCACT-T---TT--ATCTT-ACC--C-------CTAGTTTCTTT-----------T-TATTGTTT-A-TCA-T-TTCATGC-AA-GA----AA-----TAATCTT---AACCA---C-A-C--
gi|7 : tgTTTGTTATGCGGCT-TGGAGGTCTT--AG--AATGT-AGACCTACG-ATA-T-ATA---TTTGT---GAAAAAC-------A-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT--T------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATATAA-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAAACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---CA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA--------------------AA-----TGA-CTTTC-AGCCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TATAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATttttttttaaaaatatcatttttcacaaaattctgacagtcaaaaagtagaagatttttaaagaaaaaaatatgag
gi|12 : GAAATCTT--AC--ATAAT-A------TT-ATA-A-ATA---CTTATTCTGAAAACC--T--TCA-TCC-T-ACTT---TA----T--T------AT-TAT---------------ATAATCAT--TT-A-TCGTA-CA--TT-----T-TC-TA-GGAT---CTA-TTTT---CA----AAT-T---G-T-TTTTTATGGT----CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------TCAT---TTTT---------A-T-GGTCA-TC-A-TTA-T-TTTAAAT-AT-TA----AA-----T-A-CTTTC-GG-CA---C-A-C--ATACC-CTGCT-GA-TATTT-----TCC-TCGGCGCAAT---AA-G-A--GC-AAA-A
gi|9 : GGTCTTTTAG--ATTGT-AGC----CG--TA-T-ATAGTTTTCGT---GAAAACC--TGATCA-TCC-T-AGTTTCCTATGTTTCTT------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-ACT-GTAGCA--ATA--ACT-GCCTG-GGATGAAGTA-GTTTTAGGAGAATAATCTTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTTAACCC-T-------CCAGC--CTCTG--CGT-AAATT-TGTCATTT-A-TTA-T-TTT-TGTGAAGTAC---AAT----TGA-CTTGC-AA-CA---C-A-A--CT-CC-CTATT--T---TTT---TACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAATGAACTTA-G--CTTG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---
gi|15 : cT---GAAAACC--T--TCA-TTC-T-AGTT-CCTATGTTT--TTAAATTAT-TAC---------------ATAACTAT--TT-A-T-ATA-CA--ATG--T-T-GC-TG-GGATGTATTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCGTGGC-T-GCT-T---TA--ATCTT-ACCT-C-------CCA
gi|10 : ------AT-TAT---------------ATAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTAATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTTGGAAAAAAGAAATT
gi|19 : AGGTG-TTTT---GAGCTTCTT-TTCAA-T-AT-------T-T-GCT-T---GA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---GATTG--CGT-AAA-T-TGTCATGC-A-TCA-T-TTCAAGAAAA-TA----AA-----CGA-C
gi|14 : atGT-GAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AAATAAATAA-CTTTC-AACCA---T-A-C--AT-CC-CTATT-AA-TATTT---CCCCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----TC-TA--TAAAGG-C---GA-T--
gi|13 : GT-GAA-T-TGTCATTT-ACTTA-T-TTTATGTAAA-TATAAAGA-----TGAACTTCCCAACCA---C-ATC--AT-CC-CTGTT-ATGTATT----CACCC-CC------TTCCATA-G-A--GC-AAA-AAAC-T--G--C--G--CGGAAAAA-TGACACAGCAGCCC-TA--TAAA---C---GA-TTATTT-GAAAAAAAAAAaattggattataaag
gi|16 : gccct-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTTC-AA--------A-C---T-CC-CTATT-AT-TACACACACACCC-CC------AT----A-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-CG--ACAG----CC-TA--TAAAGA-C---GA-T--GTT-GAAAAATGAAATTGGAagaaat
gi|17 : TGTGAAATA----AA-----TGA-CTTGC-AACCAACAT-A-C--AT-CT-CTATT-TA-TATTT---CACCT-TC------AT---TAAG-AAGGC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--ATA-TG--A-AG----TCATAATTAAGAG-C---GA-T--TTT-TGAAAAAGAAg
gi|18 : ACCA---C-T-CCAAT-CC-CTATT-AT-TATTT---C-CCC-TCCA----AT---TA-G-A--GC-AAA-ACAC-TA-GACC-TGCACGG--AAA-TG--ACAGC---CC-TA--TAAAGGCC---GATT--TTT-GAAAAAAGAAATTG
gi|20 : CCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTC---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222222222222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 55 55 55555555 3 777 666 3 555 88888 6 3 3 33 1 7777777777777777777777 3 44 3 3 3 6 44 6666 3 3 3 2 555 2 2 2 2 2 2 555 33 2 5 9999999 888 555 2 2 2 2 2 222 5 7777 88888 5 3 2 444 2 4 33 2 5 2 2 444 2 000000 777 2 2 33 2 2 2 2 33 2 33 33 2 33 9999 3 44 3 555 3 44 3
lowQualScore : . . .. . . .. .. ........ . ... ... . ... ..... . . . .. . ...................... . .. . . . . .. .... . . . . ... . . . . . . ... .. . . ....... ... ... . . . . . ... . .... ..... . . . ... . . .. . . . . ... . ...... ... . . .. . . . . .. . .. .. . .. .... . .. . ... . .. .
lowQualScore : 4 4 11 4 4 00 00 99999999 6 555 444 6 888 44444 7 3 3 88 2 3333333333333333333333 1 22 1 1 1 2 22 2222 1 1 1 9 000 9 9 9 9 9 9 000 99 9 7 3333333 555 888 7 7 7 7 5 777 0 8888 88888 0 3 7 111 4 7 22 5 0 5 5 444 5 666666 888 5 5 44 5 5 7 7 77 7 99 99 9 99 6666 1 22 1 444 3 66 6
consensus : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
Reference ( family-4631 ) : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|1 : AGGAGTGTTTT-ATTAGTGATTGGGTCAAG-TTTTGGTTATGCGGCTGGGGAGGTCTT--AGTAAGGGTAA------CG-ATAGTAATA---T-TTGT---GAAAACCTAT--TCATTCC-TCAGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTAT--TAACTATTATT-A-T-GTA-CGACATA--A-TGGC-TGAGGGTGA--TACGTTT---GAGACTTAT-TTCAATT-GTATTGAGACAT-GCTAA---TACCACCTA-ACCTCC-------CCAG---CATGC--CGTAAAA-TGTGTCATTT-A--TA----TTATGTGAA-T-----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-ACC--AT-CCACTATTCAT-TATTT---CACCC-TC------ATTA-TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TATG--C-TG--CGG--AAATTG--ACAG----CC-TA--T-AAGG-CTATTA-T--TTT-G-AAAAAGAAGTTGGA
gi|10 : tgtt------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTAATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTTGGAAAAAAGAAATT
gi|11 : TTTGCTGAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-AGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATCATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTATCACGAT-T-GCT-TAAAAA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTCTG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TTA-
gi|12 : ttGAAATCTT--AC--ATAAT-A------TT-ATA-A-ATA---C-TTATTCTGAAAACC--T--TCA-TCC-T-ACTT---TA----T---------------T------ATTATA-TAATCAT--TT-A-TCGTA-CA--TT-----T-TC-TA-GGAT---CTA-TTTT---CAAATTGTT-TT---------TTATGGT----CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------TCAT---TTTT---------A-T-GGTCA-TC-A-TTA-T-TTTAAAT-AT-TA----AA-----T-A-CTTTC-GG-CA---C-A-C--ATACC-CTGCT-GA-TATTT-----TCC-TCGGCGCAAT---AA-G-A--GC-AAA-A
gi|13 : GT-GAA-T-TGTCATTT-ACTTA-T-TTTATGTAAA-TATAAAGA-----TGAACTTCCCAACCA---C-ATC--AT-CC-CTGTT-ATGTATT----CACCC-CC------TTCCATA-G-A--GC-AAA-AAAC-T--G--C--G--CGGAAAAA-TGACACAGCAGCCC-TA--TAAA---C---GA-TTATTT-GAAAAAAAAAA
gi|14 : gccctGT-GAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AAATAAATAA-CTTTC-AACCA---T-A-C--AT-CC-CTATT-AA-TATTT---CCCCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----TC-TA--TAAAGG-C---GA-T--agaaat
gi|15 : T---GAAAACC--T--TCA-TTC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------TTAAATTATTACA-TAACTAT--TT-A-T-ATA-CA--ATG--T-T-GC-TG-GGATGTATTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCGTGGC-T-GCT-T---TA--ATCTT-ACCT-C-------CCAaattggattataaag
gi|16 : -TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTTC-AA--------A-C---T-CC-CTATT-AT-TACACACACACCC-CC------AT----A-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-CG--ACAG----CC-TA--TAAAGA-C---GA-T--GTT-GAAAAATGAAATTGGA
gi|17 : TGTGAAATA----AA-----TGA-CTTGC-AACCAACAT-A-C--AT-CT-CTATT-TA-TATTT---CACCT-TC------AT---TAAG-AAGGC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--ATA-TG--A-AG----TCATAATTAAGAG-C---GA-T--TTT-TGAAAAAGAAg
gi|18 : ACCA---C-T-CCAAT-CC-CTATT-AT-TATTT---C-CCC-TCCA----AT---TA-G-A--GC-AAA-ACAC-TA-GACC-TGCACGG--AAA-TG--ACAGC---CC-TA--TAAAGGCC---GATT--TTT-GAAAAAAGAAATTG
gi|19 : AGGTG-TTTT---GAGCTTCTT-TTCAA-T-AT-------T-T-GCT-T---GA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---GATTG--CGT-AAA-T-TGTCATGC-A-TCA-T-TTCAAGAAAA-TA----AA-----CGA-C
gi|2 : atTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAG-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|20 : CCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTC---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-
gi|21 : TTTGGTAAGGAATGTTTTTATTA-TGTCTGG-T--AG-TTT
gi|3 : cttttTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GG-AGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-AT----T-TT-T---GAAAACC--A--TCA-TCC-T-AGTT-CCTA-GTTT---------------T------ATTATA-TAAC-AT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATAAAGTA-GTTT---GAAGCTAAT-TTCAA-TAGTATCATGAT-T-GCT-T---TA---CCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--------------TCATTT-A-TTA-TATTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTG----CCA---CAA-C--AT-CCACTATT-AT-TA-TT---CACCCTTC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACGG----CC-TA--TAAAGG-C---GG-A--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|4 : cttTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCT-T-A-----------------------------------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTAACATGAA-T-GCT-T---AA--ACCCT-ACAT-C-------CCAG---CTTTT--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-GT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GCAAAA-AAAC-TA-G--C-AG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|5 : TTTTATTT-TGACTGG-T--AG-ATTTTGTCATGCGACT-GGAAAGTCTG--AG--CATGT-A------CG-ATA-A-ATA---T-ATGT---GAAATCC--T--TCA-TCC-T-AGTT-ACTATGTTTTATTGTTTTGTGTTTT------ATTGTA-TAAGTAT--TT-A-C-TTA-CA--ATG--T-T-GT-TG-AGATGAAGTA-TTTT---GA--CTATT-TTTAA-T-GTATCAT--T-T-GTT-T---TA--ACCTT-ACCTACAGATGTACTAG---GTTAG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TAA-T-TTTAAGGGAC-TA----AA-----TGA-CTTTC-AACCA---C-A-C--AT-CC-TGATT-AT-CATTT-------T-TC-------T---T-----------------C-T-----C-T-----G--AAA-TG--ACAG----CT-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTG-GAAAA
gi|6 : TTTGCTAAGGAGTGTTTTGATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG---ATGTCA------CGCATA-T--TA---TATTGT---GAAAACC--T--TCACTCCTT-AGTT-CCTATGTTT---------------T------A-TATATTAACTAT--TT-A-T-GTACCA--ATA--A---GC-TG-GA--GAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T--CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCA----CTTTGCCCGT-AAA-T-TGTCATTTCA-TTATT-TTTATGTGAA-TA----AA-----T-A-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AG-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-GCA--GC-AAA-TAAC--A-G--C-TG--CGG--AAA-TG--AC
gi|7 : tttTTTGTTATGCGGCT-TGGAGGTCTT--AG--AATGT-AGACCTACG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAAAC-------A-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATATAA-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAAACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---CA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA--------------------AA-----TGA-CTTTC-AGCCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TATAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAAT
gi|8 : TTTACCA-TGATT---T--CGCTTTTTATTATGGGACT-GGGAGGT-------------------------ATA---ATA---T-TCGT---GTAATTC--G--TCA-TCC---AGTT-GAGATGGTT---------------T------ATCATT-TCATCGT--TTTA-T-ATA-CA--ATG--T-T-AC-TG-GGATGGAATA--TTT---AAGGTTATT-TTCGA-T-GCATCAAAGT-TCACT-T---TT--ATCTT-ACC--C-------CTAGTTTCTTT-----------T-TATTGTTT-A-TCA-T-TTCATGC-AA-GA----AA-----TAATCTT---AACCA---C-A-C--
gi|9 : tgGGTCTTTTAG--ATTGT-AGC----CG--TA-T-ATAGTTT-TCGT---GAAAACC--TGATCA-TCC-T-AGTTTCCTATGTTTCT-------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-ACT-GTAGCA--ATA--ACT-GCCTG-GGATGAAGTA-GTTTTAGGAGAATAATCTTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTTAACCC-T-------CCAGC--CTCTG--CGT-AAATT-TGTCATTT-A-TTA-T-TTT-TGTGAAGTAC---AAT----TGA-CTTGC-AA-CA---C-A-A--CT-CC-CTATT--T---TTT---TACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAATGAACTTA-G--CTTG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---ttttttttaaaaatatcatttttcacaaaattctgacagtcaaaaagtagaagatttttaaagaaaaaaatatgag
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222222222222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 55 55 55555555 3 777 666 3 555 88888 6 3 3 33 1 7777777777777777777777 3 44 3 3 3 6 44 6666 3 3 3 2 555 2 2 2 2 2 2 555 33 2 5 9999999 888 555 2 2 2 2 2 222 5 7777 88888 5 3 2 444 2 4 33 2 5 2 2 444 2 000000 777 2 2 33 2 2 2 2 33 2 33 33 2 33 9999 3 44 3 555 3 44 3
lowQualScore : . . .. . . .. .. ........ . ... ... . ... ..... . . . .. . ...................... . .. . . . . .. .... . . . . ... . . . . . . ... .. . . ....... ... ... . . . . . ... . .... ..... . . . ... . . .. . . . . ... . ...... ... . . .. . . . . .. . .. .. . .. .... . .. . ... . .. .
lowQualScore : 4 4 11 4 4 00 00 99999999 6 555 444 6 888 44444 7 3 3 88 2 3333333333333333333333 1 22 1 1 1 2 22 2222 1 1 1 9 000 9 9 9 9 9 9 000 99 9 7 3333333 555 888 7 7 7 7 5 777 0 8888 88888 0 3 7 111 4 7 22 5 0 5 5 444 5 666666 888 5 5 44 5 5 7 7 77 7 99 99 9 99 6666 1 22 1 444 3 66 6
consensus : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
Reference ( family-4631 ) : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|1 : AGGAGTGTTTT-ATTAGTGATTGGGTCAAG-TTTTGGTTATGCGGCTGGGGAGGTCTT--AGTAAGGGTAA------CG-ATAGTAATA---T-TTGT---GAAAACCTAT--TCATTCC-TCAGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTAT--TAACTATTATT-A-T-GTA-CGACATA--A-TGGC-TGAGGGTGA--TACGTTT---GAGACTTAT-TTCAATT-GTATTGAGACAT-GCTAA---TACCACCTA-ACCTCC-------CCAG---CATGC--CGTAAAA-TGTGTCATTT-A--TA----TTATGTGAA-T-----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-ACC--AT-CCACTATTCAT-TATTT---CACCC-TC------ATTA-TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TATG--C-TG--CGG--AAATTG--ACAG----CC-TA--T-AAGG-CTATTA-T--TTT-G-AAAAAGAAGTTGGA
gi|10 : tgtt------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTAATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTTGGAAAAAAGAAATT
gi|11 : TTTGCTGAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-AGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATCATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTATCACGAT-T-GCT-TAAAAA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTCTG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TTA-
gi|12 : ttGAAATCTT--AC--ATAAT-A------TT-ATA-A-ATA---C-TTATTCTGAAAACC--T--TCA-TCC-T-ACTT---TA----T---------------T------ATTATA-TAATCAT--TT-A-TCGTA-CA--TT-----T-TC-TA-GGAT---CTA-TTTT---CAAATTGTT-TT---------TTATGGT----CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------TCAT---TTTT---------A-T-GGTCA-TC-A-TTA-T-TTTAAAT-AT-TA----AA-----T-A-CTTTC-GG-CA---C-A-C--ATACC-CTGCT-GA-TATTT-----TCC-TCGGCGCAAT---AA-G-A--GC-AAA-A
gi|13 : GT-GAA-T-TGTCATTT-ACTTA-T-TTTATGTAAA-TATAAAGA-----TGAACTTCCCAACCA---C-ATC--AT-CC-CTGTT-ATGTATT----CACCC-CC------TTCCATA-G-A--GC-AAA-AAAC-T--G--C--G--CGGAAAAA-TGACACAGCAGCCC-TA--TAAA---C---GA-TTATTT-GAAAAAAAAAA
gi|14 : gccctGT-GAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AAATAAATAA-CTTTC-AACCA---T-A-C--AT-CC-CTATT-AA-TATTT---CCCCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----TC-TA--TAAAGG-C---GA-T--agaaat
gi|15 : T---GAAAACC--T--TCA-TTC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------TTAAATTATTACA-TAACTAT--TT-A-T-ATA-CA--ATG--T-T-GC-TG-GGATGTATTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCGTGGC-T-GCT-T---TA--ATCTT-ACCT-C-------CCAaattggattataaag
gi|16 : -TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTTC-AA--------A-C---T-CC-CTATT-AT-TACACACACACCC-CC------AT----A-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-CG--ACAG----CC-TA--TAAAGA-C---GA-T--GTT-GAAAAATGAAATTGGA
gi|17 : TGTGAAATA----AA-----TGA-CTTGC-AACCAACAT-A-C--AT-CT-CTATT-TA-TATTT---CACCT-TC------AT---TAAG-AAGGC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--ATA-TG--A-AG----TCATAATTAAGAG-C---GA-T--TTT-TGAAAAAGAAg
gi|18 : ACCA---C-T-CCAAT-CC-CTATT-AT-TATTT---C-CCC-TCCA----AT---TA-G-A--GC-AAA-ACAC-TA-GACC-TGCACGG--AAA-TG--ACAGC---CC-TA--TAAAGGCC---GATT--TTT-GAAAAAAGAAATTG
gi|19 : AGGTG-TTTT---GAGCTTCTT-TTCAA-T-AT-------T-T-GCT-T---GA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---GATTG--CGT-AAA-T-TGTCATGC-A-TCA-T-TTCAAGAAAA-TA----AA-----CGA-C
gi|2 : atTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAG-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|20 : CCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTC---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-
gi|21 : TTTGGTAAGGAATGTTTTTATTA-TGTCTGG-T--AG-TTT
gi|3 : cttttTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GG-AGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-AT----T-TT-T---GAAAACC--A--TCA-TCC-T-AGTT-CCTA-GTTT---------------T------ATTATA-TAAC-AT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATAAAGTA-GTTT---GAAGCTAAT-TTCAA-TAGTATCATGAT-T-GCT-T---TA---CCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--------------TCATTT-A-TTA-TATTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTG----CCA---CAA-C--AT-CCACTATT-AT-TA-TT---CACCCTTC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACGG----CC-TA--TAAAGG-C---GG-A--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|4 : cttTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCT-T-A-----------------------------------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTAACATGAA-T-GCT-T---AA--ACCCT-ACAT-C-------CCAG---CTTTT--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-GT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GCAAAA-AAAC-TA-G--C-AG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|5 : TTTTATTT-TGACTGG-T--AG-ATTTTGTCATGCGACT-GGAAAGTCTG--AG--CATGT-A------CG-ATA-A-ATA---T-ATGT---GAAATCC--T--TCA-TCC-T-AGTT-ACTATGTTTTATTGTTTTGTGTTTT------ATTGTA-TAAGTAT--TT-A-C-TTA-CA--ATG--T-T-GT-TG-AGATGAAGTA-TTTT---GA--CTATT-TTTAA-T-GTATCAT--T-T-GTT-T---TA--ACCTT-ACCTACAGATGTACTAG---GTTAG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TAA-T-TTTAAGGGAC-TA----AA-----TGA-CTTTC-AACCA---C-A-C--AT-CC-TGATT-AT-CATTT-------T-TC-------T---T-----------------C-T-----C-T-----G--AAA-TG--ACAG----CT-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTG-GAAAA
gi|6 : TTTGCTAAGGAGTGTTTTGATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG---ATGTCA------CGCATA-T--TA---TATTGT---GAAAACC--T--TCACTCCTT-AGTT-CCTATGTTT---------------T------A-TATATTAACTAT--TT-A-T-GTACCA--ATA--A---GC-TG-GA--GAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T--CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCA----CTTTGCCCGT-AAA-T-TGTCATTTCA-TTATT-TTTATGTGAA-TA----AA-----T-A-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AG-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-GCA--GC-AAA-TAAC--A-G--C-TG--CGG--AAA-TG--AC
gi|7 : tttTTTGTTATGCGGCT-TGGAGGTCTT--AG--AATGT-AGACCTACG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAAAC-------A-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATATAA-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAAACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---CA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA--------------------AA-----TGA-CTTTC-AGCCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TATAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAAT
gi|8 : TTTACCA-TGATT---T--CGCTTTTTATTATGGGACT-GGGAGGT-------------------------ATA---ATA---T-TCGT---GTAATTC--G--TCA-TCC---AGTT-GAGATGGTT---------------T------ATCATT-TCATCGT--TTTA-T-ATA-CA--ATG--T-T-AC-TG-GGATGGAATA--TTT---AAGGTTATT-TTCGA-T-GCATCAAAGT-TCACT-T---TT--ATCTT-ACC--C-------CTAGTTTCTTT-----------T-TATTGTTT-A-TCA-T-TTCATGC-AA-GA----AA-----TAATCTT---AACCA---C-A-C--
gi|9 : tgGGTCTTTTAG--ATTGT-AGC----CG--TA-T-ATAGTTT-TCGT---GAAAACC--TGATCA-TCC-T-AGTTTCCTATGTTTCT-------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-ACT-GTAGCA--ATA--ACT-GCCTG-GGATGAAGTA-GTTTTAGGAGAATAATCTTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTTAACCC-T-------CCAGC--CTCTG--CGT-AAATT-TGTCATTT-A-TTA-T-TTT-TGTGAAGTAC---AAT----TGA-CTTGC-AA-CA---C-A-A--CT-CC-CTATT--T---TTT---TACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAATGAACTTA-G--CTTG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---ttttttttaaaaatatcatttttcacaaaattctgacagtcaaaaagtagaagatttttaaagaaaaaaatatgag
blockSeqs : . . . C . TT . AGACCTA C T GTT A TCT TGA C T . TC T TATTGTTTTGTGTTTT T . T C C C . TAA . C . . TAG C . A . C . AAA . A A AGATGTA TTT GCC . T . C C TA A TAAA ATAAA A G C ACA A T CA A A . G ACA T GGCGCA CCA A C AG A T T . AC T CA AA . AC CAGC A AT C . T TA G
blockSeqs : . . . . . . . AGC . A . . . T . . . C T TTAAATT . . . . . G . AC . . . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . TT G C T T T . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CA . T . . . T . . . C T CTT . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . T . . . C T T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . T . . . C T T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . A . . . A . . . A T T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . T . . . C T T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . T . . . T . . . C T T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . T . . . G . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** ** A******* T** T**** ** ** ** T** *** ***
originalCons : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
finalCons : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGTA-------CG-ATAT--ATA---T-TTGT---GAAAACCT----TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTAT--TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 2222222222222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 66 4 4 55 55 55555555 3 777 666 3 555 88888 6 3 3 33 1 7777777777777777777777 3 44 3 3 3 6 44 6666 3 3 3 2 555 2 2 2 2 2 2 555 33 2 5 9999999 888 555 2 2 2 2 2 222 5 7777 88888 5 3 2 444 2 4 33 2 5 2 2 444 2 000000 777 2 2 33 2 2 2 2 33 2 33 33 2 33 9999 3 44 3 555 3 44 3
lowQualScore : . . .. . . .. .. ........ . ... ... . ... ..... . . . .. . ...................... . .. . . . . .. .... . . . . ... . . . . . . ... .. . . ....... ... ... . . . . . ... . .... ..... . . . ... . . .. . . . . ... . ...... ... . . .. . . . . .. . .. .. . .. .... . .. . ... . .. .
lowQualScore : 4 4 11 4 4 00 00 99999999 6 555 444 6 888 44444 7 3 3 88 2 3333333333333333333333 1 22 1 1 1 2 22 2222 1 1 1 9 000 9 9 9 9 9 9 000 99 9 7 3333333 555 888 7 7 7 7 5 777 0 8888 88888 0 3 7 111 4 7 22 5 0 5 5 444 5 666666 888 5 5 44 5 5 7 7 77 7 99 99 9 99 6666 1 22 1 444 3 66 6
consensus : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
Reference ( family-4631 ) : TTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|1 : AGGAGTGTTTT-ATTAGTGATTGGGTCAAG-TTTTGGTTATGCGGCTGGGGAGGTCTT--AGTAAGGGTAA------CG-ATAGTAATA---T-TTGT---GAAAACCTAT--TCATTCC-TCAGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTAT--TAACTATTATT-A-T-GTA-CGACATA--A-TGGC-TGAGGGTGA--TACGTTT---GAGACTTAT-TTCAATT-GTATTGAGACAT-GCTAA---TACCACCTA-ACCTCC-------CCAG---CATGC--CGTAAAA-TGTGTCATTT-A--TA----TTATGTGAA-T-----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-ACC--AT-CCACTATTCAT-TATTT---CACCC-TC------ATTA-TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TATG--C-TG--CGG--AAATTG--ACAG----CC-TA--T-AAGG-CTATTA-T--TTT-G-AAAAAGAAGTTGGA
gi|10 : tgtt------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTAATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTTGGAAAAAAGAAATT
gi|11 : TTTGCTGAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-AGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATCATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTATCACGAT-T-GCT-TAAAAA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTCTG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TTA-
gi|12 : ttGAAATCTT--AC--ATAAT-A------TT-ATA-A-ATA---C-TTATTCTGAAAACC--T--TCA-TCC-T-ACTT---TA----T---------------T------ATTATA-TAATCAT--TT-A-TCGTA-CA--TT-----T-TC-TA-GGAT---CTA-TTTT---CAAATTGTT-TT---------TTATGGT----CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------TCAT---TTTT---------A-T-GGTCA-TC-A-TTA-T-TTTAAAT-AT-TA----AA-----T-A-CTTTC-GG-CA---C-A-C--ATACC-CTGCT-GA-TATTT-----TCC-TCGGCGCAAT---AA-G-A--GC-AAA-A
gi|13 : GT-GAA-T-TGTCATTT-ACTTA-T-TTTATGTAAA-TATAAAGA-----TGAACTTCCCAACCA---C-ATC--AT-CC-CTGTT-ATGTATT----CACCC-CC------TTCCATA-G-A--GC-AAA-AAAC-T--G--C--G--CGGAAAAA-TGACACAGCAGCCC-TA--TAAA---C---GA-TTATTT-GAAAAAAAAAA
gi|14 : gccctGT-GAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AAATAAATAA-CTTTC-AACCA---T-A-C--AT-CC-CTATT-AA-TATTT---CCCCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----TC-TA--TAAAGG-C---GA-T--agaaat
gi|15 : T---GAAAACC--T--TCA-TTC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------TTAAATTATTACA-TAACTAT--TT-A-T-ATA-CA--ATG--T-T-GC-TG-GGATGTATTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCGTGGC-T-GCT-T---TA--ATCTT-ACCT-C-------CCAaattggattataaag
gi|16 : -TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTTC-AA--------A-C---T-CC-CTATT-AT-TACACACACACCC-CC------AT----A-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-CG--ACAG----CC-TA--TAAAGA-C---GA-T--GTT-GAAAAATGAAATTGGA
gi|17 : TGTGAAATA----AA-----TGA-CTTGC-AACCAACAT-A-C--AT-CT-CTATT-TA-TATTT---CACCT-TC------AT---TAAG-AAGGC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--ATA-TG--A-AG----TCATAATTAAGAG-C---GA-T--TTT-TGAAAAAGAAg
gi|18 : ACCA---C-T-CCAAT-CC-CTATT-AT-TATTT---C-CCC-TCCA----AT---TA-G-A--GC-AAA-ACAC-TA-GACC-TGCACGG--AAA-TG--ACAGC---CC-TA--TAAAGGCC---GATT--TTT-GAAAAAAGAAATTG
gi|19 : AGGTG-TTTT---GAGCTTCTT-TTCAA-T-AT-------T-T-GCT-T---GA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---GATTG--CGT-AAA-T-TGTCATGC-A-TCA-T-TTCAAGAAAA-TA----AA-----CGA-C
gi|2 : atTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAG-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|20 : CCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTC---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-
gi|21 : TTTGGTAAGGAATGTTTTTATTA-TGTCTGG-T--AG-TTT
gi|3 : cttttTTTGCTAAGGAGTGTTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GG-AGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-AT----T-TT-T---GAAAACC--A--TCA-TCC-T-AGTT-CCTA-GTTT---------------T------ATTATA-TAAC-AT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATAAAGTA-GTTT---GAAGCTAAT-TTCAA-TAGTATCATGAT-T-GCT-T---TA---CCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--------------TCATTT-A-TTA-TATTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTG----CCA---CAA-C--AT-CCACTATT-AT-TA-TT---CACCCTTC------AT---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACGG----CC-TA--TAAAGG-C---GG-A--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|4 : cttTTTTATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG--AATGT-A------CG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAACC--T--TCA-TCT-T-A-----------------------------------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATA--A-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAGACTTAT-TTCAA-T-GTAACATGAA-T-GCT-T---AA--ACCCT-ACAT-C-------CCAG---CTTTT--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA-T-TTTATGTGAA-TA----AA-----TGA-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-GT-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-G-A--GCAAAA-AAAC-TA-G--C-AG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAATTGGAA
gi|5 : TTTTATTT-TGACTGG-T--AG-ATTTTGTCATGCGACT-GGAAAGTCTG--AG--CATGT-A------CG-ATA-A-ATA---T-ATGT---GAAATCC--T--TCA-TCC-T-AGTT-ACTATGTTTTATTGTTTTGTGTTTT------ATTGTA-TAAGTAT--TT-A-C-TTA-CA--ATG--T-T-GT-TG-AGATGAAGTA-TTTT---GA--CTATT-TTTAA-T-GTATCAT--T-T-GTT-T---TA--ACCTT-ACCTACAGATGTACTAG---GTTAG--CGT-GAA-T-TGCCATTT-A-TAA-T-TTTAAGGGAC-TA----AA-----TGA-CTTTC-AACCA---C-A-C--AT-CC-TGATT-AT-CATTT-------T-TC-------T---T-----------------C-T-----C-T-----G--AAA-TG--ACAG----CT-TA--TAAAGG-C---GA-T--TTG-GAAAA
gi|6 : TTTGCTAAGGAGTGTTTTGATTA-TGACTGG-T--AG-TTTTTGTTATGCGGCT-GGGAGGTCTT--AG---ATGTCA------CGCATA-T--TA---TATTGT---GAAAACC--T--TCACTCCTT-AGTT-CCTATGTTT---------------T------A-TATATTAACTAT--TT-A-T-GTACCA--ATA--A---GC-TG-GA--GAAGTA-GTTT---GAGACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T--CT-T---TA--ACCTT-ACCT-C-------CCA----CTTTGCCCGT-AAA-T-TGTCATTTCA-TTATT-TTTATGTGAA-TA----AA-----T-A-CTTGC-AACCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AG-TATTT---CACCC-TC------AT---TA-GCA--GC-AAA-TAAC--A-G--C-TG--CGG--AAA-TG--AC
gi|7 : tttTTTGTTATGCGGCT-TGGAGGTCTT--AG--AATGT-AGACCTACG-ATA-T-ATA---T-TTGT---GAAAAAC-------A-TCC-T-AGTT-CCTATGTTT---------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-A-T-GTA-CA--ATATAA-T-GC-TG-GGATGAAGTA-GTTT---GAAACTAAT-TTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---CA--ACCTT-ACCT-C-------CCAG---CTTTG--CGT-AAA-T-TGTCATTT-A-TTA--------------------AA-----TGA-CTTTC-AGCCA---C-A-C--AT-CC-CTATT-AT-TATTT---CACCC-TC------AA---TA-G-A--GC-AAA-AAAC-TA-G--C-TG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TATAGG-C---GA-T--TTT-GAAAAAAGAAAT
gi|8 : TTTACCA-TGATT---T--CGCTTTTTATTATGGGACT-GGGAGGT-------------------------ATA---ATA---T-TCGT---GTAATTC--G--TCA-TCC---AGTT-GAGATGGTT---------------T------ATCATT-TCATCGT--TTTA-T-ATA-CA--ATG--T-T-AC-TG-GGATGGAATA--TTT---AAGGTTATT-TTCGA-T-GCATCAAAGT-TCACT-T---TT--ATCTT-ACC--C-------CTAGTTTCTTT-----------T-TATTGTTT-A-TCA-T-TTCATGC-AA-GA----AA-----TAATCTT---AACCA---C-A-C--
gi|9 : tgGGTCTTTTAG--ATTGT-AGC----CG--TA-T-ATAGTTT-TCGT---GAAAACC--TGATCA-TCC-T-AGTTTCCTATGTTTCT-------------T------ATTATA-TAACTAT--TT-ACT-GTAGCA--ATA--ACT-GCCTG-GGATGAAGTA-GTTTTAGGAGAATAATCTTCAA-T-GTATCATGAT-T-GCT-T---TA--ACCTTAACCC-T-------CCAGC--CTCTG--CGT-AAATT-TGTCATTT-A-TTA-T-TTT-TGTGAAGTAC---AAT----TGA-CTTGC-AA-CA---C-A-A--CT-CC-CTATT--T---TTT---TACCC-TC------AT---TA-G-A--GC-AAATGAACTTA-G--CTTG--CGG--AAA-TG--ACAG----CC-TA--TAAAGG-C---ttttttttaaaaatatcatttttcacaaaattctgacagtcaaaaagtagaagatttttaaagaaaaaaatatgag