lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 11 2222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 1 22 111 3333333333333333333333333333333333333333333 1 11 1
lowQualScore : 5 1 11 88 7777 11 3333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555 77 2 2 111111111111 2 22 4 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 0 5 44 2 222222222222222222222222 6 5555 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 2 000000000 55 3 8 55 1 55 8888 1 00 111 8 0000000000000000000000000000000000000000000 0 00 0
lowQualScore : . . .. .. .... .. .... .......................................................................................................... ... .. . . ............ . .. . ..................................................................... ... . . .. . ........................ . .... . ............................................................................................................................................................. .... . ......... .. . . .. . .. .... . .. ... . ........................................... . .. .
lowQualScore : 5 0 77 88 0000 00 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 77 9 9 777777777777 9 99 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777 1 0 44 2 000000000000000000000000 3 3333 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 5 999999999 88 1 4 33 8 00 5555 4 00 555 0 6666666666666666666666666666666666666666666 0 88 0
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC-CTGCAGA--------GAAGTCCCA--CAACTCCGNT--AAAAT-T-C-CTG--CANAAAAGTCCCATAACTCC-----AT--CAAAATTC-----------ATT-------GCGGTG---CA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-------C-T---------CAGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTATAGTGAC-GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----C-A----T-------ATCAA----A--------ATG-----GCAG---A---------------A---TG----AT-GA-CT-AC--A-TGTAT----------A-----C----AATC---CTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---T-----TG-AGCGGGTTTCCGAGGAAT--TGCG----TCCACAAAGT-GCAA-CGG-ACGGAC-GCN-CACGTGAA-----AACAG-ATTTTTA----TGTTCC--C-TTCCA-CGTTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( gi|2 ) : ATTGATTGCTACACACAA-GCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGA--------GAAGTCCCA--CAACTTCATT--AAAAT-T-CACTG--CAGAGAAATCCCACAACTTC-----AT--CAAAATTC-----------ATT-------GCAGTG---CG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-------C-C---------CAGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTATGGTGAC-GTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----C-A----T-------ATCAA----A--------ATG-----GCAG-------------------A---TG----GT-GA-CT-AC--ACTGTAT----------A-----C----AATT---CTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---T-----TG-AGCGGGTTTCTGAGGAAT--TGCA----TCCACAAAGT-GCAA-TGG-ATGGAC-GCT-CACGTGAA-----AACAA-A-----A----TG------C-TTCCA-TGTTGTGGC-AGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGA--------GAAGTCCCA--CAACT-CATT--AAAAT-TTCACTG--CAGAGAAATCCCA-AACTTC-----AT--CAAAATTC-----------ATT-------GCAGTG---CG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-------C-C---------CAGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTATGGTGAC-GTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----C-A----T-------ATCAA----A--------ATG-----GCAG-------------------A---TG----GT-GA-CT-AC--ACTGTAT----------A-----C----AATT---CTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---T-----TG-A-CGGGTTTCTGAGGAAT--TGCA----TCCACAAAGT-GCAA-TGG-ATGGAC-GCT-CACGTGAA-----AACAA-A-----A----TG------CTTTCCATTGTTGTGGC-AGGGGACA
gi|11 : GATTGCTACGCGTAA-CCCATAATTATGTACT--TCACC---GCAG--------------------CAA---------AATGT-T-GAC-G--CAAAAAAGTCTCACAACTTC-----AG--TAGAGTTTGTCCAATCAAAATT-------GCGATG---CA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------
gi|8 : aTGTTACGCGTA--GCTGTA----TGTCCCATTC--CGCTGCAAAAA------GAGGTTTAA--CAA--TCATCCCATAAT-T-CG-TG--TA------------AACTTTGTAGAAT--CAAA-TTC---------------------GCGATG---CA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCatttaaat
gi|4 : caataaA-GCCATT----TATCCC--CCA---CTGCAGC--------AAA-----A--CAAG---GTT--GAA---------G--CACAAAAGTCCCATAACTCC-----TG--TAAAAT-C-----------AT----------GGTG---TA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTATAGT----------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACTCATGTAAAATT---------T---------G-------T----C-A----A-------ATCAA----A--------ATG-----GCAGCACAATATATCAACTACATA---TG----GT-GA-CTAAC--AAT-TAT----------A----------AATT---ATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---T-----TG-AGC-AGTTTCCAAG---T--CACA----TTTACAAAGT--CAAGTGGAACGGAC-AGG-CACCT-----------AA-ATTTTTA----TGTTCC--C-TTCCA-TGTTGCAGT-GGGGAACAgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|10 : caaattgctgctgtA-GTCATA----TGTCTC--CCGCCCCTACAAAAAAAAGTTGAAGCACCGGCTAAGTCCAAT--AA--T-T-C-CTG--TA---AAATTT-ATAAA--------AT--CAAAATT----------------------GCGGTG---CA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-------C-A---------CAa
gi|12 : caaaatggttaatcatGCACA--------AAAGTCCCA--TAACTCCTGT--ACAAT-T----TG--TAGA---------------------AT--CAAAATC----------------------GCAGTG---TA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-------CTT---------TAGCGGTTTTCAAGGAGTTGaaattcatacagtggtctctg
gi|14 : atgcatagccatatgagGCACA--------AAAGTCCCA--TAACTTTTGT--AAAAC-T----TG--TAGA---------------------AT--TAAAATG----------------------GCAGCA---TA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------cc
gi|7 : agccacaaacaaaattgaaT--AAAATGT-CCCTGTTCAACAAAATCCCATAACTCC-----TG--TAAAATTTCACGA------ATTAAAATG-GCGGCG---CA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-------T-T---------GAGCGGTTTTTGAGGACTTGTGC-CTA----------------TAAT-GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCTC---------T---------T---------G-------T----attttaa
gi|5 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtcca--AAAAT-T-GAA-G--CACA-AAGTCCCATAACTTT------TGGTAAAACTTGTAGA------ATT-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-------T-T---------GATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTTAGTG----TAGCATGTACAA--A---------GTGT----CAT-GACTC---------C---------T---------G-------T----A-AAATGT-------GTCAA----AGCAAAAAGACG-----GCAC-------------------AATATG----ATCAA-CT-AC--A---TATGGTG------A-----CT---AATC---CTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTT-----TG-AGTGGTTTTC----AAGT--TGTG----TCAACAAAGT--CAA-aaaatttgtgaact
gi|6 : cacaaacG--CACAAAAGTCCCA------------AT--CAAAATC----------------------GCGGTG---CATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-------T-A---------CACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTA-AAT-GTTGCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAATT---------CTGTAAAATTT---------G-------T----C-G----T-------ATCAA----A--------CTGTCCCCGCA--------------------A---T-----AC-GA-TC-A---A----AT----------C-----T----AATC---CTAC-AAAAT--------AATCCG---T-----TG-ATC-GGTTTCCGAGGAAT--TGCGTGCCTCCACAAAAC--CA---GG-ACGATC-GCA-CGCACGAA-----gtgtgactgaccgacacatacacacacggacactggaatttctatgtcatcttccttgttgcggttggagac
gi|3 : caaaggcaaaagctgaaAAGTCCCATAACTCCT----GT-----AGTTC-----------AATCGTAAGGGCGGTG---TA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G---------------------G---TTTTCAATGAGTTGCAA-TCACAG--TGTTCCTATATTGTT-GTA---TGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----cggacggacgcc
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtgcagcaacc-----AT--CAAAATT----------------------GCAGTG---CA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTACA-----------AAA------------TTT-------------GAACAACTC-CATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCAC--AGTGTTCCTATAGT----GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----A-G----T--------TCAATCGTA--------AGG-----GC-G-------------------G---TGTAATGT-GATCG-AC--CAAGTATGGTG------A-----CTA--AATC---CTAC-AAAACTgaa
gi|9 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaAAAATTG-----------ACG-------GCA------CA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------CGGCG-A-CTAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|7 : tcaacaaagtcccattaactcctaaagaaattgtcaaat-----------ATC-------GCGATG---CA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-------T-T---------CAGCGATCTCGAGG-AGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GTAAAATTT----C-A----CGA-----ATTAA----A--------ATG-----GCGGCGCAAT-------------A---TG----ATCAA-CT-ACGTATTGTAA----------A-----T----ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---T-----TG-AGC-GGTTTTTGAGGACT--TGTG----CCTATAATGTAGCAtaaattttaacaaaatccaataactggtttctaagaaagtctagtggggcagatggacagacatgaggatggccaacagtatttttatgtccccttccgcattatggcagaggaca
gi|16 : tagaaacgaaAGTGTTCCTAT----ACTGTAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A-----------------------T---------G-------T----G-G----A-------ATTAA----A--------ATG-----GTAG-------------------C---TG----tgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : actaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----T-T----TGTTGA--ATCAA----A--------ATG-----GCGGCGCA---------------A---T-----AT-GA-CT-A--------------------A-----C----AATT---CTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---T-----Taatatgatcaattacatactgg
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACTC---------C---------TAAAGAAATTG-------T----C-A----A-------ATAAA----ATTG-----ACG-----GCAC-------------------A---AT----AT-GA-TC-A---ACTACAT----------A-----C----GGCGA--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---A-----T--AACTGGTTTCTAAGAAA------G----TCT----AGT-GGGG-CAG-ATGGAC-AGA-CATGAGGATGGCCAACAGTATTTTTA----TGTCCC--C-TTCCG-CATTATGGC-AGAGGACA
gi|10 : CTAAGTCC----AAT-AATTC---------C---------T---------GTAAAAT-T----T-A----TAAA----ATCAA----A--------ATT-----GC-G-------------------G---TGCAATTT-GA-TC-A---ACTGTATATTGTTAATAA-----C----AATT----TGC-AAAATTTGCACAAAATTCA---T-----AC-AGT-GGTCTCTG
gi|12 : caaaatggttaatcatagtcatatgtctcccgcccctacaaaaaaaagttgaagcaccggAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------TA---CAA----TTTGTAGAATCAA----A--------ATC-----GCAGTGTAGC-------------A---TG----ATCAA-CC-ACATATTGTG-----------A-----CTAAAAATC---CTGC-AAAATTTGAACAAAATCTGC--T-----TT-AGCGGTTTTC-AAGGAGT--TGC
gi|14 : atgcatagccatatgaggcacaaAAGTCC----CAT-AACTT---------T---------T---------G-------T----A-AAAC-TTGTAGA-ATTAA----A--------ATG-----GCAGCATAAT-------------A---TG----ATCGA-CT-AC--A-TACTC----------A-----C----AACC---CTAC-AAAATTTTAAc
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaAAGCCC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------TAAAAT-A----TGTAGG--ATCAA----A--------ATT-----GCAG-------------------
gi|17 : catagccatatcctccactgccccccaaaaagttgaagcacaaAAGCTC----CAT-AACTC---------C---------T---------G-------TAAAGT-A----TGTAGG--ATCAA----A--------ATT-----GCAG-------------------tacaatatg
gi|3 : gcatagccgtgtcctccgctgccccccaaaaagttgaagcacaa-------ATCAA----A--------ATT-----GCAGTGCAAT-------------A---TT----AT-GAACT-AC--ATTTTGT----------GATTAGT----AATC---TTAC-AAAATTTGAAC-AACTCCA---TATACATGTAGC-TGTCTCTGAAGAAT--TGTA----TTCACAtacaata
gi|13 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaG----GT-GA-CT-A-------------------------------AATG---CTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---C-----TG-AGCAGTTTTCC-AAGAAT--TGCA----CTAGCAAAGT--CAA---G-TTCAACAACTGCATG-GAC-----AACAG-T-----ATTTCTGTTCCCCC-TACCA-GGTTGCAGCAAGGGGACAgtgttcctatagtgcagcaaccaagtcccataactcctgtagttcaatcgtaagggcggtgtaatgtgatcgaccaagtatggtgactaaatcctacaaaactggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|22 : T----------A-----T----AATC---CTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---T-----TT-A--GGATTTCTGAGGAGT--TCCA----TCCACAaaac
gi|23 : ----------A-----C----AATT---CTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|21 : gcaataagaaatgacta----AATC---CTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---C-----TC-AAT-GATTTCAGAGGATTTCTGTA----TTTAT--AGT-GTAA-TG
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTAAGGGAGTTCGTCAAAAGTCAAGAGTGACATACGCATGGACGGACACTGGTATTTCATGTCCCTTCTGTGTTCTTGCAGTGAGGGACAA
Unaligned ( gi|19 ): AACAAGATTGCTAAATGTGGCCATGCATATGTCCCCTGTTGCCACAAAAAATGTTGAACCACAAAAGCCGACCTAATAACTCCTTAA
Unaligned ( gi|20 ): AAGAGTAGACACAAACAAAATTGAAGCACGAGTCCCAGAACTCCCGTAAAATTCGTAGTATCAAAATCACTGA
Unaligned ( gi|24 ): AAACAAGATTGCTATGTGTAGCCATATGTTCCCTGTGGCCGCAAA
Alignments
lowQualScore : 11 1111 2222 33333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 11111 111111111 1111111 333333333333333 22222 111111
lowQualScore : 0 3 00 2222 77 1 5555 77777777777777777777777777777777777777777777 0 1 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 2 2 3 333333333333 3 3 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1 5 2 66 33333333333333333333 2 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 555 2 555 333 0 5 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 2222222 5 1 777777777777777 22222 333333 88
lowQualScore : . . .. .... .. . .... ............................................ . . . .......................................................... ... . . . ............ . . . ................................................................ .. . . . .. .................... . . ..................................................................................................................................................... .. ... . ... ... . . . . .... . .... ..... . ......... . ....... . . ............... ..... ...... ..
lowQualScore : 8 7 77 1111 99 7 0000 33333333333333333333333333333333333333333333 2 0 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000 9 9 1 333333333333 1 1 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 9 0 4 33 00000000000000000000 3 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 000 9 888 999 5 1 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 1111111 4 5 555555555555555 77777 000000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC-C-TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TCCGNTAAAATTC-N--T-GCACAAAAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTATAGT-G--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----CG------T-----A---TCAA----A--------ATG-----GCA---G---A-----------------A--T--GATC-----GACT-ACA---TGT-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCC--CCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC-C-TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TCCGNTAAAATTC-C--T-GCANAAAAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTATAGT-GACGTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----CA------T-----A---TCAA----A--------ATG-----GCA---G---A-----------------A--T--GAT------GACT-ACA---TGT-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GCNCACGTGAA-----AACAG--ATTTTTATGTTC--CCTTCCA-CG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGTA----TGTCCC--TCATCAC-TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TC-ATTAAAATTT-CACT-GCAGAGAAATCCCA-AACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTATGGT-GACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----CA------T-----A---TCAA----A--------ATG-----GCA---G---------------------A--T--GGT------GACT-ACAC--TGT-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGA-CGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG-----CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCATA----TGTCTC--CCGCC-CCTACAAAAAAAAGTTGAAGCACCGGCTAAG--TCCAATAA--TTC-C--T-G--TAAAATTT--ATAAA------------------ATCAAAAT--------T----------------------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCATAATTATGTACT--TCACC----GCAGC--------AAAAT---------------GTTGA---------C-GCAAAAAAGTCTCACAACTTC---------------AGTAGAGT--------TTGTCCAATCAAAATT-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : a-GCACAAAAGTCCCATAACTCCTGTACAATTTGTAGAATCAAAAT--------C----------------------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccatatgag--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGCAGTTTTCCAAG-AATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAG---TATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCA--CAA-------ACAAAATTG-A--A-GCACAAAAGTCCCATAACTTT---------------TGTAAAAC--------TTGTAGA------ATTAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agAAGTCCCAT-AACTT---------T---------T---------G-------T----AAAACTTGT-----AGAATTAA----A--------ATG-----GCA---G---C-----------------A--T--AATATGATCGACT-ACA---TAC-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaa-GCACAAAAGCCCCATAACTCC---------------TGTAAAATATGTAGGATCAAA--------ATT-------G---CAGTACA-A-TATG
gi|16 : catagccatatcctccactgccccccaaaaagttgaaACTAAGTGTTCCTATACT-G---TAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTCCAT-A-----------------------T---------G-------T----GG------A-----A---TTAA----A--------ATG-----GTAGCTG---AAT---------------A--T--GATC-----AATT-ACA---T
gi|17 : AAGCTCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------TAAAGTA------TGTAGGA---TCAA----A--------ATT-----GCA---G---actgg
gi|18 : gcatagccgtgtcctccgctgccccccaaaaagttgaagcacaaGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGT-C--CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACAtacaata
gi|2 : ttttaagTTGATTGCTACACACAA-GCCGTA----TGTCCC--TCATCAC-TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TTCATTAAAATTCAC--T-GCAGAGAAATCCCACAACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTATGGT-GACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----CA------T-----A---TCAA----A--------ATG-----GCA---G---------------------A--T--GGT------GACT-ACAC--TGT-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG------CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACAa
gi|20 : aAGTCCCA--GAAC--TCCCGTAAAATTC-G--TAGTATCAAAATC
gi|21 : aagagtagacacaaacaaaattgaagcacg--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTA--GGATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : A---G---A-----------------A------AT------GACT-A---------------AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataGATTGCTATGTGT-A-GCCATA----TGTTCC--
gi|3 : aaacaaCAGACT------GAAGTCCCA--TA-----CCGGTAAA--TA-C--T-GTAAAAA--TTTGTTGA-------------------ATCAAAAT--------T----------------------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTACA-----------AAA------------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCAC--AGTGTTCCTATAGT----GCAG--------------CAACCAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----AG------T---------TCAATCGTA--------AGG-----GCG---GTGTA-----------------ATGT--GATC-----GAC---CA---AGT-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaaAAGTCCCATAACTCCT--------------GT---AGT--------TC-----------AATCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTATATT-GTTGTA---TGTACAA--ATTCAACAAAGATCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----ggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtgcagcaaccATTGCTGC-TGTA--GCCATT----TATCCC--CCAC----TGCAGC--------AAA-----A--CAAG-----GTTGAA----------GCACAAAAGTCCCATAACTCC---------------TGTAAAAT---------C-----------AT-------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTATAGT----------------A--ATTCAACTAAGTTCCAT-AACTCATGTAAAATT---------T---------G-------T----CA------A-----A---TCAA----A--------ATG-----GCA---GC--ACAATATATCAACTACATA--T--GGT------GACTAACA---ATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTC--CCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACAgaa
gi|5 : caaAAAATTG-A--A-GCACAAA-GTCCCATAACTTTTG-------------GT-AAAAC--------TTGTAGA------ATT-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTTAGT----GTAGCATGTACA-----------AAGTGTCAT-GACTC---------C---------T---------G-------T----AAAATG--T-----G---TCAA----AGCAAAAAGACG-----GCA---C---AAT---------------A--T--GATC-----AACT-ACA---TATGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCA--TCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : cacaaac-GCACAAAAGTCCCA----------------------ATCAAAAT--------C----------------------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGT--TAAATGTTGCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCCCAT-AAATT---------CTGTAAAATTT---------G-------T----CG------T-----A---TCAA----A--------CTGTCCCCGC--------A-----------------A--T---AC------GATC-AAA---TCT-----------A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACGAA-----
gi|7 : caaaggcaaaagctgaa-----------ATC-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT------------------------TCAACAAAATCCCAT-AACTC---------C---------T---------GTAAAATTT----CA------CGA---A---TTAA----A--------ATG-----GCG---GCGCAAT---------------A--T--GATC-----AACT-ACGTATTGT-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacggacgcc
gi|8 : tagaaacgaaTGTTACGCGTA--GCTGTA----TGTCCCATTC-CG-C-TGCAAAAA------GAGGTTTAA--CAATCATCCCATAA--TTC-G--T-G--TAAACTTTGTAGAA--------------------TCAAA-T--------TC---------------------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCCCAT-AACTC---------C---------T---------G-------T----TT------TGTTGAA---TCAA----A--------ATG-----GCG---GCGCA-----------------A--T---AT------GACT-A---------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCCCATTAACTC---------C---------TAAAGAAATTG-------T----CA------A-----A---TAAA----ATTG-----ACG-----GCA---C---A-----------------A--TATGATC-----AACT-ACA---TAC-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAA-CTGGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCC--CCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AACAAGATTGCTAAATGTGGCCATGCATATGTCCCCTGTTGCCACAAAAAATGTTGAACCACAAAAGCCGACCTAATAACTCCTTAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555 33333333 1111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 0 3 66 9999 2 0 66 66666666666666666666666666666666 55 77777777 5 9999999 99 33 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555 444 2 2 3 333333333333 3 3 2 000000000000 2222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1 5 5 66 0 8888888888888888888 2 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 99999999 99999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 555 2 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . . .. .... . . .. ................................ .. ........ . ....... .. .. . .................................................. ... . . . ............ . . . ............ ................................................. .. . . . .. . ................... . . .......................................................... .... ........ ..... ......................................................... .. ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 8 7 33 4444 9 1 11 55555555555555555555555555555555 00 55555555 7 6666666 11 44 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999 777 7 7 1 333333333333 1 1 8 444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555 22 9 0 2 11 1 7777777777777777777 3 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777 55555555 11111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 000 9 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC----C----------TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TCCGNTAAAATTN--A-T-GCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCG-TCCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C--GN---ATCAA----A--------ATG-----GCA---GC---A--A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC----C----------TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TCCGNTAAAATTC--N-T-GCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCG-TCCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C--GT---ATCAA----A--------ATG-----GCA---G----A--A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGTA----TGTCCC--TCATCA---C----------TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--T-CATTAAAATTTCAC-T-GCA-GAG--AAATCCCA-AACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C--AT---ATCAA----A--------ATG-----GCA---G-------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCATA----TGTCTC--CCGCC----CC---------TACAAAAAAAAGTTGAAGCACCGGCTAAG--TCCAATAA--TTC--C-T-GTA---A--AATTT--ATAAA------------------ATCAAAAT--------T----------------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGT-TA-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCATAATTATGTACT--TCACCGCAGCAAAATGTTGACGCAAA--------AAAGTCTCA--CAAC--TTCAGTAGAGTTT--G-T---------------CCA----------------------ATCAAAAT--------T----------------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : a-GCA-CAA--AAGTCCCATAACTCCTGTACAATTTGTAGAATCAAAAT--------C----------------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGT-GA-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccatatgag--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCA--CAA-------ACAAAATTG--A-A-GCA-CAA--AAGTCCCATAACTTT---------------TGTAAAAC--------TTGTAGAATTAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agAAGTCCCAT-AACTTTTGTAAAAC---------T---------T---------GT---------A--GA---ATTAA----A--------ATG-----GCA---GCATAAT-A--T--G-ATCGACTACA-T---A--------------C-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaA-GCCATA----T---CC--TC-CA----C----------TGC----------------CCCC--CAA---------AAAGTTG--A-A-GCA-CAA--AAGCCCCATAACTCC---------------TGTAAAATATGTAGGATCAAA--ATT-------G---CAGTACA-A-TATG
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACTG---TAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTCCAT-A--------------------------------T---------GT---------G--GA---ATTAA----A--------ATG-----GTAGCTG----AATA--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGTG----T---CC--TC-CG----C----------TGC----------------CCCC--CAA---------AAAGTTG--A-A-GCA-CAA--AAGCTCCATAACTCCTGTAAAGTATGTAGGATCAAA-----------------ATT-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|2 : ttttaagTTGATTGCTACACACAA-GCCGTA----TGTCCC--TCATCA---C----------TGCAGA--------GAAGTCCCA--CAAC--TTCATTAAAATTC--ACT-GCA-GAG--AAATCCCACAACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTG-TCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C--AT---ATCAA----A--------ATG-----GCA---G-------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACAa
gi|20 : aAAAATTG--A-A-GCA-CGA----GTCCCAGAACTCC---------------CGTAAAAT--------TC-----GT
gi|20 : aagagtagacacaaacAGTCCCA--GAAC--TCCCGTAAAATTC--G-TAGTATCAA--AAagtatcaaaatcactga
gi|21 : aagagtagacacaaacaaaattgaagcacg--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTtcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCATA----TGTTCC--
gi|3 : aaacaaCAGACT------GAAGTCCCA--TA-----CCGGTAAA--TA--C-T-GTA---A--AAATTTGTTGA-------------------ATCAAAAT--------T----------------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGT-GA-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTA-TTCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------A--GT----TCAATCGTA--------AGG-----GCG---GTGT-A--ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaa-T-GCAGCAACCAAGTCCCATAACTCCT--------------GT---AGT--------TC-----AATCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGT-GA-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCA-ATCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------ggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagATTGCTGC-TGTA--GCCATT----TATCCC--CCAC----------------TGCAGC--------AAA-----A--CAAG-----GTTGAA----------GCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------TGTAAAAT---------C-----AT-------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGC-AA------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTC-CCCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTCCAT-AACT---------CATGTAAAATT---------T---------GT---------C--AA---ATCAA----A--------ATG-----GCA---GCAC-A--A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACAgaa
gi|5 : caaAAAATTG--A-A-GCA-CAA--A-GTCCCATAACTTTTG-------------GT-AAAAC--------TTGTAGAATT-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCA-TCCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGTCAT-GACT---------C---------C---------T---------GTAAAA-----T--GT---GTCAA----AGCAAAAAGACG-----GCA---C----AATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : cacaaac-GCA-CAA--AAGTCCCA----------------------ATCAAAAT--------C----------------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A-----------GATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTG-TCCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCCCAT-AAAT---------T---------CTGTAAAATTT---------GT---------C--GT---ATCAA----A--------CTGTCCCCGCA---A----T--A--C--G-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggcaaaagctgaa-----ATC-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGT-GA-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCG-TCCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GTAAAATTTCAC--GA---ATTAA----A--------ATG-----GCG---GCGCAAT-A--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|8 : tagaaacgaaTGTTACGCGTA--GCTGTA----TGTCCCATTC-CG----C----------TGCAAAAA------GAGGTTTAA--CAATCATCCCATAA--TTC--G-T-GTA---------------AACTTTGTAGA----------ATCAAA-T--------TC---------------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTT-AA-C-AA-AATCCtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCCCAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------TTTGTTGAATCAA----A--------ATG-----GCG---GCGC-A--A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCCCATTAACT---------C---------C---------TAAAGAAATTGT---------C--AA---ATAAA----ATTG-----ACG-----GCA---C----A--A--TATG-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AACAAGATTGCTAAATGTGGCCATGCATATGTCCCCTGTTGCCACAAAAAATGTTGAACCACAAAAGCCGACCTAATAACTCCTTAA
Alignments
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666666666666 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 0 3 88 0000 4 1 66 8888888888888888888888888888888888 55 1 11 55 33 0 3 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 2 2 2 111111111111 2 22 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 6666 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 7777 55 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 555 2 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . . .. .... . . .. .................................. .. . .. .. .. . . . ...................................................... ... . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . ........................................................ . .... .. .. ........................................................ .. ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 8 7 22 6666 5 4 99 1111111111111111111111111111111111 55 0 11 00 44 8 5 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 5 5 9 777777777777 9 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 5555 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7777 00 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 000 9 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACG-CTGCAGA--GAAGTCCCACAAC--T-C--TAAAG-TTGA-NGCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCG-TCCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----GAATCAA----AATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCACC-CTGCAGA--GAAGTCCCACAAC--TCCGNTAAAA-TTNA-TGCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCG-TCCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----GNATCAA----AATG--GCA--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGA--GAAGTCCCACAAC--T-CATTAAAATTTCACTGCA-GAG--AAATCCCA-AACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----ATATCAA----AATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : AAGTCCAATAAT--TCCTGTAAAA-TTTA-T------A--AA----------------------------ATCAAAAT--------T----------------------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGT-TA-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatagtcatatgtctcccgcccctacaaaaaaaagttgaagcaccggctGATTGCTACGCGTAA-CCCATAATTATGTACT--TCACC---GCAG------------CAA---------AATG-TTGA-CGCA-AAA--AAGTCTCACAACTTC---------------AGTAGAGT--------TTGTCCAATCAAAATT-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGA-GGCA-CAA--AAGTCCCATAACTCCTGTACAATTTGTAGAATCAAAAT--------C----------------------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGT-GA-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAA-------ACAAAA-TTGA-AGCA-CAA--AAGTCCCATAACTTT---------------TGTAAAAC--------TTGTAGA------ATTAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agAAGTCC----CAT-AACTTTTGTAAAAC---------T---------T---------GT---------A-----GAATTAA----AATG--GCA--G--C--ATAATA--T--G-ATCGACTACA-T---A--------------C-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaA-GCCATA----T---CC--TC-CA-CTGC----------CCCCCAA---------AAAG-TTGA-AGCA-CAA--AAGCCCCATAACTCC---------------TGTAAAATATGTAGGATCAAA--------ATT-------G---CAGTACA-A-TATG
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACT---GTAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A--------------------------------T---------GT---------G-----GAATTAA----AATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGTG----T---CC--TC-CG-CTGC----------CCCCCAA---------AAAG-TTGA-AGCA-CAA--AAGCTCCATAACTCCTGTAAAGTATGTAGGATCAAA-----------------------ATT-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|2 : ttttaagTTGATTGCTACACACAA-GCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGA--GAAGTCCCACAAC--TTCATTAAAA-TTCACTGCA-GAG--AAATCCCACAACTTC---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGT-GA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTG-TCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----ATATCAA----AATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACAa
gi|20 : aAAAA-TTGA-AGCA-CGA----GTCCCAGAACTCC---------------CGTAAAAT--------TC-----------GT
gi|21 : aagagtagacacaaac--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCATA----TGTTCC--
gi|3 : aaacaaCAGACTGAAGTCCCATA-----CCGGTAAA---TAC-TGTA---A--AAATTTGTTGA-------------------ATCAAAAT--------T----------------------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGT-GA-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTA-TTCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------A-----GT-TCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaaTAG-TGCAGCAACCAAGTCCCATAACTCCT--------------GT---AGT--------TC-----------AATCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGT-GA-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCA-ATCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------ggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctaATTGCTGC-TGTA--GCCATT----TATCCC--CCAC---TGCAG----------CAAAAC--------AAGG-TTGA-AGCA-CAA--AAGTCCCATAACTCC---------------TGTAAAAT---------C-----------AT-------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGC-AA------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTC-CCCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACT---------CATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----AAATCAA----AATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACAgaa
gi|5 : caaAAAA-TTGA-AGCA-CAA--A-GTCCCATAACTTTTG-------------GT-AAAAC--------TTGTAGA------ATT-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCA-TCCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACT---------C---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----AAAGCAA----AAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : cacaaacAAAG-CTGA-AGCA-CAA--AAGTCCCA----------------------ATCAAAAT--------C----------------------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A-----------GATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTG-TCCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAAT---------T---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----GTATCAA----ACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------ATC-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGT-GA-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCG-TCCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----GAATTAA----AATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA--AA-TCCCATAACTCC---------------TGTAAAAT--------TTCACGA------ATTAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGT-AA-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCT---------C---------T---------T---------GT---------tgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGTA----TGTCCCATTC-CG-CTGCAAAAAGAGGTTTAACAATCATCCCATAA---TTCG-TGTA---------------AACTTTGTAGA----------ATCAAA-T--------TC---------------------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTT-AA-C-AA-AATCCaaaatttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------TTTGTTGAATCAA----AATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACT---------C---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----AAATAAA----ATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AACAAGATTGCTAAATGTGGCCATGCATATGTCCCCTGTTGCCACAAAAAATGTTGAACCACAAAAGCCGACCTAATAACTCCTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222 99999999999999999999999 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 0 3 88 0000 4 1 66 4444 66666666666666666666666 44 66 2 888 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 2 2 2 111111111111 2 22 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 6666 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 555 2 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . . .. .... . . .. .... ....................... .. .. . ... . .............................................................. ... . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . ............................................................ .. .. ........................................................ .. ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 8 7 22 6666 5 4 99 6666 44444444444444444444444 22 99 7 333 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 5 5 9 777777777777 9 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 5555 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 000 9 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGAG-AG-CCCACAA-C------AAAGTT--GAA-GCA-CAA---AAGTCCCATAACTC-------C---------------NTCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGTA----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTC---TAAAGTT--GAN-GCA-CAA---AAGTCCCATAACTC-------C---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTCAT-TAAAATTTCACT-GCA-GAG---AAATCCCA-AACTT-------C---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : AAAGTT--GAA-GCA-CCGGCTAAGTCCAATAATTC-------C---------------TGTAAAAT--------TTATAAAATCAAAATT-------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatagtcatatgtctcccgcccctacaaaaaGATTGCTACGCGTAA-CCCATAATTATGTACT--TCA-C--CGCAG----------CAA--------AATGTT--GAC-GCA-AAA---AAGTCTCACAACTT-------C---------------AGTAGAGT--------TTGTCCAATCAAAATT-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aT--GAG-GCA-CAA---AAGTCCCATAACTC-------CTGTACAATTTGTAGAATCAAAAT--------C----------------------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAAAC------AAAATT--GAA-GCA-CAA---AAGTCCCATAACTT-------T---------------TGTAAAAC--------TTGTAGA------ATTAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agAAGTCC----CAT-AACTTTTGTAAAAC---------T---------T---------GT---------A-----G---AATTAAAATG--GCA--G--C--ATAATA--T--G-ATCGACTACA-T---A--------------C-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaA-GCCATA----T---CC--TC--CACTGC--------CCCCCAA--------AAAGTT--GAA-GCA-CAA---AAGCCCCATAACTC-------C---------------TGTAAAATATGTAGGATCAAA--------ATT-------G---CAGTACA-A-TATG
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACTG---TAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A--------------------------------T---------GT---------G-----G---AATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGTG----T---CC--TC--CGCTGC--------CCCCCAA--------AAAGTT--GAA-GCA-CAA---AAGCTCCATAACTC-------CTGTAAAGTATGTAGGATCAAA-----------------------ATT-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|2 : ttttaagTTGATTGCTACACACAA-GCCGTA----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTTCATTAAAATT--CACTGCA-GAG---AAATCCCACAACTT-------C---------------ATCAAAAT--------TC-----------ATT-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACAa
gi|20 : aAGAGTAGACACA-AA-C------AAAATT--GAA-GCA-CGA-----GTCCCAGAACTC-------C---------------CGTAAAAT--------TC-----------GT
gi|21 : a--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCATA----TGTTCC--
gi|3 : aaacaa---------------ATCAAAAT--------T----------------------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------A-----GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttga-GCAGCAACC-AAGTCCCATAACTC-------CT--------------GT---AGT--------TC-----------AATCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------------G---AAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCATT----TATCCC--CCA-C--TGCAG--------CAAAA-C------AAGGTT--GAA-GCA-CAA---AAGTCCCATAACTC-------C---------------TGTAAAAT---------C-----------AT-------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACT---------CATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----A---AATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caaAAAATT--GAA-GCA-CAA---A-GTCCCATAACTT-------TTG-------------GT-AAAAC--------TTGTAGA------ATT-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACT---------C---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----A---AAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : cacaaacAAAGCT--GAA-GCA-CAA---AAGTCCCA-----------------------------ATCAAAAT--------C----------------------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAAT---------T---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----G---TATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------ATC-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----G---AATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---AA-TCCCATAACTC-------C---------------TGTAAAAT--------TTCACGA------ATTAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCT---------C---------T---------T---------GT---------A-----A---AATtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGTA----TGTCCCATTC--CGCTGCA-AAAAG-----------------AGGTT--TA----A-CAA---TCATCCCATAATTCGTGTAAACTTTGTAGA-------ATC-AAAT--------TC---------------------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------TTTGTTG---AATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACT---------C---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----A---AATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AACAAGATTGCTAAATGTGGCCATGCATATGTCCCCTGTTGCCACAAAAAATGTTGAACCACAAAAGCCGACCTAATAACTCCTTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 77777777777777777777777777777777 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 4 999 222222222 1 55 99999999999999999999999999999999 2 55 2 77777777 33 33 7777777 2 66666666 66666666666666666666666666666666666666666666 2 2 2 111111111111 2 22 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 6666 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 555 2 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . ... ......... . .. ................................ . .. . ........ .. .. ....... . ........ ............................................ . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . ............................................................ .. .. ........................................................ .. ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 0 888 111111111 6 55 44444444444444444444444444444444 9 99 4 88888888 22 22 6666666 4 00000000 33333333333333333333333333333333333333333333 5 5 7 777777777777 9 99 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 5555 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 000 9 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGC-TGCAGA-A---CCCACAA-C------AAA-GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTAAAAT--------TC-----------A---T-----------T------GCGGTGC-A-ATATG-ATCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGC-TGCAGAGAG--CCCACAA-C------AAA-GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATA-------AC-TCCN-----TCAAAAT--------TC-----------A---T-----------T------GCGGTGC-A-ATATG-ATCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGT----A----TGTCCC--TCATCAC-TGCAGAGAAGTCCCACAA-CTCATT-AAA-ATTTCACTGCA-GAG---A----AATC--CC--A-A-------AC-TTCA-----TCAAAAT--------TC-----------A---T-----------T------GCAGTGC-G-ATATG-ATCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCAT----A----TGTCTC--CCG-CCCCTACAAAAA------------------AAA-GTTGAA--GCA-CCGGCTA----AGTC--CA--ATA-------AT-TCCT-----GTAAAAT--------TT-----------A---TAAAATCAAAATT------GCGGTGC-A-ATTTG-ATCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCAT----AATTATGTACT--TCA-C---CGCAG----------CAA--------AAT-GTTGAC--GCA-AAA---A----AGTC--TC--ACA-------AC-TTCA-----GTAGAGT--------TTGTCCAATCAAAA---T-----------T------GCGATGC-A-GTACG-ATCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGAG--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTACAAT--------TTGTAGAATCAAAA---T-----------C------GCAGTGT-A-GCATG-ATCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAAAC------AAA-ATTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATA-------AC-TTTT-----GTAAAAC--------TTGTAGA------A---T-----------TAAAATGGCAGCAT-A-ATATG-ATCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agAAGTCC----CAT-AACTTTTGTAAAAC---------T---------T---------GT---------A-----G---AATTAAAATG--GCA--G--C--ATAATA--T--G-ATCGACTACA-T---A--------------C-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaA-GCCAT----A----T---CC--TC--CAC-TGC--------CCCCCAA--------AAA-GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCC--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTAAAATATGTAGGATCAAA--------A---T-----------T------GCAGTAC-A-ATATG-
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACTG---TAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A--------------------------------T---------GT---------G-----G---AATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGT----G----T---CC--TC--CGC-TGC--------CCCCCAA--------AAA-GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCT--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTAAAGTATGTAGGATCAAA--------A---T-----------T------GCAGTAC-A-ATAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|19 : ttttaagGATTGCTAAATGTG--GCCATGCATA----TGTCCC--------C-TGTTG-------CCACAA-A------AAATGTTGAA--CCA-CAA---A----AGCCGACCTAATA-------AC-TCCT-----Ta
gi|2 : aacaaTTGATTGCTACACACAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCATCAC-TGCAGAGAAGTCCCACAA-CTTCATTAAA-ATTCACT-GCA-GAG---A----AATC--CC--ACA-------AC-TTCA-----TCAAAAT--------TC-----------A---T-----------T------GCAGTGC-G-ATATG-ATCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACAaa
gi|20 : aCACAAAC------AAA-ATTGAA--GCA-CGA---------GTC--CC--AGA-------AC-TCCC-----GTAAAAT--------TC-----------G---T-----------
gi|21 : aagagtaga--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCAT----A----TGTTCC--
gi|3 : aaacaa------AAA-GTTTAA--AAA-CAG---ACTGAAGTC--CC--ATACCGGTAAAT-ACTG-----TAAAAAT--------TTGTTGAATCAAAA---T-----------T------GCAGTGC-A-ATATT-ATGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------A-----GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaa--GCAGCAACC-A----AGTC--CC--ATA-------AC-TCCTGTAGTTCAA-----------TC-----------G---TAAG--------G------GCGGTGT-A-ATGTG-ATCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------------G---AAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCAT----T----TATCCC--CCA-C---TGCAG--------CAAAA-C------AAG-GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTAAAAT---------C-----------A---T--------------------GGTGT-A-ACATG-ATCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACT---------CATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----A---AATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caaCACAAAC------AAA-ATTGAA--GCA-C-A---A----AGTC--CC--ATA-------ACTTTTG-----GTAAAAC--------TTGTAGA------A---T-----------TAAA---ATGGAGCAA-ATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACA-------------------AAA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACT---------C---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----A---AAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : ------AAA-GCTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--A---------------A-----TCAAAAT--------C-----------------------------------GCGGTGC-ATATATG-ATCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAAT---------T---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----G---TATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------A---T-----------C------GCGATGC-A-ATGTG-ATCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----G---AATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---A----A-TC--CC--ATA-------AC-TCCT-----GTAAAAT--------TTCACGA------A---T-----------TAAAATGGCGGCGC-A-ATATG-ATCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCT---------C---------T---------T---------GT---------A-----A---AATtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGT----A----TGTCCCATTC--CGC-TGCAAAAAG------------------AG-GTTTA-----A-CAA---T----CATC--CC--ATA-------AT-TCGT-----GTAAACTTTGTAGAATC-----------AAATT-----------C------GCGATGC-A-AAATG-ATCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACT---------C---------C---------T---------GT---------TTTGTTG---AATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACT---------C---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----A---AATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
Alignments
lowQualScore : 111111111 5555555555555555555555555555555 111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 4 999 222222222 1 55 9999999999999999999999999999999 66 55 2 555555555 4444 33 33 666666 2 666666 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 2 2 2 66666 000000000000 2 33 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 7777 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 3 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . ... ......... . .. ............................... .. .. . ......... .... .. .. ...... . ...... . ..................................................... ... . . . ..... ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . .................................................. .. .. ............................................................ ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 0 888 111111111 6 55 6666666666666666666666666666666 33 66 2 888888888 7777 11 11 444444 2 444444 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 4 4 7 77777 333333333333 7 77 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 1111 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 1 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAA-----CTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGAA----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAA-----CTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTCATT-AAA--ATTTCACTGCA-GAG---------A----AATC--CC--A-AAC------TTCAT-C------AAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAA-----CTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCAT----A----TGTC----TCC-CGCC----------CCTACAA-A------AAAAAGTTGAA--GCA-CCGGCT------A----AGTC--CA--ATAAT------TCCTG-T------AAAA-T--------T--------T-----------A---TAAAATCAAAATT-------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAA-----CTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCAT----AATTATGTACT--TCA-C--CGCAG----------CAA--------AAT--GTTGAC--GCA-AAA---------A----AGTC--TC--ACAAC------TTCAG-T------AGAG-T--------T--------TGTCCAATCAAAA---T-----------T-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAA-----CTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGAG--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-T------ACAA-T--------T--------TGTAGAATCAAAA---T-----------C-------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAA-----CCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--ATAAC------TTTTG-T------AAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------TAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGA-----CTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|15 : agA-GCCAT----A----T---CC--TC--CACTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---------A----AGCC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAA-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TATGattttaa
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACTG---TAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A-----------------------T---------GT---------G-----G---AATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGT----G----T---CC--TC--CGCTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---------A----AGCT--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAG-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|19 : ttttaagGATTGCTAAATGTG--GCCATGCATA----TGTCCC--------CTGTTG-------CCACAA-A------AAAT-GTTGAA--CCA-CAA---------A----AGCCGACCTAATAAC------TCCT--T------AAa
gi|2 : aacaaTTGATTGCTACACACAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTTCATTAAA--ATTCACT-GCA-GAG---------A----AATC--CC--ACAAC------TTCAT-C------AAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAA-----CTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|20 : aCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CGA---------------GTC--CC--AGAAC------TCCCG-T------AAAA-T--------T--------C-----------G---T-----------
gi|21 : aagagtaga--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCAT----A----TGTTCC--
gi|3 : aaacaa------AAA--GTTTAA--AAA-CAG---------ACTGAAGTC--CC--ATACCGGTAAATACTG-T------AAAAAT--------T--------TGTTGAATCAAAA---T-----------T-------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAA-----CTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------A-----GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaa--GCAGCAACC-------A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AG---T--------T--------C-----------A---A-----------TCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGA-----CCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------------G---AAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCAT----T----TATCCC--CCA-C--TGCAG--------CAAAA-C------AAG--GTTGAA--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAA-T-----------------C-----------A---T------------------------GGTGTA-A-CATGA-TCAA-----CTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACTCATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----A---AATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caaCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---------A-----GTC--CC--ATAAC------TTTTGGT------AAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------T-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGA-----CTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACTC---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----A---AAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : ------AAA--GCTGAA--GCA-CAA---------A----AGTC--CC--A--------------A-T------CAAA-------------------------------A---T-----------C-------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAG-----CTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAATT---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----G---TATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------A---T-----------C-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCAT-----CTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----G---AATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---------A----A-TC--CC--ATAAC------TCCTG-T------AAAA-T--------T--------TCACGA------A---T-----------TAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAA-----CTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCTC---------T---------T---------GT---------A-----A---AATtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGT----A----TGTCCCATTC--CGCTGCAAAA----------A--------GAG--GTTTAA------CAA---------T----CATC--CC--ATAAT------TCGTG-T------AAAC-T--------TTGTAGAATC-----------AAATT-----------C-------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAA-----CTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCttgtgaact
gi|8 : caataaTGCAAAA----TTT-TAA-C------AAA--ATCCGA--GCA-GAAGTTTCTATTA----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TTTTGTTGAA-----------T--------C-----------AAAAT-----------G-------G---CGGCGCA-A-TATGA-CTAACAATTCTACAA-----A------ATTTG-A-ACAA-AATCCgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|8 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------TTTGTTG---AATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACTC---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----A---AATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 5555555555555555555555555555555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 4 999 222222222 1 55 1111111111111111111111111111111 66 55 2 77777777 33 33 666666 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2 2 2 111111111111 2 22 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 7777 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 3 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . ... ......... . .. ............................... .. .. . ........ .. .. ...... . . ..................................................... ... . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . .................................................. .. .. ............................................................ ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 0 888 111111111 6 55 2222222222222222222222222222222 88 99 4 88888888 22 22 888888 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 5 5 9 777777777777 9 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 1111 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 1 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTCATT-AAA--ATTTCACTGCA-GAG---A----AATC--CC--A-AAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCAT----A----TGTC----TCC-CGCC----------CCTACAA-A------AAAAAGTTGAA--GCA-CCGGCTA----AGTC--CA--ATAAT------TCCTG-TAAAA-T--------T--------T-----------A---TAAAATCAAAATT-------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCAT----AATTATGTACT--TCA-C--CGCAG----------CAA--------AAT--GTTGAC--GCA-AAA---A----AGTC--TC--ACAAC------TTCAG-TAGAG-T--------T--------TGTCCAATCAAAA---T-----------T-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGAG--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TACAA-T--------T--------TGTAGAATCAAAA---T-----------C-------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TTTTG-TAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------TAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|15 : agA-GCCAT----A----T---CC--TC--CACTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TATGattttaa
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACT---GTAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A-----------------------T---------GT---------G-----G---AATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGT----G----T---CC--TC--CGCTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCT--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAG-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|19 : ttttaagGATTGCTAAATGTG--GCCATGCATA----TGTCCC--------CTGTTG-------CCACAA-A------AAAT-GTTGAA--CCA-CAA---A----AGCCGACCTAATAAC------TCCT--TAAa
gi|2 : aacaaTTGATTGCTACACACAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTTCATTAAA--ATTCACT-GCA-GAG---A----AATC--CC--ACAAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|20 : aGTAGA-----CACA-AA-C------AAA--ATTGAA--GCA-CGA---------GTC--CC--AGAAC------TCCCG-TAAAA-T--------T--------C-----------G---T-----------
gi|21 : aaga--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCAT----A----TGTTCC--
gi|3 : aaacaa------AAA--GTTTAA--AAA-CAG---ACTGAAGTC--CC--ATACCGGTAAATACTG-TAAAAAT--------T--------TGTTGAATCAAAA---T-----------T-------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------A-----GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaa--GCAGCAACC-A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAG---T--------T--------C-----------A---A-----------TCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------------G---AAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCAT----T----TATCCC--CCA-C--TGCAG--------CAAAA-C------AAG--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T-----------------C-----------A---T------------------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACTCATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----A---AATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caaCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---A-----GTC--CC--ATAAC------TTTTGGTAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------T-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACTC---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----A---AAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : ------AAA--GCTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--A--------------A-TCAAA-------------------------------A---T-----------C-------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAATT---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----G---TATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------A---T-----------C-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----G---AATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---A----A-TC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------TCACGA------A---T-----------TAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCTC---------T---------T---------GT---------A-----A---AATtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGT----A----TGTCCCATTC--CGCTGCAAA----------AA--------GAG--GTTTAA------CAA---T----CATC--CC--ATAAT------TCGTG-TAAAC-T--------TTGTAGAATC-----------AAATT-----------C-------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------TTTGTTG---AATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACTC---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----A---AATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 5555555555555555555555555555555 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 4 999 222222222 1 55 1111111111111111111111111111111 66 55 2 77777777 33 33 666666 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2 2 2 111111111111 2 22 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 111111 1 0 666 2 7777 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777 55 55 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 3 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5 2222222222222222 2 444 88 000 88
lowQualScore : . ... ......... . .. ............................... .. .. . ........ .. .. ...... . . ..................................................... ... . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ...... . . ... . .... . .................................................. .. .. ............................................................ ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. . ................ . ... .. ... ..
lowQualScore : 0 888 111111111 6 55 2222222222222222222222222222222 88 99 4 88888888 22 22 888888 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 5 5 9 777777777777 9 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 444444 6 8 222 2 1111 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 1 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 4 1111111111111111 1 444 44 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTCATT-AAA--ATTTCACTGCA-GAG---A----AATC--CC--A-AAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : A-GTCAT----A----TGTC----TCC-CGCC----------CCTACAA-A------AAAAAGTTGAA--GCA-CCGGCTA----AGTC--CA--ATAAT------TCCTG-TAAAA-T--------T--------T-----------A---TAAAATCAAAATT-------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatcatGATTGCTACGCGTAA-CCCAT----AATTATGTACT--TCA-C--CGCAG----------CAA--------AAT--GTTGAC--GCA-AAA---A----AGTC--TC--ACAAC------TTCAG-TAGAG-T--------T--------TGTCCAATCAAAA---T-----------T-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGAG--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TACAA-T--------T--------TGTAGAATCAAAA---T-----------C-------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCATGGAC----AACAGT-ATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgactaCCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TTTTG-TAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------TAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|15 : agA-GCCAT----A----T---CC--TC--CACTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TATGattttaa
gi|16 : catACTAAGTGTTCCTAT--ACT---GTAACATGTACAATCATTCAACAAAGTTC----CAT-A-----------------------T---------GT---------G-----G---AATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA-T---
gi|17 : A-GCCGT----G----T---CC--TC--CGCTGC--------CCCCCAA--------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGCT--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAG-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : gcatGGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-TGGT-----A--------TTTCATGTC-CCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|19 : ttttaagGATTGCTAAATGTG--GCCATGCATA----TGTCCC--------CTGTTG-------CCACAA-A------AAAT-GTTGAA--CCA-CAA---A----AGCCGACCTAATAAC------TCCT--TAAa
gi|2 : aacaaTTGATTGCTACACACAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCCCACAA-CTTCATTAAA--ATTCACT-GCA-GAG---A----AATC--CC--ACAAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----A---TATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACACT---G--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACGTGAA-----AACAA--A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|20 : aGTAGA-----CACA-AA-C------AAA--ATTGAA--GCA-CGA---------GTC--CC--AGAAC------TCCCG-TAAAA-T--------T--------C-----------G---T-----------
gi|21 : aaga--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTagtatcaaaatcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGT-A-GCCAT----A----TGTTCC--
gi|3 : aaacaa------AAA--GTTTAA--AAA-CAG---ACTGAAGTC--CC--ATACCGGTAAATACTG-TAAAAAT--------T--------TGTTGAATCAAAA---T-----------T-------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---GCAG--------------CAACCAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------A-----GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA-A---G--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACTctgtggccgcaaa
gi|3 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaa--GCAGCAACC-A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAG---T--------T--------C-----------A---A-----------TCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATTG--TT-GTATGTACAA--ATTCAACAAAGATC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------------G---AAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCAT----T----TATCCC--CCA-C--TGCAG--------CAAAA-C------AAG--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T-----------------C-----------A---T------------------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT---------------A--ATTCAACTAAGTTC----CAT-AACTCATGTAAAATT---------T---------GT---------C-----A---AATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA-T---ATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACCT-----------AA--ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caaCACAAAC------AAA--ATTGAA--GCA-CAA---A-----GTC--CC--ATAAC------TTTTGGTAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------T-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---GTAGCATGTACA-----------AAGTGT----CAT-GACTC---------CTGTAAAATGT---------GT---------C-----A---AAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACACGGA-----CACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : ------AAA--GCTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--A--------------A-TCAAA-------------------------------A---T-----------C-------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAATG--TT-GCATATTCAA--GTTCAATAAAGTCC----CAT-AAATT---------CTGTAAAATTT---------GT---------C-----G---TATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA---------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCACG-------AACGG--A
gi|7 : caaaggca-----------A---T-----------C-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCTGT-------------------------TCAACAAAATCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GTAAAATTTCAC-----G---AATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACG-TATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-cggacgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---A----A-TC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------TCACGA------A---T-----------TAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---GTAGCATGTACAA--AATCAAACAAGTTCAATATAT-AGCTC---------T---------T---------GT---------A-----A---AATtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTGT----A----TGTCCCATTC--CGCTGCAAA----------AA--------GAG--GTTTAA------CAA---T----CATC--CC--ATAAT------TCGTG-TAAAC-T--------TTGTAGAATC-----------AAATT-----------C-------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCttgtgaact
gi|8 : caataaTTCTATTAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------TTTGTTG---AATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA------------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAAAGTCC----CATTAACTC---------C---------TAAAGAAATTGT---------C-----A---AATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA-T---A--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCCAACAGT-ATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA
blockSeqs : G AA AATTA G AT ATCACTGCAGAGAAGTCCCACAACTTCATT AA T G ACTGA GA TA GGTAAA G A TTATAAAATCAAAATT AAA T A A ATATGCG . TC C AAAATTTGAACAACTCCATATACATGT C T A TA GACGTA C ATC A AATA T ATGTAAAATTTGTCA TC GT CACAATATATCAACTACATATGGTGACTAACAATTATA TTT . TTT CG A G TGCC A AAGT AAGTC G GACATAC A ACAT AC A GATGGCCAACAGTAT C CCC A TTC AA
blockSeqs : A AA GCATA G . CCGCCCCTACAAA T . . GCTA . . . . . TTGTCCAATCAAAATT . . . . GCAAAA . A C AAAATTTAAACAAAATATTAGTAC C T G . GTA C A T . . CTGTAAAATGTGTCA . . CACAATATGATCAACTACATATGGTGACT . . . C G G . A . . . GCAAT . . GA G GACAACAGTAT T TTC G . G
blockSeqs : A G A G . CACTGCCCCCCAA . . . CCA . . . . . TTGTAGAATCAAAATC . . . . A . C A AAAATTTGAACAAAATCTGCTTT T A A . GCA T A C . . CTGTAAAATTTGTCG . . CGCAATATGATCAACTACGTATTGTAAAT . . . T A C . C . . . CAAGT . . CT C GACACTGGAAT T TCA A . A
blockSeqs : G A A G . CGCTGCCCCCCAA . . . A . . . . . TTGTAGAATTAAAATG . . . . A . C C AAAATTTGAATAAAATCCGTTC C C A . GTT C A A . . CTGTAAAATTTCACG . . TAATGTGATCGACCAAGTATGGTGACTA . . . C T A . C . . . GTGAC . . GG A AAAACAAA C TCC A . G
blockSeqs : G A G G . CTGTTGCCACAAA . . . A . . . . . ATGTAGGATCAAAATT . . . . A . C C TTAGAACAAGATCCGTTG G T A . GTA C A T . . CTAAAGAAATTGTCA . . CACAATATGATCAACTACATACGGC . . . T G G . T . . . GGGGC . . CA A AAAT T TC T . T
blockSeqs : . A A A . ACTGCAGCAAAAC . . . A . . . . . ATGTAGGATCAAAATT . . . . T . C T AAAATTTGCAC T T A . GTT C A A . . CTGTTTTGTTG . . ATGGTGACTACACTGTATAC . . . C A G . A . . . CAA . . CA G GTA . . G . A
blockSeqs : A G . CGCTGCAAAAA . . . A . . . . . TTGTTGAATCAAAATT . . . . A . T C AAATCTGCCC C T . . GTA . . A . . CTGTAGTTC . . CAATACGATCAAATCT . . . C C G . C . . . CA . . GA .
blockSeqs : T . . ACCGCAGCAA . . . A . . . . . TTCACGAATTAAAATG . . . . A . C C AATCTGTTG T . . . . . . C . . CTGTCA . . CGCAATATGACTAAC . . . T A . . T . . .
blockSeqs : A . . . . . A . . . . . TTGTAGAATCAAATTC . . . . A . C C AAAACTG . . . . . . T . . TTGTAA . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . A . . . . . TCAATCGTAAGG . . . . A . A T ATGT A . . TGTGG . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . TTGTAGAATT . . . . A . C . . . . CTGTG . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . TCATT . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . CAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . ATC . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : A** CNNTNCCCACAAA****************** ** T* GTA*** CTGTAAAATTTGTCG*********************************** GACAACGGTAT***** TCC A*
originalCons : NTTGATTGCTACGCGTAA-GCCGT----A----TGTCCC--TCA-CGCTGCAGA-----CCCACAA-C------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTG--GTAGCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTC---------C---------T---------GT---------C-----G---AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGA-----AACAG--ATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
finalCons : NTTGATTGCTACGCGTA--GCCGT----A----TGTCCC--TCCNNTNCCCACAAA------------------AAA--GTTGAA--GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGTGTA---GCATGTACAA--ATTCAACNAAGTCC----CAT-AACTCCTGTAAAATTTGTCG-----------------------------------AATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA-T---G--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACGTGGACAACGGTAT-----TTTTATGTCCCCTTCCA-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111111111 1111 3333333333333333333 111 111
lowQualScore : 2 99 99999 7777 555 55555555555555555555555 33 777777777 66 5 2 77777777 33 33 666666 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2 2 2 111111111111 2 22 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 6 55 0 1111111 1 0 0 55 2 33 6666 2 0 444444 2 55 55 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 555 2 555 66 0 0 2 1 8888 2 8888 00000 4 888888888 5 0000 22 5555555555555555555 2 444 5 000 88
lowQualScore : . .. ..... .... ... ....................... .. ......... .. . . ........ .. .. ...... . . ..................................................... ... . . . ............ . .. . ................................................................ . .. . .. . ....... . . . .. . .. .... . . ...... . .. .. ....................................................... .. ... . ... .. . . . . .... . .... ..... . ......... . .... .. ................... . ... . ... ..
lowQualScore : 2 55 11111 7777 555 77777777777777777777777 99 666666666 88 0 4 88888888 22 22 888888 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 444 5 5 9 777777777777 9 99 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 2 55 7 5555555 0 7 8 00 1 99 1111 9 8 777777 1 00 00 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 000 9 888 33 5 5 6 6 5555 3 5555 00000 4 333333333 0 6666 00 6666666666666666666 1 444 7 000 44
consensus : NTTGATTGCTACGCGTA--GCCG-----T----ATG--TCCC--TC--CGCTGC---------C-CACA--A------A--AAA--GTTGAA-GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGT---G---TAGCATGTACAA--ATTCAACNA--AGTCC----CAT-AACTCCTGTAAAATTTGTCGAATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA---TG--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACG----TGGAC-AACGGTATTTTTATGTCCCCTTCCG-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
Reference ( family-4539 ) : NTTGATTGCTACGCGTA--GCCG-----T----ATG--TCCC--TC--CNNTNC---------C-CACA--A------A--AAA--GTTGAA-GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CGGTGCA-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-TC-----------AGCGGTCTCCGAGGAGTTGCGT-CCACAAAGTGTTCCTAT--AGT---G---TAGCATGTACAA--ATTCAACNA--AGTCC----CAT-AACTCCTGTAAAATTTGTCGAATCAAAATG--GCG--G--C--A----A--T--G-ATCGACTACA---TG--------------T-AT----AC--A---ATCCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGC-GGTTTCCGAGGAATTGCG----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-CGG-ACGGAC----GNNCACG----TGGAC-AACGGTATTTTTATGTCCCCTTCCA-TG---TTGCGGC-GGGGGACA
gi|1 : TTG-TTGCTACACACAAAGCCG-----T----ATG--TCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCC-CACA--ACTCATTA--AAA--TTTCACTGCA-GAG---A----AATC--CC--A-AAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTGGA-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGTTCCACAGAGTGTTGCTAT--GGT---GACGTAGCATGTACAA--ATTCAACTA--AGTCC----CAT-AACTCC---------TGTCATATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACAC--TG--------------T-AT----AC--A---ATTCTACAAAAATTTGAACAAA--TCG---TTGACG-GGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACG----TGAA--AACAA-A-----ATG---CTTTCCATTG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|10 : CATA--GTCA-----T----ATG--TC----TC--CCGCCC---------C-TACA--A------A--AAAAAGTTGAA-GCA-CCGGCTA----AGTC--CA--ATAAT------TCCTG-TAAAA-T--------T--------T-----------A---TAAAATCAAAATT-------G---CGGTGCA-A-TTTGA-TCAACTGTAT-----A------TTGTT-A-ATAACAAT-TTGCA-----------AAA------------TTT-------------G-----C-AC-----------A
gi|11 : caaaatggttaatGATTGCTACGCGTA--ACCCATAATT----ATG--TACT--TC--A--------------C-CGCAGCA------A--AAT--GTTGAC-GCA-AAA---A----AGTC--TC--ACAAC------TTCAG-TAGAG-T--------T--------TGTCCAATCAAAA---T-----------T-------G---CGATGCA-G-TACGA-TCAACTACAT-----ATATGCGTTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------aaattcatacagtggtctctg
gi|12 : aTGAG-GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TACAA-T--------T--------TGTAGAATCAAAA---T-----------C-------G---CAGTGTA-G-CATGA-TCAACCACAT-----A------TTGTG-A-CTAAAAATCCTGCAAAATTTGAACAAAA------------TCT-------------G-----CTTT-----------AGCGGTTTTCAAGGAGTTGCatttaaat
gi|13 : atgcatagccata--A---ATGCTTT-AAAATTTGAACAGAAACCA---CTGAGC-AGTTTTCCAAGAATTGCA----CTAG----CA-----A-AGT---CA-A---G-TTCAAC----AACTGCA----TGGAC-AACAGTATTTCTGTTCCCCCTACCA-GG---TTGCAGCAAGGGGACAc
gi|14 : ggtgacta---------C-CACA--A------AC-AAA--ATTGAA-GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TTTTG-TAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------TAAAATG-G---CAGCATA-A-TATGA-TCGACTACAT------------------A-CTCACAACCCTAC------------AAA------------aaac
gi|14 : agA--AGTCC----CAT-AACTTTTGTAAAACTTGTAGAATTAAAATG--GCA--G--C--ATAATA--T--G-ATCGACTACA---TA--------------C-TC----AC--A---ACCCTAC-AAAATTTTAAattttaa
gi|15 : agccacaaacaaaattgaagcacaaCATA--GCCA-----T----AT-----CC--TC--CACTGC---------C-CCCC--A------A--AAA--GTTGAA-GCA-CAA---A----AGCC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TATG
gi|16 : ACTAAGTGTTCCTAT--ACT---G---TAACATGTACAATCATTCAACAA--AGTTC----CAT-A--------------TGTGGAATTAAAATG--GTA--G--CTGAAT--A--T--G-ATCAATTACA---T
gi|17 : GCATA--GCCG-----T----GT-----CC--TC--CGCTGC---------C-CCCC--A------A--AAA--GTTGAA-GCA-CAA---A----AGCT--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAG-TATGTAGGAT--------CAAA--------A---T-----------T-------G---CAGTACA-A-TAactgg
gi|18 : GGAGTT-CG----TCAAAAGTCA-----AGAGT-GACATA-CGC-ATGGAC----GGACAC-------------TGGTA-TTTCATGT-CCCTTCTG-TGTTCTTGCAGT-GAGGGACA
gi|19 : ttttaagGATTGCTAAATGTG--GCCA-----TGCATATG--TCCC------CTGTTG---------C-CACA--A------A--AAAT-GTTGAA-CCA-CAA---A----AGCCGACCTAATAAC------TCCT--TAAa
gi|2 : aacaaTTGATTGCTACACACAA-GCCG-----T----ATG--TCCC--TCATCACTGCAGAGAAGTCC-CACA--ACTTC--ATTAAA--ATTCACTGCA-GAG---A----AATC--CC--ACAAC------TTCAT-CAAAA-T--------T--------C-----------A---T-----------T-------G---CAGTGCG-A-TATGA-TCAACTACAT-----A------TTGTG-A-CTAACAATCCTGC------------AAA------------TCT-------------G-----C-CC-----------AGCCCTCTCCAGGGAGTTGTGT-CCACAGAGTGTTGCTAT--GGTGACG---TAGCATGTACAA--ATTCAACTA--AGTCC----CAT-AACTCC---------TGTCATATCAAAATG--GCA--G----------A--T--G-GT-GACTACAC--TG--------------T-AT----AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTGAGCGGGTTTCTGAGGAATTGCA----TCCA----CA-----A-AGT-G-CA-A-TGG-ATGGAC----GCTCACG----TGAA--AACAA-A-----ATG----CTTCCA-TG---TTGTGGC-AGGGGACA
gi|20 : a-CACA--A------AC-AAA--ATTGAA-GCA-CGA---------GTC--CC--AGAAC------TCCCG-TAAAA-T--------T--------C-----------G---T-----------
gi|20 : aagagtagaAA--ATTGAAGCACGAGTCC----CAG-AACTCCCGTAAAATTCGTAGTATCAAAATagtatcaaaatcactga
gi|21 : aagagtagacacaaaca--A---ATCCTAC-AAAATGTGAACAAAATCCA---CTCAAT-GATTTCAGAGGATTTcactga
gi|22 : T----AT--A---ATCCTGC-AGAATTTGAACAAAATCTG---TTTAG--GATTTCTGAGGAGTTCCA----TCCA----CA-----ctgtatttatagtgtaatga
gi|23 : ----AC--A---ATTCTGC-AAAATTTGAACAAAATCTG---gtgt
gi|24 : gcaataagaaatgactaGATTGCTATGTGTA--GCCA-----T----ATG--TTC----C--CTGTGG---------C-CGCA--A------A--
gi|3 : aaacaaG-----T----ATGGCTCCT--GC--TAATGC------------AAG--A------A--AAA--GTTTAA-AAA-CAG---ACTGAAGTC--CC--ATACCGGTAAATACTG-TAAAAAT--------T--------TGTTGAATCAAAA---T-----------T-------G---CAGTGCA-A-TATTA-TGAACTACAT-----T------TTGTG-A-TTAGTAATCTTAC------------AAAA-----------TTT-------------GAACAAC-TCCATATACATGTAGCTGTCTCTGAAGAATTGTAT-TCACA--GTGTTCCTAT--AGT---G---CAGCA--------------ACCA--AGTCC----CAT-AACTCCTGTA------GTTCAATCGTAAGG--GCGGTG--T--A----ATGT--G-ATCGAC--CA---AG--------------T-ATGGTGACTAA---ATCCTAC-AAAACT
gi|3 : agaatgttttatagctcaacca-GCAGCAACC-A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAG---T--------T--------C-----------A---A-----------TCGTAAGGG---CGGTGTA-A-TGTGA-TCGACCAAGT-----A------TGGTG-A-CTAA--ATCCTAC------------AAA------------ACT-------------G------------------------GTTTTCAATGAGTTGCAA-TCACA--GTGTTCCTAT--ATT---G---TTGTATGTACAA--ATTCAACAA--AGATC----CAT-AACTCCTGTGAAggttttcaatgagttgcaatcacagtgttcctatattgttgtatgtacaaattcaacaaagatccataactcctgtgaa
gi|4 : agaatgttttatagctcaaccagtatggctcctgctaatgcaagaaaaagtttaaaaacagactgaagtcccataccggtaaatactgtaaaaatttgttgaatcaaaattgcagtgcaatattatgaactacattttgtgattagtaatcttacaaaatttgaacaactccatatacatgtagctgtctctgaagaattgtattcacagtgttcctatagtATTGCTGC-TGTA--GCCA-----T----TTA--TCCC---C--CACTGC---------AGCAAA--A------C--AAG--GTTGAA-GCA-CAA---A----AGTC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T-----------------C-----------A---T------------------------GGTGTA-A-CATGA-TCAACTTCAT-----A------TAGCA-A------AATCC-----------------A------------TGT----------------------------------AGCGGTCTCGGAGAAGATGTCC-CCACAAAATGCTCCTAT--AGT------------------A--ATTCAACTA--AGTTC----CAT-AACTCATGTAAAATTTGTCAAATCAAAATG--GCA--GCAC--A----A--T--ATATCAACTACA---TATGGTGACTAACAATT-AT----A---A---ATTATAC-AAAATCTGATCAACATTCA---TTGAGC-AGTTTCCAAG---TCACA----TTTA----CA-----A-AGT---CA-AGTGGAACGGAC----AGGCACC----T-----AA----ATTTTTATGTTCCCTTCCA-TG---TTGCAGT-GGGGAACA
gi|5 : caa-CACA--A------AC-AAA--ATTGAA-GCA-CAA---A-----GTC--CC--ATAAC------TTTTGGTAAAA-C--------T--------TGTAGA------A---T-----------T-------AAAATGGAGCA-AATATGAATCGACTACAT-----A------TT-------CAACAA-------------------AA------------TCT-------------G-----T-TG-----------ATCGTTTTTTGAGGAGTTGCAT-CCACAAAGTGTTCCTTT--AGT---G---TAGCATGTACA-----------A--AGTGT----CAT-GACTCCTGTAAAATGTGTCAAAGCAAAAAG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA---TA--------------TGGTG---ACT-A---ATCCTAC-AAAATTTGAATAAAATCCGTTTTTGAGT-GGTTTTCAAG---TTGTG----TCAA----CAAAGTCA-AGT-G-TG-A-CTG-ACCGACACATACACACA----CGGAC-ACTGGAATTTCTATGTCATCTTCCT-TG---TTGCGGT-TGGAGACa
gi|6 : ------A--AAA--GCTGAA-GCA-CAA---A----AGTC--CC--A--------------A-TCAAA-------------------------------A---T-----------C-------G---CGGTGCATA-TATGA-TCAGCTA-GT-----A----------G-ATCTAGCAATCTTGC------------AAAA-----------TTTAAACAAAATATTAG-----T-AC-----------ACCGGTCTCCGTGTAGTTGTGT-CCACAAAGTGTTCCTGTTAAAT---G---TTGCATATTCAA--GTTCAATAA--AGTCC----CAT-AAATTCTGTAAAATTTGTCGTATCAAACTGTCCCC--G--C--A----A--TACG-ATCAA--------------------------AT----CT--A---ATCCTAC-AAAAT--------AATCCG---TTGATC-GGTTTCCGAGGAATTGCGTGCCTCCA----CA-----A-AAC---CA----GG-ACGATC----GCACGCA----CGAACGGACGG
gi|7 : caaaggc-----------A---T-----------C-------G---CGATGCA-A-TGTGA-TCATCTTGAT-----A------TTGTG-A-CAAACAATCTTGC------------AAAATTTGAATAAAATCC-------------G-----T-TC-----------AGCGATCTC-GAGGAGTTGCGT-CCATAAAATGTCCCT----------------------------GTTCAACAA--AATCC----CAT-AACTCCTGTAAAATTTCACGAATTAAAATG--GCG--G--C--GCAATA--T--G-ATCAACTACGTATTG--------------T-AA----AT--ATTTGTCCTAC-----TTAGAACAAGATCCG---TTGAGC-GGTTTTTGAGGACTTGTG----CCTA----TA-----A-TGTAG-CA-acgcc
gi|7 : tagaaacgaaA-CAA---A----A-TC--CC--ATAAC------TCCTG-TAAAA-T--------T--------TCACGA------A---T-----------TAAAATG-G---CGGCGCA-A-TATGA-TCAACTACGT-----A------TTGTA-A-ATATTTGTCCTACTTAGAACA----AGA------------TCC-------------G-----T-TG-----------AGCGGTTTTTGAGGACTTGTG--------------CCTAT--AAT---G---TAGCATGTACAA--AATCAAACA--AGTTCAATATAT-AGCTCTTGTAAAATTTGT-GAAtgtacaaaatcaaacaagttcaatatatagctcttgtaaaatttgtgaact
gi|8 : tagaaacgaaatcgcgatgcaatgtgatcatcttgatattgtgacaaacaatcttgcaaaatttgaataaaatccgttcagcgatctcgaggagttgcgtccataaaatgtccctgttcaTGTTACGCGTA--GCTG-----T----ATG--TCCCATTC--CGCTGC------------AAA--A------A--GAG--GTTTAA-----CAA---T----CATC--CC--ATAAT------TCGTG-TAAAC-T--------TTGTAGAATC-----------AAATT-----------C-------G---CGATGCA-A-AATGA-TCAACTACATGCAAAA------TTTTA-A-C-AA-AATCCct
gi|8 : caataaTTCTATTA--AGTCC----CAT-AACTCCTGT----TTTGTTGAATCAAAATG--GCG--G--CGCA----A--T----AT-GACTA-----------------------------AC--A---ATTCTAC-AAAATTTGAACAAAATCCG---TTgagcagaagtttctattaagtcccataactcctgttttgttgaatcaaaatggcggcgcaatatgactaacaattctacaaaatttgaacaaaatccgtt
gi|9 : caataatgttacgcgtagctgtatgtcccattccgctgcaaaaagaggtttaacaatcatcccataattcgtgtaaactttgtagaatcaaattcgcgatgcaaaatgatcaactacatgcaaaattttaacaaaatccgagcagaagtTCAACAA--AGTCC----CATTAACTCCTAAAGAAATTGTCAAATAAAATTG--ACG--G--C--ACAATA--T--G-ATCAACTACA---TA--------------C-G-----GC--G---A--CTAT-AAA-TTTTAACAAAATCCA---ATAACT-GGTTTCTAAGAAA----G----TCTA--------------GT-G-GG-G-CAG-ATGGAC----AGACATGAGGATGGCC-AACAGTATTTTTATGTCCCCTTCCG-CA---TTATGGC-AGAGGACA