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lowQualScore                  :           2   3  3 3 3   3   3       00      88888       3        2 22   2  5        55       5 2  2 22222 2    444   44 2   33      1  444 444 222222  2 33   5555555555555   2    2 2222222222222  000000 33  33 444   777 33  2 1 0 2222222222222222222222222222222222  444   2     2 5  2 2 5 8888  444  5 2  2 1111     9999 44    6 999  77 44 3 6  888888     2     55555555555 3 7777     77   4 1  66  4  4  2 4           
lowQualScore                  :           .   .  . . .   .   .       ..      .....       .        . ..   .  .        ..       . .  . ..... .    ...   .. .   ..      .  ... ... ......  . ..   .............   .    . .............  ...... ..  .. ...   ... ..  . . . ..................................  ...   .     . .  . . . ....  ...  . .  . ....     .... ..    . ...  .. .. . .  ......     .     ........... . ....     ..   . .  ..  .  .  . .           
lowQualScore                  :           2   6  6 6 6   6   6       22      33333       7        5 99   5  6        99       0 5  5 22222 5    777   44 7   77      1  777 777 555555  7 77   9999999999999   5    5 5555555555555  555555 22  22 111   444 22  4 1 6 6666666666666666666666666666666666  111   5     5 0  5 5 3 1111  777  3 7  7 0000     8888 22    2 888  33 22 1 0  888888     5     66666666666 3 1111     99   0 9  11  4  4  4 4           
consensus                     :     TACTCCNGTC-CT-A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGT---ACCGCGGTAGTTTAGTTT-TA-CAT-CAGTCACGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATT--TATTTTNTA---C---ATGAN--AA-A--AAAN------------TAT-TGCA-C-TN-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--AA-CTGAAAAT----A-----N--A-AAAATGTT--------AA---GAA-TTTTG-G-AA-G-G-T-G--CA---GT-C-TT-TC---AATTT--N-T--AACG-AC--TG--A--A-ANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTC--TTA-ATTT--CC-GT-CATG-TTTTTGCTTCT
Reference ( gi|2 )            :     TACTCCAGTC-CT-A-T-GAT-ACC-GCGGGTCT-TATGGT---TCCGCGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAATCACGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATT--TATTTTGTA---C---ACAAG--AA-A--AAAA------------TAT-TGCA-C-TG-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--AA-CTGAAAAT----A-----A--A-AAAATATT--------AA---GAA-TTTTG-G-AA-G-G-T-G--CA---GT-C-TT-TT---AATTT--T-T--AACG-AT--TG--A--A-ATCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTT--TTA-ATTT--CC-GT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|20                         :     TACTCCAGAC-CT-A-T-GGT-ACC-G
gi|9                          :   taTACTCC-GTC-CT-AAT-GGTTACCAGCGGGTCC-TACGG-----ACGAGGTATTTCGATTT-T--CAT--AGTCCCGAGT--TAACC---G-ACAA-----T-CTAT-----G-CG-AGT--TATTTT-TA---G---AGAAT--AATA--CACA------------TAA-TACG-C--G-----A----CA------T--TT--G---TCA---C--AA-C-GAAAGT-------------T-AAAGTATTC-------CG---GAA-TTATG-GTAC-A-G-T-A--TA---TC-C-TTCCC---AATGT--TAT--AAC--AG--TGAAA--A-ATTC------TAACATTTTTT----TCGCTT-G-C----TTTTC--TTgggtaatatagttttacatcagtttcgagtgaaccgtgacatctatcggc
gi|1                          :     aACTCCATTC-CT-A-T-GAT-ACC-ACGGGTCC-TACGGT---ACCGCGGTAATTTAGATT-TA-CAT-TAGTCATGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CA-ATT--TAGTTTATA---C---ATGAG--AA-A--AAAC------------TAT-TGCA-C-TC-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--GA-CTGAAAAT----A-----T--A-AAAATGTT--------CA---GAA-ATTTG-G-AT-G-G-T-G--CA---GT-C-TT-TC---AATTT--A-T--AACG-AC--TG--A--A-AACC------CGGCATTTTTA----AAG--TAA-T----TTTTT--TTT-ATTT--CC-AT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|13                         :   ataACTACCGTC-CTTA-T-GAT-ATT-GTGGGTCCCTACAGTAATTCGGCGGTAGTT--------A-CAT-CAGTATTGAGT--CAACCGT-GAAC-A-----T-CTATTAACGT-TG-GTT--AATGTTGTAAGTC---ATAAGTTAA-G--AAAAAC----------TTT-TGCG-C-TATATTCA----AA--T---CCACT--G---TCTTCAC--AA-C-GAG-------A-----G--A-AAGATATG--------AA---
gi|21                         : tgtacACTCCCGTC-CT-A-T-GAT-ACC-GCGGctgg
gi|4                          :        TCC-GTCGCT-A-T-GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT---T-----------TAGTTT-TA-CTT-CAGTCGCGAGTT-GAACTGT-G-AC-A-----T-TTAT---CGG-CG-ATT--T-TTTTTTA---C---TTGAT--AA-A--AAAAC-----------TAT-TGGA-C-TC-----A----AC--A---C--AT--G---TTT---C--AA-CTGAAAAT----A-----T--A-AACATGTTC-------AA---GAATTTTTG-G-AA-G-G-TAA--CA---GTCC-TT-TC---AATTC--A-T--AACG-GC--TG--GATA-ATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C----TTTTTC-TTA-ATTC--CC-GT-CATG-TTTTTGCTTtagtttagttttacgagtcaaccgtgacattta
gi|6                          :         CCCGTC-TT-T-T-GAT-ACT-GCGGGTCC-TACGGT---ACCGCGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAGTTACGAGT--GAAACTT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATT--TATGTTTTA---C---ATGAT--AA-A--ATAC------------TAT-TGCA-C-TC-----A----AA--T---C--CT--G---TCT---C--GA-CTGAAAAT----A-----T--A-AAAATGTG--------AA---GAA-TTTTG-G-A------------A---GT-A-TT-TC---AATTT--A-T--AACG-AC--TA--A--A-AACT------CGGCATTTTTC----A-G--C-A-C--------T--TTA-ATTT---C-GT-CATG-TTTTTGCT
gi|8                          :          CAGTC-CT-A-TTGAT-ACC-GCGG-TCA-TATGAT---ACAGCGGTAGTTTAGTTTACA-CAA-CCATCACGGGT--GAACCGT-G-AC-AAT---T-CTAG---CGG-GGGATT--TAATTTGTA---C---ATGAG--AA-A--AAA-------------T-T-TGCA-C-TG-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--AA-CTGAACAT---------------GATTTGTTTTTA----AA---GAA-TTTCG-G-AA-GAA-T-G--AA---GT-C-TT-TC---AATTT--A-TAAAAC--AC--TG--A--A-ATCC------CAGCAATTTTA----AGGTTT-G-C----TTTTC--TT
gi|7                          :               -CT-A-T-GAT-ACC-GCGG-TCC-TATGGT---ACC-CGG-AGTTTAGTTT-CA-CAT-CAGTCATGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG--G-ATT--TCATTTGTA---C---ATGAG--AA-A--AAAA------------CAT-TGCA-C-TG-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---A--AA-CTG---------------------AAATATTTTAA----AA---GAA--TTTG-G-AA-G-A-T-G--CA---GT-CGTT-CT---GATTT--A-T--AACG-AC--TG--A--A-AACC------CGGCA--TTTT----AGG--T-A-C----TTTTC--TTA-A-TT--CC-GT-CATG-TTTTTGCTT
gi|3                          :            cat-CT-A-T-GGC-ACT-GCTGGTCC-TAAAGT---ATTGCGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAGTTGCAAGT--GAAACGT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATT--TATTTTTTG---T---ATGAT--AA-A--ATAC------------TAT-ACCA-C-TC-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--GA-CTGAAAATATAAA-----A--A-AAAATGTG--------AA---GAA-TTTTG-G-AA-G-G-T-G--CA---GT-C-CT-TC---AATTT--C-T--AACG-AC--TA--A--ACAT-T------TGGCATTTTTT----CAG--C-A-C----TTTTC--TTA-A-AT--CC-GT-CATG-TTTTTGCTTC
gi|5                          :              a-CT-A---GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT---T-----------TAGTTT-TAACTT-CAGTCGCGA-T--GAACTGT-G-AC-A-----T--TAT---CGG-CG-ATT---ATTTTTAA---CTTGATAAG--AA-C--TAAA------------T---TGCA-C-TC-----A----AC--A---C--AT--G---TTT---TCAAA-TTGA---T----ATCCC-A--A-ACCACCTT--------CATCGAAA-TTTTG-G-AAAG-G-T-A--CA---GT-C-TT-TC---AATTTCAT-A--AACG-AC--TG--A--A-ATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C----TTTCT--T-A-ATTC--CCCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|23                         :                                CGGGTCC-TATGGT---ATCGCGGTAGTTAAGTTG-TA-CAT-CAGTC
gi|21                         :                                   GTCC-TATGAT---ACCGCGGTAGTTTAGTTT-T-----------ACGAGT--CAACCGT-G-AC-A-----T-TTA
gi|20                         :                               actcccCC-TATGGT---ACCGGGGTAATATAGTTT-TA-CAT-CAGTTTCGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-C
gi|16                         :                                 tatactccagaGT---ACCGAGGTATTTCGGATT-TT-CAT-ACGTTACGAGT--TAACCGC-A-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-AGT--TATTTT-TA---G---ATGAT--AA-A--CAAC------------TATATACA-CGCG-----ACATTAA--T---T--TT--G---TCA---C--AA-C--AAAAC----A-----GTTA-AAGATGTC--------CG---GAA-TTTTG-GTAA-G-
gi|15                         :                                                     CGGTAATTTAGTTT-TT-TAT-CAGTCACGAGT--GAACCGT-G-AC-A-----TTCTAT---CGGTC---TC--TATTTCTTA---C---ATGAT--AA-A--AAAAAACCCAACAAACTAT-TGCA-A-TC-----A----AA--G---C--CT--G---TCT---C--AA-CTAAAATT----A-----T--A-AAAATCTT--------AA---GAA-TTTTG-G-AA-G-G-T-G--CA---GT-C-TT-TT---CATT
gi|10                         :                                                       ctAGTTTAGTTT-CA-CTTTCAGTCACGAGT--GAACCGTGG-AC-AC----T-CTAT---CGG--G-ATT--TTAATTGTA---C---ATGAG--AA-AGTAAAA------------TAT-TGCA-C-TG----------AA--G---C--CT--GTTCTCT---C--AA-CTG----C----A-----A--A-A---------------AA---GAA-TTTTG-G-AA-G-ATT-G--CA---GT-C-TT-TC---AATTT--TAT--AGCGCATTCTG--A--A-ACCC------CGGCA-TTTTT----AGGC-T-AGC----TTTTC--TTA-ATTT--CC-GTCCACGTTTTTTGCTT
gi|14                         :                                                                  T-TA-CAT-CAGTCACG-GT--GA-TCGT-G-AC-------T-CTAT----GG-CG-ATTCCTATTTT--A---C---ATGATT-AA-A--AAAC------------TAT-TGCA-C--G-----C----AA------T--CT--G---TCT---C--AA-CTCGAAAT----AT----A--G-GAAATAGT--------TA---GAA-TTTTGTG-AA-G-GAC-A--CA---GT-C-TT-T
gi|11                         :                                           ggtactcccgtccttgctatattacccttaaattgcttgGAGTCGAAACCGTCG-AC-AATCTAT-CTAT---CGG--G-TTT--CAATTTGTA---C---A-GAG--AA-A--AAA-------------CAT-TGCA-C-TG-----G----AACCG---C--C---G---TCT---A--AA-CTGAACA-------------------ATATTTTTTACAAAA---GAA-TCTTG-G-AA-G-A-TAG--CATCCGTTC-TT-TTCC-AATTC--T-A--AACGGAC--TG--A--A---CC------CGGCAATTT------AGG--TTA-CATTGTTCTC--TTA-ATTT--CC-GT-CATG-TTTc
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATACTCCTGTCCTTAATGATATTGTGGGTCCTACGGTATTGCAGTAGACTGCCAGTAGTTTAATTTGACATCAGTC






Alignments
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lowQualScore                  :         9   6  66 6 6   6   6        9  9    777   99999999999     1        2  2   2          4 22       7 4  4 55555 4    444   66 5         6  111    0000 777   22  22 88888888888888  4    4 22222 0 7777  111111 11  11 999   222   2 5   666  33333333333333333333333333333333  999   4     4 4  4444 4 0 0000  444  22222   999 44 5  9 9 9 11 99  9  7 99   88 99  0  222222     7     666666666666666666        7777 8 0 55    0    0           
consensus                     :   TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTTT-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AA--AC------------TAT-TGCA-C-----TCA----AA--G---C--CT--G---TCT---CAA-CTGAA-A-AT----A--T-----AA-AA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TA-T--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
Reference ( family-4516 )     :   TACTCCNGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTTT-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AA--AN------------TAT-TGCA-C-----TNA----AA--G---C--CT--G---TCT---CAA-CTGAA-A-AT----A--N-----AA-AA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TN-T--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|1                          :    ACTCCATTC-CT--A-T-GAT-ACC-ACGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGATT-TA-CAT-TAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CA-ATTTAGTTTATA---CATG----A-G-AAA--AA--AC------------TAT-TGCA-C-----TCA----AA--G---C--CT--G---TCT---CGA-CTGAA-A-AT----A--T-----AA-AA--A--T-GTT----CA---GAA-ATTTG-G-AT----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TA-T--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCATTTTTA----AAG--TAA-T----TTTTTTTT----ATT-T--CCAT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|10                         :                                                                ataAGTTTAGTTT-CA-CTTTCAGTCACGAG-T--GAACCGTGG-AC-AC----T-CTAT---CGG--G-ATTTTAATTGTA---CATG----A-G-AAAGTAA--AA------------TAT-TGCA-C-----TG-----AA--G---C--CT--GTTCTCT---CAA-CTG--------------C-----AA-AA--------------AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-ATT-G--CA---GT-----CTT---T--C-AATT-T-TA-T--AG-CGCATTCTG--A--AACCC------CGGCA-TTTTT----AGGC-T-AGC----TTTTCTTA----ATT-T--CCGTCCACGTTTTTTGCTT
gi|11                         :                                                                                            GAG-TCGAAACCGTCG-AC-AATCTAT-CTAT---CGG--G-TTTCAATTTGTA---CA-G----A-G-AAA--AA--AC-------------AT-TGCA-C-----TGG----AACCG---C--C---G---TCT---AAA-CTGAACA-AT----A--TTTTTTAC-AA--A------------A---GAA-TCTTG-G-AA----G-A-TAG--CATCCGTT----CTT---TTCC-AA-T-T-CT-A--AA-CGGA--CTG--A--A--CC------CGGCAATTT------AGG--TTA-CATTGTTCTCTTA----ATT-T--CCGT-CATG-TTT
gi|12                         :                                                                                                                                           TTTTTTT---TGTG----A-G-AAC--GC--ACCC----------TAT-TGCATC-----TTC----AA--GAGTC--TT--G---TCTTG-CAATCTGTA-A-AT----A--TTATT-AA-CA--AGGT-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-GA----A-G-C-A--CA---GT-----CTTTTGT--C-AA-T-TGTA-T--AA-CG-A--CTGC-A--AAACTGTTGGGCGG-ATTTTTTCTTCAGT--T-A------TTTTCTTGTTATATT-TTGCCGT-CATG-TTTGTGatcatcg
gi|13                         :    ACTACCGTC-CTT-A-T-GAT-ATT-GTGGGTCCCTACAGTAATTCGG-----------CGGTAGTT--------A-CAT-CAGTATTGAG-T--CAACCGT-GAAC-A-----T-CTATTAACGT-TG-GTTAATGTTGTAAGTCATAAGTTA-A-GAA--AA--AC------------TTT-TGCG-CTATATTCA----AA--T---CCACT--G---TCTTCACAA-C-GAG---------A--G-----AA-AG--A--T-ATG----AA---
gi|14                         :                                                                       tgtacT-TA-CAT-CAGTCACG-G-T--GA-TCGT-G-AC-------T-CTAT----GG-CG-ATTCCTATTTTA---CATG----A-TTAAA--AA--AC------------TAT-TGCA-C-----GCA----A-------T--CT--G---TCT---CAA-CTCGA-A-AT----A--T-----AGGAA--A--TAGTT----A----GAA-TTTTGTG-AA----G-GAC-A--CA---GT-----CTT---T--C-ctgg
gi|15                         :             ggtactcccgtccttgctatattacccttaaattgcttg-----------CGGTAATTTAGTTT-TT-TAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----TTCTAT---CGGTC---TCTATTTCTTA---CATG----A-T-AAA--AA--AAAACCCAACAAACTAT-TGCA-A-----TCA----AA--G---C--CT--G---TCT---CAA-CTAAA-A-TT----A--T-----AA-AA--A--T-CTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--T-CA-T-T-
gi|16                         :                                         ctGTA---CCG-----------AGGTATTTCGGATT-TT-CAT-ACGTTACGAG-T--TAACCGC-A-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-AGTTATTTT-TA---GATG----A-T-AAA--CA--AC------------TATATACA-CG----CGACATTAA--T---T--TT--G---TCA---CAA-C--AA-A-AC----AGTT-----AA-AG--A--T-GTC----CG---GAA-TTTTG-GTAA----G-
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gi|2                          : taTACTCCAGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCT-TATGGTT---CCG-----------CGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAATCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTGTA---CACA----A-G-AAA--AA--AA------------TAT-TGCA-C-----TGA----AA--G---C--CT--G---TCT---CAA-CTGAA-A-AT----A--A-----AA-AA--A--T-ATT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--T-AA-T-T-TT-T--AA-CG-A--TTG--A--AATCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTTTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
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gi|21                         :                       tatactccagaGTCC-TATGATA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTTT-T-----------ACGAG-T--CAACCGT-G-AC-A-----T-TTA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 actccc--AA-CA-A--CTG--A--AAACT------CGGCATTTTTT----A-G--T-A-C----TTTTCTCA----
gi|23                         :                               CGGGTCC-TATGGTA---TCG-----------CGGTAGTTAAGTTG-TA-CAT-CAGTCtcatg
gi|3                          :             -CT--A-T-GGC-ACT-GCTGGTCC-TAAAGTA---TTG-----------CGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAGTTGCAAG-T--GAAACGT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATTTTTTG---TATG----A-T-AAA--AT--AC------------TAT-ACCA-C-----TCA----AA--G---C--CT--G---TCT---CGA-CTGAA-A-ATATAAA--A-----AA-AA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CCT---T--C-AA-T-T-TC-T--AA-CG-A--CTA--A--ACATT------TGGCATTTTTT----CAG--C-A-C----TTTTCTTA----A-A-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTTC
gi|4                          :       aCCGTCGCT--A-T-GAT-ACC-GCGGGCCC-TATG-------------------------GTTTAGTTT-TA-CTT-CAGTCGCGAGTT--GAACTGT-G-AC-A-----T-TTAT---CGG-CG-ATTT-TTTTTTA---CTTG----ATA-AAA--AA--AC------------TAT-TGGA-C-----TCA----AC--A---C--AT--G---TTT---CAA-CTGAA-A-AT----A--T-----AA-AC--A--T-GTTC---AA---GAATTTTTG-G-AA----G-G-TAA--CA---GTC----CTT---T--C-AA-T-T-CA-T--AA-CG-G--CTG--GATAATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-CT---TTTTCTTA----ATT-C--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|5                          :            t-CT--A---GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT-------------------------TTAGTTT-TAACTT-CAGTCGCGA--T--GAACTGT-G-AC-A-----T--TAT---CGG-CG-ATT-ATTTTTAA---CTTG----A-T-AAG--AACTAA-------------AT-TGCA-C-----TCA----AC--A---C--AT--G---TTTT--CAA-ATTGA-T-AT----C--C-----CA-AACCA--C-CTT----CATCGAAA-TTTTG-G-AAA---G-G-T-A--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TCAT--AAACG-A--CTG--A--AATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C-----TTTCTTA----ATTCC--CCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|6                          :       CCCGTC-TT--T-T-GAT-ACT-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGTTT-TA-CAT-CAGTTACGAG-T--GAAACTT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATGTTTTA---CATG----A-T-AAA--AT--AC------------TAT-TGCA-C-----TCA----AA--T---C--CT--G---TCT---CGA-CTGAA-A-AT----A--T-----AA-AA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-A---------------A---GT-----ATT---T--C-AA-T-T-TA-T--AA-CG-A--CTA--A--AAACT------CGGCATTTTTC----A-G--C-A-C----T----TTA----ATT-T---CGT-CATG-TTTTTGCT
gi|7                          :             -CT--A-T-GAT-ACC-GCGG-TCC-TATGGTA---CC------------CGG-AGTTTAGTTT-CA-CAT-CAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG--G-ATTTCATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AA--AA------------CAT-TGCA-C-----TGA----AA--G---C--CT--G---TCT---AAA-CTGAA-ATAT----T--T-----TA-A---------------AA---GAA--TTTG-G-AA----G-A-T-G--CA---GT-----CGT---T--CTGA-T-T-TA-T--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCA--TTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----A-T-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|8                          :     catCAGTC-CT--A-TTGAT-ACC-GCGG-TCA-TATGATA---CAG-----------CGGTAGTTTAGTTTACA-CAA-CCATCACGGG-T--GAACCGT-G-AC-AAT---T-CTAG---CGG-GGGATTTAATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AA--AT------------T---TGCA-C-----TGA----AA--G---C--CT--G---TCT---CAA-CTGAA-C-AT--------------G-AT--T--T-GTTTTTAAA---GAA-TTTCG-G-AA----GAA-T-G--AA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TA-TAAAA-C--A--CTG--A--AATCC------CAGCAATTTTA----AGGTTT-G-C----TTTTCTT
gi|9                          :   TACTCC-GTC-CT--AAT-GGTTACCAGCGGGTCC-TACGG-A----CG-----------AGGTATTTCGATTT-T--CAT--AGTCCCGAG-T--TAACC---G-ACAA-----T-CTAT-----G-CG-AGTTATTTT-TA---GAGA----A-T-AAT--AC--AC-------------AT-AATA-C-----GCG----AC--A---T--TT--G---TCA---CAA-C-GAA-A----------------------------GTTA---AA---GTA-TTCCG-G-AATTATG-G-T-A--CA---GTATATCCTTC--C--C-AA-TGT-TA-T--AA-C--A--GTGAAA--AATTC------TAACATTTTTT----TCGCTT-G-C----TTTTCTT





Alignments
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Reference ( family-4516 )     :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|1                          :       ACTCCATTC-CT--A-T-GAT-ACC-ACGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGAT-T-TA-CAT-TAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CA-ATTTAGTTTATA---CATG----A-G-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----CA---GAA-ATTTG-G-AT----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCATTTTTA----AAG--TAA-T----TTTTTTTT----ATT-T--CCAT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|10                         :                                                                   ataAGTTTAGTT-T-CA-CTTTCAGTCACGAG-T--GAACCGTGG-AC-AC----T-CTAT---CGG--G-ATTTTAATTGTA---CATG----A-G-AAAGTAAA------------A--TA--T-TGCAC-----T-G-----A-A--GC--CT--GTTCTCT---C--AA-CT---G-----------C-----A--AAA--------------AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-ATT-G--CA---GT-----CTT---T--C-AATT-T-T-AT--AG-CGCATTCTG--A--AACCC------CGGCA-TTTTT----AGGC-T-AGC----TTTTCTTA----ATT-T--CCGTCCACGTTTTTTGCTT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actccc--AA-CA-A--CTG--A--AAACT------CGGCATTTTTT----A-G--T-A-C----TTTTCTCA----
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gi|5                          :               t-CT--A---GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT-------------------------TTAGTT-T-TAACTT-CAGTCGCGA--T--GAACTGT-G-AC-A-----T--TAT---CGG-CG-ATT-ATTTTTAA---CTTG----A-T-AAG--AA-------------C--TAAAT-TGCAC-----TCA-----A-C--AC--AT--G---TTT---TCAAA-TT---GA-----T-A--T-----CCCAAACCA--C-CTT----CATCGAAA-TTTTG-G-AAA---G-G-T-A--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TCAT--AAACG-A--CTG--A--AATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C-----TTTCTTA----ATTCC--CCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|6                          :          CCCGTC-TT--T-T-GAT-ACT-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTTACGAG-T--GAAACTT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATGTTTTA---CATG----A-T-AAA--ATA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--TC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-A---------------A---GT-----ATT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTA--A--AAACT------CGGCATTTTTC----A-G--C-A-C----T----TTA----ATT-T---CGT-CATG-TTTTTGCT
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gi|8                          :          catGTC-CT--A-TTGAT-ACC-GCGG-TCA-TATGATA---CAG-----------CGGTAGTTTAGTT-TACA-CAA-CCATCACGGG-T--GAACCGT-G-AC-AAT---T-CTAG---CGG-GGGATTTAATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AAA------------T--T-----TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-C-ATGA--T-------------T--T-GTTTTTAAA---GAA-TTTCG-G-AA----GAA-T-G--AA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-ATAAAA-C--A--CTG--A--AATCC------CAGCAATTTTA----AGGTTT-G-C----TTTTCTT
gi|9                          :    caTACTCC-GTC-CT--AAT-GGTTACCAGCGGGTCC-TACGG-A----CG-----------AGGTATTTCGATT-T-T--CAT--AGTCCCGAG-T--TAACC---G-ACAA-----T-CTAT-----G-CG-AGTTATTTT-TA---GAGA----A-T-AAT--ACA------------C---A--T-AATAC-----GCG-----A-C--AT--TT--G---TCA---C--AA-C----GAA-A-GT----T-----A--AA--------GT------------A-TTCCG-G-AATTATG-G-T-A--CA---GTATATCCTTC--C--C-AA-TGT-T-AT--AA-C--A--GTGAAA--AATTC------TAACATTTTTT----TCGCTT-G-C----TTTTCTT





Alignments
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lowQualScore                  :            .   .  .... .   .   .        .  .    ...   ...........     .       . .  .   .          . ..       . .  . ..... .    ...   .. .         .  ...    .... ...   ..   ............ ..  .. .     .....   ..... ....  ..  .. ...   ... ..  .  ...   . .  .... .......................... ...   .     . .  .... . . ....  ...  .....   ... .. .  . . . .  ..  .  . ..   .. ..  .  ......     .     ..................        .... . . ..    .  . .           
lowQualScore                  :            5   3  5555 3   3   3        7  3    444   22222222222     4       2 2  2   2          4 22       7 4  4 55555 4    444   66 5         6  111    0000 777   22   111111111111 22  22 4     11111   66666 3333  11  33 999   999 11  2  999   2 4  1111 66666666666666666666666666 111   4     4 4  4444 4 0 0000  444  22222   999 44 5  9 9 7 1  99  9  7 99   88 99  0  222222     7     666666666666666666        7777 8 0 55    0  2 0           
consensus                     :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
Reference ( family-4516 )     :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|1                          :       ACTCCATTC-CT--A-T-GAT-ACC-ACGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGAT-T-TA-CAT-TAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CA-ATTTAGTTTATA---CATG----A-G-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----CA---GAA-ATTTG-G-AT----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCATTTTTA----AAG--TAA-T----TTTTTTTT----ATT-T--CCAT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|10                         :                                                                   ataAGTTTAGTT-T-CA-CTTTCAGTCACGAG-T--GAACCGTGG-AC-AC----T-CTAT---CGG--G-ATTTTAATTGTA---CATG----A-G-AAAGTAAA------------A--TA--T-TGCAC-----T-G-----A-A--GC--CT--GTTCTCT---C--AA-CT---G-----------C-----A--AAA--------------AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-ATT-G--CA---GT-----CTT---T--C-AATT-T-T-AT--AG-CGCATTCTG--A--AACCC------CGGCA-TTTTT----AGGC-T-AGC----TTTTCTTA----ATT-T--CCGTCCACGTTTTTTGCTT
gi|11                         :                                                                                                GAG-TCGAAACCGTCG-AC-AATCTAT-CTAT---CGG--G-TTTCAATTTGTA---CA-G----A-G-AAA--AAA------------C---A--T-TGCAC-----TGG-----A-ACCGC--C---G---TCT---A--AA-CT---GAACA-AT-A--TTTTTTA--CAA--A------------A---GAA-TCTTG-G-AA----G-A-TAG--CATCCGTT----CTT---TTCC-AA-T-TCT-A---AA-CGGA--CTG--A--A--CC------CGGCAATTT------AGG--TTA-CATTGTTCTCTTA----ATT-T--CCGT-CATG-TTT
gi|12                         :                                                                                                                                               TTTTTTT---TGTG----A-G-AAC--GCA------------CCCTA--T-TGCATCT---TCA-----AGA--GT--CTT-G---TCTTG-C--AATCT---GTA-A-AT-A--TTATT-A--ACA--AGGT-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-GA----A-G-C-A--CA---GT-----CTTTTGT--C-AA-T-TGT-AT--AA-CG-A--CTGC-A--AAACTGTTGGGCGG-ATTTTTTCTTCAGT--T-A------TTTTCTTGTTATATT-TTGCCGT-CATG-TTTGTGatcatcg
gi|13                         :       ACTACCGTC-CTT-A-T-GAT-ATT-GTGGGTCCCTACAGTAATTCGG-----------CGGTAGTT---------A-CAT-CAGTATTGAG-T--CAACCGT-GAAC-A-----T-CTATTAACGT-TG-GTTAATGTTGTAAGTCATAAGTTA-A-GAA--AAA------------C--TT--T-TGCGCTATATTCA-----A-A--TCCACT--G---TCTTCAC--AA-CGAGAGAA-AGAT-A--T-----G--AA
gi|14                         : tgtacTACTCCCGTC-CT----T-G--------------C-TATATTA---CCC-----------T--TAAATTGCTTGT-TA-CAT-CAGTCACG-G-T--GA-TCGT-G-AC-------T-CTAT----GG-CG-ATTCCTATTTTA---CATG----A-TTAAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----GCA-----A-----T--CT--G---TCT---C--AA-CT---CGA-A-AT-A--T-----AG-GAA--A--TAGTT-----A---GAA-TTTTGTG-AA----G-GAC-A--CA---GT-----CTT---T--C-ctgg
gi|15                         :                                                     gg-----------CGGTAATTTAGTT-T-TT-TAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----TTCTAT---CGGTC---TCTATTTCTTA---CATG----A-T-AAA--AAAAAACCCAACAAAC--TA--T-TGCAA-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---AAA-A-TT-A--T-----A--AAA--A--T-CTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--T-CA-T-T-
gi|16                         :                                            ctGTA---CCG-----------AGGTATTTCGGAT-T-TT-CAT-ACGTTACGAG-T--TAACCGC-A-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-AGTTATTTT-TA---GATG----A-T-AAA--CAA------------C--TA--TATACAC-----GCGACATTA-A--TT--TT--G---TCA---C--AA-C-----AA-A-AC-AGTT-----A--AAG--A--T-GTC----CG---GAA-TTTTG-GTAA----G-
gi|17                         :                                                                                                                                    GG-CG-ATTTATTTTTTA---CGTG----A-T-AAA--AAA------------C--TA--T-GGCAT-----TCA-----A-C--AC--ATATG---TTT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--T--T-GTT----CA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-A--CA---GT-----CTT---T--C-
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gi|19                         :      TACTCCTGTC-CTTAA-T-GAT-ATT-GTGGGTCC-TACGGTA---TTGCAGTAGACTGCCAGTAGTTTAATT-T-GA-CAT-CAGTCatgcccgtcatgt
gi|2                          :    taTACTCCAGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCT-TATGGTT---CCG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAATCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTGTA---CACA----A-G-AAA--AAA------------A--TA--T-TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--A-----A--AAA--A--T-ATT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--T-AA-T-T-T-TT--AA-CG-A--TTG--A--AATCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTTTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|20                         :                                       CC-TATGGTA---CCG-----------GGGTAATATAGTT-T-TA-CAT-CAGTTTCGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-C
gi|21                         :                          tatactccagaGTCC-TATGATA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-T-----------ACGAG-T--CAACCGT-G-AC-A-----T-TTA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actccc--AA-CA-A--CTG--A--AAACT------CGGCATTTTTT----A-G--T-A-C----TTTTCTCA----
gi|23                         :                                  CGGGTCC-TATGGTA---TCG-----------CGGTAGTTAAGTT-G-TA-CAT-CAGTCtcatg
gi|3                          :                -CT--A-T-GGC-ACT-GCTGGTCC-TAAAGTA---TTG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTTGCAAG-T--GAAACGT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATTTTTTG---TATG----A-T-AAA--ATA------------C--TA--T-ACCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--TAAAA-A--AAA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CCT---T--C-AA-T-T-T-CT--AA-CG-A--CTA--A--ACATT------TGGCATTTTTT----CAG--C-A-C----TTTTCTTA----A-A-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTTC
gi|4                          :          aCCGTCGCT--A-T-GAT-ACC-GCGGGCCC-TATG-------------------------GTTTAGTT-T-TA-CTT-CAGTCGCGAGTT--GAACTGT-G-AC-A-----T-TTAT---CGG-CG-ATTT-TTTTTTA---CTTG----ATA-AAA--AAA------------C--TA--T-TGGAC-----TCA-----A-C--AC--AT--G---TTT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAC--A--T-GTTC---AA---GAATTTTTG-G-AA----G-G-TAA--CA---GTC----CTT---T--C-AA-T-T-C-AT--AA-CG-G--CTG--GATAATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-CT---TTTTCTTA----ATT-C--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|5                          :               t-CT--A---GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT-------------------------TTAGTT-T-TAACTT-CAGTCGCGA--T--GAACTGT-G-AC-A-----T--TAT---CGG-CG-ATT-ATTTTTAA---CTTG----A-T-AAG--AA-------------C--TAAAT-TGCAC-----TCA-----A-C--AC--AT--G---TTT---TCAAA-TT---GA-----T-A--T-----CCCAAACCA--C-CTT----CATCGAAA-TTTTG-G-AAA---G-G-T-A--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TCAT--AAACG-A--CTG--A--AATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C-----TTTCTTA----ATTCC--CCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|6                          :          CCCGTC-TT--T-T-GAT-ACT-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTTACGAG-T--GAAACTT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATGTTTTA---CATG----A-T-AAA--ATA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--TC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-A---------------A---GT-----ATT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTA--A--AAACT------CGGCATTTTTC----A-G--C-A-C----T----TTA----ATT-T---CGT-CATG-TTTTTGCT
gi|7                          :                -CT--A-T-GAT-ACC-GCGG-TCC-TATGGTA---CC------------CGG-AGTTTAGTT-T-CA-CAT-CAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG--G-ATTTCATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AAA------------A--CA--T-TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---A--AA-CT---GAA-ATAT-T--T-----T--AA---------------AA---GAA--TTTG-G-AA----G-A-T-G--CA---GT-----CGT---T--CTGA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCA--TTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----A-T-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|8                          :          catGTC-CT--A-TTGAT-ACC-GCGG-TCA-TATGATA---CAG-----------CGGTAGTTTAGTT-TACA-CAA-CCATCACGGG-T--GAACCGT-G-AC-AAT---T-CTAG---CGG-GGGATTTAATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AAA------------T--T-----TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-C-ATGA--T-------------T--T-GTTTTTAAA---GAA-TTTCG-G-AA----GAA-T-G--AA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-ATAAAA-C--A--CTG--A--AATCC------CAGCAATTTTA----AGGTTT-G-C----TTTTCTT
gi|9                          :    caTACTCC-GTC-CT--AAT-GGTTACCAGCGGGTCC-TACGG-A----CG-----------AGGTATTTCGATT-T-T--CAT--AGTCCCGAG-T--TAACC---G-ACAA-----T-CTAT-----G-CG-AGTTATTTT-TA---GAGA----A-T-AAT--ACA------------C---A--T-AATAC-----GCG-----A-C--AT--TT--G---TCA---C--AA-C----GAA-A-GT----T-----A--AA--------GT------------A-TTCCG-G-AATTATG-G-T-A--CA---GTATATCCTTC--C--C-AA-TGT-T-AT--AA-C--A--GTGAAA--AATTC------TAACATTTTTT----TCGCTT-G-C----TTTTCTT


blockSeqs                     :            C   G  TAA  T   T   A        C  C    ATT   CAGTAGACTGC             G A  A   T          T CG       G A  A ATCTA T    TAA   TC G         G  AGT    AGTT TT    GT   AAACCCAACAAA CC  AA A     TATAT   ACATT ACC   CA  AT TTC   TCA CA  T  AGA   C G  AGT  TATTAACAAGGTGTGA           TCG   T     T T  TTAT A T ATA   TCC  ATATC   TTG TC T  T G C C  AA  A  C TT   AA AT  C  GTTGGG     A     AGGTTACATTG               TTAT   C TG    C  C T
blockSeqs                     :            C   .  TA   .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        C .  . AT    .    .     T  .         G  .      .    TA    .    .            .   .  .     CT      .     GA    .   T  .     TG  .   .  .     . T  GA   AAAAAAAAATGTGA             .     .     . .  A    . A AG    .    T       C   .  .  . . G .  .   .  G .    C  .   A  .          T     CTTCAGTTA                 .      . .     .  T .
blockSeqs                     :            T   .  AA   .   .   .        .  C    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . C     .    .     C  .         T  .      .    G     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    CCCAAACCACCTTC             .     .     . .  .    . . AA    .    C       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   A  .          T     AGGCTAGC                  .      . .     .  T .
blockSeqs                     :            A   .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         G  .      .    G     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AGGAAATAGTT                .     .     . .  .    . . G     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   T  .          T     AGGTTTGC                  .      . .     .  C .
blockSeqs                     :            C   .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    G     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAACATGTTCA                .     .     . .  .    . . A     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   A  .          T     TCGCTTGC                  .      . .     .  T .
blockSeqs                     :            C   .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    A     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    TTTTTACAAA                 .     .     . .  .    . . A     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   A  .          T     CAGTACT                   .      . .     .  T .
blockSeqs                     :            .   .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    T     .    .            .   .  .     .       .     C     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAAATCTTA                 .     .     . .  .    . . G     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   T  .          T     AGGTAC                    .      . .     .  T .
blockSeqs                     :                .  T    .   .   .        .  A    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         G  .      .    T     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAGATGTCC                 .     .     . .  .    . . A     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   T  .          T     CAGCAC                    .      . .     .  T .
blockSeqs                     :                .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    T     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAATTGTTC                 .     .     . .  .    . . G     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   A  .          T     CAGTAC                    .      . .     .  T .
blockSeqs                     :                .  A    .   .   .        .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    G     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAAATATTA                 .     .     . .  .    . . G     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   A  .          A     AGGTAC                    .                    
blockSeqs                     :                .  .    .   .   .        .  C    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         T  .      .    T     .    .            .   .  .     .       .     C     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAAATGTGA                 .     .     . .  .    . . A     .    .       .   .  .  . . . .  .   .  . .    .  .   T  .          T     AGTAC                                          
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blockSeqs                     :                                         .  T    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     C  .         G  .      .    T     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  A    AAAAA                      .     .     . .  .    . . G     .    .       .   .  .  . . .    .   .  . .    .  .   .  .          .                                                    
blockSeqs                     :                                         .  C    .     .                       . .  .   .          . .        . .  . .     .    .     .  .         G  .      .    G     .    .            .   .  .     .       .     A     .   .  .     .   .   .  .     . .  T    AGTTA                      .     .     . .  .    . . A     .    .       .   .  .                                                                                                   
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originalCons                  :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :            4   3  8888 3   3   3        2  1    444   11111111111     0       2 2  2   2          2 33       4 2  2 11111 2    444   33 2         5  444    5555 555   33   222222222222 33  33 2     99999   55555 4444  33  55 333   666 33  2  333   2 4  3333 88888888888888888888888888 444   2     2 2  7777 2 5 7777  444  11111   666 33 2  2 2 5 3  33  2  5 33   66 33  2  888888     1     222222222222222222        7777 0 4 55    4  1 4           
lowQualScore                  :            .   .  .... .   .   .        .  .    ...   ...........     .       . .  .   .          . ..       . .  . ..... .    ...   .. .         .  ...    .... ...   ..   ............ ..  .. .     .....   ..... ....  ..  .. ...   ... ..  .  ...   . .  .... .......................... ...   .     . .  .... . . ....  ...  .....   ... .. .  . . . .  ..  .  . ..   .. ..  .  ......     .     ..................        .... . . ..    .  . .           
lowQualScore                  :            5   3  5555 3   3   3        7  3    444   22222222222     4       2 2  2   2          4 22       7 4  4 55555 4    444   66 5         6  111    0000 777   22   111111111111 22  22 4     11111   66666 3333  11  33 999   999 11  2  999   2 4  1111 66666666666666666666666666 111   4     4 4  4444 4 0 0000  444  22222   999 44 5  9 9 7 1  99  9  7 99   88 99  0  222222     7     666666666666666666        7777 8 0 55    0  2 0           
consensus                     :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
Reference ( family-4516 )     :      TACTCCCGTC-CT--A-T-GAT-ACC-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAGTTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTCACGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CG-ATTTATTTTNTA---CATG----A-N-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AANCC------CGGCATTTTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----ATT-T--CCGT-CACG-TTTTTGCTTCT
gi|1                          :       ACTCCATTC-CT--A-T-GAT-ACC-ACGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGAT-T-TA-CAT-TAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG-CA-ATTTAGTTTATA---CATG----A-G-AAA--AAA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTT----CA---GAA-ATTTG-G-AT----G-G-T-G--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCATTTTTA----AAG--TAA-T----TTTTTTTT----ATT-T--CCAT-CACG-TTTTTGCTTCT
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gi|19                         :      TACTCCTGTC-CTTAA-T-GAT-ATT-GTGGGTCC-TACGGTA---TTGCAGTAGACTGCCAGTAGTTTAATT-T-GA-CAT-CAGTCatgcccgtcatgt
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gi|23                         :                                  CGGGTCC-TATGGTA---TCG-----------CGGTAGTTAAGTT-G-TA-CAT-CAGTCtcatg
gi|3                          :                -CT--A-T-GGC-ACT-GCTGGTCC-TAAAGTA---TTG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTTGCAAG-T--GAAACGT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATTTTTTG---TATG----A-T-AAA--ATA------------C--TA--T-ACCAC-----TCA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--TAAAA-A--AAA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-AA----G-G-T-G--CA---GT-----CCT---T--C-AA-T-T-T-CT--AA-CG-A--CTA--A--ACATT------TGGCATTTTTT----CAG--C-A-C----TTTTCTTA----A-A-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTTC
gi|4                          :          aCCGTCGCT--A-T-GAT-ACC-GCGGGCCC-TATG-------------------------GTTTAGTT-T-TA-CTT-CAGTCGCGAGTT--GAACTGT-G-AC-A-----T-TTAT---CGG-CG-ATTT-TTTTTTA---CTTG----ATA-AAA--AAA------------C--TA--T-TGGAC-----TCA-----A-C--AC--AT--G---TTT---C--AA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAC--A--T-GTTC---AA---GAATTTTTG-G-AA----G-G-TAA--CA---GTC----CTT---T--C-AA-T-T-C-AT--AA-CG-G--CTG--GATAATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-CT---TTTTCTTA----ATT-C--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|5                          :               t-CT--A---GAT-ACC-GCGGGCCC-TATGGT-------------------------TTAGTT-T-TAACTT-CAGTCGCGA--T--GAACTGT-G-AC-A-----T--TAT---CGG-CG-ATT-ATTTTTAA---CTTG----A-T-AAG--AA-------------C--TAAAT-TGCAC-----TCA-----A-C--AC--AT--G---TTT---TCAAA-TT---GA-----T-A--T-----CCCAAACCA--C-CTT----CATCGAAA-TTTTG-G-AAA---G-G-T-A--CA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-TCAT--AAACG-A--CTG--A--AATCT------GGGCATTTTTT----CAG--T-A-C-----TTTCTTA----ATTCC--CCGT-CATG-TTTTTGCTTCT
gi|6                          :          CCCGTC-TT--T-T-GAT-ACT-GCGGGTCC-TACGGTA---CCG-----------CGGTAATTTAGTT-T-TA-CAT-CAGTTACGAG-T--GAAACTT-G-GC-A-----T-CTAT---CAG-CA-ATTTATGTTTTA---CATG----A-T-AAA--ATA------------C--TA--T-TGCAC-----TCA-----A-A--TC--CT--G---TCT---C--GA-CT---GAA-A-AT-A--T-----A--AAA--A--T-GTG----AA---GAA-TTTTG-G-A---------------A---GT-----ATT---T--C-AA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTA--A--AAACT------CGGCATTTTTC----A-G--C-A-C----T----TTA----ATT-T---CGT-CATG-TTTTTGCT
gi|7                          :                -CT--A-T-GAT-ACC-GCGG-TCC-TATGGTA---CC------------CGG-AGTTTAGTT-T-CA-CAT-CAGTCATGAG-T--GAACCGT-G-AC-A-----T-CTAT---CGG--G-ATTTCATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AAA------------A--CA--T-TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---A--AA-CT---GAA-ATAT-T--T-----T--AA---------------AA---GAA--TTTG-G-AA----G-A-T-G--CA---GT-----CGT---T--CTGA-T-T-T-AT--AA-CG-A--CTG--A--AAACC------CGGCA--TTTT----AGG--T-A-C----TTTTCTTA----A-T-T--CCGT-CATG-TTTTTGCTT
gi|8                          :          catGTC-CT--A-TTGAT-ACC-GCGG-TCA-TATGATA---CAG-----------CGGTAGTTTAGTT-TACA-CAA-CCATCACGGG-T--GAACCGT-G-AC-AAT---T-CTAG---CGG-GGGATTTAATTTGTA---CATG----A-G-AAA--AAA------------T--T-----TGCAC-----TGA-----A-A--GC--CT--G---TCT---C--AA-CT---GAA-C-ATGA--T-------------T--T-GTTTTTAAA---GAA-TTTCG-G-AA----GAA-T-G--AA---GT-----CTT---T--C-AA-T-T-T-ATAAAA-C--A--CTG--A--AATCC------CAGCAATTTTA----AGGTTT-G-C----TTTTCTT
gi|9                          :    caTACTCC-GTC-CT--AAT-GGTTACCAGCGGGTCC-TACGG-A----CG-----------AGGTATTTCGATT-T-T--CAT--AGTCCCGAG-T--TAACC---G-ACAA-----T-CTAT-----G-CG-AGTTATTTT-TA---GAGA----A-T-AAT--ACA------------C---A--T-AATAC-----GCG-----A-C--AT--TT--G---TCA---C--AA-C----GAA-A-GT----T-----A--AA--------GT------------A-TTCCG-G-AATTATG-G-T-A--CA---GTATATCCTTC--C--C-AA-TGT-T-AT--AA-C--A--GTGAAA--AATTC------TAACATTTTTT----TCGCTT-G-C----TTTTCTT