lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 1 2222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444444444444444444444 2222222222222222222222 1111111 555555555555555555555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666666666666666666 222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 0 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 6 3 8 4 4444444444444 33 444 11111111111111111111111111111111111111111111111 33 00000 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666666 2 22 2 2 4444 8888888 2 2 44 22 22 777777777777777777777 55 1 33 333 1111111111111111111111 6666 2222222 777 000000000000000000000000 5 2 2 555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 3 77 2222222222222222222222 3 444 3 555 3 555 55 000000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1
lowQualScore : . . . . ..................................................................................... .. . . . . ............. .. ... ............................................... .. ..... .................................................................... ....... . .. . . .... ....... . . .. .. .. ..................... .. . .. ... ...................... .... ....... ... ........................ . . . ... ............................................................................................................... ... . .. ...................... . ... . ... . ... .. ......... ........................................................................................................... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0 6 1 4 4444444444444 55 777 00000000000000000000000000000000000000000000000 22 99999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888888 1 99 1 1 5555 9999999 1 1 33 99 99 999999999999999999999 66 2 22 555 0000000000000000000000 5555 5555555 999 111111111111111111111111 7 9 9 000 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 6 33 9999999999999999999999 1 777 3 888 3 888 99 555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT-----GCGT--CCGTTCGTTAGGT-TTTTATGTCTGTT-CATCACGC-GTTT-ATGTA---TC-----TTG---AT-T----TCAA------T--A--------T----ATG--T-----AT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----TAT-------TGTCATTCA-TTT-GC-AAAA--TA--TCA--C----T-G-T----TT--GTGCAT--ATAGA--AT-C-ATT-T---GC-TGTGTAT-T---AAGTGGTT----T------GTCTTG---TT-T----GT----A---AA-G-T--A-T-T-G---TTCGTTTT-----C--GCA-----AT-N---------A--C----G-TCT--------G---TT----CGTT---GC-A---T--T----ATGTACCAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TATTTG--TTT-------GNN---------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATGTC-ATTTATTA--A-TTTT-------TATT-A---TGNTCATTGAAA-TA---NTAT--CAAGA-TGTTTA-TTTTCTCTTA------CA--------T----------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( gi|1 ) : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAATTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GCGTAACTGTTCATTACGT-TTTTATGTCTGAT-CATCATGC-ATTT-ATGTA---TC-----TTG---AT-T----TCAA------T--A--------T----ATG--T-----AT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----TAT-------TGTCATTCA-TTT-GC-AAAA--TA--TCA--C----T-G------TG--GTGCAT--ATAAA--AT-C-A-T-T---GC-CGTGCAT-T---AAGTGGTT----T------ATCTTG---TT-G----GT----A---AA-G-T--A-T-T-G---TTCGTTTT-----T--ACA-----AT-T---------A--T----G-TTT--------G---TT----CGTT---AC-AG--TG-T----ATGTACTGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TATTTG--TTT-------GGA---------AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATGTT-ATTTCTCA--A-TTTT-------TATTAA---TAATCATTGAAA-TA---CTAT--CAAAATTGTTTA-TTTCCTC---------CA--------T----------T----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATAA
gi|8 : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGGGCGT--CCGTTCATTA-GT-TTTT--------------------TTT--TGTT---TC-----ATG---GT-T----TCGA------T--A--------T----ATG--TTTGT-ATGGTGAAA---A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TT----TGT-------TGTTATTTA-TTT-CC-AAAC--TA--ATA--C----G-GTTCA--TT--GTGCAT--ATAGA--GT-A-ATT-T---GT-TGTGTAT-C---GAGTGTTT----T------GTCTTG---TT-T----TT----A---AA---C--A-T-T-G---CTCATTTT-----C--GAA-----AGAT---------AACT----G-TTC--------G---TT------TT---GC-AG--T--T----ACGT
gi|11 : -----GCGCATCCGTTCGTTAGGGGTTTTAAGTTTGTT-CATTAAGC-GTTT-CTGTA---TC-----TTG---AT-T----TCAA------T--A--------T----TTG--T-----AT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-T-TC----TAT-------TGTCATTCA-TTT-GT-AAAA--TAACTTG--C----TAG------TT--GGGCAT--ATAGA--AT-A-ATT-T---GC-TGTGTAT-TTAAAAGCAGTT----T------ATCTTG---TT-T----CT----A---TA---T--A-T-T-G---TTCTTATT-----T--GTA-----AT-T---------A--C----A-CCT--------G---TT----TGTT---GC-ct
gi|18 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacaattt-----GCGTCACCGTACTTT--GG-TTTTATA-ATGTT-CGTCACGC-GTTT-ATGTAATATC-----TGC---GT-T----TCAAATA---T--A--------T----GTG--T-----AT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----GAT-------TGTCATTCA--TT-GC-AAGATGTA--TCA--CCGTTT-G------TT--GTGCAT--AT-AG--AT-C-A-gtaccatatctt
gi|16 : cgacgactgattag-----GCGT--CCGTTCGTTAGGT-TTTTATGTCCGCT-CA-CAT-----------------------TTG---AT-T----TCAA------T--A--------T----ATG--T-----Agaggatgaatatcatttt
gi|2 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcTTCGTTAGGT-TTTTATGTCTGTT-TATCACGC-GTTT-ATATA---TCACTGTTTGTGTATATGGAATCAT------TTGG--------T----ATG--T-----AT----------T-------ACGTG---------G------T------------T---------------TG-------TC-TT--GT-T-TTCAGGTAT-------TG---TTCACTTT-GC-AAatattctgagtgagaaacagtcttttatagatttaactgatcttagcattgtctgatgtacaaaactcatattattaatcaaaatagttgttttatgtagattgttccgctttcgcagaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|5 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgactgtgtaagtttaaacacaTTTGTTAGGT-TTTTATGTCTTTG-CATCAAGA-GTTC-ATGTA---TT-----TCT---AT-T----TCAA------T--A--------T----ATG--T-----AT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-TT----T----------GACATTCA-ATC-TC-------TG--TT--------T-G------TT--ATGCAT--ATCAA--AT-C-A-----------------------AGTGGTT----TGACTTCATTTTA---AT------GT----A---CATG-T--A-T-T-C---CTTGTTTTGCAAAT--ATA-----AC-C---------ATTT----G-TTT--------GCAATT----TTTT---TC-TGTTTGTT----ATGTACCAGA----TCGTTAA-------TTTA---TGTA-TATTTG--TTT-------TGC---------A-AAAAGGTCCA--TG--ATTAC-GCA---TTGT---A--GTC-ATTTcgataataattcgttttgcatttatgtacaagatcgttaactttgcttttatgtacatttgttttacaaaacggtccattgattaagcatttaatgtcatttattacgttttcatgttcattgaaataattctaagtgtttattttctcttatagctacctgtgccctttctgtcgcccat
gi|13 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgtttatgtatcgaTTCGTTAGGT-TTTTATGTCTG--------TTC-GTTT-ATGTA---T-----------------------------------------------ATG--T-----AT----------A-------A-------------A------T------------T----------------A-------TC-AT--GA-T-TT----T----------GTCATTCA-TTT-GC-AAAA--TA--TAA----------------------GC--------------------T---GC-TGTGTAT-T---AAGTGGTT----T------GTTTTGA--TT-------T----T---AT-G-T--A-T-C-G---TTCGTTTT-----G--GAA-----A--G---------A--T----A-ATT--------G---TT----CATT---a
gi|21 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttatgcgttccATTAGGT-TTTTATGTCTGTTGCATCAAGA-GTTC-ATGTA---TC-----TTT---AT-T----TCAA------T--G--------T----ATG--T-----AT----------A-------ttgcaattacatatacatgttcgttatgttccggatct
gi|20 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatg-TTTTATGTCTGTT-TATCACGC-GTTT-AAGTA---CC-----TTC---AT-T----TCAAAATATAT--A--------TCATTATG--T-----ATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----TAT-------TGTCATTTA-TTT-GC-GAAA--TA--ACA--tatggtgagctactca
gi|4 : TGTCTGTT-CACCACGC-GATT-ATG-----------------------------A------T--G--------T----ATG--T-----AT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-T-TT----CAT-------TGTCATTTA-TTT-GC-AAAA--TA--TCA--C----T-GCTTC--TT--GTGCATACATAGA--AT-C-ATT-T---GT-TGTGTAT-T---AAGTGGTT----T------GTCTTG---TT-T----TT--------AT-G-C--A-T-T-G---TTCGTTCCG----T--AAAGATGCAT-TA--------A--C----A-TCT--------G---TT----TGT--------------T----ATGTACCGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TAAT----TTT-------G---------------------CA-T-----TTAATGCC---TT-T-----TATT-A----TAA--G-TTTT-------T----A---TGCTCAGTGAAA-TAATCTTAC--CGTAAGTGTTTA-TTTTCTCTTA------TA--------T----------TGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAagcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : GTCTGGC-C-TCTTGA-ATTTCATGTA---TC-----ACC---AT-G----GCAG------G--A--------T----ATG--T-----ATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAAT-TT----CATG------TATCAC-CA-TG--GC-AGGA--TA--TCA--CA---T-G------TA---TGCAT--ATAAA--AC-C-A-T-T---GT-Ccac
gi|12 : CTGTT-CATCTCGCGATTC-A---A---TG-----TTA---A---------AA------C--A--------TGTA-ATG--T-----AT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----CAT-------TGTCATTCA-TTT-GC-AAAA--TA--TCA--C----T-GCT----TGTTGTGTAT--ATAGT--AT-A-ATT-T---GC-TGTGTATAT---A--TGCCT----T------GTTTTA------G----GT----ATACAT-G-T--A-TATAG---TTCG-TTT-----T--GCA-----AA-G---------A--TA---A-TCT--------A---TT----TGT--------------T----ATGTACCAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTATTTG--TTTTCCCGAGAAA---------AAAAAAGGTCCG-TTG--A
gi|9 : TTT-TTGTT---TC-----ATG---GT-T----TCGA------T--A--------T----ATG--TTTGGTATGGTGAAA---A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TT----TGT-------TGTTATTTA-TTTCCC-AAAC--TA--ATA--C----G-GTTCCATTG--ATGCATA-ATAGA--GTAA-A-T-TTGGGT-TGTGTAT-C---GAGTGTTT----T------GTCTTG---TT-------T----T---AA-A-C--A-T-T-G---CTCATTTT-----C--GAA-----A--G---------A--T----A-ACT--------G---TT----CGTTTTGGC-AG--T--T----ACGT-CTG
gi|3 : cattacaaaatctgtgacgcaaaaacttcatgggcgtccattggttacggggatcacaaaaatctgtgacgcaaaacttcatgggcgtccgtcattagtttttTGGA---TG-----TTG---AT---------A------T--A--------T----ATG--------GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----TAT-------TGTCATACA-TTG-GC---------------------------------------T--ATGAA--AT-C---T-T---GT-AA----------AAGTAGTTATAAT------GTTTTG---TTCGCTTTGC----A---AA-GAT--AAC-C-G---TTCGTTTT--------GCA-----TT-TTTTTTTTTAA--T----G-TTT--------G---CA----CGTT---A------TG-T----A---AACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGCA--AT--------------------------------AG------------TTAT-GCA---TT-T---AATTTT-CTTTATTA--AGTTTT-------T----A---TAGTCATTGAAA-TT---TTAT--TAAG--TGTTTA-TTTTCTCTTTCGATG-CAATT-----T----------C----------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAtg
gi|10 : aaactgtgacgtaaaaattcatggggcgccaccctacgactgtttacgcgtccgttcgctaggttGTA---TG-----TTG---AT-T----TCAA------T--AAATTAATAT----ATGGTT-----AT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-C-TT----TAT-------TGTCAATTA-TTT-GC--AAA--TA--GCA--C----T-GTT----TGT-TTGCAT--ATGAA--AT-A-ATT-T---TT-TTTGTAT-TTA-AAGTAGTG----T------GTCGTG---TT-C----GTTTGCA---AA-G-CTAA-C-C-G---TTCG-TTT-----T--GCA-----AT-T---------A--C----G-TTT--------G---TT----TGTT---AT-Atacccttgtaa
gi|24 : ----TCAA------T--A--------T----ATG--T-----ATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TT----AAT-------TGTTATTCA-TTT-GC-ACAA--TG--CCA--T----T-GTT----TGTTGTGCAA--ATAGA--AT-C-A-C-T---caatacaaaaaggcgaagttaacatttgcaaaaaggtccatttttaagcatttaatgttcattcttaagtttttggtagtccttgaaagttttatcaacagt
gi|2 : TG--T-----GT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-T-TT----TATGTCTGTTTATCACGCG-TTT-----ATA--TA--TCA--C----T-G------TTT-GTGTAT--ATGGA--AT-C-A-T-TT--GG-TATGTAT-T---ACGTGGTT----T------GTCTTG---TT-T-----T----C---AG-G-T--A-T-T-G---TTCACTTT-----GCAACG-----AT-A---------A--T----AATTC--------G---TT------TT---GC-AT--T--T----ATGTACAAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CATTTG--TTT-------TAC---------A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATGTC-ATTTATTAC-G-TTTT-------CAT--G---T--TCATTGAAA-TA---AT-T--CTAAG-TGTTTA-TTTTCTCTTATAGCTACC--------T----------G----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|6 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-T-TT----TAT-------TGTCAACCA-TCT-GC-TGAA--TA--TCA--CAGTTT-G------CT--GTACAT--ATAGA--AT-C-A-TGT---GC-TACGTAT-A---AAGTGGTT----T------GTCTTGAATTT----------------AA-G-T--A-T-T-G---TT-ATTTT-----G--A-A-----AG-G---------A--TAGGCG-TTC--------G---TTTTGCCATT---GCGAC--TA-TTCCTATGTACCATA----TC--------------TA---TGTA-TATTTG--TTT-------TGC----------TAAATGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-C---AATGTT-ATTTATTA--A-TTTT-------T-TT-A---TGTTCACTGAAA-TC---ATAT--TAGG--TGTTTA-TTTCTTCTTA------CACAGTATTGT----------T----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-TATT----TAT-------TGTCATTCA-TTT-GCAAAAA--TA--TCA--C----T-GTT----TG--TTGTAC--ATAAAGCAT-CTA-T-T---GC-CATGCAT-TTAAAAGCCGTT----T------GTGTTA---CA-T----AT----A---AG-T-T--A-G-T-A---TTTGTTTT-----A--AAAAG---AT-T---------A--TCG--A-TTTGCAACTACG---TC----TGTT---TC-A---TG------A-GTACCAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTTATA--TTT-------TGC---------AG-AAAGGTCCGACTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATGTCAATTAGTAA--G-TTTT-------TAT--G---T--TCATTT----TC---CCAT----ATATTG--TA-TT------------------------T----------T----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|15 : tgtataaatggcgagaaaatc-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-T-TT----TAG-------TGCCATTCA-TTT-GC-AAAC--TA--TCATTT----T-G------TT--GTGCAT--ATAGA--AT-C-ATT-T---GC-TATACAT-T---AAGTg
gi|14 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc-------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-T-TT----TAT-------TTTCATCTA-TTT-GC-AAAG--TA--TCA--C----T-G------TG--
gi|30 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcA--TA--TCA--CCGTTT-G------TT--GTGCAT--ATAGA--GT-C-ATT-T---GCTCGT--AT-A---AGGTGGtagt
gi|14 : T----T------GTTTTG---TT-TTT--GC----A---AA-G----A-T-T-GGCGTTCGTTTT--------GCA-----AT-C---------A--T----G-TCT--------G---TT----CG--------------------ATAT-----------------TTTTGCATTTA---TGTA-TATTTGT-TTT-------GCG---------AAAAAAAGTTCG-TTG--AGTAA-GAATTGTT-T---AATGTC-ATTTATCATGA-TGTT-------TATGAA--------ATT-AAA-T-------T--TTAAAGTGTTAA-TTTCCTC---------ggttttttt
gi|17 : aaTA---TT-T----GC----A---AA-GAT--AAT-C-G---CTCATTTT--------GCA-----GC-T---------A--C----A-TCT--------G---TT----CGTT---A---------------TGTATCAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TA--TA--TTT-------GGGGTTTATTTTAGAA-----TTG-TTG--TTTGA-GCA---GT-T---CATGTC-ATTTACTA--A-TTTTCCATGGCTATTTA----AATCAT----A-CA---GTATTCTAAGA--GTTTA-TTgacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|19 : TCA---TGTA-TATTTGTTTTT-------GCA-----------AAAAGGTCCA-TTGATATTAA-GCA---TT-T---AATGT---------A--A-TATT-------TATTAAAATTGATCATTGAAACTA----TAT--CAAG--TGTTTA-TTATCTCTTATATGG-CATGTT----T----------T----------------TGCCTTTTCTGCAACACATatcttttttatggtattatggtattctttgccctttcc
gi|23 : caTA---TGTA-TATTTA--TTT-------TCA---------A--AAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-TTTAAATTTC-ATTTATTA--A-GTT----------TTCA---TGTTCATTGAAA-TA---ATAT----AAAGTATTTA-TTTTCTC---------
gi|15 : TTGG--TTT-------GCA---------A--AAAGGTCCG-TCG--ATTAA-GCA---TT-T---CAT-TT-ATT----A--ACTTTT-------TAT--G---TGTTAATTGAAA-TA--------------TTGTTTAATTTCTTT---------CA--------TATGCTATTTTT----------------TGCCCTTTCCGCCGC
gi|10 : --TTT-------GCA---------A--AAAGGTCCA-TTT---TTAA-GCA---TT-T---AATGTT-CATTCTTA--A-GTTT---------TTGG---TAGTCCTTGAAAGTT---TTAT--CAAccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|26 ): TCATGCAATACATTGTCGGACATTTCATTAAGTATTTATTTTATCTTATATGCTATTTTTGCCCCTTTCGTCGCCCATAC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 222 11 11 9999999999999999 333333 111 1111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 22222222222222222222 111111111 111 444444444444444444444444444444444 1111111111111 2 111111111111111111 66666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333 11 33333 3333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 3 3 3 333 88 88 4444444444444444 5 0 555555 88888 66 1 3 55 3 44 55 000 2 77 2 6666666666666666666666666666666666666 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666 2 22 3333333333333 2 8888888 0 22 66 22 2 00000000000000000000 55 000000000 55 2 2 2 444 2 2 444 5555 99 444444444444444444444444444444444 8888888 444 6666666666666 1 888888888888888888 2 55555555555555555555555555555555 0 3 6666 2 88888888 555 3 33 777 99999999999999 2 2 33 3 555 3 555 3 44 00 00000 1 3 0000000000000000000000 3 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : . . . ... .. .. ................ . . ...... ..... .. . . .. . .. .. ... . .. . ..................................... .. .................................................................... ....... . .. ............. . ....... . .. .. .. . .................... .. ......... .. . . . ... . . ... .... .. ................................. ....... ... ............. . .................. . ................................ . . .... . ........ ... . .. ... .............. . . .. . ... . ... . .. .. ..... . . ...................... . ..........................................
lowQualScore : 3 3 3 333 33 33 3333333333333333 8 4 000000 77777 11 0 7 55 6 66 88 222 9 99 3 9999999999999999999999999999999999999 22 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555 0 88 0000000000000 0 5555555 4 88 44 66 0 55555555555555555555 00 777777777 99 8 5 5 777 5 5 777 7777 44 444444444444444444444444444444444 9999999 444 2222222222222 7 888888888888888888 7 00000000000000000000000000000000 8 1 5555 3 55555555 444 1 99 999 99999999999999 9 9 99 1 444 1 444 1 22 44 55555 0 3 6666666666666666666666 3 666666666666666666666666666666666666666666
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----ATG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGCAA--AA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG--TTT--------GT---------A---A---AG-T--A-T---C-G---TT-------------CGTTTT-GCAA--------TTA----C-GT-CTGTT----C----G--TT--GC----A--T---T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT--TTG---TTT--------N-GC--A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATG-T--CATTTATTAA-NTTT--TT-ATGNTCATTGAAA-T-----AATAT--CA----AGG-TGTT-TATTTTCTCTTAT------A---------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( family-4435 ) : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----ATG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGCAA--AA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG--TTT--------GT---------A---A---AG-T--A-T---T-G---TT-------------CGTTTTCGCAA--------TNA----C-GT-CTGTT----C----G--TT--GC----A--T---T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT--TTG---TTT--------G-NN--A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATG-T--CATTTATTAA-TTTTTATT-ATGNTCATTGAAA-T-----ANTAT--CA----AGA-TGTT-TATTTTCTCTTAC------A---------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
gi|1 : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAA-TTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GCG--TAAC--TGTTCATTACG--T-TTTTATG--TCTGAT-CATCATGCA-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----ATG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGCAA--AA--TA--TCAC-TG----T----G---G---T---GCATA--TAAAATCA---------TTG--CCGTGCA-T-T---A-A-GTG---GTTTATC----TTG--TTG--------GT---------A---A---AG-T--A-T---T-G---TT-------------CGTTTTTACAA--------TTA----T-GT-TTGTT----C----G--TT--AC----AG-TG--T--ATGTAC-TGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT--TTG---TTT--------G-GA--AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATG-T--TATTTCTCAA-TTTTTATTAATAATCATTGAAA-T-----ACTAT--CA----AAATTGTT-TATTTCCTC---C------A---------T-------T----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATA
gi|10 : GTA---T-GTTGATTTCAA------TAAATTAATAT----ATGGTTAT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------C-TTTAT-------TGTCAATTATTTGC-A--AA--TA--GCAC-TGT---T----T---GTT-T---GCATA--TGAAATAA-----T---TTT--TTTTGTA-T-TTA-A-A-GTA---GTGTGTCGTGTTCG--TTT--------GC---------A---A---AG-CTAA-C---C-G---TT-------------CGTTTT-GCAA--------TTA----C-GT-TTGTT----T----G--TT--AT----A--C---A--A--TAC-AAAA----AGGCGAA----G---TTA------A-CAT--TTG-----------------C--A-AAAAGGTCCA-TTT---TTAA-GCA---TT-T---AATGTT--CATTC-TTAA-GTTTT-TG-GTAGTCCTTGAAAGT-----TTTAT--CA----Aa
gi|11 : AATTT------GCGCAT--C--CGTTCGTTAGG--GGTTTTAAG--TTTGTT-CATTAAGCG-TTT--CTGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----TTG--TAT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-------------T-TCTAT-------TGTCATTCATTTGTAA--AA--TAACTTGC-TAG---T----T---G---G---GCATA--TAGAATAA-----T---TTG--CTGTGTA-T-TTAAA-A-GCA---GTTTATC----TTG--TTT--------CT---------A---T---A--T--A-T---T-G---TT-------------CTTATTTGTAA--------TTA----C-AC-CTGTT----T----G--TT--GC----------------GTAC-CATA----TCcagt
gi|12 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacCTGTT-CATCTCGCGATTC--A---A---T-GTTAA----AA------CA--------TGTA-ATG--TAT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTCAT-------TGTCATTCATTTGCAA--AA--TA--TCAC-TGCTTGT----T---G---T---GTATA--TAGTATAA-----T---TTG--CTGTGTA-TAT---A------------TGCC----TTG--TTTTAG-----GT---------ATACA---TG-T--A-TA--TAG---TT-------------CGTTTT-GCAA--------AGA----TAAT-CTATT----T----G---------------T---T--ATGTAC-CAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTAT--TTG---TTTTCCCGAGAA-AA--A-AAAAGGTCCG-TTG--Att
gi|13 : T------GCG--T--T--CCTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT--------CG-TTT--ATG------------------------TA--------T----ATG--TAT----------A-------A-------------A-------------------T---------------TA-------TC-AT--GA-------------T-T---T-------TGTCATTCATTTGCAA--AA--TA--TAA-------------------------GC-----------------------TG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTT----TTGATTTT--------AT------------------G-T--A-T---C-G---TT-------------CGTTTTGGAAA---------GA----T-AA-TTGTT----C----ATTTT--GCA---A--T---TACATATAC-ATGT----TCGTTA
gi|14 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttaTTGTT----TTG--TTTTT------GC---------A---A---AG----A-T---T-GGCGTT-------------CGTTTT-GCAA--------TCA----T-GT-CTGTT----C----G----------------------ATAT------------------TTTTGCATTTA---TGTA-TAT--TTGT--TTT--------GCGA--A-AAAAAGTTCG-TTG--AGTAA-GAATTGTT-T---AATG-T--CATTTA--------TCATG-ATGTTTA-TGAAA-TTA---AATTT--TA----AAG-TGTT-AATTTCCTCTTtgttccggatct
gi|14 : -------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-------------T-TTTAT-------TTTCATCTATTTGCAA--AG--TA--TCAC-TGT---gacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|15 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcT--TGG---TTT--------G-C---A-AAAAGGTCCG-TCG--ATTAA-GCA---TT----------T--CATTTATTAACTTTTTA-T-GTGTTAATTGAAA-T-----AT---------------TGTT-TAATTTCTTTCAT------ATGCTATTT-T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCgtagt
gi|15 : -------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-------------T-TTTAG-------TGCCATTCATTTGCAA--AC--TA--TCAT-TTTG--T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTATACA-T-T---A-A-GTccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
gi|16 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCCGCT-CA-CA--------------------TTTGATTTCAA------TA--------T----ATG--TA-----------A---------------------------------------------------------TA-------TT-CT--GAGTGAGAAACAGTCT-TTTAT-------AG--ATTTAACTG-AT--CT--TA--GCAT-TGT---C----T---GA--T---GTACA---AAACTCA-----TA--TTA--TTA---A-T-CA--A-A-ATA---G-TTGTT----TTA----T--------GT---------A---G---------A-T---T-G---TTC------------CGCTTTCGCA
gi|17 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcTA--TTT--------GC---------A---A---AGAT--AAT---C-G---CT-------------CATTTT-GCAG--------CTA----C-AT-CTGTT----C----G--TT------------------ATGTAT-CAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TATATTTGGGGTTT--------A-TTTTA-GAA----TTG-TTG--TTTGA-GCA---GT-T---CATG-T--CATTTACTAA-TTTT--CC-ATGGCTATTTAAA-TCATACAGTATTCTA----AGA--GTT-TATTATCTTTTgaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|18 : ------GCG--T--CACCGTACTTTGG-----TTTTATA---ATGTT-CGTCACGCG-TTT--ATGTAATAT-CTGCGTTTCAAATA---TA--------T----GTG--TAT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTGAT-------TGTCATTCA-TTGCAA--GATGTA--TCAC-CGTTTGT----T---G---T---GCATA--TAG-ATCA-----ttatggtattatggtattctttgccctttcc
gi|19 : cgacgactgattagTCA---TGTA-TAT--TTG---TTT--------T-TGC-A-AAAAGGTCCA-TTGATATTAA-GCA---TT-T---AATG-TAATATTTATTAA-----AAT---TGATCATTGAAA-C-----TATAT--CA----AG--TGTT-TATTATCTCTTAT------ATGGCATGTTT-------T----------------TGCCTTTTCTGCAACACATgaggatgaatatcatttt
gi|2 : caTG--TGT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-------------T-TTTATGTCTGTTTATCACGCGTTT---A--TA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GTATA--TGGAATCA-----T---TTG--GTATGTA-T-T---A-C-GTG---GTTTGTC----TTG--TTT---------T---------C---A---GG-T--A-T---T-G---TT-------------CACTTT-GCAA--------CGA----T-AA-TAATT----C----G--TTTTGC----A--T---TT-ATGTAC-AAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CAT--TTG---TTT--------T-AC--A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATG-T--CATTTATTAC-GTTT--TC-ATGTTCATTGAAA-T-----AAT-T--CT----AAG-TGTT-TATTTTCTCTTAT------AGCTACC---T-------G----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|20 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-TTTTATG--TCTGTT-TATCACGCG-TTT--AAGTA---C-CTTCATTTCAAAATATATA--------TCATTATG--TATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCATTTATTTGCGA--AA--TA--ACA
gi|21 : TTAGG--T-TTTTATG--TCTGTTGCATCAAGAG-TTC--ATGTA---T-CTTTATTTCAA------TG--------T----ATG--TAT----------A-------agcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatga-TTC--ATGTA---T-CACCATGGCAG------GA--------T----ATG--TATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAA------------T-TTCATG------TATCAC-CATG-GCAG--GA--TA--TCACATGT------------A---T---GCATA--TAAAACCA-----T---Ttatggtgagctactca
gi|23 : gtctggcctcttgaatTA---TGTA-TAT--TTA---TTT----------TC--A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-TTTAAATT-T--CATTTATTAA-GTTT--TC-ATGTTCATTGAAA-T-----AATAT--AA----AG--TATT-TATTTTCTCgtc
gi|24 : TCAA------TA--------T----ATG--TATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTAAT-------TGTTATTCATTTGCAC--AA--TG--CCAT-TGTTTGT----T---G---T---GCAAA--TAGAATCA-----C---T
gi|26 : AT--TA----AG--TATT-TATTTTATCTTAT------A---------TGCTATTTT----------------TGCCCCTTTCGTCGCCCATA
gi|3 : tcatgcaatacattgtcggacatttcAAA-CTGTGACGTAAAAATTCATGGGGCG-----C--CACCC--TACGACT-GTTTACGCGTCCGTT-CGCTA-G-G-TTT----GGA---T-GTTGAT----A------TA--------T----ATG---GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCATACATTGGCTATGAA---A--TC---------T----T---G---T-----------AAAA---------------------GTAGT-T---ATA-ATG---TTTTGT-----TCGC-TTT--------GC---------A---A---AGAT--AAC---C-G---TT-------------CGTTTT-GCAT--------TT--------T-TTTTT----TTAATG--TTT-GC----ACGT---T--ATGTAAACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGCA--AT------------------------------AG------------TTAT-GCA---TT-T---AATT-T--TCTTTATTAA-GTTT--TT-ATAGTCATTGAAA-T-----TTTAT--TA----AG--TGTT-TATTTTCTCTTTCGATGCAA---------T-------TTC--------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAc
gi|30 : A--TA--TCAC-CGT---T----T---G---TTGTGCATA--TAGAGTCA-----T---TTG--CT-CGTA-T-A---A-G-GTG---Gtacccttgtaa
gi|4 : TG--TCTGTT-CACCACGCG-ATT--ATG-----------------A------TG--------T----ATG--TAT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-------------T-TTCAT-------TGTCATTTATTTGCAA--AA--TA--TCAC-TGC---T----TCTTG---T---GCATACATAGAATCA-----T---TTG--TTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG--TTT--------TT-------------A---TG-C--A-T---T-G---TT-------------CG-TTCCGTAAAGATGCATTAA----C-AT-CTGTT----T----G---------------T---T--ATGTAC-CGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TAA--T-----TTT--------G---------------CA-T-----TTAATGCC---TT-T---TAT---------TATAAG-TTT---TT-ATGCTCAGTGAAA-T-----AATCT--TACCGTAAG-TGTT-TATTTTCTCTTAT------A---------T-------TGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAggttttttt
gi|5 : T------GTA--T--C--GATTTGTTAGG--T-TTTTATG--TCTTTG-CATCAAGAG-TTC--ATGTA---T-TTCTATTTCAA------TA--------T----ATG--TAT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-------------T-TTT----------GACATTCA--------------A--TCTC-TGT---T----T---G---TTATGCATA--TCAAATCAAGTGGT---TTGA-CTTCATT-T-T---A-ATGTACATGTATTCC----TTG--TTTT-------GC---------A---A---A--T--A-TAACC-A---TT-------------TGTTT--GCAA--------TTT----T-TTTCTGTT----T----G--TT------------------ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTT-------A---TGTA-TAT--TTG---TTT--------T-GC--A-AAAAGGTCCA--TG--ATTAC-GCA---TTGT---A--G-T--CATTTAcac
gi|6 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgttta-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-------------T-TTTAT-------TGTCAACCATCTGCTG--AA--TA--TCAC-AGT---T----T---GCTGT---ACATA--TAGAATCA-----T---GTG--CTACGTA-T-A---A-A-GTG---GTTTGTC----TTGAATTT-----------------------A---AG-T--A-T---T-G---TT--------------ATTTT-GAAA--------GGATAGGC-GT-TCGTTTTGCC----A--TT--GCGACTA--TTCCT--ATGTAC-CATA----TC--------------TA---TGTA-TAT--TTG---TTT--------T-GC--T-AAATGGTCCG-TTG--ATTAA-GCA---TT-C---AATG-T--TATTTATTAA-TTTTT-TT-ATGTTCACTGAAA-T-----CATAT--T-----AGG-TGTT-TATTTCTTCTTAC------ACAGTATTG-T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-------------TATTTAT-------TGTCATTCATTTGCAA--AAA-TA--TCAC-TGT---T----T---G---TT--GTACA--TA-AAGCA-----TCTATTG--CCATGCA-T-TTAAA-A-GCC---GTTTGTG----TTA--CAT--------AT---------A---AGTTAG-T--A-T---TTG---TTTTAAAAAGATTATCGATTT-GCAA--------CTA----C-GT-CTGTT----T------------C----A--T---G--A-GTAC-CAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTT--ATA---TTT--------T-GC--A-GAAAGGTCCGACTG--ATTAA-GCA---TT-T---AATG-T--CAATTAGTAA-GTTT--TT-ATGTTCATT-------------TTC--CC----ATA-TATTGTATT-------------------------T-------T----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|8 : tgtataaatggcgagaaaatcGCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGTTCATTAGT--T-TTTT-----TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---T-----GTTT--G------TA--------TG---GTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-------------T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCCAA--AC--TA--ATAC-GGTTCAT----T---G---T---GCATA--TAGAGTAA-----T---TTG--TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TTG--TTT--------TT---------A---A---A--C--A-T---T-G---CT-------------CATTTTCGAAA---------GA----T-AA-CTGTT----C----GTTTT--GC----AG-T---T--ACGTg
gi|9 : CATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAA---------------AAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGT-CATTAGT--T-TTTT-T---TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---TGTTTGGT----A------TG-------------GTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-------------T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCCCA--AAC-TA--ATAC-GGT---TCCATT---GA--T---GCATAA-TAGAGTAAA----T---TTGGGTTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TTG--TTTTAAACATTGCTCATTTTCGA---A---AGAT--AAC---T-G---TT-------------CGTTTTGGCAG--------TTA----C-GT-CTGTct
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 222 11 11 999999999999999 333333 111 1111111111111111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 6666666666666666666666 11111111 111111111 111111111111 1111 33333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 333 88 88 333333333333333 5 0 555555 88888 66 1 3 55 3 44 55 000 2 77 2 4444444444444444444444444444444444444 2 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666 2 22 2 2 8888888 33 22 44 22 2 00000000000000000000 55 999999999 66 2 2 2 333 2 2 555 6666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444444444 2 2 2 8888888 2 2 2 5555555555555555555555 0 3 6666 2 88888888 555 3 111111111 555555555555 2 2 33 555 3 555 3 44 44 55 0000 44 1 3 00000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : . . . ... .. .. ............... . . ...... ..... .. . . .. . .. .. ... . .. . ..................................... . .. .................................................................... ....... . .. . . ....... .. .. .. .. . .................... .. ......... .. . . . ... . . ... .... .............................................................................. ............. . . . ....... . . . ...................... . . .... . ........ ... . ......... ............ . . .. ... . ... . .. .. .. .... .. . . ....................... ..........................................................
lowQualScore : 3 3 3 333 33 33 333333333333333 8 4 000000 77777 11 0 7 55 6 66 88 222 9 99 3 4444444444444444444444444444444444444 4 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 1 99 1 1 9999999 00 99 88 88 1 88888888888888888888 33 555555555 33 6 7 7 000 7 7 000 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7777777777777 7 7 7 7777777 7 7 7 3333333333333333333333 4 1 5555 3 55555555 444 1 444444444 666666666666 9 9 99 444 1 444 1 22 66 55 0000 66 0 3 99999999999999999999999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGC-AA--AA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG-----------------TTT--------GC---------AA---A-------------------G--T--A-T---C-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTT-T--A--TGNTCATTGAAA-T--NATA------TCA----AAG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( family-4435 ) : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGC-AA--AA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG-----------------TTT--------GT---------AA---A-------------------G--T--A-T---C-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTN-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-NTTTT-T--A--TGNTCATTGAAA-T--AATA------TCA----AGG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
gi|1 : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAA-TTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GCG--TAAC--TGTTCATTACG--T-TTTTATG--TCTGAT-CATCATGCA-TTT--ATGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTTGC-AA--AA--TA--TCAC-TG----T----G---G---T---GCATA--TAAAATCA---------TTG--CCGTGCA-T-T---A-A-GTG---GTTTATC----TTG-----------------TTG--------GT---------AA---A-------------------G--T--A-T---T-GT-------------TCGTT-TTTA-CA-------ATT-AT-GT-TTGTTC----G--TT--AC-AG-TGT--ATGTAC-TGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTG-GA--------AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--TATTTCT--CAA-TTTTTATTAA--TAATCATTGAAA-T--ACTA------TCA----AAATTGTTTATTTCCTC--------------C---A----------------T-------T----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATA
gi|10 : GTA---T-GTTGATTTCAA------TAAATTAATAT----A-TGGTTAT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-C-TTTAT-------TGTCAATTATTTGC--A--AA--TA--GCAC-TGT---T----T---GTT-T---GCATA--TGAAATAA-----T---TTT--TTTTGTA-T-TTA-A-A-GTA---GTGTGTCGTGTTCG-----------------TTT--------GC---------AA---A-------------------G--CTAA-C---C-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------ATT-AC-GT-TTGTTT----G--TT--AT-A--C-A--A--TAC-AAAA----AGGCGAA----G---TTA------A-CAT---------TT------GC--------A-AAAAGGTCCA-TTT---TTAAGCA---TT-T---AATGTT--CATTC-T--TAA-GTTTT-TG-G--TAGTCCTTGAAAGT--TTTA------TCA----Aa
gi|11 : AATTT------GCGCAT--C--CGTTCGTTAGG--GGTTTTAAG--TTTGTT-CATTAAGCG-TTT--CTGTA---T-CTTGATTTCAA------TA--------T----T-TG--TAT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-T-TCTAT-------TGTCATTCATTTGT-AA--AA--TAACTTGC-TAG---T----T---G---G---GCATA--TAGAATAA-----T---TTG--CTGTGTA-T-TTAAA-A-GCA---GTTTATC----TTG-----------------TTT--------CT---------AT---A----------------------T--A-T---T-GT-------------TCT-TATTTG-TA-------ATT-AC-AC-CTGTTT----G--TT--GC-----------GTAC-CATA----TCcagt
gi|12 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacCTGTT-CATCTCGCGATTC--A---A---T-GTTAA----AA------CA--------TGTA-A-TG--TAT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTCATTTGC-AA--AA--TA--TCAC-TGCTTGT----T---G---T---GTATA--TAGTATAA-----T---TTG--CTGTGTA-TAT---A------------TGCC----TTG-----------------TTTTAG-----GT---------AT---ACATGT--------------A--T--A-T---A-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------AAG-ATAAT-CTATTT----G------------T-T--ATGTAC-CAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTAT---------TTGTTTT-CCCGAGAAAAA-AAAAGGTCCG-TTG--Att
gi|13 : T------GCG--T--T--CCTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT--------CG-TTT--ATG------------------------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------A-------------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-T---T-------TGTCATTCATTTGC-AA--AA--TA--TAA-------------------------GC-----------------------TG--CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTT----TTGAT---------------TTT--------AT----------------------------------G--T--A-T---C-GT-------------TCG-T-TTTG-GA-------AAG-AT-AA-TTGTTC----ATTTT--GCAA--T-TACATATAC-ATGT----TCGTTA
gi|14 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttaTTGTT----TTG-----------------TTTTT------GC---------AA---A-------------------GATT--G-G---C-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------ATC-AT-GT-CTGTTC----G-----------------ATAT------------------TTTTGCATTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GCGA------A-AAAAAGTTCG-TTG--AGTAAGAATTGTT-T---AATG-T--CATTTAT--CA------T-G--A--TGTTTA-TGAAA-TTAAATT------TTA----AAG-TGTTAATTTCCTCTT---tgttccggatct
gi|14 : -------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-T-TTTAT-------TTTCATCTATTTGC-AA--AG--TA--TCAC-TGT---gacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|15 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatc---------TTGGTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TCG--ATTAAGCA---TT----------T--CATTTAT--TAA-CTTTT-T--ATGTGTTAATTGAAA-T---AT------------------TGTTTAATTTCTTTC---A--------T---ATGCTATTT--------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCgtagt
gi|15 : -------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-T-TTTAG-------TGCCATTCATTTGC-AA--AC--TA--TCAT-TTTG--T----T---G---T---GCATA--TAGAATCA-----T---TTG--CTATACA-T-T---A-A-GTccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
gi|16 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCCGCT-CA-CA--------------------TTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TA
gi|17 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcTA-----------------TTT--------GC---------AA---A-------------------GA-T--AAT---C-GC-------------TCA-T-TTTG-CA-------GCT-AC-AT-CTGTTC----G--TT-------------ATGTAT-CAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TATATTTGGGGTTTATTTT-------------AGAA---TTG-TTG--TTTGAGCA---GT-T---CATG-T--CATTTAC--TAA-TTTTC-C--A--TGGCTATTTAAA-T--CATACAGTATTCT----AAG-AGTTTATTATCTTTT---T--------T---ATGGTATTATGGTATTCT-------T----------------TGCCCTTTCCatattctgagtgagaaacagtcttttatagatttaactgatcttagcattgtctgatgtacaaaactcatattattaatcaaaatagttgttttatgtagattgttccgctttcgcagaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|18 : ------GCG--T--CACCGTACTTTGG-----TTTTATA---ATGTT-CGTCACGCG-TTT--ATGTAATAT-CTGCGTTTCAAATA---TA--------T----G-TG--TAT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTGAT-------TGTCATTCA-TTGC-AA--GATGTA--TCAC-CGTTTGT----T---G---T---GCATA--TAG-ATCA-----
gi|19 : cgacgactgattagTCA---TGTA-TAT---------TTGTTTTTGC--------A-AAAAGGTCCA-TTGATATTAAGCA---TT-T---AATG-TAATATTTAT--TAA-AAT---------TGATCATTGAAA-C--TATA------TCA----A-G-TGTTTATTATCTCTT---A--------T---ATGGCATGTT-------T-------T----------------TGCCTTTTCTGCAACACATgaggatgaatatcatttt
gi|2 : ca-TG--TGT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-T-TTTATGTCTGTTTATCACGCGTTT----A--TA--TA--TCAC-TGT---T----T---G---T---GTATA--TGGAATCA-----T---TTG--GTATGTA-T-T---A-C-GTG---GTTTGTC----TTG-----------------TTT---------T---------CA---G-------------------G--T--A-T---T-GT-------------TCA-C-TTTG-CA-------ACG-AT-AA-TAATTC----G--TTTTGC-A--T-TT-ATGTAC-AAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CAT---------TTGTTTT-AC--------A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAC-GTTTT-C--A--TGTTCATTGAAA-T--AAT-------TCT----AAG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---AGCTACC----------T-------G----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|20 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-TTTTATG--TCTGTT-TATCACGCG-TTT--AAGTA---C-CTTCATTTCAAAATATATA--------TCATTA-TG--TATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTTATTTGC-GA--AA--TA--ACA
gi|21 : TTAGG--T-TTTTATG--TCTGTTGCATCAAGAG-TTC--ATGTA---T-CTTTATTTCAA------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------agcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatga-TTC--ATGTA---T-CACCATGGCAG------GA--------T----A-TG--TATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAAT-TTCATG------TATCAC-CATG-GC-AG--GA--TA--TCACATGT------------A---T---GCATA--TAAAACCA-----T---Ttatggtgagctactca
gi|23 : gtctggcctcttgaatTA---TGTA-TAT---------TTATTTT--C--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-TTTAAATT-T--CATTTAT--TAA-GTTTT-C--A--TGTTCATTGAAA-T--AATA------T-A----AAG-TATTTATTTTCTCgtc
gi|24 : TCAA------TA--------T----A-TG--TATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTAAT-------TGTTATTCATTTGC-AC--AA--TG--CCAT-TGTTTGT----T---G---T---GCAAA--TAGAATCA-----C---T
gi|26 : A------TTA----AG--TATTTATTTTATCTT---A--------T---A----------------TGCTATTTT----------------TGCCCCTTTCGTCGCCCATA
gi|3 : tcatgcaatacattgtcggacatttcAAA-CTGTGACGTAAAAATTCATGGGGCG-----C--CACCC--TACGACT-GTTTACGCGTCCGTT-CGCTA-G-G-TTT----GGA---T-GTTGAT----A------TA--------T----A-TG---GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATACATTGGC-TATGAA---A--TC---------T----T---G---T-----------AAAA---------------------GTAGT-T---ATA-ATG---TTTTGT-----TCGC----------------TTT--------GC---------AA---A-------------------GA-T--AAC---C-GT-------------TCG-T-TTTG-CA-------TTT-----T-TTTTTTTAATG--TTT-GC-ACGT-T--ATGTAAACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TG------------------------C--------A-A-----------TA--GTTATGCA---TT-T---AATT-T--TCTTTAT--TAA-GTTTT-T--A--TAGTCATTGAAA-T--TTTA------TTA----A-G-TGTTTATTTTCTCTTTCGA--------TGCAA----------------T-------TTC--------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAc
gi|30 : A--TA--TCAC-CGT---T----T---G---TTGTGCATA--TAGAGTCA-----T---TTG--CT-CGTA-T-A---A-G-GTG---Gtacccttgtaa
gi|4 : TG--TCTGTT-CACCACGCG-ATT--ATG-----------------A------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTTATTTGC-AA--AA--TA--TCAC-TGC---T----TCTTG---T---GCATACATAGAATCA-----T---TTG--TTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TTG-----------------TTT--------TT----------A---T-------------------G--C--A-T---T-GT-------------TCG-T-TCCG-TAAAGATGCATTAAC-AT-CTGTTT----G------------T-T--ATGTAC-CGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TA------------ATTTT-GC--------A----------------------------TT-T---AATG-C--CTTTTATTATAA-GTTTT-T--A--TGCTCAGTGAAA-T--AATC------TTACCGTAAG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------TGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAggttttttt
gi|5 : T------GTA--T--C--GATTTGTTAGG--T-TTTTATG--TCTTTG-CATCAAGAG-TTC--ATGTA---T-TTCTATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-TTT----------GACATTCA---------------A--TCTC-TGT---T----T---G---TTATGCATA--TCAAATCAAGTGGT---TTGA-CTTCATT-T-T---A-ATGTACATGTATTCC----TTG-----------------TTTT-------GC---------AA---A----------------------T--A-TAACC-AT-------------TTG-T-TT-G-CA-------ATT-TT-TTTCTGTTT----G--TT-------------ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTT-------A---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCA--TG--ATTACGCA---TTGT---A--G-T--CATTTAcac
gi|6 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgttta-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCAACCATCTGC-TG--AA--TA--TCAC-AGT---T----T---GCTGT---ACATA--TAGAATCA-----T---GTG--CTACGTA-T-A---A-A-GTG---GTTTGTC----TTGAATTTAAGTATTGTTATTTT--------G----------AA---A-------------------G--G--A-TAGGC-GT-------------TCG-T-TTTG-CC-------ATT-GC-GA-CTATTC-----------------C-T--ATGTAC-CATA----TC--------------TA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------T-AAATGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-C---AATG-T--TATTTAT--TAATTTTTT-T--A--TGTTCACTGAAA-T--CATA------TT-----AGG-TGTTTATTTCTTCTT---ACACAGTATT---G----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-TATTTAT-------TGTCATTCATTTGCAAA--AA--TA--TCAC-TGT---T----T---GT--T---GTACA--TA-AAGCA-----TCTATTG--CCATGCA-T-TTAAA-A-GCC---GTTTGTG----TTA-----------------CAT--------AT---------AAGTTA-------------------G--T--ATT---T-GTTTTAAAAAGATTATCG-A-TTTG-CA-------ACT-AC-GT-CTGTTT------------C-A--T-G--A-GTAC-CAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTT---------ATATTTT-GC--------A-GAAAGGTCCGACTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CAATTAG--TAA-GTTTT-T--A--TGTTCATT-----T----TC------CCA------------TATATTGTATT---------------------------------T-------T----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|8 : tgtataaatggcgagaaaatcGCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGTTCATTAGT--T-TTTT-----TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---T-----GTTT--G------TA--------T----GGTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCC-AA--AC--TA--ATAC-GGT---TCAT-T---G---T---GCATA--TAGAGTAA-----T---TTG--TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TTG-----------------TTT--------TT---------AA---ACATTGCTCATTTTCGAAAGA--T--A-A---CTGT-------------TCG-T-TTTG-CA-------GTT-AC-GT-CTg
gi|9 : CATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAA---------------AAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGT-CATTAGT--T-TTTT-T---TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---TGTTTGGT----A------TG-------------G-TG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCC-CA--AAC-TA--ATAC-GGT---TCCATT---GA--T---GCATAA-TAGAGTAAA----T---TTGGGTTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TTG-----------------TTTTAAACATTGCTCATTTTCGAA---A-------------------GA-T--A-A---CTGT-------------TCG-T-TTTGGCA-------GTT-AC-GT-CTGT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 222 11 11 999999999999999 333333 111 111111111111111111111 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 6666666666666666666666 11111111 111111111 1111111111 1111 33333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 333 88 88 333333333333333 5 0 555555 88888 66 3 55 3 44 55 000 2 77 2 666666666666666666666 2222222222222 2 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666 2 22 2 2 8888888 2 22 44 22 2 00000000000000000000 2 33 2 777777777 33 2 2 2 2 333 2 2 555 6666 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444 2 2 2 8888888 2 2 2 5555555555555555555555 0 3 6666 2 88888888 555 3 111111111 44 5555555555 2 33 555 3 555 3 44 44 77 0000 44 1 3 22222222222222222222 3 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : . . . ... .. .. ............... . . ...... ..... .. . .. . .. .. ... . .. . ..................... ............. . .. .................................................................... ....... . .. . . ....... . .. .. .. . .................... . .. . ......... .. . . . . ... . . ... .... .. ..................................................................... ............. . . . ....... . . . ...................... . . .... . ........ ... . ......... .. .......... . .. ... . ... . .. .. .. .... .. . . .................... . . ..........................................................
lowQualScore : 3 3 3 333 33 33 333333333333333 8 4 000000 77777 11 7 55 6 66 88 222 9 99 3 000000000000000000000 2222222222222 4 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 1 99 1 1 9999999 1 99 88 88 1 66666666666666666666 2 11 2 333333333 77 7 6 7 7 000 7 7 000 1111 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777 7 7 7 7777777 7 7 7 3333333333333333333333 4 1 5555 3 55555555 444 1 444444444 77 2222222222 9 99 444 1 444 1 22 66 22 4444 66 0 3 88888888888888888888 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA------TCA----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( family-4435 ) : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA------TCA----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
gi|1 : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAA-TTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GCG--TAAC--TGTTCATTACG--T-TTTTATG--TCTGAT-CATCATGCA-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TG-----T---G---G---T---GCAT-A--TAAAAT-CA---------TT--G-CCGTGCA-T-T---A-A-GTG---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TG---------GT---------A-A---AG--T--A-T---T-GTT-------------CGTT-TTT-ACA-------ATT-AT-GT-TTGTTC----G--TT--AC-AG-TGT--ATGTAC-TGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTG-GA--------AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--TATTTCT--CAA--TTTTTATTAA--TAATCATTGAAA-T---ACTA------TCA----A-AATTGTTTATTTCCTC--------------C---A----------------T-------T----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATA
gi|10 : GTA---TGTTGATTTCAA------TAAATTAATAT----A-TGGTTAT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-C-TTTAT-------TGTCAATTATTT-GC-A--AA--TA--GCAC-TGT----T---T---GTT-T---GCAT-A--TGAAAT-AA-----T---TT--T-TTTTGTA-T-TTA-A-A-GTA---GTGTGTCGTGTTC--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--CTAA-C---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-TTGTTT----G--TT--AT-A--C-A--A--TAC-AAAA----AGGCGAA----G---TTA------A-CAT--------------TT-GC--------A-AAAAGGTCCA-TTT---TTAAGCA---TT-T---AATGTT--CATTC-T--TAA-GTTTTTG---G--TAGTCCTTGAAAGT---TTTA------TCA----ACAG-Ta
gi|11 : AATTT------GCGCAT--C--CGTTCGTTAGG--GGTTTTAAG--TTTGTT-CATTAAGCG-TTT--CTGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----T-TG--TAT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-T-TCTAT-------TGTCATTCATTT-GTAA--AA--TAACTTGC-TAG----T---T---G---G---GCAT-A--TAGAAT-AA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-TTAAA-A-GCA---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TT---------CT---------A-T---A---T--A-T---T-GTT-------------CT-TATTT-GTA-------ATT-AC-AC-CTGTTT----G--TT--GC-----------GTAC-CATA----TC
gi|12 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacCTGTT-CATCTCGCGATTC--A---A---TGTTAA----AA------CA--------TGTA-A-TG--TAT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGCTTG-T---T---G---T---GTAT-A--TAGTAT-AA-----T---TT--G-CTGTGTA-TAT---A----TG---CCTTGTT----TTAGG-----------------T--------AT---------AC---------ATG---TA--T--A-T---A-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------AAG-ATAAT-CTATTT----G------------T-T--ATGTAC-CAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTAT---------TTGTTTT-CCCGAGAAAAA-AAAAGGTCCG-TTG--Att
gi|13 : T------GCG--T--T--CCTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT--------CG-TTT--ATG-----------------------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------A-------------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-T---T-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TAA-------------------------GC-------------------------T--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTT----TT--GAT---------------T--------TT----------------------A---TG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GGA-------AAG-AT-AA-TTGTTC----ATTTT--GCAA--T-TACATATAC-ATGT----TCGTTA
gi|14 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttaTTGTT----TT--G-----------------T--------TTTT-------GC---------A-A---AGATT--G-G---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATC-AT-GT-CTGTTC----G-----------------ATAT------------------TTTTGCATTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GCGA------A-AAAAAGTTCG-TTG--AGTAAGAATTGTT-T---AATG-T--CATTTAT--CA------TG----A--TGTTTA-TGAAA-TTA-AATT------TTA----A-AG-TGTTAATTTCCTCTT---tgttccggatct
gi|14 : -------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-T-TTTAT-------TTTCATCTATTT-GCAA--AG--TA--TCAC-TGT----gacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|15 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatc---------TTGGTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TCG--ATTAAGCA---TT----------T--CATTTAT--TAA-CTTTTT----ATGTGTTAATTGAAA-T----AT-------------------TGTTTAATTTCTTTC---A--------T---ATGCTATTT--------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCgtagt
gi|15 : -------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-T-TTTAG-------TGCCATTCATTT-GCAA--AC--TA--TCAT-TTTG---T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTATACA-T-T---A-A-GTccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
gi|16 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCCGCT-CA-CA-------------------TTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TA
gi|17 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcT--A-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAT---C-GCT-------------CA-T-TTT-GCA-------GCT-AC-AT-CTGTTC----G--TT-------------ATGTAT-CAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TATATTTGGGGTTTATTTT-------------AGAA---TTG-TTG--TTTGAGCA---GT-T---CATG-T--CATTTAC--TAA-TTTTCC----A--TGGCTATTTAAA-T---CATACAGTATTCT----A-AG-AGTTTATTATCTTTT---T--------T---ATGGTATTATGGTATTCT-------T----------------TGCCCTTTCCatattctgagtgagaaacagtcttttatagatttaactgatcttagcattgtctgatgtacaaaactcatattattaatcaaaatagttgttttatgtagattgttccgctttcgcagaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|18 : ------GCG--T--CACCGTACTTTGG-----TTTTATA---ATGTT-CGTCACGCG-TTT--ATGTAATATCTGCGTTTCAAATA---TA--------T----G-TG--TAT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTGAT-------TGTCATTCA-TT-GCAA--GATGTA--TCAC-CGTTTG-T---T---G---T---GCAT-A--TAG-AT-CA-----
gi|19 : cgacgactgattagTCA---TGTA-TAT---------TTGTTTTTGC--------A-AAAAGGTCCA-TTGATATTAAGCA---TT-T---AATG-TAATATTTAT--TAA-AAT----------TGATCATTGAAA-C---TATA------TC-----A-AG-TGTTTATTATCTCTT---A--------T---ATGGCATGTT-------T-------T----------------TGCCTTTTCTGCAACACATgaggatgaatatcatttt
gi|2 : ca-TG--TGT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-T-TTTATGTCTGTTTATCACGCGTTT----A--TA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GTAT-A--TGGAAT-CA-----T---TT--G-GTATGTA-T-T---A-C-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TC---------A-G----G--T--A-T---T-GTT-------------CA-C-TTT-GCA-------ACG-AT-AA-TAATTC----G--TTTTGC-A--T-TT-ATGTAC-AAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CAT---------TTGTTTT-AC--------A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAC-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AAT-------TCT----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---AGCTACC----------T-------G----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|20 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-TTTTATG--TCTGTT-TATCACGCG-TTT--AAGTA---CCTTCATTTCAAAATATATA--------TCATTA-TG--TATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTTATTT-GCGA--AA--TA--ACA
gi|21 : TTAGG--T-TTTTATG--TCTGTTGCATCAAGAG-TTC--ATGTA---TCTTTATTTCAA------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------agcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatga-TTC--ATGTA---TCACCATGGCAG------GA--------T----A-TG--TATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAAT-TTCATG------TATCAC-CATG--GCAG--GA--TA--TCACATGT------------A---T---GCAT-A--TAAAAC-CA-----T---Ttatggtgagctactca
gi|23 : gtctggcctcttgaatTA---TGTA-TAT---------TTATTTT--C--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-TTTAAATT-T--CATTTAT--TAA-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AATA------T-A----A-AG-TATTTATTTTCTCgtc
gi|24 : TCAA------TA--------T----A-TG--TATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTAAT-------TGTTATTCATTT-GCAC--AA--TG--CCAT-TGTTTG-T---T---G---T---GCAA-A--TAGAAT-CA-----C---T
gi|26 : ----A-AG-TATTTATTTTATCTT---A--------T---A----------------TGCTATTTT----------------TGCCCCTTTCGTCGCCCATA
gi|3 : tcatgcaatacattgtcggacatttcattAAA-CTGTGACGTAAAAATTCATGGGGCG-----C--CACCC--TACGACT-GTTTACGCGTCCGTT-CGCTA-G-G-TTT----GGA---TGTTGAT----A------TA--------T----A-TG---GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATACATTG-GCTATGAA---A--TC----------T---T---G---T------------AAAA-----------------------GTAGT-T---ATA-ATG---TTTTGT-----TC--GC----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAC---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------TTT-----T-TTTTTTTAATG--TTT-GC-ACGT-T--ATGTAAACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TG------------------------C--------A-A-----------TA--GTTATGCA---TT-T---AATT-T--TCTTTAT--TAA-GTTTTT----A--TAGTCATTGAAA-T---TTTA------TT-----A-AG-TGTTTATTTTCTCTTTCGA--------TGCAA----------------T-------TTC--------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAc
gi|30 : A--TA--TCAC-CGT----T---T---G---TTGTGCAT-A--TAGAGT-CA-----T---TT--G-CT-CGTA-T-A---A-G-GTG---Gtacccttgtaa
gi|4 : TG--TCTGTT-CACCACGCG-ATT--ATG----------------A------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTTATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGC----T---TCTTG---T---GCAT-ACATAGAAT-CA-----T---TT--G-TTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TT-----------A---TG--C--A-T---T-GTT-------------CG-T-TCC-GTAAAGATGCATTAAC-AT-CTGTTT----G------------T-T--ATGTAC-CGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TA------------ATTTT-GC---------------------------------A---TT-T---AATG-C--CTTTTATTATAA-GTTTTT----A--TGCTCAGTGAAA-T---AATC------TTACCGTA-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------TGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAggttttttt
gi|5 : T------GTA--T--C--GATTTGTTAGG--T-TTTTATG--TCTTTG-CATCAAGAG-TTC--ATGTA---TTTCTATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-TTT----------GACATTCA---------------A--TCTC-TGT----T---T---G---TTATGCAT-A--TCAAAT-CAAGTGGT---TT--GACTTCATT-T-T---A-ATGTACATGTATTCC----TT--G-----------------T--------TTT--------GC---------A-A---A---T--A-TAACC-ATT-------------TG-T-TT--GCA-------ATT-TT-TTTCTGTTT----G--TT-------------ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTT-------A---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCA--TG--ATTACGCA---TTGT---A--G-T--CATTTAcac
gi|6 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgttta-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCAACCATCT-GCTG--AA--TA--TCAC-AGT----T---T---GCTGT---ACAT-A--TAGAAT-CA-----T---GT--G-CTACGTA-T-A---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--GAATTTAAGTATTGTTATT--------TT---------G----------A-A---AG--G--A-TAGGC-GTT-------------CG-T-TTT-GCC-------ATT-GC-GA-CTATTC-----------------C-T--ATGTAC-CATA----TC--------------TA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------T-AAATGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-C---AATG-T--TATTTAT--TAATTTTTTT----A--TGTTCACTGAAA-T---CATA------TT-----A-GG-TGTTTATTTCTTCTT---ACACAGTATT---G----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-TATTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AAA-TA--TCAC-TGT----T---T---G---TT--GTAC-A--TA-AAG-CA-----TCTATT--G-CCATGCA-T-TTAAA-A-GCC---GTTTGTG----TT--A-----------------C--------AT---------AT---------A-AGTTAG--T--A-T---TTGTTTTAAAAAGATTATCG-A-TTT-GCA-------ACT-AC-GT-CTGTTT------------C-A--T-G--A-GTAC-CAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTT---------ATATTTT-GC--------A-GAAAGGTCCGACTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CAATTAG--TAA-GTTTTT----A--TGTTCATT-----TTCCCATA------T--------AT-TG--TATT----------------------------------------T-------T----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|8 : tgtataaatggcgagaaaatcGCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGTTCATTAGT--T-TTTT-----TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---T----GTTT--G------TA--------T----GGTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTT-CCAA--AC--TA--ATAC-GGT----TCATT---G---T---GCAT-A--TAGAGT-AA-----T---TT--G-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------T--------TTTTAAACATTGCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TTT-GCA-------GTT-AC-GT-CTg
gi|9 : CATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAA---------------AAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CG-TCATTA-G--T-TTTT-TT--TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA------TG--TTTGG------TA--------TG---G-TG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCCCAA--AC--TA--ATAC-GGTTCCAT---T---GA--T---GCATAA--TAGAGTAAA-----T---TTGGG-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------TTTTAAACATT---------GCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TTTGGCA-------GTT-AC-GT-CTGT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 222 11 11 999999999999999 333333 111 111111111111111111111 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 6666666666666666666666 11111111 111111111 1111111111 1111 33333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 333 88 88 333333333333333 5 0 555555 88888 66 3 55 3 44 55 000 2 77 2 666666666666666666666 2222222222222 2 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666 2 22 2 2 8888888 2 22 44 22 2 00000000000000000000 2 33 2 777777777 33 2 2 2 2 333 2 2 555 6666 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444 2 2 2 8888888 2 2 2 5555555555555555555555 0 3 6666 2 88888888 555 3 111111111 44 5555555555 2 33 555 3 555 3 44 44 77 0000 44 1 3 22222222222222222222 3 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : . . . ... .. .. ............... . . ...... ..... .. . .. . .. .. ... . .. . ..................... ............. . .. .................................................................... ....... . .. . . ....... . .. .. .. . .................... . .. . ......... .. . . . . ... . . ... .... .. ..................................................................... ............. . . . ....... . . . ...................... . . .... . ........ ... . ......... .. .......... . .. ... . ... . .. .. .. .... .. . . .................... . . ..........................................................
lowQualScore : 3 3 3 333 33 33 333333333333333 8 4 000000 77777 11 7 55 6 66 88 222 9 99 3 000000000000000000000 2222222222222 4 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 1 99 1 1 9999999 1 99 88 88 1 66666666666666666666 2 11 2 333333333 77 7 6 7 7 000 7 7 000 1111 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777 7 7 7 7777777 7 7 7 3333333333333333333333 4 1 5555 3 55555555 444 1 444444444 77 2222222222 9 99 444 1 444 1 22 66 22 4444 66 0 3 88888888888888888888 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA------TCA----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( family-4435 ) : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA------TCA----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
gi|1 : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAA-TTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GCG--TAAC--TGTTCATTACG--T-TTTTATG--TCTGAT-CATCATGCA-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TG-----T---G---G---T---GCAT-A--TAAAAT-CA---------TT--G-CCGTGCA-T-T---A-A-GTG---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TG---------GT---------A-A---AG--T--A-T---T-GTT-------------CGTT-TTT-ACA-------ATT-AT-GT-TTGTTC----G--TT--AC-AG-TGT--ATGTAC-TGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTG-GA--------AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--TATTTCT--CAA--TTTTTATTAA--TAATCATTGAAA-T---ACTA------TCA----A-AATTGTTTATTTCCTC--------------C---A----------------T-------T----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATA
gi|10 : GTA---TGTTGATTTCAA------TAAATTAATAT----A-TGGTTAT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-C-TTTAT-------TGTCAATTATTT-GC-A--AA--TA--GCAC-TGT----T---T---GTT-T---GCAT-A--TGAAAT-AA-----T---TT--T-TTTTGTA-T-TTA-A-A-GTA---GTGTGTCGTGTTC--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--CTAA-C---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-TTGTTT----G--TT--AT-A--C-A--A--TAC-AAAA----AGGCGAA----G---TTA------A-CAT--------------TT-GC--------A-AAAAGGTCCA-TTT---TTAAGCA---TT-T---AATGTT--CATTC-T--TAA-GTTTTTG---G--TAGTCCTTGAAAGT---TTTA------TCA----ACAG-Ta
gi|11 : AATTT------GCGCAT--C--CGTTCGTTAGG--GGTTTTAAG--TTTGTT-CATTAAGCG-TTT--CTGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----T-TG--TAT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-T-TCTAT-------TGTCATTCATTT-GTAA--AA--TAACTTGC-TAG----T---T---G---G---GCAT-A--TAGAAT-AA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-TTAAA-A-GCA---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TT---------CT---------A-T---A---T--A-T---T-GTT-------------CT-TATTT-GTA-------ATT-AC-AC-CTGTTT----G--TT--GC-----------GTAC-CATA----TC
gi|12 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacCTGTT-CATCTCGCGATTC--A---A---TGTTAA----AA------CA--------TGTA-A-TG--TAT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGCTTG-T---T---G---T---GTAT-A--TAGTAT-AA-----T---TT--G-CTGTGTA-TAT---A----TG---CCTTGTT----TTAGG-----------------T--------AT---------AC---------ATG---TA--T--A-T---A-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------AAG-ATAAT-CTATTT----G------------T-T--ATGTAC-CAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTAT---------TTGTTTT-CCCGAGAAAAA-AAAAGGTCCG-TTG--Att
gi|13 : T------GCG--T--T--CCTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT--------CG-TTT--ATG-----------------------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------A-------------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-T---T-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TAA-------------------------GC-------------------------T--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTT----TT--GAT---------------T--------TT----------------------A---TG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GGA-------AAG-AT-AA-TTGTTC----ATTTT--GCAA--T-TACATATAC-ATGT----TCGTTA
gi|14 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttaTTGTT----TT--G-----------------T--------TTTT-------GC---------A-A---AGATT--G-G---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATC-AT-GT-CTGTTC----G-----------------ATAT------------------TTTTGCATTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GCGA------A-AAAAAGTTCG-TTG--AGTAAGAATTGTT-T---AATG-T--CATTTAT--CA------TG----A--TGTTTA-TGAAA-TTA-AATT------TTA----A-AG-TGTTAATTTCCTCTT---tgttccggatct
gi|14 : -------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-T-TTTAT-------TTTCATCTATTT-GCAA--AG--TA--TCAC-TGT----gacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|15 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatc---------TTGGTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TCG--ATTAAGCA---TT----------T--CATTTAT--TAA-CTTTTT----ATGTGTTAATTGAAA-T----AT-------------------TGTTTAATTTCTTTC---A--------T---ATGCTATTT--------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCgtagt
gi|15 : -------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-T-TTTAG-------TGCCATTCATTT-GCAA--AC--TA--TCAT-TTTG---T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTATACA-T-T---A-A-GTccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
gi|16 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCCGCT-CA-CA-------------------TTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TA
gi|17 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcT--A-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAT---C-GCT-------------CA-T-TTT-GCA-------GCT-AC-AT-CTGTTC----G--TT-------------ATGTAT-CAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TATATTTGGGGTTTATTTT-------------AGAA---TTG-TTG--TTTGAGCA---GT-T---CATG-T--CATTTAC--TAA-TTTTCC----A--TGGCTATTTAAA-T---CATACAGTATTCT----A-AG-AGTTTATTATCTTTT---T--------T---ATGGTATTATGGTATTCT-------T----------------TGCCCTTTCCatattctgagtgagaaacagtcttttatagatttaactgatcttagcattgtctgatgtacaaaactcatattattaatcaaaatagttgttttatgtagattgttccgctttcgcagaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|18 : ------GCG--T--CACCGTACTTTGG-----TTTTATA---ATGTT-CGTCACGCG-TTT--ATGTAATATCTGCGTTTCAAATA---TA--------T----G-TG--TAT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTGAT-------TGTCATTCA-TT-GCAA--GATGTA--TCAC-CGTTTG-T---T---G---T---GCAT-A--TAG-AT-CA-----
gi|19 : cgacgactgattagTCA---TGTA-TAT---------TTGTTTTTGC--------A-AAAAGGTCCA-TTGATATTAAGCA---TT-T---AATG-TAATATTTAT--TAA-AAT----------TGATCATTGAAA-C---TATA------TC-----A-AG-TGTTTATTATCTCTT---A--------T---ATGGCATGTT-------T-------T----------------TGCCTTTTCTGCAACACATgaggatgaatatcatttt
gi|2 : ca-TG--TGT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-T-TTTATGTCTGTTTATCACGCGTTT----A--TA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GTAT-A--TGGAAT-CA-----T---TT--G-GTATGTA-T-T---A-C-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TC---------A-G----G--T--A-T---T-GTT-------------CA-C-TTT-GCA-------ACG-AT-AA-TAATTC----G--TTTTGC-A--T-TT-ATGTAC-AAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CAT---------TTGTTTT-AC--------A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAC-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AAT-------TCT----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---AGCTACC----------T-------G----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|20 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-TTTTATG--TCTGTT-TATCACGCG-TTT--AAGTA---CCTTCATTTCAAAATATATA--------TCATTA-TG--TATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTTATTT-GCGA--AA--TA--ACA
gi|21 : TTAGG--T-TTTTATG--TCTGTTGCATCAAGAG-TTC--ATGTA---TCTTTATTTCAA------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------agcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatga-TTC--ATGTA---TCACCATGGCAG------GA--------T----A-TG--TATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAAT-TTCATG------TATCAC-CATG--GCAG--GA--TA--TCACATGT------------A---T---GCAT-A--TAAAAC-CA-----T---Ttatggtgagctactca
gi|23 : gtctggcctcttgaatTA---TGTA-TAT---------TTATTTT--C--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-TTTAAATT-T--CATTTAT--TAA-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AATA------T-A----A-AG-TATTTATTTTCTCgtc
gi|24 : TCAA------TA--------T----A-TG--TATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTAAT-------TGTTATTCATTT-GCAC--AA--TG--CCAT-TGTTTG-T---T---G---T---GCAA-A--TAGAAT-CA-----C---T
gi|26 : ----A-AG-TATTTATTTTATCTT---A--------T---A----------------TGCTATTTT----------------TGCCCCTTTCGTCGCCCATA
gi|3 : tcatgcaatacattgtcggacatttcattAAA-CTGTGACGTAAAAATTCATGGGGCG-----C--CACCC--TACGACT-GTTTACGCGTCCGTT-CGCTA-G-G-TTT----GGA---TGTTGAT----A------TA--------T----A-TG---GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATACATTG-GCTATGAA---A--TC----------T---T---G---T------------AAAA-----------------------GTAGT-T---ATA-ATG---TTTTGT-----TC--GC----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAC---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------TTT-----T-TTTTTTTAATG--TTT-GC-ACGT-T--ATGTAAACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TG------------------------C--------A-A-----------TA--GTTATGCA---TT-T---AATT-T--TCTTTAT--TAA-GTTTTT----A--TAGTCATTGAAA-T---TTTA------TT-----A-AG-TGTTTATTTTCTCTTTCGA--------TGCAA----------------T-------TTC--------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAc
gi|30 : A--TA--TCAC-CGT----T---T---G---TTGTGCAT-A--TAGAGT-CA-----T---TT--G-CT-CGTA-T-A---A-G-GTG---Gtacccttgtaa
gi|4 : TG--TCTGTT-CACCACGCG-ATT--ATG----------------A------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTTATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGC----T---TCTTG---T---GCAT-ACATAGAAT-CA-----T---TT--G-TTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TT-----------A---TG--C--A-T---T-GTT-------------CG-T-TCC-GTAAAGATGCATTAAC-AT-CTGTTT----G------------T-T--ATGTAC-CGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TA------------ATTTT-GC---------------------------------A---TT-T---AATG-C--CTTTTATTATAA-GTTTTT----A--TGCTCAGTGAAA-T---AATC------TTACCGTA-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------TGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAggttttttt
gi|5 : T------GTA--T--C--GATTTGTTAGG--T-TTTTATG--TCTTTG-CATCAAGAG-TTC--ATGTA---TTTCTATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-TTT----------GACATTCA---------------A--TCTC-TGT----T---T---G---TTATGCAT-A--TCAAAT-CAAGTGGT---TT--GACTTCATT-T-T---A-ATGTACATGTATTCC----TT--G-----------------T--------TTT--------GC---------A-A---A---T--A-TAACC-ATT-------------TG-T-TT--GCA-------ATT-TT-TTTCTGTTT----G--TT-------------ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTT-------A---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCA--TG--ATTACGCA---TTGT---A--G-T--CATTTAcac
gi|6 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgttta-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCAACCATCT-GCTG--AA--TA--TCAC-AGT----T---T---GCTGT---ACAT-A--TAGAAT-CA-----T---GT--G-CTACGTA-T-A---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--GAATTTAAGTATTGTTATT--------TT---------G----------A-A---AG--G--A-TAGGC-GTT-------------CG-T-TTT-GCC-------ATT-GC-GA-CTATTC-----------------C-T--ATGTAC-CATA----TC--------------TA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------T-AAATGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-C---AATG-T--TATTTAT--TAATTTTTTT----A--TGTTCACTGAAA-T---CATA------TT-----A-GG-TGTTTATTTCTTCTT---ACACAGTATT---G----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-TATTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AAA-TA--TCAC-TGT----T---T---G---TT--GTAC-A--TA-AAG-CA-----TCTATT--G-CCATGCA-T-TTAAA-A-GCC---GTTTGTG----TT--A-----------------C--------AT---------AT---------A-AGTTAG--T--A-T---TTGTTTTAAAAAGATTATCG-A-TTT-GCA-------ACT-AC-GT-CTGTTT------------C-A--T-G--A-GTAC-CAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTT---------ATATTTT-GC--------A-GAAAGGTCCGACTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CAATTAG--TAA-GTTTTT----A--TGTTCATT-----TTCCCATA------T--------AT-TG--TATT----------------------------------------T-------T----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|8 : tgtataaatggcgagaaaatcGCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGTTCATTAGT--T-TTTT-----TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---T----GTTT--G------TA--------T----GGTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTT-CCAA--AC--TA--ATAC-GGT----TCATT---G---T---GCAT-A--TAGAGT-AA-----T---TT--G-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------T--------TTTTAAACATTGCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TTT-GCA-------GTT-AC-GT-CTg
gi|9 : CATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAA---------------AAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CG-TCATTA-G--T-TTTT-TT--TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA------TG--TTTGG------TA--------TG---G-TG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCCCAA--AC--TA--ATAC-GGTTCCAT---T---GA--T---GCATAA--TAGAGTAAA-----T---TTGGG-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------TTTTAAACATT---------GCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TTTGGCA-------GTT-AC-GT-CTGT
blockSeqs : . . A . . . NNNNNNNNNNNNNNN T CATGGG CAT AC G AC G CG GC AGC A CG T ATATCTGCGTTTCAAATA AATTAATAT G GT AAATGTTGAGAAACCGCTCACG AACACAT G AG A A GTCTGTT C TG TG AC A TCCATTGAT A CA A AGTGGT GG A T G A TAA T T CAT GTGT AG TTTTTAAACATTGCTCATTTTCGAAAGATAACT TTAAAAAGATTAT . A G AAGATGC A A T TAATGTTTGCACGTT A TCGT G TTTTGCAT GAC G ATTTGGGGT TG CGAGAAAAA A AT TTG G TTA T AA TA TT G TG G G CATACAGTATTCT C . TTATGGTATTATGGTATTCTT
blockSeqs : . . . . . . . T CATGG T . G . . . C CGC . CG T CCTTCATTTCAAAATATA TCATT . . TAATGGTGAAAAGCCGTT . . . . . G . . A . . TTGTTGT . . . TCTA . . G . . TAA . . . . . AATTTAAGTATTGTTATTTTGAAAGGATAGGC . . . . . . . . ATTTTGCAATTAC . . G TTTTGATT . . . G GAA . . . . . . . . G . . T . AATCTTACCGT . . ATATTGATATGATATTTTTTG
blockSeqs : . CATGG T . G . . . C CGC . . T TGTTGATTTCAA TGTA . . AAATGGCAAGAAACCGTT . . . . . . . . . . . TTGTTGT . . . T . . G . . TA . . . . . TTTTAAACATTGCTCATTTTCGAAAGATAACT . . . . . . . . GTTTTGCATTT . . G CTTTGCTT . . . C A . . . . . . . . C . . T . TAAATTTTA . . ATATGGCATGTTTT
blockSeqs : . T . T . . . C CGC . . T TCTTGATTTCAA TG . . ATATGGTGAGAAACCATT . . . . . . . . . . . TTGTTGT . . . T . . G . . . . . . . . TTTTTGCAAAGATTGGC . . . . . . . . GTTATACA . . A TTTTGCTT . . . G A . . . . . . . . T . . G . TCCCATAT . . ATATGCTATTTTT
blockSeqs : . T . G . . . C AGA . . T TCTTTATTTCAA T . . AAGTGGAGAGAAACAGT . . . . . . . . . . . TTGTTGT . . . T . . A . . . . . . . . CATATAAGTTAGTATTT . . . . . . . . GTTGC . . G TTGCGTTA . . . G A . . . . . . . . A . . A . TTTATCA . . TCGATGCAATTTC
blockSeqs : . T . A . . . T CGC . . T TCACCATGGCAG T . . AAATGGCGAGGAACCT . . . . . . . . . . . TTCTTGT . . . T . . A . . . . . . . . CTTTGCAAAGATAACC . . . . . . . . CATG . . G TTTTATA . . . A A . . . . . . . . G . . T . TATATC . . ACACAGTATTGTT
blockSeqs : . T . A . . . C AGA . . G TTTCTATTTCAA T . . GGAGAGAAACCGTA . . . . . . . . . . . TTGTTAT . . . T . . G . . . . . . . . TTTTGCAAATATAACC . . . . . . . . GTT . . T TTT . . . G A . . . . . . . . G . . T . AATTCT . . ATATGCTATTTT
blockSeqs : . . . . . . . C TG . . T TTTGATTTCAA T . . GCATATAAAACCAT . . . . . . . . . . . TTGCTGT . . . T . . T . . . . . . . . TTTGCAAAGCTAACC . . . . . . . . GTT . . G G . . . G A . . . . . . . . G . . G . AATATA . . ATAGCTACCTG
blockSeqs : . . . C TG . . T TGTTAAAA T . . GAGAGAACATT . . . . . . . . . . . TCATTGT . . . C . . A . . . . . . . . TTTGCAAAGATAATC . . . . . . . . GTT . . A . . . . G A . . . . . . . . G . . C . TTTATT . . TT
blockSeqs : . . . C . . T TGTTGATA T . . AGACTTT . . . . . . . . . . . TTGTTT . . . T . . A . . . . . . . . TATACATGTATATA . . . . . . . . GTT . . . . . . . G T . . . . . . . . G . . T . CATATT . .
blockSeqs : . . G . . . TGTTTGG T . . AACCGTT . . . . . . . . . . . GTTGT . . . T . . G . . . . . . . . TTTCTATATATT . . . . . . . . CT . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . AT . .
blockSeqs : . . . . . TGTTTG T . . AACCGTT . . . . . . . . . . . TTGTT . . . T . . G . . . . . . . . ATTTTATGTATC . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T . . AAGTT . . . . . . . . . . . TTGG . . . T . . . . . . . . . . . TTTTCAGGTATT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . AAAT . . . . . . . . . . . TTGT . . . T . . . . . . . . . TTTTTATGCATT . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . TTGT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : T**** TTGTTGT************* T******** GTT******************* A********* G* **** NATATT**************
originalCons : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGT----T---T---G---T---GCAT-A--TAGAAT-CA-----T---TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTC----G--TT--GC-A--T-T--ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA------TCA----A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
finalCons : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCGT----C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA--TA--TCAC-TGTTTGTTGT-------------GCAT-A--TAGAAT-CAT--------TT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTT-GCA-------ATT-AC-GT-CTGTTCGTT-------------------ATGTAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GCA---------AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAAG-TTTTT----A--TGNTCATTGAAA-TNATATT--------------A-AG-TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------T-------T----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 222 11 11 999999999999999 333333 111 111111111111111111111 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111 222222222222222222222 111111111111111111111111 1111111 11111111 1111111111 1111111111 1111 1111 22222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 3 3 333 88 88 333333333333333 5 0 555555 88888 66 3 55 3 44 55 000 2 77 2 666666666666666666666 2222222222222 2 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666 2 22 2 2 8888888 2 22 2 22 4 2 2 2 33 2 55555 33 2 2 2 2 333 2 2 555 6666 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444 2 2 222222222222222222222 2 333333333333333333333333 2 777 2 1 555 0000000 555 44 3 6666 3 88888888 555 3 1111111111 44 5555555555 2 33 555 3 555 3 44 44 77 0000 44 1 3 0000 00000000000000000 44 444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : . . . ... .. .. ............... . . ...... ..... .. . .. . .. .. ... . .. . ..................... ............. . .. .................................................................... ....... . .. . . ....... . .. . .. . . . . .. . ..... .. . . . . ... . . ... .... .. ..................................................................... ............. . . ..................... . ........................ . ... . . ... ....... ... .. . .... . ........ ... . .......... .. .......... . .. ... . ... . .. .. .. .... .. . . .... ................. .. ...................................................
lowQualScore : 3 3 3 333 33 33 333333333333333 8 4 000000 77777 11 7 55 6 66 88 222 9 99 3 000000000000000000000 2222222222222 4 22 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888888 1 99 1 1 9999999 1 99 0 88 2 2 2 2 11 2 66666 77 7 6 7 7 000 7 7 000 1111 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777 7 7 777777777777777777777 7 777777777777777777777777 7 333 7 2 444 0000000 444 22 1 5555 5 55555555 444 1 8888888888 77 2222222222 9 99 444 1 444 1 22 66 22 4444 66 0 3 1111 33333333333333333 66 000000000000000000000000000000000000000000000000000
consensus : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA-T--ATCAC-TGTT-TGTTG-TGCAT-A--TAGAAT-CA-----TTT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------AT-----T---------AC-GT---C-TGTTCG---T-------TAT---G--TAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA-------T-----T---AAG--TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---ATG--AT----------TT----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
Reference ( family-4435 ) : GCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAANNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTT------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT-CATCACGCG-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA-T--ATCAC-TGTT-TGTTG-TGCAT-A--TAGAAT-CA-----TTT--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------AT-----T---------AC-GT---C-TGTTCG---T-------TAT---G--TAC-CAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAA-GTTTTT----A--TGNTCATTGAAA-T---NATA-------T-----T---AAG--TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------TT----------------TGCCCTTTCCGCCGCCCATA
gi|1 : GCATTGCAAAAATTTGTGACGTAGAAA-TTAGATCTAATGTACGCGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GCG--TAAC--TGTTCATTACG--T-TTTTATG--TCTGAT-CATCATGCA-TTT--ATGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA-T--ATCAC-TG---TG--G-TGCAT-A--TAAAAT-CA------TT--G-CCGTGCA-T-T---A-A-GTG---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TG---------GT---------A-A---AG--T--A-T---T-GTT-------------CGTT-TT---------------------T-ACA-------AT-----T---------AT-GT---T-TGTTCG---TTACAGTGTAT---G--TAC-TGGA----TCATTAATTTTGCTTTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTG-GA--------AGAAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--TATTTCT--CAA--TTTTTATTAA--TAATCATTGAAA-T---ACTA-------T-----C---AAAATTGTTTATTTCCTC--------------C---A----------------TT----------------TGCCTTTTCCGCCGCCCATA
gi|10 : GTA---TGTTGATTTCAA------TAAATTAATAT----A-TGGTTAT----------A-------G-------------ACT----T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-C-TTTAT-------TGTCAATTATTT-GCAA--A--T--AGCAC-TGTT-TGTT--TGCAT-A--TGAAAT-AA-----TTT--T-TTTTGTA-T-TTA-A-A-GTA---GTGTGTCGTGTTC--G-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AG--CTAA-C---C-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------AT-----T---------AC-GT---T-TGTTTG---T-------TATACAA--TAC-AAAA----AGGCGAA----G---TTA------A-CA--------------TTT-GC--------A-AAAAGGTCCA-TTT---TTAAGCA---TT-T---AATGTT--CATTC-T--TAA-GTTTTTG---G--TAGTCCTTGAAAGT---TTTA-------T-----C---AAa
gi|11 : AATTT------GCGCAT--C--CGTTCGTTAGG--GGTTTTAAG--TTTGTT-CATTAAGCG-TTT--CTGTA---TCTTGATTTCAA------TA--------T----T-TG--TAT----------A-------AAT-----------G------T------------TGAGAAACCGCTCACGTA-------TC-TT--GA-T-TCTAT-------TGTCATTCATTT-GTAA--AA-T--A--ACTTGCT-AGTTG-GGCAT-A--TAGAAT-AA-----TTT--G-CTGTGTA-T-TTAAA-A-GCA---GTTTATC----TT--G-----------------T--------TT---------CT---------A-T---A---T--A-T---T-GTT-------------CT-TATT---------------------T-GTA-------AT-----T---------AC-AC---C-TGTTTG---T-------TGC---G--TAC-CATA----TCcagt
gi|12 : gacgaaaaatgcaaggggcgctacccgatgacCTGTT-CATCTCGCGATTC--A---A---TGTTAA----AA------CA--------TGTA-A-TG--TAT----------A-------A-------------A------TGGCGAGGAACC-T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA-T--ATCAC-TGCT-TGTTG-TGTAT-A--TAGTAT-AA-----TTT--G-CTGTGTA-TAT---A----TG---CCTTGTT----TTAGG-----------------T--------AT---------AC---------ATG---TA--T--A-T---A-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------AA-----G---------ATAAT---C-TATTTG---T-------TAT---G--TAC-CAGATCGTTCGTTAATTTTA-TACTAGACTCTAGTAT---------TTGTTTT-CCCGAGAAAAA-AAAAGGTCCG-TTG--Att
gi|13 : T------GCG--T--T--CCTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCTGTT--------CG-TTT--ATG-----------------------TA--------T----A-TG--TAT----------A-------A-------------A-------------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-T---T-------TGTCATTCATTT-GCAA--AA-T--ATAA--------------GC----------------------T--G-CTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTT----TT--GAT---------------T--------TT----------------------A---TG--T--A-T---C-GTT-------------CG-T-TTTGGAAAGATAATTGTTCATTTT-GCA-------AT-----T---------AC-ATATACATGTTCG---T-------TAT---G--TTC-CGGA----TC
gi|14 : gtcctagagatttgattcctgattctgtaagttacgttaaaattcatgaggcgccactcaacgactgtttaTTGTT----TT--G-----------------T--------TTTT-------GC---------A-A---AGATT--G-G---C-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------AT-----C---------AT-GT---C-TGTTCG---A-------TAT-------------------------TTTTGCATTTA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GCGA------A-AAAAAGTTCG-TTG--AGTAAGAATTGTT-T---AATG-T--CATTTAT--CA------TG----A--TGTTTA-TGAAA-T---TAAA-------T-----TTTAAAG--TGTTAATTTCCTCTT---t
gi|14 : -------------G------T------------T---------------TA-------TT-TT--AA-T-TTTAT-------TTTCATCTATTT-GCAA--AG-T--ATCAC-TGTgacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatcgtttattttaattttattttcatctatttgcaaagtatcactgtgtagt
gi|15 : aagaggaaattaacactttaaaatttaatttcataaacatcatgataaatgacattaaacaattcttactcaacgaactttttttcgcaaaacaaatatacataaatgcaaaaatatcgaacagacatgattgcaaaacgaacgccaatctttgcaaaaacaaaacaagacgcgcgttttcgaacacgtatattacgagaaatc---------TTGGTTT-GC--------A-AAAAGGTCCG-TCG--ATTAAGCA---TT----------T--CATTTAT--TAA-CTTTTT----ATGTGTTAATTGAAA-T----AT-----------------------TGTTTAATTTCTTTC---A--------T---ATGCTATTT--------TT----------------TGCCCTTTCCGCCGCgtagt
gi|15 : -------------G------T------------T---------------TA-------TC-TT--CA-T-TTTAG-------TGCCATTCATTT-GCAA--AC-T--ATCAT-T--T-TGTTG-TGCAT-A--TAGAAT-CA-----TTT--G-CTATACA-T-T---A-A-GTccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaaccgtttatcttcattttagtgccattcatttgcaaactatcattttgttgtgcatatagaatcatttgctatacattaagt
gi|16 : gcggcggaaagggcaaaaaatagcatatgaaagaaattaaacaatatttcaattaacacataaaaagttaataaatgaaatgcttaatcgacggacctttttgcaaaccaaccaacgactgttaacgcgtcatcgtacattaaattaaagttgagaaacc------GCG--T--C--CGTTCGTTAGG--T-TTTTATG--TCCGCT-CA-CA-------------------TTTGATTTCAA------TA--------T----A-TG--TA
gi|17 : aaaattcatcgggccgccattaccgaatgactttaatgtgcT--A-----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAT---C-GCT-------------CA-T-TT---------------------T-GCA-------GC-----T---------AC-AT---C-TGTTCG---T-------TAT---G--TAT-CAGA----TCAATAATTTTGATTTCA---TGTA-TATATTTGGGGTTTATTTT-------------AGAA---TTG-TTG--TTTGAGCA---GT-T---CATG-T--CATTTAC--TAA-TTTTCC----A--TGGCTATTTAAA-T---CATACAGTATTC-----T---AAG--AGTTTATTATCTTTT---T--------T---ATGGTATTATGGTATTCTT----------------TGCCCTTTCCatattctgagtgagaaacagtcttttatagatttaactgatcttagcattgtctgatgtacaaaactcatattattaatcaaaatagttgttttatgtagattgttccgctttcgcagaaaatcgttgagttcgctttgtgt
gi|18 : ------GCG--T--CACCGTACTTTGG-----TTTTATA---ATGTT-CGTCACGCG-TTT--ATGTAATATCTGCGTTTCAAATA---TA--------T----G-TG--TAT----------A-------A-------------G------TGGAGAGAAACAGT---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTGAT-------TGTCATTCATT--GCAA--GA-TGTATCAC-CGTT-TGTTG-TGCAT-A--TAG-AT-CA-----
gi|19 : cgacgactgattagTCA---TGTA-TAT---------TTGTTTTTGC--------A-AAAAGGTCCA-TTGATATTAAGCA---TT-T---AATG-TAATATTTAT--TAA-AAT----------TGATCATTGAAA-C---TATA-------T-----C---AAG--TGTTTATTATCTCTT---A--------T---ATGGCATGTT-------TT----------------TGCCTTTTCTGCAACACATgaggatgaatatcatttt
gi|2 : ca-TG--TGT----------A-------A-------------G------T------------T---------------TAAACACATTCGTTAGGT-T-TTTATGTCTGTTTATCACGCGTTT----A--TA-T--ATCAC-TGTT-TGT----GTAT-A--TGGAAT-CA-----TTT--G-GTATGTA-T-T---A-C-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TC---------A-G----G--T--A-T---T-GTT-------------CA-C-TT---------------------T-GCA-------ACGATAAT---------AA-TT---C-GTTTTGCATT-------TAT---G--TAC-AAGA----TCGTTAACTTTGCTTTTA---TGTA-CAT---------TTGTTTT-AC--------A-AAACGGTCCA-TTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CATTTAT--TAC-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AATT-------C-----T---AAG--TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---AGCTACC----------TG----------------TGCCCTTTCTGTCGCCCAT
gi|20 : tgtttattggtgaactttccataaatggcgctagtccaaaagatccgatttctgac-TTTTATG--TCTGTT-TATCACGCG-TTT--AAGTA---CCTTCATTTCAAAATATATA--------TCATTA-TG--TATGGAGAGA---A-------ACC-----------G------T------------A---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATTTATTT-GCGA--AA-T--AACA
gi|21 : TTAGG--T-TTTTATG--TCTGTTGCATCAAGAG-TTC--ATGTA---TCTTTATTTCAA------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------agcaattagcttctccgattccatttt
gi|22 : gtgatggtgaaaatacatgaaacaccacccaaggactgtatgtatccatga-TTC--ATGTA---TCACCATGGCAG------GA--------T----A-TG--TATGCATATA---A-------A-------------A------CCA----------T---------------TG-------CN-TT--GAAT-TTCATG------TATCAC-CATG--GCAG--GA-T--ATCACATGT------A-TGCAT-A--TAAAAC-CA-----TTtatggtgagctactca
gi|23 : gtctggcctcttgaatTA---TGTA-TAT---------TTATTTT--C--------A-AAAAGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-TTTAAATT-T--CATTTAT--TAA-GTTTTC----A--TGTTCATTGAAA-T---AATA-------T-----A---AAG--TATTTATTTTCTCgtc
gi|24 : TCAA------TA--------T----A-TG--TATTAATGGTGAAA-------A-------------GCCG---T------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTAAT-------TGTTATTCATTT-GCAC--AA-T--GCCAT-TGTT-TGTTG-TGCAA-A--TAGAAT-CA-----CT
gi|26 : A-------T-----T---AAG--TATTTATTTTATCTT---A--------T---ATGCTATT---------TT----------------TGCCCCTTTCGTCGCCCATA
gi|3 : tcatgcaatacattgtcggacatttcAAA-CTGTGACGTAAAAATTCATGGGGCG-----C--CACCC--TACGACT-GTTTACGCGTCCGTT-CGCTA-G-G-TTT----GGA---TGTTGAT----A------TA--------T----A-TG---GT----------G-------A-------------GAGAACAT------------T---------------TA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCATACATTG-GCTATGAA----ATC----------TTG-T---------AAAA--------------------GTAGT-T---ATA-ATG---TTTTGT-----TC--GC----------------T--------TT---------GC---------A-A---AGA-T--AAC---C-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------TT-----TTTTTTTTTAAT-GT---T-TGCACG---T-------TAT---G--TAAACAGA----TCGTTAATTTTGCTTTTA---TG------------------------C--------A-A-----------TA--GTTATGCA---TT-T---AATT-T--TCTTTAT--TAA-GTTTTT----A--TAGTCATTGAAA-T---TTTA-------T-----T---AAG--TGTTTATTTTCTCTTTCGA--------TGCAA----------------TTTC--------------TGCGCTCTCCGTTGCCCATAc
gi|30 : A-T--ATCAC-CGTT-TGTTG-TGCAT-A--TAGAGT-CA-----TTT--G-CT-CGTA-T-A---A-G-GTG---Gtacccttgtaa
gi|4 : TG--TCTGTT-CACCACGCG-ATT--ATG----------------A------TG--------T----A-TG--TAT----------A-------AATGGCAAGAAACCG------T------------T---------------CA-------TC-CT--GA-T-TTCAT-------TGTCATTTATTT-GCAA--AA-T--ATCAC-TGCT-TCTTG-TGCAT-ACATAGAAT-CA-----TTT--G-TTGTGTA-T-T---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--G-----------------T--------TT---------TT-----------A---TG--C--A-T---T-GTT-------------CG-T-TC---------------------C-GTAAAGATGCAT-----TA--------AC-AT---C-TGTTTG---T-------TAT---G--TAC-CGGG----TCTTTAA--------CTG---TCTA-TA------------ATTTT-GC---------------------------------A---TT-T---AATG-C--CTTTTATTATAA-GTTTTT----A--TGCTCAGTGAAA-T---AATC-------TTACCGT---AAG--TGTTTATTTTCTCTT---A--------T---A----------------TTGATATGATATTTTTTGTGCCTTTTCCACCGCCCACAggttttttt
gi|5 : T------GTA--T--C--GATTTGTTAGG--T-TTTTATG--TCTTTG-CATCAAGAG-TTC--ATGTA---TTTCTATTTCAA------TA--------T----A-TG--TAT----------ATATGGTGA-------------GAAACCAT------------T---------------TA-------TC-AT--GA-T-TTT----------GACATTCA----------------ATCTC-TGTT-TGTTA-TGCAT-A--TCAAAT-CAAGTGGTTT--GACTTCATT-T-T---A-ATGTACATGTATTCC----TT--G-----------------T--------TTT--------GC---------A-A---A---T--A-TAACC-ATT-------------TG-T-TT-----------------------GCA-------AT-----T---------TT-TTT--C-TGTTTG---T-------TAT---G--TAC-CAGA----TCGTTAATTT-------A---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------A-AAAAGGTCCA--TG--ATTACGCA---TTGT---A--G-T--CATTTAcac
gi|6 : gtgatgtgaaaatacgtgaaacgccacccgaggactgttta-------------G------T------------T---------------GA-------TC-TT--GA-T-TTTAT-------TGTCAACCATCT-GCTG--AA-T--ATCAC-AGTT-TGCTG-TACAT-A--TAGAAT-CA-----TGT--G-CTACGTA-T-A---A-A-GTG---GTTTGTC----TT--GAATTTAAGTATTGTTATT--------TT---------G----------A-A---AG--G--A-TAGGC-GTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCC-------AT-----T---------GC-GA---C-TATTC----C-------TAT---G--TAC-CATA----TC--------------TA---TGTA-TAT---------TTGTTTT-GC--------T-AAATGGTCCG-TTG--ATTAAGCA---TT-C---AATG-T--TATTTAT--TAATTTTTTT----A--TGTTCACTGAAA-T---CATA-------T-----T---AGG--TGTTTATTTCTTCTT---ACACAGTATT---G----------------TT----------------TGCCCTTTCCGCCG
gi|7 : cagtgtacatgtatctctaaacggtgagtaact-------------G------T------------T---------------TA-------TC-AT--TA-TATTTAT-------TGTCATTCATTT-GCAA--AAAT--ATCAC-TGTT-TGTTG-TACAT-A--AAGCAT-CT-----ATT--G-CCATGCA-T-TTAAA-A-GCC---GTTTGTG----TT--A-----------------C--------AT---------AT---------A-AGTTAG--T--A-T---TTGTTTTAAAAAGATTATCG-A-TT---------------------T-GCA-------AC-----T---------AC-GT---C-TGTT-----T-------CAT---GAGTAC-CAG-----TTATTAATTGCGTTATTA---TGTA-TTT---------ATATTTT-GC--------A-GAAAGGTCCGACTG--ATTAAGCA---TT-T---AATG-T--CAATTAG--TAA-GTTTTT----A--TGTTCATT-----TTCCCATA-------T----------AT--TG--TATT----------------------------------------TT----------------TGCCCCTTTCGCCACCCATA
gi|8 : tgtataaatggcgagaaaatcGCATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAA-CT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACANNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CGTTCATTAGT--T-TTTT-----TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA---T----GTTT--G------TA--------T----GGTG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTT-CCAA--AC-T--AATAC-GGTT-CATTG-TGCAT-A--TAGAGT-AA-----TTT--G-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------T--------TTTTAAACATTGCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TT---------------------T-GCA-------GT-----T---------AC-GT---C-Tg
gi|9 : CATTACAAAA-TCTGTGACGCA-AAAACT---TC--ATGG--GCGTCCATTGGTTACGGGGATCACAA---------------AAATCTGTGACGCAAAACTTCATGG-GCG--T--C--CG-TCATTA-G--T-TTTT-TT--TTTGTT---TCATG-G-TTTCGATATA------TG--TTTGG------TA--------TG---G-TG--AAA----------A-------ACC-----------G------T------------T---------------AA-------TC-TT--GA-T-TTTGT-------TGTTATTTATTTCCCAA--AC-T--AATAC-GGTTCCATTGATGCATAA--TAGAGTAAA-----TTTGGG-TTGTGTA-T-C---G-A-GTG---TTTTGTC----TT--G-----------------TTTTAAACATT---------GCTCATTTTCGA-A---AGA-T--A-A---CTGTT-------------CG-T-TT---------------------TGGCA-------GT-----T---------AC-GT---C-TGT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): CCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTAACTTGTGACATAAACATTCACACCCGACGACTGTTTACGCGTCCAATCCTTAGGATTTTATGTC
Unaligned ( gi|27 ): ATCTTGTAACACTAAAATTTCATGATTGCTATATGACGACTGTTTATGCGTCACCGTTCGTTTGGTTTTTAGGTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TGTCTATTGCTGACGTTTCAATAAATGACGCATGCGTATTAGTCTAAGCCCGAAGATTCGATTCCTGACTGAATTTA
Unaligned ( gi|29 ): TCTGCAAAACTAAACGTACCTATTTGTGATTTGCCATTACAATACCAAAAGGCGAAGTTAACAT
Unaligned ( gi|31 ): GAAACCCAACGACTGTTTACGCGTCTGATCATTAGGTTTTTATG