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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4307 ) : TGACTTAATANGTGAANATTGTAAGAA-ANTCAGCCAGTG--TGACATGATTTAAGAGAAA-T-ATCTTAGAGATTATCACAATACTTTTT--A-----ATNTC--A-T-TTTGTACN-T-TG-TT----TATCTT--ACATTTC--GAAATTGTTT-----CC----TA-TAT-ATT---------T--ATATGTA-CTC--T----TTCTTTTA--ATCTC-TGTGCATTT--TTATT--TTAA-----T-AT---TTAT---T-T----AA----------AT-T-TGT---TTT-ACTAATAT-----CT--GTCTGTAT---A-TACG--TT-NTA-T-G--CA-G-A--CCATATTG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-T-GTC-AT--CCTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
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blockSeqs : . . . T C . . . C . . . . . . . . . T . . . . . A . A . G TTAAT . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . GGG . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T C . . . T . . . . . . . . . T . . . . . A . A . T TTAC . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . GGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A C . . . C . . . . . . . . . T . . . . . A . T . A TATG . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . GGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A C . . . T . . . . . . . . . T . . . . . A . A . A AATT . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . TGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T C . . . C . . . . . . . . . A . . . . . A . T . T ATAA . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . GGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . T . A TT . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . GGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . A TA . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . GGA . T A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . T TT . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . GGA . T A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A TA . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . GGA . T A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A TT . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . GGA . T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . GGG . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . GGA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . C . . . GAA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . GA .
blockSeqs : . . . . A . . .
blockSeqCons : C** ** TT********* GGA***
originalCons : TGACTTAA-ACGTGAAATTGTAAGAA-ACTCGGCCAGTG--TGACATGGTTTAAGAGAAATTATCTTAGAGATTATCACAATACTTTTT--A-----ATNTC--A-T-TTTGTA-C-C-TG-TT-TTAT--CTT--ACATTTC--GAAATTGTTT-----CC----TA-TAT-ATT---------T--ATATGTA-CTC--T----TTCTTTTA--ATCTC-TGTGCATTT--TTATT--TTAA-----T-AT---TTAT---T-T----AA----------AT-T-TGT---TTT-ACTAATAT-----CT--GTCTGTAT---A-TACG--TT-NTA-T-G--CA-G-A--CCATATTG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-T-GTC-AT--CCTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
finalCons : TGACTTAA-ACGTGAAATTGTAAGAA-ACTCGGCCAGTG--TGACATGGTTTAAGAGAAATTATCTTAGAGATTATCACAATACTTTTT--A-----ATNTC--A-T-TTTGTA-C-C-TG-TT-TTAT--CTT--ACATTTC--GAAATTGTTT-----CC----TA-TAT-ATT---------T--ATATGTA-CTC--T----TTCTTTTA--ATCTC-TGTGCATTT--TTATTTT---------T-AT---TTAT---T-T----AA----------AT-T-TGT---TTT-ACTAATAT-----CT--GTCTGTAT---A-TACG--TT-NTA-T-G--CAGGA---CCATATTG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-T-GTC-AT--CCTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
Alignments
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lowQualScore : .... . . . .. .. ... . .. ..... . ... . . . ... . . .. .. .. ..... ... . . ......... .. . .... ... .. . . .... ......... .. ..... .... ... .... . .................... ... ... . ..... .. ... . .. . . . . .. . . . .. .......... . . . . .. . . ..... . .... .
lowQualScore : 7777 3 3 7 33 33 888 4 55 00000 0 222 0 0 0 888 0 3 00 00 66 88888 111 6 3 555555555 00 1 5555 888 22 1 4 7777 222222222 44 22222 0000 111 0000 4 88888888888888888888 999 444 5 66666 44 111 2 11 0 2 2 2 22 4 2 2 22 3333333333 5 5 5 5 44 7 7 33333 7 1111 0
consensus : TGACTTAA-ACGTGAAATTGTAAGAA-ACTCGGCCAGTG--TGACATGGTTTAAGAGAAATTATCTTAGAGATTATCACAATACTTTTT--A-----ATNTC--A-T-TTTGTA-C-C-TG-TT-TTAT--CTT--ACATTTC--GAAATTGTTTCC-----TA-T-AT-ATT---------T--ATATGTA-CTCT----TTCTTTT--AAT--CTCT-GTGCATTTTT---ATT---T-T---T--ATTTAT-T---T----AA---A----T-T--------TG----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGTATA---TACG--TTAT-A-T-G--CAGGA-CCATAT-TG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-TGTC-AT--CCTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
Reference ( family-4307 ) : TGACTTAA-ACGTGAAATTGTAAGAA-ACTCGGCCAGTG--TGACATGGTTTAAGAGAAATTATCTTAGAGATTATCACAATACTTTTT--A-----ATNTC--A-T-TTTGTA-C-C-TG-TT-TTAT--CTT--ACATTTC--GAAATTGTTTCC-----TA-T-AT-ATT---------T--ATATGTA-CTCT----TTCTTTT--AAT--CTCT-GTGCATTTTT---ATT---T-T---T--ATTTAT-T---T----AA---A----T-T--------TG----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGTATA---TACG--TTNT-A-T-G--CAGGA-CCATAT-TG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-TGTC-AT--CCTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
gi|1 : TAACTTAA-AC-TGAAAT-GTAAGAAGACTCGGTCAGTGGGTGACATGGTTTAAAAGAAATTATCTCAGAAATTAT-ACAATAGTTTTT--A-----ATAT---A-T-TTTGAA-G-T-TG-TT-T-AT--CTT--ACATTTTT-GAAATTGTTTCC-----TA-T-AT-ATT---------T--ATATGTA-CTCT----TTCTTTT--TAT--CTCT-GTGCATTTTT---GTT---T-TAA-T--ATTTAT-T---T----AA---A----T-T--------TG----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGTATA---TACG--TTTT-A-T-G--CA-GA-CCATAT-TG-AAGACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-TGTT-AT--ACTG-AA-T-----AAATA-AAGG----TCTTAT-TAT
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gi|11 : -CTCT----CTCTTTT---------CT-AT-CACATGT---ATT---T-T---ACAATTTAT-C---T----AG---A----TAC--------TA----------A---T---TT--CCAATACATGTACTAAGTTTGTGTA---TATG--TTTT-AAT-G--CAGGA-TTACAA-TT-AAAACTGGGTGTAT---GCT--A-------A-TTTG-TGTC-AT--CCTG-GA-T-----AAATA-AAGG----
gi|12 : tGACTTAA--CGTGAATTTGTAAGAA-ACTCAGCCAGTG--TGACATGATTTAAGAGAAAATATCTTAGAGATTATCAGAATACTGTTT--A-----ATTTC--A-T-TTTGTA-C-C-TGTTT-TTAT--CTT--GCATTTC--GAAATTTTTTCC-----atatcat
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gi|14 : ATTTTT---GTTAA-T-T---T--ATTTAT-T---T----AA---A----T-T---------G----------T---T---TTA-CTTATAT-----CT--ATCTGTACAA--TACTATTTAT-A-T-G--C--GA-C-ATAT-GG-AAAACTAGCTG-AT--TGCT--A-------A-AT-AGTGTCAAT--CC----A-T-----GATTA-GAGG----TCTTAT-TAT
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gi|16 : AT-T---T----AA---A----T-T--------TG----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGCA--------G--TTTT-A-A-G--CAGGA-CCATAT-TG-AGAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-TGTC-AT--CCAG-AT-T-----AAATA-AAGc
gi|17 : TCTG-ATC---TACG--ACAT-G-T-GAACATGA-CCGCAT-TG-AAAACTAGCCGTAT--TGCT--A-------A-G--A-TATC-AT--CCTA-GA-T-------ATAGAATT----TCTTAT-TATtta
gi|18 : taatttaactggatATA---TACA--CTAC---T-G--CAGGA-CCACAT-TG-AAAACTA-CTGTAT--TGCT----------A-AT-A-TGCC-AT--CCTGTAA-T-----AAATA-AATG----TCTTATATATt
gi|19 : ttactttgtcactacttgATA---TATG--TTTA-A-T-G--CAGGACCCACAA-TG--AAACTAGCTTTA---TGTT--A-------T-AT-ATTGTC-AT--CCTG-GG-T-----AAATT-AAGG----T-TTAT-
gi|2 : TGACTTAATAAGTGAAAATGTAAGAA-AGTCAGCCAGTA--TAACAT---TTAAAAGA----------GAAATTATCACCATATTTTAA--A-----ATTAC--A-T-TTTGTA-C-CCTT-TT-TTAT--CTT--ACACTTT--GAAATTATTTCT-----TA---A--GTT---------T--ATATGTA-CTCT----TTCTTTT--AAT--ATCT-GTGCTTTTTT---ATT---TAT---C--ATTTAT-T---T----GA---T----T-T--------TTATATCATATTT---T---TTA-CCAATAT-----TT--GTCTGTATG---TATA--TTAT-A-T-G--CAGGA-CCACAT-CG-AAAACTAGCTGCAT--TGCT--ACATGTCGA-AT-A-TGCC-AT--CCtat
gi|20 : TA---TATG--TTTA-A-T-G--CAGGA-CCACAA-TG-GAAACTAGCTTTA---TGTT--A-------ATAT-ATTGTC-AT--CCTG-GG-T-----AAAT--AAGG----T-TTAT-a
gi|21 : ---T--ATTTCTGT---T----AA---A----C-CA-------TG----------T---G---TTA-TTAATATTTAC-CT--GTCTGT-CG---TATG--TTAC-A-T-G--CAGGA-TCATAT-TG-AAAACT
gi|22 : TT---ATT---T-T---T----TT-T-T---T----AA---A----T-T--------TG----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGTATA---TACG--TTTT-A-T-
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gi|6 : tgTATCTTAGAGATTTTCACATTACTTTTT--A-----ATTTT--A-T-TT-GTA-C---TG-TT-TTAT--CTT--ACATTTT--GAAATTGTT-CC-----TA-T-ATTCTT---------T--ATATG-A-CTCT--------------------CT-GTGCTTTTTT---TTA---T-T---T--ATCTAT-T---TTTAAAA---A----T-C--------TT----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTATATA---T--G--TTAT-G-T-G--CAGGG-CCA-AT-TG-AAAACTAGCTGTAT--TGCT--A-------A-AT-A-TGTC-AT--TCCG-GA-TA----AAATA-AAGGCCCCTCTTAT-tac
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gi|9 : tcacct-T-AT-ATT---------T--ATATGTA-CTCT----TTCTTTA--AAT--CTAT-GTGC--TTTT---ATT---T--------ATTTAT-TAATT----AATTTA----T-T--------TT----------T---T---TTA-CTAATAT-----CT--GTCTGTACA---TATG--TTAT-A-T-A--CAGAA-CCATGT-TG-AAAACTAGCTTTAT--TGCA--A-------A-AT-A-TGCC-AT--CCTT-AA-T-----AAATA-AAGG----TGTTTT-