lowQualScore                  :       222     1          888888888888888888888888888888                           111        44444                           3333333                    1    111       6666666666666666666666666666                       111         222222         1111                   1111111    11111   4444444444                     111    1111       222222            11        9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999       111     3333333   111                    11111                11            222222                  111   1  333333333333333             1      1   44444444444444              66666666666666666666666666666                 11      55         1   
lowQualScore                  :     6 777     5 6  6     777777777777777777777777777777             5 5           222  4     66666          4       6  2     6666666       6      6     5 5  111 1 1   3333333333333333333333333333   77      88       6  000         888888    77   2222   5 4     5       8888888  1 44444   3333333333      3         99   111    4444    8  888888     1      33  7   2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  1    444     4444444   111    5  6    6   1   66666  6     8 8     11  4  8      333333        2 2 11    777   6  666666666666666       6  2  5 2    0   33333333333333     8     6  44444444444444444444444444444     0   6     7 33      55         5   
lowQualScore                  :     . ...     . .  .     ..............................             . .           ...  .     .....          .       .  .     .......       .      .     . .  ... . .   ............................   ..      ..       .  ...         ......    ..   ....   . .     .       .......  . .....   ..........      .         ..   ...    ....    .  ......     .      ..  .   . ..........................................................  .    ...     .......   ...    .  .    .   .   .....  .     . .     ..  .  .      ......        . . ..    ...   .  ...............       .  .  . .    .   ..............     .     .  .............................     .   .     . ..      ..         .   
lowQualScore                  :     0 000     0 0  0     000000000000000000000000000000             0 2           111  4     77777          4       7  2     7777777       7      0     0 0  777 0 7   1111111111111111111111111111   99      77       6  000         666666    99   1111   7 3     7       6666666  7 33333   4444444444      2         22   777    2222    0  888888     2      88  8   0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  0    000     5555555   777    2  7    7   0   77777  7     0 0     00  4  0      000000        5 5 55    555   0  000000000000000       0  5  0 5    0   00000000000000     8     5  88888888888888888888888888888     7   7     7 33      00         0   
consensus                     : ATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTGTATTT-GAANATTGAC----AA----CATTACCTGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACA----TAAGGCCTCC-ACAGACT-GCTTCCAC--T---TTGCTCTG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCC---CCCCCCA-CCCGCCC-A-G-T-T-CTC--CATCCTC-CGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CNCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTACATTA--CANTCATT-GGCTG-NAT----CTT-------NC-CTCGG-----GGCGT----GTCCA------ATAAATTT---CCATC----TTCTTC---TCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--ACNCT-TTGGAG------CATCTCTTCTGTAGTAGT---GTG-TC------TTGCCATCTTTATTCTTAGNATNCNTCTT-AGGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCNATC--AT-CTTA-TCATC--TC------TG-TTCATTTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
Reference ( gi|2 )            : ATTTCTCAAAATAACGGTTCTTTTGTATTTCAAAAATTGAC----AA----CAT-ACCTGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCCTG--AG-GGCAC-----TAAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC--A---CTGCTCTG-TCGGCTACAGCACCTCT---TGCCCCCC---CCCCCCA-CCCACCCCA-A-T-T-CTC--CATCCTT-CGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CACCAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CGC--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTATATTA--CAATCACT-CCCTG-CAT----CT--------GC-CTCAG-----GGTGT----GTTCA------GTAAATTT---CCATC----T-CTTC---TCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--ACACT-TTGGAG------CATCTCTTCTGTAGTAGT---GTG-TC------TCGTCGTCCTTATTCTCAGGATGCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAAGGTGTTGATC--AT-TTT--TCATC--TC------TA-TTCATCTTCCAGGTCTCGCATCCATAGACATCAAAAAAGTTTGATAAGA
gi|15                         : ATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTG-------AAGATTG------------CATTACCTGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCT
gi|1                          :                          TATTTAAATAAT-GACTGTTAA----C----CATGTGACCTATTCCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACA----TAAGGCCTCCAAAAGACTAGCTTCCACTTATATTTGCTCTGCTCGGCGGCAGCAGCGCT---T----------TTCCTTG-GACGTCCTC-G-T-T-CTTCACATCTTTCCGATGTTACGTCTCTCTTTCTC------TATCCAGTCTTTGCGTACATCAGGCTGGATTTATATCACTGGTAACAGCGCGACATTTC--TCATTC-ATAACCTTCATCGGAGTTGCCTGTACACGATCTCTAATATGGCAACATTA--CAGTCATTGGCTTG-GAT----CTTATATATAGC-TCCGGTACATGGGGCTACGGTTCAAAATCTGAAACTTTAATCCATCATTTT-TTTCTTCTCCTGACTTTCTGTCG-TCATAGATGTTGTCTC-ATTTTCTTAACACTATTGGAGCAACCCCATCTCTTCTGTTATAGTTACATG-TCGTTCTTTCGCCATCGTTATTCTTAGGAT-CGTCTTAAAGC--ATATTGTTTTCTGGAAGGTGTTAATCCAAT-CTTAATCATCGTCC------TAGTCCATCTTC---GTCTCGCATa
gi|3                          :                    tagtaatctaaCGAACATTGAT----AAAATCCATTACCTGTTACCTAT-CCTCTGTGTGTCTA--AG-GGCATA----TAGGGCCTCC-ACAGACT-GTTTCCAC--T---TTGCTCTG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCATCCC---C-----A-C--AC-----G-T-T-CAC--CATCCTC-CGATGTTACG---CTCTTTCTC------TATT--GTT----CGT-CTCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C----CTTTCGTTCTTCTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGTCACATTA--TATTCATT-GGCTG-GAT----CT--------TTTCTCAG-----GGCAT----GTCCA------ATGAATTT---CCATT----T---TC---TCCTAAC-TTCA-TCACTCA-----GTTGTCTC-A-TTTCT--ATACT-TTGGAG------CATCTCTTCTGTAGTAGT---GTGTTC------TTGCCAT-CTTATTCTTAGGATGCGTGTT-AAGA--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTTGATC--AT-CTTA-TCATC--TC------t
gi|13                         :                                   gaaaactatatgaaaataaT-ACATGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCGTA--AG-GGCACA----TAAGGCCTCC-ACAGActctat
gi|4                          :                 aaaatctgaaagacaacgaagtcgtgattcacgtggtT-AACTGTTACCTAT-CGACATCGTGCC-A--AGCGACACATTTATAAGGACTCA-ACA--CT--CCTCCAC--A---TAGCTCGG-TCTTTTGCAGGTGGTTT---CGCTTCT---------------ACC--A-A-TGTGTTC--CATCC---AGATGTTGCT---TTCTTTCTC------AACT--GAT----CGC-CGCCA---TG---TT-------CGAC-----CAC--G--------CTTTCGTTTGCCTTC--GCG---GAAC----CATG-TC------AGTGCTGTTATG--TAATCGTT-----GACATATTCTT--------TC-CTTTG-----AATGT----GCCCA------ATATATCT---CCATT----TTCTTC---ATCTCAG-ATCG-TCACTCA-----AC-TTCTCTA-TTCCT--GTTCT-CTCTAA------GACTTCTTCTTTGCTTAC---ATGATC------TTGCCA-CTTCATTCTTAGTATTCTTCAT-AGA--------------TGGAATGTGCCTATT--TTCTTT--TCATT--TCCTTTATTG-TTCATTTTCCAGGTCACTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
gi|5                          :                                                              TACCTAT-CCTCTGTGTACACA--AG-GGCACA----TAAGACCTCC-ATAGACT-GTCTCCAC--T---GTGTTATG-ACAGCTGCAGGAGCCCTGTCTACCCCCC---CCCCCCC-CCCGTC----G-T-T-CTC--CATCCTC-TGACGTTCCG---CTCATTCTCTACCTGTACC--ATT----TGT-CTCCAAG-TGGTCCT-------TGGC-----CGC--C----CCTTCTTTCTTTTTCCTTT--TGG---TGCC----CAcat
gi|17                         :                                                                 CTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACA----TAAGGCCTCC-ACAGt
gi|16                         :                                                                  TAT-CCTCTGCGTACCTATAAG-GGCACA----TAAGGCTTCC-ACAGAC
gi|12                         :                                                                        TCTGCGTGGCTA--AG-GGCACA----TAAGGCTTTC-ACAGACT-GCTTCCAC--T---TTGCTAT--TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCTCCCCCCACCCCCCA-CC--CCCCACG-T-T-CTC--CATCCTC-CGA
gi|8                          :                                                                            cGTGTCTA--AG-GGCAGA----TAAGGCCTCC-ACAGACT-GTGTCCAC--T---TTGCTCTG-CCAGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCC---CCCCCC--CCC-------------CCC--CATCCTC-CGATGTTACG---CTCTTTCTCTAGA--TACT--GTT----CGT-CTCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--CCTTTCTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                   CCCCCC---CCCCCCACCCCACCCCA-AGT-T-CTC--CATCCTT-CGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CACCAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CGC--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                   cTATTTCG---CTTTTTCTC------T--C--GTT----CAT-CATCAGG-TGGTTTA-------TGGT-----CGC--C--------CTGTCTCTTTCCTTC--TGG---TGCT----CACG-TC------ATTGCTATATTATACATTAACT-TGCTG-CAT----CTT-------GT-CTCGG-----GGTCT--------A------ATACACTT---CCATC----T--------TCTT-AC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--ACTCT-TTGGAG------CATCTCTT---TAGTAGT---GTG-T
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGT----GTCCA------ATAAACTT---TCATC----TTCTTC---TCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--ACGCT-TTGGAG------CATTTtc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATC----TTCTTC---TCCTGAC-TTCT-TCATTCA-----GTGGCCT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TC------TTGCCA-CTTTATTCTTATTATCCTTCTT-AGACTGAT-GTA--TGATGGAATGTGTCTAT--------------TC--TT------TG-TTCATTTTCCAGATCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATTGTCTGCTGATGTNTGCCACATAGGGCCTCCACTGAGCGTCTCCATTCATTCCTATTGGCTGCTGATGATTTCGCTTTATTCCGTATCCGTCAGCCAGCATTTGTCTTCTCCTTAATTACTGTGTGTCGCCATGTTGTTTTGGTCACCCGCGCTTTCTTCTTCTCTCCGGTGTCCATGATATTG
Unaligned ( gi|10 ): TTTCAACATAATTTAGTGAACCATCTTCTTGATGTTCTTCCTATACATCTTCATTAGTCTACTCTGCTATATTTTTTTGCTAAGTTCTACTAAATAAACATTTAGTCTTTTTGTGTTGAAATTAGCATATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                           1111111       33333333                                                                            11111                                      55555555555555555555555555                                      222222                                1111111    11111    4444444444                            1111       111111            22                    222222222   333333333   2222           111     1111      111111                          11111        1       11111           111111                     222222222222222      1                          22222222222                 1111111111        333333333                          11             
lowQualScore                  :        3       3          7777777  1    77777777     6  6          4              55  4       7777         3       5  1     22222       5  5                 888       33333333333333333333333333      66    4          5  777         222222    66   9999   4 1   0 4       4444444    11111  4 1111111111      0         66   888    0000    5  999999      22    22  1        88 1 8   444444444   000000000   0000 3    99   111     4444      666666     22      5    5       44444  4     1 5     11111 1  5      666666        1  99  6     555555555555555      0 8          1  8 1    8   11111111111 0      0     1  9999999999     8  111111111                3         88             
lowQualScore                  :        .       .          .......  .    ........     .  .          .              ..  .       ....         .       .  .     .....       .  .                 ...       ..........................      ..    .          .  ...         ......    ..   ....   . .   . .       .......    .....  . ..........      .         ..   ...    ....    .  ......      ..    ..  .        .. . .   .........   .........   .... .    ..   ...     ....      ......     ..      .    .       .....  .     . .     ..... .  .      ......        .  ..  .     ...............      . .          .  . .    .   ........... .      .     .  ..........     .  .........                .         ..             
lowQualScore                  :        0       0          6666666  0    00000000     7  7          4              00  0       7777         6       0  5     55555       0  0                 888       00000000000000000000000000      11    4          3  888         222222    11   4444   4 0   1 4       4444444    11111  4 4444444444      1         99   888    6666    7  222222      22    00  0        88 0 0   444444444   444444444   4444 2    22   777     2222      444444     33      7    7       33333  3     4 7     00000 0  7      444444        0  22  7     888888888888888      6 6          0  8 0    0   22222222222 6      6     0  6666666666     0  555555555                7         33             
consensus                     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A-GTTCTC--CATC-CTCCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CGCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGC-TGNA-TCTTNT------CTC--------GGGG---CGTGTCC--AAT---AAACT----TCCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CNCT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
Reference ( family-4171 )     :  ATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTGTATTT-GAANATTGACAA----CATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GCTTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCCC--A-GTTCTC--CATC-CTCCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CNCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTACATTA--CANTCATTGGC-TGNA-TCTTNC------CTC--------GGGG---CGTGTCC--AAT---AAATT----TCCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CNCT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TTGCCATCTTTATTCTTAGNATNCNTCTT-AGGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCNATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATTTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
gi|1                          :                           TATTT-AAATAATGAC------TGTTAACCATGTGACCTATTCCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCAAAAGACTAGCTTCCACTTATATTTGCTC-TGCTCGGCGGCAGCAGCGCT---TTTCCTTGGAC---GTCCTC-------------GTTCTTCACATCTTTCCGATGTTACGTCTCTCTTTCTC------TATCCAGTCTTTGCGTACATCAGGCTGGATTTATATCACTGGTAACAGCG-CGACATTTC--TCATTC-ATAACCTTCATCGGAGTTGCCTGTACACGATCTCTAATATGGCAACATTA--CAGTCATTGGCTTGGA-TCTTATATATAGCTCCGGTACATGGGGCTACG-GTTCAAAATCTGAAACTTTAATCCATCATTTTTTTCTTCTCCTGACTTTCTGTCG-TCATAGATGTTGTCTC-ATTTTCTTAA--CACTATTGGAGCAACCCCATCTCTTCTG--TT-ATAGTTACATG-TCGTTCTTTCGCCATCGTTATTCTTAGGAT-CGTCTTAAAGC--ATATTGTTTTCTGGAAGGTGTTAATCCAATCTTAATCATCGTC------CTAGTCCATCTTC
gi|11                         :                                                                                                                                                        tagtaatctaaCCCCC---C---CCCCCCACCCCACCCCAA-GTTCTC--CATC-CTTCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CACCAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-gtctcgcatt
gi|12                         :                                                                     cCTCTGCGTGGCTA--AG-GGCACAT----AAGGCTTTC-ACAGACT-GCTTCCAC-----TTTGCTA-T--TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCTCCC---CCCACCCCCCA-CCC-CCC--ACGTTCTC--CATC-CTCCGA
gi|13                         :                                                   TTA-CA-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCGTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaaatctgaaagacaacgaagtcgtgattcacgtggGTGTCC--AAT---AAACT----TTCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CGCT-TTGGAG------CATTT
gi|15                         : tATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTG-------AAGATTG--------CATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--
gi|16                         :                                                                 TAT-CCTCTGCGTACCTATAAG-GGCACAT----AAGGCTTCC-ACAGAC
gi|17                         :                                                                CTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCATTCA-----GTGGCCT
gi|2                          :  ATTTCTCAAAATAACGGTTCTTTTGTATTTCAAAAATTGACAA----CAT-A-CC-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCCTG--AG-GGCAC-T----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC-----ACTGCTC-TG-TCGGCTACAGCACCTCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCACCCC-A-ATTCTC--CATC-CTTCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TACC--GTT----CGT-CACCAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTATATTA--CAATCACTCCC-TGCA-TCT-GC------CTC--------AGGG---TGTGTTC--AGT---AAATT----TCCATC------T-CTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CACT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGTCGTCCTTATTCTCAGGATGCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAAGGTGTTGATC--ATTTT--TCATC-TC------T--ATTCATCTTCCAGGTCTCGCATCCATAGACATCAAAAAAGT
gi|3                          :                                -GAACATTGATAAAATCCATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGTGTGTCTA--AG-GGCATAT----AGGGCCTCC-ACAGACT-GTTTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCATCC---C---CAC---A-C----------GTTCAC--CATC-CTCCGATGTTACG---CTCTTTCTC------TATT--GTT----CGT-CTCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C----CTTTCGTTCTTCTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGTCACATTA--TATTCATTGGC-TGGA-TCTTTT------CTC--------AGGG---CATGTCC--AAT---GAATT----TCCATT------TTCT---CCTAAC-TTCA-TCACTCA-----GTTGTCTC-A-TTTCT--A--TACT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTGTTC------TTGCCATC-TTATTCTTAGGATGCGTGTT-AAGA--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTTGATC--ATCTT-ATCATC-TC------ttgataaga
gi|4                          :                                gaaaactatatgaaaataacTA-AC-TGTTACCTAT-CGACATCGTGCC-A--AGCGACACATTTATAAGGACTCA-ACA--CT--CCTCCAC-----ATAGCTC-GG-TCTTTTGCAGGTGGTTT---CGCTTCT-------------A-CCAAT------GTGTTC--CATC-C--AGATGTTGCT---TTCTTTCTC------AACT--GAT----CGC-CGCCA---TG---TT-------CGAC-----CA-C----------GCTTTCGTTTGCCTTC--GCG---GAAC----CATG-TC------AGTGCT--GTTATGTAATCGTTGAC--ATATTCTTTC------CTT--------TGAA---TGTGCCC--AAT---ATATC----TCCATT------TTCTTCATCTCAG-ATCG-TCACTCA-----AC-TTCTCTA-TTCCT--G--TTCT-CTCTAA------GACTTCTTCTT--TG-CTTAC---ATGATC------TTGCCA-CTTCATTCTTAGTATTCTTCAT-AGA--------------TGGAATGTGCCTATT--TTCTT-TTCATT-TCCTTTATT--GTTCATTTTCCAGGTCACTGATCCAT--ACATCAAAACAGTctctat
gi|5                          :                                                             TACCTAT-CCTCTGTGTACACA--AG-GGCACAT----AAGACCTCC-ATAGACT-GTCTCCAC-----TGTGTTA-TG-ACAGCTGCAGGAGCCCTGTCTACCCCC---C---CCCCCCC-CCCGTC-----GTTCTC--CATC-CTCTGACGTTCCG---CTCATTCTCTACCTGTACC--ATT----TGT-CTCCAAG-TGGTCCT-------TGGC-----CG-C--C----CCTTCTTTCTTTTTCCTTT--TGG---TGCC----CAcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                     TATTTCG---CTTTTTCTC------T--C--GTT----CAT-CATCAGG-TGGTTTA-------TGGT-----CG-C--C--------CTGTCTCTTTCCTTC--TGG---TGCT----CACG-TC------ATTGCTATATTATACATTAACTTGC-TGCA-TCTTGT------CTC--------GGGG-------TCT--AAT---ACACT----TCCATC------TTCTT------AC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CTCT-TTGGAG------CATCTCTT-----TA-GTAGT---GTG-Tt
gi|7                          :                                                                                          CACAT----AGGGCCTCC-ACTGAGC-GTCTCCA------TTCATTCCTA-TTGGCTGCTGATGATTT---CGCTTTA---T---TCCGT-A-TCCGTC---A-G----C--CAGC-ATTTG-TCTT------CTCCTTAAT------TACT--GTG----TGT-CGCCATG-TTGTTTT--------GGT-----CA-C--C----CGCGCTTTCTTCTTCTCTC--CGG---TGTC----CATG-AT------ATTGtc
gi|8                          :                                                         attgtctgctgatgtntgcGTGTCTA--AG-GGCAGAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTGTCCAC-----TTTGCTC-TG-CCAGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCC--CCC-----------CCC--CATC-CTCCGATGTTACG---CTCTTTCTCTAGA--TACT--GTT----CGT-CTCCAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGCC--C-TTTCTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTCTA-TTCCT--GTTCTCT-CTAGGA------CTTCTTTTTTGCTTACATAAT--------C------TTGCCA-CTTTATTCTTATTATCCTTCTT-AGACTGAT-GTA--TGATGGAATGTGTCTAT-------------TC-TT------T--GTTCATTTTCCAGATCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTCAACATAATTTAGTGAACCATCTTCTTGATGTTCTTCCTATACATCTTCATTAGTCTACTCTGCTATATTTTTTTGCTAAGTTCTACTAAATAAACATTTAGTCTTTTTGTGTTGAAATTAGCATATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                           111111        33333333                                                                              11111                                    444444444444444444444444444                                      222222              111111            1111111    11111    44444444444               11          1111    111  1111            222                      222222   333333333   1111        1111        1111     111111                          11111        1       11111             111111                   222222222222222      1                          22222222222                  111    11        333333333                          11             
lowQualScore                  :        2       1          666666   1    77777777     6  6          4              55  4       7777            3    5          22222     5  5                 888       888888888888888888888888888        66    4        5  777         222222  4         3 222222  0 4       4444444    11111  4 11111111111         0     11   888    0000    000  4444      22    999 1        88 1 8   11 333333   000000000   8888 3      4444 6      4444     666666     22        5  5       44444  4     1    5  11111 1  5        666666      1  99  6     555555555555555      0 8             8      8   11111111111 0      0     8   222    44     8  111111111                3         88             
lowQualScore                  :        .       .          ......   .    ........     .  .          .              ..  .       ....            .    .          .....     .  .                 ...       ...........................        ..    .        .  ...         ......  .         . ......  . .       .......    .....  . ...........         .     ..   ...    ....    ...  ....      ..    ... .        .. . .   .. ......   .........   .... .      .... .      ....     ......     ..        .  .       .....  .     .    .  ..... .  .        ......      .  ..  .     ...............      . .             .      .   ........... .      .     .   ...    ..     .  .........                .         ..             
lowQualScore                  :        5       0          777777   0    00000000     7  7          4              00  0       7777            6    0          55555     0  0                 888       444444444444444444444444444        11    4        3  888         222222  4         7 888888  1 4       4444444    11111  4 88888888888         1     99   888    6666    000  2222      22    888 0        88 0 0   88 000000   444444444   1111 2      2222 7      2222     444444     33        7  7       33333  3     4    7  00000 0  7        444444      0  22  7     888888888888888      6 6             8      0   22222222222 6      6     2   000    00     0  555555555                7         33             
consensus                     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A--GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTC--------GGGGC---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
Reference ( family-4171 )     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A--GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTC--------GGGGC---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
gi|1                          :                           TATTT-AAATAATGAC------TGTTAACCATGTGACCTATTCCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCAAAAGACTAGCTTCCACTTATATTTGCTC-TGCTCGGCGGCAGCAGCGCT---TTTCCTTGGAC---GTCCTC--------------GTTCTTCACATCTTTCCGATGTTACGTCTCTCTTTCTC------TATCCAGTCTTTGCGTACATCAGGCTGGATTTATATCACTGGTAACAGCG-CGACATTTCT--CATTCATAA-CCTTCATCGGAGTTGCCTGTACACGATCTCTAATATGGCAACATTA--CAGTCATTGGCTTGGA-TCTTATATATAGCTCCGGTACATGGGGCTACG-GTTCAAAATCTGAAACTTTAATCCATCATTTTTTTCTTCTCCTGACTTTCTGTCG-TCATAGATGTTGTCTC-ATTTTCTTAA--CACTATTGGAGCAACCCCATCTCTTCTG--TT-ATAGTTACATG-TCGTTCTTTCGCCATCGTTATTCTTAGGAT-CGTCTTAAAGC--ATATTGTTTTCTGGAAGGTGTTAATCCAATCTTAATCATCGTC------CTAGTCCATCTTC
gi|11                         :                                                                                                                                                        tagtaatctaaCCCCC---C---CCCCCCACCCCACCCCAA--GTTCTCCA--TCCT-TCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---gtctcgcatt
gi|12                         :                                                                     cCTCTGCGTGGCTA--AG-GGCACAT----AAGGCTTTCACA-GACT-GCTTCCACTT-----TGCTA-T--TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCTCCC---CCCACCCCCCA-CCCCCC---AC-GTTCTCCA--TCCT-CCGA
gi|13                         :                                                  GTTA-CA-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCGTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaatctgaaagacaacgaagtcgtgattcacgtg---GTGTCCAA----T-AAACTT----TCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CGCT-TTGGAGCA------TTT
gi|15                         : tATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTG-------AAGATTG--------CATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--
gi|16                         :                                                                 TAT-CCTCTGCGTACCTATAAG-GGCACAT----AAGGCTTCCACA-GAC
gi|17                         :                                                                CTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-G
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCATTCA-----GTGGCCT
gi|2                          :  ATTTCTCAAAATAACGGTTCTTTTGTATTTCAAAAATTGACAA----CAT-A-CC-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCCTG--AG-GGCAC-T----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACAC-----TGCTC-TG-TCGGCTACAGCACCTCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCACCCC-A--ATTCTCCA--TCCT-TCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTATATTA--CAATCACTCCCT-GCA-TCT-GC------CTC--------AGGGT---GTGTTCAG----T-AAATTT----CCATC------T-CTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CACT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGTCGTCCTTATTCTCAGGATGCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAAGGTGTTGATC--ATTTT--TCATC-TC------T--ATTCATCTTCCAGGTCTCGCATCCATAGACATCAAAAAAGT
gi|3                          :                                  AACATTGATAAAATCCATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGTGTGTCTA--AG-GGCATAT----AGGGCCTCCACA-GACT-GTTTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCATCC---C---CAC---A-C-----------GTTCACCA--TCCT-CCGATGTTACG---CTCTTTCTC------TA-TTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C----CTTTCGTTCTTCTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---TC----ATTGTCACATTAT--ATTCATTGGCT-GGA-TCTTTT------CTC--------AGGGC---ATGTCCAA----T-GAATTT----CCATT------TTCT---CCTAACTT-CA-TCACTCA-----GTTGTCTC-ATTT-CT--A--TACT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTGTTC------TTGCCATC-TTATTCTTAGGATGCGTGTT-AAGA--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTTGATC--ATCTT-ATCATC-TC------ttgataaga
gi|4                          :                               gaaaactatatgaaaataacgTA-AC-TGTTACCTAT-CGACATCGTGCC-A--AGCGACACATTTATAAGGACTCAACA---CT--CCTCCACAT-----AGCTC-GG-TCTTTTGCAGGTGGTTT---CGCTTCT------------------ACC---AATGTGTTCCA--TCC---AGATGTTGCT---TTCTTTCTC------AA-CTGATCGCCGC------CA---TG---TT-------CGAC-----CA-C----------GCTTTCGTTTGCCTTCG-CGG----AAC----CATG---TC----AGTGCT--GTTATGTAATCGTTGAC--ATATTCTTTC------CTT--------TGAAT---GTGCCCAA----T-ATATCT----CCATT------TTCTTCATCTCAGAT-CG-TCACTCA-----AC-TTCTCTATTC-CT--G--TTCT-CTCTAAGA------CTTCTTCTT--TG-CTTAC---ATGATC------TTGCCA-CTTCATTCTTAGTATTCTTCAT-AGA--------------TGGAATGTGCCTATT--TTCTT-TTCATT-TCCTTTATT--GTTCATTTTCCAGGTCACTGATCCAT--ACATCAAAACAGTctctat
gi|5                          :                                                             TACCTAT-CCTCTGTGTACACA--AG-GGCACAT----AAGACCTCCATA-GACT-GTCTCCACTG-----TGTTA-TG-ACAGCTGCAGGAGCCCTGTCTACCCCC---C---CCCCCCC-CCCGTC------GTTCTCCA--TCCT-CTGACGTTCCG---CTCATTCTCTACCTGTA-CCATTTGTCTC------CAAG-TGGTCCT-------TGGC-----CG-C--C----CCTTCTTTCTTTTTCCTTT--TGG---TGCC----CAcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                      TATTTCG---CTTTTTCTC------T---CGTTCATCAT------CAGG-TGGTTTA-------TGGT-----CG-C--C--------CTGTCTCTTTCCTTC--TGG---TGCT----CACG---TC----ATTGCTATATTATACATTAACTTGCT-GCA-TCTTGT------CTC--------GGGG-------TCTAA----T-ACACTT----CCATC------TTCTT------ACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CTCT-TTGGAGCA------TCTCTT-----TA-GTAGT---GTG-Tt
gi|7                          :                                                                                          CACAT----AGGGCCTCCACT-GAGC-GTCTCCA-TT-----CATTCCTA-TTGGCTGCTGATGATTT---CGCTTTA---T---TCCGT-A-TCCGTC---A--G----CCA--GCAT-TTG-TCTT------CTCCTTAAT------TA-CTGTGTGTCGC------CATG-TTGTTTT--------GGT-----CA-C--C----CGCGCTTTCTTCTTCTCTC--CGG---TGTC----CATG---AT----ATTGtc
gi|8                          :                                                         attgtctgctgatgtntgcGTGTCTA--AG-GGCAGAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTGTCCACTT-----TGCTC-TG-CCAGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCC--CCC------------CCCCA--TCCT-CCGATGTTACG---CTCTTTCTCTAGA--TA-CTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGCC--C-TTTCTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTCTATTC-CT--GTTCTCT-CTAGGACT------TCTTTTTTGCTTACATAAT--------C------TTGCCA-CTTTATTCTTATTATCCTTCTT-AGACTGAT-GTA--TGATGGAATGTGTC----------T-AT--TC-TT------T--GTTCATTTTCCAGATCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTCAACATAATTTAGTGAACCATCTTCTTGATGTTCTTCCTATACATCTTCATTAGTCTACTCTGCTATATTTTTTTGCTAAGTTCTACTAAATAAACATTTAGTCTTTTTGTGTTGAAATTAGCATATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                           111111        33333333                                                                              11111                                    444444444444444444444444444                                      222222              111111            1111111    11111    44444444444               11          1111    111  1111            222                      222222   333333333   1111        1111        1111     111111                          11111        1       11111             111111                   222222222222222      1                          22222222222                  111    11        333333333                          11             
lowQualScore                  :        2       1          666666   1    77777777     6  6          4              55  4       7777            3    5          22222     5  5                 888       888888888888888888888888888        66    4        5  777         222222  4         3 222222  0 4       4444444    11111  4 11111111111         0     11   888    0000    000  4444      22    999 1        88 1 8   11 333333   000000000   8888 3      4444 6      4444     666666     22        5  5       44444  4     1    5  11111 1  5        666666      1  99  6     555555555555555      0 8             8      8   11111111111 0      0     8   222    44     8  111111111                3         88             
lowQualScore                  :        .       .          ......   .    ........     .  .          .              ..  .       ....            .    .          .....     .  .                 ...       ...........................        ..    .        .  ...         ......  .         . ......  . .       .......    .....  . ...........         .     ..   ...    ....    ...  ....      ..    ... .        .. . .   .. ......   .........   .... .      .... .      ....     ......     ..        .  .       .....  .     .    .  ..... .  .        ......      .  ..  .     ...............      . .             .      .   ........... .      .     .   ...    ..     .  .........                .         ..             
lowQualScore                  :        5       0          777777   0    00000000     7  7          4              00  0       7777            6    0          55555     0  0                 888       444444444444444444444444444        11    4        3  888         222222  4         7 888888  1 4       4444444    11111  4 88888888888         1     99   888    6666    000  2222      22    888 0        88 0 0   88 000000   444444444   1111 2      2222 7      2222     444444     33        7  7       33333  3     4    7  00000 0  7        444444      0  22  7     888888888888888      6 6             8      0   22222222222 6      6     2   000    00     0  555555555                7         33             
consensus                     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A--GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTC--------GGGGC---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
Reference ( family-4171 )     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A--GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTC--------GGGGC---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
gi|1                          :                           TATTT-AAATAATGAC------TGTTAACCATGTGACCTATTCCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCAAAAGACTAGCTTCCACTTATATTTGCTC-TGCTCGGCGGCAGCAGCGCT---TTTCCTTGGAC---GTCCTC--------------GTTCTTCACATCTTTCCGATGTTACGTCTCTCTTTCTC------TATCCAGTCTTTGCGTACATCAGGCTGGATTTATATCACTGGTAACAGCG-CGACATTTCT--CATTCATAA-CCTTCATCGGAGTTGCCTGTACACGATCTCTAATATGGCAACATTA--CAGTCATTGGCTTGGA-TCTTATATATAGCTCCGGTACATGGGGCTACG-GTTCAAAATCTGAAACTTTAATCCATCATTTTTTTCTTCTCCTGACTTTCTGTCG-TCATAGATGTTGTCTC-ATTTTCTTAA--CACTATTGGAGCAACCCCATCTCTTCTG--TT-ATAGTTACATG-TCGTTCTTTCGCCATCGTTATTCTTAGGAT-CGTCTTAAAGC--ATATTGTTTTCTGGAAGGTGTTAATCCAATCTTAATCATCGTC------CTAGTCCATCTTC
gi|11                         :                                                                                                                                                        tagtaatctaaCCCCC---C---CCCCCCACCCCACCCCAA--GTTCTCCA--TCCT-TCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---gtctcgcatt
gi|12                         :                                                                     cCTCTGCGTGGCTA--AG-GGCACAT----AAGGCTTTCACA-GACT-GCTTCCACTT-----TGCTA-T--TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCTCCC---CCCACCCCCCA-CCCCCC---AC-GTTCTCCA--TCCT-CCGA
gi|13                         :                                                  GTTA-CA-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCGTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaatctgaaagacaacgaagtcgtgattcacgtg---GTGTCCAA----T-AAACTT----TCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CGCT-TTGGAGCA------TTT
gi|15                         : tATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTG-------AAGATTG--------CATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--
gi|16                         :                                                                 TAT-CCTCTGCGTACCTATAAG-GGCACAT----AAGGCTTCCACA-GAC
gi|17                         :                                                                CTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-G
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCATTCA-----GTGGCCT
gi|2                          :  ATTTCTCAAAATAACGGTTCTTTTGTATTTCAAAAATTGACAA----CAT-A-CC-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCCTG--AG-GGCAC-T----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACAC-----TGCTC-TG-TCGGCTACAGCACCTCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCACCCC-A--ATTCTCCA--TCCT-TCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CG-C--CATTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTATATTA--CAATCACTCCCT-GCA-TCT-GC------CTC--------AGGGT---GTGTTCAG----T-AAATTT----CCATC------T-CTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CACT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGTCGTCCTTATTCTCAGGATGCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAAGGTGTTGATC--ATTTT--TCATC-TC------T--ATTCATCTTCCAGGTCTCGCATCCATAGACATCAAAAAAGT
gi|3                          :                                  AACATTGATAAAATCCATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGTGTGTCTA--AG-GGCATAT----AGGGCCTCCACA-GACT-GTTTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCATCC---C---CAC---A-C-----------GTTCACCA--TCCT-CCGATGTTACG---CTCTTTCTC------TA-TTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C----CTTTCGTTCTTCTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG---TC----ATTGTCACATTAT--ATTCATTGGCT-GGA-TCTTTT------CTC--------AGGGC---ATGTCCAA----T-GAATTT----CCATT------TTCT---CCTAACTT-CA-TCACTCA-----GTTGTCTC-ATTT-CT--A--TACT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTGTTC------TTGCCATC-TTATTCTTAGGATGCGTGTT-AAGA--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTTGATC--ATCTT-ATCATC-TC------ttgataaga
gi|4                          :                               gaaaactatatgaaaataacgTA-AC-TGTTACCTAT-CGACATCGTGCC-A--AGCGACACATTTATAAGGACTCAACA---CT--CCTCCACAT-----AGCTC-GG-TCTTTTGCAGGTGGTTT---CGCTTCT------------------ACC---AATGTGTTCCA--TCC---AGATGTTGCT---TTCTTTCTC------AA-CTGATCGCCGC------CA---TG---TT-------CGAC-----CA-C----------GCTTTCGTTTGCCTTCG-CGG----AAC----CATG---TC----AGTGCT--GTTATGTAATCGTTGAC--ATATTCTTTC------CTT--------TGAAT---GTGCCCAA----T-ATATCT----CCATT------TTCTTCATCTCAGAT-CG-TCACTCA-----AC-TTCTCTATTC-CT--G--TTCT-CTCTAAGA------CTTCTTCTT--TG-CTTAC---ATGATC------TTGCCA-CTTCATTCTTAGTATTCTTCAT-AGA--------------TGGAATGTGCCTATT--TTCTT-TTCATT-TCCTTTATT--GTTCATTTTCCAGGTCACTGATCCAT--ACATCAAAACAGTctctat
gi|5                          :                                                             TACCTAT-CCTCTGTGTACACA--AG-GGCACAT----AAGACCTCCATA-GACT-GTCTCCACTG-----TGTTA-TG-ACAGCTGCAGGAGCCCTGTCTACCCCC---C---CCCCCCC-CCCGTC------GTTCTCCA--TCCT-CTGACGTTCCG---CTCATTCTCTACCTGTA-CCATTTGTCTC------CAAG-TGGTCCT-------TGGC-----CG-C--C----CCTTCTTTCTTTTTCCTTT--TGG---TGCC----CAcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                      TATTTCG---CTTTTTCTC------T---CGTTCATCAT------CAGG-TGGTTTA-------TGGT-----CG-C--C--------CTGTCTCTTTCCTTC--TGG---TGCT----CACG---TC----ATTGCTATATTATACATTAACTTGCT-GCA-TCTTGT------CTC--------GGGG-------TCTAA----T-ACACTT----CCATC------TTCTT------ACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CTCT-TTGGAGCA------TCTCTT-----TA-GTAGT---GTG-Tt
gi|7                          :                                                                                          CACAT----AGGGCCTCCACT-GAGC-GTCTCCA-TT-----CATTCCTA-TTGGCTGCTGATGATTT---CGCTTTA---T---TCCGT-A-TCCGTC---A--G----CCA--GCAT-TTG-TCTT------CTCCTTAAT------TA-CTGTGTGTCGC------CATG-TTGTTTT--------GGT-----CA-C--C----CGCGCTTTCTTCTTCTCTC--CGG---TGTC----CATG---AT----ATTGtc
gi|8                          :                                                         attgtctgctgatgtntgcGTGTCTA--AG-GGCAGAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTGTCCACTT-----TGCTC-TG-CCAGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCC--CCC------------CCCCA--TCCT-CCGATGTTACG---CTCTTTCTCTAGA--TA-CTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGCC--C-TTTCTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTCTATTC-CT--GTTCTCT-CTAGGACT------TCTTTTTTGCTTACATAAT--------C------TTGCCA-CTTTATTCTTATTATCCTTCTT-AGACTGAT-GTA--TGATGGAATGTGTC----------T-AT--TC-TT------T--GTTCATTTTCCAGATCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT


blockSeqs                     :        C       C          TATTTC   G    ATAAAATC     .  .          .              TA  C       TTAT            .    .          .         C  .                 GTC       CCCCCCCACCCCACCCCAA                .     .        C  .           TACCTG  .         A .         .       .          .      C CATTTCTTT                 G    .      .       .    .         AT    TGT A        T  C T   TT .        A           T    T      .    .      .        .          CT        .  .       .      G     T    .  GTT   G  .        .           C  CT  C     GTGTTC               T C             G      .   CTGATGTA                 G   A      A      .  CTTTATT                  A         . 
blockSeqs                     :                           .        A    ACAA         .  .          .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         CCCACCCCCCACCCCCCAC                .     .        C  .           TAGA    .         A .         .       .          .      . CATTTCTTT                 .    .      .       .    .         AC    TAC T        T  G .   TT .        A           C    T      .    .      .        .          CT        .  .       .      G     T    .  A     A  .        .           C  .   .     ATGATC               T T             G      .   CATTTG                   G   A      T      .  T                        G         . 
blockSeqs                     :                                    C    .            .  .          .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         CCCCCCCACCCACCCCA                  .     .        A  .           .       .         T .         .       .          .      . CCTTT                     .    .      .       .    .         AT    C   A        T  T .   TG .        T           T    T      .    .      .        .          CT        .  .       .      G     .    .  A     A  .        .           C  .   .     GTGTC                . T             T      .   AATTTG                   T   T      A      .  T                                    
blockSeqs                     :                                                      .  .          .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         CCCCCCCCCCCGTC                     .     .        G  .           .       .         G .         .       .          .      . CCCTT                     .    .      .       .    .         .     T   T        .  C .   G  .        G           .    T      .    .      .        .          CA        .  .       .      T     .    .  A     T  .        .           T  .   .     C                    . .             C      .   .                        .   .      .      .                                       
blockSeqs                     :                                                      .  .          .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         TTCCGTATCCGTCA                     .     .        C  .           .       .         T .         .       .          .      . CCGCG                     .    .      .       .    .                                                                  .      .    .      .        .          .         .  .       .      G     .    .  G     T  .        .           .  .   .                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                    .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         CCCCCCCCCC                         .     .        T  .           .       .         A .         .       .          .      . G                         .    .      .       .                                                                                                   .          .         .  .       .      .     .    .  A     T  .        .                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                    .              .   .       .               .    .          .         .  .                 .         CCACAC                             .     .        A  .           .       .         G .         .       .          .      . C                         .    .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                    .              .   .       .               .                                                        ACCAAT                             .     .        .  .           .       .         T .         .       .          .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                   .   .       .               .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                   .           .               .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                               *****                                    CCCCCCCACCCGTCCCA**********        **                ***                             ******            *******    *****    CCTTT******               **   ***    ****    ***  ****            TC*          T*          ******   A********   T***        ****        ****     ******                          *****                A****             ******                   GTGC***********                                 ATTG*******                  A**    A*
originalCons                  :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCC---C---CCCCCCA-CCCGCC---A--GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-C--C-TTTCTTTCTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTC--------GGGGC---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CT--A--CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGT---GTG-TC------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGC--AT-TTG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
finalCons                     :  ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCACA-GACT-GTCTCCACTT-----TGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCCCCCCCCACCCGTCCCA----------GTTCTCCA--TCCT-CCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CG-CCCTTT------CTTTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG---TC----ATTGCTACATTATC-ANTCATTGGCT-GNA-TCTTNT------CTCA--------GGGT---GTGTCCAA----T-AAACTT----CCATC------TTCTTCTCCTGACTT-CT-TCACTCA-----GTGGTCTC-ATTT-CTA----CNCT-TTGGAGCA------TCTCTTCTG--TA-GTAGTGTGC-----------TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTT-AAGATTG-------TTCTGGAATGTGTCGATCA--TCTTA-TCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTCAACATAATTTAGTGAACCATCTTCTTGATGTTCTTCCTATACATCTTCATTAGTCTACTCTGCTATATTTTTTTGCTAAGTTCTACTAAATAAACATTTAGTCTTTTTGTGTTGAAATTAGCATATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                          111111        33333333                                                                            11111                                                    44444444444                                      222222              111111            1111111    11111      1111                     11          1111       111111            222          1          222222      22222222222222         111     1111      1111111                         11111        1       11111           111111                     4444444444444444      1                       555555555555555555                  111    11        333333333                          11             
lowQualScore                  :       2       1          666666   1    77777777     6  6          4              55  4       7777         3       5        22222       5  5                 888   0   7777   3333   22222222222      66    4          1  777         222222  4         3 222222    4       4444444    11111   66 8888      66   3         11   888    0000    5  999999       6    999 1        6  11  0 1 333333   4  55555555555555    99   111     4444      7777777            5    5       44444  0     1 5     11111 1  5      666666        1  99  6     5555555555555555      0 8             8       555555555555555555 0      0     8   222    44     8  111111111                3         88             
lowQualScore                  :       .       .          ......   .    ........     .  .          .              ..  .       ....         .       .        .....       .  .                 ...   .   ....   ....   ...........      ..    .          .  ...         ......  .         . ......    .       .......    .....   .. ....      ..   .         ..   ...    ....    .  ......       .    ... .        .  ..  . . ......   .  ..............    ..   ...     ....      .......            .    .       .....  .     . .     ..... .  .      ......        .  ..  .     ................      . .             .       .................. .      .     .   ...    ..     .  .........                .         ..             
lowQualScore                  :       5       0          777777   0    00000000     7  7          4              00  0       7777         6       0        55555       0  0                 888   9   9999   9999   77777777777      11    4          0  888         222222  4         7 888888    4       4444444    11111   11 9999      11   1         99   888    6666    7  222222       4    888 0        0  88  8 0 000000   0  77777777777777    22   777     2222      9999999            7    7       33333  7     4 7     00000 0  7      444444        0  22  7     3333333333333333      6 6             8       000000000000000000 6      6     2   000    00     0  555555555                7         33             
consensus                     : ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCC---CCCCCCACCCGTC--CC--A-GTTCTC--CATC-CTCCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C----CTTTCT--TTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGC-TGNATCTTNT------CTCGGG---GTG----T---GTCC--AAT---AAACT----TCCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CNCT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT--------GTG--C--TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTTAA---G----A--T-TG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
Reference ( family-4171 )     : ATTTCTCGGAATAANGGTTCTTTTGTATTT-AAANATTGACAA----CGTTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCC---CCCCCCACCCGTC--CC--A-GTTCTC--CATC-CTCCGATGTTNCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCGC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C----CTTTCT--TTCTTTTTCCTTC--CGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTACATTAT-CANTCATTGGC-TGNATCTTNT------CTCAGG---GTG----T---GTCC--AAT---AAACT----TCCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CNCT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT--------GTG--C--TCGCCATCTTTATTCTTAGGATNCGTCTTAA---G----A--T-TG--TTCTGGAATGTGTCGATC--ATCTT-ATCATC-TC------T--GTTCATCTTCCAGGTCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
gi|1                          :                          TATTT-AAATAATGAC------TGTTAACCATGTGACCTATTCCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCCAAAAGACTAGCTTCCACTTATATTTGCTC-TGCTCGGCGGCAGCAGCGCT---T----------TTCCTTGGACGTC--CT--C-GTTCTTCACATCTTTCCGATGTTACGTCTCTCTTTCTC------TATCCAGTCTTTGCGTACATCAGGCTGGATTTATATCACTGGTAACAGCGCGAC----ATTTCTCATTC-ATAACCTTCATCGGAGTTGCCTGTACACGATCTCTAATATGGCAACATTA--CAGTCATTGGCTTGGATCTTATATATAGCTCCGGTACATGGGGCTACGGTTCAAAATCTGAAACTTTAATCCATCATTTTTTTCTTCTCCTGACTTTCTGTCG-TCATAGATGTTGTCTC-ATTTTCTTAA--CACTATTGGAGCAACCCCATCTCTTCTG--TT-ATAGTTACATGTCGTT--CTTTCGCCATCGTTATTCTTAGGAT-CGTCTTAA---AGCATA--T-TGTTTTCTGGAAGGTGTTAATCCAATCTTAATCATCGTC------CTAGTCCATCTTC
gi|11                         :                                                                                                                                                       tagtaatctaaCCCCCC---CCCCCCACCCCAC--CCCAA-GTTCTC--CATC-CTTCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CGC--CATTTCTTTCT--TTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-gtctcgcatt
gi|12                         :                                                                    cCTCTGCGTGGCTA--AG-GGCACAT----AAGGCTTTC-ACAGACT-GCTTCCAC-----TTTGCTA-T--TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCTCCCCCCACCCCCCACCC--C--CC--ACGTTCTC--CATC-CTCCGA
gi|13                         :                                                 GTTA-CA-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCGTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAGA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aaaatctgaaagacaacgaagtcgtgattcacgtgTG----T---GTCC--AAT---AAACT----TTCATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CGCT-TTGGAG------CATTT
gi|15                         : ATTTTTAGGAATAAAGATTTTTTTG-------AAGATTG--------CATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGCGTGCCTA--
gi|16                         :                                                                TAT-CCTCTGCGTACCTATAAG-GGCACAT----AAGGCTTCC-ACAGAC
gi|17                         :                                                               CTAT-CCTCTGCGTGCCTA--AG-GGCACAT----AAGGCCTCC-ACAG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATC------TTCTTCTCCTGAC-TTCT-TCATTCA-----GTGGCCT
gi|2                          : ATTTCTCAAAATAACGGTTCTTTTGTATTTCAAAAATTGACAA----CAT-A-CC-TGTTACCTAT-CTTCTGCGTGCCTG--AG-GGCAC-T----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTCTCCAC-----ACTGCTC-TG-TCGGCTACAGCACCTCT---TGCCCCCC---CCCCCCACCCACC--CC--A-ATTCTC--CATC-CTTCGATGTTCCG---CTCTTTCTC------TA-CCGTTCGTCAC------CAGG-TGGTTTT-------TGAT-----CGC--CATTTCTTTCT--TTCTTTTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGCTATATTA--CAATCACTCCC-TGCATC-TGC------CTCAGG---GTG----T---GTTC--AGT---AAATT----TCCATC-------TCTTCTCCTGAC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CACT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT--------GTGT-C--TCGTCGTCCTTATTCTCAGGATGCGTCTTAA---GC---AT-T-TG--TTCTGGAAGGTGTTGATC--ATTTT--TCATC-TC------T--ATTCATCTTCCAGGTCTCGCATCCATAGACATCAAAAAAGT
gi|3                          :                                 AACATTGATAAAATCCATTA-CC-TGTTACCTAT-CCTCTGTGTGTCTA--AG-GGCATAT----AGGGCCTCC-ACAGACT-GTTTCCAC-----TTTGCTC-TG-TCGGCTGCAGCAGCCCT---TGCATCCC---CAC---AC-------------GTTCAC--CATC-CTCCGATGTTACG---CTCTTTCTC------TA-TTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C----CTTTCG--TTCTTCTTCCTTC--TGG---TGCC----CACG-TC------ATTGTCACATTAT--ATTCATTGGC-TGGATCTTTT------CTCAGG---GCA----T---GTCC--AAT---GAATT----TCCA---------TTTTCTCCTAAC-TTCA-TCACTCA-----GTTGTCTC-A-TTTCT--A--TACT-TTGGAG------CATCTCTTCTG--TA-GTAGT--------GTGTTC--TTGCCATC-TTATTCTTAGGATGCGTGTTAA---G----AATT-TG--TTCTGGAATGTGTTGATC--ATCTT-ATCATC-TC------ttgataaga
gi|4                          :                              gaaaactatatgaaaataacgTA-AC-TGTTACCTAT-CGACATCGTGCC-A--AGCGACACATTTATAAGGACTCA-ACA--CT--CCTCCAC-----ATAGCTC-GG-TCTTTTGCAGGTGGTTT---CGCTTCT----------ACCAAT---------GTGTTC--CATC-C--AGATGTTGCT---TTCTTTCTC------AA-CTGATCGCCGC------CATG-T----------------T-----CGA--C----CACGCT--TTCGTTTGCCTTCG-CGG----AAC----CATG-TC------AGTGCTG--TTATGTAATCGTTGACATAT-TCTTTC------CTTTGA---ATG----T---GCCC--AAT---ATATC----TCCATT------TTCTTCATCTCAG-ATCG-TCACTCA-----ACT-TCTCTA-TTCCT--G--TTCT-CTCTAA------GACTTCTTCTT--TG-CTTAC--------ATGATC--TTGCCA-CTTCATTCTTAGTATTCTTCATA----G----A--T---------GGAATGTGCCTATT--TTCTT-TTCATT-TCCTTTATT--GTTCATTTTCCAGGTCACTGATCCAT--ACATCAAAACAGTctctat
gi|5                          :                                                            TACCTAT-CCTCTGTGTACACA--AG-GGCACAT----AAGACCTCC-ATAGACT-GTCTCCAC-----TGTGTTA-TG-ACAGCTGCAGGAGCCCTGTCTACCCCCC---CCCCCCCCCCGTC--------GTTCTC--CATC-CTCTGACGTTCCG---CTCATTCTCTACCTGTA-CCATTTGTCTC------CAAG-TGGTCCT-------TGGC-----CGC--C----CCTTCT--TTCTTTTTCCTTT--TGG---TGCC----CAcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                   TATTTCG---CTTTTTCTC------T---CGTTCATCAT------CAGG-TGGTTTA-------TGGT-----CGC--C----CTGTCT--CT----TTCCTTC--TGG---TGCT----CACG-TC------ATTGCTATATTATACATTAACTTGC-TGCATCTTGT------CTCGGG---GT-----------CT--AAT---ACACT----TCCATC------TTCTT------AC-TTCT-TCACTCA-----GTGGTCTC-A-TTTCT--A--CTCT-TTGGAG------CATCTCTT-----TA-GTAGT--------GTG--T--TCt
gi|7                          :                                                                                         CACAT----AGGGCCTCC-ACTGAGC-GTCTCCA------TTCATTCCTA-TTGGCTGCTGATGATTT---CGCTTTAT---TCCGT-ATCCGTCAGCC--A-G-------CATT-------TGTCTT----CTCCTTAAT------TA-CTGTGTGTCGC------CATG-TTGTTTT--------GGT-----CAC--C----CGCGCT--TTCTTCTTCTCTC--CGG---TGTC----CATG-AT------ATTG
gi|8                          :                                                        attgtctgctgatgtntgcGTGTCTA--AG-GGCAGAT----AAGGCCTCC-ACAGACT-GTGTCCAC-----TTTGCTC-TG-CCAGCTGCAGCAGCCCT---TGCCCCCC---CCCCCC-CCC--------------CCC--CATC-CTCCGATGTTACG---CTCTTTCTCTAGA--TA-CTGTTCGTCTC------CAGG-TGGTTTT-------TGGT-----CGC--C----CTTTCT--T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTCTA-TTCCT--GTTCTCT-CTAGGA------CTTCTTTTTTGCTTACATAAT-------------C--TTGCCA-CTTTATTCTTATTATCCTTCTTAGACTG----A--TGTA--TGATGGAATGTGTC----------T-AT--TC-TT------T--GTTCATTTTCCAGATCGCTGATCCAT--ACATCAAAACAGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTCAACATAATTTAGTGAACCATCTTCTTGATGTTCTTCCTATACATCTTCATTAGTCTACTCTGCTATATTTTTTTGCTAAGTTCTACTAAATAAACATTTAGTCTTTTTGTGTTGAAATTAGCATATATTT