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Reference ( gi|1 )            :                  CAATTTATT-GCCAATA-A-AGC---ACATATATACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAG-TA----T-AAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATA-AT-TATA-T--A-T-AC---TGT-G-CTACA-TGTACATAA------------TGTTTT----ATATCCG--T--AAC-AATGCTT--C-GTT-TCTAAC--ATAAA-A-AGAGTCT-C-T--A------ATATA--AAGA-CA-AA-T-TTCGT--TTGT--AGTCACA-A--GATGGA-GAGGA-TTCA-G-T-AAA-GA-TACATGATTAA
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Reference ( family-4046 )     :            CAATTTATT-GGCAATA-A-AGC---ACATATATACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAG-TA----T-AAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATA-AT-TATA-T--A-T-AC---TGT-G-CTACA--T--ACATAA------------TGTTTT----ATANCCGT--AAC-AAT-GC-TT--C-GTT-TCTAAN--ATAAA-A-AGAGTCT-C-T--A------ATATA--AAGA-CA-AA-T-TTCGT--TTGT--AGTCACA-A--GATNGA-GAGGA-TTCA-G-T-AAA-GA-TACANGATTAA
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Reference ( family-4046 )     :            CAATTTATT-GGCAATA-A-AGC---ACATATATACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAG-TA----T-AAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATA-AT-TATA-T--A-T-AC---TGT-G-CTACA--T--ACATAA------------TGTTTT----ATANCCGT--AAC-AAT-GC-TT--C-GTT-TCTAAN--ATAAA-A-AGAGTCT-C-T--A------ATATA--AAGA-CA-AA-T-TTCGT--TTGT--AGTCACA-A--GATNGA-GAGGA-TTCA-G-T-AAA-GA-TACANGATTAA
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Reference ( family-4046 )     :                                                        CAATTTATT-GGCAATA-A-AGC---ACATATATACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAG-TA----T-AAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATAAT-TATAT--A-T-AC---TGT-G-C------T-ACA------TAATGTTTT----ATANCCGT--AAC-AAT-GC-TT--C-GTT-TCTAAN--ATAAA-A-AGAGTCT-C-T--A------ATATA--AAGA-CA-AA-T-TTCGT--TTGT--AGTCACA-A--GATNGA-GAGGA-TTCA-G-T-AAA-GA-TACANGATTAA
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gi|2                          :                                                        tAATTTATT-GCCAATA-A-AGC---ACATAT-TACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAG-TA----T-A---AC-AAAA--TATAC-GATTGTATTAA-TATAT--ATT-AC---TGT-G-CTACATGT-ACA------TAATGTTAT----A-ATCCGT--AAC-CAT-GC-TT--C-GTTATCTAAC--ATAAA-ATAGAGTCT-C-TTAA------ATATA--AAGA-CA-AA-T-TTCG---TTGT--AG-CACA-A--GATGGA-GAGGA-TTCA-G-TCAAA-GA-TACATGCTTAc
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gi|4                          :                                                           TTTATT-GGTACTA-A-ATC---A-----GTGTA-A-GTGCT-GT--TA-GTCAT----------------T-----T-AAT-AT-AAAA---ATAC-A--TG---AAC--ATAT--T-C-AC---TGT-G-T------T-ACA------CGATAAAT-----ATAACTGT--AAC-AAA-CC-TT--T-GAT-TTTAAT--GCATA-A-TGAGTTT-G-T--G------ATATACCAAAA-T---A-T-TTTA---TTAC--AGACATA-A--TATTGA-GAGCA-TTCATG-C-AAA--A-CACAGGATT
gi|5                          :                                                          tgagaagtaaaaaattaattC---ACACATA-----A-GT-TT--T--TA-GCCATGGA-A-TGGTAGAAGGTA------AAC-ATTAAAA--TATACCA--TGTATAAT-TATAT--A-T--C---TGTGG-C------T-ACA------TAATG-TTT----AT-TCCGT--AAC-AAT-GC-CTTGC-GTT-TTCAAC--AT-AA-A-AGGGTCCACGT--AAC----ATATA--AAGATCACAG-T-TTCG----TGT--TATCACATA--GAATGA-GAGGA-TTCA-G-A-AAA-GATTACA
gi|6                          :                                                                                                        --TA-GCCATGGA-A-TA-TAGATG-TA----T-TAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATAAT-TATATGTA-T-AC---TGT-G-C------T-ACA------TAATGTTTT----ATAACTGT--AAC-AAT-GT-TT--C-TTC-TCTAAG--ATAAA-A-AGAGTTT-C-T--A------ATATA--AAGA-CA-AA-G-TTCGT--TTGT--AGTCACA-A--GATTGA-GAGGA-TTCA-G-T-AAA-GA-TACAAGTTT
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gi|8                          : tataatgtatagatgtatagtatactgccgcacagtgaatataagaacagaaccgttcTTTATT-AGCACTA-A-AGC---ACATAT----A-A-GTGTT-GTG-TA--CCATGTA-A-TA-TAAA------------------AAAA--CAT---A--TTTAAAATACATCT--A-C-AT---TGT-G-T------T-A---------AATG--------AGACTTGT--AAC-GAG-CC-TT--T-GTT-TTCAAG--GTTTA-A-AGTGTTT-C-T--G------GTATA--AA-A-CA-TA-T-TTCTT--TTGT--AG----A-A--GATTGA-GAGa
gi|9                          :                                             atattcaattcCAATTTATT-GGCAATA-A-AGC---ACATATATACA-A-GTGTT-GT--TA-GCCATGGA-A-TG-TAGAAT-TA----T-AAC-AC-AAAA--TATAC-A--TGTATAAT-TATAT--A-T-AC---TGT-G-C------T-ACA------TAATGTTTT----ATAAC--T--AAC-AAT-GC-TT--C-GTT-TCTAAG--ATAAA-A-AG