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Unaligned ( gi|24 ): TACATATAGTCGACGGCTACAGCATCCATAACCTAAGCAC
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blockSeqs : . . . . TATGATAT . G TT GTCC . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . T . . G C . GA A . . T TA . T . . . . . . . . . A . . . . . TTTTTATT . . A A . . . . . . T T A . . . . . . . . . . . . . . . . . CAA G . GGTATAA . . . . . . . . . . TG T . . . C . . . T . GT A GTCAT . T . . AG . A GA . . T GCATGT G GT AA T . C . . .
blockSeqs : . . . . GAACTAA . A . CAT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . T . . G T . A A . . T A . T . . . . . . . . . A . . . . . TTTTTATT . . A A . . . . . . T T A . . . . . . . . . . . . . . . . . CCA G . AGCTGAG . . . . . . . . . . TG T . . . C . . . T . A . CT . . . . A . A GG . . T GTATGT T GT G T . C . . .
blockSeqs : . . . . GACATA . . . ATG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . C . . . T . A T . . T A . T . . . . . . . . . A . . . . . TATT . . A A . . . . . . A T A . . . . . . . . . . . . . . . . . TCA A . CATGGG . . . . . . . . . . T T . . . C . . . . . T . . . . . . A . . . T GCATGA . A A .
blockSeqs : . . . . AT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . A A . . C A . C . . . . . . . . . A . . . . . TTT . . A A . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . CG G . GGGGG . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . T A
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . T . . . . . . . . . C . . . . . TTT . . G A . . . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . GA A . CTGAG . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . AGGA . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G . AGGA . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . A G . G . . . . . . .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TACATATAGTCGACGGCTACAGCATCCATAACCTAAGCAC
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Reference ( family-4045 ) : TAATTGTT-AAT---ACGA-CC-ACTTATAATGAATGCTCCCCACAATTTTGACTAGACATA------A-T-----AA--TAACATAGTACTTTTAAACAT-TC-ATA---T--ATTGTCAC--------A-AGGG--TAGATC----GATCCC--C----TC---GCCC-A-C--ACAC-CTAA---TTTTGGGT-G---CC-T--ATGGT-G-AT-A-CA-GGAAA-CAG----GGGAAGG-AG-GGTCAA-TTAA-CCC----CCCTCCCTCC-CCAA-CCTTGCCG-TCTCATNTTT---GCCAT-A--TAT-A-----G-GC-GCT------T-GGTTCAT-A----------AGAGACTAT--ATAGAG-------------GAAAT--TC--------G-AACT-----ATGATC-GTA-ACTTTTTC--CCCAC-----TGCA-TG--ACG--TGGA---TTTTTTTT--A----TTTA-GTTG-AA-A-A--TTCTTT-A---T-AG-TATA-C-G-ATAG----GTG-AAGT-CAA-TCTT--TA-----AAC-GT-TT-ACGAAATA--AA--CT-A-GT-AT-A-AAA---------CTAA--AAAT-C--A-CGTCAT-GCAGT---GG---GC---G-AG------AAAAATG---T-------CA-CGATCAT-AGTTCG-AATTT-C-CTCTATAT-AG-CTC-TATAT--GGTCTT-----T----AT---T-TACG-TTGTCCACGAC-CCGAG-CGCC-TTTTACCGAGCCATG-----T---TTT----GGTGTAGTTTTCGGAGA----TAAGTGGCAATAAATGCAGTC--AT---T---T--GC--CTTGTTTTGTAGATG-AA-TTATCGTAGAA-GA-A--AACGA-TA-GTAAATACATTT-GCATT-GCATGT---TCTTTGGGTAATGGACAGGCA-ATAGCCTGGGTGCAGGCCTAGGCT--ATGCCTGTCCA-C-TATCTAT-TTTTAAA-AGAGAATAGTT
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gi|3 : TAATT-TT-A-T---ACGA-CC-ACTTATAATGA-TGCTCCCCACAATTTTGACTAGAACTA------AGT-----AA----ACGTAGTACTTTTAAACGT-TT--CA---T--ATTGTCAC--------A-AGGG--TAGATC----GATCCC-------TC---GTCC-AAC--ATAC-CTAA---TTTTGGGTTG---CCCT--ATGGT-G-AT-A-CAAGGAAA-CAG----GGGAAGG-AG-GGTCAA-TTA---CC----CCATCCCTCC-CCAAACCTTGCCGGTCTCATATTT---GCCAT-A--TAT-ATTATAG-GCCGCT------T-GGTT----------------GAGACTAT--ATAGAG-------------GAAATAATC--------G-AACT-----ATGATC-GTA-ACTTTTCC--CCCAC-----TGCA-TG--ACG--TGGA---TTTTTT----A----TTTC-GTTG-AA-A-A--TTCTTT-A---T-AG-TATAAC-G--TAG----GTG-A-GT-CAA-TCTT--TA-----AAC-GT-TTTACGAA-TA--A---CT-A-GT-AT-AGAAA---------CTAA--AAAT----A-CGTCAT-ATAGT---GA---GCTCGG-GA------AAAAATG---T-------CA-CGATCCA-AGTTCG-ACTTTTC-CTCTATAT-AG-CTC-TATATT-GGTCTT----------AT---T-TACG-TTGTCCACGAC-C-GAG-TGCC-TTTTACCGAGCCATG-----T---TTT----GGTGTAGTTTTCGGAGA----TA-GTGGCAATAAATGCAATCTCAT---T---C--TCTGCTTGTTTTGTAGATGTGA-TTATTGTAGAATAA-A--AACGAATA-GTAAATACATTT----------------TCTTTGG-TAATGGACAGGCA--TAGCCTGGGTGCAGGCCTAGGCT--ATGCTTGTCCA-CTTATCTAT-TTTTAAAGAGAGAATAGc
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gi|5 : T-AAT---ACGAACCGACTTAATATGAATGCTCC--ACAATTTTGACTA-----------------------------TGATACT---AAACAT-TC-ATA---T----TGTCAC--------A-AGGG--TAGATC----GATCCC--C----TC---TCCC-A-C---CACACTAAAATCTTTGGGT-G---C--T--ATGGT-G-TA-A-CA-GGAAG-AAC----GGGAAGA-AGCGGTCAA-TTAA-CCC----CCC---CTCC-CCAA-CCTTGCCG-TCTCATCTTT---GGCAT-GACTAT-A-----G-GC-GCT------TTAGTTCAT-T----------AGATACTAT--ATGGGAAATTTCGATACTCGGAAT--TC--------G-AACT-----ACTATCCGTA-ACTTTTCTGTCCCAC-----TGCAATG--A-G--TGGA---TTTTTTTT--A---------GTTG-AA-A----TTCTTT-----T-AG-TATA---G-ATAG----GTG-AAGT-CAA-TCTT--TA-----AAC-GT-TT-ACGAAATA--AA--CTAA-GT-ATCA-AAA---------CT----AAAT-G--A-CGTCAT-ACAGTATCAA---GCT--G-AG------AAAATTG---T-------CA--GATCAT-AGTTCGAAATTT-CGCTCTATAT-AG-CTC-TATACTGGGCCCT-----T----AT---T-TAAGTTTGT-CACGAC-CCGAG-CG-C-TTTTACCGGACCATG-----CATGTTT----TGTGTAGTTTTTGGAGA----T---------TAA---------------C---T--GC--CTTG-TGTGTAGATG-AA-TTATCGTAGAA-AAGG--AAC---TG-G-ACTTACATTT-GCATTGGTATGT---TCTTT-GGTAATGGACAGGCATATAGTCTGGGTGCAGGCCTAGGCCTAATGCCTGTCCA-C-TTTCTATGTTTTAAA-AAGGA
gi|6 : gAC--------A-AGAGGTTAGATC----GATCCCTCC----TC---GCCC-A-CCAACAC-CTAC---ATTTGGTT-GGCCCT-T--ATGGT-G-ATCA-CA-GGAAAACAG-------AAGG-AG-GGTCAAGTTAAACCC----CCCTCCC------AA-CCTTGCC---TTCATTTTTT--GCCAT-A--TAT-T-----GCGC-GCT--------GGTTCAT-A-----------GAGACTATTAACA-AG-------------GAAAT---C--------G-AACT-----ATGATC-GTC-ACTTTTTC--CCCAC-----TGCA-TG--ACGCGTGGA---TTTTTTTTTTA----TTTA-GCTG-AA-A-AAATTCTTT-A---T-AG-TATA-C-G-ATAG-----TG-AAG--CAA-TCTT---A-----AAC-GTCTT-ACGAAATA--AAACTT-A-GT-AT-A-AAATGTGTAAAACTAA--AAAT-CC-A-CGTCAT-GCAGT---GC---AT---G-GG------AAAAATA---T-------AA-CAATCAT-AGTTCG-AATTT-C-CTCTATGT-AG-CTC-TATAT--GGTCTT-----T----AT---T-TACG-TTGACTATGAC-CCGAG-CGCT-TTTTACCGAGCCATG-----T---TTT----GATATAGTTTTCAGAGG----TAAGTGGCAATAAATGCAGCT--ATGCTT---T--GC--ATTGTTTTGTTGATG-AA-T------------------ACGG-TA-GTAAATACATTT-GCATT-GCATGA---TCTTT-GGTACTGGACAGGC--ATAGCC
gi|7 : AATTGTT-AAT---ACGA-CC-ACTTATAATGAATGCTCCCCACAATTTTGACTAGAC---------A-T-----AA--TAACATAGTACTTTTAAACAT-TC---A---T--ATTGTCAT--------A-AGGG--TAGATC----GATCGC--C----TC---GCCC-A-C--ACAC-CTAA---TTTTGGGT-G---CC-TTAATGGT-G-AT-ACCA-GGAAA-CAG----GGGAAGGAAG-GGTCAA-TTAC-CCC----TCCCTCCTCCGCCAA-CCTTGCCG-TCTCATTTTG---GCCATGA--TAT-A-----G-GC-GCT------T-GG-TCAT------------AGAG-CTAT--ATAGAG-------------GAAAT--TC--------GAAACT-----ATGATC-GTA---CTTTTC--CCCAC-----AGCA-TG--ACG--TGGATTTTTTTTTTT--A----TTTA-GTTG-AA-A-A--TTCTTT-AT--T-AGTTATA-C-G-AT-G----GTGAAAGT-CAA-TCTTTATA-----AAC-GT-TT-ACGAAATA--AAG-TT-A-GT-AT-A-AAA---------CTAA--AAAT-A--A-CGTCAT-ACAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttc
gi|8 : AATTGTT-AAT---ACGA-CG-ACTTGTAATGAATGCTCTACAAAATTT-GGCTATATATATTTTCTA-T-----GC--GAAAATA--AC----AAAAATATC-GTC---C--ATTGTCAATTAATTAAA-AGGG--TGGACC----AATCCC--C----TC---ACTC-A-C--ACCC-CTAA---TGTTGAGT-G---CT-T--ATGCT-G-AT-A-GA-GGAAA-CAG----GTG----------------TGG-CTT----GCC-CCCTCC-CCA--CCTT------CTCATGTTT---GGCAT-AGCCGT-A-----G-GC-GCT------C-GATTCAT-G-----------GAGACTAT--A--------------------------------------ACT-----ATGATC-GCA-ACTCCCCC--CCCCCCCAAATGCA-TG--GCG--TGGA---TTTTT-------------A-GTTG-AA-T-G--TTCTTT-A---T-AG-TATA-C-G-ATGG----GTG-AAAT-CCA-TTTT--TA-----AAC-GT-TT-ACAAAATA--AA--CT-A-GT-GT-
gi|9 : TTT-A---T-AG-CATA-C-A-ATGA----GCG-AAGT-CAC-TTTT--TA-----AAT-GT-TT-ATGATGTA--AA--
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Unaligned ( gi|24 ): TACATATAGTCGACGGCTACAGCATCCATAACCTAAGCAC