lowQualScore : 1111111 11 11111111111 11
lowQualScore : 2 33 55 4 2 9999 2 0 0000000 4 44 44 66666666 4444 1 22 44444444444 44 1 1 2 44 3 22 1 999 1 1 1 22 22 22 333 66 333 2 2 33 777 2
lowQualScore : . .. .. . . .... . . ....... . .. .. ........ .... . .. ........... .. . . . .. . .. . ... . . . .. .. .. ... .. ... . . .. ... .
lowQualScore : 4 22 66 7 4 8888 1 3 0000000 0 88 55 99999999 0000 9 66 99999999999 55 9 9 0 88 8 66 9 888 9 9 9 66 66 88 555 22 777 2 4 44 888 3
consensus : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CCTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Reference ( gi|8 ) : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CCTC-------AA-AA-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TC--TA--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
gi|19 : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAA--------CCTT-------AA-T--GTTGA--T--------A----T-A--T-------CG--TA--A-CTTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTT--GA--AAGT--T---T
gi|13 : AGGTCA-G-TATA--AT--GAA-AG-TGAAAA----C-CCTC-------AA-AT-G-TGA--T--------A----T-A--A-------TT--TA--A-AATTC-C-TT--A-A--A-AAT-T-T-ATAAATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-
gi|10 : AGGTCAAG-TATATAAT--GAA-AA-T-AAAAC---CACCTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-ATTTAGC-TT--A-AACA-A---T-TGAT-TATTTTT--GT--AAGTCGT---TCATG---AT-TTT-T--T---Aaattgt
gi|3 : GGCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAAAAC---C-CCTT-------AA-AT-GTTGA--TCTATTGATA----T-A--T-------TG--TA--A-ATTCCAC-TT--A-A--A-AA--T-T-AT-AACTTTT--GA--A-GT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATCAATATAT
gi|2 : GGTCAAGGTATA--ATA-GAA-AA-TGAAAAC---C-CGTC-------AATAT-GTTGA--T--------A----T-AAGT-------TG--TAAGA-AATTCAC-TTTAA-A--A-A---T-T-AT-AATCTTTTGGA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTTGT--TGA-ATTGATACAT
gi|20 : GGTCAAG-TGTA--AT--GAA-AA-TGAAAA--------------------------GA--T--------A----T-A--T-------TG--TC--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTA--GA--AAGC--T---TT-TG---AT-aa
gi|23 : GGTCACG-TATA--AT--GAA-AAATGAAAGC---C-CCTC-------AA-AT-ATTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-ATT
gi|4 : GTCAAG-TATA--ATCTGAA-AA-TAAAAAAA--C-CCTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A------A--T-------TG--TAT-ATATTTTAC-TT--T-A--ATA---A-T-AT-AATTTTG--TT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---A--GA-ACAT
gi|17 : GCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAA------C-CCTT-------AA-AT-GTTGATCT--------ATGATT-A--T-------TG--TA--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACCTTT--GA--AAat
gi|11 : TCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CCTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-AATTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-TT-AATTTTT--GA--ATGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---TTTGATACAT
gi|12 : CAAG-TATA--AT--GAA-A--TGAAAAA---C-CCTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-AATTCAC-TTAAA-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT---A--AAGT--T---TC-AG---GA-TTT-T--T---A-TGATACA
gi|14 : ggCAAG-TATA--AT--GAATAA-TGAAAAC---C---TC-------AA-AA-TTTGA--T--------A----T----T-------TCGTTA--A-ATT-CAC-TT--T-A--A-A---T-T-AT-AA-TTTT--GA--AA----T---TT-AG---AT-TTT-T--T---
gi|5 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TAAAAAAAAAC-CCTC-------AG-AATGTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-AATTCACTTT--A-A--A-A---T-T-GT-CATTTGT-------AAT--T---TCATA---AA-TTT-T--T---ATT-ATACATttat
gi|9 : AAG-TATA--AT--GAA-AA-TAAAAAA---C-CTTC-------AA-AT-GTTGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--A-ATTTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-TATTTTT--GT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACATta
gi|6 : AAG-TGTA--AT--AAA-AA-TGAAAGT---A-TCTC-------AA-GT-GTTGA--T--------A----C-C--T-------TG--TC--A-ACATCAT-TC--AGA--A-A---T-T-AT-AGTTTT---GA--AAGT--T---TT-TG---AT-TTT-TTAT---ATTGATaaa
gi|7 : aAAG-CATA--AT--GAA-AA-C-----C---C-CCTCCCC----AA-AT-TTTGA--T--------A----T-A--CGGGGTAGTC------A-ATTAAGC-TT--A-C--A-A---T-T-AT-AATTTTC--GA--AAAT--T---TC-TG---AT-TTC-T--T---ACTGATACATggataaa
gi|1 : AG-TACT--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CTTCTTTCATTAATGA-TTTGAT-T--------A----T-A--TGA-----TT--TT--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-AAATT-C-AT-AATTTTT--GAATAAGT--TTAGTC-TGTATGT-TTT-T--TTTGATTGATACATgaa
gi|15 : GAAAAC---C-C-----------A-AA-TTCGA--T--------A----TCA--T-------TG--TA--C-ATT-CAC-TTC-A-A--A-A---TCT-GT-ACTTTCT--GA--AAAG--T---TT-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATataaa
gi|16 : aAAAC---C-C----------AA-AT-GTCGA--T--------A----T-A--T-------TG--TA--C-ATT-CAC-TTC-A-A--A-A---T-T-GT-ACTTTCT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATaaa
gi|18 : CCC-------AA-AT-GTTGC--T--------A----T-A--T-------TG--TC--A-ATTTCAC-AT--AGA--A-A---T-T-G--AAATTTT--AA--AAGT--T---TG-TG---ATATTT-T--T---ACTGATACATaaat
gi|21 : tA--T--------G----T-A--T-------TG--TC--A-ATTCCAC-TT--A-A--A-AA--T-T-GT-AATTTT---GA--AAGT--T---TC-TG---Aaaat
gi|24 : ccaacccaaatattgatgtacaa--A-A--A-A---T-T-A---ATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ATTGATTCAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AGTGTCATGGAAATGAAAAAAAAACCCAAATGTTGATATATTGTCAAATTTACTGAGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 11
lowQualScore : 2 22 55 4 2 7777 1 44444 333 44 1 22 88888888 44444 3 33333333 22 4444 1 0 1 55 3 22 1 777 1 1 1 22 22 22 333 55 333 2 2 33 777 1
lowQualScore : . .. .. . . .... . ..... ... .. . .. ........ ..... . ........ .. .... . . . .. . .. . ... . . . .. .. .. ... .. ... . . .. ... .
lowQualScore : 2 99 00 2 1 9999 9 99999 000 11 7 44 00000000 33333 5 00000000 44 3333 7 6 8 22 5 44 7 222 8 8 8 55 55 66 333 44 555 1 2 22 444 5
consensus : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Reference ( family-3953 ) : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
gi|1 : AG-TACT--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CTTCTTT---CATTA-ATGATTTGAT-------T-----AT-A--------TGATTT-T--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-AAATT-C-AT-AATTTTT--GAATAAGT--TTAGTC-TGTATGT-TTT-T--TTTGATTGATACAT
gi|10 : AGGTCAAG-TATATAAT--GAA-AA-T-AAAAC---CAC----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTAGC-TT--A-AACA-A---T-TGAT-TATTTTT--GT--AAGTCGT---TCATG---AT-TTT-T--T---Aataaa
gi|11 : TCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-TT-AATTTTT--GA--ATGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---TTTGATACAT
gi|12 : CAAG-TATA--AT--GAA-A--TGAAAAA---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTAAA-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT---A--AAGT--T---TC-AG---GA-TTT-T--T---A-TGATACA
gi|13 : ggAGGTCA-G-TATA--AT--GAA-AG-TGAAAA----C-C----CT---CA--A-ATG---TGA--------T-----AT-A--------A--TTT-A--A-AATTC-C-TT--A-A--A-AAT-T-T-ATAAATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-
gi|14 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TGAAAAC---C-------T---CA--A-AAT--TTGA--------T-----AT-T--------T--CGT-T--A-AATTCAC-TT--T-A--A-A---T-T-AT-AA-TTTT--GA--AA----T---TT-AG---AT-TTT-T--T---aattgt
gi|15 : GAAAAC---C-C----------A--A-AT---TCGA--------T-----ATCA--------T--TGT-A--C-ATT-CAC-TTC-A-A--A-A---TCT-GT-ACTTTCT--GA--AAAG--T---TT-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATttat
gi|16 : aAAAC---C-C----------A--A-ATG--TCGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--C-A-TTCAC-TTC-A-A--A-A---T-T-GT-ACTTTCT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATaaa
gi|17 : GCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAA------C-C----CT---TA--A-ATG--TTGA--------TCTATGATTA--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACCTTT--GA--AAaaat
gi|18 : ----CC---CA--A-ATG--TTGC--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-AT--AGA--A-A---T-T-G--AAATTTT--AA--AAGT--T---TG-TG---ATATTT-T--T---ACTGATACAT
gi|19 : tAGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAA--------C----CT---TA--A--TG--TTGA--------T-----AT-A--------T--CGT-A--A-CTTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTT--GA--AAGT--T---Taaat
gi|2 : GGTCAAGGTATA--ATA-GAA-AA-TGAAAAC---C-C----GT---CA--ATATG--TTGA--------T-----AT-AAG------T--TGT-AAGA-AATTCAC-TTTAA-A--A-A---T-T-AT-AATCTTTTGGA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTTGT--TGA-ATTGATACAT
gi|20 : GGTCAAG-TGTA--AT--GAA-AA-TGAAAA-----------------------------GA--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTA--GA--AAGC--T---TT-TG---AT-aa
gi|21 : ----CC---CA--A-ATA--TTGA--------T-----GT-ACAAATGTAT--TGT-C--A-ATTCCAC-TT--A-A--A-AA--T-T-GT-AATTTT---GA--AAGT--T---TC-TG---A
gi|22 : ccaaA--AT--GAA-AA--AAAAAC---C-C----------A--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGTCA--A-ATTT-AC-TG--A-G--A-A---
gi|23 : agtgtcatggaGGTCACG-TATA--AT--GAA-AAATGAAAGC---C-C----CT---CA--A-ATA--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTa
gi|24 : --A-A--A-A---T-T-A---ATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ATTGATTCAT
gi|3 : GGCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAAAAC---C-C----CT---TA--A-ATG--TTGATCTATTGAT-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACTTTT--G---AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATCAATATATaaat
gi|4 : GTCAAG-TATA--ATCTGAA-AA-TAAAAAAA--C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----A--A--------T--TGT-AT-ATATTTTAC-TT--T-A--ATA---A-T-AT-AATTTTG--TT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---A--GA-ACAT
gi|5 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TAAAAAAAAAC-C----CT---CAG-A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCACTTT--A-A--A-A---T-T-GT-CATTTGT-------AAT--T---TCATA---AA-TTT-T--T---ATT-ATACATat
gi|6 : AAG-TGTA--AT--AAA-AA-TGAAAGT---A-T----CT---CA--A-GTG--TTGA--------T-----AC-C--------T--TGT-C--A-ACATCAT-TC--AGA--A-A---T-T-AT-AGTTTT---GA--AAGT--T---TT-TG---AT-TTT-TTAT---ATTGATta
gi|7 : aAAG-CATA--AT--GAA-AA-C-----C---C-C----CTCCCCA--A-ATT--TTGA--------T-----AT-ACGGGG---T--AGT-C--A-ATTAAGC-TT--A-C--A-A---T-T-AT-AATTTTC--GA--AAAT--T---TC-TG---AT-TTC-T--T---ACTGATACATggataaa
gi|8 : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-AAG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TCT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACATgaa
gi|9 : AAG-TATA--AT--GAA-AA-TAAAAAA---C-C----TT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-TATTTTT--GT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11
lowQualScore : 2 22 55 4 2 7777 1 44444 333 44 1 22 88888888 44444 3 33333333 22 4444 1 0 1 55 3 22 1 777 1 1 1 22 22 22 333 55 333 2 2 33 777 1
lowQualScore : . .. .. . . .... . ..... ... .. . .. ........ ..... . ........ .. .... . . . .. . .. . ... . . . .. .. .. ... .. ... . . .. ... .
lowQualScore : 2 99 00 2 1 9999 9 99999 000 11 7 44 00000000 33333 5 00000000 44 3333 7 6 8 22 5 44 7 222 8 8 8 55 55 66 333 44 555 1 2 22 444 5
consensus : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Reference ( family-3953 ) : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
gi|1 : AG-TACT--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CTTCTTT---CATTA-ATGATTTGAT-------T-----AT-A--------TGATTT-T--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-AAATT-C-AT-AATTTTT--GAATAAGT--TTAGTC-TGTATGT-TTT-T--TTTGATTGATACAT
gi|10 : AGGTCAAG-TATATAAT--GAA-AA-T-AAAAC---CAC----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTAGC-TT--A-AACA-A---T-TGAT-TATTTTT--GT--AAGTCGT---TCATG---AT-TTT-T--T---Aataaa
gi|11 : TCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-TT-AATTTTT--GA--ATGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---TTTGATACAT
gi|12 : CAAG-TATA--AT--GAA-A--TGAAAAA---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTAAA-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT---A--AAGT--T---TC-AG---GA-TTT-T--T---A-TGATACA
gi|13 : ggAGGTCA-G-TATA--AT--GAA-AG-TGAAAA----C-C----CT---CA--A-ATG---TGA--------T-----AT-A--------A--TTT-A--A-AATTC-C-TT--A-A--A-AAT-T-T-ATAAATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-
gi|14 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TGAAAAC---C-------T---CA--A-AAT--TTGA--------T-----AT-T--------T--CGT-T--A-AATTCAC-TT--T-A--A-A---T-T-AT-AA-TTTT--GA--AA----T---TT-AG---AT-TTT-T--T---aattgt
gi|15 : GAAAAC---C-C----------A--A-AT---TCGA--------T-----ATCA--------T--TGT-A--C-ATT-CAC-TTC-A-A--A-A---TCT-GT-ACTTTCT--GA--AAAG--T---TT-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATttat
gi|16 : aAAAC---C-C----------A--A-ATG--TCGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--C-A-TTCAC-TTC-A-A--A-A---T-T-GT-ACTTTCT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATaaa
gi|17 : GCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAA------C-C----CT---TA--A-ATG--TTGA--------TCTATGATTA--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACCTTT--GA--AAaaat
gi|18 : ----CC---CA--A-ATG--TTGC--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-AT--AGA--A-A---T-T-G--AAATTTT--AA--AAGT--T---TG-TG---ATATTT-T--T---ACTGATACAT
gi|19 : tAGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAA--------C----CT---TA--A--TG--TTGA--------T-----AT-A--------T--CGT-A--A-CTTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTT--GA--AAGT--T---Taaat
gi|2 : GGTCAAGGTATA--ATA-GAA-AA-TGAAAAC---C-C----GT---CA--ATATG--TTGA--------T-----AT-AAG------T--TGT-AAGA-AATTCAC-TTTAA-A--A-A---T-T-AT-AATCTTTTGGA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTTGT--TGA-ATTGATACAT
gi|20 : GGTCAAG-TGTA--AT--GAA-AA-TGAAAA-----------------------------GA--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTA--GA--AAGC--T---TT-TG---AT-aa
gi|21 : ----CC---CA--A-ATA--TTGA--------T-----GT-ACAAATGTAT--TGT-C--A-ATTCCAC-TT--A-A--A-AA--T-T-GT-AATTTT---GA--AAGT--T---TC-TG---A
gi|22 : ccaaA--AT--GAA-AA--AAAAAC---C-C----------A--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGTCA--A-ATTT-AC-TG--A-G--A-A---
gi|23 : agtgtcatggaGGTCACG-TATA--AT--GAA-AAATGAAAGC---C-C----CT---CA--A-ATA--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTa
gi|24 : --A-A--A-A---T-T-A---ATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ATTGATTCAT
gi|3 : GGCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAAAAC---C-C----CT---TA--A-ATG--TTGATCTATTGAT-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACTTTT--G---AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATCAATATATaaat
gi|4 : GTCAAG-TATA--ATCTGAA-AA-TAAAAAAA--C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----A--A--------T--TGT-AT-ATATTTTAC-TT--T-A--ATA---A-T-AT-AATTTTG--TT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---A--GA-ACAT
gi|5 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TAAAAAAAAAC-C----CT---CAG-A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCACTTT--A-A--A-A---T-T-GT-CATTTGT-------AAT--T---TCATA---AA-TTT-T--T---ATT-ATACATat
gi|6 : AAG-TGTA--AT--AAA-AA-TGAAAGT---A-T----CT---CA--A-GTG--TTGA--------T-----AC-C--------T--TGT-C--A-ACATCAT-TC--AGA--A-A---T-T-AT-AGTTTT---GA--AAGT--T---TT-TG---AT-TTT-TTAT---ATTGATta
gi|7 : aAAG-CATA--AT--GAA-AA-C-----C---C-C----CTCCCCA--A-ATT--TTGA--------T-----AT-ACGGGG---T--AGT-C--A-ATTAAGC-TT--A-C--A-A---T-T-AT-AATTTTC--GA--AAAT--T---TC-TG---AT-TTC-T--T---ACTGATACATggataaa
gi|8 : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-AAG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TCT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACATgaa
gi|9 : AAG-TATA--AT--GAA-AA-TAAAAAA---C-C----TT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-TATTTTT--GT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
blockSeqs : G TA CT T A AAAA A C CCC G T . TCTATTGA CTATG C CAAATGTA . AAG T T AA G AC T AT C G A TG . CG . AT . A G TA GA T
blockSeqs : . . A T . AA . C . . . . . . T CGGGG . CA . . TA G . . A . . . . . . . AT . . . . . C
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . AG . AT . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . C
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . C
blockSeqs : . . . . . A . C . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . G . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . T . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqCons : C**** ** ** ******** ** *** ** *** *** ***
originalCons : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
finalCons : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CC----T---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11
lowQualScore : 2 22 55 4 2 7777 1 44444 333 44 1 22 88888888 44444 3 33333333 22 4444 1 0 1 55 3 22 1 777 1 1 1 22 22 22 333 55 333 2 2 33 777 1
lowQualScore : . .. .. . . .... . ..... ... .. . .. ........ ..... . ........ .. .... . . . .. . .. . ... . . . .. .. .. ... .. ... . . .. ... .
lowQualScore : 2 99 00 2 1 9999 9 99999 000 11 7 44 00000000 33333 5 00000000 44 3333 7 6 8 22 5 44 7 222 8 8 8 55 55 66 333 44 555 1 2 22 444 5
consensus : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
Reference ( family-3953 ) : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT
gi|1 : AG-TACT--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-CTTCTTT---CATTA-ATGATTTGAT-------T-----AT-A--------TGATTT-T--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-AAATT-C-AT-AATTTTT--GAATAAGT--TTAGTC-TGTATGT-TTT-T--TTTGATTGATACAT
gi|10 : AGGTCAAG-TATATAAT--GAA-AA-T-AAAAC---CAC----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTAGC-TT--A-AACA-A---T-TGAT-TATTTTT--GT--AAGTCGT---TCATG---AT-TTT-T--T---Aataaa
gi|11 : TCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-TT-AATTTTT--GA--ATGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---TTTGATACAT
gi|12 : CAAG-TATA--AT--GAA-A--TGAAAAA---C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCAC-TTAAA-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT---A--AAGT--T---TC-AG---GA-TTT-T--T---A-TGATACA
gi|13 : ggAGGTCA-G-TATA--AT--GAA-AG-TGAAAA----C-C----CT---CA--A-ATG---TGA--------T-----AT-A--------A--TTT-A--A-AATTC-C-TT--A-A--A-AAT-T-T-ATAAATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-
gi|14 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TGAAAAC---C-------T---CA--A-AAT--TTGA--------T-----AT-T--------T--CGT-T--A-AATTCAC-TT--T-A--A-A---T-T-AT-AA-TTTT--GA--AA----T---TT-AG---AT-TTT-T--T---aattgt
gi|15 : GAAAAC---C-C----------A--A-AT---TCGA--------T-----ATCA--------T--TGT-A--C-ATT-CAC-TTC-A-A--A-A---TCT-GT-ACTTTCT--GA--AAAG--T---TT-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATttat
gi|16 : aAAAC---C-C----------A--A-ATG--TCGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--C-A-TTCAC-TTC-A-A--A-A---T-T-GT-ACTTTCT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ACTGATACATaaa
gi|17 : GCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAA------C-C----CT---TA--A-ATG--TTGA--------TCTATGATTA--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACCTTT--GA--AAaaat
gi|18 : ----CC---CA--A-ATG--TTGC--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-AT--AGA--A-A---T-T-G--AAATTTT--AA--AAGT--T---TG-TG---ATATTT-T--T---ACTGATACAT
gi|19 : tAGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAA--------C----CT---TA--A--TG--TTGA--------T-----AT-A--------T--CGT-A--A-CTTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTT--GA--AAGT--T---Taaat
gi|2 : GGTCAAGGTATA--ATA-GAA-AA-TGAAAAC---C-C----GT---CA--ATATG--TTGA--------T-----AT-AAG------T--TGT-AAGA-AATTCAC-TTTAA-A--A-A---T-T-AT-AATCTTTTGGA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTTGT--TGA-ATTGATACAT
gi|20 : GGTCAAG-TGTA--AT--GAA-AA-TGAAAA-----------------------------GA--------T-----AT-A--------T--TGT-C--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-GT-AATTTTA--GA--AAGC--T---TT-TG---AT-aa
gi|21 : ----CC---CA--A-ATA--TTGA--------T-----GT-ACAAATGTAT--TGT-C--A-ATTCCAC-TT--A-A--A-AA--T-T-GT-AATTTT---GA--AAGT--T---TC-TG---A
gi|22 : ccaaA--AT--GAA-AA--AAAAAC---C-C----------A--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGTCA--A-ATTT-AC-TG--A-G--A-A---
gi|23 : agtgtcatggaGGTCACG-TATA--AT--GAA-AAATGAAAGC---C-C----CT---CA--A-ATA--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTa
gi|24 : --A-A--A-A---T-T-A---ATTTTT--GA--AAGT--T---TC-AG---AT-TTT-T--T---ATTGATTCAT
gi|3 : GGCCAAG-TATA--AT--GAT-AA-TGAAAAC---C-C----CT---TA--A-ATG--TTGATCTATTGAT-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTCCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-AACTTTT--G---AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATCAATATATaaat
gi|4 : GTCAAG-TATA--ATCTGAA-AA-TAAAAAAA--C-C----CT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----A--A--------T--TGT-AT-ATATTTTAC-TT--T-A--ATA---A-T-AT-AATTTTG--TT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---A--GA-ACAT
gi|5 : CAAG-TATA--AT--GAATAA-TAAAAAAAAAC-C----CT---CAG-A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-AATTCACTTT--A-A--A-A---T-T-GT-CATTTGT-------AAT--T---TCATA---AA-TTT-T--T---ATT-ATACATat
gi|6 : AAG-TGTA--AT--AAA-AA-TGAAAGT---A-T----CT---CA--A-GTG--TTGA--------T-----AC-C--------T--TGT-C--A-ACATCAT-TC--AGA--A-A---T-T-AT-AGTTTT---GA--AAGT--T---TT-TG---AT-TTT-TTAT---ATTGATta
gi|7 : aAAG-CATA--AT--GAA-AA-C-----C---C-C----CTCCCCA--A-ATT--TTGA--------T-----AT-ACGGGG---T--AGT-C--A-ATTAAGC-TT--A-C--A-A---T-T-AT-AATTTTC--GA--AAAT--T---TC-TG---AT-TTC-T--T---ACTGATACATggataaa
gi|8 : AGGTCAAG-TATA--AT--GAA-AA-TGAAAAC---C-C----CT---CA--A-AAG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TCT-A--A-ATTTCAC-TT--A-A--A-A---T-T-AT-AATTTTT--GA--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACATgaa
gi|9 : AAG-TATA--AT--GAA-AA-TAAAAAA---C-C----TT---CA--A-ATG--TTGA--------T-----AT-A--------T--TGT-A--A-ATTTCAC-TTA-A-A--A-A---T-T-AT-TATTTTT--GT--AAGT--T---TC-TG---AT-TTT-T--T---ATTGATACAT